Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Quantum Chemistry

2023-01-17T23:04:30Z

CasperO: Added question for 17/1/2023

[[Categorie:Machemie]]
==Information on the course==
TBA

==Exam questions==
===16th January 2023===
====Question 1 (6 points)====
Given: a spectrum with 2 peaks (and their given energies in cm^(-1) for Sodium (Z=11) with the caption: This is the spectrum for the first excitation of the sodium atom.
#Obtain all atomic terms and levels of both the ground state and the first excited state of the sodium atom.
#Use the selection rules to determine which transitions are allowed.
#Use the spectra to estimate the value of the spin-orbit coupling constant ζ for the 3p-orbital of sodium.
====Question 2 (8 points)====
#Show that the 2px and the 2pz functions of hydrogenlike atoms are orthogonal. (Given: real wave function of the 2px and 2pz hydrogenlike orbitals)
#What would a trial function of the form "exp(-kr)" look like?
====Question 3 (6 points)====
By using Perturbation Theory, obtain the second-order energy correction due to the interaction of the 1D2 and 3P2 states of the oxygen atom.

===Monday 13th January 2020 (8:30 am)===
The exam is open book, you can have your course notes, your exercises and the book "Quantum Chemistry" by Levine with you. You get 4 hours to make the exam. You write everything down and then you go to the professor for oral examination.
====Question 1 (8 of 20 points)====
#Obtain all atomic terms and levels of a d9 configuration.
#Rank them in order of energy and give their relative energies in terms of the one-electron spin-orbit coupling constants.
====Question 2 (4 of 20 points)====
#Show that the 2px and the 2pz functions of hydrogenlike atoms are orthogonal. (Given: real wave function of the 2px and 2pz hydrogenlike orbitals)
#For the ground state of a hydrogenlike atom, show that <R> = 3a/2Z. (Given: value of some difficult integral that you will need to calculate <R>)
====Question 3 (4 of 20 points)====
Given: all atomic states of the ground state configuration of a carbon atom and their energies, and all atomic states of the 1s22s2p3 configuration and their relative energies.
#Comment on the order of the atomic states. (''He expects that you talk about Hund’s rules, when are these valid, when not, talk about order of atomic states with different J values but from the same term…'')
#From the given energy values, estimate the value for ζ2p.
#What spectral transitions are allowed between the ground state and the given excited state? Give the energies of these transitions.
====Question 4 (4 of 20 points)====
By using second-order perturbation theory, obtain the second-order energy correction due to interaction of the 1S0 and 3P0 states of a p2 configuration.
(''You should find the wave functions for both states in form of Slater determinants and calculate the matrix elements of ĤSO using the Condon-Slater rules'')

Spectroscopie van biomoleculen

2022-06-21T08:35:07Z

CasperO:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===23 juni 2021===
====Vogt====
# NMR van C9H10O2 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?
====Hofkens====
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
# Verklaar begrippen met tekening:
## Extinctie coefficent
## Time resolved emission spectra
## Inner filter effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===11 juni 2021===
====Vogt====
#NMR van C11H14O2
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?

====Hofkens====
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.
#Verklaar begrippen met tekening:
##Wet van Lambert Beer
##R0
##Inner filter effect
##Dynamische quenching
##Anti-stokes Raman scattering

===21 augustus 2020===
====Hofkens====
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.
##Verklaar alle waarnemingen.

#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoelectrisch effect
##FRET
##dynamische quenching
##FTIR
##resonance Raman Scattering

===25 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?

====Hofkens====
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoselectie
##Excitatiecoefficient
##Anti-Stokes Raman Scattering
##Inner filter effect
##TRES

===23 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?
#Toon de magnetisatievector M0 wanneer een puls van a) 30°x, b) 90°x en c) 180°x wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.
#Verklaar begrippen met tekening:
##excitatiespectrum
##Balmer reeks
##Perrin vergelijking
##inner filter effect
##dynamische quenching

===15 juni 2020===
====Deel Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.

====Deel hofkens====
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?
#Begrippen
##Limiting anisotropy
##Auxochroom effect
##Forster radius
##Inner filter effect
##TC SPC (single foton counting)

===28 augustus 2019===
====Deel Vogt====
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?

====Deel hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?
#begrippen:
##Foto-elektrisch effect
##Emissiespectrum
##anti-Stokes Raman scattering
##Statische quenching

===27 augustus 2019===
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.
====Deel Hofkens====
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd
# woordjes
##foto-elektrisch effect
##cotton-effect
##extinctiecoëfficiënt
##TRES

=== 25 Juni 2019 NM===
====Voght====
#NMR C11H14O2
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.

====Hofkens====
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES
===25 juni 2019 VM===

====Vogt====
#NMR-spectrum(C9H10O3)
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens
#Fase 1 spectrum ->structuur proteinen

====Hofkens====
Zie examen 27 juni 2018

===11 juni 2019===

====Voght====
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)

====Hofkens====

#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)
#4 begrippen: (4 punten)
#*limiting anisotropy
#*inner filter effect
#*auxochrome shift
#*anti-Stokes Raman

===27 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

====Hofkens====
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment

===26 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

====Hofkens====
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Gentechnologie

2022-01-22T16:56:32Z

CasperO: /* 14 januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.

==Examenvragen==
===14 januari 2022===
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen.
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5' uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.

===6 januari 2021===
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random & gerichte pcr-methodes)
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?
# definties
#* Alkalische lyse
#* CAPture techniek
#* taqmanprobe real time PCR
#paeshuyse: gelijka andere jaren

===28 augustus 2020===
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.
#* CTAB methode
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.

===22 januari 2020 ===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)
# Definities (1/3e pagina voor elk)
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.
#* Welke gebruik je en beargumenteer.
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 & EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.

===30 augustus 2019 ===
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen.
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.
#Leg uit:
#* Definieer alles van BAC's
#* Gateway klonering
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.

===23 Januari 2019 ===
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..)
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

===31 Augustus 2018 ===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

===24 januari 2018 ===
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

===1 september 2017 VM===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

===25 januari 2017 VM===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

===januari 2016===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Dynamische Biochemie

2021-07-01T08:56:42Z

CasperO:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Wijsbegeerte

2021-06-10T20:41:24Z

CasperO:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.

==Examenvragen==
===10 juni 2021===
open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):
#Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.
#Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.
#Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.

meerkeuze:
#Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?
#...

===11 juni 2020===
open vragen:
#Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.
#Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen

meerkeuze:
#Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:
#*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen
#*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen
#*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen
#*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen
#Welke theorie past in de "mechanische wereld"
#*Aristoteles ethertheorie
#*Keplers (denk ik) draaikolktheorie
#*nog iets
#*Newtoniaanse mechanica

===20 augustus 2019===
open vragen:
#Leg het Goodman probleem met inductie uit.
#Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)

===13 juni 2019===
meerkeuze:
#er is geen planeet met een eenhoorn op
#*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar
#Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?
#*empirische accuraatheid
#*eenvoud
#*vruchtbaarheid
#*reikwijdte
#neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?
#*elliptische verklaring
#*partiële verklaring
#*deductief-nomologische verklaring
#*ex ante factum verklaring
#er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep
#*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten
#1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?
#*de-antropomorfisering van goden
#*nog wat opties, maar bovenste is juist
#stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.
#*achilles beweegt niet op een moment
#*nog opties maar bovenste is het juiste
#wie beweerde dat er 4 elementen bestaan
#*empedocles
#*anaximander
#*anaximenes
#*thales
#wie weerlegde het postulaat van plato
#*copernicus
#*galileo
#*kepler
#*laatste 2
#hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus
#*ze deed voorspellingen voor beweging en posities
#*bovenste is juiste
#waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels
#*om het vereffiningspunt te verwijderen
#*om het postulaat van plato te blijven volgen
#*bovenste 2
#*om de retrograde beweging van planeten te verklaren
#wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles
#*geen sterrenparallax
#*voorwerpen vallen terug naast de toren
#*nog 2
#wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën
#*zuurstof behoud eigenschappen in water
#*bovenste juiste
#er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt
#*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar
#bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:
#*de hoofdhypothese is onwaar
#*de hulphypothese is onwaar
#*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar
#*geen van bovenstaande
#bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als
#*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen
#een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur
#er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?
#*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie
#bij voorbeeld van harvard medical school test
#* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is
#een accidentele generalistie is
#*feitelijk onwaar
#*tegenfeitelijk onwaar
#*niet eenvoudig
#*nog een
#ceteris paribus wetten zijn
#*onfalsifierbaar
#*bovenste is juist
#theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er
#*nieuwe voorspellingen gedaan worden
#*bovenste is juist
#volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als
#*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde
#bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme
#*1
#*bovenste is juiste
Op elke vraag kon "ik weet het niet" geantwoord worden

Open vragen
#wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie
#welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.

===13 juni 2018===
meerkeuze:
#belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?
#*1/2
#*1/3
#*1/2 of 1/3
#*1/2 en 1/3
#Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen
#*een schip door de woeste zee
#*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde
#*het waaien van de wind door de bomen
#*het open en toe gaan van een stoomklep
#Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?
#*het 1 keer lief vragen
#*het meerdere keren lief vragen
#*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen
#*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen
#De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:
#*verifieerbaar en falsifieerbaar
#*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar
#*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar
#*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar
#Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?
#*1
#*3/850
#*0
#*onbepaald
#Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?
#*instumenteel gebruikt
#* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)
#Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?
#*Er bestaan geen axioma's in de chemie
#*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost
#*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen
#*en nog eentje

Op elke vraag kon ook "weet niet" worden geantwoord!

Open vragen:
#modules, 1 van die vragen
#Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie

===14 juni 2017===
#leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen
#Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen
#Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen
#Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid
#leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap
#beantwoord één van de volgende vragen:
#* -
#* -
#*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch
#*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?

===voorbeeldexamen 2017===
#Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.
#Leg het Quine-Duhem probleem uit.
#Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?
#Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.
#Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.
#Beantwoord één van de volgende vragen:
#*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?
#*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?
#*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.
#*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen

Wijsbegeerte

2021-06-10T20:18:04Z

CasperO:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.

==Examenvragen==

===11 juni 2020===
open vragen:
#Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.
#Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen

meerkeuze:
#Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:
#*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen
#*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen
#*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen
#*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen
#Welke theorie past in de "mechanische wereld"
#*Aristoteles ethertheorie
#*Keplers (denk ik) draaikolktheorie
#*nog iets
#*Newtoniaanse mechanica

===20 augustus 2019===
open vragen:
#Leg het Goodman probleem met inductie uit.
#Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)

===13 juni 2019===
meerkeuze:
#er is geen planeet met een eenhoorn op
#*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar
#Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?
#*empirische accuraatheid
#*eenvoud
#*vruchtbaarheid
#*reikwijdte
#neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?
#*elliptische verklaring
#*partiële verklaring
#*deductief-nomologische verklaring
#*ex ante factum verklaring
#er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep
#*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten
#1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?
#*de-antropomorfisering van goden
#*nog wat opties, maar bovenste is juist
#stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.
#*achilles beweegt niet op een moment
#*nog opties maar bovenste is het juiste
#wie beweerde dat er 4 elementen bestaan
#*empedocles
#*anaximander
#*anaximenes
#*thales
#wie weerlegde het postulaat van plato
#*copernicus
#*galileo
#*kepler
#*laatste 2
#hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus
#*ze deed voorspellingen voor beweging en posities
#*bovenste is juiste
#waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels
#*om het vereffiningspunt te verwijderen
#*om het postulaat van plato te blijven volgen
#*bovenste 2
#*om de retrograde beweging van planeten te verklaren
#wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles
#*geen sterrenparallax
#*voorwerpen vallen terug naast de toren
#*nog 2
#wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën
#*zuurstof behoud eigenschappen in water
#*bovenste juiste
#er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt
#*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar
#bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:
#*de hoofdhypothese is onwaar
#*de hulphypothese is onwaar
#*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar
#*geen van bovenstaande
#bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als
#*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen
#een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur
#er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?
#*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie
#bij voorbeeld van harvard medical school test
#* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is
#een accidentele generalistie is
#*feitelijk onwaar
#*tegenfeitelijk onwaar
#*niet eenvoudig
#*nog een
#ceteris paribus wetten zijn
#*onfalsifierbaar
#*bovenste is juist
#theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er
#*nieuwe voorspellingen gedaan worden
#*bovenste is juist
#volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als
#*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde
#bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme
#*1
#*bovenste is juiste
Op elke vraag kon "ik weet het niet" geantwoord worden

Open vragen
#wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie
#welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.

===13 juni 2018===
meerkeuze:
#belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?
#*1/2
#*1/3
#*1/2 of 1/3
#*1/2 en 1/3
#Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen
#*een schip door de woeste zee
#*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde
#*het waaien van de wind door de bomen
#*het open en toe gaan van een stoomklep
#Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?
#*het 1 keer lief vragen
#*het meerdere keren lief vragen
#*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen
#*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen
#De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:
#*verifieerbaar en falsifieerbaar
#*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar
#*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar
#*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar
#Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?
#*1
#*3/850
#*0
#*onbepaald
#Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?
#*instumenteel gebruikt
#* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)
#Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?
#*Er bestaan geen axioma's in de chemie
#*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost
#*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen
#*en nog eentje

Op elke vraag kon ook "weet niet" worden geantwoord!

Open vragen:
#modules, 1 van die vragen
#Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie

===14 juni 2017===
#leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen
#Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen
#Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen
#Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid
#leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap
#beantwoord één van de volgende vragen:
#* -
#* -
#*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch
#*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?

===voorbeeldexamen 2017===
#Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.
#Leg het Quine-Duhem probleem uit.
#Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?
#Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.
#Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.
#Beantwoord één van de volgende vragen:
#*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?
#*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?
#*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.
#*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen

Chemie Van Natuurproducten

2021-06-10T20:16:26Z

CasperO:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===5 juni 2021===
#Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? Leg uit waarom. (Beide met enzyme en NADH)
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 8 ring zonder methylgroep). Geef het mogelijke reactiemechanisme.
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C

===18 juni 2020===
#Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? (Beide met enzyme en NADH)
#Hoe zal glutathion met dit molecule reageren? (Michaelacceptor)
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C
#practicum (door Corona)
##Geef het mechanisme van het ontschermen van het FMOC gebonden amide met behulp van piperidine
##Hoe werkt het scheiden met TLC en wat is de invloed van keuze solvent?
##Structuren: cyclohexanon, borneol, TFA, natriumwaterstofsulfiet

===16 juni 2020===
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 7 ring). Geef het mogelijke reactiemechanisme.
#Leg de anti-oxidatieve werking van vitamine C uit.
#Practica (door corona)
##Acyleringsmechanisme met broomazijnzuur, methylamine & DIC
##Teken de Dean-stark opstelling en benoem de belangrijkste onderdelen
##Teken 4 structuren

===10 juni 2020===
#Van A naar B. En hoe wordt A gevormd (A was een polyketide met een ring aan en B was structuur dat bestond uit 2 ringen)
#Oefening van deaminatie met pyridoxaal fosfaat
#Hoe reageert molecule met NAD+ (iets pyruvaat-achtig)
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##stereocentra en stereovormen van CH3-(CH-OH)-(CH-OH)-CH3 geven. Welke zijn enantiomeren/diastereomeren/mesomeren?
##Structuur van: Chloranil, kaliumpermanganaat, bleekwater, kamfer

===5 juni 2020===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Oefening van ornithine-achtig az maar dan naar 7-ring
#Leg anti-oxidante werking glutathion uit adhv H2O2
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##Chloraniltest uitleggen met structuren en reacties
##Structuur van: DMF, DIC, propionylchloride en pyrolidine

===26 augustus 2019===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide en leek op de reactie met orsellinic acid maar met fenol groep ipv methylgroep)
#Oxidatie door NAD+ (Zie 21 juni ‘18 NM, vraag 2)

===20 juni 2019 VM===
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv 5-ring
#hoe zou je van molecule A naar molecule B gaan + geef een mogelijke biosynthese van molecule A (molecule A was een polyketide met een starter unit)
#2 moleculen gegeven en uitleggen welke van de 2 enantioselectief omgezet wordt door NADH naar een optisch actieve verbinding

===18 juni 2019 NM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat (Let op: hoe dit in de dropbox staat is niet 100% correct, de dubbele binding bovenaan kan direct aanvallen op het C-atoom waaraan OPP gebonden is om de ring te sluiten.)
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C.

===18 juni 2019 VM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C

===15 juni 2019 VM===
#Polyketide ringsluiting + synthese bioketide
#Pyridoxal fosfaat oefening
#Oxidatie door NAD+

===7 juni 2019 NM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)
#Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C

===7 juni 2019 VM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
#bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===4 september 2018 NM===
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese

===21 juni 2018 NM===
#Stetter-reagens
#NAD+/NADH reductie
#biosynthese inositol
[[Bestand:Knipsel.jpg]]

===21 juni 2018 VM===
#vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat
#ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven
#stereospecifieke aanval bij reductie met NADH

===19 juni 2018===
#bespreek synthese humuleen
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===15 juni 2018===
#Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')
#Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)
#Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.

===11 juni 2018 VM===
#Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek antioxiderende werking van vitamine C

===21 juni 2017 NM===
#hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme
#reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --> ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)
#bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen

===21 juni 2017 voormiddag===
#bespreek synthese humuleen
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===20 juni 2017 namiddag===
# Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat
# een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)
# geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)

===20 juni 2017 voormiddag===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)
#Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

Dynamische Biochemie

2021-06-03T20:16:50Z

CasperO:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==

===2 juni 2021 middag===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020 namiddag===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020 namiddag===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020 VM===
#leg uit hoe proteinen interageren met het membraam. leg uit met schema en diguren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020 namiddag===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019 namiddag===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase