Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Advanced Biological Data Analysis

2023-01-30T13:53:48Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Keuze-truncus vak voor master Biochemie (verplicht voor master Biologie), gegeven door Piet van den Berg, Tom Wenseleers & Hans Jacquemyn. Open boek examen waar je 2 datasets moet analyseren die gelijkaardig zijn aan die van de oefenzittingen. 10/20 voor het onderdeel van PVDB & TW. 10/20 voor het onderdeel van HJ.

Dit werd vroeger gegeven door professors Tom Wenseleers en Hans Jacquemyn. Het examen is schriftelijk open boek, en bestaat uit het ter plekke statistisch analyseren van verschillende datasets op de computer. Hierbij staat het deel gegeven door Wenseleers en Jacquemyn elk op 10 van de 20 punten.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F87AE.htm

== Examenvragen ==

===30 januari 2023===
====Piet van den Berg & Tom Wenseleers====
In this study, the researchers were interested in how dominance relationships affect food sharing in the wild. In 4,549 hours of observations, they recorded all instances where there was the possibility for sharing food (potential sharing events). This was the case when one individual had food (the “possessor”) and another individual begged to obtain some of it (the “potential partner”). They recorded whether the begging behaviour resulted in the possessor sharing food with the potential partner (“Sharing” in the dataset; 1 if food was shared, 0 if not). They gave each individual an identity tag and recorded these for both individuals in each potential sharing event (“Possessor” and “PotentialPartner” in the dataset) and they also recorded their dominance ranks (“DominancePossessor” and “DominancePotentialPartner”). Most individuals were observed in multiple potential sharing events.

QUESTION: How does dominance rank affect food sharing in chimpanzees?

Run models with the dominance ranks of the possessor and the potential partner as predictors. Consider all combinations (both ranks separately, both together, and a model that also includes the interaction). Choose the best model. Include the appropriate random effects structure in all models that you run. Check for overdispersion and continue with the appropriate model. For the purpose of this exercise, there is no need to do any other model diagnosis checks. Visualize the best model. Write a clear conclusion (important!).

====Hans Jacquemyn====
#The marsh orchid (Dactylorhiza sphagnicola) and the heat-spotted orchid (Dactylorhiza maculata) (Fig. 1) are two orchid species that are able to hybridize when they co-occur. In the Belgian Ardennes, both allopatric and sympatric populations of both orchids can be found and there are some indications that hybridization occurs in sympatric populations. In order to get better insights in the hybridization process, the morphology of a large number of plants was investigated in a large sympatric population where both species co-occurred. In total 28 morphological traits were measured (Table 1). The same characteristics were also measured for a large number of plants in allopatric populations (one for each species). The data have been summarized in two datasets. The dataset sympatric.xlsx contains all data for the sympatric population, the dataset allopatric.xlsx contains the data for the allopatric populations.
#* A. Investigate whether the two species can be unequivocally distinguished based on the measured characteristics?
#* B. Which traits are most important to distinguish the two species?
#* C. Are there indications that hybridization has occurred in the sympatric population? How can you deduce this from your analysis?

===17 januari 2020 NM ===
====Tom Wenseleers - oral (you receive the questions in an R file)====
# The provided data file contains detailed data on the survival of the passengers of the titanic (survived=0/1 for passengers that died or not) as a function of, amongst others, their age ("age"), their sex ("sex") and the price they paid for their ticket ("priceperticket").
#* A. Fit a model of passenger survival in function of age, sex & priceperticket with the appropriate error structure. Start with a model that takes into account all possible higher-order interaction effects and then use stepwise backward model reduction and calculate the best model based on the bayesian information criterion bic. Test for the possible presence of outliers & influential observations and remove those if necessary.
#* B. Make effect plots of all the predictors in your best model (on the link scale but using y axis response plot labels, using type="rescale") and interpret the results.
#* C. Calculate the log(odds ratio) to survive for male passengers of average age that paid for the most expensive ticket vs those that paid for the cheapest one. Do the same for female passengers. Did the log odds of them surviving go up in proportion to the price they paid for their ticket, or was there an unfair advantage for those that paid for the most expensive one?
Paste all R code + all tabular & graphical output & interpretation in a word document and do the same for the part of hans jacquemyn and hand it over to the assistant saved as lastname_firstname.docx & lastname_firstname.r (zip these two files as lastname_firstname_exam.zip)

====Hans Jacquemyn (in a Word document)====
#Orchids rely on mycorrhizal fungi to complete their life cycle. Recent research has shown that these fungi can be quite diverse and belong to different genera. Fungal communities are also likely to vary between orchid populations. Little,however, is known about the factors determining variation in fungal communities and whether this variation affects the population dynamics of orchids. It can be expected that differences in soil conditions have a significant impact on mycorrhizal communities and therefore impact on the population dynamics of the orchids. To test this hypothesis fungal communities were determined in a large number of populations of the terrestrial orchid Neottia ovata (Fig. 1). For each population a series of soil characteristics was measured and the change in population size was assessed by comparing the population size in 2003 with that in 2013. Data were collected in three separate plots in each population. The data have been summarized in two datasets, one that gives for each population the abundance (number of sequences) of all detected fungi (Neottia_fungi.xlsx), and one that gives an overview of the soil characteristics (Neottia_soil.xlsx).
#* The soil characteristics that were measured are soil moisture content (moist), organic matter (OM), phosphate concentration (P), nitrate concentration (NO3) and ammonium concentration (NH4). The last file also tells you whether a population has increased (1) or decreased in size (0) between 2003 and 2013.
#* A. Assess whether fungal communities vary among populations?
#* B. Investigate whether variation in fungal communities can be related to soil conditions. Which soil variables have the largest effect on fungal communities?
#* C. Investigate whether the observed changes in population size can be related to variation in mycorrhizal communities.

===17 januari 2020 VM ===
====Tom Wenseleers - oral (you receive the questions in an R file)====
# Researchers were interested to test if queen pheromones of the honeybee, which in that species are emitted by the queen to stop the workers from reproducing, would also inhibit the reproduction of either workers or queens in the bumblebee. They hypothesized that such cross activity might be observed in the event that these compounds exploit conserved physiological pathways linked with the regulation of reproduction. To test this hypothesis, the researchers exposed bumblebee queens and bumblebee worker groups (groups of 20 workers each) to either a blank solvent-only control or a solution of honeybee queen pheromones for a period of 2 weeks. Subsequently, they dissected the queens and workers and measured the size of the largest oocyte in their ovaries to be able to test for any effects on ovary development. For each of the worker groups, these measurements were averaged over all individuals. In terms of experimental design, genetic background was controlled for by doing the experiment in a paired fashion, whereby the worker groups exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were derived from the same source colony and similarly, the queens exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were taken to be sisters of each other (colony or sibgroup is encoded as variable "id" in the dataset). In your analysis, take into account this non-independence through the inclusion of a random effect term, and use a model with the appropriate error distribution.
#* Aim: Test whether honeybee queen pheromones inhibit ovary development and whether this effect is caste dependent. (cf. dataset "data.csv").
#* SPECIFIC QUESTIONS:
#** A. Display your data using "spaghetti plots", i.e. plot oocyte size in function of treatment, using two different panels for caste, and connect points that are measured from individuals from the same colony (for workers) or sib-group (for queens). Make this plot both using lattice's xyplot and ggplot2.
#** B. Fit a model of oocyte size (SIZE_OOCYTE) in function of TREATMENT and CASTE, either considering a possible interaction effect between both or not, taking into account possible random effects and use a model with the appropriate error distribution. Decide which model is best based on the AIC criterion. What is the name of the type of model you fitted? (in this case a linear mixed effects model was ok, since the distribution or errors was normal: lme() or lmer())
#** C. Make effect plots of the effects in your model and explain what these imply.
#** D. Carry out the relevant tests for the significance of the different effects. What do these tell you? Also carry out Tukey posthoc tests to test the effect of treatment for each of the two castes. What would the conclusion have been if you would have ignored the dependency in your data (variable ID, i.e. colony or sibship)? WOuld the effect of TREATMENT have been more or less significant then and why? (just do a normal lm here)
#** E. Test whether the residuals of your model conform to your assumed error distribution.

====Hans Jacquemyn (in a Word document)====
#The marsh orchid (Dactylorhiza sphagnicola) and the heat-spotted orchid (Dactylorhiza maculata) (Fig. 1) are two orchid species that are able to hybridize when they co-occur. In the Belgian Ardennes, both allopatric and sympatric populations of both orchids can be found and there are some indications that hybridization occurs in sympatric populations. In order to get better insights in the hybridization process, the morphology of a large number of plants was investigated in a large sympatric population where both species co-occurred. In total 28 morphological traits were measured (Table 1). The same characteristics were also measured for a large number of plants in allopatric populations (one for each species). The data have been summarized in two datasets. The dataset sympatric.xlsx contains all data for the sympatric population, the dataset allopatric.xlsx contains the data for the allopatric populations.
#*Given Vegetative traits: Plant height from soil level (cm), Number of cauline leaves, Lowermost leaf length (cm), Lowermost leaf maximum width (cm), Length of second leaf (cm), Maximum width of the second leaf (cm), Position of the second leaf greatest width (cm), Uppermost leaf length (cm), Uppermost internodium length (cm), Stem diameter under infl orescence (mm), Stem diameter above lowermost leaf (mm), Number of flowers, Inflorescence length (cm), Length of inflorescence axis between the bract insertion points of first and fifth flowers (cm)
#*Given Flower traits: Bract length (cm), Bract width (cm), Ovary length (cm), Lateral sepals length (cm), Lateral sepals width (cm), Petals length (cm), Petals width (cm), Labellum length (cm), Labellum lateral lobes length from base (cm), Labellum median lobe length (cm), Labellum width (cm), Labellum median lobe width at base (cm), Spur length (cm), Spur diameter at base (cm)
#* A. Investigate whether the two species can be unequivocally distinguished based on the measured characteristics?
#* B. Which traits are most important to distinguish the two species?
#* C. Are there indications that hybridization has occurred in the sympatric population? How can you deduce this from your analysis? Illustrate your answer with the appropriate figures and explain which analysis you have used and why.

===6 januari 2019===
====Tom Wenseleers - oral (you receive the questions in an R file)====

# Researchers were interested to test if queen pheromones of the honeybee, which in that species are emitted by the queen to stop the workers from reproducing, would also inhibit the reproduction of either workers or queens in the bumblebee. They hypothesized that such cross activity might be observed in the event that these compounds exploit conserved physiological pathways linked with the regulation of reproduction. To test this hypothesis, the researchers exposed bumblebee queens and bumblebee worker groups (groups of 20 workers each) to either a blank solvent-only control or a solution of honeybee queen pheromones for a period of 2 weeks. Subsequently, they dissected the queens and workers and measured the size of the largest oocyte in their ovaries to be able to test for any effects on ovary development. For each of the worker groups, these measurements were averaged over all individuals. In terms of experimental design, genetic background was controlled for by doing the experiment in a paired fashion, whereby the worker groups exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were derived from the same source colony and similarly, the queens exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were taken to be sisters of each other (colony or sibgroup is encoded as variable "id" in the dataset). In your analysis, take into account this non-independence through the inclusion of a random effect term, and use a model with the appropriate error distribution.
#* Aim: Test whether honeybee queen pheromones inhibit ovary development and whether this effect is caste dependent. (cf. dataset "data.csv").
#* Specific questions:
#** A. Display your data using "spaghetti plots", i.e. plot oocyte size in function of treatment, using two different panels for caste, and connect points that are measured from individuals from the same colony (for workers) or sib-group (for queens). Make this plot both using lattice's xyplot and ggplot2.
#** B. Fit a model of oocyte size (SIZE_OOCYTE) in function of TREATMENT and CASTE, either considering a possible interaction effect between both or not, taking into account possible random effects and use a model with the appropriate error distribution. Decide which model is best based on the AIC criterion. What is the name of the type of model you fitted? (in this case a linear mixed effects model was ok, since the distribution or errors was normal: lme() or lmer())
#** C. Make effect plots of the effects in your model and explain what these imply.
#** D. Carry out the relevant tests for the significance of the different effects. What do these tell you? Also carry out Tukey posthoc tests to test the effect of treatment for each of the two castes. What would the conclusion have been if you would have ignored the dependency in your data (variable ID, i.e. colony or sibship)? WOuld the effect of TREATMENT have been more or less significant then and why? (just do a normal lm here)
#** E. Test whether the residuals of your model conform to your assumed error distribution. (he wanted to see a histogram of the residuals)

====Hans Jacquemyn (in a Word document)====
# Evolutionary theory predicts that coexistence of two closely related plant species can have a major impact on floral morphology and plant mating systems. To test this prediction, floral morphology of a large number of individuals from both allopatric and sympatric populations of Common centaury (Centaurium erythraea) and Seaside centaury (C. littorale) (Fig. 1) were investigated along the Belgian coast. For each individual seven floral traits were measured (Table 1). (Data set: Centaurium.xlsx) (Table 1: ''Floral traits measured in allopatric and sympatric populations of Centaurium erythraea en C. littorale along the Belgian coast.'' (Given traits and variables were: Total length of the flower (mm), Total Petal length (mm), Petal width (mm), Ovary length (mm), Style length (mm), Length of the anthers (mm), Level of herkogamy (mm))
#* A. Investigate whether floral morphology differs significantly between flowers of Centaurium erythraea and C. littorale.
#* B. Illustrate graphically which variables best explain variation in floral morphology between both species and indicate which variable most determines the difference between the two species.
#* C. Can you notice a difference in floral morphology between allopatric and sympatric populations? Is this difference determined by the identity of the species? If yes, explain how and illustrate with the appropriate graph.
#* D. Based on your results, can you conclude that allopatric populations can as easily discerned from sympatric populations for C. erythraea as for C. littorale? And which floral traits are best suited to discern allopatric from sympatric populations?

Advanced Biological Data Analysis

2023-01-27T13:36:16Z

Ninja: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Keuze-truncus vak voor master Biochemie (verplicht voor master Biologie), gegeven door Piet van den Berg, Tom Wenseleers & Hans Jacquemyn. Open boek examen waar je 2 datasets moet analyseren die gelijkaardig zijn aan die van de oefenzittingen. 10/20 voor het onderdeel van PVDB & TW. 10/20 voor het onderdeel van HJ.

Dit werd vroeger gegeven door professors Tom Wenseleers en Hans Jacquemyn. Het examen is schriftelijk open boek, en bestaat uit het ter plekke statistisch analyseren van verschillende datasets op de computer. Hierbij staat het deel gegeven door Wenseleers en Jacquemyn elk op 10 van de 20 punten.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F87AE.htm

== Examenvragen ==

===17 januari 2020 NM ===
====Tom Wenseleers - oral (you receive the questions in an R file)====
# The provided data file contains detailed data on the survival of the passengers of the titanic (survived=0/1 for passengers that died or not) as a function of, amongst others, their age ("age"), their sex ("sex") and the price they paid for their ticket ("priceperticket").
#* A. Fit a model of passenger survival in function of age, sex & priceperticket with the appropriate error structure. Start with a model that takes into account all possible higher-order interaction effects and then use stepwise backward model reduction and calculate the best model based on the bayesian information criterion bic. Test for the possible presence of outliers & influential observations and remove those if necessary.
#* B. Make effect plots of all the predictors in your best model (on the link scale but using y axis response plot labels, using type="rescale") and interpret the results.
#* C. Calculate the log(odds ratio) to survive for male passengers of average age that paid for the most expensive ticket vs those that paid for the cheapest one. Do the same for female passengers. Did the log odds of them surviving go up in proportion to the price they paid for their ticket, or was there an unfair advantage for those that paid for the most expensive one?
Paste all R code + all tabular & graphical output & interpretation in a word document and do the same for the part of hans jacquemyn and hand it over to the assistant saved as lastname_firstname.docx & lastname_firstname.r (zip these two files as lastname_firstname_exam.zip)

====Hans Jacquemyn (in a Word document)====
#Orchids rely on mycorrhizal fungi to complete their life cycle. Recent research has shown that these fungi can be quite diverse and belong to different genera. Fungal communities are also likely to vary between orchid populations. Little,however, is known about the factors determining variation in fungal communities and whether this variation affects the population dynamics of orchids. It can be expected that differences in soil conditions have a significant impact on mycorrhizal communities and therefore impact on the population dynamics of the orchids. To test this hypothesis fungal communities were determined in a large number of populations of the terrestrial orchid Neottia ovata (Fig. 1). For each population a series of soil characteristics was measured and the change in population size was assessed by comparing the population size in 2003 with that in 2013. Data were collected in three separate plots in each population. The data have been summarized in two datasets, one that gives for each population the abundance (number of sequences) of all detected fungi (Neottia_fungi.xlsx), and one that gives an overview of the soil characteristics (Neottia_soil.xlsx).
#* The soil characteristics that were measured are soil moisture content (moist), organic matter (OM), phosphate concentration (P), nitrate concentration (NO3) and ammonium concentration (NH4). The last file also tells you whether a population has increased (1) or decreased in size (0) between 2003 and 2013.
#* A. Assess whether fungal communities vary among populations?
#* B. Investigate whether variation in fungal communities can be related to soil conditions. Which soil variables have the largest effect on fungal communities?
#* C. Investigate whether the observed changes in population size can be related to variation in mycorrhizal communities.

===17 januari 2020 VM ===
====Tom Wenseleers - oral (you receive the questions in an R file)====
# Researchers were interested to test if queen pheromones of the honeybee, which in that species are emitted by the queen to stop the workers from reproducing, would also inhibit the reproduction of either workers or queens in the bumblebee. They hypothesized that such cross activity might be observed in the event that these compounds exploit conserved physiological pathways linked with the regulation of reproduction. To test this hypothesis, the researchers exposed bumblebee queens and bumblebee worker groups (groups of 20 workers each) to either a blank solvent-only control or a solution of honeybee queen pheromones for a period of 2 weeks. Subsequently, they dissected the queens and workers and measured the size of the largest oocyte in their ovaries to be able to test for any effects on ovary development. For each of the worker groups, these measurements were averaged over all individuals. In terms of experimental design, genetic background was controlled for by doing the experiment in a paired fashion, whereby the worker groups exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were derived from the same source colony and similarly, the queens exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were taken to be sisters of each other (colony or sibgroup is encoded as variable "id" in the dataset). In your analysis, take into account this non-independence through the inclusion of a random effect term, and use a model with the appropriate error distribution.
#* Aim: Test whether honeybee queen pheromones inhibit ovary development and whether this effect is caste dependent. (cf. dataset "data.csv").
#* SPECIFIC QUESTIONS:
#** A. Display your data using "spaghetti plots", i.e. plot oocyte size in function of treatment, using two different panels for caste, and connect points that are measured from individuals from the same colony (for workers) or sib-group (for queens). Make this plot both using lattice's xyplot and ggplot2.
#** B. Fit a model of oocyte size (SIZE_OOCYTE) in function of TREATMENT and CASTE, either considering a possible interaction effect between both or not, taking into account possible random effects and use a model with the appropriate error distribution. Decide which model is best based on the AIC criterion. What is the name of the type of model you fitted? (in this case a linear mixed effects model was ok, since the distribution or errors was normal: lme() or lmer())
#** C. Make effect plots of the effects in your model and explain what these imply.
#** D. Carry out the relevant tests for the significance of the different effects. What do these tell you? Also carry out Tukey posthoc tests to test the effect of treatment for each of the two castes. What would the conclusion have been if you would have ignored the dependency in your data (variable ID, i.e. colony or sibship)? WOuld the effect of TREATMENT have been more or less significant then and why? (just do a normal lm here)
#** E. Test whether the residuals of your model conform to your assumed error distribution.

====Hans Jacquemyn (in a Word document)====
#The marsh orchid (Dactylorhiza sphagnicola) and the heat-spotted orchid (Dactylorhiza maculata) (Fig. 1) are two orchid species that are able to hybridize when they co-occur. In the Belgian Ardennes, both allopatric and sympatric populations of both orchids can be found and there are some indications that hybridization occurs in sympatric populations. In order to get better insights in the hybridization process, the morphology of a large number of plants was investigated in a large sympatric population where both species co-occurred. In total 28 morphological traits were measured (Table 1). The same characteristics were also measured for a large number of plants in allopatric populations (one for each species). The data have been summarized in two datasets. The dataset sympatric.xlsx contains all data for the sympatric population, the dataset allopatric.xlsx contains the data for the allopatric populations.
#*Given Vegetative traits: Plant height from soil level (cm), Number of cauline leaves, Lowermost leaf length (cm), Lowermost leaf maximum width (cm), Length of second leaf (cm), Maximum width of the second leaf (cm), Position of the second leaf greatest width (cm), Uppermost leaf length (cm), Uppermost internodium length (cm), Stem diameter under infl orescence (mm), Stem diameter above lowermost leaf (mm), Number of flowers, Inflorescence length (cm), Length of inflorescence axis between the bract insertion points of first and fifth flowers (cm)
#*Given Flower traits: Bract length (cm), Bract width (cm), Ovary length (cm), Lateral sepals length (cm), Lateral sepals width (cm), Petals length (cm), Petals width (cm), Labellum length (cm), Labellum lateral lobes length from base (cm), Labellum median lobe length (cm), Labellum width (cm), Labellum median lobe width at base (cm), Spur length (cm), Spur diameter at base (cm)
#* A. Investigate whether the two species can be unequivocally distinguished based on the measured characteristics?
#* B. Which traits are most important to distinguish the two species?
#* C. Are there indications that hybridization has occurred in the sympatric population? How can you deduce this from your analysis? Illustrate your answer with the appropriate figures and explain which analysis you have used and why.

===6 januari 2019===
====Tom Wenseleers - oral (you receive the questions in an R file)====

# Researchers were interested to test if queen pheromones of the honeybee, which in that species are emitted by the queen to stop the workers from reproducing, would also inhibit the reproduction of either workers or queens in the bumblebee. They hypothesized that such cross activity might be observed in the event that these compounds exploit conserved physiological pathways linked with the regulation of reproduction. To test this hypothesis, the researchers exposed bumblebee queens and bumblebee worker groups (groups of 20 workers each) to either a blank solvent-only control or a solution of honeybee queen pheromones for a period of 2 weeks. Subsequently, they dissected the queens and workers and measured the size of the largest oocyte in their ovaries to be able to test for any effects on ovary development. For each of the worker groups, these measurements were averaged over all individuals. In terms of experimental design, genetic background was controlled for by doing the experiment in a paired fashion, whereby the worker groups exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were derived from the same source colony and similarly, the queens exposed to each replicate control and queen pheromone treatment were taken to be sisters of each other (colony or sibgroup is encoded as variable "id" in the dataset). In your analysis, take into account this non-independence through the inclusion of a random effect term, and use a model with the appropriate error distribution.
#* Aim: Test whether honeybee queen pheromones inhibit ovary development and whether this effect is caste dependent. (cf. dataset "data.csv").
#* Specific questions:
#** A. Display your data using "spaghetti plots", i.e. plot oocyte size in function of treatment, using two different panels for caste, and connect points that are measured from individuals from the same colony (for workers) or sib-group (for queens). Make this plot both using lattice's xyplot and ggplot2.
#** B. Fit a model of oocyte size (SIZE_OOCYTE) in function of TREATMENT and CASTE, either considering a possible interaction effect between both or not, taking into account possible random effects and use a model with the appropriate error distribution. Decide which model is best based on the AIC criterion. What is the name of the type of model you fitted? (in this case a linear mixed effects model was ok, since the distribution or errors was normal: lme() or lmer())
#** C. Make effect plots of the effects in your model and explain what these imply.
#** D. Carry out the relevant tests for the significance of the different effects. What do these tell you? Also carry out Tukey posthoc tests to test the effect of treatment for each of the two castes. What would the conclusion have been if you would have ignored the dependency in your data (variable ID, i.e. colony or sibship)? WOuld the effect of TREATMENT have been more or less significant then and why? (just do a normal lm here)
#** E. Test whether the residuals of your model conform to your assumed error distribution. (he wanted to see a histogram of the residuals)

====Hans Jacquemyn (in a Word document)====
# Evolutionary theory predicts that coexistence of two closely related plant species can have a major impact on floral morphology and plant mating systems. To test this prediction, floral morphology of a large number of individuals from both allopatric and sympatric populations of Common centaury (Centaurium erythraea) and Seaside centaury (C. littorale) (Fig. 1) were investigated along the Belgian coast. For each individual seven floral traits were measured (Table 1). (Data set: Centaurium.xlsx) (Table 1: ''Floral traits measured in allopatric and sympatric populations of Centaurium erythraea en C. littorale along the Belgian coast.'' (Given traits and variables were: Total length of the flower (mm), Total Petal length (mm), Petal width (mm), Ovary length (mm), Style length (mm), Length of the anthers (mm), Level of herkogamy (mm))
#* A. Investigate whether floral morphology differs significantly between flowers of Centaurium erythraea and C. littorale.
#* B. Illustrate graphically which variables best explain variation in floral morphology between both species and indicate which variable most determines the difference between the two species.
#* C. Can you notice a difference in floral morphology between allopatric and sympatric populations? Is this difference determined by the identity of the species? If yes, explain how and illustrate with the appropriate graph.
#* D. Based on your results, can you conclude that allopatric populations can as easily discerned from sympatric populations for C. erythraea as for C. littorale? And which floral traits are best suited to discern allopatric from sympatric populations?

Laboratory Animal Sciences

2022-11-07T14:52:47Z

Ninja: /* 7 November 2022 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.

Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==
===7 November 2022===
# Define:
#* Whitten effect
#* Animal welfare body (AWB)
#* Ambivalent behaviour
#* Orbita-puncture
# Congenic strain
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.

===10 january 2022 ===
#Define:
#*Diastema
#*Oribital puncture
#*GS3
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# What is environmental enrichment and why is it important?
# F1 hybrid

===10 december 2021 ===
#Define:
#*Diastema
#*AWB
#*Xenopus laevis
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# Explain in detail congenic strain? How can it made?
# What is environmental enrichment and why is it important?

===08 december 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Co-isogenic strain
#*Danio rerio
#*Orbital puncture
# Explain gasanasthesia in detail
# Sources of infection in animal facility and how prevented?
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?
# How to avoid allergies?
===19 november 2021 ===
#Define:
#*Harderian gland
#*IVC
#*Humane endpoints
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?
# How is health screening done and why is it important?

===25 oktober 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Isolator
#*Oribital puncture
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# What is post operative care and why is it important
# Congene stam

===22 januari 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Zoocentrism
#*Co-isogenic strain
#*Zoonosis + give an example
# Describe natural feed.
# Explain local anaesthesia.
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.
# What are the the 3 R's? Give 1 example of each one.

===30 Januari 2020 NM versie B===
#Define:
#*Lee-Boot effect
#*Severity assessment
#*Isolator
#*Zoonosis
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?
#Explain in detail: Consomic strain
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?

===30 Januari 2020 NM versie A===
#define:
#*bruce effect
#*gavage
#*reverse? orbital punction
#*Harderian gland
#Explain local anaesthesia
#Give 3 factors that can influence the severity score
#What is environmental enrichment and why is it important?
#Explain everything about natural feed

===24 januari 2020 (NM, versie B)===
#Define:
#*Whitten effect
#*Animal welfare body
#*Humane endpoints
#*IVC
#Gasanaesthesia
#How is healthmonitoring done and why is this important?
#List all environmental factors that influence an animal's wellbeing and explain 2 in detail.
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?

=== 24 januari 2020 (NM, versie "") ===
#What are the factors which determine the needed nutrients in animal food?
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?

=== 25 januari 2019 (NM) ===
Schriftelijk
Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: F1-hybride
#Leg uit in detail lokale anesthesie
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit

=== 25 januari 2019 ===
Begrippen:
#*isolator
#*3 R’s
#*zoonose
#*lee-boot effect

Grote vragen
#Consomic strain
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?
#Effect van stress op behaviour

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===16 januari 2018===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: congene stam
#Uitleggen lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Laboratory Animal Sciences

2022-11-07T14:52:25Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.

Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==
===7 November 2022===
# Define:
#* Whitten effect
#* Animal welfare body (AWB)
#* Orbita-puncture
# Congenic strain
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.
===10 january 2022 ===
#Define:
#*Diastema
#*Oribital puncture
#*GS3
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# What is environmental enrichment and why is it important?
# F1 hybrid

===10 december 2021 ===
#Define:
#*Diastema
#*AWB
#*Xenopus laevis
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# Explain in detail congenic strain? How can it made?
# What is environmental enrichment and why is it important?

===08 december 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Co-isogenic strain
#*Danio rerio
#*Orbital puncture
# Explain gasanasthesia in detail
# Sources of infection in animal facility and how prevented?
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?
# How to avoid allergies?
===19 november 2021 ===
#Define:
#*Harderian gland
#*IVC
#*Humane endpoints
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?
# How is health screening done and why is it important?

===25 oktober 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Isolator
#*Oribital puncture
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# What is post operative care and why is it important
# Congene stam

===22 januari 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Zoocentrism
#*Co-isogenic strain
#*Zoonosis + give an example
# Describe natural feed.
# Explain local anaesthesia.
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.
# What are the the 3 R's? Give 1 example of each one.

===30 Januari 2020 NM versie B===
#Define:
#*Lee-Boot effect
#*Severity assessment
#*Isolator
#*Zoonosis
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?
#Explain in detail: Consomic strain
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?

===30 Januari 2020 NM versie A===
#define:
#*bruce effect
#*gavage
#*reverse? orbital punction
#*Harderian gland
#Explain local anaesthesia
#Give 3 factors that can influence the severity score
#What is environmental enrichment and why is it important?
#Explain everything about natural feed

===24 januari 2020 (NM, versie B)===
#Define:
#*Whitten effect
#*Animal welfare body
#*Humane endpoints
#*IVC
#Gasanaesthesia
#How is healthmonitoring done and why is this important?
#List all environmental factors that influence an animal's wellbeing and explain 2 in detail.
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?

=== 24 januari 2020 (NM, versie "") ===
#What are the factors which determine the needed nutrients in animal food?
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?

=== 25 januari 2019 (NM) ===
Schriftelijk
Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: F1-hybride
#Leg uit in detail lokale anesthesie
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit

=== 25 januari 2019 ===
Begrippen:
#*isolator
#*3 R’s
#*zoonose
#*lee-boot effect

Grote vragen
#Consomic strain
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?
#Effect van stress op behaviour

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===16 januari 2018===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: congene stam
#Uitleggen lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Biocatalysis: Science and Technology

2022-01-27T16:45:41Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2022-01-26T18:24:54Z

Ninja: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2022-01-26T18:13:47Z

Ninja: /* 24/01/2019 */

Biocatalysis: Science and Technology

2022-01-26T18:13:33Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Heette Advanced Enzymology.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

==24/01/2019==
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2022-01-26T18:12:17Z

Ninja: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Heette Advanced Enzymology.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==

==24/01/2019==
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Advanced Enzymology

2022-01-26T18:10:33Z

Ninja: Ninja heeft pagina Advanced Enzymology hernoemd naar Biocatalysis: Science and Technology: Het vak is van naam verandert

#DOORVERWIJZING [[Biocatalysis: Science and Technology]]

Biocatalysis: Science and Technology

2022-01-26T18:10:33Z

Ninja: Ninja heeft pagina Advanced Enzymology hernoemd naar Biocatalysis: Science and Technology: Het vak is van naam verandert

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Advanced Enzymology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==

==24/01/2019==
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Bio-inorganic Chemistry

2022-01-24T16:07:03Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===24 jan 2021===
# (3p) Transferrin:
#* a. Geef de verschillende vormen van transferrin die afhangt van de verzadigheid met Fe.
#* b. Welke van deze vormen is het meest stabiel?
#* c. Welk anion bindt bij transferrin nog? (Bicarbonaat)
#* d. Sorteer op affiniteit: Fe(III), Fe(II), Ga (III) & Cd(II)
# (3p) [2Fe-2S]1+ Riekske cluster met de Mössbauer spectrum:
#* a. Wat zie je op de grafiek?
#* b. Geeft de electronen structuur en de oxidatie toestanden.
# (4p) Purple acid phosphatase PAP:
#* a. Vul het mechanisme aan, geef de oxidatie toestanden en het product.
#* b. Waarom is het paars?
#* c. Waarom is de ideale pH = 6?
# (2p) Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===6 jan 2021===
# op 2p: Ferritin bestaat uit 2 subunits.
#* a. Wat is het verschil tussen de twee subunits of vlak van activiteit?
#* b. Via welke mechanismen wordt ijzer vrijgezet? Welke is het meest plausibel in vivo?
# op 3p: Geef de electron spin states van ijzer in rubredoxin (Je kreeg gegevens van Fe zoals atoomnummer). Op welke manieren kan dit bestudeerd worden. Leg uit waarom het high spin is.
# op 5p: Gegeven: Complex 4 of cytochroom C oxidase intermediate A en F zijn gegeven.
#* a. Geef de algemene ractievergelijking.
#* b. Geef het meest waarschijnlijke voorstel voor het P intermediate.
#* c. Welk residu speelt een belangrijke rol in de active site tijdens intermediate P?
#* d. Waarvan komen de electronen nodig om intermediate P te vormen?
#* e. Met welke technieken kunnen we de intermediaren bestuderen?
# op 2p: Geef de 4 resistentiemechanismen tegen Cis platina en geef 2 manieren om dit te omzeilen.

===27 jan 2020===
# op 2?p: Geef de verschillen en gelijkenissen uit bij L en H type subunits van ferritine.
# op 4p: Gegeven: de structuur van een Model System voor Myoglobin + 2 NMR spectra
#* a. Welk spectrum hoort bij het complex met O2 gebonden (oxy) en welk zonder O2 (deoxy) + Waarom?
#* b. Leg uit waarom het mogelijk is dat dit model system een hogere affiniteit voor O2 dan CO heeft.
#* c. Hoe is O2 gebonden aan Fe in de oxy vorm en met welke techniek(en) kan je dit bestuderen?
# op 4p: Gegeven: een gedeeltelijk ingevuld reactiemechanisme van purple acid phosphatase
#* a. Vul in op het schema: Welke 2 metalen + oxidatietoestanden + missende structuur + missende transitietoestand + uittredend product (ROH was het)
#* b. Waarom is het enzyme paars (Metal to Metal charge transfer band in UV-Vis spectrum)
#* c. Gegeven: grafiek (activiteit van het enzyme ifv pH) leg uit (pH-optimum, te lage pH geen activiteit: waarom?)
#* d. Met welke techniek kunnen we het mechanisme bestuderen? (Mossbauer, vooral EPR)
# op 2p: Geef de resistentiemechanismen tegen Cis platina en leg uit wat we hieraan kunnen doen bij sommigen. ( hint: als je lang genoeg blijft zagen en tekenen over transplatina dan vraagt ze niet meer achter de laatste 2 mechanismen)

===10 jan 2020===
# op 4p: Feritine
#*Structuur en functie toelichten
#*Rol bicarbonaat uitleggen
#*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?
#*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen
# op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.
# op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?
# op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===28 jan 2019===
# (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.
#* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?
#* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?
#* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?
# (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.
# (6p) Sulfite oxidase.
#* Vul het schema aan
#* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?
#* Wat is de rol van molybdopterin?

===11 jan 2019===
# (3p) Copper proteins
#* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?
#* What is the main function of Cu(II) and why?
#* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.
#* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.
# (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.
#* What does the 450 represent?
#* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?
#* Fill in intermediate 6.
#* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2
# (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?
# (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?

===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway
##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Advanced biochemistry and biotechnology

2022-01-20T20:29:26Z

Ninja: /* 20 januari 2022 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Gevorderde Biochemie en Biotechnologie.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2022-01-20T20:28:57Z

Ninja: /* 20 januari 2022 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Gevorderde Biochemie en Biotechnologie.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. What doet E1?
#* What is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2022-01-20T19:58:47Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Gevorderde Biochemie en Biotechnologie.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipd voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. What doet E1?
#* What is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2022-01-20T19:43:25Z

Ninja: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Gevorderde Biochemie en Biotechnologie.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Biomolecular Modelling

2022-01-17T12:45:27Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biomolecular modelling

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G79AE.htm

== Examenvragen ==
'''Exam of 17/01/2022'''
'' (This exam was written instead of oral, due to the Covid-19 restrictions)''

1. Describe the different methods for structure prediction and explain in which situation they are used. (15)

2. Question about the paper : Explain how (at which stages) molecular dynamics simulations were used during the creation of the signalosome by the group of DE Shaw (5)

3. You have the structure of a receptor and a few active ligands that inhibit a receptor. There is no structure of the complex. The ligands inhibit the receptor but can not be used as drug. There is a database of drug-like compounds which you need to computationally scan to find active ligands. Which methods could you use and how do they work? (10)

4. The main differences and similarities between genetic algorithms and monte carlo simulated annealing. (8)

5. True or false questions:
a. The PDB file format the best for proteins and small molecules (drugs) (3)
b. A small molecule FF can be used for proteins.(3)
c. The first step in the conjugated gradient method is the same as in the steepest descent. (3)
d. The goal of the lead optimization phase is to increase the potency of the molecule. (3)

'''Exam of 09/01/2021'''
'' (This exam was written instead of oral, due to the Covid-19 restrictions)''

1. What is the concept of Monte Carlo Simulated Annealing? Which applications of this for biomolecular modelling have we seen in this course? (10)

2. PDB file given as an image. What do each of the columns represent? How has this data been obtained? (X-ray or NMR) (4) - ''this image was missing on the exams so the question got removed, bringing the total of the exam from 50 to 46 ''

3. What is a scoring function? What are they used for, and which kinds exist? (10)

4. You have a set of active ligands that inhibit a receptor, but they can not be used as drug, and the structure of the receptor is not known. There is a database of drug-like compounds which you need to computationally scan to find active ligands. Which methods could you use and how do they work? (8)

5. True or false questions:
a. All FF should have a term for hydrogen bonds. (2)
b. Molecular dynamics is the best method to predict the structure of a protein. (2)
c. The first step in the conjugated gradient method is the same as in the steepest descent. (2)
d. The goal of the lead optimization phase is to increase the potency of the molecule. (2)

Two questions based on research articles (10)
a. What is BEDROC used for, and how does it differ from ROC?
b. You want to model a small protein that inhibits the protein-protein interaction of two larger proteins. There are two ways to do this discussed in the article, which one would you choose? Explain.

'''Exam of 21/01/2020'''

1. Describe the different methods for structure prediction and explain in which situation they are used.

2. Differences and similarities between genetic algorithms and monte carlo simulated annealing.

3. You have a set of molecules able to bind a target, but they can not be used as drugs. There is a database of drug-like compounds. You have the structure of the active ligands, of the target but not of the complex. What would you do to find new drugs

4. Random question: describe the steps of molecular dynamics

5. True or false questions:
a. The PDB is the best format to store data of protein-ligand complexes
b. FF for small molecules can not be used for proteins
c. The first step of conjugate gradient is steepest descent

'''Exam of 20/01/2020'''

1. (Oral) Describe Monte Carlo simulation and what it is used for.

2. (Oral)Random question, possible questions are:
#explain the enrichment factor.
#describe the set-up of a MD simulation

3. What is a scoring function and which types are there?

4. You have a set of molecules able to bind a target, but they can not be used as drugs. There is a database of drug-like compounds. You have the structure of the active ligands, of the target but not of the complex. What would you do to find new drugs

5. 4 true or false questions:

a. All FF should have a term for hydrogen bonds.
b. Molecular dynamics is the best method to predict the structure of a protein.
c. The first step in the conjugated gradient method is the same as in the steepest descent.
d. The goal of the lead optimization phase is to increase the potency of the molecule.

Metalen en Katalyse

2021-06-15T15:40:31Z

Ninja: /* Examenvragen vanaf 2011 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof. Koen Binnemans. Vanaf 2018-2019 werden er aanpassingen gemaakt aan de leerstof en het examen. Het zijn 5 vragen: vooral oefeningen maar ook enkele inzichtsvragen over de leerstof. De elementen worden ook anders gevraagd, enkel symbool & benaming kennen. Vanaf 2010-2011 worden er geen examenvragen meer gegeven, het examen bestaat louter uit 8 toepassingsvragen, 1 vraag over het boekje "the Periodic Table" en 1 vraag over het periodiek systeem zelf.

==Examenvragen vanaf 2019==
===15 juni 2021===
#
#* Bereken de bindingsenergie van tritium (in MeV/nucleon). m(p) = 1,007276u, m(n) = 1,008665u en m(expm) = 3,016049u.
#* Stabiliteit D2 (deuterium) versus He2 verklaren.
#* Schets fysisorptie en chemiesorptie van H2 op een nikkelmetaaloppervlak.
#
#* Wat is resonantie
#* Waarom zijn deze geen resonanties? H-C≡N en H-N≡C
#* Vul de ongedeelde elektronen (vrije elektronen paren) aan, bereken de FC en zeg welke structuur het meeste bijdraagd en gegeven de EN
## N3-: N≡N-N N=N=N N-N≡N
## SCN-: S≡C-N S=C=N S-C≡N
#
#* Gegeven zijn 4 verschillende complexen met n aantal I- als ligand(en) [bv. Co(NH3)6I3] en de complexen vormen octaëders. Hoeveel van mol ligand van AgI slaat er neer bij toevoeging van AgNO3?
#* Bidentaat ligand htfa (CF3-CO-CH2-CO-CH3) kan proton verliezen (tfa) en complexeren met Cu2+. [Cu(L)2] heeft welke isomerie?
#
#* Na+ en Ag+ hebben ongeveer dezelfde grootte welke is het zuurdere aqua-ion?
#* BF3, BCl3, BBr3 welke is zuurder en verklaar
#* Mn2(CO)10 is een dimeer maar waarom Fe(CO)5 niet?
#* Stabiliteit van complexen vergelijken: Mn(CO)5CH3 versus Mn(CO)5CH2CH3
#
#* Reductieve eliminatie van katalysator verklaren (een octaëdrische Pt-katalysator met 3Cl en 3andere L die dan vierkant vlak wordt en L-Cl verliest)
#* Voorkomen van Hg2+ enkel als sulfide maar waarom Zn2+ voorkomen als oxide, sulfide ... (zacht-hard)
#* ???

===15 juni 2020===
#
#*Verklaar de oplosbaarheid van zilverhalogeniden in water: AgI < AgBr < AgCl < AgF.
#*Waarom is LiCl veel beter oplosbaar in water dan LiF?
#*Welk van volgende is het sterkste zuur? Geef ook een verklaring.
###BCl3 of BF3
###BCl3 of BeCl2
###ScCl3 of LaCl3
###B(n-Bu)3 of B(t-Bu)3
#
#*Waarom zijn organometaalverbindingen van d-blok elementen met alkylverbindingen moeilijk synthetiseerbaar? Waarom zijn ze onstabiel?
#*Hoe kunnen we deze verbindingen dan wel synthetiseren?
#Gebruik een MO energie-diagram om de bindingsorde van He2,2+ te voorspellen. Is dit een stabiel molecule?
#De tweede ionisatie-energie voor een aantal elementen van de 4de periode zijn: Ca 11,87 eV; Sc 12,80 eV; Ti 13,58 eV; V 14,15 eV; Cr 16,50 eV; Mn 15,64 eV.
#*Identificeer de orbitalen waaruit de ionisatie plaatsvindt.
#*Geef een verklaring voor de trends in waarden.
#*Waarom is de tweede ionisatie-energie altijd groter dan de eerste ionisatie-energie?
#
#*Wat is een katalysator?
#*Is een katalysator in staat de ligging van het evenwicht te veranderen? Verklaar met het energie-diagram.
#*Leg volgende begrippen uit: omzettingsfrequentie, katalysecyclus, selectieve katalysator, levensduur van een katalysator.

===17 juni 2019===
#
## Een oefening letterlijk uit de oefenzitting: Bereken de hoeveelheid energie die vrijkomt bij het α-vervalproces: Po→ Pb + He (isotoopmassa's gegeven)
## Wat heeft de verhouding neutronen/protonen te maken met het atoomnummer? Hoe kan je onstabiele elementen stabiel maken adhv deze verhouding?
#
## Wat is Zeff en waarom is deze kleiner dan Z voor een 1s orbitaal?
## Gegeven is Zeff 2s en Zeff 2p van boor en Zeff 2s en Zeff 2p van natrium (B: Zeff 2s > Zeff 2p; bij natrium andersom). Hoe komt dit? (uitgelegd met penetratie van elektronen)
# Een oefening letterlijk uit de oefenzitting: Gebruik een MO energie-diagram om de bindingsorde van het He2 2+ ion te voorspellen. Is dit een stabiel molecule?
#
## Gegeven: 2 reacties (1 met bidentaat 1 met monodentaat) en hun Kf. Welke reactie bindt makkelijker of vormt makkelijker (ik weet het niet juist meer)? (uitgelegd adhv chelaateffect verklaard met entropie)
## Binding van Cd2+ met B- Kf1, 2, 3 en 4 gegeven (1>2>4>3) leg de trend uit van Kf. (Van 3 --> 4 is van octaëder --> tertraëder: energetisch en ook entropisch gunstig (vrijzetten 3 watermoleculen))
## welk kation bindt makkelijker met EDTA4-: Na+ of K+ (grotere ladingsdichtheid = makkelijkere vorming; Na is kleiner dus grotere ladingsdichtheid)
## Teken 1,10-fenantroline en 2,2'-biterpyridine
#Gegeven karaktertabel
## Teken Lewis van XeF4 welke structuur is dit?
## Geef de symmetrie van alle 5 d-orbitalen adhv de karaktertabel.
## Is er 3-voudige ontaarding mogelijk? (nee want max karakterwaarde was 2).

==Examenvragen vanaf 2011==
===29 januari 2018===
#Pourbaix diagram van mangaan : Welke verbindingen zijn stabiel in water? Wat is de betekenis van een horizontale, verticale en schuine lijn? Welke verbinding(en) worden gevormd als je Mn... aanzuurt? Kan je mangaan-metaal maken uit een waterige oplossing?
#Oplosbaarheid in water verklaren : Oplosbaarheid van AgX in water in stijgende volgorde rangschikken (I, Br, Cl, F) & Oplosbaarheid van LiCl tov LiF
#Ellingham diagram : Betekenis van een knik, de helling van een rechte en positieve/negatieve G & Nog een eigenschap van Ca-metaal verklaren
#Structuren tekenen (Fenantroline, DPTA, cyclam, ...kroon...
#Katalytische cyclus geven : Hydrolyse van 1-hexeen met wilkinson-katalysator
#Structuur van Cu(II) verklaren in een octaeder (Jahn-Teller uitgebreid uitleggen!)
#Het aantal CO liganden in een complex bepalen opdat deze voldoet aan de 18-elektronenregel
#Opsplitsing van de 5d orbitalen in een kubisch polyeder en verklaren of dit een HS of LS complex is
#"In de 19e eeuw gaf men de lanthaniden de naam "zeldzame aarden" omdat men toen dacht dat ze helemaal niet vaak voorkwamen. Dit blijkt achteraf niet te kloppen, de lanthaniden komen immers veel meer voor dan bv zilver of goud." Verklaar deze vergissing ahv de HSAB theorie & uitleggen of een lanthanide en F- een stabiele verbinding vormt
#Periodiek systeem

===19 Januari 2018===
#(a)Als je weet dat [Mn(H2O)6]3+ een high-spin complex is, hoeveel ongepaarde elektronenverwacht je dan voor het oxalaatcomplex [Mn(ox)3]3-?
(b) Teken het opsplitsingsdiagramma en de elektronenbezetting van de d-orbitalen voor [Co(NH3)6]2+ en [Co(NH3)6]3+. De deltaO-waarden voor deze twee complexen zijn resp. 120 kJ/mol en 270 kJ/mol. De elektronparingsenergie P van Co2+ bedraagt ongeveer 270 kJ/mol en deze van Co3+ ongeveer 210 kJ/mol.
#Alfred Werner, de grondlegger van de coördinatiechemie, voerde zijn baanbrekende experimenten op het gebied van de stereochemie vooral uit op complexen van Cr(III), Co(III) en Pt(IV). Waarom zou hij juist deze ionen hebben gekozen?
#Teken 2,2' bipyridine, 12-kroon-4, hexafluoroacetylaceton en EDTA4-
#18-elektron regel, bepaal n
#*Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
#* Ru3(CO)n
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van het complex in (NH)4[Cu(H2O)6]
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#Aan welke voorwaarden moet voldaan worden om een complex met een laag coordinatiegetal te bekomen?
# Frost diagram van mangaan gegeven, wat kan je hieruit opmaken? (slide 56 van redox ppt)

===15 Januari 2018===
Praktisch hetzelfde als de vorige (16 januari 2017), sommige vragen beetje aangepast

===16 januari 2017===
#Enkele nikkel complexen zijn gegeven, een octaëder en twee tetraëders, geef aantal ongepaarde electronen.
#Waarom dimeriseert Mn2(CO)10 wel en HMn(CO)5 en V(CO)6 niet?
#Splitsing P-orbitalen in octaëder en vierkant vlak.
#teken 18 kroon 6, H5DTPA, 2,2'-bipiridine, 1,10-fenantroline.
#Substitutie -OH groep zwavelzuur door F, CF3 en NH3, welke is het sterkste en welke is het zwakste?
#meerdere deelvragen over monsanto proces, welke OT, hoeveel valentie elctronen, snelheidsbepalende stap.
#zure, basische en amfofotere oxiden uitleggen + 2 voorbeelden geven.
# latimer diagram O2 --> H2O2 --> H20
#*H2O2 oxidans/reductans?
#*waarom koel bewaren en niet vooraltijd houdbaar?
#*netto reactie van heel diagram geven
#Iets over de Irving-Williams reeks, de trend verklaren

=== 18 januari 2016 NM ===
# Opsplitsen van p-orbitalen bij octaeder en vierkant vlak
# Sterkste Lewiszuur
#* BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl2 en BCl2
#*ScCl3 en LaCl3
#* B(n-bu)3 en B(t-Bu)3
# 18-elektronenregel, 2 structuren tekenen
#Verklaring geven voor ongepaarde elektronen van [Mn(CN)6]-4, [Mn(CO)]2-,[Cr(en)3]2+ en [Fe(ox)3]3-. Aantal ongepaarde elektronen is gegeven.
#Metaal-ligand bespreken
#LaF3, LaBr3, HgS AgF oplosbaarheid bespreken
#aantonen dat edelmetaal als keramische drager beter is dan een dunne folie
#Isomeren scheiden? [Ir(NH3)4Cl2]+, [Cu(NH3)4Cl2]+, [Co(NH3)5Cl]2+, [Co(acac)3]
# waarom Cu(II) nooit een perfecte ocataÃ«der gaat zijn

=== 15 januari 2016 NM ===
# Oef 10 oefenzitting 5
# Co2+ vormt in geconcentreerde HCl een tetraÃ«der [Co(Cl)4]2- Maar Ni2+ vormt in dezelfde omstandigheden geen gelijkaardige tetraÃ«der. Verklaar
# Hoe kan men op basis van het aantal mogelijke geometrische isomeren aantonen dat 6 liganden op een octaÃ«drische manier rond een centraal metaalion worden geschikt?
# Welke reacties komen er voor bij corrosie van ijzer?
# evenwicht naar links of rechts adhv HSAB
#* Li2O+HgS --> Li2S+HgO
#*ZnS+Ag2O --> ZnO+Ag2S
#*CdO+PbS --> CdS+PbO
#* Co2S3+CoO --> Co2O3+CoS
# tekenen en elektronen tellen: oef 8 oefenzitting 7
#
#* oef 10 oefenzitting 8
#*oef 11 oefenzitting 8
# Bespreek Berry-pseudorotatie
# Frost-diagramma's van actaniden gegeven. Bespreek stabiliteit van de oxidatiegetallen, welke trend zie je als je de actaniden afloopt?

=== 11 januari VM ===
#Pourbaix diagramma van mangaan gegeven:
#* wat betekenen de horizontale, verticale en schuine lijnen
#* Is het mogelijk om via een elektrolyse in waterig milieu Mangaanmetaal te verkrijgen
#* wat gebeurt er wanneer we MnO42- aanzuren in een waterig milieu
#* welke vormen van Mn zullen stabiel blijven in waterige oplossing als je dit weet: (Halfreacties H2/H+ en O2/H2O gegeven)
#
#* rangschik volgens stijgende oplosbaarheid, AgCl, AgBr, AgI, AgF en verklaar
#* LiCl zal veel beter oplosbaar zijn dan LiF verklaar
# eddingham diagramma gegeven
#* welke metalen kunnen door middel van reductie van calciummetaal verkregen worden uit datzelfde metaal oxide (vreemd gestelde vraag voor gwn eig te zegge alles wa hoger ligt kan door het onderliggende gereduceerd worden)
#* ...O en ...O hebben een positieve waarde voor delta G wat is het effect hiervan
#* Vanaf welke min. temperatuur kan C zink uit ZnO reduceren
#* verklaar wat de knikken in de rechten zijn
#* wat bepaalt of leg uit waarom er stijgende/dalende/horizontale rechten zijn
# teken volgende liganden:
#* DTPA5-
#* 1,10-fenantroline
#* 18 kroon 6
#* tetraazacyclotetradecaan ( ofzoiets) cyclam
# verklaar waarom het zes gecoordineerd Cu(II) geen ideale octaÃ«der zal vormen.
# Hoe splitsen de 5d3 orbitalen van een kubische structuur op? Verwacht je een high of low spin?
# 18-elektronenregel. Bepaal n
#* Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
# verklaar: katalysator plus kan deze positie van evenwicht verplaatsen, katalysecyclus, omzettingsfrequentie levensduur v katalysator
# Welke eigenschappen maken dat zink zo handig is voor de katalyse

===20 januari 2014===
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#
#*Industriele bereiding aluminium uit bauxiet
#*met ellinghamdiagram: kan calciummetaal aluminiumoxide reduceren?
#Latimer diagram van O2, H2O2, H2O en stel Frost diagram op
#Oef over vormingsconstante
#Fe3+ heeft grotere ionstraal dan Fe2+, verklaring?
#Wat is katalysator, omzettingsfrequentie, selectiviteit, katalysecyclus, levensduur katalysator?
#Ni(hapt.5)2 en Co(hapt.4-C4H4)(hapt.5-C5H5): teken en geef elektronentelling
#Oef 5 van werkzitting 5

===28 januari 2013===
#Hoe verschilt de opsplitsing van de d-orbitalen in een kubisch ligandveld ten opzichte van deze van een octaÃ«drisch kristalveld?
#Identificeer in de volgende reeksen het sterkste Lewiszuur en verklaar:
#*BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl3 en BCl3
#*ScCl3 en LaCl3
#*B(n-Bu)3 en B(t-Bu)3 n-Bu = normaal butyl; t-Bu = tertiair butyl
#Teken de structuur van de volgende complexen en bepaal of ze aan de 18-elektronenregel voldoen:
#*(hapt.3-C3H5)2Ni
#*(hapt.4-C4H4)
#*(hapt.5-C5H5)Co
#Geef een verklaring voor het aantal ongepaarde elektronen waargenomen in de volgende complexen (het aantal ongepaarde elektronen staat vermeld tussen haakjes na het complex):
#*[Mn(CN)6]4- (1)
#*[Mn(CN)6]2- (3)
#*[Cr(en)3]2+ (4)
#*[Fe(ox)3]3- (5)
#Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
#Welke van de volgende verbindingen is goed oplosbaar in water en waarom?: LaF3, LaBr3, HgS, AgF
#Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
#Teken structuren voor de volgende verbindingen (gegeven als brutoformules), door te steunen op het gegeven van het aantal ionen dat het complex bij oplossen in water vormt:
#*PtCl4.6NH3 (5 ionen)
#*PtCl4.5NH3 (4 ionen)
#*PtCl4.3NH3 (2 ionen)
#*PtCl4.2NH3 (geen ionen)
#
#*Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen?
#*Wat is het onderscheid tussen basic en simple substances ?
# PSE

===14 jan 2013 NM===
#Hoe gaan de p-orbitalen zich opsplitsen in een
#*octaÃ«drische veld en
#*vierkant-vlak veld
#Teken de structuur van EDTA4-, 15-kroon-5, 2,2'-bipyridine
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van eht complex in (NH)4[Cu(H2O)6](SO4)2 (vervormde octaÃ«der door Jahn-Teller)
#Oefening 5 van oefenzitting 3
#Geef de cyclus voor de hydroformylering van propeen
#Bepaal n zodat de complexen aan de 18-elektronregel voldoen
#*Fe(CO)n(PPh)3
#*Mo(CO)n(PMe)3
#*W(CO)n(C6H6) met hapiticiteit 6
#Zn(OH) lost op in base, Ca(OH) niet. CaS wordt gehydrolyseerd in water, ZnS niet. Verklaar
#Welke 2 isomeren worden gevormd bij de oxidative additie van het vlak-vierkant complex [IrCl(PMe)3] met Cl2-gas?
# PSE
#*Geef de verschillen in de korte, middellange en lange vorm van het PSE
#*Hoe ziet de left-step table van Janet eruit?
#*Geef de voor- en nadelen van de bovenstaande tabellen

===30 jan 2012 VM===

#Je hebt een ontdekking gedaan van monodentaatliganden die (high/low spin) een kubus vormen. Je hebt een complex type (MLn)2+. Voor welke tweewaardig Metaalionen uit de eerste serie van de transitiemetalen lijkt dit mogelijk? Waarom is het niet eigenlijk helemaal niet mogelijk?
#geef hapticiteit van allyl, benzeen, Cp, 1,3-dibuteen
#Aantal CO in 4 complexen
#Stel een cyclus op voor de hydrogynering van 1-penteen met de Wilkinson katalysator
#CrCl3.(H2O)6 heeft verschillende isomeren. Paarse vorm is elektronisch gelijkaardig actief aan (Co(NH3)6)Cl3. De Groene vorm is initieel minder elektronisch actief, maar wordt even sterk als we een oplossing er van koken (Ã©n kleurt dan ook paars). Als we de groene oplossing titreren met AgNO3 krijg je 1:1 verhouding AgCl:complex. Wat is het groene en wat is het paarse isomeer.
#Leg de Berry-Pseudorotatie uit
#HgS is de belangrijkste bron van Hg2+ in de natuur. Hoe kan je verklaren dat deze onder deze vorm voorkomt, en Cd en Zn (die in de zelfde groep staan) voorkomen als oxiden, sulfaten, silicaten en sulfiden.
#PSE: wat is het verschil tussen de primaire en secundaire classificatie en hoe geeft dit aanleiding tot verschillend mogelijke posities van He in het PSE?
#ELEMENTEN (enkel mondeling): 10 invullen, en een aantal de namen geven (bij mij ALLEEN Lantanide en actinide!!!)
#4 structuren van liganden tekenen
*hexafluoracetylaceton
*12-kroon-4
*2,2'-Bipyridine
*EDTA4-

===29 aug 2011 VM===
#Gegeven spectrochemische reeksen voor liganden en metalen.
*Wanneer je weet dat [Mo(H2O)6]3+ een high-spin complex is, welke uitspraken kan je dan doen over [Mo(ox)3]2-?
*Geef schematisch de opsplitsing van de d-orbitalen weer van 2 octaedrische complexen. Wat kan je verder nog zeggen over de elektronenverdeling in deze complexen als de ligandveldopsplitsingsparameter en de repulsie-energie voor het paren van elektronen gegeven zijn?
#In oplossingen zijn Hf4+ en Zr4+ zeer moeilijk van elkaar te scheiden, mede doordat hun ionstralen bijna exact even groot zijn.
*Hoe kan je dit verklaren (de gelijke ionstralen)?
*Hf4+ vormt 8-gecoÃ¶rdineerde complexen, wat is de coÃ¶rdinatiepolyeder?
*Vormt Hf4+ stabiele complexen met F- en waarom (niet)?
#Beschrijf de energieniveau's van p-orbitalen in een octaÃ«drisch veld en een vierkant-vlak veld.
#3 organometaalcomplexen gegeven. Teken de structuur en voldoen ze aan de 18-elektronenregel?
#Leg uit: Jahn-teller distorsie. 3 complexen, welke ondergaan Jahn-teller distorsie en waarom?
#PSE: Geef eigenschappen, voor- en nadelen van korte versie, middellange versie en lange versie van PSE.
*Geef schematisch de left-step table van Janet weer + voordelen, nadelen en vergelijk met vorige versies.
#Uiteraard PSE

===15 jan 2011 VM===
# Hoe zien de orbitaalenergieen eruit in een kubisch en octaÃ«drisch veld?
# Rangschik volgens grootste zuurheid:
*BF3, BCl3, BBr3
*BeCl2, BCl3
*B(n-Bu)3, B(t-Bu)3 (n-Bu = n-butyl, t-Bu = tert-butyl)
# Wat is de structuur van [Cr(OH2)6]2+?
# Geef de katalytische cyclus van propeen en octacarbonyldikobalt als (pre)katalysator
# Wat is de structuur van trimethylaluminium in de gasfase als je weet dat het dezelfde structuur is als die van aluminiumoxide in de gasfase?
# Drie structuren tekenen. Voldoen ze ook aan 18e- regel?
# Fosfor vindt men onder verschillende vormen (rode, witte, zwarte fosfor). Is dit simple of basic substance? Waarom?
# PSE
----

==Vakinformatie==
Enthousiast gedoceerd door professor Binnemans. Hij geeft zijn examenvragen op voorhand. Het examen is mondeling met een schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen voor 2011==
=== 18 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men Grignardreagentia synthetiseren. Bespreek het Schlenk evenwicht. Op welke manier is dit evenwicht van nut voor de synthese van dialkylmagnesiumverbindingen.
# (a) Beschrijf de karakteristieke eigenschappen van Zn2+ die ervoor zorgen dat dit metaalion beter geschikt is dan andere transitiemetaal-ionen als actief centrum in vele hydrolytische enzymes. (b) Bespreek de werking van het Zn2+-houdend enzyme koolzuuranhydrase (carbonic anhydrase). (c) Als men in carboxypeptidase A Zn2+ door Co2+ vervangt blijft niet alleen de oorspronkelijke activiteit behouden, maar er ontstaat zelfs een nog actiever enzyme. Waarom maakt de Natuur dan niet gebruik van Co2+ in carboxypeptidase A?
# Welke factoren begunstigen de vorming van een complex met een laag coÃ¶rdinatiegetal? Welke factoren leiden tot complexen met een hoog coÃ¶rdinatiegetal?
# Oefening over hapticiteit en uitleggen wat hapticiteit was
# PSE
=== 18 jan 2010 VM ===
# bespreek het HSAB principe
# bespreek de structuur, synthese en eigenschappen van ferroceen
# wat is een katalysator? bespreek de katalysecyclus, de levensduur, TOF, selectiviteit
# bespreek de primaire en secundaire classificatie, welke classificatie gebruikte mendel voor zijn PSE en verklaar de tweezijdige plaatsing van He?
# vul het PSE verder aan

=== 11 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men met behulp van de kristalveldtheorie de trends in het verloop van de ionstraal van metaalionen over de eerste transitiemetaalreeks (3d-reeks) verklaren?
# Hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is? Wat is de Berry-pseudorotatie?
# Bespreek het Wacker-proces.
# Bespreek de drie verschillende plaatsingsmethodologieÃ«n van de lanthaniden en actiniden en verklaar hoe de Madelung regel inzicht verwerft in de huidige accommodatieproblematiek. Welke plaatsing geniet jouw persoonlijke voorkeur ? Op welke manier zouden de lanthaniden geplaatst worden in de tabel indien de belangrijkste oxidatietrap van het element gebruikt zou worden als criterium voor de secundaire classificatie ? Waar staan de lanthaniden en actiniden in de left step table van Janet?
# Vul het PSE aan.

=== 11 jan 2010 VM ===
# Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
# Wat is het nefelauxetisch effect?
# Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
# Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen ? Verklaar hoe verschillende criteria voor de secundaire classificatie aanleiding kunnen geven tot verschillende plaatsingen van helium in het periodiek systeem. Kan men de accommodatie van helium in groep IIA goedspreken op basis van het onderscheid tussen basic en simple substances? Welk criterium voor de secundaire classificatie werd er volgens jou gebruikt bij de constructie van de conventionele tabel van Mendelejev?
# PSE aanvullen + namen van elementen.

=== 30 jan 2009 ===
#Aantonen dat kubus en tetraeder verwant zijn, opsplitsing van de d-orbitalen, verband tussen kristalveldopsplitsingsparameter van kubus en van tetraeder en de factoren die de kristalveldsplitsingsenergie beÃ¯nvloeden
#Wilkinsonkatalysator en al wa daarbij hoort
#Zn2+ in enzymes
#synthese benzine mbv katalysatoren
#PSE

=== 26 jan 2009 NM ===
#Bespreek het Jahn-Teller effect. Bij welke 2+ ionen van 3d reeks is dit te verwachten? (Bijvraag: Welk complex heeft bijna uitsluitend Jahn-Teller distortie? Antwoord: Cu-complexen)
#Welke factoren leiden tot een hoog CG en welke tot een laag? (Bijvraag: geef een complex met CG=1)
#Oefening over zuurheid metaalionen, stabiliteit in lucht en ongepaarrde elektronen.
#Wat is een katalysator? Beinvloedt dit het evenwicht? Bespreek tof, levensduur, cyclus en selectiviteit.
#PSE-spelletje.

=== 26 jan 2009 VM ===
#monsanto proces
#structuur en binding MeLi
#hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is
#oefeningen
##waarom deactiveert CO de reductie van H2 op een pt-oppervlak
##Waarom komen eerder Fe, Mn, Cu voor in redoxenzymes dan Ga, Ca, Zn?
##Titaan vormt bij hoge temperatuur een stabiel nitride met N2. Waarom is het dan inactief als katalysator bij synthese van NH3?
##teken structuur en geef elektronentelling van (n4-C4H4)(n5-C5H5)Co
#PSE

=== 22 jan 2009 ===
#Wacker proces
#verklaren wrm 1 complex labiel is en het andere inert
#cisplatine
#Berry-pseudorotatie
#PSE dus

=== 29 jan 2008 ===
#Bespreek hydroformylering van alkenen
#Jan Teller-effect + bij welke tweewaardige 3d-metalen ?
#Waarom is er geen onderscheid tussen high spin en low spin bij d8, wat bepaald HS/LS bij d4 en hoe kun je experimenteel het ondersheid maken
#Hoe kun je experimenteel zien of tijdens een substitutiereactie van een octaÃ«drisch complex het intermediair een trigonale-bipiramide of een tetragonaal-piramide is?
#PSE

=== 28 jan 2008 ===
#Bespreek het gebruik van cisplatin en analoge verbindingen bij de behandeling van kanker.
#Wat is de Berry-pseudorotatie?
#Vraag over labiel <-> kinetisch inert d4 high spin en low spin complex
#standaardlading van lanthaniden (+III)
##verklaar
##welke lanthaniden zouden ook (+II) en (+IV) kunnen hebbe (stabiel = leeg, half of volle bezetting)

Metalen en Katalyse

2021-06-15T15:40:06Z

Ninja: /* Examenvragen vanaf 2011 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof. Koen Binnemans. Vanaf 2018-2019 werden er aanpassingen gemaakt aan de leerstof en het examen. Het zijn 5 vragen: vooral oefeningen maar ook enkele inzichtsvragen over de leerstof. De elementen worden ook anders gevraagd, enkel symbool & benaming kennen. Vanaf 2010-2011 worden er geen examenvragen meer gegeven, het examen bestaat louter uit 8 toepassingsvragen, 1 vraag over het boekje "the Periodic Table" en 1 vraag over het periodiek systeem zelf.

==Examenvragen vanaf 2019==
===15 juni 2021===
#
#* Bereken de bindingsenergie van tritium (in MeV/nucleon). m(p) = 1,007276u, m(n) = 1,008665u en m(expm) = 3,016049u.
#* Stabiliteit D2 (deuterium) versus He2 verklaren.
#* Schets fysisorptie en chemiesorptie van H2 op een nikkelmetaaloppervlak.
#
#* Wat is resonantie
#* Waarom zijn deze geen resonanties? H-C≡N en H-N≡C
#* Vul de ongedeelde elektronen (vrije elektronen paren) aan, bereken de FC en zeg welke structuur het meeste bijdraagd en gegeven de EN
## N3-: N≡N-N N=N=N N-N≡N
## SCN-: S≡C-N S=C=N S-C≡N
#
#* Gegeven zijn 4 verschillende complexen met n aantal I- als ligand(en) [bv. Co(NH3)6I3] en de complexen vormen octaëders. Hoeveel van mol ligand van AgI slaat er neer bij toevoeging van AgNO3?
#* Bidentaat ligand htfa (CF3-CO-CH2-CO-CH3) kan proton verliezen (tfa) en complexeren met Cu2+. [Cu(L)2] heeft welke isomerie?
#
#* Na+ en Ag+ hebben ongeveer dezelfde grootte welke is het zuurdere aqua-ion?
#* BF3, BCl3, BBr3 welke is zuurder en verklaar
#* Mn2(CO)10 is een dimeer maar waarom Fe(CO)5 niet?
#* Stabiliteit van complexen vergelijken: Mn(CO)5CH3 versus Mn(CO)5CH2CH3
#
#* Reductieve eliminatie van katalysator verklaren (een octaëdrische Pt-katalysator met 3Cl en 3andere L die dan vierkant vlak wordt en L-Cl verliest)
#* Voorkomen van Hg2+ enkel als sulfide maar waarom Zn2+ voorkomen als oxide, sulfide ... (zacht-hard)
#* ???

===15 juni 2020===
#
#*Verklaar de oplosbaarheid van zilverhalogeniden in water: AgI < AgBr < AgCl < AgF.
#*Waarom is LiCl veel beter oplosbaar in water dan LiF?
#*Welk van volgende is het sterkste zuur? Geef ook een verklaring.
###BCl3 of BF3
###BCl3 of BeCl2
###ScCl3 of LaCl3
###B(n-Bu)3 of B(t-Bu)3
#
#*Waarom zijn organometaalverbindingen van d-blok elementen met alkylverbindingen moeilijk synthetiseerbaar? Waarom zijn ze onstabiel?
#*Hoe kunnen we deze verbindingen dan wel synthetiseren?
#Gebruik een MO energie-diagram om de bindingsorde van He2,2+ te voorspellen. Is dit een stabiel molecule?
#De tweede ionisatie-energie voor een aantal elementen van de 4de periode zijn: Ca 11,87 eV; Sc 12,80 eV; Ti 13,58 eV; V 14,15 eV; Cr 16,50 eV; Mn 15,64 eV.
#*Identificeer de orbitalen waaruit de ionisatie plaatsvindt.
#*Geef een verklaring voor de trends in waarden.
#*Waarom is de tweede ionisatie-energie altijd groter dan de eerste ionisatie-energie?
#
#*Wat is een katalysator?
#*Is een katalysator in staat de ligging van het evenwicht te veranderen? Verklaar met het energie-diagram.
#*Leg volgende begrippen uit: omzettingsfrequentie, katalysecyclus, selectieve katalysator, levensduur van een katalysator.

===17 juni 2019===
#
## Een oefening letterlijk uit de oefenzitting: Bereken de hoeveelheid energie die vrijkomt bij het α-vervalproces: Po→ Pb + He (isotoopmassa's gegeven)
## Wat heeft de verhouding neutronen/protonen te maken met het atoomnummer? Hoe kan je onstabiele elementen stabiel maken adhv deze verhouding?
#
## Wat is Zeff en waarom is deze kleiner dan Z voor een 1s orbitaal?
## Gegeven is Zeff 2s en Zeff 2p van boor en Zeff 2s en Zeff 2p van natrium (B: Zeff 2s > Zeff 2p; bij natrium andersom). Hoe komt dit? (uitgelegd met penetratie van elektronen)
# Een oefening letterlijk uit de oefenzitting: Gebruik een MO energie-diagram om de bindingsorde van het He2 2+ ion te voorspellen. Is dit een stabiel molecule?
#
## Gegeven: 2 reacties (1 met bidentaat 1 met monodentaat) en hun Kf. Welke reactie bindt makkelijker of vormt makkelijker (ik weet het niet juist meer)? (uitgelegd adhv chelaateffect verklaard met entropie)
## Binding van Cd2+ met B- Kf1, 2, 3 en 4 gegeven (1>2>4>3) leg de trend uit van Kf. (Van 3 --> 4 is van octaëder --> tertraëder: energetisch en ook entropisch gunstig (vrijzetten 3 watermoleculen))
## welk kation bindt makkelijker met EDTA4-: Na+ of K+ (grotere ladingsdichtheid = makkelijkere vorming; Na is kleiner dus grotere ladingsdichtheid)
## Teken 1,10-fenantroline en 2,2'-biterpyridine
#Gegeven karaktertabel
## Teken Lewis van XeF4 welke structuur is dit?
## Geef de symmetrie van alle 5 d-orbitalen adhv de karaktertabel.
## Is er 3-voudige ontaarding mogelijk? (nee want max karakterwaarde was 2).

==Examenvragen vanaf 2011==
===29 januari 2018===
#Pourbaix diagram van mangaan : Welke verbindingen zijn stabiel in water? Wat is de betekenis van een horizontale, verticale en schuine lijn? Welke verbinding(en) worden gevormd als je Mn... aanzuurt? Kan je mangaan-metaal maken uit een waterige oplossing?
#Oplosbaarheid in water verklaren : Oplosbaarheid van AgX in water in stijgende volgorde rangschikken (I, Br, Cl, F) & Oplosbaarheid van LiCl tov LiF
#Ellingham diagram : Betekenis van een knik, de helling van een rechte en positieve/negatieve G & Nog een eigenschap van Ca-metaal verklaren
#Structuren tekenen (Fenantroline, DPTA, cyclam, ...kroon...
#Katalytische cyclus geven : Hydrolyse van 1-hexeen met wilkinson-katalysator
#Structuur van Cu(II) verklaren in een octaeder (Jahn-Teller uitgebreid uitleggen!)
#Het aantal CO liganden in een complex bepalen opdat deze voldoet aan de 18-elektronenregel
#Opsplitsing van de 5d orbitalen in een kubisch polyeder en verklaren of dit een HS of LS complex is
#"In de 19e eeuw gaf men de lanthaniden de naam "zeldzame aarden" omdat men toen dacht dat ze helemaal niet vaak voorkwamen. Dit blijkt achteraf niet te kloppen, de lanthaniden komen immers veel meer voor dan bv zilver of goud." Verklaar deze vergissing ahv de HSAB theorie & uitleggen of een lanthanide en F- een stabiele verbinding vormt
#Periodiek systeem

==Examenvragen vanaf 2011==
===29 januari 2018===
#Pourbaix diagram van mangaan : Welke verbindingen zijn stabiel in water? Wat is de betekenis van een horizontale, verticale en schuine lijn? Welke verbinding(en) worden gevormd als je Mn... aanzuurt? Kan je mangaan-metaal maken uit een waterige oplossing?
#Oplosbaarheid in water verklaren : Oplosbaarheid van AgX in water in stijgende volgorde rangschikken (I, Br, Cl, F) & Oplosbaarheid van LiCl tov LiF
#Ellingham diagram : Betekenis van een knik, de helling van een rechte en positieve/negatieve G & Nog een eigenschap van Ca-metaal verklaren
#Structuren tekenen (Fenantroline, DPTA, cyclam, ...kroon...
#Katalytische cyclus geven : Hydrolyse van 1-hexeen met wilkinson-katalysator
#Structuur van Cu(II) verklaren in een octaeder (Jahn-Teller uitgebreid uitleggen!)
#Het aantal CO liganden in een complex bepalen opdat deze voldoet aan de 18-elektronenregel
#Opsplitsing van de 5d orbitalen in een kubisch polyeder en verklaren of dit een HS of LS complex is
#"In de 19e eeuw gaf men de lanthaniden de naam "zeldzame aarden" omdat men toen dacht dat ze helemaal niet vaak voorkwamen. Dit blijkt achteraf niet te kloppen, de lanthaniden komen immers veel meer voor dan bv zilver of goud." Verklaar deze vergissing ahv de HSAB theorie & uitleggen of een lanthanide en F- een stabiele verbinding vormt
#Periodiek systeem

===19 Januari 2018===
#(a)Als je weet dat [Mn(H2O)6]3+ een high-spin complex is, hoeveel ongepaarde elektronenverwacht je dan voor het oxalaatcomplex [Mn(ox)3]3-?
(b) Teken het opsplitsingsdiagramma en de elektronenbezetting van de d-orbitalen voor [Co(NH3)6]2+ en [Co(NH3)6]3+. De deltaO-waarden voor deze twee complexen zijn resp. 120 kJ/mol en 270 kJ/mol. De elektronparingsenergie P van Co2+ bedraagt ongeveer 270 kJ/mol en deze van Co3+ ongeveer 210 kJ/mol.
#Alfred Werner, de grondlegger van de coördinatiechemie, voerde zijn baanbrekende experimenten op het gebied van de stereochemie vooral uit op complexen van Cr(III), Co(III) en Pt(IV). Waarom zou hij juist deze ionen hebben gekozen?
#Teken 2,2' bipyridine, 12-kroon-4, hexafluoroacetylaceton en EDTA4-
#18-elektron regel, bepaal n
#*Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
#* Ru3(CO)n
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van het complex in (NH)4[Cu(H2O)6]
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#Aan welke voorwaarden moet voldaan worden om een complex met een laag coordinatiegetal te bekomen?
# Frost diagram van mangaan gegeven, wat kan je hieruit opmaken? (slide 56 van redox ppt)

===15 Januari 2018===
Praktisch hetzelfde als de vorige (16 januari 2017), sommige vragen beetje aangepast

===16 januari 2017===
#Enkele nikkel complexen zijn gegeven, een octaëder en twee tetraëders, geef aantal ongepaarde electronen.
#Waarom dimeriseert Mn2(CO)10 wel en HMn(CO)5 en V(CO)6 niet?
#Splitsing P-orbitalen in octaëder en vierkant vlak.
#teken 18 kroon 6, H5DTPA, 2,2'-bipiridine, 1,10-fenantroline.
#Substitutie -OH groep zwavelzuur door F, CF3 en NH3, welke is het sterkste en welke is het zwakste?
#meerdere deelvragen over monsanto proces, welke OT, hoeveel valentie elctronen, snelheidsbepalende stap.
#zure, basische en amfofotere oxiden uitleggen + 2 voorbeelden geven.
# latimer diagram O2 --> H2O2 --> H20
#*H2O2 oxidans/reductans?
#*waarom koel bewaren en niet vooraltijd houdbaar?
#*netto reactie van heel diagram geven
#Iets over de Irving-Williams reeks, de trend verklaren

=== 18 januari 2016 NM ===
# Opsplitsen van p-orbitalen bij octaeder en vierkant vlak
# Sterkste Lewiszuur
#* BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl2 en BCl2
#*ScCl3 en LaCl3
#* B(n-bu)3 en B(t-Bu)3
# 18-elektronenregel, 2 structuren tekenen
#Verklaring geven voor ongepaarde elektronen van [Mn(CN)6]-4, [Mn(CO)]2-,[Cr(en)3]2+ en [Fe(ox)3]3-. Aantal ongepaarde elektronen is gegeven.
#Metaal-ligand bespreken
#LaF3, LaBr3, HgS AgF oplosbaarheid bespreken
#aantonen dat edelmetaal als keramische drager beter is dan een dunne folie
#Isomeren scheiden? [Ir(NH3)4Cl2]+, [Cu(NH3)4Cl2]+, [Co(NH3)5Cl]2+, [Co(acac)3]
# waarom Cu(II) nooit een perfecte ocataÃ«der gaat zijn

=== 15 januari 2016 NM ===
# Oef 10 oefenzitting 5
# Co2+ vormt in geconcentreerde HCl een tetraÃ«der [Co(Cl)4]2- Maar Ni2+ vormt in dezelfde omstandigheden geen gelijkaardige tetraÃ«der. Verklaar
# Hoe kan men op basis van het aantal mogelijke geometrische isomeren aantonen dat 6 liganden op een octaÃ«drische manier rond een centraal metaalion worden geschikt?
# Welke reacties komen er voor bij corrosie van ijzer?
# evenwicht naar links of rechts adhv HSAB
#* Li2O+HgS --> Li2S+HgO
#*ZnS+Ag2O --> ZnO+Ag2S
#*CdO+PbS --> CdS+PbO
#* Co2S3+CoO --> Co2O3+CoS
# tekenen en elektronen tellen: oef 8 oefenzitting 7
#
#* oef 10 oefenzitting 8
#*oef 11 oefenzitting 8
# Bespreek Berry-pseudorotatie
# Frost-diagramma's van actaniden gegeven. Bespreek stabiliteit van de oxidatiegetallen, welke trend zie je als je de actaniden afloopt?

=== 11 januari VM ===
#Pourbaix diagramma van mangaan gegeven:
#* wat betekenen de horizontale, verticale en schuine lijnen
#* Is het mogelijk om via een elektrolyse in waterig milieu Mangaanmetaal te verkrijgen
#* wat gebeurt er wanneer we MnO42- aanzuren in een waterig milieu
#* welke vormen van Mn zullen stabiel blijven in waterige oplossing als je dit weet: (Halfreacties H2/H+ en O2/H2O gegeven)
#
#* rangschik volgens stijgende oplosbaarheid, AgCl, AgBr, AgI, AgF en verklaar
#* LiCl zal veel beter oplosbaar zijn dan LiF verklaar
# eddingham diagramma gegeven
#* welke metalen kunnen door middel van reductie van calciummetaal verkregen worden uit datzelfde metaal oxide (vreemd gestelde vraag voor gwn eig te zegge alles wa hoger ligt kan door het onderliggende gereduceerd worden)
#* ...O en ...O hebben een positieve waarde voor delta G wat is het effect hiervan
#* Vanaf welke min. temperatuur kan C zink uit ZnO reduceren
#* verklaar wat de knikken in de rechten zijn
#* wat bepaalt of leg uit waarom er stijgende/dalende/horizontale rechten zijn
# teken volgende liganden:
#* DTPA5-
#* 1,10-fenantroline
#* 18 kroon 6
#* tetraazacyclotetradecaan ( ofzoiets) cyclam
# verklaar waarom het zes gecoordineerd Cu(II) geen ideale octaÃ«der zal vormen.
# Hoe splitsen de 5d3 orbitalen van een kubische structuur op? Verwacht je een high of low spin?
# 18-elektronenregel. Bepaal n
#* Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
# verklaar: katalysator plus kan deze positie van evenwicht verplaatsen, katalysecyclus, omzettingsfrequentie levensduur v katalysator
# Welke eigenschappen maken dat zink zo handig is voor de katalyse

===20 januari 2014===
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#
#*Industriele bereiding aluminium uit bauxiet
#*met ellinghamdiagram: kan calciummetaal aluminiumoxide reduceren?
#Latimer diagram van O2, H2O2, H2O en stel Frost diagram op
#Oef over vormingsconstante
#Fe3+ heeft grotere ionstraal dan Fe2+, verklaring?
#Wat is katalysator, omzettingsfrequentie, selectiviteit, katalysecyclus, levensduur katalysator?
#Ni(hapt.5)2 en Co(hapt.4-C4H4)(hapt.5-C5H5): teken en geef elektronentelling
#Oef 5 van werkzitting 5

===28 januari 2013===
#Hoe verschilt de opsplitsing van de d-orbitalen in een kubisch ligandveld ten opzichte van deze van een octaÃ«drisch kristalveld?
#Identificeer in de volgende reeksen het sterkste Lewiszuur en verklaar:
#*BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl3 en BCl3
#*ScCl3 en LaCl3
#*B(n-Bu)3 en B(t-Bu)3 n-Bu = normaal butyl; t-Bu = tertiair butyl
#Teken de structuur van de volgende complexen en bepaal of ze aan de 18-elektronenregel voldoen:
#*(hapt.3-C3H5)2Ni
#*(hapt.4-C4H4)
#*(hapt.5-C5H5)Co
#Geef een verklaring voor het aantal ongepaarde elektronen waargenomen in de volgende complexen (het aantal ongepaarde elektronen staat vermeld tussen haakjes na het complex):
#*[Mn(CN)6]4- (1)
#*[Mn(CN)6]2- (3)
#*[Cr(en)3]2+ (4)
#*[Fe(ox)3]3- (5)
#Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
#Welke van de volgende verbindingen is goed oplosbaar in water en waarom?: LaF3, LaBr3, HgS, AgF
#Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
#Teken structuren voor de volgende verbindingen (gegeven als brutoformules), door te steunen op het gegeven van het aantal ionen dat het complex bij oplossen in water vormt:
#*PtCl4.6NH3 (5 ionen)
#*PtCl4.5NH3 (4 ionen)
#*PtCl4.3NH3 (2 ionen)
#*PtCl4.2NH3 (geen ionen)
#
#*Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen?
#*Wat is het onderscheid tussen basic en simple substances ?
# PSE

===14 jan 2013 NM===
#Hoe gaan de p-orbitalen zich opsplitsen in een
#*octaÃ«drische veld en
#*vierkant-vlak veld
#Teken de structuur van EDTA4-, 15-kroon-5, 2,2'-bipyridine
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van eht complex in (NH)4[Cu(H2O)6](SO4)2 (vervormde octaÃ«der door Jahn-Teller)
#Oefening 5 van oefenzitting 3
#Geef de cyclus voor de hydroformylering van propeen
#Bepaal n zodat de complexen aan de 18-elektronregel voldoen
#*Fe(CO)n(PPh)3
#*Mo(CO)n(PMe)3
#*W(CO)n(C6H6) met hapiticiteit 6
#Zn(OH) lost op in base, Ca(OH) niet. CaS wordt gehydrolyseerd in water, ZnS niet. Verklaar
#Welke 2 isomeren worden gevormd bij de oxidative additie van het vlak-vierkant complex [IrCl(PMe)3] met Cl2-gas?
# PSE
#*Geef de verschillen in de korte, middellange en lange vorm van het PSE
#*Hoe ziet de left-step table van Janet eruit?
#*Geef de voor- en nadelen van de bovenstaande tabellen

===30 jan 2012 VM===

#Je hebt een ontdekking gedaan van monodentaatliganden die (high/low spin) een kubus vormen. Je hebt een complex type (MLn)2+. Voor welke tweewaardig Metaalionen uit de eerste serie van de transitiemetalen lijkt dit mogelijk? Waarom is het niet eigenlijk helemaal niet mogelijk?
#geef hapticiteit van allyl, benzeen, Cp, 1,3-dibuteen
#Aantal CO in 4 complexen
#Stel een cyclus op voor de hydrogynering van 1-penteen met de Wilkinson katalysator
#CrCl3.(H2O)6 heeft verschillende isomeren. Paarse vorm is elektronisch gelijkaardig actief aan (Co(NH3)6)Cl3. De Groene vorm is initieel minder elektronisch actief, maar wordt even sterk als we een oplossing er van koken (Ã©n kleurt dan ook paars). Als we de groene oplossing titreren met AgNO3 krijg je 1:1 verhouding AgCl:complex. Wat is het groene en wat is het paarse isomeer.
#Leg de Berry-Pseudorotatie uit
#HgS is de belangrijkste bron van Hg2+ in de natuur. Hoe kan je verklaren dat deze onder deze vorm voorkomt, en Cd en Zn (die in de zelfde groep staan) voorkomen als oxiden, sulfaten, silicaten en sulfiden.
#PSE: wat is het verschil tussen de primaire en secundaire classificatie en hoe geeft dit aanleiding tot verschillend mogelijke posities van He in het PSE?
#ELEMENTEN (enkel mondeling): 10 invullen, en een aantal de namen geven (bij mij ALLEEN Lantanide en actinide!!!)
#4 structuren van liganden tekenen
*hexafluoracetylaceton
*12-kroon-4
*2,2'-Bipyridine
*EDTA4-

===29 aug 2011 VM===
#Gegeven spectrochemische reeksen voor liganden en metalen.
*Wanneer je weet dat [Mo(H2O)6]3+ een high-spin complex is, welke uitspraken kan je dan doen over [Mo(ox)3]2-?
*Geef schematisch de opsplitsing van de d-orbitalen weer van 2 octaedrische complexen. Wat kan je verder nog zeggen over de elektronenverdeling in deze complexen als de ligandveldopsplitsingsparameter en de repulsie-energie voor het paren van elektronen gegeven zijn?
#In oplossingen zijn Hf4+ en Zr4+ zeer moeilijk van elkaar te scheiden, mede doordat hun ionstralen bijna exact even groot zijn.
*Hoe kan je dit verklaren (de gelijke ionstralen)?
*Hf4+ vormt 8-gecoÃ¶rdineerde complexen, wat is de coÃ¶rdinatiepolyeder?
*Vormt Hf4+ stabiele complexen met F- en waarom (niet)?
#Beschrijf de energieniveau's van p-orbitalen in een octaÃ«drisch veld en een vierkant-vlak veld.
#3 organometaalcomplexen gegeven. Teken de structuur en voldoen ze aan de 18-elektronenregel?
#Leg uit: Jahn-teller distorsie. 3 complexen, welke ondergaan Jahn-teller distorsie en waarom?
#PSE: Geef eigenschappen, voor- en nadelen van korte versie, middellange versie en lange versie van PSE.
*Geef schematisch de left-step table van Janet weer + voordelen, nadelen en vergelijk met vorige versies.
#Uiteraard PSE

===15 jan 2011 VM===
# Hoe zien de orbitaalenergieen eruit in een kubisch en octaÃ«drisch veld?
# Rangschik volgens grootste zuurheid:
*BF3, BCl3, BBr3
*BeCl2, BCl3
*B(n-Bu)3, B(t-Bu)3 (n-Bu = n-butyl, t-Bu = tert-butyl)
# Wat is de structuur van [Cr(OH2)6]2+?
# Geef de katalytische cyclus van propeen en octacarbonyldikobalt als (pre)katalysator
# Wat is de structuur van trimethylaluminium in de gasfase als je weet dat het dezelfde structuur is als die van aluminiumoxide in de gasfase?
# Drie structuren tekenen. Voldoen ze ook aan 18e- regel?
# Fosfor vindt men onder verschillende vormen (rode, witte, zwarte fosfor). Is dit simple of basic substance? Waarom?
# PSE
----

==Vakinformatie==
Enthousiast gedoceerd door professor Binnemans. Hij geeft zijn examenvragen op voorhand. Het examen is mondeling met een schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen voor 2011==
=== 18 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men Grignardreagentia synthetiseren. Bespreek het Schlenk evenwicht. Op welke manier is dit evenwicht van nut voor de synthese van dialkylmagnesiumverbindingen.
# (a) Beschrijf de karakteristieke eigenschappen van Zn2+ die ervoor zorgen dat dit metaalion beter geschikt is dan andere transitiemetaal-ionen als actief centrum in vele hydrolytische enzymes. (b) Bespreek de werking van het Zn2+-houdend enzyme koolzuuranhydrase (carbonic anhydrase). (c) Als men in carboxypeptidase A Zn2+ door Co2+ vervangt blijft niet alleen de oorspronkelijke activiteit behouden, maar er ontstaat zelfs een nog actiever enzyme. Waarom maakt de Natuur dan niet gebruik van Co2+ in carboxypeptidase A?
# Welke factoren begunstigen de vorming van een complex met een laag coÃ¶rdinatiegetal? Welke factoren leiden tot complexen met een hoog coÃ¶rdinatiegetal?
# Oefening over hapticiteit en uitleggen wat hapticiteit was
# PSE
=== 18 jan 2010 VM ===
# bespreek het HSAB principe
# bespreek de structuur, synthese en eigenschappen van ferroceen
# wat is een katalysator? bespreek de katalysecyclus, de levensduur, TOF, selectiviteit
# bespreek de primaire en secundaire classificatie, welke classificatie gebruikte mendel voor zijn PSE en verklaar de tweezijdige plaatsing van He?
# vul het PSE verder aan

=== 11 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men met behulp van de kristalveldtheorie de trends in het verloop van de ionstraal van metaalionen over de eerste transitiemetaalreeks (3d-reeks) verklaren?
# Hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is? Wat is de Berry-pseudorotatie?
# Bespreek het Wacker-proces.
# Bespreek de drie verschillende plaatsingsmethodologieÃ«n van de lanthaniden en actiniden en verklaar hoe de Madelung regel inzicht verwerft in de huidige accommodatieproblematiek. Welke plaatsing geniet jouw persoonlijke voorkeur ? Op welke manier zouden de lanthaniden geplaatst worden in de tabel indien de belangrijkste oxidatietrap van het element gebruikt zou worden als criterium voor de secundaire classificatie ? Waar staan de lanthaniden en actiniden in de left step table van Janet?
# Vul het PSE aan.

=== 11 jan 2010 VM ===
# Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
# Wat is het nefelauxetisch effect?
# Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
# Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen ? Verklaar hoe verschillende criteria voor de secundaire classificatie aanleiding kunnen geven tot verschillende plaatsingen van helium in het periodiek systeem. Kan men de accommodatie van helium in groep IIA goedspreken op basis van het onderscheid tussen basic en simple substances? Welk criterium voor de secundaire classificatie werd er volgens jou gebruikt bij de constructie van de conventionele tabel van Mendelejev?
# PSE aanvullen + namen van elementen.

=== 30 jan 2009 ===
#Aantonen dat kubus en tetraeder verwant zijn, opsplitsing van de d-orbitalen, verband tussen kristalveldopsplitsingsparameter van kubus en van tetraeder en de factoren die de kristalveldsplitsingsenergie beÃ¯nvloeden
#Wilkinsonkatalysator en al wa daarbij hoort
#Zn2+ in enzymes
#synthese benzine mbv katalysatoren
#PSE

=== 26 jan 2009 NM ===
#Bespreek het Jahn-Teller effect. Bij welke 2+ ionen van 3d reeks is dit te verwachten? (Bijvraag: Welk complex heeft bijna uitsluitend Jahn-Teller distortie? Antwoord: Cu-complexen)
#Welke factoren leiden tot een hoog CG en welke tot een laag? (Bijvraag: geef een complex met CG=1)
#Oefening over zuurheid metaalionen, stabiliteit in lucht en ongepaarrde elektronen.
#Wat is een katalysator? Beinvloedt dit het evenwicht? Bespreek tof, levensduur, cyclus en selectiviteit.
#PSE-spelletje.

=== 26 jan 2009 VM ===
#monsanto proces
#structuur en binding MeLi
#hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is
#oefeningen
##waarom deactiveert CO de reductie van H2 op een pt-oppervlak
##Waarom komen eerder Fe, Mn, Cu voor in redoxenzymes dan Ga, Ca, Zn?
##Titaan vormt bij hoge temperatuur een stabiel nitride met N2. Waarom is het dan inactief als katalysator bij synthese van NH3?
##teken structuur en geef elektronentelling van (n4-C4H4)(n5-C5H5)Co
#PSE

=== 22 jan 2009 ===
#Wacker proces
#verklaren wrm 1 complex labiel is en het andere inert
#cisplatine
#Berry-pseudorotatie
#PSE dus

=== 29 jan 2008 ===
#Bespreek hydroformylering van alkenen
#Jan Teller-effect + bij welke tweewaardige 3d-metalen ?
#Waarom is er geen onderscheid tussen high spin en low spin bij d8, wat bepaald HS/LS bij d4 en hoe kun je experimenteel het ondersheid maken
#Hoe kun je experimenteel zien of tijdens een substitutiereactie van een octaÃ«drisch complex het intermediair een trigonale-bipiramide of een tetragonaal-piramide is?
#PSE

=== 28 jan 2008 ===
#Bespreek het gebruik van cisplatin en analoge verbindingen bij de behandeling van kanker.
#Wat is de Berry-pseudorotatie?
#Vraag over labiel <-> kinetisch inert d4 high spin en low spin complex
#standaardlading van lanthaniden (+III)
##verklaar
##welke lanthaniden zouden ook (+II) en (+IV) kunnen hebbe (stabiel = leeg, half of volle bezetting)

Metalen en Katalyse

2021-06-15T15:31:45Z

Ninja: /* 15 juni 2021 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof. Koen Binnemans. Vanaf 2018-2019 werden er aanpassingen gemaakt aan de leerstof en het examen. Het zijn 5 vragen: vooral oefeningen maar ook enkele inzichtsvragen over de leerstof. De elementen worden ook anders gevraagd, enkel symbool & benaming kennen. Vanaf 2010-2011 worden er geen examenvragen meer gegeven, het examen bestaat louter uit 8 toepassingsvragen, 1 vraag over het boekje "the Periodic Table" en 1 vraag over het periodiek systeem zelf.

==Examenvragen vanaf 2019==
===15 juni 2021===
#
#* Bereken de bindingsenergie van tritium (in MeV/nucleon). m(p) = 1,007276u, m(n) = 1,008665u en m(expm) = 3,016049u.
#* Stabiliteit D2 (deuterium) versus He2 verklaren.
#* Schets fysisorptie en chemiesorptie van H2 op een nikkelmetaaloppervlak.
#
#* Wat is resonantie
#* Waarom zijn deze geen resonanties? H-C≡N en H-N≡C
#* Vul de ongedeelde elektronen (vrije elektronen paren) aan, bereken de FC en zeg welke structuur het meeste bijdraagd en gegeven de EN
## N3-: N≡N-N N=N=N N-N≡N
## SCN-: S≡C-N S=C=N S-C≡N
#
#* Gegeven zijn 4 verschillende complexen met n aantal I- als ligand(en) [bv. Co(NH3)6I3] en de complexen vormen octaëders. Hoeveel van mol ligand van AgI slaat er neer bij toevoeging van AgNO3?
#* Bidentaat ligand htfa (CF3-CO-CH2-CO-CH3) kan proton verliezen (tfa) en complexeren met Cu2+. [Cu(L)2] heeft welke isomerie?
#
#* Na+ en Ag+ hebben ongeveer dezelfde grootte welke is het zuurdere aqua-ion?
#* BF3, BCl3, BBr3 welke is zuurder en verklaar
#* Mn2(CO)10 is een dimeer maar waarom Fe(CO)5 niet?
#* Stabiliteit van complexen vergelijken: Mn(CO)5CH3 versus Mn(CO)5CH2CH3
#
#* Reductieve eliminatie van katalysator verklaren (een octaëdrische Pt-katalysator met 3Cl en 3andere L die dan vierkant vlak wordt en L-Cl verliest)
#* Voorkomen van Hg2+ enkel als sulfide maar waarom Zn2+ voorkomen als oxide, sulfide ... (zacht-hard)
#* ???

===15 juni 2020===
#
#*Verklaar de oplosbaarheid van zilverhalogeniden in water: AgI < AgBr < AgCl < AgF.
#*Waarom is LiCl veel beter oplosbaar in water dan LiF?
#*Welk van volgende is het sterkste zuur? Geef ook een verklaring.
###BCl3 of BF3
###BCl3 of BeCl2
###ScCl3 of LaCl3
###B(n-Bu)3 of B(t-Bu)3
#
#*Waarom zijn organometaalverbindingen van d-blok elementen met alkylverbindingen moeilijk synthetiseerbaar? Waarom zijn ze onstabiel?
#*Hoe kunnen we deze verbindingen dan wel synthetiseren?
#Gebruik een MO energie-diagram om de bindingsorde van He2,2+ te voorspellen. Is dit een stabiel molecule?
#De tweede ionisatie-energie voor een aantal elementen van de 4de periode zijn: Ca 11,87 eV; Sc 12,80 eV; Ti 13,58 eV; V 14,15 eV; Cr 16,50 eV; Mn 15,64 eV.
#*Identificeer de orbitalen waaruit de ionisatie plaatsvindt.
#*Geef een verklaring voor de trends in waarden.
#*Waarom is de tweede ionisatie-energie altijd groter dan de eerste ionisatie-energie?
#
#*Wat is een katalysator?
#*Is een katalysator in staat de ligging van het evenwicht te veranderen? Verklaar met het energie-diagram.
#*Leg volgende begrippen uit: omzettingsfrequentie, katalysecyclus, selectieve katalysator, levensduur van een katalysator.

===17 juni 2019===
#
## Een oefening letterlijk uit de oefenzitting: Bereken de hoeveelheid energie die vrijkomt bij het α-vervalproces: Po→ Pb + He (isotoopmassa's gegeven)
## Wat heeft de verhouding neutronen/protonen te maken met het atoomnummer? Hoe kan je onstabiele elementen stabiel maken adhv deze verhouding?
#
## Wat is Zeff en waarom is deze kleiner dan Z voor een 1s orbitaal?
## Gegeven is Zeff 2s en Zeff 2p van boor en Zeff 2s en Zeff 2p van natrium (B: Zeff 2s > Zeff 2p; bij natrium andersom). Hoe komt dit? (uitgelegd met penetratie van elektronen)
# Een oefening letterlijk uit de oefenzitting: Gebruik een MO energie-diagram om de bindingsorde van het He2 2+ ion te voorspellen. Is dit een stabiel molecule?
#
## Gegeven: 2 reacties (1 met bidentaat 1 met monodentaat) en hun Kf. Welke reactie bindt makkelijker of vormt makkelijker (ik weet het niet juist meer)? (uitgelegd adhv chelaateffect verklaard met entropie)
## Binding van Cd2+ met B- Kf1, 2, 3 en 4 gegeven (1>2>4>3) leg de trend uit van Kf. (Van 3 --> 4 is van octaëder --> tertraëder: energetisch en ook entropisch gunstig (vrijzetten 3 watermoleculen))
## welk kation bindt makkelijker met EDTA4-: Na+ of K+ (grotere ladingsdichtheid = makkelijkere vorming; Na is kleiner dus grotere ladingsdichtheid)
## Teken 1,10-fenantroline en 2,2'-biterpyridine
#Gegeven karaktertabel
## Teken Lewis van XeF4 welke structuur is dit?
## Geef de symmetrie van alle 5 d-orbitalen adhv de karaktertabel.
## Is er 3-voudige ontaarding mogelijk? (nee want max karakterwaarde was 2).

==Examenvragen vanaf 2011==
===29 januari 2018===
#Pourbaix diagram van mangaan : Welke verbindingen zijn stabiel in water? Wat is de betekenis van een horizontale, verticale en schuine lijn? Welke verbinding(en) worden gevormd als je Mn... aanzuurt? Kan je mangaan-metaal maken uit een waterige oplossing?
#Oplosbaarheid in water verklaren : Oplosbaarheid van AgX in water in stijgende volgorde rangschikken (I, Br, Cl, F) & Oplosbaarheid van LiCl tov LiF
#Ellingham diagram : Betekenis van een knik, de helling van een rechte en positieve/negatieve G & Nog een eigenschap van Ca-metaal verklaren
#Structuren tekenen (Fenantroline, DPTA, cyclam, ...kroon...
#Katalytische cyclus geven : Hydrolyse van 1-hexeen met wilkinson-katalysator
#Structuur van Cu(II) verklaren in een octaeder (Jahn-Teller uitgebreid uitleggen!)
#Het aantal CO liganden in een complex bepalen opdat deze voldoet aan de 18-elektronenregel
#Opsplitsing van de 5d orbitalen in een kubisch polyeder en verklaren of dit een HS of LS complex is
#"In de 19e eeuw gaf men de lanthaniden de naam "zeldzame aarden" omdat men toen dacht dat ze helemaal niet vaak voorkwamen. Dit blijkt achteraf niet te kloppen, de lanthaniden komen immers veel meer voor dan bv zilver of goud." Verklaar deze vergissing ahv de HSAB theorie & uitleggen of een lanthanide en F- een stabiele verbinding vormt
#Periodiek systeem

==Examenvragen vanaf 2011==
===19 Januari 2018===
#(a)Als je weet dat [Mn(H2O)6]3+ een high-spin complex is, hoeveel ongepaarde elektronenverwacht je dan voor het oxalaatcomplex [Mn(ox)3]3-?
(b) Teken het opsplitsingsdiagramma en de elektronenbezetting van de d-orbitalen voor [Co(NH3)6]2+ en [Co(NH3)6]3+. De deltaO-waarden voor deze twee complexen zijn resp. 120 kJ/mol en 270 kJ/mol. De elektronparingsenergie P van Co2+ bedraagt ongeveer 270 kJ/mol en deze van Co3+ ongeveer 210 kJ/mol.
#Alfred Werner, de grondlegger van de coördinatiechemie, voerde zijn baanbrekende experimenten op het gebied van de stereochemie vooral uit op complexen van Cr(III), Co(III) en Pt(IV). Waarom zou hij juist deze ionen hebben gekozen?
#Teken 2,2' bipyridine, 12-kroon-4, hexafluoroacetylaceton en EDTA4-
#18-elektron regel, bepaal n
#*Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
#* Ru3(CO)n
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van het complex in (NH)4[Cu(H2O)6]
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#Aan welke voorwaarden moet voldaan worden om een complex met een laag coordinatiegetal te bekomen?
# Frost diagram van mangaan gegeven, wat kan je hieruit opmaken? (slide 56 van redox ppt)

===15 Januari 2018===
Praktisch hetzelfde als de vorige (16 januari 2017), sommige vragen beetje aangepast

===16 januari 2017===
#Enkele nikkel complexen zijn gegeven, een octaëder en twee tetraëders, geef aantal ongepaarde electronen.
#Waarom dimeriseert Mn2(CO)10 wel en HMn(CO)5 en V(CO)6 niet?
#Splitsing P-orbitalen in octaëder en vierkant vlak.
#teken 18 kroon 6, H5DTPA, 2,2'-bipiridine, 1,10-fenantroline.
#Substitutie -OH groep zwavelzuur door F, CF3 en NH3, welke is het sterkste en welke is het zwakste?
#meerdere deelvragen over monsanto proces, welke OT, hoeveel valentie elctronen, snelheidsbepalende stap.
#zure, basische en amfofotere oxiden uitleggen + 2 voorbeelden geven.
# latimer diagram O2 --> H2O2 --> H20
#*H2O2 oxidans/reductans?
#*waarom koel bewaren en niet vooraltijd houdbaar?
#*netto reactie van heel diagram geven
#Iets over de Irving-Williams reeks, de trend verklaren

=== 18 januari 2016 NM ===
# Opsplitsen van p-orbitalen bij octaeder en vierkant vlak
# Sterkste Lewiszuur
#* BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl2 en BCl2
#*ScCl3 en LaCl3
#* B(n-bu)3 en B(t-Bu)3
# 18-elektronenregel, 2 structuren tekenen
#Verklaring geven voor ongepaarde elektronen van [Mn(CN)6]-4, [Mn(CO)]2-,[Cr(en)3]2+ en [Fe(ox)3]3-. Aantal ongepaarde elektronen is gegeven.
#Metaal-ligand bespreken
#LaF3, LaBr3, HgS AgF oplosbaarheid bespreken
#aantonen dat edelmetaal als keramische drager beter is dan een dunne folie
#Isomeren scheiden? [Ir(NH3)4Cl2]+, [Cu(NH3)4Cl2]+, [Co(NH3)5Cl]2+, [Co(acac)3]
# waarom Cu(II) nooit een perfecte ocataÃ«der gaat zijn

=== 15 januari 2016 NM ===
# Oef 10 oefenzitting 5
# Co2+ vormt in geconcentreerde HCl een tetraÃ«der [Co(Cl)4]2- Maar Ni2+ vormt in dezelfde omstandigheden geen gelijkaardige tetraÃ«der. Verklaar
# Hoe kan men op basis van het aantal mogelijke geometrische isomeren aantonen dat 6 liganden op een octaÃ«drische manier rond een centraal metaalion worden geschikt?
# Welke reacties komen er voor bij corrosie van ijzer?
# evenwicht naar links of rechts adhv HSAB
#* Li2O+HgS --> Li2S+HgO
#*ZnS+Ag2O --> ZnO+Ag2S
#*CdO+PbS --> CdS+PbO
#* Co2S3+CoO --> Co2O3+CoS
# tekenen en elektronen tellen: oef 8 oefenzitting 7
#
#* oef 10 oefenzitting 8
#*oef 11 oefenzitting 8
# Bespreek Berry-pseudorotatie
# Frost-diagramma's van actaniden gegeven. Bespreek stabiliteit van de oxidatiegetallen, welke trend zie je als je de actaniden afloopt?

=== 11 januari VM ===
#Pourbaix diagramma van mangaan gegeven:
#* wat betekenen de horizontale, verticale en schuine lijnen
#* Is het mogelijk om via een elektrolyse in waterig milieu Mangaanmetaal te verkrijgen
#* wat gebeurt er wanneer we MnO42- aanzuren in een waterig milieu
#* welke vormen van Mn zullen stabiel blijven in waterige oplossing als je dit weet: (Halfreacties H2/H+ en O2/H2O gegeven)
#
#* rangschik volgens stijgende oplosbaarheid, AgCl, AgBr, AgI, AgF en verklaar
#* LiCl zal veel beter oplosbaar zijn dan LiF verklaar
# eddingham diagramma gegeven
#* welke metalen kunnen door middel van reductie van calciummetaal verkregen worden uit datzelfde metaal oxide (vreemd gestelde vraag voor gwn eig te zegge alles wa hoger ligt kan door het onderliggende gereduceerd worden)
#* ...O en ...O hebben een positieve waarde voor delta G wat is het effect hiervan
#* Vanaf welke min. temperatuur kan C zink uit ZnO reduceren
#* verklaar wat de knikken in de rechten zijn
#* wat bepaalt of leg uit waarom er stijgende/dalende/horizontale rechten zijn
# teken volgende liganden:
#* DTPA5-
#* 1,10-fenantroline
#* 18 kroon 6
#* tetraazacyclotetradecaan ( ofzoiets) cyclam
# verklaar waarom het zes gecoordineerd Cu(II) geen ideale octaÃ«der zal vormen.
# Hoe splitsen de 5d3 orbitalen van een kubische structuur op? Verwacht je een high of low spin?
# 18-elektronenregel. Bepaal n
#* Fe(CO)n(PPh3)2
#* Mo(CO)n(PMe3)3
#* W(CO)n(hapticiteit6 C6H6)
# verklaar: katalysator plus kan deze positie van evenwicht verplaatsen, katalysecyclus, omzettingsfrequentie levensduur v katalysator
# Welke eigenschappen maken dat zink zo handig is voor de katalyse

===20 januari 2014===
#Opsplitsing p orbitalen octaeder, vierkant vlak
#
#*Industriele bereiding aluminium uit bauxiet
#*met ellinghamdiagram: kan calciummetaal aluminiumoxide reduceren?
#Latimer diagram van O2, H2O2, H2O en stel Frost diagram op
#Oef over vormingsconstante
#Fe3+ heeft grotere ionstraal dan Fe2+, verklaring?
#Wat is katalysator, omzettingsfrequentie, selectiviteit, katalysecyclus, levensduur katalysator?
#Ni(hapt.5)2 en Co(hapt.4-C4H4)(hapt.5-C5H5): teken en geef elektronentelling
#Oef 5 van werkzitting 5

===28 januari 2013===
#Hoe verschilt de opsplitsing van de d-orbitalen in een kubisch ligandveld ten opzichte van deze van een octaÃ«drisch kristalveld?
#Identificeer in de volgende reeksen het sterkste Lewiszuur en verklaar:
#*BF3, BCl3 en BBr3
#*BeCl3 en BCl3
#*ScCl3 en LaCl3
#*B(n-Bu)3 en B(t-Bu)3 n-Bu = normaal butyl; t-Bu = tertiair butyl
#Teken de structuur van de volgende complexen en bepaal of ze aan de 18-elektronenregel voldoen:
#*(hapt.3-C3H5)2Ni
#*(hapt.4-C4H4)
#*(hapt.5-C5H5)Co
#Geef een verklaring voor het aantal ongepaarde elektronen waargenomen in de volgende complexen (het aantal ongepaarde elektronen staat vermeld tussen haakjes na het complex):
#*[Mn(CN)6]4- (1)
#*[Mn(CN)6]2- (3)
#*[Cr(en)3]2+ (4)
#*[Fe(ox)3]3- (5)
#Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
#Welke van de volgende verbindingen is goed oplosbaar in water en waarom?: LaF3, LaBr3, HgS, AgF
#Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
#Teken structuren voor de volgende verbindingen (gegeven als brutoformules), door te steunen op het gegeven van het aantal ionen dat het complex bij oplossen in water vormt:
#*PtCl4.6NH3 (5 ionen)
#*PtCl4.5NH3 (4 ionen)
#*PtCl4.3NH3 (2 ionen)
#*PtCl4.2NH3 (geen ionen)
#
#*Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen?
#*Wat is het onderscheid tussen basic en simple substances ?
# PSE

===14 jan 2013 NM===
#Hoe gaan de p-orbitalen zich opsplitsen in een
#*octaÃ«drische veld en
#*vierkant-vlak veld
#Teken de structuur van EDTA4-, 15-kroon-5, 2,2'-bipyridine
#Geef de coÃ¶rdinatiepolyeder van eht complex in (NH)4[Cu(H2O)6](SO4)2 (vervormde octaÃ«der door Jahn-Teller)
#Oefening 5 van oefenzitting 3
#Geef de cyclus voor de hydroformylering van propeen
#Bepaal n zodat de complexen aan de 18-elektronregel voldoen
#*Fe(CO)n(PPh)3
#*Mo(CO)n(PMe)3
#*W(CO)n(C6H6) met hapiticiteit 6
#Zn(OH) lost op in base, Ca(OH) niet. CaS wordt gehydrolyseerd in water, ZnS niet. Verklaar
#Welke 2 isomeren worden gevormd bij de oxidative additie van het vlak-vierkant complex [IrCl(PMe)3] met Cl2-gas?
# PSE
#*Geef de verschillen in de korte, middellange en lange vorm van het PSE
#*Hoe ziet de left-step table van Janet eruit?
#*Geef de voor- en nadelen van de bovenstaande tabellen

===30 jan 2012 VM===

#Je hebt een ontdekking gedaan van monodentaatliganden die (high/low spin) een kubus vormen. Je hebt een complex type (MLn)2+. Voor welke tweewaardig Metaalionen uit de eerste serie van de transitiemetalen lijkt dit mogelijk? Waarom is het niet eigenlijk helemaal niet mogelijk?
#geef hapticiteit van allyl, benzeen, Cp, 1,3-dibuteen
#Aantal CO in 4 complexen
#Stel een cyclus op voor de hydrogynering van 1-penteen met de Wilkinson katalysator
#CrCl3.(H2O)6 heeft verschillende isomeren. Paarse vorm is elektronisch gelijkaardig actief aan (Co(NH3)6)Cl3. De Groene vorm is initieel minder elektronisch actief, maar wordt even sterk als we een oplossing er van koken (Ã©n kleurt dan ook paars). Als we de groene oplossing titreren met AgNO3 krijg je 1:1 verhouding AgCl:complex. Wat is het groene en wat is het paarse isomeer.
#Leg de Berry-Pseudorotatie uit
#HgS is de belangrijkste bron van Hg2+ in de natuur. Hoe kan je verklaren dat deze onder deze vorm voorkomt, en Cd en Zn (die in de zelfde groep staan) voorkomen als oxiden, sulfaten, silicaten en sulfiden.
#PSE: wat is het verschil tussen de primaire en secundaire classificatie en hoe geeft dit aanleiding tot verschillend mogelijke posities van He in het PSE?
#ELEMENTEN (enkel mondeling): 10 invullen, en een aantal de namen geven (bij mij ALLEEN Lantanide en actinide!!!)
#4 structuren van liganden tekenen
*hexafluoracetylaceton
*12-kroon-4
*2,2'-Bipyridine
*EDTA4-

===29 aug 2011 VM===
#Gegeven spectrochemische reeksen voor liganden en metalen.
*Wanneer je weet dat [Mo(H2O)6]3+ een high-spin complex is, welke uitspraken kan je dan doen over [Mo(ox)3]2-?
*Geef schematisch de opsplitsing van de d-orbitalen weer van 2 octaedrische complexen. Wat kan je verder nog zeggen over de elektronenverdeling in deze complexen als de ligandveldopsplitsingsparameter en de repulsie-energie voor het paren van elektronen gegeven zijn?
#In oplossingen zijn Hf4+ en Zr4+ zeer moeilijk van elkaar te scheiden, mede doordat hun ionstralen bijna exact even groot zijn.
*Hoe kan je dit verklaren (de gelijke ionstralen)?
*Hf4+ vormt 8-gecoÃ¶rdineerde complexen, wat is de coÃ¶rdinatiepolyeder?
*Vormt Hf4+ stabiele complexen met F- en waarom (niet)?
#Beschrijf de energieniveau's van p-orbitalen in een octaÃ«drisch veld en een vierkant-vlak veld.
#3 organometaalcomplexen gegeven. Teken de structuur en voldoen ze aan de 18-elektronenregel?
#Leg uit: Jahn-teller distorsie. 3 complexen, welke ondergaan Jahn-teller distorsie en waarom?
#PSE: Geef eigenschappen, voor- en nadelen van korte versie, middellange versie en lange versie van PSE.
*Geef schematisch de left-step table van Janet weer + voordelen, nadelen en vergelijk met vorige versies.
#Uiteraard PSE

===15 jan 2011 VM===
# Hoe zien de orbitaalenergieen eruit in een kubisch en octaÃ«drisch veld?
# Rangschik volgens grootste zuurheid:
*BF3, BCl3, BBr3
*BeCl2, BCl3
*B(n-Bu)3, B(t-Bu)3 (n-Bu = n-butyl, t-Bu = tert-butyl)
# Wat is de structuur van [Cr(OH2)6]2+?
# Geef de katalytische cyclus van propeen en octacarbonyldikobalt als (pre)katalysator
# Wat is de structuur van trimethylaluminium in de gasfase als je weet dat het dezelfde structuur is als die van aluminiumoxide in de gasfase?
# Drie structuren tekenen. Voldoen ze ook aan 18e- regel?
# Fosfor vindt men onder verschillende vormen (rode, witte, zwarte fosfor). Is dit simple of basic substance? Waarom?
# PSE
----

==Vakinformatie==
Enthousiast gedoceerd door professor Binnemans. Hij geeft zijn examenvragen op voorhand. Het examen is mondeling met een schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen voor 2011==
=== 18 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men Grignardreagentia synthetiseren. Bespreek het Schlenk evenwicht. Op welke manier is dit evenwicht van nut voor de synthese van dialkylmagnesiumverbindingen.
# (a) Beschrijf de karakteristieke eigenschappen van Zn2+ die ervoor zorgen dat dit metaalion beter geschikt is dan andere transitiemetaal-ionen als actief centrum in vele hydrolytische enzymes. (b) Bespreek de werking van het Zn2+-houdend enzyme koolzuuranhydrase (carbonic anhydrase). (c) Als men in carboxypeptidase A Zn2+ door Co2+ vervangt blijft niet alleen de oorspronkelijke activiteit behouden, maar er ontstaat zelfs een nog actiever enzyme. Waarom maakt de Natuur dan niet gebruik van Co2+ in carboxypeptidase A?
# Welke factoren begunstigen de vorming van een complex met een laag coÃ¶rdinatiegetal? Welke factoren leiden tot complexen met een hoog coÃ¶rdinatiegetal?
# Oefening over hapticiteit en uitleggen wat hapticiteit was
# PSE
=== 18 jan 2010 VM ===
# bespreek het HSAB principe
# bespreek de structuur, synthese en eigenschappen van ferroceen
# wat is een katalysator? bespreek de katalysecyclus, de levensduur, TOF, selectiviteit
# bespreek de primaire en secundaire classificatie, welke classificatie gebruikte mendel voor zijn PSE en verklaar de tweezijdige plaatsing van He?
# vul het PSE verder aan

=== 11 jan 2010 NM ===
# Hoe kan men met behulp van de kristalveldtheorie de trends in het verloop van de ionstraal van metaalionen over de eerste transitiemetaalreeks (3d-reeks) verklaren?
# Hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is? Wat is de Berry-pseudorotatie?
# Bespreek het Wacker-proces.
# Bespreek de drie verschillende plaatsingsmethodologieÃ«n van de lanthaniden en actiniden en verklaar hoe de Madelung regel inzicht verwerft in de huidige accommodatieproblematiek. Welke plaatsing geniet jouw persoonlijke voorkeur ? Op welke manier zouden de lanthaniden geplaatst worden in de tabel indien de belangrijkste oxidatietrap van het element gebruikt zou worden als criterium voor de secundaire classificatie ? Waar staan de lanthaniden en actiniden in de left step table van Janet?
# Vul het PSE aan.

=== 11 jan 2010 VM ===
# Wat is het Jahn-Teller effect? Voor welke tweewaardige ionen uit de eerste transitiemetaalreeks (3d-ionen) kan men dit effect verwachten?
# Wat is het nefelauxetisch effect?
# Bespreek de metaal-ligand binding in carbonylcomplexen.
# Wat is het verschil tussen de primaire en de secundaire classificatie van de elementen ? Verklaar hoe verschillende criteria voor de secundaire classificatie aanleiding kunnen geven tot verschillende plaatsingen van helium in het periodiek systeem. Kan men de accommodatie van helium in groep IIA goedspreken op basis van het onderscheid tussen basic en simple substances? Welk criterium voor de secundaire classificatie werd er volgens jou gebruikt bij de constructie van de conventionele tabel van Mendelejev?
# PSE aanvullen + namen van elementen.

=== 30 jan 2009 ===
#Aantonen dat kubus en tetraeder verwant zijn, opsplitsing van de d-orbitalen, verband tussen kristalveldopsplitsingsparameter van kubus en van tetraeder en de factoren die de kristalveldsplitsingsenergie beÃ¯nvloeden
#Wilkinsonkatalysator en al wa daarbij hoort
#Zn2+ in enzymes
#synthese benzine mbv katalysatoren
#PSE

=== 26 jan 2009 NM ===
#Bespreek het Jahn-Teller effect. Bij welke 2+ ionen van 3d reeks is dit te verwachten? (Bijvraag: Welk complex heeft bijna uitsluitend Jahn-Teller distortie? Antwoord: Cu-complexen)
#Welke factoren leiden tot een hoog CG en welke tot een laag? (Bijvraag: geef een complex met CG=1)
#Oefening over zuurheid metaalionen, stabiliteit in lucht en ongepaarrde elektronen.
#Wat is een katalysator? Beinvloedt dit het evenwicht? Bespreek tof, levensduur, cyclus en selectiviteit.
#PSE-spelletje.

=== 26 jan 2009 VM ===
#monsanto proces
#structuur en binding MeLi
#hoe kan men uit het aantal geometrische isomeren afleiden of een complex octaedrisch is
#oefeningen
##waarom deactiveert CO de reductie van H2 op een pt-oppervlak
##Waarom komen eerder Fe, Mn, Cu voor in redoxenzymes dan Ga, Ca, Zn?
##Titaan vormt bij hoge temperatuur een stabiel nitride met N2. Waarom is het dan inactief als katalysator bij synthese van NH3?
##teken structuur en geef elektronentelling van (n4-C4H4)(n5-C5H5)Co
#PSE

=== 22 jan 2009 ===
#Wacker proces
#verklaren wrm 1 complex labiel is en het andere inert
#cisplatine
#Berry-pseudorotatie
#PSE dus

=== 29 jan 2008 ===
#Bespreek hydroformylering van alkenen
#Jan Teller-effect + bij welke tweewaardige 3d-metalen ?
#Waarom is er geen onderscheid tussen high spin en low spin bij d8, wat bepaald HS/LS bij d4 en hoe kun je experimenteel het ondersheid maken
#Hoe kun je experimenteel zien of tijdens een substitutiereactie van een octaÃ«drisch complex het intermediair een trigonale-bipiramide of een tetragonaal-piramide is?
#PSE

=== 28 jan 2008 ===
#Bespreek het gebruik van cisplatin en analoge verbindingen bij de behandeling van kanker.
#Wat is de Berry-pseudorotatie?
#Vraag over labiel <-> kinetisch inert d4 high spin en low spin complex
#standaardlading van lanthaniden (+III)
##verklaar
##welke lanthaniden zouden ook (+II) en (+IV) kunnen hebbe (stabiel = leeg, half of volle bezetting)

Statistiek & Data-analyse

2021-01-18T22:04:21Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===18 januari 2021 NM===
#1) (Op 9 ptn) Gegeven is een tabel met 2 primaat groepen (controle & een groep die behandeling onderging) met de percentages herkenning van een object op kort & lange termijn geheugen. Alles op significantieniveau 0,05 bewijzen en varianties gelijk.
#*1. Is de gemiddelde som van precentage herkenning op korte termijn bij behandelde groep significant kleiner dan die van de controle? a) Geef weer in grafiek. b) Stel hypotheses op en verklaar symbolen. c) T-verdeling en voorwaarden. d) Teststatistiek, P-waarde & schets de grafiek. e) Conclusie
#*2. Is er een lineair verband tussen de herkenning op korte & lange termijn bij behandelde groep. Dezelfde deelvragen (b tot e).
#2) (Op 4 ptn) R output gegeven.
#*a) Welk regressiemodel wordt er gebruikt en wat zijn de schattingen van de parameters uit het model?
#*b) Welke modelveronderstellingen worden er gemaakt? Ga na of deze voldaan zijn.
#*c) Vul de ontbrekende waarden (1) t.e.m. (3). ''Deze waren: teststatistiek bij B, MSE & F.''
#*d) e_22/s_e berekenen.
#3) (Op 4 ptn) Enkele kansen gegeven.
#*a) Voorwaardelijke kans berekenen.
#4) (Op 4 ptn) Exponentiële verdeling met Sn = T1+T2+T3+...+Tn
#*a) Als n=100 lamdba=1/5 a=600. Wat is P(Sn > 600)?
#*b) Wat is de mediaan met dezelfde gegevens als a.

===17 januari 2020 (voormiddag)===

#*A) Bewijs E(1/n * sommatieteken (xi + xgem)^2 = (n/n+1)* σ^2
#*B) toevalsvariabele X exponentieel verdeeld met parameter 4 en toevalsvariabele Y is normaal verdeeld met gemiddelde -5 en standaardafwijking 2. De toevalsvariabelen zijn onafhankelijk. Bereken E(2X-3Y) en Var(2X-3Y)
#Je hebt een groep mails. Gegeven: kans spam, kans mail bevat 'dringend' wanneer spam, kans mail bevat 'dringend' wanneer geen spam, kans mail bevat 'dit is geen spam' wanneer spam, kans mail bevat 'dit is geen spam' wanneer geen spam, kans mail bevat 'garantie' wanneer spam, kans mail bevat 'garantie wanneer geen spam. Ook gegeven: kans mail bevat garantie én dringend wanneer spam en kans mail bevat garantie én dringend wanneer geen spam.
#*Schrijf alle kansen in symbolen
#*Wat is de kans dat je mail spam is als 'dit is geen spam' in je mail voorkomt.
#*Bereken de kans dat het 'garantie' alleen in een mail voorkomt (zonder het derde woord en zonder 'geen spam').
#*Kans mail spam wanneer gegeven 'dringend' en geen 'garantie'
#Gegeven X aantal examens moeten afleggen voor behalen rijbewijs (1,2,3 of 4) en Y aantal uren les gevolgd (5,10,15 of 20).
#*Geef de marginale kansdichtheden
#*Kans dat men slaagt voor de eerste keer bij 5 uur les gevolgd en bij 15 uur les gevolgd
#*Welk pakket moet men kiezen om zeker voor de eerste keer te slagen
#*Bereken Cov(X,Y) en zijn de toevalsvariabelen afhankelijk? Verklaar
#Rookmelders verpakt in pakketten van 4. Kans rookmelder kapot is 0,01.
#*Toon aan dat kans pakket wordt teruggebracht 0,039 is.
#*Wat is de kans dat men 6 pakketten koopt en er exact 1 moet terugbrengen?
#*Wat is de kans dat men maximaal 20% van de pakketten moet terugbrengen als men er 130 koopt?
#Proportietest. Zelf P-waarde kunnen aanduiden op de normaal-curve. Het betrouwbaarheidsinterval uitrekenen.
#Waardes aflezen uit een R-script (bv. gemiddelde, ...) van een F-test. Vanuit deze waardes testen of de gemiddeldes van de 2 groepen gelijk zijn.
#Gegeven anova-tabel aanvullen (zie oefenzitting)

===28 januari 2019===
#Bewijs dat S² een onvertekende schatter is van sigma².
#*Betekend dit dat S ook een overtekende schatter is van sigma? Verklaar kort.
#Oefening over bivariate variabelen, oa. covariantie berekenen en zeggen of X en Y onafhankelijk zijn + verklaar.
#Een deel van het Lam gods was gestolen vroeger en enkele jaren geleden is het teruggevonden. De kans dat het om een authentiek deel gaat is 70%. 2 experts bekijken dit om na te gaan of het om een authentiek deel gaat of niet. De 1ste expert is correct in 80% van de gevallen en de 2de expert in 90% van de gevallen.
#*Wat is de kans dat de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.
#*Wat is de kans dat het schilderij echt is als de 1ste expert zegt dat het om een authentiek deel gaat en de 2de expert zegt dat het om een vals deel gaat.
#Een bepaald soort hond wordt geboren in 1 kleur maar tegen dat het volwassen is, heeft het witte vlekken gekregen. 98% van de volwassen honden hebben een witte punt aan hun staart. Er zijn net 12 pups geboren.
#*Wat is de kans dat hoogstens 10 van de 12 pups, later een witte punt aan hun staart gaan hebben?
#*Als er 1300 pups geboren worden, wat is de kans dat minstens 1280 pups later een witte punt aan hun staart krijgen?
#Het koopgedrag is onderzocht tijdens de feestperiode. Er is een gemiddelde en standaarddeviatie gegeven. Kan men besluiten, met een hypothesetest, of het gemiddelde uitgegeven bedrag minder dan 50 euro is.
#Nog iets...
#Anova script gegeven, zoals in de oefeningen de lege plaatsen opvullen. Regressievergelijking opstellen, hypothesetest of een regressie zinvol is. R² berekenen. Aantonen met een hypothesetest of er een monotoon verband is tussen X en Y.

===19 JANUARI 2018===
#* Bewijs de geheugenloosheid van de exponentiële verdeling.
#* Bewijs E[k(x)l(y)] waarbij x en y onafhankelijk en continu zijn.
#* Bereken E[(x)(y^2)] waarbij x exponentieel verdeeld is met verwachte waarde 0.5 en y~N
# De kans dat Anke naar statestiek gaat is 0.8 en de kans dat Bruno naar statestiek gaat is 0.6.
#* Bereken de kans dat minstens 1 van de 2 naar statestiek gaat wanneer deze variabelen onafhankelijk zijn.
#* De veriabelen zijn toch afhankelijk. De kans dat Anke aanwezig is en Bruno niet is 0.65. Bereken de kans dat Anke niet aanwezig is als gegeven dat Bruno aanwezig is.
#* Er zijn dubbel zoveel hoorcolleges dan oefenzittingen. Wat is de kans dat je willekeurig naar statestiek gaat en dit een hoorcollege is?
#* Bruno gaat naar elke oefenzitting. Wat is de kans dat hij aanwezig is tijdens een hoorcollege?
# Y-X is bivariaat normaal verdeeld met X de lengte van vrouwen in cm en Y de lengte van mannen in cm. Het gemiddelde van X is 165 en van Y is 175. Ze hebben beiden een variantie van 4 en de covariantie is 8.
#* Welke verdeling is dit? Bereken het gemiddelde en de variantie van de verschilfunctie.
#* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de vrouw groter is dan de man.
#* Bereken de kans dat in een willekeurig koppel de man en de vrouw groter zijn 170 cm.
# Een experiment wordt een 27 keer herhaald. Er is een gemiddelde en een standaardafwijking gegeven.
#* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.05 en welke voorwaarden gelden er?
#* Bereken het betrouwbaarheidsinterval in het geval de standaardafwijking onbekend is en leg uit of dit breder wordt.
#* Bereken het betrouwbaarheidsinterval met alfa=0.01.
#* Hoevaak moet het experiment herhaald worden om een maximale foutenmarge van 0.001 te bekomen?
# 20 Cavia's krijgen 0.5 mg Calcium toegevoegd en 20 andere cavia's krijgen 2 mg Calcium toegediend.
#* Test of de hoeveelheid Calcium een invloed heeft op de lengte van de tanden waarvoor een gemiddelde en variantie voor beiden groepen gegeven is. Hier moet een volldedige hypothesetest uitgevoerd worden.
# Een examen bestaat uit 10 meerkeuzenvragen met 3 opties waarvan er telkens 1 juist is.
#* Wanneer je elke vraag gokt is de kans om te slagen gelijk aan 0.2131, toon dit aan.
#* Bepaal deze kans ook benaderend met een discrete verdeling en verklaar of dit een goede benadering is.
#* 200 studenten gokken bij elke vraag. Bereken de kans dat er strikt meer dan 50 geslaagd zijn.
# Er is een ANOVA-script gegeven.
#* Bepaal de regressierechte. Voor alfa was de t-waarde en de standaard fout gegeven. Voor beta niet, dit moest volgens mij met het gemiddelde van x en y die wel gegeven waren.
#* Test of dit een zinvolle regressierechte is met berekening teststatistiek, P-waarde en besluit.
#* R^2 berekenen en uitleggen.
#* Y berekenen met x=90.

===20 JANUARI 2017===
# eerste vraag waren 4 juist/fout vragen
#* als X en Y normaal verdeeld zijn, is de som dan altijd normaal verdeeld
#* iets me benadering van steekproefgem en populatiegem
#* iets me E(X) of da bij toevalsvariabele gelijk is aan het gem
#* ... weet ik ni meer exact, ge moet gewoon juist of fout aanduiden, ni uitleggen
# tweede vraag waren twee bewijzen (me Var(a+bX+cY) en E(a+bX+cY) en dan altijd zo bijvragen van a-e zo Var en E uitrekenen en mediaan berekenen, cumulatieve frequentie tekenen.. en dan iets me X+Y en kansen daarvan berekenen beetje vaag haha
# dan twee vragen op kansen ook met altijd zo deelvraagjes, eerste was over dat er verschillende sets van 20 stuks zijn en ge ga na hoeveel defecte er zijn, ge hebt enkele gegevens gegeven vb. Kans op geen defecte elementen in uw set van 20 is 70%, kans op juist 1 defect element is 20% enz. Daar dan allemaal kans vragen op, vb. Wat is de kans da als ge willekeurig een lot van 20 neemt, en ge weet da er exact 1 defect is, wa is dan de kans da als ge er twee willekeurige uitneemt da die ni defect zijn enzovoort..
# Dan een kansoefening met een kind da 10 keer me een dobbelsteen mag gooien en elke keer als die 6 gooit krijgt die een cadeau, wa is dan de kans da die meer als 3 cadeaus krijgt enzovoort, welke kansverdeling is da en bereken ook benaderend en zo van die deelvragen, ook nog als ze die traditie 35 jaar zouden doen en die jongen mag elke keer gooien op zijn bday wa is dan de kans da die meer dan 55 cadeaus krijgt
# en dan nog twee hypothesetesten waarvan ene met R output. De ene vraag was over herseninhoud, ze willen zien of de herseninhoud van een 75 jarige persoon gekropen is tov een 25 jarige persoon, ge hebt dan een lijst gekregen me gegevens en een R output waarin t waarde, P waarde, df ontbreken en aan de hand van die output moet ge dan dingen berekenen mbv hypothesetesten, ook output van een betrouwbaarheidsinterval en da interpreteren. De andere ging over het feit da er ooit gezegd is geweest da er dobbelstenen bestaan die "niet gelijk" zijn dus die ni eerlijk zijn, ge krijg een tabel me kansen en moet dan hypothesetesten uitvoeren om te zien of die dobbesltaan vervalst was of ni, weer Teststatistiek opstellen, testwaarde berekenen, interpreteren... en dan een tabel me ietske andere waardes van die dobbelstaan me de vraag of die P waarde dan hetzelfde blijft
# en nog een oefening over laatste hoofdstuk met die lineaire regressie ook me allemaal deelvraagjes ; de lineaire regressie opstellen en dan s^2 uitrekenen, ge hebt sx sy sxy enzo gegeven, en dan moet ge daar hypothese en teststatistiek ook doen dacht ik (bij elke hypothesetest vraagt ze teststatistiek, testwaarde , P waarde interpreteren etc) en dan geeft ze ook nog een R^2 waarde die ge moet interpreteren..
Ik denk da het zoiets ongeveer was haha, en ge had 3u30min tijd :)

===15 januari 2016===
#Juist/fout, Var(bx)=b²Var(x) aantonen
#rekenen met kansen
#Exponentiele verdeling, laptop heeft een gemiddelde leeftijd van 4 jaar, geef verdelingsfunctie, bepaal kans dat laptop langer leeft...
#Hypothesetesten
#R script van ANOVA tabel, ontbrekende waardes aanvullen

===6 januari 2015===
#Beschouw twee toevalsvariabele X en Y = g(X) met g een monotone functie dan is:
##E(Y) = g (E (X)) ?
##Med(Y) = g ( Med (X)) ?
##Med(Y) = g( E (X))Â ?
##IQR (Y) = g (IQR (X)) ?
#In Vlaanderen verspreid de groothandel 2000 porties everzwijnsvlees over 15 restaurants. Neem aan dat exact 11 porties hiervan besmet zijn met een virus. In leuven leverde de groothandel 250 (onafh.) porties vlees:
##hoeveel besmette porties vlees verwacht men in Leuven?
##Hoe groot is de kans dat minstens 2 porties vlees in Leuven besmet zijn met het virus?
###Bereken deze kans exact
###Bereken een benadering van deze kans
###Is de benaderde kans die je vond een goede benadering voor de kans die je vond? Waarom wel/niet?
#Mannelijke radiologen worden blootgesteld aan straling. Onderzoekers beweren dat deze frequente blootstelling de kans op mannelijke nakomelingen zou beÃ¯nvloeden. Uit een studie van 31 radiologen, bleek dat 30 van de 87 nakomelingen mannen waren. Kan je op basis van deze studie besluiten dat een frequente blootstelling aan straling een significante invloed heeft op de kans op mannelijke nakomelingen voor een man? Î± = 0.05, normale omstandigheden de kans op mannelijke omstandigheden 50% bedraagt.
##Formuleer een geschikte H0 en H1 op deze vraag
##Geef de teststatistiek, de (benaderde) verdeling ervan onder H0 en de testwaarde voor deze steekproef.
##Bereken de (benaderde) P-waarde. Geef de formule en de waarde ervan in deze steekproef.
##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit op basis van de P-waarde.
##Bepaal ook het 98% BI voor de kans op mannelijke nakomelingen. Wat besluit je?
##Wat is de betekenis van een type 2 fout bij deze hypothese test in deze situatie?
##R-script gegeven met ontbrekende gegevens. Deze worden gevraagd + andere vraagjes

===25 januari 2016 (VM)===
Hier missen nog bijna gegarandeerd enkele deelvraagjes, dus als je dit examen ook gemaakt hebt (en je weet er nog iets van), vul dan aan a.u.b.
#Enkele vragen i.v.m. verdelingen, hun kenmerken, proporties en kansen.
#Zij (X, Y) een bivariate normaalverdeling met mu = (2, 2) en sigma = ((1, 0.4), (0.4, 1)). Is dan Var(2X - Y) = 3.4?
#Zij X een continu verdeelde variabele met frequentie f(x). Zij a en b reÃ«ele getallen, bewijs dan dat: E(a + bX) = a + b*E(X) en Var(a + bX) = b^2 * E(X)
#We hebben thuis een alarm geÃ¯nstalleerd. Bij inbraak gaat het met 96% zekerheid af, maar op andere nachten is er ook een kans van 0.3% dat het afgaat vanwege storingen. In onze buurt is er een kans van 3% dat er op een gegeven nacht in een gegeven huis wordt ingebroken. Vannacht gaat het alarm af, hoe groot is de kans dat er werkelijk een inbraak is?
#Gegeven: een 2x3 relatieve frequentietabel. Aan de ene kant: mannen en vrouwen, aan de andere kant of de groep een slecht, middelmatig of goed oriÃ«ntatievermogen heeft. Rij van de mannen = (1/10, 1/20, 1/2), rij van de vrouwen = (1/5, 1/10, 1/20). Waar of fout:
##De kans dat een willekeurige vrouw een goed oriÃ«ntatievermogen heeft is 1/7.
##De verwachte waarde voor mannen en vrouwen zijn gelijk.
#Gegeven: de gemiddelde Belgische vrouw heeft een lengte van 168.1cm, met een standaardafwijking van 5.3cm.
##Clara is 180.3cm groot. Hoeveel percent van de Belgische vrouwen is kleiner dan Clara?
##Stella is kleiner dan 95% van de Belgische vrouwen. Wat is haar maximale hoogte?
##Hier aan de faculteit zijn er 354 vrouwen. Hoe groot is de kans dat exact twee vrouwen kleiner zijn dan haar (neem hiervoor Stellas maximale mogelijke lengte). Bereken deze exact.
##Bereken de kans op benaderende wijze. Is dit een goede benadering?
#Gegeven: de uitslagen van de verkiezingen van mei 2014 en een peiling van 2013. Beiden zijn lijsten van zeven partijen en "Overige", elk met een corresponderend percentage. Bepaal op significantieniveau 0.05 of deze peiling de verkiezingsresultaten kan voorstellen.
##Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.
##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.
##Geef de P-waarde.
##Vorm een besluit.
#In een fabriek worden er dagelijks 5000 dozen pralines geproduceerd. Elke doos beweert 250g te wegen. Een nieuwe kwaliteitscontroleur ("een jonge snaak" zoals zij het verwoordden) neemt op een dag lukraak 20 dozen uit de productie voor inspectie. Het gemiddelde van deze steekproef is 243.7g met een variantie van 6.91 g^2. Test op significantieniveau 0.05 of de fabriek systematisch te lichte dozen maakt.
#Kies gepaste hypothesen voor je test uit te voeren.
##Geef de teststatistiek, verdeling en testwaarde van je test.
##Geef de P-waarde.
##Vorm een besluit.
#Geef het 95%-betrouwbaarheidsinterval voor het gemiddelde van de dagproductie. Geef de definitie van het 95%- betrouwbaarheidsinterval en leg uit wat dit concreet betekent in deze situatie.
#Leg uit wat een type-I en type-II fout concreet betekenen in deze situatie.
#Gegeven: output van summary en anova in R.
##Vul aan: SSM, MSM, MSE, F-waarde, P(F > f) en voor de slope: t-waarde en P(T > t).
##Voer een hypothesetest uit omtrent H0: alfa = 0 versus H1: alfaÂ != 0
##Geef de regressierechte.
##Geef R^2 en leg uit wat deze waarde betekent.
===26 Januari 2015 (nieuwe prof?) ===
#Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Van een kwantielplot kan je aflezen of:
##2 variabelen afhankelijk zij van elkaar.
##er een lineair verband is tussen 2 variabelen
##een variabale uit een bepaalde verdeling komt
##2 variabelen bivariaat normaal verdeeld zijn
#Duid aan welke stellingen kloppen en verantwoord: Indien (X,Y) bivariaatnormaal verdeelde toevalsvariabelen met populatiecorrelatiecoÃ«fficiÃ«nt p en:
##H0: p=0 vs H1:p=/=0
##Een p-waarde <alfa oplevert kan je op significantieniveau alfa:
##besluiten dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks monitoon
##besluiten dat er een monotoon verband is tussen X en Y
##niet verwerpen dat er een lineair verband is tussen X en Y, mogelijks lieair
##niet verwerpen dat er een monotoon verband tussen X en Y.
#Levensduur van een laptop is exponentieel verdeeld. Verwacht wordt dat een laptop 3 jaar meegaat. Kans dat een laptop langers dan 3jaar meegaat voor een voorzichtige student is 55%, voor een slordige student is dit 30%.
##Toon aan dat de kans dat een laptop langer als 3jaar meegaat, zonder rekening te houden met voorzichtigheid = 36.79%
##HoeveelÂ % van de studenten is slordig?
##Jan heeft 3 jaar zijn laptop, wat is de kans dat hij er voorzichtig mee omgaat?
#Het aantal vogels dat voederplaatsen bezoekt wordt verwacht op 35 door Natuurpunt. Dit jaar werden in 100 tuinen gemiddeld 41 vogels per tuin waargenomen met een standaarddeviatie van 24. Is het gemiddeld aantal vogels per tuin dit jaar groter dan verwacht door Natuurpunt?
##H0 en H1?
##Welke teststatistiek gebruik je? Wat is de verdeling ervan onder H0?
##Welke veronderstellingen maak je om deze test te mogen uitvoeren?
##Bereken de testwaarde
##Bereken de (benaderende) p-waarde, geef de formule en de (benaderende) waarde ervan.in deze steekproef.
##Maak een schets en duid er de testwaarde en p-waarde op aan.
##Wat besluit je op basis van de p-waarde?
##Maak je hierbij mogelijk een type I of type II fout?
#De ontkieming van zaden werd onderzocht bij licht en schemerdonker. 86 van de 100 zaden ontkiemden bij licht, 60 van de 80 zaden ontkiemden bij schemerdonker. 4.1 Onderzoek als er meer zaden ontkiemen bij licht dan schemerdonker, formuleer besluit op significantieniveau 0.05.
##H0 en H1?
##Teststatistiek, benaderende verdeling onder H0 en testwaarde
##p-waarde? Geef uitdrukking met kans als de (benaderende) waarde.
##Formuleer een zo volledig mogelijk besluit.
#Stel een 80% betrouwbaarheidsinterval op voor de proportie van zaden die bij licht ontkiemen.
##Wat is de betekenis van dit betrouwbaarheidsinterval?
##Vraagjes met R-output (gegevens van ANOVA kunnen berekenen, RÂ² kunnen geven + betekenis,...)

===27 januari 2014===
#Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.
#een exp (Î») met Î»>0 geeftÂ Î£xi ~ N(n/Î» , n/Î»Â²)
#als X en Y normaal verdeeld zijn, dan is X - Y eveneens normaal verdeeld
#(weet ik niet meer)
#een symmetrische histogram is een grafische voorstelling van normaal verdeelde resultaten.
#Een kansberekeningsvraag: in een winkel geven klanten gemiddeld 70euro uit met een standaardeviatie van 20euro.
#Wat is de kans dat iemand in de winkel meer dan 40euro uitgeeft?
#Er staan 10 klanten in de rij aan te schuiven van de kassa. Wat is de kans dat 3 klanten minder dan 40euro uitgeven?
#Er staan nu 100 klanten in de rij van de kassa aan te schuiven. Wat is de kans dat minstens 30 klanten minder dan 40euro uitgeven?
#Betrouwbaarheidsinterval vraag:Er wordt een onderzoek gedaan naar de voorkeur van lezers, welke soort drager (papier, e-book, ...) zij verkiezen om te lezen. Er werden 1000 mensen ondervraagd, waarvan 93% zei dat ze het liefst papier als drager gebruiken om te lezen. 62% leest een krant het liefste met papier als drager. 8 op 10 zegt dat ze boeken het liefst lezen als papier de drager is.
#Zoek het 95% BI voor de mensen die het liefste lezen met papier als dragen
#Zoek het 99% BI voor de mensen die kranten het liefste lezen met papier als drager.
#Leg de betekenis van het laatste BI zo grondig mogelijk uit.
#Hypothesevraag met Î±= 0,05:Een schoenenverkoopster beweert dat vrouwen met een kleine schoenmaat schoenen kopen waarvan de hak gemiddeld hoger is dan de hak van vrouwen met een grote schoenmaat. De schoenverkoopster schrijft van 70 vrouwen die elk 1 paar schoenen kopen, de schoenmaat en de haklengte op. De schoenmaten worden onderverdeeld in kleine en grote schoenmaten. 31 vrouwen met kleine schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 4,39cm met een standaardvariantie van 3,14cmÂ² en 39 vrouwen met grote schoenmaat kopen schoenen met een gemiddelde haklengte van 3,45cm en een standaardvariantie van 5,16cmÂ².
##Stel een goede H0 en H1 op
##Welke veronderstellingen maak je en hoe kom je hieraan?
##Geeft de correcte test-statistiek
##Zoek de P-waarde
##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.
##Welke fout wordt hier gemaakt, type I of type II en waarom?
#Hypothesevraag met Î±= 0,05: Tijdens de solden wordt een onderzoekbureau belast met de taak om te onderzoeken of er een verband bestaat tussen de gemiddelde kortingspercentages die worden gegeven door de winkels en het aantal dagen dat de solden al bezig zijn (van 3 januari tot 31 januari).(hier worden een aantal R - scripten en resultaten en grafieken van een aantal test gegeven: Pearson en Shapiro-Wilk test dacht ik. Er zijn 4 scripten gegeven: deze van de gemiddelde kortingspercanteges, van de aantal dagen dat de solden al bezig zijn, eentje waarin de 2 vorige gecombineerd zijn in een Pearson correlatie test en eentje waar ze gecombineerd zijn in een Shapiro - Wilk test)
##Vul de R-scripten aan door de juiste waarde in te vullen bij a) en b) (==> a) was een getal bij df en b) was het getal bij p-value)
##Stel een goede H0 en H1 hypothese op
##Welke test statistiek gebruik je?
##Zoek de p-waarde aan de hand van de gegeven R-scripten
##Concludeer je resultaten en formuleer een goed antwoord.
===17 Januari 2014===
#Juist of fout. Leg uit en indien nodig verbeter.
##Als je 2 steekproeven hebt met dezelfde grote n en een gemiddelde kans p. Dan is het betrouwbaarheidsinterval van 90% het breedste bij de steekproef met de grootste p.
##Je hebt twee continue, afhankelijke toevalsvariabe X en Y met f(x,y) de gezamelijke dichtheid en f(x) en f(y) de marginale dichtheid voor respectievelijk X en Y. Dan geldt f(x,y) =/ f(x)f(y) voor elke mogelijke (x,y). (=/ staat voor: is niet gelijk aan)
##Als de whiskers van een boxplot ongeveer even groot zijn, dan is de variabele normaal verdeeld
##Je hebt kansmodel Exp(2). dan is P(x>7|x>3) = P(x>4)
#Er werdt een onderzoek gedaan bij 3400 bestuurders die betrokken zijn geweest bij een ongeval. Van deze bestuurders waren 26.7% onder invloed van drugs enÂ 29.1% hadden overmatig alchol gebruikt. Men wil nagaan hoe correct de alcohol en drugtest zijn. Als je weet dan 65% positief test als ze drugs gebruikt hebbenÂ en 80% test positief als ze overmatig alcohol gebruik. Je weet ook dat 40% negatief test en geen alchol en drugs gbruikt heeft. We nemen aan dat het samen gebruiken van alchol en drugs niet voor komt.
##Toon aan dat de kans dat men positief test gelijk is aan 44.8%
##Wat is de kans dat iemand die positief test drugs heeft gebruikt?
##Wat is de kans dat iemand niets gebruikt heeft indien die negatief test?
#Er werd een onderzoek uitgevoerd bij 5 cafÃ©gangers. Ze kregen elk 2 pijlen. De eerste keer mochten ze smijten met hun voorkeurs hand, de tweede keer moesten ze smijten met de andere hand. (Gegeven een tabel met scores) Onderzoek of de gemiddelde score met hun voorkeurshand hoger ligt dan de gemiddelde score met de andere hand.
##stel de hyphotheses op
##welke veronderstellingen maak je?
##welke teststatistiek gebruik je?
##wat is de T-waarde?
##wat is de P-waarde?
##Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld
##maak een voortstelling van de P-waarde
##stel dat je veronderstelling niet klopt. Welke teststatistiek gebruik je dan?
###Voer deze test uit:
###wat is de T-waarde
###wat is de P-waarde?
###Wat is het resultaat van deze test? Leg uit voor dit voorbeeld
##je hebt output gekregen in verband met regressie en daar wat vragen bij.

===20 Januari 2012===
#3 Meerkeuzevragen & uitleggen waarom
##X1,...,X100 is Poisson verdeeld met n=51, variantie=4 --> wat is E(X) en Var(X) van gemiddeldeXn bij normale verdeling.
##i.v.m. gemiddelde van steekproefgemiddelde als benadering van populatiegemiddelde --> enkel bij normale verdeling of bij elke verdeling waar; is steekproefgemiddelde evengoed een benadering van populatiegemiddelde; ...
##X is niet normaal verdeeld, Y= sqrt(X) is wel normaal verdeeld: welke hypothesetesten kan je uitvoeren: H0:Âµ(X)=3 vs H1:Âµ(X)â‰ 3 en/of H0:Âµ(Y)=sqrt(3) vs H1:Âµ(Y)â‰ sqrt(3) en/of H0:Med(X)=3 vs H1:Med(X)â‰ 3 en/of H0:Med(Y)=sqrt(3) vs H1:Med(Y)â‰ sqrt(3) + teststatiestiek geven + zijn besluiten van beide testen equivalent
#Oefening 1: berekenen van een kans (binomiaal) exact en benaderend met continuiteitscorrectie
#Oefening 2: Hypothesetest vergelijken gemiddelden van 2 groepen (ongepaard, sigma's verschillend, ..)=> De vragen hierbij waren:
##Formuleer de nulhypothese en de alternatieve hypothese.
##Welke teststatistiek gebruik je, wat is zijn waarde en welke verdeling volgt hij
##Bereken de p-waarde + definitie
##Teken deze p-waarde op een grafiek
##Besluit
##Welke aannames deed je voor deze hypothese en wordt er aan deze voldaan?
##Indien niet: wat zou je dan kunnen toepassen
##Wat betekenen type 1 en type 2 fout bij deze hypothese.
#Oefening 3: Je krijgt een heleboel statistica - output en een hoop vragen.
##Geef het regressiemodel
##Dan 5 vragen ivm anova tabellen, SSM SSE SST, ...
##Is de correlatie nuttig? stel een hypothese op
##BI berekenen van de rico
##definitie BI
##Aannames + nagaan modelveronderstellingen

===18 Januari 2013 (VM)===
#Thomas Van Den Spiegel is 214 cm groot. Leg uit hoe men kan bepalen hoe groot (of hoe normaal) dit is.
#Gegeven een tabel met daarin de absolute frequenties van een steekproef naar het spijbelgedrag van leerlingen uit het ASO, BSO en TSO: nooit, soms, vaak. Dit is dus een 3x3 tabel.
#Test: meer dan 50% van de leerlingen uit het ASO spijbelt nooit.
##Geef H0.
##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
##Geef de P-waarde.
##Besluit.
#Ga na of er een verband is tussen de waarden.
##Geef H0.
##Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
##Geef de P-waarde.
##Besluit
#Gegeven de functie als en anders 0. Deze stelt de tijd voor die ik nodig heb om op mijn werk te geraken.
##Ik moet om 9u op mijn werk zijn, wat is de kans dat ik te laat kom als ik om 7u40 vertrek?
##Over 200 dagen gezien als ik opnieuw om 7u40 vertrek: wat is de kans dat ik hoogstens 20 keer op die 200 dagen te laat kom?
#Voor een nieuw soort roomijs hebben 9 mensen geproefd en een score tussen 1 en 20 (kan ook tussen 0 en 20 zijn, ik hoop van niet). Er waren 2 scores onder 10 en 7 scores boven 10.
##Bepaal met een teststatistiek of het ijs lekker is (dus een score groter dan 10).
###Geef H0.
###Geef de teststatistiek onder H0 en de testwaarde.
###Geef de P-waarde.
###Besluit.
##Wat is het 95% betrouwbaarheidsinterval van de mediaan? Wat betekent dit interval concreet voor dit voorbeeld?
#Een lineair verband tussen de maandelijkse productie van windmolens en de hoeveelheid wind, gezien over 32 maanden. Gegeven de output van de lm-functie uit R, een paar Shapiro-Wilk tests, enkele QQ-plots en de residuplot.
##Is het een goed model? (of zoiets)
##Vul de ANOVA tabel in (enkel 1 en F zijn gegeven)
##Wat betekent Std. Error in die lm-functie

Chemie Van Natuurproducten

2020-06-18T09:26:47Z

Ninja:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===16 juni 2020===
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 7 ring). Geef het mogelijke reactiemechanisme.
#Leg de anti-oxidatieve werking van vitamine C uit.
#Practica (door corona)
##Acyleringsmechanisme met broomazijnzuur, methylamine & DIC
##Teken de Dean-stark opstelling en benoem de belangrijkste onderdelen
##Teken 4 structuren

===10 juni 2020===
#Van A naar B. En hoe wordt A gevormd (A was een polyketide met een ring aan en B was structuur dat bestond uit 2 ringen)
#Oefening van deaminatie met pyridoxaal fosfaat
#Hoe reageert molecule met NAD+ (iets pyruvaat-achtig)
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##stereocentra en stereovormen van CH3-(CH-OH)-(CH-OH)-CH3 geven. Welke zijn enantiomeren/diastereomeren/mesomeren?
##Structuur van: Chloranil, kaliumpermanganaat, bleekwater, kamfer

===5 juni 2020===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Oefening van ornithine-achtig az maar dan naar 7-ring
#Leg anti-oxidante werking glutathion uit adhv H2O2
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##Chloraniltest uitleggen met structuren en reacties
##Structuur van: DMF, DIC, propionylchloride en pyrolidine

===26 augustus 2019===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide en leek op de reactie met orsellinic acid maar met fenol groep ipv methylgroep)
#Oxidatie door NAD+ (Zie 21 juni ‘18 NM, vraag 2)

===20 juni 2019 VM===
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv 5-ring
#hoe zou je van molecule A naar molecule B gaan + geef een mogelijke biosynthese van molecule A (molecule A was een polyketide met een starter unit)
#2 moleculen gegeven en uitleggen welke van de 2 enantioselectief omgezet wordt door NADH naar een optisch actieve verbinding

===18 juni 2019 NM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat (Let op: hoe dit in de dropbox staat is niet 100% correct, de dubbele binding bovenaan kan direct aanvallen op het C-atoom waaraan OPP gebonden is om de ring te sluiten.)
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C.

===18 juni 2019 VM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C

===15 juni 2019 VM===
#Polyketide ringsluiting + synthese bioketide
#Pyridoxal fosfaat oefening
#Oxidatie door NAD+

===7 juni 2019 NM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)
#Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C

===7 juni 2019 VM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
#bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===4 september 2018 NM===
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese

===21 juni 2018 NM===
#Stetter-reagens
#NAD+/NADH reductie
#biosynthese inositol
[[Bestand:Knipsel.jpg]]

===21 juni 2018 VM===
#vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat
#ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven
#stereospecifieke aanval bij reductie met NADH

===19 juni 2018===
#bespreek synthese humuleen
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===15 juni 2018===
#Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')
#Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)
#Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.

===11 juni 2018 VM===
#Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek antioxiderende werking van vitamine C

===21 juni 2017 NM===
#hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme
#reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --> ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)
#bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen

===21 juni 2017 voormiddag===
#bespreek synthese humuleen
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===20 juni 2017 namiddag===
# Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat
# een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)
# geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)

===20 juni 2017 voormiddag===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)
#Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

Analytische Biochemie

2020-01-24T13:06:36Z

Ninja: /* 23 januari 2020 NM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 23 januari 2020 NM===
!!!De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen!!!
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISE je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2020-01-24T11:36:33Z

Ninja: /* 23 januari 2020 NM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 23 januari 2020 NM===
#!!!De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen!!!
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISE je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2020-01-24T11:36:06Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
=== 23 januari 2020 NM===
#!!!De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vraag!!!
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)
=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISE je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Algemene Natuurkunde II

2020-01-20T13:21:07Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof Wübbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen==
===20 januari 2020 VM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb (dus E(x) met B(x) vergelijken) en magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#Condensator (in een RC kring) waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen van de golven wanneer ze op het scherm komen (in graden)?
===16 januari 2020 NM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld.
#* Leid de formule voor de straal af
#* Bespreek de massaspectrometer en cyclotron
#Straling van een zwart lichaam
#* Verklaar het spectrum met de verschuivingswet en de wet van Stefan-Boltzmann
#* Vergelijk het spectrum vergelijken met dat van de laser
#* Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===13 januari 2020 NM===
#zelfde examen als voormiddag

===13 januari 2020 VM===
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===19 augustus 2019 VM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld: formule voor straal afleiden en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)
#Straling van een zwart lichaam: welk spectrum, verklaar met de verschuivingswet en de wet van Boltzmann. Spectrum vergelijken met laser. Verband tussen emissie en absorptie coefficient
#Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E
#Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)

===28 januari 2019 NM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)
#Straling van een zwart lichaam
#Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E
#Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)

===28 januari 2019 VM===
#Wet van Faraday, Wet van Lenz, transformator uitleggen +Foucaultstromen
#Polarisatietoesten van em-straling + verstrooiing, absorptie, breking
#Twee bolschillen: potentiaalverschil R1 en R2 en capaciteit
#Solenoïde (zelfinductie en weerstand). Energie, vermogen, .. bepalen

===18 januari 2019 NM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Straling van een zwart lichaam
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2019 VM===
#Bespreek de wet van Biot-Savart, leg de gelijkenissen en verschillen t.o.v. de wet van coulomb uit (B(r) en E(r) vergelijken).Leidt de magnetische inductie B(r) rond een oneindig lange draad of m.b.v. de wet van Biot-Savart.
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider. meerheids- en minderheidsladingdrager uitleggen. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt.
#Twee lichtstralen met golflengte 600 nm in de lucht zijn in fase wanneer ze invallen op twee rechthoekige stukjes glas. het eerste stuk heeft lengte=4µm en brekingsindex n=1,4 . Het tweede stuk heeft lengte=3,4µm en n=1,6. Achter de stukjes glas staat een scherm. wat is het faseverschil (in graden) waarmee ze aankomen?

===17 januari 2019 NM===
#Wet van Faraday en Lens bespreken, transformator + toepassing, foucaultstromen
#Laser, straling van een zwart lichaam (bijvraag: grafiek tekenen I(lamda) (brede klokvorm voor zwart lichaam vs dunne voor laser)
#Twee bolschillen: potentiaal en capaciteit
#Twee glasplaatjes met verschillende lengte en n. bepaal het faseverschil van twee loodrechte stralen (initieel in fase)

===17 januari 2019 VM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#straling van een zwart lichaam
#Dikte micaplaatje proef van Young
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt

===24 augustus 2018===
#halfgeleiders + pn-juncite
#wet Biot-Savart toepassen op oneindig lange rechte draad
#condensator gevuld met water, oppervlakte lading en E berkekenen
#dikte miccaplaatje met proef van Young bepalen

===22 januari 2018 vm===
Zelfde als 15 januari 2018

===19 januari 2018 vm===

Theorie:
#De wet van Biot-Savart
#Verschil tussen intrinsieke en gedopeerde halfgeleider + pn-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2018 vm===

Zie examen 17 januari 2017

Er werd ook nog gevraagd naar ferromagnetisme bij vraag 1

===15 januari 2018 nm===
Theorie:
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld + massaspectrometer en cyclotron uitleggen
#RLC-keten uitleggen
Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10^-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x10^23.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===20 januari 2017 nm===
Theorie:
#Polarisatie toestanden
#Gedopeerde halfgeleiders vs zuivere halfgeleiders en de PN-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen. Potentiaal verschil en Electrisch veld berekenen van R naar oneindig.
#Solenoïde: magnetisch kracht na lange tijd en wanneer is deze half zo groot? (vermogen berekenen en hoeveel procent van het vermogen heeft het de 2e dan verbruikt)

===20 januari 2017 vm===
Theorie:
#Rlc keten uitleggen
#Wet van ampere (tijdsafhankelijk en onafhankelijk)
Oefeningen:
#een bol met 2 stralen en een elektrisch veld waarvan de lading en de potentiaal berekend moeten worden
#de oefening met licht dat door een gat moet op een hoogte van 50mm, gat zelf is 10mm groot en staat op 30 cm van de bron, wat zijn de golflengtes die aankomen bij het gat?

===19 januari 2017 nm===
helemaal hetzelfde als de voormiddag

===19 januari 2017 vm===
Theorie:
#Halfgeleiders (+grafieken temperatuursafhankelijkheid van n-en p-types)
#Biot-savart (eindig en oneindig)

Oefeningen:
#2 bolschillen: potentiaalverschil en capaciteit berekenen
#2 stukjes glas met lichtstraal (zelfde golflengte) erdoor: faseverschil berekenen

=== 17 januari 2017===
Zie examen 18 januari 2016.
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Bijvragen bij de werking van de LASER: wat zijn de eigenschappen van laserlicht? Wat zorgt voor de overgang van niveau 2 naar niveau1?

oefeningen
#oefening van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#micaplaatje

=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van Ampère
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de RLC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroïsme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoïde met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoïde met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoëfficiënt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Microbiologie

2020-01-17T18:40:26Z

Ninja: /* 17 januari 2020 VM */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.

==Examenvragen==
#
=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2020-01-17T17:48:28Z

Ninja:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.

==Examenvragen==
#
=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*en nog 3 andere
=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Genetica

2019-06-17T14:45:29Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het tweede semester 1e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.

==Examenvragen==
===17 juni 2019===
# Stelling: "Inversie op chromosoom 3 bij de Drosophila zorgt niet voor een genetische variatie?"
# Foto van Himalaya siamese kat
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Vraagstuk over lac operon en in welke mutanten de genen worden afgeschreven
# Begrippen: Syntenie, Telofase, Telomerase, Tautomer effect, Syndroom van Down

===14 juni 2019 NM===
#Stelling: Meiose ligt aan de basis van de variatie in het genoom.
#Foto van pre-mRNA splicing en alternatieve splicing.
#Stamboom: Welke grootouders van een vrouw hebben zeker geen invloed op haar X-chromosomen.
#Er zijn 20000 genen en 85000 proteïnen. Verklaar hoe dit kan en geef een concreet voorbeeld uit de cursus.
#Begrippen: enhancer, SNP, een-kopie gen, epigenetica, epistasie.
===11 juni 2019 VM===
#Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie.
#Foto van DNA banken
#Oefening: stambomen
#Vraagstuk: productie van Bicoid
#Begrippen: elongatie, duplicatie, eenvoudig herhaald sequenties ...
===22 juni 2018 NM===
#Stelling: Met PCR kan het doelDNA 11 keer vermeerderd worden.
#Foto van kloon contig techniek
#Oefening: mRNA uit een sjabloonDNAstreng opschrijven, amide en carboxylterminus aanduiden, overzetten in 3 AZ (ahv tabel) en aangeven of er nonsensemutaties mogelijk waren, zoja waar.
# vraagstuk: Een gen dat codeert voor huids- en haarkleur. Europeanen en aziaten hebben 13 polymorfismen met 10 niet-synoniem. Afrikanen hebben er 5 met geen niet-synoniem. Verklaar de variatie tussen afrikanen en niet afrikanen.
#Begrippen: replicatie, ras, recombinant DNA,...

===19 juni 2018 NM===
#Stelling: pre-mRNA-processing enzymen omvatten excision herstel enzymen.
#Foto van homologe structuren
#Oefening: stamboom gegeven waarbij een genetisch erfelijk tandziekte is. Aan de hand van de stamboom hypothese geven (kenmerk dominant, recesief, geslachtsgebonden) en hiervoor de stamboom in genotypes schrijven.
#Er zijn 2 genen uit een homeo box, met een mutantexperiment onderzoeken welke van de twee de andere reguleert. Gegevens experiment waren gegeven.
#Begrippen: Replisoom, represor, restrictie endonuclease, restrictieplaats, reverse transcriptase.

===18 juni 2018 NM===
#Stelling: "STS, sequenced tagged sites, hebben bijgedragen aan het bestuderen van het genoom op microscopisch niveau"
#Geef uitleg bij de figuur: een tekening van DNA.
#Oefening met stamboom van een zeldzame erfelijke ziekte. Is het een X-gebonden recessieve afwijking of een autosomaal gebonden allel dat alleen bij mannen tot uiting komt. Geef het genotype van generatie 5 voor beide gevallen.
#Vage vraag over welke nucleotide substituties niet konden worden waargenomen via elektroforetische studies.
#Begrippen: dominant, domesticatie, DNA-vingerafdruk, doseringscompensatie en DNA-supercoiling

===18 juni 2018 VM===
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)

===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Bio-Organische Chemie

2019-06-14T20:27:59Z

Ninja: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet

==Examenvragen==

==14 juni 2019 NM==
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.