Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-17T12:52:31Z

Cissy: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

== Examenvragen ==

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2018-01-17T12:52:12Z

Cissy:

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

== Examenvragen ==

=== 17 januari 2018
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2017-01-18T14:15:19Z

Cissy: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.
Gedoceerd door Prof Thevelein.
Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig).
Examen is in het Nederlands.

== Examenvragen==

===16 januari 2017, namiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#genetische modificatie van gist
#de rol van Pho84 als transceptor voor activatie van de PKA pathway, hoe ontdekt
#iets van hoe glycolyse Ras beinvloedt
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen:
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd werd
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploÃ¯de gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteÃ¯ne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploÃ¯de gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriÃ«le giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriÃ«le giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geÃ¯nduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteÃ¯ne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen</text>

Bio-inorganic Chemistry

2017-01-10T14:39:31Z

Cissy: /* 10 jan 2017 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels.

==Examenvragen==

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for classIII
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2017-01-10T14:34:13Z

Cissy: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels.

==Examenvragen==

===10 jan 2017===
#
#* (2p)What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
#
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for classIII
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2017-01-10T14:33:19Z

Cissy: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels.

==Examenvragen==

===10 jan 2017===
# #* (2p)What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for classIII
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)