
<?xml version="1.0"?>
<feed xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xml:lang="nl">
	<id>https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=Eliasb</id>
	<title>Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]</title>
	<link rel="self" type="application/atom+xml" href="https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=Eliasb"/>
	<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Speciaal:Bijdragen/Eliasb"/>
	<updated>2026-07-28T12:49:04Z</updated>
	<subtitle>Gebruikersbijdragen</subtitle>
	<generator>MediaWiki 1.43.0</generator>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&amp;diff=2328</id>
		<title>Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&amp;diff=2328"/>
		<updated>2021-01-17T18:42:12Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Vak uit de master B&amp;amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.&lt;br /&gt;
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.&lt;br /&gt;
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 January 2021 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate&lt;br /&gt;
# Mizuno: 1) common structures in protein kinases 2) How external activation of classic PKC&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Schematic of Insuline receptor activation and muscle constriction and pathways given, explain the major pathways here and how these cells increase the glucose uptake&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 August 2020 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate&lt;br /&gt;
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 January 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# RGS, GoLoco, AKAPs, Bcl2-family and GPCR desensitization(?)&lt;br /&gt;
# ER/SR and calcium uptake - serca, ip3r, ryr, stim and orai1 explanation&lt;br /&gt;
+ How is it regulated&lt;br /&gt;
# Paper about GPCR&#039;s - question about arrestin&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 January 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Mizuno (oral): Paper about allosteric activation of Raf. What is the P-loop and the catalytic site of a kinase?&lt;br /&gt;
# Winderickx: Explain the function of the members of the Bcl2-family. What makes them belong to the same family? Briefly explain the pathway(s) it is involved in and briefly give the function of the other substrates in the pathway(s).&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Give three downstream compounds of the insulin/IGF pathway in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 January 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Winderickx : Apoptosis, intrinsic, extrinsic pathway&lt;br /&gt;
# Mizuno (oral): Paper about kinases&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. &#039;&#039;FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:&#039;&#039; [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]&lt;br /&gt;
# Mizuno&lt;br /&gt;
## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.&lt;br /&gt;
## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Explain how you would perform a &#039;&#039;&#039;ligand binding assay&#039;&#039;&#039; for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based &#039;&#039;&#039;functional receptor assay&#039;&#039;&#039; and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
===16 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
# VDB (mondeling): paper over insuline receptor &lt;br /&gt;
# JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype? &lt;br /&gt;
# MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016) &lt;br /&gt;
## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)&lt;br /&gt;
## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems&lt;br /&gt;
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)&lt;br /&gt;
# VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2019 VM ===&lt;br /&gt;
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: &#039;Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]&lt;br /&gt;
## Explain ROS production (3min talk)&lt;br /&gt;
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated? &lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
# Mizuno:  artikel over SOCE&lt;br /&gt;
# Winderickx: Kleurenblindheid &lt;br /&gt;
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2019===&lt;br /&gt;
# mizuno:  de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?&lt;br /&gt;
# Winderickx: had een artikel over metacaspases &lt;br /&gt;
# Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2019===&lt;br /&gt;
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose) &lt;br /&gt;
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen&lt;br /&gt;
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose&lt;br /&gt;
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)&lt;br /&gt;
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx: paper over apoptose&lt;br /&gt;
#VDB: insuline&lt;br /&gt;
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt&lt;br /&gt;
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen &lt;br /&gt;
#VDB: paper over GPCR&lt;br /&gt;
===25 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt. &lt;br /&gt;
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen. &lt;br /&gt;
#Mizuno: Paper over ros&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...&lt;br /&gt;
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.&lt;br /&gt;
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2018===&lt;br /&gt;
#artikel JW over Bax (apoptosis)&lt;br /&gt;
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken&lt;br /&gt;
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase&lt;br /&gt;
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.&lt;br /&gt;
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema&lt;br /&gt;
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?&lt;br /&gt;
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017(vm)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#JVB: paper &amp;quot;Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region&amp;quot; Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.&lt;br /&gt;
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.&lt;br /&gt;
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 26 januari 2017(vm)===&lt;br /&gt;
#Paper Hideaki: &lt;br /&gt;
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus&lt;br /&gt;
#* Contents paper vertellen&lt;br /&gt;
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.&lt;br /&gt;
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. &lt;br /&gt;
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. &lt;br /&gt;
=== 24 januari 2017(vm)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype&lt;br /&gt;
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.&lt;br /&gt;
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2017 (nm)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. &lt;br /&gt;
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.&lt;br /&gt;
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2016 (nm)===&lt;br /&gt;
#JW: Paper over kleurenblindheid&lt;br /&gt;
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway&lt;br /&gt;
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2016 (nm)===&lt;br /&gt;
#JVD: artikel over LGR4&lt;br /&gt;
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken&lt;br /&gt;
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2016 (vm)===&lt;br /&gt;
#JVD: Paper over lipid signal s1p&lt;br /&gt;
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg&lt;br /&gt;
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2014 vm===&lt;br /&gt;
#paper for Mizuno&lt;br /&gt;
#Van den Broek:&lt;br /&gt;
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell &lt;br /&gt;
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist&lt;br /&gt;
#Winderickx:&lt;br /&gt;
## Give the two apoptosis pathways&lt;br /&gt;
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2014 vm===&lt;br /&gt;
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)&lt;br /&gt;
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)&lt;br /&gt;
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2014 nm ===&lt;br /&gt;
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction. &lt;br /&gt;
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.&lt;br /&gt;
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 jan 2013 nm ===&lt;br /&gt;
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP &lt;br /&gt;
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway &lt;br /&gt;
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 jan 2013 ===&lt;br /&gt;
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.&lt;br /&gt;
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]&lt;br /&gt;
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.&lt;br /&gt;
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.&lt;br /&gt;
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT&#039;s en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen&lt;br /&gt;
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining&lt;br /&gt;
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 jan 2011 nm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. &lt;br /&gt;
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release&lt;br /&gt;
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 jan 2011 nm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. &lt;br /&gt;
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. &lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2011 nm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter&lt;br /&gt;
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken&lt;br /&gt;
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2011 vm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]&lt;br /&gt;
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen&lt;br /&gt;
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 10 sep 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]&lt;br /&gt;
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen&lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van Vandenbroeck&lt;br /&gt;
# robben: NO synthase en functioneren daarvan&lt;br /&gt;
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van robben, &lt;br /&gt;
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)&lt;br /&gt;
# Jorix: regulatie van cAMP&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# MDL: Artikel NAADP&lt;br /&gt;
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer&lt;br /&gt;
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# De Ley: NO en NO synthase(n)&lt;br /&gt;
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS&lt;br /&gt;
# VDB: artikel gonadotrope receptor&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 29 aug 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.&lt;br /&gt;
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# MDL: ROS &lt;br /&gt;
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme &lt;br /&gt;
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# de ley: his fosforylatie &lt;br /&gt;
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway &lt;br /&gt;
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties &lt;br /&gt;
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway &lt;br /&gt;
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# De Ley: artikel over phosphohistidines &lt;br /&gt;
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. &lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. &lt;br /&gt;
# Bijvragen : Leg uit: &lt;br /&gt;
#* Sos &lt;br /&gt;
#* Prohormoon Convertase &lt;br /&gt;
#* Phosphoinositide-3-kinase&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=2298</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=2298"/>
		<updated>2021-01-07T16:56:17Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2021 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2020 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give three tetrads&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain the Tet system&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Explain P elements&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2019 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ES technology mice&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Optogenetics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
what are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2017-2018 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=2297</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=2297"/>
		<updated>2021-01-07T16:56:01Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2021 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
- Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
- Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
- Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
- Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2020 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give three tetrads&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain the Tet system&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Explain P elements&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2019 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ES technology mice&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Optogenetics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
what are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2017-2018 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=2296</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=2296"/>
		<updated>2021-01-07T16:55:45Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2021 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
- Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
- Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
- Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
- Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
- Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2020 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give three tetrads&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain the Tet system&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Explain P elements&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2019 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ES technology mice&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Optogenetics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
what are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;2017-2018 January&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2228</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2228"/>
		<updated>2020-06-27T14:07:43Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: /* Hofkens */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2227</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2227"/>
		<updated>2020-06-27T14:06:36Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: /* Vogt */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is, vibrationele transitie in de aangeslagen toestand, IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), en zeg de tijdschaal van IC/ICS/fluorescentie &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2226</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2226"/>
		<updated>2020-06-27T14:05:48Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: /* Vogt */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is, vibrationele transitie in de aangeslagen toestand, IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), en zeg de tijdschaal van IC/ICS/fluorescentie &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2225</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=2225"/>
		<updated>2020-06-27T14:05:35Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is, vibrationele transitie in de aangeslagen toestand, IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), en zeg de tijdschaal van IC/ICS/fluorescentie &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&amp;diff=2119</id>
		<title>Chemie Van Natuurproducten</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemie_Van_Natuurproducten&amp;diff=2119"/>
		<updated>2020-06-10T12:49:59Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2020===&lt;br /&gt;
#Van A naar B. En hoe wordt A gevormd (A was een polyketide met een ring aan en B was structuur dat bestond uit 2 ringen)&lt;br /&gt;
#Oefening van deaminatie met pyridoxaal fosfaat&lt;br /&gt;
#Hoe reageert molecule met NAD+ (iets pyruvaat-achtig)&lt;br /&gt;
#Practica (door corona op examen)&lt;br /&gt;
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon&lt;br /&gt;
##stereocentra en stereovormen van CH3-(CH-OH)-(CH-OH)-CH3 geven. Welke zijn enantiomeren/diastereomeren/mesomeren?&lt;br /&gt;
##Structuur van: Chloranil, kaliumpermanganaat, bleekwater, kamfer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5 juni 2020===&lt;br /&gt;
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat&lt;br /&gt;
#Oefening van ornithine-achtig az maar dan naar 7-ring&lt;br /&gt;
#Leg anti-oxidante werking glutathion uit adhv H2O2&lt;br /&gt;
#Practica (door corona op examen)&lt;br /&gt;
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon&lt;br /&gt;
##Chloraniltest uitleggen met structuren en reacties&lt;br /&gt;
##Structuur van: DMF, DIC, propionylchloride en pyrolidine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 augustus 2019===&lt;br /&gt;
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.&lt;br /&gt;
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide en leek op de reactie met orsellinic acid maar met fenol groep ipv methylgroep)&lt;br /&gt;
#Oxidatie door NAD+ (Zie 21 juni ‘18 NM, vraag 2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv 5-ring&lt;br /&gt;
#hoe zou je van molecule A naar molecule B gaan + geef een mogelijke biosynthese van molecule A (molecule A was een polyketide met een starter unit)&lt;br /&gt;
#2 moleculen gegeven en uitleggen welke van de 2 enantioselectief omgezet wordt door NADH naar een optisch actieve verbinding&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat (Let op: hoe dit in de dropbox staat is niet 100% correct, de dubbele binding bovenaan kan direct aanvallen op het C-atoom waaraan OPP gebonden is om de ring te sluiten.)&lt;br /&gt;
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?&lt;br /&gt;
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.&lt;br /&gt;
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring&lt;br /&gt;
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Polyketide ringsluiting + synthese bioketide&lt;br /&gt;
#Pyridoxal fosfaat oefening&lt;br /&gt;
#Oxidatie door NAD+&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.&lt;br /&gt;
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)&lt;br /&gt;
#Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat&lt;br /&gt;
#bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2&lt;br /&gt;
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===4 september 2018 NM===&lt;br /&gt;
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring&lt;br /&gt;
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?&lt;br /&gt;
#Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2018 NM===&lt;br /&gt;
#Stetter-reagens&lt;br /&gt;
#NAD+/NADH reductie&lt;br /&gt;
#biosynthese inositol&lt;br /&gt;
[[Bestand:Knipsel.jpg]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2018 VM===&lt;br /&gt;
#vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat&lt;br /&gt;
#ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven&lt;br /&gt;
#stereospecifieke aanval bij reductie met NADH&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek synthese humuleen&lt;br /&gt;
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring&lt;br /&gt;
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2018===&lt;br /&gt;
#Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel &#039;other starter units&#039;)&lt;br /&gt;
#Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)&lt;br /&gt;
#Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)&lt;br /&gt;
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring&lt;br /&gt;
#Bespreek antioxiderende werking van vitamine C&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2017 NM===&lt;br /&gt;
#hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme&lt;br /&gt;
#reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --&amp;gt; ?                                                                      (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)&lt;br /&gt;
#bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2017 voormiddag===&lt;br /&gt;
#bespreek synthese humuleen&lt;br /&gt;
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2&lt;br /&gt;
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 juni 2017 namiddag===&lt;br /&gt;
# Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat&lt;br /&gt;
# een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)&lt;br /&gt;
# geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 juni 2017 voormiddag===&lt;br /&gt;
# oefening van polyketiden&lt;br /&gt;
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat&lt;br /&gt;
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 juni 2017===&lt;br /&gt;
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat&lt;br /&gt;
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)&lt;br /&gt;
# Antioxidante werking van vitamine C&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)&lt;br /&gt;
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring. &lt;br /&gt;
# Stetteroefening.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 juni 2017===&lt;br /&gt;
# een oefening &amp;quot;met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie&amp;quot; da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter&lt;br /&gt;
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie&lt;br /&gt;
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 juni 2015===&lt;br /&gt;
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans&lt;br /&gt;
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat&lt;br /&gt;
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 agustus 2013===&lt;br /&gt;
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme&lt;br /&gt;
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+&lt;br /&gt;
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2013===&lt;br /&gt;
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit&lt;br /&gt;
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van vitamine C&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)&lt;br /&gt;
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)&lt;br /&gt;
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 juni 2013===&lt;br /&gt;
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert&lt;br /&gt;
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen&lt;br /&gt;
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2012 (namiddag)===&lt;br /&gt;
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.&lt;br /&gt;
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.&lt;br /&gt;
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2012 (voormiddag)===&lt;br /&gt;
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat&lt;br /&gt;
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?&lt;br /&gt;
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 juni 2011 (namiddag)===&lt;br /&gt;
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)&lt;br /&gt;
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.&lt;br /&gt;
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 juni 2010===&lt;br /&gt;
#Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)&lt;br /&gt;
#Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)&lt;br /&gt;
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2010===&lt;br /&gt;
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat&lt;br /&gt;
#Vetzuursynthese&lt;br /&gt;
#Radicale ortho-para-koppeling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===September 2009===&lt;br /&gt;
#DOPA en DOPAMINE&lt;br /&gt;
#Synthese inositolen&lt;br /&gt;
#Stereospecificiteit LADH&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 juni 2009===&lt;br /&gt;
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?&lt;br /&gt;
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===4 september 2008===&lt;br /&gt;
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.&lt;br /&gt;
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt&lt;br /&gt;
#Fructose: fisher =&amp;gt; hawordth omzetting&lt;br /&gt;
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2007===&lt;br /&gt;
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)&lt;br /&gt;
#Fructose fisher gegeven, geef haworth&lt;br /&gt;
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&amp;gt; FADH2) leg uit + geef structuur van FAD&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 juni 2006===&lt;br /&gt;
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties&lt;br /&gt;
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?&lt;br /&gt;
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 juni 2006===&lt;br /&gt;
#Decarboxylatie van een aminozuur&lt;br /&gt;
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD =&amp;gt; FADH2): leg uit + geef structuur van FAD&lt;br /&gt;
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Structurele_en_Fysiologische_Biologie&amp;diff=1886</id>
		<title>Structurele en Fysiologische Biologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Structurele_en_Fysiologische_Biologie&amp;diff=1886"/>
		<updated>2020-01-15T09:28:48Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Eliasb: /* Examenvragen PLANT */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Eerstejaarsvak enkel aan biochemici en schakelstudenten gegeven, bestaat uit een deel plantkunde (Wim Van den Ende) en een deel dierkunde (Jozef Vanden Broeck). Deze delen hebben op dezelfde dag een examen, het ene mondeling en het andere schriftelijk, onbekend op voorhand dewelke mondeling en dewelke schriftelijk is. Beide examens hebben al jarenlang dezelfde opbouw van type vragen.&lt;br /&gt;
Voor 2de zit kan een vrijstelling aangevraagd worden voor het deel dat je door bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen PLANT==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 Januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.&lt;br /&gt;
# Levenscyclus gegeven, van wat is het (was bedektzadigen) en aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2019 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.&lt;br /&gt;
# Situeer bondig de termen &amp;quot;gespvormig&amp;quot; en &amp;quot;CRISPR/CAS&amp;quot;&lt;br /&gt;
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.&lt;br /&gt;
# Situeer bondig de termen &amp;quot;gespvormig&amp;quot; en &amp;quot;CRISPR/CAS&amp;quot;&lt;br /&gt;
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# waterpotentiaal en zijn twee componenten&lt;br /&gt;
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Geef 3 manieren waarop planten ATP synthetiseren (glycolyse, ademhaling, Kreb cyclus, ...)&lt;br /&gt;
# Leg bondig uit: CRISPR/Cas en CAM planten&lt;br /&gt;
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Bespreek de evolutie &amp;amp; metabole diversiteit van prokaryoten en het ontstaan van de eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg bondig uit: het ontstaan van hexaploïde tarwe, mechanisme voor de bloei van lange en korte dag planten.&lt;br /&gt;
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Waterpotentiaal en zijn 2 componenten&lt;br /&gt;
# SAR&lt;br /&gt;
# Massastroming&lt;br /&gt;
# Cyclus van bedektzadigen aanvullen. Is deze plant haplont, diplont of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
===15 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Geef 3 manieren waarop een plant ATP aanmaakt en leg gedetailleerd uit&lt;br /&gt;
# Hypersensitieve respons en CAM planten bondig uitleggen&lt;br /&gt;
# Cyclus bedektzadigen aanvullen. Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 aug 2017 NM===&lt;br /&gt;
#meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
#Geef 3 manieren waarop een plant ATP aanmaakt en leg gedetailleerd uit&lt;br /&gt;
#gespvorming en CAM planten bondig uitleggen&lt;br /&gt;
#cyclus bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont? beargumenteer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 aug 2017 VM===&lt;br /&gt;
#meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
#plantenhormonen met werking geven + uitleggen hoe hormoonsysteem in planten werkt&lt;br /&gt;
#guttatie en waterpotentiaal bondig uitleggen&lt;br /&gt;
#cyclus bedektzadigen aanvullen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2017===&lt;br /&gt;
#Meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
#Waterpotentiaal met zijn 2 componenten uitleggen. Wat gebeurt er als je opgeloste stoffen toevoegt aan het omgevings water?&lt;br /&gt;
#Massastroming en SAR uitleggen.&lt;br /&gt;
#Cyclus van bedektzadigen aanvullen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2016===&lt;br /&gt;
#8 meerkeuze vragen&lt;br /&gt;
#Mondelinge hoofdvraag: hoe wordt sucrose gevormd, hoe komt het in cortexe cellen van de wortels en wat is de bijdrage voor de accumulatie van K+ &lt;br /&gt;
#Bijvraag: leg chemiosmose en fotorespiratie uit&lt;br /&gt;
#Bijvraag: cyclus aanvullen van de bedektzadigen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2014 nm===&lt;br /&gt;
#Meerkeuze&lt;br /&gt;
#Welke hormonen zijn er bij planten, welke staan in voor apicale dominantie en hoe werkt dit.&lt;br /&gt;
#Leg uit hoe herbicide resistentie werkt en leg het mechanisme van glyfosaat uit. Levenscyclus.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 jan 2014 nm===&lt;br /&gt;
#Meerkeuze&lt;br /&gt;
#Bespreek de diversiteit van fungi en geef de levenscyclus van een ascomyceet.&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van mieren in commensalisme en de overdracht van parasieten.&lt;br /&gt;
#Levenscyclus van varens.&lt;br /&gt;
===28 jan 2014 nm===&lt;br /&gt;
#8 meerkeuzevragen (4 punten)&lt;br /&gt;
#Bespreek de huidige wereldproblemen en geef aan hoe plantenbiotechnologie/biologie zou kunnen bijdragen tot het aanreiken van van oplossingen (8 punten)&lt;br /&gt;
#Vul aan en verklaar dit ecologisch model (Bottom-up effect). Hoe kon dit model op experimentele wijze geverifieerd worden? (3 punten) &lt;br /&gt;
#Levenscyclus bedektzadige aanvullen (5 punten)&lt;br /&gt;
===28 jan 2014 vm===&lt;br /&gt;
#Meerkeuze&lt;br /&gt;
#Plantenhormonen welke types? regulatie? welke komen voor bij apicale dominantie? Regulatie? Werking?&lt;br /&gt;
#Levenscyclus bladmossen&lt;br /&gt;
#Tekening van de muis, mier, plant, zaad (interacties verklaren)&lt;br /&gt;
===27 jan 2014===&lt;br /&gt;
# 8 meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de diversiteit en evolutie van prokaryoten en het onstaan van eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Figuur uitleggen over bottom-upeffecten en ontbrekende termen aanvllen. &lt;br /&gt;
#Foto van doorsnede monocotyl blad: wat is het + delen benoemen.&lt;br /&gt;
===13 jan 2014===&lt;br /&gt;
# 5 meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
#Aanvullen van termen en processen (mitose/meiose) bij de levenscyvlus van gymnospermen. (Letterlijk uit het handboek fig. 31.12 p609)&lt;br /&gt;
#Een plantencel in zuiver water en geleidelijk aan zout toevoegen, wat gebeurt er? Leg uit a.d.h.v. een duidelijke grafiek.&lt;br /&gt;
#Wat is een preprofaseband? (en nog een term ?? uitleggen)&lt;br /&gt;
===23 jan 2012===&lt;br /&gt;
#Leg uit wat er zal gebeuren bij een plantencel in zuiver water en wat als je opgeloste stoffen toevoegt aan de omgeving. Maak een schema aan de hand van de waterpotentiaal en zijn 2 subcomponenten en leg uit hoe deze veranderen.&lt;br /&gt;
#Leg uit fotorespiratie: hoe wat waarom waar. &lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##glyphosaat&lt;br /&gt;
##methanogeen&lt;br /&gt;
##guttatie&lt;br /&gt;
##Mycorrhiza&lt;br /&gt;
#Levenscyclus. Aangeven om welke levenscyclus het ging (bladmossen) en beargumenteren. Structuren en processen aanvullen op tekening. Aangeven of het een haplonte, diplonte of haplodiplonte levenscyclys was.&lt;br /&gt;
 ===1 feb 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Volledige weg beschrijven die een C-atoom aflegt als CO2 indien ingebouwd in pectine in de celwand van rhizodermiscellen. Waaruit bestaat de celwand en wat is de functie?&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail de signaalgeving en metabolische wegen van Rhizobium in symbiose met een plant.&lt;br /&gt;
#. Figuur: levenscyclus bedektzadigen &lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##hexaploÃ¯die by tarwe&lt;br /&gt;
##cavitatieï‚§&lt;br /&gt;
##gespvorming by Basidiomyceten ï‚§ induceerbare mutaties&lt;br /&gt;
 ===27 jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Volledige weg beschrijven die een N-atoom aflegt van de bodem tot inbouw als glycoproteÃ¯ne in een bladepidermiscel&lt;br /&gt;
#Vgl mossen en angiospermen. Zeggen hoe deze zijn aangepast aan leven op het land&lt;br /&gt;
#Figuur: &lt;br /&gt;
##structuur van een blad met huidmondjes &lt;br /&gt;
##hetzelfde -.- &lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##allotetraploÃ¯die&lt;br /&gt;
##guttatie&lt;br /&gt;
##sterke vs zwakke sinks&lt;br /&gt;
##bespreek metabolisme Archaea&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#De waterpotentiaal en de 2 componenten ervan bespreken als we een cel in zuiver water hebben en daar geleidelijk aan zout aan toevoegen. Schematisch weergeven en stap voor stap bespreken wat er met de cel gebeurt.&lt;br /&gt;
#Het verschil tussen gametofytische en sporofytische incompatibiliteit uitleggen. En een model geven voor gametofytische incompatibiliteit.&lt;br /&gt;
#Figuur: &lt;br /&gt;
##Doorsnede monocotyle stengel &lt;br /&gt;
##Vaatbundel en daarop floeem,&lt;br /&gt;
##xyleem en vezelschede benoemen&lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##Endosymbiose&lt;br /&gt;
##ViroÃ¯den&lt;br /&gt;
##Soortkruisingen&lt;br /&gt;
##Lenticel&lt;br /&gt;
===24 jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek structuur, samenstelling, functie en oorsprong van de plantencelwand.&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillen tussen C3, C4 en CAM&lt;br /&gt;
#Figuur: monokotyle stengel met vaatbundel&lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##hydrogenosoom&lt;br /&gt;
##Agrobacterium tumefaciens&lt;br /&gt;
##massastroming (Munch hypothese) &lt;br /&gt;
##terminatortechnologie&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Teken een dwarsdoorsnede van een wortel van een monokotyle plant. Wat is het verschil met een dikotyle plant?&lt;br /&gt;
#Bespreek (fysiologisch en chemisch) de weg die een CO2 molecule aflegt vanuit de lucht om ingebouwd de worden in de celwand van een&lt;br /&gt;
rhizodermiscel.&lt;br /&gt;
#Vergelijk CO2 fixatie bij C3 en C4 planten. Wat zijn de ethiologische implicaties?&lt;br /&gt;
#ABC van de bloemetjes&lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
#Soortkruising&lt;br /&gt;
#Isospore haplodiplont &lt;br /&gt;
#Worteldruk&lt;br /&gt;
#Basidiomyceten&lt;br /&gt;
#ï‚§Archebacteria&lt;br /&gt;
===18 jan 2010 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijkheden voor overdracht van genetische informatie tussen individuen die tot een andere soort behoren.&lt;br /&gt;
#Vul volgende figuur aan en bespreek (die van potentiaal, niet met de kleurtjes, degene die ook in de cursus staat).&lt;br /&gt;
#Vergelijk CO2 fixatie bij CAM en C4 planten. 4. ABC van de bloemen.&lt;br /&gt;
#Situeer en bespreek:&lt;br /&gt;
##ascomyceten,&lt;br /&gt;
##heterospore haplodiplonten&lt;br /&gt;
##3 figuren: (een stengel ==&amp;amp;gt; figuur helemaal onderaan rechts in voorbeeldvragen, een blad ==&amp;amp;gt; die gele figuur zo :p en een wortel ==&amp;amp;gt; laatste blz, rechts bovenaan)&lt;br /&gt;
===18 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek autotrofie bij prokaryoten en eukaryoten.&lt;br /&gt;
#Gametofytische incompatibiliteit.&lt;br /&gt;
#Fotorespiratie: wat, waar, hoe, waarom?&lt;br /&gt;
#Vul aan en bespreek zodat duidelijk wordt of het om een haplont, diplont of haplodiplont organisme gaat. Is dit type organisme al goed aangepast aan het landleven? (figuur van varens, zie voorbeeldvragen) &lt;br /&gt;
#Situeer en bespreek:&lt;br /&gt;
##3 figuren (monokotyl blad, dikotyle verdikte stengel, monokotyle vaatbundel),&lt;br /&gt;
##agrobacterium tumefaciens&lt;br /&gt;
##basidiomyceten.&lt;br /&gt;
===26 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Plantencelwand: Samenstelling? Structuur? Functie? Oorsprong?&lt;br /&gt;
#Transport in planten: Hoe? Waar? Waarom?&lt;br /&gt;
#C4 en CAM planten: Wat? Waarom? Hoe? Verschil?&lt;br /&gt;
#Afbeelding van een diplohaplonte cyclus, en zeggen of deze plant al goed&lt;br /&gt;
is aangepast aan het leven op het land. &lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Soortkruising&lt;br /&gt;
##Agrobacterium Tumefaciens&lt;br /&gt;
##Zelfincompatibiliteit&lt;br /&gt;
##Het ABC van de bloemetjes&lt;br /&gt;
##Fotoke van dwarse doorsnede van een plantenstengel, zeggen wa ge ziet en van die dinge..&lt;br /&gt;
===19 jan 2009===&lt;br /&gt;
#voortplantingscyclus (mos)&lt;br /&gt;
#bespreek zo goed mogelijk de opnamen van N uit nitraat (chemisch/fysisch) en inbouw in celwandprotÃ«ine epidermiscel 3. teken primaire stengel dikotyle plant + verschil monokotyle&lt;br /&gt;
#fotorespiratie: zin of onzin.&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##gametofytische zelfincompabiliteit &lt;br /&gt;
##ABC van bloemen&lt;br /&gt;
##worteldruk&lt;br /&gt;
##retrovirussen&lt;br /&gt;
===28 jan 2008===&lt;br /&gt;
#vergelijk autotrofie bij eukaryoten en prokaryoten&lt;br /&gt;
#fotorespiratie&lt;br /&gt;
#zelf-incompabiliteit&lt;br /&gt;
#cyclus van varen aanvullen + aangepassingen aan het land &lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##drie foto&#039;s &lt;br /&gt;
##Agrobacterium tumefaciens  &lt;br /&gt;
##Basidiomyceet&lt;br /&gt;
===28 jan 2008===&lt;br /&gt;
#primaire dikotyle wortel tekenen en bespreken, vergelijken met monokotyle &lt;br /&gt;
#Welke fysische en chemische weg moet het N-atoom van NH4+ afleggen&lt;br /&gt;
om ingebouwd te kunnen worden in een celwandproteÃ¯ne van een blad&lt;br /&gt;
#Grafieken van CO2-opname van C3 en C4 planten. Zelf assen invullen en c3 en c4 aanduiden + uitleggen waarom&lt;br /&gt;
#Welke aanpassingen moet een landplant hebben ten opzichte van een wier&lt;br /&gt;
om te kunnen overleven op het land en is dit bij alle zo &lt;br /&gt;
#Bespreek:&lt;br /&gt;
##ascomyceten &lt;br /&gt;
##retrotransposons&lt;br /&gt;
##archeaebacteriÃ«n&lt;br /&gt;
##zelfincomptabiliteit&lt;br /&gt;
===21 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Hoe genetische informatie overbrengen tussen individuen van verschillende soorten denk ik&lt;br /&gt;
#Bespreek en vul aan die figuur van de waterpotentiaal in een cel&lt;br /&gt;
#leg uit hoe CO2 wordt gefixeerd bij C4 planten en CAM planten en vergelijk &lt;br /&gt;
#geef een schematische voorstelling en een voorbeeld van een heterospore haplodiplont cyclus &lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##Ascomyceten&lt;br /&gt;
##zelfincompatibiliteit&lt;br /&gt;
## 3 foto&#039;kes ( stengel, wortel en blad)&lt;br /&gt;
===18 jan 2008===&lt;br /&gt;
#teken structuur monocotyle wortel, vgl met dicotyle&lt;br /&gt;
#bespreek fixatie co2 bij C4-C3 planten, ahv voor en nadelen&lt;br /&gt;
#voortplantingscyclus (van ascomyceten, was wel niet gegeven da het over asco ging ) aanvullen en uitleggen waarom het haplont/diplont/diplohaplont is&lt;br /&gt;
#bespreek hoe C via co2 kan ingebouwd worden in de rizodhermiscellen (&lt;br /&gt;
zowel fysich als chemisch ) &lt;br /&gt;
#Situeer en bespreek:&lt;br /&gt;
##worteldruk&lt;br /&gt;
##basidiomyceten &lt;br /&gt;
##archeaebacteriÃ«n&lt;br /&gt;
##soortbestuiving&lt;br /&gt;
##retrovirussen&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Celwand: Samenstelling? Functie? Oorsprong? Structuur?&lt;br /&gt;
#Vergelijk het transport van mineralen en het transport van&lt;br /&gt;
fotosyntheseproducten&lt;br /&gt;
#Je gaat op excursie om C3/C4/CAM planten te inventariseren. Wat voor&lt;br /&gt;
materiaal neem je mee en leg uit.&lt;br /&gt;
#Tekening van een voortplantingscyclus: Is dit haplont/diplont/haplodiplont? Leg uit en geef aan of en hoe deze plant aan het landleven aangepast is. &lt;br /&gt;
#Situeer en bespreek:&lt;br /&gt;
##Zelfincopatibiliteit&lt;br /&gt;
##Agrobacterium tumefaciens&lt;br /&gt;
##3 tekeningen (doorsneden van stengel/wortel)&lt;br /&gt;
===2 feb 2007===&lt;br /&gt;
#twee grafieken zonder aanduidingen &amp;amp;quot;vul aan en verklaar&amp;amp;quot;&lt;br /&gt;
#genetische overdracht tussen individuen van dezelfde soort en verschillende soorten, leg uit&lt;br /&gt;
===15 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Vul volgende grafiek aan en bespreek (die van de waterpotentiaal van de omgeving t o v die in de plantencel) en hoe zit dit in &#039;t xyleem? &lt;br /&gt;
#Fotorespiratie: wat? waar? hoe? waarom?&lt;br /&gt;
#Situeer:&lt;br /&gt;
##lenticellen&lt;br /&gt;
##heterospore&lt;br /&gt;
##haplodiplonten&lt;br /&gt;
##zygomyceten&lt;br /&gt;
##endodermis&lt;br /&gt;
##gametofytische incompatibiliteit&lt;br /&gt;
##agrobacterium tumefaciens&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen DIER== &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2019 VM===&lt;br /&gt;
# Begrippen verklaren: parthenogenese, eutelie, monocyt &lt;br /&gt;
# Termen verbinden idem vorige jaren &lt;br /&gt;
# Skeletspier structuur en hoe werkt deze (wat is een elektrische impuls)&lt;br /&gt;
# Glucosegehalte in bloedplasma en regulerende hormonen, waar worden glucose opgeslagen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# Verklaar volgende begrippen: RNA interferentie, epifyse, prothorax&lt;br /&gt;
# Verbind volgende begrippen en verklaar bondig: &lt;br /&gt;
## parapodia, radula, buisjes van Malphigi, pseudocoel, clitellum, cleidoïsch ei, ambulacra, choanocyten.&lt;br /&gt;
## Oligochaeta, Reptilia, Echinodermata, Porifera, Polychaeta, Nematoda, Insecta, Gastropoda&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van de maag en het duodenum in de spijvertering. Welke hormonen worden daar lokaal vrijgesteld en wat is hun rol?&lt;br /&gt;
# Bespreek de hartcyclus en bloedsomloop en de regulatie van de bloeddruk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# Begrippen verklaren: parthenogenese, eutelie, monocyt &lt;br /&gt;
# Termen verbinden idem vorige jaren &lt;br /&gt;
# Skeletspier structuur en hoe werkt deze&lt;br /&gt;
# Glucosegehalte in plasma en regulerende hormonen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
#Begrippen verklaren: gemmula, radula, planula&lt;br /&gt;
#Termen verbinden en kort de functie geven ervan: ambulacra (Echinodermata), mesoglea (Cnidaria), lofofoor (Branchiopoda), proglottiden (Cestoda), clitellum (Huridinae), corpus alata (Insecta), choanen, endostyl&lt;br /&gt;
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria.&lt;br /&gt;
#Leg de menstruatiecyclus uit adhv de hormonen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Verklaar volgende begrippen: RNA interferentie, epifyse, prothorax&lt;br /&gt;
# Verbind volgende begrippen en verklaar bondig: parapodia, radula, buisjes van Malphigi, pseudocoel, clitellum, cleidoïsch ei, ambulacra, choanocyten.&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van de maag en het duodenum in de spijvertering. Welke hormonen worden hier geproduceerd en wat is hun rol?&lt;br /&gt;
# Bespreek de hartcyclus en bloedsomloop en de regulatie van de bloeddruk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Begrippen verklaren: Ambulacra, Thrombocyt, Mimicry&lt;br /&gt;
#Termen verbinden en kort de functie geven ervan: zie vorige jaren&lt;br /&gt;
#Osmoregulatie van zoetwater- en zoutwater vissen&lt;br /&gt;
#Geef de werking en structuur van het binnenoor.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2018 VM ===&lt;br /&gt;
# Begrippen verklaren: gemmulae, radula en parthenogenese.&lt;br /&gt;
# Verbinden: exact dezelfde begrippen als vorige jaren.&lt;br /&gt;
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria.&lt;br /&gt;
# Geef de structuur, werking en regulatie van een nefron bij zoogdieren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 aug 2017 NM===&lt;br /&gt;
#Begrippen verklaren: Parafyletisch, Parthogenese, Eutelie&lt;br /&gt;
#Verbinden: exact dezelfde begrippen als vorige jaren&lt;br /&gt;
#Geen 3 bestrijdingsstrategiën tegen een insecten plaagsoort en leg uit&lt;br /&gt;
#Leg de menstruatiecyclus uit adhv de hormonen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 aug 2017 VM===&lt;br /&gt;
#verklaar: blastula, monocyt, convergete evolutie&lt;br /&gt;
#verbind, ongeveer zelfde begrippen als vorige jaren + zweetklier (mammalia), zijlijn (osteichthyes)&lt;br /&gt;
#Samenstelling van een spier + werking contractie&lt;br /&gt;
#hoe wordt het glucose gehalte in het bloed gereguleerd, welke hormonen werken hierbij en waar worden ze gemaakt&lt;br /&gt;
===31 jan 2017===&lt;br /&gt;
#Verklaar: dauer, ecdysis en filariasis.&lt;br /&gt;
#Verbind, zelfde begrippen als voorgaande jaren.&lt;br /&gt;
#Vergelijk zuurstof opname bij zoogdieren en insecten.&lt;br /&gt;
#Hoe werkt het doorgeven van zenuwimpulsen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Termen: RNA interferentie, epifyse, prothorax&lt;br /&gt;
#Verbinden&lt;br /&gt;
#Uitleggen: 3 voorbeelden van tegenstroomprincipe en impulsgeleiding&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 aug 2014===&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
##adaptieve radiatie&lt;br /&gt;
##gremmula&lt;br /&gt;
##eutelie&lt;br /&gt;
#Verbind:&lt;br /&gt;
##preenklier - spiraalplooi - pedipalpen - mesogloea - corpus alata - ambulacra - radula - citellum &lt;br /&gt;
##cnidaria - insecta - echinodermata - gestropoda - chondrichtys - hirunae - aves - chelicerata&lt;br /&gt;
#Geef het mechanisme van de bioluminescentie bij aquora victoria&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur, werking en regulatie van een nefron bij zoogdieren.&lt;br /&gt;
===30 jan 2014===&lt;br /&gt;
#Begrippen :&lt;br /&gt;
##Metanefridium&lt;br /&gt;
##Regeneratie&lt;br /&gt;
##Clitellum&lt;br /&gt;
#Verbinden: mesogloea, speenklier, kieuwdeksel, pedipalp, ambulacra, corpora allata, spiraalplooi, radula&lt;br /&gt;
#Leg de menstruatiecyclus uit en geef 3 voorbeelden van tegenstrooomprincipe&lt;br /&gt;
===29 jan 2014 NM===&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
##Filiarsis&lt;br /&gt;
##Mimicry &lt;br /&gt;
##Corpora cardiaca&lt;br /&gt;
#Verbinden: termen van de vorig jaren.&lt;br /&gt;
#Leg de werking van longen en tracheÃ«n uit en vergelijk. Vergelijk&lt;br /&gt;
osmoregulatie bij zoet-en zoutwatervissen.&lt;br /&gt;
===28 jan 2014 NM===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Lofofoor&lt;br /&gt;
##Adaptieve radiatie &lt;br /&gt;
##Protonefridium&lt;br /&gt;
#Verbind: parapodia(polychaeta), radula(Gastropoda), Antennae(Arthropoda), Mesogloea(cnidaria), clitellum(Oligochaeta), CleidoÃ¯sche ei(Reptilia), Ambulacra(Echinodermata), Gemmulae(Porifera)&lt;br /&gt;
#Illustreer aan de hand van drie voorbeelden het belang van het tegenstroomprincipe en leg uit.&lt;br /&gt;
#Leg het mechanisme uit van de elektrische impulsgeleiding door zenuwcellen.&lt;br /&gt;
===28 jan 2014 VM===&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
##Gemmula&lt;br /&gt;
##Radula&lt;br /&gt;
##Corpora allata&lt;br /&gt;
#Verbinden: termen van de vorig jaren.&lt;br /&gt;
#Bespreken en vergelijken het mechanisme van gasuitwisseling bij longen zoogdieren en vogels&lt;br /&gt;
#Welke hormonen worden gevormd in de gonaden bij de mens en regulatie.&lt;br /&gt;
===27 jan 2014===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Planula&lt;br /&gt;
##RNA interference&lt;br /&gt;
##Eutelie&lt;br /&gt;
#Verbinden, opnieuw combinaite die hieronder al staat&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur en het contractiemechanisme van skeletspieren. &lt;br /&gt;
#Wat zijn de belangrijkste hormonen die door de schildklier geproduceerd worden en hoe worden ze gereguleerd?&lt;br /&gt;
===13 jan 2012===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
##Gremule&lt;br /&gt;
##Eutelie &lt;br /&gt;
##Amnion&lt;br /&gt;
#Verbindt Latijnse namen met Latijnse namen. (letterlijk als in het voorbeeld examen)&lt;br /&gt;
#Leg bondig uit: Skeletspier (structuur, werking en regulatie)&lt;br /&gt;
#Welke hormonen spelen welke rol in de vrouwelijke voortplantingscycus?&lt;br /&gt;
===25 juni 2012===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Nematocyst ï‚§?&lt;br /&gt;
##Metamorfose ï‚§ Lolofoo&lt;br /&gt;
##Amnion&lt;br /&gt;
#Verbinden (Combinatie van termen die al gegeven zijn in de vorige examens)&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk drie types spierweefsel bij dieren.&lt;br /&gt;
#Bespreek rol van gal en pancreas in de spijsvertering (in invertebraten). 5. Bespreek de regulatie van hartcyclus en bloeddruk (in zoogdieren).&lt;br /&gt;
===22 juni 2012===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Protonefridia&lt;br /&gt;
##Ecdysis&lt;br /&gt;
##Parthenogenese&lt;br /&gt;
##Mimicry&lt;br /&gt;
##Filariasis&lt;br /&gt;
#Verbinden ( was combinatie van termen die al gegeven zijn in de vorige examens)&lt;br /&gt;
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen&lt;br /&gt;
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen&lt;br /&gt;
#Bespreek het doorgeven van een elektrische impuls in een zenuwcel&lt;br /&gt;
===19 juni 2012===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Feromoon&lt;br /&gt;
##Dauer&lt;br /&gt;
##Regressieve evolutie&lt;br /&gt;
##Endostyl ï‚§&lt;br /&gt;
#Verbinden. Allemaal termen uit de vragen van vorige jaren.&lt;br /&gt;
#Geef de levenscyclus van de runderlintworm en bespreek.&lt;br /&gt;
#Leg het tegenstroomprincipe uit aan de hand van drie voorbeelden.&lt;br /&gt;
#Bespreek structuur en werking van de hypofyse. Welke hormonen zijn aanwezig in de hypofyse?&lt;br /&gt;
===24 juni 2011===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Protonefridia&lt;br /&gt;
##regressieve evolutie&lt;br /&gt;
##Pseudocoeloom &lt;br /&gt;
##Dauer &lt;br /&gt;
##oncosfeer&lt;br /&gt;
#Verbinden:&lt;br /&gt;
##spicula, proglottiden, Clitellum, lofofoor, endocuticula, choanen, lijmcellen, rhopalia&lt;br /&gt;
##Ctenophora, Cestoda, Ectoprocta, Arthropoda, porifera, Sarcopterygii, Cnidaria, oligochaeta&lt;br /&gt;
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen&lt;br /&gt;
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen&lt;br /&gt;
#welke hormonen reguleren het mannelijk voortplantingsstelsel (bij de mens)?&lt;br /&gt;
===23 juni 2011===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Planula&lt;br /&gt;
##Cephalisatie&lt;br /&gt;
##Enterocoel&lt;br /&gt;
##Ecdysis&lt;br /&gt;
##RNA interference&lt;br /&gt;
#Verbinden: Parapodia, Spiraalplooi, antennae, scolex, choanen, lofofoor, lijmcellen,osculum&lt;br /&gt;
#Bespreek de evolutie van de mens (bondig)&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur van een lichaamsspier en de contractie er van 5. Bespreek het doorgeven van een elektrische impuls in een zenuwcel&lt;br /&gt;
===21 juni 2011===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Gemmula&lt;br /&gt;
##Adaptieve radiatie&lt;br /&gt;
##Eutelie &lt;br /&gt;
##Rhopalia ï‚§&lt;br /&gt;
#Verbinden:&lt;br /&gt;
##Preenklier, Kieuwdeksel, Pedipalpen, Mesogloea, Endostyl, Ambulacra, Radula, Clitellum&lt;br /&gt;
##Aves, Osteichthyes, Chelicerata, Cnidaria, Cephalochordata, Echinodermata, Gastropoda, Hirudinea&lt;br /&gt;
#Bespreek bioluminiscentie.&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de glucoseconcentratie in het plasma gereguleerd. 5. Bespreek de hormonen bij de menselijke voortplantingscyclus.&lt;br /&gt;
===21 juni 2010 NM===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Regeneratie&lt;br /&gt;
##Protonefridia&lt;br /&gt;
##Scolex&lt;br /&gt;
##Corpora allata&lt;br /&gt;
#Verbinden:&lt;br /&gt;
##Preenklier, Kieuwdeksel, Pedipalpen, Mesogloea, Endostyl, Ambulacra, Radula, Clitellum&lt;br /&gt;
##Aves, Osteichthyes, Chicerata, Cnidaria, Cephalochordata, Echinodermata, Gastropoda, Hirudinea&lt;br /&gt;
#Wat weet je over de evolutie van de mens. Bespreek bondig.&lt;br /&gt;
#Bespreek hartcyclus en bloedsomloop (bij zoogdieren) en de regulatie daarvan.&lt;br /&gt;
#Illustreer aan de hand van een voorbeeld het belang van het tegenstroomprincipe bij uitwisselingsprocessen.&lt;br /&gt;
===21 juni 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Termen:&lt;br /&gt;
##Pseudocoeloom &lt;br /&gt;
##Clitellum &lt;br /&gt;
##Dauer&lt;br /&gt;
##Endostyl&lt;br /&gt;
##Corpora cardiata&lt;br /&gt;
#Verbinden:&lt;br /&gt;
##Antennae, Osculum, Spiraalplooi, Choanen, Parapodia, Scolex, Lijmcellen, Lofofoor&lt;br /&gt;
##Ctenophora, Ectoprocta, Cestoda, Porifera, Sarcopterygii, Condrichtyes, Crustacea, Polychaeta&lt;br /&gt;
#Schets de levenscyclus van Schistosoma.&lt;br /&gt;
#Vergelijk 3 types spierweefsel en leg het mechanisme van contractie uit. 5. Bespreek de hormonale regulatie van de menstruele cyclus.&lt;br /&gt;
===18 juni 2010===&lt;br /&gt;
#woordjes:&lt;br /&gt;
##adaptieve radiatie ï‚§ ascon&lt;br /&gt;
##nematocyst&lt;br /&gt;
##eutelie&lt;br /&gt;
##lofofoor&lt;br /&gt;
#verbinden: spicula (porifera), ambulacra (echinodermata), antennae (insecta), melkklieren (mammalia), rhopalia (cnidaria), proglottiden (cestoda), pseudocoel (nematoda), clitellum (huridinae)&lt;br /&gt;
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen&lt;br /&gt;
#vergelijken van osmoregulatie bij zout- en zoetwatervissen 5. principe van impulsgeleiding in zenuwcellen&lt;br /&gt;
===15 juni 2006===&lt;br /&gt;
#woordjes:&lt;br /&gt;
##regressieve evolutie &lt;br /&gt;
##mimicry&lt;br /&gt;
##filariasis&lt;br /&gt;
##ecdysis&lt;br /&gt;
##parthenogenese&lt;br /&gt;
#verbinden: radula (gastropoda), ambulacra (echinodermata), antennae (arthropoda), cloeidisch ei (reptilia), gemmulae (porifera), mesogloea (cnidaria), parapodium (polychaeta), lofofoor (brachiopoda)&lt;br /&gt;
#principe van bioluminiscentie in victoria aequorine uitleggen&lt;br /&gt;
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen&lt;br /&gt;
#geef functie, structuur en regulatie van de hypofyse + welke hormonen komen erbij voor&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Eliasb</name></author>
	</entry>
</feed>