Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Dynamische Biochemie

2022-06-30T21:02:01Z

R0707638: /* 30 juni 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2022-06-30T21:01:20Z

R0707638: /* 30 juni 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij ph = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2022-06-30T21:00:53Z

R0707638: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij ph = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Microbiologie

2022-01-26T06:25:14Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

*B-lactam werkt alleen op gram+

*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:25:03Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

#*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

#*B-lactam werkt alleen op gram+

#*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

#*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

#*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

#*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:24:53Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

#*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

#*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

#*B-lactam werkt alleen op gram+

#*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

#*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

#*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

#*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:24:42Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

#Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

#Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

#Stelling juist/fout + verklaar /4

#*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

#*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

#*B-lactam werkt alleen op gram+

#*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

#*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

#*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

#*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:23:28Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Open vragen

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

B-lactam werkt alleen op gram+

Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:23:06Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

#Open vragen

#Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

#Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

#Stelling juist/fout + verklaar /4

#Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

#Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

#Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

#B-lactam werkt alleen op gram+

#Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

#Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

#Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

#Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:22:49Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

#Open vragen

# Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

# Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

# Stelling juist/fout + verklaar /4

#* Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

#* Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

#* Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

#* B-lactam werkt alleen op gram+

#* Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

#* Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

#* Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

#* Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:22:16Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

#Open vragen

#* Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

#* Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

# Stelling juist/fout + verklaar /4

#* Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

#* Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

#* Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

#* B-lactam werkt alleen op gram+

#* Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

#* Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

#* Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

#* Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:20:13Z

R0707638: /* 25 Januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Open vragen

1. Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

2. Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

3. Stelling juist/fout + verklaar /4

Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

B-lactam werkt alleen op gram+

Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:18:07Z

R0707638: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Open vragen

1. Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

2. Bespreek (en teken) de bouw, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en hoe verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

3. Stelling juist/fout + verklaar /4

Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

B-lactam werkt alleen op gram+/gramneg. zijn niet gevoelig hieraan

Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

Energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2022-01-26T06:17:11Z

R0707638: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 25 Januari 2022 ===

Open vragen

1. Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

2. Bespreek (en teken) de bouw, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en hoe verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

3. Stelling juist/fout + verklaar /4

Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

B-lactam werkt alleen op gram+/gramneg. zijn niet gevoelig hieraan

Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

Energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.