https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=R0694261 2026-07-28T08:21:56Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=3065 2022-09-03T08:24:11Z

<p>R0694261: /* 2 september Januari 2022 (schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door N. De Storme (sinds academiejaar 2018-2019) en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Voor deel plant is enkel de eerste vraag mondeling en voor deel dier zijn alle vragen mondeling. Tijdens het jaar zijn er practica sessies en verplichte oefenzittingen, waarvan niets op het examen zal staan.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===2 September 2022 (schriftelijk)=== <br /> ====Dier====<br /> #Je wilt de bevolking in Togo van melk voorzien. Hoe doe je dit? Wees duidelijk, verklaar elke stap en leg uit waarom je dit adviseert.<br /> #Een hond wordt verdacht de kat van de buren dood te bijten. Hoe ga je dit na? Geef elke stap in je werkwijze en leg uit. <br /> <br /> ==== PLant ====<br /> #Recurrente selectie uitleggen. Wat is het algemene doel. Wat is RS voor GCA en SCA. ... (zeer gedetailleerde vraag) (/4)<br /> # Zaadlethaliteit van F1 door tripbloide block. Hoe komt dit? Geef de biochemische werking. Waarom is dit een hinder in veredeling. Hoe kunnen we dit oplossen (geef een voorbeeld). ... (details!) (/3)<br /> # QTL mapping via BSA. Leg BSA uit. Verklaar de uitspraak: Afhankelijk van het fenotype kenmerk moet je QTL mapping anders uitvoeren? (/3)<br /> <br /> ===20 Januari 2022 (schriftelijk)=== <br /> ====Dier====<br /> #Varkenskwekerij in Spanje. Waarvoor ga je selecteren en waarom? Hoe ga je dit aanpakken? <br /> #Een bepaalde monogene recessieve afwijking bij Belgisch Witblauw wordt veroorzaakt door een puntmutatie in een bepaald gen. Hoe ga je testen hoeveel dit voorkomt in de populatie? <br /> <br /> ====Plant====<br /> #Family selection (/5) <br /> #F1 hybdride steriliteit (/3) <br /> #CO-interferentie bij linkage mapping (/2)<br /> <br /> ===16 Januari 2021 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Geitenhouderij in Leuven. Waarvoor ga je selecteren en waarom? Hoe ga je dit aanpakken?<br /> #Je wil de dubbel gespierdheid van het Belgisch Witblauw in een schaap brengen, hoe ga je dit aanpakken?<br /> <br /> ====Plant====<br /> #F1 hybride zaadproductie: leg het verschil uit tussen het twee-lijn systeem en het drie-lijn systeem.<br /> #Single point analysis<br /> #Leg uit transgressie en hoe komt dit aan bod binnen de veredeling?<br /> <br /> ===17 Augustus 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Bedrijf in Leuven voor biologisch varkensvlees.<br /> #Fokwaardeschatting uitleggen met een concreet voorbeeld.<br /> #schaap doodgebeten door hond of wolf?<br /> <br /> ====Plant====<br /> #pedigree methode uitleggen, voor- en nadelen, vergelijken met SSD en hoe beter maken met merkers?<br /> #CGMS<br /> #BSA <br /> <br /> ===30 Januari 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Bedrijf is Leuven voor hamproductie met veel smaak. Hoe ga je dit doen? ((Bijvraag: over welk vet (intracellulair vet), welk dier (Iberico))<br /> #heterosis, wat is het en hoe komt het? (teken het schema, met de getallen van dominante en additieve effecten)<br /> #hoe maak je varkens resistent tegen een virus? door receptor te muteren of backcrossing met resistente varkens ((Bijvragen: waarom geen CRISPR/Cas (EU) en hoe heet die kruising (veredelingskruising)) <br /> <br /> ====Plant====<br /> #Recurrent selection, principe en hoe ga je het doen? Wat is het uiteindelijk resultaat, cultivar? Waarvoor kan je het gebruiken? Verschil tussen GCA en SCA, wat kan je hiermee doen? Hoe maak je GCA/SCA recurrent selection en waarvoor kan je ze gebruiken? Bijvragen over de verschillende soorten recurrent selection.<br /> #Brassicaceae type zelf incompatibiliteit. Moleculair/genetisch/cellulair mechanisme<br /> #barnase en barstar. Toepassing in veredeling?<br /> <br /> ===29 Januari 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Een lam voor vlees in Leuven, hoe? <br /> #recombination loss <br /> #z gelinkte veren bij kippen<br /> <br /> ====Plant====<br /> #F1 hybride geef de stappen voor dit op te stellen en het gebruik daarvan <br /> #tweepuntskruising en driepuntskruisen<br /> #F1 steriliteit en waarom is GxE belangrijk?<br /> <br /> ===28 Januari 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Ik heb een stuk grond in Leuven en ik wil een geit met veel melkproductie, wat doe ik?<br /> #Verdringingskruising uitleggen en tekenen met een schema<br /> #Hoe polygene eigenschappen opsporen met merkers en specifiek vb uitleggen<br /> <br /> ====Plant====<br /> #Pedigree methode uitleggen en vergelijken met bulk en SSD. Voor en nadelen van de pedigree methode en hoe kunnen moleculair merkers helpen?<br /> #Triploid block<br /> #SPA en voor en nadelen <br /> <br /> ===28 Januari 2020 NM===<br /> ====Dier====<br /> #In Togo heb je een bedrijf voor geitenmelk. Hoe zou je via genetica dit optimaliseren.<br /> #Kunstmatige bevruchting van vissen in aquacultuur uitleggen. Zijn hier problemen mee? Geef een voorbeeld.<br /> #Een bedrijf wordt ervan verdacht paardenvlees in de lasagne te gebruiken en dit niet te vermelden op het etiket. Stel een genetische test op om dit te achterhalen, hoe werkt de test?<br /> <br /> ====Plant====<br /> #Wat zijn doubled haploids? Hoe worden ze algemeen gemaakt en geef een voorbeeld? Waarvoor zouden DH's gebruikt kunnen worden in veredeling?<br /> #Geef het Solonaceae type zelf incompatibiliteit, moleculair en cellulair. Is dit gametofytisch of sporofytisch? is dit self recognition based of non-self? Wat zijn de complicaties in veredeling voor gewassen met dit soort ZI. <br /> #Wat is bulked segregant analysis?<br /> <br /> === 17 januari 2019 VM===<br /> ====DIER====<br /> #Schapen kweken; wat wil je, hoe en waarom?<br /> #Achterhalen van duroc vlees in vleeswaar, genetisch; hoe, wat zijn de stappen?<br /> <br /> ====PLANT====<br /> Mondeling<br /> #Wat zijn dubbele haploiden; definitie, hoe en waarom?<br /> Schriftelijk<br /> #Dominantie epistasie<br /> #Triploid block <br /> #Simple QTL<br /> <br /> ===17 januari 2019 NM===<br /> ====DIER====<br /> #Leg veredelings- en rotatiekruising uit met schema en voorbeeld, doel van beide uitleggen<br /> #Hoe QTL vinden die gelinkt is aan een hoger cholesterolgehalte in eieren<br /> ====PLANT====<br /> #Leg backcrossing uit (principe, doel) en hoe kunnen genetische merkers hierbij helpen<br /> #Erfelijkheid in enge zin: hoe berekenen, wat is invloed op keuze van veredeling en efficiëntie hiervan<br /> #Leg Linkage disequilibrium uit, wat is het nut hiervan in QTL<br /> #Leg solanaceae-type self incompatibility uit<br /> <br /> ===30 januari 2019 NM===<br /> ====DIER====<br /> #konijnen kweken; voor welke eigenschappen en hoe ga je te werk?<br /> #Je wil dezelfde spiergroei kenmerkend voor Belgisch Wit-Blauw in geiten, hoe ga je te werk?<br /> ====PLANT====<br /> Mondeling<br /> #Leg uit Backcrossing, hoe kunnen moleculaire merkers het proces versnellen?<br /> Schriftelijk<br /> #Brassicaceae type zelf incompatibiliteit<br /> #Heterosis en transgenese<br /> #Leg uit apomixie<br /> <br /> ===23 augustus 2019 VM===<br /> ====DIER====<br /> #kwaliteitsvol vlees, welke dieren en waarom?<br /> #schaap met goede vruchtbaarheid naar een ander schaap overbrengen, hoe ga je te werk?<br /> <br /> ====PLANT====<br /> #Dubbele haploiden<br /> #BSA<br /> #F1 steriliteit<br /> #overerfbaarheid (enge, brede zin)<br /> <br /> ===4 september 2019 NM===<br /> ====DIER====<br /> #Wat is heterosis? Hoe ga je dit gebruiken bij het selecteren van varkens?<br /> #Dood schaap gevonden met een bijwoonde. Hond of wolf? Wat ga je doen, leg elke stap uit?<br /> <br /> ====PLANT====<br /> #Backcrossing, wat is het, hoe doe je het en welke moleculaire merkers kunnen BC versnellen?<br /> #CGMS<br /> #SPA (QTL) mapping<br /> #Zaadloze vruchten, hoe ga je dit bekomen?<br /> <br /> === 17 januari 2018 ===<br /> ====Plant====<br /> # Wat is backcross breeding? Waarvoor wordt het gebruikt? Hoe kunnen moleculaire merkers helpen? (hij stelt op het moment zelf nog extra bijvragen)<br /> # Wat is linkage disequilibrium, hoe kan je het berekenen, wat is het effect van recombinatie?<br /> # Leg het Solonaceae type Zelfincompatibiliteit uit.<br /> # Wat is erfbaarheid in enge zin? Hoe bepaald het de veredelingsstrategie en de efficiëntie van veredeling?<br /> <br /> ====Dier====<br /> # Wat is veredelingskruising en rotatiekruising? Geef een schema en een voorbeeld waarbij het gebruikt wordt.<br /> # Hoe kan een QTL voor de cholesterol in de dooier van eieren gevonden worden?<br /> <br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> <br /> <br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld<br /> ===14 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie<br /> Tekening van inteelt bij maïs<br /> De vraag van tarwe, bulk, en single-seed<br /> ====DIER====<br /> #Veredelings- en rotatiekruising<br /> #Genetische test voor vruchtbaarheid maken<br /> <br /> ===14 januari 2016 (2)===<br /> ====PLANT====<br /> #heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP <br /> #wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?<br /> # mondeling bespreking over artikel<br /> #verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)<br /> ====DIER====<br /> #schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?<br /> #hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.<br /> <br /> ===31 januari 2017===<br /> ====PLANT (mondeling)====<br /> #woordjes:<br /> #*CentiMorgan<br /> #*SNP<br /> #*genotype recurrente selectie<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde?<br /> #Artikel<br /> #Tekening synthetische cultivar bespreken. (Bijvragen: hoe zou je de eerste gekloonde lijn verkrijgen? (=inteelt), Waar ergens is er recurrente selectie (is dit genotypisch of fenotypisch)? (= genotypisch, bij de afstammingstest) Wordt de synthetische cultivar gebruikt voor additieve geneffecten? (= ja, want heterosis)<br /> <br /> ====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====<br /> #Leg genetische vooruitgang uit aan de hand van een voorbeeld.<br /> #Hoe zou je een merker ontwikkelen voor vleeskwaliteit bij varkens? Hoe gebruik je dit in je selectie?<br /> <br /> ===21 augustus 2017 NM ===<br /> <br /> ====PLANT (mondeling)====<br /> #woordjes:<br /> #*aantal effectieve alleen<br /> #*BSA (bulk segregant analysis)<br /> #*recurrente ouder<br /> #*isolijn<br /> #Wat zijn volgens jou de grootste verschillen tussen veredeling bij zelf en kruisbevruchters?<br /> #Artikel <br /> #Geef uitleg bij afbeelding van bulk ... bij zelfbevruchters.<br /> <br /> ====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====<br /> #Vermeerderingspiramide <br /> #Geef techniek om hoornloze runderen via merkers te identificeren.<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> <br /> ====PLANT (Reeks 8) ====<br /> <br /> Begrippen:<br /> <br /> *AFLP<br /> *Pre-fertilisatiebarrières<br /> *Inteeltcoëfficiënt (hij heeft ook graag de formule uit de cursus erbij)<br /> *...<br /> <br /> Vraag 2: De keuze van de ouderlijnen en inteeltlijnen bij hybride cultivars kan voor problemen zorgen. Bespreek.<br /> <br /> Vraag 3: Artikel (Eigen versie artikel mag je meebrengen, ook taak afdrukken en meebrengen. Hij heeft je taak zelf ook afgedrukt en er opmerkingen bij geschreven. Daarover gaan de vragen voornamelijk.)<br /> <br /> Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)<br /> <br /> ====DIER====<br /> <br /> Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?<br /> <br /> Vraag 2: Stel een vruchtbaarheidstest op voor schapen. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.<br /> <br /> <br /> === 27 augustus 2018 ===<br /> <br /> ====PLANT ====<br /> <br /> Beschrijf de begrippen adhv 3-4 woorden<br /> <br /> *Apomixis<br /> *Specifieke Combinatie Geschiktheid<br /> *Merkerdensiteit<br /> <br /> <br /> Vraag 2: Bespreek de verwantschapsonderzoek en cultivar identificatie adhv merkers<br /> <br /> Vraag 3: Artikel <br /> <br /> Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)<br /> <br /> ====DIER====<br /> <br /> Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?<br /> <br /> Vraag 2: Stel een vaderschapstest op voor honden. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Veredeling_en_Biotechnologie&diff=3064 2022-09-03T08:23:55Z

<p>R0694261: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door N. De Storme (sinds academiejaar 2018-2019) en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Voor deel plant is enkel de eerste vraag mondeling en voor deel dier zijn alle vragen mondeling. Tijdens het jaar zijn er practica sessies en verplichte oefenzittingen, waarvan niets op het examen zal staan.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===2 september Januari 2022 (schriftelijk)=== <br /> ====Dier====<br /> #Je wilt de bevolking in Togo van melk voorzien. Hoe doe je dit? Wees duidelijk, verklaar elke stap en leg uit waarom je dit adviseert.<br /> #Een hond wordt verdacht de kat van de buren dood te bijten. Hoe ga je dit na? Geef elke stap in je werkwijze en leg uit. <br /> <br /> ==== PLant ====<br /> #Recurrente selectie uitleggen. Wat is het algemene doel. Wat is RS voor GCA en SCA. ... (zeer gedetailleerde vraag) (/4)<br /> # Zaadlethaliteit van F1 door tripbloide block. Hoe komt dit? Geef de biochemische werking. Waarom is dit een hinder in veredeling. Hoe kunnen we dit oplossen (geef een voorbeeld). ... (details!) (/3)<br /> # QTL mapping via BSA. Leg BSA uit. Verklaar de uitspraak: Afhankelijk van het fenotype kenmerk moet je QTL mapping anders uitvoeren? (/3)<br /> <br /> ===20 Januari 2022 (schriftelijk)=== <br /> ====Dier====<br /> #Varkenskwekerij in Spanje. Waarvoor ga je selecteren en waarom? Hoe ga je dit aanpakken? <br /> #Een bepaalde monogene recessieve afwijking bij Belgisch Witblauw wordt veroorzaakt door een puntmutatie in een bepaald gen. Hoe ga je testen hoeveel dit voorkomt in de populatie? <br /> <br /> ====Plant====<br /> #Family selection (/5) <br /> #F1 hybdride steriliteit (/3) <br /> #CO-interferentie bij linkage mapping (/2)<br /> <br /> ===16 Januari 2021 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Geitenhouderij in Leuven. Waarvoor ga je selecteren en waarom? Hoe ga je dit aanpakken?<br /> #Je wil de dubbel gespierdheid van het Belgisch Witblauw in een schaap brengen, hoe ga je dit aanpakken?<br /> <br /> ====Plant====<br /> #F1 hybride zaadproductie: leg het verschil uit tussen het twee-lijn systeem en het drie-lijn systeem.<br /> #Single point analysis<br /> #Leg uit transgressie en hoe komt dit aan bod binnen de veredeling?<br /> <br /> ===17 Augustus 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Bedrijf in Leuven voor biologisch varkensvlees.<br /> #Fokwaardeschatting uitleggen met een concreet voorbeeld.<br /> #schaap doodgebeten door hond of wolf?<br /> <br /> ====Plant====<br /> #pedigree methode uitleggen, voor- en nadelen, vergelijken met SSD en hoe beter maken met merkers?<br /> #CGMS<br /> #BSA <br /> <br /> ===30 Januari 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Bedrijf is Leuven voor hamproductie met veel smaak. Hoe ga je dit doen? ((Bijvraag: over welk vet (intracellulair vet), welk dier (Iberico))<br /> #heterosis, wat is het en hoe komt het? (teken het schema, met de getallen van dominante en additieve effecten)<br /> #hoe maak je varkens resistent tegen een virus? door receptor te muteren of backcrossing met resistente varkens ((Bijvragen: waarom geen CRISPR/Cas (EU) en hoe heet die kruising (veredelingskruising)) <br /> <br /> ====Plant====<br /> #Recurrent selection, principe en hoe ga je het doen? Wat is het uiteindelijk resultaat, cultivar? Waarvoor kan je het gebruiken? Verschil tussen GCA en SCA, wat kan je hiermee doen? Hoe maak je GCA/SCA recurrent selection en waarvoor kan je ze gebruiken? Bijvragen over de verschillende soorten recurrent selection.<br /> #Brassicaceae type zelf incompatibiliteit. Moleculair/genetisch/cellulair mechanisme<br /> #barnase en barstar. Toepassing in veredeling?<br /> <br /> ===29 Januari 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Een lam voor vlees in Leuven, hoe? <br /> #recombination loss <br /> #z gelinkte veren bij kippen<br /> <br /> ====Plant====<br /> #F1 hybride geef de stappen voor dit op te stellen en het gebruik daarvan <br /> #tweepuntskruising en driepuntskruisen<br /> #F1 steriliteit en waarom is GxE belangrijk?<br /> <br /> ===28 Januari 2020 VM===<br /> ====Dier====<br /> #Ik heb een stuk grond in Leuven en ik wil een geit met veel melkproductie, wat doe ik?<br /> #Verdringingskruising uitleggen en tekenen met een schema<br /> #Hoe polygene eigenschappen opsporen met merkers en specifiek vb uitleggen<br /> <br /> ====Plant====<br /> #Pedigree methode uitleggen en vergelijken met bulk en SSD. Voor en nadelen van de pedigree methode en hoe kunnen moleculair merkers helpen?<br /> #Triploid block<br /> #SPA en voor en nadelen <br /> <br /> ===28 Januari 2020 NM===<br /> ====Dier====<br /> #In Togo heb je een bedrijf voor geitenmelk. Hoe zou je via genetica dit optimaliseren.<br /> #Kunstmatige bevruchting van vissen in aquacultuur uitleggen. Zijn hier problemen mee? Geef een voorbeeld.<br /> #Een bedrijf wordt ervan verdacht paardenvlees in de lasagne te gebruiken en dit niet te vermelden op het etiket. Stel een genetische test op om dit te achterhalen, hoe werkt de test?<br /> <br /> ====Plant====<br /> #Wat zijn doubled haploids? Hoe worden ze algemeen gemaakt en geef een voorbeeld? Waarvoor zouden DH's gebruikt kunnen worden in veredeling?<br /> #Geef het Solonaceae type zelf incompatibiliteit, moleculair en cellulair. Is dit gametofytisch of sporofytisch? is dit self recognition based of non-self? Wat zijn de complicaties in veredeling voor gewassen met dit soort ZI. <br /> #Wat is bulked segregant analysis?<br /> <br /> === 17 januari 2019 VM===<br /> ====DIER====<br /> #Schapen kweken; wat wil je, hoe en waarom?<br /> #Achterhalen van duroc vlees in vleeswaar, genetisch; hoe, wat zijn de stappen?<br /> <br /> ====PLANT====<br /> Mondeling<br /> #Wat zijn dubbele haploiden; definitie, hoe en waarom?<br /> Schriftelijk<br /> #Dominantie epistasie<br /> #Triploid block <br /> #Simple QTL<br /> <br /> ===17 januari 2019 NM===<br /> ====DIER====<br /> #Leg veredelings- en rotatiekruising uit met schema en voorbeeld, doel van beide uitleggen<br /> #Hoe QTL vinden die gelinkt is aan een hoger cholesterolgehalte in eieren<br /> ====PLANT====<br /> #Leg backcrossing uit (principe, doel) en hoe kunnen genetische merkers hierbij helpen<br /> #Erfelijkheid in enge zin: hoe berekenen, wat is invloed op keuze van veredeling en efficiëntie hiervan<br /> #Leg Linkage disequilibrium uit, wat is het nut hiervan in QTL<br /> #Leg solanaceae-type self incompatibility uit<br /> <br /> ===30 januari 2019 NM===<br /> ====DIER====<br /> #konijnen kweken; voor welke eigenschappen en hoe ga je te werk?<br /> #Je wil dezelfde spiergroei kenmerkend voor Belgisch Wit-Blauw in geiten, hoe ga je te werk?<br /> ====PLANT====<br /> Mondeling<br /> #Leg uit Backcrossing, hoe kunnen moleculaire merkers het proces versnellen?<br /> Schriftelijk<br /> #Brassicaceae type zelf incompatibiliteit<br /> #Heterosis en transgenese<br /> #Leg uit apomixie<br /> <br /> ===23 augustus 2019 VM===<br /> ====DIER====<br /> #kwaliteitsvol vlees, welke dieren en waarom?<br /> #schaap met goede vruchtbaarheid naar een ander schaap overbrengen, hoe ga je te werk?<br /> <br /> ====PLANT====<br /> #Dubbele haploiden<br /> #BSA<br /> #F1 steriliteit<br /> #overerfbaarheid (enge, brede zin)<br /> <br /> ===4 september 2019 NM===<br /> ====DIER====<br /> #Wat is heterosis? Hoe ga je dit gebruiken bij het selecteren van varkens?<br /> #Dood schaap gevonden met een bijwoonde. Hond of wolf? Wat ga je doen, leg elke stap uit?<br /> <br /> ====PLANT====<br /> #Backcrossing, wat is het, hoe doe je het en welke moleculaire merkers kunnen BC versnellen?<br /> #CGMS<br /> #SPA (QTL) mapping<br /> #Zaadloze vruchten, hoe ga je dit bekomen?<br /> <br /> === 17 januari 2018 ===<br /> ====Plant====<br /> # Wat is backcross breeding? Waarvoor wordt het gebruikt? Hoe kunnen moleculaire merkers helpen? (hij stelt op het moment zelf nog extra bijvragen)<br /> # Wat is linkage disequilibrium, hoe kan je het berekenen, wat is het effect van recombinatie?<br /> # Leg het Solonaceae type Zelfincompatibiliteit uit.<br /> # Wat is erfbaarheid in enge zin? Hoe bepaald het de veredelingsstrategie en de efficiëntie van veredeling?<br /> <br /> ====Dier====<br /> # Wat is veredelingskruising en rotatiekruising? Geef een schema en een voorbeeld waarbij het gebruikt wordt.<br /> # Hoe kan een QTL voor de cholesterol in de dooier van eieren gevonden worden?<br /> <br /> ===28 januari 2008===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Hardy-Weinberg<br /> ##genetische winst<br /> ##cytoplasmatische mannelijke steriliteit<br /> ##RNase<br /> ##transgressieve segregatie<br /> ##monosoom<br /> ##chimeer<br /> ##parthenogenie<br /> ##algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##inteeltdepressie<br /> #Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen<br /> #Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploïdie en autotetraploïdie<br /> #Bestendigheid: hoe bekomen?<br /> <br /> ===23 januari 2009===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokwaardeschatting<br /> ##SNP<br /> ##Recombinatiefractie<br /> #Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening met : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)<br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Allelfrequentie<br /> ##Recurrente ouder<br /> ##Specifieke combinatiegeschiktheid<br /> ##Trisoom<br /> ##Insectenbestuiver<br /> ##QTL<br /> #Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.<br /> #Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)<br /> <br /> ===21 september 2009===<br /> #Vraag 1:<br /> ##Overerfbaarheid<br /> ##SNP<br /> ##Koppelingsanalyse<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Antherencultuur<br /> ##Heterozygotie<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Cultivar<br /> ##Monosoom<br /> #(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschema’s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld. <br /> #(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus. <br /> #(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploïdiegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiënt bij alloploïden als autoploïden?<br /> <br /> ===24 januari 2013===<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Fokwaarde<br /> ##Allelfrequentie<br /> #musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##AFLP<br /> ##Heterozygositeit<br /> ##Coëvolutie<br /> ##Prefertilisatiebarrière<br /> ##Genetische vooruitgang<br /> #Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak. <br /> #Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.<br /> <br /> ===23 januari 2014===<br /> ====DIER ====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Vermeerderingspiramide<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Heterozygoot (ivm merkers)<br /> ##AFLP<br /> ##...<br /> #Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven. <br /> #Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken. <br /> #CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Zuivere lijn<br /> ##Bulmer effect<br /> #Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen. <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Multitlijnveredeling(ivm merkers)<br /> ##Algemene combinatiegeschiktheid<br /> ##Effectief aantal allelen<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Wat maakt een cultivar bestendig? <br /> #Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken? <br /> #Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.<br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Inteeltdepressie<br /> ##Stamboek<br /> #Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Dominante merker<br /> ##CMS<br /> ##Transgressieve segregatie<br /> ##Inteeltcoëfficiënt<br /> #Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters? <br /> #Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren. <br /> #Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.<br /> <br /> ====DIER====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Fokdoel<br /> ##Heterosis<br /> #Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is? <br /> ====PLANT====<br /> #Vraag 1:<br /> ##Merkerdensiteit<br /> ##Genetisch recurrente selectie<br /> ##Similariteitscoëfficiënt<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde? <br /> #Leg schema uit: synthetische cultivar <br /> ===27 januari 2015===<br /> ====DIER====<br /> #begrippen <br /> ##selectierespons<br /> ##multiplex PCR<br /> ##stressgen <br /> #Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?<br /> ====PLANT====<br /> #Begrippen<br /> ##QTL <br /> ##merkerdensiteit<br /> ##isolijn <br /> ##specifieke combinatiegeschiktheid <br /> #Vragen<br /> ##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar. <br /> ##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming? <br /> ##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan? <br /> ##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)<br /> <br /> <br /> ===21 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> #woordjes<br /> ##dominante merker<br /> ##simmulariteitscoëfficient<br /> ##algemene recombinatiegeschiktheid<br /> ##fenotypische recurrente selectie<br /> #vragen<br /> ##bestendigheid realiseren hoe?<br /> ##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap<br /> ##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur<br /> ====DIER====<br /> #Genomic selection<br /> ##op welk dier en welke eigenschap<br /> ##waarom<br /> ##hoe<br /> #PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld<br /> ===14 januari 2016===<br /> ====PLANT====<br /> SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie<br /> Tekening van inteelt bij maïs<br /> De vraag van tarwe, bulk, en single-seed<br /> ====DIER====<br /> #Veredelings- en rotatiekruising<br /> #Genetische test voor vruchtbaarheid maken<br /> <br /> ===14 januari 2016 (2)===<br /> ====PLANT====<br /> #heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP <br /> #wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?<br /> # mondeling bespreking over artikel<br /> #verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)<br /> ====DIER====<br /> #schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?<br /> #hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.<br /> <br /> ===31 januari 2017===<br /> ====PLANT (mondeling)====<br /> #woordjes:<br /> #*CentiMorgan<br /> #*SNP<br /> #*genotype recurrente selectie<br /> #Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde?<br /> #Artikel<br /> #Tekening synthetische cultivar bespreken. (Bijvragen: hoe zou je de eerste gekloonde lijn verkrijgen? (=inteelt), Waar ergens is er recurrente selectie (is dit genotypisch of fenotypisch)? (= genotypisch, bij de afstammingstest) Wordt de synthetische cultivar gebruikt voor additieve geneffecten? (= ja, want heterosis)<br /> <br /> ====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====<br /> #Leg genetische vooruitgang uit aan de hand van een voorbeeld.<br /> #Hoe zou je een merker ontwikkelen voor vleeskwaliteit bij varkens? Hoe gebruik je dit in je selectie?<br /> <br /> ===21 augustus 2017 NM ===<br /> <br /> ====PLANT (mondeling)====<br /> #woordjes:<br /> #*aantal effectieve alleen<br /> #*BSA (bulk segregant analysis)<br /> #*recurrente ouder<br /> #*isolijn<br /> #Wat zijn volgens jou de grootste verschillen tussen veredeling bij zelf en kruisbevruchters?<br /> #Artikel <br /> #Geef uitleg bij afbeelding van bulk ... bij zelfbevruchters.<br /> <br /> ====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====<br /> #Vermeerderingspiramide <br /> #Geef techniek om hoornloze runderen via merkers te identificeren.<br /> <br /> === 23 januari 2017 ===<br /> <br /> ====PLANT (Reeks 8) ====<br /> <br /> Begrippen:<br /> <br /> *AFLP<br /> *Pre-fertilisatiebarrières<br /> *Inteeltcoëfficiënt (hij heeft ook graag de formule uit de cursus erbij)<br /> *...<br /> <br /> Vraag 2: De keuze van de ouderlijnen en inteeltlijnen bij hybride cultivars kan voor problemen zorgen. Bespreek.<br /> <br /> Vraag 3: Artikel (Eigen versie artikel mag je meebrengen, ook taak afdrukken en meebrengen. Hij heeft je taak zelf ook afgedrukt en er opmerkingen bij geschreven. Daarover gaan de vragen voornamelijk.)<br /> <br /> Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)<br /> <br /> ====DIER====<br /> <br /> Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?<br /> <br /> Vraag 2: Stel een vruchtbaarheidstest op voor schapen. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.<br /> <br /> <br /> === 27 augustus 2018 ===<br /> <br /> ====PLANT ====<br /> <br /> Beschrijf de begrippen adhv 3-4 woorden<br /> <br /> *Apomixis<br /> *Specifieke Combinatie Geschiktheid<br /> *Merkerdensiteit<br /> <br /> <br /> Vraag 2: Bespreek de verwantschapsonderzoek en cultivar identificatie adhv merkers<br /> <br /> Vraag 3: Artikel <br /> <br /> Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)<br /> <br /> ====DIER====<br /> <br /> Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?<br /> <br /> Vraag 2: Stel een vaderschapstest op voor honden. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&diff=3063 2022-09-03T08:15:26Z

<p>R0694261: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.<br /> Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 1 september 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.<br /> #*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.<br /> #*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.<br /> #Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.<br /> #*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.<br /> #*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte<br /> <br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 17 januari 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #<br /> #Proteïnen<br /> #*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.<br /> #*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?<br /> #*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.<br /> #<br /> #Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?<br /> #<br /> #Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> <br /> === 31 augustus 2021 ===<br /> #Vuurpomp afleiding geven voor T en V<br /> #<br /> #Gibbs functie bij mengsels<br /> #*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet<br /> #*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> #<br /> #Waar of niet waar?<br /> #*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> <br /> #Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!<br /> #Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? <br /> #Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. <br /> #*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert<br /> #*Geef de entropie verandering van het systeem<br /> #*Geef de gibbs functie voor deze situatie<br /> <br /> === 27 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Adiabatische processen<br /> #* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces<br /> #* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)<br /> #* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.<br /> # Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.<br /> # Waar of niet waar?<br /> #* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> #Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)<br /> #Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen<br /> #*bereken delta H<br /> #*bereken normaal kookpunt naftaleen<br /> #*bereken P van tripelpunt<br /> <br /> <br /> === 11 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Osmose<br /> #La place druk<br /> #Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen<br /> #*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas<br /> #* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas<br /> #* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen <br /> #oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces<br /> #* bij reversibel proces<br /> #*bij Pex van 1 atm<br /> #oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven <br /> #* schets een fasediagram (P,T) hiervan<br /> #* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?<br /> #* bereken Hvap<br /> <br /> ===31 januari 2020===<br /> # Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.<br /> # Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.<br /> # Oef: bereken verandering van entropie.<br /> # Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> # Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.<br /> # Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.<br /> # Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> # klassieke nucleatietheorie<br /> ===13 januari 2020 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: P2 en deltaG berekenen<br /> # Oef: deltaS berekenen<br /> # Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.<br /> # Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. <br /> <br /> ===13 januari 2020 VM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: bereken q S en H bij isotherm<br /> # Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas<br /> # Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit<br /> # mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)<br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)<br /> # Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp<br /> # Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve<br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.<br /> # Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. <br /> # Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. <br /> #* Wat is de einddruk?<br /> #* Wat is de delta G?<br /> # Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.<br /> #* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen<br /> # Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces<br /> # Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Vuurpomp<br /> #Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. <br /> #Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. <br /> #Colligatieve eigenschappen <br /> #*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? <br /> #*Bespreek kookpuntsverhoging<br /> #*Bespreek osmose<br /> #Mengsels van vloeistoffen <br /> #*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen <br /> #*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)<br /> <br /> ===1 februari 2018===<br /> #vuurpomp<br /> #vraag over donnanpotentiaal<br /> #vraag over mengsels<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Proteinevouwing<br /> #Carnot cyclus<br /> #Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> #entropie oef<br /> #verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.<br /> <br /> === 19 januari 2018 ===<br /> <br /> #Vuurpomp uitleggen<br /> # 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval<br /> # gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering<br /> # chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry<br /> # denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken<br /> <br /> === 19 januari 2018===<br /> # Vuurpomp<br /> # 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: <br /> #* a. Reversibel<br /> #* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk<br /> # Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )<br /> # Beschouw de reactie 3A+2B &lt;=&gt; C+2D. <br /> #* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)<br /> #* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)<br /> #* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)<br /> # Beschouw F(folded) &lt;=&gt; U(unfolded). <br /> #* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)<br /> #* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> <br /> # Vuurpomp uitleggen<br /> # Oefening op entropie met isotherme compressie ---&gt; bepaal einddruk en delta G<br /> # Oefening partieel molaire volumes<br /> # Entropie voor fasetransities afleiden<br /> # Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen<br /> <br /> === 3 februari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)<br /> #*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).<br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. <br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.<br /> # Carnot-cyclus:<br /> #* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)<br /> #* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)<br /> #* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)<br /> # Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)<br /> #* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)<br /> #* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)<br /> #* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)<br /> <br /> === 27 januari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening tripelpunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berkenen<br /> # Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is<br /> # Kinetisch gasmodel en fotongas<br /> <br /> === 27 januari 2017 VM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïnen<br /> # Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatische expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* isochoor proces (weet niet meer exact)<br /> # Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode<br /> # Oefening triplepunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berekening<br /> <br /> === 20 januari 2017 NM ===<br /> <br /> #Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica<br /> #entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?<br /> #een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R<br /> #leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.<br /> #Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.<br /> <br /> === 16 januari 2017 VM ===<br /> #Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.<br /> #Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).<br /> #Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.<br /> #Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )<br /> #Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.<br /> <br /> === 22 januari 2016 NM ===<br /> #vuurpomp<br /> #colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose<br /> #clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen<br /> #entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven<br /> #entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven<br /> <br /> === 15 januari 2016 (VM) ===<br /> #Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.<br /> #De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. <br /> #Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.<br /> #Bespreek de carnot cyclus.<br /> #De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> Hetzelfde als 11 januari VM<br /> <br /> === 11 januari 2016 VM ===<br /> #vuurpomp (opdracht)<br /> #tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.<br /> #entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp<br /> #colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose<br /> #elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie<br /> <br /> === 12 januari 2015 (NM) ===<br /> <br /> # 1. Dat vuur pomp stuff.<br /> # 2. Bereken tripel punt shit.<br /> # 3. Wat met entropie spelen n stuff.<br /> # 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?<br /> # 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden<br /> <br /> === 17 januari 2014 ===<br /> <br /> # vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document<br /> # Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl<br /> # Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces <br /> # leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af<br /> # leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit<br /> <br /> === 28 januari 2013 ===<br /> <br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).<br /> # Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.<br /> # Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> <br /> # bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)<br /> # bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect<br /> # bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)<br /> # bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 3 feb 2012 ===<br /> <br /> # Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 27 jan 2012 ===<br /> <br /> # Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.<br /> # Oefening op entropieverandering<br /> # Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.<br /> === 20 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)<br /> # Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:<br /> #* isotherme expansie in vacuüm<br /> #* adiabatische expansie in vacuüm<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatisch expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)<br /> # Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen<br /> # Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen<br /> <br /> === 16 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K <br /> # Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm<br /> <br /> === 28 jan 2011 ===<br /> <br /> #Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)<br /> #Bespreek membraanpotentiaal<br /> #IJs wordt van -10°C tot +10°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;lt;u&amp;gt;van het systeem&amp;lt;/u&amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)<br /> #Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;lt;sub&amp;gt;v&amp;lt;/sub&amp;gt; = 5/2R)<br /> <br /> <br /> === 21 jan 2011 VM ===<br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering inwendige energie (delta U)<br /> # Oefening over entropieverandering<br /> <br /> === 17 jan 2011 ===<br /> <br /> # Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen <br /> # Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;gt; vl., vl. -&amp;gt; gas en vast -&amp;gt; gas berekenen)<br /> # Oefening over entropieverandering <br /> # Oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 15 jan 2010 ===<br /> <br /> # bespreek de adiabatische expansie <br /> # bespreek osmose en geef een toepassing <br /> # oefening over entropieverandering <br /> # oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 11 jan 2010 VM ===<br /> # Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 jan 2010 NM ===<br /> # Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.<br /> # Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.<br /> # Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.<br /> <br /> === 30 jan 2009 ===<br /> # Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.<br /> # Kookpuntverhoging.<br /> # Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.<br /> # Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume<br /> # carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen<br /> # verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K <br /> # verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # clayperon+ toep. op verdampen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven<br /> # compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de membraam potentiaal<br /> # adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0°C. Eindtemperatuur berekenen<br /> # entropieverandering van verwarmen gas 25°C--&amp;gt;1000°C. Cp gegeven<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante<br /> # isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken<br /> # inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven<br /> # enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven<br /> <br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof<br /> # osmose bespreken<br /> # vormingsenthalpie berekenen bij 125°C van HBr uit H2 en Br2. met de Hf°bij 25°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )<br /> # entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # CO(g) + H20 (g) =&amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven<br /> # bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma<br /> <br /> === 30 aug 2008 ===<br /> # mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V<br /> # geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme exp tegen constante druk<br /> #* adiab exp cte P<br /> #* reversibele isoth exp<br /> #* rev adiab exp<br /> # ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R <br /> === 29 jan 2007 ===<br /> # bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante<br /> # de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?<br /> # Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek osmose<br /> # oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen<br /> # een ideaal gas gaat van T1-&amp;gt;T2 en V1-&amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. <br /> === 20 jan 2007 ===<br /> # Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten<br /> # Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus<br /> # Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's<br /> <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.<br /> # de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma<br /> === 18 jan 2007 ===<br /> # bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk<br /> # bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:<br /> #: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)<br /> Oefening:<br /> # bereken molecuulmassa van een proteïne<br /> # oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=3062 2022-09-03T08:14:41Z

<p>R0694261: /* 22 Augustus 2022 (scrhiftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===<br /> Theorie:<br /> #Meerkeuze<br /> #*Chou-Fasmann<br /> #*Clustal<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #*...<br /> #Verschil SW- &amp; NW-algoritme?<br /> #Rom. &amp; Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide<br /> #Juist of fout<br /> #*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.<br /> #*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.<br /> #*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.<br /> #Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?<br /> <br /> ===27 juni 2022 (schriftelijk)===<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #* ...<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide.<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=3061 2022-09-03T08:14:33Z

<p>R0694261: /* 22 Augustus 2022 */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===22 Augustus 2022 (scrhiftelijk) ===<br /> Theorie:<br /> #Meerkeuze<br /> #*Chou-Fasmann<br /> #*Clustal<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #*...<br /> #Verschil SW- &amp; NW-algoritme?<br /> #Rom. &amp; Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide<br /> #Juist of fout<br /> #*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.<br /> #*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.<br /> #*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.<br /> #Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?<br /> <br /> ===27 juni 2022 (schriftelijk)===<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #* ...<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide.<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&diff=3060 2022-09-03T08:13:18Z

<p>R0694261: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.<br /> Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening 1: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> #Oefening 2:verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte<br /> <br /> === 1 september 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.<br /> #*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.<br /> #*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.<br /> #Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.<br /> #*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.<br /> #*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte<br /> <br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 17 januari 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #<br /> #Proteïnen<br /> #*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.<br /> #*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?<br /> #*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.<br /> #<br /> #Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?<br /> #<br /> #Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> <br /> === 31 augustus 2021 ===<br /> #Vuurpomp afleiding geven voor T en V<br /> #<br /> #Gibbs functie bij mengsels<br /> #*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet<br /> #*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> #<br /> #Waar of niet waar?<br /> #*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> <br /> #Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!<br /> #Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? <br /> #Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. <br /> #*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert<br /> #*Geef de entropie verandering van het systeem<br /> #*Geef de gibbs functie voor deze situatie<br /> <br /> === 27 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Adiabatische processen<br /> #* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces<br /> #* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)<br /> #* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.<br /> # Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.<br /> # Waar of niet waar?<br /> #* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> #Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)<br /> #Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen<br /> #*bereken delta H<br /> #*bereken normaal kookpunt naftaleen<br /> #*bereken P van tripelpunt<br /> <br /> <br /> === 11 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Osmose<br /> #La place druk<br /> #Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen<br /> #*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas<br /> #* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas<br /> #* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen <br /> #oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces<br /> #* bij reversibel proces<br /> #*bij Pex van 1 atm<br /> #oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven <br /> #* schets een fasediagram (P,T) hiervan<br /> #* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?<br /> #* bereken Hvap<br /> <br /> ===31 januari 2020===<br /> # Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.<br /> # Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.<br /> # Oef: bereken verandering van entropie.<br /> # Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> # Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.<br /> # Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.<br /> # Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> # klassieke nucleatietheorie<br /> ===13 januari 2020 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: P2 en deltaG berekenen<br /> # Oef: deltaS berekenen<br /> # Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.<br /> # Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. <br /> <br /> ===13 januari 2020 VM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: bereken q S en H bij isotherm<br /> # Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas<br /> # Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit<br /> # mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)<br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)<br /> # Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp<br /> # Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve<br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.<br /> # Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. <br /> # Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. <br /> #* Wat is de einddruk?<br /> #* Wat is de delta G?<br /> # Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.<br /> #* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen<br /> # Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces<br /> # Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Vuurpomp<br /> #Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. <br /> #Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. <br /> #Colligatieve eigenschappen <br /> #*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? <br /> #*Bespreek kookpuntsverhoging<br /> #*Bespreek osmose<br /> #Mengsels van vloeistoffen <br /> #*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen <br /> #*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)<br /> <br /> ===1 februari 2018===<br /> #vuurpomp<br /> #vraag over donnanpotentiaal<br /> #vraag over mengsels<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Proteinevouwing<br /> #Carnot cyclus<br /> #Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> #entropie oef<br /> #verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.<br /> <br /> === 19 januari 2018 ===<br /> <br /> #Vuurpomp uitleggen<br /> # 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval<br /> # gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering<br /> # chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry<br /> # denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken<br /> <br /> === 19 januari 2018===<br /> # Vuurpomp<br /> # 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: <br /> #* a. Reversibel<br /> #* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk<br /> # Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )<br /> # Beschouw de reactie 3A+2B &lt;=&gt; C+2D. <br /> #* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)<br /> #* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)<br /> #* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)<br /> # Beschouw F(folded) &lt;=&gt; U(unfolded). <br /> #* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)<br /> #* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> <br /> # Vuurpomp uitleggen<br /> # Oefening op entropie met isotherme compressie ---&gt; bepaal einddruk en delta G<br /> # Oefening partieel molaire volumes<br /> # Entropie voor fasetransities afleiden<br /> # Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen<br /> <br /> === 3 februari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)<br /> #*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).<br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. <br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.<br /> # Carnot-cyclus:<br /> #* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)<br /> #* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)<br /> #* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)<br /> # Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)<br /> #* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)<br /> #* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)<br /> #* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)<br /> <br /> === 27 januari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening tripelpunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berkenen<br /> # Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is<br /> # Kinetisch gasmodel en fotongas<br /> <br /> === 27 januari 2017 VM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïnen<br /> # Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatische expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* isochoor proces (weet niet meer exact)<br /> # Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode<br /> # Oefening triplepunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berekening<br /> <br /> === 20 januari 2017 NM ===<br /> <br /> #Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica<br /> #entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?<br /> #een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R<br /> #leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.<br /> #Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.<br /> <br /> === 16 januari 2017 VM ===<br /> #Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.<br /> #Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).<br /> #Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.<br /> #Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )<br /> #Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.<br /> <br /> === 22 januari 2016 NM ===<br /> #vuurpomp<br /> #colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose<br /> #clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen<br /> #entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven<br /> #entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven<br /> <br /> === 15 januari 2016 (VM) ===<br /> #Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.<br /> #De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. <br /> #Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.<br /> #Bespreek de carnot cyclus.<br /> #De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> Hetzelfde als 11 januari VM<br /> <br /> === 11 januari 2016 VM ===<br /> #vuurpomp (opdracht)<br /> #tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.<br /> #entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp<br /> #colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose<br /> #elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie<br /> <br /> === 12 januari 2015 (NM) ===<br /> <br /> # 1. Dat vuur pomp stuff.<br /> # 2. Bereken tripel punt shit.<br /> # 3. Wat met entropie spelen n stuff.<br /> # 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?<br /> # 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden<br /> <br /> === 17 januari 2014 ===<br /> <br /> # vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document<br /> # Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl<br /> # Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces <br /> # leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af<br /> # leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit<br /> <br /> === 28 januari 2013 ===<br /> <br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).<br /> # Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.<br /> # Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> <br /> # bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)<br /> # bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect<br /> # bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)<br /> # bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 3 feb 2012 ===<br /> <br /> # Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 27 jan 2012 ===<br /> <br /> # Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.<br /> # Oefening op entropieverandering<br /> # Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.<br /> === 20 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)<br /> # Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:<br /> #* isotherme expansie in vacuüm<br /> #* adiabatische expansie in vacuüm<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatisch expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)<br /> # Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen<br /> # Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen<br /> <br /> === 16 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K <br /> # Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm<br /> <br /> === 28 jan 2011 ===<br /> <br /> #Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)<br /> #Bespreek membraanpotentiaal<br /> #IJs wordt van -10°C tot +10°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;lt;u&amp;gt;van het systeem&amp;lt;/u&amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)<br /> #Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;lt;sub&amp;gt;v&amp;lt;/sub&amp;gt; = 5/2R)<br /> <br /> <br /> === 21 jan 2011 VM ===<br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering inwendige energie (delta U)<br /> # Oefening over entropieverandering<br /> <br /> === 17 jan 2011 ===<br /> <br /> # Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen <br /> # Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;gt; vl., vl. -&amp;gt; gas en vast -&amp;gt; gas berekenen)<br /> # Oefening over entropieverandering <br /> # Oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 15 jan 2010 ===<br /> <br /> # bespreek de adiabatische expansie <br /> # bespreek osmose en geef een toepassing <br /> # oefening over entropieverandering <br /> # oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 11 jan 2010 VM ===<br /> # Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 jan 2010 NM ===<br /> # Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.<br /> # Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.<br /> # Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.<br /> <br /> === 30 jan 2009 ===<br /> # Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.<br /> # Kookpuntverhoging.<br /> # Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.<br /> # Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume<br /> # carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen<br /> # verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K <br /> # verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # clayperon+ toep. op verdampen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven<br /> # compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de membraam potentiaal<br /> # adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0°C. Eindtemperatuur berekenen<br /> # entropieverandering van verwarmen gas 25°C--&amp;gt;1000°C. Cp gegeven<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante<br /> # isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken<br /> # inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven<br /> # enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven<br /> <br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof<br /> # osmose bespreken<br /> # vormingsenthalpie berekenen bij 125°C van HBr uit H2 en Br2. met de Hf°bij 25°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )<br /> # entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # CO(g) + H20 (g) =&amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven<br /> # bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma<br /> <br /> === 30 aug 2008 ===<br /> # mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V<br /> # geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme exp tegen constante druk<br /> #* adiab exp cte P<br /> #* reversibele isoth exp<br /> #* rev adiab exp<br /> # ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R <br /> === 29 jan 2007 ===<br /> # bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante<br /> # de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?<br /> # Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek osmose<br /> # oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen<br /> # een ideaal gas gaat van T1-&amp;gt;T2 en V1-&amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. <br /> === 20 jan 2007 ===<br /> # Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten<br /> # Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus<br /> # Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's<br /> <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.<br /> # de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma<br /> === 18 jan 2007 ===<br /> # bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk<br /> # bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:<br /> #: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)<br /> Oefening:<br /> # bereken molecuulmassa van een proteïne<br /> # oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2976 2022-06-27T16:40:56Z

<p>R0694261: /* 27 juni 2022 (schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===27 juni 2022 (schriftelijk)===<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #* ...<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide.<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2975 2022-06-27T16:40:15Z

<p>R0694261: /* 27 juni 2022 (schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===27 juni 2022 (schriftelijk)===<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #* ...<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide.<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2974 2022-06-27T16:40:03Z

<p>R0694261: /* 27 juni 2022 (schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===27 juni 2022 (schriftelijk)===<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> #* de rest vergeten<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide.<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2973 2022-06-27T16:39:37Z

<p>R0694261: /* =27 juni 2022 (schrifetlijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===27 juni 2022 (schriftelijk)===<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> de rest vergeten<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide.<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2972 2022-06-27T16:39:04Z

<p>R0694261: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.<br /> <br /> Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===27 juni 2022 (schrifetlijk)==<br /> Theorie:<br /> #Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)<br /> #* Chou-Fasmann<br /> #* Clustal<br /> #* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief<br /> #* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250<br /> #* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?<br /> de rest vergeten<br /> #Juist of fout? Verklaar (9pt)<br /> #* PDB bevat alleen kristalstructuur.<br /> #* Neighbour-joining is de beste methode om fylognetische boom op te stellen.<br /> #* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...<br /> # PDB file gegeven: (6 pt)<br /> #* Wat stelt elke kolom voor?<br /> #* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.<br /> #* Teken het tripeptide<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)<br /> # Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?<br /> <br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen<br /> #*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is<br /> #*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.<br /> #*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)<br /> #*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?<br /> #*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen<br /> #*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne<br /> #*Aanduiden welke stelling over blast fout is<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0694261 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&diff=2971 2022-06-27T16:15:50Z

<p>R0694261: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Samen met biologie, minor verbreding<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===24 juni 2022===<br /> #Apoptose: Wat is het? Hoe wordt het geinduceerd? Bij welke andere hallmark speelt dit nog een rol? + andere brijvagen<br /> #Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem. Wat zijn de mogelijke therapieen hiervoor? HOe werkt het en hoe kan het fout lopen en wat zijn mogelijke oplossingen voor deze problemen?<br /> #leg uit:<br /> #* Mutaties van idh1<br /> #* Connectie angiogenese met metastase<br /> #* Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen en wat kan je hieruit afleiden?<br /> #* Iets met BTK ... <br /> <br /> ===17 juni 2021 ===<br /> #Geef de 10 hallmarks + bij elke hallmark een voorbeeld van mutatie/verandering van de kankercel<br /> #Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.<br /> #Hoe kunnen kankercellen aan het immuunsysteem ontsnappen en geef 3 mogelijke therapieën op basis van deze kennis<br /> #5 stellingen juist of fout<br /> #* MCL1 inactivatie is voordelig voor kankercellen.<br /> #* VEGF is belangrijk voor stalk cells.<br /> #* Clonal hematopoeise kan je nagaan via sequencing (niet zeker meer).<br /> #* EMT is belangrijk in early development van kanker<br /> #* Kankercel kan resistent worden tegen tyrosine kinase inhibitoren<br /> <br /> ===22 juni 2020 NM===<br /> #Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten).<br /> #Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.<br /> #Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol? Geef 2 voorbeelden, gebruikmakend van alle kennis van de hallmarks, voor een therapie gericht tegen metastase.<br /> #5 stellingen, juist of fout + verklaar:<br /> #* p53 inactivatie is voordelig voor kankercellen.<br /> #* VEGF is belangrijk voor stalk cells.<br /> #* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.<br /> #* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen BCL-2 inhibitors.<br /> #* Nog een.<br /> <br /> ===18 juni 2020 VM===<br /> #Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten)<br /> #Leg angiogenese uit en geef de link met kanker.<br /> #Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geef 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.<br /> #5 stellingen, juist of fout + verklaar:<br /> #* Bax inactivatie is gunstig voor kankercellen<br /> #* Tyrosine kinase inhibitoren kunnen apoptose induceren<br /> #* Inflammatie vermindert het risico op kankerontwikkeling.<br /> #* Zowel EMT als MET zijn belangrijk voor metastase.<br /> <br /> ===8 juni 2020 VM===<br /> #Geef de 10 hallmarks.<br /> #Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.<br /> #Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geeft 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.<br /> #5 stellingen, juist of fout + verklaar:<br /> #* BCL2 inactivatie is voordelig voor kankercellen.<br /> #* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen tyrosine kinase inhibitors.<br /> #* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.<br /> #* VEGF is belangrijk voor stalk cells.<br /> #* EMT is belangrijk voor metastase. <br /> <br /> ===21 juni 2019 NM===<br /> #Geef de 10 hallmarks en geef een voorbeeld van een geneesmiddel (niet perse merknamen gewoon algemeen)<br /> #Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol?<br /> #Hoe kunnen tumorcellen het immuunsysteem ontsnappen?<br /> #Stellingen, waar of niet waar:<br /> #* Kankercellen kunnen resistent worden tegen CAR Tcellen<br /> #* BCL2 overexpressie is gunstig voor de kankercellen<br /> #* Kankercellen kunnen geen dubble strand DNA breaks herstellen<br /> #* De VEGF receptor kan worden uitgeschakeld met antibodies<br /> <br /> ===21 juni 2019 VM===<br /> # A) Geef de 10 hallmarks; B) Geef aan welke hallmarks belangrijk zijn voor initiatie van kanker (max 1 blz)<br /> # Leg genomic instability uit en geef de link met kanker (max 2 blz)<br /> # A) Leg apoptose uit en geef de link met kanker; B) Welke hallmarks kun je nog linken aan apoptose (max 2 blz)<br /> # Stellingen:<br /> #* VEGF zorgt voor generatie van stalk cellen<br /> #* kankercellen kunnen resistent worden t.o.v. tyrosine kinase inhibitors<br /> #* CAR T-cells kunnen de groei van kankercellen stimuleren<br /> #* Nog 2 andere <br /> <br /> ===22 juni 2018 NM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel<br /> #* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren<br /> #* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven<br /> #* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese<br /> #* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).<br /> # Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?<br /> <br /> ===22 juni 2018 VM===<br /> Schriftelijk:<br /> # Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))<br /> # 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:<br /> #* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.<br /> #* All cells can become cancer cells.<br /> #* Chromosomal translocation can inactivate genes.<br /> #* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.<br /> #* VEGF assists metastasis.<br /> Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):<br /> # Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.<br /> # Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.<br /> <br /> ===16/06/2016 NM===<br /> Mondeling:<br /> #4 stellingen:<br /> #*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen<br /> #*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen<br /> #*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd<br /> #*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers<br /> #Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?<br /> Schriftelijk:<br /> # Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?<br /> # Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie<br /> <br /> ===16/06/2016 VM===<br /> Mondeling:<br /> #Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.<br /> #J/F vragen + verklaren<br /> #*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese<br /> #*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation<br /> #*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen<br /> #*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom<br /> Schirftelijk:<br /> #Leg genome instability volledig uit.<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB<br /> ===22/06/2015===<br /> #Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)<br /> #Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.<br /> #Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?<br /> ===18/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.<br /> #Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.<br /> #woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks<br /> <br /> ===05/06/2015===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld<br /> #Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen<br /> #Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker<br /> #Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit<br /> #korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)<br /> ===16/06/2014===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld<br /> #Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)<br /> #Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden<br /> Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.<br /> ===17/06/2013===<br /> #Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld<br /> #juist of fout:<br /> #*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken<br /> #*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig<br /> #*nog2<br /> #tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.<br /> #Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)<br /> #Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?</div>

R0694261