https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=R0653524 2026-07-28T08:21:50Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Microbiologie&diff=2570 2021-08-10T20:27:51Z

<p>R0653524: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 15 januari 2021 NM ===<br /> #Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.<br /> #Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.<br /> #Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:<br /> #*mesofiel - pathogeen<br /> #*guilde - gemeenschap<br /> #*retrovirus - hepadnavirus<br /> #*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie<br /> #*hydrogenosomen - mitochondriën<br /> #*antisepsis - desinfecteren<br /> #*mutualisme - protocoöperatie <br /> #* generatietijd - delingsefficiëntie <br /> === 11 januari 2021 NM ===<br /> #<br /> #Detoxificatie van micro-organismen<br /> #a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?<br /> #Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:<br /> #*guilde - gemeenschap<br /> #*retrovirussen - hepadnavirussen<br /> #*amensalisme - commensalisme<br /> #*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie<br /> #*generatietijd - delingsefficientie<br /> #*hydrogenosomen - mitochondriën<br /> #*antisepsis - desinfecteren<br /> #*nog 1tje<br /> <br /> === 17 augustus 2020 VM ===<br /> #<br /> #a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?<br /> #a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit. <br /> #Begrippen <br /> #*Eclipsperiode<br /> #*Tegument<br /> #*viroïde<br /> #*Evolutionaire chronometers<br /> #*Griseofulin<br /> #*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway<br /> #*Peplomeren<br /> #*Quinolones<br /> <br /> === 20 januari 2020 NM ===<br /> #<br /> # Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten. <br /> # Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....<br /> #Begrippen:<br /> #*PFU en CFU<br /> #*Ammencialisme en commensialisme<br /> #*aw<br /> #*Cirri<br /> #*Teichoïnezuur<br /> #*MIC en fenolcoëfficient<br /> #*cycloheximide<br /> #*nog eentje<br /> <br /> === 17 januari 2020 VM ===<br /> #<br /> #a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria &amp; eukarya onderscheiden?<br /> #a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?<br /> #Stellingen<br /> #*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel<br /> #*Cephalosporine werkt in op translatie<br /> #*&quot;Naakte&quot; en &quot;Envelopped&quot; virussen worden op dezelfde manier vrijgezet<br /> #*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus<br /> #*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen<br /> #*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden<br /> #*en nog 2 andere<br /> <br /> === 14 januari 2020 VM ===<br /> #<br /> #a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?<br /> #Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)<br /> #Begrippen<br /> #*syntorfie<br /> #*viroide<br /> #*evolutionaire chronometers<br /> #*streptomycines<br /> #*endo- en exotoxine<br /> #*anammoxoom<br /> #*Hydrogenesoom<br /> #<br /> <br /> === 13 januari 2020 NM ===<br /> <br /> #VRAGEN<br /> 1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek? <br /> 2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?<br /> 3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie<br /> <br /> #BEGRIPPEN<br /> <br /> Wateractiviteit<br /> Profaag<br /> Anammoxosoom<br /> Chlorosoom<br /> Stickland reactie<br /> Persistente infectie<br /> Endotoxine<br /> Surfactant<br /> <br /> ===5 september 2019===<br /> #<br /> # a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN? <br /> #Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.<br /> #Begrippen<br /> #*cilia<br /> #*viroide<br /> #*profaag<br /> #*persistente infectie<br /> #*wateractiviteit<br /> #*tegument<br /> #*MIC<br /> #*amensalisme<br /> <br /> ===14 januari 2019===<br /> #<br /> #*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?<br /> #*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.<br /> #Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.<br /> #Begrippen<br /> #*Syntrofie<br /> #*Evolutionaire chronometers<br /> #*Hydrogenosoom (+ reacties)<br /> #*Streptomycine<br /> #*Heterotroof<br /> #*Annamox<br /> #*Viroïde<br /> #*Endo- en exotoxines<br /> <br /> ===21 augustus 2018===<br /> #Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?<br /> #Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit<br /> #begrippen<br /> #*Surfactant<br /> #*tegument<br /> #*bacilli<br /> #*hydrogenosoom<br /> #*wateractiviteit<br /> #*phycobillisoom<br /> #*hopanoïde<br /> #*nog eentje maar ben ik vergeten<br /> <br /> ===29 januari 2018 VM===<br /> #Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.<br /> #Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?<br /> #Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde<br /> <br /> ===22 januari 2018 VM===<br /> #Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties. <br /> #Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?<br /> #begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur<br /> <br /> ===19 januari 2018===<br /> #Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.<br /> #Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.<br /> #8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus<br /> <br /> ===15 januari 2018===<br /> #Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5<br /> #A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5<br /> #8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4<br /> <br /> ===21 augustus 2017 NM===<br /> #bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis<br /> #detoxificatie van zuurstof<br /> #8 stelling juist/fout + verklaar<br /> #*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring <br /> #*antibiotica-resistentie is species-specifiek<br /> #*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur<br /> #*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat<br /> #*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities<br /> #*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel<br /> #*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand<br /> #*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie<br /> <br /> ===23 januari 2017 NM===<br /> #bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit<br /> #virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom<br /> #je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.<br /> #vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide<br /> #leg verschil en gelijkenis uit + bespreek<br /> #*mesofiel-pathogeen<br /> #*antiseptica-desinfectans<br /> #*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie<br /> #*chemoorganotroof-chemolithotroof<br /> #*generatietijd-delingscoefficient<br /> #*sporecortex-bacteriele celwand<br /> #*guilde-gemeenschap<br /> #*commensalisme-amensalisme<br /> <br /> ===23 januari 2017 VM===<br /> #bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring) <br /> #afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.<br /> #8 juist of fout vragen<br /> <br /> ===26 januari 2016===<br /> #Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking. <br /> #Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit. <br /> #Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:<br /> #*halofielen - osmiofielen<br /> #*autotroof - heterotroof<br /> #*bacteriële celwand - sporeprotoplast<br /> #*chemoorganotroof - ...<br /> #*chemoorganofiel - ...<br /> #*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...<br /> #* ...<br /> <br /> ===22 januari 2015===<br /> #Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.<br /> #Detoxificatiemechanismen<br /> #Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)<br /> #*B-lactam werkt alleen op gram +<br /> #*Resistentie is species-specifiek<br /> #*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T<br /> #*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie<br /> #*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand<br /> #*Stikstoffixatie is vooral anoxisch<br /> #*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -<br /> #*en nog een die ik me niet meer herinner.<br /> <br /> ===27 januari 2015===<br /> #verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie<br /> #welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?<br /> #juist/fout vragen<br /> <br /> ===19 januari 2015 (NM)===<br /> #Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.<br /> #Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie. <br /> #8 juist-fout vraagjes<br /> #*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.<br /> #*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.<br /> #*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.<br /> #*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden<br /> #*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===19 januari 2015 (VM)===<br /> #koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)<br /> #Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer <br /> #woordjes uitleggen: <br /> #*exosporium <br /> #*evolutionaire chronometers <br /> #*omgekeerde citroencyclus<br /> #*...<br /> <br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> #Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.<br /> #Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.<br /> #O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden<br /> <br /> ===21 januari 2014===<br /> #de koolstofcyclus en metabole processen <br /> #detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie. <br /> #combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.<br /> <br /> === 20 jan 2014 (namiddag) ===<br /> #koolstofcyclus<br /> #mechanismen van detoxificatie<br /> #patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet<br /> <br /> ===20 januari 2014 voormiddag===<br /> #antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam<br /> #fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen<br /> #virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren<br /> #woordjes<br /> #*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)<br /> #*hydrosoom<br /> #*viroiden<br /> #*endotoxine<br /> <br /> === 31 jan 2012 (voormiddag) ===<br /> # Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)<br /> # Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij één passen, hun actiemechanismen uit.<br /> # Verklaar:<br /> #* Fenol-coëfficiënt methode<br /> #* Virion<br /> #* Rolling-circle replicatie<br /> #* O-anitgen<br /> #* Fermentatiebalans<br /> #* Anamoxosoom<br /> #* Decimale Reductietijd<br /> #* Hopanoïde<br /> <br /> === 26 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriën: Een schets geven en vergelijken.<br /> # Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden<br /> # Een patiënt met een bacteriële infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?<br /> <br /> === 25 jan 2011 (voormiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides<br /> <br /> === 17 jan 2011 (namiddag) ===<br /> <br /> # Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld<br /> # nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?<br /> # vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriën met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?<br /> <br /> === 21 jan 2010 ===<br /> # Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriën en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriën. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiële context.<br /> # Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoëfficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.<br /> # Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)<br /> <br /> === 11 jan 2010 ===<br /> # zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?<br /> # bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine<br /> # geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)<br /> === 27 jan 2009 ===<br /> <br /> # Verklaar:<br /> #* Baltimore classificatie<br /> #* tegument<br /> #* psychrotolerante mesofiel<br /> #* peritrieche flagelaat<br /> # Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie<br /> # antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van <br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # C02 fixatie<br /> # hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken<br /> # Termpjes:<br /> #* aw<br /> #* serine pathway<br /> === 23 jan 2009 ===<br /> # Een gistcultuur is geïnfecteerd met cyanobacteriën. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.<br /> # Juist of fout vragen:<br /> #* S-lagen<br /> #* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea<br /> #* phycobilines<br /> #* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen<br /> #* cephalosporine<br /> # Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # 5 woorden verklaren:<br /> #* cephalosporine<br /> #* phycobilisoom<br /> #* hepadnavirussen<br /> #* serine pathway<br /> #* wateractiviteit aw<br /> # Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?<br /> # Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus<br /> === 15 jun 2008 ===<br /> # bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...<br /> # glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen<br /> # wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering<br /> # Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?<br /> # wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing<br /> # Termen:<br /> #* amensalisme<br /> #* protocoöperatie<br /> #* S.cerevisiae geïnfecteerd met groen zwavel bacteriën... hoe los je dit op<br /> #* Verschil groenzwavel- en purperbacteriën op vlak van productie reducerend vermogen<br /> #* Antibioticaresistentiemechanismen<br /> #* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen<br /> #* mutualisme<br /> #* syntrofie<br /> #* verschil antiseptica en desinfectantia<br /> === 13 jun 2008 ===<br /> # acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken<br /> # voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden<br /> # begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....<br /> === 10 jun 2008 ===<br /> # penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline<br /> # wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie<br /> # manieren van C02 fixatie<br /> === 27 aug 2007 ===<br /> # Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft? <br /> # Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieën<br /> # Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?<br /> # Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriën. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?<br /> === 18 jun 2007 ===<br /> # De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.<br /> # Geef alle manieren om CO2 te fixeren.<br /> # Termen: <br /> #* chemostaat<br /> #* glycocalyx<br /> #* micronutrienten<br /> #* macronutrienten<br /> #* hydrogenosoom<br /> #* monomorfisch<br /> #* pleiomorfisch<br /> === 15 jun 2007 ===<br /> # Leg de structuur en de werking van de bacteriële flagel uit en bespreek chemotaxis.<br /> # Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?<br /> # Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.<br /> <br /> === 11 jun Z007 ===<br /> # bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden<br /> # ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways <br /> # stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie<br /> <br /> === 11 jun 2007 ===<br /> # Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?<br /> # Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).<br /> # Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Dynamische_Biochemie_II&diff=2569 2021-08-10T19:57:55Z

<p>R0653524: R0653524 heeft pagina Dynamische Biochemie II hernoemd naar Advanced biochemistry and biotechnology</p> <hr /> <div>#DOORVERWIJZING [[Advanced biochemistry and biotechnology]]</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=2568 2021-08-10T19:57:54Z

<p>R0653524: R0653524 heeft pagina Dynamische Biochemie II hernoemd naar Advanced biochemistry and biotechnology</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben). Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Gevorderde Biochemie en Biotechnologie.<br /> <br /> Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 januari 2021===<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?<br /> #Begrippen<br /> #*Translationele koppeling<br /> #*Prime edditing (met Crispr)<br /> #*foto-entrainment<br /> #*selenocysteïne<br /> <br /> ===14 januari 2021 NM===<br /> #Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.<br /> #Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische &quot;schaar&quot;. Verduidelijk en concretiseer.<br /> #Begrippen<br /> #*Genomische imprinting<br /> #*RNA-editing<br /> #*RNA-induced silencing complex (RISC)<br /> #*Periodosoom<br /> <br /> ===24 januari 2020 NM===<br /> #Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?<br /> #Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Begrippen<br /> #*Translationele koppeling <br /> #*CMA<br /> #*PAM<br /> #*Selenocysteïne<br /> <br /> === 20 januari 2020 NM===<br /> #Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Begrippen<br /> #*Hfq<br /> #*RNA editing<br /> #*shRNA<br /> #*prime editing<br /> <br /> === 17 januari 2020 VM===<br /> <br /> #5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten<br /> #cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut<br /> #Begrippen<br /> #*attenuatie<br /> #*nonsense-mediated decay<br /> #*looped primer RT-PCR<br /> #*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)<br /> <br /> === 25 januari 2019 NM===<br /> <br /> #Leg de regulatie van het trp-operon uit<br /> #Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons<br /> #Begrippen<br /> #* RITS<br /> #* Shutdown decay<br /> #* BMAL<br /> #* uORF<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Biomolecular_Interactions&diff=2567 2021-08-10T19:54:15Z

<p>R0653524: /* 17 juni 2020 (Corona exam: 3 hours) */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> <br /> == Vakinformatie ==<br /> Biomolecular Interactions<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G77AE.htm<br /> <br /> == Examenvragen ==<br /> === 17 juni 2020 (Corona exam: 3 hours)===<br /> #Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give two examples of diseases with protein-carbohydrate interactions and say how you could stop their progress.<br /> #Mizuno: Given the equations describing kT, explain three factors affecting FRET efficiency and how (some of them) have to be taken into account when designing molecular sensors. Give two examples about molecular sensors using FRET, one with intermolecular and other with intramolecular FRET.<br /> #Robben: you need to produce mouse monoclonal antibodies against the SARS-CoV-2. The spike protein is provided. Describe how would you proceed using phage display. What experimental measures would you take to ensure maximal affinity of the antibodies?<br /> <br /> === 14 juni 2019===<br /> #Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give examples of diseases with protein-carbohydrate interactions.<br /> #Mizuno: Describe FRET and fluoresence lifetime, give examples to explain these concepts.<br /> #Robben: Why doesn't the classical yeast two hybrid system work when one of the proteins is a membrane protein? Which alternative systems do you know would work? Give major advantages or disadvantages.<br /> (Oral with Wim)<br /> <br /> === 15 juni 2018===<br /> <br /> #Robben: Wat zijn de verschillende manieren waarop EcoRV bindt met DNA, welke methodologieën om dit te onderzoeken?<br /> #Mizuno: Je collega ziet bij confocale microscopie dat membraaneiwit A en membraaneiwit B op de zelfde positie zichtbaar zijn en besluit dat ze dus interageren. Wat vind jij hiervan en waarom? Welke andere technieken zou je voorstellen en geef de achtergrond van deze technieken.<br /> #Van den Ende: polypeptide-polysaccharideinteracties voor ziektes: Geef belang aan met behulp van een voorbeeld, en geef een voorbeeld van hoe dit de basis zou kunnen zijn van een therapie.<br /> <br /> <br /> <br /> === 26 juni 2017 ===<br /> # Mizuno-senpai:<br /> ## Explain the principle of the Scatchard plot using the degree of association (fi)<br /> ##The two given plots depict a wild type (wt) and a mutant (cc) EGFR’s scatchard plot, with the twist that L(bound) is used instead of fi.<br /> ###Explain, how to calculate the association constant! Derive the linear, to get -K<br /> ###Give the association constant for CC! devide y intercept with x intercept, dont forget the unit! (K~0.9/12[1/pM])<br /> ###What does the x intercept mean? We can read out E0, because fi=1 at the x intercept. fi=L(bound)/E0=1 → L(bound)=E0<br /> ###Discuss the differences between WT &amp; CC. WT curves up, which indicates an additional binding site. As for that binding site, the association constant is greater (see graph) it has a higher affinity to the substrate. This binding site is lost in the mutation. (Also this is why it is conceptually incorrect to calculate K from the y intercept on the scatchard plot)<br /> #G. Maglia: Describe how DNA binding proteins recognize specific features in ssDNA and dsDNA.<br /> #J. Robben: You want to develop a new ELISA assay for Zika virus. The coat protein (the antigen) is given. You decide to use phage display<br /> ##Describe how you would proceed in the lab! Procedure for antibody display (use nanobodies), biopanning, amplification etc.<br /> ##Which experimental measures would you use to ensure maximal affinity? According to those, who had the oral with him, the answer was monovalent display (so type33 or type3+3 display)<br /> #J. Hofkens:A new theory is proposed for the structure of biological membranes, according to which it contains:<br /> ##Rafts<br /> ##Compartments that are due to the partition of the actin filaments (cytoskeleton) in the membrane<br /> ##Membrane proteins, that are present in oligomer form, or as transient dimers or bigger complexes. Describe how would you confirm this theory, with the microscopy techniques learned in class.<br /> <br /> === 20/06/2016 ===<br /> #Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step reversible association and fast binding followed by a slower conformational change.<br /> #Prof. Robben : Describe by drawing diagram of genetic component of enzyme complementation system. What are the strengths and weaknesses of this system compare to the traditional transcription factor based system.<br /> #Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2.<br /> #Prof.Hofkens : Imaging of receptor molecules in neural ring synapse in C.elegans.<br /> <br /> <br /> === 20/08/2016 ===<br /> # Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Define the Binding equation. Derive the partition function and the association constant. Provide the Hill Plot and Scatchard plot of a single binding site. Explain what kind of information can be obtained from these plots. Explain the above analysis in the context of oxygen binding.<br /> # Prof. Robben : Give a schematic representation of Tandem Affinity purification. Explain why sometimes cross linking is used. How is the outcome of this experiment different from 2 hybrid systems..<br /> # Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2(ligand receptor complex).<br /> #Prof.Hofkens : To distinguish the type of movement of two different motor proteins<br /> <br /> === 21/08/2015 ===<br /> #Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step and two step binding kinetics models. Basically all the equations. Know about the rate constants, what do they mean and how do you obtain them. Does not give any equation or formula.<br /> #Prof. Giovanni Maglia : Explain how do proteins bind to a specific sequence in the major groove of the DNA.<br /> #Prof. Marc De Maeyer: Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 3.<br /> # Prof. Johan Robben :· Classic yeast two-hybrid models are not viable if one or both proteins involved are cellular membrane proteins. Explain. · Give an example schematically on how would you model it correctly.</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bio-inorganic_Chemistry&diff=2566 2021-08-10T19:53:55Z

<p>R0653524: /* 6 jan 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper. <br /> <br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===6 jan 2021===<br /> # op 2p: Ferritin bestaat uit 2 subunits. <br /> #* a. Wat is het verschil tussen de twee subunits of vlak van activiteit?<br /> #* b. Via welke mechanismen wordt ijzer vrijgezet? Welke is het meest plausibel in vivo?<br /> # op 3p: Geef de electron spin states van ijzer in rubredoxin (Je kreeg gegevens van Fe zoals atoomnummer). Op welke manieren kan dit bestudeerd worden. Leg uit waarom het high spin is.<br /> # op 5p: Gegeven: Complex 4 of cytochroom C oxidase intermediate A en F zijn gegeven. <br /> #* a. Geef de algemene ractievergelijking. <br /> #* b. Geef het meest waarschijnlijke voorstel voor het P intermediate. <br /> #* c. Welk residu speelt een belangrijke rol in de active site tijdens intermediate P?<br /> #* d. Waarvan komen de electronen nodig om intermediate P te vormen?<br /> #* e. Met welke technieken kunnen we de intermediaren bestuderen? <br /> # op 2p: Geef de 4 resistentiemechanismen tegen Cis platina en geef 2 manieren om dit te omzeilen.<br /> <br /> ===27 jan 2020===<br /> # op 2?p: Geef de verschillen en gelijkenissen uit bij L en H type subunits van ferritine. <br /> # op 4p: Gegeven: de structuur van een Model System voor Myoglobin + 2 NMR spectra<br /> #* a. Welk spectrum hoort bij het complex met O2 gebonden (oxy) en welk zonder O2 (deoxy) + Waarom?<br /> #* b. Leg uit waarom het mogelijk is dat dit model system een hogere affiniteit voor O2 dan CO heeft.<br /> #* c. Hoe is O2 gebonden aan Fe in de oxy vorm en met welke techniek(en) kan je dit bestuderen?<br /> # op 4p: Gegeven: een gedeeltelijk ingevuld reactiemechanisme van purple acid phosphatase<br /> #* a. Vul in op het schema: Welke 2 metalen + oxidatietoestanden + missende structuur + missende transitietoestand + uittredend product (ROH was het)<br /> #* b. Waarom is het enzyme paars (Metal to Metal charge transfer band in UV-Vis spectrum)<br /> #* c. Gegeven: grafiek (activiteit van het enzyme ifv pH) leg uit (pH-optimum, te lage pH geen activiteit: waarom?)<br /> #* d. Met welke techniek kunnen we het mechanisme bestuderen? (Mossbauer, vooral EPR)<br /> # op 2p: Geef de resistentiemechanismen tegen Cis platina en leg uit wat we hieraan kunnen doen bij sommigen. ( hint: als je lang genoeg blijft zagen en tekenen over transplatina dan vraagt ze niet meer achter de laatste 2 mechanismen)<br /> <br /> ===10 jan 2020===<br /> # op 4p: Feritine<br /> #*Structuur en functie toelichten<br /> #*Rol bicarbonaat uitleggen<br /> #*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?<br /> #*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen<br /> # op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.<br /> # op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?<br /> # op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.<br /> <br /> ===28 jan 2019===<br /> # (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.<br /> #* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?<br /> #* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?<br /> #* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?<br /> # (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.<br /> # (6p) Sulfite oxidase.<br /> #* Vul het schema aan<br /> #* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?<br /> #* Wat is de rol van molybdopterin?<br /> <br /> ===11 jan 2019===<br /> # (3p) Copper proteins <br /> #* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?<br /> #* What is the main function of Cu(II) and why?<br /> #* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.<br /> #* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.<br /> # (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.<br /> #* What does the 450 represent? <br /> #* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?<br /> #* Fill in intermediate 6.<br /> #* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2 <br /> # (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?<br /> # (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===29 jan 2018===<br /> #cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states<br /> #Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal<br /> #electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?<br /> #Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?<br /> <br /> ===25 jan2018===<br /> #Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)<br /> #Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)<br /> ##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip). <br /> ##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk? In welke pathway<br /> ##speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)<br /> #bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)<br /> #De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)<br /> <br /> ===25 jan 2018 VM===<br /> #3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking<br /> #P450 <br /> ##Waarom 450 <br /> ##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH<br /> ##Intermediar VI aanvullen<br /> #Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit<br /> #2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader<br /> <br /> ===12 jan 2018===<br /> # (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.<br /> ## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)<br /> ## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.<br /> ## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?<br /> ## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?<br /> # (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.<br /> #* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin &amp; de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.<br /> # (3p) Alkaline en purple acid phosphatase<br /> ## Fill in missing metals, reaction products and transition states<br /> ## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?<br /> #* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> <br /> ===01 sep 2017 ===<br /> # (3p)<br /> #* How are copper sites classified?<br /> #* Which technique is used to study them, what results do you get from it?<br /> #* Why does this technique not work for type III?<br /> # (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?<br /> #* Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.<br /> #* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?<br /> #* Why are both state in high spin?<br /> # (3p)<br /> #* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.<br /> #* Where and why would Hg(II) bind?<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> #<br /> #* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.<br /> #* Most common metals for this method and why<br /> #<br /> #* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase<br /> #* which reaction is catalysed by this enzym<br /> #* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co<br /> # -&gt; 2 Mossbauer spectra gegeven<br /> #* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie<br /> #* Which parameters can be derivate from the spectra<br /> #* Which of the 2 has the most symmetry and explain why<br /> #<br /> #* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits<br /> #* Most important difference between the 2 subunits<br /> <br /> ===26 jan 2017===<br /> # What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals? <br /> # Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved? <br /> # P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating? <br /> # Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?<br /> <br /> ===10 jan 2017===<br /> # (2p)<br /> #* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?<br /> #* How is this isotope being produced in a clinical environment?<br /> # (3p)<br /> #* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?<br /> #* How does oxygen Bind to it?<br /> #* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?<br /> # (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)<br /> #* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products<br /> #* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?<br /> # (3p)<br /> #* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?<br /> #* explain how electrons are being transported to cytochrome c.<br /> <br /> ===25 jan 2016===<br /> # &amp;lt;sup&amp;gt;99m&amp;lt;/sup&amp;gt;Tc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment<br /> # Reaction mechanism of aconitase<br /> # Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden<br /> # Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?<br /> <br /> ===21 jan 2016===<br /> # Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden<br /> # Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)<br /> # Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven<br /> # Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.<br /> <br /> ===22 jan 2015 (nm)===<br /> #How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III<br /> #Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?<br /> #Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?<br /> #Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy<br /> <br /> ===23 jan 2014 (vm)===<br /> #Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)<br /> #Reaction mechanism of aconitase: (6p)<br /> #*fill in the missing reactants and reaction products. <br /> #*Identify the three main reactions in this mechanisms. <br /> #*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180° flip)<br /> #*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?<br /> #Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)<br /> #Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (vm)===<br /> # Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p) <br /> # Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)<br /> # Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)<br /> #* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?<br /> #* What parameters can you derive from these graphs? <br /> #* Which is more symmetric and why?<br /> # What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)<br /> <br /> ===15 jan 2014 (nm)===<br /> # properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p) <br /> # Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)<br /> #* Fill in missing metals, reaction products and transition states <br /> #* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions? <br /> # Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)<br /> # What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Synthesis_of_Macromolecular_Structures&diff=2565 2021-08-10T19:49:44Z

<p>R0653524: /* Mededeling januari 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak van 6 sp, gedoceerd door Mario Smet en Guy Koeckelberghs. Er moet ook een paper geschreven worden i.v.m. een gekregen onderwerp bij een van de twee proffen. De paper wordt gepresenteerd voor de groep tegen het einde van het semester, maar deze presentatie staat niet op punten; enkel de paper zelf telt mee voor het eindresultaat. Guy Koeckelberghs vraagt standaard veel extra info die in de les verteld wordt en niet per se in de cursustekst staat. De vragen van Mario Smet komen rechtstreeks uit de cursus, of zijn een toepassing van wat er in de cursustekst geschreven staat (bv. manieren om bepaalde dendritische polymeren te synthesiseren met specifieke eigenschappen). Let wel op, bij Smet kan elk detail in de cursus een vraag zijn.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===26 januari 2021===<br /> ====Mario Smet====<br /> #Give 3 examples of controlled radical polymerization techniques that use cobalt. Give the mechanism.<br /> #Compare the mechanisms and (dis)advantages of ICAR and ARGET. <br /> #How could you synthesize this polymer? Specify reagents as much as possible.<br /> [[Bestand:polymer_question3.png]]<br /> #Why is measuring k(deact) important?<br /> <br /> ====Koeckelberghs====<br /> #Describe the experimental techniques that measure the molar mass (Mn and/or Mw) briefly. <br /> #Describe the synthesis of PPE briefly.<br /> <br /> ===29 januari 2018===<br /> ====Mario Smet====<br /> #Gegeven grafiek M ifv conversie (linear) bepaal de verhouding monomeer (acrylaat) over initiator<br /> #Leg Degeneratieve transfer met Jodide uit + waarom niet praktisch<br /> #Leg uit Dendritische Box uit<br /> #Synthese van een kam blok-copolymeer via silaan <br /> #Synthese van TEMPO initiator via Perbenzoezuur en verwarmen. <br /> <br /> ====Guy Koeckelberghs====<br /> examen 2014<br /> <br /> ===22 januari 2018===<br /> ====Mario Smet====<br /> #Waarom verloopt NMP beter bij styreen dan bij acrylaten en hoe kan je deze problemen oplossen? <br /> #Styreen gegeven met benzoylperoxide en een reagens zoals bij AFCT met als Z groep phenyl, A groep CH2, Y een zuurstof en X diphenyl. Wat gebeurt er, leg mechanisme uit en geef het product. <br /> #Stelling: “Bij een sterk negatieve reductiepotentiaal is de snelheidsconstante van desactivatie klein” Leg uit en gebruik ook Katrp. Klopt deze stelling altijd? Geef uitleg en een voorbeeld van wanneer niet. <br /> #Geef een voorbeeld van een synthese voor een ster met 4 armen van ongeveer zelfde lengte en geef zoveel mogelijk concrete voorbeelden voor reagentia.<br /> #Uitleg geven rond gene delivery en leg uit wat het belang is van polymeren erbij.<br /> <br /> ====Koeckelberghs====<br /> #Leg het uit ketengroei en stapgroei en wat het verschil is tussen beiden. En leg ook uit hoe de anionic/cationic ROP en de radical/cationic/anionic polymerisatie van vinyl monomeren werkt met ketengroei.<br /> #Leg het verschil uit tussen insertie en methatesis (uittekenen) en hoe men kan zien welk mechanisme gebruikt is. Welke katalysator moet je gebruiken voor een helixpolymeer en welke substituenten zou je gebruiken? <br /> #Bespreek kort de synthese van poly phenylene ethynylene.<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> ====Mario Smet====<br /> # Leg uit: sterische verzadiging bij dendrimeren en welke gevolgen dit heeft.<br /> # Vergelijk alle verschillende initiatiesystemen bij ATRP. (''Hij bedoelt dus ICAR, ARGET, SR&amp;NI, ...'') <br /> # Synthese van een polystyreen sterpolymeer met een microgelkern met ongekend aantal armen van zo veel mogelijk gelijke lengte.<br /> <br /> ====Guy Koeckelberghs====<br /> #Wat is het fundamentele verschil tussen een step-growth en een chain-growth polymerisatie? Pas dit toe op de structuur van het monomeer en geef een voorbeeld.<br /> #Geef de synthese van polyfenyleenethynyleen. Geef typische katalysator en de R-groepen die op de keten kunnen staan.<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> ====Koeckelberghs====<br /> # Zijn de polymerisaties van volgende monomeren chain growth of step growth en verklaar waarom. Hoe kan je beide polymerisaties limiteren tot Pn = 20 met als conversie 98%? Wat gebeurt er in beide polymerisaties als je in plaatst van een sterke base een zwakke base gebruikt? [[Bestand:SoMS_Koeckelberghs_2014_1.png|400px|center|alternatieve tekst]]<br /> # Define tacticity and explain tacticity of FRP, anionic polymerization and Ziegler-Natta.<br /> # Explain 'majority rules' principle and give an example of a polymer. <br /> <br /> ====Smet====<br /> # What are the (potential) benefits of catalysts on dendritic polymers?<br /> # Why are steric effects more important in RAFT than in ATRP?<br /> # Why is the polydispersity in ATRP high at the early stages of polymerization, low at medium conversions and high at the late stages?<br /> # Synthesis questions: <br /> ## Explain the synthesis of MMA and MA by controlled radical polymerizations<br /> ## Explain the synthesis of a star polymer from a polyglycerol core with arms of similar length.<br /> <br /> ===23 januari 2012===<br /> ====Koeckelberghs====<br /> # Zijn de polymerisaties van volgende monomeren chain growth of step growth en verklaar waarom. Hoe kan je beide polymerisaties limiteren tot Pn = 20 met als conversie 98%? Wat gebeurt er in beide polymerisaties als je in plaatst van een sterke base een zwakke base gebruikt? [[Bestand:SoMS_Koeckelberghs_2014_1.png|400px|center|alternatieve tekst]]<br /> # Welk verband is er tussen de symmetrie van metallocenen en de stereoselectieve coördinatie van vinylmonomeren en de uiteindelijke tacticiteit van het polymeer? Leg kort uit 'oscillerende metallocenen'. <br /> # Besrpeek kort het 'sergeant-and-soldiers' principe en geef een voorbeeld van een polymeer met dit effect. <br /> <br /> ====Smet====<br /> # Verklaar waarom de divergente methode eerder zal toegepast worden dan de convergente methode voor het synthetiseren van dendrimeren. <br /> # Wat is het eindresultaat van volgende componenten: [[Bestand:SoMS_Smet_2012_2.png|200px|center|alternatieve tekst]]<br /> # Wat is het effect van te sterk reducerende metaalcomplexen en geef 2 manieren om dit op te lossen. <br /> # Bespreek de syntehse van volgende polymeren:<br /> ## Kampolymeer waarvan de ruggengraat bestaat uit een goed gecontroleerd random copolymeer en waarvan de vertakkingen ook goed gecontroleerde lengtes hebben: [[Bestand:SoMS_Smet_2012_4.png|150px|center|alternatieve tekst]]<br /> ## 3-armig sterpolymeer van methylmethacrylaat m.b.v. RAFT reagens volgens het 'dormant core' principe. <br /> <br /> ===24 januari 2011===<br /> ====Koeckelberghs====<br /> # Zijn de polymerisaties van volgende monomeren chain growth of step growth en verklaar waarom. Hoe kan je beide polymerisaties limiteren tot Pn = 20? Wat gebeurt er in beide polymerisaties als je in plaatst van een sterke base een zwakke base gebruikt? [[Bestand:SoMS_Koeckelberghs_2014_1.png|400px|center|alternatieve tekst]]<br /> # Welk verband bestaat er tussen metallocenen en de stereoselectieve coördinatie van vinylmonomeren en de uiteindelijke tacticiteit van het polymeer? <br /> # Bespreek kort hoe je GPC kan gebruiken voor de bepaling van de massa van een polymeer. <br /> <br /> ====Smet====<br /> # Bespreek sterische verzadiging en het verband met intrinsieke viscositeit.<br /> # Geef het mechanisme en eindproduct van de polymerisatie van het monomeer met de cobalt katalysator bij verwarming en initiatie via benzoylperoxide. [[Bestand:SoMS_Smet_2011_2.png|400px|center|alternatieve tekst]]<br /> # Waarom is er bij ATRP verlies van controle bij monomeer coördinatie en hoe kan je dit verbeteren?<br /> # Bespreek de synthese van volgende polymeren:<br /> ## Blokcopolymeer van methacrylaat met methylmethacrylaat.<br /> ## Microgel met onbekend aantal armen van gelijke lengte.</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Synthetic_Strategies&diff=2564 2021-08-10T19:49:09Z

<p>R0653524: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Machemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak gedoceerd door twee proffen: Wim Dehaen en Mario Smet. Dehaen stelt vragen die redelijk letterlijk in de cursus te vinden zijn. De vragen van Smet kunnen van overal komen: theorie, verbanden, praktische uitvoering van theorie, ... Het deel van Dehaen bevat meestal enkele kleinere vragen zoals rangschikking op basis van basiciteit en/of aromaticiteit, stabielste vorm geven en uitleggen, posities van nucleofiele/elektrofiele aanval op een heterocycle, ... Daarbovenop nog een grote vraag met syntheses van verschillende heteroaromaten (al dan niet met startproducten gegeven). Laat je niet vangen: de totaalsyntheses van natuurproducten (strychnine, quinoline, ...) zijn ook al gevraagd op examens! De syntheses zijn meestal allemaal beschreven in de cursus. Het deel van Smet bevat verschillende soorten vragen: synthese, regiochemie, stereochemie en chemeoselectiviteit. Vooral deze laatsten vindt hij heel interessant (alsook 1-4 relaties van dicarbonyl systemen)! ;)<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===20 januari 2021 NM=== <br /> It was a written exam, no oral due to the covid situation<br /> (WORKING LINKS TO IMAGES)<br /> #Dehaen:[[Media:synthetic strategies exam 2021 Dehaen.png]]<br /> #Smet:[[Media:synthetic strategies exam 2021 Smet.png]]<br /> <br /> <br /> ===3 februari 2017 NM===<br /> ====Deel Dehaen====<br /> #Rangschik op basis van toenemende basiciteit en motiveer waarom: pyridine, 2,6-dimethylpyridine, 4-dimethylaminopyridine, piperidine, 2,6-di-''tert''-butylpyridine. (structuren niet gegeven; motivatie is belangrijker dan de 'juiste volgorde hebben')<br /> #Zijn de volgende structuren in hun meest stabiele vorm? Zo niet, schrijf deze meest stabiele vorm en motiveer (Ik denk dat het allemaal structuren uit de cursus waren). [[Media:Vraag 2 Dehaen.jpg]] <br /> #Maak een voorstel voor de synthese van volgende verbindingen (geen startmaterialen gegeven). [[Media:Vraag 3 Dehaen.jpg]]<br /> <br /> ====Deel Smet====<br /> #Geef mogelijke synthesevoorstellen voor volgend product voor doorbraken 1, 2 en 3. Zeg telkens welk soort synthon gebruikt wordt (a^n of b^m). [[Media:Vraag_1_Smet.jpg]]<br /> #Vul de reagentia aan (kunnen er meerdere zijn per stap!) en verklaar de stereo- en regiochemie. [[Media:Vraag_2_Smet.jpg]] <br /> #Verklaar de stereochemie van volgende reactie. [[Media:Vraag_3_Smet.jpg]]<br /> #Verklaar regio- en stereoselectiviteit van volgende reactie. [[Media:Vraag_4_Smet.jpg]]</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Organometaalchemie&diff=2563 2021-08-10T19:45:13Z

<p>R0653524: /* Mededeling januari 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===31 jan 2020 ===<br /> [[Bestand:Organometaalexamen2020.png|700x]]<br /> <br /> ===24 jan 2019 ===<br /> [[Bestand:MetOrgExam24jan2019.png|600px]]<br /> <br /> ====Oplossingen====<br /> <br /> [[Media:MetOrgOpl24jan2019.JPG]]<br /> <br /> ===30 jan 2017 ===<br /> [[Bestand:Organometaalchemie 26-01-2017 pagina1.png|400px|thumb|left|Organometaalchemie 26-01-2017 pagina1]]<br /> [[Bestand:Organometaalchemie 26-01-2017 pagina2.png|400px|thumb|left|Organometaalchemie 26-01-2017 pagina2]]<br /> <br /> ===24 jan 2017 ===<br /> ====Vraag 1====<br /> [[Bestand:Organometaalchemie 01-2017 1.png|500px|thumb|left|Vraag 1]]<br /> ====Vraag 2====<br /> [[Bestand:Organometaalchemie_01-2017_2.png|500px|thumb|left|Vraag 2]]<br /> ====Vraag 3====<br /> [[Bestand:Organometaalchemie_01-2017_3.png|500px|thumb|left|Vraag 3]]<br /> ====Oplossingen====<br /> [[Bestand:Organometaalchemie_01-2017_Oplossingen.png|500px|thumb|left|Oplossingen]]</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Eindexamen&diff=2562 2021-08-10T19:40:47Z

<p>R0653524: De pagina is leeggehaald</p> <hr /> <div></div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Eindexamen&diff=2561 2021-08-10T19:40:18Z

<p>R0653524: /* Vakinformatie */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_Organic_Chemistry&diff=2560 2021-08-10T19:35:52Z

<p>R0653524: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===20 januari 2021===<br /> Door Corona was er dit jaar geen mondeling. Hierdoor was de moeilijkheidsgraad van de vragen iets lager. Professor Dehaen stuurt immers normaal gezien veel bij tijdens het mondeling. Indien er dus wel terug mondelinge examens kunnen plaatsvinden zijn de examenvragen van eerdere jaren representatiever. <br /> # 6 punten [[Bestand:Oefening_1.png]]<br /> # 3 punten [[Bestand:Oefening_2.png]]<br /> # 3 punten [[Bestand:Oefening_3.png]]<br /> # 4 punten [[Bestand:Oefening_4.png]]<br /> # 4 punten [[Bestand:Oefening_5.png]]<br /> <br /> ===6 januari 2021===<br /> Door Corona was er dit jaar geen mondeling. <br /> # In de synthese van een product reageert het gegeven diketon met 2 equivalenten van een een ylide. Geeft de structuur van dit ylide, de structuur van intermediairen A en B en bespreek kort het mechanisme. De laatste stap is een rearrangement met een zuur. [[Media:Oganic 6-1-2021 oef 1.png]] (/6)<br /> # Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 2 .png]] (/3)<br /> # Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 3.jpg]] (/3)<br /> # Gegeven: een lijst van 8 reagentia, waaronder een H2SO4, acetonitrille, Na, NH2OH, t-BuONa, TiCl4, Me3SiCl en 2-broompropaan. Slechts 6 van de 8 moeten worden gebruikt. Geef de intermediairen X en Y en het mechanisme. De laatste stap is een fragmentatiereactie. [[Media:Organic 6-1-2021 oef 4.PNG]] (het kan zijn dat er een klein foutje zit in de structuur van het eindproduct) (/6)<br /> # Geef het mechanisme van de reactie. In de eerste stap reageert het startproduct met een bromopropaan-derivaat. De laatste stap is een pericyclische reactie. Verloopt de cyclisatie thermisch of fotochemisch? [[Media:Organic 6-1-2021 oef 5.PNG]] (/3)<br /> <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2020===<br /> WERKEND BESTAND: [[Media:Organic examen 2020 deel 1.jpg]] en [[Media:Organic examen 2020 deel 2.jpg]]<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> [[Categorie:Machemie]]<br /> <br /> ===22 januari 2019===<br /> <br /> [[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_1.jpg]]<br /> [[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_2.jpg]]<br /> <br /> ===21 januari 2019 VM===<br /> <br /> ====Examen====<br /> <br /> [[Bestand:ExamAdvOrg21jan2019.png|800px]]<br /> <br /> ====Oplossingen====<br /> [[Media:SolutionsAdvOrg21jan2019jpg.jpg]]<br /> <br /> <br /> ===28 januari 2013 NM===<br /> <br /> [[Media:Examen organische chemie 23-01-2017.jpeg]]<br /> <br /> #Explain the following reaction. [[Bestand:org1.png]]<br /> #How is given cyclopropane synthesized from diethyl malonate in several steps? Choose reagents such that a maximal yield is obtained. [[Bestand:org2.png]]<br /> #This reaction scheme is an example of a benzannelation reaction. Upon heating, several consecutive steps happen so that the given end product is obtained. Among these steps are three electrocyclic reactions (two 4-electron and one 6-electron), a tautomerization, and a cycloaddition (not necessarily in this order). [[Bestand:org3.png]]<br /> #Explain formation of this product in presence of base. [[Bestand:org4.png]]<br /> #Give product A and explain how this reaction occurs. [[Bestand:org5.png]]<br /> #What products will be formed in following reactions? [[Bestand:org6.png]]</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_NMR_Spectroscopy&diff=2559 2021-08-10T19:34:31Z

<p>R0653524: /* 9 januari 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> =Vakinformatie= <br /> Advanced NMR Spectroscopy<br /> ==Examenvragen==<br /> ===9 januari 2021===<br /> Ingekorte examenduur tot 3u omwille van corona. Grootste moeilijkheid examen: tijdsdruk! <br /> ====Vogt====<br /> #Waarom worden die specifieke nuclei gebruikt in de paper voor de NMR?<br /> #???<br /> <br /> ====De Borggraeve====<br /> #De evolutie van een antifase term onder free evolution. Hoe ziet het verkregen signaal eruit? Hoe zou je zo'n term genereren? <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een cyclohexaanring met een OH-groep op en een dubbele binding aan vast.<br /> <br /> ===20 januari 2017 voormiddag===<br /> ====Vogt====<br /> Paper: Direct NMR detection of bifurcated hydrogen bonding in the alpha helix N-caps of ankyrin repeat protein.<br /> #Welk NMR experiment is gebruikt om H-binding tussen His en Thr residues te detecteren? Teken H-bindingen in NRRC tussen His en Thr en geef koppelingsconstante.<br /> #Leg het effect van T44V mutatie uit op de geometrie van H-bindingen in NRRC proteine.<br /> ====Van Der Auweraer====<br /> vraag 3,4 en 5 van 2015<br /> ====De Borggraeve====<br /> #oefening 1 van 2015<br /> #juiste isomeer bepalen via NOE en pieken toekennen<br /> ===8 januari 2016===<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-001.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-002.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-003.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-005.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-007.jpg]]<br /> ===9 januari 2015===<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-001.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-002.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-003.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-004.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-006.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-008.jpg]]<br /> <br /> ===13 januari 2012===<br /> ====Vogt====<br /> #Zowel GTP als de GTP-analogen GppNHp en GTPγS worden onderzocht. Wat is het verschil tussen GTP en deze analogen? Waarom worden de GTP-analogen in deze studie gebruikt?<br /> #Leg de spectra in figuren 1B, 2A en 2B uit.<br /> #Teken het Cu2+-cyclen en zeg hoe het interageert met GTP. Wat gebeurt er met de GTP 31P-pieken bij interactie en waarom?<br /> ====Van Der Auweraer====<br /> #<br /> #*Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cycloheptatrieen (tekening met hoeken gegeven)<br /> #*Gegeven: vicinale koppelingsconstante is 2,8 Hz, en 2 structuren (1 met de 2 H's op een zesring en 1 met de 2 H's op een vierring). Met welke van de 2 structuren komt deze koppelingsconstante het beste overeen?<br /> #Naar welke spin golffunctie evolueert een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?<br /> #Puls sequentie: 13C: (pi/2)x' 1/J pix' 1/J FID; 1H: Ontkoppeling voor pi/2-puls op 13C en tijdens FID van 13C<br /> #*Hoe evolueert de magnetisatie van een 13C in een CH-groep in een assenstelsel dat roteert met de Larmorfrequentie van een 13C-kern zonder koppeling met 1H?<br /> #*Waarom volstaat het niet om na de pi/2-puls en evolutieperiode 1/J het FID te detecteren?<br /> <br /> ====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====<br /> #ABX spectrum van de 2e orde<br /> #Van een bepaald molecule zijn 1H-spectrum en NOE-effecten gegeven. Bepaal zo goed als mogelijk welke pieken bij welke H's horen en welke configuratie het molecule heeft. Teken voor dit molecule ook een COSY- en TOCSY-spectrum.<br /> ===25 januari 2010===<br /> ====Vogt====<br /> <br /> #Verklaar van waar de pieken komen en bespreek hun opsplitsing en multipliciteit.<br /> #<br /> #*Welke argumenten gebruiken de auteurs om tot de voorgestelde configuraties te komen?<br /> #*Kan men onderscheid maken tussen de verschillende configuraties via NMR?<br /> ====Van Der Auweraer====<br /> #Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cyclohexatrieen<br /> #Naar welke spin golffuncties gaat een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?<br /> #Puls sequentie: pi/2x' t1/2 piy' t1/2 FID. Toepassen op een AX systeem met vx0= va0 + 2pi Jax en t1/2=1/8piJax. Bespreek en leg uit hoe het spectrum er nadien gaat uit zien.<br /> ====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====<br /> #ABX spectrum van de 2e orde<br /> #Uitzoeken welke configuratie een bepaald molecule heeft adhv spectra.</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_NMR_Spectroscopy&diff=2558 2021-08-10T19:34:05Z

<p>R0653524: /* Mededeling januari 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Machemie]]<br /> =Vakinformatie= <br /> Advanced NMR Spectroscopy<br /> ==Examenvragen==<br /> ===9 januari 2021===<br /> Ingekorte examenduur tot 3u omwille van corona. Grootste moeilijkheid examen: tijdsdruk! <br /> ====Vogt====<br /> #Waarom worden die specifieke nuclei gebruikt in de paper voor de NMR?<br /> #???<br /> <br /> ====De Borggraeve====<br /> #De evolutie van een antifase term onder free evolution. Hoe ziet het verkregen signaal eruit? Hoe zou je zo'n term genereren? <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een cyclohexaanring met een OH-groep op en een dubbele binding aan vast. <br /> ===20 januari 2017 voormiddag===<br /> ====Vogt====<br /> Paper: Direct NMR detection of bifurcated hydrogen bonding in the alpha helix N-caps of ankyrin repeat protein.<br /> #Welk NMR experiment is gebruikt om H-binding tussen His en Thr residues te detecteren? Teken H-bindingen in NRRC tussen His en Thr en geef koppelingsconstante.<br /> #Leg het effect van T44V mutatie uit op de geometrie van H-bindingen in NRRC proteine.<br /> ====Van Der Auweraer====<br /> vraag 3,4 en 5 van 2015<br /> ====De Borggraeve====<br /> #oefening 1 van 2015<br /> #juiste isomeer bepalen via NOE en pieken toekennen<br /> ===8 januari 2016===<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-001.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-002.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-003.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-005.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced NMR 2016-page-007.jpg]]<br /> ===9 januari 2015===<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-001.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-002.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-003.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-004.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-006.jpg]]<br /> [[Media:Examen Advanced-NMR 2015-page-008.jpg]]<br /> <br /> ===13 januari 2012===<br /> ====Vogt====<br /> #Zowel GTP als de GTP-analogen GppNHp en GTPγS worden onderzocht. Wat is het verschil tussen GTP en deze analogen? Waarom worden de GTP-analogen in deze studie gebruikt?<br /> #Leg de spectra in figuren 1B, 2A en 2B uit.<br /> #Teken het Cu2+-cyclen en zeg hoe het interageert met GTP. Wat gebeurt er met de GTP 31P-pieken bij interactie en waarom?<br /> ====Van Der Auweraer====<br /> #<br /> #*Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cycloheptatrieen (tekening met hoeken gegeven)<br /> #*Gegeven: vicinale koppelingsconstante is 2,8 Hz, en 2 structuren (1 met de 2 H's op een zesring en 1 met de 2 H's op een vierring). Met welke van de 2 structuren komt deze koppelingsconstante het beste overeen?<br /> #Naar welke spin golffunctie evolueert een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?<br /> #Puls sequentie: 13C: (pi/2)x' 1/J pix' 1/J FID; 1H: Ontkoppeling voor pi/2-puls op 13C en tijdens FID van 13C<br /> #*Hoe evolueert de magnetisatie van een 13C in een CH-groep in een assenstelsel dat roteert met de Larmorfrequentie van een 13C-kern zonder koppeling met 1H?<br /> #*Waarom volstaat het niet om na de pi/2-puls en evolutieperiode 1/J het FID te detecteren?<br /> <br /> ====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====<br /> #ABX spectrum van de 2e orde<br /> #Van een bepaald molecule zijn 1H-spectrum en NOE-effecten gegeven. Bepaal zo goed als mogelijk welke pieken bij welke H's horen en welke configuratie het molecule heeft. Teken voor dit molecule ook een COSY- en TOCSY-spectrum.<br /> ===25 januari 2010===<br /> ====Vogt====<br /> <br /> #Verklaar van waar de pieken komen en bespreek hun opsplitsing en multipliciteit.<br /> #<br /> #*Welke argumenten gebruiken de auteurs om tot de voorgestelde configuraties te komen?<br /> #*Kan men onderscheid maken tussen de verschillende configuraties via NMR?<br /> ====Van Der Auweraer====<br /> #Bereken de pi bijdrage in een 4J27 koppeling en in een 5J37 koppeling in een cyclohexatrieen<br /> #Naar welke spin golffuncties gaat een AX-systeem als er de Hartmann Hahn voorwaarden op toegepast worden?<br /> #Puls sequentie: pi/2x' t1/2 piy' t1/2 FID. Toepassen op een AX systeem met vx0= va0 + 2pi Jax en t1/2=1/8piJax. Bespreek en leg uit hoe het spectrum er nadien gaat uit zien.<br /> ====De Borggraeve (oefeningen en alleen schriftelijk)====<br /> #ABX spectrum van de 2e orde<br /> #Uitzoeken welke configuratie een bepaald molecule heeft adhv spectra.</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Moleculaire_Herkennig&diff=2466 2021-06-03T22:11:00Z

<p>R0653524: R0653524 heeft pagina Moleculaire Herkennig hernoemd naar Moleculaire Herkenning</p> <hr /> <div>#DOORVERWIJZING [[Moleculaire Herkenning]]</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Moleculaire_Herkenning&diff=2465 2021-06-03T22:11:00Z

<p>R0653524: R0653524 heeft pagina Moleculaire Herkennig hernoemd naar Moleculaire Herkenning</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> Verplicht vak voor chemie. Moleculaire herkenning wordt gedoceerd door 2 proffen. Mario smet en Wim &amp;quot;sandalen&amp;quot; Dehaen. 50% van de punten staan op het examen, de andere 50% staan op een paper. Op het examen worden mondelinge vragen gesteld over de paper. Bij prof. Smet zijn dit normaal enkel de vragen die hij geeft bij de feedback op de paper,<br /> prof. Dehaen stelt vaak ook extra vragen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 18 juni 2020===<br /> #Dehaen<br /> #*Een typische combinatievraag. Gasten: naftaleenderivaat, nitraat, aminobutaanzuur,... <br /> Gastheren: alpha-cyclodextrine derivaat met een quaternair amoniumzout aan gebonden, beta-cyclodextrine derivaat, kroonether met thioureumfuncties, een lariatether, [2.2.2] cryptand met zuurstof als donoratomen en N als bruggenhoofden. Solvent: water pH 2, 7, 10, methanol, CH2Cl2<br /> #*Welke invloed kunnen rigide groepen hebben op de EM. <br /> #*Synthese van het thia-analoog van de [2.2.2] cryptand uit de combinatievraag startende van een triethanolamine thia-analoog. <br /> #Smet<br /> #*Leg uit waarom de meeste polymerisatiereacties slechts opgaan onder een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. <br /> #*Leg uit waarom sommige polymerisatiereacties enkel opgaan boven een bepaalde temperatuur. Geef de naam van deze temperatuur. Geef een voorbeeld van een monomeer dat dergelijk gedrag vertoond. <br /> #*Vraag over een complexatiereactie met een R-substituent en wat het teken van rho zou zijn in de Hammett-vergelijking.<br /> <br /> === 26 juni 2019 VM===<br /> # Dehaen<br /> #* Uitleggen waarom verzeping plaatsvindt van een gegeven molecule met KOH in tolueen enkel als een kroonether aanwezig (18-kroon-6 analoog)<br /> #* Uitleggen waarom cyclodextrines geschikt zijn voor &quot;drug delivery&quot; en een geschikt cyclodextrinekiezen (alfa, beta, gamma) voor naproxen (naftaleenderivaat)<br /> #* Waarom base gebruiken voor kroonethersynthese van catechol en oligoethyleenglycoltosylaten? (deproteneren / templaateffect van kation)<br /> #** Verschillende kroonethers gegeven met variërende lengte en aantal zuurstoffen. Hij vraagt om voor elke kroonether de juiste base te kiezen<br /> #** Keuze uit 5 basen: LiAcO, KAcO, NH4AcO, CsAcO en moleculair kation en AcO-<br /> #* Resorcinaren worden gevormd in zuur milieu maar na een tijdje zal het thermydynamischer stabieler zijn (stoel versus boot)<br /> #** Geef interacties van beide isomeren in basisch milieu met een tetraalkylammonium-kation<br /> # Smet<br /> #* 2 associaties gegeven, welke van de 2 associaties heeft de kleinste entropieverandering? (A = H-brugacceptor &amp; D = H-brugdonor)<br /> #** Associatie 1: ADA DAD (letters staan eigelijk onder elkaar)<br /> #** Associatie 2: AAA DDD (letters staan eigelijk onder elkaar)<br /> #* Molecule gegeven met R-groep dat interacties aangaat met een chloride-anion<br /> #** Welke interacties zijn er voornamelijk?<br /> #** Wat voor groep moet R zijn? Hoe verhoudt zicht dat tot de parameter rho?<br /> #* Bespreek biobeschikbaarheid van morfine (structuur gegeven) <br /> #** Heroïne heeft een sterker effect op het centraal zenuwstelsel, verklaar? (gegeven dat morfine reageert met overmaat azijnzuuranhydride en heroïne vormt).<br /> <br /> === 21 juni 2018 NM===<br /> # Dehaen<br /> #* Combineer:<br /> #** Gasten: trimethylhexadecylammoniumion, nitraation, 4-aminoboterzuur, naftaleensulfonzuur. <br /> #** Gastheren: resorcinareen, benzokroonether met één N en op die N zat een keten (keten = CH2 C6H4 CH2 ... NH C=NH NH ... azole ring), twee speciale cyclodextrines (eentje was een ring van zes monomeren met een ammoniumfuntie op, de andere was een ring van zeven monomeren met een thia-amine keten op), een ring met drie benzenen en tussen elke benzeen de groep CH2 CH2 NH C=S NH CH2 CH2), nog eentje die ik me niet herinner<br /> #** Solventen: de gewoonlijke<br /> #* Effect rigide groepen op EM<br /> #* Synthese thia analoog [2.2.2]cyrptand, hoe synthese verbeteren?<br /> #*Pillarenen uitleggen, verband andere calixarenen<br /> # Smet<br /> #* Welke reactie geeft de grootste entropie veranderingen? eentje is het azijnzuur dimeer, de andere is de cyclisatie van twee ringen (eentje is maleïnezuuranhydride en de ander cyclohexa-1,3-dieen) (volgens chemdraw heet het gevormde molecule (4R,7aS)-3a,4,7,7a-tetrahydro-4,7-ethanoisobenzofuran-1,3-dione). Bijvraag: iets met de deeltermen van de entropie, bij welke is welke het grootst? <br /> #* Geef teken rho (Hammett) van de complexatie van K+ met een benzokroonether met aan die benzeenring een substituent R. Geldt deze redenering voor rho ook voor een tweede kroonether die aan een ethyleen eenheid een CH2R groep heeft hangen?<br /> #* Bespreek relenza en tamiflu, over hun biobeschikbaarheid en mechanisme<br /> <br /> === 15 juni 2018 NM===<br /> # Dehaen<br /> #* Combineren van gast, gastheer en solvent met als gasten: lanthaan, paraquat en nog een dicarbonzuur, als gastheren verschillende calixarenen in water ph 2,7,10, methanol of chloroform<br /> #* Vraag welke het beste zou zijn voor ionentransport over een organisch membraan: diglyme of 2,2,2 kryptand<br /> #* Een synthese van een 2,2,2 thiakryptand derivaat<br /> # Smet<br /> #* Ceiling &amp; floortemperatuur + voorbeeld<br /> #* Met de hammetvgl werken en teken van rho bepalen bij een complexvorming van pseudorotaxaan<br /> #* Invloed van ... (cyclodextrine?) op transport van medicijnen en da linken aan de lipinskiregels<br /> === 15 juni 2018 VM ===<br /> # Dehaen<br /> #* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze 1,3benzeenringen hebben geen buty meer, en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd. <br /> #* Nonactine &amp; valinomycine<br /> #* Gast, gastheer, solvent: <br /> #** H2O (pH = 3,7, 10), DCM, MeOH<br /> #** Na+, ammoniumzout*, diamide*, benzoezuur (* = structuur gegeven)<br /> #** Calix[4]areen*, resorcinol uit acetaldehyde en 24u reflux, benzokroonether*, alfa-cyclodextrine, diamine* (* = structuur gegeven)<br /> # Smet<br /> #* Welk proces geeft de grootste entropieverandering met zich mee? <br /> #** Furaan + H2C=COOR --&gt; furaanring waarvan de twee dubbele bindingen weg zijn en er eentje bij is gekomen waar er eerst de enkele binding was, en de twee koolstoffen naast de zuurstof zijn nu verbonden met de koolstoffen van de dubbele binding van het ester<br /> #** twee carbonzuren die een dimeer vormen<br /> #* Bepaal teken rho, heeft pH invloed (R-C6H5 pi-pi stapeling met C6H5-NH2)<br /> #* Relenza en tamiflu (orale beschikbaarheid en mechanisme)<br /> <br /> === 22 juni 2017 ===<br /> #Dehaen:<br /> #* Stel de synthese op voor het Lehn's sferand (structuur gegeven) vanuit (derivaten van) diëthyleenglycolen.<br /> #* Wat zijn pseudo-hoge-verdunningsvoorwaarden en hoe werkt dit?<br /> #* Combineer. Gastheren: cyclisch guanidine, cucurbit[8]uril, 30-kroon-10. Gasten: arginine, N-acetyltryptofaan, 1,4-bis(aminoimidazoline)butaan. Solventen: Chloroform, methanol, water pH 2, 7 en 10. (structuren gegeven)<br /> #Smet:<br /> #* Gegeven: een pyrrool gesubstitueerd met een alkeen met twee R-substituenten (willekeurig). Dit molecule interageert met een onbekende receptor. Welke interactie veronderstel je? Bepaal het teken van rho. Wat gebeurt er met de absolute waarde van rho wanneer je een R-substituent vervangt door een H-atoom.<br /> #* Wat is transfectie en hoe kan supramoleculaire chemie hierbij helpen?<br /> #* Twee verbindingen gegeven, elk met 3 waterstofbindingen (structuren uit slides deel supramoleculaire polymeren). Welke verbinding heeft de grootse associatieconstante en waarom?<br /> <br /> === 16 juni 2017 ===<br /> #Dehaen:<br /> #* welke factoren beinvloeden de effectieve molariteit<br /> #* synthese van hexathia18-kroon-6 vanuit ethyleenglycol en bis(2hydroxyethyl)sulfide op een veilige manier en wat doen we om de opbrengst zo hoog mogelijk te houden<br /> #* wat zijn ansa-verbindingen en hoe kunnen ze meer inzicht geven over de ruimtevulling van de groepen<br /> #* een structuur gegeven met 2 NH2 groepen een kroonether en een R (fenyl). 4-aminobutaanzuur is beter oplosbaar dan glycine (2-aminoazijnzuur) en 6-aminohexaanzuur. Hoe komt dit, welke interacties. De oplosbaarheid stijgt wanneer we R vervangen door (4-NO2-fenyl). Verklaar.<br /> #* er zijn twee isomeren bij de synthese van resorcinarenen. Welke zijn dit?<br /> <br /> #SMET:<br /> #* gegeven een amide: RR'C=CH-CO-N(CH3)2 met onbekende receptor gaat interageren:<br /> Welke interactie verwachten we, teken van reactieparameter, plus redeneer. Wat gebeurt er met de absolite waarde van de reactieparameter als we een van de R groepen vervangen door een H.<br /> #* lipskin regel geven en wat is het belang tegenwoordig in farmaceutische industrie <br /> #* Bij synthese van rotaxanen volgens iemand (Stoddart ofzo)(tetrakationisch complex) zal threading een hogere opbrengst geven dan clipping waarom?<br /> Waarom dan niet altijd threading?<br /> <br /> === 19 juni 2015 ===<br /> #Dehaen:<br /> #* Stel een synthese voor voor het volgende molecule: vanuit p-tBu-fenol en p-Me-fenol een calix[4]areen met aan de 1,3-alcoholen het trimeer van p-Me-fenol (via ether). Deze twee benzeenringen zijn ook gedebutyleerd en alle overgebleven vrije hydroxylgroepen zijn gemethyleerd.<br /> #* Bespreek aan de hand van hun structuurelementen de functie van nonactine en valinomycine (structuur gegeven).<br /> #* Verbind de juiste gastheren met de juiste gasten en solventen. Gasten: Natriumion, p-diaminobenzeen, p-diaminobenzeen met beide stikstoffen tetragebutyleerd, benzoëzuur. Gastheren: calix[4]areen, een groot dibenzokroonether, een resorcinareen verkregen na 24 uur reflux, alfa-cyclodextrine en een aromatisch diamide. Solventen: water (pH 3, 7, 10), MeOH &amp;amp; DCM.<br /> #Smet:<br /> #* 4-R-pyridine. Deze gast bindt enkel aan de gastheer indien de stikstof geprotoneerd is. Bepaal het teken van de Hammett-parameter rho. Op welke interactie zou de complexatie kunnen berusten?<br /> #* Geef de twee methoden die gebruikt kunnen worden om de associatieconstante te schrijven in functie van deelassociatieconstanten. Beschrijf de fysische basis van het probleem dat hierbij optreedt.<br /> #* Bespreek de moleculaire basis van plaquevorming zoals die optreedt bij bijvoorbeeld de ziekte van Alzheimer. Wat zijn de therapeutische mogelijkheden om dit tegen te gaan? Bijvraag: op welke secundaire structuren en soorten interacties berust de associatie?<br /> <br /> ===18 juni 2014 (voormiddag) ===<br /> #Dehaen:<br /> #* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven [2.2.2]cryptand uitgaande van chlooracetamide. Het cryptand heeft stikstoffen als bruggenhoofden, 2 ketens met telkens 2 zuurstoffen en 1 keten met 2 zwavelatomen. En hoe kan je de macroyclisatie bevorderen?<br /> #* Transport van donor naar acceptorlaag via een organisch membraan? hoe gaat dit het beste met pentaglyme of met een [2.2.2]cryptand. Verklaar.<br /> #* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.<br /> #Smet:<br /> #* Je hebt een gesubstitueerd chinoline (onbekende substituent). Dit chinoline complexeert enkel met een gastheer als de N niet geprotoneerd is. wat is het teken van de hammet-parameter Rho? welke interactie zal er zijn tussen de gast en de gastheer?<br /> #* Geef de 4 belangrijkste entropieveranderingen bij complexatie en bespreek. Welke is verantwoordelijk voor preorganisatie? Leg uit.<br /> #* Invloed ketenlengte benzokroonether op rendement van een catenaan met een tetrakationisch cyclofaan.<br /> <br /> === 19 juni 2014 (namiddag) ===<br /> #Dehaen:<br /> #* Geef een voorstel voor de synthese van een gegeven calix[4]hemisferand uitgaande van 2 gegeven fenolen. De receprot bestond uit een calix[4]areen met een hemisferand aangehecht op de 1- en 3-posities.<br /> #* Gegeven de structuur van valinomycine en nonactine: bespreek de functie en hoe de verschillende structuurelementen hiertoe bijdragen.<br /> #* Verbind de juiste gast met de gegeven gastheren en solventen. Er zijn meer gastheren en solventen dan er gasten zijn.<br /> #**solventen: zuur, neutraal of basisch water, methanol, dicchloormethaan<br /> #**gastheren: cyclodextrine, een grote benzokroonether, een calyxareen, stoel resorcinareen en een heteroaromatische receptor met amidefuncties.<br /> #**gasten: natriumion, aromatisch diamine, aromatisch diammoniumzout, benzoëzuur<br /> #Smet:<br /> #* Op welke 2 manieren kunnen we de totale associatieconstante beschouwen als een product van deelassociatieconstanten? Wat is bij elk het grootste fysisch probleem? Welk van deze 2 methoden is, op praktische gronden, te verkiezen en waarom?<br /> #* Gegeven een amide met een para-gesubstitueerde fenylgroep op de N en de carbonyl. Dit molecule gaat waterstofbindingen aan met zowel de zuurstof als de NH. Wat is het teken van de Hammett-parameter rho voor het substituent op elke benzeenring?<br /> #* Gegeven de structuur van een receptor bestaande uit een porfyrinering, gekoppeld aan een calixareen met ketens die veel heteroatomen bevatten. De bindingsconstanten van KI is hoog, die voor NaI en NaClO&amp;lt;sub&amp;gt;4&amp;lt;/sub&amp;gt; tussenin (en ongeveer gelijk), die van KClO&amp;lt;sub&amp;gt;4&amp;lt;/sub&amp;gt; laag. Verklaar waarom. (Deze structuur staat in de cursus ter hoogte van het deel over coöperativiteit).<br /> <br /> === 15 juni 2012 (namiddag) ===<br /> #Dehaen:<br /> #* Wat zijn pseudo-hoge verdunningsvoorwaarden en geef 2 voorbeelden hoe men dit in de praktijk bewerkstelligt.<br /> #* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was K&amp;lt;sub&amp;gt;A&amp;lt;/sub&amp;gt; &amp;gt; K&amp;lt;sub&amp;gt;B&amp;lt;/sub&amp;gt; &amp;gt;&amp;gt; K&amp;lt;sub&amp;gt;C&amp;lt;/sub&amp;gt;. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. &amp;lt;br /&amp;gt;[[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]<br /> #* Rangschik volgens toenemende affiniteit voor het kaliumkation en motiveer: 18-kroon-6, 1,10-dithia-18-kroon-6, benzo-18-kroon-6, [2.2.2]cryptand, 15-kroon-5, 21-kroon-7.<br /> #Smet:<br /> #* Voor een bepaald hydrofoob (gedeelte van een) gastmolecule werd aangetoond dat het de hydrofobe holte van de gastheer maar voor 55% vult in stabielste toestand. Verklaar thermodynamisch waarom het kan dat deze gedeeltelijk gevulde toestand meer bevoordeeld wordt dan de volledig gevulde holte.<br /> #* <br /> #** Welke interacties zijn van belang bij het catenaan gevormd uit '''1''', '''2''' en '''3'''?<br /> #** Wat zou het effect zijn op de bindingsconstante moest het catenaan gevormd worden rond '''4''' i.p.v. '''1''' en waarom?<br /> #** Beredeneer het teken van de Hammett parameter ρ van de catenatiereactie van '''5''' met het monogealkyleerd derivaat van '''3''' (hiermee wordt bedoeld, de open-ketenvorm van '''2''' enkelvoudig gebonden aan '''3'''). Sterische effecten van R mogen verwaarloosd worden [[Bestand:CatenaanSmet.png]]<br /> #* Onderzoekers synthetiseerden bovenste verbinding als receptor voor de onderste (tekening is ''ongeveer'' juist). Belangrijke interacties hierbij zijn H-bruggen, maar ook de Ï€-Ï€-interacties tussen de eindstandige benzeenringen spelen een beduidende rol. Om aard en sterkte van deze Ï€-Ï€-interacties te onderzoeken synthetiseerde men een aantal derivaten van beide, en mat men het verschil in bindingssterkte voor verschillende substituenten op de benzeenringen. [[Bestand:receptorSmet.png]]<br /> #** Welke complicatie valt te verwachten bij deze metingen, vanwege de verschillende substituenten op de derivaten?<br /> #** Verklaar de waargenomen tendensen in de gemeten energiebijdragen, weergegeven in de tabel (deze waarden zijn gecorrigeerd voor de complicaties waarnaar gevraagd in eerste subvraag dus zijn ''juist'').<br /> [[Bestand:tabelSmet.png]]<br /> <br /> === 17 juni 2011 (voormiddag) ===<br /> #Dehaen:<br /> #* Onderzoekers onderzochten de complexatieconstante van verbindingen A, B en C met het chloride-anion. Ondanks extra H-atoom beschikbaar, had C toch de laagste complexatieconstante. Volgorde was K&amp;lt;sub&amp;gt;A&amp;lt;/sub&amp;gt; &amp;gt; K&amp;lt;sub&amp;gt;B&amp;lt;/sub&amp;gt; &amp;gt;&amp;gt; K&amp;lt;sub&amp;gt;C&amp;lt;/sub&amp;gt;. Volgens de onderzoekers had dit te maken met een verschillende preorganisatie. Verklaar. &amp;lt;br /&amp;gt;[[Bestand:MolHerExamenDehaen.jpg]]<br /> #* Klassieke vraag. Verbind de juiste gast met gastheer en solvent. Licht toe en zeg welke interacties plaatsvinden.<br /> #* Wat is de CAC? Waarom is het belangrijk dat deze gemeten wordt en hoe wordt deze gemeten?<br /> #Smet:<br /> #* Gegeven: [[Bestand:MolHerExamenMario.jpg]]&amp;lt;br /&amp;gt;Bepaal het teken van &amp;amp;rho;&amp;lt;sup&amp;gt;X&amp;lt;/sup&amp;gt;, voor groep X en &amp;amp;rho;&amp;lt;sup&amp;gt;R&amp;lt;/sup&amp;gt;, voor groep R. Waarom gaat bij zéér elektronenzuigende groepen, bv. X=F&amp;lt;sup&amp;gt;-&amp;lt;/sup&amp;gt;, de meting van de complexatieconstante met nucleofiele deeltjes niet meer correct verlopen?<br /> #* Mag men de &amp;amp;Delta;G van interacties met de aromatische ring en de &amp;amp;Delta;G van interacties met de gedeprotoneerde carbonzuurfunctie zomaar optellen? Verklaar.&amp;lt;br /&amp;gt;[[Bestand:MolHerExamenMario2.jpg]]<br /> #* De synthese van rotaxanen op vaste drager kan handig zijn. Onwaar/waar en verklaar.<br /> <br /> === 11 juni 2010 (namiddag) ===<br /> <br /> #Dehaen:<br /> #* geef de structuur van cyclotriveratryleen en de synthese vanuit veratrol. Waarom zijn asymmetrisch gesubstitueerde CTV's chiraal?<br /> #* hoe kunnen we eigenschappen van een gegeven cyclofaan gebruiken om de grootte van de substituent op de ring te bepalen<br /> #* geef de synthese van de macroring 15 kroon 5 maar ipv met zuurstoffen met (NH , O , NH, S, S) vanuit HSCH2CH2SH en H2NCH2CH2OCH2CH2NH2<br /> #* welke gast past in welk solvent bij welke gastheer? gasten: (Fe3+, Yb3+, tetramethylammonium, benzoaat) solventen: (methanol, DCM, water met pH=3,7,10) gastheren:(een resorcinareen, een [4]-calixareen met een -O-CH2COOH op elke ring, een [6]-calixareen met op de ring aan de ene kant een SO3H aan de andere kant een staart met een hydroxyamide rest aan, een [6]-calixareen met daaraan een staart met aan het uiteinde een fenylureum staart<br /> #Smet:<br /> #* gegeven: een receptor met daarop 2 groepen die waterstofbruggen vormen met een HO- en een -CHO op drie verschillende liganden. Welke complex zal het stabielste zijn, en verklaar dit energetisch en entropisch (ligand 1 is een bifenyl, ligand 2 is een bifenyl met een huge (triethylmethyl-)substituent op een van de ringen en ligand 3 is gewoon een alifatische keten met die oh en cho aan de uiteinden)<br /> #* wat is de dubbele mutantcyclus een geef een voorbeeld dat de voordelen duidelijk maakt<br /> <br /> === 11 juni 2010 (ochtend) ===<br /> <br /> #Dehaen:<br /> #* Bespreek de synthese van volgend cavitand, vertrekkende van resorcinareen. (afbeelding volgt nog)<br /> #* Wat is [2,2]paracyclofaan? Geef de syntheses en eigenschappen (UV-spectrum).<br /> #* Bespreek het kinetisch en thermodynamisch templaateffect.<br /> #* 5 Macroringen gegeven; rangschik naar toenemende effectieve molariteit. (afbeelding volgt nog)<br /> #Smet:<br /> #* Gegeven 1-amino-5-R-naftaleen (met R een onbepaalde substituent). In een complex vormt deze aminogroep een waterstofbrug. Onderzoek wijst uit dat de &amp;quot;reactie&amp;quot;-parameter sterk positief is. Welke soort R-substituenten bevoordeligen de reactie? (leg uit met Hammett-vergelijking en de substituent-parameter) Bekleedt de aminogroep een donor- of acceptorfunctie bij het vormen van deze waterstofbrug?<br /> #* Waarom is het entropieverlies van complexvorming in oplossing doorgaans kleiner dan in gasfase?<br /> <br /> === 19 juni 2009 ===<br /> <br /> #Dehaen:<br /> #* Verklaar waarom de effectieve molariteit stijgt bij een macrocysliche 10-ring, wanneer<br /> #** a) rigide groepen worden gebruikt<br /> #** b) heteroatomen worden gebruikt.<br /> #* Wat is het verschil tussen een clathraat en een vaste stof-inclusie complex.<br /> #* Schrijf de synthese op van dit cavitand (structuur is gegeven) vertrekkende van rescoriol. De cavitand is gelijkend op die in de cursus staat, maar op de 2' plaats heeft deze een COOH groep.<br /> #* Vögth synthetiseerde vele cryptanden met substituenten X (structuur is gegeven). Hoe kon hij daarmee de grootte van de caviteit bepalen? <br /> # Smet:<br /> #* Je krijgt een complexatie van een gast en gastheer die via pi-pi interacties complexeert en net naast deze aromatische ringen een waterstofbrug vormt met een amide op de gast.<br /> #** Men wil d.m.v. substituenteffecten op de aromatische ringen ph1 (= op gast) en ph2 (= op gastheer) de bijdrage voor deze pi-pi interactie meten. Welke complicatie verwacht je echter met deze methode, bij dit specifieke complex?<br /> #** Verklaar in de tabel (tabel met horizontaal de para-ph1 substituenten en vertikaal de para-ph 2 substituenten) de verlopen van de incrementen. (De incrementen zijn aangepast aan de complicatie die je in het eerste puntje moet geven en zijn dus correct)<br /> #** Bepaal ook het teken van de Hammett rho parameters.<br /> #* Trage complexen.<br /> #** Hoe kan je in een NMR spectrum zien of je te maken hebt met een traag complex<br /> #** Wat is het voordeel van een extreem traag complex? Geef een relevant voorbeeld van hoe we er gebruik van kunnen maken.<br /> <br /> === 16 juni 2009 ===<br /> <br /> # Dehaen:<br /> #* match de gasten en de gastheren met de juiste solventen. Gast: 1,4-benzochinon, naftaleen-1,5-dicarbonzuur en 4-butylfenol (&amp;quot;voor mensen die niet goed zijn in naamgeving, zal ik de moleculen even op bord tekenen&amp;quot;). Solvent: water (ph= 2, 6, 10), MeOH, CCl4. Gasten: alpha-cyclodextrine, diazo-18-kroon-6, 18-kroon-6, [2,2]cyclofaan en 2 grote cyclofanen die getekend staan. Geef ook alle niet-covalente reacties en licht uw keuze toe<br /> #* Wat is CAC, waarom belangrijk en hoe gemeten<br /> #* reactie van een [2,2,1]cryptand opgebouwd uit bi en triëthyleenglycolderivaten<br /> #* Membraantransport van kationen met kroonethers en de voorwaarden waaraan dat kroonether moet voldoen<br /> # Smet:<br /> #* Het teken van rho (Hammet) bepalen uit een tabel met stabiliteitsconstanten met verschillende gevers en zuigers. De link vinden met het reactiemechanisme. Bijkomende vraag: wat gebeurt er met een sterke base en een sterke elektronzuiger. (ja wat onduidelijk als je het molecule niet ziet natuurlijk...)<br /> #* Stelling: voor het gegeven molecule mag ik zomaar de deltaG optellen om de totale deltaG te berekenen.<br /> #* Waarom kan het voordelig zijn om synthese van rotaxanen uit te voeren op een vaste fase<br /> <br /> === 9 juni 2008 ===<br /> <br /> # Dehaen:<br /> #* welke ionen passen in welke macroringen? (K+, Ag+, Eu3+, Li+ en nog een vieze grote molecule) De macrocyclische verbindingen zijn ook gegeven. Welk solvent pak je best? (H2O, H2O pH 10, MeOH of chloroform) Vermeld welke interacties plaatsvinden<br /> #* bespreek de synthese van: -een calix[4]areen met twee nitraten, twee n-propyloxy's en een azakroonetheroverbrugging-<br /> #* Wat is zijn zelfassemblage en zelforganisatie en illustreer met een voorbeeld<br /> # MS:<br /> #* Tabel horende bij compensatie-effect gegeven. Welke interacties? Bespreek de tendens in de tabel en ook het verschil in \Delta S tussen gasfase en oplossing.<br /> #* tekening van een catenaan met een cyclofaan met nogal wat N in rond een benzokroonether gegeven. Deze verbinding toont met H-NMR slechts twee signalen (3,45 en 6,26 ppm of zo) voor de hydrochinon-waterstoffen. Reden? Bespreek ook de multipliciteit van de signalen.<br /> <br /> === 13 juni 2008 ===<br /> # Dehaen:<br /> #* Waarom is ethyleendioxy zo'n populaire eenheid in kroonetherchemie<br /> #* Welke 2 groepen zijn belangrijk bij de complexatie van Fe bij de sideroforen<br /> #* 3 gasten (Lithium, azide, tetramethylammonium), 5 solventen (MeOH, H2O( pH 2,6,10), CCl4), gastheren ([2.2.2]-cryptand, all-cis resorcinareen, cram's sferand, 18-kroon-6,...)<br /> # M.S.:<br /> #* Synthese van tetrakationisch cyclofaan<br /> #* Vraagje over receptor die interageert met gast, welk teken heeft de hammett parameter rho.</div>

R0653524 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&diff=2380 2021-01-22T14:29:12Z

<p>R0653524: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor, gedoceerd door Prof Johan Robben. (Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben). Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Gevorderde Biochemie en Biotechnologie.<br /> <br /> Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. <br /> <br /> <br /> &amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;quot; <br /> -- Quote Johan Robben, 2014<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 januari 2021===<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?<br /> #Begrippen<br /> #*Translationele koppeling<br /> #*Prime edditing (met Crispr)<br /> #*foto-entrainment<br /> #*selenocysteïne<br /> <br /> ===14 januari 2021 NM===<br /> #Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.<br /> #Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische &quot;schaar&quot;. Verduidelijk en concretiseer.<br /> #Begrippen<br /> #*Genomische imprinting<br /> #*RNA-editing<br /> #*RNA-induced silencing complex (RISC)<br /> #*Periodosoom<br /> <br /> ===24 januari 2020 NM===<br /> #Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?<br /> #Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Begrippen<br /> #*Translationele koppeling <br /> #*CMA<br /> #*PAM<br /> #*Selenocysteïne<br /> <br /> === 20 januari 2020 NM===<br /> #Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Begrippen<br /> #*Hfq<br /> #*RNA editing<br /> #*shRNA<br /> #*prime editing<br /> <br /> === 17 januari 2020 VM===<br /> <br /> #5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten<br /> #cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut<br /> #Begrippen<br /> #*attenuatie<br /> #*nonsense-mediated decay<br /> #*looped primer RT-PCR<br /> #*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)<br /> <br /> === 25 januari 2019 NM===<br /> <br /> #Leg de regulatie van het trp-operon uit<br /> #Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons<br /> #Begrippen<br /> #* RITS<br /> #* Shutdown decay<br /> #* BMAL<br /> #* uORF<br /> <br /> === 18 januari 2019 NM===<br /> <br /> #3’ UTR bij eukaryoten<br /> #Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi<br /> #Begrippen<br /> #* RNA switch<br /> #* Periodosoom<br /> #* RNA editing<br /> #* CMA<br /> <br /> === 18 januari 2019 VM===<br /> #Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. <br /> #Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. <br /> #Begrippen<br /> #* Selenocysteine<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #* shRNA<br /> #* Proximity-induced autoactivation <br /> <br /> ===22 januari 2018, VM===<br /> #Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?<br /> #Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)<br /> #Begrippen:<br /> #* Retroreulatie<br /> #* Genomische imprinting (+voorbeeld)<br /> #* Nonsense-mediated decay<br /> #*Nocturnine<br /> <br /> ===19 januari 2018, VM===<br /> #Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)<br /> #Begrippen:<br /> #* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)<br /> #* Rip: regulated intramembrane proteolysis<br /> #* RITS<br /> #* foto-entrainment<br /> <br /> ===21 augustus 2017===<br /> #Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. <br /> #De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover <br /> #Begrippen:<br /> #*Transcriptional gene silencing<br /> #*Peptide mediated protein knockdownn<br /> #*Familial fast sleep syndrome<br /> #*Een vierde begrip<br /> <br /> ===3 februari 2017===<br /> #Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit<br /> #Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie<br /> #Woordjes:<br /> #*Nocturnine<br /> #*uORF<br /> #*Genetic imprinting<br /> #*Chaperone-gemedieerde autofagie<br /> <br /> ===23 januari 2017===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan<br /> #Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> #Bespreek kort <br /> #*Retroregulation<br /> #*Rip: regulated intramembrane proteolyse<br /> #*nonsense mediated decay<br /> #*Periodosoom <br /> <br /> <br /> ===20 januari 2017===<br /> #Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?<br /> #Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Attenuatie<br /> #*Hairpin silencing<br /> #*Translational recoding<br /> #*Photo-entrainment<br /> <br /> ===29 januari 2016===<br /> #UPR<br /> #Circadische clock in zoogdieren<br /> #Bespreek kort:<br /> #*hairpin silencing<br /> #*argonaut<br /> #*genomic imprinting<br /> #*riboswitch<br /> <br /> ===27 januari 2016===<br /> #Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geïnteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)<br /> #Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*real-time RT-PCR<br /> #*selenocysteïne<br /> #*caspasen<br /> #*RIP.<br /> <br /> ===18 januari 2016===<br /> #Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?<br /> #Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*histonehermodellering<br /> #*shut down decay<br /> #*RNA editing<br /> #*BMAL-CLOCK<br /> <br /> ===15 januari 2016===<br /> #Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)<br /> #Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Chromatine remoddeling<br /> #*Non stop decay<br /> #*Periodosoom<br /> #*Seed sequentie<br /> <br /> ===28 januari 2015===<br /> #Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?<br /> #Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Translationele hercodering<br /> #*Exosoom<br /> #*Looped-primer RT-PCR<br /> <br /> ===september 2014 ===<br /> #Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.<br /> #Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?<br /> #Bespreek kort:<br /> #*RIP<br /> #*Icterus<br /> #*UPR<br /> #*Nocturine<br /> <br /> ===31 januari 2014 ===<br /> #Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. <br /> #Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.<br /> #Bespreek kort:<br /> #*Geelzucht<br /> #*genome imprinting<br /> #*Initiator caspase <br /> #*KiaC<br /> <br /> ===29 januari 2014 ===<br /> # Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten <br /> # Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt <br /> #Bespreek kort: <br /> #*Lesch-Nyhan-syndroom<br /> #*Selenocysteine<br /> #*Calnexin-calreticuline cyclus<br /> #*Clock/BMAL1<br /> <br /> ===20 januari 2014===<br /> #Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? <br /> #Bespreek &quot;unfolded protein response&quot; (UPR)? <br /> #Leg kort uit<br /> #* Trans-translatie<br /> #*RNA editering <br /> #*shRNA <br /> #*Nocturnine<br /> <br /> === 21 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vóór secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* ALA-synthase<br /> #* transtranslatie<br /> #* Seed sequentie<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 15 januari 2013 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.<br /> # Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)<br /> # Bespreek kort:<br /> #* thymidylaatsynthase<br /> #* RNA editering<br /> #* chaperone gemedieerde autofagie<br /> #* argonaut<br /> <br /> === 3 februari 2012 ===<br /> # Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort:<br /> #* 5-FOA<br /> #* RNA editering<br /> #* seed sequence<br /> #* nocturnine<br /> <br /> === 17 januari 2012 ===<br /> # Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.<br /> # Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* Thymidilaatsynthetase<br /> #* Geelzucht<br /> #* CpG eiland<br /> #* RITS<br /> <br /> === 1 september 2011 ===<br /> # Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?<br /> # Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?<br /> # Bespreek kort: <br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* nonsense mediated decay<br /> #* photo entrainment<br /> #* shRNA<br /> <br /> === 4 februari 2011 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* Shutdown decay (SSD)<br /> #* eIF2<br /> <br /> === 24 januari 2011 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* RNA editing<br /> #* toxine-antitoxine<br /> #* ubiquitineligase E3<br /> <br /> === 18 januari 2011 ===<br /> # Bespreek riboswitches.<br /> # Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* allopurinol<br /> #* uORFs<br /> #* ERAD<br /> #* photo-entrainment<br /> <br /> === 29 januari 2010 ===<br /> # Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.<br /> # Leg het klok systeem van cyanobacteriën uit, en de invloed op transcriptie.<br /> # Bespreek kort: <br /> #* OMP<br /> #* ERAD<br /> #* initiator caspases<br /> #* myristoylisatie<br /> === 18 januari 2010 ===<br /> # N-end rule<br /> # Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen<br /> # Bespreek kort: <br /> #* geelzucht<br /> #* selenocysteïne<br /> #* RISC<br /> #* endosomale lokalisatiesignaal<br /> <br /> ===12 januari 2010===<br /> # Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.<br /> # Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?<br /> # Bespreek kort:<br /> #* Nocturnine<br /> #* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)<br /> #* shRNA<br /> #* nuclear localisation signal<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL:<br /> # purinebiosynthese en regulatie<br /> # kaartjes:<br /> #* Adaptor<br /> #* Cascades, waarom?<br /> <br /> JR:<br /> # Controlemechanismen mRNA in eukaryoten<br /> # kaartjes:<br /> #* histonmethyltransferase<br /> #* RITS<br /> <br /> ===29 januari 2009===<br /> MDL: Calcium<br /> JR: N end rule<br /> <br /> ===20 januari 2009===<br /> Deley: <br /> # Afbraak van vetzuren<br /> # Kaartjes:<br /> #* GPCR<br /> #* werking van groeifactoren<br /> Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)<br /> <br /> Nog Kaartjes:<br /> # calnexine/calreticuline cycle<br /> # Argonaut<br /> # SH2 en SH3<br /> # stimulatie van proteïnesynthese door hemine<br /> # Ubiquitine als sorteringssignaal<br /> # Thio-etherankers en thio-esterankers<br /> # shRNA<br /> # riboswitch<br /> # RITS<br /> # ARE (AU-rich element)<br /> # transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)<br /> # cascade, waarom?<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek purineafbraak + storingen<br /> # kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek lysosomale afbraak<br /> # kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay<br /> <br /> ===31 januari 2008===<br /> MDL: <br /> # Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie<br /> # kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers<br /> <br /> JRB: <br /> # Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren<br /> # kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch<br /> <br /> ===30 januari 2008===<br /> # MDL: Pyrimidinebiosynthese<br /> # JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> <br /> MDL:<br /> # Heem oxygenase systeem<br /> # Kaartjes:<br /> #* Amide linked myristoyl anchors<br /> #* Calcium oscillaties<br /> <br /> JR:<br /> <br /> # Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.<br /> # Kaartjes:<br /> #* miRNA<br /> #* Calnexin-Calreticulin cycling<br /> <br /> ===16 januari 2008===<br /> Hoofdvragen:<br /> # op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?<br /> # Deoxyribunucleotide synthese en regulatie<br /> <br /> Korte vragen:<br /> # lambda repressor<br /> # mRNA turnover<br /> # cascades<br /> # proteïnesynthese en hemine</div>

R0653524