Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Spectroscopie van biomoleculen

2019-06-25T09:22:17Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===25 juni 2019===

====Vogt====
#NMR-spectrum(C9H10O3)
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens
#Fase 1 spectrum ->structuur proteinen

====Hofkens====
Zie examen 27 juni 2018

===11 juni 2019===

====Voght====
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)

====Hofkens====

#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)
#4 begrippen: (4 punten)
#*limiting anisotropy
#*inner filter effect
#*auxochrome shift
#*anti-Stokes Raman

===27 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

====Hofkens====
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment

===26 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

====Hofkens====
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Chemie Van Natuurproducten

2019-06-15T07:48:01Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===15 juni 2019 VM===
#Polyketide ringsluiting + synthese bioketide
#Pyridoxal fosfaat oefening
#Oxidatie door NAD+
===7 juni 2019 NM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)
#Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C

===7 juni 2019 VM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
#bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===4 september 2018 NM===
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese

===21 juni 2018 NM===
#Stetter-reagens
#NAD+/NADH reductie
#biosynthese inositol
[[Bestand:Knipsel.jpg]]

===21 juni 2018 VM===
#vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat
#ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven
#stereospecifieke aanval bij reductie met NADH

===19 juni 2018===
#bespreek synthese humuleen
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===15 juni 2018===
#Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')
#Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)
#Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.

===11 juni 2018 voormiddag===
#Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek antioxiderende werking van vitamine C

===21 juni 2017 namiddag===
#hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme
#reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --> ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)
#bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen

===21 juni 2017 voormiddag===
#bespreek synthese humuleen
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===20 juni 2017 namiddag===
# Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat
# een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)
# geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)

===20 juni 2017 voormiddag===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)
#Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

Gentechnologie

2019-01-27T16:40:09Z

0653470: /* 23 Januari 2019 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==Examenvragen==
==== 23 Januari 2019 ====
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..)
# Leg cosmide en BAC klonering uit en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Gentechnologie

2019-01-27T16:36:36Z

0653470: /* 23 Januari 2019 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==Examenvragen==
==== 23 Januari 2019 ====
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese)
# Leg cosmide en BAC klonering uit en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Gentechnologie

2019-01-27T16:35:59Z

0653470: /* 23 Januari 2019 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==Examenvragen==
==== 23 Januari 2019 ====
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese)
# Leg cosmide en BAC klonering uit en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen?
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Gentechnologie

2019-01-27T16:35:15Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht.

==Examenvragen==
==== 23 Januari 2019 ====
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese)
# Leg cosmide en BAC klonering uit en hoe bepaal je complexiteit van genoombank
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen?
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

==== 31 Augustus 2018 ====
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 24 januari 2018 ====
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

==== 1 september 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

==== 25 januari 2017 VM====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

====januari 2016====
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Chemische Thermodynamica

2019-01-19T08:24:55Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 2 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen.
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.

==Examenvragen==
===18 januari 2019 NM===
Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve
===18 januari 2019 VM===
# Artikel over proteïne
# Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.
# Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G.
# Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.

===14 januari 2019 NM===
# Vuurpomp
# Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt.
#* Wat is de einddruk?
#* Wat is de delta G?
# Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.
#* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen
# Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces
# Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen

===14 januari 2019 VM===
#Vuurpomp
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W.
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm.
#Colligatieve eigenschappen
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof?
#*Bespreek kookpuntsverhoging
#*Bespreek osmose
#Mengsels van vloeistoffen
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)

===1 februari 2018===
#vuurpomp
#vraag over donnanpotentiaal
#vraag over mengsels

===26 januari 2018===
#Proteinevouwing
#Carnot cyclus
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.
#entropie oef
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.

=== 19 januari 2018 ===

#Vuurpomp uitleggen
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken

=== 19 januari 2018===
# Vuurpomp
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor:
#* a. Reversibel
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )
# Beschouw de reactie 3A+2B <=> C+2D.
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)
# Beschouw F(folded) <=> U(unfolded).
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)

=== 15 januari 2018 ===

# Vuurpomp uitleggen
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---> bepaal einddruk en delta G
# Oefening partieel molaire volumes
# Entropie voor fasetransities afleiden
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen

=== 3 februari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering.
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.
# Carnot-cyclus:
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)

=== 27 januari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berkenen
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is
# Kinetisch gasmodel en fotongas

=== 27 januari 2017 VM ===

# Artikel over proteïnen
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatische expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* isochoor proces (weet niet meer exact)
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berekening

=== 20 januari 2017 NM ===

#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.

=== 16 januari 2017 VM ===
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.

=== 22 januari 2016 NM ===
#vuurpomp
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven

=== 15 januari 2016 (VM) ===
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces.
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.
#Bespreek de carnot cyclus.
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.

=== 11 januari 2016 NM ===
Hetzelfde als 11 januari VM

=== 11 januari 2016 VM ===
#vuurpomp (opdracht)
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie

=== 12 januari 2015 (NM) ===

# 1. Dat vuur pomp stuff.
# 2. Bereken tripel punt shit.
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden

=== 17 januari 2014 ===

# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit

=== 28 januari 2013 ===

# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -> CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.

=== 25 januari 2013 ===

# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)

=== 18 januari 2013 ===

# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 3 feb 2012 ===

# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie.
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 27 jan 2012 ===

# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.
# Oefening op entropieverandering
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.
=== 20 jan 2012 VM ===

# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatisch expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen

=== 16 jan 2012 VM ===

# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H & S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm

=== 28 jan 2011 ===

#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)
#Bespreek membraanpotentiaal
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename van het systeem? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (Cv = 5/2R)

=== 21 jan 2011 VM ===
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)
# Oefening over entropieverandering

=== 17 jan 2011 ===

# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-> vl., vl. -> gas en vast -> gas berekenen)
# Oefening over entropieverandering
# Oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 15 jan 2010 ===

# bespreek de adiabatische expansie
# bespreek osmose en geef een toepassing
# oefening over entropieverandering
# oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 11 jan 2010 VM ===
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# ?
# ?

=== 11 jan 2010 NM ===
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.

=== 30 jan 2009 ===
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.
# Kookpuntverhoging.
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.
=== 16 jan 2009 ===
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren
=== 21 jan 2008 ===
# clayperon+ toep. op verdampen
# kookpuntsverhoging bespreken
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.
=== 21 jan 2008 ===
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de membraam potentiaal
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C-->1000Â°C. Cp gegeven
=== 18 jan 2008 ===
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven

=== 14 jan 2008 ===
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof
# osmose bespreken
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R
=== 14 jan 2008 ===
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen
# kookpuntsverhoging bespreken
# CO(g) + H20 (g) => CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma

=== 30 aug 2008 ===
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme exp tegen constante druk
#* adiab exp cte P
#* reversibele isoth exp
#* rev adiab exp
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R
=== 29 jan 2007 ===
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek osmose
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen
# een ideaal gas gaat van T1->T2 en V1-> V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden.
=== 20 jan 2007 ===
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's

=== 19 jan 2007 ===
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma
=== 18 jan 2007 ===
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)
Oefening:
# bereken molecuulmassa van een proteïne
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??

Algemene Natuurkunde II

2018-01-22T15:17:20Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof Wübbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen==
===22 januari 2018 vm===
Zelfde als 15 januari 2018

===19 januari 2018 vm===

Theorie:
#De wet van Biot-Savart
#Verschil tussen intrinsieke en gedopeerde halfgeleider + pn-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2018 vm===

Zie examen 17 januari 2017

Er werd ook nog gevraagd naar ferromagnetisme bij vraag 1

===15 januari 2018 nm===
Theorie:
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld + massaspectrometer en cyclotron uitleggen
#RLC-keten uitleggen
Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10^-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x10^23.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===20 januari 2017 nm===
Theorie:
#Polarisatie toestanden
#Gedopeerde halfgeleiders vs zuivere halfgeleiders en de PN-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen. Potentiaal verschil en Electrisch veld berekenen van R naar oneindig.
#Solenoïde: magnetisch kracht na lange tijd en wanneer is deze half zo groot? (vermogen berekenen en hoeveel procent van het vermogen heeft het de 2e dan verbruikt)

===20 januari 2017 vm===
Theorie:
#Rlc keten uitleggen
#Wet van ampere (tijdsafhankelijk en onafhankelijk)
Oefeningen:
#een bol met 2 stralen en een elektrisch veld waarvan de lading en de potentiaal berekend moeten worden
#de oefening met licht dat door een gat moet op een hoogte van 50mm, gat zelf is 10mm groot en staat op 30 cm van de bron, wat zijn de golflengtes die aankomen bij het gat?

===19 januari 2017 nm===
helemaal hetzelfde als de voormiddag

===19 januari 2017 vm===
Theorie:
#Halfgeleiders (+grafieken temperatuursafhankelijkheid van n-en p-types)
#Biot-savart (eindig en oneindig)

Oefeningen:
#2 bolschillen: potentiaalverschil en capaciteit berekenen
#2 stukjes glas met lichtstraal (zelfde golflengte) erdoor: faseverschil berekenen

=== 17 januari 2017===
Zie examen 18 januari 2016.
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Bijvragen bij de werking van de LASER: wat zijn de eigenschappen van laserlicht? Wat zorgt voor de overgang van niveau 2 naar niveau1?

oefeningen
#oefening van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#micaplaatje

=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van Ampère
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de RLC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroïsme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoïde met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoïde met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoëfficiënt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Metalen en Katalyse

2018-01-15T12:07:41Z

0653470: /* Examenvragen vanaf 2011 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof. Koen Binnemans. Vanaf 2010-2011 worden er geen examenvragen meer gegeven, het examen bestaat louter uit 8 toepassingsvragen, 1 vraag over het boekje "the Periodic Table" en 1 vraag over het periodiek systeem zelf

==Examenvragen vanaf 2011==
===15 Januari 2018===
Praktisch hetzelfde als de vorige (16 januari 2017), sommige vragen beetje aangepast

===16 januari 2017===
#Enkele nikkel complexen zijn gegeven, een octaëder en twee tetraëders, geef aantal ongepaarde electronen.
#Waarom dimeriseert Mn2(CO)10 wel en HMn(CO)5 en V(CO)6 niet?
#Splitsing P-orbitalen in octaëder en vierkant vlak.
#teken 18 kroon 6, H5DTPA, 2,2'-bipiridine, 1,10-fenantroline.
#Substitutie -OH groep zwavelzuur door F, CF3 en NH3, welke is het sterkste en welke is het zwakste?
#meerdere deelvragen over monsanto proces, welke OT, hoeveel valentie elctronen, snelheidsbepalende stap.
#zure, basische en amfofotere oxiden uitleggen + 2 voorbeelden geven.
# latimer diagram O2 --> H2O2 --> H20
#*H2O2 oxidans/reductans?
#*waarom koel bewaren en niet vooraltijd houdbaar?
#*netto reactie van heel diagram geven
#Iets over de Irving-Williams reeks, de trend verklaren

=== 18 januari 2016 NM ===
# Opsplitsen van p-orbitalen bij octaeder en vierkant vlak
# Sterkste Lewiszuur
#* BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl2 en BCl2
#*ScCl3 en LaCl3
#* B(n-bu)3 en B(t-Bu)3
# 18-elektronenregel, 2 structuren tekenen
#Verklaring geven voor ongepaarde elektronen van [Mn(CN)6]-4, [Mn(CO)]2-,[Cr(en)3]2+ en [Fe(ox)3]3-. Aantal ongepaarde elektronen is gegeven.
#Metaal-ligand bespreken
#LaF3, LaBr3, HgS AgF oplosbaarheid bespreken
#aantonen dat edelmetaal als keramische drager beter is dan een dunne folie
#Isomeren scheiden? [Ir(NH3)4Cl2]+, [Cu(NH3)4Cl2]+, [Co(NH3)5Cl]2+, [Co(acac)3]
# waarom Cu(II) nooit een perfecte ocataÃ«der gaat zijn

=== 15 januari 2016 NM ===
# Oef 10 oefenzitting 5
# Co2+ vormt in geconcentreerde HCl een tetraÃ«der [Co(Cl)4]2- Maar Ni2+ vormt in dezelfde omstandigheden geen gelijkaardige tetraÃ«der. Verklaar
# Hoe kan men op basis van het aantal mogelijke geometrische isomeren aantonen dat 6 liganden op een octaÃ«drische manier rond een centraal metaalion worden geschikt?
# Welke reacties komen er voor bij corrosie van ijzer?
# evenwicht naar links of rechts adhv HSAB
#* Li2O+HgS --> Li2S+HgO
#*ZnS+Ag2O --> ZnO+Ag2S
#*CdO+PbS --> CdS+PbO
#* Co2S3+CoO --> Co2O3+CoS
# tekenen en elektronen tellen: oef 8 oefenzitting 7
#
#* oef 10 oefenzitting 8
#*oef 11 oefenzitting 8
# Bespreek Berry-pseudorotatie
# Frost-diagramma's van actaniden gegeven. Bespreek stabiliteit van de oxidatiegetallen, welke trend zie je als je de actaniden afloopt?

=== 11 januari VM ===
#Pourbaix diagramma van mangaan gegeven:
#* wat betekenen de horizontale, verticale en schuine lijnen
#* Is het mogelijk om via een elektrolyse in waterig milieu Mangaanmetaal te verkrijgen
#* wat gebeurt er wanneer we MnO42- aanzuren in een waterig milieu
#* welke vormen van Mn zullen stabiel blijven in waterige oplossing als je dit weet: (Halfreacties H2/H+ en O2/H2O gegeven)
#
#* rangschik volgens stijgende oplosbaarheid, AgCl, AgBr, AgI, AgF en verklaar
#* LiCl zal veel beter oplosbaar zijn dan LiF verklaar
# eddingham diagramma gegeven
#* welke metalen kunnen door middel van reductie van calciummetaal verkregen worden uit datzelfde metaal oxide (vreemd gestelde vraag voor gwn eig te zegge alles wa hoger ligt kan door het onderliggende gereduceerd worden)
#* ...O en ...O hebben een positieve waarde voor delta G wat is het effect hiervan
#* Vanaf welke min. temperatuur kan C zink uit ZnO reduceren
#* verklaar wat de knikken in de rechten zijn
#* wat bepaalt of leg uit waarom er stijgende/dalende/horizontale rechten zijn
# teken volgende liganden:
#* DTPA5-
#* 1,10-fenantroline
#* 18 kroon 6
#* tetraazacyclotetradecaan ( ofzoiets) cyclam
# verklaar waarom het zes gecoordineerd Cu(II) geen ideale octaÃ«der zal vormen.
# Hoe splitsen de 5d3 orbitalen van een kubische structuur op? Verwacht je een high of low spin?
# 18-elektronenregel. Bepaal n
#* Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
# verklaar: katalysator plus kan deze positie van evenwicht verplaatsen, katalysecyclus, omzettingsfrequentie levensduur v katalysator
# Welke eigenschappen maken dat zink zo handig is voor de katalyse

===20 januari 2014===
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#
#*Industriele bereiding aluminium uit bauxiet
#*met ellinghamdiagram: kan calciummetaal aluminiumoxide reduceren?
#Latimer diagram van O2, H2O2, H2O en stel Frost diagram op
#Oef over vormingsconstante
#Fe3+ heeft grotere ionstraal dan Fe2+, verklaring?
#Wat is katalysator, omzettingsfrequentie, selectiviteit, katalysecyclus, levensduur katalysator?
#Ni(hapt.5)2 en Co(hapt.4-C4H4)(hapt.5-C5H5): teken en geef elektronentelling
#Oef 5 van werkzitting 5

===28 januari 2013===
#Hoe verschilt de opsplitsing van de d-orbitalen in een kubisch ligandveld ten opzichte van deze van een octaÃ«drisch kristalveld?
#Identificeer in de volgende reeksen het sterkste Lewiszuur en verklaar:
#*BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl3 en BCl3
#*ScCl3 en LaCl3
#*B(n-Bu)3 en B(t-Bu)3 n-Bu = normaal butyl; t-Bu = tertiair butyl
#Teken de structuur van de volgende complexen en bepaal of ze aan de 18-elektronenregel voldoen:
#*(hapt.3-C3H5)2Ni
#*(hapt.4-C4H4)
#*(hapt.5-C5H5)Co
#Geef een verklaring voor het aantal ongepaarde elektronen waargenomen in de volgende complexen (het aantal ongepaarde elektronen staat vermeld tussen haakjes na het complex):
#*[Mn(CN)6]4- (1)
#*[Mn(CN)6]2- (3)
#*[Cr(en)3]2+ (4)
#*[Fe(ox)3]3- (5)
#Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
#Welke van de volgende verbindingen is goed oplosbaar in water en waarom?: LaF3, LaBr3, HgS, AgF
#Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
#Teken structuren voor de volgende verbindingen (gegeven als brutoformules), door te steunen op het gegeven van het aantal ionen dat het complex bij oplossen in water vormt:
#*PtCl4.6NH3 (5 ionen)
#*PtCl4.5NH3 (4 ionen)
#*PtCl4.3NH3 (2 ionen)
#*PtCl4.2NH3 (geen ionen)
#
#*Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen?
#*Wat is het onderscheid tussen basic en simple substances ?
# PSE

===14 jan 2013 NM===
#Hoe gaan de p-orbitalen zich opsplitsen in een
#*octaÃ«drische veld en
#*vierkant-vlak veld
#Teken de structuur van EDTA4-, 15-kroon-5, 2,2'-bipyridine
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van eht complex in (NH)4[Cu(H2O)6](SO4)2 (vervormde octaÃ«der door Jahn-Teller)
#Oefening 5 van oefenzitting 3
#Geef de cyclus voor de hydroformylering van propeen
#Bepaal n zodat de complexen aan de 18-elektronregel voldoen
#*Fe(CO)n(PPh)3
#*Mo(CO)n(PMe)3
#*W(CO)n(C6H6) met hapiticiteit 6
#Zn(OH) lost op in base, Ca(OH) niet. CaS wordt gehydrolyseerd in water, ZnS niet. Verklaar
#Welke 2 isomeren worden gevormd bij de oxidative additie van het vlak-vierkant complex [IrCl(PMe)3] met Cl2-gas?
# PSE
#*Geef de verschillen in de korte, middellange en lange vorm van het PSE
#*Hoe ziet de left-step table van Janet eruit?
#*Geef de voor- en nadelen van de bovenstaande tabellen

===30 jan 2012 VM===

#Je hebt een ontdekking gedaan van monodentaatliganden die (high/low spin) een kubus vormen. Je hebt een complex type (MLn)2+. Voor welke tweewaardig Metaalionen uit de eerste serie van de transitiemetalen lijkt dit mogelijk? Waarom is het niet eigenlijk helemaal niet mogelijk?
#geef hapticiteit van allyl, benzeen, Cp, 1,3-dibuteen
#Aantal CO in 4 complexen
#Stel een cyclus op voor de hydrogynering van 1-penteen met de Wilkinson katalysator
#CrCl3.(H2O)6 heeft verschillende isomeren. Paarse vorm is elektronisch gelijkaardig actief aan (Co(NH3)6)Cl3. De Groene vorm is initieel minder elektronisch actief, maar wordt even sterk als we een oplossing er van koken (Ã©n kleurt dan ook paars). Als we de groene oplossing titreren met AgNO3 krijg je 1:1 verhouding AgCl:complex. Wat is het groene en wat is het paarse isomeer.
#Leg de Berry-Pseudorotatie uit
#HgS is de belangrijkste bron van Hg2+ in de natuur. Hoe kan je verklaren dat deze onder deze vorm voorkomt, en Cd en Zn (die in de zelfde groep staan) voorkomen als oxiden, sulfaten, silicaten en sulfiden.
#PSE: wat is het verschil tussen de primaire en secundaire classificatie en hoe geeft dit aanleiding tot verschillend mogelijke posities van He in het PSE?
#ELEMENTEN (enkel mondeling): 10 invullen, en een aantal de namen geven (bij mij ALLEEN Lantanide en actinide!!!)
#4 structuren van liganden tekenen
*hexafluoracetylaceton
*12-kroon-4
*2,2'-Bipyridine
*EDTA4-

===29 aug 2011 VM===
#Gegeven spectrochemische reeksen voor liganden en metalen.
*Wanneer je weet dat [Mo(H2O)6]3+ een high-spin complex is, welke uitspraken kan je dan doen over [Mo(ox)3]2-?
*Geef schematisch de opsplitsing van de d-orbitalen weer van 2 octaedrische complexen. Wat kan je verder nog zeggen over de elektronenverdeling in deze complexen als de ligandveldopsplitsingsparameter en de repulsie-energie voor het paren van elektronen gegeven zijn?
#In oplossingen zijn Hf4+ en Zr4+ zeer moeilijk van elkaar te scheiden, mede doordat hun ionstralen bijna exact even groot zijn.
*Hoe kan je dit verklaren (de gelijke ionstralen)?
*Hf4+ vormt 8-gecoÃ¶rdineerde complexen, wat is de coÃ¶rdinatiepolyeder?
*Vormt Hf4+ stabiele complexen met F- en waarom (niet)?
#Beschrijf de energieniveau's van p-orbitalen in een octaÃ«drisch veld en een vierkant-vlak veld.
#3 organometaalcomplexen gegeven. Teken de structuur en voldoen ze aan de 18-elektronenregel?
#Leg uit: Jahn-teller distorsie. 3 complexen, welke ondergaan Jahn-teller distorsie en waarom?
#PSE: Geef eigenschappen, voor- en nadelen van korte versie, middellange versie en lange versie van PSE.
*Geef schematisch de left-step table van Janet weer + voordelen, nadelen en vergelijk met vorige versies.
#Uiteraard PSE

===15 jan 2011 VM===
# Hoe zien de orbitaalenergieen eruit in een kubisch en octaÃ«drisch veld?
# Rangschik volgens grootste zuurheid:
*BF3, BCl3, BBr3
*BeCl2, BCl3
*B(n-Bu)3, B(t-Bu)3 (n-Bu = n-butyl, t-Bu = tert-butyl)
# Wat is de structuur van [Cr(OH2)6]2+?
# Geef de katalytische cyclus van propeen en octacarbonyldikobalt als (pre)katalysator
# Wat is de structuur van trimethylaluminium in de gasfase als je weet dat het dezelfde structuur is als die van aluminiumoxide in de gasfase?
# Drie structuren tekenen. Voldoen ze ook aan 18e- regel?
# Fosfor vindt men onder verschillende vormen (rode, witte, zwarte fosfor). Is dit simple of basic substance? Waarom?
# PSE
----

==Vakinformatie==
Enthousiast gedoceerd door professor Binnemans. Hij geeft zijn examenvragen op voorhand. Het examen is mondeling met een schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen voor 2011==
=== 18 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men Grignardreagentia synthetiseren. Bespreek het Schlenk evenwicht. Op welke manier is dit evenwicht van nut voor de synthese van dialkylmagnesiumverbindingen.
# (a) Beschrijf de karakteristieke eigenschappen van Zn2+ die ervoor zorgen dat dit metaalion beter geschikt is dan andere transitiemetaal-ionen als actief centrum in vele hydrolytische enzymes. (b) Bespreek de werking van het Zn2+-houdend enzyme koolzuuranhydrase (carbonic anhydrase). (c) Als men in carboxypeptidase A Zn2+ door Co2+ vervangt blijft niet alleen de oorspronkelijke activiteit behouden, maar er ontstaat zelfs een nog actiever enzyme. Waarom maakt de Natuur dan niet gebruik van Co2+ in carboxypeptidase A?
# Welke factoren begunstigen de vorming van een complex met een laag coÃ¶rdinatiegetal? Welke factoren leiden tot complexen met een hoog coÃ¶rdinatiegetal?
# Oefening over hapticiteit en uitleggen wat hapticiteit was
# PSE
=== 18 jan 2010 VM ===
# bespreek het HSAB principe
# bespreek de structuur, synthese en eigenschappen van ferroceen
# wat is een katalysator? bespreek de katalysecyclus, de levensduur, TOF, selectiviteit
# bespreek de primaire en secundaire classificatie, welke classificatie gebruikte mendel voor zijn PSE en verklaar de tweezijdige plaatsing van He?
# vul het PSE verder aan

=== 11 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men met behulp van de kristalveldtheorie de trends in het verloop van de ionstraal van metaalionen over de eerste transitiemetaalreeks (3d-reeks) verklaren?
# Hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is? Wat is de Berry-pseudorotatie?
# Bespreek het Wacker-proces.
# Bespreek de drie verschillende plaatsingsmethodologieÃ«n van de lanthaniden en actiniden en verklaar hoe de Madelung regel inzicht verwerft in de huidige accommodatieproblematiek. Welke plaatsing geniet jouw persoonlijke voorkeur ? Op welke manier zouden de lanthaniden geplaatst worden in de tabel indien de belangrijkste oxidatietrap van het element gebruikt zou worden als criterium voor de secundaire classificatie ? Waar staan de lanthaniden en actiniden in de left step table van Janet?
# Vul het PSE aan.

=== 11 jan 2010 VM ===
# Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
# Wat is het nefelauxetisch effect?
# Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
# Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen ? Verklaar hoe verschillende criteria voor de secundaire classificatie aanleiding kunnen geven tot verschillende plaatsingen van helium in het periodiek systeem. Kan men de accommodatie van helium in groep IIA goedspreken op basis van het onderscheid tussen basic en simple substances? Welk criterium voor de secundaire classificatie werd er volgens jou gebruikt bij de constructie van de conventionele tabel van Mendelejev?
# PSE aanvullen + namen van elementen.

=== 30 jan 2009 ===
#Aantonen dat kubus en tetraeder verwant zijn, opsplitsing van de d-orbitalen, verband tussen kristalveldopsplitsingsparameter van kubus en van tetraeder en de factoren die de kristalveldsplitsingsenergie beÃ¯nvloeden
#Wilkinsonkatalysator en al wa daarbij hoort
#Zn2+ in enzymes
#synthese benzine mbv katalysatoren
#PSE

=== 26 jan 2009 NM ===
#Bespreek het Jahn-Teller effect. Bij welke 2+ ionen van 3d reeks is dit te verwachten? (Bijvraag: Welk complex heeft bijna uitsluitend Jahn-Teller distortie? Antwoord: Cu-complexen)
#Welke factoren leiden tot een hoog CG en welke tot een laag? (Bijvraag: geef een complex met CG=1)
#Oefening over zuurheid metaalionen, stabiliteit in lucht en ongepaarrde elektronen.
#Wat is een katalysator? Beinvloedt dit het evenwicht? Bespreek tof, levensduur, cyclus en selectiviteit.
#PSE-spelletje.

=== 26 jan 2009 VM ===
#monsanto proces
#structuur en binding MeLi
#hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is
#oefeningen
##waarom deactiveert CO de reductie van H2 op een pt-oppervlak
##Waarom komen eerder Fe, Mn, Cu voor in redoxenzymes dan Ga, Ca, Zn?
##Titaan vormt bij hoge temperatuur een stabiel nitride met N2. Waarom is het dan inactief als katalysator bij synthese van NH3?
##teken structuur en geef elektronentelling van (n4-C4H4)(n5-C5H5)Co
#PSE

=== 22 jan 2009 ===
#Wacker proces
#verklaren wrm 1 complex labiel is en het andere inert
#cisplatine
#Berry-pseudorotatie
#PSE dus

=== 29 jan 2008 ===
#Bespreek hydroformylering van alkenen
#Jan Teller-effect + bij welke tweewaardige 3d-metalen ?
#Waarom is er geen onderscheid tussen high spin en low spin bij d8, wat bepaald HS/LS bij d4 en hoe kun je experimenteel het ondersheid maken
#Hoe kun je experimenteel zien of tijdens een substitutiereactie van een octaÃ«drisch complex het intermediair een trigonale-bipiramide of een tetragonaal-piramide is?
#PSE

=== 28 jan 2008 ===
#Bespreek het gebruik van cisplatin en analoge verbindingen bij de behandeling van kanker.
#Wat is de Berry-pseudorotatie?
#Vraag over labiel <-> kinetisch inert d4 high spin en low spin complex
#standaardlading van lanthaniden (+III)
##verklaar
##welke lanthaniden zouden ook (+II) en (+IV) kunnen hebbe (stabiel = leeg, half of volle bezetting)

Bio-Organische Chemie

2017-06-15T13:49:43Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.

==Examenvragen==
===15 juni 2017 (voormiddag)===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)
===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoÃ«nolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoÃ«nolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur CysteÃ¯ne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Bio-Organische Chemie

2017-06-15T13:48:55Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.

==Examenvragen==
===15 juni 2017 (voormiddag)===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
1: Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
2: 4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
3: naamgeving van enkele producten na de Ae
4: isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
5: verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
1: gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
2: oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
3: aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
4: enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)
===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoÃ«nolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoÃ«nolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur CysteÃ¯ne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Bio-Organische Chemie

2017-06-15T13:48:23Z

0653470: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.

==Examenvragen==
===15 juni 2017 (voormiddag)===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsacylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

14 Juni 2017 (namiddag)
Mondeling:
1: Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
2: 4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
3: naamgeving van enkele producten na de Ae
4: isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
5: verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
1: gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
2: oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
3: aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
4: enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)
===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoÃ«nolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoÃ«nolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur CysteÃ¯ne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.