https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=BC 2026-07-28T09:07:40Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=1079 2018-01-28T10:16:49Z

<p>BC: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #*over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Algemene_Ziekteleer&diff=498 2017-06-18T18:11:33Z

<p>BC: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 14 juni 2017 ===<br /> #Wat is het verband met kanker en inflammatie, kanker en obesitas inflammatie en obesitas.<br /> #Hoe ontstaat koorts, geef enkele voorbeelden en moet koorts behandeld worden?<br /> #De nieren zijn belangrijk bij verschillende pathologieën. Geef het verband met de nieren en acidose, dehydratatie, hypocalcemie, oedeem en hyperkalemie.<br /> #Meerkeuze: Wat is niet belangrijk bij auto-immuunziekten? Wat is niet belangrijk bij pijnfacitilatie? ( A delta vezels)</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Biochemie&diff=497 2017-06-18T13:03:24Z

<p>BC: </p> <hr /> <div>Vakken die worden gedoceerd in de bachelor Biochemie</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Ziekteleer&diff=486 2017-06-16T18:47:33Z

<p>BC: Lege pagina aangemaakt</p> <hr /> <div></div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Biochemie&diff=485 2017-06-16T18:46:55Z

<p>BC: </p> <hr /> <div>Vakken die worden gedoceerd in de bachelor Biochemie<br /> [[Category:Ziekteleer]]</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=324 2017-01-30T19:50:16Z

<p>BC: /* PLANT */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door W. Keulemans en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Beide delen zijn mondeling. Men moet op beide delen minstens een acht op twintig halen om in totaal erdoor te zijn. Tijdens het semester wordt er ook een verplichte excursie georganiseerd naar het technisch zoologisch instituut en better3fruit.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> <br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld<br /> ===14 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie<br /> Tekening van inteelt bij maïs<br /> De vraag van tarwe, bulk, en single-seed<br /> ====DIER====<br /> #Veredelings- en rotatiekruising<br /> #Genetische test voor vruchtbaarheid maken<br /> <br /> ===14 januari 2016 (2)===<br /> ====PLANT====<br /> #heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP <br /> #wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?<br /> # mondeling bespreking over artikel<br /> #verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)<br /> ====DIER====<br /> #schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?<br /> #hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=320 2017-01-30T12:24:22Z

<p>BC: /* PLANT */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door W. Keulemans en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Beide delen zijn mondeling. Men moet op beide delen minstens een acht op twintig halen om in totaal erdoor te zijn. Tijdens het semester wordt er ook een verplichte excursie georganiseerd naar het technisch zoologisch instituut en better3fruit.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per jaar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> <br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld<br /> ===14 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie<br /> Tekening van inteelt bij maïs<br /> De vraag van tarwe, bulk, en single-seed<br /> ====DIER====<br /> #Veredelings- en rotatiekruising<br /> #Genetische test voor vruchtbaarheid maken<br /> <br /> ===14 januari 2016 (2)===<br /> ====PLANT====<br /> #heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP <br /> #wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?<br /> # mondeling bespreking over artikel<br /> #verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)<br /> ====DIER====<br /> #schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?<br /> #hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Celfysiologie&diff=280 2017-01-26T14:21:10Z

<p>BC: /* 2015 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===2015===<br /> #Niet selectief kationenkanaal <br /> #Tekening van insulinesecreterende cel maken met ATP-afhankelijke K-kanalen <br /> #Grafiek van Inet gegeven en gna, gk, Ina en Ik aanvullen en bespreken <br /> #Vergelijk Ca-instroom, AP en contractie (grafiekjes) in hartspiercel en skeletspiercel <br /> #Meerkeuzevragen: Epot berekenen,…<br /> #Geef/Bespreek van gefaciliteerde diffusie, primair en secundair actief transport:<br /> ##de algemene naam voor de eiwitten die hiervoor verantwoordelijk zijn<br /> ##schematisch de algemene werking<br /> ##de naam van een specifiek voorbeeld deze eiwitten<br /> ##een verwante pathologie/ziektebeeld aan dit specifieke eiwit<br /> #Voltage clamp van 0mV naar -68 mV, teken de Ina, Ik, gna, gk, en de gatingsmechanismes die hierbij gebeuren.<br /> #Teken hetzelfde maar dan van +68mV naar -68mV. Waar komen de verschillen door?<br /> #Wat is het effect van myelinisatie op de conductie snelheid van een axon?<br /> #Wat zijn de effecten van demyelinisatie en bij welke ziekte komt dit voor?<br /> #Hoe dragen het calcium niveau en het ATP gebruik van gladde spiercellen bij tot hun vermogen tot tonische contractie? <br /> #3 ionen, 2 permeabel, van beiden EC concentratie: IC concentratie = 100:1, +2 en -2 ladingen. Wat is het Vm?<br /> #Verlengde plateaufase van een cardiaal AP met grafiekjes met kalium stromen eronder. Welke kanaalmutatie kan hiervoor de oorzaak zijn?<br /> #Stroomgrafiekjes bij verschillende voltages van een niet selectief cation kanaal<br /> #Herkennen van stroomgrafiek van inward/outward/normale rectifier<br /> #Waarmee wordt onderzoek naar kinesines gedaan: optogentics, FRAP, optical trapping?<br /> <br /> ===2014===<br /> #bespreek de contractiesnelheid in functie van de kracht voor de verschillende soorten spiercellen(grafiek),rest van de vraag vergeten<br /> #bespreek de excitatie contractie van hartspiercel en skeletspier<br /> #geef drie experimentele evidenties van ca2+ bij hart en skeletspier<br /> #grafiek over I net van zenuwcel wanneer men dit van -68-&amp;gt;0mv doet via voltage clamp en erna terug tot -68mv,maak grafiek van INa,IK,gNa,gK en bespreek het proces gating; wat als we nu van -68-&amp;gt;60mv doen.Geef grafiek +beschrijf de verschillen met vorige vraag<br /> #Bespreek de inhibitie met steroïden op het Na/k atpase-&amp;gt;volledige of lichte<br /> #wat gebeurt er als de permeabiliteit van cl- stijgt gedurende rustpotentiaal/ depolarisatie<br /> #waarvoor dient myelinisatie en wat zijn de gevolgen van demyelinisatie<br /> #iets over de glucose uptake in niertubuli<br /> #wanneer kan aspirine best worden opgenomen bij een ph van 2 of 8 en verklaar.<br /> #Geef een grafiek met concentratie en verduidelijk de permeabiliteit ;k;t van de grafiek van de 2 ph waarden<br /> ===2013===<br /> #Leg uit: E-C koppeling in skeletspieren, van actiepotentiaal in motorneuron tot contractiemechanisme in spier. Leg ook kort het verschil uit in Ca activering tussen hartspieren en skeletspieren. Geef 3 experimentele evidenties. (7 punten)<br /> #Inet grafiek gegeven. Geef de grafieken van gna, gk, Ina, Ik en leg ze uit, m.b.h. van gating, bij -70mV naar 0mV en bij 0mV naar -70mV. Vergelijk die met de situatie naar +68mV (3 punten)<br /> #Insulinesecretie bij hoge glucose uitleggen en waardoor ontstaat hyperinsuline (welke kanalen zijn hiervoor verantwoordelijk)? (1,25 punt)<br /> #Hoe kunnen gladde spiercellen langer hun contractie aanhouden met een laag ATP verbruik? (1,25 punt)<br /> #Wat gebeurt er als je Na/K-ATPase inhibeert? (1,25 punt)<br /> #Grafiek over druk in capillair tussen venule en artiole. Duidt aan in welk gebied er filtratie is en in welk gebied absorptie optreedt. Leg uit hoe oedeem veroorzaakt wordt. (1,25 punt)<br /> #Meerkeuzevragen (zonder giscorrectie) (op 5 punten in totaal)<br /> ##Er is een nieuw organisme ontdekt, de ionenconc zijn voor X2+ en Y2-, beide 100mM extracellulair, 1mM intracellulair. Membraan enkel doorlaatbaar voor Y2-, wat is de nieuwe rustpotentiaal?<br /> ##Diffusie van O2 duurt 1s over een afstand van 1micrometer, hoelang duurt het over 4micrometer?<br /> ##Je verhoogt de extracellulaire concentratie van K+ van 5 naar 40mM, wat gaat het hart doen, versnellen of gelijk blijven (of vertragen?), met verschillende mogelijkheden gegeven.<br /> ##Je hebt extracellulair 5mM K+ en 100mM Na+, intracellulair 100mM K+ en 10mM Na+, membraan is niet specifiek en dus permeabel voor beide ionen, hoe ligt de I/Vm curve?<br /> ##Wat zorgt ervoor dat de burst in insulineproductie stopt?<br /> ##Tot welke concentratie kan een 2Na/1Glucose exancher een concentratie van 100mM glucose doen dalen?<br /> ===2008===<br /> #Bespreek de contractie van de gladde spiercel en de invloed van Calcium<br /> #Bespreek de volgende grafieken ( grafiekjes van de potentiaalklemming)<br /> #nog kleine vraagjes: teken de invloed van EPSP en nog 2 maar die ben ik even vergeten<br /> #Bespreek het actief Ca transport over het membraan<br /> #bespreek kort deze vragen:<br /> ##Iets van intensiteits-duur curve van dieje kikkerzenuw<br /> ##waarom 2 systemen van inhibitie<br /> ###post: reactie<br /> ###pre: invloed<br /> ##Teken de intracellulaire Ca concentratie bij een isotonische contractie van de skeletspier in bij een spiertonus<br /> ##teken een inhibitorische feedback-systeem<br /> #Bespreek aan de hand van de _afbeeldingen de Na+ en K+ stroom bij hodgkin-huxly<br /> ===vorige jaren===<br /> #hodgkin-huxley, potentiaal afhankelijke kanalen, en dan geeft hij de grafiek van de steady state… niet de bedoeling het proces van de poorten de beschrijven maar wel hoe dat het komt dat die grafiek zo een verloop heeft en hoe deze kan worden geconstrueerd vanuit het stroom diagram… hij had daar een onmogelijke constructie gemaakt die hij blijkbaar op simulatie had gezet. (eerste vraag dus grafiek die je moet interpreteren, geen ‘verhaaltje’ vertellen zoals hij zei…)<br /> #bespreek lengte spanning van skeletspier en bespreek hieruit snelheid spanning (geen grafiek gegeven, dus alles zelf doen)<br /> #activatie van het hart en de autonome regeling<br /> #hoe wordt intensiteit duurcurve afgeleid uit de zenuw van dieje kikker… bespreek de methode<br /> ##actief Ca-transport<br /> ##actief Na/K-transport<br /> ##Voortgeleiding actiepotentiaal. Invloed membraan weerstand, celdiameter, myelineschede<br /> ##Bespreek autonoom zenuwstelsel, organisatie, transmitters, receptoren, transductie, invloed cardiovasculair systeem<br /> ##Effect verhoogde extra cell K concentratie op kikkerhart<br /> ##Summatie en tetanos in skeletspier (waarom geen tetanos in hartspier?)<br /> ##vergelijk Na/K transport<br /> #Volgende figuren uit de cursus illustreren belangrijke eigenschappen van de excitatie-contractie koppeling in de hartspier en de skeletspier. Vergelijk aan de hand van deze figuren het mechanisme van excitatie-contractie koppeling in hart en spier. figuren 6 (hoofdstuk MM) volledig voor de skeletspier, figuren 23 (hoofdstuk MM) volledig voor hart, en figuren 24 midden links en links onder.<br /> #Transport doorheen het oppervlaktemembraan<br /> #Bespreek mechanismen van synaptische inhibitie.<br /> #Bespreek het effect van adrenaline op het kikkerhart.</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Statistiek_%26_Data-analyse&diff=109 2017-01-10T08:41:54Z

<p>BC: /* #6 januari 2015 */</p> <hr /> <div> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 januari 2016===<br /> #Juist/fout, Var(bx)=b²Var(x) aantonen<br /> #rekenen met kansen<br /> #Exponentiële verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...<br /> #Hypothesetesten<br /> #R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen<br /> ===6 januari 2015===<br /> #Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:<br /> ##E(Y) = g (E (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g ( Med (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g( E (X)) ?<br /> ##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?<br /> #In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:<br /> ##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?<br /> ##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?<br /> ###Bereken deze kans exact<br /> ###Bereken een benadering van deze kans<br /> ###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?<br /> #Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beïnvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? α = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.<br /> ##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag<br /> ##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.<br /> ##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.<br /> ##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?<br /> ##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?<br /> ##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes<br /> <br /> ===25 januari 2016 (VM)===<br /> ===Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.====<br /> #Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.<br /> #Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?<br /> #Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reëele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)<br /> #We hebben thuis een alarm geïnstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?<br /> #Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriëntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:<br /> ##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriëntatievermogen heeft is 1/7.<br /> ##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.<br /> #Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.<br /> ##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?<br /> ##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?<br /> ##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.<br /> ##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?<br /> #Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en &amp;quot;Overige&amp;quot;, elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.<br /> ##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur (&amp;quot;een jonge snaak&amp;quot; zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.<br /> #Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.<br /> #Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.<br /> #Gegeven: output van summary en anova in R.<br /> ##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F &amp;gt; f) en voor de slope: t-waarde en P(T &amp;gt; t).<br /> ##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfa != 0<br /> ##Geef de regressierechte.<br /> ##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.<br /> ===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:<br /> ##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.<br /> ##er een lineair verband is tussen 2 variabelen<br /> ##een variabale uit een bepaalde verdeling komt<br /> ##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoëfficiënt p en:<br /> ##H0: p=0 vs H1:p=/=0<br /> ##Een p-waarde &amp;lt;alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:<br /> ##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon<br /> ##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y<br /> ##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair<br /> ##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.<br /> #Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.<br /> ##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%<br /> ##Hoeveel % van de studenten is slordig?<br /> ##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?<br /> #Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?<br /> ##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?<br /> ##Bereken de testwaarde<br /> ##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.<br /> ##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.<br /> ##Wat besluit je op basis van de p-waarde?<br /> ##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?<br /> #De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde<br /> ##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.<br /> #Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.<br /> ##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?<br /> ##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, R² kunnen geven + betekenis,...)<br /> <br /> ===27 januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> #een exp (λ) met λ&amp;gt;0 geeft Σxi ~ N(n/λ , n/λ²)<br /> #als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld<br /> #(weet ik niet meer)<br /> #een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.<br /> #Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.<br /> #Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?<br /> #Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.<br /> #Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen<br /> #Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.<br /> #Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cm² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cm².<br /> ##Stel een goede H0 en H1 op<br /> ##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?<br /> ##Geeft de correcte test-statistiek<br /> ##Zoek de P-waarde<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)<br /> ##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==&amp;gt; a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)<br /> ##Stel een goede H0 en H1 hypothese op<br /> ##Welke test statistiek gebruik je?<br /> ##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ===17 Januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> ##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.<br /> ##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)<br /> ##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld<br /> ##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x&amp;gt;7|x&amp;gt;3) = P(x&amp;gt;4)<br /> #Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs en  29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebben  en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.<br /> ##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%<br /> ##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?<br /> ##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?<br /> #Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafégangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.<br /> ##stel de hyphotheses op<br /> ##welke veronderstellingen maak je?<br /> ##welke teststatistiek gebruik je?<br /> ##wat is de T-waarde?<br /> ##wat is de P-waarde?<br /> ##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##maak een voortstelling van de P-waarde<br /> ##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?<br /> ###Voer deze test uit:<br /> ###wat is de T-waarde<br /> ###wat is de P-waarde?<br /> ###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.<br /> <br /> ===20 Januari 2012===<br /> #3 Meerkeuzevragen &amp;amp; uitleggen waarom<br /> ##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --&amp;gt; wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.<br /> ##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --&amp;gt; enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...<br /> ##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:µ(X)=3 vs H1:µ(X)≠3 en/of H0:µ(Y)=sqrt(3) vs H1:µ(Y)≠sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)≠3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)≠sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent<br /> #Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie<br /> #Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=&amp;gt; De vragen hierbij waren:<br /> ##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij<br /> ##Bereken de p-waarde + definitie<br /> ##Teken deze p-waarde op een grafiek<br /> ##Besluit<br /> ##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?<br /> ##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen<br /> ##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.<br /> #Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.<br /> ##Geef het regressiemodel<br /> ##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...<br /> ##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op<br /> ##BI berekenen van de rico<br /> ##definitie BI<br /> ##Aannames + nagaan modelveronderstellingen<br /> <br /> ===18 Januari 2013 (VM)===<br /> #Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.<br /> #Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.<br /> #Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit.<br /> #Ga na of er een verband is tussen de waarden.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit<br /> #Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.<br /> ##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?<br /> ##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?<br /> #Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.<br /> ##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).<br /> ###Geef H0.<br /> ###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ###Geef de P-waarde.<br /> ###Besluit.<br /> ##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?<br /> #Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.<br /> ##Is het een goed model? (of zoiets)<br /> ##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)<br /> ##Wat betekent Std. Error in die lm-functie</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&diff=105 2017-01-06T19:54:15Z

<p>BC: /* 21 januari 2014 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ====januari 2016====<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid<br /> # Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)<br /> #Strategie voor het opstellen van een cosmidebank<br /> # Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist<br /> # Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek<br /> Volckaert: <br /> # Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)<br /> # De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben<br /> # Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt<br /> # structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze<br /> <br /> ===20 januari 2015===<br /> #Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.<br /> #Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.<br /> #Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.<br /> #Kleine vraagjes:<br /> ##Belang van humanisering bij Philia pastoris<br /> ##Definieer de CAPture techniek<br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?<br /> #Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een ‘Strep’-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)<br /> Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5’ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> #Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) <br /> #Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)<br /> ##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)<br /> #Korte vraagjes: Lavigne<br /> ##Bespreek CAPture techniek <br /> ##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering <br /> <br /> ===22 januari 2013=== <br /> #Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp; Clarke. <br /> #Technieken: Okayama &amp;amp; Berg SAGE <br /> #Kleine vragen (Lavigne): <br /> ##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;quot;directed evolution&amp;quot;? <br /> ##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. <br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? <br /> #Situeer ???, ??? en ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was één van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.<br /> <br /> ===6 augustus 2012===<br />  #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) <br /> #twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)<br /> #kleine vraagjes:<br /> ##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) <br /> ##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) <br /> ##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beïnvloedt Tm niet + uitleggen waarom. <br /> ##synthesevraag: biotine-merking bij nucleïnezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)<br /> <br /> ===23 Jan 2012 NM===<br /> #Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli <br /> #Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Co-transformatie bij dieren <br /> ##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture <br /> ##Hot-start PCR Chromosome jumping<br /> <br /> ===31 Jan 2011 NM===<br /> #Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. <br /> #Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. <br /> #Bijvragen:<br /> ##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank <br /> ##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: <br /> ##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren <br /> ##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? <br /> #Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) <br /> #Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?<br /> #Bijvragen: <br /> ##Okayama &amp;amp; Berg <br /> ##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties <br /> #Kleine vragen<br /> ##IPTG sacB <br /> ##Carbon &amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) <br /> ##Guanidiniumzouten<br /> #Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren <br /> #Bijvragen: <br /> ##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen <br /> #Kleine vragen<br /> ##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie <br /> ##URA3 Modeling: pyrosequencing <br /> ##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL<br /> <br /> ===23 aug 2010 VM===<br /> #pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking <br /> #Kleine vragen: <br /> ##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen <br /> ##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg <br /> ##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL<br /> <br /> ===26 jan 2010 VM===<br /> #Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. <br /> #Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? <br /> ##Leg de pSC101 ori uit. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Oclusion body's: wat, wanneer, nut? <br /> ##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? <br /> ##Universele splicing van ssDNA met fokI. <br /> ##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. <br /> ##EtBr en SYBR. <br /> ##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> ##Biotine merking. <br /> ##ZOO blot.<br /> ===25 jan 2010 NM=== <br /> #Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) <br /> #Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectoren voor klonering in gist? <br /> ##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Nested PCR uitleggen. <br /> ##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. <br /> ##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. <br /> ##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? <br /> ##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? <br /> #Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL <br /> #Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie<br /> <br /> ===25 jan 2010 VM===<br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.<br /> #Bijvragen: <br /> ##Fosforamidiet synthesecyclus <br /> ##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? <br /> ##Schets hun gebruik. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Lamba ZAP vector <br /> ##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. <br /> ##Aantal kloons in een genoombank. <br /> ##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem <br /> ##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2010===<br /> #Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. <br /> ##Detailleer elke reactiestap. <br /> ##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. <br /> ##Exonuclease III <br /> ##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. <br /> ##Inverse PCR Mondeling: pMal <br /> ##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector <br /> ##Pyrosequencing<br /> <br /> ===30 jan 2009=== <br /> #fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen<br /> #Bijvragen: <br /> ##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III <br /> #Kleine vragen : <br /> ##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur <br /> #Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap<br /> <br /> ===30 jan 2009===<br /> #Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem<br /> #Bijvragen<br /> ##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese<br /> # Kleine vragen<br /> ##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur <br /> #Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture<br /> <br /> ===27 jan 2009 ===<br /> #replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieën ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA klonering (Gubler &amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp; Berg) <br /> ##chromosoom walking <br /> #Kleine vragen:<br /> ##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) <br /> ##capping in fosforamidiet, wat en waarom <br /> ##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III <br /> #Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing<br /> <br /> ===24 jan 2008===<br /> #Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden <br /> #Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie' <br /> #Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden <br /> #Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese <br /> #Kleine vragen<br /> ##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?<br /> ##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?<br /> ##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR <br /> ##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?<br /> #Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme<br /> <br /> ===23 jan 2008===<br /> #Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. <br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? <br /> ##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is IPTG: structuur, gebruik <br /> ##Wat is de par locus <br /> ##Wat is PNA: structuur <br /> ##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? <br /> #Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2008===<br /> #Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? <br /> #Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?<br /> ##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. <br /> ##Wat zijn de voor- en nadelen? <br /> #Bij-bijvragen: <br /> ##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? <br /> ##Waarvoor staat spi selectie? <br /> ##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? <br /> #Mondeling: RDA Pyrosequencing inteïne verwerking inverse PCR cap selectie<br /> <br /> ===31 jan 2007===<br /> #alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##pyrosequencing <br /> ##cassettemutagenese <br /> #Kleine vragen: <br /> ##verschil southern en western blotting <br /> ##ethidiumbromide, structuur, problemen, <br /> ##gebruik Spi selectie inverse PCR<br /> ##wat is shearing <br /> #Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg<br /> <br /> ===23 jan 2007===<br /> #bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 <br /> #welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren <br /> #Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar <br /> <br /> ===19 jan 2007===<br /> #Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.<br /> #Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. <br /> #Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. <br /> #SV40 vectoren. <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geïnfecteerd kan worden door M13. <br /> ##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. <br /> #Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&lt;</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&diff=104 2017-01-06T19:53:51Z

<p>BC: /* 21 januari 2014 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ====januari 2016====<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid<br /> # Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)<br /> #Strategie voor het opstellen van een cosmidebank<br /> # Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist<br /> # Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek<br /> Volckaert: <br /> # Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)<br /> # De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben<br /> # Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt<br /> # structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze<br /> <br /> ===20 januari 2015===<br /> #Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.<br /> #Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.<br /> #Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.<br /> #Kleine vraagjes:<br /> ##Belang van humanisering bij Philia pastoris<br /> ##Definieer de CAPture techniek<br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?<br /> #Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een ‘Strep’-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)<br /> Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5’ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> #Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) <br /> #Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)<br /> ##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)<br /> #Korte vraagjes: Lavigne<br /> ##Bespreek CAPture techniek <br /> ##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering <br /> ===22 januari 2013=== <br /> #Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp; Clarke. <br /> #Technieken: Okayama &amp;amp; Berg SAGE <br /> #Kleine vragen (Lavigne): <br /> ##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;quot;directed evolution&amp;quot;? <br /> ##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. <br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? <br /> #Situeer ???, ??? en ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was één van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.<br /> <br /> ===6 augustus 2012===<br />  #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) <br /> #twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)<br /> #kleine vraagjes:<br /> ##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) <br /> ##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) <br /> ##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beïnvloedt Tm niet + uitleggen waarom. <br /> ##synthesevraag: biotine-merking bij nucleïnezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)<br /> <br /> ===23 Jan 2012 NM===<br /> #Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli <br /> #Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Co-transformatie bij dieren <br /> ##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture <br /> ##Hot-start PCR Chromosome jumping<br /> <br /> ===31 Jan 2011 NM===<br /> #Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. <br /> #Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. <br /> #Bijvragen:<br /> ##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank <br /> ##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: <br /> ##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren <br /> ##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? <br /> #Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) <br /> #Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?<br /> #Bijvragen: <br /> ##Okayama &amp;amp; Berg <br /> ##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties <br /> #Kleine vragen<br /> ##IPTG sacB <br /> ##Carbon &amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) <br /> ##Guanidiniumzouten<br /> #Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren <br /> #Bijvragen: <br /> ##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen <br /> #Kleine vragen<br /> ##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie <br /> ##URA3 Modeling: pyrosequencing <br /> ##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL<br /> <br /> ===23 aug 2010 VM===<br /> #pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking <br /> #Kleine vragen: <br /> ##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen <br /> ##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg <br /> ##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL<br /> <br /> ===26 jan 2010 VM===<br /> #Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. <br /> #Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? <br /> ##Leg de pSC101 ori uit. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Oclusion body's: wat, wanneer, nut? <br /> ##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? <br /> ##Universele splicing van ssDNA met fokI. <br /> ##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. <br /> ##EtBr en SYBR. <br /> ##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> ##Biotine merking. <br /> ##ZOO blot.<br /> ===25 jan 2010 NM=== <br /> #Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) <br /> #Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectoren voor klonering in gist? <br /> ##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Nested PCR uitleggen. <br /> ##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. <br /> ##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. <br /> ##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? <br /> ##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? <br /> #Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL <br /> #Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie<br /> <br /> ===25 jan 2010 VM===<br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.<br /> #Bijvragen: <br /> ##Fosforamidiet synthesecyclus <br /> ##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? <br /> ##Schets hun gebruik. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Lamba ZAP vector <br /> ##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. <br /> ##Aantal kloons in een genoombank. <br /> ##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem <br /> ##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2010===<br /> #Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. <br /> ##Detailleer elke reactiestap. <br /> ##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. <br /> ##Exonuclease III <br /> ##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. <br /> ##Inverse PCR Mondeling: pMal <br /> ##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector <br /> ##Pyrosequencing<br /> <br /> ===30 jan 2009=== <br /> #fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen<br /> #Bijvragen: <br /> ##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III <br /> #Kleine vragen : <br /> ##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur <br /> #Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap<br /> <br /> ===30 jan 2009===<br /> #Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem<br /> #Bijvragen<br /> ##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese<br /> # Kleine vragen<br /> ##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur <br /> #Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture<br /> <br /> ===27 jan 2009 ===<br /> #replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieën ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA klonering (Gubler &amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp; Berg) <br /> ##chromosoom walking <br /> #Kleine vragen:<br /> ##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) <br /> ##capping in fosforamidiet, wat en waarom <br /> ##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III <br /> #Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing<br /> <br /> ===24 jan 2008===<br /> #Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden <br /> #Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie' <br /> #Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden <br /> #Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese <br /> #Kleine vragen<br /> ##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?<br /> ##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?<br /> ##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR <br /> ##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?<br /> #Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme<br /> <br /> ===23 jan 2008===<br /> #Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. <br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? <br /> ##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is IPTG: structuur, gebruik <br /> ##Wat is de par locus <br /> ##Wat is PNA: structuur <br /> ##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? <br /> #Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2008===<br /> #Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? <br /> #Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?<br /> ##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. <br /> ##Wat zijn de voor- en nadelen? <br /> #Bij-bijvragen: <br /> ##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? <br /> ##Waarvoor staat spi selectie? <br /> ##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? <br /> #Mondeling: RDA Pyrosequencing inteïne verwerking inverse PCR cap selectie<br /> <br /> ===31 jan 2007===<br /> #alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##pyrosequencing <br /> ##cassettemutagenese <br /> #Kleine vragen: <br /> ##verschil southern en western blotting <br /> ##ethidiumbromide, structuur, problemen, <br /> ##gebruik Spi selectie inverse PCR<br /> ##wat is shearing <br /> #Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg<br /> <br /> ===23 jan 2007===<br /> #bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 <br /> #welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren <br /> #Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar <br /> <br /> ===19 jan 2007===<br /> #Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.<br /> #Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. <br /> #Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. <br /> #SV40 vectoren. <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geïnfecteerd kan worden door M13. <br /> ##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. <br /> #Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&lt;</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&diff=103 2017-01-06T18:23:21Z

<p>BC: /* januari 2016 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ====januari 2016====<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid<br /> # Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)<br /> #Strategie voor het opstellen van een cosmidebank<br /> # Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist<br /> # Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek<br /> Volckaert: <br /> # Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)<br /> # De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben<br /> # Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt<br /> # structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze<br /> <br /> ===20 januari 2015===<br /> #Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.<br /> #Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.<br /> #Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.<br /> #Kleine vraagjes:<br /> ##Belang van humanisering bij Philia pastoris<br /> ##Definieer de CAPture techniek<br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?<br /> #Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een ‘Strep’-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)<br /> Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5’ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> #Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) <br /> #Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)<br /> ##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)<br /> #Korte vraagjes: Lavigne<br /> ##Bespreek CAPture techniek <br /> ##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering <br /> ===22 januari 2013=== <br /> #Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp; Clarke. <br /> #Technieken: Okayama &amp;amp; Berg SAGE <br /> #Kleine vragen (Lavigne): <br /> ##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;quot;directed evolution&amp;quot;? <br /> ##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. <br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? <br /> #Situeer ???, ??? en ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was één van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.<br /> <br /> ===6 augustus 2012===<br />  #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) <br /> #twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)<br /> #kleine vraagjes:<br /> ##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) <br /> ##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) <br /> ##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beïnvloedt Tm niet + uitleggen waarom. <br /> ##synthesevraag: biotine-merking bij nucleïnezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)<br /> <br /> ===23 Jan 2012 NM===<br /> #Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli <br /> #Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Co-transformatie bij dieren <br /> ##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture <br /> ##Hot-start PCR Chromosome jumping<br /> <br /> ===31 Jan 2011 NM===<br /> #Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. <br /> #Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. <br /> #Bijvragen:<br /> ##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank <br /> ##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: <br /> ##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren <br /> ##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? <br /> #Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) <br /> #Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?<br /> #Bijvragen: <br /> ##Okayama &amp;amp; Berg <br /> ##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties <br /> #Kleine vragen<br /> ##IPTG sacB <br /> ##Carbon &amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) <br /> ##Guanidiniumzouten<br /> #Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren <br /> #Bijvragen: <br /> ##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen <br /> #Kleine vragen<br /> ##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie <br /> ##URA3 Modeling: pyrosequencing <br /> ##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL<br /> <br /> ===23 aug 2010 VM===<br /> #pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking <br /> #Kleine vragen: <br /> ##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen <br /> ##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg <br /> ##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL<br /> <br /> ===26 jan 2010 VM===<br /> #Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. <br /> #Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? <br /> ##Leg de pSC101 ori uit. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Oclusion body's: wat, wanneer, nut? <br /> ##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? <br /> ##Universele splicing van ssDNA met fokI. <br /> ##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. <br /> ##EtBr en SYBR. <br /> ##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> ##Biotine merking. <br /> ##ZOO blot.<br /> ===25 jan 2010 NM=== <br /> #Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) <br /> #Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectoren voor klonering in gist? <br /> ##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Nested PCR uitleggen. <br /> ##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. <br /> ##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. <br /> ##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? <br /> ##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? <br /> #Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL <br /> #Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie<br /> <br /> ===25 jan 2010 VM===<br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.<br /> #Bijvragen: <br /> ##Fosforamidiet synthesecyclus <br /> ##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? <br /> ##Schets hun gebruik. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Lamba ZAP vector <br /> ##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. <br /> ##Aantal kloons in een genoombank. <br /> ##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem <br /> ##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2010===<br /> #Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. <br /> ##Detailleer elke reactiestap. <br /> ##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. <br /> ##Exonuclease III <br /> ##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. <br /> ##Inverse PCR Mondeling: pMal <br /> ##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector <br /> ##Pyrosequencing<br /> <br /> ===30 jan 2009=== <br /> #fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen<br /> #Bijvragen: <br /> ##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III <br /> #Kleine vragen : <br /> ##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur <br /> #Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap<br /> <br /> ===30 jan 2009===<br /> #Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem<br /> #Bijvragen<br /> ##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese<br /> # Kleine vragen<br /> ##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur <br /> #Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture<br /> <br /> ===27 jan 2009 ===<br /> #replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieën ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA klonering (Gubler &amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp; Berg) <br /> ##chromosoom walking <br /> #Kleine vragen:<br /> ##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) <br /> ##capping in fosforamidiet, wat en waarom <br /> ##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III <br /> #Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing<br /> <br /> ===24 jan 2008===<br /> #Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden <br /> #Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie' <br /> #Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden <br /> #Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese <br /> #Kleine vragen<br /> ##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?<br /> ##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?<br /> ##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR <br /> ##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?<br /> #Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme<br /> <br /> ===23 jan 2008===<br /> #Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. <br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? <br /> ##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is IPTG: structuur, gebruik <br /> ##Wat is de par locus <br /> ##Wat is PNA: structuur <br /> ##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? <br /> #Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2008===<br /> #Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? <br /> #Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?<br /> ##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. <br /> ##Wat zijn de voor- en nadelen? <br /> #Bij-bijvragen: <br /> ##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? <br /> ##Waarvoor staat spi selectie? <br /> ##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? <br /> #Mondeling: RDA Pyrosequencing inteïne verwerking inverse PCR cap selectie<br /> <br /> ===31 jan 2007===<br /> #alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##pyrosequencing <br /> ##cassettemutagenese <br /> #Kleine vragen: <br /> ##verschil southern en western blotting <br /> ##ethidiumbromide, structuur, problemen, <br /> ##gebruik Spi selectie inverse PCR<br /> ##wat is shearing <br /> #Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg<br /> <br /> ===23 jan 2007===<br /> #bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 <br /> #welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren <br /> #Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar <br /> <br /> ===19 jan 2007===<br /> #Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.<br /> #Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. <br /> #Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. <br /> #SV40 vectoren. <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geïnfecteerd kan worden door M13. <br /> ##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. <br /> #Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&lt;</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&diff=102 2017-01-06T18:22:42Z

<p>BC: /* 20 januari 2015 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ====januari 2016====<br /> # Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid<br /> # Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)<br /> Strategie voor het opstellen van een cosmidebank<br /> # Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist<br /> # Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek<br /> Volckaert: <br /> # Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)<br /> # De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben<br /> # Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt<br /> # structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze<br /> <br /> <br /> ===20 januari 2015===<br /> #Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.<br /> #Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.<br /> #Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.<br /> #Kleine vraagjes:<br /> ##Belang van humanisering bij Philia pastoris<br /> ##Definieer de CAPture techniek<br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?<br /> #Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een ‘Strep’-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)<br /> Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5’ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> #Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) <br /> #Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)<br /> ##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)<br /> #Korte vraagjes: Lavigne<br /> ##Bespreek CAPture techniek <br /> ##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering <br /> ===22 januari 2013=== <br /> #Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp; Clarke. <br /> #Technieken: Okayama &amp;amp; Berg SAGE <br /> #Kleine vragen (Lavigne): <br /> ##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;quot;directed evolution&amp;quot;? <br /> ##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. <br /> ##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? <br /> #Situeer ???, ??? en ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was één van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.<br /> <br /> ===6 augustus 2012===<br />  #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) <br /> #twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)<br /> #kleine vraagjes:<br /> ##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) <br /> ##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) <br /> ##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beïnvloedt Tm niet + uitleggen waarom. <br /> ##synthesevraag: biotine-merking bij nucleïnezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)<br /> <br /> ===23 Jan 2012 NM===<br /> #Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli <br /> #Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Co-transformatie bij dieren <br /> ##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture <br /> ##Hot-start PCR Chromosome jumping<br /> <br /> ===31 Jan 2011 NM===<br /> #Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. <br /> #Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. <br /> #Bijvragen:<br /> ##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank <br /> ##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: <br /> ##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren <br /> ##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? <br /> #Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) <br /> #Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?<br /> #Bijvragen: <br /> ##Okayama &amp;amp; Berg <br /> ##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties <br /> #Kleine vragen<br /> ##IPTG sacB <br /> ##Carbon &amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) <br /> ##Guanidiniumzouten<br /> #Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE<br /> <br /> ===17 Jan 2011 VM===<br /> #Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren <br /> #Bijvragen: <br /> ##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen <br /> #Kleine vragen<br /> ##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie <br /> ##URA3 Modeling: pyrosequencing <br /> ##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL<br /> <br /> ===23 aug 2010 VM===<br /> #pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking <br /> #Kleine vragen: <br /> ##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen <br /> ##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg <br /> ##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL<br /> <br /> ===26 jan 2010 VM===<br /> #Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. <br /> #Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? <br /> ##Leg de pSC101 ori uit. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Oclusion body's: wat, wanneer, nut? <br /> ##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? <br /> ##Universele splicing van ssDNA met fokI. <br /> ##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. <br /> ##EtBr en SYBR. <br /> ##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> ##Biotine merking. <br /> ##ZOO blot.<br /> ===25 jan 2010 NM=== <br /> #Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) <br /> #Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke vectoren voor klonering in gist? <br /> ##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Nested PCR uitleggen. <br /> ##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. <br /> ##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. <br /> ##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? <br /> ##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? <br /> #Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL <br /> #Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie<br /> <br /> ===25 jan 2010 VM===<br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.<br /> #Bijvragen: <br /> ##Fosforamidiet synthesecyclus <br /> ##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? <br /> ##Schets hun gebruik. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Lamba ZAP vector <br /> ##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. <br /> ##Aantal kloons in een genoombank. <br /> ##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem <br /> ##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2010===<br /> #Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. <br /> ##Detailleer elke reactiestap. <br /> ##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. <br /> ##Exonuclease III <br /> ##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. <br /> ##Inverse PCR Mondeling: pMal <br /> ##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector <br /> ##Pyrosequencing<br /> <br /> ===30 jan 2009=== <br /> #fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen<br /> #Bijvragen: <br /> ##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III <br /> #Kleine vragen : <br /> ##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur <br /> #Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap<br /> <br /> ===30 jan 2009===<br /> #Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem<br /> #Bijvragen<br /> ##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese<br /> # Kleine vragen<br /> ##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur <br /> #Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture<br /> <br /> ===27 jan 2009 ===<br /> #replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieën ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen <br /> #Bijvragen: <br /> ##cDNA klonering (Gubler &amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp; Berg) <br /> ##chromosoom walking <br /> #Kleine vragen:<br /> ##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) <br /> ##capping in fosforamidiet, wat en waarom <br /> ##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III <br /> #Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing<br /> <br /> ===24 jan 2008===<br /> #Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden <br /> #Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie' <br /> #Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden <br /> #Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese <br /> #Kleine vragen<br /> ##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?<br /> ##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?<br /> ##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR <br /> ##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?<br /> #Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme<br /> <br /> ===23 jan 2008===<br /> #Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. <br /> #Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? <br /> ##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode <br /> #Kleine vragen: <br /> ##Wat is IPTG: structuur, gebruik <br /> ##Wat is de par locus <br /> ##Wat is PNA: structuur <br /> ##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? <br /> #Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein<br /> <br /> ===14 jan 2008===<br /> #Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? <br /> #Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) <br /> #Bijvragen: <br /> ##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?<br /> ##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. <br /> ##Wat zijn de voor- en nadelen? <br /> #Bij-bijvragen: <br /> ##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? <br /> ##Waarvoor staat spi selectie? <br /> ##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? <br /> #Mondeling: RDA Pyrosequencing inteïne verwerking inverse PCR cap selectie<br /> <br /> ===31 jan 2007===<br /> #alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. <br /> #Middelgrote vragen: <br /> ##pyrosequencing <br /> ##cassettemutagenese <br /> #Kleine vragen: <br /> ##verschil southern en western blotting <br /> ##ethidiumbromide, structuur, problemen, <br /> ##gebruik Spi selectie inverse PCR<br /> ##wat is shearing <br /> #Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg<br /> <br /> ===23 jan 2007===<br /> #bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 <br /> #welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren <br /> #Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar <br /> <br /> ===19 jan 2007===<br /> #Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.<br /> #Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. <br /> #Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. <br /> #SV40 vectoren. <br /> #Kleine vragen:<br /> ##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geïnfecteerd kan worden door M13. <br /> ##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. <br /> #Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&lt;</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=101 2017-01-05T19:30:54Z

<p>BC: /* DIER */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld<br /> ===14 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie<br /> Tekening van inteelt bij maïs<br /> De vraag van tarwe, bulk, en single-seed<br /> ====DIER====<br /> #Veredelings- en rotatiekruising<br /> #Genetische test voor vruchtbaarheid maken<br /> <br /> ===14 januari 2016 (2)===<br /> ====PLANT====<br /> #heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP <br /> #wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?<br /> # mondeling bespreking over artikel<br /> #verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)<br /> ====DIER====<br /> #schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?<br /> #hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=100 2017-01-05T19:30:14Z

<p>BC: /* 21 januari 2016 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld<br /> ===14 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie<br /> Tekening van inteelt bij maïs<br /> De vraag van tarwe, bulk, en single-seed<br /> ====DIER====<br /> Veredelings- en rotatiekruising<br /> Genetische test voor vruchtbaarheid maken<br /> <br /> ===14 januari 2016 (2)===<br /> ====PLANT====<br /> #heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP <br /> #wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?<br /> # mondeling bespreking over artikel<br /> #verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)<br /> ====DIER====<br /> #schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?<br /> #hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.</div>

BC https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=99 2017-01-05T10:48:50Z

<p>BC: /* DIER */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld</div>

BC