Molecular and Developmental Animal Physiology

2018-06-19T14:11:21Z

Alexvhw: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Develop - mental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==
===18/06/2018 NM===
#Briefly explain (3)
##Spemann-Mangold Organizer
##Trophoblast
##Epimorphosis
#Discuss the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Sex determination in fruit fly Drosophila melanogaster (4)
#Metamorphosis in amphibians (4)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2).

5 more points on the oral exercise

===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Advanced biochemistry and biotechnology

2017-02-06T14:56:30Z

Alexvhw: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van ribozymen. Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleÃ¯nezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteÃ¯ne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteÃ¯ne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteÃ¯ne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek â€˜unfolded protein responseâ€™ (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteÃ¯ne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteÃ¯ne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal
===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteÃ¯nesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteÃ¯nesynthese en hemine

Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular and Developmental Animal Physiology

Advanced biochemistry and biotechnology