Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Physical Chemistry of Biological Systems

2023-01-16T07:57:23Z

DoRo: /* 13 Januari 2023 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm

==Examenvragen==

===31 Januari 2022===
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k'1+k-1+k2+k-2 and P = k'1k2+k'1k-2+k-1k-2 is given.
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===31 Januari 2022===

# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===24 Januari 2021===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===23 Januari 2020===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===13 Januari 2020===
#Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau.
#Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===14 januari 2019===
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)
# Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)

===15 januari 2018===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===11 januari 2016===
# Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine.
# De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.

===12 januari 2015===
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===17 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?

===14 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.
===18 januari 2011===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS.
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.

===29 januari 2010===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.
# Microtubulus-oscillaties
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).
===12 januari 2009===
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP
# welke info haal je uit kinetische studies?
# counter ion condensation
# linked function concept in proteïne stabiliteit

===26 augustus 2008===
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?

===14 januari 2008===
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.

Physical Chemistry of Biological Systems

2023-01-16T07:55:54Z

DoRo: /* 31 Januari 2022 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm

==Examenvragen==

===13 Januari 2023===
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k'1+k-1+k2+k-2 and P = k'1k2+k'1k-2+k-1k-2 is given.
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===31 Januari 2022===

# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===24 Januari 2021===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===23 Januari 2020===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===13 Januari 2020===
#Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau.
#Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===14 januari 2019===
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)
# Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)

===15 januari 2018===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===11 januari 2016===
# Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine.
# De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.

===12 januari 2015===
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===17 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?

===14 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.
===18 januari 2011===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS.
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.

===29 januari 2010===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.
# Microtubulus-oscillaties
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).
===12 januari 2009===
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP
# welke info haal je uit kinetische studies?
# counter ion condensation
# linked function concept in proteïne stabiliteit

===26 augustus 2008===
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?

===14 januari 2008===
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.

Bio-inorganic Chemistry

2022-01-24T16:46:08Z

DoRo: /* 24 jan 2022 */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===24 jan 2022===
# (3p) Transferrin:
#* a. Geef de verschillende vormen van transferrin die afhangt van de verzadigheid met Fe.
#* b. Welke van deze vormen is het meest stabiel?
#* c. Welk anion bindt bij transferrin nog? (Bicarbonaat)
#* d. Sorteer op affiniteit: Fe(III), Fe(II), Ga (III) & Cd(II)
# (3p) [2Fe-2S]1+ Riekske cluster met de Mössbauer spectrum:
#* a. Wat zie je op de grafiek?
#* b. Geeft de electronen structuur en de oxidatie toestanden.
# (4p) Purple acid phosphatase PAP:
#* a. Vul het mechanisme aan, geef de oxidatie toestanden en het product.
#* b. Waarom is het paars?
#* c. Waarom is de ideale pH = 6?
# (2p) Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===6 jan 2021===
# op 2p: Ferritin bestaat uit 2 subunits.
#* a. Wat is het verschil tussen de twee subunits of vlak van activiteit?
#* b. Via welke mechanismen wordt ijzer vrijgezet? Welke is het meest plausibel in vivo?
# op 3p: Geef de electron spin states van ijzer in rubredoxin (Je kreeg gegevens van Fe zoals atoomnummer). Op welke manieren kan dit bestudeerd worden. Leg uit waarom het high spin is.
# op 5p: Gegeven: Complex 4 of cytochroom C oxidase intermediate A en F zijn gegeven.
#* a. Geef de algemene ractievergelijking.
#* b. Geef het meest waarschijnlijke voorstel voor het P intermediate.
#* c. Welk residu speelt een belangrijke rol in de active site tijdens intermediate P?
#* d. Waarvan komen de electronen nodig om intermediate P te vormen?
#* e. Met welke technieken kunnen we de intermediaren bestuderen?
# op 2p: Geef de 4 resistentiemechanismen tegen Cis platina en geef 2 manieren om dit te omzeilen.

===27 jan 2020===
# op 2?p: Geef de verschillen en gelijkenissen uit bij L en H type subunits van ferritine.
# op 4p: Gegeven: de structuur van een Model System voor Myoglobin + 2 NMR spectra
#* a. Welk spectrum hoort bij het complex met O2 gebonden (oxy) en welk zonder O2 (deoxy) + Waarom?
#* b. Leg uit waarom het mogelijk is dat dit model system een hogere affiniteit voor O2 dan CO heeft.
#* c. Hoe is O2 gebonden aan Fe in de oxy vorm en met welke techniek(en) kan je dit bestuderen?
# op 4p: Gegeven: een gedeeltelijk ingevuld reactiemechanisme van purple acid phosphatase
#* a. Vul in op het schema: Welke 2 metalen + oxidatietoestanden + missende structuur + missende transitietoestand + uittredend product (ROH was het)
#* b. Waarom is het enzyme paars (Metal to Metal charge transfer band in UV-Vis spectrum)
#* c. Gegeven: grafiek (activiteit van het enzyme ifv pH) leg uit (pH-optimum, te lage pH geen activiteit: waarom?)
#* d. Met welke techniek kunnen we het mechanisme bestuderen? (Mossbauer, vooral EPR)
# op 2p: Geef de resistentiemechanismen tegen Cis platina en leg uit wat we hieraan kunnen doen bij sommigen. ( hint: als je lang genoeg blijft zagen en tekenen over transplatina dan vraagt ze niet meer achter de laatste 2 mechanismen)

===10 jan 2020===
# op 4p: Feritine
#*Structuur en functie toelichten
#*Rol bicarbonaat uitleggen
#*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?
#*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen
# op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.
# op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?
# op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===28 jan 2019===
# (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.
#* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?
#* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?
#* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?
# (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.
# (6p) Sulfite oxidase.
#* Vul het schema aan
#* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?
#* Wat is de rol van molybdopterin?

===11 jan 2019===
# (3p) Copper proteins
#* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?
#* What is the main function of Cu(II) and why?
#* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.
#* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.
# (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.
#* What does the 450 represent?
#* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?
#* Fill in intermediate 6.
#* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2
# (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?
# (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?

===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# <sup>99m</sup>Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)