Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Bio Ethiek

2019-06-21T11:19:12Z

Lvdb: /* Juni 2019 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Bio-ethiek

Tijdens het jaar een poster maken in groep over een casus. Je moet zelf niet presenteren, hij overloopt de poster zelf tijdens de les. Telt voor 4 ptn mee van de 20 ptn (2 ptn peer assessment en 2 ptn poster zelf).
De prof geeft op voorhand 20 stellingen. Op het examen krijg je er een van, dit is mondeling. De andere vraag is een casus. Examen is openboek.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/E08L5AN.htm

== Examenvragen ==

===Juni 2019===
====Stellingen====
#Abortus moet een patiëntenrecht worden
#Dankzij vitrificatie is er geen reden meer om leeftijdsgebonden infertiliteit niet te behandelen.
#Euthanasie wanneer het levenseinde niet nabij is, vereist een goedkeuring van de commissie ethiek.
#Enkel de ouders bepalen het statuut van het embryo.
#Een keuze voor genetische diagnostiek zou moeten leiden tot een verplichting om enkel gezonde embryo’s in te planten.
#Er is een fundamenteel ethisch verschil tussen het aanmaken van een embryo en het gebruik van overtallige embryo’s voor stamcelonderzoek.
#Reproductief klonen is een logische stap in de ontwikkelingen van een fertliteitsbehandeling.
#Enkel de vrouw bepaalt de keuze voor PND.
#De terugbetaling van IVF moet worden gekoppeld aan het afstaan van eicellen voor wetenschappelijk onderzoek.
#Eigen verantwoordelijkheid is het beste ijkpunt om rechtvaardige keuzes in de gezondheidszorg te maken.
#Invriezen van eicellen is de beste verzekering voor genetisch eigen kinderen op latere leeftijd.
#Geslachtskeuze is een vorm van het maken van baby’s op maat
#Het opting out principe moet worden toegepast op het doneren van navelstrengbloed.
#Het aanmaken van een redderbaby is een vorm van therapeutisch hardnekkig handelen.
#Het delen van informatie is priortair aan het beroepsgeheim.
#Om zeker te zijn van een waardig levenseinde stel je best op schrift dat alle behandelingen moeten worden stopgezet
#Wilsonbekwame personen mogen behandeld worden in functie van zorg door anderen.
#Euthanasie is een recht van de patient, geen gunst van de arts.
#Een vertegenwoordiger mag elke behandeling weigeren.
#De toegang tot een IVF behandeling vereist het afstaan van overtallige embryo’s voor wetenschappelijk onderzoek.
====Casus 21/06 VM====
De casus betreft een zwangere vrouw (25 weken postmenstruele leeftijd) van 39 jaar met plots opgekomen onstuistbare arbeid en gebroken vliezen. De foeuts werd na een vlotte bevalling gebroren en in eerste instantie beslist de gynaecoloog om geen pediater te bellen omdat hij dacht dat de baby reeds overleden was, dit werd ook meegedeeld aan de ouders. Gezien de baby enkele seconden later echter toch plots spartelend naar adem begon te happen (gaspen) werd de pediater van wacht opgebeld en de baby meegenomen naar een aparte ruimte. Men poogde initieel het gaspen te onderdrukken door retale toediening van morfine doch zonder succes: de baby bleef gaspen en had nog steeds een (trage) pols. Vervolgens werd door de pediater KCl (dodelijk middel) geïnjecteerd via de navelarterie (slagader) om de hartstilstand te induceren en de immature baby te laten overlijden.

Vindt u dit een goed beleid? Zijn er alternatieven? Bespreek.

====Oude Casus====
Het ging over een vrouw die beviel met een kind dat blijkbaar trisomie 18 (na geboorte vastgesteld) had. Ze wil het kind laten sterven door levensbeëindigende medicatie.
De vraag was dan als je dit verzoek zou aanvaarden.

Bio Ethiek

2019-06-21T11:03:43Z

Lvdb: /* Juni 2019 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Bio-ethiek

Tijdens het jaar een poster maken in groep over een casus. Je moet zelf niet presenteren, hij overloopt de poster zelf tijdens de les. Telt voor 4 ptn mee van de 20 ptn (2 ptn peer assessment en 2 ptn poster zelf).
De prof geeft op voorhand 20 stellingen. Op het examen krijg je er een van, dit is mondeling. De andere vraag is een casus. Examen is openboek.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/E08L5AN.htm

== Examenvragen ==

===Juni 2019===
====Stellingen====
#Abortus moet een patiëntenrecht worden
#Dankzij vitrificatie is er geen reden meer om leeftijdsgebonden infertiliteit niet te behandelen.
#Euthanasie wanneer het levenseinde niet nabij is, vereist een goedkeuring van de commissie ethiek.
#Enkel de ouders bepalen het statuut van het embryo.
#Een keuze voor genetische diagnostiek zou moeten leiden tot een verplichting om enkel gezonde embryo’s in te planten.
#Er is een fundamenteel ethisch verschil tussen het aanmaken van een embryo en het gebruik van overtallige embryo’s voor stamcelonderzoek.
#Reproductief klonen is een logische stap in de ontwikkelingen van een fertliteitsbehandeling.
#Enkel de vrouw bepaalt de keuze voor PND.
#De terugbetaling van IVF moet worden gekoppeld aan het afstaan van eicellen voor wetenschappelijk onderzoek.
#Eigen verantwoordelijkheid is het beste ijkpunt om rechtvaardige keuzes in de gezondheidszorg te maken.
#Invriezen van eicellen is de beste verzekering voor genetisch eigen kinderen op latere leeftijd.
#Geslachtskeuze is een vorm van het maken van baby’s op maat
#Het opting out principe moet worden toegepast op het doneren van navelstrengbloed.
#Het aanmaken van een redderbaby is een vorm van therapeutisch hardnekkig handelen.
#Het delen van informatie is priortair aan het beroepsgeheim.
#Om zeker te zijn van een waardig levenseinde stel je best op schrift dat alle behandelingen moeten worden stopgezet
#Wilsonbekwame personen mogen behandeld worden in functie van zorg door anderen.
#Euthanasie is een recht van de patient, geen gunst van de arts.
#Een vertegenwoordiger mag elke behandeling weigeren.
#De toegang tot een IVF behandeling vereist het afstaan van overtallige embryo’s voor wetenschappelijk onderzoek.
====Casus====
De casus betreft een zwangere vrouw (25 weken postmenstruele leeftijd) van 39 jaar met plots opgekomen onstuistbare arbeid en gebroken vliezen. De foeuts werd na een vlotte bevalling gebroren en in eerste instantie beslist de gynaecoloog om geen pediater te bellen omdat hij dacht dat de baby reeds overleden was, dit werd ook meegedeeld aan de ouders. Gezien de baby enkele seconden later echter toch plots spartelend naar adem begon te happen (gaspen) werd de pediater van wacht opgebeld en de baby meegenomen naar een aparte ruimte. Men poogde initieel het gaspen te onderdrukken door retale toediening van morfine doch zonder succes: de baby bleef gaspen en had nog steeds een (trage) pols. Vervolgens werd door de pediater KCl (dodelijk middel) geïnjecteerd via de navelarterie (slagader) om de hartstilstand te induceren en de immature baby te laten overlijden.

Vindt u dit een goed beleid? Zijn er alternatieven? Bespreek.

Bio Ethiek

2019-06-21T10:55:34Z

Lvdb: /* Vakinformatie */

Molecular Cell Biology

2019-06-13T12:01:08Z

Lvdb: /* Hoofdvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==

=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 7/06/2019 ===
====Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
# Bespreek de verschillende ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract

====Bijvragen====
# Selectiviteit van ion channels
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)
# Unfolded protein response
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular Cell Biology

2019-06-13T12:00:34Z

Lvdb: /* 7/06/2019 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==

=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 7/06/2019 ===
====Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
# Bespreek de verschillende ATPases
# Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
# Selectiviteit van ion channels
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)
# Unfolded protein response
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular Cell Biology

2019-06-13T12:00:22Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==

=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 7/06/2019 ===
==== Hoofdvragen====
====Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
# Bespreek de verschillende ATPases
# Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
# Selectiviteit van ion channels
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)
# Unfolded protein response
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular Cell Biology

2019-06-13T11:51:45Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==

=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular Cell Biology

2019-06-13T11:43:35Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Bio Ethiek

2019-05-30T09:52:22Z

Lvdb: /* Examen 2019 */

Bio Ethiek

2019-05-30T09:51:32Z

Lvdb: /* Vakinformatie */

Bio Ethiek

2019-05-30T09:50:41Z

Lvdb: /* Vakinformatie */

Bio Ethiek

2019-05-30T09:47:26Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Bio-ethiek

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/E08L5AN.htm

== Examenvragen ==

===Examen 2019===
====Stellingen====
#Abortus moet een patiëntenrecht worden
#Dankzij vitrificatie is er geen reden meer om leeftijdsgebonden infertiliteit niet te behandelen.
#Euthanasie wanneer het levenseinde niet nabij is, vereist een goedkeuring van de commissie ethiek.
#Enkel de ouders bepalen het statuut van het embryo.
#Een keuze voor genetische diagnostiek zou moeten leiden tot een verplichting om enkel gezonde embryo’s in te planten.
#Er is een fundamenteel ethisch verschil tussen het aanmaken van een embryo en het gebruik van overtallige embryo’s voor stamcelonderzoek.
#Reproductief klonen is een logische stap in de ontwikkelingen van een fertliteitsbehandeling.
#Enkel de vrouw bepaalt de keuze voor PND.
#De terugbetaling van IVF moet worden gekoppeld aan het afstaan van eicellen voor wetenschappelijk onderzoek.
#Eigen verantwoordelijkheid is het beste ijkpunt om rechtvaardige keuzes in de gezondheidszorg te maken.
#Invriezen van eicellen is de beste verzekering voor genetisch eigen kinderen op latere leeftijd.
#Geslachtskeuze is een vorm van het maken van baby’s op maat
#Het opting out principe moet worden toegepast op het doneren van navelstrengbloed.
#Het aanmaken van een redderbaby is een vorm van therapeutisch hardnekkig handelen.
#Het delen van informatie is priortair aan het beroepsgeheim.
#Om zeker te zijn van een waardig levenseinde stel je best op schrift dat alle behandelingen moeten worden stopgezet
#Wilsonbekwame personen mogen behandeld worden in functie van zorg door anderen.
#Euthanasie is een recht van de patient, geen gunst van de arts.
#Een vertegenwoordiger mag elke behandeling weigeren.
#De toegang tot een IVF behandeling vereist het afstaan van overtallige embryo’s voor wetenschappelijk onderzoek.

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2019-01-30T14:25:06Z

Lvdb: /* 30 januari 2019 VM */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata (!) is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofimls etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it - via GUS!)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# als zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is als3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2019-01-30T14:24:25Z

Lvdb: /* 30 januari 2019 VM */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata (!) is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofimls etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it - via GUS!)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# als zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is als3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2019-01-30T14:23:56Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 30 januari 2019 VM ===
# Opaque-white phenotypic switch in C. Albicans. Relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata (!) is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofimls etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it - via GUS!)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# als zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is als3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Advanced biochemistry and biotechnology

2019-01-24T16:55:25Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2019-01-24T16:51:07Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata (!) is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofimls etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it - via GUS!)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# als zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is als3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-24T16:48:37Z

Lvdb: /* 24 januari 2019 VM */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]
## Explain ROS production (3min talk)
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-24T16:45:52Z

Lvdb: /* 27 januari 2017(vm) */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017
## Explain ROS production (3min talk)
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-24T16:44:31Z

Lvdb: /* 24 januari 2019 VM */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017
## Explain ROS production (3min talk)
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-24T12:58:47Z

Lvdb: /* 24 januari 2019 VM */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017
## Explain ROS production
## Explain redox signaling in hypoxia
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-24T12:58:15Z

Lvdb: /* 24 januari 2019 VM */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling) artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017
## Explain ROS production
## Explain redox signaling in hypoxia
# Winderickx: adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-24T12:55:54Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling) artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017
# Winderickx: adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release.
# Winderickx: had een artikel over caspases
# Vdb: binding assay van gpcr en vergelijken met functional assay

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2019-01-19T16:27:26Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm<sup>-1</sup>, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca<sup>2+</sup> kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-18T20:47:43Z

Lvdb: /* 16 januari 2019 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2019-01-18T20:47:28Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===16 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs
converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2019-01-18T20:42:34Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# als zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is als3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-08-31T11:26:45Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==

===23/08/2018===

#* A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
Questions:
1) Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
2) What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
3) Which disease is studied? …/1
4) How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
5) Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T17:06:08Z

Lvdb: /* 16 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===16 januari 2018===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: congene stam
#Uitleggen lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T17:05:54Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===16 januari 2018===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: congene stam
#Uitleggen lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T16:58:11Z

Lvdb: /* 31 januari versie B */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T16:57:45Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T15:53:21Z

Lvdb: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

Vragen staan in Nederlands en Engels geschreven.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 ===
Versie A & schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T15:37:28Z

Lvdb: /* 31 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

2018 is schriftelijk.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 ===
Versie A & schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2018-01-31T15:36:34Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

2018 is schriftelijk.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

=== 31 januari 2018 ===
Versie A
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-24T13:22:33Z

Lvdb: /* 23/01/2018 VM */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Laboratory Animal Sciences

2018-01-24T13:04:43Z

Lvdb: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf is mondeling. Je krijgt altijd 5 vragen en dan nog een tweetal bijvragen, tijdens het mondeling, die uit eender welk deel van de cursus kunnen komen.

2018 is schriftelijk.

== Examenvragen ==

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam weer hiervan (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-24T08:41:03Z

Lvdb: /* 23/01/2018 NM */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133 ,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-24T08:40:14Z

Lvdb: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
#** Scaffold sequentie
#** Genetic interactomics
#** PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
#** Wat ging er verkeerd in het experiment?
#** Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
#** Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
#** Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
#** BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133 ,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-23T20:26:29Z

Lvdb: /* 23/01/2018 VM */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133 ,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-23T20:26:11Z

Lvdb: /* 23/01/2018 VM */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133 ,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-23T20:25:23Z

Lvdb: /* 23/01/2018 VM */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09 175,12 130,05
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133 ,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken  neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2018-01-23T15:09:15Z

Lvdb: /* 23/01/2018 VM */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
==Examenvragen==

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en verschuivingen(?) onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83 1716,82 1605,79 1560,72 1474,75 1473,69 1417,73 1360,61 1303,69 1259,56 1174,64 1172,53 1073,46 1060,6 972,41 947,52 885,38 850,46 788,32 763,43 675,24 662,38 563,32 561,2 476,28 432,16 375,24 318,11 262,15 261,09
#** Peak list 2: 4356,00 4435,97 3243,61 3563,47 2709,32 2622,32 2391,03 2550,96 2356,24 2270,15 2165,90 2245,87 2053,89 2133 ,86 1980,09 2064,11 2008,12 2060,06 1954,96 2114,89 1916,98 1958,99 1996,94 1697,83 1681,90 1578,82 1620,83 1658,79 1522,77 1487,65 1393,63 1596,71 1873,43 1387,60 1326,64 1309,72 1292,60 1132,56 1212,53 1114,53 1101,55 1304,63 1421,42 1066,59 1306,49 1003,54 1045,55 1163,48
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken  neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide), welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
# van welk proteine is dit peptiede
# als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
# wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol dan Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#*over welke drug gaat het hier in dit geval
#*Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-20T10:50:44Z

Lvdb: /* 19 januari 2018, VM */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-19T12:20:57Z

Lvdb: /* 19 januari 2018, VM */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-cap regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-19T12:20:20Z

Lvdb: /* 19 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-cap regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolyse
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-19T12:19:34Z

Lvdb: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.
Alles is mondeling.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-cap regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolyse
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-19T12:19:02Z

Lvdb: /* 19 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-cap regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolyse
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-19T12:18:25Z

Lvdb: /* 19 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de regulatie expressie aan de 5'-UTR en 5'-cap regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolyse
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2018-01-19T12:17:36Z

Lvdb: /* 19 januari 2018 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op de Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. Mondeling examen (indien meer dan 10 personen aanwezig, zet hij een timer op 10 minuten). Ook de korte antwoorden kunnen uitgebreid ondervraagd worden tijdens het mondeling. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

==Examenvragen==

===19 januari 2018===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de regulatie expressie aan de 5'-UTR en 5'-cap regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolyse
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine