Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2020-01-15T13:07:42Z

JolienVC 1996: /* 13 januari 2020 VM= */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.

Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

==13 januari 2020 VM==
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2020-01-15T13:07:25Z

JolienVC 1996: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.

Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

==13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Bioinformatica en Modelering

2019-06-19T15:13:24Z

JolienVC 1996: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De algemene puntenverdeling: 35ptn examen en 15ptn verslagen. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 20% van de totale eindscore staat op de verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules.

==Examenvragen==
===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Veredeling en Biotechnologie

2019-01-31T09:28:43Z

JolienVC 1996:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door N. De Storme (sinds academiejaar 2018-2019) en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Voor deel plant is enkel de eerste vraag mondeling en voor deel dier zijn alle vragen mondeling. Tijdens het jaar zijn er practica sessies en verplichte oefenzittingen, waarvan niets op het examen zal staan.

==Examenvragen==
===28 januari 2008===
#Vraag 1:
##Hardy-Weinberg
##genetische winst
##cytoplasmatische mannelijke steriliteit
##RNase
##transgressieve segregatie
##monosoom
##chimeer
##parthenogenie
##algemene combinatiegeschiktheid
##inteeltdepressie
#Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen
#Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploÃ¯die en autotetraploÃ¯die
#Bestendigheid: hoe bekomen?

===23 januari 2009===
====DIER====
#Vraag 1:
##Fokwaardeschatting
##SNP
##Recombinatiefractie
#Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening metÂ : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)
====PLANT====
#Vraag 1:
##Allelfrequentie
##Recurrente ouder
##Specifieke combinatiegeschiktheid
##Trisoom
##Insectenbestuiver
##QTL
#Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.
#Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)

===21 september 2009===
#Vraag 1:
##Overerfbaarheid
##SNP
##Koppelingsanalyse
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Antherencultuur
##Heterozygotie
##Inteeltdepressie
##Cultivar
##Monosoom
#(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschemaâ€™s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld.Â
#(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus.Â
#(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploÃ¯diegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiÃ«nt bij alloploÃ¯den als autoploÃ¯den?

===24 januari 2013===
====DIER====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##Fokwaarde
##Allelfrequentie
#musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##AFLP
##Heterozygositeit
##CoÃ«volutie
##PrefertilisatiebarriÃ¨re
##Genetische vooruitgang
#Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak.Â
#Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.

===23 januari 2014===
====DIERÂ ====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Heterozygoot (ivm merkers)
##AFLP
##...
#Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven.Â
#Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken.Â
#CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.
====DIER====
#Vraag 1:
##Zuivere lijn
##Bulmer effect
#Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Multitlijnveredeling(ivm merkers)
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Effectief aantal allelen
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Wat maakt een cultivar bestendig?Â
#Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken?Â
#Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.
====DIER====
#Vraag 1:
##Inteeltdepressie
##Stamboek
#Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Dominante merker
##CMS
##Transgressieve segregatie
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters?Â
#Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren.Â
#Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.

====DIER====
#Vraag 1:
##Fokdoel
##Heterosis
#Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Merkerdensiteit
##Genetisch recurrente selectie
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploÃ¯de of een autotetraploÃ¯de?Â
#Leg schema uit: synthetische cultivarÂ
===27 januari 2015===
====DIER====
#begrippen
##selectierespons
##multiplex PCR
##stressgen
#Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?
====PLANT====
#Begrippen
##QTL
##merkerdensiteit
##isolijn
##specifieke combinatiegeschiktheid
#Vragen
##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar.
##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming?
##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan?
##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)

===21 januari 2016===
====PLANT====
#woordjes
##dominante merker
##simmulariteitscoÃ«fficient
##algemene recombinatiegeschiktheid
##fenotypische recurrente selectie
#vragen
##bestendigheid realiseren hoe?
##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap
##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur
====DIER====
#Genomic selection
##op welk dier en welke eigenschap
##waarom
##hoe
#PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld
===14 januari 2016===
====PLANT====
SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie
Tekening van inteelt bij maïs
De vraag van tarwe, bulk, en single-seed
====DIER====
#Veredelings- en rotatiekruising
#Genetische test voor vruchtbaarheid maken

===14 januari 2016 (2)===
====PLANT====
#heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP
#wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?
# mondeling bespreking over artikel
#verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)
====DIER====
#schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?
#hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.

===31 januari 2017===
====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*CentiMorgan
#*SNP
#*genotype recurrente selectie
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde?
#Artikel
#Tekening synthetische cultivar bespreken. (Bijvragen: hoe zou je de eerste gekloonde lijn verkrijgen? (=inteelt), Waar ergens is er recurrente selectie (is dit genotypisch of fenotypisch)? (= genotypisch, bij de afstammingstest) Wordt de synthetische cultivar gebruikt voor additieve geneffecten? (= ja, want heterosis)

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Leg genetische vooruitgang uit aan de hand van een voorbeeld.
#Hoe zou je een merker ontwikkelen voor vleeskwaliteit bij varkens? Hoe gebruik je dit in je selectie?

===21 augustus 2017 NM ===

====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*aantal effectieve alleen
#*BSA (bulk segregant analysis)
#*recurrente ouder
#*isolijn
#Wat zijn volgens jou de grootste verschillen tussen veredeling bij zelf en kruisbevruchters?
#Artikel
#Geef uitleg bij afbeelding van bulk ... bij zelfbevruchters.

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Vermeerderingspiramide
#Geef techniek om hoornloze runderen via merkers te identificeren.

=== 23 januari 2017 ===

====PLANT (Reeks 8) ====

Begrippen:

*AFLP
*Pre-fertilisatiebarrières
*Inteeltcoëfficiënt (hij heeft ook graag de formule uit de cursus erbij)
*...

Vraag 2: De keuze van de ouderlijnen en inteeltlijnen bij hybride cultivars kan voor problemen zorgen. Bespreek.

Vraag 3: Artikel (Eigen versie artikel mag je meebrengen, ook taak afdrukken en meebrengen. Hij heeft je taak zelf ook afgedrukt en er opmerkingen bij geschreven. Daarover gaan de vragen voornamelijk.)

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

====DIER====

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vruchtbaarheidstest op voor schapen. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

=== 27 augustus 2018 ===

====PLANT ====

Beschrijf de begrippen adhv 3-4 woorden

*Apomixis
*Specifieke Combinatie Geschiktheid
*Merkerdensiteit

Vraag 2: Bespreek de verwantschapsonderzoek en cultivar identificatie adhv merkers

Vraag 3: Artikel

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

====DIER====

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vaderschapstest op voor honden. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

=== 17 januari 2018 ===
====Plant====
# Wat is backcross breeding? Waarvoor wordt het gebruikt? Hoe kunnen moleculaire merkers helpen? (hij stelt op het moment zelf nog extra bijvragen)
# Wat is linkage disequilibrium, hoe kan je het berekenen, wat is het effect van recombinatie?
# Leg het Solonaceae type Zelfincompatibiliteit uit.
# Wat is erfbaarheid in enge zin? Hoe bepaald het de veredelingsstrategie en de efficiëntie van veredeling?

====Dier====
# Wat is veredelingskruising en rotatiekruising? Geef een schema en een voorbeeld waarbij het gebruikt wordt.
# Hoe kan een QTL voor de cholesterol in de dooier van eieren gevonden worden?

=== 17 januari 2019 VM===
====DIER====
#Schapen kweken; wat wil je, hoe en waarom?
#Achterhalen van duroc vlees in vleeswaar, genetisch; hoe, wat zijn de stappen?

====PLANT====
Mondeling
#Wat zijn dubbele haploiden; definitie, hoe en waarom?
Schriftelijk
#Dominantie epistasie
#Triploid block
#Simple QTL

===17 januari 2019 NM===
====DIER====
#Leg veredelings- en rotatiekruising uit met schema en voorbeeld, doel van beide uitleggen
#Hoe QTL vinden die gelinkt is aan een hoger cholesterolgehalte in eieren
====PLANT====
#Leg backcrossing uit (principe, doel) en hoe kunnen genetische merkers hierbij helpen
#Erfelijkheid in enge zin: hoe berekenen, wat is invloed op keuze van veredeling en efficiëntie hiervan
#Leg Linkage disequilibrium uit, wat is het nut hiervan in QTL
#Leg solanaceae-type self incompatibility uit

===30 januari 2019 NM===
====DIER====
#konijnen kweken; voor welke eigenschappen en hoe ga je te werk?
#Je wil dezelfde spiergroei kenmerkend voor Belgisch Wit-Blauw in geiten, hoe ga je te werk?
====PLANT====
Mondeling
#Leg uit Backcrossing, hoe kunnen moleculaire merkers het proces versnellen?
Schriftelijk
#Brassicaceae type zelf incompatibiliteit
#Heterosis en transgenese
#Leg uit apomixie