Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Immunological Biotechnology

2020-08-24T07:11:19Z

Basvh2112: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.

==Examenvragen==
=== 24 augustus 2020 ===
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.

=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)
#* laatste vergeten
=== 24 januari 2020 ===
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)

=== 17 januari 2020 ===
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen
# Figuur Gelelektroforese van Germaine DNA en B-cell DNA
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):

=== 16 januari 2020 ===
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)
# Figuur: Experiment met nude en scid muis
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor
=== 13 januari 2020 ===
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen
# True/false vragen (+ één multiple choice):
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.

=== 28 januari 2019 ===
voor en namiddag hadden dezelfde vragen

# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren.
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.

===18/01/2019 NM===
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen
# MC en juist fout vragen:
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)

===17/01/2019 NM===
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie

===14 januari 2019 NM===
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout

===23 augustus 2018 VM===
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Dynamische Biochemie

2020-06-19T14:28:24Z

Basvh2112: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===19 juni 2020 ===
#Hoe kan je experimenteel de kinetiek parameters bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de volledige metabolsiche afrbraak van een lipide (2 verzadigde en 1 onverzadigd vetzuur)
#Begrippen
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##ATP homeostase

===12 juni 2020 VM===
#leg uit hoe proteinen interageren met het membraam. leg uit met schema en diguren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020 namiddag===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019 namiddag===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Bioinformatica en Modelering

2020-06-09T09:44:41Z

Basvh2112: /* 8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona) */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

==Examenvragen==
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*?
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Moleculaire Biologie

2019-09-04T18:57:47Z

Basvh2112: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.

==Examenvragen==

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Dynamische Biochemie

2019-08-24T13:15:16Z

Basvh2112: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===23 augustus 2019 namiddag===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Celbiologie en biochemie

2018-06-27T08:42:34Z

Basvh2112: /* Examenvragen vanaf 2013 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.
Vanaf 2009-2010: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak.
De chemisten hebben dus examen in januari en juni, de biochemisten enkel in juni.
Tussen 2007-2009: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak.
Voor 2006-2007: Semestervak, gedoceerd door Johan Thevelein.

==Examenvragen vanaf 2013==
===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine en nog 2 andere
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.

Grondslagen van de Chemie

2018-01-17T10:28:58Z

Basvh2112: /* 17 januari 2018 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door professor <s>Koen Clays</s> <s>Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)</s> Koen Clays

==Examenvragen==

=== 17 januari 2018 ===
Theorie
# Hoe kan de snelheid van de reactie beïnvloed worden? Verandert dan ook de ligging van het evenwicht van de reactie? /6
# Welke factoren bepalen of een molecule al dan niet een permanent dipoolmoment bezit? Geef duidelijke voorbeelden. /4

Oefeningen
# Je wilt 42.72 g Fe(OH)3 oplossen in water tot een eindvolume van 500 mL. Bereken welke concentratie waterstoffluoride (HF) er nodig is om ervoor te zorgen dat Fe(OH)3 niet neerslaat. /3
# Stel de correcte redoxreactie op van de koppels Br2/Br^- en AsO4^3-/AsO2^-. Toon aan met berekeningen dat het over een aflopende reactie gaat bij kamertemperatuur (25°C) /3

=== 16 januari 2018 ===
Theorie
# Bespreek de reactie van chloor in base. Geef een belangrijke toepassing.
# Vergelijk de ideale gaswet met de van der Waalsvergelijking voor reële gassen en bespreek de trend in co-volume b en cohesiedruk a (BOD p.141) voor H2, N2, CO2 en C4H10

=== 15 januari 2018 namiddag ===
Theorie
# BOD tabel 6.2, reactie 8: stel een mogelijk reactiemachanisme voor
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer

Oefeningen
# bepaal de baseconstante van MnO4^2- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels
# lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van 2 moleculen

=== 15 januari 2018 namiddag ===
(examen voor gedeeltelijke vrijstelling, enkel vragen deel E)

Theorie
# Wat zijn de drijvende krachten bij een complexatiereactie? Toon aan met goed gekozen voorbeelden, en leg uit aan de hand van de kenmerken van een hoge stabiliteitsconstante. /4
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer. /6

Oefeningen
# Bepaal de baseconstante van MnO4^2- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels /3
# Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.530M ammoniakoplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3 (Toepassing neerslag & complexatie)

=== 1 september 2017 ===
Theorie
#Waarom zijn er diagonaalrelaties? Geef voorbeelden van chemische eigenschappen die gebruikt worden in chemische reacties. /5
#Geef het verband tussen de redoxpotentiaal van een redoxhalfreactie en de evenwichtconstante van de gehele reactie. Geef ook de gevolgen. /5

Oefeningen
#Berekenen of er neerslagvorming optreedt.
#Vrijgekomen warmte en energie uit een reactie berekenen.
=== 25 Augustus 2017 ===
Theorie
#Vergelijk het verschil van de invloed van temperatuur op de reactiesnelheid en het evenwicht - zowel in formulevorm als grafisch /6
k & K afleiden en grafisch weergeven met resp. ln k ~ 1/T en ln K ~ 1/T (voor dH>0 en dH<0)

#Welke chemisch relevante eigenschappen van atomen kan je afleiden van de positie in het periodiek systeem? /4
Zuur-base; oxidans-reductans (+verband), ... (atomen, niet ionen van het element!)

Oefeningen
#Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.53M ammonium oplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3
(Toepassing neerslag & complexatie)

#Redoxreactie van SO4^2-(aq)/SO3^2-(aq)- en MnO4-(aq)/MnO(v). /3

=== 21 Augustus 2017 ===
Theorie
#Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6
'''concentratie wijzigen'''
principe van Le Chatelier
hogere concentratie -> meer kans op botsingen -> sneller

'''druk wijzigen'''
bij drukverhoging -> daalt volume -> c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)
bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij delta(N) = (Nproducten - Nreagentia) negetief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)

'''temperatuur wijzigen'''
Kev is temperatuursafhankelijk -> delta(G) =-RT.ln(K) <-> ln(k)=-delta(H)/RT +delta(S)/R (teken grafiek 1/T met ln(k))
endo -> hoge T is gunstig
exo -> lage T is gunstig

#Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4
ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,
aangezien dit niet stabiel is.
gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren
(Ksp en 1/Kst vergelijken -> de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)

Oefeningen
#Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICL3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3
#Leid de Kb af van (AsO2)- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3

=== 24 januari 2017 ===
Theorie
#Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6
#Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3
#correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3

=== 23 januari 2017 ===
Theorie
#Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4
#Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6

Oefeningen
#Roosterenergie berekenen /2.5
#concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5

=== 18 januari 2017 ===
VM
Theorie
#Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4
#Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6

Oefeningen
#pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3
#een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3

=== 17 januari 2017 ===
Theorie
#Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?
#Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.
#Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.

=== 16 januari 2017 ===
Theorie
#Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken
#Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)

Oefeningen
#Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt
#Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C

=== XX Augustus 2016 ===
Theorie:
#Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?
#Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)

Oefeningen
#Random oefening uit oefenzitting
#Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu

===XX januari 2016===
Theorie:
#Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)
#Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken

oefeningen:
#Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base
#nog een oefening
=== 11 januari 2016 ===
#Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden
#bij welke reactie is quenching van toepassing?

===XX januari 2016===
Theorie:
#heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan
#loodbatterij

===12 januarie 2016===
#Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport
#het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden
#bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0
#andere grafisch de orde enzo bepalen

===10 JAN 2014===
Theorie:
#Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.
#Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H2O2 -> I2 + H2O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was.
#Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt.
#Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.

Oefeningen.
#Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.
#Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.

===11 JAN 2013===
Theorie:
# Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiÃ«le principes toe.
# Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?

Oefeningen:
# CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.
# Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.

===3 FEB 2012 NM===
# Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit.
#* Geef het verband hiervan met pH- titratie
#* Is bloed een goede buffer ? Verklaar.
# Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.

===30 JAN 2012 NM===
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Broom in base.

===30 JAN 2012 VM===
# Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?
# Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af

===24 JAN 2012 VM===
# hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden
# vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al

===23 JAN 2012 NM===
# staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie
# welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen

===23 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout.

===20 JAN 2012 NM===
Theorie :
# geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?
# iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof
Oefeningen :
# van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen
# berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik

===20 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn
# Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante

===1 FEB 2011===
Theorie:
# Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)
# Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)
Oefeningen:
# P4 + BR2 => PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)
# en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)

=== 1 sep 2010 ===
Theorie:
# Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.
# Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.
Oefingen:
# Oplosbaarheid
# Enthalpie & Entropie

===28 jan 2010===
# bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6)
# bespreek "quenching" en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4)

oefeningen:
# bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming)
# een reactie difluor en diwaterstof -> 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?

===26 jan 2010===
# vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)
# welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)
oefeningen:
# Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (EÂ°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)
# Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)

=== jan 2010 ===
Mondeling:
# Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.
# Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.
Schriftelijk:
# Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?
#*H2(g) + Cl2(g) <=> 2HCl(g)
# Bereken de Kb van IO-, uitgaande van
#*IO3-(aq) / HIO(l) EÂ° = 1,13V
#*IO3-(aq) / IO-(aq) EÂ° = 0,15V

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Wat is een dipoolmoment?
# Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?
Schriftelijk:
# Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)
# Nog zo'n oefening in die aard.

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.
# Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?
# Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.
# Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45Â°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 1 feb 2008 ===
Mondeling:
# Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?
# Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45Â°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 25 jan 2008 ===
Mondeling:
# Leg uit wat tautomerie is + vb.
# Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van "piranaha-zuur" (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?
Schriftelijk:
# men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?
# Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op?
#* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)
#* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68Â°C.

=== 15 jan 2007 ===
Mondeling:
# geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar
# geef verband pH en redoxpotentiaal
Schriftelijk:
# bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen
# oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)

Grondslagen van de Chemie

2018-01-17T10:28:34Z

Basvh2112: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door professor <s>Koen Clays</s> <s>Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)</s> Koen Clays

==Examenvragen==

=== 17 januari 2018 ===
Theorie
# Hoe kan de snelheid van de reactie beïnvloed worden? Verandert dan ook de ligging van het evenwicht van de reactie? /6
# Welke factoren bepalen of een molecule al dan niet een permanent dipoolmoment bezit? Geef duidelijke voorbeelden. /4

Oefeningen
# Je wilt 42.72 g Fe(OH)3 oplossen in water tot een eindvolume van 500 mL. Bereken welke concentratie waterstoffluoride (HF) er nodig is om ervoor te zorgen dat Fe(OH)3 niet neerslaat. /3
# Stel de correcte redoxreactie op van de koppels Br2/Br^- en AsO4^3-/AsO2^-. Toon aan met berekeningen dat het over een aflopende reactie gaat bij kamertemperatuur (25°C)

=== 16 januari 2018 ===
Theorie
# Bespreek de reactie van chloor in base. Geef een belangrijke toepassing.
# Vergelijk de ideale gaswet met de van der Waalsvergelijking voor reële gassen en bespreek de trend in co-volume b en cohesiedruk a (BOD p.141) voor H2, N2, CO2 en C4H10

=== 15 januari 2018 namiddag ===
Theorie
# BOD tabel 6.2, reactie 8: stel een mogelijk reactiemachanisme voor
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer

Oefeningen
# bepaal de baseconstante van MnO4^2- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels
# lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van 2 moleculen

=== 15 januari 2018 namiddag ===
(examen voor gedeeltelijke vrijstelling, enkel vragen deel E)

Theorie
# Wat zijn de drijvende krachten bij een complexatiereactie? Toon aan met goed gekozen voorbeelden, en leg uit aan de hand van de kenmerken van een hoge stabiliteitsconstante. /4
# Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer. /6

Oefeningen
# Bepaal de baseconstante van MnO4^2- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels /3
# Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.530M ammoniakoplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3 (Toepassing neerslag & complexatie)

=== 1 september 2017 ===
Theorie
#Waarom zijn er diagonaalrelaties? Geef voorbeelden van chemische eigenschappen die gebruikt worden in chemische reacties. /5
#Geef het verband tussen de redoxpotentiaal van een redoxhalfreactie en de evenwichtconstante van de gehele reactie. Geef ook de gevolgen. /5

Oefeningen
#Berekenen of er neerslagvorming optreedt.
#Vrijgekomen warmte en energie uit een reactie berekenen.
=== 25 Augustus 2017 ===
Theorie
#Vergelijk het verschil van de invloed van temperatuur op de reactiesnelheid en het evenwicht - zowel in formulevorm als grafisch /6
k & K afleiden en grafisch weergeven met resp. ln k ~ 1/T en ln K ~ 1/T (voor dH>0 en dH<0)

#Welke chemisch relevante eigenschappen van atomen kan je afleiden van de positie in het periodiek systeem? /4
Zuur-base; oxidans-reductans (+verband), ... (atomen, niet ionen van het element!)

Oefeningen
#Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.53M ammonium oplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3
(Toepassing neerslag & complexatie)

#Redoxreactie van SO4^2-(aq)/SO3^2-(aq)- en MnO4-(aq)/MnO(v). /3

=== 21 Augustus 2017 ===
Theorie
#Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6
'''concentratie wijzigen'''
principe van Le Chatelier
hogere concentratie -> meer kans op botsingen -> sneller

'''druk wijzigen'''
bij drukverhoging -> daalt volume -> c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)
bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij delta(N) = (Nproducten - Nreagentia) negetief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)

'''temperatuur wijzigen'''
Kev is temperatuursafhankelijk -> delta(G) =-RT.ln(K) <-> ln(k)=-delta(H)/RT +delta(S)/R (teken grafiek 1/T met ln(k))
endo -> hoge T is gunstig
exo -> lage T is gunstig

#Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4
ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,
aangezien dit niet stabiel is.
gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren
(Ksp en 1/Kst vergelijken -> de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)

Oefeningen
#Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICL3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3
#Leid de Kb af van (AsO2)- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3

=== 24 januari 2017 ===
Theorie
#Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6
#Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3
#correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3

=== 23 januari 2017 ===
Theorie
#Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4
#Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6

Oefeningen
#Roosterenergie berekenen /2.5
#concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5

=== 18 januari 2017 ===
VM
Theorie
#Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4
#Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6

Oefeningen
#pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3
#een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3

=== 17 januari 2017 ===
Theorie
#Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?
#Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.

Oefeningen
#Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.
#Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.

=== 16 januari 2017 ===
Theorie
#Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken
#Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)

Oefeningen
#Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt
#Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C

=== XX Augustus 2016 ===
Theorie:
#Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?
#Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)

Oefeningen
#Random oefening uit oefenzitting
#Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu

===XX januari 2016===
Theorie:
#Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)
#Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken

oefeningen:
#Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base
#nog een oefening
=== 11 januari 2016 ===
#Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden
#bij welke reactie is quenching van toepassing?

===XX januari 2016===
Theorie:
#heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan
#loodbatterij

===12 januarie 2016===
#Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport
#het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden
#bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0
#andere grafisch de orde enzo bepalen

===10 JAN 2014===
Theorie:
#Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.
#Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H2O2 -> I2 + H2O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was.
#Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt.
#Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.

Oefeningen.
#Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.
#Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.

===11 JAN 2013===
Theorie:
# Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiÃ«le principes toe.
# Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?

Oefeningen:
# CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.
# Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.

===3 FEB 2012 NM===
# Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit.
#* Geef het verband hiervan met pH- titratie
#* Is bloed een goede buffer ? Verklaar.
# Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.

===30 JAN 2012 NM===
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Broom in base.

===30 JAN 2012 VM===
# Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?
# Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af

===24 JAN 2012 VM===
# hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden
# vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al

===23 JAN 2012 NM===
# staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie
# welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen

===23 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.
# Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout.

===20 JAN 2012 NM===
Theorie :
# geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?
# iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof
Oefeningen :
# van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen
# berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik

===20 JAN 2012 VM===
Theorie:
# Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn
# Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante

===1 FEB 2011===
Theorie:
# Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)
# Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)
Oefeningen:
# P4 + BR2 => PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)
# en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)

=== 1 sep 2010 ===
Theorie:
# Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.
# Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.
Oefingen:
# Oplosbaarheid
# Enthalpie & Entropie

===28 jan 2010===
# bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6)
# bespreek "quenching" en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4)

oefeningen:
# bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming)
# een reactie difluor en diwaterstof -> 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?

===26 jan 2010===
# vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)
# welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)
oefeningen:
# Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (EÂ°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)
# Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)

=== jan 2010 ===
Mondeling:
# Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.
# Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.
Schriftelijk:
# Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?
#*H2(g) + Cl2(g) <=> 2HCl(g)
# Bereken de Kb van IO-, uitgaande van
#*IO3-(aq) / HIO(l) EÂ° = 1,13V
#*IO3-(aq) / IO-(aq) EÂ° = 0,15V

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Wat is een dipoolmoment?
# Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?
Schriftelijk:
# Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)
# Nog zo'n oefening in die aard.

=== jan 2009 ===
Mondeling:
# Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.
# Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?
# Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.
# Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45Â°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 1 feb 2008 ===
Mondeling:
# Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?
# Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.
Schriftelijk:
#* Evenwichtsconstante berekenen bij 45Â°C (je krijgt de reactie)
#* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is
# Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)

=== 25 jan 2008 ===
Mondeling:
# Leg uit wat tautomerie is + vb.
# Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van "piranaha-zuur" (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?
Schriftelijk:
# men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?
# Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op?
#* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)
#* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68Â°C.

=== 15 jan 2007 ===
Mondeling:
# geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar
# geef verband pH en redoxpotentiaal
Schriftelijk:
# bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen
# oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)