Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Advanced Organic Chemistry

2021-01-26T16:12:22Z

Lindeachten: /* 20 januari 2021 */

[[Categorie:Machemie]]

==Examenvragen==
===20 januari 2021===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling. Hierdoor was de moeilijkheidsgraad van de vragen iets lager. Professor Dehaen stuurt immers normaal gezien veel bij tijdens het mondeling. Indien er dus wel terug mondelinge examens kunnen plaatsvinden zijn de examenvragen van eerdere jaren representatiever.
# 6 punten [[Bestand:Oefening_1.png]]
# 3 punten [[Bestand:Oefening_2.png]]
# 3 punten [[Bestand:Oefening_3.png]]
# 4 punten [[Bestand:Oefening_4.png]]
# 4 punten [[Bestand:Oefening_5.png]]

===6 januari 2021===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling.
# In de synthese van een product reageert het gegeven diketon met 2 equivalenten van een een ylide. Geeft de structuur van dit ylide, de structuur van intermediairen A en B en bespreek kort het mechanisme. De laatste stap is een rearrangement met een zuur. [[Media:Oganic 6-1-2021 oef 1.png]] (/6)
# Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 2 .png]] (/3)
# Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 3.jpg]] (/3)
# Gegeven: een lijst van 8 reagentia, waaronder een H2SO4, acetonitrille, Na, NH2OH, t-BuONa, TiCl4, Me3SiCl en 2-broompropaan. Slechts 6 van de 8 moeten worden gebruikt. Geef de intermediairen X en Y en het mechanisme. De laatste stap is een fragmentatiereactie. [[Media:Organic 6-1-2021 oef 4.PNG]] (het kan zijn dat er een klein foutje zit in de structuur van het eindproduct) (/6)
# Geef het mechanisme van de reactie. In de eerste stap reageert het startproduct met een bromopropaan-derivaat. De laatste stap is een pericyclische reactie. Verloopt de cyclisatie thermisch of fotochemisch? [[Media:Organic 6-1-2021 oef 5.PNG]] (/3)

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===20 januari 2020===
WERKEND BESTAND: [[Media:Organic examen 2020 deel 1.jpg]] en [[Media:Organic examen 2020 deel 2.jpg]]

[[Categorie:Machemie]]

===22 januari 2019===

[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_1.jpg]]
[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_2.jpg]]

===21 januari 2019 VM===

====Examen====

[[Bestand:ExamAdvOrg21jan2019.png|800px]]

====Oplossingen====
[[Media:SolutionsAdvOrg21jan2019jpg.jpg]]

===28 januari 2013 NM===

[[Media:Examen organische chemie 23-01-2017.jpeg]]

#Explain the following reaction. [[Bestand:org1.png]]
#How is given cyclopropane synthesized from diethyl malonate in several steps? Choose reagents such that a maximal yield is obtained. [[Bestand:org2.png]]
#This reaction scheme is an example of a benzannelation reaction. Upon heating, several consecutive steps happen so that the given end product is obtained. Among these steps are three electrocyclic reactions (two 4-electron and one 6-electron), a tautomerization, and a cycloaddition (not necessarily in this order). [[Bestand:org3.png]]
#Explain formation of this product in presence of base. [[Bestand:org4.png]]
#Give product A and explain how this reaction occurs. [[Bestand:org5.png]]
#What products will be formed in following reactions? [[Bestand:org6.png]]

Bestand:Nieuwbestand.jpg

2021-01-18T20:27:36Z

Lindeachten:

Advanced Organic Chemistry

2021-01-18T20:25:33Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Examenvragen==

===6 januari 2021===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling.
# In de synthese van een product reageert het gegeven diketon met 2 equivalenten van een een ylide. Geeft de structuur van dit ylide, de structuur van intermediairen A en B en bespreek kort het mechanisme. De laatste stap is een rearrangement met een zuur. [[Media:Oganic 6-1-2021 oef 1.png]] (/6)
# Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 2 .png]] (/3)
# Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 3.jpg]] (/3)
# Gegeven: een lijst van 8 reagentia, waaronder een H2SO4, acetonitrille, Na, NH2OH, t-BuONa, TiCl4, Me3SiCl en 2-broompropaan. Slechts 6 van de 8 moeten worden gebruikt. Geef de intermediairen X en Y en het mechanisme. De laatste stap is een fragmentatiereactie. [[Media:Organic 6-1-2021 oef 4.PNG]] (het kan zijn dat er een klein foutje zit in de structuur van het eindproduct) (/6)
# Geef het mechanisme van de reactie. In de eerste stap reageert het startproduct met een bromopropaan-derivaat. De laatste stap is een pericyclische reactie. Verloopt de cyclisatie thermisch of fotochemisch? [[Media:Organic 6-1-2021 oef 5.PNG]] (/3)

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===20 januari 2020===
[[Bestand:Nieuwbestand.png]]

# Verbinding 1 wordt verhit en vormt intermediair 2 dat meteen transformeert in verbinding 3 en 4. In een volgende stap wordt er water met restjes zuur aan het mengsel toegevoegd. Met 3 gebeurt niets, maar 4 transformeert in verbinding 5 (structuur gegeven). Geef het mechanisme en structuren van 2 en 4. [[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag1.png]]
#Geef mechanisme en intermediairen. Bij het verhitten van B wordt er een gas gevormd.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag2.png]]
# Geef intermediairen en mechanisme[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag3.png]]
# Wat is reagens B? Geef mechanisme[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag4.png]]
# Leg uit. Geef de structuren van A en B.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag5.png]]
# Leg uit. Geef mechanisme en intermediairen.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag6.png]]

[[Categorie:Machemie]]

===22 januari 2019===

[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_1.jpg]]
[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_2.jpg]]

===21 januari 2019 VM===

====Examen====

[[Bestand:ExamAdvOrg21jan2019.png|800px]]

====Oplossingen====
[[Media:SolutionsAdvOrg21jan2019jpg.jpg]]

===28 januari 2013 NM===

[[Media:Examen organische chemie 23-01-2017.jpeg]]

#Explain the following reaction. [[Bestand:org1.png]]
#How is given cyclopropane synthesized from diethyl malonate in several steps? Choose reagents such that a maximal yield is obtained. [[Bestand:org2.png]]
#This reaction scheme is an example of a benzannelation reaction. Upon heating, several consecutive steps happen so that the given end product is obtained. Among these steps are three electrocyclic reactions (two 4-electron and one 6-electron), a tautomerization, and a cycloaddition (not necessarily in this order). [[Bestand:org3.png]]
#Explain formation of this product in presence of base. [[Bestand:org4.png]]
#Give product A and explain how this reaction occurs. [[Bestand:org5.png]]
#What products will be formed in following reactions? [[Bestand:org6.png]]

Polymer Sciences: from Synthesis to Polymer Material

2021-01-14T07:53:26Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door Professor Nies en Professor Koeckelberghs. Lessen zijn altijd in het Engels. De verdeling is 2/3 op het deel van Nies en 1/3 op het deel van Koeckelberghs. Bij Nies zijn er ook verplichte assignments tijdens het jaar, die meetellen voor een fractie 4/(12-N) van de punten van zijn deel (met N aantal assignments, doorgaans 2). Nies zijn examen is gesloten boek en er moet maar één vraag bij hem mondeling besproken worden (deze wordt op voorhand aangeduid). Bij Koeckelberghs zijn alle vragen mondeling te bespreken.

==Examenvragen==
===13 januari 2021===
Verkorte examenduur omwille van corona
====Prof. Koeckelberghs====
#Definieer en bespreek living/controlled polymerization. Welke experimenten kan je uitvoeren om aan te tonen dat het gaat om een living/controlled polymerization. Bespreek de algemene methode waarop een free-radical polymerization omgezet wordt in een controlled polymerization.
#Bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Gegeven formule van de gibbs vrije energie van menging (FH)
#*Geef de betekenis van ieder symbool in de formule en de eenheid
#*Wat is de thermodynamische voorwaarde voor spinodaal gedrag?
#*Wat is de thermodynamische voorwaarde voor kritische toestand?
#*Schrijf UCST en LCST languit
#*Leidt de vergelijking van chikritisch en phikritisch af
#*Oefening: berekenen Chikritisch, UCST of LCST gedrag? Tekenen fasediagram en verloop van chi in functie van de temperatuur
#Leidt de vergelijking voor de average squared end-to-end distance af voor een WLC met de vergelijking voor een FRC gegeven.
===16 januari 2020===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionic, cationic en radical vinyl polymerisation vergelijken ivm monomeren, terminatie en mogelijkheid tot controlled/living
#Step growth en chain growth vergelijken en hoe je kan bepalen wanneer je welke hebt
#Metathese kort uitleggen

====Prof. Nies====
#Taak uitleggen (mondeling).
#Gibs-Thomson-Tammann afleiden voor lamellar crystal, vergelijking voor Gibbs fusie is gegeven
#Derive expression for deltaG = G(deformed) - G(undeformed). Expressions for the squared end-to-end distance for FJC and P(R)dR are given

===17 januari 2019===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionic, cationic en radical vinyl polymerisation vergelijken ivm monomeren, terminatie en mogelijkheid tot controlled/living
#Step growth en chain growth vergelijken en hoe je kan bepalen wanneer je welke hebt
#Metathese kort uitleggen

====Prof. Nies====
#Taak uitleggen (mondeling).
#Grafiek over Tg afhankelijkheid van de cooling rate, uitleggen op moleculair niveau (met betrekking tot mobiliteit)
#Afleiding radius of gyration geven (fjc), toon aan dat <s²>= lb² (N+1)(N-1)/6N en of de uitdrukking verandert als er interacties zijn tussen de massa's met Lennard Jones interactie potentiaal?

===14 januari 2019===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#plot van volumeverandering i.f.v. de tijd (case2-figuur 25) gegeven, bespreek ... (physical ageing)
#afleiding voor de Thomson-Tammann smelttemperatuur van een eindig sfeer kristal, met de fusie Gibbs vrij energie van een oneindig groot kristal gegeven

===31 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionic versus cationic ring opening polymerization:
#*monomeer
#*intiator
#*general polymerization mechanism
#*termination + transfer
#*ceiling temperature
#Influence of the molecular structure of vinyl monomers on possibility to polymerize. Correlate the molecular structure with:
#*the way monomers can be polymerized
#*rate of polymerization
#*retardation + inhibition
#Influence of conversion on molar mass in step growth polymerization

====Prof. Nies====
#Formula growth rate given (case 3 eq. 1.28)
#*discuss the origin of the exponential facors and the front factor in the given equation.
#*discuss dependence of the growth rate on the size of the crystal at a chosen crystallization temperature. Make a schematic plot of the predicted growth rate versus the crystal size for the chosen crystallization temperature.
#*what are the consequences for the predicted growth rate for crystallization behaviour at a particular crystallization temperature?
#Figure volume relaxation (case 2 figure 27)
#Rubbers
#*Define an ideal rubber
#*Derive expression for deltaG = G(deformed) - G(undeformed)
Expressions for the squared end-to-end distance for FJC and P(R)dR are given

===25 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#ceiling temperature vergelijken bij vinyl polymerization en ring opening polymerization + kleine bijvragen daarover
#controlled radical polymerization (NMP en ATRP)
#living cationic polymerization

====Prof. Nies====
#grafiek spinodal, binodal (die met Berghman's point) toegepast op PDLC, vorming van PDLC uitleggen aan de hand van grafiek
#physical ageing
#avrami plot

===19 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#anionic, cationic en radical vinyl polymerisation vergelijken ivm monomeren, terminatie en mogelijkheid tot controlled/living
#step growth en chain growth vergelijken en hoe ge kunt bepalen wanneer ge wa hebt
#ROMP uitleggen

====Prof. Nies====
#taak bespreken (mondeling)
#Gibs-Thomson-Tammann afleiden voor lamellar crystal, vergelijking voor Gibbs fusie is gegeven
#spinodal en critical condition geven + afleiden helemaal en berekenen wat de critische waarden zijn voor 'chi' en 'fi-2', vergelijking Gibbs gegeven
Huggings formule gegeven (niet in boek) is een uitbreiding van Flory-huggings vergelijking, wanneer zijn die aan elkaar gelijk en wat is de betekenis dan

===15 januari 2018===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#plot van volumeverandering i.f.v. de tijd (case2-figuur 25) gegeven, bespreek ... (physical ageing)
#afleiding voor de Thomson-Tammann smelttemperatuur van een eindig sfeer kristal, met de fusie Gibbs vrij energie van een oneindig groot kristal gegeven

===25 augustus 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#Vergelijk anionische ring opening polymerizatie met kationische ring opening polymerizatie op vlak van
#*monomeer
#*intiator
#*mechanisme
#*terminatie/recombinatie
#*ceiling temperature
#Lewis Mayo en die R ratio's daar in. Welke dingen invloed daar op hebben en hoe + voorbeeld
#Welk invloed heeft de vorderingsgraad op molaire massa in step growth polymerizatie?

====Prof. Nies====
#(mondelinge vraag) bespreek grafiek en waarom dat dit gebeurt (uitleggen op moleculair niveau), grafiek van physical ageing
#Afleiding van hoofdstuk 4 Gibbs vrije energie wanneer een ideaal rubber deformatie ondergaat
#vanalles van UCST en LCST, iets vaags.

===20 januari 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#Anionische, kationische en frp uitleggen obv monomeer, terminatie en hoe ge het levend kunt maken
#Step growth en chain growth
#Ringopening methatese

====Prof. Nies====
Vraag 1:
#Wat is de definitie van een FRC?
#Bij welke condities is de FRC gelijk aan de FJC
#Bereken Lk en Nk voor de limiet van een enorm lange FRC (<R2>frc gegeven)
#Leidt een vergelijking af voor de mean squared end-to-end distance van een ideaal lineair diblock copolymeer bestaande uit Nk1 Kuhn monomeren met lengte lk dat vasthangt via 1 einde aan Nk2 Kuhn monomeren met lengte lk2
Vraag 2:
#Mengsel van PS in methylcyclohexaan (Mw = 355kg/mol)
Bij T=350K bestaat het mengsel uit 1 homogene vloeibare fase. Deze T is 6K boven de flory T. Polymeer volume fractie in de homogene fase is O,2
Bij T=335K: twee vloeibare fases, de polymeer volume fracties van de coexistant fases zijn 0,003 en 0,435
In de compositie range {0,002-0,044} en {0,336-0,435} is de structuur van de initiele fase scheiding kleine druppels in een matrix fase
#*Schets het verloop van delta Gmix ifv de volledige compositierange bij T=333K
#*Duid de points of interest in deze curve aan en leg ze uit.
#*Leg tot he point uit waarom je vraag a zo geschetst hebt
#*Wat zal de morfologie zijn in de initiële fase van scheiding?

===19 Januari 2017===
====Prof. Koekcelberghs====
#Vergelijken ven anionische en kationische ringopeningpolymerisatie op vlak van
#*Initiatie/Initiatoren
#*Terminatie/transfer
#*Mechanisme
#*Mogelijke monomeren
#*Ceiling temperature
#Geef de factoren die een copolymerisatie beïnvloeden
#Geef de invloed van de conversie bij een step-growth polymerisatie

====Prof. Nies====
#Vraag 1: bespreek je taak helemaal (mondeling)
#Vraag 2: Leid het verschil in Gibbs vrije energie voor een vervormd en onvervormd ideaal rubber af. End-to-end distance van een ideaal rubber en de Gaussische distributie zijn gegeven.
#Vraag 3: Gegeven een stelling die zegt dat er een closed-gap miscibility gap plaatsvindt, met een formule voor chi in functie van T. 2 kritische waarden voor de temperatuur zijn gegeven. De vraag is: kan deze stelling kloppen?

===16 januari 2017===
====Prof. Koeckelberghs====
#living/controlled polymerization: definitie + uitleggen. Hoe kunt ge dat experimenteel kunt nagaan. Principe uitleggen hoe ge van free radical polymerization naar controlled polymerization gaat.
#De invloed van de moleculaire structuur van vinyl polymeren op polymerisatie en op de polymerisation rate en dan ook nog op inhibitie en retardatie
#bespreek emulsion polymerization

====Prof. Nies====
#Bespreek uw taak: gewoon uw taak uitleggen aan Nies (mondelinge vraag)
#zie theoretical questions doc case 3 vraag 13, maar alleen de excess Gibbs energy en de chemical potentials waren gegeven
#Vraag 3:
#*thermodynamische uitdrukking voor spinodal en critical conditions afleiden.
#*zie theoretical questions doc case 2 vraag 4 en de uitdrukking voor de Gibbs energy is gegeven
#*de verbeterde Huggins uitdrukking voor de Gibbs energy is gegeven en daarvoor de enthalipsche en entropische bijdragen bepalen.
#*De FH uitdrukking is een speciaal geval van de Huggins uitdrukking: bepaal de conditie van y waarvoor dit geld + geef de fysische betekenis van die conditie

===14 januari 2016===
====Prof. Koeckelberghs====
#Vergelijk chemisch geïnitieerde FRP en ATR op vlak van:
#*Algemeen protocol
#*Snelheidsvergelijkingen
#*Invloed van de moleculaire structuur op de snelheid van polymerisatie
#Leg uit: step growth en chain growth polymerisatie. Hoe kan je experimenteel onderscheid maken tussen beide?
#Leg kort uit: Ziegler-Nattakatalysator

====Prof. Nies====
#Gegeven: Tg in functie van cooling rate. Verklaar de moleculaire oorsprong van dit fenomeen. (oral)
#*Mondelinge bijvraag: wat bepaalt, naast de kinetische energie, ook mee het vrije volume?
#Leid een formule af voor het smeltpunt van een eindig sferisch kristal.
#Vrije energie van mengen volgens Flory-Huggins gegeven:
#*Wat zijn de spinodale en kristische voorwaarden?
#*Geef de betekenis en eenheiden van elke parameter in de vergelijking.
#*Geef een concrete uitdrukking voor de kritische en spinodale voorwaarden afgeleid uit de bovenstaande vergelijking.
#*Geef een concrete uitdrukking voor de kritische phi en chi.
#*Gegeven een uitgebreide variant van de vergelijking van Flory en Huggins. Wat zijn de enthalpische en entropische bijdragen?
#*De oorspronkelijke formule van Flory en Huggins is een bijzonder geval van de bovenstaande vergelijking. Onder welke voorwaarde is dit en waarmee komt dit fysisch overeen?

===11 januari 2016===
====Prof. Koeckelberghs====
#Define living/controlled polymerisation. Hoe neem je dit experimenteel waar? Hoe maak je free radical controlled?
#Wat is de invloed van moleculaire structuur van monomeer op manier vinylpolymerisatie, snelheid en retardation/inhibition?
#Bespreek emulsiepolymerisatie.

====Prof. Nies====
#Case 2, figuur 27 uitleggen (specifiek volume in functie van tijd) (oral)
#Leid Gibbs Thomson uitdrukking af voor smelttemperatuur van sferisch kristal.
#Uitdrukking s^2 en massacentrum gegeven:
#*Leid average radius of gyration af met alles massa's = m.
#*Toon aan dat average radius of gyration = lb^2 (N+1)(N-1)/6N als i=1,2,3,...,N-1.
#*Veranderen de uitdrukking als er interacties zijn tussen de massa's met Lennard Jones interactie potentiaal?

===24 januari 2013===
====Prof. Koeckelberghs====
#Discuss the ceiling temperature and apply it on both the vinyl polymerization and ring opening polymerization. Is the ceiling temperature of a particular monomer dependent on the way it's polymerized?
Is it possible that a particular monomer, of which the ceiling temperature is such that only low-molar mass oligomers can be obtained via a living anionic polymerization at a certain temperature, can be polymerized into high-molar mass polymer using a free radical polymerization at the same temperature? Motivate your anwer.
#Explain the principle of a controlled radical polymerization and apply it on NMP and ATRP.
#Discuss briefly the living cationic vinyl polymerization.
====Prof. Nies====
Zie onderstaande afbeelding.
[
#Assignment 1 (oral)
#The free rotating chain (FRC) consists of N bonding vectors li, i=1,...,N with constant bond length |li| = lb and constant bond angles Ï´ii+1=Ï´, i=1,...,N between the successive bonding vectors. The average quadratic end-to-end distance <RÂ²>, valid for all physically sensible values of N, lb and Ï´, is given by [[Bestand:R-FRC.JPG]]
#*Show that the average quadratic end-to-end distance <RÂ²> of the FRC chain with very small bond angles also can be written in the Kratky-Porod chain form: <RÂ²> = 2lpL-2lpÂ²(1-exp(-L/lp),
with lp=lbL/(1-cosÏ´) the perstistence length and L the contour length.
#Derive from the general thermodynamic equilibrium conditions the melting point of a polymer crystal in equilibrium with a solution of the polymer.
For the polymer solution you can use the Flory-Huggins excess Gibbs-energy of mixing.
[[Bestand:G(mix).JPG]]

The chemical potentials of the components are given by:
[[Bestand:Chempot.JPG]] ]

[[Bestand:240113nies.png]]

===18 januari 2013===
====Prof. Koeckelberghs====
#Compare chemically initiated free radical polymerization and ATRP, for the following aspects:
#*general concept
#*rate of polymerization
#*influence of molecule structure on polymerization rate
#Discuss the differences in mechanism of chain growth and step growth polymerization. How can one investigate which type of polymerization he is dealing with?
#Explain briefly: Ziegler-Natta catalyst
====Prof. Nies====
#Discussion of assignment 1 (oral)

Zie onderstaande afbeelding.

#The expression of average squared end-to-end distance of the Kratky-Porod chain is given: <RÂ²> = 2lpL - 2lpÂ²(1-exp(-L/lp)
#*Derive expressions for the Kuhn segment length and the number of Kuhn segments for this chain.
#*Discuss your results. For instance, did you make any assumptions? Mention them explicitly.
#The excess Gibbs ebergy of mixing in the Flory-Huggins model is given: Î”G/NlkT = Î”g/kT = (Ï†1/s1)lnÏ†1 + (Ï†2/s2)lnÏ†2 + Ï‡Ï†1Ï†2
#*Derive expressions for the spinodal and critical conditions.
#*Derive from these expressions the formulae for the critical composition Ï†2,cr and critical value of Ï‡.
#*What is the relevance of the spinodal for material behaviour?
[[Bestand:180113nies.png]]

===20 januari 2012===
====Professor Nies====
#Gegeven een fase-diagram uit Case II. Wat gebeurt er als er vanuit punt A (dat links van de critical point lag):
#* traag wordt afgekoeld
#* wordt gequenched (1000K/min)
#* Hoe ziet de oplossing er na koelen uit voor beide gevallen
#5 begrippen uitleggen:
#*Thermo-elastische inversie
#*Physical ageing
#*Second order transition
#*Effective pair potential
#*Nucleation & growth
#Leidt de spinodal en critical conditions af en ook de waarden voor Fi(2,crit) en Chi(krit).

====Professor Koeckelberghs====
#Wat is de ceiling temperatuur en correleer dit met vinylpolymerisatie en Ring opening polymerisatie. Is de ceiling temperatuur afhankelijk van hoe we polymeriseren? Stel we polymeriseren via een living anionische polymerisatie. Het monomeer heeft een lage ceiling temperatuur, wat ervoor zorgt dat er geen lange polymeerketens worden gevormd. Kan men dan langere ketens verkrijgen als men bij dezelfde temperatuur via een radicale polymerisatie polymeriseert?
#M1 en M2 worden gecopolymeriseerd. Geef de parameters voor beide monomeren en leg uit waarvan deze afhangen.
# Leg uit: (radicalaire) emulsiepolymerisatie

===21 januari 2011===
====Professor Nies====
# Teken het verloop van de de gibssvrij-energie in functie van volumefractie bij een temperatuur van 300K. Volumefracties = 0,2. Coexistence points en spinodal points gegeven. Ook de verschillende punten aanduiden en kort uitleggen. (deze vraag was mondeling)
# Formule p 50 case 1 gegeven (zonder 4e term)
#* leg de symbolen uit + dimensies + eenheden
#* wat bedoelt men met "volgens de Flory benadering..."
#* leg de twee verschillende termen uit
#* Bereken end-to-end distance in evenwicht bij een flory-solvent
#* Bereken end-to-end distance in evenwicht bij een goed solvent
# Avramiplot+vergelijking gegeven
#*leg de parameters uit
#*hoe kan je volumefractie kristallijne fase meten, leg kort techniek uit.
#*geef een kwalitatieve bespreking van de grafiek
#*wat kan je uit de parameters afleiden

====Professor Koeckelberghs====
# zie vragen vorig jaar

===15 januari 2010===
====Professor Nies====
#Er was de grafiek gegeven met daarop de binodal, spinodal en Tg curve. Met daarop 3 punten aangegeven, telkens in het homogene gebied boven de binodal en boven Tg. Punt A: Links van kritische punt, punt B tussen kritische punt en Berghmans punt en punt C rechts van Berghmanspunt. (Alleen deze vraag mondeling)
#*Wat vindt plaats als je in punt A traag afkoelt?
#*Wat vindt plaats als je in punt A afkoelt met 1000K/min
#*Wat vindt plaats als je in punt B traag afkoelt
#*Wat vindt plaats als je in punt B afkoelt met 1000K/min
#*Wat vindt plaats als je in punt C traag afkoelt?
#*Wat vindt plaats als je in punt C afkoelt met 1000K/min
#Vergelijking van Groeisnelheid bij kristallisatie (U) gegeven: U=Fexp(A)exp(B)exp(C) Zowel F,A,B,C waren gegeven in symbolen(vergelijking onder 7.B case III)
#*Geef waarvoor de symbolen staan en wat hun eenheden zijn.
#*Verklaar waar de Frontfactor (F) en de drie exp's vandaan komen
#*Bespreek temperatuursafhankelijkheid en geef een schets
#Geef de definitie van een ideale Rubber
#* Leid de uitdrukking voor af voor S bij een willekeurige verandering. P(R) gegeven

====Koeckelberghs====
#Vergelijk radicalaire, anionische en kationische vinylpolymerisatie
#*Mogelijke monomere deeltjes (stabiliteit)
#*Terminatie reacties
#*Invloed van verschillende voorkomende deeltjes op sneldheid (hiermee bedoelde hij de associated ion pairs etc)
#*Mogelijke manier om ze 'levend' te maken. (of quasi levend)
#*? dacht dat er nog 1 was
#Je wil een ideaal, perfect blockcopolymeer maken van MMA en MA op anionische wijze. Welk monomeer moet je eerst polymeriseren? Blijft indien je dit met ATRP wil doen de volgorde dezelfde?
#Bespreek kort Ring Opening Metathesis Polymerisatie.

Advanced NMR Spectroscopy

2021-01-10T07:27:40Z

Lindeachten: /* Vogt */

[[Categorie:Machemie]]
=Vakinformatie=
Advanced NMR Spectroscopy
==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
===9 januari 2021===
Ingekorte examenduur tot 3u omwille van corona. Grootste moeilijkheid examen: tijdsdruk!
====Vogt====
#Waarom worden die specifieke nuclei gebruikt in de paper voor de NMR?
#???

====De Borggraeve====
#De evolutie van een antifase term onder free evolution. Hoe ziet het verkregen signaal eruit? Hoe zou je zo'n term genereren?
====Oefeningen====
#Een cyclohexaanring met een OH-groep op en een dubbele binding aan vast.
===20 januari 2017 voormiddag===
====Vogt====
Paper: Direct NMR detection of bifurcated hydrogen bonding in the alpha helix N-caps of ankyrin repeat protein.
#Welk NMR experiment is gebruikt om H-binding tussen His en Thr residues te detecteren? Teken H-bindingen in NRRC tussen His en Thr en geef koppelingsconstante.
#Leg het effect van T44V mutatie uit op de geometrie van H-bindingen in NRRC proteine.
====Van Der Auweraer====
vraag 3,4 en 5 van 2015
====De Borggraeve====
#oefening 1 van 2015
#juiste isomeer bepalen via NOE en pieken toekennen
===8 januari 2016===
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-005.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-007.jpg]]
===9 januari 2015===
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-004.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-006.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-008.jpg]]

===13 januari 2012===
====Vogt====
#Zowel GTP als de GTP-analogen GppNHp en GTPÎ³S worden onderzocht. Wat is het verschil tussen GTP en deze analogen? Waarom worden de GTP-analogen in deze studie gebruikt?
#Leg de spectra in figuren 1B, 2A en 2B uit.
#Teken het Cu2+-cyclen en zeg hoe het interageert met GTP. Wat gebeurt er met de GTPÂ 31P-pieken bij interactie en waarom?
====Van Der Auweraer====
#
#*Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cycloheptatrieen (tekening met hoeken gegeven)
#*Gegeven: vicinale koppelingsconstante is 2,8 Hz, en 2 structuren (1 met de 2 H's op een zesring en 1 met de 2 H's op een vierring). Met welke van de 2 structuren komt deze koppelingsconstante het beste overeen?
#Naar welke spin golffunctie evolueert een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie:Â 13C: (pi/2)x'Â 1/J pix'Â 1/J FID;Â 1H: Ontkoppeling voor pi/2-puls opÂ 13C en tijdens FID vanÂ 13C
#*Hoe evolueert de magnetisatie van eenÂ 13C in een CH-groep in een assenstelsel dat roteert met de Larmorfrequentie van eenÂ 13C-kern zonder koppeling metÂ 1H?
#*Waarom volstaat het niet om na de pi/2-puls en evolutieperiode 1/J het FID te detecteren?

====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Van een bepaald molecule zijnÂ 1H-spectrum en NOE-effecten gegeven. Bepaal zo goed als mogelijk welke pieken bij welke H's horen en welke configuratie het molecule heeft. Teken voor dit molecule ook een COSY- en TOCSY-spectrum.
===25 januari 2010===
====Vogt====

#Verklaar van waar de pieken komen en bespreek hun opsplitsing en multipliciteit.
#
#*Welke argumenten gebruiken de auteurs om tot de voorgestelde configuraties te komen?
#*Kan men onderscheid maken tussen de verschillende configuraties via NMR?
====Van Der Auweraer====
#Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cyclohexatrieen
#Naar welke spin golffuncties gaat een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie: pi/2x' t1/2 piy' t1/2 FID. Toepassen op een AX systeem met vx0= va0 + 2pi Jax en t1/2=1/8piJax. Bespreek en leg uit hoe het spectrum er nadien gaat uit zien.
====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Uitzoeken welke configuratie een bepaald molecule heeft adhv spectra.

Advanced NMR Spectroscopy

2021-01-10T07:25:54Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]
=Vakinformatie=
Advanced NMR Spectroscopy
==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
===9 januari 2021===
Ingekorte examenduur tot 3u omwille van corona. Grootste moeilijkheid examen: tijdsdruk!
====Vogt====
#Waarom worden die specifieke nuclei gebruikt in de paper voor de NMR?
====De Borggraeve====
#De evolutie van een antifase term onder free evolution. Hoe ziet het verkregen signaal eruit? Hoe zou je zo'n term genereren?
====Oefeningen====
#Een cyclohexaanring met een OH-groep op en een dubbele binding aan vast.
===20 januari 2017 voormiddag===
====Vogt====
Paper: Direct NMR detection of bifurcated hydrogen bonding in the alpha helix N-caps of ankyrin repeat protein.
#Welk NMR experiment is gebruikt om H-binding tussen His en Thr residues te detecteren? Teken H-bindingen in NRRC tussen His en Thr en geef koppelingsconstante.
#Leg het effect van T44V mutatie uit op de geometrie van H-bindingen in NRRC proteine.
====Van Der Auweraer====
vraag 3,4 en 5 van 2015
====De Borggraeve====
#oefening 1 van 2015
#juiste isomeer bepalen via NOE en pieken toekennen
===8 januari 2016===
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-005.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-007.jpg]]
===9 januari 2015===
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-004.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-006.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-008.jpg]]

===13 januari 2012===
====Vogt====
#Zowel GTP als de GTP-analogen GppNHp en GTPÎ³S worden onderzocht. Wat is het verschil tussen GTP en deze analogen? Waarom worden de GTP-analogen in deze studie gebruikt?
#Leg de spectra in figuren 1B, 2A en 2B uit.
#Teken het Cu2+-cyclen en zeg hoe het interageert met GTP. Wat gebeurt er met de GTPÂ 31P-pieken bij interactie en waarom?
====Van Der Auweraer====
#
#*Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cycloheptatrieen (tekening met hoeken gegeven)
#*Gegeven: vicinale koppelingsconstante is 2,8 Hz, en 2 structuren (1 met de 2 H's op een zesring en 1 met de 2 H's op een vierring). Met welke van de 2 structuren komt deze koppelingsconstante het beste overeen?
#Naar welke spin golffunctie evolueert een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie:Â 13C: (pi/2)x'Â 1/J pix'Â 1/J FID;Â 1H: Ontkoppeling voor pi/2-puls opÂ 13C en tijdens FID vanÂ 13C
#*Hoe evolueert de magnetisatie van eenÂ 13C in een CH-groep in een assenstelsel dat roteert met de Larmorfrequentie van eenÂ 13C-kern zonder koppeling metÂ 1H?
#*Waarom volstaat het niet om na de pi/2-puls en evolutieperiode 1/J het FID te detecteren?

====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Van een bepaald molecule zijnÂ 1H-spectrum en NOE-effecten gegeven. Bepaal zo goed als mogelijk welke pieken bij welke H's horen en welke configuratie het molecule heeft. Teken voor dit molecule ook een COSY- en TOCSY-spectrum.
===25 januari 2010===
====Vogt====

#Verklaar van waar de pieken komen en bespreek hun opsplitsing en multipliciteit.
#
#*Welke argumenten gebruiken de auteurs om tot de voorgestelde configuraties te komen?
#*Kan men onderscheid maken tussen de verschillende configuraties via NMR?
====Van Der Auweraer====
#Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cyclohexatrieen
#Naar welke spin golffuncties gaat een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie: pi/2x' t1/2 piy' t1/2 FID. Toepassen op een AX systeem met vx0= va0 + 2pi Jax en t1/2=1/8piJax. Bespreek en leg uit hoe het spectrum er nadien gaat uit zien.
====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Uitzoeken welke configuratie een bepaald molecule heeft adhv spectra.

Advanced NMR Spectroscopy

2021-01-10T07:25:20Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]
=Vakinformatie=
Advanced NMR Spectroscopy
==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
===9 januari 2021===
Ingekorte examenduur tot 3u omwille van corona. Grootste moeilijkheid examen: tijdsdruk!
====Vogt====
#Waarom worden die specifieke nuclei gebruikt in de paper voor de NMR?
===De Borggraeve====
#De evolutie van een antifase term onder free evolution. Hoe ziet het verkregen signaal eruit? Hoe zou je zo'n term genereren?
===Oefeningen===
#Een cyclohexaanring met een OH-groep op en een dubbele binding aan vast.
===20 januari 2017 voormiddag===
====Vogt====
Paper: Direct NMR detection of bifurcated hydrogen bonding in the alpha helix N-caps of ankyrin repeat protein.
#Welk NMR experiment is gebruikt om H-binding tussen His en Thr residues te detecteren? Teken H-bindingen in NRRC tussen His en Thr en geef koppelingsconstante.
#Leg het effect van T44V mutatie uit op de geometrie van H-bindingen in NRRC proteine.
====Van Der Auweraer====
vraag 3,4 en 5 van 2015
====De Borggraeve====
#oefening 1 van 2015
#juiste isomeer bepalen via NOE en pieken toekennen
===8 januari 2016===
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-005.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-007.jpg]]
===9 januari 2015===
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-004.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-006.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-008.jpg]]

===13 januari 2012===
====Vogt====
#Zowel GTP als de GTP-analogen GppNHp en GTPÎ³S worden onderzocht. Wat is het verschil tussen GTP en deze analogen? Waarom worden de GTP-analogen in deze studie gebruikt?
#Leg de spectra in figuren 1B, 2A en 2B uit.
#Teken het Cu2+-cyclen en zeg hoe het interageert met GTP. Wat gebeurt er met de GTPÂ 31P-pieken bij interactie en waarom?
====Van Der Auweraer====
#
#*Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cycloheptatrieen (tekening met hoeken gegeven)
#*Gegeven: vicinale koppelingsconstante is 2,8 Hz, en 2 structuren (1 met de 2 H's op een zesring en 1 met de 2 H's op een vierring). Met welke van de 2 structuren komt deze koppelingsconstante het beste overeen?
#Naar welke spin golffunctie evolueert een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie:Â 13C: (pi/2)x'Â 1/J pix'Â 1/J FID;Â 1H: Ontkoppeling voor pi/2-puls opÂ 13C en tijdens FID vanÂ 13C
#*Hoe evolueert de magnetisatie van eenÂ 13C in een CH-groep in een assenstelsel dat roteert met de Larmorfrequentie van eenÂ 13C-kern zonder koppeling metÂ 1H?
#*Waarom volstaat het niet om na de pi/2-puls en evolutieperiode 1/J het FID te detecteren?

====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Van een bepaald molecule zijnÂ 1H-spectrum en NOE-effecten gegeven. Bepaal zo goed als mogelijk welke pieken bij welke H's horen en welke configuratie het molecule heeft. Teken voor dit molecule ook een COSY- en TOCSY-spectrum.
===25 januari 2010===
====Vogt====

#Verklaar van waar de pieken komen en bespreek hun opsplitsing en multipliciteit.
#
#*Welke argumenten gebruiken de auteurs om tot de voorgestelde configuraties te komen?
#*Kan men onderscheid maken tussen de verschillende configuraties via NMR?
====Van Der Auweraer====
#Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cyclohexatrieen
#Naar welke spin golffuncties gaat een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie: pi/2x' t1/2 piy' t1/2 FID. Toepassen op een AX systeem met vx0= va0 + 2pi Jax en t1/2=1/8piJax. Bespreek en leg uit hoe het spectrum er nadien gaat uit zien.
====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Uitzoeken welke configuratie een bepaald molecule heeft adhv spectra.

Synthetic Strategies

2020-12-18T06:48:26Z

Lindeachten: /* Mededeling januari 2021= */

[[Categorie: Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door twee proffen: Wim Dehaen en Mario Smet. Dehaen stelt vragen die redelijk letterlijk in de cursus te vinden zijn. De vragen van Smet kunnen van overal komen: theorie, verbanden, praktische uitvoering van theorie, ... Het deel van Dehaen bevat meestal enkele kleinere vragen zoals rangschikking op basis van basiciteit en/of aromaticiteit, stabielste vorm geven en uitleggen, posities van nucleofiele/elektrofiele aanval op een heterocycle, ... Daarbovenop nog een grote vraag met syntheses van verschillende heteroaromaten (al dan niet met startproducten gegeven). Laat je niet vangen: de totaalsyntheses van natuurproducten (strychnine, quinoline, ...) zijn ook al gevraagd op examens! De syntheses zijn meestal allemaal beschreven in de cursus. Het deel van Smet bevat verschillende soorten vragen: synthese, regiochemie, stereochemie en chemeoselectiviteit. Vooral deze laatsten vindt hij heel interessant (alsook 1-4 relaties van dicarbonyl systemen)! ;)

==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===3 februari 2017 NM===
====Deel Dehaen====
#Rangschik op basis van toenemende basiciteit en motiveer waarom: pyridine, 2,6-dimethylpyridine, 4-dimethylaminopyridine, piperidine, 2,6-di-''tert''-butylpyridine. (structuren niet gegeven; motivatie is belangrijker dan de 'juiste volgorde hebben')
#Zijn de volgende structuren in hun meest stabiele vorm? Zo niet, schrijf deze meest stabiele vorm en motiveer (Ik denk dat het allemaal structuren uit de cursus waren). [[Media:Vraag 2 Dehaen.jpg]]
#Maak een voorstel voor de synthese van volgende verbindingen (geen startmaterialen gegeven). [[Media:Vraag 3 Dehaen.jpg]]

====Deel Smet====
#Geef mogelijke synthesevoorstellen voor volgend product voor doorbraken 1, 2 en 3. Zeg telkens welk soort synthon gebruikt wordt (a^n of b^m). [[Media:Vraag_1_Smet.jpg]]
#Vul de reagentia aan (kunnen er meerdere zijn per stap!) en verklaar de stereo- en regiochemie. [[Media:Vraag_2_Smet.jpg]]
#Verklaar de stereochemie van volgende reactie. [[Media:Vraag_3_Smet.jpg]]
#Verklaar regio- en stereoselectiviteit van volgende reactie. [[Media:Vraag_4_Smet.jpg]]

Synthetic Strategies

2020-12-18T06:48:14Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door twee proffen: Wim Dehaen en Mario Smet. Dehaen stelt vragen die redelijk letterlijk in de cursus te vinden zijn. De vragen van Smet kunnen van overal komen: theorie, verbanden, praktische uitvoering van theorie, ... Het deel van Dehaen bevat meestal enkele kleinere vragen zoals rangschikking op basis van basiciteit en/of aromaticiteit, stabielste vorm geven en uitleggen, posities van nucleofiele/elektrofiele aanval op een heterocycle, ... Daarbovenop nog een grote vraag met syntheses van verschillende heteroaromaten (al dan niet met startproducten gegeven). Laat je niet vangen: de totaalsyntheses van natuurproducten (strychnine, quinoline, ...) zijn ook al gevraagd op examens! De syntheses zijn meestal allemaal beschreven in de cursus. Het deel van Smet bevat verschillende soorten vragen: synthese, regiochemie, stereochemie en chemeoselectiviteit. Vooral deze laatsten vindt hij heel interessant (alsook 1-4 relaties van dicarbonyl systemen)! ;)

==Examenvragen==
==Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===3 februari 2017 NM===
====Deel Dehaen====
#Rangschik op basis van toenemende basiciteit en motiveer waarom: pyridine, 2,6-dimethylpyridine, 4-dimethylaminopyridine, piperidine, 2,6-di-''tert''-butylpyridine. (structuren niet gegeven; motivatie is belangrijker dan de 'juiste volgorde hebben')
#Zijn de volgende structuren in hun meest stabiele vorm? Zo niet, schrijf deze meest stabiele vorm en motiveer (Ik denk dat het allemaal structuren uit de cursus waren). [[Media:Vraag 2 Dehaen.jpg]]
#Maak een voorstel voor de synthese van volgende verbindingen (geen startmaterialen gegeven). [[Media:Vraag 3 Dehaen.jpg]]

====Deel Smet====
#Geef mogelijke synthesevoorstellen voor volgend product voor doorbraken 1, 2 en 3. Zeg telkens welk soort synthon gebruikt wordt (a^n of b^m). [[Media:Vraag_1_Smet.jpg]]
#Vul de reagentia aan (kunnen er meerdere zijn per stap!) en verklaar de stereo- en regiochemie. [[Media:Vraag_2_Smet.jpg]]
#Verklaar de stereochemie van volgende reactie. [[Media:Vraag_3_Smet.jpg]]
#Verklaar regio- en stereoselectiviteit van volgende reactie. [[Media:Vraag_4_Smet.jpg]]

Synthesis of Macromolecular Structures

2020-12-18T06:47:51Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak van 6 sp, gedoceerd door Mario Smet en Guy Koeckelberghs. Er moet ook een paper geschreven worden i.v.m. een gekregen onderwerp bij een van de twee proffen. De paper wordt gepresenteerd voor de groep tegen het einde van het semester, maar deze presentatie staat niet op punten; enkel de paper zelf telt mee voor het eindresultaat. Guy Koeckelberghs vraagt standaard veel extra info die in de les verteld wordt en niet per se in de cursustekst staat. De vragen van Mario Smet komen rechtstreeks uit de cursus, of zijn een toepassing van wat er in de cursustekst geschreven staat (bv. manieren om bepaalde dendritische polymeren te synthesiseren met specifieke eigenschappen). Let wel op, bij Smet kan elk detail in de cursus een vraag zijn.

==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
===29 januari 2018===
====Mario Smet====
#Gegeven grafiek M ifv conversie (linear) bepaal de verhouding monomeer (acrylaat) over initiator
#Leg Degeneratieve transfer met Jodide uit + waarom niet praktisch
#Leg uit Dendritische Box uit
#Synthese van een kam blok-copolymeer via silaan
#Synthese van TEMPO initiator via Perbenzoezuur en verwarmen.

====Guy Koeckelberghs====
examen 2014

===22 januari 2018===
====Mario Smet====
#Waarom verloopt NMP beter bij styreen dan bij acrylaten en hoe kan je deze problemen oplossen?
#Styreen gegeven met benzoylperoxide en een reagens zoals bij AFCT met als Z groep phenyl, A groep CH2, Y een zuurstof en X diphenyl. Wat gebeurt er, leg mechanisme uit en geef het product.
#Stelling: “Bij een sterk negatieve reductiepotentiaal is de snelheidsconstante van desactivatie klein” Leg uit en gebruik ook Katrp. Klopt deze stelling altijd? Geef uitleg en een voorbeeld van wanneer niet.
#Geef een voorbeeld van een synthese voor een ster met 4 armen van ongeveer zelfde lengte en geef zoveel mogelijk concrete voorbeelden voor reagentia.
#Uitleg geven rond gene delivery en leg uit wat het belang is van polymeren erbij.

====Koeckelberghs====
#Leg het uit ketengroei en stapgroei en wat het verschil is tussen beiden. En leg ook uit hoe de anionic/cationic ROP en de radical/cationic/anionic polymerisatie van vinyl monomeren werkt met ketengroei.
#Leg het verschil uit tussen insertie en methatesis (uittekenen) en hoe men kan zien welk mechanisme gebruikt is. Welke katalysator moet je gebruiken voor een helixpolymeer en welke substituenten zou je gebruiken?
#Bespreek kort de synthese van poly phenylene ethynylene.

===23 januari 2017===
====Mario Smet====
# Leg uit: sterische verzadiging bij dendrimeren en welke gevolgen dit heeft.
# Vergelijk alle verschillende initiatiesystemen bij ATRP. (''Hij bedoelt dus ICAR, ARGET, SR&NI, ...'')
# Synthese van een polystyreen sterpolymeer met een microgelkern met ongekend aantal armen van zo veel mogelijk gelijke lengte.

====Guy Koeckelberghs====
#Wat is het fundamentele verschil tussen een step-growth en een chain-growth polymerisatie? Pas dit toe op de structuur van het monomeer en geef een voorbeeld.
#Geef de synthese van polyfenyleenethynyleen. Geef typische katalysator en de R-groepen die op de keten kunnen staan.

===20 januari 2014===
====Koeckelberghs====
# Zijn de polymerisaties van volgende monomeren chain growth of step growth en verklaar waarom. Hoe kan je beide polymerisaties limiteren tot Pn = 20 met als conversie 98%? Wat gebeurt er in beide polymerisaties als je in plaatst van een sterke base een zwakke base gebruikt? [[Bestand:SoMS_Koeckelberghs_2014_1.png|400px|center|alternatieve tekst]]
# Define tacticity and explain tacticity of FRP, anionic polymerization and Ziegler-Natta.
# Explain 'majority rules' principle and give an example of a polymer.

====Smet====
# What are the (potential) benefits of catalysts on dendritic polymers?
# Why are steric effects more important in RAFT than in ATRP?
# Why is the polydispersity in ATRP high at the early stages of polymerization, low at medium conversions and high at the late stages?
# Synthesis questions:
## Explain the synthesis of MMA and MA by controlled radical polymerizations
## Explain the synthesis of a star polymer from a polyglycerol core with arms of similar length.

===23 januari 2012===
====Koeckelberghs====
# Zijn de polymerisaties van volgende monomeren chain growth of step growth en verklaar waarom. Hoe kan je beide polymerisaties limiteren tot Pn = 20 met als conversie 98%? Wat gebeurt er in beide polymerisaties als je in plaatst van een sterke base een zwakke base gebruikt? [[Bestand:SoMS_Koeckelberghs_2014_1.png|400px|center|alternatieve tekst]]
# Welk verband is er tussen de symmetrie van metallocenen en de stereoselectieve coördinatie van vinylmonomeren en de uiteindelijke tacticiteit van het polymeer? Leg kort uit 'oscillerende metallocenen'.
# Besrpeek kort het 'sergeant-and-soldiers' principe en geef een voorbeeld van een polymeer met dit effect.

====Smet====
# Verklaar waarom de divergente methode eerder zal toegepast worden dan de convergente methode voor het synthetiseren van dendrimeren.
# Wat is het eindresultaat van volgende componenten: [[Bestand:SoMS_Smet_2012_2.png|200px|center|alternatieve tekst]]
# Wat is het effect van te sterk reducerende metaalcomplexen en geef 2 manieren om dit op te lossen.
# Bespreek de syntehse van volgende polymeren:
## Kampolymeer waarvan de ruggengraat bestaat uit een goed gecontroleerd random copolymeer en waarvan de vertakkingen ook goed gecontroleerde lengtes hebben: [[Bestand:SoMS_Smet_2012_4.png|150px|center|alternatieve tekst]]
## 3-armig sterpolymeer van methylmethacrylaat m.b.v. RAFT reagens volgens het 'dormant core' principe.

===24 januari 2011===
====Koeckelberghs====
# Zijn de polymerisaties van volgende monomeren chain growth of step growth en verklaar waarom. Hoe kan je beide polymerisaties limiteren tot Pn = 20? Wat gebeurt er in beide polymerisaties als je in plaatst van een sterke base een zwakke base gebruikt? [[Bestand:SoMS_Koeckelberghs_2014_1.png|400px|center|alternatieve tekst]]
# Welk verband bestaat er tussen metallocenen en de stereoselectieve coördinatie van vinylmonomeren en de uiteindelijke tacticiteit van het polymeer?
# Bespreek kort hoe je GPC kan gebruiken voor de bepaling van de massa van een polymeer.

====Smet====
# Bespreek sterische verzadiging en het verband met intrinsieke viscositeit.
# Geef het mechanisme en eindproduct van de polymerisatie van het monomeer met de cobalt katalysator bij verwarming en initiatie via benzoylperoxide. [[Bestand:SoMS_Smet_2011_2.png|400px|center|alternatieve tekst]]
# Waarom is er bij ATRP verlies van controle bij monomeer coördinatie en hoe kan je dit verbeteren?
# Bespreek de synthese van volgende polymeren:
## Blokcopolymeer van methacrylaat met methylmethacrylaat.
## Microgel met onbekend aantal armen van gelijke lengte.

Sustainable chemistry I

2020-12-18T06:46:49Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]
==Vakinformatie==
Sustainable chemistry is een 3 studiepuntenvak dat gedoceerd wordt door 3 proffen. Hierdoor is er niet elke week les en verschuift het lesmoment soms omwille van de beschikbaarheid ban de gastlectoren. Het deel over ionic liquids, designer safer chemicals en bioprocesses & biodegradable materials wordt gegeven door Mario Smet. Daarnaast zijn er nog 2 delen die door gastlectoren worden gegeven. Eén deel wordt gegeven door Koen Van Aken en handelt over EcoScale en sustainable chemistry. Het laatste deel wordt gegeven door de Italiaan Luigi Vaccaro en gaat over concrete voorbeelden van duurzame syntheses in de medicinale chemie.

==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===11 juni 2019===
#Explain toxicity of the following compounds and rank them in decreasing toxicity. (see attachment)[[Media:toxicity]].jpg]]
#(Given: structure sildenafil and synthetic route both medicinal and commercial) Explain the differences in synthetic approach in medicinal and commercial route to achieve the bond indicated with the arrow. Explain why this is not straightforward and explain why this is (nevertheless) advantageous. (arrow indicates the C=N bond of the pyrimidine, he asks for the amide formation (so Staab's reagent advantages, not cyclization))
#Give the two possible mechanisms of the reaction of epoxide and CO2 to form the cyclic carbonate with LFP's as a catalyst.

===13 juni 2018===
#Why is the following molecule toxic, how can you mitigate its toxicity [[Media:Examenvraag_sustainable_chemistry.jpg]]
#Talampanel. Synthesis is given explain why more sustainable. Explain the use of the XAD resin and give an alternative.
#What would you choose: biobased or biodegradable polymers. Motivate you answer.

===12 juni 2018===
#allyl alcohol, how is this toxic and how to modify the structure to make less toxic
#sertralin (slide with tetralone to sertralin) a) why is the assymetric formation of the enantiomerically pure tetralone not used b) compare the reductive amination with the first procedure in terms of sustainability
#cellulose a) why is it a good biobased material b) in which IL's does it dissolve and why c) compare viscose process to il method of dissolving cellulose in terms of sustainability

===30 augustus 2017===
#Vinyl chloride has some cancerogenic properties, explain where they come from.
#The commercial synthesis of sildenafil is way more sustainable with respect to use of solvents in comparison with the laboratory synthesis. Explain.
#The presence of halogenide ions reduces strongly the applicability of ionic liquids, explain.

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2020-12-18T06:43:08Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Organometaalchemie

2020-12-18T06:42:35Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

Advanced NMR Spectroscopy

2020-12-18T06:41:48Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]
=Vakinformatie=
Advanced NMR Spectroscopy
==Examenvragen==
===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
===20 januari 2017 voormiddag===
====Vogt====
Paper: Direct NMR detection of bifurcated hydrogen bonding in the alpha helix N-caps of ankyrin repeat protein.
#Welk NMR experiment is gebruikt om H-binding tussen His en Thr residues te detecteren? Teken H-bindingen in NRRC tussen His en Thr en geef koppelingsconstante.
#Leg het effect van T44V mutatie uit op de geometrie van H-bindingen in NRRC proteine.
====Van Der Auweraer====
vraag 3,4 en 5 van 2015
====De Borggraeve====
#oefening 1 van 2015
#juiste isomeer bepalen via NOE en pieken toekennen
===8 januari 2016===
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-005.jpg]]
[[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-007.jpg]]
===9 januari 2015===
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-001.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-002.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-003.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-004.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-006.jpg]]
[[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-008.jpg]]

===13 januari 2012===
====Vogt====
#Zowel GTP als de GTP-analogen GppNHp en GTPÎ³S worden onderzocht. Wat is het verschil tussen GTP en deze analogen? Waarom worden de GTP-analogen in deze studie gebruikt?
#Leg de spectra in figuren 1B, 2A en 2B uit.
#Teken het Cu2+-cyclen en zeg hoe het interageert met GTP. Wat gebeurt er met de GTPÂ 31P-pieken bij interactie en waarom?
====Van Der Auweraer====
#
#*Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cycloheptatrieen (tekening met hoeken gegeven)
#*Gegeven: vicinale koppelingsconstante is 2,8 Hz, en 2 structuren (1 met de 2 H's op een zesring en 1 met de 2 H's op een vierring). Met welke van de 2 structuren komt deze koppelingsconstante het beste overeen?
#Naar welke spin golffunctie evolueert een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie:Â 13C: (pi/2)x'Â 1/J pix'Â 1/J FID;Â 1H: Ontkoppeling voor pi/2-puls opÂ 13C en tijdens FID vanÂ 13C
#*Hoe evolueert de magnetisatie van eenÂ 13C in een CH-groep in een assenstelsel dat roteert met de Larmorfrequentie van eenÂ 13C-kern zonder koppeling metÂ 1H?
#*Waarom volstaat het niet om na de pi/2-puls en evolutieperiode 1/J het FID te detecteren?

====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Van een bepaald molecule zijnÂ 1H-spectrum en NOE-effecten gegeven. Bepaal zo goed als mogelijk welke pieken bij welke H's horen en welke configuratie het molecule heeft. Teken voor dit molecule ook een COSY- en TOCSY-spectrum.
===25 januari 2010===
====Vogt====

#Verklaar van waar de pieken komen en bespreek hun opsplitsing en multipliciteit.
#
#*Welke argumenten gebruiken de auteurs om tot de voorgestelde configuraties te komen?
#*Kan men onderscheid maken tussen de verschillende configuraties via NMR?
====Van Der Auweraer====
#Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cyclohexatrieen
#Naar welke spin golffuncties gaat een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?
#Puls sequentie: pi/2x' t1/2 piy' t1/2 FID. Toepassen op een AX systeem met vx0= va0 + 2pi Jax en t1/2=1/8piJax. Bespreek en leg uit hoe het spectrum er nadien gaat uit zien.
====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====
#ABX spectrum van de 2e orde
#Uitzoeken welke configuratie een bepaald molecule heeft adhv spectra.

Advanced Organic Chemistry

2020-12-18T06:41:06Z

Lindeachten: /* Mededeling januari 2021= */

[[Categorie:Machemie]]

==Examenvragen==

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===20 januari 2020===
# Verbinding 1 wordt verhit en vormt intermediair 2 dat meteen transformeert in verbinding 3 en 4. In een volgende stap wordt er water met restjes zuur aan het mengsel toegevoegd. Met 3 gebeurt niets, maar 4 transformeert in verbinding 5 (structuur gegeven). Geef het mechanisme en structuren van 2 en 4. [[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag1.png]]
#Geef mechanisme en intermediairen. Bij het verhitten van B wordt er een gas gevormd.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag2.png]]
# Geef intermediairen en mechanisme[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag3.png]]
# Wat is reagens B? Geef mechanisme[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag4.png]]
# Leg uit. Geef de structuren van A en B.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag5.png]]
# Leg uit. Geef mechanisme en intermediairen.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag6.png]]

[[Categorie:Machemie]]

===22 januari 2019===

[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_1.jpg]]
[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_2.jpg]]

===21 januari 2019 VM===

====Examen====

[[Bestand:ExamAdvOrg21jan2019.png|800px]]

====Oplossingen====
[[Media:SolutionsAdvOrg21jan2019jpg.jpg]]

===28 januari 2013 NM===

[[Media:Examen organische chemie 23-01-2017.jpeg]]

#Explain the following reaction. [[Bestand:org1.png]]
#How is given cyclopropane synthesized from diethyl malonate in several steps? Choose reagents such that a maximal yield is obtained. [[Bestand:org2.png]]
#This reaction scheme is an example of a benzannelation reaction. Upon heating, several consecutive steps happen so that the given end product is obtained. Among these steps are three electrocyclic reactions (two 4-electron and one 6-electron), a tautomerization, and a cycloaddition (not necessarily in this order). [[Bestand:org3.png]]
#Explain formation of this product in presence of base. [[Bestand:org4.png]]
#Give product A and explain how this reaction occurs. [[Bestand:org5.png]]
#What products will be formed in following reactions? [[Bestand:org6.png]]

Advanced Organic Chemistry

2020-12-18T06:40:46Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Examenvragen==

==Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.

===20 januari 2020===
# Verbinding 1 wordt verhit en vormt intermediair 2 dat meteen transformeert in verbinding 3 en 4. In een volgende stap wordt er water met restjes zuur aan het mengsel toegevoegd. Met 3 gebeurt niets, maar 4 transformeert in verbinding 5 (structuur gegeven). Geef het mechanisme en structuren van 2 en 4. [[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag1.png]]
#Geef mechanisme en intermediairen. Bij het verhitten van B wordt er een gas gevormd.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag2.png]]
# Geef intermediairen en mechanisme[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag3.png]]
# Wat is reagens B? Geef mechanisme[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag4.png]]
# Leg uit. Geef de structuren van A en B.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag5.png]]
# Leg uit. Geef mechanisme en intermediairen.[[Bestand:AOC_examen_20_januari_2020_vraag6.png]]

[[Categorie:Machemie]]

===22 januari 2019===

[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_1.jpg]]
[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_2.jpg]]

===21 januari 2019 VM===

====Examen====

[[Bestand:ExamAdvOrg21jan2019.png|800px]]

====Oplossingen====
[[Media:SolutionsAdvOrg21jan2019jpg.jpg]]

===28 januari 2013 NM===

[[Media:Examen organische chemie 23-01-2017.jpeg]]

#Explain the following reaction. [[Bestand:org1.png]]
#How is given cyclopropane synthesized from diethyl malonate in several steps? Choose reagents such that a maximal yield is obtained. [[Bestand:org2.png]]
#This reaction scheme is an example of a benzannelation reaction. Upon heating, several consecutive steps happen so that the given end product is obtained. Among these steps are three electrocyclic reactions (two 4-electron and one 6-electron), a tautomerization, and a cycloaddition (not necessarily in this order). [[Bestand:org3.png]]
#Explain formation of this product in presence of base. [[Bestand:org4.png]]
#Give product A and explain how this reaction occurs. [[Bestand:org5.png]]
#What products will be formed in following reactions? [[Bestand:org6.png]]

Moleculaire Herkenning

2020-06-20T19:56:42Z

Lindeachten: /* 18 juni 2020 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie. Moleculaire herkenning wordt gedoceerd door 2 proffen. Mario smet en Wim "sandalen" Dehaen. 50% van de punten staan op het examen, de andere 50% staan op een paper. Op het examen worden mondelinge vragen gesteld over de paper. Bij prof. Smet zijn dit normaal enkel de vragen die hij geeft bij de feedback op de paper,
prof. Dehaen stelt vaak ook extra vragen.

==Examenvragen==
=== 18 juni 2020===
#Dehaen
#*Een typische combinatievraag. Gasten: naftaleenderivaat, nitraat, aminobutaanzuur,...
Gastheren: alpha-cyclodextrine derivaat met een quaternair amoniumzout aan gebonden, beta-cyclodextrine derivaat, kroonether met thioureumfuncties, een lariatether, [2.2.2] cryptand met zuurstof als donoratomen en N als bruggenhoofden. Solvent: water pH 2, 7, 10, methanol, CH2Cl2
#*Welke invloed kunnen rigide groepen hebben op de EM.
#*Synthese van het thia-analoog van de [2.2.2] cryptand uit de combinatievraag startende van een triethanolamine thia-analoog.
#Smet
#*Leg uit waarom de meeste polymerisatiereacties slechts opgaan onder een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur.
#*Leg uit waarom sommige polymerisatiereacties enkel opgaan boven een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. Geef een voorbeeld van een monomeer dat dergelijk gedrag vertoond.
#*Vraag over een complexatiereactie met een R-substituent en wat het teken van rho zou zijn in de Hammett-vergelijking.

=== 26 juni 2019 VM===
# Dehaen
#* Uitleggen waarom verzeping plaatsvindt van een gegeven molecule met KOH in tolueen enkel als een kroonether aanwezig (18-kroon-6 analoog)
#* Uitleggen waarom cyclodextrines geschikt zijn voor "drug delivery" en een geschikt cyclodextrinekiezen (alfa, beta, gamma) voor naproxen (naftaleenderivaat)
#* Waarom base gebruiken voor kroonethersynthese van catechol en oligoethyleenglycoltosylaten? (deproteneren / templaateffect van kation)
#** Verschillende kroonethers gegeven met variërende lengte en aantal zuurstoffen. Hij vraagt om voor elke kroonether de juiste base te kiezen
#** Keuze uit 5 basen: LiAcO, KAcO, NH4AcO, CsAcO en moleculair kation en AcO-
#* Resorcinaren worden gevormd in zuur milieu maar na een tijdje zal het thermydynamischer stabieler zijn (stoel versus boot)
#** Geef interacties van beide isomeren in basisch milieu met een tetraalkylammonium-kation
# Smet
#* 2 associaties gegeven, welke van de 2 associaties heeft de kleinste entropieverandering? (A = H-brugacceptor & D = H-brugdonor)
#** Associatie 1: ADA DAD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#** Associatie 2: AAA DDD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#* Molecule gegeven met R-groep dat interacties aangaat met een chloride-anion
#** Welke interacties zijn er voornamelijk?
#** Wat voor groep moet R zijn? Hoe verhoudt zicht dat tot de parameter rho?
#* Bespreek biobeschikbaarheid van morfine (structuur gegeven)
#** Heroïne heeft een sterker effect op het centraal zenuwstelsel, verklaar? (gegeven dat morfine reageert met overmaat azijnzuuranhydride en heroïne vormt).

=== 21 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineer:
#** Gasten: trimethylhexadecylammoniumion, nitraation, 4-aminoboterzuur, naftaleensulfonzuur.
#** Gastheren: resorcinareen, benzokroonether met één N en op die N zat een keten (keten = CH2 C6H4 CH2 ... NH C=NH NH ... azole ring), twee speciale cyclodextrines (eentje was een ring van zes monomeren met een ammoniumfuntie op, de andere was een ring van zeven monomeren met een thia-amine keten op), een ring met drie benzenen en tussen elke benzeen de groep CH2 CH2 NH C=S NH CH2 CH2), nog eentje die ik me niet herinner
#** Solventen: de gewoonlijke
#* Effect rigide groepen op EM
#* Synthese thia analoog [2.2.2]cyrptand, hoe synthese verbeteren?
#*Pillarenen uitleggen, verband andere calixarenen
# Smet
#* Welke reactie geeft de grootste entropie veranderingen? eentje is het azijnzuur dimeer, de andere is de cyclisatie van twee ringen (eentje is maleïnezuuranhydride en de ander cyclohexa-1,3-dieen) (volgens chemdraw heet het gevormde molecule (4R,7aS)-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-ethanoisobenzofuran-1,3-dione). Bijvraag: iets met de deeltermen van de entropie, bij welke is welke het grootst?
#* Geef teken rho (Hammett) van de complexatie van K+ met een benzokroonether met aan die benzeenring een substituent R. Geldt deze redenering voor rho ook voor een tweede kroonether die aan een ethyleen eenheid een CH2R groep heeft hangen?
#* Bespreek relenza en tamiflu, over hun biobeschikbaarheid en mechanisme

=== 15 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineren van gast, gastheer en solvent met als gasten: lanthaan, paraquat en nog een dicarbonzuur, als gastheren verschillende calixarenen in water ph 2,7,10, methanol of chloroform
#* Vraag welke het beste zou zijn voor ionentransport over een organisch membraan: diglyme of 2,2,2 kryptand
#* Een synthese van een 2,2,2 thiakryptand derivaat
# Smet
#* Ceiling & floortemperatuur + voorbeeld
#* Met de hammetvgl werken en teken van rho bepalen bij een complexvorming van pseudorotaxaan
#* Invloed van ... (cyclodextrine?) op transport van medicijnen en da linken aan de lipinskiregels
=== 15 juni 2018 VM ===
# Dehaen
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze 1,3benzeenringen hebben geen buty meer, en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Nonactine & valinomycine
#* Gast, gastheer, solvent:
#** H2O (pH = 3,7, 10), DCM, MeOH
#** Na+, ammoniumzout*, diamide*, benzoezuur (* = structuur gegeven)
#** Calix[4]areen*, resorcinol uit acetaldehyde en 24u reflux, benzokroonether*, alfa-cyclodextrine, diamine* (* = structuur gegeven)
# Smet
#* Welk proces geeft de grootste entropieverandering met zich mee?
#** Furaan + H2C=COOR --> furaanring waarvan de twee dubbele bindingen weg zijn en er eentje bij is gekomen waar er eerst de enkele binding was, en de twee koolstoffen naast de zuurstof zijn nu verbonden met de koolstoffen van de dubbele binding van het ester
#** twee carbonzuren die een dimeer vormen
#* Bepaal teken rho, heeft pH invloed (R-C6H5 pi-pi stapeling met C6H5-NH2)
#* Relenza en tamiflu (orale beschikbaarheid en mechanisme)

=== 22 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* Stel de synthese op voor het Lehn's sferand (structuur gegeven) vanuit (derivaten van) diëthyleenglycolen.
#* Wat zijn pseudo-hoge-verdunningsvoorwaarden en hoe werkt dit?
#* Combineer. Gastheren: cyclisch guanidine, cucurbit[8]uril, 30-kroon-10. Gasten: arginine, N-acetyltryptofaan, 1,4-bis(aminoimidazoline)butaan. Solventen: Chloroform, methanol, water pH 2, 7 en 10. (structuren gegeven)
#Smet:
#* Gegeven: een pyrrool gesubstitueerd met een alkeen met twee R-substituenten (willekeurig). Dit molecule interageert met een onbekende receptor. Welke interactie veronderstel je? Bepaal het teken van rho. Wat gebeurt er met de absolute waarde van rho wanneer je een R-substituent vervangt door een H-atoom.
#* Wat is transfectie en hoe kan supramoleculaire chemie hierbij helpen?
#* Twee verbindingen gegeven, elk met 3 waterstofbindingen (structuren uit slides deel supramoleculaire polymeren). Welke verbinding heeft de grootse associatieconstante en waarom?

=== 16 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* welke factoren beinvloeden de effectieve molariteit
#* synthese van hexathia18-kroon-6 vanuit ethyleenglycol en bis(2hydroxyethyl)sulfide op een veilige manier en wat doen we om de opbrengst zo hoog mogelijk te houden
#* wat zijn ansa-verbindingen en hoe kunnen ze meer inzicht geven over de ruimtevulling van de groepen
#* een structuur gegeven met 2 NH2 groepen een kroonether en een R (fenyl). 4-aminobutaanzuur is beter oplosbaar dan glycine (2-aminoazijnzuur) en 6-aminohexaanzuur. Hoe komt dit, welke interacties. De oplosbaarheid stijgt wanneer we R vervangen door (4-NO2-fenyl). Verklaar.
#* er zijn twee isomeren bij de synthese van resorcinarenen. Welke zijn dit?

#SMET:
#* gegeven een amide: RR'C=CH-CO-N(CH3)2 met onbekende receptor gaat interageren:
Welke interactie verwachten we, teken van reactieparameter, plus redeneer. Wat gebeurt er met de absolite waarde van de reactieparameter als we een van de R groepen vervangen door een H.
#* lipskin regel geven en wat is het belang tegenwoordig in farmaceutische industrie
#* Bij synthese van rotaxanen volgens iemand (Stoddart ofzo)(tetrakationisch complex) zal threading een hogere opbrengst geven dan clipping waarom?
Waarom dan niet altijd threading?

=== 19 juni 2015 ===
#Dehaen:
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze twee benzeenringen zijn ook gedebutyleerd en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Bespreek aan de hand van hun structuurelementen de functie van nonactine en valinomycine (structuur gegeven).
#* Verbind de juiste gastheren met de juiste gasten en solventen. Gasten: Natriumion, p-diaminobenzeen, p-diaminobenzeen met beide stikstoffen tetragebutyleerd, benzoÃ«zuur. Gastheren: calix[4]areen, een groot dibenzokroonether, een resorcinareen verkregen na 24 uur reflux, alfa-cyclodextrine en een aromatisch diamide. Solventen: water (pH 3, 7, 10), MeOH & DCM.
#Smet:
#* 4-R-pyridine. Deze gast bindt enkel aan de gastheer indien de stikstof geprotoneerd is. Bepaal het teken van de Hammett-parameter rho. Op welke interactie zou de complexatie kunnen berusten?
#* Geef de twee methoden die gebruikt kunnen worden om de associatieconstante te schrijven in functie van deelassociatieconstanten. Beschrijf de fysische basis van het probleem dat hierbij optreedt.
#* Bespreek de moleculaire basis van plaquevorming zoals die optreedt bij bijvoorbeeld de ziekte van Alzheimer. Wat zijn de therapeutische mogelijkheden om dit tegen te gaan? Bijvraag: op welke secundaire structuren en soorten interacties berust de associatie?

===18 juni 2014 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven [2.2.2]cryptand uitgaande van chlooracetamide. Het cryptand heeft stikstoffen als bruggenhoofden, 2 ketens met telkens 2 zuurstoffen en 1 keten met 2 zwavelatomen. En hoe kan je de macroyclisatie bevorderen?
#* Transport van donor naar acceptorlaag via een organisch membraan? hoe gaat dit het beste met pentaglyme of met een [2.2.2]cryptand. Verklaar.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#Smet:
#* Je hebt een gesubstitueerd chinoline (onbekende substituent). Dit chinoline complexeert enkel met een gastheer als de N niet geprotoneerd is. wat is het teken van de hammet-parameter Rho? welke interactie zal er zijn tussen de gast en de gastheer?
#* Geef de 4 belangrijkste entropieveranderingen bij complexatie en bespreek. Welke is verantwoordelijk voor preorganisatie? Leg uit.
#* Invloed ketenlengte benzokroonether op rendement van een catenaan met een tetrakationisch cyclofaan.

=== 19 juni 2014 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven calix[4]hemisferand uitgaande van 2 gegeven fenolen. De receprot bestond uit een calix[4]areen met een hemisferand aangehecht op de 1- en 3-posities.
#* Gegeven de structuur van valinomycine en nonactine: bespreek de functie en hoe de verschillende structuurelementen hiertoe bijdragen.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#**solventen: zuur, neutraal of basisch water, methanol, dicchloormethaan
#**gastheren: cyclodextrine, een grote benzokroonether, een calyxareen, stoel resorcinareen en een heteroaromatische receptor met amidefuncties.
#**gasten: natriumion, aromatisch diamine, aromatisch diammoniumzout, benzoÃ«zuur
#Smet:
#* Op welke 2 manieren kunnen we de totale associatieconstante beschouwen als een product van deelassociatieconstanten? Wat is bij elk het grootste fysisch probleem? Welk van deze 2 methoden is, op praktische gronden, te verkiezen en waarom?
#* Gegeven een amide met een para-gesubstitueerde fenylgroep op de N en de carbonyl. Dit molecule gaat waterstofbindingen aan met zowel de zuurstof als de NH. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho voor het substituent op elke benzeenring?
#* Gegeven de structuur van een receptor bestaande uit een porfyrinering, gekoppeld aan een calixareen met ketens die veel heteroatomen bevatten. De bindingsconstanten van KI is hoog, die voor NaI en NaClO4 tussenin (en ongeveer gelijk), die van KClO4 laag. Verklaar waarom. (Deze structuur staat in de cursus ter hoogte van het deel over coÃ¶perativiteit).

=== 15 juni 2012 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Wat zijn pseudo-hoge verdunningsvoorwaarden en geef 2 voorbeelden hoe men dit in de praktijk bewerkstelligt.
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Rangschik volgens toenemende affiniteit voor het kaliumkation en motiveer: 18-kroon-6, 1,10-dithia-18-kroon-6, benzo-18-kroon-6, [2.2.2]cryptand, 15-kroon-5, 21-kroon-7.
#Smet:
#* Voor een bepaald hydrofoob (gedeelte van een) gastmolecule werd aangetoond dat het de hydrofobe holte van de gastheer maar voor 55% vult in stabielste toestand. Verklaar thermodynamisch waarom het kan dat deze gedeeltelijk gevulde toestand meer bevoordeeld wordt dan de volledig gevulde holte.
#*
#** Welke interacties zijn van belang bij het catenaan gevormd uit '''1''', '''2''' en '''3'''?
#** Wat zou het effect zijn op de bindingsconstante moest het catenaan gevormd worden rond '''4''' i.p.v. '''1''' en waarom?
#** Beredeneer het teken van de Hammett parameter Ï van de catenatiereactie van '''5''' met het monogealkyleerd derivaat van '''3''' (hiermee wordt bedoeld, de open-ketenvorm van '''2''' enkelvoudig gebonden aan '''3'''). Sterische effecten van R mogen verwaarloosd worden [[Bestand:CatenaanSmet.png]]
#* Onderzoekers synthetiseerden bovenste verbinding als receptor voor de onderste (tekening is ''ongeveer'' juist). Belangrijke interacties hierbij zijn H-bruggen, maar ook de Ï€-Ï€-interacties tussen de eindstandige benzeenringen spelen een beduidende rol. Om aard en sterkte van deze Ï€-Ï€-interacties te onderzoeken synthetiseerde men een aantal derivaten van beide, en mat men het verschil in bindingssterkte voor verschillende substituenten op de benzeenringen. [[Bestand:receptorSmet.png]]
#** Welke complicatie valt te verwachten bij deze metingen, vanwege de verschillende substituenten op de derivaten?
#** Verklaar de waargenomen tendensen in de gemeten energiebijdragen, weergegeven in de tabel (deze waarden zijn gecorrigeerd voor de complicaties waarnaar gevraagd in eerste subvraag dus zijn ''juist'').
[[Bestand:tabelSmet.png]]

=== 17 juni 2011 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Klassieke vraag. Verbind de juiste gast met gastheer en solvent. Licht toe en zeg welke interacties plaatsvinden.
#* Wat is de CAC? Waarom is het belangrijk dat deze gemeten wordt en hoe wordt deze gemeten?
#Smet:
#* Gegeven: [[Bestand:MolHerExamenMario.jpg]] Bepaal het teken van &rho;X, voor groep X en &rho;R, voor groep R. Waarom gaat bij zÃ©Ã©r elektronenzuigende groepen, bv. X=F-, de meting van de complexatieconstante met nucleofiele deeltjes niet meer correct verlopen?
#* Mag men de &Delta;G van interacties met de aromatische ring en de &Delta;G van interacties met de gedeprotoneerde carbonzuurfunctie zomaar optellen? Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenMario2.jpg]]
#* De synthese van rotaxanen op vaste drager kan handig zijn. Onwaar/waar en verklaar.

=== 11 juni 2010 (namiddag) ===

#Dehaen:
#* geef de structuur van cyclotriveratryleen en de synthese vanuit veratrol. Waarom zijn asymmetrisch gesubstitueerde CTV's chiraal?
#* hoe kunnen we eigenschappen van een gegeven cyclofaan gebruiken om de grootte van de substituent op de ring te bepalen
#* geef de synthese van de macroring 15 kroon 5 maar ipv met zuurstoffen met (NH , O , NH, S, S) vanuit HSCH2CH2SH en H2NCH2CH2OCH2CH2NH2
#* welke gast past in welk solvent bij welke gastheer? gasten: (Fe3+, Yb3+, tetramethylammonium, benzoaat) solventen: (methanol, DCM, water met pH=3,7,10) gastheren:(een resorcinareen, een [4]-calixareen met een -O-CH2COOH op elke ring, een [6]-calixareen met op de ring aan de ene kant een SO3H aan de andere kant een staart met een hydroxyamide rest aan, een [6]-calixareen met daaraan een staart met aan het uiteinde een fenylureum staart
#Smet:
#* gegeven: een receptor met daarop 2 groepen die waterstofbruggen vormen met een HO- en een -CHO op drie verschillende liganden. Welke complex zal het stabielste zijn, en verklaar dit energetisch en entropisch (ligand 1 is een bifenyl, ligand 2 is een bifenyl met een huge (triethylmethyl-)substituent op een van de ringen en ligand 3 is gewoon een alifatische keten met die oh en cho aan de uiteinden)
#* wat is de dubbele mutantcyclus een geef een voorbeeld dat de voordelen duidelijk maakt

=== 11 juni 2010 (ochtend) ===

#Dehaen:
#* Bespreek de synthese van volgend cavitand, vertrekkende van resorcinareen. (afbeelding volgt nog)
#* Wat is [2,2]paracyclofaan? Geef de syntheses en eigenschappen (UV-spectrum).
#* Bespreek het kinetisch en thermodynamisch templaateffect.
#* 5 Macroringen gegeven; rangschik naar toenemende effectieve molariteit. (afbeelding volgt nog)
#Smet:
#* Gegeven 1-amino-5-R-naftaleen (met R een onbepaalde substituent). In een complex vormt deze aminogroep een waterstofbrug. Onderzoek wijst uit dat de "reactie"-parameter sterk positief is. Welke soort R-substituenten bevoordeligen de reactie? (leg uit met Hammett-vergelijking en de substituent-parameter) Bekleedt de aminogroep een donor- of acceptorfunctie bij het vormen van deze waterstofbrug?
#* Waarom is het entropieverlies van complexvorming in oplossing doorgaans kleiner dan in gasfase?

=== 19 juni 2009 ===

#Dehaen:
#* Verklaar waarom de effectieve molariteit stijgt bij een macrocysliche 10-ring, wanneer
#** a) rigide groepen worden gebruikt
#** b) heteroatomen worden gebruikt.
#* Wat is het verschil tussen een clathraat en een vaste stof-inclusie complex.
#* Schrijf de synthese op van dit cavitand (structuur is gegeven) vertrekkende van rescoriol. De cavitand is gelijkend op die in de cursus staat, maar op de 2' plaats heeft deze een COOH groep.
#* VÃ¶gth synthetiseerde vele cryptanden met substituenten X (structuur is gegeven). Hoe kon hij daarmee de grootte van de caviteit bepalen?
# Smet:
#* Je krijgt een complexatie van een gast en gastheer die via pi-pi interacties complexeert en net naast deze aromatische ringen een waterstofbrug vormt met een amide op de gast.
#** Men wil d.m.v. substituenteffecten op de aromatische ringen ph1 (= op gast) en ph2 (= op gastheer) de bijdrage voor deze pi-pi interactie meten. Welke complicatie verwacht je echter met deze methode, bij dit specifieke complex?
#** Verklaar in de tabel (tabel met horizontaal de para-ph1 substituenten en vertikaal de para-ph 2 substituenten) de verlopen van de incrementen. (De incrementen zijn aangepast aan de complicatie die je in het eerste puntje moet geven en zijn dus correct)
#** Bepaal ook het teken van de Hammett rho parameters.
#* Trage complexen.
#** Hoe kan je in een NMR spectrum zien of je te maken hebt met een traag complex
#** Wat is het voordeel van een extreem traag complex? Geef een relevant voorbeeld van hoe we er gebruik van kunnen maken.

=== 16 juni 2009 ===

# Dehaen:
#* match de gasten en de gastheren met de juiste solventen. Gast: 1,4-benzochinon, naftaleen-1,5-dicarbonzuur en 4-butylfenol ("voor mensen die niet goed zijn in naamgeving, zal ik de moleculen even op bord tekenen"). Solvent: water (ph= 2, 6, 10), MeOH, CCl4. Gasten: alpha-cyclodextrine, diazo-18-kroon-6, 18-kroon-6, [2,2]cyclofaan en 2 grote cyclofanen die getekend staan. Geef ook alle niet-covalente reacties en licht uw keuze toe
#* Wat is CAC, waarom belangrijk en hoe gemeten
#* reactie van een [2,2,1]cryptand opgebouwd uit bi en triÃ«thyleenglycolderivaten
#* Membraantransport van kationen met kroonethers en de voorwaarden waaraan dat kroonether moet voldoen
# Smet:
#* Het teken van rho (Hammet) bepalen uit een tabel met stabiliteitsconstanten met verschillende gevers en zuigers. De link vinden met het reactiemechanisme. Bijkomende vraag: wat gebeurt er met een sterke base en een sterke elektronzuiger. (ja wat onduidelijk als je het molecule niet ziet natuurlijk...)
#* Stelling: voor het gegeven molecule mag ik zomaar de deltaG optellen om de totale deltaG te berekenen.
#* Waarom kan het voordelig zijn om synthese van rotaxanen uit te voeren op een vaste fase

=== 9 juni 2008 ===

# Dehaen:
#* welke ionen passen in welke macroringen? (K+, Ag+, Eu3+, Li+ en nog een vieze grote molecule) De macrocyclische verbindingen zijn ook gegeven. Welk solvent pak je best? (H2O, H2O pH 10, MeOH of chloroform) Vermeld welke interacties plaatsvinden
#* bespreek de synthese van: -een calix[4]areen met twee nitraten, twee n-propyloxy's en een azakroonetheroverbrugging-
#* Wat is zijn zelfassemblage en zelforganisatie en illustreer met een voorbeeld
# MS:
#* Tabel horende bij compensatie-effect gegeven. Welke interacties? Bespreek de tendens in de tabel en ook het verschil in \Delta S tussen gasfase en oplossing.
#* tekening van een catenaan met een cyclofaan met nogal wat N in rond een benzokroonether gegeven. Deze verbinding toont met H-NMR slechts twee signalen (3,45 en 6,26 ppm of zo) voor de hydrochinon-waterstoffen. Reden? Bespreek ook de multipliciteit van de signalen.

=== 13 juni 2008 ===
# Dehaen:
#* Waarom is ethyleendioxy zo'n populaire eenheid in kroonetherchemie
#* Welke 2 groepen zijn belangrijk bij de complexatie van Fe bij de sideroforen
#* 3 gasten (Lithium, azide, tetramethylammonium), 5 solventen (MeOH, H2O( pH 2,6,10), CCl4), gastheren ([2.2.2]-cryptand, all-cis resorcinareen, cram's sferand, 18-kroon-6,...)
# M.S.:
#* Synthese van tetrakationisch cyclofaan
#* Vraagje over receptor die interageert met gast, welk teken heeft de hammett parameter rho.

Moleculaire Herkenning

2020-06-20T19:54:31Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie. Moleculaire herkenning wordt gedoceerd door 2 proffen. Mario smet en Wim "sandalen" Dehaen. 50% van de punten staan op het examen, de andere 50% staan op een paper. Op het examen worden mondelinge vragen gesteld over de paper. Bij prof. Smet zijn dit normaal enkel de vragen die hij geeft bij de feedback op de paper,
prof. Dehaen stelt vaak ook extra vragen.

==Examenvragen==
=== 18 juni 2020===
#Dehaen
#*Een typische combinatievraag. Gasten: naftaleenderivaat, nitraat, aminobutaanzuur,...
Gastheren: alpha-cyclodextrine derivaat met een quaternair amoniumzout aan gebonden, beta-cyclodextrine derivaat, kroonether met thioureumfuncties, een lariatether, [2.2.2] cryptand met zuurstof als donoratomen en N als bruggenhoofden. Solvent: water pH 2, 7, 10, methanol, CH2Cl2
#*Welke invloed kunnen rigide groepen hebben op de EM.
#*Synthese van het thia-analoog van de [2.2.2] cryptand uit de combinatievraag startende van een triethanolamine thia-analoog.
#Smet
#*Leg uit waarom de meeste polymerisatiereacties slechts opgaan onder een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur.
#*Leg uit waarom sommige polymerisatiereacties enkel opgaan boven een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. Geef een voorbeeld van een monomeer dat dergelijk gedrag vertoond.
#Vraag over een complexatiereactie met een R-substituent en wat het teken van rho zou zijn in de Hammett-vergelijking.

=== 26 juni 2019 VM===
# Dehaen
#* Uitleggen waarom verzeping plaatsvindt van een gegeven molecule met KOH in tolueen enkel als een kroonether aanwezig (18-kroon-6 analoog)
#* Uitleggen waarom cyclodextrines geschikt zijn voor "drug delivery" en een geschikt cyclodextrinekiezen (alfa, beta, gamma) voor naproxen (naftaleenderivaat)
#* Waarom base gebruiken voor kroonethersynthese van catechol en oligoethyleenglycoltosylaten? (deproteneren / templaateffect van kation)
#** Verschillende kroonethers gegeven met variërende lengte en aantal zuurstoffen. Hij vraagt om voor elke kroonether de juiste base te kiezen
#** Keuze uit 5 basen: LiAcO, KAcO, NH4AcO, CsAcO en moleculair kation en AcO-
#* Resorcinaren worden gevormd in zuur milieu maar na een tijdje zal het thermydynamischer stabieler zijn (stoel versus boot)
#** Geef interacties van beide isomeren in basisch milieu met een tetraalkylammonium-kation
# Smet
#* 2 associaties gegeven, welke van de 2 associaties heeft de kleinste entropieverandering? (A = H-brugacceptor & D = H-brugdonor)
#** Associatie 1: ADA DAD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#** Associatie 2: AAA DDD (letters staan eigelijk onder elkaar)
#* Molecule gegeven met R-groep dat interacties aangaat met een chloride-anion
#** Welke interacties zijn er voornamelijk?
#** Wat voor groep moet R zijn? Hoe verhoudt zicht dat tot de parameter rho?
#* Bespreek biobeschikbaarheid van morfine (structuur gegeven)
#** Heroïne heeft een sterker effect op het centraal zenuwstelsel, verklaar? (gegeven dat morfine reageert met overmaat azijnzuuranhydride en heroïne vormt).

=== 21 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineer:
#** Gasten: trimethylhexadecylammoniumion, nitraation, 4-aminoboterzuur, naftaleensulfonzuur.
#** Gastheren: resorcinareen, benzokroonether met één N en op die N zat een keten (keten = CH2 C6H4 CH2 ... NH C=NH NH ... azole ring), twee speciale cyclodextrines (eentje was een ring van zes monomeren met een ammoniumfuntie op, de andere was een ring van zeven monomeren met een thia-amine keten op), een ring met drie benzenen en tussen elke benzeen de groep CH2 CH2 NH C=S NH CH2 CH2), nog eentje die ik me niet herinner
#** Solventen: de gewoonlijke
#* Effect rigide groepen op EM
#* Synthese thia analoog [2.2.2]cyrptand, hoe synthese verbeteren?
#*Pillarenen uitleggen, verband andere calixarenen
# Smet
#* Welke reactie geeft de grootste entropie veranderingen? eentje is het azijnzuur dimeer, de andere is de cyclisatie van twee ringen (eentje is maleïnezuuranhydride en de ander cyclohexa-1,3-dieen) (volgens chemdraw heet het gevormde molecule (4R,7aS)-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-ethanoisobenzofuran-1,3-dione). Bijvraag: iets met de deeltermen van de entropie, bij welke is welke het grootst?
#* Geef teken rho (Hammett) van de complexatie van K+ met een benzokroonether met aan die benzeenring een substituent R. Geldt deze redenering voor rho ook voor een tweede kroonether die aan een ethyleen eenheid een CH2R groep heeft hangen?
#* Bespreek relenza en tamiflu, over hun biobeschikbaarheid en mechanisme

=== 15 juni 2018 NM===
# Dehaen
#* Combineren van gast, gastheer en solvent met als gasten: lanthaan, paraquat en nog een dicarbonzuur, als gastheren verschillende calixarenen in water ph 2,7,10, methanol of chloroform
#* Vraag welke het beste zou zijn voor ionentransport over een organisch membraan: diglyme of 2,2,2 kryptand
#* Een synthese van een 2,2,2 thiakryptand derivaat
# Smet
#* Ceiling & floortemperatuur + voorbeeld
#* Met de hammetvgl werken en teken van rho bepalen bij een complexvorming van pseudorotaxaan
#* Invloed van ... (cyclodextrine?) op transport van medicijnen en da linken aan de lipinskiregels
=== 15 juni 2018 VM ===
# Dehaen
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze 1,3benzeenringen hebben geen buty meer, en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Nonactine & valinomycine
#* Gast, gastheer, solvent:
#** H2O (pH = 3,7, 10), DCM, MeOH
#** Na+, ammoniumzout*, diamide*, benzoezuur (* = structuur gegeven)
#** Calix[4]areen*, resorcinol uit acetaldehyde en 24u reflux, benzokroonether*, alfa-cyclodextrine, diamine* (* = structuur gegeven)
# Smet
#* Welk proces geeft de grootste entropieverandering met zich mee?
#** Furaan + H2C=COOR --> furaanring waarvan de twee dubbele bindingen weg zijn en er eentje bij is gekomen waar er eerst de enkele binding was, en de twee koolstoffen naast de zuurstof zijn nu verbonden met de koolstoffen van de dubbele binding van het ester
#** twee carbonzuren die een dimeer vormen
#* Bepaal teken rho, heeft pH invloed (R-C6H5 pi-pi stapeling met C6H5-NH2)
#* Relenza en tamiflu (orale beschikbaarheid en mechanisme)

=== 22 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* Stel de synthese op voor het Lehn's sferand (structuur gegeven) vanuit (derivaten van) diëthyleenglycolen.
#* Wat zijn pseudo-hoge-verdunningsvoorwaarden en hoe werkt dit?
#* Combineer. Gastheren: cyclisch guanidine, cucurbit[8]uril, 30-kroon-10. Gasten: arginine, N-acetyltryptofaan, 1,4-bis(aminoimidazoline)butaan. Solventen: Chloroform, methanol, water pH 2, 7 en 10. (structuren gegeven)
#Smet:
#* Gegeven: een pyrrool gesubstitueerd met een alkeen met twee R-substituenten (willekeurig). Dit molecule interageert met een onbekende receptor. Welke interactie veronderstel je? Bepaal het teken van rho. Wat gebeurt er met de absolute waarde van rho wanneer je een R-substituent vervangt door een H-atoom.
#* Wat is transfectie en hoe kan supramoleculaire chemie hierbij helpen?
#* Twee verbindingen gegeven, elk met 3 waterstofbindingen (structuren uit slides deel supramoleculaire polymeren). Welke verbinding heeft de grootse associatieconstante en waarom?

=== 16 juni 2017 ===
#Dehaen:
#* welke factoren beinvloeden de effectieve molariteit
#* synthese van hexathia18-kroon-6 vanuit ethyleenglycol en bis(2hydroxyethyl)sulfide op een veilige manier en wat doen we om de opbrengst zo hoog mogelijk te houden
#* wat zijn ansa-verbindingen en hoe kunnen ze meer inzicht geven over de ruimtevulling van de groepen
#* een structuur gegeven met 2 NH2 groepen een kroonether en een R (fenyl). 4-aminobutaanzuur is beter oplosbaar dan glycine (2-aminoazijnzuur) en 6-aminohexaanzuur. Hoe komt dit, welke interacties. De oplosbaarheid stijgt wanneer we R vervangen door (4-NO2-fenyl). Verklaar.
#* er zijn twee isomeren bij de synthese van resorcinarenen. Welke zijn dit?

#SMET:
#* gegeven een amide: RR'C=CH-CO-N(CH3)2 met onbekende receptor gaat interageren:
Welke interactie verwachten we, teken van reactieparameter, plus redeneer. Wat gebeurt er met de absolite waarde van de reactieparameter als we een van de R groepen vervangen door een H.
#* lipskin regel geven en wat is het belang tegenwoordig in farmaceutische industrie
#* Bij synthese van rotaxanen volgens iemand (Stoddart ofzo)(tetrakationisch complex) zal threading een hogere opbrengst geven dan clipping waarom?
Waarom dan niet altijd threading?

=== 19 juni 2015 ===
#Dehaen:
#* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze twee benzeenringen zijn ook gedebutyleerd en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.
#* Bespreek aan de hand van hun structuurelementen de functie van nonactine en valinomycine (structuur gegeven).
#* Verbind de juiste gastheren met de juiste gasten en solventen. Gasten: Natriumion, p-diaminobenzeen, p-diaminobenzeen met beide stikstoffen tetragebutyleerd, benzoÃ«zuur. Gastheren: calix[4]areen, een groot dibenzokroonether, een resorcinareen verkregen na 24 uur reflux, alfa-cyclodextrine en een aromatisch diamide. Solventen: water (pH 3, 7, 10), MeOH & DCM.
#Smet:
#* 4-R-pyridine. Deze gast bindt enkel aan de gastheer indien de stikstof geprotoneerd is. Bepaal het teken van de Hammett-parameter rho. Op welke interactie zou de complexatie kunnen berusten?
#* Geef de twee methoden die gebruikt kunnen worden om de associatieconstante te schrijven in functie van deelassociatieconstanten. Beschrijf de fysische basis van het probleem dat hierbij optreedt.
#* Bespreek de moleculaire basis van plaquevorming zoals die optreedt bij bijvoorbeeld de ziekte van Alzheimer. Wat zijn de therapeutische mogelijkheden om dit tegen te gaan? Bijvraag: op welke secundaire structuren en soorten interacties berust de associatie?

===18 juni 2014 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven [2.2.2]cryptand uitgaande van chlooracetamide. Het cryptand heeft stikstoffen als bruggenhoofden, 2 ketens met telkens 2 zuurstoffen en 1 keten met 2 zwavelatomen. En hoe kan je de macroyclisatie bevorderen?
#* Transport van donor naar acceptorlaag via een organisch membraan? hoe gaat dit het beste met pentaglyme of met een [2.2.2]cryptand. Verklaar.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#Smet:
#* Je hebt een gesubstitueerd chinoline (onbekende substituent). Dit chinoline complexeert enkel met een gastheer als de N niet geprotoneerd is. wat is het teken van de hammet-parameter Rho? welke interactie zal er zijn tussen de gast en de gastheer?
#* Geef de 4 belangrijkste entropieveranderingen bij complexatie en bespreek. Welke is verantwoordelijk voor preorganisatie? Leg uit.
#* Invloed ketenlengte benzokroonether op rendement van een catenaan met een tetrakationisch cyclofaan.

=== 19 juni 2014 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven calix[4]hemisferand uitgaande van 2 gegeven fenolen. De receprot bestond uit een calix[4]areen met een hemisferand aangehecht op de 1- en 3-posities.
#* Gegeven de structuur van valinomycine en nonactine: bespreek de functie en hoe de verschillende structuurelementen hiertoe bijdragen.
#* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.
#**solventen: zuur, neutraal of basisch water, methanol, dicchloormethaan
#**gastheren: cyclodextrine, een grote benzokroonether, een calyxareen, stoel resorcinareen en een heteroaromatische receptor met amidefuncties.
#**gasten: natriumion, aromatisch diamine, aromatisch diammoniumzout, benzoÃ«zuur
#Smet:
#* Op welke 2 manieren kunnen we de totale associatieconstante beschouwen als een product van deelassociatieconstanten? Wat is bij elk het grootste fysisch probleem? Welk van deze 2 methoden is, op praktische gronden, te verkiezen en waarom?
#* Gegeven een amide met een para-gesubstitueerde fenylgroep op de N en de carbonyl. Dit molecule gaat waterstofbindingen aan met zowel de zuurstof als de NH. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho voor het substituent op elke benzeenring?
#* Gegeven de structuur van een receptor bestaande uit een porfyrinering, gekoppeld aan een calixareen met ketens die veel heteroatomen bevatten. De bindingsconstanten van KI is hoog, die voor NaI en NaClO4 tussenin (en ongeveer gelijk), die van KClO4 laag. Verklaar waarom. (Deze structuur staat in de cursus ter hoogte van het deel over coÃ¶perativiteit).

=== 15 juni 2012 (namiddag) ===
#Dehaen:
#* Wat zijn pseudo-hoge verdunningsvoorwaarden en geef 2 voorbeelden hoe men dit in de praktijk bewerkstelligt.
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Rangschik volgens toenemende affiniteit voor het kaliumkation en motiveer: 18-kroon-6, 1,10-dithia-18-kroon-6, benzo-18-kroon-6, [2.2.2]cryptand, 15-kroon-5, 21-kroon-7.
#Smet:
#* Voor een bepaald hydrofoob (gedeelte van een) gastmolecule werd aangetoond dat het de hydrofobe holte van de gastheer maar voor 55% vult in stabielste toestand. Verklaar thermodynamisch waarom het kan dat deze gedeeltelijk gevulde toestand meer bevoordeeld wordt dan de volledig gevulde holte.
#*
#** Welke interacties zijn van belang bij het catenaan gevormd uit '''1''', '''2''' en '''3'''?
#** Wat zou het effect zijn op de bindingsconstante moest het catenaan gevormd worden rond '''4''' i.p.v. '''1''' en waarom?
#** Beredeneer het teken van de Hammett parameter Ï van de catenatiereactie van '''5''' met het monogealkyleerd derivaat van '''3''' (hiermee wordt bedoeld, de open-ketenvorm van '''2''' enkelvoudig gebonden aan '''3'''). Sterische effecten van R mogen verwaarloosd worden [[Bestand:CatenaanSmet.png]]
#* Onderzoekers synthetiseerden bovenste verbinding als receptor voor de onderste (tekening is ''ongeveer'' juist). Belangrijke interacties hierbij zijn H-bruggen, maar ook de Ï€-Ï€-interacties tussen de eindstandige benzeenringen spelen een beduidende rol. Om aard en sterkte van deze Ï€-Ï€-interacties te onderzoeken synthetiseerde men een aantal derivaten van beide, en mat men het verschil in bindingssterkte voor verschillende substituenten op de benzeenringen. [[Bestand:receptorSmet.png]]
#** Welke complicatie valt te verwachten bij deze metingen, vanwege de verschillende substituenten op de derivaten?
#** Verklaar de waargenomen tendensen in de gemeten energiebijdragen, weergegeven in de tabel (deze waarden zijn gecorrigeerd voor de complicaties waarnaar gevraagd in eerste subvraag dus zijn ''juist'').
[[Bestand:tabelSmet.png]]

=== 17 juni 2011 (voormiddag) ===
#Dehaen:
#* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was KA > KB >> KC. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]
#* Klassieke vraag. Verbind de juiste gast met gastheer en solvent. Licht toe en zeg welke interacties plaatsvinden.
#* Wat is de CAC? Waarom is het belangrijk dat deze gemeten wordt en hoe wordt deze gemeten?
#Smet:
#* Gegeven: [[Bestand:MolHerExamenMario.jpg]] Bepaal het teken van &rho;X, voor groep X en &rho;R, voor groep R. Waarom gaat bij zÃ©Ã©r elektronenzuigende groepen, bv. X=F-, de meting van de complexatieconstante met nucleofiele deeltjes niet meer correct verlopen?
#* Mag men de &Delta;G van interacties met de aromatische ring en de &Delta;G van interacties met de gedeprotoneerde carbonzuurfunctie zomaar optellen? Verklaar. [[Bestand:MolHerExamenMario2.jpg]]
#* De synthese van rotaxanen op vaste drager kan handig zijn. Onwaar/waar en verklaar.

=== 11 juni 2010 (namiddag) ===

#Dehaen:
#* geef de structuur van cyclotriveratryleen en de synthese vanuit veratrol. Waarom zijn asymmetrisch gesubstitueerde CTV's chiraal?
#* hoe kunnen we eigenschappen van een gegeven cyclofaan gebruiken om de grootte van de substituent op de ring te bepalen
#* geef de synthese van de macroring 15 kroon 5 maar ipv met zuurstoffen met (NH , O , NH, S, S) vanuit HSCH2CH2SH en H2NCH2CH2OCH2CH2NH2
#* welke gast past in welk solvent bij welke gastheer? gasten: (Fe3+, Yb3+, tetramethylammonium, benzoaat) solventen: (methanol, DCM, water met pH=3,7,10) gastheren:(een resorcinareen, een [4]-calixareen met een -O-CH2COOH op elke ring, een [6]-calixareen met op de ring aan de ene kant een SO3H aan de andere kant een staart met een hydroxyamide rest aan, een [6]-calixareen met daaraan een staart met aan het uiteinde een fenylureum staart
#Smet:
#* gegeven: een receptor met daarop 2 groepen die waterstofbruggen vormen met een HO- en een -CHO op drie verschillende liganden. Welke complex zal het stabielste zijn, en verklaar dit energetisch en entropisch (ligand 1 is een bifenyl, ligand 2 is een bifenyl met een huge (triethylmethyl-)substituent op een van de ringen en ligand 3 is gewoon een alifatische keten met die oh en cho aan de uiteinden)
#* wat is de dubbele mutantcyclus een geef een voorbeeld dat de voordelen duidelijk maakt

=== 11 juni 2010 (ochtend) ===

#Dehaen:
#* Bespreek de synthese van volgend cavitand, vertrekkende van resorcinareen. (afbeelding volgt nog)
#* Wat is [2,2]paracyclofaan? Geef de syntheses en eigenschappen (UV-spectrum).
#* Bespreek het kinetisch en thermodynamisch templaateffect.
#* 5 Macroringen gegeven; rangschik naar toenemende effectieve molariteit. (afbeelding volgt nog)
#Smet:
#* Gegeven 1-amino-5-R-naftaleen (met R een onbepaalde substituent). In een complex vormt deze aminogroep een waterstofbrug. Onderzoek wijst uit dat de "reactie"-parameter sterk positief is. Welke soort R-substituenten bevoordeligen de reactie? (leg uit met Hammett-vergelijking en de substituent-parameter) Bekleedt de aminogroep een donor- of acceptorfunctie bij het vormen van deze waterstofbrug?
#* Waarom is het entropieverlies van complexvorming in oplossing doorgaans kleiner dan in gasfase?

=== 19 juni 2009 ===

#Dehaen:
#* Verklaar waarom de effectieve molariteit stijgt bij een macrocysliche 10-ring, wanneer
#** a) rigide groepen worden gebruikt
#** b) heteroatomen worden gebruikt.
#* Wat is het verschil tussen een clathraat en een vaste stof-inclusie complex.
#* Schrijf de synthese op van dit cavitand (structuur is gegeven) vertrekkende van rescoriol. De cavitand is gelijkend op die in de cursus staat, maar op de 2' plaats heeft deze een COOH groep.
#* VÃ¶gth synthetiseerde vele cryptanden met substituenten X (structuur is gegeven). Hoe kon hij daarmee de grootte van de caviteit bepalen?
# Smet:
#* Je krijgt een complexatie van een gast en gastheer die via pi-pi interacties complexeert en net naast deze aromatische ringen een waterstofbrug vormt met een amide op de gast.
#** Men wil d.m.v. substituenteffecten op de aromatische ringen ph1 (= op gast) en ph2 (= op gastheer) de bijdrage voor deze pi-pi interactie meten. Welke complicatie verwacht je echter met deze methode, bij dit specifieke complex?
#** Verklaar in de tabel (tabel met horizontaal de para-ph1 substituenten en vertikaal de para-ph 2 substituenten) de verlopen van de incrementen. (De incrementen zijn aangepast aan de complicatie die je in het eerste puntje moet geven en zijn dus correct)
#** Bepaal ook het teken van de Hammett rho parameters.
#* Trage complexen.
#** Hoe kan je in een NMR spectrum zien of je te maken hebt met een traag complex
#** Wat is het voordeel van een extreem traag complex? Geef een relevant voorbeeld van hoe we er gebruik van kunnen maken.

=== 16 juni 2009 ===

# Dehaen:
#* match de gasten en de gastheren met de juiste solventen. Gast: 1,4-benzochinon, naftaleen-1,5-dicarbonzuur en 4-butylfenol ("voor mensen die niet goed zijn in naamgeving, zal ik de moleculen even op bord tekenen"). Solvent: water (ph= 2, 6, 10), MeOH, CCl4. Gasten: alpha-cyclodextrine, diazo-18-kroon-6, 18-kroon-6, [2,2]cyclofaan en 2 grote cyclofanen die getekend staan. Geef ook alle niet-covalente reacties en licht uw keuze toe
#* Wat is CAC, waarom belangrijk en hoe gemeten
#* reactie van een [2,2,1]cryptand opgebouwd uit bi en triÃ«thyleenglycolderivaten
#* Membraantransport van kationen met kroonethers en de voorwaarden waaraan dat kroonether moet voldoen
# Smet:
#* Het teken van rho (Hammet) bepalen uit een tabel met stabiliteitsconstanten met verschillende gevers en zuigers. De link vinden met het reactiemechanisme. Bijkomende vraag: wat gebeurt er met een sterke base en een sterke elektronzuiger. (ja wat onduidelijk als je het molecule niet ziet natuurlijk...)
#* Stelling: voor het gegeven molecule mag ik zomaar de deltaG optellen om de totale deltaG te berekenen.
#* Waarom kan het voordelig zijn om synthese van rotaxanen uit te voeren op een vaste fase

=== 9 juni 2008 ===

# Dehaen:
#* welke ionen passen in welke macroringen? (K+, Ag+, Eu3+, Li+ en nog een vieze grote molecule) De macrocyclische verbindingen zijn ook gegeven. Welk solvent pak je best? (H2O, H2O pH 10, MeOH of chloroform) Vermeld welke interacties plaatsvinden
#* bespreek de synthese van: -een calix[4]areen met twee nitraten, twee n-propyloxy's en een azakroonetheroverbrugging-
#* Wat is zijn zelfassemblage en zelforganisatie en illustreer met een voorbeeld
# MS:
#* Tabel horende bij compensatie-effect gegeven. Welke interacties? Bespreek de tendens in de tabel en ook het verschil in \Delta S tussen gasfase en oplossing.
#* tekening van een catenaan met een cyclofaan met nogal wat N in rond een benzokroonether gegeven. Deze verbinding toont met H-NMR slechts twee signalen (3,45 en 6,26 ppm of zo) voor de hydrochinon-waterstoffen. Reden? Bespreek ook de multipliciteit van de signalen.

=== 13 juni 2008 ===
# Dehaen:
#* Waarom is ethyleendioxy zo'n populaire eenheid in kroonetherchemie
#* Welke 2 groepen zijn belangrijk bij de complexatie van Fe bij de sideroforen
#* 3 gasten (Lithium, azide, tetramethylammonium), 5 solventen (MeOH, H2O( pH 2,6,10), CCl4), gastheren ([2.2.2]-cryptand, all-cis resorcinareen, cram's sferand, 18-kroon-6,...)
# M.S.:
#* Synthese van tetrakationisch cyclofaan
#* Vraagje over receptor die interageert met gast, welk teken heeft de hammett parameter rho.

Bioinformatica en Modelering

2020-06-09T08:52:49Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

==Examenvragen==
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*?
#*?
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Bioinformatica en Modelering

2020-06-06T07:43:30Z

Lindeachten: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

==Examenvragen==
===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Computationele Chemie

2020-01-25T07:49:45Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
Een van de weinige vakken binnen de opleiding Chemie dat gedoceerd wordt door een vrouwelijke prof. Het zwaarste vak van de 3e bachelor in de eerste semester. Naast het mondelinge examen bij prof Pierloot zijn er computerpractica. Hierover moeten verslagen gemaakt worden en op het einde van het semester een computerexamen afgelegd worden.

==Examenvragen==
===24 januari 2020 VM===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===13 januari 2020 NM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#a) Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van een molecule? b) Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===13 januari 2020 VM===
#
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator Â en bewijs dat (a) eigenwaarden van Â altijd reëel zijn; (b) de eigenfuncties van Â steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF beschrijving van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) verbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#
#a) Geef en bespreek de algemene uitdrukking van het Pauli principe. Maak hierbij gebruik van permutatie-operatoren. b) Bewijs dat (binnen de orbitaalbenadering) omwille van dit principe de maximale elektronische bezetting van een ruimtelijk orbitaal twee is.

===22 januari 2019 VM===
#
#Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie dezelfde functie als uit de cursus
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
#
#*Geef een uitdrukking voor de HF orbitaalenergie
#*Is som van de individuele oribitaalenergieën gelijk aan de totale HF energie? Indien niet, waar ligt dit aan?
#*Over de ionisatiepotentiaal en hoe die bepaalt werd en hoe da verbeterd kon worden

=== 14 januari 2019 VM===
#
#*Bespreek idempotente operatoren, compatibele grootheden, hermetische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

===25 januari 2018===
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===NM 23 januari 2018===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Geef de uitdrukking van de Hartree-Fock orbitaalenergie ε_HF en bespreek de betekenis van de verschillende termen in deze uitdrukking.
#*Komt de som van de HF energieën van alle bezette orbitalen van een molecule overeen met de totale HF energie E_HF? Indien niet, waarin verschillen beide grootheden?
#*Leg uit op welke manier de orbitaalenergie gebruikt kan worden als een benaderende waarde voor de moleculaire ionisatie-energie. Wat houdt deze benadering in en hoe kan de berekening van de ionisatie-potentiaal verder verbeterd worden?

===VM 23 januari 2018===
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: Phi^b = N(1sA + 1sB) en Phi* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef aan welke gevolgen dit heeft voor de nauwkeurigheid van de RHF golfvergelijking (?) van covalente bindingen. Beschrijf in detail welke (minimale) voorbetering van de RHF golffunctie van H2 nodig is om een kwalitatief correcte dissociatiecurve te bekomen.
#Wat is Mulliken populatie-analyse en voor wat dient het? Leid de formules af + wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening (gesloten schil molecule)?

=== 19 januari 2018===
#Voorwaarden van een gerade/ ungerade systeem uitleggen en wanneer het kan voorkomen
#Vertrek van de exacte oplossing van de Schrödingervgl van het He+ ion om een benaderende oplossing te berekenen voor de grondtoestand van het He atoom. Werk een manier uit om deze benadering te verbeteren door gebruik te maken van het variatietheorema. Kan je op die manier een exacte uitkomst bekomen? Leg uit waarom (niet)/ hoe.
#
#*Hoe bereken je de electrondensiteit vertrekkende van de (exacte) elektronische toestandsfunctie van ene molecule? hoe hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#*Hoe kan je bovenstaande uitdrukking herschrijven voor de Hartree-Fock golffunctie van een gesloten-schil molecule?
#*Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van een molecule uitgaande van de densiteit?

=== 26 januari 2017 (NM) ===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden en (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2 (AB+BA) hermitisch is als, A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
#
#*Schrijf de HF toestandsfunctie voor een gesloten-schil molecule.
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie? Waarom beschrijft de HF toestandsfunctie correlatie niet. Geef de definitie van correlatie-energie.
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, wel in staat is om elektroncorrelatie te beschrijven.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingervergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:functies voor (n=4, l=2 en ml = +/-2)
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

=== 24 januarri 2017 ===
# Voorwaarden uitleggen voor wanneer een systeem geraden of ungeraden kan zijn.
# Uitleggen waarom UHF afwijkingen geeft bij de dissociatie van H2 en het covalente karakter van bindingen. Uiteggen hoe dit kan verbeterd worden ( in detail zoals H IV: p28-30)
# Afleiden van de totale elektronische energie na het in voeren van Kohn & Sham orbitalen in DFT.

=== 20 januari 2017 (NM)===
#
#* Geef en bewijs het variatietheorema
#* Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#* Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode beanderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horende bij de configuratie phi(a)phi(b) van een twee-elektronsysteem, en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) Slater determinanten. (phi(a) en phi(b) zijn orbitalen).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculaire dipoolmoment berekend kan worden, vertrekkende van (a) de elektronische toestandsfunctie; (b) de elektronendensiteit.

===22 januari 2016 (VM)===
#
#* Geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen: (1) idempotente operatoren, (2) compatiebele grootheden, (3) hermitische operatoren.
#* Bewijs dat 1/2(AB+BA) hermitisch is als A en B zelf hermitisch zijn. Moeten A en B hiervoor commuteren?
# Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'.
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#
#* Hoe bereken je de elektronendensiteit vertrekkende van de elektronische toestandfunctie van een molecule? Hou hierbij ook rekening met de spin van de elektronen.
#* Hoe bereken je de moleculaire elektrostatische potentiaal MEP van ee nmolecule uitgaande van de densiteit?
#* Leg uit hoe je een MSEP (molecular surface electrostatic potential) zou berekenen.

===19 januari 2016 (VM)===
#
#* Wat zijn compatiebele grootheden? Wat zijn de voorwaarden?
#* Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs dit met de voorwaarden die je in a) gesteld hebt.
# Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Leg uit hoe je dit kan verbeteren (in detail).
# Leid af hoe de kwantummechanische verwachtingswaarde van een moleculair dipoolmoment berekend kan worden met
#* elektronische toestandsfunctie
#* elektrondensiteit

===15 januari 2016 (VM)===
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema.
#*Situeer de orbitaalbenadering binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen van de Schrödingervergelijking bekomen kunnen worden.
#*Situeer de LCAO-MO methode binnen dit theorema. Beschrijf hoe met deze methode benaderende oplossingen voor orbitalen bekomen kunnen worden.
# Bespreek de toestandsfunctie horenden bij de aangeslagen configuratie van een twee-elektronensysteem en toon aan hoe het Pauliprincipe hierbij aanleiding geeft tot de constructie van (combinaties van) de Slater determinanten.
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===23 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===22 januari 2015===
# Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
# De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een één-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#* Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#* Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#* Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#* Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#* Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?

===20 januari 2015 VM===
# Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
# Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (lÂ², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===16 januari 2015===
# Schrijf de hamiltoniaan voor het waterstofatoom. Beschrijf schematisch de eigenfuncties en bijbehorende eigenwaarden. Plaats nu het atoom in een magneetveld. Beschrijf hoe de eigenfuncties en eigenwaarden veranderen.
# Geef grondig het Pauliprincipe en toon aan dat de golffunctie van het He atoom geschreven moet worden als een determinant, en geef deze determinant.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven.
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===18 augustus 2014===
# Bewijs dat Pz een lineaire en hermitische operator is.
# Geef grondig het Pauliprincipe en voor een He atoom gebruik makend van de orbitaalbenadering dat de golffunctie geschreven kan worden in een determinant, en geef deze determinant.
# Leg uit Rayleigh perturbatie theorie en situeer MP2 hierin.

===24 januari 2014===
# Definieer
#*orbitaal en orbitaalbenadering
#*configuratie: open- en gesloten-schil-configuratie
#*slaterdeterminanten
#*toestand en toestandsfunctie; maak gebruik van een voorbeeld en leg het verband/preciseer het verschil tussen de verschillende begrippen
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===23 januari 2014===
# geef de definitie en twee voorbeelden (met verantwoording) van elk van de volgende begrippen:
#* Idempotente operatoren
#* Compatibele grootheden
#* Hermitische operatoren
# Geef en bespreek het Pauli principe (algemeen) en toon aan dat omwille van dit principe de maximale bezetting ven de ruimtelijke orbitalen 2 is, en die van de spin orbitalen 1.
#
#* Wat versta je onder elektroncorrelatie
#* Geef de de definitie van correlatie energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is de elektron correlatie te beschrijven (uit hoofdstuk 4 naar 't schijnt!)
#* Noem 2 mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen beide methoden.

===21 januari 2014===
# Bewijs compatiebele grootheden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie.
#* Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert.
#*Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule.
#* Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse.
#* Wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan?
#* Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?
===17 januari 2014===
#Geef en bewijs het variatie theorema. Toon aan dat dit blijft gelden in de densiteitfunctionaal theorie
#Constructie van Slater determinanten vanuit het Pauli principe:
#Bespreek de mogelijke golffuncties en dat die aanleiding geven tot de constructie van een Slater determinant/ combinatie van Slater determinanten
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing) (zie 24 januari 2012)

=== 25 januari 2013 ===
#Geef en bespreek het Pauli-principe. Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Definitie van elektroncorrelatie. Wat is de correlatie-energie? Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven. Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden.
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB). Bereken de normalisatieconstanten N en N'. Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.

=== 22 januari 2013===

#Leid de uitdrukking af van de totale (elektronische) grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesugereerd door Kohn & Sham
#Geef de definitie van "size consistency". Waarom is de CISD-methode niet size-consistent?
#
#*Wat zijn compatiebele grootheden?
#*Toon aan dat twee meetbare grootheden compatiebel zijn als de corresponderende kwantummechanische operatoren commuteren.
#*Geef een voorbeeld van (i) twee compatiebele grootheden, (ii) twee niet-compatiebele grootheden. Bewijs (i) en (ii) door de commutatierelatie tussen de bijhorende operatoren uit te werken.

===Augustus 2012===

#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*eigenwaarden van A altijd reël zijn
#*de eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Bespreek Rayleigh-Schrödinger perturbatietheorie voor niet-ontaarde systemen en situeer de MP2-methode binnen deze theorie.
#Leg uit waarom de dissociatie van H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF-type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze een steeds te hoge en de andere steeds een te lage bindingsenergie oplevert? Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van bindingsenergie, verbeterd worden?

===28 januari 2011 NM===
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
#* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
#* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi(b) een binden MO en phi* een antibindend MO is.
# Bewijs compatiebele grootheden.

===24 januari 2012 VM===
#
#*Geef en bespreek het Pauli-principe
#*Welke benaderende golffunctie zal men gebruiken om te voldoen aan dit principe?
#Leid de uitdrukking af voor de totale (elektronische) grondtoestandsenergie binnen DFT, na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
#Duid in onderstaande tabel aan met een kruisje of de volgende waterstoforbitalen eigenfuncties zijn van de hamiltoniaan (H), en/of de orbitaaldraaiimpulsoperatoren (l², lx, ly, lz). Hierbij moeten geen ingewikkelde afleidingen gegeven worden, maar je moet keuze wel kunnen uitleggen. (rood = oplossing)

===22 januari 2012===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfunctie van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
#Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MO-SCF berekening? (leid de formules af)
#De volgende complexe functies stellen twee van de oplossingen voor van de Schrödingernvergelijking voor een éé-elektron atoom met kernlading Z:
#* Ψ4,2,±2 (r,θ,φ)=R4,2 Θ2,±2(θ) Φ±2(φ)
#* met ρ=2Zr/na0
#* en: R4,2(r)=(((Z/a0)^(3/2))/96√5)*(6-ρ)ρ²e-ρ/2
#* Θ2,±2(θ)=√15/4 sin²θ
#* Φ±2(φ)=1/√2π e±2iφ
#*Zijn deze twee functies ontaard of niet?
#*Vorm uit deze twee golffuncties via een orthonormale transformatie twee reële functies. Welke kwantumgetallen gaan hierbij verloren? Zijn de nieuwe functie nog steeds eigenfuncties van dezelfde hamiltoniaan (één-elektron atoom met kernlading Z)? Zo ja, hebben ze dezelfde eigenwaarden als de oorspronkelijke functies of niet? Zijn ze ontaard of niet?
#*Hoeveel radiale nodale vlakken hebben de reële functies? Hoeveel angulaire nodale vlakken, en welke vlakken zijn dit?
#*Teken het angulaire deel van de twee reële orbitalen in twee dimensies. Kies hiervoor het vlak in een carthesisch assenstelsel waar de functies waar de functies hun maximale (absolute) waarde bereiken.
#*Teken ook (kwalitatief) de totale (reële) golffuncties in hetzelfde vlak, onder de vorm van hoogtelijnen. Teken twee hoogtelijnen met een verschillende absolute waarde en geef aan welke van de twee lijnen hoort bij de hoogste absolute waarde.

===24 januari 2011 nm===
# Maak gebruik van de LCAO-MO benadering en het variatietheorema om de golffunctie en bijhorende energie te berekenen van de grondtoestand van het H2+-ion bij een H-H afstand van 2,2 a.u. Basisfuncties zijn de (genormaliseerde) 1sA en 1sB orbitalen op beide H atomen. De waarde van de verschillende integralen tussen beide functies bij de gegeven H-H afstand bedragen: S(AB)= 0,533 ; H(AA)= -0,937 a.u. ; H(AB)= -0,621 a.u.
#
#* Geef en bespreek het Pauli-principe
#* Hoe wordt dit principe gebruikt voor de constructie van een golffunctie binnnen de orbitaalbenadering.
# Wat is het verschil tussen de gross en de netto Mulliken populatie van een atomaire basisfunctie resulterend uit een moleculaire LCAO-MOSCF berekening (leid de formules af)

===24 januari 2011 vm===
# Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade of ungerade?
# Leidt de uitdrukking af van de totale elektronische grondtoestandsenergie die bekomen wordt binnen DFT na de introductie van orbitalen zoals gesuggereerd door Kohn & Sham.
# Bereken a) de meest waarschijnlijke kern-elektronafstand; b) de gemiddelde kern-elektronafstand, in de grondtoestand van het waterstof atoom met als toestandsfunctie (dan die functie uit de cursus)

===22 januari 2010 nm===
#Niet compatiebele grootheden, bewijzen dat impuls en plaats niet compatiebel zijn, onzekerheidsprincipe Heisenberg geven en bewijzen met gegeven formule (uit cursus)
#H2+-ion, gegeven dat bindend orbitaal= N(sA+sB) en antibindend= N'(sA-sB). Normalisatiefactoren berekenen en met de waarschijnlijkheidsdichtheid aantonen dat het ene bindend is en het andere antibindend.
#Vanalles over geometrie-optimalisatie en frequentie-analyse:

===22 januari 2010 vm===
#De golffunctie van waterstof gekregen. Bereken hoogst waarschijnlijke waarde van r en de gemiddelde waarde van r
#
#* Variatietheorema geven en bewijzen en aantonen hoe dat da in de densiteitsfunctionaaltheorie ook blijft gelden
#* Het eerste Hohenberg-Kohn theorema geven en bewijzen
#
#* Definitie van elektroncorrelatie
#* Wat is de correlatie-energie
#* Beschrijf schematisch de vorm van de golffunctie die, binnen de LCAO-MO benadering, in staat is om elektronencorrelatie te beschrijven
#* Noem twee mogelijke methoden die gebruikt kunnen worden om deze golffunctie te berekenen. Geef de essentiële verschillen tussen de beide methoden

===18 januari 2010 nm===
#Op basis van welk principe en onder welke omstandigheden kunnen de toestandsfuncties van een systeem geclassificeerd worden als gerade en ungerade
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de 2 wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau de ene wijze steeds een te hoge, en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden.
#Bespreek het Pauli-principe (grondig en algemeen) en gebruik dit principe bij de constructie van de golffunctie voor de grondtoestand van he He atoom(binnen de orbitaalbenadering)

===18 januari 2010 vm===
#Bewijs compatiebele grootheden
#Geef de verschillende aangeslagen toestanden van een twee-elektronsysteem. Geef de slaterdeterminanten rekening houdend met het Pauliprincipe
#Tekenopdracht van n=4 l=2 en ml=+/-2 (zie oude examenvragen)

===augustus 2009===
#Wat zijn incompatiebele grootheden? Toon aan dat positie en snelheid incompatiebel zijn. Geef en bewijs de Heisenberg onzekerheidsrelatie. Maak hierbij gebruik van de volgende vergelijking, geldend voor twee incompatiebele grootheden A en B: deltaA * deltaB >= 1/2 |<psi|[A, B]|psi>|
#Toepassing van de LCAO-MO benadering op het H2+ molecule met een minimale basis bestaande uit twee genormaliseerde AO 1sA en 1sB geeft steeds de volgende twee MO's: phi•b = N(1sA + 1sB) en phi•* = N' (1sA - 1sB).
* Bereken de normalisatieconstanten N en N'
* Bewijs (op basis van de densiteit) dat, bij een voldoende kleine H-H afstand zodat beide atomaire orbitalen overlappen, phi•b een binden MO en phi•* een antibindend MO is.
#Bespreek het principe van een geometrie-optimalisatie van een molecule. Maak hierbij gebruik van de begrippen potentiaaloppervlak, stationair punt, gradient en hessiaan. Wat versta je onder een frequentie-analyse, en wat is het verband tussen de frequenties en de hessiaan? Leg uit waarom geometrie-optimalisatie best steeds gevolgd wordt door een frequentie-analyse. Op welke manier kan de symmetrie van het molecule hierbij een rol spelen?

===23 januari 2009===
#Geef de definitie van een lineaire hermitische operator A en bewijs dat:
#*Eigenwaarden van A altijd reel zijn
#*De eigenfuncties van A steeds orthonormaal gekozen kunnen worden.
#Leg uit waarom de dissociatie van het H2 molecule niet correct beschreven kan worden met een RHF type golffunctie. Geef de twee wijzen waarop de bindingsenergie van H2 theoretisch berekend kan worden en leg uit waarom, op Hartree-Fock niveau, de ene wijze steeds een te hoge en de andere wijze steeds een te lage bindingsenergie oplevert. Hoe kan de beschrijving van de golffunctie van H2, en dus ook van de bindingsenergie, verbeterd worden?
#
#*Geef en bewijs het variatietheorema
#*Geef en bewijs het eerste Hohenberg-Kohn theorema

===12 januari 2009===
#Bespreek gerade/ungerade , afleiding en zeggen wat essentieel is.
#3 begrippen bespreken en met elkaar in verband brengen: orbitaal / open en gesloten schil / toestand en toestandsfunctie
#Orbitalen tekenen(letterlijk zoals ook op toledo staat)

===10 januari 2009===
#Commutatieregels H, L², Lx, Ly, Lz van meer-elektronatomen afleiden en bespreken wat ge daar mee kunt
#Perturbatietheorie geven & MP2 daar in mengen
#Frequentie-analyse
#*A) frequentie-analyse op een stationair punt bespreken en de Hessiaan er in gebruiken
#*B) 3 eigenschappen bespreken van het molecule in een bepaalde geometrie die je met een frequentie analyse kan berekenen/bespreken

Polymer Materials

2020-01-14T07:43:32Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Het vak wordt gegeven door Prof. Erik Nies. Het is een erg vriendelijke man, ook tijdens het mondeling. De eerste twee vragen zijn open boek (maak je oefeningen dus allemaal) en eentje ervan verdedig je mondeling. De laatste twee vragen zijn gesloten boek.

==Examenvragen==
===13 januari 2020===
#Vraag 1 van voorbeeldexamen (open boek)
#Vraag met grafiek Young's modulus van voorbeeldexamen (open boek, mondeling)
#Verschil copolymerisatie Ziegler-Natta vs metalloceen van voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Formule kracht elasticiteit, entropieveer van pagina 4 voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Tabel met info UHMWPE. Waarvoor staat UHMWPE? Wat is er typisch aan deze graad? Afleiden densiteit van coiled coil, welke assumpties maak je bij deze afleiding? Uitrekenen densiteit. Is (een specifieke naam van polymeer) PE in de coiled coil conformatie?

===14 januari 2019===

#vraag 1: pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===16 januari 2018===
#Hoe polymeriseert methylvinylether? (open boek)
#Oefening elongatie nylon 66 vezel in centrifuge experiment (open boek, mondeling)
#*welke verband tussen stress en strain
#*Bereken stress en strain
#*Bereken diameter draad
#*Uitrekken bij andere T (onder Tg)
#Vanalles over newtioniaanse viscositeit (def., te zien in shear thinning, verband met molaire massa)
#Wat zijn thermoplastische elastomeren
#Experiment met stelling (van voorbeeld examen blijkbaar)
#*Klopt stelling
#*Bewijs je redenering
#*Geef alle variabelen en hun eenheden gebruikt in bewijs

===15 januari 2018===
#Polymerisatie van acrylonitril (radicaal, kationisch, anionisch) (open boek)
#Oefening van rubber (analoog aan laatste (set 5, ex 2) oefeningen, rubber wordt uitgerokken door een kracht, dit wordt gevolg bij temperaturen van 50 °C tot -50 °C, bespreek plot) (open boek, mondeling)
#Leg het verschil uit tussen
#*Performance & property
#*Entanglements & cross-links
#Extruder
#*Geef vergelijk volumetrische flow
#*Leg alle symbolen uit en geef de eenheden
#*Een mould wordt aan een extruder gezet voor een rod-shaped object te maken,teken dit, geef werkings punt (Qextr=Qdie)

Dynamische Biochemie

2019-06-22T06:30:19Z

Lindeachten:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Wijsbegeerte

2019-06-14T10:21:56Z

Lindeachten: /* 13 juni 2019 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen.

==Examenvragen==
===13 juni 2019===
meerkeuze:
#er is geen planeet met een eenhoorn op
#*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar
#Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?
#*empirische accuraatheid
#*eenvoud
#*vruchtbaarheid
#*reiwijdte
#neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?
#*elliptische verklaring
#*partiële verklaring
#*deductief-nomologische verklaring
#*een of ander gekke latijnse naam
#er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep
#*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten
#1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?
#*de-antropomorfisering van goden
#*nog wat opties, maar bovenste is juist
#stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.
#*achilles beweegt niet op een moment
#*nog opties maar bovenste is het juiste
#wie beweerde dat er 4 elementen bestaan
#*empedocles
#*anaximander
#*anaximenes
#*thales
#wie weerlegde het postulaat van plato
#*copernicus
#*galileo
#*kepler
#*laatste 2
#hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus
#*ze deed voorspellingen voor beweging en posities
#*bovenste is juiste
#waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels
#*om het vereffiningspunt te verwijderen
#*om het postulaat van plato te blijven volgen
#*bovenste 2
#*nog een die zeker niet juist was
#wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles
#*geen sterrenparallax
#*voorwerpen vallen terug naast de toren
#*nog 2
#wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën
#*zuurstof behoud eigenschappen in water
#*bovenste juiste
#er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt
#*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar
#bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:
#*de hoofdhypothese is onwaar
#*de hulphypothese is onwaar
#*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar
#*nog een
#bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als
#*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen
#een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur
#er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?
#*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie
#bij voorbeeld van harvard medical school test
#* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is
#een accidentele generalistie is
#*feitelijk onwaar
#*tegenfeitelijk onwaar
#*niet eenvoudig
#*nog een
#ceteris paribus wetten zijn
#*onfalsifierbaar
#*bovenste is juist
#theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er
#*nieuwe voorspellingen gedaan worden
#*bovenste is juist
#volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als
#*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde
#bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme
#*1
#*bovenste is juiste
op elke vraag kon ik weet het niet geantwoord worden
open vragen
#wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie
#welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.

===13 juni 2018===
meerkeuze:
#belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?
#*1/2
#*1/3
#*1/2 of 1/3
#*1/2 en 1/3
#Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen
#*een schip door de woeste zee
#*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde
#*het waaien van de wind door de bomen
#*het open en toe gaan van een stoomklep
#Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?
#*het 1 keer lief vragen
#*het meerdere keren lief vragen
#*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen
#*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen
#De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:
#*verifieerbaar en falsifieerbaar
#*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar
#*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar
#*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar
#Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?
#*1
#*3/850
#*0
#*onbepaald
#Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?
#*instumenteel gebruikt
#* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)
#Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?
#*Er bestaan geen axioma's in de chemie
#*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost
#*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen
#*en nog eentje

Op elke vraag kon ook "weet niet" worden geantwoord!

Open vragen:
#modules, 1 van die vragen
#Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie

===14 juni 2017===
#leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen
#Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen
#Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen
#Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid
#leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap
#beantwoord één van de volgende vragen:
#* -
#* -
#*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch
#*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?

===voorbeeldexamen 2017===
#Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.
#Leg het Quine-Duhem probleem uit.
#Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?
#Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.
#Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.
#Beantwoord één van de volgende vragen:
#*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?
#*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?
#*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.
#*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen

Geologie

2019-01-30T11:04:32Z

Lindeachten:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Geologie van Prof. Robert Speijer is een verplicht vak in het eerste semester van het eerste jaar voor chemie en binnen de minor verbreding voor Biochemie.
Examen is mondeling. Er is ook een deeltje examen over het practicum (steentjes). Hiervoor mag je je practicumhandleiding gebruiken.

==Examenvragen==

===29 januari 2019 VM===
#Op aarde kunnen we BIF (banded iron formations) en stromatolieten vinden uit de tijd van het Proterozoïcum.
#*a)Wanneer was het Proterozoïcum en welk tijdvak kwam hiervoor en welk hierna?
#*b)Wat zijn stromatolieten en BIF en wat zeggen deze over de ontwikkeling van de aarde en het leven.
#
#*a)Waaruit is silex opgebouwd en hoe wordt het gevormd?
#*b)Hoe komt het dat er afgeronde keien silex te vinden zijn aan de basis van een zandafzetting gevormd in het Cenozoïcum? Uit welk gesteenten zijn deze silexen afkomstig voordat het afgeronde keien waren?
#
#*a)Een gebergte gevormd tijdens subductie zal onder zijn eigen gewicht inzakken, hoe komt dit?
#*b)Hoe komt het dat een gesteente gevormd op grote diepte in dit gebergte (bv groter dan 30 km) uiteindelijk toch terug aan het oppervlak terecht komt?
#
#*a)Wat zijn turbidieten? Waar komen ze voor? Hoe worden ze gevormd? Welke typische structuur hebben ze?
#*b)Beschouw een afzetten gevormd uit afwisselend een laag klei en een laag kwarts. Wanneer deze sedimenten orogenese ondergaan en er intermediaire metamorfose plaatsvindt wat zal er dan met ze gebeuren?
===28 januari 2019===
#
#*a) hoeveel bedraagt de gemiddelde geothermische gradiënt van de continentale korst en hoe warm was het dan in een voormalige limburgse mijnschacht op diept van 1000m
#*b) leg uit waarom water in een begrensde aquifer op die diepte vaak niet als drinkwater te gebruiken is en van welke factoren dit afhangt
#*C) leg uit waarom de geothermische gradiënt van de korst veel steiler (sterker) is dan die van de mantel
#
#*a) welke observaties in de oceaan hebben geleid tot de theorie van hotspots
#*b) wat veroorzaakt hotspots en wat is relatie met het model van platentektoniek
#*c) meeste hotspot vulkanen hebben voornamelijk magma met mafische samenstelling, de hotspot onder yellowstone park levert echter ook grote hoeveelheden felsische en intermediaire magma, hoe verklaar je dit verschil
#
#*a) door welke processen wordt schuine gelaagdheid veroorzaakt en in welk sedimentair afzettingsmilieu kan schuine gelaagdheid worden waargenomen
#*b) schets de manier hoe dat schuine gelaagdheid gevormd word en geef erbij uitleg
#*c) welke informatie kan men afleiden uit opeenvolgende schuine gelaagdheden die in verschillende richting hellen
#
#*a) magnesiet (formule gegeven) en sideriet vormen een vaste oplossing, magnesiet en calciet vormen geen vaste oplossing, verklaar dit verschil en verklaar ook dat dolomiet (formule gegeven) wel samen kan voorkomen met calciet
#*b) geeft een beknopte maar kenmerkende karakterisering voor 2 verschillende mariene afzetting milieus waarbij calciet en/of aragoniet belagrijke sedimentaire bestanddelen zijn
#*c) calciet wordt tijdens diagenese van carbonaten soms omgezet naar dolomiet, waardoor wordt dit proces vooral gestuurd

=== 21 januari 2019 ===
#
#*a) Hoe worden zinklagen in bvb Florida gevormd
#*b) Hoe helpen zinkgaten bij de zoutwinning in bvb Nederland
#
#*a) In welke gesteenten zitten ketensilicaten zoals pyroxenen en amfibiolen
#*b) Geef mvb tekening het verschil tussen pyroxenen en amfibiolen
#*c) Wat is de verhouding van de O-atomen tov de Si-atomen in zowel pyroxenen als amfibiolen
#*d) Hoe verschillen deze ketensilicaten met veldspaat (Optische verschillen, niet chemisch)
# Een hele uitleg over visbeenderen (platte spiraalvormige fossielen) in het Jura. Ook iets over schalies
#*a Welk tijdperk voor en na het Jura, geef aan in # miljoen jaar in welke periode het Jura zich bevondt
#*b) Welke gesteenten zijn Schalies en tot welke groep fossielen behoren de visbeenderen
#*c) Hoe komt het dat de beenderen in tact zijn gebleven in de zee, welk milieu heerst er in de zee hiervoor
#
#*a) Welk proces ondergaan gesteenten in bergketens in lage hoogte, en welke processen ondergaan gesteenten die hoger gelegen zijn
#*b) Wat is de lithosfeer en waarom is de vervorming elastisch. Welke eenheid ligt er onder deze lithosfeer.
#*c) Waarin verschilt de lithosfeer met de onderliggende eenheid

=== 22 augustus 2017 ===
# Over de zoutlagen (evaporieten) uit het Perm in het Noorden van Nederland, Duitsland en Polen
#*a) Wanneer waren het Perm en Carboon? (in Ma)
#*b) Welke mineralen komen er hoofdzakelijk voor in zo'n zoutlagen? Geef de naam en de chemische formule
#*c) Geef de reden(en) waarom er nauwelijks afzettingen uit het Perm in België terug te vinden zijn, terwijl er wel talrijke afzettingen uit het Carboon te vinden zijn. Wat is de relatie met de Variscische gebergtevorming?
#*d) Waarom is zo'n zoutlaag eventueel geschikt voor de opslag van radioactief afval?
#
#*a) Leg uit waarom er wisselende seizoenen zijn op aarde
#*b) Onder welke condities, volgens de theorie van Milankovic, kon de Noordelijke ijskap stapsgewijs groeien? Bespreek de relevante parameters, je kan schetsen gebruiken om je antwoord te verduidelijken
#
#*a) Leg uit wat de geothermische gradiënt (geotherm) is. Geef de waarde(n) voor de geotherm van continentale korst en ook de warmte-uitstroom (heat flow) van continentale korst.
#*b) Verklaar waarom de geotherm van oceanische korst meer variabel is dan die van de continentale korst, verklaar ook het verschil in de heat flow die niet overal hetzelfde is bij oceanische korst
#*c) Leg uit hoe de geotherm in de ondiepe ondergrond varieert in functie van kortere en langere temperatuurcycli (dag/nacht, winter/zomer, glaciaal/interglaciaal)
#*d) Geef op basis van het vorige antwoord voor het volgende een verklaring: op hoge breedtegraden (bv. Canada) is het gesteente (of de bodem) op enkele honderden meters diepte bevroren, toch is de gemiddelde jaartemperatuur ruim boven 0°C
#
#*a) Geef een definitie voor metamorfose, inclusief de reden waarom metamorfose plaatsvindt
#*b) Wat zijn de verschillen en overeenkomsten tussen contactmetamorfose en schokmetamorfose?

=== 31 januari 2017 ===
#vraag 1:
#*a) Zure regen tast kalksteen aan. Geef de reactievergelijking en leg uit waarom kalksteen hierdoor sneller verweerd.
#*b) Verwering van pyriet, reactieproducten en nettoreactievergelijking geven.
#*c) Uitleggen hoe en in welke omgeving het nieuw gevormde mineraal in a op natuurlijke wijze wordt gevormd.

#vraag 2:
#*a) Apollo missies naar maan. Wat heeft onderzoek van deze gesteenten geleerd over de vormingsgeschiedenis van de aarde?
#*b) Wat kan je afleiden over de evolutie van het zonnestelsel op basis van voorkomen ijzermeteorieten van 4,5 Ga?

#vraag 3:
#*a) Wanneer was het einde van het laatste glaciaal en welk tijdvak komt na dit glaciaal?
#*b) Hoe kan men uit de chemische samenstelling van kalkschalen van benthische foraminiferen afleiden dat de zeespiegel is gedaald in het laatste glaciaal?
#*c) Welke andere manier is er om te bepalen dat de zeespiegel wereldwijd steeg? Voor de periode vanaf het einde laatste glaciaal en deglaciatie.

#vraag 4:
#*Verbanden tussen de vorming van het Massief van Brabant, geschiedenis van Avalonia, ontstaan vulkaankraterpijp van Quenast, vorming van koraalriffen in de Ardennen. En dit ook plaatsen in het geologische tijdskader.

=== 23 januari 2017 ===
#vraag 1:
#*a) Geef de processen en reacties die zorgen voor de vorming van zinkgaten
#*b) Zinkgaten kunnen ook ontstaan door zoutwinning verklaar

#vraag 2:
#*a) wat is een caldera en hoe worden ze gevormd?
#*b) waarom is het extra gevaarlijk als een caldera zich vormt op een eiland?
#*c) Wat is de relatie met het soort magma en de vorming van een caldera?

#vraag 3:
#*a) Vlaanderen: aquifer op 700 meter diepte die parallel loopt met het aardoppervlak + met een aquitard boven + geen drinkbaar water, Chaudfontaine: syncline waarbij het water tot op 1600 meter diepte gaat met wel drinkbaar water. Teken beide.
#*b) Wat is de geotherm?
#*c) Bereken de temperatuur op de gegeven dieptes
#*d) verklaar het verschil in drinkbaarheid.

#vraag 4:
#*a) geef alle processen die in de diepere lagen van een gebergte plaatsvinden en geef het verschil met wat er gebeurt in de hogere lagen
#*b) wat is de lithosfeer?
#*c) de lithosfeer vervormt in zijn geheel elastisch. leg uit en geef een goed voorbeeld.

=== XX augustus 2016 ===

#vraag 1
#*a) Wat is een caldera en hoe worden ze gevormd
#*b) Waarom is het extra gevaarlijk wanneer een caldera gevormd wordt op een eiland dan op het continent

#vraag 2
#*a) Wat is bauxiet
#*b) Hoe wordt een bauxietbodem gevormd
#*c) waarvoor wordt een bauxietbodem gebruikt

#vraag 3
iets met krijt

#vraag 4

=== 18januari 2016 VM ===
#Vraag 1
#*a) Waarom kan de koolstof 14-methode niet gebruikt worden voor het dateren van de botten van de dinoâ€™s?
#*b) Met welke methode kan dit wel gedateerd worden?

#Vraag 2
#*a) Wat bedoelt men met isostatisch evenwicht?
#*b) Maak een tekening van een gletsjer met de continentale korst, de mantel. Maak zo de inwendige structuur van de continentale korst duidelijk en de mantel. De dikte van de gletsjer in het centrum is 3 km. Welke veranderingen gebeuren er?
#*c) Wat is de dichtheid van de continentale korst en de mantel en waaruit bestaat het. Bereken hoe diep de ijsblok in de korst zit.

#Vraag 3
#*a) Een laag van anhydriet, gips en afzettingen van zoutlagen van haliet. (zoiets ) Geef de chemische formule
#*b) Hoe worden deze samen gevormd, wat is het verband?
#*c) Hoe geeft dit informatie over het paleoklimaat?

#Vraag 4
#*a) Wat waren Wegners argumenten van continentendrift. Het geheel is nu aanvaard als platentektoniek. Waar ligt zijn fout?
#*b) Op basis van welke onderzoeken/ontdekkingen werd deze theorie aanvaard?
#*c) Is elke continentrand een plaatrand?

=== 11 januari 2016 NM ===
#vraag 1
#*A Metamorfose van kleicarbonaten en verwering van silcaatcarbonaten uitleggen met chemische formules (bij kleicarbonaten niet da van carbonaten geven ma dus ook iets van klei geen idee wat)
#*B Over het krijt : de invloed van MOR op het klimaat en de zeespiegel
#vraag 2
#*A Teken een afpompingskegel van een freatische aquifer en hoe deze een waterput die dichtbij ligt kan droogleggen
#*B ...
#*C Het water van een begrensde aquifer kan vaak niet meer gebruikt worden omdat 1g/L opgeloste stoffen aanwezig zijn, welke dingen beïnvloeden dit (dus over die opgeloste stoffen gaat het: soort gesteente, vervuiling, temperatuur [versneld verzouting] dieper = zouter [zeg ook waarom] )
#vraag 3: ...
#vraag 4
#*A In welk tijdvak en wanneer begon de Varisciden orogenese vorming (in België)?
#*B aan welk gebergtevorming kunnen we dit zien in België?
#*C Hoe weten we dat België toen in een tropisch klimaat lag?

=== 11 januari 2016===
#*Teken een hoekdiscordantie
#* Hoe wordt dit gevormd?
#*Aan het Massief van Brabant vinden we ganggesteenten en vulkanische gesteenten terug. Wat is het verband tussen gebergtevorming (aan het Massief van Brabant) en vulkanisme?
#*Wanneer vond dit plaats + jaartal

#*Wat zegt een krijtlaag ons over het afzettingsmilieu?
#*Waarom bestaat een krijtlaag vaak uit vuurstenen?

#*Waarom kan geothermie wel plaatsvinden aan een slenk maar niet aan het het Massief van Brabant?
#*Wat is de oorzaak van geothermie?
#*Soms ontstaan er problemen door geothermie. Er is bv. een dorp waarbij een laag met anhydriet in contact kwam met het grondwater waardoor schade ontstond. Leg uit.

#*Wat vertellen maangesteenten ons over de ontstaansgeschiedenis van de aarde?
#*Wat vertelt een ijzermeteoriet van 4.5 Ga ons over het ontstaan van het zonnestelsel?

===16 januari 2015===
#Ontdekingen na wegner's dood die zijn hypothese bewezen. Moderne technieken die dit bevestigen. Wat is een continentrand en hoe komt het dat sommige naast een plaatrand liggen en andere niet.
#Welk soort breuken komen samen voor met geplooide lagen? Doorsnede tekenen. Welk soort laag wordt in Vlaanderen onderzocht voor de berging van nucleair afval. Wat is de invloed van een actieve of een inactieve breuk op de bergingscapaciteit?
#Hoe oud is de aarde en hoe weten we dit? Bespreek de vorming van de aarde tijdens het Hadeaan en Archeaan en het verband tussen stuctuur en mineralogie. Bijvraag: Wat zit er in een meteoriet.
#Voor welk tijdsinterval worden ijkernen gebruikt? Wat is de meerwaarde boven sedimenten? 34 Ma geleden begon de glaciatie op Antarctica. Hoe kunnen sedimenten ons er iets over vertellen. Hoe komt het dat de glaciatie net dan begon?

===12 januari 2015===
#onstaan van de aarde, hoe oud en hoe is dit bepaald + geef structuur binnenkant van de aarde chemisch, mineralogisch,..
#lithostratigrafie: waarom gesteentelagen geen goede tijdsbetekenis geven altijd en dat bij biostratigrafie wel kan
#grondwater: bron van chaudfontaine (syncline wordt gegeven + tekenen) + uitleg geotherm en gemiddelde waarde voor korst geven
#wetenschappelijke methode: zeggen wat het is + geologisch vb naar keuze

===27 JAN 2014 NM===
#Magnetische ompolingen en platentektoniek
# Hoe seizoenen werken en Milankovic theorie
# Verschil tussen diaklazen en breuken, hoe ze ontstaan en hoe je een diaklaze en een gelaagdheid kunt onderscheiden
# Algemene structuur bladsilicaent, afleiden wat de formule is voor de Si-laag en waarom havenslib behandeld moet worden als chemisch afval

===20 JAN 2014 NM===
#kalksteen in de grond: welke maatschappelijke problemen kunnen er zijn?
#*geef alle chemische reacties die mee doen/leg ze uit in het systeem
#*hoe worden druipstenen gevormd?
#diachroon en sedimentaire facies en het verband? (plus schets)
#veldspaten: orthoklaas naar albiet en albiet naar anorthiet, maar ge kunt niet van orthoklaas naar anorthiet: hoe komt dit, en wat heeft vaste oplossing hiermee te maken? wat is arkose?
#roodverschuiving uitleggen, hou oud is de aarde? het heelal? en leg uit hou we ouderdom aarde kunnen meten

===17 JAN 2014===
#Wat zijn evaporieten en in welke omstandigheden worden ze gevormd? Welke structuren worden er gevormd? Geef redenen om radioactief afval in evaporieten op te slaan en ook waarom het niet zo een goed idee is ?
#Welke observaties heeft men gedaan om hotspots te onderzoeken? VS heeft een zuur vulkanische, waarom?
#Geef de geologische tijdschaal van fanerozoÃ¯cum + ouderdommen. Geef de 3 belangrijkste ijstijdvakken en in welk ijstijdvak heeft Wegener aanwijzingen gevonden voor zijn theorie en welke zijn dat?
#Wat zijn de fundamentele eigenschappen van een begrensde aquifer? Wat zijn de redenen voor problematische concentratie aan opgeloste stoffen?

===13 JAN 2014 VM===
# Verklaar : meteoor, meteoriet, asteroÃ¯de, komeet. Wat is het verschil tussen komeet en meteoorgroep? Waarom zijn er geen inslagen op de zeebodem?
# Wegener: wat is zijn theorie en geef zijn bewijzen. In de jaren 50 kwamen er nieuwe technieken om dit nu echt te bewijzen, welke?
# Alles over quaternair. Hoe kunnen we met kalksedimenten het klimaat bepalen? Waarmee moeten we oppassen als we kalkskeletten gebruiken? Welke zijn de grote invloeden op de euraziatische zeespiegel? Waarom krijgen we hier een beter beeld van de klimaten dan met landafzetting?
# Kristallisatie van mineralen uit stollingsgesteenten, wat is het verband met deze kristallisatie en verwering (of erosie?)
# practicum (4p) en ze helpt u als ge hem fout heb (dan krijgt ge nog de helft van de punten). Soms krijgt ge er 2 maar van dezelfde plaats van de excursie en ze stelt een klein theorievraagje. Voorbereiden mag met excursiebundel, nota's, slides en handleiding maar vanaf da je begint uit te leggen mag je niks meer gebruiken.

===14 JAN 2014===
#Bauxiet, alles wat je erover weet.
#Hoe fosielen hebben kunnen helpen bij de kartering van de statigrafie.
#MOR van bovenaf tekenen en alle eigenschappen geven van de MOR + laterale beweging in MOR (scheuren ipv breuken).
#Bespreek porositeit van een grondlaag en hoe kan het dat een bron recht omhoog kan spuiten?
#Practicum: stenen!

===30 JAN 2012===
#
#* hoe wordt bauxiet gevormd
#*in welk klimaat?
#* uit welke mineralen bestaat het
#
#* duid aan op een tekening hoe je uit paleomagnetische gegevens van fossiel de lokatie kan bepalen
#* wat is polar wandering curve
#
#* hoe kan je met zuurstofisotopen in sedimenten ijstijd aantonen
#* hoe verklaar je het bestaan van ijstijdvak en broeikastijdvak
#
#* toekomst van gas-clathraten als energiedelfstof
#* situeer gas-clathraten in Mc-Kelvey diagram

===24 JAN 2012 NM===
# Bespreek hoe de kenmerken van de aarde die noodzakelijk zijn voor het leven speciefiek zijn voor de aarde: atmosfeerdruk en -samenstelling, magneetveld, temperatuur en temperatuursschommelingen
# Vlakken 222, 333 en 003 in een xyz-assenstelsel plaatsen zodanig dat de afgesneden stukken abc van de eenheidscel verschillend zijn.
# Hoe komt het dat zanden zelden isotroop zijn (meestal heterogeen zijn)? Welk soort mineraal is glauconiet? Welke kationen zitten erin?
# Wat is het verschil tussen een actieve en passieve plaatrand? Teken de doorsneden van elk en duidt dieptes en gesteenten aan. Hoe oud zijn de oceanen?
# practicumoefening: concentratieberekening

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de relatie tussen het ontstaan van de aarde en de dingen die gekoppeld zijn aan leven (atmosfeer, magneetveld...)
# teken een xyz-assenstelsel en zet vlakken uit bv 1,1,1 die gegeven zijn in millerindices
# bespreek een vaste oplossing
# Hoe komt het dat een blauwschist en een hoornfells samen voorkomen, parralel in een gebergte, betrek hierbij subductie enz
# teken in da diagramma van die reserves waar teerzanden zich nu bevinden en waar ze zicht 20 jaar geleden bevonden
# welke voorwaarde zijn er in het verlede nodig geweest om nu olie op een welbepaalde plaats te vinden
# bij het practicum gedeelte een piper diagram invullen

===19 JAN 2012 NM===
# geef aanwijzingen waarom het vroeger kouder is geweest en b) hoe kunt ge met enkele van die aanwijzingen verklaren dat er afwisseling was met broeikastijden en niet gewoon een doorlopend ijstijdvlak
# mineralogie: bespreek waarom plagioklaas gezoneerd en ongezoneerd voorkomt, das met die tabel met verhoudingen
# laat zien hoe je weet naar welke kant het water gaat onder het waterspanningsvlak b) geef verschillende manieren om energie te winnen met grondwater
# de vraag over paleomagnetisme hoe ze daarmee over de oceaanvorming geleerd hebben

===19 JAN 2012 VM===
# Leg uit hoe de Moho-discontinuÃ¯teit gevormd wordt bij de vorming van nieuwe oceaanbodem aan de MOR.
# Wat is de asthenosfeer?
# Waarom gaat pyriet makkelijk verweren? Welke verweringsproducten worden gevormd? Welk mineraal gaat men bekomen bij verwering van pyriet in kalkstenen?
# Welke soort plagioklaas zit er in graniet? Welke in gabbro?
# Leg uit hoe men het probleem opgelost heeft dat men aan fossielen enkel relatieve ouderdommen kan koppelen.
# Geef aan dat je begrijpt waarom calibratie met dendrochronologie belangrijk is bij de koolstof 14-dateringsmeththode.
# Geef een samenvatting van de argumenten van de optimisten en de pessimisten over de eindigheid van de olievoorraden. (aka vat de argumenten van de 2 scholen samen)
# Welke geologische processen zijn nodig om anthraciet te kunnen vormen (aka in welk gebied ongeveer vinden we steenkool?)

===15 JAN 2010 VM===
#Hoe heeft het paleomagnetisme geholpen om het huidige model van de M.O.R. op te stellen.
#Is het klimaat in het verleden stabiel of variabel geweest? Geef oorzaken + tijdsgebieden.
#Waar moet men monitoringputten plaatsen in de buurt van stortplaatsen, zodat men polluenten kan ontdekken. Is de diepte van belang?
#Hoe wordt een zandsteen gevormd? Op welke diepte, en invloed van grondwater.
#Vraagje over zelfstudieopdracht: oorsprong van biomerkers en waarom moeten deze verklaard worden?

===15 JAN 2010 NM===
#Hoe kwam de formule van Bragg tot stand? En hoe kan je hier mee bepalen welk mineraal je hebt?
#We steken kubusjes van gelijke grootte (bv. 1 cmÂ³) van kwartsiet en marmer in een cilindrische buis en laten deze ronddraaien, simuleren we dan verwering? welk van de twee gaat het meest verweerd worden?
#Hoe ga je van slib naar een schiefer? leg zo duidelijk mogelijk uit. Vanaf welke diepte heb je een schiefer met schieferige splijting?
#Paleopolen: leg uit hoe je aan de hand van paleopolen continentendrift en platentektoniek kunt verklaren. Maak ook een schets. Zeg ook welke dingen gemeten worden om het paleopool te bepalen en hoe dat dan bepaald wordt.

===14 JAN 2010 VM===
#Vergelijk samenstelling van Aarde, maan, Mercurius, Jupiter, een planeet rond de eerste sterren, de aardkorts en -kern.
#Hoe gedragen gesteenten zich bij verschillende drukregimes? Wat zijn dekbladen? Bij welke tektonische activiteit vind je deze? (+schema)
#Waarom vindt men ook batholieten bij subductie? (schema's, grafiek van verandering smelttemperatuur)
#Hoe heeft paleomagnetisme geholpen bij het begrijpen van systeem van M.O.R.?

===11 JAN 2010===
#Bespreek roodverschuiving in het heelal. Kan dit dienen om een ouderdom te bepalen van het heelal?
#Bespreek de in de les besproken analogie tussen een watertoren en een spanningswaterlaag. Hoe komt het dat er in de afpompingsput maar een klein volume water zal zitten, terwijl de gehel spanningswaterlaag verzadigd is ? Kan er overproductie optreden van een spanningswaterlaag?
#Hoe ga je van slib naar een schiefer? Leg zo duidelijk mogelijk uit. Vanaf welke diepte heb je een schiefer met schieferige splijting?
#Beargumenteer het bestaan van subductiezones

===AUG 2009===
#
#*Bewijs dat een silicium in de tetraederlaag kan verbonden worden met een magnesium in een octaederlaag met zuurstof en hydroxylgroepen ertussen.
#* Waarin verschillen de verschillende kleimineraalspecies? Geef de verschillende met een voorbeeld
#
#* Als we kubusjes van gelijke grootte van marmer en kwartsiet in een cilindrische buis laten afslijten, welke blijft dan het langst over en waarom?
#* Leg uit waarom bij een fyllade een druksplijting dwars op de gelaagdheid kan staan en waarom deze zo perfect is in vergelijking met een schieferige splijting.
#
#* Hoe kan magnetisme zodanig opgeslaan worden in een sedimentsgesteente dat we het 'remanent' mogen noemen?
#* Hoe kunnen we aan de hand van het paleomagnetisme de vroegere positie van een continent bepalen?
# betekent een boringskegel hetzelfde bij een freatische waterlaag en een artesische waterlaag? leg uit.
# Hoe komt het dat er bij de stratigrafie zo vaak gewerkt word met fosielen en paleomagnetisme terwijl de biostratigrafie ons een relatieve tijdschaal geeft, en magnetostratigrafie ons maar twee antwoorden kan geven, normale of tegengestelde polariteit?

Moleculaire Architectuur

2019-01-18T08:04:20Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.

==Examenvragen==
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, (vul hier in want ik kom er nie op) en shiftreagens
=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Chemische Thermodynamica

2019-01-14T13:36:01Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 2 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen.
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.

==Examenvragen==
===14 januari 2019===
#Vuurpomp
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W.
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm.
#Colligatieve eigenschappen
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof?
#*Bespreek kookpuntsverhoging
#*Bespreek osmose
#Mengsels van vloeistoffen
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)

===1 februari 2018===
#vuurpomp
#vraag over donnanpotentiaal
#vraag over mengsels

===26 januari 2018===
#Proteinevouwing
#Carnot cyclus
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.
#entropie oef
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.

=== 19 januari 2018 ===

#Vuurpomp uitleggen
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken

=== 19 januari 2018===
# Vuurpomp
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor:
#* a. Reversibel
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )
# Beschouw de reactie 3A+2B <=> C+2D.
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)
# Beschouw F(folded) <=> U(unfolded).
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)

=== 15 januari 2018 ===

# Vuurpomp uitleggen
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---> bepaal einddruk en delta G
# Oefening partieel molaire volumes
# Entropie voor fasetransities afleiden
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen

=== 3 februari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering.
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.
# Carnot-cyclus:
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)

=== 27 januari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berkenen
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is
# Kinetisch gasmodel en fotongas

=== 27 januari 2017 VM ===

# Artikel over proteïnen
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatische expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* isochoor proces (weet niet meer exact)
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berekening

=== 20 januari 2017 NM ===

#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.

=== 16 januari 2017 VM ===
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.

=== 22 januari 2016 NM ===
#vuurpomp
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven

=== 15 januari 2016 (VM) ===
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces.
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.
#Bespreek de carnot cyclus.
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.

=== 11 januari 2016 NM ===
Hetzelfde als 11 januari VM

=== 11 januari 2016 VM ===
#vuurpomp (opdracht)
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie

=== 12 januari 2015 (NM) ===

# 1. Dat vuur pomp stuff.
# 2. Bereken tripel punt shit.
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden

=== 17 januari 2014 ===

# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit

=== 28 januari 2013 ===

# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -> CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.

=== 25 januari 2013 ===

# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)

=== 18 januari 2013 ===

# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 3 feb 2012 ===

# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie.
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 27 jan 2012 ===

# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.
# Oefening op entropieverandering
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.
=== 20 jan 2012 VM ===

# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatisch expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen

=== 16 jan 2012 VM ===

# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H & S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm

=== 28 jan 2011 ===

#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)
#Bespreek membraanpotentiaal
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename van het systeem? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (Cv = 5/2R)

=== 21 jan 2011 VM ===
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)
# Oefening over entropieverandering

=== 17 jan 2011 ===

# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-> vl., vl. -> gas en vast -> gas berekenen)
# Oefening over entropieverandering
# Oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 15 jan 2010 ===

# bespreek de adiabatische expansie
# bespreek osmose en geef een toepassing
# oefening over entropieverandering
# oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 11 jan 2010 VM ===
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# ?
# ?

=== 11 jan 2010 NM ===
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.

=== 30 jan 2009 ===
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.
# Kookpuntverhoging.
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.
=== 16 jan 2009 ===
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren
=== 21 jan 2008 ===
# clayperon+ toep. op verdampen
# kookpuntsverhoging bespreken
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.
=== 21 jan 2008 ===
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de membraam potentiaal
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C-->1000Â°C. Cp gegeven
=== 18 jan 2008 ===
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven

=== 14 jan 2008 ===
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof
# osmose bespreken
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R
=== 14 jan 2008 ===
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen
# kookpuntsverhoging bespreken
# CO(g) + H20 (g) => CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma

=== 30 aug 2008 ===
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme exp tegen constante druk
#* adiab exp cte P
#* reversibele isoth exp
#* rev adiab exp
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R
=== 29 jan 2007 ===
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek osmose
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen
# een ideaal gas gaat van T1->T2 en V1-> V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden.
=== 20 jan 2007 ===
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's

=== 19 jan 2007 ===
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma
=== 18 jan 2007 ===
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)
Oefening:
# bereken molecuulmassa van een proteïne
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??

Algemene Natuurkunde I

2018-06-22T07:33:11Z

Lindeachten: /* Examenvragen juni */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Fysica van eerste jaar biochemie en chemie. Jaarvak, maar met deelexamen in januari. Beide examens zijn volledig schriftelijk. Werd Gedoceerd door Roger Silverans. De docent voor dit vak sinds 2012 is Antoine(Toine) van Proeyen.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Examenvragen januari==

===28 jan 2011===
* Wat is een gyroscoop en bespreek gyroscopische effecten.
* bewijs van kinetische energie en dat deze gelijk is in alle ineriaalstelsels

voor de oefeningen
* een tekening waar je alle spankrachten van moest berekenen
* en een slinger die stilhangt waar een projectiel in geschoten word, je weet de massa van het projectiel, de massa van de slinger en de hoogte die de slinger haalt na de botsing (projectiel mee in de slinger na botsing!). Bereken de snelheid van het projectiel.

=== 28 jan 2011===
#* Een puntmassa op een kromlijnige baan: wat weet je over de richting van haar snelheidsvector en haar versnellingsvector ten opzichte van de raaklijn aan haar baan? Toon uw antwoord aan.
#* Toon aan de hand van een voorbeeld aan hoe men komt tot de invoering van een schijnkracht bij de beschrijving van de dynamica in een roterend assenstelsel.
#Analyseer a) de dynamica en b) de energie van een volle bol die zuiver rollend over een hellend vlak naar beneden rolt.

=== 22 jan 2010===
Theorie:
# leg conische slinger uit
# vormvaste objecten uitleggen
# leid de pseudo kracht dinges af voor een assenstelsel dat een rotationele beweging ondergaat

Oefeningen:
# Blok A en B, beiden dezelfde massa, 10kg. Blok A en B zijn verbonden door een veer met k=100N/m. A ligt op de grond en verticaal daarboven hangt B.
#* als we B loslaten, hoe diep wordt de veer dan ingeduwd?
#* hoe diep moet B ingeduwd worden zodat wanneer we B loslaten A ook van de grond zal komen?
# Een schijf met massa 0,2kg wordt verticaal omhoog geworpen met v= 6m/s. Op zijn hoogste punt wordt de schijf getroffen door een kogel met m=0,1 en v=300m/s. De schijf breekt in 2 gelijke stukken (dus elk stuk m=0,1kg). het ene stuk vliegt verticaal omhoog met een snelheid van 10m/s. het andere stuk vangt de kogel op en vliegt samen met de kogel weg.
#* Waar zal het stuk met de kogel neerkomen?

=== 22 jan 2010 ===
Theorie:
# Geef de Gallileï-tansformatie
# Bespreek de globale beweging van een vormvast object
# Bespreek de dynamica van een roterend NIS en illustreer met een voorbeeld. Bespreek de dynamica van een conische slinger.
# Geef de definitie van evenwicht en statisch evenwicht. Bespreek en leid de statische evenwichtsvoorwaarden af. Toon aan dat het zwaartepunt van een object gelijk valt met het massacentrum.
Oefeningen:
# Newton mechanica oefening met veerkracht en gewichtskracht.
# Oefening over impulsen en massa o.i.v. gewichtskracht

=== 16 jan 2009 ===
Theorie:
# Zwaartepunt:
#* Kinetische energie van een puntmassa.
#* Toon aan dat het zwaartepunt van een object gelijk valt met het massacentrum.
# Rotatiebewegingen:
#* Beweging van een horizontale tol aan de hand van de rotationele vorm van de bewegingsvergelijking + precessiehoeksnelheid.
#* Bespreek de gyroscoop.
Oefeningen:
# Centrale botsing, bereken de eindsnelheid en de hoek waaronder het tweede deeltje wegschiet, met massas, beginsnelheden, hoek van het eerste deeltje en eindsnelheid van het eerste deeltje gegeven + bepaal of het al dan niet een elastische botsing was.
# Blok op hellend vlak, met een touw aan cilinder verbonden, blok vertrekt uit rust. Massa blok, hoek 'hellend vlak' met horizontale, dynamische wrijvingscoefficiënt, massa en straal cilinder gegeven. Bepaal versnelling v/h blok, en verschil in Epot en Ekin van het blok als het 1m verplaatst is, en leg het verschil tussen beide uit.

=== 14 jan 2008 ===
Theorie:
# Twee referentiestelsels die met constante snelheid tegenover elkaar bewegen. Leid de basisch fysische grootheden af en maak een tekening. Toon kort aan of de dynamische wetten al dan niet geldig zijn.
# Bewijs 2 wetten die geldig zijn voor satellieten die rond de aarde draaien (gelijkaardig aan planeten rond de zon). Leid de formules voor de energie af en geef het verband tussen de energie en de straal weer in een grafiek.
Oefeningen:
# Een massa vertrekt in punt A en glijdt wrijvingsloos over een kromme staaf. Welke snelheid heeft de massa in punt B? De massa hangt vast aan een veer met L0 als evenwichtslengte. Massa is gegeven, K en lengte L0 ook.
# Een brug met massa M (300 kg) en lengte b (4 m) is opgehangen met scharnier S en een touw met lengte L (5,2m). Op 1 m van het uiteinde staat massa m (62 kg) en de brug steunt op blok B. Welke kracht moet het ophaalmechanisme (via het touw) uitoefenen om de brug op te halen?

=== 19 jan 2007 ===
Theorie:
# geef de bewegingsvgl in een NIS met translerende assen en een versnelde oorsprong. Toon aan dat de wetten van newton niet geldig zijn in een NIS.
# Bespreek de beweging van een horizontale tol. En kom zo tot een beschrijving van de beweging van een gyroscoop. verklaar de gyroscopische effecten.
Oefeningen:
# Een verticale lat van 1m lang met een massa van 300g is op een hoogte van 1m bevestigd aan een rotatie as. Er wordt een kogel daar de lat geschoten halfweg het uiteinde van de lat en de rotatie as. de kogel valt vervolgens 100m verder op de grond. Welke hoekversnelling heeft het plaatje door deze botsing gekregen?
# Een takel systeem met een massa m1= 2kg en een massa m2=1,8kg en een traagheidsmoment van 1,7 kgm². r1 is 0,5m en r2 is 0,2 meter. bepaal de hoekversnelling van het systeem en bepaal de spankrachten.

==Examenvragen juni==

===21 juni 2018===
#Afleiding equation of continuity
#Afleiding vergelijking van Bernouilli (+uitleggen waar deze nu precies voor staat en wat je eruit kan afleiden)
#Oefening over impulsmoment van elektron zie 19 juni 2014
#Oefening traagheidsmoment molecule H2O langs twee assen (staat in het boek)
#Hoe kan je de hoogte van een gebouw bepalen adhv een slinger?
#Oefening over twee golven met dezelfde amplitude etc waarvan de ene een dubbel zo grote golflengte heeft dan de andere en dan bepalen welke de grootste hoeveelheid energie verplaatst

=== 25 juni 2015 ===
#oefening over behoud van momentum
#fotoelektrisch effect en alle formules afleiden (H37)
#en dan de wiskundige vergelijking van de golf geven en dan de condities wanneer ze SHM was en dan periode, frequentie en golflengte daarvan afleiden
#2 stellingen: 'als er wind is zal je het geluid dan luider horen' en dan nog eentje over 'kan een kind meegezogen worden met een snelle trein'

===25 jun 2014 ===
Vraag 1:
Bij beta verval valt een atoom uiteen in een elektron en een terugslagkern, deze volgen na splitsing echter geen 'rechte lijn' dit schaadt echter een principiële wet van de mechanica.
#Welke wet?
#Teken en leg uit
#Hieruit volgt dat er nog een partikel wordt uitgestoten (een neutrino) toon aan op de tekening dat dit zo is en leg uit.

Vraag 2:
Archimedes; afleiden van een formule en nog enkele meerkeuzevraagjes (drijft het/ drijft het niet)

Vraag 3:
Lorentztransformatie x=x' y=y' z=a(z'+vt')
#Vind de omgekeerde formules, gebruik c,
#Leid a af
#Leid de formule van de lengtecontractie af

Vraag 4:
een gietijzeren standbeeld (100kg) op een koperen plaat (60kg d=0.1 en S= 0.70 m^2) staan op een glazen helling van 30 graden
#Bereken de wrijving van gietijzer op koper
#Bereken de wrijving van koper op glas (de Mu's zijn gegeven)
#Bereken delta l die de wrijving veroorzaakt (de modulus G is gegeven)

===19 jun 2014 ===
Vraag 1:
#Impulsmoment van een elektron is sqrt(3/4)hbar.
#Verklaar met theoretische achtergrond.
#Bereken hoeksnelheid en snelheid van een punt op de rand (massa en straal gegeven).
#Oplossing is in de grootte-orde van 10^13. Bespreek.

Vraag 2:
#Geef het arbeid-energie theorema
Situatie: blok naar boven duwen zodat die boven op een helling geraakt.
#Teken en benoem al de krachten.
#Bereken de grootte van alle krachten.
#Bereken de arbeid geleverd door alle krachten.
#Bereken de beginsnelheid die nodig is om het blok boven te krijgen.
#Is de berekende snelheid dezelfde als de eindsnelheid die het blok zou bereiken moest het van boven losgelaten worden?

Vraag 3:
Situatie: platform met luidspreker beweegt naar muur toe. Persoon op het platform hoort zwevingen met een frequentie van x Hz. Uitzendfrequentie is gegeven.
#Wat is de frequentie van een zweving als functie van f1 en f2.
#Bereken de frequentie gehoord aan de muur.
#Bereken de frequentie gehoord door de persoon op het platform nadat die teruggekaatst is door de muur.
#Bereken de snelheid van het platform.

Vraag 4:
#Verklaar dat de beweging van een zuiger op een wiel ongeveer eenvoudig harmonisch is.

===14 jun 2012 (namiddag)===
Theorie:
# leg het gedachte-experiment van lorent-einstein uit
# andere 3 kleine theorie vragen worden nog gepost
Oef:
# bepaal de wrijvingscoefficient van een een gelijkbenige 3hoek met de grond, deze houdt het water tegen langs 1 kant (net zoals in oefenzitting met die trapezium)
# beeld op een koper plaat, op een glazen 3hoek
#* wrijvingskracht beeld met plaat
#* wrijvingskracht plaat met 3hoek
#* vervorming van plaat door de krachten, uw x bepalen

===14 jun 2012 (voormiddag)===
Theorie:
# Gedwongen oscillatie: bewegingsvgl afleiden, energie en energieoverdracht bespreken en formules afleiden, uitleggen wat energieresonantie is.
# Een slinger bestaat uit een staaf met masse m en lengte l. We hangen er een klein bolletje met massa 2m aan. Hoe verandert de periode?
# Bespreek hoe geluid getransporteerd wordt in een 'telefoon' bestaande uit 2 bekers met een gespannen draad ertussen.
# Je zit in een treinwagon zonder ramen die volledig geluidsloos is. Is er een fysisch experiment om te weten dat je rijdt?
Oef:
# Een ader is vernauwd: bespreek of de snelheid van het bloed stijgt of daalt. De snelheid van het bloed wordt gemeten door ultrasone golven in te late nvallen op de bloedcellen onder een hoek van 45 graden. Bereken de bloedsnelheid uit de beatfrequentie, de geluidssnelheid en de frequentie van de uitgezonden golven.
# Een wasbak wordt overgeheveld in een emmer: bereken de uitstroomsnelheid, de tijd nodig om de wasbak leeg te laten lopen en leg uit of de uitstroomsnelheid constant blijft.

=== 21 juni 2011 ===
Theorie:
#golf in een gaskolom tekenen + gegevens aanduiden om geluidssnelheid te berekenen in die kolom en die dan ook afleiden.
#E=mc² afleiden uit relatieve massa en versnellingsarbeid op die massa.
Oefeningen:
#Golven
#hydronamica

=== 16 juni 2011===
Theorie:
#bespreek de ionische binding van diatomische moleculen.
#bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
#gedempte trilling: geef de bewegingsvergelijking en schets de grafiek
#Aan een massa met verwaarloosbaar volume worden heliumballonen gehangen. Hoeveem ballonen zijn er nodig om de massa van de grond te laten komen?

=== 22 juni 2010 ===
Theorie:
# Geef bewegingsvgl van gedwongen oscillatie en bespreek energieresonantie en energieoverdracht.
# Bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
# Staaf die breekt bij bepaalde spanning. Geef lengte staaf (massadichtheid, hoeksnelheid en breekspanning gegeven)
# Blok uit mengsel goud en ijzer. Bereken verhouding ijzer/goud. (massadichtheden, gewicht en ? gegeven)
=== 21 juni 2010 ===
Theorie
# Bespreek diatomische ionische binding
# Leid via de tekening Lorentz-Einstein transformatieformumes voor plaats en tijd af. Leid vervolgens de snelheid af
=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
# Bespreek de energie en krachten bij een torsieveer. Beweging van een torsieslinger bespreken.
# Kwantumfysica: geef de postulaten van Bohr en leidt hieruit de baanstraal en de energieën af.
Oefeningen:
# Dopplereffect gebruikt om de snelheid van het hart van een foetus te meten.
# Hydrostatica: Een vlot heeft een bep diepte in het water, dieper wanneer er een gewicht op wordt geplaatst; hoeveel is de massa.

=== 12 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewegingsvergelijking opstellen van een gedwongen harmonische trilling. Bespreek ook energieptransport en energieresonantie.
# Bespreek de invloed van de zwaartekracht op fluïda. Bereken ook de grootte van de opwaartse stuwkracht dat een ondergedompeld voorwerp ondervindt.
Oefeningen:
# Golven: iets met een stemvork op het einde van een halfopen buis, verstelbaar in lengte.
# Hydrodynamica: iets met een fontein op een heuvel, het water werd aangepompt met een buis (laminaire stroming).

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Energie en energietransport in een mechanische harmonische golf.
# Golfgedrag van materiedeeltjes bespreken en daar onzekerheidrelatie van impuls op toepassen + tunneleffect verklaren.

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewijzen dat een coulomkrachtveld een conservatief krachtveld is en daaruit de potentiele energie bepalen + Bereken(klassiek) de energie van atomaire elektronen.
# Bespreek het Doppler effect.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Gedwongen harmonische oscillatie. Leid af en bespreek. Energie en energieresonantie.
# Hydrodynamische krachten bespreken. Val beweging in fluïdum bespreken.
Oefeningen:
# Berekenen van lengte van een staaf die draait. Waarvan brekingsconstante, hoeksnelheid en dichtheid gegeven is.
# Volledig ondergedomdeld object met gewicht 15N ondergaat opwaartse kracht van 1N. Object bestaat uit goud en ijzer. Rho ijzer en goud gegeven, bereken totaal volume object en massa goud en ijzer in het object.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Longitudinale golven in een staaf: analyseer, en bepaal de golfsnelheid.
# Bij onderdompeling ontstaat er een opwaartse kracht, leg uit en interpreteer.
Oefeningen:
# Iets met stok aan een veer waarvan enkel de k en de m gegeven zijn: bereken de frequentie.
# Letterlijke toepassing venturimeter.

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# Laminaire stroming en afleiden van volume gradient.
# Wiskundige voorstelling van golven, uitleggen i.v.m. harmonische golven.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# De interatomaire krachten van een diatomische ionische binding: welke eigenschap heeft deze?
# Het gedachten-experiment van de transformatieformules.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 22 jun 2006 ===
Theorie:
# Leidt af: energie en E-transport in mechanische harmonische golf.
# Water:
#* Leidt de zwaartekrachtinvloed op hydrostatische druk af.
#* Bereken en interpreteer de archimedeskracht.
Denkvragen:
# Je kan met een rietje door uw helm drinken op de maan, gaat dat moeilijker/makkelijker/even makkelijk als op aarde?
# Heliumballonnen, je blaast ertussen, gaan ze naar elkaar toe/van elkaar weg?
Oefeningen:
# Satelliet, je hebt de korte straal en de snelheid daar (8000km en 9km/s), bereken den hoek tss de v-vector als r=20000km.
# Twee boxen op 2m van elkaar, beide 880Hz in fase.
#* Als ge van A naar B gaat, op welke plaatse hebt ge dan destructieve en constructieve interferentie?
#* Onder een bepaalde frequentie zal der buite den as A-B geen destructieve interferentie meer zijn, wat is die drempelwaarde?

=== 14 jun 2006 ===
Theorie:
# Kwantum:
#* Bespreek golfeigenschappen van materie, en verband onbepaaldheidsrelatie x en p.
#* Tunneleffect
# Stroming:
#* Laminaire stroming in buis: NIET bewijzen, maar van de snelheidsprofiel het volumedebiet bespreken en drukverloop..
#* Niet mechanische, mechanische, energie, verlies,...
Denkvragen:
# Ruimteschip brengt blok ijzer naar andere planeet met veel grotere atmosfeerdruk. Wat geef relatie tss drukverschil en vervorming?
#* Elasticiteitsmodulus
#* Afschuifmodulus
#* Compressiemodulus
#* Drukmodulus
# 2 He balonnen op 1 à 2 cm van elkaar, zijn aan een tafel vastgemaakt met koorden. Je blaast erdoor, wat gebeurt er met de balonnen?
#* Ze gaan naar elkaar toe.
#* Ze gaan van elkaar weg.
#* Niets.
Oefeningen:
# Blokje ijzer tussen twee lagen, vanboven water, vanonder kwik, blokje = cubus 10cm, hoe hoog is gedeelte da uitsteekt boven hg? (ro FE = 7.7 kg/dm³).
# Twee geluidsbronnen, f=880hz, v=340m/s, A (x=0, y=0) , B( x = 0, y=2)
#* Waar is constructieve interferentie?
#* Waar is destructieve interferentie?
#* Wat is de drempelfrequentie opdat er geen of wel destructieve interferentie zou optreden?
=== 15 jun 2012 ===
Theorie:
# Vergelijking Klassiek en Quantummodel van di-atomische moleculen:
#* Rotatie- en vibratie-energie klassiek diatomisch molecule geven.
#* Laagste energie van een kwantumharmonische oscillator geven.
#* Verschillen tussen klassiek en quantummechanisch model (3 geven).
#* Energieniveaus nader uitleggen.
#* De eigenschappen van moleculen geven die via opmeting van deze energieën gevonden kunnen worden.
Denkvragen:
# veer met massa t.o.v. massaloze veer, het verschil T en f inschatten.
# Trilt een harmonische golf met dezelfde frequentie als de bron? ja/nee + waarom.
# bewijs dat de snelheid van het geluid nauwelijks afhangt van de frequentie
Oefeningen:
#a) Standbeeld op een koperen sokkel op een glazen helling.
*Gegeven: M(standbeeld), M(blok), statische wrijvingscoëfficient tussen zowel standbeeld-sokkel als sokkel-helling en de afschuifconstante G van de sokkel
*Bereken: 1) De maximale hoek theta van de helling zodat het ding niet in duigen valt
*2) Met de hiervoor berekende hoek de wrijvingskracht tussen het standbeeld en het blok vinden
*3) De verschoven afstand van het bovenvlak t.o.v. het ondervlak
# Gegeven een kraan die loopt, de diameter van de straal neemt naar onderen van de kraan weg;
*met aanname dat de beginsnelheid v0 is een theoretische formule opstellen die het vernauwen van de straal beschrijft (diameter = f(y-coordinaat), assenstelsel zelf in te voeren)

==Examenvragen september==

=== 30 aug 2010 ===
Theorie:
# Rotatie rond vaste as: Rotationele arbeid, kinetische rotatie energie.
# Oppspanning en Ep energie linken mbv potentiële energie curves, capillariteitsdruk in bel uitleggen.
Oefeningen:
# Kinematica & Newton-mechanica
# Golven.

=== 23 aug 2008 ===
Theorie:
# Zuiver rolbeweging: kinematica en dynamica mbv van n voorbeeld naar keuze.
# Ppp. pot. energie, cohesiedruk, opp.spanning en capilariteit uitleggen.
Oefeningen:
# Statica.
# Golven.

Genetica

2018-06-18T12:47:59Z

Lindeachten: /* 18 juni 2018 VM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.

==Examenvragen==

==18 juni 2018 VM==
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)

===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Genetica

2018-06-18T12:47:11Z

Lindeachten: /* 18 juni 2018 VM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.

==Examenvragen==

==18 juni 2018 VM==
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)
===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Genetica

2018-06-18T12:46:46Z

Lindeachten: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.

==Examenvragen==
==18 juni 2018 VM==
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)
===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Genetica

2018-06-17T08:24:12Z

Lindeachten: /* 15 juni 2018 vm */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.

==Examenvragen==
===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Bio-Organische Chemie

2018-06-14T08:55:50Z

Lindeachten:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet

==Examenvragen==
=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.