Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular Cell Biology

2020-06-23T11:29:44Z

Go: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==
=== 22/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss receptor-mediated endocytosis giving examples.
# Discuss the different ATPases.
# Discuss glycosilation giving examples.
==== Bijvragen====
# How does cisternal progression work and what are the evidences that support it?
# Discuss the unfolded protein response pathway.
# The change of hydrophobic residues to charged ones in a transmembrane protein causes the secretion of the protein instead of its location in the membrane. Why?
=== 15/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.
# Na+/K+ ATPases bespreken. + andere ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
==== Bijvragen====
# Hoe diffusie snelheid in je membraan bepalen? (FRAP)
# Bespreek het transport van CO2 en belang anionentransport in bloed
# Een vraag rond ATP productie bij verbranden glucose uit voeding en bij spierbeweging

=== 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.
# Bespreek de verschillende ATPases.
# Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.
==== Bijvragen====
# Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal.
# Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.
# Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.

=== 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.
# Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.
==== Bijvragen====
# Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.
# Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.
# Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.
=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 7/06/2019 ===
====Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
# Bespreek de verschillende ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract

====Bijvragen====
# Selectiviteit van ion channels
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)
# Unfolded protein response
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Biomolecular Interactions

2020-06-19T10:44:08Z

Go: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biomolecular Interactions

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G77AE.htm

== Examenvragen ==
=== 17 juni 2020 (Corona exam: 3 hours)===
#Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give two examples of diseases with protein-carbohydrate interactions and say how you could stop their progress.
#Mizuno: Given the equations describing kT, explain three factors affecting FRET efficiency and how (some of them) have to be taken into account when designing molecular sensors. Give two examples about molecular sensors using FRET, one with intermolecular and other with intramolecular FRET.
#Robben: you need to produce mouse monoclonal antibodies against the SARS-CoV-2. The spike protein is provided. Describe how would you proceed using phage display. What experimental measures would you take to ensure maximal affinity of the antibodies?
=== 14 juni 2019===
#Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give examples of diseases with protein-carbohydrate interactions.
#Mizuno: Describe FRET and fluoresence lifetime, give examples to explain these concepts.
#Robben: Why doesn't the classical yeast two hybrid system work when one of the proteins is a membrane protein? Which alternative systems do you know would work? Give major advantages or disadvantages.
(Oral with Wim)

=== 15 juni 2018===

#Robben: Wat zijn de verschillende manieren waarop EcoRV bindt met DNA, welke methodologieën om dit te onderzoeken?
#Mizuno: Je collega ziet bij confocale microscopie dat membraaneiwit A en membraaneiwit B op de zelfde positie zichtbaar zijn en besluit dat ze dus interageren. Wat vind jij hiervan en waarom? Welke andere technieken zou je voorstellen en geef de achtergrond van deze technieken.
#Van den Ende: polypeptide-polysaccharideinteracties voor ziektes: Geef belang aan met behulp van een voorbeeld, en geef een voorbeeld van hoe dit de basis zou kunnen zijn van een therapie.

=== 26 juni 2017 ===
# Mizuno-senpai:
## Explain the principle of the Scatchard plot using the degree of association (fi)
##The two given plots depict a wild type (wt) and a mutant (cc) EGFR’s scatchard plot, with the twist that L(bound) is used instead of fi.
###Explain, how to calculate the association constant! Derive the linear, to get -K
###Give the association constant for CC! devide y intercept with x intercept, dont forget the unit! (K~0.9/12[1/pM])
###What does the x intercept mean? We can read out E0, because fi=1 at the x intercept. fi=L(bound)/E0=1 → L(bound)=E0
###Discuss the differences between WT & CC. WT curves up, which indicates an additional binding site. As for that binding site, the association constant is greater (see graph) it has a higher affinity to the substrate. This binding site is lost in the mutation. (Also this is why it is conceptually incorrect to calculate K from the y intercept on the scatchard plot)
#G. Maglia: Describe how DNA binding proteins recognize specific features in ssDNA and dsDNA.
#J. Robben: You want to develop a new ELISA assay for Zika virus. The coat protein (the antigen) is given. You decide to use phage display
##Describe how you would proceed in the lab! Procedure for antibody display (use nanobodies), biopanning, amplification etc.
##Which experimental measures would you use to ensure maximal affinity? According to those, who had the oral with him, the answer was monovalent display (so type33 or type3+3 display)
#J. Hofkens:A new theory is proposed for the structure of biological membranes, according to which it contains:
##Rafts
##Compartments that are due to the partition of the actin filaments (cytoskeleton) in the membrane
##Membrane proteins, that are present in oligomer form, or as transient dimers or bigger complexes. Describe how would you confirm this theory, with the microscopy techniques learned in class.

=== 20/06/2016 ===
#Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step reversible association and fast binding followed by a slower conformational change.
#Prof. Robben : Describe by drawing diagram of genetic component of enzyme complementation system. What are the strengths and weaknesses of this system compare to the traditional transcription factor based system.
#Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2.
#Prof.Hofkens : Imaging of receptor molecules in neural ring synapse in C.elegans.

=== 20/08/2016 ===
# Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Define the Binding equation. Derive the partition function and the association constant. Provide the Hill Plot and Scatchard plot of a single binding site. Explain what kind of information can be obtained from these plots. Explain the above analysis in the context of oxygen binding.
# Prof. Robben : Give a schematic representation of Tandem Affinity purification. Explain why sometimes cross linking is used. How is the outcome of this experiment different from 2 hybrid systems..
# Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2(ligand receptor complex).
#Prof.Hofkens : To distinguish the type of movement of two different motor proteins

=== 21/08/2015 ===
#Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step and two step binding kinetics models. Basically all the equations. Know about the rate constants, what do they mean and how do you obtain them. Does not give any equation or formula.
#Prof. Giovanni Maglia : Explain how do proteins bind to a specific sequence in the major groove of the DNA.
#Prof. Marc De Maeyer: Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 3.
# Prof. Johan Robben :· Classic yeast two-hybrid models are not viable if one or both proteins involved are cellular membrane proteins. Explain. · Give an example schematically on how would you model it correctly.

Physical Chemistry of Biological Systems

2020-01-23T15:48:48Z

Go: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm

==Examenvragen==

===23 Januari 2020===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===13 Januari 2020===
#Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau.
#Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===14 januari 2019===
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)
# Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)

===15 januari 2018===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===11 januari 2016===
# Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine.
# De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.

===12 januari 2015===
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===17 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?

===14 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.
===18 januari 2011===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS.
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.

===29 januari 2010===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.
# Microtubulus-oscillaties
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).
===12 januari 2009===
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP
# welke info haal je uit kinetische studies?
# counter ion condensation
# linked function concept in proteïne stabiliteit

===26 augustus 2008===
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?

===14 januari 2008===
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.

Biomolecular Modelling

2020-01-22T14:14:52Z

Go:

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biomolecular modelling

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G79AE.htm

== Examenvragen ==
'''Exam of 21/01/2020'''

1. Describe the different methods for structure prediction and explain in which situation they are used.

2. Differences and similarities between genetic algorithms and monte carlo simulated annealing.

3. You have a set of molecules able to bind a target, but they can not be used as drugs. There is a database of drug-like compounds. You have the structure of the active ligands, of the target but not of the complex. What would you do to find new drugs

4. Rndom question: describe the steps of moelcular dynamics

5. True or false questions:
a. The PDB is the best format to store data of protein-ligand complexes
b. FF for small molecules can not be used for proteins
c. The first step of conjugate gradient is steepest descent

'''Exam of 20/01/2020'''

1. (Oral) Describe Monte Carlo simulation and what it is used for.

2. (Oral)Random question: explain the enrichment factor.

3. What is a scoring function and which types are there?

4. You have a set of molecules able to bind a target, but they can not be used as drugs. There is a database of drug-like compounds. You have the structure of the active ligands, of the target but not of the complex. What would you do to find new drugs

5. 4 true or false questions:

a. All FF should have a term for hydrogen bonds.
b. Molecular dynamics is the best method to predict the structure of a protein.
c. The first step in the conjugated gradient method is the same as in the steepest descent.
d. The goal of the lead optimization phase is to increase the potency of the molecule.