Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Neurobiology

2025-06-20T10:12:16Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G53AE.htm

== Examenvragen ==

===17 juni 2025===
Q1: a) Give 3 sensory receptors that are important for voluntary movement, each found in a different tissue. Explain what information it provides, in what tissue it is found, and what role is has in motor control. (very small space to write so no details). B) choose either cerebellum or spinal cord to explain how sensory receptors provide a role in the refinement or coordination of the motor control. Draw an anatomically correct figure to explain your answer.

Q2: Paper pictures, what is the main finding of this figure (this for 5 different figures or so) and complete a signaling cascade with the information you deduced from the main findings in the figures.

===18 juni 2024===
Q1: Basale ganglia tekenen, wat gebeurt er bij Parkinsons (PD). Hoe kan dit leiden tot double vision of blurry vision in ogen? -> eye muscle movement

Q2: Paper pictures + use the given findings to complete a signalling cascade (pathway) of mechanism deduced from paper pictures (knowledge of the sleep transduction from the extra pdf schema was useful)

===16 juni 2022===
Note: New exam questions this year, since most of the lectures were given by Sara Gilissen.

# A patient is complaining of severe headaches and fatigue, and a numb sensation in its right leg. In the hospital, they notice a tumor in his brain, causing high intracranial pressure.
## Where exactly is his brain tumor located (be as specific as possible)
## What causes increased intracranial pressure, and what can be done about it? What are the consequences if left untreated?
## What other causes than a brain tumor could cause this loss of sensation? Give three examples and draw the affected pathways.
## If the patient would not have a tumor but a severe leg problem, and the leg would be amputated, what would happen in his brain? What brain regions would be affected?

# Several images of a spatial navigation paper (without legends or extra information)
## All images and results needs to be explained and discussed
## Give the three most important findings of this paper (which you're supposed to derive from the images)

===7 juni 2021===
Question 1 (about the theory chapters)

Chloe has the habit of getting up during the night to go to the bathroom. She doesn't turn on the light and uses light coming from stars and streetlamps to navigate. However, lately her night vision has been declining and one night she falls of the stairs. She ended up in the emergency room and was diagnosed with a subdural hematoma and a fractured spine, leading to damage in two different parts in the central nervous system. The symptoms she experiences are involuntary muscle spasms in the upper arm and a lack of feeling and motion in the legs.

A. Where is the problem of Chloe located (the one that caused her to fall): sensory system - thalamus - brain (circle one of the options)? Explain what's going wrong. (Problem with rod functioning)

B. What is a subdural hematoma? Also make a drawing.

C. Where are the fractures in the spinal cord that are causing Chloe's symptoms and explain.

Question 2 (about spatial navigation)

You get a bunch of figures from a paper we haven't seen before and you have to describe and discuss these results. Then, in the end, explain in maximum 3 sentences what conclusion you derive from these results. Also explain the different spatial navigation cell types and their firing pattern, and the term: theta. (question was easier than expected and the figures were easy to interpret).

===19 juni 2020===
#Een patient kan nog wel koude en warmte voelen, maar heeft geen besef meer van zijn ledematen wanneer hij de ogen sluit. Wat kan er zijn misgelopen in de hersenen?
#Verklaar waarom een verhoogde visuele activiteit bij kinderen met een CI gepaard gaat met een verlaagde auditieve perceptie. Geef twee methoden.
===17 juni 2020===
#Bespreek Parkinson en de verwante pathways.
#Paper van gray matter changes in phantom limb pain: citaat "The adaptibility of the visual system may indicate a cortical compensation mechanism counteracting the genesis of PLP". Bespreek dit citaat. Toon aan dat dit al dan niet correct is aan de hand van 2 voorbeelden of methodes waarmee je dit kan bewijzen/weerleggen.

===24 juni 2019===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
#zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
#Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
#Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel

Model Organisms in Biological Research

2025-01-11T15:11:24Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

Taught by Dr. Lucas Mergan

The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time.
‎<br />The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm

== Examenvragen ==

===10th January 2025===
Self-chosen article:

#explanation of experiments done with the model organism and article content,
#motivation of the use and choice of the model organism for a biological question,
#explanation of technologies used to address the research question,
#motivation of alternative models or tools suited for testing the proposed hypotheses,
#related content of the course as it pertains to the discussion.

Theory:

Explain haploid screens.
Extra question: What other screen can you do on a zebrafish + explain? (F2 genetic screen)

===25th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:

*What is the TET system? Give an example of where it's useful.
*What are polytene chromosomes and what are they used for?
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)
**Extra question: why would you do this

Other possible theory questions: Complementation system, forward screening C. elegans, ES cells, tetrad analysis,...

===18th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?
*Complementation assay
*How would you make a knock-out in a mouse?

===21st January 2022===

Self-chosen article:

#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.
#Give two reasons why it is model organism.
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?
#Is further research and sacrifice of the model organism required?

For theory based on lecture:

*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?
===2022 Voorbeeld examen===
Self chosen article (4/20):
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research. Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach.
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.

===2021 August===
Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.
Theoretical Question:
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?

===2021 January===

Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.

Theoretical question:
*Explain terminator seeds
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.

===2020 January===

* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)
* ES technology, any alternatives?
* Give three tetrads
**explain the Tet system
**explain tetrad analysis
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.
**Explain P elements
**QTL mapping

===2019 January===

*ES technology mice
*QTL mapping
*Optogenetics
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work

===2017-2018 January===

*Wich primates are used as model organism and for which applications?
*Explain Tetrad analysis and the application.
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.
*Explain foward genetics in ''C. elegans''.
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples

Plant Development and Metabolic Regulation

2024-01-27T12:57:32Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Plant development and metabolic regulation

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G45AE.htm

== Examenvragen ==

===25/01/2024===

- explain COP/DET

- explain figure about vasculature formation

briefly discuss:

a) Role of T6P during flowering

b) Hormone/sugar signals for outgrowth of rose bud

c) role of miR172 in floral organ identity

d) drought tolerance of WT, smr1, SMR1 over expressing lines. which mechanisms are in play?

===30/08/2022===

- explain the formation of root hair cells (7)

-Discuss clonal analysis and average cell numbers (5)

briefly discuss: (8, 2 each)

a) ABCE floral system

b) Sweet immunity

c) BHP role in root cells fate

d) what happens when QC cells get Lazer ablated? and how can we visualise that?

===03/02/2022===
COP/DET

Roothair formation, positioning, growth

Smaller questions:
a)coincidence model

b)Give 3 shoot apical meristem mutants and the phenotype

c)sweet immunity

d)Influence of miRNA and sugar on stress and development. Role of SPL and DELLA.

===22 januari 2021===
COP/DET en mutanten die hielpen bij dit te onderzoeken

regulation G1/S and S/M transition.

Small questions
a)Sweet immunity

b)hoe kan je invertase enzym activiteit bepalen in een plant extract

c)Wox figure explain

===22 januari 2021===
wortelhaarvorming uitleggen

COP/DET

a) sweet immunity

b)de rol van suikers & mirna in maturatie van plant

c)hoe kan je invertase enzym activiteit bepalen in een plant extract

===17/01/2019===
COP/DET

regulation G1/S and S/M transition.

Explain briefly:
a) sweet priming

b) polarity in Fucus

c) explain the figure: WOX

===17/01/2019===
Apical dominance: fill in scheme + explain

roothair formation

Smaller questions:
a) coincidence model in Ara and rice

b) sweet immunity

c) influence of miRNA and sugar on stress and development

Plant Development and Metabolic Regulation

2024-01-27T12:56:02Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Plant development and metabolic regulation

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G45AE.htm

== Examenvragen ==

===25/01/2024===

- explain COP/DET
- explain figure about vasculature formation

briefly discuss:

a) Role of T6P during flowering
b) Hormone/sugar signals for outgrowth of rose bud
c) role of miR172 in floral organ identity
d) drought tolerance of WT, smr1, SMR1 over expressing lines. which mechanisms are in play?

===30/08/2022===

- explain the formation of root hair cells (7)
-Discuss clonal analysis and average cell numbers (5)

briefly discuss: (8, 2 each)

a) ABCE floral system
b) Sweet immunity
c) BHP role in root cells fate
d) what happens when QC cells get Lazer ablated? and how can we visualise that?

===03/02/2022===
COP/DET
Roothair formation, positioning, growth

Smaller questions:
a)coincidence model
b)Give 3 shoot apical meristem mutants and the phenotype
c)sweet immunity
d)Influence of miRNA and sugar on stress and development. Role of SPL and DELLA.

===22 januari 2021===
COP/DET en mutanten die hielpen bij dit te onderzoeken
regulation G1/S and S/M transition.
Small questions
a)Sweet immunity
b)hoe kan je invertase enzym activiteit bepalen in een plant extract
c)Wox figure explain

===22 januari 2021===
wortelhaarvorming uitleggen
COP/DET
a) sweet immunity
b)de rol van suikers & mirna in maturatie van plant
c)hoe kan je invertase enzym activiteit bepalen in een plant extract

===17/01/2019===
COP/DET
regulation G1/S and S/M transition.
Explain briefly:
a) sweet priming
b) polarity in Fucus
c) explain the figure: WOX

===17/01/2019===
Apical dominance: fill in scheme + explain
roothair formation
Smaller questions:
a) coincidence model in Ara and rice
b) sweet immunity
c) influence of miRNA and sugar on stress and development

Plant Development and Metabolic Regulation

2024-01-27T12:50:32Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Plant development and metabolic regulation

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G45AE.htm

== Examenvragen ==

===25/01/2024===

- explain COP/DET

- explain figure about vasculature formation

briefly discuss:

a) Role of T6P during flowering

b) Hormone/sugar signals for outgrowth of rose bud

c) role of miR172 in floral organ identity

d) drought tolerance of WT, smr1, SMR1 over expressing lines. which mechanisms are in play?

===30/08/2022===

- explain the formation of root hair cells (7)

-Discuss clonal analysis and average cell numbers (5)

briefly discuss: (8, 2 each)

A - ABCE floral system

B- Sweet immunity

C- BHP role in root cells fate

D- what happens when QC cells get Lazer ablated? and how can we visualise that?

===03/02/2022===
COP/DET
Roothair formation, positioning, growth

Smaller questions:
*coincidence model
*Give 3 shoot apical meristem mutants and the phenotype
*sweet immunity
*Influence of miRNA and sugar on stress and development. Role of SPL and DELLA.

===22 januari 2021===
#COP/DET en mutanten die hielpen bij dit te onderzoeken
#regulation G1/S and S/M transition.
#klein vraagje:
Sweet immunity
hoe kan je invertase enzym activiteit bepalen in een plant extract
Wox tekening

===22 januari 2021===
#wortelhaarvorming uitleggen
#COP/DET
#sweet immunity
#de rol van suikers & mirna in maturatie van plant
#klein vraagje: hoe kan je invertase enzym activiteit bepalen in een plant extract

Advanced biochemistry and biotechnology

2024-01-27T11:39:43Z

R0778053: /* 26 januari 2024 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1.
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/20) (I don't know all the questions anymore so someone can fill in the blanks :) )
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*Issues with using siRNA
*Chaperone mediated autophagy
*1 more question

Answer these questions (13/20)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
*What is the influence of codon-dependent translational elongation on the half-life of mRNA?
*1 more question

===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2024-01-27T11:36:29Z

R0778053: /* 26 januari 2024 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1.
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/20) (I don't know all the questions anymore so someone can fill in the blanks :) )
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*Issues with using siRNA
*Chaperone mediated autophagy
*1 more question

Answer these questions (13/20)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
*2 more questions

===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2024-01-27T11:35:20Z

R0778053: /* 26 januari 2024 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1.
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/20) (I don't know all the questions anymore so someone can fill in the blanks :) )
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*Issues with using siRNA
*2 more questions

Answer these questions (13/20)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
*2 more questions

===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2024-01-27T11:33:08Z

R0778053: /* 26 januari 2024 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1.
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/20) (I don't know all the questions anymore so someone can fill in the blanks :) )
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*3 more questions

Answer these questions (13/20)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
*2 more questions

===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Advanced biochemistry and biotechnology

2024-01-27T11:29:23Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1.
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/20) (I don't know all the questions anymore so someone can fill in the blanks :) )
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*3 more questions

Answer these questions (13/20)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*How can you increase specificity of CRISPR?
*2 more questions
===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Comparative Endocrinology

2024-01-16T07:59:34Z

R0778053: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over ''C. elegans'' die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.

Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.

Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.

Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm

== Examenvragen ==

===15 januari 2024===
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie.
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden.

2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:
#a. What are pheromones? Give an example.
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt.
#c. What is a tropic hormone? Give an example.
#d. What is Gs signaling?
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging?

===15 januari 2024===

1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.

2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?

===16 januari 2023===

1. Choose one question to answer:

# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don't remember the question accurately).

2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)

#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.
#b. What is a monoamine? Give an example.
#c. Give an example of an anorexic peptide and it's place of synthesis.
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids

===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).
#Compare FSH signals between male/female.
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.

===26 januari 2022===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.

===17 januari 2022===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts)
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology

===11 januari 2021===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts)
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?

===6 januari 2021===
choose 2 out of the 3 questions
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones.
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.

===23 januari 2020===
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?

===17 januari 2020===
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)
#Paper

===23 januari 2019===
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.
#paper

===18 januari 2019===
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren.
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen.
#Paper

=== 14 januari 2019 ===

#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.
#Paper
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?

===24 januari 2018===
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.
#Paper
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën

===19 januari 2018===
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren.
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen.
#Paper

=== 15 januari 2018 ===
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën
# Paper
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

Het examen is in het engels!

=== 20 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.

Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?

=== 18 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën

Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

=== 11 januari 2016 ===

Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.

Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?

=== 11 januari 2016 ===

Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians

You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.

=== 12 januari 2014 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.

=== 16 januari 2012 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.

Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)

=== 17 januari 2011 ===

Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.

=== Andere vragen ===

- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de pancreas.

- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?

- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.

- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?

- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?

- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?

- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?

- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?

- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.

- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.

- Biosynthese van cortisol

- Werking van MSH: de epifyse

- Oestrale cyclus van het schaap

- GTP en G-proteïnen

- Gene knockout

- Hypothalamische controle van het groeihormoon

- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors

- Prolactine bij de vogels