Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Kern- en radiochemie

2018-06-15T06:58:04Z

Nickskeuh: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
===Nieuwe info===
Mastervak gedoceerd door Thomas Cardinaels (SCK).
Aantal vragen voorlopig nog onbekend.
Geen vragen op Toledo zoals vroeger was.

===Oude info===
Mastervak gedoceerd door Koen Binnemans met enkele gastcolleges van Thomas Cardinaels (SCK).
Gedoceerd in twee delen, deel 2 kan ook gevolgd worden door master Fysica.
Het examen bestaat uit een zestal vragen, die beschikbaar zijn op Toledo. Niet al te moeilijk voor 6 studiepunten.

==Examenvragen==

===6 juni 2016 namiddag===
# Gegeven: electronspectrum van Cs-137. Verklaar de figuur.
# Gegeven: Re-188 in de nuclidenkaart. Bespreek het verval van dit nuclide en leg het verband met the theranostische eigenschappen ervan.
# Waarom wordt UF6 gebruikt in het aanrijkingsproces? Wat zijn de fysicochemische risico's geassocieerd met UF6?
# Geef 3 voordelen en 3 nadelen voor het gebruik van Th in kernbrandstof.
# Bespreek het principe achter een radioisotoop thermoelectrische generator. Geef 2 voorbeelden van radionucliden die hiervoor gebruikt kunnen worden. Worden deze nucliden op aarde of in de ruimte gebruikt en waarom.

===8 juni 2015 namiddag===
# Formule von weizsÃ¤cker bespreken (krijg je) en op welk model is dit gebaseerd, bespreek alle termen
# Bespreek werking cyclotron, waarom is de energie beperkt, hoe oplossen?
# Bespreek beschermingsmaatregelen tegen: alfa, beta, gamma en neutronen straling
# Hoe ga je van UO2 naar pellets, bespreek en geef eigenschappen van pellet in functie van het laden in de naald en de eigenschappen in de kernreactor
# Welke problemen kunnen er zich voordoen bij gebruik spoorelementen van radionuclide en geef oplossingen

===8 juni 2015 voormiddag===
# Verklaar waarom er een onzekerheid bestaat op het atoomgewicht. (isotoopeffect, lood isotopen in natuurlijke gesteenten)
#
#*Geef de voorwaarde voor het optreden van een radioactief evenwicht.
#*Is dit een chemisch evenwicht?
#*Geef de voorwaarde van een seculier en transient evenwicht.
#*Geef de vergelijking van een seculier en transient evenwicht.
#*Hoe wordt het transient evenwicht toegepast in de nucleaire geneeskunde, geef een voorbeeld.
#Bespreek het verval van 110m Ag en 110Ag. Gegeven: overeenkomstig vakje uit nuclidetabel + PSE.
#Wat is het verschil tussen prompte en uitgestelde neutronen? Op welke manier moet hier worden rekening mee gehouden in een reactor.
#
#*Waarom is het molecule UF6 geschikt voor het verrijken van uranium?
#*Wat zijn de risico's van het werken met deze stof?
#Wat zijn GENIV reactoren?
#*Welke zes categoriën bestaan hierin?
#*Naar welke categorie wordt in België onderzoek gedaan?
#*Wat zijn kleine modulaire reactoren?

===6 juni 2014===
#Vergelijk de werkingsprincipes van de volgende typen van detectoren: ionizatiekamer, proportionele detector en Geiger-Müller teller. (specifieke bijvragen over het voltageverloop)
#
#*Bespreek de evolutie van het gemiddelde bindingsenergie van nucleonen i.f.v. atoommassa
#*Bespreek massadefect bij atoomkernen
#*Wat is de relatie tussen kernstabiliteit en het aantal neutronen en protonen in een kern?
#Bespreek de kinetica van het radioactief verval
#Wat is de samenstelling van het hoogradioactief afval van kerncentrales? Welke opties heeft men voor de verwerking en opslag ervan?
#Bespreek technische toepassing van radionucliden voor
#*meten van vloeistofpeil
#*volgen van vloeistofstromen in pijpleidingen
#*diktecontrole van gewalst staal
#*sterilisatie
#
#*Waarom moet uranium verrijkt worden voor LWR?
#*Hoe voert men de verrijking uit?

Kern- en radiochemie

2018-06-15T06:57:30Z

Nickskeuh: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Mastervak vroeger gedoceerd door Thomas Cardinaels (SCK).
Aantal vragen voorlopig nog onbekend.
Geen vragen op Toledo zoals vroeger was.

Oude info:
Mastervak gedoceerd door Koen Binnemans met enkele gastcolleges van Thomas Cardinaels (SCK).
Gedoceerd in twee delen, deel 2 kan ook gevolgd worden door master Fysica.
Het examen bestaat uit een zestal vragen, die beschikbaar zijn op Toledo. Niet al te moeilijk voor 6 studiepunten.

==Examenvragen==

===6 juni 2016 namiddag===
# Gegeven: electronspectrum van Cs-137. Verklaar de figuur.
# Gegeven: Re-188 in de nuclidenkaart. Bespreek het verval van dit nuclide en leg het verband met the theranostische eigenschappen ervan.
# Waarom wordt UF6 gebruikt in het aanrijkingsproces? Wat zijn de fysicochemische risico's geassocieerd met UF6?
# Geef 3 voordelen en 3 nadelen voor het gebruik van Th in kernbrandstof.
# Bespreek het principe achter een radioisotoop thermoelectrische generator. Geef 2 voorbeelden van radionucliden die hiervoor gebruikt kunnen worden. Worden deze nucliden op aarde of in de ruimte gebruikt en waarom.

===8 juni 2015 namiddag===
# Formule von weizsÃ¤cker bespreken (krijg je) en op welk model is dit gebaseerd, bespreek alle termen
# Bespreek werking cyclotron, waarom is de energie beperkt, hoe oplossen?
# Bespreek beschermingsmaatregelen tegen: alfa, beta, gamma en neutronen straling
# Hoe ga je van UO2 naar pellets, bespreek en geef eigenschappen van pellet in functie van het laden in de naald en de eigenschappen in de kernreactor
# Welke problemen kunnen er zich voordoen bij gebruik spoorelementen van radionuclide en geef oplossingen

===8 juni 2015 voormiddag===
# Verklaar waarom er een onzekerheid bestaat op het atoomgewicht. (isotoopeffect, lood isotopen in natuurlijke gesteenten)
#
#*Geef de voorwaarde voor het optreden van een radioactief evenwicht.
#*Is dit een chemisch evenwicht?
#*Geef de voorwaarde van een seculier en transient evenwicht.
#*Geef de vergelijking van een seculier en transient evenwicht.
#*Hoe wordt het transient evenwicht toegepast in de nucleaire geneeskunde, geef een voorbeeld.
#Bespreek het verval van 110m Ag en 110Ag. Gegeven: overeenkomstig vakje uit nuclidetabel + PSE.
#Wat is het verschil tussen prompte en uitgestelde neutronen? Op welke manier moet hier worden rekening mee gehouden in een reactor.
#
#*Waarom is het molecule UF6 geschikt voor het verrijken van uranium?
#*Wat zijn de risico's van het werken met deze stof?
#Wat zijn GENIV reactoren?
#*Welke zes categoriën bestaan hierin?
#*Naar welke categorie wordt in België onderzoek gedaan?
#*Wat zijn kleine modulaire reactoren?

===6 juni 2014===
#Vergelijk de werkingsprincipes van de volgende typen van detectoren: ionizatiekamer, proportionele detector en Geiger-Müller teller. (specifieke bijvragen over het voltageverloop)
#
#*Bespreek de evolutie van het gemiddelde bindingsenergie van nucleonen i.f.v. atoommassa
#*Bespreek massadefect bij atoomkernen
#*Wat is de relatie tussen kernstabiliteit en het aantal neutronen en protonen in een kern?
#Bespreek de kinetica van het radioactief verval
#Wat is de samenstelling van het hoogradioactief afval van kerncentrales? Welke opties heeft men voor de verwerking en opslag ervan?
#Bespreek technische toepassing van radionucliden voor
#*meten van vloeistofpeil
#*volgen van vloeistofstromen in pijpleidingen
#*diktecontrole van gewalst staal
#*sterilisatie
#
#*Waarom moet uranium verrijkt worden voor LWR?
#*Hoe voert men de verrijking uit?

Dynamics of Chemical and Biochemical Systems

2018-06-08T13:18:05Z

Nickskeuh: /* 8 juni 2018 - voormiddag */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak op 6 stp gedoceerd door Koen Clays. De helft van de examenpunten staat op een presentatie die gaat over statistical thermodynamics. De andere helft is een gesloten-boek, mondeling examen over de cursus, bevattende hoofdstukken over (1) stabiliteit, (2) fluctuaties, (3) diffusie, (4) Langevin, (5) relaxatie, (6) evolutie. Het laatste hoofdstuk werd de laatste 2 jaar weggelaten. De cursus die men krijgt bij de CuDi bevat eveneens delen van Guido Maes (die het vak enkele jaren geleden even overnam) met extra uitleg, die GEEN leerstof zijn voor het examen. Deze zijn gekarakteriseerd door een kleiner lettertype met kleinere interlinie. In het begin van het semester zijn er 2 introlessen over statistische thermodynamica, die theoretisch gezien leerstof zijn. Desalniettemin heeft hij hiervan nog nooit een vraag gesteld op het examen. Op het mondeling kan er wel nog een kleine vraag komen over een belangrijk concept of idee van je eigen presentatie (niet van de presentaties van de anderen). Dit is echter niet zeker, want vaak vergeet hij die extra vraag te stellen.

==Examenvragen==
===8 juni 2018 - Namiddag===
# Gegeven de Master Equation of Fluctuation Theory, voor zowel P(delta P, delta S) als P(delta T, delta V). Wat kan je hieruit besluiten over fluctuaties in het algemeen. En dan nog gegeven U=RT en dat Cv= T (δU/δT), wat kan hier nog mee besluiten.
# Reactie A+B <-> C+D. Leidt de relaxatieformule af. Welke kinetische waarden kunnen hieruit gehaal worden. Welke condities zijn nodig. Wat kan er zorgen voor perturbatie. En geef de verschillende tijdsprofielen.

===8 juni 2018 - voormiddag===
# Gegeven de Master Equation of Fluctuation Theory, voor zowel P(delta P, delta S) als P(delta T, delta V). Wat kan je hieruit besluiten over fluctuaties in het algemeen. En meer specifiek over isotherme compressie.
# Reactie A+C <-> B+C met C als katalysator. Leidt de relaxatieformule af. Welke kinetische waarden kunnen hieruit gehaal worden. Welke condities zijn nodig. Wat kan er zorgen voor perturbatie. En geef de verschillende tijdsprofielen.

===24 augustus 2017 - voormiddag===
# Prove that the stability condition in terms of increase in entropy can be related to a minimun in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimun. Extra question during oral: You have 2 graphs from the course text and he asks which one is more fundamental: G or S?
# What's the relation between the Fick's law of diffusion and the Langevin equation for the diffusion coëfficiënt in terms of temperature and friction? Extra question during oral: What is Rh (hydrodynamic radius)?
# Give a simple graphic example of the relation between statistical thermodyamics, the partition function and the chemical equilibrium constant. Give an example of products and reagents for which your simple example is valid. (this is about the first 2 lessons at the start of the semester)

===9 juni 2017 - namiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Prove that for stability conditions in terms of entropy can be related to a minimum in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimum.
# Prove that linearization is necessary for obtaining the right formulae for relaxation for a reaction A + B <=> C and not for A <=> B. Give the formulae for the relaxation times for both reactions. What is minimally necessary for a good relaxation experiment and what are the optimal conditions?

===9 juni 2017 - voormiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Derive the Stokes-Einstein relation starting from the Langevin equation.
# Relaxation:
## How can one perturbate an equilibrium?
## Which assumptions does one have to make deriving the relaxation formulae?
## Derive relaxation formulae for the reactions A + B <=> C + D and A <=> B.
## What is minimally necessary for a good relaxation experiment?

===Oude examenvragen===
# Beschrijf fluctuaties.
# Leid formules af voor de amplitude van een relaxatiesignaal met faseverschuiving.
# Leid Langevin vergelijking af.

Dynamics of Chemical and Biochemical Systems

2018-06-08T13:17:23Z

Nickskeuh: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vak op 6 stp gedoceerd door Koen Clays. De helft van de examenpunten staat op een presentatie die gaat over statistical thermodynamics. De andere helft is een gesloten-boek, mondeling examen over de cursus, bevattende hoofdstukken over (1) stabiliteit, (2) fluctuaties, (3) diffusie, (4) Langevin, (5) relaxatie, (6) evolutie. Het laatste hoofdstuk werd de laatste 2 jaar weggelaten. De cursus die men krijgt bij de CuDi bevat eveneens delen van Guido Maes (die het vak enkele jaren geleden even overnam) met extra uitleg, die GEEN leerstof zijn voor het examen. Deze zijn gekarakteriseerd door een kleiner lettertype met kleinere interlinie. In het begin van het semester zijn er 2 introlessen over statistische thermodynamica, die theoretisch gezien leerstof zijn. Desalniettemin heeft hij hiervan nog nooit een vraag gesteld op het examen. Op het mondeling kan er wel nog een kleine vraag komen over een belangrijk concept of idee van je eigen presentatie (niet van de presentaties van de anderen). Dit is echter niet zeker, want vaak vergeet hij die extra vraag te stellen.

==Examenvragen==
===8 juni 2018 - Namiddag===
# Gegeven de Master Equation of Fluctuation Theory, voor zowel P(delta P, delta S) als P(delta T, delta V). Wat kan je hieruit besluiten over fluctuaties in het algemeen. En dan nog gegeven U=RT en dat Cv= T (δU/δT), wat kan hier nog mee besluiten.
# Reactie A+B <-> C+D. Leidt de relaxatieformule af. Welke kinetische waarden kunnen hieruit gehaal worden. Welke condities zijn nodig. Wat kan er zorgen voor perturbatie. En geef de verschillende tijdsprofielen.

===8 juni 2018 - voormiddag===
# Gegeven de Master Equation of Fluctuation Theory, voor zowel P(delta P, delta S) als P(delta T, delta V). Wat kan je hieruit besluiten over fluctuaties in het algemeen. En meer specifiek over isotherme compressie.
# Reactie A+C <-> B+C. Leidt de relaxatieformule af. Welke kinetische waarden kunnen hieruit gehaal worden. Welke condities zijn nodig. Wat kan er zorgen voor perturbatie. En geef de verschillende tijdsprofielen.

===24 augustus 2017 - voormiddag===
# Prove that the stability condition in terms of increase in entropy can be related to a minimun in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimun. Extra question during oral: You have 2 graphs from the course text and he asks which one is more fundamental: G or S?
# What's the relation between the Fick's law of diffusion and the Langevin equation for the diffusion coëfficiënt in terms of temperature and friction? Extra question during oral: What is Rh (hydrodynamic radius)?
# Give a simple graphic example of the relation between statistical thermodyamics, the partition function and the chemical equilibrium constant. Give an example of products and reagents for which your simple example is valid. (this is about the first 2 lessons at the start of the semester)

===9 juni 2017 - namiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Prove that for stability conditions in terms of entropy can be related to a minimum in "energy". Relate this to the presence of fluctuations around this minimum.
# Prove that linearization is necessary for obtaining the right formulae for relaxation for a reaction A + B <=> C and not for A <=> B. Give the formulae for the relaxation times for both reactions. What is minimally necessary for a good relaxation experiment and what are the optimal conditions?

===9 juni 2017 - voormiddag===
# Describe the nature and relevance of fluctuations given that it can derived from the Master Equation of Fluctuation Theory that: [[Bestand:P(dV,dT)_term_of_Master_Eequation_of_fluctuation_theory.PNG|400px|center|alternatieve tekst]]
# Derive the Stokes-Einstein relation starting from the Langevin equation.
# Relaxation:
## How can one perturbate an equilibrium?
## Which assumptions does one have to make deriving the relaxation formulae?
## Derive relaxation formulae for the reactions A + B <=> C + D and A <=> B.
## What is minimally necessary for a good relaxation experiment?

===Oude examenvragen===
# Beschrijf fluctuaties.
# Leid formules af voor de amplitude van een relaxatiesignaal met faseverschuiving.
# Leid Langevin vergelijking af.

Gevorderde Anorganische Chemie

2018-02-01T14:29:51Z

Nickskeuh: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vervolg op Metalen en katalyse uit de 2e Bachelor. Werd tot 2017 gegeven door professor Binnemans en Professor Hendrickx, maar sinds 2018 enkel door Professor Binnemans. Een periodiek systeem wordt gegeven, zodat je het kan gebruiken tijdens je examen.
Tevens is kennis van de namen/symbolen van het PSE nodig. Locatie van de elementen hoeft niet gekend te zijn.

==Examenvragen==
===1 februari 2018 VM===
# Grafiek van Eb/nucleon. Wat kunnen we hierop zien/afleiden
# leg uit: metaalstraal, atoomstraal, ionische straal, covalente straal
#
#* teken de lewisstructuur van IF7, bepaal VSEPR en hybridisatie van I
#* teken de lewisstructuur van XeF5-, bepaal VSEPR en hybridisatie van Xe
# Ca heeft fcc structuur, a gegeven, a) bereken de straal van van Ca b) wat is de massadichtheid van Ca
# bepaalde 3d ionen hebben een grotere neiging om een octahedraal complex te vormen als andere 3d ionen. Verklaar adhv kristalveldtheorie
# Hoe kunnen lanthaniden en actiniden voorgesteld worden in PSE? Welke is de beste weergave en waarom?
# Wat zijn de voorwaarden om een substitiële legering te hebben
# Absorptiespectrum van [CuCl(NH3)5]2-. Verklaar de teruggevonden transities en intensiteiten.
# Wat zijn isolobale moleculaire fragmenten? Zijn PtCl2 en Cr(CO)4 isolobale fragmenten?
# PSE: 5 namen, waarvan je het symbool moet geven en 5 omgekeerd.

===januari 2018===
#Ionisatie-energie en trends uitleggen
#lewisstructuur CO2 (meerdere)
#Bindingshoeken H20, H2S, H2Te verklaren (hoeken gegeven)
#Verklaar aan de hand van MOT: O2 is paramagnetisch
#hoeveel % ruimte is onbezet bij ccp?
#Gelijkenissen Li en Mg: 4 voorbeelden + naam type verbanden
# theta aan de hand van Si/O verhouding: idee over structuur?
# UV-VIS absorptie van [Cr(NH3)2]3+ gegeven: transities en intensiteit verklaren
#isoglobale fragmenten? Toon aan: Mn(Co)r en CH3
#Elementen en symbolen (enkel mondeling)

===21 augustus 2017===
====Koen Binnemans====
#
#*Welke defecten komen voor?
#*Waarom leiden verbindingen met defecten tot stabielere verbindingen?
#*Wat is het verschil in samenstelling van verbindingen met defecten en niet-stoichiometrische verbindingen?
#*Waarom komen stoichiometrische verbindingen meer voor bij transitiemetalen dan bij de hoofdgroepelementen?
#*Wet van Vegard
#
#*Waarom zijn er meer verbindinge met Xe bekend dan met Ar? Waarom zijn er geen verbindingen van He terug te vinden?
#*Wat wordt gevormd wanneer UV fotolyse van acetyleen wordt uitgevoerd in een Xenon matrix bij een temperatuur van minder dan 10K?
#*Xe is fcc, a, MM en Na gegeven, bepaal de massadichtheid
#Fasediagram van Cu en Ag. Bespreek alle zone's en geef aan welke component aanwezig is en in welke toestand.

====Mark Hendrickx====
#Berekening voor linear H3+ molecule via Hückelberekening. Oplossingen van cyclische structuur gegeven. Maak een voorspelling van de werkelijke structuur.
#Via LVT sigma donor, pi donor en pi acceptor uitleggen. Geef voor elk type een voorbeeld van een ligand en geef de volgorde van de spectrochemische reeks.

===31 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#Bespreek [Re2Cl8] volledig: structuur en chemische binding
#vraag met berekenen van Na (Avogadro), alles gegeven voor Ni
#Bepalen van kristalstructuur van Fe, straal, massadichtheid en molaire massa gegeven (het was alpha ijzer als antwoord).
#Gegeven: fasediagram van S bespreek volledig (wat is rhombic en monoclinic, wat zijn de lijnstukken, hoeveel tripelpunten,...)

====Mark Hendrickx====
#Bespreek SF6 binnen MOT (MO diagram zelf geven), vergelijk met lewistheorie en VBT. Bepaal de bindingsorde.
#hoofdstuk 3: wat is een toestandsdensiteit? uileggen voor 1D-rooster en 3D-rooster, uitleggen hoe de toestandsdensiteit experimenteel wordt bepaald en uitleggen wat het verschil is tussen een metaal en semi-metaal. wat is chemische potentiaal en ferminiveau, situeer dit voor geleider, half-geleider en isolator. Fermi Dirac en Maxwell Boltzmann gegeven en vergelijken: uitleggen onder welke omstandigheden Maxwell Boltzmann gebruikt mag worden. Iets van Ethaan en disilaan => diamant en vast silicium.

===20 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#verschil tussel aluminosilicaten en aluminiumsilicaten
#waarom tekosilicaten aluminosilicaten zijn (buiten kwarts)
#verschil tussen structuur van kwarts en dat van kwartsglas
#wat is kristalglas en waarom is da zo anders dan vensterglas
#Waarom meer Xe verbindingen dan Ar en waarom geen He verbindingen
#Zeggen wa er gevormd wordt wanneer ge UV fotolyse van acetyleen in een Xe matrix op 10K gaat uitvoeren
#Xe is fcc, a , MM en Na gegeven, bepaal massadichthed
#Fasendiagram van Sn en Pb gegeven die gedeeltelijk mengbaar waren met eutectisch punt => leg per zone uit welke fasen er zijn en bespreek

====Mark Hendrickx====
#Beschrijf gedetailleerd hoe de MOT tot stand komt en geef de elektronenintensiteit. (H°ab(1), H°ab(2) en H st gegeven en den golffunctie gegeven)
#Cr(NH3)6 3+ , spectrum gegeven en da van Cr(NH3)5Cl 2+ , samen met TB d3 diagram (wa ge eigenlijk ni echt nodig hebt) , bespreek de pieken grondig.
#Is Cl- een sterkere of zwakkere ligand dan NH3, bespreek grondig

===26 januari 2016===
====Koen Binnemans====
# Fasediagram van gedeeltelijk mengbare vaste fase bespreken.
#
#*Waarom meer verbindingen met Xe dan Ar? En waarom geen van He?
#* Wat wordt er gevormd bij vast Xe en acetyleen?
#* fcc eenheidscel van Xe. lengte eenheidscel gegeven. Wat is massadichtheid?
#*Welke defecten komen voor?
#* Waarom verbindingen met defecten stabiel?
#* Verschil verbindingen met defecten en niet stoichiometrische verbindingen.
#* Waarom meer niet stoichiometrische verbindingen bij transitiemetalen dan de hoofdgroepelementen?
#* Wet van Vegard.

====Mark Hendrickx====
#* Is atoomstraal of ionstraal absoluut gegeven? (motiveer en geef praktisch gevolg)
#* Wordt 4s bij transitiemetalen opgevuld voor 3d omdat deze lager ligt? (motiveer en gebruik de energieuitdrukkingen)
# Tanabe Sugano van d2 configuratie gegeven
#* Groepeer toestanden per configuratie.
#* Wat betekend deltao en B?
#*Een overgang bij 17200 cm-1 en bij 25600 cm-1
#* Welk type overgangen zijn dit.
#* Schat deltao en B
#* B van vrij ion is 860 cm-1, verklaar het verschil.

===29 januari 2013===
====Binnemans====
#
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: wat voor een soort grootheid is massadichtheid?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing als je weet dat
#** 2H+ (g) + 2e- --> H20 =-(0,059V)pH
#** O2(g) + 4H+ + 4e- --> 2H2O = 1,23V - (0,059V)pH
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?

====Hendrickx====
#Het krijstallijne KCuAlF6 bevat koperionen met een coördinatiegetal van 6. Uit X-stralengegevens voor deze kristalstructuur blijkt dat er per koperion twee soorten koperfluoride-afstanden bestaan: twee fluoriden op 188 pm en 4 fluoriden op 220 pm. Benoem en verklaar in detail deze experimentele vaststelling.
#Bereken de weergegeven samenstelling en energie van de moleculaire orbitalen van het cyclische H3+ (gelijkzijdige driehoek) met een behulp van de Hückelbenadering. Welk is de grondtoestandsconfiguratie? Voor welk type van binding is dit kleinste polyatomisch molecule een prototype? (tip van Hendrickx zelve: het is niet ammoniak) Benoem en bespreek de elektronische structuur van een anorganisch molecule waar dit type van binding aanwezig is.

=== 3 februari 2012 NM===
====Binnemans====
# Eerste vraag:
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: hoe is Xe gebonden in kristal? En hoe is Na gebonden?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing?
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?

====Hendrickx====
#Eerste vraag:
#*Is de atoom/ionstraal een absoluut gegeven? (Verklaar en motiveer)
#*Wordt bij de transitiemetalen het 4s ingevuld voor het 3d? Motiveer, gebruik in deze context volgende formules voor een configuratie 4sp3dq
#*epsilon4s=omega4s+(p-1)(4s,4s)+q(3d,4s) en epsilon3d=omega3d+(q-1)(3d,3d)+p(3d,4s)
#Tweede vraag: Gegeven: [Co(CN)6]3- heeft een octaëdrische structuur. Het spectrum bevat pieken op 32050, 38460 en 50600 cm^-1 met respectievelijk extinctiecoëfficiënten van 138, 109, meer dan 2000 M-1cm-1.
#*Om welke soort overgangen gaat het hier (in detail + motiveer).
#*Tot welke soort liganden behoort CN-? (leg uit in detail).
#*Wat zijn Deltao en B? Bereken deze voor dit molecule.
#*Ook gegeven: het TS-diagramma van de d8-groep (zie appendixen cursus). (Je moest zelf bedenken welke overgangen het waren en de rechten uit het TS-diagram zelfs extrapoleren om de juiste verhouding te kunnen vinden!)

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.
=== 3 februari 2012 VM===

=== Onbekende datum 2012 ===
====Binnemans====
#Oefening over stochiometrie bij bepaalde vullingen van ccp en hcp met bepaalde verhouding octaedrische en tetraedrische holten.
#Ellingham diagram gegeven. Een paar vragen bij oplossen.

====Hendrickx====
#Bespreek het CO-molecule. Geef het orbitaalschema en het dipoolmoment, schets het foto-elektronspectrum. Wat voor soort ligand is CO en waarom?
#Bewijs de bandenstructuur aan de hand van het vrij-elektronmodel. Gegeven: formule voor e^{kx} en formule voor impuls. Bespreek ook geleiding en toestandsdensiteit in deze context.

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.

=== 4 februari 2011 VM===
====Binnemans====
#Gegeven: densiteit en molaire massa van natrium en kubische eenheidscel met roosterparameter
#*Bereken aantal natriumatomen in eenheidscel
#*Wat is de eenheidscel?
#*Bereken atoomstraal van natrium
#10 reacties:
#*Oplossen van goud in koningswater
#*Xenon(II)fluoride met equimolaire hoeveelheden water
#*Xenon(II)fluoride met arseen(V)fluoride
#*Kaliumchromaat aanzuren
#*Bereiding van aluminium: hall-hÃ©roult proces
#*Thermische ontbinding van calciumcarbonaat
#*Xenongas met zuurstofgas
#*Oxidatie van osmium
#*Nog 2 redoxreacties

====Hendrickx====
#TS-diagram d2 complex gegeven
#*Bepaal welke toestanden bij welke configuratie behoren.
#*Leg uit ligandveldparameter en B
#*Twee absorptiebanden gegeven: welke transities zijn dit en waarom
#*Wat voor soort ligand is water
#*Bepaal ligandveldparameter en B voor (V(H2O)6)3+
#*Vergelijk deze waarde van B met de waarde van B voor het vrije ion
#
#*Berekening van energie en geef golffunctie van lineair H3+
#*Vergelijk dit met de driehoekige structuur van H3+ en geef de stabielste structuur

===17 januari 2011===
====Binnemans====
#*Massadichtheid van Au berekenen adhv eenheidscel
#*Roosterparameter a van kubisch rooster van Ag berekenen
#*Hieruit het één en ander besluiten, zoals welke legering ze vormen en in welke verhoudingen ze mengbaar zijn.
#Je kreeg volgend Latimer-diagram: O2 --> H2O2 --> H2O met de E0-waarden boven elke pijl.
#*Je moest zeggen of dit in zuur of basisch milieu was en waarom.
#*Je moest het Frost-diagram van dit Latimer-diagram opstellen.
#*Je moest afleiden adhv E0-waarden en Frost-diagram of H2O2 de neiging heeft om te disproportioneren

====Hendrickx====
#*Deze vraag ging over elektronenconfiguratie. Je moest van bepaalde elementen (in mijn geval Pm, Sm, Eu en Gd) en zeggen waarom Gd afweek van de opvulregel. Hetzelfde moest je doen voor La en nog e paar.
#*Dan moest je ook in het algemeen nog iets zeggen over het aufbauprincipe en waarom deze elementen ervan afweken
#*Je moest via een Huckelberekening een eenvouding MO-diagram geven van een heterodiatomisch molecule gegeven en waarom het meest elektronegatieve atoom altijd lager ligt en stabiliserend is en het meest elektropositieve atoom destabiliserend is enzo.
#*Je moest zeggen met welk atoom een CN- ligand bindt aan een transitiemetaal en wat voor een ligand dit was (sigma-donor, pi-acceptor) en waarom dit zo stabiel is enzo.
#Je kreeg het spectrum van Co(NH3)6 3+.
#*Je moest de juiste bezetting van de eg-t2g orbitalen geven enzo.
#*Je moest de grondtoestand bepalen, en zeggen welke overgangen overeen komen met welke pieken op het spectrum en welke toestanden je hieruit kreeg, en waarom de piek bij de korste golflengte (waarvan je alleen de aanloop lag) zoveel intenser was als de 2 andere pieken.
#*Dan moest je met zo'n TS-diagram de Delta-0 waarde berekenen dacht ik voor een bepaald golfgetal en de nefelauxetische reductie vermelden ivm waarom dit verschilde van een gegeven waarde

Gevorderde Anorganische Chemie

2018-02-01T14:28:03Z

Nickskeuh: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Machemie]]

==Vakinformatie==
Vervolg op Metalen en katalyse uit de 2e Bachelor. Werd tot 2017 gegeven door professor Binnemans en Professor Hendrickx, maar sinds 2018 enkel door Professor Binnemans. Een periodiek systeem wordt gegeven, zodat je het kan gebruiken tijdens je examen.
Tevens is kennis van de namen/symbolen van het PSE nodig. Locatie van de elementen hoeft niet gekend te zijn.

==Examenvragen==
===januari 2018===
Sinds dit jaar wordt het enkel door Prof. Binnemans gegeven!
#Ionisatie-energie en trends uitleggen
#lewisstructuur CO2 (meerdere)
#Bindingshoeken H20, H2S, H2Te verklaren (hoeken gegeven)
#Verklaar aan de hand van MOT: O2 is paramagnetisch
#hoeveel % ruimte is onbezet bij ccp?
#Gelijkenissen Li en Mg: 4 voorbeelden + naam type verbanden
# theta aan de hand van Si/O verhouding: idee over structuur?
# UV-VIS absorptie van [Cr(NH3)2]3+ gegeven: transities en intensiteit verklaren
#isoglobale fragmenten? Toon aan: Mn(Co)r en CH3
#Elementen en symbolen (enkel mondeling)

===21 augustus 2017===
====Koen Binnemans====
#
#*Welke defecten komen voor?
#*Waarom leiden verbindingen met defecten tot stabielere verbindingen?
#*Wat is het verschil in samenstelling van verbindingen met defecten en niet-stoichiometrische verbindingen?
#*Waarom komen stoichiometrische verbindingen meer voor bij transitiemetalen dan bij de hoofdgroepelementen?
#*Wet van Vegard
#
#*Waarom zijn er meer verbindinge met Xe bekend dan met Ar? Waarom zijn er geen verbindingen van He terug te vinden?
#*Wat wordt gevormd wanneer UV fotolyse van acetyleen wordt uitgevoerd in een Xenon matrix bij een temperatuur van minder dan 10K?
#*Xe is fcc, a, MM en Na gegeven, bepaal de massadichtheid
#Fasediagram van Cu en Ag. Bespreek alle zone's en geef aan welke component aanwezig is en in welke toestand.

====Mark Hendrickx====
#Berekening voor linear H3+ molecule via Hückelberekening. Oplossingen van cyclische structuur gegeven. Maak een voorspelling van de werkelijke structuur.
#Via LVT sigma donor, pi donor en pi acceptor uitleggen. Geef voor elk type een voorbeeld van een ligand en geef de volgorde van de spectrochemische reeks.

===31 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#Bespreek [Re2Cl8] volledig: structuur en chemische binding
#vraag met berekenen van Na (Avogadro), alles gegeven voor Ni
#Bepalen van kristalstructuur van Fe, straal, massadichtheid en molaire massa gegeven (het was alpha ijzer als antwoord).
#Gegeven: fasediagram van S bespreek volledig (wat is rhombic en monoclinic, wat zijn de lijnstukken, hoeveel tripelpunten,...)

====Mark Hendrickx====
#Bespreek SF6 binnen MOT (MO diagram zelf geven), vergelijk met lewistheorie en VBT. Bepaal de bindingsorde.
#hoofdstuk 3: wat is een toestandsdensiteit? uileggen voor 1D-rooster en 3D-rooster, uitleggen hoe de toestandsdensiteit experimenteel wordt bepaald en uitleggen wat het verschil is tussen een metaal en semi-metaal. wat is chemische potentiaal en ferminiveau, situeer dit voor geleider, half-geleider en isolator. Fermi Dirac en Maxwell Boltzmann gegeven en vergelijken: uitleggen onder welke omstandigheden Maxwell Boltzmann gebruikt mag worden. Iets van Ethaan en disilaan => diamant en vast silicium.

===20 januari 2017===
====Koen Binnemans====
#verschil tussel aluminosilicaten en aluminiumsilicaten
#waarom tekosilicaten aluminosilicaten zijn (buiten kwarts)
#verschil tussen structuur van kwarts en dat van kwartsglas
#wat is kristalglas en waarom is da zo anders dan vensterglas
#Waarom meer Xe verbindingen dan Ar en waarom geen He verbindingen
#Zeggen wa er gevormd wordt wanneer ge UV fotolyse van acetyleen in een Xe matrix op 10K gaat uitvoeren
#Xe is fcc, a , MM en Na gegeven, bepaal massadichthed
#Fasendiagram van Sn en Pb gegeven die gedeeltelijk mengbaar waren met eutectisch punt => leg per zone uit welke fasen er zijn en bespreek

====Mark Hendrickx====
#Beschrijf gedetailleerd hoe de MOT tot stand komt en geef de elektronenintensiteit. (H°ab(1), H°ab(2) en H st gegeven en den golffunctie gegeven)
#Cr(NH3)6 3+ , spectrum gegeven en da van Cr(NH3)5Cl 2+ , samen met TB d3 diagram (wa ge eigenlijk ni echt nodig hebt) , bespreek de pieken grondig.
#Is Cl- een sterkere of zwakkere ligand dan NH3, bespreek grondig

===26 januari 2016===
====Koen Binnemans====
# Fasediagram van gedeeltelijk mengbare vaste fase bespreken.
#
#*Waarom meer verbindingen met Xe dan Ar? En waarom geen van He?
#* Wat wordt er gevormd bij vast Xe en acetyleen?
#* fcc eenheidscel van Xe. lengte eenheidscel gegeven. Wat is massadichtheid?
#*Welke defecten komen voor?
#* Waarom verbindingen met defecten stabiel?
#* Verschil verbindingen met defecten en niet stoichiometrische verbindingen.
#* Waarom meer niet stoichiometrische verbindingen bij transitiemetalen dan de hoofdgroepelementen?
#* Wet van Vegard.

====Mark Hendrickx====
#* Is atoomstraal of ionstraal absoluut gegeven? (motiveer en geef praktisch gevolg)
#* Wordt 4s bij transitiemetalen opgevuld voor 3d omdat deze lager ligt? (motiveer en gebruik de energieuitdrukkingen)
# Tanabe Sugano van d2 configuratie gegeven
#* Groepeer toestanden per configuratie.
#* Wat betekend deltao en B?
#*Een overgang bij 17200 cm-1 en bij 25600 cm-1
#* Welk type overgangen zijn dit.
#* Schat deltao en B
#* B van vrij ion is 860 cm-1, verklaar het verschil.

===29 januari 2013===
====Binnemans====
#
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: wat voor een soort grootheid is massadichtheid?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing als je weet dat
#** 2H+ (g) + 2e- --> H20 =-(0,059V)pH
#** O2(g) + 4H+ + 4e- --> 2H2O = 1,23V - (0,059V)pH
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?

====Hendrickx====
#Het krijstallijne KCuAlF6 bevat koperionen met een coördinatiegetal van 6. Uit X-stralengegevens voor deze kristalstructuur blijkt dat er per koperion twee soorten koperfluoride-afstanden bestaan: twee fluoriden op 188 pm en 4 fluoriden op 220 pm. Benoem en verklaar in detail deze experimentele vaststelling.
#Bereken de weergegeven samenstelling en energie van de moleculaire orbitalen van het cyclische H3+ (gelijkzijdige driehoek) met een behulp van de Hückelbenadering. Welk is de grondtoestandsconfiguratie? Voor welk type van binding is dit kleinste polyatomisch molecule een prototype? (tip van Hendrickx zelve: het is niet ammoniak) Benoem en bespreek de elektronische structuur van een anorganisch molecule waar dit type van binding aanwezig is.

=== 3 februari 2012 NM===
====Binnemans====
# Eerste vraag:
#*Xe kristaliseert in fcc. Gegeven lengte eenheidscel (620 pm) en PSE: bereken massadichtheid Xe
#*Na heeft bcc. Gegeven massadichtheid (970 kg/mÂ³) en PSE (Mr): bereken lengte eenheidscel.
#*Bijvraag: hoe is Xe gebonden in kristal? En hoe is Na gebonden?
# Tweede vraag: Gegeven: Pourbaix-diagramma Mn. Reactie voor de oxidatie van water en de reductie van H+ (1.23V en 0V).
#*Wat zijn de horizontale/verticale/schuine lijnen in dit diagramma?
#*Kan je Mn elektrolyseren uit een waterige oplossing? (afleiden uit schema)
#*Welke deeltjes zijn stabiel in een waterige oplossing?
#*Wat gebeurt er als we een waterige oplossing van MnO4- aanzuren?

====Hendrickx====
#Eerste vraag:
#*Is de atoom/ionstraal een absoluut gegeven? (Verklaar en motiveer)
#*Wordt bij de transitiemetalen het 4s ingevuld voor het 3d? Motiveer, gebruik in deze context volgende formules voor een configuratie 4sp3dq
#*epsilon4s=omega4s+(p-1)(4s,4s)+q(3d,4s) en epsilon3d=omega3d+(q-1)(3d,3d)+p(3d,4s)
#Tweede vraag: Gegeven: [Co(CN)6]3- heeft een octaëdrische structuur. Het spectrum bevat pieken op 32050, 38460 en 50600 cm^-1 met respectievelijk extinctiecoëfficiënten van 138, 109, meer dan 2000 M-1cm-1.
#*Om welke soort overgangen gaat het hier (in detail + motiveer).
#*Tot welke soort liganden behoort CN-? (leg uit in detail).
#*Wat zijn Deltao en B? Bereken deze voor dit molecule.
#*Ook gegeven: het TS-diagramma van de d8-groep (zie appendixen cursus). (Je moest zelf bedenken welke overgangen het waren en de rechten uit het TS-diagram zelfs extrapoleren om de juiste verhouding te kunnen vinden!)

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.
=== 3 februari 2012 VM===

=== Onbekende datum 2012 ===
====Binnemans====
#Oefening over stochiometrie bij bepaalde vullingen van ccp en hcp met bepaalde verhouding octaedrische en tetraedrische holten.
#Ellingham diagram gegeven. Een paar vragen bij oplossen.

====Hendrickx====
#Bespreek het CO-molecule. Geef het orbitaalschema en het dipoolmoment, schets het foto-elektronspectrum. Wat voor soort ligand is CO en waarom?
#Bewijs de bandenstructuur aan de hand van het vrij-elektronmodel. Gegeven: formule voor e^{kx} en formule voor impuls. Bespreek ook geleiding en toestandsdensiteit in deze context.

=== 31 januari 2012===
====Binnemans====
# Eerste vraag
#*Bereken de dichtheid van Indium in een tetragonaal face centered rooster. (dimensies en PSE met Mr gegeven)
#*Afbeelding van een rooster: benoem en tel het aantal atomen per rooster.
# Tweede vraag:
#*Leg het industrieel productieproces van Al metaal uit bauxiet uit.
#*Ellingham diagram gegeven, motiveer of je Al ook kan bekomen door reductie met C of Ca.Indien ja: waarom is dit proces industrieel niet interessant?

====Hendrickx====
# Leg de VBT uit voor energieminima, densiteitsopbouw, enz.
# Welk ligand geeft het sterkste complex: F- of H2O? Leg volledig uit.

=== 4 februari 2011 VM===
====Binnemans====
#Gegeven: densiteit en molaire massa van natrium en kubische eenheidscel met roosterparameter
#*Bereken aantal natriumatomen in eenheidscel
#*Wat is de eenheidscel?
#*Bereken atoomstraal van natrium
#10 reacties:
#*Oplossen van goud in koningswater
#*Xenon(II)fluoride met equimolaire hoeveelheden water
#*Xenon(II)fluoride met arseen(V)fluoride
#*Kaliumchromaat aanzuren
#*Bereiding van aluminium: hall-hÃ©roult proces
#*Thermische ontbinding van calciumcarbonaat
#*Xenongas met zuurstofgas
#*Oxidatie van osmium
#*Nog 2 redoxreacties

====Hendrickx====
#TS-diagram d2 complex gegeven
#*Bepaal welke toestanden bij welke configuratie behoren.
#*Leg uit ligandveldparameter en B
#*Twee absorptiebanden gegeven: welke transities zijn dit en waarom
#*Wat voor soort ligand is water
#*Bepaal ligandveldparameter en B voor (V(H2O)6)3+
#*Vergelijk deze waarde van B met de waarde van B voor het vrije ion
#
#*Berekening van energie en geef golffunctie van lineair H3+
#*Vergelijk dit met de driehoekige structuur van H3+ en geef de stabielste structuur

===17 januari 2011===
====Binnemans====
#*Massadichtheid van Au berekenen adhv eenheidscel
#*Roosterparameter a van kubisch rooster van Ag berekenen
#*Hieruit het één en ander besluiten, zoals welke legering ze vormen en in welke verhoudingen ze mengbaar zijn.
#Je kreeg volgend Latimer-diagram: O2 --> H2O2 --> H2O met de E0-waarden boven elke pijl.
#*Je moest zeggen of dit in zuur of basisch milieu was en waarom.
#*Je moest het Frost-diagram van dit Latimer-diagram opstellen.
#*Je moest afleiden adhv E0-waarden en Frost-diagram of H2O2 de neiging heeft om te disproportioneren

====Hendrickx====
#*Deze vraag ging over elektronenconfiguratie. Je moest van bepaalde elementen (in mijn geval Pm, Sm, Eu en Gd) en zeggen waarom Gd afweek van de opvulregel. Hetzelfde moest je doen voor La en nog e paar.
#*Dan moest je ook in het algemeen nog iets zeggen over het aufbauprincipe en waarom deze elementen ervan afweken
#*Je moest via een Huckelberekening een eenvouding MO-diagram geven van een heterodiatomisch molecule gegeven en waarom het meest elektronegatieve atoom altijd lager ligt en stabiliserend is en het meest elektropositieve atoom destabiliserend is enzo.
#*Je moest zeggen met welk atoom een CN- ligand bindt aan een transitiemetaal en wat voor een ligand dit was (sigma-donor, pi-acceptor) en waarom dit zo stabiel is enzo.
#Je kreeg het spectrum van Co(NH3)6 3+.
#*Je moest de juiste bezetting van de eg-t2g orbitalen geven enzo.
#*Je moest de grondtoestand bepalen, en zeggen welke overgangen overeen komen met welke pieken op het spectrum en welke toestanden je hieruit kreeg, en waarom de piek bij de korste golflengte (waarvan je alleen de aanloop lag) zoveel intenser was als de 2 andere pieken.
#*Dan moest je met zo'n TS-diagram de Delta-0 waarde berekenen dacht ik voor een bepaald golfgetal en de nefelauxetische reductie vermelden ivm waarom dit verschilde van een gegeven waarde

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2018-01-21T13:59:21Z

Nickskeuh: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

== Examenvragen ==

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2018-01-21T13:52:12Z

Nickskeuh: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

== Examenvragen ==

=== 18 januari 2016 ===

Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Bio-inorganic Chemistry

2017-09-01T13:38:53Z

Nickskeuh: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met een taak die op 8 van de 20 punten staat.

==Examenvragen==

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2017-09-01T13:38:15Z

Nickskeuh: /* 01 sep 2017 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met taak die staat op 8 van de 20 punten.

==Examenvragen==

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2017-09-01T13:36:57Z

Nickskeuh: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met taak die staat op 8 van de 20 punten.

==Examenvragen==

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why ar both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2017-01-27T08:36:11Z

Nickskeuh: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt, samen met Dr. Gregory Absillis en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels. Met taak die staat op 8 van de 20 punten.

==Examenvragen==

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for classIII
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O2 binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative O2 binding? (5p)