https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Miekemunters 2026-07-28T08:21:33Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&diff=2633 2021-09-02T11:43:33Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Molecular Cell Biology<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> === 01/0/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Discuss the different ATPases.<br /> # Discuss the syntesis of proteins on the RER<br /> # How can you determine the specific activity of hexokinase in yeast? (practical course)<br /> ==== Bijvragen ====<br /> # Discuss the unfolded protein response pathway.<br /> # Discuss CO2 transport in red blood cells.<br /> # Do both mitochondrial membranes have a potential?<br /> === 02/06/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Discuss the transport in and out of the nucleus.<br /> # Discuss the transport of proteins between ER and Golgi.<br /> # How can you determine the trehalase activity in yeast? (practical course)<br /> ==== Bijvragen ====<br /> # How does bone resorption occur and how is its defect related to osteoporosis?<br /> # Is following statement true or false, and why: Integral proteins always consist of alpha-helices across the membrane.<br /> # Researchers injected a concentrated solution of salt and sugar into the blood of mice. Will the salt and sugar be transported into the epithelial intestinal cells and the intestinal lumen?<br /> === 22/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Discuss receptor-mediated endocytosis giving examples.<br /> # Discuss the different ATPases.<br /> # Discuss glycosilation giving examples.<br /> ==== Bijvragen====<br /> # How does cisternal progression work and what are the evidences that support it?<br /> # Discuss the unfolded protein response pathway.<br /> # The change of hydrophobic residues to charged ones in a transmembrane protein causes the secretion of the protein instead of its location in the membrane. Why?<br /> === 15/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.<br /> # Na+/K+ ATPases bespreken. + andere ATPases<br /> # Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Hoe diffusie snelheid in je membraan bepalen? (FRAP)<br /> # Bespreek het transport van CO2 en belang anionentransport in bloed<br /> # Een vraag rond ATP productie bij verbranden glucose uit voeding en bij spierbeweging<br /> <br /> === 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.<br /> # Bespreek de verschillende ATPases.<br /> # Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal. <br /> # Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.<br /> # Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.<br /> <br /> === 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.<br /> # Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.<br /> # Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.<br /> # Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.<br /> === 13/06/2019 VM===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen<br /> # Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden<br /> # Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ==== Bijvragen====<br /> # Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> # Watertransportproteïnen<br /> # Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?<br /> # Basolaterale-apicale sortering<br /> # Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.<br /> <br /> === 7/06/2019 ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> # Bespreek de verschillende ATPases<br /> # Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> # Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> <br /> ====Bijvragen====<br /> # Selectiviteit van ion channels<br /> # Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)<br /> # Unfolded protein response<br /> # Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.<br /> # Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> <br /> === 14/06/2018 NM===<br /> ==== Hoofdvragen====<br /> # Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.<br /> # Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden. <br /> # Bespreek ATPase pompen.<br /> # Hoe kan men glucosetransport volgen? <br /> ====Bijvragen====<br /> # Bespreek bloed antigen.<br /> # Hoe wordt de maag verzuurd?<br /> # Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?<br /> # Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).<br /> # Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan). <br /> <br /> ===14/06/2018 VM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen<br /> #Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden<br /> #Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2<br /> #Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?<br /> #Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.<br /> <br /> ===08/06/2018 NM ===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek import van proteinen in mitochondrien <br /> #bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden<br /> #bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)<br /> #Practicum: glucose import<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek verzuring van het maaglumen<br /> #bespreek unfolded protein response<br /> #bespreek post golgi proteolytic cleavage <br /> #hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --&gt; associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)<br /> #Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)<br /> <br /> ===08/06/2018 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de verschillende ATPases<br /> #Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast<br /> #Watertransportkanalen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies<br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)<br /> <br /> ===11/06/2015 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)<br /> #Bespreek bloedantigenen<br /> #Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)<br /> #Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)<br /> #Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)<br /> <br /> ===05/06/2015 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract? <br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de unfolded protein pathway<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)<br /> Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)<br /> <br /> ===01/09/2014 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.<br /> #Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt) <br /> <br /> ====Bijvragen====<br /> #Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)<br /> #Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)<br /> #Bespreek de unfolded proteïns pathway.<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, =&gt; GLUT4 transporteert via gradiënt)<br /> Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer =&gt; toevoegen na/k pomp, K-kanaal)<br /> <br /> ===06/06/2014 NM===<br /> ====Hoofdvragen===<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Vergelijk de ATPasen<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen <br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein &amp; influenza HA)<br /> #Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)<br /> #Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie. <br /> #een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)<br /> Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)<br /> <br /> ===11/06/2012 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen<br /> #Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën<br /> #Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen<br /> #Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek de post golgi proteolytische modificatie<br /> #Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.<br /> #Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER<br /> #Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.<br /> #Bespreek de verzuring van het maaglumen.<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Leg transport van proteïnen naar RER uit.<br /> #Structuur cilia + beweging uitleggen.<br /> #ATP-ase pompen bespreken.<br /> #Uitleggen pract. trehalose.<br /> ====Bijvragen====<br /> #Basolaterale - apicale sortering<br /> #Post-golgimodificering van proteinen<br /> #wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden<br /> #uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.<br /> #Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?<br /> <br /> ===27/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Structuur cilia + beweging<br /> #Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.<br /> #Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?<br /> #Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?<br /> #Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.<br /> #Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?<br /> #Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.<br /> <br /> ===20/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?<br /> #Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering<br /> #Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===20/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de structuur en beweging van cilia<br /> #Bespreek import van proteinen in mitochondriën<br /> #Bespreek de verschillende ATPases<br /> #Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten<br /> ====Bijvragen====<br /> #Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten<br /> #Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit<br /> #Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?<br /> <br /> ===10/06/2011 NM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #Bespreek de verschillende klassen ATPasen<br /> #Bespreek de werking van de cilia<br /> #Practicum: Trehalase<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-Golgi proteolytische processing<br /> #Aanwijzingen voor cisternale progressie<br /> #Apicale-basolaterale sortering<br /> #Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten<br /> #Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen<br /> ===10/06/2011 VM===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen<br /> #Practicum: cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen<br /> #Bespreek: watertransportproteïnen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?<br /> <br /> ===14/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd<br /> #Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden<br /> #Bespreek de structuur van cilia en hun beweging<br /> #Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen<br /> #Bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek<br /> #Bespreek de bloedantigenen<br /> #Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?<br /> <br /> ===10 juni 2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes<br /> #Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)<br /> #cAMP determination in function of the nutrients<br /> ====Bijvragen====<br /> #discuss the AB0 system<br /> #how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)<br /> #discuss watertransportproteins<br /> #discuss the dynamic behaviour of microtubulis<br /> #how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica<br /> <br /> ===8/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden<br /> #bespreek alle soorten ATP pompen in membranen<br /> #Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden<br /> #bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek de post-golgi proteolytische processing<br /> #bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen <br /> #en nog drie andere...<br /> <br /> ===7/06/2010===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op RER<br /> #ATPase pompen bespreken<br /> #Cilia: beweging en structuur<br /> #cAMP - bepaling ifv omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #Post-golgi proteolytische processing<br /> #Apicale - basolaterale sortering<br /> #Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?<br /> #N/C-terminus antilichamen, zie hieronder<br /> #Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Synthese proteïnen op ER<br /> #ATPasen bespreken<br /> #Beweging en structuur cilia<br /> #cAMP bepaling<br /> ====Bijvragen====<br /> #Apicaal basolateraal proteïnen afleveren<br /> #Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)<br /> #ABO bloedgroepen<br /> #Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus<br /> #Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?<br /> <br /> ===9/06/2009===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën<br /> #die van die cilia<br /> #Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.<br /> #Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Die van unfolded protein response<br /> #Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)<br /> #Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?<br /> #Die van symport-gefaciliteerde diffusie<br /> #Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?<br /> <br /> ===17/062008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek ciliën en hun beweging<br /> #bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen<br /> #bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan<br /> #practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?<br /> ====Bijvragen====<br /> #Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen<br /> #Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.<br /> #bespreek glycosylatie in het ER<br /> #Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.<br /> #Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan<br /> <br /> ===11 juni 2008===<br /> ====Hoofdvragen====<br /> #bespreek de synthese van proteïnen op het RER<br /> #bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen<br /> #bespreek de verschillende typen ATPase pompen<br /> #practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving<br /> ====Bijvragen====<br /> #bespreek motorproteïnen<br /> #geef de &quot;unfolded protein respons&quot;<br /> #weet ik ni meer<br /> #hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt<br /> een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&diff=2482 2021-06-05T11:08:44Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> =Vakinformatie= <br /> Chemistry at nanometer scale<br /> ==Examenvragen==<br /> '''4 June 2021'''<br /> <br /> 1.Give the optimal way to make a gold surface:<br /> <br /> <br /> a. Hydrophobic<br /> <br /> b. Hydrophilic<br /> <br /> c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity<br /> <br /> d. What kind of technique would u use to measure the tickness<br /> <br /> e. Explain this technique<br /> <br /> f. Right/Wrong: I don't remember<br /> <br /> <br /> 2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.<br /> <br /> a. How would u make the silicon nanowire<br /> <br /> b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up<br /> <br /> c. How can you read out the binding of the negative charged protein<br /> <br /> d. How can you improve the binding of the protein<br /> <br /> e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout<br /> <br /> <br /> 3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer<br /> <br /> a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O<br /> <br /> b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol<br /> <br /> c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol<br /> <br /> d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique <br /> <br /> <br /> 4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don't remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)<br /> <br /> '''14 June 2016 8:00'''<br /> (of course I only notice they're the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)<br /> <br /> 1. Give the optimal way to create:<br /> <br /> a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)<br /> b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain<br /> c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)<br /> d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart<br /> e) A thiol &quot;drawing&quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm<br /> f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart<br /> g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)<br /> <br /> 2. Correct/wrong and why?<br /> <br /> a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration<br /> b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes<br /> <br /> '''13 June 2016 10:00'''<br /> <br /> Same questions as 05 June 2015 10:00<br /> <br /> <br /> '''22 June 2015'''<br /> <br /> 1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...<br /> <br /> (1) Na+ adsorption why?<br /> (2) structure<br /> (3) how to synthesis?<br /> (4) viscosity change with higher generation<br /> (5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?<br /> <br /> 2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!<br /> <br /> (1) how to make chemical contrast?<br /> (2) how copolymer ordered on that?<br /> (3) how to characterise this pattern?<br /> 3.LbL pH sensor just like exercise 1.<br /> <br /> '''23 June 2015'''<br /> <br /> 1) <br /> <br /> a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface<br /> b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)<br /> c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically<br /> <br /> 2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works<br /> <br /> a. reaction with PEG<br /> b. how to characterize it<br /> c. something else I dont remember<br /> <br /> 3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink<br /> <br /> a) how to separate the different np<br /> b) how to synthetize np in water.<br /> c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.<br /> write what happens chemically and draw the composition of NPs<br /> d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?<br /> <br /> 4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.<br /> <br /> '''15th June 2015'''<br /> <br /> 1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.<br /> <br /> a) How would you make a monolayer in graphene?<br /> b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?<br /> c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?<br /> d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?<br /> e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?<br /> f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?<br /> g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)<br /> b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.<br /> <br /> '''19th June 2015'''<br /> <br /> 1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.<br /> <br /> a) describe how one can prepare gold nanoparticles<br /> b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands<br /> c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP<br /> d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?<br /> <br /> 2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve <br /> <br /> 3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.<br /> <br /> a) why is it hard to disperse SWCNTS?<br /> b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion<br /> <br /> '''5 June 2015 10:00'''<br /> For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:<br /> &quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.'&quot;'<br /> Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what's correct/wrong/nonsense and why.<br /> Comment on this statement (correct/wrong and why?):<br /> &quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&quot;<br /> On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)<br /> What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment<br /> Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:<br /> a macroscopic technique and<br /> a technique which operates at the nano to micro scale<br /> <br /> A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.<br /> Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)<br /> Alt<br /> <br /> +/- Charged spheres assembled lattice<br /> In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.<br /> [edit]Old NanoForum questions<br /> These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?<br /> <br /> 2. Comment (right/wrong and why)<br /> <br /> a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and<br /> solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.<br /> <br /> What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?<br /> <br /> b) The formation of 'objects' with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.<br /> c) A continuous flux of energy into the 'system' is bad for the formation of ordered<br /> patterns.<br /> <br /> d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor<br /> particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.<br /> <br /> 3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?<br /> <br /> 4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).<br /> <br /> a) What's the driving force for the formation of these complexes?<br /> b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?<br /> Explain by using an energy diagram.<br /> <br /> c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral<br /> side chain?<br /> <br /> d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe<br /> microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.<br /> <br /> 5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Nanowire<br /> <br /> a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).<br /> the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.<br /> <br /> c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)<br /> d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)<br /> e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??<br /> <br /> 2. True or false:<br /> <br /> a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.<br /> Adding surfactants to water makes the surface tension higher<br /> <br /> c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.<br /> <br /> 3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)<br /> <br /> a) What is the ‘principle’ behind this?<br /> What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)<br /> c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)<br /> <br /> '''June 14th 2014, afternoon'''<br /> <br /> 1.<br /> <br /> You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.<br /> <br /> a) What are the function of the materials and how does this device work<br /> How do you change the bandgap of the CdSe nanorods<br /> c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots<br /> d) How do you make nanorods in stead of quantum dots<br /> e) How would you study the structure of this device<br /> <br /> 2.<br /> <br /> a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?<br /> c) What are the benefits of this kind of device.<br /> <br /> 3.<br /> <br /> The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.<br /> <br /> a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven<br /> b) How does the molecule dispence the CNT<br /> c) What molecular interactions are involved in this mechanism<br /> <br /> 4.<br /> <br /> True are false questions<br /> <br /> a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm<br /> b and c) can't remember<br /> d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?<br /> 5th: a question about the layer by layer method, can't remember it exactly<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way<br /> <br /> 1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution<br /> --&gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)<br /> <br /> detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?<br /> --&gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence<br /> <br /> c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain<br /> --&gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate<br /> <br /> d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis<br /> e) what is the (chemical) role of Au particle here?<br /> --&gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna<br /> <br /> <br /> 2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR<br /> <br /> 3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)<br /> <br /> 4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)<br /> <br /> 5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> Similar like previous years:<br /> <br /> - How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?<br /> <br /> True/false:<br /> <br /> 20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&gt; wrong, no fluorescence, particle is too large<br /> <br /> A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&gt; bigger effect from proteins, more sensitive.<br /> <br /> LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &gt; &lt; in.<br /> <br /> <br /> He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> Right or Wrong<br /> Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.<br /> <br /> So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you're using gold and gold forms no oxide , this doesn't work. So the answer was wrong<br /> <br /> Right or wrong<br /> Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics<br /> <br /> Question about soft lithography,<br /> Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .<br /> <br /> give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale<br /> I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don't remember the name and contact angle measurements for the macro<br /> <br /> last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.<br /> <br /> So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same<br /> <br /> a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.<br /> <br /> <br /> '''27/06 exam'''<br /> 1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)<br /> <br /> a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)<br /> <br /> b. how to play with bandgap?<br /> <br /> c. why longer nanorods is more efficient?<br /> <br /> d. how you make nanorods instead of nanodot?<br /> <br /> e. how you measure the topography and composition?<br /> <br /> <br /> 2. a. explain nanowire-based protein detection<br /> <br /> b. draw the output<br /> <br /> c. what is the advantage?<br /> <br /> <br /> 3. a. why CNT can't be dispersed?<br /> <br /> b. what is ur suggested solution?<br /> <br /> c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?<br /> <br /> <br /> 4. T/F<br /> <br /> a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm<br /> <br /> b. entropy-driven self assembly can only happen in water<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that's what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)<br /> <br /> <br /> 2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won't grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect<br /> <br /> <br /> 3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &quot;trench-shaped&quot; structures of 5µm width -&gt; pdms stamping can go to 50nm -&gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)<br /> <br /> <br /> 4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.<br /> <br /> <br /> '''20 June 2014'''<br /> <br /> Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.<br /> <br /> Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?<br /> <br /> Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?<br /> <br /> '''June 23rd 2014 8:00'''<br /> <br /> Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes<br /> <br /> Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)<br /> <br /> Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?<br /> <br /> Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?<br /> <br /> b)<br /> <br /> '''June 24th 2014 10.00'''<br /> Q#1<br /> <br /> How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?<br /> How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a 'continuous' tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)<br /> How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.<br /> The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?<br /> <br /> Q#2<br /> <br /> An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein<br /> <br /> Describe the operation (not the fabrication) of this device.<br /> Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases<br /> Describe the characterization method (full AFM description)<br /> <br /> Q#3<br /> <br /> Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.<br /> <br /> Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)<br /> Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)<br /> Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.<br /> <br /> Q#4<br /> <br /> Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&gt;650nm) upon aggregation.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&diff=2481 2021-06-05T11:07:55Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> =Vakinformatie= <br /> Chemistry at nanometer scale<br /> ==Examenvragen==<br /> '''4 June 2021'''<br /> <br /> 1.Give the optimal way to make a gold surface:<br /> <br /> a. Hydrophobic<br /> b. Hydrophilic<br /> c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity<br /> d. What kind of technique would u use to measure the tickness<br /> e. Explain this technique<br /> f. Right/Wrong: I don't remember<br /> <br /> 2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.<br /> <br /> a. How would u make the silicon nanowire<br /> b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up<br /> c. How can you read out the binding of the negative charged protein<br /> d. How can you improve the binding of the protein<br /> e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout<br /> <br /> 3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer<br /> <br /> a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O<br /> b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol<br /> c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol<br /> d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique <br /> <br /> 4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don't remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)<br /> <br /> '''14 June 2016 8:00'''<br /> (of course I only notice they're the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)<br /> <br /> 1. Give the optimal way to create:<br /> <br /> a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)<br /> b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain<br /> c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)<br /> d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart<br /> e) A thiol &quot;drawing&quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm<br /> f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart<br /> g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)<br /> <br /> 2. Correct/wrong and why?<br /> <br /> a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration<br /> b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes<br /> <br /> '''13 June 2016 10:00'''<br /> <br /> Same questions as 05 June 2015 10:00<br /> <br /> <br /> '''22 June 2015'''<br /> <br /> 1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...<br /> <br /> (1) Na+ adsorption why?<br /> (2) structure<br /> (3) how to synthesis?<br /> (4) viscosity change with higher generation<br /> (5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?<br /> <br /> 2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!<br /> <br /> (1) how to make chemical contrast?<br /> (2) how copolymer ordered on that?<br /> (3) how to characterise this pattern?<br /> 3.LbL pH sensor just like exercise 1.<br /> <br /> '''23 June 2015'''<br /> <br /> 1) <br /> <br /> a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface<br /> b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)<br /> c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically<br /> <br /> 2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works<br /> <br /> a. reaction with PEG<br /> b. how to characterize it<br /> c. something else I dont remember<br /> <br /> 3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink<br /> <br /> a) how to separate the different np<br /> b) how to synthetize np in water.<br /> c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.<br /> write what happens chemically and draw the composition of NPs<br /> d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?<br /> <br /> 4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.<br /> <br /> '''15th June 2015'''<br /> <br /> 1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.<br /> <br /> a) How would you make a monolayer in graphene?<br /> b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?<br /> c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?<br /> d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?<br /> e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?<br /> f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?<br /> g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)<br /> b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.<br /> <br /> '''19th June 2015'''<br /> <br /> 1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.<br /> <br /> a) describe how one can prepare gold nanoparticles<br /> b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands<br /> c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP<br /> d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?<br /> <br /> 2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve <br /> <br /> 3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.<br /> <br /> a) why is it hard to disperse SWCNTS?<br /> b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion<br /> <br /> '''5 June 2015 10:00'''<br /> For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:<br /> &quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.'&quot;'<br /> Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what's correct/wrong/nonsense and why.<br /> Comment on this statement (correct/wrong and why?):<br /> &quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&quot;<br /> On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)<br /> What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment<br /> Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:<br /> a macroscopic technique and<br /> a technique which operates at the nano to micro scale<br /> <br /> A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.<br /> Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)<br /> Alt<br /> <br /> +/- Charged spheres assembled lattice<br /> In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.<br /> [edit]Old NanoForum questions<br /> These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?<br /> <br /> 2. Comment (right/wrong and why)<br /> <br /> a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and<br /> solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.<br /> <br /> What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?<br /> <br /> b) The formation of 'objects' with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.<br /> c) A continuous flux of energy into the 'system' is bad for the formation of ordered<br /> patterns.<br /> <br /> d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor<br /> particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.<br /> <br /> 3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?<br /> <br /> 4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).<br /> <br /> a) What's the driving force for the formation of these complexes?<br /> b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?<br /> Explain by using an energy diagram.<br /> <br /> c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral<br /> side chain?<br /> <br /> d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe<br /> microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.<br /> <br /> 5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Nanowire<br /> <br /> a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).<br /> the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.<br /> <br /> c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)<br /> d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)<br /> e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??<br /> <br /> 2. True or false:<br /> <br /> a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.<br /> Adding surfactants to water makes the surface tension higher<br /> <br /> c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.<br /> <br /> 3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)<br /> <br /> a) What is the ‘principle’ behind this?<br /> What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)<br /> c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)<br /> <br /> '''June 14th 2014, afternoon'''<br /> <br /> 1.<br /> <br /> You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.<br /> <br /> a) What are the function of the materials and how does this device work<br /> How do you change the bandgap of the CdSe nanorods<br /> c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots<br /> d) How do you make nanorods in stead of quantum dots<br /> e) How would you study the structure of this device<br /> <br /> 2.<br /> <br /> a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?<br /> c) What are the benefits of this kind of device.<br /> <br /> 3.<br /> <br /> The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.<br /> <br /> a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven<br /> b) How does the molecule dispence the CNT<br /> c) What molecular interactions are involved in this mechanism<br /> <br /> 4.<br /> <br /> True are false questions<br /> <br /> a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm<br /> b and c) can't remember<br /> d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?<br /> 5th: a question about the layer by layer method, can't remember it exactly<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way<br /> <br /> 1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution<br /> --&gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)<br /> <br /> detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?<br /> --&gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence<br /> <br /> c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain<br /> --&gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate<br /> <br /> d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis<br /> e) what is the (chemical) role of Au particle here?<br /> --&gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna<br /> <br /> <br /> 2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR<br /> <br /> 3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)<br /> <br /> 4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)<br /> <br /> 5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> Similar like previous years:<br /> <br /> - How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?<br /> <br /> True/false:<br /> <br /> 20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&gt; wrong, no fluorescence, particle is too large<br /> <br /> A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&gt; bigger effect from proteins, more sensitive.<br /> <br /> LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &gt; &lt; in.<br /> <br /> <br /> He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> Right or Wrong<br /> Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.<br /> <br /> So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you're using gold and gold forms no oxide , this doesn't work. So the answer was wrong<br /> <br /> Right or wrong<br /> Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics<br /> <br /> Question about soft lithography,<br /> Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .<br /> <br /> give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale<br /> I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don't remember the name and contact angle measurements for the macro<br /> <br /> last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.<br /> <br /> So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same<br /> <br /> a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.<br /> <br /> <br /> '''27/06 exam'''<br /> 1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)<br /> <br /> a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)<br /> <br /> b. how to play with bandgap?<br /> <br /> c. why longer nanorods is more efficient?<br /> <br /> d. how you make nanorods instead of nanodot?<br /> <br /> e. how you measure the topography and composition?<br /> <br /> <br /> 2. a. explain nanowire-based protein detection<br /> <br /> b. draw the output<br /> <br /> c. what is the advantage?<br /> <br /> <br /> 3. a. why CNT can't be dispersed?<br /> <br /> b. what is ur suggested solution?<br /> <br /> c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?<br /> <br /> <br /> 4. T/F<br /> <br /> a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm<br /> <br /> b. entropy-driven self assembly can only happen in water<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that's what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)<br /> <br /> <br /> 2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won't grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect<br /> <br /> <br /> 3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &quot;trench-shaped&quot; structures of 5µm width -&gt; pdms stamping can go to 50nm -&gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)<br /> <br /> <br /> 4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.<br /> <br /> <br /> '''20 June 2014'''<br /> <br /> Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.<br /> <br /> Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?<br /> <br /> Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?<br /> <br /> '''June 23rd 2014 8:00'''<br /> <br /> Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes<br /> <br /> Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)<br /> <br /> Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?<br /> <br /> Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?<br /> <br /> b)<br /> <br /> '''June 24th 2014 10.00'''<br /> Q#1<br /> <br /> How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?<br /> How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a 'continuous' tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)<br /> How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.<br /> The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?<br /> <br /> Q#2<br /> <br /> An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein<br /> <br /> Describe the operation (not the fabrication) of this device.<br /> Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases<br /> Describe the characterization method (full AFM description)<br /> <br /> Q#3<br /> <br /> Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.<br /> <br /> Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)<br /> Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)<br /> Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.<br /> <br /> Q#4<br /> <br /> Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&gt;650nm) upon aggregation.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&diff=2480 2021-06-05T11:06:27Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> =Vakinformatie= <br /> Chemistry at nanometer scale<br /> ==Examenvragen==<br /> '''4 June 2021'''<br /> 1.Give the optimal way to make a gold surface:<br /> a. Hydrophobic<br /> b. Hydrophilic<br /> c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity<br /> d. What kind of technique would u use to measure the tickness<br /> e. Explain this technique<br /> f. Right/Wrong: I don't remember<br /> <br /> 2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.<br /> a. How would u make the silicon nanowire<br /> b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up<br /> c. How can you read out the binding of the negative charged protein<br /> d. How can you improve the binding of the protein<br /> e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout<br /> <br /> 3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer<br /> a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O<br /> b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol<br /> c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol<br /> d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique <br /> <br /> 4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don't remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)<br /> <br /> '''14 June 2016 8:00'''<br /> (of course I only notice they're the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)<br /> <br /> 1. Give the optimal way to create:<br /> <br /> a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)<br /> b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain<br /> c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)<br /> d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart<br /> e) A thiol &quot;drawing&quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm<br /> f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart<br /> g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)<br /> <br /> 2. Correct/wrong and why?<br /> <br /> a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration<br /> b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes<br /> <br /> '''13 June 2016 10:00'''<br /> <br /> Same questions as 05 June 2015 10:00<br /> <br /> <br /> '''22 June 2015'''<br /> <br /> 1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...<br /> <br /> (1) Na+ adsorption why?<br /> (2) structure<br /> (3) how to synthesis?<br /> (4) viscosity change with higher generation<br /> (5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?<br /> <br /> 2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!<br /> <br /> (1) how to make chemical contrast?<br /> (2) how copolymer ordered on that?<br /> (3) how to characterise this pattern?<br /> 3.LbL pH sensor just like exercise 1.<br /> <br /> '''23 June 2015'''<br /> <br /> 1) <br /> <br /> a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface<br /> b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)<br /> c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically<br /> <br /> 2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works<br /> <br /> a. reaction with PEG<br /> b. how to characterize it<br /> c. something else I dont remember<br /> <br /> 3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink<br /> <br /> a) how to separate the different np<br /> b) how to synthetize np in water.<br /> c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.<br /> write what happens chemically and draw the composition of NPs<br /> d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?<br /> <br /> 4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.<br /> <br /> '''15th June 2015'''<br /> <br /> 1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.<br /> <br /> a) How would you make a monolayer in graphene?<br /> b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?<br /> c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?<br /> d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?<br /> e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?<br /> f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?<br /> g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)<br /> b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.<br /> <br /> '''19th June 2015'''<br /> <br /> 1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.<br /> <br /> a) describe how one can prepare gold nanoparticles<br /> b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands<br /> c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP<br /> d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?<br /> <br /> 2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve <br /> <br /> 3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.<br /> <br /> a) why is it hard to disperse SWCNTS?<br /> b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion<br /> <br /> '''5 June 2015 10:00'''<br /> For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:<br /> &quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.'&quot;'<br /> Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what's correct/wrong/nonsense and why.<br /> Comment on this statement (correct/wrong and why?):<br /> &quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&quot;<br /> On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)<br /> What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment<br /> Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:<br /> a macroscopic technique and<br /> a technique which operates at the nano to micro scale<br /> <br /> A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.<br /> Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)<br /> Alt<br /> <br /> +/- Charged spheres assembled lattice<br /> In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.<br /> [edit]Old NanoForum questions<br /> These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?<br /> <br /> 2. Comment (right/wrong and why)<br /> <br /> a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and<br /> solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.<br /> <br /> What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?<br /> <br /> b) The formation of 'objects' with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.<br /> c) A continuous flux of energy into the 'system' is bad for the formation of ordered<br /> patterns.<br /> <br /> d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor<br /> particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.<br /> <br /> 3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?<br /> <br /> 4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).<br /> <br /> a) What's the driving force for the formation of these complexes?<br /> b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?<br /> Explain by using an energy diagram.<br /> <br /> c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral<br /> side chain?<br /> <br /> d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe<br /> microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.<br /> <br /> 5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Nanowire<br /> <br /> a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).<br /> the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.<br /> <br /> c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)<br /> d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)<br /> e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??<br /> <br /> 2. True or false:<br /> <br /> a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.<br /> Adding surfactants to water makes the surface tension higher<br /> <br /> c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.<br /> <br /> 3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)<br /> <br /> a) What is the ‘principle’ behind this?<br /> What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)<br /> c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)<br /> <br /> '''June 14th 2014, afternoon'''<br /> <br /> 1.<br /> <br /> You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.<br /> <br /> a) What are the function of the materials and how does this device work<br /> How do you change the bandgap of the CdSe nanorods<br /> c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots<br /> d) How do you make nanorods in stead of quantum dots<br /> e) How would you study the structure of this device<br /> <br /> 2.<br /> <br /> a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?<br /> c) What are the benefits of this kind of device.<br /> <br /> 3.<br /> <br /> The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.<br /> <br /> a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven<br /> b) How does the molecule dispence the CNT<br /> c) What molecular interactions are involved in this mechanism<br /> <br /> 4.<br /> <br /> True are false questions<br /> <br /> a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm<br /> b and c) can't remember<br /> d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?<br /> 5th: a question about the layer by layer method, can't remember it exactly<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way<br /> <br /> 1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution<br /> --&gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)<br /> <br /> detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?<br /> --&gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence<br /> <br /> c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain<br /> --&gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate<br /> <br /> d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis<br /> e) what is the (chemical) role of Au particle here?<br /> --&gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna<br /> <br /> <br /> 2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR<br /> <br /> 3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)<br /> <br /> 4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)<br /> <br /> 5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> Similar like previous years:<br /> <br /> - How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?<br /> <br /> True/false:<br /> <br /> 20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&gt; wrong, no fluorescence, particle is too large<br /> <br /> A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&gt; bigger effect from proteins, more sensitive.<br /> <br /> LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &gt; &lt; in.<br /> <br /> <br /> He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> Right or Wrong<br /> Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.<br /> <br /> So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you're using gold and gold forms no oxide , this doesn't work. So the answer was wrong<br /> <br /> Right or wrong<br /> Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics<br /> <br /> Question about soft lithography,<br /> Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .<br /> <br /> give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale<br /> I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don't remember the name and contact angle measurements for the macro<br /> <br /> last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.<br /> <br /> So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same<br /> <br /> a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.<br /> <br /> <br /> '''27/06 exam'''<br /> 1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)<br /> <br /> a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)<br /> <br /> b. how to play with bandgap?<br /> <br /> c. why longer nanorods is more efficient?<br /> <br /> d. how you make nanorods instead of nanodot?<br /> <br /> e. how you measure the topography and composition?<br /> <br /> <br /> 2. a. explain nanowire-based protein detection<br /> <br /> b. draw the output<br /> <br /> c. what is the advantage?<br /> <br /> <br /> 3. a. why CNT can't be dispersed?<br /> <br /> b. what is ur suggested solution?<br /> <br /> c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?<br /> <br /> <br /> 4. T/F<br /> <br /> a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm<br /> <br /> b. entropy-driven self assembly can only happen in water<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that's what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)<br /> <br /> <br /> 2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won't grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect<br /> <br /> <br /> 3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &quot;trench-shaped&quot; structures of 5µm width -&gt; pdms stamping can go to 50nm -&gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)<br /> <br /> <br /> 4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.<br /> <br /> <br /> '''20 June 2014'''<br /> <br /> Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.<br /> <br /> Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?<br /> <br /> Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?<br /> <br /> '''June 23rd 2014 8:00'''<br /> <br /> Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes<br /> <br /> Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)<br /> <br /> Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?<br /> <br /> Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?<br /> <br /> b)<br /> <br /> '''June 24th 2014 10.00'''<br /> Q#1<br /> <br /> How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?<br /> How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a 'continuous' tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)<br /> How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.<br /> The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?<br /> <br /> Q#2<br /> <br /> An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein<br /> <br /> Describe the operation (not the fabrication) of this device.<br /> Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases<br /> Describe the characterization method (full AFM description)<br /> <br /> Q#3<br /> <br /> Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.<br /> <br /> Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)<br /> Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)<br /> Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.<br /> <br /> Q#4<br /> <br /> Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&gt;650nm) upon aggregation.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&diff=2479 2021-06-05T11:05:22Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> =Vakinformatie= <br /> Chemistry at nanometer scale<br /> ==Examenvragen==<br /> '''4 June 2021'''<br /> 1.Give the optimal way to make a gold surface:<br /> a) Hydrophobic<br /> b) Hydrophilic<br /> c) To tune hydrophobicity and hydrophilicity<br /> d) What kind of technique would u use to measure the tickness<br /> e) Explain this technique<br /> f)Right/Wrong: I don't remember<br /> <br /> 2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.<br /> a) How would u make the silicon nanowire<br /> b) Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up<br /> c) How can you read out the binding of the negative charged protein<br /> d) How can you improve the binding of the protein<br /> e) Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout<br /> <br /> 3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer<br /> a) How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O<br /> b) Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol<br /> c) Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol<br /> d) Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique <br /> <br /> 4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don't remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)<br /> <br /> '''14 June 2016 8:00'''<br /> (of course I only notice they're the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)<br /> <br /> 1. Give the optimal way to create:<br /> <br /> a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)<br /> b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain<br /> c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)<br /> d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart<br /> e) A thiol &quot;drawing&quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm<br /> f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart<br /> g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)<br /> <br /> 2. Correct/wrong and why?<br /> <br /> a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration<br /> b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes<br /> <br /> '''13 June 2016 10:00'''<br /> <br /> Same questions as 05 June 2015 10:00<br /> <br /> <br /> '''22 June 2015'''<br /> <br /> 1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...<br /> <br /> (1) Na+ adsorption why?<br /> (2) structure<br /> (3) how to synthesis?<br /> (4) viscosity change with higher generation<br /> (5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?<br /> <br /> 2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!<br /> <br /> (1) how to make chemical contrast?<br /> (2) how copolymer ordered on that?<br /> (3) how to characterise this pattern?<br /> 3.LbL pH sensor just like exercise 1.<br /> <br /> '''23 June 2015'''<br /> <br /> 1) <br /> <br /> a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface<br /> b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)<br /> c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically<br /> <br /> 2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works<br /> <br /> a. reaction with PEG<br /> b. how to characterize it<br /> c. something else I dont remember<br /> <br /> 3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink<br /> <br /> a) how to separate the different np<br /> b) how to synthetize np in water.<br /> c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.<br /> write what happens chemically and draw the composition of NPs<br /> d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?<br /> <br /> 4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.<br /> <br /> '''15th June 2015'''<br /> <br /> 1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.<br /> <br /> a) How would you make a monolayer in graphene?<br /> b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?<br /> c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?<br /> d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?<br /> e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?<br /> f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?<br /> g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)<br /> b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.<br /> <br /> '''19th June 2015'''<br /> <br /> 1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.<br /> <br /> a) describe how one can prepare gold nanoparticles<br /> b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands<br /> c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP<br /> d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?<br /> <br /> 2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve <br /> <br /> 3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.<br /> <br /> a) why is it hard to disperse SWCNTS?<br /> b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion<br /> <br /> '''5 June 2015 10:00'''<br /> For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:<br /> &quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.'&quot;'<br /> Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what's correct/wrong/nonsense and why.<br /> Comment on this statement (correct/wrong and why?):<br /> &quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&quot;<br /> On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)<br /> What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment<br /> Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:<br /> a macroscopic technique and<br /> a technique which operates at the nano to micro scale<br /> <br /> A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.<br /> Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)<br /> Alt<br /> <br /> +/- Charged spheres assembled lattice<br /> In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.<br /> [edit]Old NanoForum questions<br /> These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?<br /> <br /> 2. Comment (right/wrong and why)<br /> <br /> a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and<br /> solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.<br /> <br /> What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?<br /> <br /> b) The formation of 'objects' with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.<br /> c) A continuous flux of energy into the 'system' is bad for the formation of ordered<br /> patterns.<br /> <br /> d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor<br /> particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.<br /> <br /> 3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?<br /> <br /> 4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).<br /> <br /> a) What's the driving force for the formation of these complexes?<br /> b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?<br /> Explain by using an energy diagram.<br /> <br /> c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral<br /> side chain?<br /> <br /> d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe<br /> microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.<br /> <br /> 5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Nanowire<br /> <br /> a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).<br /> the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.<br /> <br /> c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)<br /> d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)<br /> e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??<br /> <br /> 2. True or false:<br /> <br /> a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.<br /> Adding surfactants to water makes the surface tension higher<br /> <br /> c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.<br /> <br /> 3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)<br /> <br /> a) What is the ‘principle’ behind this?<br /> What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)<br /> c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)<br /> <br /> '''June 14th 2014, afternoon'''<br /> <br /> 1.<br /> <br /> You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.<br /> <br /> a) What are the function of the materials and how does this device work<br /> How do you change the bandgap of the CdSe nanorods<br /> c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots<br /> d) How do you make nanorods in stead of quantum dots<br /> e) How would you study the structure of this device<br /> <br /> 2.<br /> <br /> a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?<br /> c) What are the benefits of this kind of device.<br /> <br /> 3.<br /> <br /> The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.<br /> <br /> a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven<br /> b) How does the molecule dispence the CNT<br /> c) What molecular interactions are involved in this mechanism<br /> <br /> 4.<br /> <br /> True are false questions<br /> <br /> a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm<br /> b and c) can't remember<br /> d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?<br /> 5th: a question about the layer by layer method, can't remember it exactly<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way<br /> <br /> 1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution<br /> --&gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)<br /> <br /> detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?<br /> --&gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence<br /> <br /> c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain<br /> --&gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate<br /> <br /> d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis<br /> e) what is the (chemical) role of Au particle here?<br /> --&gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna<br /> <br /> <br /> 2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR<br /> <br /> 3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)<br /> <br /> 4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)<br /> <br /> 5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> Similar like previous years:<br /> <br /> - How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?<br /> <br /> True/false:<br /> <br /> 20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&gt; wrong, no fluorescence, particle is too large<br /> <br /> A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&gt; bigger effect from proteins, more sensitive.<br /> <br /> LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &gt; &lt; in.<br /> <br /> <br /> He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> Right or Wrong<br /> Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.<br /> <br /> So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you're using gold and gold forms no oxide , this doesn't work. So the answer was wrong<br /> <br /> Right or wrong<br /> Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics<br /> <br /> Question about soft lithography,<br /> Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .<br /> <br /> give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale<br /> I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don't remember the name and contact angle measurements for the macro<br /> <br /> last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.<br /> <br /> So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.<br /> <br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1. Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same<br /> <br /> a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method<br /> <br /> 2. True/False<br /> <br /> a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.<br /> <br /> <br /> '''27/06 exam'''<br /> 1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)<br /> <br /> a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)<br /> <br /> b. how to play with bandgap?<br /> <br /> c. why longer nanorods is more efficient?<br /> <br /> d. how you make nanorods instead of nanodot?<br /> <br /> e. how you measure the topography and composition?<br /> <br /> <br /> 2. a. explain nanowire-based protein detection<br /> <br /> b. draw the output<br /> <br /> c. what is the advantage?<br /> <br /> <br /> 3. a. why CNT can't be dispersed?<br /> <br /> b. what is ur suggested solution?<br /> <br /> c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?<br /> <br /> <br /> 4. T/F<br /> <br /> a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm<br /> <br /> b. entropy-driven self assembly can only happen in water<br /> <br /> '''Unknown date'''<br /> <br /> 1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that's what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)<br /> <br /> <br /> 2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won't grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect<br /> <br /> <br /> 3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &quot;trench-shaped&quot; structures of 5µm width -&gt; pdms stamping can go to 50nm -&gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)<br /> <br /> <br /> 4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.<br /> <br /> <br /> '''20 June 2014'''<br /> <br /> Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I'll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.<br /> <br /> a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.<br /> <br /> Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?<br /> <br /> Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?<br /> <br /> '''June 23rd 2014 8:00'''<br /> <br /> Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes<br /> <br /> Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)<br /> <br /> Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?<br /> <br /> Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?<br /> <br /> b)<br /> <br /> '''June 24th 2014 10.00'''<br /> Q#1<br /> <br /> How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?<br /> How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a 'continuous' tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)<br /> How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.<br /> The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?<br /> <br /> Q#2<br /> <br /> An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein<br /> <br /> Describe the operation (not the fabrication) of this device.<br /> Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases<br /> Describe the characterization method (full AFM description)<br /> <br /> Q#3<br /> <br /> Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.<br /> <br /> Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)<br /> Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)<br /> Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.<br /> <br /> Q#4<br /> <br /> Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&gt;650nm) upon aggregation.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&diff=2449 2021-01-29T10:20:01Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Model Organisms in biological research<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> '''2021 January'''<br /> <br /> Self chosen article:<br /> <br /> - Why is this organism chosen for this research question<br /> <br /> - Why is this organism chosen instead of another model organism<br /> <br /> - Do you agree with the choice of the author<br /> <br /> - Knowing the results, what technique or method would you add to this research<br /> <br /> - Give 2 arguments why this organism is a model organisms. <br /> <br /> Theoretical question:<br /> <br /> - Explain terminator seeds<br /> <br /> - After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?<br /> <br /> - Explain morpholinos and compare with other similar technique.<br /> <br /> <br /> '''2020 January'''<br /> <br /> What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)<br /> <br /> ES technology, any alternatives? <br /> <br /> Give three tetrads<br /> <br /> - explain the Tet system<br /> <br /> - explain tetrad analysis<br /> <br /> - explain transformation in Arabidopsis thaliana.<br /> <br /> - Explain P elements<br /> <br /> - QTL mapping<br /> <br /> '''2019 January'''<br /> <br /> ES technology mice<br /> <br /> QTL mapping<br /> <br /> Optogenetics<br /> <br /> give examples of prokaryotes in biological research and explain their use<br /> <br /> what are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work<br /> <br /> '''2017-2018 January'''<br /> <br /> Wich primates are used as model organism and for which applications?<br /> <br /> Explain Tetrad analysis and the application.<br /> <br /> Explain Pronucleus injection in mice and the application.<br /> <br /> Explain foward genetics in ''C. elegans''.<br /> <br /> Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&diff=2448 2021-01-29T10:19:16Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Model Organisms in biological research<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> '''2021 January'''<br /> <br /> Self chosen article:<br /> <br /> - Why is this organism chosen for this research question<br /> <br /> - Why is this organism chosen instead of another model organism<br /> <br /> - Do you agree with the choice of the author<br /> <br /> - Knowing the results, what technique or method would you add to this research<br /> <br /> - Give 2 arguments why this organism is a model organisms. <br /> <br /> Theoretical question:<br /> <br /> - Explain terminator seeds<br /> <br /> - After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?<br /> <br /> <br /> '''2020 January'''<br /> <br /> What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)<br /> <br /> ES technology, any alternatives? <br /> <br /> Give three tetrads<br /> <br /> - explain the Tet system<br /> <br /> - explain tetrad analysis<br /> <br /> - explain transformation in Arabidopsis thaliana.<br /> <br /> - Explain P elements<br /> <br /> - QTL mapping<br /> <br /> '''2019 January'''<br /> <br /> ES technology mice<br /> <br /> QTL mapping<br /> <br /> Optogenetics<br /> <br /> give examples of prokaryotes in biological research and explain their use<br /> <br /> what are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work<br /> <br /> '''2017-2018 January'''<br /> <br /> Wich primates are used as model organism and for which applications?<br /> <br /> Explain Tetrad analysis and the application.<br /> <br /> Explain Pronucleus injection in mice and the application.<br /> <br /> Explain foward genetics in ''C. elegans''.<br /> <br /> Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Physical_Chemistry_of_Biological_Systems&diff=2395 2021-01-24T12:43:00Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.<br /> In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===24 Januari 2021===<br /> <br /> # Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. <br /> # Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. <br /> <br /> ===23 Januari 2020===<br /> <br /> # Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. <br /> # Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.<br /> <br /> ===13 Januari 2020===<br /> #Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau. <br /> #Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. <br /> <br /> ===14 januari 2019===<br /> # Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)<br /> # Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)<br /> <br /> ===15 januari 2018===<br /> <br /> # Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. <br /> # Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> # Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine. <br /> # De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.<br /> <br /> ===12 januari 2015===<br /> # Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'<br /> # Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?<br /> <br /> ===17 januari 2013===<br /> Mizuno(mondeling)<br /> # Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?<br /> # Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?<br /> Engelborghs (schriftelijk)<br /> # Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.<br /> # Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?<br /> <br /> ===14 januari 2013===<br /> Mizuno(mondeling)<br /> # Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration<br /> # Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?<br /> Engelborghs (schriftelijk)<br /> # Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?<br /> # Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.<br /> ===18 januari 2011===<br /> Enkel 1 en 2 mondeling.<br /> # Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS. <br /> # Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA. <br /> # Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.<br /> # Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.<br /> <br /> ===29 januari 2010===<br /> Enkel 1 en 2 mondeling.<br /> # Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.<br /> # Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.<br /> # Microtubulus-oscillaties<br /> # Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).<br /> ===12 januari 2009===<br /> # Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP<br /> # welke info haal je uit kinetische studies?<br /> # counter ion condensation<br /> # linked function concept in proteïne stabiliteit<br /> <br /> ===26 augustus 2008===<br /> # In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?<br /> # Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).<br /> # Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.<br /> # Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?<br /> <br /> ===14 januari 2008===<br /> # Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).<br /> # Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?<br /> # Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?<br /> # Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=2342 2021-01-19T10:07:49Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===18/01/2021=== <br /> Robben:<br /> # SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. <br /> ## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.<br /> ## Why are these methods better than Illumina?<br /> ## Give the strategy to finish the other chromosomes. <br /> # Terms<br /> ## Affymetrix chip<br /> ## Gene acquisition (by gene evolution)<br /> ## Genomic interactions<br /> <br /> Landuyt:<br /> # You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. <br /> ## Describe a method how this mixture is made. (2p)<br /> ## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)<br /> ## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)<br /> ## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)<br /> # Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)<br /> <br /> ===28/01/2020===<br /> Robben:<br /> #SMRT sequencing recently had update, something with circularization.<br /> ##Discuss the technical aspects etc<br /> ##Why is it important?<br /> #Terms<br /> ##Polyploidy and genome variation<br /> ##NanoString nCounter expression system<br /> ##Rosetta Stone Method<br /> <br /> Landuyt:<br /> Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020<br /> <br /> ===21/01/2020=== <br /> Robben:<br /> #The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? <br /> ## Give the working principle and details of the chosen platform.<br /> #Terms<br /> ##Gene ontology<br /> ##Affimix chip<br /> ##Gene interaction mapping<br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===15/01/2020 (afternoon)=== <br /> Robben:<br /> # Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.<br /> ## Defend which platform/technique you would use.<br /> ## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.<br /> # Terms<br /> ## Optical mapping<br /> ## Sequence scaffold<br /> ## Interaction network<br /> <br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===14/01/2020 (morning)===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Terms<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=2341 2021-01-19T10:07:25Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===18/01/2021=== <br /> Robben:<br /> # SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. <br /> ## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.<br /> ## Why are these methods better than Illumina?<br /> ## Give the strategy to finish the other chromosomes. <br /> # Terms<br /> ## Affymetrix chip<br /> ## Gene acquisition (by gene evolution)<br /> ## Genomic interactions<br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. <br /> ## Describe a method how this mixture is made. (2p)<br /> ## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)<br /> ## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)<br /> ## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)<br /> # Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)<br /> <br /> ===28/01/2020===<br /> Robben:<br /> #SMRT sequencing recently had update, something with circularization.<br /> ##Discuss the technical aspects etc<br /> ##Why is it important?<br /> #Terms<br /> ##Polyploidy and genome variation<br /> ##NanoString nCounter expression system<br /> ##Rosetta Stone Method<br /> <br /> Landuyt:<br /> Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020<br /> <br /> ===21/01/2020=== <br /> Robben:<br /> #The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? <br /> ## Give the working principle and details of the chosen platform.<br /> #Terms<br /> ##Gene ontology<br /> ##Affimix chip<br /> ##Gene interaction mapping<br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===15/01/2020 (afternoon)=== <br /> Robben:<br /> # Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.<br /> ## Defend which platform/technique you would use.<br /> ## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.<br /> # Terms<br /> ## Optical mapping<br /> ## Sequence scaffold<br /> ## Interaction network<br /> <br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===14/01/2020 (morning)===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Terms<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=2291 2021-01-06T15:42:45Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===6 jan 2021===<br /> # op 2p: Ferritin bestaat uit 2 subunits. <br /> #* a. Wat is het verschil tussen de twee subunits of vlak van activiteit?<br /> #* b. Via welke mechanismen wordt ijzer vrijgezet? Welke is het meest plausibel in vivo?<br /> # op 3p: Geef de electron spin states van ijzer in rubredoxin (Je kreeg gegevens van Fe zoals atoomnummer). Op welke manieren kan dit bestudeerd worden. Leg uit waarom het high spin is.<br /> # op 5p: Gegeven: Complex 4 of cytochroom C oxidase intermediate A en F zijn gegeven. <br /> #* a. Geef de algemene ractievergelijking. <br /> #* b. Geef het meest waarschijnlijke voorstel voor het P intermediate. <br /> #* c. Welk residu speelt een belangrijke rol in de active site tijdens intermediate P?<br /> #* d. Waarvan komen de electronen nodig om intermediate P te vormen?<br /> #* e. Met welke technieken kunnen we de intermediaren bestuderen? <br /> # op 2p: Geef de 4 resistentiemechanismen tegen Cis platina en geef 2 manieren om dit te omzeilen. <br /> <br /> ===27 jan 2020===<br /> # op 2?p: Geef de verschillen en gelijkenissen uit bij L en H type subunits van ferritine. <br /> # op 4p: Gegeven: de structuur van een Model System voor Myoglobin + 2 NMR spectra<br /> #* a. Welk spectrum hoort bij het complex met O2 gebonden (oxy) en welk zonder O2 (deoxy) + Waarom?<br /> #* b. Leg uit waarom het mogelijk is dat dit model system een hogere affiniteit voor O2 dan CO heeft.<br /> #* c. Hoe is O2 gebonden aan Fe in de oxy vorm en met welke techniek(en) kan je dit bestuderen?<br /> # op 4p: Gegeven: een gedeeltelijk ingevuld reactiemechanisme van purple acid phosphatase<br /> #* a. Vul in op het schema: Welke 2 metalen + oxidatietoestanden + missende structuur + missende transitietoestand + uittredend product (ROH was het)<br /> #* b. Waarom is het enzyme paars (Metal to Metal charge transfer band in UV-Vis spectrum)<br /> #* c. Gegeven: grafiek (activiteit van het enzyme ifv pH) leg uit (pH-optimum, te lage pH geen activiteit: waarom?)<br /> #* d. Met welke techniek kunnen we het mechanisme bestuderen? (Mossbauer, vooral EPR)<br /> # op 2p: Geef de resistentiemechanismen tegen Cis platina en leg uit wat we hieraan kunnen doen bij sommigen. ( hint: als je lang genoeg blijft zagen en tekenen over transplatina dan vraagt ze niet meer achter de laatste 2 mechanismen)<br /> <br /> ===10 jan 2020===<br /> # op 4p: Feritine<br /> #*Structuur en functie toelichten<br /> #*Rol bicarbonaat uitleggen<br /> #*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?<br /> #*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen<br /> # op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.<br /> # op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?<br /> # op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.<br /> <br /> ===28 jan 2019===<br /> # (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.<br /> #* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?<br /> #* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?<br /> #* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?<br /> # (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.<br /> # (6p) Sulfite oxidase.<br /> #* Vul het schema aan<br /> #* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?<br /> #* Wat is de rol van molybdopterin?<br /> <br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> #* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> #* What is the main function of Cu(II) and why?<br /> #* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> #* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> #* What does the 450 represent? <br /> #* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> #* Fill in intermediate 6.<br /> #* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&diff=2256 2020-08-21T08:04:31Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Het deel van Vogt is mondeling, Hofkens is schriftelijk. Je moet op beide delen minstens 4/10 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===21 augustus 2020===<br /> ====Hofkens====<br /> #Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.<br /> ##Verklaar alle waarnemingen.<br /> <br /> #Verklaar begrippen met tekening:<br /> ##Fotoelectrisch effect<br /> ##FRET<br /> ##dynamische quenching<br /> ##FTIR<br /> ##resonance Raman Scattering<br /> <br /> ===25 juni 2020===<br /> ====Vogt====<br /> #NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)<br /> #Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?<br /> #Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135<br /> #Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> #Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: <br /> ##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is <br /> ##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand<br /> ##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze <br /> #Verklaar begrippen met tekening:<br /> ##Fotoselectie<br /> ##Excitatiecoefficient<br /> ##Anti-Stokes Raman Scattering<br /> ##Inner filter effect<br /> ##TRES<br /> <br /> ===23 juni 2020===<br /> ====Vogt====<br /> #NMR van C9H10O3<br /> #Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?<br /> #Toon de magnetisatievector M&lt;sub&gt;0&lt;/sub&gt; wanneer een puls van a) 30°&lt;sub&gt;x&lt;/sub&gt;, b) 90°&lt;sub&gt;x&lt;/sub&gt; en c) 180°&lt;sub&gt;x&lt;/sub&gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?<br /> #Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> #3 normale vibratiemodes zijn gegeven.<br /> #*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?<br /> #*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?<br /> #*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.<br /> #*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.<br /> #Verklaar begrippen met tekening:<br /> ##excitatiespectrum<br /> ##Balmer reeks<br /> ##Perrin vergelijking<br /> ##inner filter effect<br /> ##dynamische quenching<br /> <br /> ===15 juni 2020===<br /> ====Deel Vogt====<br /> #NMR van C9H10O3<br /> #Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?<br /> #Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.<br /> #Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.<br /> <br /> ====Deel hofkens====<br /> #Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. <br /> #* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?<br /> #* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? <br /> #* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? <br /> #* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?<br /> #Begrippen<br /> ##Limiting anisotropy<br /> ##Auxochroom effect<br /> ##Forster radius<br /> ##Inner filter effect<br /> ##TC SPC (single foton counting)<br /> <br /> ===28 augustus 2019===<br /> ====Deel Vogt====<br /> #NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)<br /> #Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).<br /> #Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?<br /> <br /> ====Deel hofkens====<br /> #Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. <br /> #concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?<br /> #begrippen:<br /> ##Foto-elektrisch effect<br /> ##Emissiespectrum<br /> ##anti-Stokes Raman scattering<br /> ##Statische quenching<br /> <br /> ===27 augustus 2019===<br /> Geen vragen van Vogt door vrijstelling.<br /> ====Deel Hofkens====<br /> # theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden<br /> # oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd<br /> # woordjes<br /> ##foto-elektrisch effect<br /> ##cotton-effect<br /> ##extinctiecoëfficiënt<br /> ##TRES<br /> <br /> === 25 Juni 2019 NM===<br /> ====Voght====<br /> #NMR C11H14O2<br /> #COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent<br /> #Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.<br /> <br /> ====Hofkens==== <br /> #Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.<br /> #Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.<br /> #Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES<br /> ===25 juni 2019 VM===<br /> <br /> ====Vogt====<br /> #NMR-spectrum(C9H10O3)<br /> #Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens<br /> #Fase 1 spectrum -&gt;structuur proteinen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> Zie examen 27 juni 2018<br /> <br /> ===11 juni 2019===<br /> <br /> ====Voght====<br /> #NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)<br /> #Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)<br /> #Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> <br /> #Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)<br /> #Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)<br /> #4 begrippen: (4 punten)<br /> #*limiting anisotropy<br /> #*inner filter effect<br /> #*auxochrome shift<br /> #*anti-Stokes Raman<br /> <br /> ===27 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden<br /> # wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding<br /> # 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram<br /> #* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.<br /> # Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment<br /> <br /> ===26 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3<br /> # Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur<br /> # Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. <br /> #* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?<br /> #* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? <br /> #* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? <br /> # Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. <br /> #* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.<br /> #* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.<br /> #* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?<br /> # Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC<br /> <br /> ===18 juni 2018===<br /> ====Vogt====<br /> # Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie<br /> # 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. <br /> #*Waarom gebruik je P-NMR hier. <br /> #*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen<br /> #* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? <br /> #* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking<br /> #* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen<br /> #Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit<br /> #* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR<br /> #* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.<br /> #* Teken een vibratiobele overgang<br /> #* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand<br /> #* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit<br /> <br /> # Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties<br /> #* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot<br /> #* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.<br /> #* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?<br /> # Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur<br /> #* TRES<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* Cotton- effect<br /> #* Extinctie coëfficiënt<br /> <br /> ===6 september 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening met NMR (C9H10O3)<br /> # spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.<br /> # SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.<br /> ====Hofkens====<br /> # (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.<br /> # (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?<br /> # (4pt) Woordjes<br /> #* Foto-elektrisch effect<br /> #* FRET<br /> #* Single Photon Timing<br /> #* Cottoneffect<br /> <br /> === 28 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # oefening spectrum NMR<br /> # COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> ==== Hofkens ====<br /> # Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.<br /> # Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. <br /> # Woordjes:<br /> #* Transitiedipoolmoment<br /> #* Balmerreeks<br /> #* Excitatiespectrum<br /> #* Perrin vergelijking<br /> <br /> ===27 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H en C spectrum<br /> # NOE<br /> # fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen <br /> ====Hofkens====<br /> # grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?<br /> # anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie<br /> # woordjes: <br /> #* foto-elektrisch effect<br /> #* extinctie coefficient<br /> #* TRES<br /> #* cotton effect<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> ====Vogt:====<br /> # zeeman effect<br /> # H/C spectrum<br /> # in vivo nmr<br /> ====Hofkens====<br /> # da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.<br /> # oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)<br /> # woordjes: <br /> #* Ro<br /> #* Dynamic quenching<br /> #* fluorescence quantum yield<br /> #* resonance <br /> #* Raman scattering<br /> <br /> ===13 juni 2017===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2<br /> # vraag2 <br /> #* 2 soorten relaxatie, leg uit<br /> #* hoe beinvloeden deze het C-NMR<br /> #* weet ik ook niet meer<br /> # 1D en 2D NMR spectra: <br /> #* verschillen, voor - en nadelen geven. <br /> #* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? <br /> #* hoe ziet men dit? <br /> #* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).<br /> # Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4<br /> # 4 termen: <br /> #* anti stokes <br /> #* ramanscattering<br /> #* emissiespectra<br /> #* statische quencher<br /> #* laatste weet ik niet meer<br /> <br /> ===7 juni 2016===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum, structuur afleiden.<br /> # Je krijgt spintoestanden<br /> #* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. <br /> #* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? <br /> #* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? <br /> #* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?<br /> # Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. <br /> #* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? <br /> #* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? <br /> #* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. <br /> #* Verklaar de resultaten. <br /> #* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. <br /> #* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?<br /> # Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.<br /> # Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) <br /> #* foto-effect <br /> #* Balmer-reeks <br /> #* ... <br /> #* transitiedipoolmoment.<br /> <br /> ===23 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H- en C-spectrum<br /> # Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.<br /> # Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:<br /> #* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.<br /> #* kwalitatief proteine structuur te bepalen.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?<br /> # Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.<br /> # Begrippen: <br /> #* Cotton-effect<br /> #* Inner filter effect<br /> #* R0 <br /> #* Excimeer<br /> <br /> ===15 juni 2015===<br /> ====Vogt====<br /> # H-spectrum+ IR-spectrum<br /> # uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.<br /> # Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)<br /> ====Hofkens====<br /> # twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)<br /> # hoe kan men de transitieconstante berekenen?<br /> # woordjes: <br /> #* limiterende anisotropie<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* statische quenching<br /> <br /> ===17 juni 2013===<br /> ====Vogt====<br /> # simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.<br /> # verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren<br /> # welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.<br /> # het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.<br /> # begrippen uitleggen: <br /> #* R0<br /> #* cotton effect<br /> #* inner filter effect<br /> #* excimeer<br /> <br /> ===10 juni 2013===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden<br /> # IR spectroscopie:<br /> #* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?<br /> #* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.<br /> #* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?<br /> #* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?<br /> # Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.<br /> ====Hofkens====<br /> # oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).<br /> #* Verklaar de resultaten.<br /> #* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?<br /> #* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)<br /> # Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)<br /> # Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):<br /> #* circulair dichroïsme<br /> #* magic angle<br /> #* fosforescentie <br /> #* J-aggregaat<br /> <br /> ===30 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.<br /> ====Hofkens====<br /> # Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).<br /> # Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)<br /> #* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven<br /> #* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.<br /> <br /> ===21 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.<br /> # Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.<br /> #* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.<br /> #* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)<br /> #* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.<br /> #* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?<br /> # Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.<br /> <br /> ====Hofkens====<br /> # Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)<br /> # Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)<br /> # Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)<br /> <br /> ===17 jun 2011===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Waarom is die piek bv een triplet?<br /> #* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?<br /> # Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.<br /> #* bereken de chemische shift bij 60MHz<br /> #* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz<br /> #* bereken de chemische shift bij 500MHz<br /> #* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> ====Hofkens:====<br /> # Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)<br /> # Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)<br /> #* Extinctiecoefficient<br /> #* Woodward-Fieser-Scott-regels<br /> #* Lambert-Beer<br /> #* Fluorescentie quenching<br /> # oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.<br /> #* bereken de golflengte<br /> #* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)<br /> <br /> ===15 jun 2010===<br /> ====Tatjana====<br /> # H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:<br /> #* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?<br /> #* Is het IR-spectrum hier nuttig?<br /> # Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).<br /> # Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.<br /> <br /> ===18 jun 2009===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.<br /> # Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).<br /> #* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.<br /> #* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.<br /> # Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR<br /> # 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom<br /> # H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # H en C spectrum van een molecule<br /> # Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC<br /> # hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling<br /> <br /> ===11 jun 2008===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.<br /> # Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.<br /> # Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P<br /> <br /> ===27 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop<br /> # Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.<br /> # Toepassing van IR op biomoleculen<br /> <br /> ===23 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Basic oefeningske<br /> # De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.<br /> # Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten<br /> <br /> ===21 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.<br /> # Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken<br /> # Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.<br /> <br /> ===18 jun 2007===<br /> ====Tatjana====<br /> # Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk&quot;)<br /> # Theorie:<br /> #* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven<br /> # In vivo NMR, bespreek, leg uit,...</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Organische_Chemie&diff=2185 2020-06-20T08:53:08Z

<p>Miekemunters: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> NU<br /> Vraag 1 (theorie) en vraag 4 (mechanismen) bij Wim De Borggraeve.<br /> Vraag 5 (retrosynthese) bij Erik Van der Eycken.<br /> Bekijk zeker het document met uitleg over de examenvragen op Toledo en de eerder gestelde vragen hier op de wiki.<br /> <br /> VROEGER<br /> Mondeling examen. (Gedoceerd door N. Boens, die afwezigheid in zijn lessen consequent vergeldt op het examen, en wordt geleidelijk overgenomen door Wim De Borggraeve) Ondertussen wordt het vak volledig gegeven door Wim De Borggraeve en Erik Van der Eycken. Examen bestaat uit 5 vragen, vraag 1 en 2 mondeling bij (Boens) Van der Eycken, 3 en 4 bij De Borggraeve. Vraag 5 (synthesen) schriftelijk. Examenvragen komen telkens terug, kijk zeker naar de oude examens op Toledo.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===19 juni 2020===<br /> #Bespreek de Dieckmann-reactie aan de hand van het mechanisme. <br /> #Bespreek de stereochemie voor 2 paar moleculen. Geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) en voor elke dubbele binding (E,Z). Geef de onderlinge relatie tussen de moleculen (enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties).<br /> #Rangschik<br /> ##volgens afnemende reactiviteit in SN2: methylchloride, isopropylchloride...<br /> ##volgens toenemende basiciteit: aniline met verschillende groepen zoals nitro, methyl...<br /> ##volgens afnemende nucleofiliciteit in methanol?: jodide, chloride, fluoride, bromide<br /> #Verklaar aan de hand van een mechanisme<br /> ##Verklaar de reactiviteit in solvolyse van bromocyclopentaan, bromocyclopenteen en bromocyclopentadieen. Waarbij Bromocyclopenteen het reactiefst en bromocyclopentadieen het minst. <br /> ##2,complex molecule dat in zuur milieu een OH-groep verliest en methylshift ondergaat tijdens eliminatie. <br /> #Retrosynthese<br /> ##cyclohexeen naar COOH-groep op cyclohexeen op de plaats net naast de dubbele binding<br /> ##2-broom-3,3-dimethylbutaan naar 2,2-dimethylbutaancyanide<br /> ##Benzeen naar 1,3,5-tribromobenzeen<br /> <br /> ===9 juni 2020===<br /> #Vergelijk de reactie van cyclohexanon met aniline en met dibutylamine aan de hand van een mechanisme. <br /> #Bespreek de stereochemie voor 2 paar moleculen. Geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) en voor elke dubbele binding (E,Z). Geef de onderlinge relatie tussen de moleculen (enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties).<br /> #Rangschik<br /> ##volgens afnemende reactiviteit in elektrofiele aromaatsubstituties: tolueen, m-dinitrobenzeen, benzoëzuur, anisol, chloorbenzeen<br /> ##volgens toenemende basiciteit: anionen van verschillende carbonzuurderivaten<br /> ##volgens afnemende reactiviteit in de solvolyse met mierenzuur: isopropyljodide, tert-butyljodide, joodbenzeen, 2-fenyl-2-jood-propaan, methyljodide<br /> #Verklaar aan de hand van een mechanisme<br /> ##Cl2 addeert aan (Z) 3-noneen. Bespreek aan de hand van een mechanisme en geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R).<br /> ##2,2-methyl-hexaan-3-ol ondergaat nucleofiele substitutie met HBr ter vorming van 2-broom-2,3methyl-hexaan. Wat gebeurt er in deze reactie? Waarom gaat deze reactie op? <br /> #Retrosynthese<br /> ##acetyleen omzetten tot 2-pentanon<br /> ##anisol omzetten tot p-propylanisol <br /> ##ethylacetoacetaat omzetten tot Cyclobutyl methyl ketone<br /> <br /> ===22 augustus 2019===<br /> #reactie van cyclohexanon met aniline en dibenzylamine<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen<br /> #rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in Sn2, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie<br /> #verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en grignardreactie waarbij een 4ring werd geopend en een 5ring gevormd<br /> #retrosynthese: Vorming cyclobutaancarbonzuur uit diëthylmalonaat (met dihalogeenalkaan uit slides), acetyleen naar pentanal<br /> [[Bestand:Organische.png]]<br /> <br /> ===11 juni 2019===<br /> #reactie van cyclohexanon met aniline en dibutylamine<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen<br /> #rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in solvolyse met mierenzuur, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie<br /> #verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en een reactie met een methylshift<br /> #retrosynthese: acetoacetaatsynthese,acetyleen omzetten in pentanal, friedelcraftsacylering<br /> <br /> ===23 augustus 2018===<br /> #Dieckmannreactie<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, configuratie en E/Z bepalen<br /> #rangschikken op reactiviteit volgens basciteit, zuurheid, solvolyse<br /> #Mechanismen toelichten: simpele alkylshift + grignardreactie<br /> #retrosynthese<br /> #*geen idee meer, maar je had grignard nodig<br /> #*epoxide maken van tolueen<br /> #*fiedelcrafts<br /> <br /> ===18 juni 2018 nm===<br /> # Vergelijk de reactie van cyclopentanon met a) aniline b) dibenzylamine. Welke producten worden gevormd?<br /> # Stereochemie<br /> # Reactiviteit Sn2, basiciteit en reactiviteit EAS rangschikken<br /> # Geef bij a het volledige mechanisme en bij b enkel de opeenvolgende intermediairen zodat het mechanisme duidelijk wordt [[Bestand:Vraag 4.png]]<br /> # Retrosynthese (geen mechanismen geven)<br /> [[Bestand:Vraag_5.png]]<br /> <br /> ===23 juni 2017 nm===<br /> # Nucleofiele aromatische substitutie van nitrohalogenide<br /> # Stereochemie<br /> # Reactiviteit en basiciteit rangschikken<br /> # Mechanisme geven; ene was een methylshift uitvoeren, andere was een acetaal in een ring (best moeilijke)<br /> # Retrosynthese<br /> #* Acetyleen tot een diol<br /> #* Benzeen tot een benzeen met COOH para to alkylgroep<br /> #* Malonaat ester tot cylcobutanol<br /> <br /> ===23 juni 2017 vm===<br /> # Hydrolyse butylacetaat in zuur en base, waarom verzeping onomkeerbaar<br /> # Stereochemie<br /> # Rangschik volgens<br /> #* Basiciteit<br /> #* Reactiviteit Sn2 (1-broompentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloorpentaan, joodbenzeen)<br /> #* Reactiviteit solvolyse mierenzuur (isopropyljodide, mehtyljodide, tert-butyljodide, 2-fenyl-2joodpropaan)<br /> #<br /> #* Ingewikkeldere ringvormige structuur, OH groep protoneert en H2O gaat weg als leaving group, carbokation vormt en veel alkylshiften<br /> #* Verklaar solvolyse reactiviteit in mierenzuur, allylische positie vs gewoon vs anti aromaat<br /> # Retrosynthese<br /> #* Malonzuurestersynthese<br /> #* Acetyleen naar pentaan-2-on<br /> #* Van fluorbenzeen naar een benzeen met een amine en methoxy die para staan<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> # Bespreek de claisencondensatie van butylethanoaat <br /> # Stereochemie<br /> # Vragen over rangschikking volgens stijgende basiciteit en reactiviteit met Sn2 reacties en reactiviteit bij solvolyse met mierenzuur.<br /> #<br /> #* Moest gy het reactiemechanisme zeggen waarbij gy eerst moest verzepen en daarna decarboxyleren. <br /> #* Het reactiemechanisme geven van 2,2-methyl-hexaan-3-ol tot 2-broom-2,3methyl-hexaan en met behulp van HBr<br /> # Retrosynthese<br /> #* Cyclohexeen en daarop moest gy COOH op plaatsen 1 plaats verder dan de dubbele binding.<br /> #* van acetyleen tot pentanal<br /> #* anisol tot p-propylanisol<br /> <br /> ===21/08/2015===<br /> # Dieckmannreactie<br /> # stereochemie<br /> #<br /> #* welke best aan elektrofiele aromatische substitutie doet<br /> #* welke meest bascisch is<br /> #* welke snelst aan SN2 doet<br /> #<br /> #* een mechanisme dat je moest maken: een acetaal hydroliseren en dan imine maken<br /> #* iets van eliminatie dat je moest uitleggen, ging voornamelijk over de antiperiplanaire schikking<br /> # [[Bestand:Retrosyntheses21aug2015orgchem.png]]<br /> <br /> ===15/06/2015 namiddag===<br /> # Bespreek de chlorering van anisol en nitrobenzeen. (mondeling, 2 punten)<br /> # Twee oefeningen waarbij je R en S moest bepalen en zeggen of het stereomeren/enantiomeren/... zijn (schrijftelijk, 2 x 1 punt)<br /> # Drie oefeningetjes waarbij je moet rangschikken:<br /> #* welke is het meest basisch<br /> #* Welke gaat het snelst reageren in een SN2 reactie<br /> #* Welke reageert het snelst in solvolyse met mierenzuur (schriftelijk, 3 x 1 punt)<br /> # <br /> #* Een hele vage molecule die dmv zuur mileu omgezet wordt in een andere nog vagere molecule. (oplossing: was door heel veel hydrideshiften en sterische hinder)<br /> [[bestand:Vaagmoleculeorgvragen.png]] <br /> #* Een molecule A die trans stond en een molecule B die cis stond (of andersom) een van de twee gaf één molecule na eliminatie, de andere gaf er twee. Waarom? (oplossing: antiperiplanaire shizzle die bij eliminatie staat) (Mondeling 2 x 2 punten)<br /> # Drie retrosyntheses (schrijftelijk, 3 x 3 punten)<br /> <br /> === 15/6/2015 voormiddag===<br /> # (mondeling): vergelijk de reactie van een primair en een secundair amine met een keton en wat zijn de verwachte producten.Ook de pH hierbij verklaren (2ptn)<br /> # R en S geven 2x 2 moleculen + de relatie tussen de 2 moleculen (2x1 ptn)<br /> # 3 rangschikvragen elk op 1 punt. Wat is het zuurst? Welke reageert het best met...? en nog ene die ik ni meer weet.<br /> # (mondeling):<br /> #* leg de additie van dibroom uit aan een (E)-1-noneen in waterig milieu. Geef alle producten en duid de stereocentra aan en geef R en S. (2ptn)<br /> #* Substitutie van een secundair alcohol da een broomalkaan geeft. Hier staat de broom niet waar de OH groep stond waarom? (tertiare carbokationen zijn stabieler dan secondaire dus er was een omvorming) (2ptn)<br /> # drie synthesen waarbij ge geen mechanismen moet geven. (3x 3ptn)<br /> <br /> ===24 juni 2014===<br /> # Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.<br /> # Geef aan of de volgende paren moleculen diastereomeren, enantiomeren of identieke verbindingen zijn. Bepaal R/S voor elk stereogeen centrum.<br /> #* [[Bestand:2a.jpg]]<br /> #* [[Bestand:2b.jpg]]<br /> #<br /> #* Rangschik volgens toenemende reactiviteit in S&amp;lt;sub&amp;gt;N&amp;lt;/sub&amp;gt;2: 4-jood-anisol, 1-broom-2-methylhexaan, 1-broompentaan, 1-broom-2,2-dimethylhexaan, 1-broom-3-methylhexaan<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:3b.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #* Rangschik volgens afnemende zuurheid: 2-hexeen, 1-butyn, dichloorazijnzuur, 5,5,5-trifluoropentanol, 2,4-pentaandion<br /> #<br /> #* Geef een aanvaardbaar mechanisme voor de volgende omzetting. Welk product wordt er nog gevormd? &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:4a.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #* Verklaar voor de solvolyse met mierenzuur de waargenomen reactiviteit C &amp;lt; A &amp;lt; B aan de hand van een mechanisme. &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:4b.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> # Synthese &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:5.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> <br /> ===18 juni 2014===<br /> # Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.<br /> # Enantiomeren, diastereomeren, bepaal R/S<br /> #<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in Sn2.: 1-chloorpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-joodpentaan, chloorbenzeen<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: anion van keton, ester, diester, diketon, ketoester.<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in solvolyse met mierenzuur: isopropyljodidi, tert-butyljodide, methyljodide, 2-fenyl-2-joodpropyl.<br /> # Geef mechanisme<br /> #* aldolcondensatie<br /> #* substitutie van 2,2-dimethyl-3-hexanol met HBr (omlegging).<br /> # Synthese<br /> #* hexaandizuur tot 2-methylcyclopentanon<br /> #* keton tot shiffbase<br /> #* benzeen tot trichloorbenzeen in meta positie ten opzichte van elkaar.<br /> <br /> ===24 juni 2011===<br /> # Wat is de rol van DCC (cicyclohexylcarbodiimide) in de nucleofiele substitutie van een carbonzuur en een amine. Illustreer het mechanisme met de reactie tussen benzoëzuur en dimethylamine. Wat is een alternatieve manier? (geen mechanisme).<br /> # Zijn de volgende paren van moleculen verschillende manieren om hetzelfde molecule weer te geven of zijn het enantiomeren, diastereomeren, verschillende conformaties, ... [[Bestand:2a.png]] [[Bestand:2b.png]] [[Bestand:2c.png]]<br /> # <br /> #* Rangschik volgens toenemende zuurheid: 1-hexeen (A); dibroomazijnzuur (B); 2-butyn (C); 3,3,3-trifluorpropanol (D); pentaan-2,4-dion (E)<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: [[Bestand:3b.png]]<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutiereactie: anisol (A); p-dinitrobenzeen (B); tolueen (C); benzonitril (D); chloorbenzeen (E)<br /> # Geef een aanvaardbaar mechanisme voor volgende omzettingen:<br /> #* HINT: het zuur reageert eerst met de C=C dubbele binding [[Bestand:4a.png]]<br /> #* Geef het mechanisme en ook een volgorde voor X (=F, Cl, Br, I) qua reactiviteit: [[Bestand:4b.png]]<br /> # Syntheses (geen mechanismen vereist):<br /> #* Synthetiseer één van beide moleculen: [[Bestand:5a.png]]<br /> #* Gebruik het weergegeven keton, butaanzuur en benzeen om volgende omzetting te verwezenlijken. De Wittigreactie is niet mogelijk wegens tetragesubstitueerd alkeen. [[Bestand:5b.png]]<br /> #* Hoe kan men dit eindproduct maken uit cyclohexanon?<br /> [[Bestand:5c.png]]<br /> <br /> ===10 juni 2011===<br /> # Wat is de rol van DCC (dicyclohexylcarbodiimide)in de nucleofile acylsubstitutie van een carbonzuur en een amine. (Mechanisme) Wat is een alternatief voor deze reactie? (geen mechanisme)<br /> #Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.<br /> #* 2-methylcyclohexanol<br /> #* newmanprojectie met zaagbokprojectie vergelijken van 2 enantiomeren (bijvraag: wat is de definitie van enantiomeren)<br /> #* 2,3,4 pentaantriol<br /> #<br /> #*Rangschikken naar toenemende zuurheid: 2-hexyn; 1-hexyn; 2,2,2 trifluorethanol; een beta-diketon; dichloorazijnzuur<br /> #*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''<br /> #*Rangschikken naar toenemende basiciteit: anionen van esters en ketonen.<br /> #<br /> #*Verklaar de volgende reactie (Favorski-omlegging) met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:Organische Favorski 10 juni 2011.jpg]]<br /> #*Geef een verklaarbaar mechanisme voor de volgende reactie: [[Bestand:Organische 4b 10 juni 2011.gif]]<br /> #Syntheses: [[Bestand:Organische Retrosynthese 10 juni 2011.jpg]]<br /> <br /> ===18 juni 2010===<br /> #Bespreek de nucleofiele substitutie van nitrogesubstitueerde arylhalogeniden door natriummethoxide.<br /> #Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.<br /> #<br /> #*Rangschikken naar toenemende basiciteit<br /> #*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''<br /> #*Welke verbinding(en) is (zijn) aromatisch volgens de regel van Hückel? De vrije elektronenparen zijn niet weergegeven maar zijn wel aanwezig. [[Bestand:Huckel.jpg]]<br /> #<br /> #*Verklaar de volgende reactie met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:omzetting.gif]]<br /> #*Menthylchloride en neomentylchloride (zie onderstaande figuur) ondergaan eliminatie bij behandeling met natriumethoxide in methanol. Eén van de stereo-isomeren reageert veel sneller. Welke en waarom? [[Bestand:Menthyl.jpg]]<br /> #Syntheses: ''Bij de derde stond gegeven dat het via een beta-keto-ester moest.''<br /> [[Bestand:Retro2010.gif]]<br /> <br /> ===19 juni 2009===<br /> # Claisencondensatie van ethylpropanoaat<br /> # stereoisomeren en R/S aanduiden<br /> #<br /> #* is het molecule aromatisch<br /> #* rangschik volgens basiciteit<br /> #* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS<br /> #<br /> #* darzens reactiemechanisme<br /> #* reactie van natrium jodide op S 1-broom-2-methylbutaan<br /> # 3 Synthesen<br /> <br /> ===8 juni 2009===<br /> # NH2OH+aceton, waarom optimaal bij 4.5 pH<br /> # stereoisomeren en R/S aanduiden<br /> #<br /> #* is het molecule aromatisch<br /> #* rangschik anionen volgens stabiliteit<br /> #* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS<br /> #<br /> #* darzens reactiemechanisme<br /> #*E2 eliminatie op (2S,3S)-2-broom-3-fenylbutaan: regioselectiviteit bespreken<br /> # synthesen: [[Bestand:organische2009.png]]<br /> <br /> ===23 juni 2008===<br /> #Aceton en hydroxylamine. ph-afhankelijkheid. waarom niet te zuur/niet te basisch.<br /> #R en S bepalen, zegge of het diastereomeren, enantiomeren ... zijn. <br /> #aromatisch of niet? <br /> #anionen naar basiciteit, waren moleculen met 1 of 2 carbonyls op<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #carbonyls een chirale koolstof ernaast (alphapositie dus) ondergaan racemisatie via enol/enolaat in zuur/basisch milieu. Met alpha-aminozuren gaat dat niet, noch in basisch noch in zuur milieu. waarom? gebruik l-phenylalanine (structuur gegeven) als voorbeeld.<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan<br /> #Synthesen<br /> <br /> ===10 juni 2008===<br /> #Dieckmann reactie<br /> #Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren... zijn<br /> #Amine naar basisiteit schikken<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #Basiciteit van aminen bepalen<br /> #Reactiemechanisme van een epoxidevorming<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan<br /> #Synthesen<br /> <br /> ===9 juni 2008===<br /> #Dieckmann reactie<br /> #Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren,... zijn<br /> #Stabiliteit van anion bepalen (er zat een aromaat op)<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #Basiciteit van aminen bepalen<br /> #Reactiemechanisme van een acetaalvorming en zeggen waar zuurstof en oorspronkelijke carbonylfunctie naar toe is<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van (2R,3S)-2-broom-3-fenyl-butaan (niet meer zeker van absolute configuraties)</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Moleculaire_Biologie&diff=1842 2020-01-13T15:25:14Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===13 januari 2020===<br /> #Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?<br /> #Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.<br /> #Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.<br /> #4 begrippen:<br /> #*DNA footprinting<br /> #*stopcodonsurpressie<br /> #*Tekening pausing &amp; backtracking<br /> #*OriC<br /> <br /> ===3 september 2019===<br /> #Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.<br /> #Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.<br /> #4 begrippen:<br /> #*zink vingers<br /> #*stopcodonsurpressie<br /> #*polysoom<br /> #*rollende cirkel replicatie<br /> <br /> ===30 augustus 2019===<br /> #Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,... <br /> #Translatie elongatie bij eukaryoten<br /> #Trombonemodel<br /> #4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA<br /> <br /> <br /> ===23 augustus 2019===<br /> #Structuur histonen en hun effect op de genexpressie<br /> #DNA schade en repair bij E.coli<br /> #Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak<br /> #4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx<br /> <br /> ===21 januari 2019 NM===<br /> #Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.<br /> #Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)<br /> #Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?<br /> #Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> #Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is. <br /> #Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.<br /> #Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?<br /> #Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).<br /> #Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.<br /> #Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?<br /> #Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie<br /> <br /> ===24 augustus 2018===<br /> #Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten) <br /> #Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,... <br /> #Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?<br /> #begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)<br /> <br /> ===29 januari 2018 VM===<br /> #Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)<br /> #Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?<br /> #Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?<br /> #Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)<br /> <br /> ===22 januari 2018 VM===<br /> #Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.<br /> #Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)<br /> #Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?<br /> #Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode<br /> <br /> ===18 januari 2018 NM===<br /> #Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen? <br /> #Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.<br /> #Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.<br /> #Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon<br /> <br /> ===15 januari 2018 NM===<br /> #Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.<br /> #Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie. <br /> <br /> ===15 januari 2018 VM===<br /> #Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)<br /> #Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)<br /> #Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)<br /> #Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)<br /> <br /> ===6 september 2017 NM===<br /> #Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.<br /> #Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie. <br /> #Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?<br /> #Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)<br /> <br /> ===28 augustus 2017 VM===<br /> #Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?<br /> #Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.<br /> #Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?<br /> #Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk<br /> <br /> <br /> ===30 januari 2017 VM===<br /> #Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.<br /> #Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie. <br /> #Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?<br /> #Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom<br /> <br /> <br /> ===23 januari 2017 VM===<br /> #Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.<br /> #Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).<br /> #Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen. <br /> #Begrippen:<br /> #*enhancer<br /> #*cDNA kloning<br /> #*figuur van heatshock gen<br /> #*RecBCD-reactieweg<br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen<br /> #bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten<br /> #welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)<br /> #begrippen<br /> #*enhancer<br /> #*yeast two hybrid method<br /> #*tRNA mimicry<br /> #*herschikking van immunoglobinegenen<br /> <br /> === 19 januari 2017 NM===<br /> #Hoe wordt het ara operon gereguleerd?<br /> #Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?<br /> #Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?<br /> #begrippen<br /> #*Sanger sequencing<br /> #*zinkvinger (afbeelding)<br /> #*polysoom<br /> #*beta-klemlader<br /> <br /> === 16 januari 2017 NM===<br /> #Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten<br /> #Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen<br /> #recA welke functies en werking<br /> #begrippen<br /> #*sanger sequencing<br /> #*tekening zink vingers<br /> #*U2 snRNP<br /> #*stopcodonsuppressie<br /> <br /> ===16 januari 2017 VM===<br /> #telomeren<br /> #transcriptie bij eukaryoten<br /> #intron/extron splicing<br /> #begrippen<br /> #*cDNA<br /> #*enhancer<br /> #*tekening RNA mimicry<br /> #*recombinatie bij hemoglobine<br /> <br /> ===16 aug 2016 NM===<br /> #Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?<br /> #Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)<br /> #Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?<br /> #Woordjes: <br /> #*Sanger methode<br /> #*Tekening Zinkvinger<br /> #*histonacetyltransferase HAT<br /> #*DNA-mismatch repair<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie<br /> #Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten<br /> #Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.<br /> #Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA<br /> <br /> ===25 januari 2016===<br /> #trp en attenuatie<br /> #chromatinestructuur<br /> #translatie initiatie eukaryoten + regulatie<br /> #Woordjes: <br /> #*foto footprinting<br /> #*cap mRNA<br /> #*base-excinsieherstel<br /> #*retrotransposons<br /> <br /> ===18 januari 2016 VM===<br /> #Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.<br /> #Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.<br /> #Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.<br /> #Woordjes: <br /> #*Sanger-sequencing<br /> #*Foto van antiterminatie – terminatie<br /> #*Nucleosoom<br /> #*DNA-mismatch repair<br /> <br /> ===15 januari 2016 NM===<br /> #Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.<br /> #Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.<br /> #Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;<br /> #Kleine vraagjes: <br /> #*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.<br /> #*Leu-zipper<br /> #*Peptidyltransferase<br /> #*Retrotransposons<br /> <br /> ===14 januari 2016 NM===<br /> #Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.<br /> #Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen. <br /> #Bacteriële transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.<br /> #Woordjes: <br /> #*Northern blotting<br /> #*wobble base paring<br /> #*u6<br /> #*en zo die haarspeld van heatshok<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Terminatie van transcriptie bij prokaryoten<br /> #Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II<br /> #Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen<br /> #Woordjes: <br /> #*S1 mapping<br /> #*RNA-DNA hybride met intron<br /> #*eIF2 alfa<br /> #*Holliday junctie<br /> <br /> ===26 januari 2015===<br /> #5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna<br /> #catabolic activator protein structuur en functie<br /> #wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op <br /> #tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination <br /> <br /> ===14 januari 2015===<br /> #verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten<br /> #alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven<br /> #genconversie uitleggen aan de hand van een figuur<br /> #woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning<br /> <br /> ===12 januari 2015 (NM)===<br /> #Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen <br /> #Splicing <br /> #RecBCD <br /> #begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e<br /> <br /> ===12 januari 2015 (VM)===<br /> #transcriptie-initiatie<br /> #translate-elongatie<br /> #transposons bacterie<br /> #woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie<br /> <br /> ===16 jan 2015===<br /> #Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?<br /> #Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.<br /> #Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?<br /> #Kleine vragen:<br /> #*Afbeelding van een Zn-Vinger<br /> #*Wat is een replisoom?<br /> #*Wat is stopcodon supressie.<br /> #*Bespreek de beta klemlader.<br /> <br /> ===3 september 2014===<br /> # Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.<br /> # Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).<br /> #* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?<br /> # Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?<br /> # Termen:<br /> #* Northern Blotting<br /> #* topoisomerase<br /> #* alternatieve splicing<br /> #* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)<br /> <br /> ===28 Augustus 2014===<br /> # Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?<br /> # Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.<br /> #* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)<br /> # Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?<br /> # Termen:<br /> #* DNA footprinting<br /> #* telomerase<br /> #* Rollende cirkel replicatie<br /> #* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)<br /> <br /> ===27 januari 2014 (voormiddag)===<br /> # hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)<br /> # waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?<br /> # translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen <br /> # woordjes:<br /> #*antiterminatie<br /> #*ticketing hypothese ofzoiets<br /> #*BER<br /> #*van die eiwitten iets met die herschikkingen<br /> <br /> ===17 jan 2014 (namiddag)===<br /> #bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten<br /> #bespreek de translatie elongatie cyclus<br /> #bespreek RNA splicing<br /> #woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie<br /> <br /> ===16 jan 2014 (namiddag)===<br /> # Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteïne (CAP)<br /> # Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie<br /> # Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?<br /> # Leg uit: <br /> #* nucleaire receptoren<br /> #* polyadenylatiesignalen<br /> #* stopcodonsuppressors<br /> #* bacteriële transposons<br /> <br /> === 15 jan 2014 (voormiddag) ===<br /> # Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.<br /> # Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.<br /> # De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte:<br /> #* Epitoop tagging<br /> #* Type II introns<br /> #* Kozak sequentie <br /> #* Holliday-verbinding<br /> <br /> ===13 jan 2014 (namiddag) ===<br /> # Transcriptie initiatie bij prokaryoten<br /> # Splicing<br /> # Leg uit: <br /> #*A-DNA <br /> #*Southern blotting <br /> #*HAT <br /> #*eIF4E<br /> # Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)<br /> <br /> ===13 jan 2014 (voormiddag)=== <br /> # bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen<br /> # mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot<br /> # wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe<br /> # leg uit: <br /> #*rho<br /> #*zinkvinger<br /> #*peptidyltransferase<br /> #*splicingsignalen<br /> <br /> === 28 jan 2013(voormiddag) ===<br /> <br /> # Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.<br /> # Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte:<br /> #* cDNA kloning<br /> #* Figuur van polyadenyleringscomplex<br /> #* Heat shock response<br /> #* Rolling circle replicatie<br /> <br /> === 16 jan 2012(voormiddag) ===<br /> <br /> # Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.<br /> # Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte:<br /> #* Zinkvinger<br /> #* Ribozyme<br /> #* Tekening van tRNA-mimicry<br /> #* Telomerase<br /> <br /> <br /> === 24 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> idem 18 januari 2010<br /> <br /> === 17 jan 2011 (namiddag) ===<br /> <br /> # Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beïnvloeden<br /> # Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit. <br /> #* Leg uit <br /> #* hoe doet men dit experimenteel<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte <br /> #* lariat <br /> #* eIF2 alfa <br /> #* wobble <br /> #* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)<br /> <br /> === 17 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoënzym)<br /> # Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten<br /> # Verklaar:<br /> #* Lysogenie<br /> #* Histon H1<br /> #* RT-PCR<br /> #* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)<br /> <br /> <br /> === 29 jan 2010 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.<br /> # Fig 21.18<br /> # Bespreek kort:<br /> #* C-waardeparadox<br /> #* Kozak-sequentie<br /> #* Epitope tagging<br /> #* EF-Tu<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.<br /> # Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Riboswitch<br /> #* TATA<br /> #* Zinkvinger<br /> #* Figuur met vorming thèta-structuur<br /> <br /> === 18 jan 2010 ===<br /> # Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.<br /> # Bespreek fig. 14.27<br /> # bespreek kort:<br /> #* Ribosoombindingsplaats<br /> #* Moleculaire mimicrie<br /> #* RACE<br /> #* beta-clamp<br /> <br /> === 11 jan 2010 ===<br /> # Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)<br /> # Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.<br /> # bespreek kort:<br /> #* lysogenie<br /> #* H1 histonen<br /> #* RT-PCR<br /> #* Fig 21.34<br /> <br /> === 19 jan 2009 (De Ley)===<br /> # Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.<br /> # RNA-editing<br /> # fig 4.11<br /> Kaartjes:<br /> # Zink-vinger<br /> # Nick-translatie<br /> <br /> === 16 jan 2009 (De Ley)===<br /> # Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.<br /> # Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.<br /> # fig. 14.1<br /> Kaartjes:<br /> # Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.<br /> # Plaatsgerichte mutagenese.<br /> <br /> === 15 jan 2009 (De Ley)===<br /> # DNA:<br /> #* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).<br /> #* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.<br /> # Bespreek de eukaryotische polymerases.<br /> # Figuur van pBR322 bespreken.<br /> Kaartjes:<br /> # Zink-vinger<br /> # fig 9.7<br /> <br /> === 25 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Plaats gerichte mutagenese.<br /> # Trp operon.<br /> # Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.<br /> <br /> === 21 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)<br /> # Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.<br /> # Foto van RNA editing.<br /> Kaartjes: <br /> # Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.<br /> # Verschil tussen DNase en DMS footprinting.<br /> <br /> === 21 jan 2008 (De Ley)===<br /> # S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)<br /> # Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)<br /> # figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)<br /> Kaartjes:<br /> # Merodiploid: constitutieve operator.<br /> # Proteïne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).<br /> <br /> === 17 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Expressievectoren.<br /> # Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).<br /> # fig 9.14 (vierde editie)<br /> Kaartjes:<br /> # Epitope tagging<br /> # fig 13.10<br /> <br /> === 14 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Bespreek het trp operon.<br /> # Bespreek site-directed mutagenesis.<br /> # vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.<br /> Kaartjes:<br /> # Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.<br /> # De C-waarde paradox.<br /> <br /> === 26 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Prokaryoot RNApolymerase en sigma.<br /> # Figuur van RNAlooping.<br /> # S1mapping en primer extension.<br /> <br /> === 25 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Transcriptieterminatie bij prokaryoten.<br /> # RNAediting.<br /> # Figuur van pBluescript.<br /> <br /> === 25 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Reassociatie kinetica.<br /> # Alles over chromatine en H1.<br /> # Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).<br /> Kaartjes:<br /> # Bespreek de sigmacyclus.<br /> # DNA transcriptie.<br /> <br /> === 24 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.<br /> # Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.<br /> # Foto van R-looping experiment.<br /> Kaartjes: <br /> # Plaque hybridisatie.<br /> # Dnase(1)-hypergevoeligheid.<br /> <br /> === 16 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteïnen en hun zuivering).<br /> # Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).<br /> # Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.<br /> Kaartjes:<br /> # Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.<br /> # Figuur 9.18a pag 259 bespreken.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Moleculaire_Biologie&diff=1808 2019-08-31T08:54:51Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak gedoceerd door Prof. J.Robben sinds september 2009, vroeger gedoceerd door Prof. M. De Ley. Mondeling examen. Sinds 2013 3 grote vragen en de vierde vraag is kort enkele woordjes of een tekening bespreken.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===30 augustus 2019===<br /> #Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,... <br /> #Translatie elongatie bij eukaryoten<br /> #Trombonemodel<br /> #4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA<br /> <br /> <br /> ===23 augustus 2019===<br /> #Structuur histonen en hun effect op de genexpressie<br /> #DNA schade en repair bij E.coli<br /> #Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak<br /> #4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx<br /> <br /> ===21 januari 2019 NM===<br /> #Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.<br /> #Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)<br /> #Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?<br /> #Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> #Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is. <br /> #Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.<br /> #Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?<br /> #Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).<br /> #Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.<br /> #Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?<br /> #Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie<br /> <br /> ===24 augustus 2018===<br /> #Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten) <br /> #Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,... <br /> #Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?<br /> #begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)<br /> <br /> ===29 januari 2018 VM===<br /> #Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)<br /> #Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?<br /> #Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?<br /> #Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)<br /> <br /> ===22 januari 2018 VM===<br /> #Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.<br /> #Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)<br /> #Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?<br /> #Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode<br /> <br /> ===18 januari 2018 NM===<br /> #Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen? <br /> #Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.<br /> #Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.<br /> #Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon<br /> <br /> ===15 januari 2018 NM===<br /> #Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.<br /> #Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie. <br /> <br /> ===15 januari 2018 VM===<br /> #Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)<br /> #Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)<br /> #Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)<br /> #Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)<br /> <br /> ===6 september 2017 NM===<br /> #Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.<br /> #Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie. <br /> #Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?<br /> #Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)<br /> <br /> ===28 augustus 2017 VM===<br /> #Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?<br /> #Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.<br /> #Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?<br /> #Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk<br /> <br /> <br /> ===30 januari 2017 VM===<br /> #Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.<br /> #Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie. <br /> #Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?<br /> #Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom<br /> <br /> <br /> ===23 januari 2017 VM===<br /> #Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.<br /> #Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).<br /> #Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen. <br /> #Begrippen:<br /> #*enhancer<br /> #*cDNA kloning<br /> #*figuur van heatshock gen<br /> #*RecBCD-reactieweg<br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen<br /> #bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten<br /> #welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)<br /> #begrippen<br /> #*enhancer<br /> #*yeast two hybrid method<br /> #*tRNA mimicry<br /> #*herschikking van immunoglobinegenen<br /> <br /> === 19 januari 2017 NM===<br /> #Hoe wordt het ara operon gereguleerd?<br /> #Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?<br /> #Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?<br /> #begrippen<br /> #*Sanger sequencing<br /> #*zinkvinger (afbeelding)<br /> #*polysoom<br /> #*beta-klemlader<br /> <br /> === 16 januari 2017 NM===<br /> #Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten<br /> #Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen<br /> #recA welke functies en werking<br /> #begrippen<br /> #*sanger sequencing<br /> #*tekening zink vingers<br /> #*U2 snRNP<br /> #*stopcodonsuppressie<br /> <br /> ===16 januari 2017 VM===<br /> #telomeren<br /> #transcriptie bij eukaryoten<br /> #intron/extron splicing<br /> #begrippen<br /> #*cDNA<br /> #*enhancer<br /> #*tekening RNA mimicry<br /> #*recombinatie bij hemoglobine<br /> <br /> ===16 aug 2016 NM===<br /> #Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?<br /> #Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)<br /> #Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?<br /> #Woordjes: <br /> #*Sanger methode<br /> #*Tekening Zinkvinger<br /> #*histonacetyltransferase HAT<br /> #*DNA-mismatch repair<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie<br /> #Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten<br /> #Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.<br /> #Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA<br /> <br /> ===25 januari 2016===<br /> #trp en attenuatie<br /> #chromatinestructuur<br /> #translatie initiatie eukaryoten + regulatie<br /> #Woordjes: <br /> #*foto footprinting<br /> #*cap mRNA<br /> #*base-excinsieherstel<br /> #*retrotransposons<br /> <br /> ===18 januari 2016 VM===<br /> #Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.<br /> #Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.<br /> #Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.<br /> #Woordjes: <br /> #*Sanger-sequencing<br /> #*Foto van antiterminatie – terminatie<br /> #*Nucleosoom<br /> #*DNA-mismatch repair<br /> <br /> ===15 januari 2016 NM===<br /> #Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.<br /> #Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.<br /> #Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;<br /> #Kleine vraagjes: <br /> #*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.<br /> #*Leu-zipper<br /> #*Peptidyltransferase<br /> #*Retrotransposons<br /> <br /> ===14 januari 2016 NM===<br /> #Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.<br /> #Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen. <br /> #Bacteriële transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.<br /> #Woordjes: <br /> #*Northern blotting<br /> #*wobble base paring<br /> #*u6<br /> #*en zo die haarspeld van heatshok<br /> <br /> ===13 januari 2016===<br /> #Terminatie van transcriptie bij prokaryoten<br /> #Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II<br /> #Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen<br /> #Woordjes: <br /> #*S1 mapping<br /> #*RNA-DNA hybride met intron<br /> #*eIF2 alfa<br /> #*Holliday junctie<br /> <br /> ===26 januari 2015===<br /> #5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna<br /> #catabolic activator protein structuur en functie<br /> #wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op <br /> #tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination <br /> <br /> ===14 januari 2015===<br /> #verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten<br /> #alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven<br /> #genconversie uitleggen aan de hand van een figuur<br /> #woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning<br /> <br /> ===12 januari 2015 (NM)===<br /> #Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen <br /> #Splicing <br /> #RecBCD <br /> #begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e<br /> <br /> ===12 januari 2015 (VM)===<br /> #transcriptie-initiatie<br /> #translate-elongatie<br /> #transposons bacterie<br /> #woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie<br /> <br /> ===16 jan 2015===<br /> #Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?<br /> #Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.<br /> #Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?<br /> #Kleine vragen:<br /> #*Afbeelding van een Zn-Vinger<br /> #*Wat is een replisoom?<br /> #*Wat is stopcodon supressie.<br /> #*Bespreek de beta klemlader.<br /> <br /> ===3 september 2014===<br /> # Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.<br /> # Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).<br /> #* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?<br /> # Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?<br /> # Termen:<br /> #* Northern Blotting<br /> #* topoisomerase<br /> #* alternatieve splicing<br /> #* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)<br /> <br /> ===28 Augustus 2014===<br /> # Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?<br /> # Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.<br /> #* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)<br /> # Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?<br /> # Termen:<br /> #* DNA footprinting<br /> #* telomerase<br /> #* Rollende cirkel replicatie<br /> #* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)<br /> <br /> ===27 januari 2014 (voormiddag)===<br /> # hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)<br /> # waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?<br /> # translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen <br /> # woordjes:<br /> #*antiterminatie<br /> #*ticketing hypothese ofzoiets<br /> #*BER<br /> #*van die eiwitten iets met die herschikkingen<br /> <br /> ===17 jan 2014 (namiddag)===<br /> #bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten<br /> #bespreek de translatie elongatie cyclus<br /> #bespreek RNA splicing<br /> #woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie<br /> <br /> ===16 jan 2014 (namiddag)===<br /> # Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteïne (CAP)<br /> # Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie<br /> # Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?<br /> # Leg uit: <br /> #* nucleaire receptoren<br /> #* polyadenylatiesignalen<br /> #* stopcodonsuppressors<br /> #* bacteriële transposons<br /> <br /> === 15 jan 2014 (voormiddag) ===<br /> # Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.<br /> # Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.<br /> # De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte:<br /> #* Epitoop tagging<br /> #* Type II introns<br /> #* Kozak sequentie <br /> #* Holliday-verbinding<br /> <br /> ===13 jan 2014 (namiddag) ===<br /> # Transcriptie initiatie bij prokaryoten<br /> # Splicing<br /> # Leg uit: <br /> #*A-DNA <br /> #*Southern blotting <br /> #*HAT <br /> #*eIF4E<br /> # Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)<br /> <br /> ===13 jan 2014 (voormiddag)=== <br /> # bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen<br /> # mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot<br /> # wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe<br /> # leg uit: <br /> #*rho<br /> #*zinkvinger<br /> #*peptidyltransferase<br /> #*splicingsignalen<br /> <br /> === 28 jan 2013(voormiddag) ===<br /> <br /> # Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.<br /> # Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte:<br /> #* cDNA kloning<br /> #* Figuur van polyadenyleringscomplex<br /> #* Heat shock response<br /> #* Rolling circle replicatie<br /> <br /> === 16 jan 2012(voormiddag) ===<br /> <br /> # Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.<br /> # Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte:<br /> #* Zinkvinger<br /> #* Ribozyme<br /> #* Tekening van tRNA-mimicry<br /> #* Telomerase<br /> <br /> <br /> === 24 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> idem 18 januari 2010<br /> <br /> === 17 jan 2011 (namiddag) ===<br /> <br /> # Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beïnvloeden<br /> # Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit. <br /> #* Leg uit <br /> #* hoe doet men dit experimenteel<br /> # Verklaar binnen de aangegeven ruimte <br /> #* lariat <br /> #* eIF2 alfa <br /> #* wobble <br /> #* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)<br /> <br /> === 17 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoënzym)<br /> # Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten<br /> # Verklaar:<br /> #* Lysogenie<br /> #* Histon H1<br /> #* RT-PCR<br /> #* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)<br /> <br /> <br /> === 29 jan 2010 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.<br /> # Fig 21.18<br /> # Bespreek kort:<br /> #* C-waardeparadox<br /> #* Kozak-sequentie<br /> #* Epitope tagging<br /> #* EF-Tu<br /> <br /> === 19 jan 2010 ===<br /> <br /> # Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.<br /> # Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Riboswitch<br /> #* TATA<br /> #* Zinkvinger<br /> #* Figuur met vorming thèta-structuur<br /> <br /> === 18 jan 2010 ===<br /> # Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.<br /> # Bespreek fig. 14.27<br /> # bespreek kort:<br /> #* Ribosoombindingsplaats<br /> #* Moleculaire mimicrie<br /> #* RACE<br /> #* beta-clamp<br /> <br /> === 11 jan 2010 ===<br /> # Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)<br /> # Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.<br /> # bespreek kort:<br /> #* lysogenie<br /> #* H1 histonen<br /> #* RT-PCR<br /> #* Fig 21.34<br /> <br /> === 19 jan 2009 (De Ley)===<br /> # Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.<br /> # RNA-editing<br /> # fig 4.11<br /> Kaartjes:<br /> # Zink-vinger<br /> # Nick-translatie<br /> <br /> === 16 jan 2009 (De Ley)===<br /> # Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.<br /> # Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.<br /> # fig. 14.1<br /> Kaartjes:<br /> # Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.<br /> # Plaatsgerichte mutagenese.<br /> <br /> === 15 jan 2009 (De Ley)===<br /> # DNA:<br /> #* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).<br /> #* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.<br /> # Bespreek de eukaryotische polymerases.<br /> # Figuur van pBR322 bespreken.<br /> Kaartjes:<br /> # Zink-vinger<br /> # fig 9.7<br /> <br /> === 25 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Plaats gerichte mutagenese.<br /> # Trp operon.<br /> # Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.<br /> <br /> === 21 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)<br /> # Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.<br /> # Foto van RNA editing.<br /> Kaartjes: <br /> # Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.<br /> # Verschil tussen DNase en DMS footprinting.<br /> <br /> === 21 jan 2008 (De Ley)===<br /> # S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)<br /> # Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)<br /> # figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)<br /> Kaartjes:<br /> # Merodiploid: constitutieve operator.<br /> # Proteïne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).<br /> <br /> === 17 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Expressievectoren.<br /> # Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).<br /> # fig 9.14 (vierde editie)<br /> Kaartjes:<br /> # Epitope tagging<br /> # fig 13.10<br /> <br /> === 14 jan 2008 (De Ley)===<br /> # Bespreek het trp operon.<br /> # Bespreek site-directed mutagenesis.<br /> # vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.<br /> Kaartjes:<br /> # Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.<br /> # De C-waarde paradox.<br /> <br /> === 26 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Prokaryoot RNApolymerase en sigma.<br /> # Figuur van RNAlooping.<br /> # S1mapping en primer extension.<br /> <br /> === 25 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Transcriptieterminatie bij prokaryoten.<br /> # RNAediting.<br /> # Figuur van pBluescript.<br /> <br /> === 25 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Reassociatie kinetica.<br /> # Alles over chromatine en H1.<br /> # Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).<br /> Kaartjes:<br /> # Bespreek de sigmacyclus.<br /> # DNA transcriptie.<br /> <br /> === 24 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.<br /> # Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.<br /> # Foto van R-looping experiment.<br /> Kaartjes: <br /> # Plaque hybridisatie.<br /> # Dnase(1)-hypergevoeligheid.<br /> <br /> === 16 jan 2007 (De Ley)===<br /> # Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteïnen en hun zuivering).<br /> # Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).<br /> # Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.<br /> Kaartjes:<br /> # Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.<br /> # Figuur 9.18a pag 259 bespreken.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Organische_Chemie&diff=1791 2019-08-23T08:54:24Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> NU<br /> Vraag 1 (theorie) en vraag 4 (mechanismen) bij Wim De Borggraeve.<br /> Vraag 5 (retrosynthese) bij Erik Van der Eycken.<br /> Bekijk zeker het document met uitleg over de examenvragen op Toledo en de eerder gestelde vragen hier op de wiki.<br /> <br /> VROEGER<br /> Mondeling examen. (Gedoceerd door N. Boens, die afwezigheid in zijn lessen consequent vergeldt op het examen, en wordt geleidelijk overgenomen door Wim De Borggraeve) Ondertussen wordt het vak volledig gegeven door Wim De Borggraeve en Erik Van der Eycken. Examen bestaat uit 5 vragen, vraag 1 en 2 mondeling bij (Boens) Van der Eycken, 3 en 4 bij De Borggraeve. Vraag 5 (synthesen) schriftelijk. Examenvragen komen telkens terug, kijk zeker naar de oude examens op Toledo.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 augustus 2019===<br /> #reactie van cyclohexanon met aniline en dibenzylamine<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen<br /> #rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in Sn2, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie<br /> #verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en grignardreactie waarbij een 4ring werd geopend en een 5ring gevormd<br /> #retrosynthese: Vorming cyclobutaancarbonzuur uit diëthylmalonaat (met dihalogeenalkaan uit slides), acetyleen naar pentanal<br /> [[Bestand:Organische.png]]<br /> <br /> ===11 juni 2019===<br /> #reactie van cyclohexanon met aniline en dibutylamine<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen<br /> #rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in solvolyse met mierenzuur, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie<br /> #verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en een reactie met een methylshift<br /> #retrosynthese: acetoacetaatsynthese,acetyleen omzetten in pentanal, friedelcraftsacylering<br /> <br /> ===23 augustus 2018===<br /> #Dieckmannreactie<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, configuratie en E/Z bepalen<br /> #rangschikken op reactiviteit volgens basciteit, zuurheid, solvolyse<br /> #Mechanismen toelichten: simpele alkylshift + grignardreactie<br /> #retrosynthese<br /> #*geen idee meer, maar je had grignard nodig<br /> #*epoxide maken van tolueen<br /> #*fiedelcrafts<br /> <br /> ===18 juni 2018 nm===<br /> # Vergelijk de reactie van cyclopentanon met a) aniline b) dibenzylamine. Welke producten worden gevormd?<br /> # Stereochemie<br /> # Reactiviteit Sn2, basiciteit en reactiviteit EAS rangschikken<br /> # Geef bij a het volledige mechanisme en bij b enkel de opeenvolgende intermediairen zodat het mechanisme duidelijk wordt [[Bestand:Vraag 4.png]]<br /> # Retrosynthese (geen mechanismen geven)<br /> [[Bestand:Vraag_5.png]]<br /> <br /> ===23 juni 2017 nm===<br /> # Nucleofiele aromatische substitutie van nitrohalogenide<br /> # Stereochemie<br /> # Reactiviteit en basiciteit rangschikken<br /> # Mechanisme geven; ene was een methylshift uitvoeren, andere was een acetaal in een ring (best moeilijke)<br /> # Retrosynthese<br /> #* Acetyleen tot een diol<br /> #* Benzeen tot een benzeen met COOH para to alkylgroep<br /> #* Malonaat ester tot cylcobutanol<br /> <br /> ===23 juni 2017 vm===<br /> # Hydrolyse butylacetaat in zuur en base, waarom verzeping onomkeerbaar<br /> # Stereochemie<br /> # Rangschik volgens<br /> #* Basiciteit<br /> #* Reactiviteit Sn2 (1-broompentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloorpentaan, joodbenzeen)<br /> #* Reactiviteit solvolyse mierenzuur (isopropyljodide, mehtyljodide, tert-butyljodide, 2-fenyl-2joodpropaan)<br /> #<br /> #* Ingewikkeldere ringvormige structuur, OH groep protoneert en H2O gaat weg als leaving group, carbokation vormt en veel alkylshiften<br /> #* Verklaar solvolyse reactiviteit in mierenzuur, allylische positie vs gewoon vs anti aromaat<br /> # Retrosynthese<br /> #* Malonzuurestersynthese<br /> #* Acetyleen naar pentaan-2-on<br /> #* Van fluorbenzeen naar een benzeen met een amine en methoxy die para staan<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> # Bespreek de claisencondensatie van butylethanoaat <br /> # Stereochemie<br /> # Vragen over rangschikking volgens stijgende basiciteit en reactiviteit met Sn2 reacties en reactiviteit bij solvolyse met mierenzuur.<br /> #<br /> #* Moest gy het reactiemechanisme zeggen waarbij gy eerst moest verzepen en daarna decarboxyleren. <br /> #* Het reactiemechanisme geven van 2,2-methyl-hexaan-3-ol tot 2-broom-2,3methyl-hexaan en met behulp van HBr<br /> # Retrosynthese<br /> #* Cyclohexeen en daarop moest gy COOH op plaatsen 1 plaats verder dan de dubbele binding.<br /> #* van acetyleen tot pentanal<br /> #* anisol tot p-propylanisol<br /> <br /> ===21/08/2015===<br /> # Dieckmannreactie<br /> # stereochemie<br /> #<br /> #* welke best aan elektrofiele aromatische substitutie doet<br /> #* welke meest bascisch is<br /> #* welke snelst aan SN2 doet<br /> #<br /> #* een mechanisme dat je moest maken: een acetaal hydroliseren en dan imine maken<br /> #* iets van eliminatie dat je moest uitleggen, ging voornamelijk over de antiperiplanaire schikking<br /> # [[Bestand:Retrosyntheses21aug2015orgchem.png]]<br /> <br /> ===15/06/2015 namiddag===<br /> # Bespreek de chlorering van anisol en nitrobenzeen. (mondeling, 2 punten)<br /> # Twee oefeningen waarbij je R en S moest bepalen en zeggen of het stereomeren/enantiomeren/... zijn (schrijftelijk, 2 x 1 punt)<br /> # Drie oefeningetjes waarbij je moet rangschikken:<br /> #* welke is het meest basisch<br /> #* Welke gaat het snelst reageren in een SN2 reactie<br /> #* Welke reageert het snelst in solvolyse met mierenzuur (schriftelijk, 3 x 1 punt)<br /> # <br /> #* Een hele vage molecule die dmv zuur mileu omgezet wordt in een andere nog vagere molecule. (oplossing: was door heel veel hydrideshiften en sterische hinder)<br /> [[bestand:Vaagmoleculeorgvragen.png]] <br /> #* Een molecule A die trans stond en een molecule B die cis stond (of andersom) een van de twee gaf één molecule na eliminatie, de andere gaf er twee. Waarom? (oplossing: antiperiplanaire shizzle die bij eliminatie staat) (Mondeling 2 x 2 punten)<br /> # Drie retrosyntheses (schrijftelijk, 3 x 3 punten)<br /> <br /> === 15/6/2015 voormiddag===<br /> # (mondeling): vergelijk de reactie van een primair en een secundair amine met een keton en wat zijn de verwachte producten.Ook de pH hierbij verklaren (2ptn)<br /> # R en S geven 2x 2 moleculen + de relatie tussen de 2 moleculen (2x1 ptn)<br /> # 3 rangschikvragen elk op 1 punt. Wat is het zuurst? Welke reageert het best met...? en nog ene die ik ni meer weet.<br /> # (mondeling):<br /> #* leg de additie van dibroom uit aan een (E)-1-noneen in waterig milieu. Geef alle producten en duid de stereocentra aan en geef R en S. (2ptn)<br /> #* Substitutie van een secundair alcohol da een broomalkaan geeft. Hier staat de broom niet waar de OH groep stond waarom? (tertiare carbokationen zijn stabieler dan secondaire dus er was een omvorming) (2ptn)<br /> # drie synthesen waarbij ge geen mechanismen moet geven. (3x 3ptn)<br /> <br /> ===24 juni 2014===<br /> # Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.<br /> # Geef aan of de volgende paren moleculen diastereomeren, enantiomeren of identieke verbindingen zijn. Bepaal R/S voor elk stereogeen centrum.<br /> #* [[Bestand:2a.jpg]]<br /> #* [[Bestand:2b.jpg]]<br /> #<br /> #* Rangschik volgens toenemende reactiviteit in S&amp;lt;sub&amp;gt;N&amp;lt;/sub&amp;gt;2: 4-jood-anisol, 1-broom-2-methylhexaan, 1-broompentaan, 1-broom-2,2-dimethylhexaan, 1-broom-3-methylhexaan<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:3b.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #* Rangschik volgens afnemende zuurheid: 2-hexeen, 1-butyn, dichloorazijnzuur, 5,5,5-trifluoropentanol, 2,4-pentaandion<br /> #<br /> #* Geef een aanvaardbaar mechanisme voor de volgende omzetting. Welk product wordt er nog gevormd? &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:4a.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #* Verklaar voor de solvolyse met mierenzuur de waargenomen reactiviteit C &amp;lt; A &amp;lt; B aan de hand van een mechanisme. &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:4b.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> # Synthese &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:5.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> <br /> ===18 juni 2014===<br /> # Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.<br /> # Enantiomeren, diastereomeren, bepaal R/S<br /> #<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in Sn2.: 1-chloorpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-joodpentaan, chloorbenzeen<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: anion van keton, ester, diester, diketon, ketoester.<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in solvolyse met mierenzuur: isopropyljodidi, tert-butyljodide, methyljodide, 2-fenyl-2-joodpropyl.<br /> # Geef mechanisme<br /> #* aldolcondensatie<br /> #* substitutie van 2,2-dimethyl-3-hexanol met HBr (omlegging).<br /> # Synthese<br /> #* hexaandizuur tot 2-methylcyclopentanon<br /> #* keton tot shiffbase<br /> #* benzeen tot trichloorbenzeen in meta positie ten opzichte van elkaar.<br /> <br /> ===24 juni 2011===<br /> # Wat is de rol van DCC (cicyclohexylcarbodiimide) in de nucleofiele substitutie van een carbonzuur en een amine. Illustreer het mechanisme met de reactie tussen benzoëzuur en dimethylamine. Wat is een alternatieve manier? (geen mechanisme).<br /> # Zijn de volgende paren van moleculen verschillende manieren om hetzelfde molecule weer te geven of zijn het enantiomeren, diastereomeren, verschillende conformaties, ... [[Bestand:2a.png]] [[Bestand:2b.png]] [[Bestand:2c.png]]<br /> # <br /> #* Rangschik volgens toenemende zuurheid: 1-hexeen (A); dibroomazijnzuur (B); 2-butyn (C); 3,3,3-trifluorpropanol (D); pentaan-2,4-dion (E)<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: [[Bestand:3b.png]]<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutiereactie: anisol (A); p-dinitrobenzeen (B); tolueen (C); benzonitril (D); chloorbenzeen (E)<br /> # Geef een aanvaardbaar mechanisme voor volgende omzettingen:<br /> #* HINT: het zuur reageert eerst met de C=C dubbele binding [[Bestand:4a.png]]<br /> #* Geef het mechanisme en ook een volgorde voor X (=F, Cl, Br, I) qua reactiviteit: [[Bestand:4b.png]]<br /> # Syntheses (geen mechanismen vereist):<br /> #* Synthetiseer één van beide moleculen: [[Bestand:5a.png]]<br /> #* Gebruik het weergegeven keton, butaanzuur en benzeen om volgende omzetting te verwezenlijken. De Wittigreactie is niet mogelijk wegens tetragesubstitueerd alkeen. [[Bestand:5b.png]]<br /> #* Hoe kan men dit eindproduct maken uit cyclohexanon?<br /> [[Bestand:5c.png]]<br /> <br /> ===10 juni 2011===<br /> # Wat is de rol van DCC (dicyclohexylcarbodiimide)in de nucleofile acylsubstitutie van een carbonzuur en een amine. (Mechanisme) Wat is een alternatief voor deze reactie? (geen mechanisme)<br /> #Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.<br /> #* 2-methylcyclohexanol<br /> #* newmanprojectie met zaagbokprojectie vergelijken van 2 enantiomeren (bijvraag: wat is de definitie van enantiomeren)<br /> #* 2,3,4 pentaantriol<br /> #<br /> #*Rangschikken naar toenemende zuurheid: 2-hexyn; 1-hexyn; 2,2,2 trifluorethanol; een beta-diketon; dichloorazijnzuur<br /> #*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''<br /> #*Rangschikken naar toenemende basiciteit: anionen van esters en ketonen.<br /> #<br /> #*Verklaar de volgende reactie (Favorski-omlegging) met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:Organische Favorski 10 juni 2011.jpg]]<br /> #*Geef een verklaarbaar mechanisme voor de volgende reactie: [[Bestand:Organische 4b 10 juni 2011.gif]]<br /> #Syntheses: [[Bestand:Organische Retrosynthese 10 juni 2011.jpg]]<br /> <br /> ===18 juni 2010===<br /> #Bespreek de nucleofiele substitutie van nitrogesubstitueerde arylhalogeniden door natriummethoxide.<br /> #Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.<br /> #<br /> #*Rangschikken naar toenemende basiciteit<br /> #*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''<br /> #*Welke verbinding(en) is (zijn) aromatisch volgens de regel van Hückel? De vrije elektronenparen zijn niet weergegeven maar zijn wel aanwezig. [[Bestand:Huckel.jpg]]<br /> #<br /> #*Verklaar de volgende reactie met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:omzetting.gif]]<br /> #*Menthylchloride en neomentylchloride (zie onderstaande figuur) ondergaan eliminatie bij behandeling met natriumethoxide in methanol. Eén van de stereo-isomeren reageert veel sneller. Welke en waarom? [[Bestand:Menthyl.jpg]]<br /> #Syntheses: ''Bij de derde stond gegeven dat het via een beta-keto-ester moest.''<br /> [[Bestand:Retro2010.gif]]<br /> <br /> ===19 juni 2009===<br /> # Claisencondensatie van ethylpropanoaat<br /> # stereoisomeren en R/S aanduiden<br /> #<br /> #* is het molecule aromatisch<br /> #* rangschik volgens basiciteit<br /> #* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS<br /> #<br /> #* darzens reactiemechanisme<br /> #* reactie van natrium jodide op S 1-broom-2-methylbutaan<br /> # 3 Synthesen<br /> <br /> ===8 juni 2009===<br /> # NH2OH+aceton, waarom optimaal bij 4.5 pH<br /> # stereoisomeren en R/S aanduiden<br /> #<br /> #* is het molecule aromatisch<br /> #* rangschik anionen volgens stabiliteit<br /> #* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS<br /> #<br /> #* darzens reactiemechanisme<br /> #*E2 eliminatie op (2S,3S)-2-broom-3-fenylbutaan: regioselectiviteit bespreken<br /> # synthesen: [[Bestand:organische2009.png]]<br /> <br /> ===23 juni 2008===<br /> #Aceton en hydroxylamine. ph-afhankelijkheid. waarom niet te zuur/niet te basisch.<br /> #R en S bepalen, zegge of het diastereomeren, enantiomeren ... zijn. <br /> #aromatisch of niet? <br /> #anionen naar basiciteit, waren moleculen met 1 of 2 carbonyls op<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #carbonyls een chirale koolstof ernaast (alphapositie dus) ondergaan racemisatie via enol/enolaat in zuur/basisch milieu. Met alpha-aminozuren gaat dat niet, noch in basisch noch in zuur milieu. waarom? gebruik l-phenylalanine (structuur gegeven) als voorbeeld.<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan<br /> #Synthesen<br /> <br /> ===10 juni 2008===<br /> #Dieckmann reactie<br /> #Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren... zijn<br /> #Amine naar basisiteit schikken<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #Basiciteit van aminen bepalen<br /> #Reactiemechanisme van een epoxidevorming<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan<br /> #Synthesen<br /> <br /> ===9 juni 2008===<br /> #Dieckmann reactie<br /> #Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren,... zijn<br /> #Stabiliteit van anion bepalen (er zat een aromaat op)<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #Basiciteit van aminen bepalen<br /> #Reactiemechanisme van een acetaalvorming en zeggen waar zuurstof en oorspronkelijke carbonylfunctie naar toe is<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van (2R,3S)-2-broom-3-fenyl-butaan (niet meer zeker van absolute configuraties)</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bestand:Organische.png&diff=1790 2019-08-23T08:52:39Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div></div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Organische_Chemie&diff=1789 2019-08-23T08:43:07Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> NU<br /> Vraag 1 (theorie) en vraag 4 (mechanismen) bij Wim De Borggraeve.<br /> Vraag 5 (retrosynthese) bij Erik Van der Eycken.<br /> Bekijk zeker het document met uitleg over de examenvragen op Toledo en de eerder gestelde vragen hier op de wiki.<br /> <br /> VROEGER<br /> Mondeling examen. (Gedoceerd door N. Boens, die afwezigheid in zijn lessen consequent vergeldt op het examen, en wordt geleidelijk overgenomen door Wim De Borggraeve) Ondertussen wordt het vak volledig gegeven door Wim De Borggraeve en Erik Van der Eycken. Examen bestaat uit 5 vragen, vraag 1 en 2 mondeling bij (Boens) Van der Eycken, 3 en 4 bij De Borggraeve. Vraag 5 (synthesen) schriftelijk. Examenvragen komen telkens terug, kijk zeker naar de oude examens op Toledo.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 augustus 2019===<br /> #reactie van cyclohexanon met aniline en dibenzylamine<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen<br /> #rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in Sn2, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie<br /> #verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en grignardreactie waarbij een 4ring werd geopend en een 5ring gevormd<br /> #retrosynthese: Vorming cyclobutaancarbonzuur uit diëthylmalonaat (met dihalogeenalkaan uit slides), acetyleen naar pentanal, <br /> <br /> ===11 juni 2019===<br /> #reactie van cyclohexanon met aniline en dibutylamine<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen<br /> #rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in solvolyse met mierenzuur, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie<br /> #verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en een reactie met een methylshift<br /> #retrosynthese: acetoacetaatsynthese,acetyleen omzetten in pentanal, friedelcraftsacylering<br /> <br /> ===23 augustus 2018===<br /> #Dieckmannreactie<br /> #stereochemie van 2 paar moleculen, configuratie en E/Z bepalen<br /> #rangschikken op reactiviteit volgens basciteit, zuurheid, solvolyse<br /> #Mechanismen toelichten: simpele alkylshift + grignardreactie<br /> #retrosynthese<br /> #*geen idee meer, maar je had grignard nodig<br /> #*epoxide maken van tolueen<br /> #*fiedelcrafts<br /> <br /> ===18 juni 2018 nm===<br /> # Vergelijk de reactie van cyclopentanon met a) aniline b) dibenzylamine. Welke producten worden gevormd?<br /> # Stereochemie<br /> # Reactiviteit Sn2, basiciteit en reactiviteit EAS rangschikken<br /> # Geef bij a het volledige mechanisme en bij b enkel de opeenvolgende intermediairen zodat het mechanisme duidelijk wordt [[Bestand:Vraag 4.png]]<br /> # Retrosynthese (geen mechanismen geven)<br /> [[Bestand:Vraag_5.png]]<br /> <br /> ===23 juni 2017 nm===<br /> # Nucleofiele aromatische substitutie van nitrohalogenide<br /> # Stereochemie<br /> # Reactiviteit en basiciteit rangschikken<br /> # Mechanisme geven; ene was een methylshift uitvoeren, andere was een acetaal in een ring (best moeilijke)<br /> # Retrosynthese<br /> #* Acetyleen tot een diol<br /> #* Benzeen tot een benzeen met COOH para to alkylgroep<br /> #* Malonaat ester tot cylcobutanol<br /> <br /> ===23 juni 2017 vm===<br /> # Hydrolyse butylacetaat in zuur en base, waarom verzeping onomkeerbaar<br /> # Stereochemie<br /> # Rangschik volgens<br /> #* Basiciteit<br /> #* Reactiviteit Sn2 (1-broompentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloorpentaan, joodbenzeen)<br /> #* Reactiviteit solvolyse mierenzuur (isopropyljodide, mehtyljodide, tert-butyljodide, 2-fenyl-2joodpropaan)<br /> #<br /> #* Ingewikkeldere ringvormige structuur, OH groep protoneert en H2O gaat weg als leaving group, carbokation vormt en veel alkylshiften<br /> #* Verklaar solvolyse reactiviteit in mierenzuur, allylische positie vs gewoon vs anti aromaat<br /> # Retrosynthese<br /> #* Malonzuurestersynthese<br /> #* Acetyleen naar pentaan-2-on<br /> #* Van fluorbenzeen naar een benzeen met een amine en methoxy die para staan<br /> <br /> ===19 juni 2017===<br /> # Bespreek de claisencondensatie van butylethanoaat <br /> # Stereochemie<br /> # Vragen over rangschikking volgens stijgende basiciteit en reactiviteit met Sn2 reacties en reactiviteit bij solvolyse met mierenzuur.<br /> #<br /> #* Moest gy het reactiemechanisme zeggen waarbij gy eerst moest verzepen en daarna decarboxyleren. <br /> #* Het reactiemechanisme geven van 2,2-methyl-hexaan-3-ol tot 2-broom-2,3methyl-hexaan en met behulp van HBr<br /> # Retrosynthese<br /> #* Cyclohexeen en daarop moest gy COOH op plaatsen 1 plaats verder dan de dubbele binding.<br /> #* van acetyleen tot pentanal<br /> #* anisol tot p-propylanisol<br /> <br /> ===21/08/2015===<br /> # Dieckmannreactie<br /> # stereochemie<br /> #<br /> #* welke best aan elektrofiele aromatische substitutie doet<br /> #* welke meest bascisch is<br /> #* welke snelst aan SN2 doet<br /> #<br /> #* een mechanisme dat je moest maken: een acetaal hydroliseren en dan imine maken<br /> #* iets van eliminatie dat je moest uitleggen, ging voornamelijk over de antiperiplanaire schikking<br /> # [[Bestand:Retrosyntheses21aug2015orgchem.png]]<br /> <br /> ===15/06/2015 namiddag===<br /> # Bespreek de chlorering van anisol en nitrobenzeen. (mondeling, 2 punten)<br /> # Twee oefeningen waarbij je R en S moest bepalen en zeggen of het stereomeren/enantiomeren/... zijn (schrijftelijk, 2 x 1 punt)<br /> # Drie oefeningetjes waarbij je moet rangschikken:<br /> #* welke is het meest basisch<br /> #* Welke gaat het snelst reageren in een SN2 reactie<br /> #* Welke reageert het snelst in solvolyse met mierenzuur (schriftelijk, 3 x 1 punt)<br /> # <br /> #* Een hele vage molecule die dmv zuur mileu omgezet wordt in een andere nog vagere molecule. (oplossing: was door heel veel hydrideshiften en sterische hinder)<br /> [[bestand:Vaagmoleculeorgvragen.png]] <br /> #* Een molecule A die trans stond en een molecule B die cis stond (of andersom) een van de twee gaf één molecule na eliminatie, de andere gaf er twee. Waarom? (oplossing: antiperiplanaire shizzle die bij eliminatie staat) (Mondeling 2 x 2 punten)<br /> # Drie retrosyntheses (schrijftelijk, 3 x 3 punten)<br /> <br /> === 15/6/2015 voormiddag===<br /> # (mondeling): vergelijk de reactie van een primair en een secundair amine met een keton en wat zijn de verwachte producten.Ook de pH hierbij verklaren (2ptn)<br /> # R en S geven 2x 2 moleculen + de relatie tussen de 2 moleculen (2x1 ptn)<br /> # 3 rangschikvragen elk op 1 punt. Wat is het zuurst? Welke reageert het best met...? en nog ene die ik ni meer weet.<br /> # (mondeling):<br /> #* leg de additie van dibroom uit aan een (E)-1-noneen in waterig milieu. Geef alle producten en duid de stereocentra aan en geef R en S. (2ptn)<br /> #* Substitutie van een secundair alcohol da een broomalkaan geeft. Hier staat de broom niet waar de OH groep stond waarom? (tertiare carbokationen zijn stabieler dan secondaire dus er was een omvorming) (2ptn)<br /> # drie synthesen waarbij ge geen mechanismen moet geven. (3x 3ptn)<br /> <br /> ===24 juni 2014===<br /> # Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.<br /> # Geef aan of de volgende paren moleculen diastereomeren, enantiomeren of identieke verbindingen zijn. Bepaal R/S voor elk stereogeen centrum.<br /> #* [[Bestand:2a.jpg]]<br /> #* [[Bestand:2b.jpg]]<br /> #<br /> #* Rangschik volgens toenemende reactiviteit in S&amp;lt;sub&amp;gt;N&amp;lt;/sub&amp;gt;2: 4-jood-anisol, 1-broom-2-methylhexaan, 1-broompentaan, 1-broom-2,2-dimethylhexaan, 1-broom-3-methylhexaan<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:3b.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #* Rangschik volgens afnemende zuurheid: 2-hexeen, 1-butyn, dichloorazijnzuur, 5,5,5-trifluoropentanol, 2,4-pentaandion<br /> #<br /> #* Geef een aanvaardbaar mechanisme voor de volgende omzetting. Welk product wordt er nog gevormd? &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:4a.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> #* Verklaar voor de solvolyse met mierenzuur de waargenomen reactiviteit C &amp;lt; A &amp;lt; B aan de hand van een mechanisme. &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:4b.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> # Synthese &amp;lt;center&amp;gt;[[Bestand:5.jpg]]&amp;lt;/center&amp;gt;<br /> <br /> ===18 juni 2014===<br /> # Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.<br /> # Enantiomeren, diastereomeren, bepaal R/S<br /> #<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in Sn2.: 1-chloorpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-joodpentaan, chloorbenzeen<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: anion van keton, ester, diester, diketon, ketoester.<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in solvolyse met mierenzuur: isopropyljodidi, tert-butyljodide, methyljodide, 2-fenyl-2-joodpropyl.<br /> # Geef mechanisme<br /> #* aldolcondensatie<br /> #* substitutie van 2,2-dimethyl-3-hexanol met HBr (omlegging).<br /> # Synthese<br /> #* hexaandizuur tot 2-methylcyclopentanon<br /> #* keton tot shiffbase<br /> #* benzeen tot trichloorbenzeen in meta positie ten opzichte van elkaar.<br /> <br /> ===24 juni 2011===<br /> # Wat is de rol van DCC (cicyclohexylcarbodiimide) in de nucleofiele substitutie van een carbonzuur en een amine. Illustreer het mechanisme met de reactie tussen benzoëzuur en dimethylamine. Wat is een alternatieve manier? (geen mechanisme).<br /> # Zijn de volgende paren van moleculen verschillende manieren om hetzelfde molecule weer te geven of zijn het enantiomeren, diastereomeren, verschillende conformaties, ... [[Bestand:2a.png]] [[Bestand:2b.png]] [[Bestand:2c.png]]<br /> # <br /> #* Rangschik volgens toenemende zuurheid: 1-hexeen (A); dibroomazijnzuur (B); 2-butyn (C); 3,3,3-trifluorpropanol (D); pentaan-2,4-dion (E)<br /> #* Rangschik volgens toenemende basiciteit: [[Bestand:3b.png]]<br /> #* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutiereactie: anisol (A); p-dinitrobenzeen (B); tolueen (C); benzonitril (D); chloorbenzeen (E)<br /> # Geef een aanvaardbaar mechanisme voor volgende omzettingen:<br /> #* HINT: het zuur reageert eerst met de C=C dubbele binding [[Bestand:4a.png]]<br /> #* Geef het mechanisme en ook een volgorde voor X (=F, Cl, Br, I) qua reactiviteit: [[Bestand:4b.png]]<br /> # Syntheses (geen mechanismen vereist):<br /> #* Synthetiseer één van beide moleculen: [[Bestand:5a.png]]<br /> #* Gebruik het weergegeven keton, butaanzuur en benzeen om volgende omzetting te verwezenlijken. De Wittigreactie is niet mogelijk wegens tetragesubstitueerd alkeen. [[Bestand:5b.png]]<br /> #* Hoe kan men dit eindproduct maken uit cyclohexanon?<br /> [[Bestand:5c.png]]<br /> <br /> ===10 juni 2011===<br /> # Wat is de rol van DCC (dicyclohexylcarbodiimide)in de nucleofile acylsubstitutie van een carbonzuur en een amine. (Mechanisme) Wat is een alternatief voor deze reactie? (geen mechanisme)<br /> #Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.<br /> #* 2-methylcyclohexanol<br /> #* newmanprojectie met zaagbokprojectie vergelijken van 2 enantiomeren (bijvraag: wat is de definitie van enantiomeren)<br /> #* 2,3,4 pentaantriol<br /> #<br /> #*Rangschikken naar toenemende zuurheid: 2-hexyn; 1-hexyn; 2,2,2 trifluorethanol; een beta-diketon; dichloorazijnzuur<br /> #*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''<br /> #*Rangschikken naar toenemende basiciteit: anionen van esters en ketonen.<br /> #<br /> #*Verklaar de volgende reactie (Favorski-omlegging) met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:Organische Favorski 10 juni 2011.jpg]]<br /> #*Geef een verklaarbaar mechanisme voor de volgende reactie: [[Bestand:Organische 4b 10 juni 2011.gif]]<br /> #Syntheses: [[Bestand:Organische Retrosynthese 10 juni 2011.jpg]]<br /> <br /> ===18 juni 2010===<br /> #Bespreek de nucleofiele substitutie van nitrogesubstitueerde arylhalogeniden door natriummethoxide.<br /> #Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.<br /> #<br /> #*Rangschikken naar toenemende basiciteit<br /> #*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''<br /> #*Welke verbinding(en) is (zijn) aromatisch volgens de regel van Hückel? De vrije elektronenparen zijn niet weergegeven maar zijn wel aanwezig. [[Bestand:Huckel.jpg]]<br /> #<br /> #*Verklaar de volgende reactie met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:omzetting.gif]]<br /> #*Menthylchloride en neomentylchloride (zie onderstaande figuur) ondergaan eliminatie bij behandeling met natriumethoxide in methanol. Eén van de stereo-isomeren reageert veel sneller. Welke en waarom? [[Bestand:Menthyl.jpg]]<br /> #Syntheses: ''Bij de derde stond gegeven dat het via een beta-keto-ester moest.''<br /> [[Bestand:Retro2010.gif]]<br /> <br /> ===19 juni 2009===<br /> # Claisencondensatie van ethylpropanoaat<br /> # stereoisomeren en R/S aanduiden<br /> #<br /> #* is het molecule aromatisch<br /> #* rangschik volgens basiciteit<br /> #* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS<br /> #<br /> #* darzens reactiemechanisme<br /> #* reactie van natrium jodide op S 1-broom-2-methylbutaan<br /> # 3 Synthesen<br /> <br /> ===8 juni 2009===<br /> # NH2OH+aceton, waarom optimaal bij 4.5 pH<br /> # stereoisomeren en R/S aanduiden<br /> #<br /> #* is het molecule aromatisch<br /> #* rangschik anionen volgens stabiliteit<br /> #* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS<br /> #<br /> #* darzens reactiemechanisme<br /> #*E2 eliminatie op (2S,3S)-2-broom-3-fenylbutaan: regioselectiviteit bespreken<br /> # synthesen: [[Bestand:organische2009.png]]<br /> <br /> ===23 juni 2008===<br /> #Aceton en hydroxylamine. ph-afhankelijkheid. waarom niet te zuur/niet te basisch.<br /> #R en S bepalen, zegge of het diastereomeren, enantiomeren ... zijn. <br /> #aromatisch of niet? <br /> #anionen naar basiciteit, waren moleculen met 1 of 2 carbonyls op<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #carbonyls een chirale koolstof ernaast (alphapositie dus) ondergaan racemisatie via enol/enolaat in zuur/basisch milieu. Met alpha-aminozuren gaat dat niet, noch in basisch noch in zuur milieu. waarom? gebruik l-phenylalanine (structuur gegeven) als voorbeeld.<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan<br /> #Synthesen<br /> <br /> ===10 juni 2008===<br /> #Dieckmann reactie<br /> #Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren... zijn<br /> #Amine naar basisiteit schikken<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #Basiciteit van aminen bepalen<br /> #Reactiemechanisme van een epoxidevorming<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan<br /> #Synthesen<br /> <br /> ===9 juni 2008===<br /> #Dieckmann reactie<br /> #Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren,... zijn<br /> #Stabiliteit van anion bepalen (er zat een aromaat op)<br /> #Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS<br /> #Basiciteit van aminen bepalen<br /> #Reactiemechanisme van een acetaalvorming en zeggen waar zuurstof en oorspronkelijke carbonylfunctie naar toe is<br /> #Bepalen van conformatie van het product na E2 van (2R,3S)-2-broom-3-fenyl-butaan (niet meer zeker van absolute configuraties)</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Algemene_Natuurkunde_II&diff=1784 2019-08-19T11:19:14Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof Wübbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.<br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===19 augustus 2019 VM===<br /> #Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld: formule voor straal afleiden en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)<br /> #Straling van een zwart lichaam: welk spectrum, verklaar met de verschuivingswet en de wet van Boltzmann. Spectrum vergelijken met laser. Verband tussen emissie en absorptie coefficient<br /> #Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E<br /> #Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)<br /> <br /> ===28 januari 2019 NM===<br /> #Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)<br /> #Straling van een zwart lichaam<br /> #Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E<br /> #Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)<br /> <br /> ===28 januari 2019 VM===<br /> #Wet van Faraday, Wet van Lenz, transformator uitleggen +Foucaultstromen<br /> #Polarisatietoesten van em-straling + verstrooiing, absorptie, breking <br /> #Twee bolschillen: potentiaalverschil R1 en R2 en capaciteit<br /> #Solenoïde (zelfinductie en weerstand). Energie, vermogen, .. bepalen<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> #Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven<br /> #Straling van een zwart lichaam<br /> #Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt<br /> #Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?<br /> <br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de wet van Biot-Savart, leg de gelijkenissen en verschillen t.o.v. de wet van coulomb uit (B(r) en E(r) vergelijken).Leidt de magnetische inductie B(r) rond een oneindig lange draad of m.b.v. de wet van Biot-Savart.<br /> #Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider. meerheids- en minderheidsladingdrager uitleggen. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.<br /> #Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt.<br /> #Twee lichtstralen met golflengte 600 nm in de lucht zijn in fase wanneer ze invallen op twee rechthoekige stukjes glas. het eerste stuk heeft lengte=4µm en brekingsindex n=1,4 . Het tweede stuk heeft lengte=3,4µm en n=1,6. Achter de stukjes glas staat een scherm. wat is het faseverschil (in graden) waarmee ze aankomen?<br /> <br /> ===17 januari 2019 NM===<br /> #Wet van Faraday en Lens bespreken, transformator + toepassing, foucaultstromen<br /> #Laser, straling van een zwart lichaam (bijvraag: grafiek tekenen I(lamda) (brede klokvorm voor zwart lichaam vs dunne voor laser)<br /> #Twee bolschillen: potentiaal en capaciteit<br /> #Twee glasplaatjes met verschillende lengte en n. bepaal het faseverschil van twee loodrechte stralen (initieel in fase)<br /> <br /> ===17 januari 2019 VM===<br /> #Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven<br /> #straling van een zwart lichaam<br /> #Dikte micaplaatje proef van Young<br /> #Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt<br /> <br /> ===24 augustus 2018===<br /> #halfgeleiders + pn-juncite<br /> #wet Biot-Savart toepassen op oneindig lange rechte draad<br /> #condensator gevuld met water, oppervlakte lading en E berkekenen<br /> #dikte miccaplaatje met proef van Young bepalen<br /> <br /> ===22 januari 2018 vm===<br /> Zelfde als 15 januari 2018<br /> <br /> ===19 januari 2018 vm===<br /> <br /> Theorie:<br /> #De wet van Biot-Savart<br /> #Verschil tussen intrinsieke en gedopeerde halfgeleider + pn-junctie<br /> Oefeningen:<br /> #2 bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.<br /> #er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?<br /> <br /> ===18 januari 2018 vm===<br /> <br /> Zie examen 17 januari 2017<br /> <br /> Er werd ook nog gevraagd naar ferromagnetisme bij vraag 1<br /> <br /> ===15 januari 2018 nm===<br /> Theorie:<br /> #Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld + massaspectrometer en cyclotron uitleggen<br /> #RLC-keten uitleggen <br /> Oefeningen:<br /> #We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?<br /> #De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10^-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x10^23. <br /> #* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn? <br /> #* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?<br /> <br /> ===20 januari 2017 nm===<br /> Theorie:<br /> #Polarisatie toestanden<br /> #Gedopeerde halfgeleiders vs zuivere halfgeleiders en de PN-junctie<br /> Oefeningen:<br /> #2 bolschillen. Potentiaal verschil en Electrisch veld berekenen van R naar oneindig.<br /> #Solenoïde: magnetisch kracht na lange tijd en wanneer is deze half zo groot? (vermogen berekenen en hoeveel procent van het vermogen heeft het de 2e dan verbruikt)<br /> <br /> ===20 januari 2017 vm===<br /> Theorie:<br /> #Rlc keten uitleggen<br /> #Wet van ampere (tijdsafhankelijk en onafhankelijk)<br /> Oefeningen: <br /> #een bol met 2 stralen en een elektrisch veld waarvan de lading en de potentiaal berekend moeten worden <br /> #de oefening met licht dat door een gat moet op een hoogte van 50mm, gat zelf is 10mm groot en staat op 30 cm van de bron, wat zijn de golflengtes die aankomen bij het gat?<br /> <br /> ===19 januari 2017 nm===<br /> helemaal hetzelfde als de voormiddag<br /> <br /> ===19 januari 2017 vm===<br /> Theorie: <br /> #Halfgeleiders (+grafieken temperatuursafhankelijkheid van n-en p-types)<br /> #Biot-savart (eindig en oneindig)<br /> <br /> Oefeningen:<br /> #2 bolschillen: potentiaalverschil en capaciteit berekenen<br /> #2 stukjes glas met lichtstraal (zelfde golflengte) erdoor: faseverschil berekenen<br /> <br /> === 17 januari 2017===<br /> Zie examen 18 januari 2016. <br /> #Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit<br /> #LASER<br /> Bijvragen bij de werking van de LASER: wat zijn de eigenschappen van laserlicht? Wat zorgt voor de overgang van niveau 2 naar niveau1?<br /> <br /> oefeningen<br /> #oefening van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt<br /> #micaplaatje<br /> <br /> === 16 januari 2017===<br /> Theorie: <br /> #RLC-keten<br /> #Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer<br /> Oefeningen:<br /> #mica<br /> #water in condensator<br /> <br /> === 18 januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit<br /> #LASER<br /> Oefeningen:<br /> #oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt<br /> #oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter<br /> <br /> === 15 januari 2016 NM===<br /> Theorie:<br /> #Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit<br /> #LASER<br /> Oefeningen:<br /> #oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt<br /> #oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter<br /> <br /> === 15 januari 2016 VM===<br /> Theorie:<br /> #laser<br /> #magnetisatie en magnetische susceptibiliteit<br /> <br /> Oefeningen:<br /> #mica plaatje<br /> #RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&amp;amp;3<br /> <br /> === 14 januari 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie<br /> #Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad<br /> <br /> Oefeningen: <br /> #2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.<br /> #er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?<br /> (check oefeningen van examen 10 juni 2011)<br /> <br /> ===11 januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.<br /> #RLC uitleggen<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)<br /> ===16 januari 2015===<br /> Theorie:<br /> #magnetisatie<br /> #LASER<br /> Oefeningen:<br /> #RC-keten en V1,V2,V3 bepalen<br /> #mica<br /> <br /> ===15 januari 2015===<br /> Theorie:<br /> #Wet van Ampère<br /> #RLC in serie<br /> Oefeningen:<br /> #een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen<br /> #spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen<br /> <br /> ===12 januari 2015===<br /> Theorie: <br /> #zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie <br /> #de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.<br /> Oefeningen: <br /> #bolvormige condensator (V + C berekenen)<br /> #lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.<br /> <br /> ===26 januari 2015===<br /> Theorie:<br /> #Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer<br /> #LRC-kring<br /> Oefeningen:<br /> #Water in condensator<br /> #Micaplaatje<br /> <br /> <br /> ===20 januari 2014 voormiddag===<br /> Theorie:<br /> # Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.<br /> #LASER<br /> <br /> Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)<br /> <br /> === 14 januari 2014 voormiddag ===<br /> Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.<br /> <br /> === 19 juni 2013 namiddag ===<br /> Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde<br /> <br /> === 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===<br /> Theorie:<br /> #Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.<br /> #Bespreek de RLC kring<br /> <br /> Oefeningen:<br /> #We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?<br /> #De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023. <br /> #* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn? <br /> #* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?<br /> <br /> === 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===<br /> Theorie:<br /> # Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.<br /> # Leg RLC kring uit<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.<br /> # Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (namiddag)===<br /> Theorie:<br /> #Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad<br /> #Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden? <br /> <br /> Oefeningen:<br /> #Dieje kubus (zie oude examenvragen)<br /> #Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven<br /> <br /> === 10 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroïsme etc...)<br /> # Magnetisatie &amp;amp; magnetische susceptibiliteit<br /> <br /> Oefeningen:<br /> #Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 µF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. <br /> #*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)<br /> #*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). <br /> #*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?<br /> #We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?<br /> <br /> === 12 juni 2012===<br /> Theorie: <br /> # Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen<br /> # RLC kring bespreken<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 juni 2012===<br /> Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.<br /> <br /> === 27 juni 2011===<br /> Theorie:<br /> # Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit<br /> # Bespreek de werking van een LASER<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 µF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?<br /> # We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?<br /> <br /> === 17 juni 2011 ===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.<br /> # Effectiefspanning uitleggen<br /> <br /> === 14 juni 2011 ===<br /> Theorie:<br /> # Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad<br /> # Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Een kring met een solenoïde met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?<br /> # Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0µm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)<br /> === 10 juni 2011 (voormiddag) ===<br /> Theorie:<br /> # Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.<br /> # Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?<br /> <br /> oefeningen:<br /> # Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?<br /> # Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.<br /> * identificeer dit element volledig<br /> * door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.<br /> <br /> === 10 juni 2011 (namiddag) ===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten<br /> # Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.<br /> # er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?<br /> <br /> === 11 juni 2010 ===<br /> Theorie:<br /> #Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.<br /> #Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?<br /> # Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cm². De cilinder is van een middenstof met µr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.<br /> <br /> === 7 juni 2010 (Wübbenhorst dus) ===<br /> Theorie:<br /> # RLC-keten met wisselspanning uitleggen<br /> # Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # over een solenoïde met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven<br /> # ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?<br /> <br /> ===22 augustus 2009===<br /> Theorie:<br /> #Bespreek Foucaultstromen<br /> #Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen<br /> <br /> Oefeningen:<br /> (Iemand aub?)<br /> <br /> ===17 augustus 2009===<br /> Theorie:<br /> #Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator<br /> #Bespreek ferromagnetisme<br /> <br /> Oefeningen:<br /> #Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?<br /> #Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)<br /> <br /> ===19 juni 2009===<br /> Theorie: <br /> # Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.<br /> # Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?<br /> # Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.<br /> :[[Bestand:driehoekspanning.gif]]<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> Theorie: <br /> # LASER.<br /> # Wederzijdse inductie en zelfinductie.<br /> Oefeningen:<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> ===12 juni 2009===<br /> Theorie:<br /> # Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.<br /> # Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?<br /> # Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.<br /> <br /> ===8 jun 2009===<br /> Theorie:<br /> # Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.<br /> # Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.<br /> #* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).<br /> #* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.<br /> #* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.<br /> # Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek &amp;lt;math&amp;gt;&amp;amp;\X\theta \widehat{B A H}&amp;lt;/math&amp;gt; is 30° (geen idee hoeveel het juist was).<br /> #* Bereken de intensiteit in H.<br /> #:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]<br /> <br /> ===8 jun 2009===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek RC-filters.<br /> # Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.<br /> # Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoëfficiënt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.<br /> # Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.<br /> # spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cm² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.<br /> <br /> ===16 jun 2008===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.<br /> # Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden <br /> # een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.<br /> # Bespreek de proef van Young.<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen. <br /> #een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.<br /> <br /> ===13 jun 2008===<br /> Theorie:<br /> # Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie<br /> # Bespreek de LRC-keten<br /> <br /> Oefeningen<br /> # LC keten<br /> # Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex<br /> <br /> ===9 jun 2008===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.<br /> # Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.<br /> #* bepaal de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.<br /> #* stel dat de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?<br /> # In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.<br /> <br /> ===15 jun 2007===<br /> Theorie:<br /> # Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld<br /> # Serie RLC keten bespreken<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand<br /> # Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.<br /> <br /> ===12 jun 2007===<br /> Theorie:<br /> # Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.<br /> # De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.<br /> <br /> Oefeningen<br /> # Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.<br /> # Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Grondslagen_van_de_Chemie&diff=1293 2018-08-26T07:04:36Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak chemie voor 1e bachelor chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door professor &amp;lt;s&amp;gt;Koen Clays&amp;lt;/s&amp;gt; &amp;lt;s&amp;gt;Bart Goderis (sinds academiejaar 2013-2014)&amp;lt;/s&amp;gt; Koen Clays<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 30 januari 2018 namiddag===<br /> Theorie<br /> #Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6<br /> # Bespreek de voorwaarden en de gevolgen van het stationariteitsprincipe. Geef een duidelijk en relevant voorbeeld. /4<br /> <br /> Oefeningen<br /> #De stabiliteitsconstante voor de vorming van het complex Pb(OH)42- is 1,0.1016. De standaardreductiepotentiaal voor het koppel Pb2+(aq)/Pb(s) is -0,12V. Bereken aan de hand van deze gegevens de standaardreductiepotentiaal voor het koppel Pb(OH)42-(aq)/Pb(s). / 3<br /> #Er wordt een buffer met pH = 6,90 gemaakt uitgaande van NaH2PO4 en Na2HPO4. De eindconcentratie van NaH2PO4 in 400 mL van deze oplossing is 0,020 M. Bereken hoeveel gram dinatriumwaterstoffosfaat er in deze oplossing moet zitten om de beoogde pH te realiseren. Aan deze oplossing wordt 100 mL 0,0080 M HI toegevoegd. Bereken ook de pH na toevoeging hiervan. Vanaf hoeveel mol NaOH toegevoegd zou de startbuffer niet meer werkzaam zijn? Licht kort toe. /3<br /> <br /> === 23 januari 2018 namiddag===<br /> Theorie<br /> #Stel een mogelijk reactiemechanisme voor bij reactie 7 BOD tabel 6.2. /4<br /> #Waarom mag men geen ontkalker bij javel doen? Geef alle relevante reacties. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Bepaal de baseconstante van NH3 aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels. /3<br /> #Geef de Lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van XeF2 en HClO2. /3<br /> === 22 januari 2018 namiddag===<br /> Theorie <br /> # Hoe kan men het evenwicht naar de producten doen verschuiven? Heeft dit dan ook gevolgen voor de reactiesnelheid? /4<br /> # Vergelijk chroomvocht (dichromaat in zwavelzuur), piranhazuur (waterstofperoxide in zwavelzuur), koningswater en cyanide in base als oplosmiddelen voor (edel)metalen. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> # Je wilt 0.488 g Cu(OH)2 oplossen in water tot een eindvolume van 100 mL. Bereken hoeveel gram NaCl er nodig is om ervoor te zorgen dat Cu(OH)2 niet neerslaat. Het CuCl4^-2 complex wordt gevormd. /3<br /> # Bepaal grafisch de activeringsenergie van de reactie (tabel met temperatuur en snelheidsconstantes gegeven). Bepaal ook de snelheidsconstante bij 37 graden. Kan je hiermee iets zeggen over de orde van de reactie? /3<br /> <br /> === 17 januari 2018 ===<br /> Theorie <br /> # Hoe kan de snelheid van de reactie beïnvloed worden? Verandert dan ook de ligging van het evenwicht van de reactie? /6<br /> # Welke factoren bepalen of een molecule al dan niet een permanent dipoolmoment bezit? Geef duidelijke voorbeelden. /4<br /> <br /> Oefeningen<br /> # Je wilt 42.72 g Fe(OH)3 oplossen in water tot een eindvolume van 500 mL. Bereken welke concentratie waterstoffluoride (HF) er nodig is om ervoor te zorgen dat Fe(OH)3 niet neerslaat. /3<br /> # Stel de correcte redoxreactie op van de koppels Br2/Br^- en AsO4^3-/AsO2^-. Toon aan met berekeningen dat het over een aflopende reactie gaat bij kamertemperatuur (25°C) /3<br /> <br /> === 16 januari 2018 ===<br /> Theorie<br /> # Bespreek de reactie van chloor in base. Geef een belangrijke toepassing.<br /> # Vergelijk de ideale gaswet met de van der Waalsvergelijking voor reële gassen en bespreek de trend in co-volume b en cohesiedruk a (BOD p.141) voor H2, N2, CO2 en C4H10<br /> <br /> === 15 januari 2018 namiddag ===<br /> Theorie<br /> # BOD tabel 6.2, reactie 8: stel een mogelijk reactiemachanisme voor<br /> # Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer<br /> <br /> Oefeningen<br /> # bepaal de baseconstante van MnO4^2- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels<br /> # lewisstructuur, hybridisatie en polariteit van 2 moleculen<br /> <br /> === 15 januari 2018 namiddag ===<br /> (examen voor gedeeltelijke vrijstelling, enkel vragen deel E)<br /> <br /> Theorie<br /> # Wat zijn de drijvende krachten bij een complexatiereactie? Toon aan met goed gekozen voorbeelden, en leg uit aan de hand van de kenmerken van een hoge stabiliteitsconstante. /4<br /> # Wat zijn de 2 vuistregels van een goeie buffer? Leidt deze af aan de hand van de begrippen neutralisatiegraad en buffercapaciteit. Leg de link met pH-titratie. Leg uit: bloed als buffer. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> # Bepaal de baseconstante van MnO4^2- aan de hand van de standaardreductiepotentialen van de redoxkoppels /3<br /> # Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.530M ammoniakoplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3 (Toepassing neerslag &amp; complexatie)<br /> <br /> === 1 september 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Waarom zijn er diagonaalrelaties? Geef voorbeelden van chemische eigenschappen die gebruikt worden in chemische reacties. /5 <br /> #Geef het verband tussen de redoxpotentiaal van een redoxhalfreactie en de evenwichtconstante van de gehele reactie. Geef ook de gevolgen. /5<br /> <br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of er neerslagvorming optreedt. <br /> #Vrijgekomen warmte en energie uit een reactie berekenen. <br /> === 25 Augustus 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vergelijk het verschil van de invloed van temperatuur op de reactiesnelheid en het evenwicht - zowel in formulevorm als grafisch /6<br /> k &amp; K afleiden en grafisch weergeven met resp. ln k ~ 1/T en ln K ~ 1/T (voor dH&gt;0 en dH&lt;0)<br /> <br /> #Welke chemisch relevante eigenschappen van atomen kan je afleiden van de positie in het periodiek systeem? /4 <br /> Zuur-base; oxidans-reductans (+verband), ... (atomen, niet ionen van het element!)<br /> <br /> <br /> Oefeningen<br /> #Hoeveel zilverbromide kan je oplossen in een 0.53M ammonium oplossing. Verwaarloos de basische eigenschappen van NH3. /3<br /> (Toepassing neerslag &amp; complexatie)<br /> <br /> #Redoxreactie van SO4^2-(aq)/SO3^2-(aq)- en MnO4-(aq)/MnO(v). /3<br /> <br /> === 21 Augustus 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan het evenwicht in de richting van de producten worden verschoven? Heeft dit invloed op het evenwicht? /6<br /> '''concentratie wijzigen'''<br /> principe van Le Chatelier<br /> hogere concentratie -&gt; meer kans op botsingen -&gt; sneller<br /> <br /> '''druk wijzigen'''<br /> bij drukverhoging -&gt; daalt volume -&gt; c=n/v dus concentratie stijgt (vanaf dan analoog aan Le Chatelier)<br /> bij drukverlaging is gunstig voor reacties waarbij delta(N) = (Nproducten - Nreagentia) negetief is(N staat voor de coëfficiënten van de stoffen in de reactie)<br /> <br /> '''temperatuur wijzigen'''<br /> Kev is temperatuursafhankelijk -&gt; delta(G) =-RT.ln(K) &lt;-&gt; ln(k)=-delta(H)/RT +delta(S)/R (teken grafiek 1/T met ln(k))<br /> endo -&gt; hoge T is gunstig<br /> exo -&gt; lage T is gunstig<br /> <br /> #Wat is het verband tussen neerslag- en complexatiereacties? /4<br /> ionen met een hoge ladingsdichtheid kunnen niet zoals bijvoorbeeld Na+ en Cl- (afkomstig van goed oplosbaar zou NaCl) in oplossing voorkomen,<br /> aangezien dit niet stabiel is.<br /> gaan dus ofwel neerslaan ofwel complexeren<br /> (Ksp en 1/Kst vergelijken -&gt; de stabielste toestand gaat zich dan voordoen)<br /> <br /> <br /> Oefeningen<br /> #Teken de lewis-structuur, geef het sterisch getal, hybridisatie, geometrische en atoomstructuur van HCN en ICL3. Geef ook aan of ze polair zijn of niet. /3<br /> #Leid de Kb af van (AsO2)- aan de hand van zijn standaarreductiepotentiaal. Kies zelf een goed redoxkoppel. /3<br /> <br /> === 24 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Welke verbindingen zijn zelf niet zuur of basisch, maar vertonen wel zure of basische eigenschappen als ze in water gebracht worden? /6<br /> #Hoe kunnen meerdere verschillende kationen die samen in een mengsel voorkomen, van elkaar gescheiden worden? Waarop moet je letten om de scheiding zo volledig mogelijk te laten gebeuren? /4<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming /3<br /> #correcte redoxreactie van 2 gegeven koppels schrijven en berekenen dat dit een aflopende reactie is. /3<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Bij welke reacties is quenchen van toepassing? Leg goed uit en geef een voorbeeld. /4<br /> #Vergelijk chroomvocht, piranhazuur, koningswater en cyanide in base als oplossmiddel voor (edel)metalen. /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Roosterenergie berekenen /2.5<br /> #concentratie zout berekenen die toegevoegd moet worden om gegeven hoeveelheid neerslag op te doen lossen. /3.5<br /> <br /> === 18 januari 2017 ===<br /> VM<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je de reactiesnelheid beïnvloeden? Wat betekent dit voor het chemisch evenwicht? /4<br /> #Wat gebeurt er bij de elektrolyse van water voor geen, een weinig en veel NaCL? /6<br /> <br /> Oefeningen<br /> #pH + werkelijke ionenconcentraties van een bioprotisch zuur berekenen /3<br /> #een slecht oplosbaar zout oplossen aan de hand van complexatie door een te berekenen massa NaCl toe te voegen /3<br /> <br /> === 17 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Hoe kan je het evenwicht naar de kant van de producten brengen? Heeft dit een invloed op de snelheid?<br /> #Geef het verband tussen protontransferreacties en elektrontransferreacties. Geef voorbeelden die dit verduidelijken.<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Berekenen of een reactie neerslaat of niet ondanks complexvorming.<br /> #Bepaal de hybridisatie en geometrie van PCl3 en SF4. Teken de atoomstructuur en zijn deze moleculen polair of apolair en een uitleg waarom.<br /> <br /> === 16 januari 2017 ===<br /> Theorie<br /> #Vuistregels met afleiding van buffers geven, dit ook toepassen op pH titraties, bloed als buffer bespreken<br /> #Hebben kationen basische of zure eigenschappen, zijn dit dan zwakke of sterke zuren of basen (voorbeelden kunnen helpen en verduidelijkend zijn)<br /> <br /> Oefeningen <br /> #Aantal ml en molair NiSO4-oplossing samenvoegen met een aantal ml en molair NH3, toon aan dat ondanks het gevormde complex nikkel (II) ammoniak er toch nog neerslag gevormd wordt<br /> #Een tabel gegeven van temperatuur en snelheidsconstante, de opdracht is grafisch de activeringsenergie te berekenen en k te berekenen bij 250°C<br /> <br /> === XX Augustus 2016 ===<br /> Theorie:<br /> #Leg de verschillende soorten isomerie uit + wat is tautomerie?<br /> #Leg uit waarom fluoride in tandpasta zit (alle 6 puntjes geven, dus ook vorming CaF uitleggen)<br /> <br /> Oefeningen<br /> #Random oefening uit oefenzitting<br /> #Berekend de Kw vertrekkende vanuit de standaardreductiepotentialen voor water in zuur/basisch milieu<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #Leg de elementaire reactiestappen uit adhv voorbeelden (mono,bi,termoleculair, stationariteitsprincipe, vorming ozon)<br /> #Geef de '''essentie''' van een titratie + grafieken<br /> <br /> oefeningen:<br /> #Oplosbaarheid van AgNO3 berekenen na toevoegen van een of ander zuur/base<br /> #nog een oefening<br /> === 11 januari 2016 ===<br /> #Hoe bepaal je de geometrische structuur bij covalent gebonden atomen en geef 3 voorbeelden <br /> #bij welke reactie is quenching van toepassing?<br /> <br /> ===XX januari 2016===<br /> Theorie:<br /> #heterogene en homogene en enzymatische katalysator + alles uitleggen hiervan<br /> #loodbatterij<br /> <br /> ===12 januarie 2016===<br /> #Verschillen tussen Co en Fe en zeggen waarom Fe gebruikt wordt voor zuurstof transport <br /> #het verschil tussen c dubbel gebonden en enkel gebonden <br /> #bij de oefeningen was eentje E0 bepalen ahv Ka en een andere E0 <br /> #andere grafisch de orde enzo bepalen <br /> <br /> ===10 JAN 2014===<br /> Theorie:<br /> #Roosterenergie van 2 roosters (NaCl en MgO) berekenen met de formule, zeggen of er nog een andere manier was om die te vinden (Hess) en of er een verschil in uitkomst te verwachten was tussen de twee manieren. Vergelijken van de pH van de twee oplossingen.<br /> #Uitleggen waarom termoleculaire reactiestappen omwaarschijnlijk zijn. Reactiemechanisme van 2HI + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; -&amp;gt; I&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt; + H&amp;lt;sub&amp;gt;2&amp;lt;/sub&amp;gt;O geven. Stationariteitsprincipe uitleggen en zeggen of het op die reactie van toepassing was. <br /> #Waar/soms waar/niet waar: Een proces is spontaan als de entropie in het systeem toeneemt. <br /> #Uitleggen wat een buffer is en de vuistregels voor een goede buffer uitleggen zonder de hele wiskundige berekening te doen.<br /> <br /> Oefeningen.<br /> #Oplosbaarheid van AgBr, complexatie met thiosulfaat en alternatieve manier geven om oplosbaarheid te verhogen. Uitleggen waarom die laatste manier weinig effect zou hebben.<br /> #Celpotentiaal berekenen van een gegeven schematische voorstelling.<br /> <br /> ===11 JAN 2013===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de elektronenstructuur van de atomen N en O met die van de moleculen N2 en O2. Licht de hierbij essentiële principes toe.<br /> # Geef de chemische functies van water. Geef bij iedere functie een voorbeeld in de vorm van een reactievergelijking. Is water sterk of zwak in deze functie?<br /> <br /> Oefeningen:<br /> # CuSO4 oplossing met NH3 oplossing (grootheden gegeven). Laat zien dat er ondanks de complexatie toch nog neerslagvorming optreedt.<br /> # Gegeven concentraties (van reactieproduct) in functie van de tijd. Bepaal grafisch de orde en de halfwaardetijd.<br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Geef twee vuistregels voor een goede buffer en toon ze aan aan de hand van de neutralisatiegraad en de buffer capaciteit. <br /> #* Geef het verband hiervan met pH- titratie <br /> #* Is bloed een goede buffer ? Verklaar. <br /> # Verklaar waarom men tandpasta fluorideert.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 NM===<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie.<br /> # Broom in base.<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Welke reacties kunnen optreden als katalysator bij redoxreacties?<br /> # Leidt de halfreacties van een zwavelzure loodbatterij af<br /> <br /> <br /> ===24 JAN 2012 VM===<br /> # hoe bepaal je de elektronenconfiguratie van diatomaire moleculen en geef twee duidelijk verschillende voorbeelden<br /> # vergelijk Al en Li voor batterijen, geef voor en nadelen en verklaar waarom er Li batterijen zijn en geen Al<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # staaf met enkele goed gekoze voorbeelden het belang van de ladingsdichtheid in de chemie<br /> # welke reacties hebben er baat bij quenching toe te passen<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Beschrijf en vergelijk de kinematica en thermodynamica van de methatesereactie en de liganduitwisselingsreactie. <br /> # Leg de elektrolyse van water uit in de volgende omstandigheden:1. zonder zout, 2. met een beetje zout en 3. met oplossing van veel zeezout. <br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> Theorie :<br /> # geef de vuistregels vr bufferopl + afleiden buffercapaciteit en neutralisatiegraad. link met pHtitratie. vertellen over bloed als buffer, goede/slechte buffer?<br /> # iets van Fe complexatie, waarom de natuur is aangepast aan ademhaling door complexvorming van Fe met zuurstof<br /> Oefeningen :<br /> # van deel C met een tabel met waarden, orde van reactie afleiden + grafisch k en t1/2 bepalen<br /> # berekenen of PbOH2 neerslaat, uit een mengsel van PbSO4 met NaOH geloof ik<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 VM===<br /> Theorie:<br /> # Vergelijk de bindingssterkte en reactiviteit van C=C en C - C (enkelvoudige binding) op 4 ptn<br /> # Vergelijk de afhankelijkheid van de temperatuur voor de snelheidsconstante en de evenwichtsconstante<br /> <br /> <br /> ===1 FEB 2011=== <br /> Theorie:<br /> # Bespreek: Chroomvocht, Piranhazuur , koningswater en cyanide in base en hun werking op (edel)metalen. (/6)<br /> # Wat is een indicator en hoe werkt het? (/4)<br /> Oefeningen:<br /> # P4 + BR2 =&amp;gt; PBR3 vul aan met coefficienten en bereken de temperatuur waarvoor deze reactie spontaan zal verlopen. (/2.5)<br /> # en een oefening over de combinatie van complexvorming van Al(OH4)- en de neerslag van Al(OH)3. (/3.5)<br /> <br /> === 1 sep 2010 ===<br /> Theorie:<br /> # Verschillen en gelijkenissen tussen homogene, heterogene en enzymatische katalyse geven. Verduidelijken met vb.<br /> # Bindingssterkte en reactiviteit vergelijken tussen C-C en C=C. Welke reacties ondergaan ze.<br /> Oefingen:<br /> # Oplosbaarheid<br /> # Enthalpie &amp;amp; Entropie<br /> <br /> <br /> ===28 jan 2010===<br /> # bespreek de oplosbaarheid van metalen in zuur en basisch milieu (/6) <br /> # bespreek &amp;quot;quenching&amp;quot; en voor welke reacties is dit toepasbaar? (/4) <br /> <br /> oefeningen: <br /> # bepaal de oplosbaarheid van AgBr in een molaire NH3 oplossing (complexvorming) <br /> # een reactie difluor en diwaterstof -&amp;gt; 2HF. Gaat deze reactie op bij 500K ?<br /> <br /> <br /> ===26 jan 2010===<br /> # vergelijk piranhazuur, koningswater, dichromaat en cyanide voor het oplossen van edelmetalen. (.../6)<br /> # welke reacties kunnen als katalysator optreden bij een redoxreactie? (.../4)<br /> oefeningen:<br /> # Een oplossing van Ti(II)-ionen wordt in zuur midden getitreerd met een dichromaatoplossing (K2Cr2O7-oplossing). Hierbij worden het Cr(III)-ion en het Ti(III)-ion gevormd. Toon aan dat het gaat om een aflopende reactie.Het verloop van de titratie wordt potentiometrisch gevolgd en ook de pH wordt constant gemeten. In de oplossing zit nog een kalomelelektrode (E°=0.25V) die aan de anode gekoppeld is en een platina-elektrode. Op zeker ogenblik - na het passeren van het equivalentiepunt - wordt een celpotentiaal van 0.95V gemeten en een pH van 1.2. Bereken de concentratie aan Cr3+ ionen, als je weet dat deze concentratie vier maal hoger ligt dan die van de dichromaationen. (.../3)<br /> # Aan een oplossing van 70 ml 0.20 M nikkelsulfaat wordt 30 ml 0.60 M ammoniak toegevoegd. Toon aan dat er - ondanks de complexvorming - toch hydroxideneerslag gevormd zal worden. (.../3)<br /> <br /> <br /> === jan 2010 ===<br /> Mondeling:<br /> # Toon het belang aan van ladingsdichtheid in de scheikunde. Geef telkens duidelijk verschillende voorbeelden als het over verschillende soorten reacties gaat.<br /> # Bespreek de reactie van broom in base. Geef een relevante toepassing.<br /> Schriftelijk:<br /> # Bij 298 K gaat onderstaande reactie op. Men maakt een oplossing van 35,5 g van Cl2 en 0,1 g van H2 in een totaal volume van 200 ml. Wat zijn de evenwichtsconcentraties van H2, Cl2 en HCl ?<br /> #*H2(g) + Cl2(g) &amp;lt;=&amp;gt; 2HCl(g) <br /> # Bereken de Kb van IO-, uitgaande van<br /> #*IO3-(aq) / HIO(l) E° = 1,13V<br /> #*IO3-(aq) / IO-(aq) E° = 0,15V<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Wat is een dipoolmoment?<br /> # Vroeger werd kaliumpermanganaat e.a. veel gebruikt als goede oxidator. Tegenwoordig wordt pirhanazuur (mengsel waterstofperoxide/zwavelzuur) gebruikt. Waarom?<br /> Schriftelijk:<br /> # Temperatuurverandering berekenen van ijs (faseverandering,...)<br /> # Nog zo'n oefening in die aard.<br /> <br /> <br /> === jan 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Vergelijk de temperatuursafhankelijkheid van de evenwichtsconstante en de snelheidsconstante.<br /> # Waarom is een stof goed of slecht oplosbaar in water? En hoe kan je een slecht oplosbare stof beter oplosbaar maken?<br /> # Maak een vergelijking tussen thermodinamica en kinetica van metathesereacties versus complexatiereacties.<br /> # Geef de 2 hoofdregels voor het maken van een buffer en leid ze wiskundig af.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 1 feb 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties kunnen een redoxreactie katalyseren?<br /> # Geef het verband tussen neerslagreacties en complexatiereacties en geef een goed gevonden voorbeeld.<br /> Schriftelijk:<br /> #* Evenwichtsconstante berekenen bij 45°C (je krijgt de reactie)<br /> #* Evenwichtsdruk berekenen als druk in het begin gegeven is<br /> # Kb geven als je redoxkoppel krijgt (in zuur en in basisch midden)<br /> <br /> <br /> === 25 jan 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg uit wat tautomerie is + vb.<br /> # Voor het oxideren werden vroeger vaak de klassieke sterke oxidanten permanaat of dichromaat in zwavelzuur gebruikt, waarom is het gebruik van &amp;quot;piranaha-zuur&amp;quot; (waterstofperoxide in zwavelzuur) aan een opmars bezig?<br /> Schriftelijk:<br /> # men wil 200 ml maken van een oplossing die 3,81g magnesiumcloride en 0,8g natriumhydroxide bevat. Hoeveel gram ammoniumbromide moet er ook in deze oplossing zitter, opdat er geen neerslag is?<br /> # Boven/onder welke temperatuur gaat deze reactie spontaan op? <br /> #* N2 (g) + O2(g) = 2NO (g)<br /> #* Bereken ook de evenwichtsconstante bij 68°C.<br /> <br /> <br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # geef verband van de ionbinding en de covalente binding + verklaar<br /> # geef verband pH en redoxpotentiaal<br /> Schriftelijk:<br /> # bereken kb van een stof aan hand van 2 redoxpotentialen <br /> # oefenening waar je een eind temperatuur moest berekenen met warmtecapaciteit en latente verdampingswarmte (aangezien er een faseovergang is)</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-Organische_Chemie&diff=1244 2018-06-22T11:16:18Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.<br /> Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.<br /> Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 juni 2018===<br /> # De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.<br /> # Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld. <br /> # Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar. <br /> # Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar. <br /> # Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....<br /> # Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie. <br /> ===18 juni 2018===<br /> # De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven<br /> # Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie<br /> # Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...<br /> # Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen<br /> # Bespreek de stereochemie van 2 reacties<br /> # mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen<br /> ===14 juni 2018 ===<br /> Mondeling<br /> #4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.<br /> #De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.<br /> <br /> schriftelijk<br /> #Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.<br /> #Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)<br /> #4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.<br /> #Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.<br /> <br /> === 13 juni 2018 ===<br /> #4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)<br /> #Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)<br /> #Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)<br /> #Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom. <br /> #Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)<br /> #oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)<br /> === 7 september 2017 (voormiddag)===<br /> # 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.<br /> # vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.<br /> <br /> #De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.<br /> #welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).<br /> #reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...<br /> <br /> ===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===<br /> Mondeling<br /> #4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.<br /> #Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?<br /> <br /> Schriftelijk<br /> #oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)<br /> #oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)<br /> #methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?<br /> #3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)<br /> <br /> ===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===<br /> Mondeling<br /> #halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev<br /> #vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)<br /> #Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)<br /> #2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)<br /> #Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)<br /> <br /> Schriftelijk<br /> #oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties<br /> #oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)<br /> #oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)<br /> <br /> ===14 Juni 2017 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)<br /> #4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)<br /> #naamgeving van enkele producten na de Ae<br /> #isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is<br /> #verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)<br /> #oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)<br /> #aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien<br /> #enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)<br /> <br /> ===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===<br /> #op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...<br /> #retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam<br /> #een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes<br /> #vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur<br /> <br /> ===9 juni 2016===<br /> #beckman omlegging<br /> #edman degradatie<br /> #biosynthese geraniol en limoleen<br /> #structuren = S.A.M &amp; biotione<br /> #naamgeving + 2 mechanismes<br /> #oefening ivm stereochemie<br /> <br /> ===8 juni 2016===<br /> #synthese vn peptiden<br /> #hydrolyse, omestering en reductie van esters<br /> #cannizaro reactie<br /> #structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat<br /> #Trans decaline<br /> #oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)<br /> #reactiemechanismen en naamgeving<br /> <br /> ===6 juni 2016===<br /> #Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse<br /> #reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken<br /> #-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers<br /> #structuur van acetyl-choline en palitine<br /> #pH van aminozuren bij een titratie<br /> #reactimechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2015 ===<br /> # Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren<br /> # Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:<br /> #* Alkeen<br /> #* Alcohol<br /> #* Aromaat<br /> # acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen. <br /> #Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover. <br /> #En dan twee reacties natuurlijk<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( namiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> # Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.<br /> Schriftelijk:<br /> # Naamgeving ( c-AMP en mannose)<br /> # Leg uit si en re<br /> # Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)<br /> <br /> ===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Aminen en halogeenalkanen <br /> #Aminen en salpeterigzuur<br /> #Laboratorium peptidesynthese<br /> <br /> schriftelijk:<br /> #structuren<br /> #*Limoneen<br /> #*Sorbitol<br /> #stereochemie+ reactiemechanisme<br /> #*aldolcondensatie<br /> #leg uit:<br /> #*reducerende en niet-reducerende suikers<br /> <br /> ===11 juni 2015===<br /> <br /> mondeling:<br /> #Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.<br /> #Leg uit:<br /> #* Fisher-verestering<br /> #* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen. <br /> schriftelijk:<br /> #IUPAC <br /> #structuren<br /> #*citroenzuur<br /> #*ninhydrine<br /> #structuur observeren<br /> #* chirale C-atomen aanduiden<br /> #* OG van aangeduid atoom geven<br /> #* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.<br /> #* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.<br /> #* één stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.<br /> #* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )<br /> #wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.<br /> #2 structuren gegeven. <br /> #*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie. <br /> #*Geef van één van de 2 tructuren het reactiemechanisme.<br /> <br /> ===16 juni 2014===<br /> #Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)<br /> #Iupac<br /> #Bespreek reducerende suikers<br /> #Peridoxalfosfaat en acetylcholine<br /> #Stereochemie<br /> #Reactiemechanismen<br /> <br /> ===20 augustus 2013===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?<br /> # Leg de biosynthese van vetzuren uit.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC<br /> # Structuren: tBOC en ninhydrine<br /> # Fosforylerings-potentiaal<br /> # Random oefening<br /> # Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur<br /> <br /> ===25 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.<br /> # Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC.<br /> # Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.<br /> # Leg optische zuiverheid uit.<br /> # Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.<br /> # Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.<br /> <br /> ===25 juni 2013 (voormiddag)===<br /> #decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur<br /> # amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur<br /> # iupac<br /> # structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat<br /> # dean-stark<br /> # molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?<br /> # reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI<br /> <br /> ===17 juni 2013 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen<br /> # Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Leg biodiesel uit<br /> # Geef de structuur van limoneen en citroenzuur<br /> # IUPAC-naamgeving<br /> # Molecule gegeven: <br /> #* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur<br /> #* Newman projectie geven van bepaalde as<br /> #* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)<br /> #* Teken een stereomeer die geen epimeer is<br /> # Reacties waarvan 1 uitwerken:<br /> #* Sn1 van een alkaan met een broom erin<br /> #* Claisen condensatie van een ester<br /> <br /> ===17 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.<br /> #bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #bespreek: reducerend/niet reducerend suiker<br /> #molecules tekenen: biotine en SAM<br /> #iupac naam<br /> #chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman<br /> #oefening met ph berekening met titratie<br /> #uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ<br /> #2 ractiemechanismen geven, één ervan uitschrijven<br /> <br /> ===14 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose<br /> # Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # fosforyleringspotentaal<br /> # 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).<br /> # structuur gegeven: <br /> #* geef alle chirale C-atomen <br /> #* Stereo isomeren <br /> #* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren <br /> #* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn <br /> #* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt <br /> #* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is<br /> # er is nog eentje maar die weet ik niet meer.<br /> <br /> === 13 juni 2013 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> #synthese van peptiden in het labo<br /> #de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters<br /> <br /> schriftelijk: <br /> #iupac naam<br /> #structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur<br /> #leg de Beckman omlegging uit<br /> #suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose<br /> #* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen<br /> #*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as<br /> #*bepaal het oxidatiegetal van C2<br /> #*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose<br /> #*teken het anomeer van L alpha xylulopentose<br /> #*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces<br /> #dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)<br /> <br /> <br /> === 13 juni 2013 ===<br /> Mondeling:<br /> #bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren<br /> #beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #Bespreek de regel van Huckel<br /> <br /> <br /> ===15 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling: <br /> # Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)<br /> # Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse<br /> <br /> Schriftelijk: <br /> # IUPAC naam geven<br /> # structuren van acetylcholine en citroenzuur<br /> # uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn<br /> # oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.<br /> # reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie<br /> <br /> ===14 juni 2012 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol<br /> # Bespreek ninhydrine reactie<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # ne iupac<br /> # Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen<br /> # Bespreek optische zuiverheid<br /> # oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)<br /> # 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )<br /> <br /> ===30 juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Labosynthese van peptiden<br /> #Eliminatiereacties bij halogeenalkanen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPD-naam<br /> #structuren:<br /> #*Nylon-66<br /> #*Palmitinezuur<br /> #Leg uit: Dean Stark opstelling<br /> #stereochemie<br /> #reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (namiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Ninhydrinereactie<br /> #bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #Structuren:<br /> #*c-AMP<br /> #*Sorbitol<br /> #Leg uit: Cannizzaro-reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===24 Juni 2011 (voormiddag)===<br /> Mondeling:<br /> #Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie<br /> #reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*ATP<br /> #*citroenzuur<br /> #Leg uit: Diazokoppelingsreactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===16 Juni 2011===<br /> Mondeling:<br /> #Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.<br /> #Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> #IUPAC-naam<br /> #structuren:<br /> #*limoneen<br /> #*D-mannose<br /> #leg uit: Kolbe-Schmitt reactie<br /> #stereochemie<br /> #2 reactiemechanismen<br /> ===23 augustus 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Ninhydrinereactie<br /> # Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* SAM<br /> # leg uit: Biodiesel<br /> # stereochemie<br /> # twee reactiemechanismen:<br /> #* keton met alcohol<br /> #* amide in water (zuurgekatalyseerd)<br /> ===18 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.<br /> # Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* (delta2)isopentenylpyrofosfaat<br /> #* cellobiose<br /> # leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen<br /> #* welk is het meest basisch en zeg waarom...<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> ===14 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)<br /> # Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus<br /> <br /> schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Biotine<br /> # leg uit: reactie van Chichibabin<br /> # stereochemie<br /> #* duid chirale koolstoffen aan<br /> #* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze<br /> #* benoem (R,S)<br /> #* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?<br /> #* is er een mesovorm?<br /> #* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom<br /> # twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven<br /> <br /> ===11 juni 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Wat geven alkenen met <br /> #* Anorganische zuren; <br /> #* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # structuren<br /> #*SAM (S-adenosylmethionine)<br /> #*PET<br /> # Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)<br /> # Stereo-chemie:<br /> #* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)<br /> #* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as<br /> #* wat is de oxidatietrap van C6?<br /> #* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose<br /> # 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)<br /> #* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud<br /> #* Friedel-Crafts-acylering<br /> -<br /> ===22 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.<br /> # Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* dansylchloride<br /> #* cellobiose<br /> # Leg uit: De Beckmann-omlegging<br /> # Je krijgt een molecule gegeven <br /> #* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een &amp;quot;*&amp;quot; en zeg of ze een R of S-configuratie hebben<br /> #* Teken het enantiomeer en 2 epimeren<br /> #* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak<br /> #* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)<br /> # Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + één mechanisme helemaal uitschrijven)<br /> #* tertair alcohol + zuurchloride<br /> #* alkeen + zuur<br /> <br /> <br /> ===19 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen<br /> # bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* maltose<br /> #* fosfoënolpyruvaat<br /> # Leg uit: epoxyharsen en -lijmen<br /> # gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH<br /> #* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit<br /> #* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.<br /> #* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4<br /> #*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt<br /> #*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4<br /> # reactiemechanismen<br /> <br /> === 15 juni 2009 ===<br /> Mondeling:<br /> # Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus<br /> # Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Structuren:<br /> #* Biotine<br /> #* (delta)³ - isopentenylpyrofosfaat<br /> # Leg uit: de reactie van chichibabin<br /> # Cyclische L-suiker gegeven:<br /> #* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)<br /> #* Bepaal van C² of het R of S - configuratie heeft<br /> #* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan<br /> #* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?<br /> <br /> === 8 juni 2008===<br /> # Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.<br /> # Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.<br /> # Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.<br /> # Leg uit: optische zuiverheid.<br /> # Oefeningen:<br /> #* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc. <br /> #* Reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 aug 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.<br /> # Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* cyclisch AMP<br /> #* Glucaarzuur<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.<br /> # Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Moleculen:<br /> #* Nerylpyrofosfaat<br /> #* Cellobiose<br /> # Wat zijn epoxylijmen?<br /> <br /> === 25 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.<br /> # Bespreek de labosynthese van peptiden.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren:<br /> #* Trans-decaline<br /> #* Histamine<br /> <br /> === 24 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.<br /> # Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Structuren: <br /> #* ADP<br /> #* Maltose<br /> <br /> === 21 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.<br /> # Bespreek de testreactie van ninhydrine.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de IUPAC-naam.<br /> # Teken de volgende structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine<br /> # Bespreek nylon 66.<br /> # Cyclisch suiker: <br /> #* Geef de naam.<br /> #* Welk is het zuurste proton ?<br /> #* Geef de configuratie (R/S).<br /> #* Fisher<br /> #* Welke zijn de niet chirale C's ?<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 20 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren op alkenen.<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam geven.<br /> # Geef de structuur van:<br /> #* Geranylpyrofosfaat<br /> #* Ninhydrine<br /> # Bespreek de Beckmann omlegging.<br /> # Aspartaam gegeven:<br /> #* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?<br /> #* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.<br /> #* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.<br /> #* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 9 jun 2008 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water. <br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg uit wat een kroonether is.<br /> # Structuur asparagine gegeven:<br /> #* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).<br /> #* R/S configuratie<br /> #* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?<br /> #* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 19 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.<br /> # Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC naam<br /> # Structuren:<br /> #* Pyridoxalfosfaat<br /> #* Tosylchloride<br /> # Leg Nylon 66 uit.<br /> # Structuur Cysteïne gegeven:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* R-S<br /> #* Enantiomeren...<br /> #* Welk molecule <br /> #* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?<br /> #* Welke is de mesovorm?<br /> # Twee reactiemechanismen<br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.<br /> # Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # Regel van Zaitsev kort bespreken.<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Biotine<br /> #* Cellobiose<br /> # Suikers: <br /> #* Open-ketenstructuur<br /> #* R en S<br /> #* Chirale atomen.<br /> #* 1,3-diaxiale interactie<br /> # Reacties: <br /> #* Alkeen + HCl =&amp;gt; ... <br /> #* Oxidatie van een alcohol.<br /> <br /> <br /> === 18 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # De additie van zuren aan alkenen.<br /> # Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam<br /> # Structuren: <br /> #* Acetylcholine <br /> #* cAMP<br /> # Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.<br /> # Een bepaald aminozuur:<br /> #* Fisher<br /> #* Newman<br /> #* pH-berekeningen<br /> # Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.<br /> #* Carbonylgroep met H2 en Pt<br /> #* 2 ketonen met OH-<br /> <br /> === 15 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Eliminatiereacties uitleggen.<br /> # Beta-oxidatie + claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)<br /> # Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.<br /> # Biodiesel uitleggen<br /> # Structuren:<br /> #* Dansylchloride<br /> #* Thymidine structuur geven<br /> # Twee reactiemechanismen.<br /> <br /> === 14 jun 2007 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.<br /> # Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Oliezuur<br /> #* Adrenaline<br /> # Leg kort uit: kroonethers.<br /> # R-groep van lysine gegeven:<br /> #* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.<br /> #* Newman/fischer projecties.<br /> #* Naam van het aminozuur.<br /> #* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)<br /> # Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)<br /> #* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.<br /> #* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.<br /> <br /> === 28 aug 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.<br /> # Bespreek additie van zuren aan alkenen.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.<br /> # Bespreek optische zuiverheid.<br /> # Gegeven: structuurformule threonine.<br /> #* Aantal stereo-isomeren<br /> #* De chirale C-en<br /> #* Fisher- en newman-projectie van elk.<br /> #* Duidt R/S aan.<br /> #* Naam van aminozuur.<br /> #* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).<br /> <br /> === 26 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.<br /> # Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Cystine en adipinezuur structuur geven.<br /> # Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.<br /> # Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.<br /> # Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.<br /> #* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.<br /> # Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuurformule van oliezuur en adrenaline.<br /> # Bespreek cannizaro reacties.<br /> # Structuurformule van een suiker:<br /> #* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.<br /> #* R-S van de C2 bepalen<br /> #* Leidt de naam af.<br /> #* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.<br /> # Reactiemechanisme<br /> <br /> === 23 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).<br /> # Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Thymidine<br /> #* Dansylchloride<br /> # Verklaar kort het begrip &amp;quot;optische zuiverheid&amp;quot;.<br /> # Een hepteen is gegeven:<br /> #* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.<br /> #* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.<br /> #* Noteer ook R- en S-conformatie.<br /> # Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.<br /> <br /> === 21 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.<br /> # Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren:<br /> #* Sacharose <br /> #* SAM<br /> # Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.<br /> # Gegeven: structuurformule arginine <br /> #* Geef het aantal stereo-isomeren.<br /> #* Duidt de cirale C's aan.<br /> #* Fisher- en Newman-projectie van elk.<br /> #* Duid R/S aan.<br /> #* Geef de naam van het aminozuur.<br /> #* Duid aan welke N het meest basisch is.<br /> #* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?<br /> # Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH- <br /> <br /> === 20 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).<br /> # Bespreek de biosynthese van vetzuren.<br /> <br /> Schriftelijk<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren: <br /> #* Kaneelzuur<br /> #* Cellobiose<br /> # 3-broom-4-cloorhexaan:<br /> #* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.<br /> #* R,S-configuratie<br /> #* Diastereomeren/enantiomeren?<br /> # Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.<br /> <br /> === 13 jun 2006 ===<br /> Mondeling:<br /> # Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft. <br /> # Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden. <br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # IUPAC-naam.<br /> # Structuren<br /> #* Stearinezuur<br /> #* Pyridine<br /> # Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).<br /> # 2,3,4-hydroxybutanal:<br /> #* Hoeveel stereoisomeren ?<br /> #* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.<br /> #* Geef R,S conformatie. <br /> #* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.<br /> # Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--&amp;gt; reactieproduct) van:<br /> #* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Celbiologie_en_biochemie&diff=1226 2018-06-19T18:51:21Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.<br /> Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.<br /> Vanaf 2009-2010: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak. <br /> De chemisten hebben dus examen in januari en juni, de biochemisten enkel in juni.<br /> Tussen 2007-2009: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak.<br /> Voor 2006-2007: Semestervak, gedoceerd door Johan Thevelein.<br /> <br /> ==Examenvragen vanaf 2013==<br /> ===19 juni 2018===<br /> #Gluconeogenese geven/uitleggen<br /> #Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.<br /> #Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.<br /> #BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.<br /> #Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?<br /> #EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.<br /> <br /> ===30 augustus 2017===<br /> #Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen<br /> #Een stuk DNA tekenen<br /> #De verschillende juncties tussen cellen uitleggen<br /> #Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen<br /> #Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken<br /> #Fotos van cellen: spiercel en plantencel<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)<br /> #Confocale fluorescentiemicroscopie<br /> #Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine<br /> #Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)<br /> #Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?<br /> #2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker<br /> <br /> ===20 juni 2017===<br /> #Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.<br /> #Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld<br /> #Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening<br /> #Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).<br /> #2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel<br /> #5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km<br /> <br /> ===21 juni 2016===<br /> #cytokinese dier &amp; plant<br /> #donkerracties en verschil C3,C4 en CAM <br /> #adrenaline<br /> #vriesbreuk en vriezers<br /> #ato berekenen in cyclus<br /> #fotokes van vet en golgi app<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling<br /> #inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon<br /> #oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P) <br /> #fotos over juncties en chloroplast<br /> #gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen<br /> #structuur en werking van een spiercel uitleggen<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)<br /> #bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine<br /> #bespreek de spiercel (werking, structuur)<br /> #Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan<br /> #metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)<br /> #Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas<br /> <br /> ===14 juni 2016===<br /> #bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen).. <br /> #Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden) <br /> # kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen<br /> # bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion<br /> # Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)<br /> # 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus<br /> <br /> ===13 juni 2016 NM===<br /> #bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.<br /> # Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)<br /> # waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan<br /> # Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs? <br /> #Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)<br /> #em foto's <br /> #*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast<br /> #*De tweede foto was een slijmbekercel<br /> <br /> ===13 juni 2016 VM===<br /> # Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)<br /> # aminozuren uitleggen en de structuur van proteine<br /> #structuur en functie van de celwand bij bacteriën<br /> #de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie <br /> # hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen. <br /> # 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.<br /> # Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?<br /> #Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren<br /> #hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie<br /> # 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel<br /> <br /> === 24 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.<br /> # apoptose<br /> # Penicilline en chloramfenicol <br /> # Opbouw en afbraak van vetten<br /> # 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening<br /> # wat is een sarcomeer en leg werking uit,<br /> # vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase, <br /> # Geef heel calvincyclus<br /> # Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon<br /> # 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat<br /> <br /> === 22 juni 2015 NM ===<br /> # Alles van de plantencelwand<br /> # Oef met DNA sequentie en translatie<br /> # Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie<br /> # Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden<br /> # Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren<br /> # Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel<br /> <br /> === 22 juni 2015 VM ===<br /> # Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum<br /> # Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?<br /> # Cytoskelet bij planten en dieren<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over? <br /> # 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.<br /> <br /> === 16 juni 2015 ===<br /> # bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste<br /> # welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs<br /> # geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast<br /> # hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur<br /> # bespreek SDS-page en waarvoor dient het<br /> # foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295<br /> <br /> === 26 juni 2014 ===<br /> #IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP<br /> #Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken<br /> #Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen<br /> #Glyoxylzuurcyclus bespreken<br /> #Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur<br /> #Foto van jonge plantencel en van peroxisoom<br /> <br /> ===23 juni 2014===<br /> #Transport van voeding door de membraan<br /> #Plantencelwand bespreken<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)<br /> #Tellen van bacteriofagen<br /> #1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)<br /> #Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)<br /> <br /> === 19 juni 2014 ===<br /> #Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen<br /> #Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?<br /> #Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.<br /> #Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.<br /> #Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?<br /> #Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc<br /> #Prent van plant cel in cytokinese --&amp;gt; aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc<br /> <br /> === 12 juni 2014 (namiddag) ===<br /> #Transport over celmembraan<br /> #Kern met rer tekenen en functie uitleggen <br /> #Wat doet adrenaline in levercellen<br /> #Confocale fluorescentie microscopie uitleggen<br /> #Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd <br /> #Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern<br /> <br /> === 12 juni 2014 (voormiddag) ===<br /> #fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie<br /> #plantencelwand opbouw componenten en functie<br /> #tellen van cellen en bacteriofagen<br /> #hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken<br /> #foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast<br /> <br /> === 17 juni 2013 (namiddag) ===<br /> #Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.<br /> #Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.<br /> #Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?<br /> #Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers. <br /> #*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken? <br /> #*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)<br /> #prent aanduiden: <br /> #*desmosoom <br /> #*peroxisoom met kristalstructuur<br /> <br /> === 17 juni 2013 (voormiddag) ===<br /> #Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?<br /> #Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?<br /> #Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.<br /> #Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?<br /> #Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?<br /> #Foto's:<br /> #* p254<br /> #*p218 (ongeveer)<br /> <br /> ===13 JUN 2013 NM===<br /> # Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.<br /> # Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?<br /> # Hoe werkt SDS-PAGE?<br /> # Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?<br /> # 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.<br /> <br /> <br /> === 13 jun 2013 (voormiddag) ===<br /> #Bespreek de celwand vn de bacterie<br /> #Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben<br /> #Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen<br /> #Een oefening met hoeveel mol<br /> #2 prentjes:<br /> #*floëmcellen<br /> #*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)<br /> <br /> =Examenvragen vanaf 2009=<br /> == Biochemie ==<br /> <br /> === 27 jun 2011 ===<br /> #elektronentransportketen uitleggen.<br /> #Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?<br /> #Vetzuren en lipiden bespreken<br /> #Differentiaties in plantencellen<br /> #Foto van spiercel + kern delen benoemen.<br /> #C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.<br /> <br /> === 16 jun 2010 ===<br /> #Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.<br /> #Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.<br /> #Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.<br /> #Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)<br /> <br /> === 8 jun 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de suikers<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)<br /> #Bespreek SDS-PAGE<br /> #Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)<br /> <br /> == Chemie == <br /> <br /> <br /> ===3 JUN 2012 VM===<br /> # celdifferentiatie in ene plantencel<br /> # transport voeding cel<br /> # geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn<br /> # 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?<br /> # 2 tekeningen (darmwand en spiercel)<br /> <br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie<br /> # 2 foto's<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen <br /> # Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties) <br /> # Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER. <br /> # Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # bespreek de celwand bij bacterien en schimmels<br /> # leg uit ionenuitwisselingschromotografie<br /> # 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek de celwand bij planten<br /> # Bespreek microtubuli en hun structuren<br /> # SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)<br /> # foto van kern me kristallen en een bacterie<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> # Bespreek vetzuren en lipiden<br /> # Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)<br /> # Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -&amp;gt; ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!<br /> # 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)<br /> <br /> <br /> === 20 JAN 2012 VM ===<br /> #Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Bespreek het endoplasmatisch reticulum.<br /> #Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.<br /> #2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 NM===<br /> #bespreek de vermenigvuldiging van virussen<br /> #Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren<br /> #Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed<br /> #Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 VM===<br /> #Bespreek de cytokinese bij planten.<br /> #Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.<br /> #Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> #Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2011===<br /> #Bespreek de celwand bij planten.<br /> #Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.<br /> #Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?<br /> #Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===22 JUN 2010===<br /> # Bespreek de structuur en werking van spiercellen.<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> # Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?<br /> # Hoe werkt adrenaline?<br /> # Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?<br /> <br /> <br /> ===15 JUN 2010===<br /> # Bespreek differentiatie van plantaardige cellen<br /> # Bespreek gemedieerd transport<br /> # Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)<br /> # Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.<br /> # Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)<br /> <br /> <br /> ===25 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)<br /> #Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)<br /> #Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)<br /> #Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.<br /> #Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.<br /> #2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)<br /> <br /> <br /> === 15 JAN 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # Bespreek SDS PAGE<br /> # Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> <br /> <br /> leer ALLE details!<br /> <br /> =Examenvragen van 2007 - 2009=<br /> === 2 sept 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.<br /> # Bespreek de verschillende plastiden.<br /> # Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.<br /> # Twee foto's<br /> <br /> Thevelein<br /> * Hoofdvraag<br /> *# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.<br /> * Bijvragen<br /> *# Glyoxylzuurcyclus<br /> *# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?<br /> <br /> === 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===<br /> * hoofdvragen<br /> *# Bespreek de Krebscyclus.<br /> *# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.<br /> *# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.<br /> * bijvragen<br /> *# Wat is groepstranslocatie?<br /> *# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.<br /> *# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...<br /> <br /> === 19 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.<br /> # Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.<br /> # Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.<br /> # 2 foto's uit oefenzittingen<br /> <br /> Thevelein<br /> * hoofdvraag<br /> *# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)<br /> * bijvragen<br /> *# bespreek glyoxylzuurcyclus<br /> *# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.<br /> <br /> === 15 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de celwand bij planten<br /> # bespreek peroxisomen en glyoxisomen<br /> # rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2<br /> # 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel<br /> Thevelein<br /> *hoofdvraag<br /> *# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> *bijvragen<br /> *#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3<br /> *#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-<br /> <br /> === 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> # Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?<br /> # Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.<br /> # Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?<br /> # 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel<br /> <br /> === 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # bespreek SDS PAGE<br /> # duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> leer ALLE details!<br /> <br /> === 22 aug 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> <br /> * Hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen<br /> <br /> *Bijvragen:<br /> *# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:<br /> *#* pyruvaat decarboxylase<br /> *#* pyruvaat dehydrogenase<br /> *#* pyruvaat kinase<br /> *#* pyruvaat carboxylase<br /> *# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> # bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)<br /> # bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)<br /> # hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)<br /> # wat is hemicellulose? (/1)<br /> # duid celorganellen aan op de prent (/1) --&amp;gt; twas een levercel met veel secretiepartikels<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # e-transport<br /> # pentosefosfaatweg<br /> # regulatie van het metabolisme<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # glyoxylzuurcyclus<br /> # glucose+NH3--&amp;gt;glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)<br /> # synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein === <br /> Hoofdvragen<br /> # Bespreek de Krebscyclus<br /> # Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> <br /> Bijvragen<br /> # Adrenaline als glucosevrijzetter<br /> # Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren<br /> # Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek de calvincyclus.<br /> # Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.<br /> # Bespreek de regulatie van het metabolisme.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Glyoxylzuurcyclus.<br /> # Adrenaline als glucose vrijzetter.<br /> # Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Biochemie ===<br /> <br /> Thevelein:<br /> # lichtreacties<br /> # oefeningen:<br /> #* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd<br /> #* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> * schriftelijk<br /> *# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken<br /> *# wat is threhalose, mesozoom<br /> <br /> * mondeling<br /> *# endoplasmatisch riticulum bespreken<br /> *# microtubuli bespreken<br /> *# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken<br /> *# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden<br /> <br /> === 19 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * Grote vraag: <br /> *# membraantransport bespreken<br /> * Bijvragen: <br /> *# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dán pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk:<br /> *# bespreek RNA en DNA<br /> *# leg uit: <br /> *#* isopycnische centrifugatie <br /> *#* mycoplasma<br /> <br /> *Mondeling:<br /> *# bespreek mono- en polysachariden<br /> *# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien<br /> *# ionenuitwisselingschromatografie<br /> <br /> === 13 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> * Bijvragen:<br /> *# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt<br /> *# Oefening ivm de metabolische wegen<br /> <br /> Van dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk<br /> *# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen<br /> *# Leg uit: <br /> *#* mesosoom <br /> *#* connexon<br /> <br /> * Mondeling<br /> *# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> *# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> *# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> *# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)<br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling:<br /> # geef de structuur en de functies van de mitochondrieën<br /> # beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.<br /> # beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.<br /> # Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx<br /> # verklaar: <br /> #* mesosoom<br /> #* connexon<br /> <br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Schriftelijk deel<br /> # rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.<br /> # teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.<br /> # Leg uit:<br /> #* Dictyosoom <br /> #* Blefaroplast<br /> <br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> # Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> # Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> # Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)<br /> <br /> =Examenvragen tot en met 2006=<br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Hoofdvragen: theorie<br /> # bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport<br /> # bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)<br /> <br /> Hoofdvragen oefeningen<br /> # practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden<br /> # duid zo veel mogelijk celstructuren aan<br /> # duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen<br /> <br /> Bijvragen<br /> # bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt<br /> # Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Celbiologie_en_biochemie&diff=1225 2018-06-19T18:50:36Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.<br /> Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.<br /> Vanaf 2009-2010: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak. <br /> De chemisten hebben dus examen in januari en juni, de biochemisten enkel in juni.<br /> Tussen 2007-2009: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak.<br /> Voor 2006-2007: Semestervak, gedoceerd door Johan Thevelein.<br /> <br /> ==Examenvragen vanaf 2013==<br /> ===19 juli 2018===<br /> #Gluconeogenese geven/uitleggen<br /> #Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.<br /> #Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.<br /> #BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.<br /> #Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?<br /> #EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.<br /> <br /> ===30 augustus 2017===<br /> #Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen<br /> #Een stuk DNA tekenen<br /> #De verschillende juncties tussen cellen uitleggen<br /> #Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen<br /> #Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken<br /> #Fotos van cellen: spiercel en plantencel<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)<br /> #Confocale fluorescentiemicroscopie<br /> #Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine<br /> #Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)<br /> #Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?<br /> #2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker<br /> <br /> ===20 juni 2017===<br /> #Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.<br /> #Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld<br /> #Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening<br /> #Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).<br /> #2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel<br /> #5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km<br /> <br /> ===21 juni 2016===<br /> #cytokinese dier &amp; plant<br /> #donkerracties en verschil C3,C4 en CAM <br /> #adrenaline<br /> #vriesbreuk en vriezers<br /> #ato berekenen in cyclus<br /> #fotokes van vet en golgi app<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling<br /> #inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon<br /> #oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P) <br /> #fotos over juncties en chloroplast<br /> #gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen<br /> #structuur en werking van een spiercel uitleggen<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)<br /> #bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine<br /> #bespreek de spiercel (werking, structuur)<br /> #Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan<br /> #metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)<br /> #Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas<br /> <br /> ===14 juni 2016===<br /> #bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen).. <br /> #Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden) <br /> # kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen<br /> # bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion<br /> # Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)<br /> # 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus<br /> <br /> ===13 juni 2016 NM===<br /> #bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.<br /> # Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)<br /> # waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan<br /> # Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs? <br /> #Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)<br /> #em foto's <br /> #*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast<br /> #*De tweede foto was een slijmbekercel<br /> <br /> ===13 juni 2016 VM===<br /> # Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)<br /> # aminozuren uitleggen en de structuur van proteine<br /> #structuur en functie van de celwand bij bacteriën<br /> #de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie <br /> # hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen. <br /> # 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.<br /> # Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?<br /> #Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren<br /> #hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie<br /> # 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel<br /> <br /> === 24 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.<br /> # apoptose<br /> # Penicilline en chloramfenicol <br /> # Opbouw en afbraak van vetten<br /> # 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening<br /> # wat is een sarcomeer en leg werking uit,<br /> # vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase, <br /> # Geef heel calvincyclus<br /> # Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon<br /> # 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat<br /> <br /> === 22 juni 2015 NM ===<br /> # Alles van de plantencelwand<br /> # Oef met DNA sequentie en translatie<br /> # Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie<br /> # Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden<br /> # Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren<br /> # Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel<br /> <br /> === 22 juni 2015 VM ===<br /> # Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum<br /> # Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?<br /> # Cytoskelet bij planten en dieren<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over? <br /> # 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.<br /> <br /> === 16 juni 2015 ===<br /> # bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste<br /> # welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs<br /> # geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast<br /> # hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur<br /> # bespreek SDS-page en waarvoor dient het<br /> # foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295<br /> <br /> === 26 juni 2014 ===<br /> #IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP<br /> #Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken<br /> #Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen<br /> #Glyoxylzuurcyclus bespreken<br /> #Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur<br /> #Foto van jonge plantencel en van peroxisoom<br /> <br /> ===23 juni 2014===<br /> #Transport van voeding door de membraan<br /> #Plantencelwand bespreken<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)<br /> #Tellen van bacteriofagen<br /> #1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)<br /> #Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)<br /> <br /> === 19 juni 2014 ===<br /> #Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen<br /> #Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?<br /> #Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.<br /> #Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.<br /> #Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?<br /> #Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc<br /> #Prent van plant cel in cytokinese --&amp;gt; aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc<br /> <br /> === 12 juni 2014 (namiddag) ===<br /> #Transport over celmembraan<br /> #Kern met rer tekenen en functie uitleggen <br /> #Wat doet adrenaline in levercellen<br /> #Confocale fluorescentie microscopie uitleggen<br /> #Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd <br /> #Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern<br /> <br /> === 12 juni 2014 (voormiddag) ===<br /> #fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie<br /> #plantencelwand opbouw componenten en functie<br /> #tellen van cellen en bacteriofagen<br /> #hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken<br /> #foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast<br /> <br /> === 17 juni 2013 (namiddag) ===<br /> #Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.<br /> #Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.<br /> #Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?<br /> #Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers. <br /> #*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken? <br /> #*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)<br /> #prent aanduiden: <br /> #*desmosoom <br /> #*peroxisoom met kristalstructuur<br /> <br /> === 17 juni 2013 (voormiddag) ===<br /> #Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?<br /> #Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?<br /> #Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.<br /> #Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?<br /> #Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?<br /> #Foto's:<br /> #* p254<br /> #*p218 (ongeveer)<br /> <br /> ===13 JUN 2013 NM===<br /> # Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.<br /> # Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?<br /> # Hoe werkt SDS-PAGE?<br /> # Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?<br /> # 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.<br /> <br /> <br /> === 13 jun 2013 (voormiddag) ===<br /> #Bespreek de celwand vn de bacterie<br /> #Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben<br /> #Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen<br /> #Een oefening met hoeveel mol<br /> #2 prentjes:<br /> #*floëmcellen<br /> #*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)<br /> <br /> =Examenvragen vanaf 2009=<br /> == Biochemie ==<br /> <br /> === 27 jun 2011 ===<br /> #elektronentransportketen uitleggen.<br /> #Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?<br /> #Vetzuren en lipiden bespreken<br /> #Differentiaties in plantencellen<br /> #Foto van spiercel + kern delen benoemen.<br /> #C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.<br /> <br /> === 16 jun 2010 ===<br /> #Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.<br /> #Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.<br /> #Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.<br /> #Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)<br /> <br /> === 8 jun 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de suikers<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)<br /> #Bespreek SDS-PAGE<br /> #Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)<br /> <br /> == Chemie == <br /> <br /> <br /> ===3 JUN 2012 VM===<br /> # celdifferentiatie in ene plantencel<br /> # transport voeding cel<br /> # geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn<br /> # 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?<br /> # 2 tekeningen (darmwand en spiercel)<br /> <br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie<br /> # 2 foto's<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen <br /> # Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties) <br /> # Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER. <br /> # Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # bespreek de celwand bij bacterien en schimmels<br /> # leg uit ionenuitwisselingschromotografie<br /> # 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek de celwand bij planten<br /> # Bespreek microtubuli en hun structuren<br /> # SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)<br /> # foto van kern me kristallen en een bacterie<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> # Bespreek vetzuren en lipiden<br /> # Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)<br /> # Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -&amp;gt; ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!<br /> # 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)<br /> <br /> <br /> === 20 JAN 2012 VM ===<br /> #Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Bespreek het endoplasmatisch reticulum.<br /> #Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.<br /> #2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 NM===<br /> #bespreek de vermenigvuldiging van virussen<br /> #Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren<br /> #Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed<br /> #Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 VM===<br /> #Bespreek de cytokinese bij planten.<br /> #Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.<br /> #Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> #Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2011===<br /> #Bespreek de celwand bij planten.<br /> #Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.<br /> #Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?<br /> #Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===22 JUN 2010===<br /> # Bespreek de structuur en werking van spiercellen.<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> # Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?<br /> # Hoe werkt adrenaline?<br /> # Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?<br /> <br /> <br /> ===15 JUN 2010===<br /> # Bespreek differentiatie van plantaardige cellen<br /> # Bespreek gemedieerd transport<br /> # Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)<br /> # Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.<br /> # Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)<br /> <br /> <br /> ===25 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)<br /> #Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)<br /> #Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)<br /> #Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.<br /> #Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.<br /> #2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)<br /> <br /> <br /> === 15 JAN 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # Bespreek SDS PAGE<br /> # Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> <br /> <br /> leer ALLE details!<br /> <br /> =Examenvragen van 2007 - 2009=<br /> === 2 sept 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.<br /> # Bespreek de verschillende plastiden.<br /> # Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.<br /> # Twee foto's<br /> <br /> Thevelein<br /> * Hoofdvraag<br /> *# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.<br /> * Bijvragen<br /> *# Glyoxylzuurcyclus<br /> *# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?<br /> <br /> === 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===<br /> * hoofdvragen<br /> *# Bespreek de Krebscyclus.<br /> *# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.<br /> *# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.<br /> * bijvragen<br /> *# Wat is groepstranslocatie?<br /> *# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.<br /> *# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...<br /> <br /> === 19 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.<br /> # Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.<br /> # Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.<br /> # 2 foto's uit oefenzittingen<br /> <br /> Thevelein<br /> * hoofdvraag<br /> *# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)<br /> * bijvragen<br /> *# bespreek glyoxylzuurcyclus<br /> *# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.<br /> <br /> === 15 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de celwand bij planten<br /> # bespreek peroxisomen en glyoxisomen<br /> # rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2<br /> # 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel<br /> Thevelein<br /> *hoofdvraag<br /> *# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> *bijvragen<br /> *#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3<br /> *#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-<br /> <br /> === 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> # Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?<br /> # Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.<br /> # Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?<br /> # 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel<br /> <br /> === 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # bespreek SDS PAGE<br /> # duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> leer ALLE details!<br /> <br /> === 22 aug 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> <br /> * Hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen<br /> <br /> *Bijvragen:<br /> *# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:<br /> *#* pyruvaat decarboxylase<br /> *#* pyruvaat dehydrogenase<br /> *#* pyruvaat kinase<br /> *#* pyruvaat carboxylase<br /> *# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> # bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)<br /> # bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)<br /> # hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)<br /> # wat is hemicellulose? (/1)<br /> # duid celorganellen aan op de prent (/1) --&amp;gt; twas een levercel met veel secretiepartikels<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # e-transport<br /> # pentosefosfaatweg<br /> # regulatie van het metabolisme<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # glyoxylzuurcyclus<br /> # glucose+NH3--&amp;gt;glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)<br /> # synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein === <br /> Hoofdvragen<br /> # Bespreek de Krebscyclus<br /> # Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> <br /> Bijvragen<br /> # Adrenaline als glucosevrijzetter<br /> # Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren<br /> # Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek de calvincyclus.<br /> # Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.<br /> # Bespreek de regulatie van het metabolisme.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Glyoxylzuurcyclus.<br /> # Adrenaline als glucose vrijzetter.<br /> # Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Biochemie ===<br /> <br /> Thevelein:<br /> # lichtreacties<br /> # oefeningen:<br /> #* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd<br /> #* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> * schriftelijk<br /> *# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken<br /> *# wat is threhalose, mesozoom<br /> <br /> * mondeling<br /> *# endoplasmatisch riticulum bespreken<br /> *# microtubuli bespreken<br /> *# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken<br /> *# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden<br /> <br /> === 19 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * Grote vraag: <br /> *# membraantransport bespreken<br /> * Bijvragen: <br /> *# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dán pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk:<br /> *# bespreek RNA en DNA<br /> *# leg uit: <br /> *#* isopycnische centrifugatie <br /> *#* mycoplasma<br /> <br /> *Mondeling:<br /> *# bespreek mono- en polysachariden<br /> *# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien<br /> *# ionenuitwisselingschromatografie<br /> <br /> === 13 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> * Bijvragen:<br /> *# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt<br /> *# Oefening ivm de metabolische wegen<br /> <br /> Van dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk<br /> *# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen<br /> *# Leg uit: <br /> *#* mesosoom <br /> *#* connexon<br /> <br /> * Mondeling<br /> *# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> *# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> *# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> *# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)<br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling:<br /> # geef de structuur en de functies van de mitochondrieën<br /> # beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.<br /> # beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.<br /> # Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx<br /> # verklaar: <br /> #* mesosoom<br /> #* connexon<br /> <br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Schriftelijk deel<br /> # rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.<br /> # teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.<br /> # Leg uit:<br /> #* Dictyosoom <br /> #* Blefaroplast<br /> <br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> # Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> # Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> # Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)<br /> <br /> =Examenvragen tot en met 2006=<br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Hoofdvragen: theorie<br /> # bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport<br /> # bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)<br /> <br /> Hoofdvragen oefeningen<br /> # practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden<br /> # duid zo veel mogelijk celstructuren aan<br /> # duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen<br /> <br /> Bijvragen<br /> # bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt<br /> # Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Celbiologie_en_biochemie&diff=1224 2018-06-19T18:50:05Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.<br /> Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.<br /> Vanaf 2009-2010: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak. <br /> De chemisten hebben dus examen in januari en juni, de biochemisten enkel in juni.<br /> Tussen 2007-2009: Voor de chemisten zijn het twee vakken, voor de biochemisten 1 jaarvak.<br /> Voor 2006-2007: Semestervak, gedoceerd door Johan Thevelein.<br /> <br /> ==Examenvragen vanaf 2013==<br /> ===19 juli 2018===<br /> #Gluconeogenese geven/uitleggen<br /> #Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.<br /> #Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.<br /> #BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.<br /> #Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?<br /> #EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.<br /> <br /> <br /> ===30 augustus 2017===<br /> #Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen<br /> #Een stuk DNA tekenen<br /> #De verschillende juncties tussen cellen uitleggen<br /> #Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen<br /> #Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken<br /> #Fotos van cellen: spiercel en plantencel<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)<br /> #Confocale fluorescentiemicroscopie<br /> #Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine<br /> #Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)<br /> #Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?<br /> #2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker<br /> <br /> ===20 juni 2017===<br /> #Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.<br /> #Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld<br /> #Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening<br /> #Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).<br /> #2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel<br /> #5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km<br /> <br /> ===21 juni 2016===<br /> #cytokinese dier &amp; plant<br /> #donkerracties en verschil C3,C4 en CAM <br /> #adrenaline<br /> #vriesbreuk en vriezers<br /> #ato berekenen in cyclus<br /> #fotokes van vet en golgi app<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling<br /> #inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon<br /> #oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P) <br /> #fotos over juncties en chloroplast<br /> #gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen<br /> #structuur en werking van een spiercel uitleggen<br /> <br /> ===20 juni 2016 ===<br /> #bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)<br /> #bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine<br /> #bespreek de spiercel (werking, structuur)<br /> #Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan<br /> #metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)<br /> #Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas<br /> <br /> ===14 juni 2016===<br /> #bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen).. <br /> #Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden) <br /> # kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen<br /> # bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion<br /> # Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)<br /> # 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus<br /> <br /> ===13 juni 2016 NM===<br /> #bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.<br /> # Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)<br /> # waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan<br /> # Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs? <br /> #Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)<br /> #em foto's <br /> #*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast<br /> #*De tweede foto was een slijmbekercel<br /> <br /> ===13 juni 2016 VM===<br /> # Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)<br /> # aminozuren uitleggen en de structuur van proteine<br /> #structuur en functie van de celwand bij bacteriën<br /> #de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie <br /> # hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen. <br /> # 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.<br /> # Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?<br /> #Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren<br /> #hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie<br /> # 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel<br /> <br /> === 24 juni 2015 VM ===<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.<br /> # apoptose<br /> # Penicilline en chloramfenicol <br /> # Opbouw en afbraak van vetten<br /> # 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen<br /> <br /> === 23 juni 2015 VM ===<br /> # Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening<br /> # wat is een sarcomeer en leg werking uit,<br /> # vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase, <br /> # Geef heel calvincyclus<br /> # Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon<br /> # 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat<br /> <br /> === 22 juni 2015 NM ===<br /> # Alles van de plantencelwand<br /> # Oef met DNA sequentie en translatie<br /> # Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie<br /> # Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden<br /> # Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren<br /> # Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel<br /> <br /> === 22 juni 2015 VM ===<br /> # Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum<br /> # Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?<br /> # Cytoskelet bij planten en dieren<br /> # Bespreek de lichtreacties<br /> # hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over? <br /> # 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.<br /> <br /> === 16 juni 2015 ===<br /> # bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste<br /> # welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs<br /> # geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast<br /> # hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur<br /> # bespreek SDS-page en waarvoor dient het<br /> # foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295<br /> <br /> === 26 juni 2014 ===<br /> #IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP<br /> #Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken<br /> #Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen<br /> #Glyoxylzuurcyclus bespreken<br /> #Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur<br /> #Foto van jonge plantencel en van peroxisoom<br /> <br /> ===23 juni 2014===<br /> #Transport van voeding door de membraan<br /> #Plantencelwand bespreken<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)<br /> #Tellen van bacteriofagen<br /> #1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)<br /> #Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)<br /> <br /> === 19 juni 2014 ===<br /> #Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen<br /> #Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?<br /> #Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.<br /> #Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.<br /> #Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?<br /> #Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc<br /> #Prent van plant cel in cytokinese --&amp;gt; aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc<br /> <br /> === 12 juni 2014 (namiddag) ===<br /> #Transport over celmembraan<br /> #Kern met rer tekenen en functie uitleggen <br /> #Wat doet adrenaline in levercellen<br /> #Confocale fluorescentie microscopie uitleggen<br /> #Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd <br /> #Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern<br /> <br /> === 12 juni 2014 (voormiddag) ===<br /> #fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie<br /> #plantencelwand opbouw componenten en functie<br /> #tellen van cellen en bacteriofagen<br /> #hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken<br /> #foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast<br /> <br /> === 17 juni 2013 (namiddag) ===<br /> #Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.<br /> #Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.<br /> #Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?<br /> #Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers. <br /> #*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken? <br /> #*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)<br /> #prent aanduiden: <br /> #*desmosoom <br /> #*peroxisoom met kristalstructuur<br /> <br /> === 17 juni 2013 (voormiddag) ===<br /> #Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?<br /> #Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?<br /> #Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.<br /> #Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?<br /> #Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?<br /> #Foto's:<br /> #* p254<br /> #*p218 (ongeveer)<br /> <br /> ===13 JUN 2013 NM===<br /> # Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.<br /> # Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?<br /> # Hoe werkt SDS-PAGE?<br /> # Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?<br /> # 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.<br /> <br /> <br /> === 13 jun 2013 (voormiddag) ===<br /> #Bespreek de celwand vn de bacterie<br /> #Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben<br /> #Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen<br /> #Een oefening met hoeveel mol<br /> #2 prentjes:<br /> #*floëmcellen<br /> #*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)<br /> <br /> =Examenvragen vanaf 2009=<br /> == Biochemie ==<br /> <br /> === 27 jun 2011 ===<br /> #elektronentransportketen uitleggen.<br /> #Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?<br /> #Vetzuren en lipiden bespreken<br /> #Differentiaties in plantencellen<br /> #Foto van spiercel + kern delen benoemen.<br /> #C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.<br /> <br /> === 16 jun 2010 ===<br /> #Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.<br /> #Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.<br /> #Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.<br /> #Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)<br /> <br /> === 8 jun 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de suikers<br /> #Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)<br /> #Bespreek SDS-PAGE<br /> #Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]<br /> #Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)<br /> <br /> == Chemie == <br /> <br /> <br /> ===3 JUN 2012 VM===<br /> # celdifferentiatie in ene plantencel<br /> # transport voeding cel<br /> # geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn<br /> # 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?<br /> # 2 tekeningen (darmwand en spiercel)<br /> <br /> <br /> ===3 FEB 2012 NM===<br /> # Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie<br /> # 2 foto's<br /> <br /> <br /> ===30 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen <br /> # Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties) <br /> # Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER. <br /> # Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 NM===<br /> # bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers<br /> # bespreek de celwand bij bacterien en schimmels<br /> # leg uit ionenuitwisselingschromotografie<br /> # 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden<br /> <br /> <br /> ===23 JAN 2012 VM===<br /> # Bespreek de celwand bij planten<br /> # Bespreek microtubuli en hun structuren<br /> # SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)<br /> # foto van kern me kristallen en een bacterie<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2012 NM===<br /> # Bespreek vetzuren en lipiden<br /> # Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)<br /> # Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -&amp;gt; ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!<br /> # 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)<br /> <br /> <br /> === 20 JAN 2012 VM ===<br /> #Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Bespreek het endoplasmatisch reticulum.<br /> #Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.<br /> #2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 NM===<br /> #bespreek de vermenigvuldiging van virussen<br /> #Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren<br /> #Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed<br /> #Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JUN 2011 VM===<br /> #Bespreek de cytokinese bij planten.<br /> #Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.<br /> #Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> #Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?<br /> #twee foto's<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2011===<br /> #Bespreek de celwand bij planten.<br /> #Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.<br /> #Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?<br /> #Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===22 JUN 2010===<br /> # Bespreek de structuur en werking van spiercellen.<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.<br /> # Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?<br /> # Hoe werkt adrenaline?<br /> # Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?<br /> <br /> <br /> ===15 JUN 2010===<br /> # Bespreek differentiatie van plantaardige cellen<br /> # Bespreek gemedieerd transport<br /> # Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)<br /> # Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.<br /> # Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)<br /> <br /> <br /> ===25 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)<br /> #Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)<br /> #Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)<br /> #Twee foto's<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> #Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)<br /> #Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.<br /> #Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.<br /> #2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)<br /> <br /> <br /> === 15 JAN 2010 ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # Bespreek SDS PAGE<br /> # Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> <br /> <br /> leer ALLE details!<br /> <br /> =Examenvragen van 2007 - 2009=<br /> === 2 sept 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck<br /> # Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.<br /> # Bespreek de verschillende plastiden.<br /> # Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.<br /> # Twee foto's<br /> <br /> Thevelein<br /> * Hoofdvraag<br /> *# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.<br /> * Bijvragen<br /> *# Glyoxylzuurcyclus<br /> *# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?<br /> <br /> === 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===<br /> * hoofdvragen<br /> *# Bespreek de Krebscyclus.<br /> *# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.<br /> *# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.<br /> * bijvragen<br /> *# Wat is groepstranslocatie?<br /> *# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.<br /> *# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...<br /> <br /> === 19 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.<br /> # Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.<br /> # Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.<br /> # 2 foto's uit oefenzittingen<br /> <br /> Thevelein<br /> * hoofdvraag<br /> *# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)<br /> * bijvragen<br /> *# bespreek glyoxylzuurcyclus<br /> *# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.<br /> <br /> === 15 Juni 2009 - Biochemie ===<br /> Van Dijck <br /> # bespreek de celwand bij planten<br /> # bespreek peroxisomen en glyoxisomen<br /> # rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2<br /> # 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel<br /> Thevelein<br /> *hoofdvraag<br /> *# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> *bijvragen<br /> *#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3<br /> *#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-<br /> <br /> === 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> # Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren<br /> # Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?<br /> # Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?<br /> # Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.<br /> # Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?<br /> # 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel<br /> <br /> === 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)<br /> # bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER<br /> # bespreek SDS PAGE<br /> # duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)<br /> leer ALLE details!<br /> <br /> === 22 aug 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> <br /> * Hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen<br /> <br /> *Bijvragen:<br /> *# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:<br /> *#* pyruvaat decarboxylase<br /> *#* pyruvaat dehydrogenase<br /> *#* pyruvaat kinase<br /> *#* pyruvaat carboxylase<br /> *# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> # bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)<br /> # bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)<br /> # hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)<br /> # wat is hemicellulose? (/1)<br /> # duid celorganellen aan op de prent (/1) --&amp;gt; twas een levercel met veel secretiepartikels<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===<br /> Hoofdvragen:<br /> # e-transport<br /> # pentosefosfaatweg<br /> # regulatie van het metabolisme<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # glyoxylzuurcyclus<br /> # glucose+NH3--&amp;gt;glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)<br /> # synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.<br /> <br /> === 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein === <br /> Hoofdvragen<br /> # Bespreek de Krebscyclus<br /> # Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal<br /> # Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> <br /> Bijvragen<br /> # Adrenaline als glucosevrijzetter<br /> # Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren<br /> # Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===<br /> Hoofdvragen:<br /> # Bespreek de calvincyclus.<br /> # Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.<br /> # Bespreek de regulatie van het metabolisme.<br /> <br /> Bijvragen:<br /> # Glyoxylzuurcyclus.<br /> # Adrenaline als glucose vrijzetter.<br /> # Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.<br /> <br /> === 20 jun 2008 - Biochemie ===<br /> <br /> Thevelein:<br /> # lichtreacties<br /> # oefeningen:<br /> #* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd<br /> #* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> * schriftelijk<br /> *# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken<br /> *# wat is threhalose, mesozoom<br /> <br /> * mondeling<br /> *# endoplasmatisch riticulum bespreken<br /> *# microtubuli bespreken<br /> *# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken<br /> *# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden<br /> <br /> === 19 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * Grote vraag: <br /> *# membraantransport bespreken<br /> * Bijvragen: <br /> *# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dán pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?<br /> <br /> Van Dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk:<br /> *# bespreek RNA en DNA<br /> *# leg uit: <br /> *#* isopycnische centrifugatie <br /> *#* mycoplasma<br /> <br /> *Mondeling:<br /> *# bespreek mono- en polysachariden<br /> *# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien<br /> *# ionenuitwisselingschromatografie<br /> <br /> === 13 jun 2008 - Biochemie ===<br /> Thevelein:<br /> * hoofdvraag:<br /> *# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese<br /> * Bijvragen:<br /> *# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt<br /> *# Oefening ivm de metabolische wegen<br /> <br /> Van dijck:<br /> <br /> *Schriftelijk<br /> *# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen<br /> *# Leg uit: <br /> *#* mesosoom <br /> *#* connexon<br /> <br /> * Mondeling<br /> *# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> *# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> *# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> *# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)<br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Mondeling:<br /> # geef de structuur en de functies van de mitochondrieën<br /> # beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.<br /> # beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.<br /> <br /> Schriftelijk:<br /> # wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.<br /> # Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx<br /> # verklaar: <br /> #* mesosoom<br /> #* connexon<br /> <br /> <br /> === 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===<br /> Schriftelijk deel<br /> # rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.<br /> # teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.<br /> # Leg uit:<br /> #* Dictyosoom <br /> #* Blefaroplast<br /> <br /> Mondeling met schriftelijke voorbereiding<br /> # Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER<br /> # Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen<br /> # Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld<br /> # Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)<br /> <br /> =Examenvragen tot en met 2006=<br /> === 15 jan 2007 ===<br /> Hoofdvragen: theorie<br /> # bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport<br /> # bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)<br /> <br /> Hoofdvragen oefeningen<br /> # practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden<br /> # duid zo veel mogelijk celstructuren aan<br /> # duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen<br /> <br /> Bijvragen<br /> # bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt<br /> # Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genetica&diff=1168 2018-06-15T16:14:41Z

<p>Miekemunters: </p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.<br /> Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===15 juni 2018 NM===<br /> #stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'<br /> #foto van gelelectroforese<br /> #Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven<br /> #Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.<br /> #begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent<br /> <br /> ===15 juni 2018===<br /> #stelling:'Is de rol van meiose bij een bacterie, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?<br /> #tekening van een nucleosoom<br /> #vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft<br /> #vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?<br /> #begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing<br /> <br /> ===5 september 2017 vm===<br /> # stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'<br /> # tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)<br /> # kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)<br /> # bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.<br /> # begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart<br /> <br /> ===23 juni 2017 nm===<br /> #stelling &quot;de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme&quot;<br /> #tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn<br /> #oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -&gt; nieuwe allelfrequentie bepalen<br /> #oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart<br /> #begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose<br /> ===19 juni 2017 vm===<br /> #stelling &quot;koppelingskaarten geven goed de afstand weer&quot; juist/fout<br /> #tekening van DNA-replicatie aanvullen<br /> #oefening dihybride kruising<br /> #uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing<br /> #begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant<br /> === 16 juni 2017 ===<br /> # stelling over meiose en mitose<br /> # tekening van trp operon<br /> # oefening van overkruising, x-gebonden allelen<br /> # hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze<br /> # operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes<br /> === juni 2016===<br /> #foto plasmide<br /> #hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen<br /> #weet rest neit meer (pfff zwak)<br /> === juni 2015 ===<br /> # Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?<br /> # Een foto van een Himalaya kat<br /> # Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen<br /> # Een diploïde cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.<br /> # Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...<br /> === 17 juni 2014 ===<br /> #DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken<br /> #Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)<br /> #Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)<br /> #Oefening op mitose/meiose<br /> #repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease<br /> <br /> ===16 juni 2014 namiddag===<br /> #Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.<br /> #Tekeningetje van Translatie-initiatie<br /> #Oef over het Lac-operon <br /> #Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.<br /> #Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese<br /> <br /> ===16 juni 2014 voormiddag ===<br /> #stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens<br /> #foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)<br /> #oefening over driepuntskruising<br /> #oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide<br /> #woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats <br /> <br /> === 13 Juni 2013 NM===<br /> # Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.<br /> # Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur<br /> # Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.<br /> # Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.<br /> # Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese<br /> <br /> <br /> === 13 Juni 2013 VM===<br /> #Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie <br /> #tryptofaan operon<br /> #Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak<br /> #Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk) <br /> #wat begrippen verklaren<br /> Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet<br /> <br /> === 10 Juni 2013 VM===<br /> # Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.<br /> # Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.<br /> # Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.<br /> # 5 begrippen:<br /> #* Alternatieve splitsing<br /> #* Barr-lichaampje<br /> #* Aminoacyl-tRNA synthetase<br /> #* Apoptose<br /> #* Basesubstitutie<br /> <br /> ===31 JAN 2012 VM===<br /> # Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.<br /> # Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.<br /> # Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chi².<br /> # polyploïd, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2011 VM===<br /> # Stelling: Enkel diploïde genetische informatie is overerfbaar.<br /> # Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling) <br /> # Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.<br /> # Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...<br /> # Begrippen:<br /> #* weifelaar<br /> #* X-chromosoom<br /> #* X-koppeling<br /> #* ...<br /> <br /> <br /> ===21 JAN 2010===<br /> # Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.<br /> # Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)<br /> # Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op &amp;quot;van hoeveel genen hangt de staartlengte af&amp;quot;.<br /> # Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).<br /> # Begrippen:<br /> #* Enhanceosoom<br /> #* Epigenetisch stilleggen of &amp;quot;silencing&amp;quot;<br /> #* Epistasie<br /> #* Epigenetische merker<br /> #* Erfelijkheid in de ruime zin<br /> #* Homeologe chromosomen<br /> #* Homoloog chromosoom<br /> #* Homologie-afhankelijk herstel<br /> #* Homogametisch geslacht<br /> #* en nog 1...<br /> <br /> <br /> ===20 JAN 2010===<br /> # Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten. <br /> # foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet. <br /> # makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening <br /> # Ne moeilijke over Hardy-Weinberg. <br /> # Begrippen. <br /> #* heterozygon<br /> #* hetersis<br /> #* Hfr<br /> #* hexaploid<br /> #* polypoide<br /> <br /> <br /> ===19 JAN 2010===<br /> # stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen<br /> # fig 11.2<br /> # oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen<br /> # chi²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...<br /> # woordjes: <br /> #* genconversie<br /> #* topoisomerase<br /> #* inversielussen<br /> #* homozygoot inversie<br /> #* kandidaatgen<br /> #* tetraploïd<br /> #* tetrade<br /> #* nog drie andere...<br /> <br /> <br /> ===18 JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Figuur van het fragiel-X syndroom<br /> # de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code.. <br /> Schriftelijk:<br /> # een stamboom<br /> # vraag over H² en h² <br /> # pak definities<br /> <br /> <br /> ===JAN 2010===<br /> Mondeling:<br /> # Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)<br /> # tekening van fragile X syndroom<br /> Schriftelijk:<br /> # Oefening met een stamboom <br /> # een oefening op erfelijkheid<br /> # hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....<br /> <br /> <br /> ===JAN 2009===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie<br /> # Figuur bespreken: fig 10-4 in boek<br /> # Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant<br /> Schriftelijk:<br /> # Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:<br /> a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht<br /> b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen<br /> c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.<br /> # Woordjes<br /> <br /> <br /> ===29 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.<br /> # Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen<br /> Schriftelijk:<br /> # In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.<br /> # Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?<br /> # Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer <br /> <br /> <br /> ===28 JAN 2008===<br /> Mondeling:<br /> # Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.<br /> # Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).<br /> Schriftelijk:<br /> # Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.<br /> # Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.<br /> # 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort</div>

Miekemunters https://wiki.chemika.be/index.php?title=Statistiek_%26_Data-analyse&diff=891 2018-01-19T16:44:31Z

<p>Miekemunters: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===19 JANUARI 2018===<br /> #* Bewijs de geheugenloosheid van de exponentiële verdeling.<br /> #* Bewijs E[k(x)l(y)] waarbij x en y onafhankelijk en continu zijn.<br /> #* Bereken E[(x)(y^2)] waarbij x exponentieel verdeeld is met verwachte waarde 0.5 en y~N<br /> # De kans dat Anke naar statestiek gaat is 0.8 en de kans dat Bruno naar statestiek gaat is 0.6.<br /> #* Bereken de kans dat minstens 1 van de 2 naar statestiek gaat wanneer deze variabelen onafhankelijk zijn.<br /> #* De veriabelen zijn toch afhankelijk. De kans dat Anke aanwezig is en Bruno niet is 0.65. Bereken de kans dat Anke niet aanwezig is als gegeven dat Bruno aanwezig is.<br /> #* Er zijn dubbel zoveel hoorcolleges dan oefenzittingen. Wat is de kans dat je willekeurig naar statestiek gaat en dit een hoorcollege is?<br /> #* Bruno gaat naar elke oefenzitting. Wat is de kans dat hij aanwezig is tijdens een hoorcollege?<br /> # Y-X is bivariaat normaal verdeeld met X de lengte van vrouwen in cm en Y de lengte van mannen in cm. Het gemiddelde van X is 165 en van Y is 175. Ze hebben beiden een variantie van 4 en de covariantie is 8.<br /> #* Welke verdeling is dit? Bereken het gemiddelde en de variantie van de verschilfunctie.<br /> #* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de vrouw groter is dan de man.<br /> #* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de man en de vrouw groter zijn 170 cm.<br /> # Een experiment wordt een 27 keer herhaald. Er is een gemiddelde en een standaardafwijking gegeven. <br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.05 en welke voorwaarden gelden er?<br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval in het geval de standaardafwijking onbekend is en leg uit of dit breder wordt.<br /> #* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.01.<br /> #* Hoevaak moet het experiment herhaald worden om een maximale foutenmarge van 0.001 te bekomen?<br /> # 20 Cavia's krijgen 0.5 mg Calcium toegevoegd en 20 andere cavia's krijgen 2 mg Calcium toegediend.<br /> #* Test of de hoeveelheid Calcium een invloed heeft op de lengte van de tanden waarvoor een gemiddelde en variantie voor beiden groepen gegeven is. Hier moet een volldedige hypothesetest uitgevoerd worden. <br /> # Een examen bestaat uit 10 meerkeuzenvragen met 3 opties waarvan er telkens 1 juist is.<br /> #* Wanneer je elke vraag gokt is de kans om te slagen gelijk aan 0.2131, toon dit aan.<br /> #* Bepaal deze kans ook benaderend met een discrete verdeling en verklaar of dit een goede benadering is.<br /> #* 200 studenten gokken bij elke vraag. Bereken de kans dat er strikt meer dan 50 geslaagd zijn.<br /> # Er is een ANOVA-script gegeven.<br /> #* Bepaal de regressierechte. Voor alfa was de t-waarde en de standaard fout gegeven. Voor beta niet, dit moest volgens mij met het gemiddelde van x en y die wel gegeven waren.<br /> #* Test of dit een zinvolle regressierechte is met berekening teststatistiek, P-waarde en besluit.<br /> #* R^2 berekenen en uitleggen.<br /> #* Y berekenen met x=90.<br /> <br /> ===20 JANUARI 2017===<br /> # eerste vraag waren 4 juist/fout vragen <br /> #* als X en Y normaal verdeeld zijn, is de som dan altijd normaal verdeeld<br /> #* iets me benadering van steekproefgem en populatiegem<br /> #* iets me E(X) of da bij toevalsvariabele gelijk is aan het gem <br /> #* ... weet ik ni meer exact, ge moet gewoon juist of fout aanduiden, ni uitleggen<br /> # tweede vraag waren twee bewijzen (me Var(a+bX+cY) en E(a+bX+cY) en dan altijd zo bijvragen van a-e zo Var en E uitrekenen en mediaan berekenen, cumulatieve frequentie tekenen.. en dan iets me X+Y en kansen daarvan berekenen beetje vaag haha<br /> # dan twee vragen op kansen ook met altijd zo deelvraagjes, eerste was over dat er verschillende sets van 20 stuks zijn en ge ga na hoeveel defecte er zijn, ge hebt enkele gegevens gegeven vb. Kans op geen defecte elementen in uw set van 20 is 70%, kans op juist 1 defect element is 20% enz. Daar dan allemaal kans vragen op, vb. Wat is de kans da als ge willekeurig een lot van 20 neemt, en ge weet da er exact 1 defect is, wa is dan de kans da als ge er twee willekeurige uitneemt da die ni defect zijn enzovoort.. <br /> # Dan een kansoefening met een kind da 10 keer me een dobbelsteen mag gooien en elke keer als die 6 gooit krijgt die een cadeau, wa is dan de kans da die meer als 3 cadeaus krijgt enzovoort, welke kansverdeling is da en bereken ook benaderend en zo van die deelvragen, ook nog als ze die traditie 35 jaar zouden doen en die jongen mag elke keer gooien op zijn bday wa is dan de kans da die meer dan 55 cadeaus krijgt<br /> # en dan nog twee hypothesetesten waarvan ene met R output. De ene vraag was over herseninhoud, ze willen zien of de herseninhoud van een 75 jarige persoon gekropen is tov een 25 jarige persoon, ge hebt dan een lijst gekregen me gegevens en een R output waarin t waarde, P waarde, df ontbreken en aan de hand van die output moet ge dan dingen berekenen mbv hypothesetesten, ook output van een betrouwbaarheidsinterval en da interpreteren. De andere ging over het feit da er ooit gezegd is geweest da er dobbelstenen bestaan die &quot;niet gelijk&quot; zijn dus die ni eerlijk zijn, ge krijg een tabel me kansen en moet dan hypothesetesten uitvoeren om te zien of die dobbesltaan vervalst was of ni, weer Teststatistiek opstellen, testwaarde berekenen, interpreteren... en dan een tabel me ietske andere waardes van die dobbelstaan me de vraag of die P waarde dan hetzelfde blijft<br /> # en nog een oefening over laatste hoofdstuk met die lineaire regressie ook me allemaal deelvraagjes ; de lineaire regressie opstellen en dan s^2 uitrekenen, ge hebt sx sy sxy enzo gegeven, en dan moet ge daar hypothese en teststatistiek ook doen dacht ik (bij elke hypothesetest vraagt ze teststatistiek, testwaarde , P waarde interpreteren etc) en dan geeft ze ook nog een R^2 waarde die ge moet interpreteren..<br /> Ik denk da het zoiets ongeveer was haha, en ge had 3u30min tijd :)<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Juist/fout, Var(bx)=b²Var(x) aantonen<br /> #rekenen met kansen<br /> #Exponentiele verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...<br /> #Hypothesetesten<br /> #R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen<br /> <br /> ===6 januari 2015===<br /> #Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:<br /> ##E(Y) = g (E (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g ( Med (X)) ?<br /> ##Med(Y) = g( E (X)) ?<br /> ##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?<br /> #In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:<br /> ##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?<br /> ##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?<br /> ###Bereken deze kans exact<br /> ###Bereken een benadering van deze kans<br /> ###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?<br /> #Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beïnvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? α = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.<br /> ##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag<br /> ##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.<br /> ##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.<br /> ##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?<br /> ##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?<br /> ##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes<br /> <br /> ===25 januari 2016 (VM)===<br /> Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.<br /> #Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.<br /> #Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?<br /> #Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reëele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)<br /> #We hebben thuis een alarm geïnstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?<br /> #Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriëntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:<br /> ##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriëntatievermogen heeft is 1/7.<br /> ##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.<br /> #Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.<br /> ##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?<br /> ##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?<br /> ##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.<br /> ##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?<br /> #Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en &amp;quot;Overige&amp;quot;, elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.<br /> ##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur (&amp;quot;een jonge snaak&amp;quot; zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.<br /> #Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.<br /> ##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Vorm een besluit.<br /> #Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.<br /> #Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.<br /> #Gegeven: output van summary en anova in R.<br /> ##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F &amp;gt; f) en voor de slope: t-waarde en P(T &amp;gt; t).<br /> ##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfa != 0<br /> ##Geef de regressierechte.<br /> ##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.<br /> ===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:<br /> ##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.<br /> ##er een lineair verband is tussen 2 variabelen<br /> ##een variabale uit een bepaalde verdeling komt<br /> ##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn<br /> #Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoëfficiënt p en:<br /> ##H0: p=0 vs H1:p=/=0<br /> ##Een p-waarde &amp;lt;alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:<br /> ##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon<br /> ##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y<br /> ##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair<br /> ##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.<br /> #Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.<br /> ##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%<br /> ##Hoeveel % van de studenten is slordig?<br /> ##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?<br /> #Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?<br /> ##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?<br /> ##Bereken de testwaarde<br /> ##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.<br /> ##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.<br /> ##Wat besluit je op basis van de p-waarde?<br /> ##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?<br /> #De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.<br /> ##H0 en H1?<br /> ##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde<br /> ##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.<br /> ##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.<br /> #Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.<br /> ##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?<br /> ##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, R² kunnen geven + betekenis,...)<br /> <br /> ===27 januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> #een exp (λ) met λ&amp;gt;0 geeft Σxi ~ N(n/λ , n/λ²)<br /> #als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld<br /> #(weet ik niet meer)<br /> #een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.<br /> #Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.<br /> #Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?<br /> #Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?<br /> #Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.<br /> #Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen<br /> #Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.<br /> #Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cm² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cm².<br /> ##Stel een goede H0 en H1 op<br /> ##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?<br /> ##Geeft de correcte test-statistiek<br /> ##Zoek de P-waarde<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?<br /> #Hypothesevraag met α= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)<br /> ##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==&amp;gt; a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)<br /> ##Stel een goede H0 en H1 hypothese op<br /> ##Welke test statistiek gebruik je?<br /> ##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten<br /> ##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.<br /> ===17 Januari 2014===<br /> #Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.<br /> ##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.<br /> ##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)<br /> ##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld<br /> ##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x&amp;gt;7|x&amp;gt;3) = P(x&amp;gt;4)<br /> #Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs en  29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebben  en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.<br /> ##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%<br /> ##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?<br /> ##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?<br /> #Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafégangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.<br /> ##stel de hyphotheses op<br /> ##welke veronderstellingen maak je?<br /> ##welke teststatistiek gebruik je?<br /> ##wat is de T-waarde?<br /> ##wat is de P-waarde?<br /> ##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##maak een voortstelling van de P-waarde<br /> ##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?<br /> ###Voer deze test uit:<br /> ###wat is de T-waarde<br /> ###wat is de P-waarde?<br /> ###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld<br /> ##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.<br /> <br /> ===20 Januari 2012===<br /> #3 Meerkeuzevragen &amp;amp; uitleggen waarom<br /> ##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --&amp;gt; wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.<br /> ##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --&amp;gt; enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...<br /> ##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:µ(X)=3 vs H1:µ(X)≠3 en/of H0:µ(Y)=sqrt(3) vs H1:µ(Y)≠sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)≠3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)≠sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent<br /> #Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie<br /> #Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=&amp;gt; De vragen hierbij waren:<br /> ##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.<br /> ##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij<br /> ##Bereken de p-waarde + definitie<br /> ##Teken deze p-waarde op een grafiek<br /> ##Besluit<br /> ##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?<br /> ##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen<br /> ##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.<br /> #Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.<br /> ##Geef het regressiemodel<br /> ##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...<br /> ##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op<br /> ##BI berekenen van de rico<br /> ##definitie BI<br /> ##Aannames + nagaan modelveronderstellingen<br /> <br /> ===18 Januari 2013 (VM)===<br /> #Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.<br /> #Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.<br /> #Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit.<br /> #Ga na of er een verband is tussen de waarden.<br /> ##Geef H0.<br /> ##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ##Geef de P-waarde.<br /> ##Besluit<br /> #Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.<br /> ##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?<br /> ##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?<br /> #Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.<br /> ##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).<br /> ###Geef H0.<br /> ###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.<br /> ###Geef de P-waarde.<br /> ###Besluit.<br /> ##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?<br /> #Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.<br /> ##Is het een goed model? (of zoiets)<br /> ##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)<br /> ##Wat betekent Std. Error in die lm-functie</div>

Miekemunters