Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-02-13T13:35:55Z

KC: /* 16/01/2019 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==

===29/01/2019===
Robben:
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom
#woordjes:
##Ribsome profiling
##Array protein targetting
##protein-protein interaction map is scale free

Landuyt:
# you receive a peak list:
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for

#verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p

===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-01-18T14:25:10Z

KC: /* 16/01/2019 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===16/01/2019===

#* deel robben:
#* je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
#* woordjes: SMRT, gene altering, genetic interactomics
#
#* deel landuyt
#* je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
#*pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
#* welk protein is het?
#* wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
#* geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#deel 2: je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
#* je accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
#* geef meer info over dit component

===15 januari===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen: Polyploidie en genomic evolution, Nanostring nCounter technologie, Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2019-01-18T08:46:38Z

KC:

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===16/01/2019===

#* deel robben:
#* je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
#* woordjes: SMRT, gene altering, genetic interactomics
#
#* deel landuyt
#* je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken.
#*pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 145.11 130.05
#* welk protein is het?
#* wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
#* geef meer info over de werking van het proteïnen
#
#deel 2: je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
#* je accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
#* geef meer info over dit component
===23/08/2018===

#* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Bio-inorganic Chemistry

2019-01-18T08:36:29Z

KC: /* 11 jan 2019 */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat. Men mag in het Nederlands of Engels antwoorden. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===11 jan 2019===
# (3p) Copper proteins
#* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?
#* What is the main function of Cu(II) and why?
#* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.
#* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.
# (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.
#* What does the 450 represent?
#* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?
#* Fill in intermediate 6.
#* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2
# (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?
# (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?

===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# <sup>99m</sup>Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-12-15T12:48:10Z

KC: /* 23/08/2018 */

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-12-15T12:46:47Z

KC: /* 23/08/2018 */

Spectroscopie van biomoleculen

2018-06-27T13:10:58Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===27 juni 2018===
===Vogt===
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

===Hofkens===
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment
===26 juni 2018===
===Vogt===
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

===Hofkens===
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.
Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Oncobiologie

2018-06-22T15:02:58Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Samen met biologie, minor verbreding

==Examenvragen==
===22 juni 2018 NM===
Schriftelijk:
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark ==> 1 regel plek
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:
#* BCL2 inactivatie moet voor een kankercel
#* tyrosine kinase kan geactiveerd worden door deletie van enkele aminozuren
#* chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven
#*
#*
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):
# hoe gaat VEGF werking tegegewerkt worden, leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen.
# hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken
===22 juni 2018 VM===
Schriftelijk:
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:
#* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.
#* All cells can become cancer cells.
#* Chromosomal translocation can inactivate genes.
#* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.
#* VEGF assists metastasis.
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):
# Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.
# Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.

===16/06/2016 NM===
Mondeling:
#4 stellingen:
#*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen
#*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen
#*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd
#*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers
#Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?
Schriftelijk:
# Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?
# Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie

===16/06/2016 VM===
Mondeling:
#Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.
#J/F vragen + verklaren
#*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese
#*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation
#*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen
#*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom
Schirftelijk:
#Leg genome instability volledig uit.
#Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB
===22/06/2015===
#Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)
#Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.
#Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?
===18/06/2015===
#Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.
#Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.
#woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks

===05/06/2015===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld
#Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen
#Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker
#Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.
===16/06/2014===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld
#Leg een hallmark volledig uit
#korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)
===16/06/2014===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld
#Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)
#Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden
Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.
===17/06/2013===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld
#juist of fout:
#*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken
#*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig
#*nog2
#tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.
#Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)
#Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?

Algemene Ziekteleer

2018-05-12T08:52:57Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Pieter Gillard doceert het vak Algemene Ziekteleer. Biochemie optie verbreding volgt dit op gasthuisberg samen met farmacie. Het examen is schriftelijk.

==Examenvragen==
=== 22 augustus VM 2017 ===
# Bespreek de stressreactie en breng de parthenogenese in verband mer hyperglycemie, hartdecompensatie en maagulcer
# Definieer dehydratatie en bespreek de pathenogenese.
# In levensbedreigende situaties reageert het lichaam soms heel extreem op enkele situaties (visieuze cirkel). Bespreek dit kort in verband met:
#*Hartdecompensatie
#*Ketoacidose
#*SIRS
#*Anafylactische shock
#*Hitteslag
# 3 ptn Meerkeuze:
#* Volgende zaken maken komen voor bij magaline neuroleptische syndroom BEHALVE:
## Dehydratatie
## Hyperthermie
## Spierrigiditeit
## Oedeem
## Dopamineantagonisten
#* Volgende inhibitoren zijn voorhanden bij de virale cyclus van HIV BEHALVE:
## Glucoinhibitoren
## ...

=== 14 juni VM 2017 ===
#6pt Wat is het verband met kanker en inflammatie, kanker en obesitas inflammatie en obesitas.
#6pt Hoe ontstaat koorts, geef enkele voorbeelden en moet koorts behandeld worden?
#5pt De nieren zijn belangrijk bij verschillende pathologieën. Geef het verband met de nieren en acidose, dehydratatie, hypocalcemie, oedeem en hyperkalemie.
#3pt Meerkeuze:
#* Wat is niet belangrijk bij auto-immuunziekten?
## ...
#* Volgende zaken helpen mee bij de pijnsensatie behalve:
## beta A vezels (= antwoord)
## nocebo
## iets van neuronen
## inflammatie

Vragen afkomstig van Farmacie:
Examenvragen (prof. Gillard)

Open vragen

#Leg uit wat dehydratie is met de bijbehorende pathologieën.
#Leg het verband uit tussen de stress reactie met maagulcus, hyperglycemie en hartischemie.
#Bespreek de extreme reactie die optreed of de vicieuze cirkel die plaatsvindt bij anafylactische shock, SIRS, hyperthermie en hartdecompensatie.
#Wat is verouderen, welk effect heeft dit op de lichaamsfuncties en hoe is dit verbonden aan frailty.
#Metabole acidose high anion gap, leg de pathogenese en oorzaken uit.
#Geneesmiddelen kunnen de oorzaak zijn van pathologische toestanden maar kunnen ook gebruikt worden om ze te bestrijden. Geef voor ieder onderdeel een geneesmiddelengroep die hierop inwerkt.
#Hyperthermie
#Hypokaliëmie
#Migraine
#Hyponatremie
#Inflammatie
#Bespreek type I en type III overgevoeligheidsreacties.
#Bespreek 3 recessieve overerfbare aandoeningen.
#Bespreek pathologie ivm PTH.
#Bespreek migraine.
#Bespreek klaring en negatieve vrij water klaring en geef klinische voorbeelden bij stoornissen.
#Bespreek de gevolgen van hypokalemie die een invloed kan hebben op homeostasemechanismen.
#Bespreek ontstaan en behandeling van koorts.
#Wat gebeurt er met alle homeostasemechanismen bij acute nierinsufficiëntie?
#Hoe ontstaat aneuploïdie.
#Bespreek de acute ontstekingsreactie en hoe kunnen farmaca de reactie blokkeren?
#Bespreek congenitale bijnierschorshyperplasie.
#Wat weet u over de behandeling en kenmerken van dominantie overerving?
#Bespreek RIA en Rlogieën die gepaard gaan met chronische nierinsufficiëntie.
#Wat zijn de nadelige gevolgen van een stressreactie.
#Bespreek de pathogenese en oorzaken van hypocalcemie.
#Bespreek oedeem in de context van leverpathologie.
#Geef de mogelijke oorzaken van polyurie.
#Welke homeostase mechanismen kunnen ontregeld geraken door een ontregelde diabetes mellitus en hoe?
#Bespreek de acute fase reactie.
#Bespreek hoofdpijn.
#Wat weet u over auto-immuniteit?
#Bespreek respiratoire alkalose.
#Vitamine D aandoeningen. Leg uit.
#Congenitale bijnierschorshyperplasie. Leg uit.
#Bespreek de behandeling van hypothermie.
#Bespreek de rol van glucocorticoïden bij de stressreactie.
#Hitteslag:
##wat is de functie van de acute fase eiwitten?
##wat doen heat shock proteïnen, wat zijn dat?
##Verhoogde vaatpermeabiliteit, welke gevolgen?
#Wat is het verband tussen de temperatuur en coagulatie vs fibrinolyse?
#Bespreek hyperosmolaire dehydratie.
#Wat weet je over maligne hyperthermie?
#Hoe ontstaat leukocytose en wat is de basis van een verhoogde sedimentatiesnelheid van RBC.
#Bespreek metabole alkalose.
#Bespreek het verband tussen ziekte, veroudering en dood.
#Bespreek de neurofysiologische basis van de pijnsensatie.
#Bespreek het ontstaan en de gevolgen van hyperkaliëmie.
#Bespreek tertiaire hyperparathyroïdie.
#Wat is ouderdom, verandering van ouderdom, evolutie van doodsoorzaken en levensverwachting.
#Geef 3 voorbeelden van aangeboren ongevoeligheid aan een of ander hormoon.
#Hoe bereken je de vrij-water klaring en geef 2 voorbeelden van wanneer deze verhoogd is.
#Leg RAST uit.
#Geef de klinische gevolgen van hypercalciëmie.
#Wat is de link tussen centraal zenuwstelsel en:
##Stressreactie
##Frailty (artikel)
##Metabole alkalose
##Koorts
##Pijnsensitisatie
#Bespreek de cellulaire fase van de acute ontstekingsreactie.
#Bespreek alle homeostasemechanismen die een invloed hebben op de neuromusculaire excitabiliteit.
#Geef de oorzaken van een gestegen plasma-calcium met een normaal of verlaagd PTH.
#Bespreek oedeem bij overvulling.
#Bespreek metabole acidose.
#Bespreek pathogenese en oorzaken van oedeem.
#Bespreek het verband tussen diabetes (type 1 of 2) en:
##dehydratatie
##auto-immuniteit
##kalium homeostase
##obesitas
##metabole acidose
#Meerkeuzevragen

#Wat vindt niet plaats tijdens een stress respons
##Aldosterone daling
##Stimulatie ADH secretie
##Catecholamine vrijzetting
##Stimulatie bijniercortex
…
#Wat is geen oorzaak van migraine?
##Centrale sensitisatie
##Activatie van trigemino
##Inflammatie
##Auto-immuun ziekte
…
#Welke is geen overgevoeligheidsziekte?
##Reumatoïde artritis
##Pernicieuze anemie
##Mucoviscidose
…
#Wat is geen factor in de oedeemvorming bij levercirrose/leverfalen
##hoog renine
##splanchnische hypotensie
##toename ECF
##laag albumine
##vasoconstrictie splanchnische vaten
#Wat is geen inhiberende factor voor de pijntransmissie
##niet-nociceptieve
##µ-agonisten
##NMDA-antagonisten
…
#Wat is niet betrokken bij maligne syndroom (hyperthermie, oedeem, deshydratatie D2 antagonist)

Algemene Ziekteleer

2018-05-12T08:47:09Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Pieter Gillard doceert het vak Algemene Ziekteleer. Biochemie optie verbreding volgt dit op gasthuisberg samen met farmacie. Het examen is schriftelijk.

==Examenvragen==
=== 22 augustus VM 2017 ===
# Bespreek de stressreactie en breng de parthenogenese in verband mer hyperglycemie, hartdecompensatie en maagulcer
# Definieer dehydratatie en bespreek de pathenogenese.
# In levensbedreigende situaties reageert het lichaam soms heel extreem op enkele situaties (visieuze cirkel). Bespreek dit kort in verband met:
#*Hartdecompensatie
#*Ketoacidose
#*SIRS
#*Anafylactische shock
#*Hitteslag
# 3 ptn Meerkeuze:
#* Volgende zaken maken komen voor bij magaline neuroleptische syndroom BEHALVE:
## Dehydratatie
## Hyperthermie
## Spierrigiditeit
## Oedeem
## Dopamineantagonisten
#* Volgende inhibitoren zijn voorhanden bij de virale cyclus van HIV BEHALVE:
## Glucoinhibitoren
## ...

=== 14 juni VM 2017 ===
#6pt Wat is het verband met kanker en inflammatie, kanker en obesitas inflammatie en obesitas.
#6pt Hoe ontstaat koorts, geef enkele voorbeelden en moet koorts behandeld worden?
#5pt De nieren zijn belangrijk bij verschillende pathologieën. Geef het verband met de nieren en acidose, dehydratatie, hypocalcemie, oedeem en hyperkalemie.
#3pt Meerkeuze:
#* Wat is niet belangrijk bij auto-immuunziekten?
## ...
#* Volgende zaken helpen mee bij de pijnsensatie behalve:
## beta A vezels (= antwoord)
## nocebo
## iets van neuronen
## inflammatie

Vragen afkomstig van Farmacie:
Examenvragen (prof. Gillard)

Open vragen

Leg uit wat dehydratie is met de bijbehorende pathologieën.
Leg het verband uit tussen de stress reactie met maagulcus, hyperglycemie en hartischemie.
Bespreek de extreme reactie die optreed of de vicieuze cirkel die plaatsvindt bij anafylactische shock, SIRS, hyperthermie en hartdecompensatie.
Wat is verouderen, welk effect heeft dit op de lichaamsfuncties en hoe is dit verbonden aan frailty.
Metabole acidose high anion gap, leg de pathogenese en oorzaken uit.
Geneesmiddelen kunnen de oorzaak zijn van pathologische toestanden maar kunnen ook gebruikt worden om ze te bestrijden. Geef voor ieder onderdeel een geneesmiddelengroep die hierop inwerkt.
Hyperthermie
Hypokaliëmie
Migraine
Hyponatremie
Inflammatie
Bespreek type I en type III overgevoeligheidsreacties.
Bespreek 3 recessieve overerfbare aandoeningen.
Bespreek pathologie ivm PTH.
Bespreek migraine.
Bespreek klaring en negatieve vrij water klaring en geef klinische voorbeelden bij stoornissen.
Bespreek de gevolgen van hypokalemie die een invloed kan hebben op homeostasemechanismen.
Bespreek ontstaan en behandeling van koorts.
Wat gebeurt er met alle homeostasemechanismen bij acute nierinsufficiëntie?
Hoe ontstaat aneuploïdie.
Bespreek de acute ontstekingsreactie en hoe kunnen farmaca de reactie blokkeren?
Bespreek congenitale bijnierschorshyperplasie.
Wat weet u over de behandeling en kenmerken van dominantie overerving?
Bespreek RIA en Rlogieën die gepaard gaan met chronische nierinsufficiëntie.
Wat zijn de nadelige gevolgen van een stressreactie.
Bespreek de pathogenese en oorzaken van hypocalcemie.
Bespreek oedeem in de context van leverpathologie.
Geef de mogelijke oorzaken van polyurie.
Welke homeostase mechanismen kunnen ontregeld geraken door een ontregelde diabetes mellitus en hoe?
Bespreek de acute fase reactie.
Bespreek hoofdpijn.
Wat weet u over auto-immuniteit?
Bespreek respiratoire alkalose.
Vitamine D aandoeningen. Leg uit.
Congenitale bijnierschorshyperplasie. Leg uit.
Bespreek de behandeling van hypothermie.
Bespreek de rol van glucocorticoïden bij de stressreactie.
Hitteslag:
wat is de functie van de acute fase eiwitten?
wat doen heat shock proteïnen, wat zijn dat?
Verhoogde vaatpermeabiliteit, welke gevolgen?
Wat is het verband tussen de temperatuur en coagulatie vs fibrinolyse?
Bespreek hyperosmolaire dehydratie.
Wat weet je over maligne hyperthermie?
Hoe ontstaat leukocytose en wat is de basis van een verhoogde sedimentatiesnelheid van RBC.
Bespreek metabole alkalose.
Bespreek het verband tussen ziekte, veroudering en dood.
Bespreek de neurofysiologische basis van de pijnsensatie.
Bespreek het ontstaan en de gevolgen van hyperkaliëmie.
Bespreek tertiaire hyperparathyroïdie.
Wat is ouderdom, verandering van ouderdom, evolutie van doodsoorzaken en levensverwachting.
Geef 3 voorbeelden van aangeboren ongevoeligheid aan een of ander hormoon.
Hoe bereken je de vrij-water klaring en geef 2 voorbeelden van wanneer deze verhoogd is.
Leg RAST uit.
Geef de klinische gevolgen van hypercalciëmie.
Wat is de link tussen centraal zenuwstelsel en:
Stressreactie
Frailty (artikel)
Metabole alkalose
Koorts
Pijnsensitisatie
Bespreek de cellulaire fase van de acute ontstekingsreactie.
Bespreek alle homeostasemechanismen die een invloed hebben op de neuromusculaire excitabiliteit.
Geef de oorzaken van een gestegen plasma-calcium met een normaal of verlaagd PTH.
Bespreek oedeem bij overvulling.
Bespreek metabole acidose.
Bespreek pathogenese en oorzaken van oedeem.
Bespreek het verband tussen diabetes (type 1 of 2) en:
dehydratatie
auto-immuniteit
kalium homeostase
obesitas
metabole acidose
Meerkeuzevragen

Wat vindt niet plaats tijdens een stress respons
Aldosterone daling
Stimulatie ADH secretie
Catecholamine vrijzetting
Stimulatie bijniercortex
…
Wat is geen oorzaak van migraine?
Centrale sensitisatie
Activatie van trigemino
Inflammatie
Auto-immuun ziekte
…
Welke is geen overgevoeligheidsziekte?
Reumatoïde artritis
Pernicieuze anemie
Mucoviscidose
…
Wat is geen factor in de oedeemvorming bij levercirrose/leverfalen
hoog renine
splanchnische hypotensie
toename ECF
laag albumine
vasoconstrictie splanchnische vaten
Wat is geen inhiberende factor voor de pijntransmissie
niet-nociceptieve
µ-agonisten
NMDA-antagonisten
…
Wat is niet betrokken bij maligne syndroom (hyperthermie, oedeem, deshydratatie D2 antagonist)

Immunological Biotechnology

2018-01-29T16:10:35Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Gedoceerd door Prof. Lut Arckens, mondeling examen. Ze leest je blad en stelt dan bijvragen. Voorbeelden zijn belangrijk! Er wordt een volle verplichte practicumweek gehouden (je kiest met je groep wanneer je komt en vertrekt) en het examen ervoor is sinds 2008-09 apart en schriftelijk (vragen verschillen van persoon tot persoon daar niet iedereen dezelfde proeven had uitgevoerd tijdens het practicum).

==Examenvragen==

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Veredeling en Biotechnologie

2018-01-27T15:22:17Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door W. Keulemans en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Beide delen zijn mondeling. Men moet op beide delen minstens een acht op twintig halen om in totaal erdoor te zijn. Tijdens het semester wordt er ook een verplichte excursie georganiseerd naar het technisch zoologisch instituut en better3fruit.

==Examenvragen==
===28 januari 2008===
#Vraag 1:
##Hardy-Weinberg
##genetische winst
##cytoplasmatische mannelijke steriliteit
##RNase
##transgressieve segregatie
##monosoom
##chimeer
##parthenogenie
##algemene combinatiegeschiktheid
##inteeltdepressie
#Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen
#Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploÃ¯die en autotetraploÃ¯die
#Bestendigheid: hoe bekomen?

===23 januari 2009===
====DIER====
#Vraag 1:
##Fokwaardeschatting
##SNP
##Recombinatiefractie
#Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening metÂ : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)
====PLANT====
#Vraag 1:
##Allelfrequentie
##Recurrente ouder
##Specifieke combinatiegeschiktheid
##Trisoom
##Insectenbestuiver
##QTL
#Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.
#Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)

===21 september 2009===
#Vraag 1:
##Overerfbaarheid
##SNP
##Koppelingsanalyse
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Antherencultuur
##Heterozygotie
##Inteeltdepressie
##Cultivar
##Monosoom
#(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschemaâ€™s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld.Â
#(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus.Â
#(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploÃ¯diegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiÃ«nt bij alloploÃ¯den als autoploÃ¯den?

===24 januari 2013===
====DIER====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##Fokwaarde
##Allelfrequentie
#musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##AFLP
##Heterozygositeit
##CoÃ«volutie
##PrefertilisatiebarriÃ¨re
##Genetische vooruitgang
#Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak.Â
#Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.

===23 januari 2014===
====DIERÂ ====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Heterozygoot (ivm merkers)
##AFLP
##...
#Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven.Â
#Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken.Â
#CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.
====DIER====
#Vraag 1:
##Zuivere lijn
##Bulmer effect
#Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Multitlijnveredeling(ivm merkers)
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Effectief aantal allelen
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Wat maakt een cultivar bestendig?Â
#Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken?Â
#Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.
====DIER====
#Vraag 1:
##Inteeltdepressie
##Stamboek
#Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Dominante merker
##CMS
##Transgressieve segregatie
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters?Â
#Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren.Â
#Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.

====DIER====
#Vraag 1:
##Fokdoel
##Heterosis
#Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Merkerdensiteit
##Genetisch recurrente selectie
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploÃ¯de of een autotetraploÃ¯de?Â
#Leg schema uit: synthetische cultivarÂ
===27 januari 2015===
====DIER====
#begrippen
##selectierespons
##multiplex PCR
##stressgen
#Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?
====PLANT====
#Begrippen
##QTL
##merkerdensiteit
##isolijn
##specifieke combinatiegeschiktheid
#Vragen
##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar.
##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming?
##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan?
##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)

===21 januari 2016===
====PLANT====
#woordjes
##dominante merker
##simmulariteitscoÃ«fficient
##algemene recombinatiegeschiktheid
##fenotypische recurrente selectie
#vragen
##bestendigheid realiseren hoe?
##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap
##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur
====DIER====
#Genomic selection
##op welk dier en welke eigenschap
##waarom
##hoe
#PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld
===14 januari 2016===
====PLANT====
SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie
Tekening van inteelt bij maïs
De vraag van tarwe, bulk, en single-seed
====DIER====
#Veredelings- en rotatiekruising
#Genetische test voor vruchtbaarheid maken

===14 januari 2016 (2)===
====PLANT====
#heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP
#wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?
# mondeling bespreking over artikel
#verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)
====DIER====
#schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?
#hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.

===31 januari 2017===
====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*CentiMorgan
#*SNP
#*genotype recurrente selectie
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde?
#Artikel
#Tekening synthetische cultivar bespreken. (Bijvragen: hoe zou je de eerste gekloonde lijn verkrijgen? (=inteelt), Waar ergens is er recurrente selectie (is dit genotypisch of fenotypisch)? (= genotypisch, bij de afstammingstest) Wordt de synthetische cultivar gebruikt voor additieve geneffecten? (= ja, want heterosis)

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Leg genetische vooruitgang uit aan de hand van een voorbeeld.
#Hoe zou je een merker ontwikkelen voor vleeskwaliteit bij varkens? Hoe gebruik je dit in je selectie?

===21 augustus 2017 NM ===
====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*aantal effectieve alleen
#*BSA (bulk segregant analysis)
#*recurrente ouder
#*isolijn
#Wat zijn volgens jou de grootste verschillen tussen veredeling bij zelf en kruisbevruchters?
#Artikel
#Geef uitleg bij afbeelding van bulk ... bij zelfbevruchters.
====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Vermeerderingspiramide
#Geef techniek om hoornloze runderen via merkers te identificeren.
23 januari 2017[edit]
PLANT (Reeks 8)

Begrippen:

AFLP
Pre-fertilisatiebarrières
Inteeltcoëfficiënt (hij heeft ook graag de formule uit de cursus erbij)
...
Vraag 2: De keuze van de ouderlijnen en inteeltlijnen bij hybride cultivars kan voor problemen zorgen. Bespreek.

Vraag 3: Artikel (Eigen versie artikel mag je meebrengen, ook taak afdrukken en meebrengen. Hij heeft je taak zelf ook afgedrukt en er opmerkingen bij geschreven. Daarover gaan de vragen voornamelijk.)

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

DIER

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vruchtbaarheidstest op voor schapen. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

Celfysiologie

2018-01-27T12:36:52Z

KC: /* 26 januari 2017 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Het vak wordt gedoceerd door Geert Bultynck. Biochemie (minor verbreding) volgt dit samen met farmacie en tandheelkunde op gasthuisberg. Het vak telt drie studiepunten maar wordt als zeer zwaar ervaren (een buisvak). De prof vindt grafieken, berekeningen en formules belangrijk. In zijn les durft hij wel eens examenvragen te behandelen uit de vorige jaren. Het examen is schriftelijk.

==Examenvragen==
===26 januari 2017===
#Cardiotone steroïden hebben een therapeutisch gebruik bij lage concentratie, maar in hoge concentratie zijn ze toxisch, verklaar. Maak hierbij gebruik van schema's en grafieken. Is er ook een fysiologische verwant? Zo ja, welke en beschrijf zijn functie
#Verklaard welke celfysiologische processen en parameters de vloeistofuitwisseling beïnvloeden en hoe leidt dit tot complicaties. Geef ook weer waar er filtratie en reabsorptie is. Is de filtratie en reabsorptie gelijk? zo ja, hoe komt dit? Zo nee, verklaar en hoe lost de cel dit op. Maak gebruik van een DUIDELIJKE grafiek.
#*wat gebeurt er als er een verlaagde hartslag is + verklaar kort invloed op welke parameters+ geef weer op grafiek
#*wat gebeurt er als er een verlaagde [albumine] is + verklaar kort invloed op welke parameters + geef weer op grafiek
#*wat gebeurt er als er een verhoogde capillaire permealbiltieti is + verklaar kort invloed op welke parameters + geef weer op grafiek
#*bij welke van bovenstaande treedt oedeem op + wat is het + wat doet het met de zuurstofuitwisseling? Bespreek
#Geef weer hoe glucose transportsystemen werken in proximale niertubuli en hoe deze regulatie werkt (SGLT1-2). Wat gebeurt er als er een defect is. Hoe lost de nier dit op...
#Bespreek arbeidscyclus en vergelijk die tussen de gladde spier en skeletspier
#I-V curve van niet selectief Na+/K+ kanaal + bespreek richting van stroom mbv flux
#*Geef een vb van een ligand gemidieerd niet-selectief Na+/K+ permeabel ionenkanaal en verklaar fysiologische functie. Verklaar wat er gebeurt bij -80mV
#GFP, wat is het en wat doet het? Geef ook een vb
#Meerkeuze
#*Na onderzoek van grondstalen uit een ruimtereis naar Mars werd een nieuw organisme ontdekt “Marsanius aluminius”. Na analyse (bij 37°C) kwam men tot volgende waarde’s: (tabel gegeven met []ex en []in --> [Al3+]ex = 0,1 mM en [Al3+]in = 100mM en [SO42-]-waarden). De cel is permeabel voor Al3+, OOK voor SO42-. Wat is de rustmembraanpotentiaal? a) -80b)-123 mV b) – 61,5 mV c) + 61,5 mV d) 80 mV e) 0 f)-20 g) 20mV
#* iboprufen (structuur gegeven) wordt opgenomen in de a)maag b)dunne darm
#* Als er geen gewicht aan een skeletspier hangt dan is de contractie a) puur isometrisch b) puur isotonisch c) eerst isometrisch en dan isotonisch d) eerst isotonisch en dan isometrisch
#* Wat doet cAMP met het HCN-kanaal, dit leidt tot a) verhogen hartritme b)verlagen hartritme c) en d) weet ik niet meer
#* Voor onderzoek te doen naar de invloed van camp op HCN-kanaal, wat is hier dan de juiste patch clamp?: inside-out of outside-in
#* wat is de invloed van stijging Cl- op spier: verminderde sensitiviteit, hogere sensitiviteit, geen invloed
#* nog 2 andere die ik me niet meer kan herinneren

=== 28 augustus 2017===
#Cardiotone steroïden worden in lage concentratie therapeutisch gebruikt en in hoge conconcentratie zijn ze toxisch, verklaar. (5pt)
#Hierboven staat een verloop van Inet bij een voltage clamp experiment in de “giant” axon van de pijlinktvis (simulatie gebaseerd op Hodgkin-Huxley vergelijkingen). (zoals de grafiek in de cursus van Inet bij da van 0 en 50 mV)
#* Verklaar verloop van Inet door I-V grafieken van 0mV --> -68,8mV en -68,8mV --> 0mV te geven met Ina, Ik, gK, gNa en de activatie poorten ('gating' mogelijkheid).
#* Teken nu I-V grafiek van -68mV --> +68mV. Wat is er verschillend met voorgaande situatie?
#Vergelijk de rol van Ca2+ in de excitatie-contractiekoppeling van de gestreepte skeletspier en hartspier. Geef eveneens 3 types van “experimentele” evidentie die uw antwoord staven.
#Teken niet-selectief Na+/K+ permeabel ionkanaal in een I-V grafiek (conductiantie Na = 10 pS en conductantie K = 10 pS).
#* Verklaar snijpunt met Xas
#* Duid in- en uitstroom aan, verklaar dit m.b.v. de flux.
#Geef voorbeeld van een ligand gemedieerd niet-selectief Na+/K+ permeabel ionkanaal en verklaar grondig zijn fysiologische functie. Verklaar wat er gebeurt bij Vm -80.
# Bij diabetes vertonen de bèta cellen van de pancreas een gain-of-function / loss-of-function (schrap wat niet past) bij de Kalium-ATP gevoelige kanalen. Leg dit kort uit (tekening).
#Tien meerkeuzevragen (giscorrectie)
#*Van welk ion verandert de concentratie significant (in mV) tijdens de actiepotentiaal? a)Na+ b)K+ c)Ca2+ d)Cl-
#* Na onderzoek van grondstalen uit een ruimtereis naar Mars werd een nieuw organisme ontdekt “Marsanius rubensis”. Na analyse (bij 37°C) kwam men tot volgende waarde’s: (tabel gegeven met []ex en []in --> [Al3+]ex = 0,1 mM en [Al3+]in = 100mM en dan nog SO42- waarden). De cel is permeabel voor Al3+, niet voor SO42-. Wat is de rustmembraanpotentiaal? a) iets inde 300 mV b)-123 mV b) – 61,5 mV c) + 61,5 mV d) 123 mV e) iets inde -300 mV
#* Als de permeabiliteit voor Calcium wordt verandert dan ...verhoogt/verlaagt/gebeurt er niets... met de excitatie van spieren
#* Drie tekeningen gegeven: twee transmembr domeinen, vier transmembr domeinen, 6 transmembr domeinen met positieve ladingen in segment vier. Welke tekening is van spanningsafhankelijke K+ kanalen?
#* Osmose oefening berekenen van een concentratie
#* Verlengde plateaufase van een cardiaal AP met grafiekjes met kalium stromen eronder. Welke kanaalmutatie kan voor de oorzaak van deze verlening zijn? a) Ikr en Iks b) ...
#* Structuur ibuprofen gegeven (heeft C=O en OH groep). Deze stof wordt opgenomen in: a) maag b) dikke darm c) dunne darm
#*...

=== Januari 2017===
#Tonische, efficiënte, contractie bij gladde spiercellen
#Monotone contractie bij kleine arterie
#Multiple sclerose
#Arbeidscyclus ('duty cycle') bij gladde en skeletspiercellen
#Er is een voltage clamp experiment uitgevoerd in de “giant” axon van de pijlinktvis. De simulatie gebaseerd op Hodgkin-Huxley vergelijkingen. Teken het verloop van zo'n voltage-clamp experiment die gaat van -68mV naar 61 mV. Maak hiervoor een duidelijke tekening met ENa, EK, INa, IK, gNa, gK. Gebruik vergelijkingen waar nodig.
#Gegeven is een I(mV)-grafiek.
#*Duid het omkeerpotentiaal aan. Wat zegt dit over de selectiviteit?
#*Duid de instroom en uitstroom van het ion(en) aan.
#*Geef ook de conductantie weer. Teken de conductantie met factor 2 (dus 2x groter). Bereken deze ook.
#Lichaamssecretiecellen en de invloed van parasympatisch zenuwstelsel.
#Meerkeuze: deel met giscorrectie en deel zonder giscorrectie. (giscorrectie afhankelijk van vraag)
#*De cel in rust is permeabel voor: a) Na b) Cl- c) Mg2+ d) K+
#*Na onderzoek van grondstalen uit een ruimtereis naar Mars werd een nieuw organisme ontdekt “Marsanius rubensis”. Na analyse van de ionische concentraties kwam men tot volgende waarde’s: (tabel gegeven met []ex en []in). De cel is permeabel voor Al3+ en SO42-, niet voor Mg2+. Wat is de rustmembraanpotentiaal? a)-123 mV b) – 61,5 mV c) -31 mV d) 0 mV e) + 31,5 mV f) + 61,5 mV g) 123 mV
#*iets over BKcellen
#*iets over blokkeren van thermofiele cellen
#*Diffusie van O2 duurt 0,5s over een afstand van 1micrometer, hoelang duurt het over 4micrometer?
#*Tot welke concentratie kan een 2Na/1Glucose exancher een concentratie van 10mM glucose doen dalen?
#*Waarmee wordt onderzoek naar myosine en actine interactie gedaan: optogentics, FRAP, optical trapping?

===2015===
#Niet selectief kationenkanaal
#Tekening van insulinesecreterende cel maken met ATP-afhankelijke K-kanalen
#Grafiek van Inet gegeven en gna, gk, Ina en Ik aanvullen en bespreken
#Vergelijk Ca-instroom, AP en contractie (grafiekjes) in hartspiercel en skeletspiercel
#Meerkeuzevragen: Epot berekenen,â€¦
#Geef/Bespreek van gefaciliteerde diffusie, primair en secundair actief transport:
##de algemene naam voor de eiwitten die hiervoor verantwoordelijk zijn
##schematisch de algemene werking
##de naam van een specifiek voorbeeld deze eiwitten
##een verwante pathologie/ziektebeeld aan dit specifieke eiwit
#Voltage clamp van 0mV naar -68 mV, teken de Ina, Ik, gna, gk, en de gatingsmechanismes die hierbij gebeuren.
#Teken hetzelfde maar dan van +68mV naar -68mV. Waar komen de verschillen door?
#Wat is het effect van myelinisatie op de conductie snelheid van een axon?
#Wat zijn de effecten van demyelinisatie en bij welke ziekte komt dit voor?
#Hoe dragen het calcium niveau en het ATP gebruik van gladde spiercellen bij tot hun vermogen tot tonische contractie?
#3 ionen, 2 permeabel, van beiden EC concentratie: IC concentratie = 100:1, +2 en -2 ladingen. Wat is het Vm?
#Verlengde plateaufase van een cardiaal AP met grafiekjes met kalium stromen eronder. Welke kanaalmutatie kan hiervoor de oorzaak zijn?
#Stroomgrafiekjes bij verschillende voltages van een niet selectief cation kanaal
#Herkennen van stroomgrafiek van inward/outward/normale rectifier
#Waarmee wordt onderzoek naar kinesines gedaan: optogentics, FRAP, optical trapping?

===2014===
#bespreek de contractiesnelheid in functie van de kracht voor de verschillende soorten spiercellen(grafiek),rest van de vraag vergeten
#bespreek de excitatie contractie van hartspiercel en skeletspier
#geef drie experimentele evidenties van ca2+ bij hart en skeletspier
#grafiek over I net van zenuwcel wanneer men dit van -68->0mv doet via voltage clamp en erna terug tot -68mv,maak grafiek van INa,IK,gNa,gK en bespreek het proces gating; wat als we nu van -68->60mv doen.Geef grafiek +beschrijf de verschillen met vorige vraag
#Bespreek de inhibitie met steroÃ¯den op het Na/k atpase->volledige of lichte
#wat gebeurt er als de permeabiliteit van cl- stijgt gedurende rustpotentiaal/ depolarisatie
#waarvoor dient myelinisatie en wat zijn de gevolgen van demyelinisatie
#iets over de glucose uptake in niertubuli
#wanneer kan aspirine best worden opgenomen bij een ph van 2 of 8 en verklaar.
#Geef een grafiek met concentratie en verduidelijk de permeabiliteit ;k;t van de grafiek van de 2 ph waarden
===2013===
#Leg uit: E-C koppeling in skeletspieren, van actiepotentiaal in motorneuron tot contractiemechanisme in spier. Leg ook kort het verschil uit in Ca activering tussen hartspieren en skeletspieren. Geef 3 experimentele evidenties. (7 punten)
#Inet grafiek gegeven. Geef de grafieken van gna, gk, Ina, Ik en leg ze uit, m.b.h. van gating, bij -70mV naar 0mV en bij 0mV naar -70mV. Vergelijk die met de situatie naar +68mV (3 punten)
#Insulinesecretie bij hoge glucose uitleggen en waardoor ontstaat hyperinsuline (welke kanalen zijn hiervoor verantwoordelijk)? (1,25 punt)
#Hoe kunnen gladde spiercellen langer hun contractie aanhouden met een laag ATP verbruik? (1,25 punt)
#Wat gebeurt er als je Na/K-ATPase inhibeert? (1,25 punt)
#Grafiek over druk in capillair tussen venule en artiole. Duidt aan in welk gebied er filtratie is en in welk gebied absorptie optreedt. Leg uit hoe oedeem veroorzaakt wordt. (1,25 punt)
#Meerkeuzevragen (zonder giscorrectie) (op 5 punten in totaal)
##Er is een nieuw organisme ontdekt, de ionenconc zijn voor X2+ en Y2-, beide 100mM extracellulair, 1mM intracellulair. Membraan enkel doorlaatbaar voor Y2-, wat is de nieuwe rustpotentiaal?
##Diffusie van O2 duurt 1s over een afstand van 1micrometer, hoelang duurt het over 4micrometer?
##Je verhoogt de extracellulaire concentratie van K+ van 5 naar 40mM, wat gaat het hart doen, versnellen of gelijk blijven (of vertragen?), met verschillende mogelijkheden gegeven.
##Je hebt extracellulair 5mM K+ en 100mM Na+, intracellulair 100mM K+ en 10mM Na+, membraan is niet specifiek en dus permeabel voor beide ionen, hoe ligt de I/Vm curve?
##Wat zorgt ervoor dat de burst in insulineproductie stopt?
##Tot welke concentratie kan een 2Na/1Glucose exancher een concentratie van 100mM glucose doen dalen?
===2008===
#Bespreek de contractie van de gladde spiercel en de invloed van Calcium
#Bespreek de volgende grafieken ( grafiekjes van de potentiaalklemming)
#nog kleine vraagjes: teken de invloed van EPSP en nog 2 maar die ben ik even vergeten
#Bespreek het actief Ca transport over het membraan
#bespreek kort deze vragen:
##Iets van intensiteits-duur curve van dieje kikkerzenuw
##waarom 2 systemen van inhibitie
###post: reactie
###pre: invloed
##Teken de intracellulaire Ca concentratie bij een isotonische contractie van de skeletspier in bij een spiertonus
##teken een inhibitorische feedback-systeem
#Bespreek aan de hand van de _afbeeldingen de Na+ en K+ stroom bij hodgkin-huxly
===vorige jaren===
#hodgkin-huxley, potentiaal afhankelijke kanalen, en dan geeft hij de grafiek van de steady stateâ€¦ niet de bedoeling het proces van de poorten de beschrijven maar wel hoe dat het komt dat die grafiek zo een verloop heeft en hoe deze kan worden geconstrueerd vanuit het stroom diagramâ€¦ hij had daar een onmogelijke constructie gemaakt die hij blijkbaar op simulatie had gezet. (eerste vraag dus grafiek die je moet interpreteren, geen â€˜verhaaltjeâ€™ vertellen zoals hij zeiâ€¦)
#bespreek lengte spanning van skeletspier en bespreek hieruit snelheid spanning (geen grafiek gegeven, dus alles zelf doen)
#activatie van het hart en de autonome regeling
#hoe wordt intensiteit duurcurve afgeleid uit de zenuw van dieje kikkerâ€¦ bespreek de methode
##actief Ca-transport
##actief Na/K-transport
##Voortgeleiding actiepotentiaal. Invloed membraan weerstand, celdiameter, myelineschede
##Bespreek autonoom zenuwstelsel, organisatie, transmitters, receptoren, transductie, invloed cardiovasculair systeem
##Effect verhoogde extra cell K concentratie op kikkerhart
##Summatie en tetanos in skeletspier (waarom geen tetanos in hartspier?)
##vergelijk Na/K transport
#Volgende figuren uit de cursus illustreren belangrijke eigenschappen van de excitatie-contractie koppeling in de hartspier en de skeletspier. Vergelijk aan de hand van deze figuren het mechanisme van excitatie-contractie koppeling in hart en spier. figuren 6 (hoofdstuk MM) volledig voor de skeletspier, figuren 23 (hoofdstuk MM) volledig voor hart, en figuren 24 midden links en links onder.
#Transport doorheen het oppervlaktemembraan
#Bespreek mechanismen van synaptische inhibitie.
#Bespreek het effect van adrenaline op het kikkerhart.

Milieu-economie

2018-01-21T16:15:47Z

KC: /* Januari 2013 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Ovaere Lotte geeft het vak milieu-economie. Het wordt gevolg door enkele geografen, bio-ingenieurs en biochemisten die minor verbreding volgen. Sinds 2017 is dit gesloten-boek. Grafieken zijn zeer belangrijk. Neem zeker een niet-grafisch rekenmachine mee naar het examen.

==Examenvragen==
===24 januari 2017 VM===
#Tijdens de middag eten jongeren hun boterhammen op in de kruidtuin in Leuven. Hierbij laten ze echter afval achter. Fervente bewoners stappen naar burgemeester Tobback om het probleem aan te kaarten. De burgemeester zegt dit probleem te bekijken. Hij stapt naar jou, zijn milieu-adviseur. Je onderzoekt op voorhand enkele zaken:
##In 2015 werden de Leuvenaars bevraagt met een enquête over een mogelijke toegangsprijs voor de Kruidtuin. De leuvenaars willen gemiddeld € 2 betalen. Het hoogste bedrag was €10. Indien het park proper zou zijn verhoogt de bereidheid tot betalen naar €15.
##De kruidtuin ontvangt ongeveer 10000 bezoekers per jaar. Wanneer het park proper zou zijn, verwacht men dat het aantal bezoeker verdubbeld.
##Extra security maatregelen om de schooljongeren te beboeten bij het achterlaten van afval zou zo’n 25000 euro per jaar kosten
#*Zou je burgemeester Tobback aanraden om extra security maatregelen te nemen?
#Een Vlaamse KMO wil investeren in een windmolen om zijn energiefactuur te verminderen. De KMO verbruikt zo'n 45000 kWh per jaar maar koopt deze energie voorlopig nog bij een energiebedrijf aan 0,15 EUR/kWh. Een windmolen heeft een vermogen van 5 kWh en gaat 15 jaar mee. De overheid geeft een subsidie aan de groene stroom van de windmolen van 0,12 EUR per kWh. Het is een investering van 250000 EUR. De overheid zou 10% van de totale investering betalen. Een windmolen heeft een jaarlijkse onderhoudskost van 15000 EUR per jaar. Neem een belasting van 40% en een kapitaalkost van 10%.
#*Is het interessant voor de KMO om te investeren in de windmolen?
#De Zwitserse overheid wil zijn hoeveelheid afval verminderen en zal de afvalberg van een Zwitsers cosmeticabedrijf plaffoneren.
##Hoe kan de Zwitserse overheid het best bepalen welke norm het moet opleggen. Grafisch weergeven.
##Indien het Zwitsers cosmeticabedrijf uit 2 deelbedrijven bestaat, hoe zou de overheid de norm bepalen? Grafisch weergeven.
##Wat is het effect van deze norm op de consument? Grafisch weergeven.
#Minister Tommelein wil een belasting op de CO2-uitstoot doorvoeren op bestelwagens. In Vlaanderen rijden veel vervuilende bestelwagens rond. Hij zegt dat het om een budget-neutrale beslissing gaat. Hij ontkent hier dus mee dat het geld zou dienst doen als overheidsinkomst. Tommelein wil het geld gebruiken om groene bestelwagens te promoten.
#*In dit een economische beslissing of puur politiek? Leg uit.

===Augustus 2015===
Zie examen januari 2012

===20 januari 2015===
#De overheid wil als deel van hun milieubeleid bij de auto-producteurs een regel opleggen dat de auto's een gemiddelde uitstoot van 90 g/km CO2 hebben.
##Vind je dit een goede beslissing? (max. 5 lijnen)
##Zo niet, zou wat zou je als beter alternatief aanraden? (max. 5 lijnen)
#Stockholm heeft twee luchthavens, namelijk Arlanda en Bromma, waar bij de laatste alleen kleine vliegtuigen mogen landen. Bromma heeft wel een snelle busverbinding naar de stad.
##De landingen in de luchthaven van Bromma laten alleen kleine vliegtuigen toe en dit zorgt voor extra geluidshinder. De overheid wil de hinder beperken en legt dus een maximaal aantal vluchten per dag vast. Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid wil de CO2-uitstoot aan de luchthaven van Arlanda laten dalen door eveneens een maximaal aantal vluchten per dag vast te leggen. Daarbij wil het ook het gebruik van lange-afstandstreinen in Zweden aanmoedigen.Â Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid heeft plannen om alle vluchten in Arlanda te laten landen en in Bromma nieuwe woningen te bouwen. Geef een kosten-baten-analyse van deze investering en specifieer hoe je de kosten en baten zal meten. (max. 20 lijnen)
#Een immobiliÃ«nbedrijf voor studentenresidenties wil in een gebouw de elektriciteitsverwarming vervangen door aardgasverwarming. De installatie zou een investering van 1 miljoen euro vergen. Het zal een minderkost van elektriciteit opleveren van 180 000 euro, maar wel een meerkost van aardgas van 100 000 euro. Verder is er een jaarlijkse verzekeringskost van 20 000 euro per jaar. Er kan ook nog gerekend worden op een eenmalige subsidie van 100 000 euro. De belasting bedraagt 33% en er is een kapitaalkost van 6%. Is dit een goede investering voor het bedrijf? (max. 15 lijnen)

===Januari 2014===
#Oefening over bedrijfsinvestering, indien nodig assumpties maken
#Een rivier wordt vervuild in BelgiÃ«, maar veroorzaakt ook schade in Nederland
##Hoe zou je de veroorzaakte schade kunnen waarderen?
##Zal BelgiÃ« een sociaal optimaal beleid voeren? Waarom/wel niet + staaf met grafiek
#Men heeft plannen om een houtzagerij met bijbehorende geluidshinder in een dorp te plaatsen, maar de omwonenden zijn hier fel tegen. De burgemeester vraagt je advies: hoe kan hij nagaan of dit een goede beslissing is?
#Zie examenvraag 1a) en 1b) van januari 2013, c) welke methode is het efficiÃ«ntst (kiezen tussen a of b)?

===Augustus 2013===
= examen januari 2012

===Januari 2013===
#We hebben twee ondernemingen (A en B) die elk 50 ton polluent uitstoten. De marginale kost van emissiereductie is gegeven door MK(a) = 0.5 Z(a) en MK(b) = 0.2 Z(b)Â
waarbij Z de emissiereductie in ton voorstelt. De overheid wil de totale emissies terugdringen tot 40 ton en vraagt je de volgende alternatieven uit te rekenen:
##Geef de kostenfuncties en bereken de totale kostprijs om de totale emissies terug te dringen tot 40 ton door in de exploitatievergunningÂ van elk bedrijf de totale emissie te beperken tot 20 ton.
##Veronderstel dat elk bedrijf voor 20 ton emissierechten krijgt en dat de bedrijven de emissierechten mogen verhandelen. Hoeveel bedraagtÂ dan de kostprijs voor elk van de twee bedrijven?
##Wat is de impact op de nettowinst van bedrijf A wanneer het bedrijf de emissies voor 5 jaar kan terugdringen tot 20 ton per jaar door middel van een eenmalige investering van 100 euro en verder geen emissierechten koopt of verkoopt?
##Welke boete zou de overheid best voorzien bij niet naleving?
##Veronderstel dat de overheid de kosten van de bedrijven niet kent, enkel de initiele emissieniveaus. Welk beleidsinstrument gebruikt de overheid dan best (Beperk je niet tot de instrumenten uit vraag a enÂ b)?
#Veronderstel een eenvoudige wereld met 20 identieke landen. De marginale kostprijs voor emissievermindering van broeikasgassenÂ bedraagt x voor elk land waarbij x de emissievermindering is in miljoenÂ ton. De marginale baat van emissievermindering is constant en bedraagt 1miljoen $ per miljoen ton voor elk land.
##Bereken de totale emissievermindering die we van deze wereld mogen verwachten.
##Veronderstel dat deze 20 landen zich verenigen in 5 gelijkwaardigeÂ regionale blokken van telkens 4 landen waarbij elke regionale groepÂ zich gedraagt als 1 land met nog steeds dezelfde marginaleÂ kostenfunctie x . Hoeveel bedraagt dan de totaleÂ emissievermindering?
#In stad X is er een nieuwe woonbuurt met een centraal plein. Er was altijd alÂ een drankgelegenheid gepland op het centraal plein, maar deze was nog nietÂ toegekend aan een uitbater. Alle 20 huizen en appartementen rond het plein zijnÂ ondertussen verkocht. Deze waren gemiddeld 10% goedkoper dan in de rest vanÂ de buurt omdat er wellicht hinder komt van de drankgelegenheid. In deze streek kosten gelijkaardige huizen ongeveer 400 000 Euro. Er is nu eindelijk eenÂ uitbater gevonden voor de drankgelegenheid en die wil aan de inrichtingÂ beginnen. Ondertussen is er een actiecomitÃ© opgericht van buurtbewoners tegen de drankgelegenheid. Ze vragen dat de stad deze activiteit verbiedt. HetÂ stadsbestuur vraagt je advies: zou ze best de nieuwe drankgelegenheid toestaan of toch maar omzetten in een andere activiteit?

===Januari 2012===
# vraag: De politieke discussie over de inplanting van een nieuwe verbrandingsoven aan
Kampenhout-Sas (aan kanaal Mechelen-Leuven) toont aan dat er nog steeds grote
onenigheid bestaat over de beste wijze om gemengd huishoudelijk afval te verwijderen.
Er is de optie verbranden en er is de optie in de grond bergen in een stortplaats.
Je wordt gevraagd een kostenanalyse te maken van de twee opties.
Dit zijn de gegevens:
Per ton is er een investeringskost (levensduur van 20 jaar, interestvoet van 10%) van 400€
voor de berging in de grond en van 600€ voor de verbrandingsinstallatie.
Er zijn milieukosten verbonden aan de luchtverontreiniging bij verbranding van 5€ per
ton en bij berging in de grond is er een externe kost voor het landschap van 25€ per ton.
Bij berging in de grond wordt het afval hoofdzakelijk aangevoerd per vrachtwagen met
een externe kost van 3€ per ton. Voor de verbrandingsinstallatie in Kampenhout zou het
afval per binnenschip aangevoerd worden, wat 6 € per ton kost aan het milieu. (Alle
milieukosten zijn op jaarbasis)
Welke vorm van afvalverwerking zou je aanbevelen?
#een berekening voor de belasting op afvalÂ
#een vraag over een stelling in een amerikaanse krant: luchtvaartmaatschappijen die naar europa vliegen moeten met verhandelbare emissierechten werken, 80% krijgen ze van de overheid en 20% moeten ze zelf betalen, dit zorgt voor een drukking van de winst. Klopt de titel van dit artikel?Â
#Nog iets met verhandelbare emissierechten zie h18 staat mooi in de cursusÂ
#een vliegmaatschappij overweegt een geluidsscherm te plaatsen, kostenanalyse uitvoeren.

===Januari 2009===
#vraag over lozingen: vervuiler kent men niet enkel de slachtoffers en schade bij deze slachtoffers. Stel dat men de vervuiler toch vindt, welke maatregel raadt je dan aan?Â
En welke oplossing om dat soort problemen in de toekomst te vermijden? En dan nog vraag over iets met overheid en sociaal optimumÂ
#mening over Europees klimaatsplan in 10 regelsÂ
#dan een oefening over emissiereducties bij 2 bedrijven en de Totale kostenfunctie zijn gegeven. Welke belastingsvoet en wat is dan uitstoot van beide bedrijven bij die belasting? Wat als er gelijke emissienorm voor beide bedrijven geldt, bespreek standpunt maatschappij en bedrijven.Â
#een cashflow oefeningÂ
#vraag over invoerheffing op invoer van Belgische mest in Rusland

===Januari 2008===
#Een cashflow. product A is nu afgeschreven maar kan nog 10j meegaan, product B bespaart zoveel verwerkingskosten en zoveel aan waterlozingskosten. Is het best nu te investeren in B of pas binnen 10jÂ
# gegeven: formule van de reductiekosten van een bedrijf. gevraagd: hoeveel VER's moeten uitgedeeld worden voor dezelfde reductie te krijgen.Â
#En dan nog een viertal keer je mening geven over het milieubeleid bij t Ã©Ã©n of t ander probleem, of, gegeven een milieu-probleem, hoe het beste aan te pakken.</

Milieu-economie

2017-12-27T18:40:27Z

KC: /* Januari 2012 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Ovaere Lotte geeft het vak milieu-economie. Het wordt gevolg door enkele geografen, bio-ingenieurs en biochemisten die minor verbreding volgen. Sinds 2017 is dit gesloten-boek. Grafieken zijn zeer belangrijk. Neem zeker een niet-grafisch rekenmachine mee naar het examen.

==Examenvragen==
===24 januari 2017 VM===
#Tijdens de middag eten jongeren hun boterhammen op in de kruidtuin in Leuven. Hierbij laten ze echter afval achter. Fervente bewoners stappen naar burgemeester Tobback om het probleem aan te kaarten. De burgemeester zegt dit probleem te bekijken. Hij stapt naar jou, zijn milieu-adviseur. Je onderzoekt op voorhand enkele zaken:
##In 2015 werden de Leuvenaars bevraagt met een enquête over een mogelijke toegangsprijs voor de Kruidtuin. De leuvenaars willen gemiddeld € 2 betalen. Het hoogste bedrag was €10. Indien het park proper zou zijn verhoogt de bereidheid tot betalen naar €15.
##De kruidtuin ontvangt ongeveer 10000 bezoekers per jaar. Wanneer het park proper zou zijn, verwacht men dat het aantal bezoeker verdubbeld.
##Extra security maatregelen om de schooljongeren te beboeten bij het achterlaten van afval zou zo’n 25000 euro per jaar kosten
#*Zou je burgemeester Tobback aanraden om extra security maatregelen te nemen?
#Een Vlaamse KMO wil investeren in een windmolen om zijn energiefactuur te verminderen. De KMO verbruikt zo'n 45000 kWh per jaar maar koopt deze energie voorlopig nog bij een energiebedrijf aan 0,15 EUR/kWh. Een windmolen heeft een vermogen van 5 kWh en gaat 15 jaar mee. De overheid geeft een subsidie aan de groene stroom van de windmolen van 0,12 EUR per kWh. Het is een investering van 250000 EUR. De overheid zou 10% van de totale investering betalen. Een windmolen heeft een jaarlijkse onderhoudskost van 15000 EUR per jaar. Neem een belasting van 40% en een kapitaalkost van 10%.
#*Is het interessant voor de KMO om te investeren in de windmolen?
#De Zwitserse overheid wil zijn hoeveelheid afval verminderen en zal de afvalberg van een Zwitsers cosmeticabedrijf plaffoneren.
##Hoe kan de Zwitserse overheid het best bepalen welke norm het moet opleggen. Grafisch weergeven.
##Indien het Zwitsers cosmeticabedrijf uit 2 deelbedrijven bestaat, hoe zou de overheid de norm bepalen? Grafisch weergeven.
##Wat is het effect van deze norm op de consument? Grafisch weergeven.
#Minister Tommelein wil een belasting op de CO2-uitstoot doorvoeren op bestelwagens. In Vlaanderen rijden veel vervuilende bestelwagens rond. Hij zegt dat het om een budget-neutrale beslissing gaat. Hij ontkent hier dus mee dat het geld zou dienst doen als overheidsinkomst. Tommelein wil het geld gebruiken om groene bestelwagens te promoten.
#*In dit een economische beslissing of puur politiek? Leg uit.

===Augustus 2015===
Zie examen januari 2012

===20 januari 2015===
#De overheid wil als deel van hun milieubeleid bij de auto-producteurs een regel opleggen dat de auto's een gemiddelde uitstoot van 90 g/km CO2 hebben.
##Vind je dit een goede beslissing? (max. 5 lijnen)
##Zo niet, zou wat zou je als beter alternatief aanraden? (max. 5 lijnen)
#Stockholm heeft twee luchthavens, namelijk Arlanda en Bromma, waar bij de laatste alleen kleine vliegtuigen mogen landen. Bromma heeft wel een snelle busverbinding naar de stad.
##De landingen in de luchthaven van Bromma laten alleen kleine vliegtuigen toe en dit zorgt voor extra geluidshinder. De overheid wil de hinder beperken en legt dus een maximaal aantal vluchten per dag vast. Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid wil de CO2-uitstoot aan de luchthaven van Arlanda laten dalen door eveneens een maximaal aantal vluchten per dag vast te leggen. Daarbij wil het ook het gebruik van lange-afstandstreinen in Zweden aanmoedigen.Â Is dit een efficiënt beleid? Zo niet, kan je een beter alternatief voorstellen? (max. 5 lijnen)
##De overheid heeft plannen om alle vluchten in Arlanda te laten landen en in Bromma nieuwe woningen te bouwen. Geef een kosten-baten-analyse van deze investering en specifieer hoe je de kosten en baten zal meten. (max. 20 lijnen)
#Een immobiliÃ«nbedrijf voor studentenresidenties wil in een gebouw de elektriciteitsverwarming vervangen door aardgasverwarming. De installatie zou een investering van 1 miljoen euro vergen. Het zal een minderkost van elektriciteit opleveren van 180 000 euro, maar wel een meerkost van aardgas van 100 000 euro. Verder is er een jaarlijkse verzekeringskost van 20 000 euro per jaar. Er kan ook nog gerekend worden op een eenmalige subsidie van 100 000 euro. De belasting bedraagt 33% en er is een kapitaalkost van 6%. Is dit een goede investering voor het bedrijf? (max. 15 lijnen)

===Januari 2014===
#Oefening over bedrijfsinvestering, indien nodig assumpties maken
#Een rivier wordt vervuild in BelgiÃ«, maar veroorzaakt ook schade in Nederland
##Hoe zou je de veroorzaakte schade kunnen waarderen?
##Zal BelgiÃ« een sociaal optimaal beleid voeren? Waarom/wel niet + staaf met grafiek
#Men heeft plannen om een houtzagerij met bijbehorende geluidshinder in een dorp te plaatsen, maar de omwonenden zijn hier fel tegen. De burgemeester vraagt je advies: hoe kan hij nagaan of dit een goede beslissing is?
#Zie examenvraag 1a) en 1b) van januari 2013, c) welke methode is het efficiÃ«ntst (kiezen tussen a of b)?

===Augustus 2013===
= examen januari 2012

===Januari 2013===
#We hebben twee ondernemingen (A en B) die elk 50 ton polluentÂ uitstoten. De marginale kost van emissiereductie is gegeven doorÂ MK(a)Â = 0.5 Z(a) en MK(b)Â = 0.2 Z(b)Â
waarbij Z de emissiereductie in ton voorstelt. De overheid wil de totaleÂ emissies terugdringen tot 40 ton en vraagt je de volgende alternatievenÂ uit te rekenen:Â Â
##Geef de kostenfuncties en bereken de totale kostprijs om de totaleÂ emissies terug te dringen tot 40 ton door in de exploitatievergunningÂ van elk bedrijf de totale emissie te beperken tot 20 ton.Â
##Veronderstel dat elk bedrijf voor 20 ton emissierechten krijgt en datÂ de bedrijven de emissierechten mogen verhandelen. Hoeveel bedraagtÂ dan de kostprijs voor elk van de twee bedrijven?
##Wat is de impact op de nettowinst van bedrijf A wanneer het bedrijfÂ de emissies voor 5 jaar kan terugdringen tot 20 ton per jaar doorÂ middel van een eenmalige investering van 100 euro en verder geenÂ emissierechten koopt of verkoopt?Â
##Welke boete zou de overheid best voorzien bij niet naleving?
##Veronderstel dat de overheid de kosten van de bedrijven niet kent,Â enkel de initiÃ«le emissieniveaus. Welk beleidsinstrument gebruikt deÂ overheid dan best (Beperk je niet tot de instrumenten uit vraag a enÂ b)?Â
#Veronderstel een eenvoudige wereld met 20 identieke landen. De marginale kostprijs voor emissievermindering van broeikasgassenÂ bedraagt x voor elk land waarbij x de emissievermindering is in miljoenÂ ton. De marginale baat van emissievermindering is constant en bedraagtÂ 1miljoen $ per miljoen ton voor elk land.Â
##Bereken de totale emissievermindering die we van deze wereldÂ mogen verwachten.
##Veronderstel dat deze 20 landen zich verenigen in 5 gelijkwaardigeÂ regionale blokken van telkens 4 landen waarbij elke regionale groepÂ zich gedraagt als 1 land met nog steeds dezelfde marginaleÂ kostenfunctie x . Hoeveel bedraagt dan de totaleÂ emissievermindering?Â
#In stad X is er een nieuwe woonbuurt met een centraal plein. Er was altijd alÂ een drankgelegenheid gepland op het centraal plein, maar deze was nog nietÂ toegekend aan een uitbater. Alle 20 huizen en appartementen rond het plein zijnÂ ondertussen verkocht. Deze waren gemiddeld 10% goedkoper dan in de rest vanÂ de buurt omdat er wellicht hinder komt van de drankgelegenheid. In deze streekÂ kosten gelijkaardige huizen ongeveer 400 000 Euro. Er is nu eindelijk eenÂ uitbater gevonden voor de drankgelegenheid en die wil aan de inrichtingÂ beginnen. Ondertussen is er een actiecomitÃ© opgericht van buurtbewoners tegenÂ de drankgelegenheid. Ze vragen dat de stad deze activiteit verbiedt. HetÂ stadsbestuur vraagt je advies: zou ze best de nieuwe drankgelegenheid toestaanÂ of toch maar omzetten in een andere activiteit?Â

===Januari 2012===
# vraag: De politieke discussie over de inplanting van een nieuwe verbrandingsoven aan
Kampenhout-Sas (aan kanaal Mechelen-Leuven) toont aan dat er nog steeds grote
onenigheid bestaat over de beste wijze om gemengd huishoudelijk afval te verwijderen.
Er is de optie verbranden en er is de optie in de grond bergen in een stortplaats.
Je wordt gevraagd een kostenanalyse te maken van de twee opties.
Dit zijn de gegevens:
Per ton is er een investeringskost (levensduur van 20 jaar, interestvoet van 10%) van 400€
voor de berging in de grond en van 600€ voor de verbrandingsinstallatie.
Er zijn milieukosten verbonden aan de luchtverontreiniging bij verbranding van 5€ per
ton en bij berging in de grond is er een externe kost voor het landschap van 25€ per ton.
Bij berging in de grond wordt het afval hoofdzakelijk aangevoerd per vrachtwagen met
een externe kost van 3€ per ton. Voor de verbrandingsinstallatie in Kampenhout zou het
afval per binnenschip aangevoerd worden, wat 6 € per ton kost aan het milieu. (Alle
milieukosten zijn op jaarbasis)
Welke vorm van afvalverwerking zou je aanbevelen?
#een berekening voor de belasting op afvalÂ
#een vraag over een stelling in een amerikaanse krant: luchtvaartmaatschappijen die naar europa vliegen moeten met verhandelbare emissierechten werken, 80% krijgen ze van de overheid en 20% moeten ze zelf betalen, dit zorgt voor een drukking van de winst. Klopt de titel van dit artikel?Â
#Nog iets met verhandelbare emissierechten zie h18 staat mooi in de cursusÂ
#een vliegmaatschappij overweegt een geluidsscherm te plaatsen, kostenanalyse uitvoeren.

===Januari 2009===
#vraag over lozingen: vervuiler kent men niet enkel de slachtoffers en schade bij deze slachtoffers. Stel dat men de vervuiler toch vindt, welke maatregel raadt je dan aan?Â
En welke oplossing om dat soort problemen in de toekomst te vermijden? En dan nog vraag over iets met overheid en sociaal optimumÂ
#mening over Europees klimaatsplan in 10 regelsÂ
#dan een oefening over emissiereducties bij 2 bedrijven en de Totale kostenfunctie zijn gegeven. Welke belastingsvoet en wat is dan uitstoot van beide bedrijven bij die belasting? Wat als er gelijke emissienorm voor beide bedrijven geldt, bespreek standpunt maatschappij en bedrijven.Â
#een cashflow oefeningÂ
#vraag over invoerheffing op invoer van Belgische mest in Rusland

===Januari 2008===
#Een cashflow. product A is nu afgeschreven maar kan nog 10j meegaan, product B bespaart zoveel verwerkingskosten en zoveel aan waterlozingskosten. Is het best nu te investeren in B of pas binnen 10jÂ
# gegeven: formule van de reductiekosten van een bedrijf. gevraagd: hoeveel VER's moeten uitgedeeld worden voor dezelfde reductie te krijgen.Â
#En dan nog een viertal keer je mening geven over het milieubeleid bij t Ã©Ã©n of t ander probleem, of, gegeven een milieu-probleem, hoe het beste aan te pakken.</

Levensmiddelenchemie en -technologie

2017-02-02T20:11:13Z

KC: /* 17/6 namiddag */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===23 januari 2017 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit.
#Geef en bespreek 4 soorten van fermentatie die kunnen optreden bij de productie van wijn.
#Bespreek invloed van temperatuur en watergehalte op bederf. wat besluit je hieruit.
#Kleine vragen (max. 20 woorden per antwoord):
##Wat is meso?
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##Waarom wordt benzoëzuur gebruikt in levensmiddelen?
##Wat zijn polyolen?
##Wat verstaan we onder netto metaboliseerbare energie?

===17 januari 2017 VM===
#bespreek zo volledig mogelijk hoe de voedingsindustrie de vraag van de consument naar een constante en hoge organoleptische kwaliteit tegemoet gaat.
#bespreek de productie van kaas
#Juist of fout? Analytisch sensorisch onderzoek is belangrijker dan affectief sensorisch onderzoek bij het produceren van een nieuw levensmiddel. Bespreek
#begrippen:
##sorbinezuur
##oorsprong Bt-toxine
##heterolactische fermentatie
##polyolen
##netto metabolariseerbaarde energie

===24 augustus 2016===
#Wat zijn de criteria van een kwalitatief product? Hoe werkt de verpakking hieraan mee?
#Bier, wijn en Sake party
#Je koelt sojaolie, wat komt eruit?
#begrippen:
##Suiker bij de wijn doen
##Eesten
##Melk+bacterie blijft lang goed, why?
##Dem maag signals of geen honger
##Restronasaal

===17/6 namiddag===
#De smaak van een levensmiddel verandert van gisteren op vandaag op morgen. Bespreek en geef voorbeelden vanuit de cursus. (alles dus van bederf tot toestand van de proever van vluchtige geurstoffen van stoffen in uw verpakking)
#Transvetzuren kom in de natuur niet voor. Juist of fout? verklaar
#Rijstwijn proces uitleggen
#Begrippen:
##Wanneer ben je zwaarlijvig?
##Verklaar BRC
##Gelijkenis tussen roken en zouten
##Wat is ontgommen van olie?
##Wat zijn PCB's?
#Productbespreking

===Examen vragen===
#geef de directe en indirecte criteria voor kwaliteit van producten en leg uit hoe verpakking en verpakkingsprocedure hier toe kan bijdragen (allee of zoiets toch)
#classificatie van koolhydraten en waar ze voorkomen
#winterisatie
#woordjes :
##chaptalisatie
##postgrandiaal
##retronasaal
##hoe fermentatie van melk bijdraagt tot bewaring
##ik denk nog een maar weet ik niet meer

===20 januari 2015===
#Bespreek de hoe de afstand tussen de landbouwer en de consument groter is geworden. Welke ontwikkelingen hebben hiertoe bijgedragen?
#GM voeder en voedsel
#Leg de fermentatie van groenten uit
#Begrippen
##homigeniseren als eenheidsbewerking
##ME
##pH van wijn
##halo-effect
##in welk proces worden PAKâ€™s gevormd?

===19 januari 2015 (nm)===
#Hoe kan men het probleem van lactose intolerantie oplossen in levensmiddelen?
#Transvetten zijn slecht? Leg uit.
#Bespreek het hele productieproces van soja-olie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Stimulusfout
##malolactische fermentatie
##vermouten

===19 januari 2015 (vm)===
#Bespreek veranderingen die optreden bij bewaring en geed drie mogelijke (liefst beste) oplossingen voor problemen die daardoor veroorzaakt kunnen worden. /react-text
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie. /react-text
#Geef een overzicht (schema/tabel) van de verschillende koolhydraten en hun voorkomen. /react-text
#Verklaar kort:
##soutirage
##ligase /react-text
##fermentatietechnieken met melk
##basisprinpice enzymwerking

===15 januari 2015===
#Bespreek chocoladeproductie van cacaopod tot product, refereer over de hele cursus.
#Welke risico's zijn verbonden aan GM op vlak van voedsel?
#Bespreek de voor- en nadelen van het verwerken van levensmiddelen.
#Verklaar kort:
##inleggen
##waarom bepaalde delen van de plant van van industrieel belang zijn
##post-ontgommen
##chaptalisatie

===24 januari 2014 (VM)===
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie
#Vergelijk de Dioxine crisis en Coca Cola Crisis in tabelvorm
#Bespreek de extractiestap in de productie van Sojaolie in detail
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Waarom worden groenten ingelegd?
##Wat is flavour?
##Wat is tristearine?
##Wat is Nuruk?
##Product

===20 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat zijn de mogelijke manieren om houdbaarheid te bekomen?
#Bespreek het verband tussen vleesconsumptie en een duurzame voedselproductie.
#Winterisatie bij sojaolie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Wat is postabsorptieve verzadiging?
##Wat is daidzeine?
##Wat is het doel van tempereren?
##waaruit is inuline opgebouwd?

===17 januari 2014 (NM)===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Vergelijk de essentiele elementen in de productie van bier, wijn en rijstwijn in tabelvorm.
#Bespreek de voor- en nadelen van verwerking van levensmiddelen.
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Welk soort chemische reactie is de meest gekatalyseerde door enzymen in de levensmiddelenproductie?
##Wat is daidzeine?
##Welke doel heeft blancheren?
##Wat verstaan we onder het 'halo'-effect?
##Geef de criteria van kwalilteit van een levensmiddel in dalende volgorde van belangrijkheid.

==16 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid zo belangrijk en wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen + voorbeelden
#Technologische oplossingen voor lactose-intolerantie
#Bespreek fermentatie bij cacaobonen
#Woordjes:
##postabsorptieve verzadiging,
##maischen,
##belangrijkste bestanddeel verzerkt kaas,
##doel maceration carbonique,
## duo/trio test (korte uitleg)

===13 januari 2014===
#ranzigheid komt veel voor in voeding. welke technologische oplossingen bestaan er voor dit probleem?
#wat is de werking van rennet?
#wat zijn de voor- en nadelen van de Atwaterfactoren?
#vijf termen:
##hoe is inuline opgebouwd?
##wat is de quetelet-index
##welke zijn de twee belangrijkste natuurlijke bronnen van sucrose?
##wat is melamine

===29 januari 2013===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen en geef hierbij voorbeelden. We geven steeds minder uit aan voeding. Dit lijkt onlogisch. Bediscussieer. Geef de voor- en nadelen van verwerking.
#Korte vragen, korte antwoorden
##Hoeveel van het voedsel in ons land is geÃ¯mporteerd
##Wat is de dierlijke variant van zetmeel
##Wat betekent hedonisch

Statistiek & Data-analyse

2017-01-27T13:21:34Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===20 JANUARI 2017===

- eerste vraag waren 4 juist/fout vragen
- als X en Y normaal verdeeld zijn, is de som dan altijd normaal verdeeld
- iets me benadering van steekproefgem en populatiegem
- iets me E(X) of da bij toevalsvariabele gelijk is aan het gem
... weet ik ni meer exact, ge moet gewoon juist of fout aanduiden, ni uitleggen

- tweede vraag waren twee bewijzen (me Var(a+bX+cY) en E(a+bX+cY) en dan altijd zo bijvragen van a-e zo Var en E uitrekenen en mediaan berekenen, cumulatieve frequentie tekenen.. en dan iets me X+Y en kansen daarvan berekenen beetje vaag haha
- dan twee vragen op kansen ook met altijd zo deelvraagjes, eerste was over dat er verschillende sets van 20 stuks zijn en ge ga na hoeveel defecte er zijn, ge hebt enkele gegevens gegeven vb. Kans op geen defecte elementen in uw set van 20 is 70%, kans op juist 1 defect element is 20% enz. Daar dan allemaal kans vragen op, vb. Wat is de kans da als ge willekeurig een lot van 20 neemt, en ge weet da er exact 1 defect is, wa is dan de kans da als ge er twee willekeurige uitneemt da die ni defect zijn enzovoort..

Dan een kansoefening met een kind da 10 keer me een dobbelsteen mag gooien en elke keer als die 6 gooit krijgt die een cadeau, wa is dan de kans da die meer als 3 cadeaus krijgt enzovoort, welke kansverdeling is da en bereken ook benaderend en zo van die deelvragen, ook nog als ze die traditie 35 jaar zouden doen en die jongen mag elke keer gooien op zijn bday wa is dan de kans da die meer dan 55 cadeaus krijgt

- en dan nog twee hypothesetesten waarvan ene met R output
De ene vraag was over herseninhoud, ze willen zien of de herseninhoud van een 75 jarige persoon gekropen is tov een 25 jarige persoon, ge hebt dan een lijst gekregen me gegevens en een R output waarin t waarde, P waarde, df ontbreken en aan de hand van die output moet ge dan dingen berekenen mbv hypothesetesten, ook output van een betrouwbaarheidsinterval en da interpreteren
De andere ging over het feit da er ooit gezegd is geweest da er dobbelstenen bestaan die "niet gelijk" zijn dus die ni eerlijk zijn, ge krijg een tabel me kansen en moet dan hypothesetesten uitvoeren om te zien of die dobbesltaan vervalst was of ni, weer Teststatistiek opstellen, testwaarde berekenen, interpreteren... en dan een tabel me ietske andere waardes van die dobbelstaan me de vraag of die P waarde dan hetzelfde blijft

- en nog een oefening over laatste hoofdstuk met die lineaire regressie ook me allemaal deelvraagjes ; de lineaire regressie opstellen en dan s^2 uitrekenen, ge hebt sx sy sxy enzo gegeven, en dan moet ge daar hypothese en teststatistiek ook doen dacht ik (bij elke hypothesetest vraagt ze teststatistiek, testwaarde , P waarde interpreteren etc) en dan geeft ze ook nog een R^2 waarde die ge moet interpreteren..
Ik denk da het zoiets ongeveer was haha, en ge had 3u30min tijd :)

===15 januari 2016===
#Juist/fout, Var(bx)=bÂ²Var(x) aantonen
#rekenen met kansen
#ExponentiÃ«le verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...
#Hypothesetesten
#R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen
===6 januari 2015===
#Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:
##E(Y) = g (E (X)) ?
##Med(Y) = g ( Med (X)) ?
##Med(Y) = g( E (X))Â ?
##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?
#In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:
##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?
##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?
###Bereken deze kans exact
###Bereken een benadering van deze kans
###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?
#Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beÃ¯nvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? Î± = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.
##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag
##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.
##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.
##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.
##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?
##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?
##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes

===25 januari 2016 (VM)===
===Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.====
#Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.
#Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?
#Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reÃ«ele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)
#We hebben thuis een alarm geÃ¯nstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?
#Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriÃ«ntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:
##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriÃ«ntatievermogen heeft is 1/7.
##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.
#Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.
##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?
##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?
##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.
##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?
#Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en "Overige", elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.
##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.
##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.
##Geef de P-waarde.
##Vorm een besluit.
#In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur ("een jonge snaak" zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.
#Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.
##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.
##Geef de P-waarde.
##Vorm een besluit.
#Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.
#Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.
#Gegeven: output van summary en anova in R.
##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F > f) en voor de slope: t-waarde en P(T > t).
##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfaÂ != 0
##Geef de regressierechte.
##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.
===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===
#Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:
##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.
##er een lineair verband is tussen 2 variabelen
##een variabale uit een bepaalde verdeling komt
##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn
#Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoÃ«fficiÃ«nt p en:
##H0: p=0 vs H1:p=/=0
##Een p-waarde <alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:
##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon
##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y
##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair
##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.
#Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.
##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%
##HoeveelÂ % van de studenten is slordig?
##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?
#Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?
##H0 en H1?
##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?
##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?
##Bereken de testwaarde
##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.
##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.
##Wat besluit je op basis van de p-waarde?
##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?
#De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.
##H0 en H1?
##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde
##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.
##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.
#Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.
##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?
##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, RÂ² kunnen geven + betekenis,...)

===27 januari 2014===
#Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.
#een exp (Î») met Î»>0 geeftÂ Î£xi ~ N(n/Î» , n/Î»Â²)
#als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld
#(weet ik niet meer)
#een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.
#Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.
#Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?
#Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?
#Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?
#Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.
#Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen
#Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.
#Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.
#Hypothesevraag met Î±= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cmÂ² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cmÂ².
##Stel een goede H0 en H1 op
##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?
##Geeft de correcte test-statistiek
##Zoek de P-waarde
##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.
##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?
#Hypothesevraag met Î±= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)
##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==> a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)
##Stel een goede H0 en H1 hypothese op
##Welke test statistiek gebruik je?
##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten
##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.
===17 Januari 2014===
#Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.
##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.
##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)
##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld
##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x>7|x>3) = P(x>4)
#Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs enÂ 29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebbenÂ en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.
##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%
##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?
##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?
#Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafÃ©gangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.
##stel de hyphotheses op
##welke veronderstellingen maak je?
##welke teststatistiek gebruik je?
##wat is de T-waarde?
##wat is de P-waarde?
##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld
##maak een voortstelling van de P-waarde
##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?
###Voer deze test uit:
###wat is de T-waarde
###wat is de P-waarde?
###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld
##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.

===20 Januari 2012===
#3 Meerkeuzevragen & uitleggen waarom
##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --> wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.
##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --> enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...
##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:Âµ(X)=3 vs H1:Âµ(X)â‰ 3 en/of H0:Âµ(Y)=sqrt(3) vs H1:Âµ(Y)â‰ sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)â‰ 3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)â‰ sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent
#Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie
#Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=> De vragen hierbij waren:
##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.
##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij
##Bereken de p-waarde + definitie
##Teken deze p-waarde op een grafiek
##Besluit
##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?
##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen
##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.
#Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.
##Geef het regressiemodel
##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...
##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op
##BI berekenen van de rico
##definitie BI
##Aannames + nagaan modelveronderstellingen

===18 Januari 2013 (VM)===
#Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.
#Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.
#Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.
##Geef H0.
##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
##Geef de P-waarde.
##Besluit.
#Ga na of er een verband is tussen de waarden.
##Geef H0.
##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
##Geef de P-waarde.
##Besluit
#Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.
##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?
##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?
#Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.
##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).
###Geef H0.
###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
###Geef de P-waarde.
###Besluit.
##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?
#Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.
##Is het een goed model? (of zoiets)
##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)
##Wat betekent Std. Error in die lm-functie

Analytische Biochemie

2017-01-26T14:59:31Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2017-01-25T13:25:44Z

KC: /* Mondeling */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2017-01-25T13:10:01Z

KC: /* Schriftelijk */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#CocaÃ¯ne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaÃ¯ne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening===
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening===
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Algemene Natuurkunde II

2017-01-19T16:01:09Z

KC: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof Wübbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen==
===19 januari 2017 nm===
helemaal hetzelfde als de voormiddag

===19 januari 2017 vm===
Theorie:
#Halfgeleiders (+grafieken temperatuursafhankelijkheid van n-en p-types)
#Biot-savart (eindig en oneindig)

Oefeningen:
#2 bolschillen: potentiaalverschil en capaciteit berekenen
#2 stukjes glas met lichtstraal (zelfde golflengte) erdoor: faseverschil berekenen

=== 17 januari 2017===
Zie examen 18 januari 2016.
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Bijvragen bij de werking van de LASER: wat zijn de eigenschappen van laserlicht? Wat zorgt voor de overgang van niveau 2 naar niveau1?

oefeningen
#oefening van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#micaplaatje

=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van Ampère
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de RLC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroÃ¯sme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoÃ¯de met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoÃ¯de met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoÃ«fficiÃ«nt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Algemene Natuurkunde II

2017-01-17T10:50:35Z

KC: /* 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!) */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof WÃ¼bbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen==
=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van Ampère
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de RLC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diÃ«lektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid Ã©Ã©n duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroÃ¯sme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoÃ¯de met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoÃ¯de met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoÃ«fficiÃ«nt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reÃ«el voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geÃ¯nduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Moleculaire Biologie

2017-01-10T12:48:00Z

KC: /* 11 jan 2010 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.

==Examenvragen==

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.