https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=JanaR 2026-07-28T12:49:20Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&diff=1172 2018-06-16T07:29:05Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Cell Biology<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> === 14/06/2018 NM===<br /> === Hoofdvragen===<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden. <br /> # Bespreek ATPase pompen.<br /> # Hoe kan men glucosetransport volgen? <br /> ===Bijvragen===<br /> # Bespreek bloed antigen.<br /> # Hoe wordt de maag verzuurd?<br /> # Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?<br /> # Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).<br /> # Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan). <br /> <br /> ===14/06/2018 VM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen<br /> #Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden<br /> #Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2<br /> #Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?<br /> #Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.<br /> <br /> ===08/06/2018 NM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek import van proteinen in mitochondrien <br /> #bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden<br /> #bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)<br /> #Practicum: glucose import<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek verzuring van het maaglumen<br /> #bespreek unfolded protein response<br /> #bespreek post golgi proteolytic cleavage <br /> #hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --&gt; associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)<br /> #Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)<br /> <br /> ===08/06/2018 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de verschillende ATPases<br /> #Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast<br /> #Watertransportkanalen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies<br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)<br /> <br /> ===11/06/2015 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)<br /> #Bespreek bloedantigenen<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)<br /> #Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)<br /> #Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)<br /> <br /> ===05/06/2015 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract? <br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de unfolded protein pathway<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)<br /> Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)<br /> <br /> ===01/09/2014 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt) <br /> <br /> ====Bijvragen====<br /> #Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)<br /> #Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)<br /> #Bespreek de unfolded proteïns pathway.<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, =&gt; GLUT4 transporteert via gradiënt)<br /> Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer =&gt; toevoegen na/k pomp, K-kanaal)<br /> <br /> ===06/06/2014 NM===<br /> ====Hoofdvragen===<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Vergelijk de ATPasen<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen <br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein &amp; influenza HA)<br /> #Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)<br /> #Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie. <br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)<br /> Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)<br /> <br /> ===11/06/2012 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën<br /> #Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de post golgi proteolytische modificatie<br /> #Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.<br /> #Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER<br /> #Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.<br /> #Bespreek de verzuring van het maaglumen.<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Leg transport van proteïnen naar RER uit.<br /> #Structuur cilia + beweging uitleggen.<br /> #ATP-ase pompen bespreken.<br /> #Uitleggen pract. trehalose.<br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale - apicale sortering<br /> #Post-golgimodificering van proteinen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden<br /> #uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.<br /> #Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?<br /> <br /> ===27/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Structuur cilia + beweging<br /> #Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.<br /> #Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?<br /> #Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.<br /> #Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?<br /> #Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.<br /> <br /> ===20/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering<br /> #Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===20/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de structuur en beweging van cilia<br /> #Bespreek import van proteinen in mitochondriën<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit<br /> #Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende klassen ATPasen<br /> #Bespreek de werking van de cilia<br /> #Practicum: Trehalase<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-Golgi proteolytische processing<br /> #Aanwijzingen voor cisternale progressie<br /> #Apicale-basolaterale sortering<br /> #Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten<br /> #Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen<br /> ===10/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen<br /> #Practicum: cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?<br /> <br /> ===14/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de structuur van cilia en hun beweging<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek<br /> #Bespreek de bloedantigenen<br /> #Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?<br /> <br /> ===10 juni 2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes<br /> #Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)<br /> #cAMP determination in function of the nutrients<br /> ====Bijvragen====<br /> #discuss the AB0 system<br /> #how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)<br /> #discuss watertransportproteins<br /> #discuss the dynamic behaviour of microtubulis<br /> #how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica<br /> <br /> ===8/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden<br /> #bespreek alle soorten ATP pompen in membranen<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek de post-golgi proteolytische processing<br /> #bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen <br /> #en nog drie andere...<br /> <br /> ===7/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op RER<br /> #ATPase pompen bespreken<br /> #Cilia: beweging en structuur<br /> #cAMP - bepaling ifv omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-golgi proteolytische processing<br /> #Apicale - basolaterale sortering<br /> #Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?<br /> #N/C-terminus antilichamen, zie hieronder<br /> #Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op ER<br /> #ATPasen bespreken<br /> #Beweging en structuur cilia<br /> #cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Apicaal basolateraal proteïnen afleveren<br /> #Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)<br /> #ABO bloedgroepen<br /> #Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus<br /> #Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën<br /> #die van die cilia<br /> #Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.<br /> #Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Die van unfolded protein response<br /> #Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Die van symport-gefaciliteerde diffusie<br /> #Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?<br /> <br /> ===17/062008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek ciliën en hun beweging<br /> #bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen<br /> #bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan<br /> #practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen<br /> #Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.<br /> #bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===11 juni 2008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen<br /> #bespreek de verschillende typen ATPase pompen<br /> #practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek motorproteïnen<br /> #geef de &quot;unfolded protein respons&quot;<br /> #weet ik ni meer<br /> #hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt<br /> een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=969 2018-01-23T13:29:08Z

<p>JanaR: /* 23/01/2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> # Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt.(De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen. Als je de eerste lijst in Mascot plaatste, kwam je iets van 'mouse' uit, wat niet kon gezien het om humane stalen ging).<br /> <br /> #* welke lijst is gel-based en welke gelfree? <br /> #* Geef een samenvatting van de twee proteïnen. <br /> #* Welke lijst behoort tot welk labo?<br /> <br /> # Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering. <br /> #* Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)<br /> #* als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt<br /> #* BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #*over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=968 2018-01-23T13:28:42Z

<p>JanaR: /* 23/01/2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> # Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt.(De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen. Als je de eerste lijst in Mascot plaatste, kwam je iets van 'mouse' uit, wat niet kon gezien het om humane stalen ging)<br /> <br /> #* welke lijst is gel-based en welke gelfree? <br /> #* Geef een samenvatting van de twee proteïnen. <br /> #* Welke lijst behoort tot welk labo?<br /> <br /> # Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering. <br /> #* Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)<br /> #* als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt<br /> #* BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #*over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=967 2018-01-23T13:27:38Z

<p>JanaR: /* 23/01/2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> # Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt. <br /> (De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen.)<br /> #* welke lijst is gel-based en welke gelfree? <br /> #* Geef een samenvatting van de twee proteïnen. <br /> #* Welke lijst behoort tot welk labo?<br /> <br /> # Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering. <br /> #* Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)<br /> #* als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt<br /> #* BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #*over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=966 2018-01-23T13:25:38Z

<p>JanaR: /* 23/01/2018 VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> # Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt. <br /> De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen. <br /> #* welke lijst is gel-based en welke gelfree? <br /> #* Geef een samenvatting van de twee proteïnen. <br /> #* Welke lijst behoort tot welk labo?<br /> <br /> # Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering. <br /> #* Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)<br /> #* als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt<br /> #* BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #*over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=965 2018-01-23T13:23:07Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> <br /> Landuyt: <br /> # Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt. <br /> De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen. <br /> #* welke lijst is gel-based en welke gelfree? <br /> #* Geef een samenvatting van de twee proteïnen. <br /> #* Welke lijst behoort tot welk labo?<br /> <br /> # Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering. <br /> #* Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)<br /> #* als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt<br /> #* BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #*over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=964 2018-01-23T13:21:47Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker. <br /> ## Wat is je sequencing strategy? <br /> ## Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> ## Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> <br /> Landuyt: <br /> # Je hebt twee peak lijsten gegeven. Eentje van een onderzoekslabo dat kanker bestudeerd en eentje dat neurodegeneratieve ziekten onderzoekt. <br /> De eerste lijst kon je zelf uitrekenen en dan BLAST voor proteïnen, de andere moest je in Mascot plaatsen. <br /> ## welke lijst is gel-based en welke gelfree? <br /> ## Geef een samenvatting van de twee proteïnen. <br /> ## Welke lijst behoort tot welk labo?<br /> <br /> # Mojitos worden gebruikt als middel voor een betere vertering. <br /> ## Als je weet dat munt hiervoor verantwoordelijk is, hoe zou je de medicinale metabolieten dan opzuiveren als je weet dat rum en limoen hiervoor zorgen (rum bevat ethanol dus op polariteit zuiveren en limoen heeft lage PH dus met lage PH zuiveren)<br /> ## als je MS een nauwkeurigheid van 2 ppm heeft wat is dan de isotopisch gewicht van het meest dominante metaboliet van de munt<br /> ## BONUS als munt een illegale component was, welke metaboliett zou je dan zoeken in het bloed?<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> ## wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> ## waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> ##over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> ##Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=870 2018-01-17T14:31:06Z

<p>JanaR: /* 16/01/2018 (NM) */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> # als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> # wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> ## wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> ## waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> ##over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> ##Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=869 2018-01-17T14:30:40Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> # van welk proteine is dit peptiede <br /> 3) als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> 4) wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> ## wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> ## waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> ##over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> ##Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=868 2018-01-17T13:36:04Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=867 2018-01-17T13:35:36Z

<p>JanaR: /* 16/01/2018 (VM) */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> #1. RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> #2. woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> #1. MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> #2. massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=866 2018-01-17T13:34:54Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> 1. RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> 2. woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> 1. MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> 2. massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=865 2018-01-17T13:34:27Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> ==Examenvragen==<br /> 16/01/2018 (VM)<br /> <br /> Robben<br /> 1. RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> 2. woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> 1. MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> 2. massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&diff=811 2018-01-15T16:51:40Z

<p>JanaR: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over ''C. elegans'' die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.<br /> <br /> Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> # Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën<br /> # Paper<br /> # Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.<br /> <br /> Het examen is in het engels!<br /> <br /> === 20 januari 2016 ===<br /> <br /> Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.<br /> <br /> Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?<br /> <br /> === 18 januari 2016 ===<br /> <br /> Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën<br /> <br /> Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.<br /> <br /> === 11 januari 2016 ===<br /> <br /> Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.<br /> <br /> Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?<br /> <br /> === 11 januari 2016 ===<br /> <br /> Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians<br /> <br /> You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.<br /> <br /> === 12 januari 2014 ===<br /> <br /> Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.<br /> <br /> Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?<br /> <br /> Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?<br /> <br /> Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.<br /> <br /> === 16 januari 2012 ===<br /> <br /> Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.<br /> <br /> Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)<br /> <br /> === 17 januari 2011 ===<br /> <br /> Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.<br /> <br /> Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.<br /> <br /> === Andere vragen ===<br /> <br /> - Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?<br /> <br /> - Bespreek de pancreas.<br /> <br /> - Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?<br /> <br /> - Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?<br /> <br /> - Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.<br /> <br /> - A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?<br /> <br /> - Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?<br /> <br /> - Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?<br /> <br /> - Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?<br /> <br /> - Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?<br /> <br /> - Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.<br /> <br /> - Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.<br /> <br /> - Biosynthese van cortisol<br /> <br /> - Werking van MSH: de epifyse<br /> <br /> - Oestrale cyclus van het schaap<br /> <br /> - GTP en G-proteïnen<br /> <br /> - Gene knockout<br /> <br /> - Hypothalamische controle van het groeihormoon<br /> <br /> - Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors<br /> <br /> - Prolactine bij de vogels</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=337 2017-01-31T13:23:27Z

<p>JanaR: /* 30 jan 2017 */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met taak die staat op 8 van de 20 punten.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for classIII<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; binding? (5p)</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=336 2017-01-31T13:23:06Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met taak die staat op 8 van de 20 punten.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> c) Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for classIII<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; binding? (5p)</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&diff=294 2017-01-27T11:24:21Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> Vak uit de master B&amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.<br /> Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.<br /> Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 26 januari 2017(vm)===<br /> #Paper Hideaki: <br /> #* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus<br /> #* Contents paper vertellen<br /> #* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.<br /> # JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. <br /> #JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. <br /> === 24 januari 2017(vm)===<br /> <br /> #JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype<br /> #HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.<br /> #JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.<br /> <br /> ===18 januari 2017 (nm)===<br /> <br /> #JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. <br /> #HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.<br /> #JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.<br /> <br /> ===22 januari 2016 (nm)===<br /> #JW: Paper over kleurenblindheid<br /> #JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway<br /> #HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen<br /> <br /> ===14 januari 2016 (nm)===<br /> #JVD: artikel over LGR4<br /> #JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken<br /> #MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten<br /> <br /> ===13 januari 2016 (vm)===<br /> #JVD: Paper over lipid signal s1p<br /> #JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg<br /> #HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen<br /> <br /> ===24 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno<br /> #Van den Broek:<br /> ##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell <br /> ## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist<br /> #Winderickx:<br /> ## Give the two apoptosis pathways<br /> ## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis<br /> <br /> ===23 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)<br /> #Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)<br /> #Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)<br /> <br /> ===16 jan 2014 nm ===<br /> #Mizuno: Explain the roles of Ca&amp;lt;sup&amp;gt;2+&amp;lt;/sup&amp;gt; in muscle contraction. <br /> #Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.<br /> #Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.<br /> <br /> ===28 jan 2013 nm ===<br /> #Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP <br /> #Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway <br /> #De Ley: artikel over histidine fosforylatie <br /> <br /> === 25 jan 2013 ===<br /> #Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.<br /> #Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]<br /> #De Ley: Calcium: gradiënten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.<br /> <br /> === 20 jan 2012 ===<br /> #Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.<br /> #Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.<br /> #De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!<br /> <br /> === 19 jan 2012 ===<br /> #Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen<br /> #Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining<br /> #JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiïge tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?<br /> <br /> === 31 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. <br /> # Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release<br /> # Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]<br /> <br /> ===28 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. <br /> # Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. <br /> # Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.<br /> <br /> === 20 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter<br /> # Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken<br /> # Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie<br /> <br /> === 20 jan 2011 vm ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]<br /> # Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Winderickx: regulatie van adenylate cyclase<br /> <br /> === 10 sep 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]<br /> # Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck<br /> # robben: NO synthase en functioneren daarvan<br /> # RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van robben, <br /> # vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)<br /> # Jorix: regulatie van cAMP<br /> <br /> === 28 jan 2009 ===<br /> # MDL: Artikel NAADP<br /> # JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer<br /> # JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)<br /> <br /> === 22 jan 2009 ===<br /> <br /> # De Ley: NO en NO synthase(n)<br /> # Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS<br /> # VDB: artikel gonadotrope receptor<br /> <br /> === 29 aug 2008 ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)<br /> # Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.<br /> # Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.<br /> <br /> === 24 jan 2008 ===<br /> <br /> # MDL: ROS <br /> # JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme <br /> # VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.<br /> <br /> === 23 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: his fosforylatie <br /> # vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway <br /> # winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties <br /> # winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway <br /> # vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # De Ley: artikel over phosphohistidines <br /> # Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. <br /> # Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. <br /> # Bijvragen : Leg uit: <br /> #* Sos <br /> #* Prohormoon Convertase <br /> #* Phosphoinositide-3-kinase</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Computationele_Chemie&diff=293 2017-01-27T11:13:09Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> Een van de weinige vakken binnen de opleiding Chemie dat gedoceerd wordt door een vrouwelijke prof. Het zwaarste vak van de 3&amp;lt;sup&amp;gt;e&amp;lt;/sup&amp;gt; bachelor in de eerste semester. Naast het mondelinge examen bij prof Pierloot zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 26 januari 2017 (NM) ===<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> #<br /> #*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.<br /> # De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> === 24 januarri 2017 ===<br /> <br /> # Voorwaarden uitleggen voor wanneer een systeem geraden of ungeraden kan zijn.<br /> # Uitleggen waarom UHF afwijkingen geeft bij de dissociatie van H2 en het covalente karakter van bindingen. Uiteggen hoe dit kan verbeterd worden ( in detail zoals H IV: p28-30)<br /> # Afleiden van de totale elektronische energie na het in voeren van Kohn &amp; Sham orbitalen in DFT.<br /> <br /> === 20 januari 2017 (NM)===<br /> #<br /> #* Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.<br /> #* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.<br /> # Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit. <br /> <br /> ===22 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> # Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'. <br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #<br /> #* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen. <br /> #* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit? <br /> #* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen. <br /> <br /> ===19 januari 2016 (VM)===<br /> # <br /> #* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden? <br /> #* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.<br /> # Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met<br /> #* elektronische toestandsfunctie<br /> #* elektrondensiteit<br /> <br /> ===15 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema.<br /> #*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden. <br /> #*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden. <br /> # Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten. <br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===23 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> # Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> # De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> <br /> ===20 januari 2015 VM===<br /> # Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> # Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:eigenfuncties2.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===16 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===18 augustus 2014===<br /> # Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.<br /> # Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.<br /> <br /> ===24 januari 2014===<br /> # Definieer<br /> #*orbitaal en orbitaalbenadering<br /> #*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie<br /> #*slaterdeterminanten<br /> #*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> # geef de definitie en &amp;lt;u&amp;gt;twee voorbeelden&amp;lt;/u&amp;gt; (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:<br /> #* Idempotente operatoren<br /> #* Compatibele grootheden<br /> #* Hermitische operatoren<br /> # Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven &amp;lt;i&amp;gt;(uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)&amp;lt;/i&amp;gt;<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.<br /> #* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.<br /> #*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.<br /> #* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.<br /> #* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?<br /> #* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> ===17 januari 2014===<br /> #Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> #Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:<br /> #Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) &amp;lt;b&amp;gt;(zie 24 januari 2012)&amp;lt;/b&amp;gt;<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> #Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> <br /> === 22 januari 2013===<br /> <br /> #Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn &amp;amp; Sham<br /> #Geef de definitie van &amp;quot;size consistency&amp;quot;. Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?<br /> #<br /> #*Wat zijn compatiebele grootheden?<br /> #*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.<br /> #*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.<br /> <br /> ===Augustus 2012===<br /> <br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*eigenwaarden van A altijd reël zijn<br /> #*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H{{sub|2}} theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> <br /> ===28 januari 2011 NM===<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•&amp;lt;sub&amp;gt;b&amp;lt;/sub&amp;gt; = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is. <br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> <br /> ===24 januari 2012 VM===<br /> #<br /> #*Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:tabel eigenfuncties.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===22 januari 2012===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> #Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;Ψ&amp;lt;sub&amp;gt;4,2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r,θ,φ)=R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;met ρ=2Z/na&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; en:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r)=(Z/a&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;)&amp;lt;sup&amp;gt;3/2&amp;lt;/sup&amp;gt;/96√5 (6-ρ)ρ²e&amp;lt;sup&amp;gt;-ρ/2&amp;lt;/sup&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)=√15/4 sin²θ<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)=1/√2Ï€ e&amp;lt;sup&amp;gt;±2iφ&amp;lt;/sup&amp;gt;&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #*Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===24 januari 2011 nm===<br /> # Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.<br /> #<br /> #* Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)<br /> <br /> <br /> ===24 januari 2011 vm===<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> # Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===22 januari 2010 nm===<br /> #Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)<br /> #H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.<br /> #Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:<br /> <br /> ===22 januari 2010 vm===<br /> #De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r<br /> #<br /> #* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden<br /> #* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> <br /> ===18 januari 2010 nm===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering) <br /> <br /> ===18 januari 2010 vm===<br /> #Bewijs compatiebele grootheden<br /> #Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe<br /> #Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)<br /> <br /> ===augustus 2009===<br /> #Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB &amp;gt;= 1/2 |&amp;lt;psi|[A, B]|psi&amp;gt;|<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•{{sub|b}} = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> * Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> * Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, Ï•{{sub|b}} een binden MO en Ï•* een antibindend MO is. <br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*Eigenwaarden van A altijd reel zijn<br /> #*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema<br /> <br /> ===12 januari 2009===<br /> #Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.<br /> #3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie<br /> #Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)<br /> <br /> ===10 januari 2009===<br /> #Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt<br /> #Perturbatietheorie geven &amp;amp; MP2 daar in mengen<br /> #Frequentie-analyse<br /> #*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken<br /> #*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Computationele_Chemie&diff=292 2017-01-27T11:01:18Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> Een van de weinige vakken binnen de opleiding Chemie dat gedoceerd wordt door een vrouwelijke prof. Het zwaarste vak van de 3&amp;lt;sup&amp;gt;e&amp;lt;/sup&amp;gt; bachelor in de eerste semester. Naast het mondelinge examen bij prof Pierloot zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 26 januari 2017 (NM) ===<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> #<br /> #*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.<br /> # De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> === 20 januari 2017 (NM)===<br /> #<br /> #* Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.<br /> #* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.<br /> # Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit. <br /> <br /> ===22 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> # Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'. <br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #<br /> #* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen. <br /> #* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit? <br /> #* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen. <br /> <br /> ===19 januari 2016 (VM)===<br /> # <br /> #* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden? <br /> #* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.<br /> # Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met<br /> #* elektronische toestandsfunctie<br /> #* elektrondensiteit<br /> <br /> ===15 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema.<br /> #*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden. <br /> #*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden. <br /> # Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten. <br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===23 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> # Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> # De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> <br /> ===20 januari 2015 VM===<br /> # Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> # Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:eigenfuncties2.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===16 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===18 augustus 2014===<br /> # Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.<br /> # Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.<br /> <br /> ===24 januari 2014===<br /> # Definieer<br /> #*orbitaal en orbitaalbenadering<br /> #*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie<br /> #*slaterdeterminanten<br /> #*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> # geef de definitie en &amp;lt;u&amp;gt;twee voorbeelden&amp;lt;/u&amp;gt; (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:<br /> #* Idempotente operatoren<br /> #* Compatibele grootheden<br /> #* Hermitische operatoren<br /> # Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven &amp;lt;i&amp;gt;(uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)&amp;lt;/i&amp;gt;<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.<br /> #* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.<br /> #*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.<br /> #* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.<br /> #* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?<br /> #* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> ===17 januari 2014===<br /> #Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> #Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:<br /> #Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) &amp;lt;b&amp;gt;(zie 24 januari 2012)&amp;lt;/b&amp;gt;<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> #Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> <br /> === 22 januari 2013===<br /> <br /> #Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn &amp;amp; Sham<br /> #Geef de definitie van &amp;quot;size consistency&amp;quot;. Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?<br /> #<br /> #*Wat zijn compatiebele grootheden?<br /> #*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.<br /> #*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.<br /> <br /> ===Augustus 2012===<br /> <br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*eigenwaarden van A altijd reël zijn<br /> #*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H{{sub|2}} theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> <br /> ===28 januari 2011 NM===<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•&amp;lt;sub&amp;gt;b&amp;lt;/sub&amp;gt; = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is. <br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> <br /> ===24 januari 2012 VM===<br /> #<br /> #*Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:tabel eigenfuncties.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===22 januari 2012===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> #Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;Ψ&amp;lt;sub&amp;gt;4,2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r,θ,φ)=R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;met ρ=2Z/na&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; en:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r)=(Z/a&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;)&amp;lt;sup&amp;gt;3/2&amp;lt;/sup&amp;gt;/96√5 (6-ρ)ρ²e&amp;lt;sup&amp;gt;-ρ/2&amp;lt;/sup&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)=√15/4 sin²θ<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)=1/√2Ï€ e&amp;lt;sup&amp;gt;±2iφ&amp;lt;/sup&amp;gt;&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #*Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===24 januari 2011 nm===<br /> # Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.<br /> #<br /> #* Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)<br /> <br /> <br /> ===24 januari 2011 vm===<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> # Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===22 januari 2010 nm===<br /> #Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)<br /> #H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.<br /> #Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:<br /> <br /> ===22 januari 2010 vm===<br /> #De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r<br /> #<br /> #* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden<br /> #* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> <br /> ===18 januari 2010 nm===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering) <br /> <br /> ===18 januari 2010 vm===<br /> #Bewijs compatiebele grootheden<br /> #Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe<br /> #Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)<br /> <br /> ===augustus 2009===<br /> #Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB &amp;gt;= 1/2 |&amp;lt;psi|[A, B]|psi&amp;gt;|<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•{{sub|b}} = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> * Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> * Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, Ï•{{sub|b}} een binden MO en Ï•* een antibindend MO is. <br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*Eigenwaarden van A altijd reel zijn<br /> #*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema<br /> <br /> ===12 januari 2009===<br /> #Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.<br /> #3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie<br /> #Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)<br /> <br /> ===10 januari 2009===<br /> #Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt<br /> #Perturbatietheorie geven &amp;amp; MP2 daar in mengen<br /> #Frequentie-analyse<br /> #*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken<br /> #*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Computationele_Chemie&diff=291 2017-01-27T11:00:16Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> Een van de weinige vakken binnen de opleiding Chemie dat gedoceerd wordt door een vrouwelijke prof. Het zwaarste vak van de 3&amp;lt;sup&amp;gt;e&amp;lt;/sup&amp;gt; bachelor in de eerste semester. Naast het mondelinge examen bij prof Pierloot zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 26 januari 2017 (NM)<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> #<br /> #*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.<br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> === 20 januari 2017 (NM)===<br /> #<br /> #* Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.<br /> #* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.<br /> # Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit. <br /> <br /> ===22 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> # Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'. <br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #<br /> #* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen. <br /> #* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit? <br /> #* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen. <br /> <br /> ===19 januari 2016 (VM)===<br /> # <br /> #* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden? <br /> #* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.<br /> # Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met<br /> #* elektronische toestandsfunctie<br /> #* elektrondensiteit<br /> <br /> ===15 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema.<br /> #*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden. <br /> #*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden. <br /> # Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten. <br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===23 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> # Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> # De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> <br /> ===20 januari 2015 VM===<br /> # Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> # Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:eigenfuncties2.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===16 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===18 augustus 2014===<br /> # Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.<br /> # Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.<br /> <br /> ===24 januari 2014===<br /> # Definieer<br /> #*orbitaal en orbitaalbenadering<br /> #*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie<br /> #*slaterdeterminanten<br /> #*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> # geef de definitie en &amp;lt;u&amp;gt;twee voorbeelden&amp;lt;/u&amp;gt; (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:<br /> #* Idempotente operatoren<br /> #* Compatibele grootheden<br /> #* Hermitische operatoren<br /> # Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven &amp;lt;i&amp;gt;(uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)&amp;lt;/i&amp;gt;<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.<br /> #* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.<br /> #*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.<br /> #* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.<br /> #* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?<br /> #* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> ===17 januari 2014===<br /> #Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> #Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:<br /> #Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) &amp;lt;b&amp;gt;(zie 24 januari 2012)&amp;lt;/b&amp;gt;<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> #Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> <br /> === 22 januari 2013===<br /> <br /> #Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn &amp;amp; Sham<br /> #Geef de definitie van &amp;quot;size consistency&amp;quot;. Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?<br /> #<br /> #*Wat zijn compatiebele grootheden?<br /> #*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.<br /> #*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.<br /> <br /> ===Augustus 2012===<br /> <br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*eigenwaarden van A altijd reël zijn<br /> #*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H{{sub|2}} theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> <br /> ===28 januari 2011 NM===<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•&amp;lt;sub&amp;gt;b&amp;lt;/sub&amp;gt; = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is. <br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> <br /> ===24 januari 2012 VM===<br /> #<br /> #*Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:tabel eigenfuncties.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===22 januari 2012===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> #Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;Ψ&amp;lt;sub&amp;gt;4,2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r,θ,φ)=R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;met ρ=2Z/na&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; en:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r)=(Z/a&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;)&amp;lt;sup&amp;gt;3/2&amp;lt;/sup&amp;gt;/96√5 (6-ρ)ρ²e&amp;lt;sup&amp;gt;-ρ/2&amp;lt;/sup&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)=√15/4 sin²θ<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)=1/√2Ï€ e&amp;lt;sup&amp;gt;±2iφ&amp;lt;/sup&amp;gt;&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #*Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===24 januari 2011 nm===<br /> # Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.<br /> #<br /> #* Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)<br /> <br /> <br /> ===24 januari 2011 vm===<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> # Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===22 januari 2010 nm===<br /> #Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)<br /> #H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.<br /> #Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:<br /> <br /> ===22 januari 2010 vm===<br /> #De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r<br /> #<br /> #* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden<br /> #* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> <br /> ===18 januari 2010 nm===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering) <br /> <br /> ===18 januari 2010 vm===<br /> #Bewijs compatiebele grootheden<br /> #Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe<br /> #Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)<br /> <br /> ===augustus 2009===<br /> #Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB &amp;gt;= 1/2 |&amp;lt;psi|[A, B]|psi&amp;gt;|<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•{{sub|b}} = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> * Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> * Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, Ï•{{sub|b}} een binden MO en Ï•* een antibindend MO is. <br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*Eigenwaarden van A altijd reel zijn<br /> #*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema<br /> <br /> ===12 januari 2009===<br /> #Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.<br /> #3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie<br /> #Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)<br /> <br /> ===10 januari 2009===<br /> #Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt<br /> #Perturbatietheorie geven &amp;amp; MP2 daar in mengen<br /> #Frequentie-analyse<br /> #*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken<br /> #*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&diff=272 2017-01-24T19:23:03Z

<p>JanaR: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie ==<br /> Vak uit de master B&amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.<br /> Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.<br /> Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> <br /> === 24 januari (vm)===<br /> <br /> #JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype<br /> #HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.<br /> #JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.<br /> <br /> ===18 januari 2017 (nm)===<br /> <br /> #JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. <br /> #HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.<br /> #JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.<br /> <br /> ===22 januari 2016 (nm)===<br /> #JW: Paper over kleurenblindheid<br /> #JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway<br /> #HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen<br /> <br /> ===14 januari 2016 (nm)===<br /> #JVD: artikel over LGR4<br /> #JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken<br /> #MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten<br /> <br /> ===13 januari 2016 (vm)===<br /> #JVD: Paper over lipid signal s1p<br /> #JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg<br /> #HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen<br /> <br /> ===24 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno<br /> #Van den Broek:<br /> ##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell <br /> ## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist<br /> #Winderickx:<br /> ## Give the two apoptosis pathways<br /> ## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis<br /> <br /> ===23 januari 2014 vm===<br /> #paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)<br /> #Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)<br /> #Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)<br /> <br /> ===16 jan 2014 nm ===<br /> #Mizuno: Explain the roles of Ca&amp;lt;sup&amp;gt;2+&amp;lt;/sup&amp;gt; in muscle contraction. <br /> #Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.<br /> #Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.<br /> <br /> ===28 jan 2013 nm ===<br /> #Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP <br /> #Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway <br /> #De Ley: artikel over histidine fosforylatie <br /> <br /> === 25 jan 2013 ===<br /> #Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.<br /> #Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]<br /> #De Ley: Calcium: gradiënten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.<br /> <br /> === 20 jan 2012 ===<br /> #Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.<br /> #Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.<br /> #De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!<br /> <br /> === 19 jan 2012 ===<br /> #Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen<br /> #Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining<br /> #JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiïge tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?<br /> <br /> === 31 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. <br /> # Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release<br /> # Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]<br /> <br /> ===28 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. <br /> # Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. <br /> # Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.<br /> <br /> === 20 jan 2011 nm ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter<br /> # Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken<br /> # Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie<br /> <br /> === 20 jan 2011 vm ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]<br /> # Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Winderickx: regulatie van adenylate cyclase<br /> <br /> === 10 sep 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]<br /> # Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen<br /> # Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van Vandenbroeck<br /> # robben: NO synthase en functioneren daarvan<br /> # RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco<br /> <br /> === 14 jan 2010 ===<br /> <br /> # artikel van robben, <br /> # vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)<br /> # Jorix: regulatie van cAMP<br /> <br /> === 28 jan 2009 ===<br /> # MDL: Artikel NAADP<br /> # JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer<br /> # JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)<br /> <br /> === 22 jan 2009 ===<br /> <br /> # De Ley: NO en NO synthase(n)<br /> # Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS<br /> # VDB: artikel gonadotrope receptor<br /> <br /> === 29 aug 2008 ===<br /> <br /> # Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)<br /> # Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.<br /> # Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.<br /> <br /> === 24 jan 2008 ===<br /> <br /> # MDL: ROS <br /> # JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme <br /> # VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.<br /> <br /> === 23 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: his fosforylatie <br /> # vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway <br /> # winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties <br /> # winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway <br /> # vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila<br /> <br /> === 15 jan 2008 ===<br /> <br /> # De Ley: artikel over phosphohistidines <br /> # Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. <br /> # Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. <br /> # Bijvragen : Leg uit: <br /> #* Sos <br /> #* Prohormoon Convertase <br /> #* Phosphoinositide-3-kinase</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Computationele_Chemie&diff=202 2017-01-21T12:36:54Z

<p>JanaR: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> Een van de weinige vakken binnen de opleiding Chemie dat gedoceerd wordt door een vrouwelijke prof. Het zwaarste vak van de 3&amp;lt;sup&amp;gt;e&amp;lt;/sup&amp;gt; bachelor in de eerste semester. Naast het mondelinge examen bij prof Pierloot zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 20 januari 2017 (NM)===<br /> #<br /> #* Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.<br /> #* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.<br /> # Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit. <br /> <br /> ===22 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.<br /> #* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?<br /> # Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'. <br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #<br /> #* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen. <br /> #* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit? <br /> #* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen. <br /> <br /> ===19 januari 2016 (VM)===<br /> # <br /> #* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden? <br /> #* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.<br /> # Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).<br /> # Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met<br /> #* elektronische toestandsfunctie<br /> #* elektrondensiteit<br /> <br /> ===15 januari 2016 (VM)===<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema.<br /> #*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden. <br /> #*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden. <br /> # Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten. <br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===23 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> # Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> # De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> #* Ψ4,2,±2(r,θ,φ)=R4,2Θ2,±2(θ)Φ±2(φ)<br /> #* met ρ=2Zr/na0<br /> #* en: R4,2(r)=(Z/a0)3/2/96√5 (6-ρ)ρ²e-ρ/2<br /> #* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ<br /> #* Φ±2(φ)=1/√2Ï€ e±2iφ<br /> #* Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> <br /> ===20 januari 2015 VM===<br /> # Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> # Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:eigenfuncties2.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===16 januari 2015===<br /> # Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===18 augustus 2014===<br /> # Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.<br /> # Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.<br /> # Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.<br /> <br /> ===24 januari 2014===<br /> # Definieer<br /> #*orbitaal en orbitaalbenadering<br /> #*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie<br /> #*slaterdeterminanten<br /> #*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> # geef de definitie en &amp;lt;u&amp;gt;twee voorbeelden&amp;lt;/u&amp;gt; (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:<br /> #* Idempotente operatoren<br /> #* Compatibele grootheden<br /> #* Hermitische operatoren<br /> # Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.<br /> #<br /> #* Wat versta je onder elektroncorrelatie<br /> #* Geef de de definitie van correlatie energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven &amp;lt;i&amp;gt;(uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)&amp;lt;/i&amp;gt;<br /> #* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.<br /> #* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.<br /> #*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.<br /> #* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.<br /> #* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?<br /> #* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> ===17 januari 2014===<br /> #Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie<br /> #Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:<br /> #Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) &amp;lt;b&amp;gt;(zie 24 januari 2012)&amp;lt;/b&amp;gt;<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> #Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•b = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.<br /> <br /> === 22 januari 2013===<br /> <br /> #Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn &amp;amp; Sham<br /> #Geef de definitie van &amp;quot;size consistency&amp;quot;. Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?<br /> #<br /> #*Wat zijn compatiebele grootheden?<br /> #*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.<br /> #*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.<br /> <br /> ===Augustus 2012===<br /> <br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*eigenwaarden van A altijd reël zijn<br /> #*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H{{sub|2}} theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> <br /> ===28 januari 2011 NM===<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•&amp;lt;sub&amp;gt;b&amp;lt;/sub&amp;gt; = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> #* Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> #* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is. <br /> # Bewijs compatiebele grootheden.<br /> <br /> ===24 januari 2012 VM===<br /> #<br /> #*Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?<br /> #Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> #Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)<br /> &amp;lt;div style=&amp;quot;text-align: center;&amp;quot;&amp;gt; [[Bestand:tabel eigenfuncties.png]] &amp;lt;/div&amp;gt;<br /> <br /> ===22 januari 2012===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> #Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)<br /> #De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;Ψ&amp;lt;sub&amp;gt;4,2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r,θ,φ)=R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;met ρ=2Z/na&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; en:<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;&amp;lt;center&amp;gt;R&amp;lt;sub&amp;gt;4,2&amp;lt;/sub&amp;gt;(r)=(Z/a&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;)&amp;lt;sup&amp;gt;3/2&amp;lt;/sup&amp;gt;/96√5 (6-ρ)ρ²e&amp;lt;sup&amp;gt;-ρ/2&amp;lt;/sup&amp;gt;<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Θ&amp;lt;sub&amp;gt;2,±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(θ)=√15/4 sin²θ<br /> &amp;lt;br/&amp;gt;Φ&amp;lt;sub&amp;gt;±2&amp;lt;/sub&amp;gt;(φ)=1/√2Ï€ e&amp;lt;sup&amp;gt;±2iφ&amp;lt;/sup&amp;gt;&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #*Zijn deze twee functies ontaard of niet?<br /> #*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?<br /> #*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?<br /> #*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.<br /> #*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.<br /> <br /> ===24 januari 2011 nm===<br /> # Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.<br /> #<br /> #* Geef en bespreek het Pauli-principe<br /> #* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.<br /> # Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)<br /> <br /> <br /> ===24 januari 2011 vm===<br /> # Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?<br /> # Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn &amp;amp; Sham.<br /> # Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)<br /> <br /> ===22 januari 2010 nm===<br /> #Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)<br /> #H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;&amp;lt;sup&amp;gt;+&amp;lt;/sup&amp;gt;-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.<br /> #Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:<br /> <br /> ===22 januari 2010 vm===<br /> #De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r<br /> #<br /> #* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden<br /> #* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen<br /> #<br /> #* Definitie van elektroncorrelatie<br /> #* Wat is de correlatie-energie<br /> #* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven<br /> #* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden<br /> <br /> ===18 januari 2010 nm===<br /> #Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.<br /> #Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering) <br /> <br /> ===18 januari 2010 vm===<br /> #Bewijs compatiebele grootheden<br /> #Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe<br /> #Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)<br /> <br /> ===augustus 2009===<br /> #Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB &amp;gt;= 1/2 |&amp;lt;psi|[A, B]|psi&amp;gt;|<br /> #Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Ï•{{sub|b}} = N(1sA + 1sB) en Ï•* = N' (1sA - 1sB). <br /> * Bereken de normalisatieconstanten N en N'<br /> * Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, Ï•{{sub|b}} een binden MO en Ï•* een antibindend MO is. <br /> #Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen? <br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> #Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:<br /> #*Eigenwaarden van A altijd reel zijn<br /> #*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.<br /> #Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?<br /> #<br /> #*Geef en bewijs het variatietheorema<br /> #*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema<br /> <br /> ===12 januari 2009===<br /> #Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.<br /> #3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie<br /> #Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)<br /> <br /> ===10 januari 2009===<br /> #Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt<br /> #Perturbatietheorie geven &amp;amp; MP2 daar in mengen<br /> #Frequentie-analyse<br /> #*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken<br /> #*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken</div>

JanaR https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Genetics_and_Biotechnology_of_Microorganisms&diff=201 2017-01-21T12:27:55Z

<p>JanaR: /* 16 januari 2017, VM */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie: Mabb]]<br /> == Vakinformatie==<br /> Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast.<br /> Gedoceerd door Prof Thevelein.<br /> Het examen bestaat uit enorm veel vragen en allemaal zijn ze mondeling (hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig).<br /> Examen is in het Nederlands.<br /> <br /> == Examenvragen==<br /> <br /> ===18 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.<br /> #Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie<br /> #Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren <br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> #Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> #Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?<br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP. A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders? B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders? C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder? D) in geval van 2 verwante ouders. E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt? F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> <br /> ===16 januari 2017, namiddag===<br /> Hoofdvragen:<br /> #In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?<br /> #Methode om polygene eigenschappen te ontdekken<br /> #Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?<br /> #Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?<br /> #Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===16 januari 2017, VM===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel. <br /> #Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn. <br /> #Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan. <br /> #Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd. <br /> #Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie? <br /> #Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt. <br /> #Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===12 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt<br /> #Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn<br /> #Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist<br /> #Practicum: beschrijf alle stappen qua principes<br /> <br /> Bijvragen<br /> #Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert<br /> #Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)<br /> #Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)<br /> #Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.<br /> #Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.<br /> #Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.<br /> #Practicum uitleggen<br /> <br /> Kleine vragen:<br /> #Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.<br /> #Benaderingen voor het maken van een industriële giststam + voor- en nadelen ervan.<br /> #Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.<br /> #Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> <br /> === 28 jan 2015 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist<br /> # Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn<br /> # Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?<br /> # Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit<br /> # Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriële giststammen?<br /> # Met welke methodologieën hebben we een industriële giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?<br /> # Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP<br /> ## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?<br /> ## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?<br /> ## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?<br /> ## in geval van 2 verwante ouders<br /> ## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?<br /> ## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?<br /> :: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.<br /> <br /> ===jan 2015===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische modificatie van gist <br /> # cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt <br /> # Pooled Segregant Whole Genome Analysis <br /> # Practicum uitleggen<br /> Bijvragen:<br /> # scam analysis<br /> # hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben<br /> # een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren<br /> # begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)<br /> <br /> === 12 jan 2015 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> Bijvragen:<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken <br /> # Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? <br /> # met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)<br /> <br /> === 13 jan 2014 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> #Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> #Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.<br /> #Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.<br /> #Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> #Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?<br /> #Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.<br /> #Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.<br /> #Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 30 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)<br /> # Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?<br /> # ...<br /> <br /> === 14 jan 2013 nm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist<br /> # Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden<br /> # Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)<br /> # cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)<br /> # ...<br /> # Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> <br /> === 17 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> # Methoden om functie van een proteïne te achterhalen. <br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Methoden om industriële giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.<br /> # Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.<br /> # Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)? <br /> # Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.<br /> <br /> === 16 jan 2012 vm===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.<br /> # Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen<br /> # Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn<br /> # Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven<br /> # Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen<br /> # Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme<br /> # Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen. <br /> # Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway <br /> # Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen<br /> # Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden? <br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen<br /> <br /> === 11 jan 2010===<br /> Hoofdvragen:<br /> # genetische manipulatie van gist<br /> # structuur en functie van de cAMP-PKA pathway<br /> # wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway<br /> # de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen<br /> # Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken<br /> # Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.<br /> <br /> === 19 jan 2009 ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).<br /> # Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.<br /> # Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.<br /> # Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.<br /> # De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.<br /> # Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.<br /> <br /> === 12 jan 2009 nm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # Bespreek de redenen waarom gist is geëvolueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).<br /> # Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)<br /> # Bespreek aminozuursensing door Gap1<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase<br /> # Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.<br /> # Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?<br /> # In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?<br /> <br /> === 12 jan 2009 vm ===<br /> <br /> Hoofdvragen:<br /> <br /> # levenscyclus van gist en implicaties voor genetica<br /> # structuur en functie cAMP-PKA weg<br /> # fosfaatsensing via Pho84 transceptor<br /> <br /> Bijvragen:<br /> <br /> # AMTEM en de uitdagingen van de technologie<br /> # Aquaporines en rol in vriestolerantie<br /> # Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen<br /> # Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen&lt;/text&gt;</div>

JanaR