
<?xml version="1.0"?>
<feed xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xml:lang="nl">
	<id>https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=R0793161</id>
	<title>Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]</title>
	<link rel="self" type="application/atom+xml" href="https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=R0793161"/>
	<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Speciaal:Bijdragen/R0793161"/>
	<updated>2026-07-28T08:21:59Z</updated>
	<subtitle>Gebruikersbijdragen</subtitle>
	<generator>MediaWiki 1.43.0</generator>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&amp;diff=4926</id>
		<title>Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Mechanisms_of_Signal_Transduction_and_Cell_Regulation&amp;diff=4926"/>
		<updated>2026-01-19T11:20:15Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Vak uit de master B&amp;amp;amp;B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.&lt;br /&gt;
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.&lt;br /&gt;
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden. (2024-2025: volledig schriftelijk, er zijn wel nog verplicht te lezen papers (2 voor Mizuno, vrij veel voor Winderickx) die aansluiten bij de leerstof, maar waar niets expliciet van is gevraagd)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===19 January 2026 ===&lt;br /&gt;
Van den broeck: explain in detail how insulin regulates the levels of glycogen stored in the hepatocytes and he gives the figure about GSK3B and glycogen synthase&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Winderickx: 1) explain the role of Rip1 kinase in programmed cell death 2) Explain briefly how some people can have tetrachromatic color vision&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Mizuno: 1) explain common structures in protein kinases and also include catalytic site and P-loop 2) explain external activation of classical PKC 3) explain how the C2 domain plays a role in the activation of PKC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01 September 2025 ===&lt;br /&gt;
Van den Broeck: Question related to &#039;Sevenless mutations in Drosohila&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Winderickx: Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate and short explanation of the other players in this pathway.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Mizuno: Question related to H2O2 as a signaling molecule + pathway involved &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 january 2025 ===&lt;br /&gt;
Van den Broeck: picture adregenic receptors agonists and antagonists, how do you differentiate between these receptors (alpha1, alpha2, beta1, beta2), which methods would you use? explain &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Winderickx: A: explain GRK, GoLoco, phosducin, RAMP, RGS briefly. B: explain role of TNFR and RIP1 in regulated cell death briefly&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Mizuno: A: general structures in protein kinases B: external activation of classical PKC C: how does C2 domain play a role in activation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 January 2024 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Broeck: &lt;br /&gt;
Give 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, and give (dis)advantages by comparing the techniques + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Winderickx: &lt;br /&gt;
Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate and short explanation of the other players in this pathway.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Mizuno: &lt;br /&gt;
Explain the structure of the EF-hand motif and the C2 domain. How do they interact and bind with Ca2+? Give an exemple (one of each) of molecules that contain an EF-hand motif/C2 domain and explain how they transduce signals. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 January 2023 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
20 points for each section. An average will be taken of the three parts.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Mizuno: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Explain the structure if EF hand motif and C2 domain. How do theinteract and bind with Ca2+? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Give some examples of molecules that contain one of these motifs and how explain how they transduce signals.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Winderickx: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Explain the role of the following molecules in the modultaion of G-protein signalling briefly (in a few sentences): RAMPs, Arrestin (alpha and beta), GoLoco,RGS and GRKs. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Describe the formation and the role of apoptosome and necroptosome/ribtosome.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vanden Broeck: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Figure of synapse was give. Explain the steps (1-5) involved in the processof synaptic transmission.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Explain the molecular mode of action for neurotransmitters (e.g. acetylcholine).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===04 February 2022 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Molecular genetics of red-green colour deficiencies. Why is it so frequent, and why can such apparently similar genotypes lead to different phenotypes. Is tetrachromacy possible? (talk about it)&lt;br /&gt;
# Mizuno: Characteristics of NO. Synthesis of NO, explain. Regulation of the different NOS (eNOS, nNOS, iNOS).&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: What do you know about GPCR activation? Explain a hypothetical scheme given (from the lectures, the different conformations of GPCR). &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 January 2022 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)&lt;br /&gt;
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals (EF hand: Calmodulin, SMIT1; C2 domain: classical PKCs, synaptotagmin)&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Give 3 lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 January 2021 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate&lt;br /&gt;
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals &lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 January 2021 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate&lt;br /&gt;
# Mizuno: 1) common structures in protein kinases 2) How external activation of classic PKC&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Schematic of Insuline receptor activation and muscle constriction and pathways given, explain the major pathways here and how these cells increase the glucose uptake&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 August 2020 ===&lt;br /&gt;
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)&lt;br /&gt;
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate&lt;br /&gt;
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 January 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Winderickx: RGS, GoLoco, AKAPs, Bcl2-family and GPCR desensitization(?)&lt;br /&gt;
# Mizuno: ER/SR and calcium uptake - serca, ip3r, ryr, stim and orai1 explanation + How is it regulated&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Paper about GPCR&#039;s - question about arrestin&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 January 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Mizuno (oral): Paper about allosteric activation of Raf. What is the P-loop and the catalytic site of a kinase?&lt;br /&gt;
# Winderickx: Explain the function of the members of the Bcl2-family. What makes them belong to the same family? Briefly explain the pathway(s) it is involved in and briefly give the function of the other substrates in the pathway(s).&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Give three downstream compounds of the insulin/IGF pathway in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 January 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Winderickx : Apoptosis, intrinsic, extrinsic pathway&lt;br /&gt;
# Mizuno (oral): Paper about kinases&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2020 VM ===&lt;br /&gt;
# Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. &#039;&#039;FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:&#039;&#039; [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]&lt;br /&gt;
# Mizuno&lt;br /&gt;
## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.&lt;br /&gt;
## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.&lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Explain how you would perform a &#039;&#039;&#039;ligand binding assay&#039;&#039;&#039; for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based &#039;&#039;&#039;functional receptor assay&#039;&#039;&#039; and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
===16 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
# VDB (mondeling): paper over insuline receptor &lt;br /&gt;
# JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype? &lt;br /&gt;
# MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016) &lt;br /&gt;
## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)&lt;br /&gt;
## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems&lt;br /&gt;
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)&lt;br /&gt;
# VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2019 VM ===&lt;br /&gt;
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: &#039;Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]&lt;br /&gt;
## Explain ROS production (3min talk)&lt;br /&gt;
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated? &lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
# Mizuno:  artikel over SOCE&lt;br /&gt;
# Winderickx: Kleurenblindheid &lt;br /&gt;
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2019===&lt;br /&gt;
# mizuno:  de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?&lt;br /&gt;
# Winderickx: had een artikel over metacaspases &lt;br /&gt;
# Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2019===&lt;br /&gt;
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose) &lt;br /&gt;
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen&lt;br /&gt;
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose&lt;br /&gt;
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)&lt;br /&gt;
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx: paper over apoptose&lt;br /&gt;
#VDB: insuline&lt;br /&gt;
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt&lt;br /&gt;
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen &lt;br /&gt;
#VDB: paper over GPCR&lt;br /&gt;
===25 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt. &lt;br /&gt;
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen. &lt;br /&gt;
#Mizuno: Paper over ros&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...&lt;br /&gt;
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.&lt;br /&gt;
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2018===&lt;br /&gt;
#artikel JW over Bax (apoptosis)&lt;br /&gt;
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken&lt;br /&gt;
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase&lt;br /&gt;
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.&lt;br /&gt;
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema&lt;br /&gt;
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?&lt;br /&gt;
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017(vm)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#JVB: paper &amp;quot;Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region&amp;quot; Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.&lt;br /&gt;
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.&lt;br /&gt;
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 26 januari 2017(vm)===&lt;br /&gt;
#Paper Hideaki: &lt;br /&gt;
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus&lt;br /&gt;
#* Contents paper vertellen&lt;br /&gt;
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.&lt;br /&gt;
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose. &lt;br /&gt;
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines. &lt;br /&gt;
=== 24 januari 2017(vm)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype&lt;br /&gt;
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.&lt;br /&gt;
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2017 (nm)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband. &lt;br /&gt;
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.&lt;br /&gt;
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2016 (nm)===&lt;br /&gt;
#JW: Paper over kleurenblindheid&lt;br /&gt;
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway&lt;br /&gt;
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2016 (nm)===&lt;br /&gt;
#JVD: artikel over LGR4&lt;br /&gt;
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken&lt;br /&gt;
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2016 (vm)===&lt;br /&gt;
#JVD: Paper over lipid signal s1p&lt;br /&gt;
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg&lt;br /&gt;
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2014 vm===&lt;br /&gt;
#paper for Mizuno&lt;br /&gt;
#Van den Broek:&lt;br /&gt;
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell &lt;br /&gt;
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist&lt;br /&gt;
#Winderickx:&lt;br /&gt;
## Give the two apoptosis pathways&lt;br /&gt;
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2014 vm===&lt;br /&gt;
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)&lt;br /&gt;
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)&lt;br /&gt;
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2014 nm ===&lt;br /&gt;
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction. &lt;br /&gt;
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.&lt;br /&gt;
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 jan 2013 nm ===&lt;br /&gt;
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP &lt;br /&gt;
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway &lt;br /&gt;
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 jan 2013 ===&lt;br /&gt;
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.&lt;br /&gt;
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]&lt;br /&gt;
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.&lt;br /&gt;
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.&lt;br /&gt;
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT&#039;s en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen&lt;br /&gt;
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining&lt;br /&gt;
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 jan 2011 nm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten. &lt;br /&gt;
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release&lt;br /&gt;
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 jan 2011 nm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch. &lt;br /&gt;
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases. &lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2011 nm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter&lt;br /&gt;
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken&lt;br /&gt;
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2011 vm ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]&lt;br /&gt;
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen&lt;br /&gt;
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 10 sep 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]&lt;br /&gt;
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen&lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van Vandenbroeck&lt;br /&gt;
# robben: NO synthase en functioneren daarvan&lt;br /&gt;
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# artikel van robben, &lt;br /&gt;
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)&lt;br /&gt;
# Jorix: regulatie van cAMP&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# MDL: Artikel NAADP&lt;br /&gt;
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer&lt;br /&gt;
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# De Ley: NO en NO synthase(n)&lt;br /&gt;
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS&lt;br /&gt;
# VDB: artikel gonadotrope receptor&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 29 aug 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)&lt;br /&gt;
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.&lt;br /&gt;
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# MDL: ROS &lt;br /&gt;
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme &lt;br /&gt;
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# de ley: his fosforylatie &lt;br /&gt;
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway &lt;br /&gt;
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties &lt;br /&gt;
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway &lt;br /&gt;
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# De Ley: artikel over phosphohistidines &lt;br /&gt;
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers. &lt;br /&gt;
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken. &lt;br /&gt;
# Bijvragen : Leg uit: &lt;br /&gt;
#* Sos &lt;br /&gt;
#* Prohormoon Convertase &lt;br /&gt;
#* Phosphoinositide-3-kinase&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4866</id>
		<title>Comparative Endocrinology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4866"/>
		<updated>2026-01-12T18:14:36Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039; die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: alle vragen zijn mondeling, examen afgeven na mondeling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2025-2026: kleine vragen zijn schriftelijk en niet mondeling. Bij ons moest je het examen al afgeven bij de start van het mondeling dus je kan niet naar je eigen notities en voorbereiding kijken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine control of calcium and phosphate homeostasis in mammals. Give main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their basic principles. Be prepared to talk about the clinical relevance&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# Catecholamines + example and its function&lt;br /&gt;
# How does  Gq signaling work&lt;br /&gt;
# Natrial atriuretic peptide: cells that release it, cells that receive it, function&lt;br /&gt;
# Glycoprotein hormone + example&lt;br /&gt;
# What is the effect of insulin-like peptide on Dauer entry and ageing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the homeostatic control of feeding in mammals. Give the main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their function. Be prepared to talk about the clinical use (GIP/GLP-1 agonists)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# What is an androgen + example&lt;br /&gt;
# What is a neuropeptide + example&lt;br /&gt;
# What is the link of dafachronric acid with dauer entry?&lt;br /&gt;
# What is TGFbeta signaling?&lt;br /&gt;
# What is melatonin? + cells that release it + cells that receive it + functions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2025===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in growth in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What are mineralocorticoids? Give an example and explain briefly. &lt;br /&gt;
# Explain Gi-signalling.&lt;br /&gt;
# What is ghrelin? Explain its function, where is is secreted and its target cells?&lt;br /&gt;
# What are catecholamines? Give an example and explain briefly.&lt;br /&gt;
# What is the effect of TGF-beta-like ligands (DAF-7) on Dauer entry and behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2025 (PM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine stress response in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# Glucocorticoids, give an example and brief function&lt;br /&gt;
# Leptin: what does it do, where released, where action&lt;br /&gt;
# How does TGFb signaling work?&lt;br /&gt;
# What are incretins, give an example&lt;br /&gt;
# How do insulin-like peptides (DAF-28) relate to dauer formation and life span?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 january 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in feeding in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What is an orexigenic peptide? Give an example and explain its function briefly. &lt;br /&gt;
# What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
# What is prolactin? Mention the cells that release it and the cells that respond as well as its function. &lt;br /&gt;
# What is a releasing hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
# What is the effect of dafachronic acids on Dauer entry and behavior?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 januari 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# How does PIK signaling work?&lt;br /&gt;
# What is a pheromone? Give an example.&lt;br /&gt;
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior&lt;br /&gt;
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function&lt;br /&gt;
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie. &lt;br /&gt;
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. What are pheromones? Give an example. &lt;br /&gt;
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt. &lt;br /&gt;
#c. What is a tropic hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
#d. What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan&lt;br /&gt;
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?&lt;br /&gt;
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.&lt;br /&gt;
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven&lt;br /&gt;
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Choose one question to answer:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.&lt;br /&gt;
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don&#039;t remember the question accurately).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.&lt;br /&gt;
#b. What is a monoamine? Give an example.&lt;br /&gt;
#c. Give an example of an anorexic peptide and it&#039;s place of synthesis.&lt;br /&gt;
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)&lt;br /&gt;
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.&lt;br /&gt;
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.&lt;br /&gt;
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare FSH signals between male/female.&lt;br /&gt;
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.&lt;br /&gt;
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...&lt;br /&gt;
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.&lt;br /&gt;
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones. &lt;br /&gt;
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.&lt;br /&gt;
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.&lt;br /&gt;
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).&lt;br /&gt;
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
#paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
# Paper&lt;br /&gt;
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is in het engels!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Andere vragen ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de pancreas.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Biosynthese van cortisol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Werking van MSH: de epifyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Oestrale cyclus van het schaap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- GTP en G-proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Gene knockout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Hypothalamische controle van het groeihormoon&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Prolactine bij de vogels&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4864</id>
		<title>Comparative Endocrinology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4864"/>
		<updated>2026-01-12T16:21:31Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 12 januari 2026 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039; die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: alle vragen zijn mondeling, examen afgeven na mondeling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine control of calcium and phosphate homeostasis in mammals. Give main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their basic principles. Be prepared to talk about the clinical relevance&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# Catecholamines + example and its function&lt;br /&gt;
# How does  Gq signaling work&lt;br /&gt;
# Natrial atriuretic peptide: cells that release it, cells that receive it, function&lt;br /&gt;
# Glycoprotein hormone + example&lt;br /&gt;
# What is the effect of insulin-like peptide on Dauer entry and ageing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the homeostatic control of feeding in mammals. Give the main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their function. Be prepared to talk about the clinical use (GIP/GLP-1 agonists)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# What is an androgen + example&lt;br /&gt;
# What is a neuropeptide + example&lt;br /&gt;
# What is the link of dafachronric acid with dauer entry?&lt;br /&gt;
# What is TGFbeta signaling?&lt;br /&gt;
# What is melatonin? + cells that release it + cells that receive it + functions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2025===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in growth in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What are mineralocorticoids? Give an example and explain briefly. &lt;br /&gt;
# Explain Gi-signalling.&lt;br /&gt;
# What is ghrelin? Explain its function, where is is secreted and its target cells?&lt;br /&gt;
# What are catecholamines? Give an example and explain briefly.&lt;br /&gt;
# What is the effect of TGF-beta-like ligands (DAF-7) on Dauer entry and behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2025 (PM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine stress response in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# Glucocorticoids, give an example and brief function&lt;br /&gt;
# Leptin: what does it do, where released, where action&lt;br /&gt;
# How does TGFb signaling work?&lt;br /&gt;
# What are incretins, give an example&lt;br /&gt;
# How do insulin-like peptides (DAF-28) relate to dauer formation and life span?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 january 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in feeding in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What is an orexigenic peptide? Give an example and explain its function briefly. &lt;br /&gt;
# What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
# What is prolactin? Mention the cells that release it and the cells that respond as well as its function. &lt;br /&gt;
# What is a releasing hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
# What is the effect of dafachronic acids on Dauer entry and behavior?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 januari 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# How does PIK signaling work?&lt;br /&gt;
# What is a pheromone? Give an example.&lt;br /&gt;
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior&lt;br /&gt;
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function&lt;br /&gt;
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie. &lt;br /&gt;
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. What are pheromones? Give an example. &lt;br /&gt;
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt. &lt;br /&gt;
#c. What is a tropic hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
#d. What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan&lt;br /&gt;
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?&lt;br /&gt;
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.&lt;br /&gt;
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven&lt;br /&gt;
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Choose one question to answer:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.&lt;br /&gt;
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don&#039;t remember the question accurately).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.&lt;br /&gt;
#b. What is a monoamine? Give an example.&lt;br /&gt;
#c. Give an example of an anorexic peptide and it&#039;s place of synthesis.&lt;br /&gt;
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)&lt;br /&gt;
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.&lt;br /&gt;
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.&lt;br /&gt;
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare FSH signals between male/female.&lt;br /&gt;
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.&lt;br /&gt;
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...&lt;br /&gt;
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.&lt;br /&gt;
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones. &lt;br /&gt;
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.&lt;br /&gt;
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.&lt;br /&gt;
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).&lt;br /&gt;
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
#paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
# Paper&lt;br /&gt;
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is in het engels!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Andere vragen ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de pancreas.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Biosynthese van cortisol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Werking van MSH: de epifyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Oestrale cyclus van het schaap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- GTP en G-proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Gene knockout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Hypothalamische controle van het groeihormoon&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Prolactine bij de vogels&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4863</id>
		<title>Comparative Endocrinology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4863"/>
		<updated>2026-01-12T16:21:01Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 9 januari 2026 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039; die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: alle vragen zijn mondeling, examen afgeven na mondeling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine control control of calcium and phosphate homeostasis in mammals. Give main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their basic principles. Be prepared to talk about the clinical relevance&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# Catecholamines + example and its function&lt;br /&gt;
# How does  Gq signaling work&lt;br /&gt;
# Natrial atriuretic peptide: cells that release it, cells that receive it, function&lt;br /&gt;
# Glycoprotein hormone + example&lt;br /&gt;
# What is the effect of insulin-like peptide on Dauer entry and ageing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the homeostatic control of feeding in mammals. Give the main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their function. Be prepared to talk about the clinical use (GIP/GLP-1 agonists)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# What is an androgen + example&lt;br /&gt;
# What is a neuropeptide + example&lt;br /&gt;
# What is the link of dafachronric acid with dauer entry?&lt;br /&gt;
# What is TGFbeta signaling?&lt;br /&gt;
# What is melatonin? + cells that release it + cells that receive it + functions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2025===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in growth in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What are mineralocorticoids? Give an example and explain briefly. &lt;br /&gt;
# Explain Gi-signalling.&lt;br /&gt;
# What is ghrelin? Explain its function, where is is secreted and its target cells?&lt;br /&gt;
# What are catecholamines? Give an example and explain briefly.&lt;br /&gt;
# What is the effect of TGF-beta-like ligands (DAF-7) on Dauer entry and behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2025 (PM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine stress response in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# Glucocorticoids, give an example and brief function&lt;br /&gt;
# Leptin: what does it do, where released, where action&lt;br /&gt;
# How does TGFb signaling work?&lt;br /&gt;
# What are incretins, give an example&lt;br /&gt;
# How do insulin-like peptides (DAF-28) relate to dauer formation and life span?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 january 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in feeding in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What is an orexigenic peptide? Give an example and explain its function briefly. &lt;br /&gt;
# What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
# What is prolactin? Mention the cells that release it and the cells that respond as well as its function. &lt;br /&gt;
# What is a releasing hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
# What is the effect of dafachronic acids on Dauer entry and behavior?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 januari 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# How does PIK signaling work?&lt;br /&gt;
# What is a pheromone? Give an example.&lt;br /&gt;
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior&lt;br /&gt;
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function&lt;br /&gt;
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie. &lt;br /&gt;
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. What are pheromones? Give an example. &lt;br /&gt;
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt. &lt;br /&gt;
#c. What is a tropic hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
#d. What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan&lt;br /&gt;
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?&lt;br /&gt;
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.&lt;br /&gt;
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven&lt;br /&gt;
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Choose one question to answer:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.&lt;br /&gt;
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don&#039;t remember the question accurately).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.&lt;br /&gt;
#b. What is a monoamine? Give an example.&lt;br /&gt;
#c. Give an example of an anorexic peptide and it&#039;s place of synthesis.&lt;br /&gt;
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)&lt;br /&gt;
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.&lt;br /&gt;
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.&lt;br /&gt;
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare FSH signals between male/female.&lt;br /&gt;
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.&lt;br /&gt;
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...&lt;br /&gt;
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.&lt;br /&gt;
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones. &lt;br /&gt;
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.&lt;br /&gt;
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.&lt;br /&gt;
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).&lt;br /&gt;
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
#paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
# Paper&lt;br /&gt;
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is in het engels!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Andere vragen ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de pancreas.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Biosynthese van cortisol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Werking van MSH: de epifyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Oestrale cyclus van het schaap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- GTP en G-proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Gene knockout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Hypothalamische controle van het groeihormoon&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Prolactine bij de vogels&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4862</id>
		<title>Comparative Endocrinology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4862"/>
		<updated>2026-01-12T16:20:48Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039; die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: alle vragen zijn mondeling, examen afgeven na mondeling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine control control of calcium and phosphate homeostasis in mammals. Give main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their basic principles. Be prepared to talk about the clinical relevance&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# Catecholamines + example and its function&lt;br /&gt;
# How does  Gq signaling work&lt;br /&gt;
# Natrial atriuretic peptide: cells that release it, cells that receive it, function&lt;br /&gt;
# Glycoprotein hormone + example&lt;br /&gt;
# What is the effect of insulin-like peptide on Dauer entry and ageing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the homeostatic control of feeding in mammals. Give the main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + function. Be prepared to talk about the clinical use (GIP/GLP-1 agonists)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# What is an androgen + example&lt;br /&gt;
# What is a neuropeptide + example&lt;br /&gt;
# What is the link of dafachronric acid with dauer entry?&lt;br /&gt;
# What is TGFbeta signaling?&lt;br /&gt;
# What is melatonin? + cells that release it + cells that receive it + functions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2025===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in growth in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What are mineralocorticoids? Give an example and explain briefly. &lt;br /&gt;
# Explain Gi-signalling.&lt;br /&gt;
# What is ghrelin? Explain its function, where is is secreted and its target cells?&lt;br /&gt;
# What are catecholamines? Give an example and explain briefly.&lt;br /&gt;
# What is the effect of TGF-beta-like ligands (DAF-7) on Dauer entry and behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2025 (PM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine stress response in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# Glucocorticoids, give an example and brief function&lt;br /&gt;
# Leptin: what does it do, where released, where action&lt;br /&gt;
# How does TGFb signaling work?&lt;br /&gt;
# What are incretins, give an example&lt;br /&gt;
# How do insulin-like peptides (DAF-28) relate to dauer formation and life span?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 january 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in feeding in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What is an orexigenic peptide? Give an example and explain its function briefly. &lt;br /&gt;
# What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
# What is prolactin? Mention the cells that release it and the cells that respond as well as its function. &lt;br /&gt;
# What is a releasing hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
# What is the effect of dafachronic acids on Dauer entry and behavior?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 januari 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# How does PIK signaling work?&lt;br /&gt;
# What is a pheromone? Give an example.&lt;br /&gt;
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior&lt;br /&gt;
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function&lt;br /&gt;
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie. &lt;br /&gt;
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. What are pheromones? Give an example. &lt;br /&gt;
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt. &lt;br /&gt;
#c. What is a tropic hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
#d. What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan&lt;br /&gt;
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?&lt;br /&gt;
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.&lt;br /&gt;
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven&lt;br /&gt;
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Choose one question to answer:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.&lt;br /&gt;
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don&#039;t remember the question accurately).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.&lt;br /&gt;
#b. What is a monoamine? Give an example.&lt;br /&gt;
#c. Give an example of an anorexic peptide and it&#039;s place of synthesis.&lt;br /&gt;
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)&lt;br /&gt;
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.&lt;br /&gt;
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.&lt;br /&gt;
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare FSH signals between male/female.&lt;br /&gt;
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.&lt;br /&gt;
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...&lt;br /&gt;
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.&lt;br /&gt;
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones. &lt;br /&gt;
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.&lt;br /&gt;
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.&lt;br /&gt;
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).&lt;br /&gt;
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
#paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
# Paper&lt;br /&gt;
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is in het engels!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Andere vragen ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de pancreas.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Biosynthese van cortisol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Werking van MSH: de epifyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Oestrale cyclus van het schaap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- GTP en G-proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Gene knockout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Hypothalamische controle van het groeihormoon&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Prolactine bij de vogels&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4861</id>
		<title>Comparative Endocrinology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4861"/>
		<updated>2026-01-12T16:19:44Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039; die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: alle vragen zijn mondeling, examen afgeven na mondeling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2026===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine control control of calcium and phosphate homeostasis in mammals. Give main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + their basic principles. Be prepared to talk about the clinical relevance&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences:&lt;br /&gt;
# Catecholamines + example and its function&lt;br /&gt;
# How does  Gq signaling work&lt;br /&gt;
# Natrial atriuretic peptide: cells that release it, cells that receive it, function&lt;br /&gt;
# Glycoprotein hormone + example&lt;br /&gt;
# What is the effect of insulin-like peptide on Dauer entry and ageing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 januari 2026===&lt;br /&gt;
5 small questions:&lt;br /&gt;
- What is an androgen + example&lt;br /&gt;
- What is a neuropeptide + example&lt;br /&gt;
- What is the link of dafachronric acid with dauer entry?&lt;br /&gt;
- What is TGFbeta signaling?&lt;br /&gt;
- What is melatonin? + cells that release it + cells that receive it + functions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Big oral question:&lt;br /&gt;
- Explain the homeostatic control of feeding in mammals. Give the main endocrine glands, regions in the brain involved and the important hormones + function. Be prepared to talk about the clinical use (GIP/GLP-1 agonists).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 januari 2025===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in growth in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What are mineralocorticoids? Give an example and explain briefly. &lt;br /&gt;
# Explain Gi-signalling.&lt;br /&gt;
# What is ghrelin? Explain its function, where is is secreted and its target cells?&lt;br /&gt;
# What are catecholamines? Give an example and explain briefly.&lt;br /&gt;
# What is the effect of TGF-beta-like ligands (DAF-7) on Dauer entry and behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2025 (PM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine stress response in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# Glucocorticoids, give an example and brief function&lt;br /&gt;
# Leptin: what does it do, where released, where action&lt;br /&gt;
# How does TGFb signaling work?&lt;br /&gt;
# What are incretins, give an example&lt;br /&gt;
# How do insulin-like peptides (DAF-28) relate to dauer formation and life span?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 january 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in feeding in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What is an orexigenic peptide? Give an example and explain its function briefly. &lt;br /&gt;
# What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
# What is prolactin? Mention the cells that release it and the cells that respond as well as its function. &lt;br /&gt;
# What is a releasing hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
# What is the effect of dafachronic acids on Dauer entry and behavior?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 januari 2025 (AM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# How does PIK signaling work?&lt;br /&gt;
# What is a pheromone? Give an example.&lt;br /&gt;
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior&lt;br /&gt;
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function&lt;br /&gt;
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie. &lt;br /&gt;
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. What are pheromones? Give an example. &lt;br /&gt;
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt. &lt;br /&gt;
#c. What is a tropic hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
#d. What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan&lt;br /&gt;
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?&lt;br /&gt;
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.&lt;br /&gt;
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven&lt;br /&gt;
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Choose one question to answer:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.&lt;br /&gt;
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don&#039;t remember the question accurately).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.&lt;br /&gt;
#b. What is a monoamine? Give an example.&lt;br /&gt;
#c. Give an example of an anorexic peptide and it&#039;s place of synthesis.&lt;br /&gt;
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)&lt;br /&gt;
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.&lt;br /&gt;
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.&lt;br /&gt;
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare FSH signals between male/female.&lt;br /&gt;
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.&lt;br /&gt;
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...&lt;br /&gt;
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.&lt;br /&gt;
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones. &lt;br /&gt;
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.&lt;br /&gt;
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.&lt;br /&gt;
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).&lt;br /&gt;
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
#paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
# Paper&lt;br /&gt;
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is in het engels!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Andere vragen ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de pancreas.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Biosynthese van cortisol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Werking van MSH: de epifyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Oestrale cyclus van het schaap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- GTP en G-proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Gene knockout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Hypothalamische controle van het groeihormoon&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Prolactine bij de vogels&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4492</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4492"/>
		<updated>2025-01-27T19:31:34Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 21/01/2025 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: Het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Temmerman (proteomics en metabolomics). Voor het deel van Temmerman waren er opnames van prof Schoofs en Landuyt, vanwege Temmerman haar zwangerschap. Ze was er wel voor vragen te beantwoorden. Alles is gesloten boek, geschreven examen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21/01/2025===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
* Open question about pangenome analysis including 50 genomes of Arabidopsis individuals from different environments and locations (11 points in total)&lt;br /&gt;
*# Explain the concept of a pangenome analysis and explain the state of the art sequencing technique that can be used in detail (6 points)&lt;br /&gt;
*# Comparison of pangenomes to high quality reference genome of Arabidopsis reveals accessory sequences and structural variants. Can you explain what is causing these accessory sequences and structural variants? (3 points)&lt;br /&gt;
*# Can you think of at least 2 techniques that can be used to study the functionality of these accessory sequences? (2 points)&lt;br /&gt;
* Terms (3 points/term so 9 points in total)&lt;br /&gt;
*# ATAC-seq&lt;br /&gt;
*# AP-MS&lt;br /&gt;
*# LINE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Temmerman&lt;br /&gt;
* Labels in proteomics: why used? Which types of labels are there? Give example for each type and explain the differences. (7 points)&lt;br /&gt;
* MS spectrum: Label the axes. Which peptides in spectrum? Identify which peaks belong to which peptides. (4 points)&lt;br /&gt;
* Are the following statements true or false. Explain briefly (1 point)&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprinting can be combined with shotgun proteomics&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprinting requires MS/MS data&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4491</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4491"/>
		<updated>2025-01-27T19:31:03Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 21/01/2025 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: Het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Temmerman (proteomics en metabolomics). Voor het deel van Temmerman waren er opnames van prof Schoofs en Landuyt, vanwege Temmerman haar zwangerschap. Ze was er wel voor vragen te beantwoorden. Alles is gesloten boek, geschreven examen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21/01/2025===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
* Open question about pangenome analysis including 50 genomes of Arabidopsis individuals from different environments and locations (11 points in total)&lt;br /&gt;
*# Explain the concept of a pangenome analysis and explain the state of the art sequencing technique that can be used in detail (7 points)&lt;br /&gt;
*# Comparison of pangenomes to high quality reference genome of Arabidopsis reveals accessory sequences and structural variants. Can you explain what is causing these accessory sequences and structural variants? (3 points)&lt;br /&gt;
*# Can you think of at least 2 techniques that can be used to study the functionality of these accessory sequences? (2 points)&lt;br /&gt;
* Terms (3 points/term so 9 points in total)&lt;br /&gt;
*# ATAC-seq&lt;br /&gt;
*# AP-MS&lt;br /&gt;
*# LINE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Temmerman&lt;br /&gt;
* Labels in proteomics: why used? Which types of labels are there? Give example for each type and explain the differences. (7 points)&lt;br /&gt;
* MS spectrum: Label the axes. Which peptides in spectrum? Identify which peaks belong to which peptides. (4 points)&lt;br /&gt;
* Are the following statements true or false. Explain briefly (1 point)&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprinting can be combined with shotgun proteomics&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprinting requires MS/MS data&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4490</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4490"/>
		<updated>2025-01-27T19:30:36Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 21/01/2025 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: Het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Temmerman (proteomics en metabolomics). Voor het deel van Temmerman waren er opnames van prof Schoofs en Landuyt, vanwege Temmerman haar zwangerschap. Ze was er wel voor vragen te beantwoorden. Alles is gesloten boek, geschreven examen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21/01/2025===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
* Open question about pangenome analysis including 50 genomes of Arabidopsis individuals from different environments and locations (11 points in total)&lt;br /&gt;
*# Explain the concept of a pangenome analysis and explain the state of the art sequencing technique that can be used in detail (7 points)&lt;br /&gt;
*# Comparison of pangenomes to high quality reference genome of Arabidopsis reveals accessory sequences and structural variants. Can you explain what is causing these accessory sequences and structural variants? (3 points)&lt;br /&gt;
*# Can you think of at least 2 techniques that can be used to study the functionality of these accessory sequences? (2 points)&lt;br /&gt;
* Terms (3 points/term so 9 points in total)&lt;br /&gt;
*# ATAC-seq&lt;br /&gt;
*# AP-MS&lt;br /&gt;
*# LINE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Temmerman&lt;br /&gt;
* Labels in proteomics: why used? Which types of labels are there? Give example for each type and explain the differences. (7 points)&lt;br /&gt;
* MS spectrum: Label the axes. Which peptides in spectrum? Identify which peaks belong to which peptides. (4 points)&lt;br /&gt;
* Are the following statements true or false. Explain briefly (1 point)&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint ?&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint requires MS/MS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4489</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4489"/>
		<updated>2025-01-27T19:30:09Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 21/01/2025 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: Het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Temmerman (proteomics en metabolomics). Voor het deel van Temmerman waren er opnames van prof Schoofs en Landuyt, vanwege Temmerman haar zwangerschap. Ze was er wel voor vragen te beantwoorden. Alles is gesloten boek, geschreven examen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21/01/2025===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
* Open question about pangenome analysis including 50 genomes of Arabidopsis individuals from different environments and locations (11 points in total)&lt;br /&gt;
*# Explain the concept of a pangenome analysis and explain the state of the art sequencing technique that can be used in detail (7 points)&lt;br /&gt;
*# Comparison of pangenomes to high quality reference genome of Arabidopsis reveals accessory sequences and structural variants. Can you explain what is causing these accessory sequences and structural variants? (3 points)&lt;br /&gt;
*# Can you think of at least 2 techniques that can be used to study the functionality of these accessory sequences? (2 points)&lt;br /&gt;
* Terms (each term is 3 points so 9 points in total)&lt;br /&gt;
*# ATAC-seq&lt;br /&gt;
*# AP-MS&lt;br /&gt;
*# LINE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Temmerman&lt;br /&gt;
* Labels in proteomics: why used? Which types of labels are there? Give example for each type and explain the differences. (7 points)&lt;br /&gt;
* MS spectrum: Label the axes. Which peptides in spectrum? Identify which peaks belong to which peptides. (4 points)&lt;br /&gt;
* Are the following statements true or false. Explain briefly (1 point)&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint ?&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint requires MS/MS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4488</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4488"/>
		<updated>2025-01-27T19:29:17Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: Het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Temmerman (proteomics en metabolomics). Voor het deel van Temmerman waren er opnames van prof Schoofs en Landuyt, vanwege Temmerman haar zwangerschap. Ze was er wel voor vragen te beantwoorden. Alles is gesloten boek, geschreven examen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21/01/2025===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
* Open question about pangenome analysis including 50 genomes of Arabidopsis individuals from different environments and locations (11 points)&lt;br /&gt;
*# Explain the concept of a pangenome analysis and explain the state of the art sequencing technique that can be used in detail (7 points)&lt;br /&gt;
*# Comparison of pangenomes to high quality reference genome of Arabidopsis reveals accessory sequences and structural variants. Can you explain what is causing these accessory sequences and structural variants? (3 points)&lt;br /&gt;
*# Can you think of at least 2 techniques that can be used to study the functionality of these accessory sequences? (2 points)&lt;br /&gt;
* Terms (each term is 3 points so 9 points in total)&lt;br /&gt;
*# ATAC-seq&lt;br /&gt;
*# AP-MS&lt;br /&gt;
*# LINE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Temmerman&lt;br /&gt;
* Labels in proteomics: why used? Which types of labels are there? Give example for each type and explain the differences.&lt;br /&gt;
* MS spectrum: Label the axes. Which peptides in spectrum? Identify which peaks belong to which peptides.&lt;br /&gt;
* Are the following statements true or false. Explain briefly&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint ?&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint requires MS/MS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4487</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4487"/>
		<updated>2025-01-27T19:28:54Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 21/01/2025 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2024-2025: Het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Temmerman (proteomics en metabolomics). Voor het deel van Temmerman waren er opnames van prof Schoofs en Landuyt, vanwege Temmerman haar zwangerschap. Ze was er wel voor vragen te beantwoorden. Alles is gesloten boek, geschreven examen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21/01/2025===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
* Open question about pangenome analysis that is including 50 genomes of Arabidopsis individuals from different environments and locations (similar to the journal club, 11 points)&lt;br /&gt;
*# Explain the concept of a pangenome analysis and explain the state of the art sequencing technique that can be used in detail (7 points)&lt;br /&gt;
*# Comparison of pangenomes to high quality reference genome of Arabidopsis reveals accessory sequences and structural variants. Can you explain what is causing these accessory sequences and structural variants? (3 points)&lt;br /&gt;
*# Can you think of at least 2 techniques that can be used to study the functionality of these accessory sequences? (2 points)&lt;br /&gt;
* Terms (each term is 3 points so 9 points in total)&lt;br /&gt;
*# ATAC-seq&lt;br /&gt;
*# AP-MS&lt;br /&gt;
*# LINE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Temmerman&lt;br /&gt;
* Labels in proteomics: why used? Which types of labels are there? Give example for each type and explain the differences.&lt;br /&gt;
* MS spectrum: Label the axes. Which peptides in spectrum? Identify which peaks belong to which peptides.&lt;br /&gt;
* Are the following statements true or false. Explain briefly&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint ?&lt;br /&gt;
*# peptide mass fingerprint requires MS/MS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4413</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4413"/>
		<updated>2025-01-18T19:40:00Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 16 Januari 2025 AM */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporozoite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
Cools and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
#Clonal hematopoiesis&lt;br /&gt;
#4 definitions&lt;br /&gt;
#*Protac&lt;br /&gt;
#*Car T cell&lt;br /&gt;
#*H2K27&lt;br /&gt;
#*difference between single cell crispr screen and normal crispr screen&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
#Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
#After quality control , scRNAseq can be analyzed in different ways. Please describe some of the methods typically used to assess differences between 2 conditions by scRNAseq.&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
#Explain artemisin, the difference with derivatives, how resistance can occur and how to combat resistance.&lt;br /&gt;
#Develop a vaccine against specific saccharide of T. Cruzi. Which vaccine, how to adapt it, process and how can T. cruzi acquire resistance.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4412</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4412"/>
		<updated>2025-01-18T19:39:05Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 16 Januari 2025 PM */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporozoite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
Cools and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
#Clonal hematopoiesis&lt;br /&gt;
#4 definitions&lt;br /&gt;
#*Protac&lt;br /&gt;
#*Car T cell&lt;br /&gt;
#*H2K27&lt;br /&gt;
#*difference between single cell crispr screen and normal crispr screen&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
#Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
#After quality control , scRNAseq can be analyzed in different ways. Please describe some of the methods typically used to assess differences between 2 conditions by scRNAseq.&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
#Explain artemisin, the difference with derivatives, how resistance can occur and how to combat resistance.&lt;br /&gt;
#Develop a vaccine against specific saccharide of T. Cruzi. Which vaccine, how to adapt it, process and how can T. cruzi acquire resistance.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4388</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4388"/>
		<updated>2025-01-17T12:13:16Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 17 Januari 2025 AM */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporozoite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4387</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4387"/>
		<updated>2025-01-17T12:12:35Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Exam questions */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporoizite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4281</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4281"/>
		<updated>2024-09-06T15:34:46Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 6 september 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4280</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4280"/>
		<updated>2024-09-06T15:32:58Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 6 september 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4279</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4279"/>
		<updated>2024-09-06T15:22:55Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 6 september 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# &lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4278</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4278"/>
		<updated>2024-09-06T15:20:29Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these type of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# &lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4277</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4277"/>
		<updated>2024-09-06T15:19:23Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===6 september 2024&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these type of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# &lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4244</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4244"/>
		<updated>2024-08-26T19:20:30Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Voor het metabolomics gedeelte van Landuyt moest je oude lesopnames kijken. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4243</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=4243"/>
		<updated>2024-08-26T19:19:47Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt (metabolomics), Robben (genomics), en Schoofs (proteomics). Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door Van Belleghem (genomics) en Schoofs (proteomics). Metabolomics gedeelte gegeven door Landuyt waren oude lesopnames. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===01/02/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 233 genomes of primates to be sequenced, focus on repetitive content in the genome. What sequencing technologies and equipment to use? Why?&lt;br /&gt;
*Explain how the chosen technologies work.&lt;br /&gt;
*Give two examples of how  can be used &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Retrovirus-like elements&lt;br /&gt;
*#GWAS&lt;br /&gt;
*#ChIP-Seq&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
NO CALCULATOR ALLOWED &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Explain how to identify proteins with explorative (shotgun) proteomics&lt;br /&gt;
*Explain the differences between MALDI and ESI&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*#No two identical compounds will ionise and fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is SRM used for? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about a fragmented peptide MS2 spectra&lt;br /&gt;
*#*Why do the y ions have different intensities? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence (given) is derived from the spectrum. &lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of +1)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#Delayed extraction&lt;br /&gt;
*#Reflectron mode&lt;br /&gt;
*#Targeted proteomics&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#DDA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&amp;diff=4131</id>
		<title>Laboratory Animal Sciences</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&amp;diff=4131"/>
		<updated>2024-06-25T15:07:16Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 25 juni 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten). &lt;br /&gt;
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25 juni 2024===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Xenopus laevis&lt;br /&gt;
#* Active coping&lt;br /&gt;
#* Zoonosis&lt;br /&gt;
#* Lee-boot effect&lt;br /&gt;
# Describe in detail: consomic strains&lt;br /&gt;
# How to avoid blood loss during surgery? How can you give good post-operative care to lab animals?&lt;br /&gt;
# Describe in detail: local anesthesia&lt;br /&gt;
# Describe in detail: Sources of infection in animal facility and how you can avoid infections?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 maart 2024===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Bruce-effect&lt;br /&gt;
#* Anthropocentrism&lt;br /&gt;
#* 3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#* Enteral administration of compounds&lt;br /&gt;
# Describe in detail: Congenic strains&lt;br /&gt;
# How is health screening done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# Describe in detail: gas anesthesia&lt;br /&gt;
# What type of analgesia are there and what are the side effects.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 december 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Humane endpoints&lt;br /&gt;
#* ?&lt;br /&gt;
#* Refinement (3R&#039;s)&lt;br /&gt;
#Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
# F1-hybrid&lt;br /&gt;
#?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 november 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Anthropocentrism&lt;br /&gt;
#* Enteral administration of compounds&lt;br /&gt;
#* Bruce-effect&lt;br /&gt;
#* Three R&#039;s&lt;br /&gt;
# Explain gas anesthesia in detail.&lt;br /&gt;
# How is health screening done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# What is good  post-operative care?&lt;br /&gt;
# Explain congenic strain in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Ethogram&lt;br /&gt;
#* Coprophagy&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail.&lt;br /&gt;
# How is health monitoring done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 November 2022===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Refinement (3R&#039;s)&lt;br /&gt;
#* Ethogram&lt;br /&gt;
#* Coprophagy&lt;br /&gt;
# Inbred strain&lt;br /&gt;
# How is health monitoring done in animals and why is it important.&lt;br /&gt;
# What analgesia can you use and what are the side effects.&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important in the animal facility.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 November 2022===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Animal welfare body (AWB)&lt;br /&gt;
#* Ambivalent behaviour&lt;br /&gt;
#* Orbita-puncture&lt;br /&gt;
# Congenic strain&lt;br /&gt;
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.&lt;br /&gt;
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects&lt;br /&gt;
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 january 2022 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Diastema&lt;br /&gt;
#*Oribital puncture&lt;br /&gt;
#*GS3&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# What is environmental enrichment and why is it important?&lt;br /&gt;
# F1 hybrid&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 december 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Diastema&lt;br /&gt;
#*AWB&lt;br /&gt;
#*Xenopus laevis&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Explain in detail congenic strain? How can it made? &lt;br /&gt;
# What is environmental enrichment and why is it important?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08 december 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#*Danio rerio&lt;br /&gt;
#*Orbital puncture&lt;br /&gt;
# Explain gasanasthesia in detail&lt;br /&gt;
# Sources of infection in animal facility and how prevented?&lt;br /&gt;
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?&lt;br /&gt;
# How to avoid allergies?&lt;br /&gt;
===19 november 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#*Humane endpoints&lt;br /&gt;
#*Animal Welfare Body&lt;br /&gt;
# Gasanasthesia&lt;br /&gt;
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?&lt;br /&gt;
# How is health screening done and why is it important?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 oktober 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Oribital puncture&lt;br /&gt;
#*Animal Welfare Body&lt;br /&gt;
# Gasanasthesia&lt;br /&gt;
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
# What is post operative care and why is it important&lt;br /&gt;
# Congene stam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Zoocentrism&lt;br /&gt;
#*Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#*Zoonosis + give an example&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Explain local anaesthesia.&lt;br /&gt;
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.&lt;br /&gt;
# What are the the 3 R&#039;s? Give 1 example of each one.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2020 NM versie B===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Lee-Boot effect&lt;br /&gt;
#*Severity assessment&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonosis&lt;br /&gt;
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?&lt;br /&gt;
#Explain in detail: Consomic strain&lt;br /&gt;
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?&lt;br /&gt;
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2020 NM versie A===&lt;br /&gt;
#define:&lt;br /&gt;
#*bruce effect&lt;br /&gt;
#*gavage&lt;br /&gt;
#*reverse? orbital punction&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#Explain local anaesthesia&lt;br /&gt;
#Give 3 factors that can influence the severity score&lt;br /&gt;
#What is environmental enrichment and why is it important? &lt;br /&gt;
#Explain everything about natural feed&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2020 (NM, versie B)===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Animal welfare body&lt;br /&gt;
#*Humane endpoints&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#Gasanaesthesia&lt;br /&gt;
#How is healthmonitoring done and why is this important?&lt;br /&gt;
#List all environmental factors that influence an animal&#039;s wellbeing and explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 (NM, versie &amp;quot;&amp;quot;) ===&lt;br /&gt;
#What are the factors which determine the needed  nutrients in animal food?&lt;br /&gt;
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?&lt;br /&gt;
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.&lt;br /&gt;
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 (NM) ===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: F1-hybride&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
Begrippen:&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*3 R’s&lt;br /&gt;
#*zoonose&lt;br /&gt;
#*lee-boot effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Grote vragen&lt;br /&gt;
#Consomic strain&lt;br /&gt;
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten&lt;br /&gt;
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?&lt;br /&gt;
#Effect van stress op behaviour&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2018 versie A ===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? &lt;br /&gt;
#Leg uit: premedicatie en sedatie&lt;br /&gt;
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2018 versie B===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonose&lt;br /&gt;
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?&lt;br /&gt;
#Leg uit (in detail): F1 hybride&lt;br /&gt;
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: congene stam&lt;br /&gt;
#Uitleggen lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Uitleggen natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2017 (versie A)===&lt;br /&gt;
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? &lt;br /&gt;
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 februari 2017 (versie B)===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonose&lt;br /&gt;
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?&lt;br /&gt;
#Leg uit (in detail): Congene stam&lt;br /&gt;
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*?&lt;br /&gt;
#Leg uit F1 hybriden in muizen&lt;br /&gt;
#Uitleggen Lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Uitleggen natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*whittin effect&lt;br /&gt;
#*co isogene stam&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*zoonose en voorbeeld&lt;br /&gt;
#bespreek gasanesthesie&lt;br /&gt;
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?&lt;br /&gt;
#effect van stress op gedrag&lt;br /&gt;
#de 3R&#039;s en telkens 1 voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Geef definitie proefdier en dierproef&lt;br /&gt;
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? &lt;br /&gt;
#Leg uit: congene stam =&amp;amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)&lt;br /&gt;
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?&lt;br /&gt;
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?&lt;br /&gt;
#Extra bijvraag: Geef de 3 R&#039;s.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2015 (nm)===&lt;br /&gt;
# Leg uit&lt;br /&gt;
#* Bruce effect&lt;br /&gt;
#* Gavage&lt;br /&gt;
#* IVC&lt;br /&gt;
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.&lt;br /&gt;
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2015 (nm)===&lt;br /&gt;
# Definitie proefdier, definitie dierproef&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?&lt;br /&gt;
# Bespreek outbred stam.&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?&lt;br /&gt;
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 13 jan 2014 (vm) ===&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?&lt;br /&gt;
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?&lt;br /&gt;
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?&lt;br /&gt;
# Bespreek: hypnotische stoffen &lt;br /&gt;
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?&lt;br /&gt;
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2013 (nm) ===&lt;br /&gt;
==== reeks 1====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek inteeltstam&lt;br /&gt;
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?&lt;br /&gt;
# Hoe preventief allergieen vermijden?&lt;br /&gt;
# Wat is enrichment?&lt;br /&gt;
# Geef voorbeelden en stress bij een dier. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Nog meer vragen te vinden in dit  bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==== reeks 2 ====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit:&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#*chimeer&lt;br /&gt;
#*zoocentrisme&lt;br /&gt;
#*...&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.&lt;br /&gt;
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?&lt;br /&gt;
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==== reeks 3 ====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Isogene stam&lt;br /&gt;
#*Antropocentrisme&lt;br /&gt;
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit: Lokale anaesthesie&lt;br /&gt;
#Leg uit: A2-Faciliteit&lt;br /&gt;
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2012 (vm) ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef de definitie van een &amp;amp;quot;proefdier&amp;amp;quot; en een &amp;amp;quot;dierproef&amp;amp;quot;&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? &lt;br /&gt;
# Bespreek: congene stam&lt;br /&gt;
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?&lt;br /&gt;
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# leg uit: &lt;br /&gt;
#* Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Isolator&lt;br /&gt;
#* zoÃ¶nose&lt;br /&gt;
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)&lt;br /&gt;
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)&lt;br /&gt;
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?&lt;br /&gt;
# Geef de 3 R&#039;s en geef per R twee voorbeelden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# leg uit: &lt;br /&gt;
#* de 3R&#039;s&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* gaveren&lt;br /&gt;
#* zoÃ¶nose&lt;br /&gt;
# bespreek lokale anaesthesie&lt;br /&gt;
# bespreek F1 hybride&lt;br /&gt;
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?&lt;br /&gt;
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?&lt;br /&gt;
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?&lt;br /&gt;
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?&lt;br /&gt;
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?&lt;br /&gt;
# Bijvraag: 3 R&#039;s&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&amp;diff=4130</id>
		<title>Laboratory Animal Sciences</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&amp;diff=4130"/>
		<updated>2024-06-25T15:07:06Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten). &lt;br /&gt;
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25 juni 2024===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Xenopus laevis&lt;br /&gt;
#* Active coping&lt;br /&gt;
#* Zoonosis&lt;br /&gt;
#* Lee-boot effect&lt;br /&gt;
# Describe in detail: Consomic strains&lt;br /&gt;
# How to avoid blood loss during surgery? How can you give good post-operative care to lab animals?&lt;br /&gt;
# Describe in detail: local anesthesia&lt;br /&gt;
# Describe in detail: Sources of infection in animal facility and how you can avoid infections? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 maart 2024===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Bruce-effect&lt;br /&gt;
#* Anthropocentrism&lt;br /&gt;
#* 3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#* Enteral administration of compounds&lt;br /&gt;
# Describe in detail: Congenic strains&lt;br /&gt;
# How is health screening done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# Describe in detail: gas anesthesia&lt;br /&gt;
# What type of analgesia are there and what are the side effects.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 december 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Humane endpoints&lt;br /&gt;
#* ?&lt;br /&gt;
#* Refinement (3R&#039;s)&lt;br /&gt;
#Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
# F1-hybrid&lt;br /&gt;
#?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 november 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Anthropocentrism&lt;br /&gt;
#* Enteral administration of compounds&lt;br /&gt;
#* Bruce-effect&lt;br /&gt;
#* Three R&#039;s&lt;br /&gt;
# Explain gas anesthesia in detail.&lt;br /&gt;
# How is health screening done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# What is good  post-operative care?&lt;br /&gt;
# Explain congenic strain in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Ethogram&lt;br /&gt;
#* Coprophagy&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail.&lt;br /&gt;
# How is health monitoring done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 November 2022===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Refinement (3R&#039;s)&lt;br /&gt;
#* Ethogram&lt;br /&gt;
#* Coprophagy&lt;br /&gt;
# Inbred strain&lt;br /&gt;
# How is health monitoring done in animals and why is it important.&lt;br /&gt;
# What analgesia can you use and what are the side effects.&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important in the animal facility.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 November 2022===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Animal welfare body (AWB)&lt;br /&gt;
#* Ambivalent behaviour&lt;br /&gt;
#* Orbita-puncture&lt;br /&gt;
# Congenic strain&lt;br /&gt;
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.&lt;br /&gt;
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects&lt;br /&gt;
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 january 2022 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Diastema&lt;br /&gt;
#*Oribital puncture&lt;br /&gt;
#*GS3&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# What is environmental enrichment and why is it important?&lt;br /&gt;
# F1 hybrid&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 december 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Diastema&lt;br /&gt;
#*AWB&lt;br /&gt;
#*Xenopus laevis&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Explain in detail congenic strain? How can it made? &lt;br /&gt;
# What is environmental enrichment and why is it important?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08 december 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#*Danio rerio&lt;br /&gt;
#*Orbital puncture&lt;br /&gt;
# Explain gasanasthesia in detail&lt;br /&gt;
# Sources of infection in animal facility and how prevented?&lt;br /&gt;
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?&lt;br /&gt;
# How to avoid allergies?&lt;br /&gt;
===19 november 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#*Humane endpoints&lt;br /&gt;
#*Animal Welfare Body&lt;br /&gt;
# Gasanasthesia&lt;br /&gt;
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?&lt;br /&gt;
# How is health screening done and why is it important?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 oktober 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Oribital puncture&lt;br /&gt;
#*Animal Welfare Body&lt;br /&gt;
# Gasanasthesia&lt;br /&gt;
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
# What is post operative care and why is it important&lt;br /&gt;
# Congene stam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Zoocentrism&lt;br /&gt;
#*Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#*Zoonosis + give an example&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Explain local anaesthesia.&lt;br /&gt;
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.&lt;br /&gt;
# What are the the 3 R&#039;s? Give 1 example of each one.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2020 NM versie B===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Lee-Boot effect&lt;br /&gt;
#*Severity assessment&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonosis&lt;br /&gt;
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?&lt;br /&gt;
#Explain in detail: Consomic strain&lt;br /&gt;
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?&lt;br /&gt;
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2020 NM versie A===&lt;br /&gt;
#define:&lt;br /&gt;
#*bruce effect&lt;br /&gt;
#*gavage&lt;br /&gt;
#*reverse? orbital punction&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#Explain local anaesthesia&lt;br /&gt;
#Give 3 factors that can influence the severity score&lt;br /&gt;
#What is environmental enrichment and why is it important? &lt;br /&gt;
#Explain everything about natural feed&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2020 (NM, versie B)===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Animal welfare body&lt;br /&gt;
#*Humane endpoints&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#Gasanaesthesia&lt;br /&gt;
#How is healthmonitoring done and why is this important?&lt;br /&gt;
#List all environmental factors that influence an animal&#039;s wellbeing and explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 (NM, versie &amp;quot;&amp;quot;) ===&lt;br /&gt;
#What are the factors which determine the needed  nutrients in animal food?&lt;br /&gt;
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?&lt;br /&gt;
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.&lt;br /&gt;
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 (NM) ===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: F1-hybride&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
Begrippen:&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*3 R’s&lt;br /&gt;
#*zoonose&lt;br /&gt;
#*lee-boot effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Grote vragen&lt;br /&gt;
#Consomic strain&lt;br /&gt;
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten&lt;br /&gt;
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?&lt;br /&gt;
#Effect van stress op behaviour&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2018 versie A ===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? &lt;br /&gt;
#Leg uit: premedicatie en sedatie&lt;br /&gt;
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2018 versie B===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonose&lt;br /&gt;
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?&lt;br /&gt;
#Leg uit (in detail): F1 hybride&lt;br /&gt;
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: congene stam&lt;br /&gt;
#Uitleggen lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Uitleggen natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2017 (versie A)===&lt;br /&gt;
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? &lt;br /&gt;
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 februari 2017 (versie B)===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonose&lt;br /&gt;
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?&lt;br /&gt;
#Leg uit (in detail): Congene stam&lt;br /&gt;
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*?&lt;br /&gt;
#Leg uit F1 hybriden in muizen&lt;br /&gt;
#Uitleggen Lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Uitleggen natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*whittin effect&lt;br /&gt;
#*co isogene stam&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*zoonose en voorbeeld&lt;br /&gt;
#bespreek gasanesthesie&lt;br /&gt;
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?&lt;br /&gt;
#effect van stress op gedrag&lt;br /&gt;
#de 3R&#039;s en telkens 1 voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Geef definitie proefdier en dierproef&lt;br /&gt;
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? &lt;br /&gt;
#Leg uit: congene stam =&amp;amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)&lt;br /&gt;
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?&lt;br /&gt;
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?&lt;br /&gt;
#Extra bijvraag: Geef de 3 R&#039;s.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2015 (nm)===&lt;br /&gt;
# Leg uit&lt;br /&gt;
#* Bruce effect&lt;br /&gt;
#* Gavage&lt;br /&gt;
#* IVC&lt;br /&gt;
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.&lt;br /&gt;
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2015 (nm)===&lt;br /&gt;
# Definitie proefdier, definitie dierproef&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?&lt;br /&gt;
# Bespreek outbred stam.&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?&lt;br /&gt;
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 13 jan 2014 (vm) ===&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?&lt;br /&gt;
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?&lt;br /&gt;
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?&lt;br /&gt;
# Bespreek: hypnotische stoffen &lt;br /&gt;
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?&lt;br /&gt;
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2013 (nm) ===&lt;br /&gt;
==== reeks 1====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek inteeltstam&lt;br /&gt;
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?&lt;br /&gt;
# Hoe preventief allergieen vermijden?&lt;br /&gt;
# Wat is enrichment?&lt;br /&gt;
# Geef voorbeelden en stress bij een dier. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Nog meer vragen te vinden in dit  bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==== reeks 2 ====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit:&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#*chimeer&lt;br /&gt;
#*zoocentrisme&lt;br /&gt;
#*...&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.&lt;br /&gt;
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?&lt;br /&gt;
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==== reeks 3 ====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Isogene stam&lt;br /&gt;
#*Antropocentrisme&lt;br /&gt;
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit: Lokale anaesthesie&lt;br /&gt;
#Leg uit: A2-Faciliteit&lt;br /&gt;
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2012 (vm) ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef de definitie van een &amp;amp;quot;proefdier&amp;amp;quot; en een &amp;amp;quot;dierproef&amp;amp;quot;&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? &lt;br /&gt;
# Bespreek: congene stam&lt;br /&gt;
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?&lt;br /&gt;
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# leg uit: &lt;br /&gt;
#* Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Isolator&lt;br /&gt;
#* zoÃ¶nose&lt;br /&gt;
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)&lt;br /&gt;
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)&lt;br /&gt;
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?&lt;br /&gt;
# Geef de 3 R&#039;s en geef per R twee voorbeelden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# leg uit: &lt;br /&gt;
#* de 3R&#039;s&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* gaveren&lt;br /&gt;
#* zoÃ¶nose&lt;br /&gt;
# bespreek lokale anaesthesie&lt;br /&gt;
# bespreek F1 hybride&lt;br /&gt;
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?&lt;br /&gt;
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?&lt;br /&gt;
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?&lt;br /&gt;
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?&lt;br /&gt;
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?&lt;br /&gt;
# Bijvraag: 3 R&#039;s&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4084</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4084"/>
		<updated>2024-06-19T20:12:46Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vogt */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H10O4: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen (3p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Theorievraag over electronic transitions&lt;br /&gt;
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
##IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus) (1p)&lt;br /&gt;
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4083</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4083"/>
		<updated>2024-06-19T20:12:27Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vogt */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H10O4: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Theorievraag over electronic transitions&lt;br /&gt;
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
##IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus) (1p)&lt;br /&gt;
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4082</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4082"/>
		<updated>2024-06-19T20:11:33Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Hofkens */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H1004: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Theorievraag over electronic transitions&lt;br /&gt;
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
##IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus) (1p)&lt;br /&gt;
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4081</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4081"/>
		<updated>2024-06-19T20:11:09Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Hofkens */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H1004: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Theorievraag over electronic transitions&lt;br /&gt;
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
##IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus (1p)&lt;br /&gt;
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4080</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4080"/>
		<updated>2024-06-19T20:09:36Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vogt */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H1004: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
#IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus (1p)&lt;br /&gt;
#We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4079</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4079"/>
		<updated>2024-06-19T20:09:20Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Vogt */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H1004: H-spectra en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
#IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus (1p)&lt;br /&gt;
#We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4078</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=4078"/>
		<updated>2024-06-19T20:09:08Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 juni 2024===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
!Deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi&lt;br /&gt;
#NMR van C10H1004: H-spectra en C-APT spectrum gegeven (3p)&lt;br /&gt;
#Theorievragen over NMR (4p)&lt;br /&gt;
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit&lt;br /&gt;
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P&lt;br /&gt;
#Veronderstel een actief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek 2 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)&lt;br /&gt;
#IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus (1p)&lt;br /&gt;
#We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)&lt;br /&gt;
## Singlet oxygen en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Solvent relaxation&lt;br /&gt;
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements&lt;br /&gt;
## Bohr atom en relevantie in biologie&lt;br /&gt;
## Fourier transform infrared spectroscopy&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## r&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt;&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&amp;diff=3918</id>
		<title>Advanced biochemistry and biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&amp;diff=3918"/>
		<updated>2024-02-02T14:59:48Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 26 januari 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. &lt;br /&gt;
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.&lt;br /&gt;
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;amp;quot; &lt;br /&gt;
-- Quote Johan Robben, 2014&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===26 januari 2024===&lt;br /&gt;
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1. (12/40)&lt;br /&gt;
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why. &lt;br /&gt;
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why. &lt;br /&gt;
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why? &lt;br /&gt;
*What function do you think that IU1 has? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Small questions (15/40) &lt;br /&gt;
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli &lt;br /&gt;
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest? &lt;br /&gt;
*Issues with using siRNA &lt;br /&gt;
*Chaperone mediated autophagy&lt;br /&gt;
*Genetic code flexibility &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Answer these questions (13/40) &lt;br /&gt;
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1. &lt;br /&gt;
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR? &lt;br /&gt;
*What is the influence of codon-dependent translational elongation on the half-life of mRNA? &lt;br /&gt;
*1 more question&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)&lt;br /&gt;
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph). &lt;br /&gt;
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods? &lt;br /&gt;
* Why did they add cycloheximide (CHX)? &lt;br /&gt;
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment? &lt;br /&gt;
Small questions (15/40)&lt;br /&gt;
* Translational coupling&lt;br /&gt;
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation&lt;br /&gt;
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors&lt;br /&gt;
* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
* Types of miRNA targets&lt;br /&gt;
Answer these questions (13/40)&lt;br /&gt;
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9. &lt;br /&gt;
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer. &lt;br /&gt;
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?&lt;br /&gt;
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation? &lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Grote vraag (6)&lt;br /&gt;
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.&lt;br /&gt;
#*Verklaar de resultaten van het experiment&lt;br /&gt;
#Kleinere vraag&lt;br /&gt;
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense &amp;amp; antisense) and 1 dsRNA --&amp;gt; he changed conclusion and you had to find the mistake &amp;amp; in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes&lt;br /&gt;
#* PROTAC uitleggen (3)&lt;br /&gt;
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)&lt;br /&gt;
#* different endocytosis (2)&lt;br /&gt;
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis &amp;amp; exosome (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Grote vraag (6)&lt;br /&gt;
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.&lt;br /&gt;
#*Verklaar de resultaten van het experiment&lt;br /&gt;
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?&lt;br /&gt;
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.&lt;br /&gt;
#Kleinere vraagjes&lt;br /&gt;
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)&lt;br /&gt;
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes&lt;br /&gt;
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)&lt;br /&gt;
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)&lt;br /&gt;
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne &amp;amp; NMD (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Kleine vragen (6)&lt;br /&gt;
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.&lt;br /&gt;
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.&lt;br /&gt;
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?&lt;br /&gt;
#* Functie E3.&lt;br /&gt;
#* Geef 3 soorten lipid modifications.&lt;br /&gt;
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën&lt;br /&gt;
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting &amp;amp; toxin-antitoxin (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Kleine vragen (6)&lt;br /&gt;
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand&lt;br /&gt;
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.&lt;br /&gt;
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.&lt;br /&gt;
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.&lt;br /&gt;
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?&lt;br /&gt;
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2021===&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)&lt;br /&gt;
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Translationele koppeling&lt;br /&gt;
#*Prime edditing (met Crispr)&lt;br /&gt;
#*foto-entrainment&lt;br /&gt;
#*selenocysteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2021 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.&lt;br /&gt;
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische &amp;quot;schaar&amp;quot;. Verduidelijk en concretiseer.&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Genomische imprinting&lt;br /&gt;
#*RNA-editing&lt;br /&gt;
#*RNA-induced silencing complex (RISC)&lt;br /&gt;
#*Periodosoom&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?&lt;br /&gt;
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Translationele koppeling &lt;br /&gt;
#*CMA&lt;br /&gt;
#*PAM&lt;br /&gt;
#*Selenocysteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Hfq&lt;br /&gt;
#*RNA editing&lt;br /&gt;
#*shRNA&lt;br /&gt;
#*prime editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten&lt;br /&gt;
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*attenuatie&lt;br /&gt;
#*nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#*looped primer RT-PCR&lt;br /&gt;
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg de regulatie van het trp-operon uit&lt;br /&gt;
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
#* Shutdown decay&lt;br /&gt;
#* BMAL&lt;br /&gt;
#* uORF&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#3’ UTR bij eukaryoten&lt;br /&gt;
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* RNA switch&lt;br /&gt;
#* Periodosoom&lt;br /&gt;
#* RNA editing&lt;br /&gt;
#* CMA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. &lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* Selenocysteine&lt;br /&gt;
#* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
#* Proximity-induced autoactivation &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2018, VM===&lt;br /&gt;
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?&lt;br /&gt;
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#* Retroreulatie&lt;br /&gt;
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)&lt;br /&gt;
#* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018, VM===&lt;br /&gt;
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5&#039;-UTR en 5&#039;-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)&lt;br /&gt;
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
#* foto-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2017===&lt;br /&gt;
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. &lt;br /&gt;
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover &lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#*Transcriptional gene silencing&lt;br /&gt;
#*Peptide mediated protein knockdownn&lt;br /&gt;
#*Familial fast sleep syndrome&lt;br /&gt;
#*Een vierde begrip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===3 februari 2017===&lt;br /&gt;
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit&lt;br /&gt;
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
#*uORF&lt;br /&gt;
#*Genetic imprinting&lt;br /&gt;
#*Chaperone-gemedieerde autofagie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan&lt;br /&gt;
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort &lt;br /&gt;
#*Retroregulation&lt;br /&gt;
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse&lt;br /&gt;
#*nonsense mediated decay&lt;br /&gt;
#*Periodosoom &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Welke elementen in 3&#039;-UTR voor expressieregulatie?&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Attenuatie&lt;br /&gt;
#*Hairpin silencing&lt;br /&gt;
#*Translational recoding&lt;br /&gt;
#*Photo-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2016===&lt;br /&gt;
#UPR&lt;br /&gt;
#Circadische clock in zoogdieren&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*hairpin silencing&lt;br /&gt;
#*argonaut&lt;br /&gt;
#*genomic imprinting&lt;br /&gt;
#*riboswitch&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA&#039;s te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)&lt;br /&gt;
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*real-time RT-PCR&lt;br /&gt;
#*selenocysteÃ¯ne&lt;br /&gt;
#*caspasen&lt;br /&gt;
#*RIP.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?&lt;br /&gt;
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*histonehermodellering&lt;br /&gt;
#*shut down decay&lt;br /&gt;
#*RNA editing&lt;br /&gt;
#*BMAL-CLOCK&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)&lt;br /&gt;
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Chromatine remoddeling&lt;br /&gt;
#*Non stop decay&lt;br /&gt;
#*Periodosoom&lt;br /&gt;
#*Seed sequentie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?&lt;br /&gt;
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*RIP&lt;br /&gt;
#*Translationele hercodering&lt;br /&gt;
#*Exosoom&lt;br /&gt;
#*Looped-primer RT-PCR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===september 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.&lt;br /&gt;
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*RIP&lt;br /&gt;
#*Icterus&lt;br /&gt;
#*UPR&lt;br /&gt;
#*Nocturine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. &lt;br /&gt;
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Geelzucht&lt;br /&gt;
#*genome imprinting&lt;br /&gt;
#*Initiator caspase &lt;br /&gt;
#*KiaC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten &lt;br /&gt;
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt &lt;br /&gt;
#Bespreek kort:  &lt;br /&gt;
#*Lesch-Nyhan-syndroom&lt;br /&gt;
#*Selenocysteine&lt;br /&gt;
#*Calnexin-calreticuline cyclus&lt;br /&gt;
#*Clock/BMAL1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2014===&lt;br /&gt;
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? &lt;br /&gt;
#Bespreek &amp;quot;unfolded protein response&amp;quot; (UPR)? &lt;br /&gt;
#Leg kort uit&lt;br /&gt;
#* Trans-translatie&lt;br /&gt;
#*RNA editering &lt;br /&gt;
#*shRNA &lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de mogelijke rol van de 5&#039;-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.&lt;br /&gt;
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* ALA-synthase&lt;br /&gt;
#* transtranslatie&lt;br /&gt;
#* Seed sequentie&lt;br /&gt;
#* nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.&lt;br /&gt;
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* thymidylaatsynthase&lt;br /&gt;
#* RNA editering&lt;br /&gt;
#* chaperone gemedieerde autofagie&lt;br /&gt;
#* argonaut&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 februari 2012 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* 5-FOA&lt;br /&gt;
#* RNA editering&lt;br /&gt;
#* seed sequence&lt;br /&gt;
#* nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de mogelijke rol van de 5&#039;-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* Thymidilaatsynthetase&lt;br /&gt;
#* Geelzucht&lt;br /&gt;
#* CpG eiland&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 september 2011 ===&lt;br /&gt;
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?&lt;br /&gt;
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* histonmethyltransferase&lt;br /&gt;
#* nonsense mediated decay&lt;br /&gt;
#* photo entrainment&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 4 februari 2011 ===&lt;br /&gt;
# N-end rule&lt;br /&gt;
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* geelzucht&lt;br /&gt;
#* selenocysteïne&lt;br /&gt;
#* Shutdown decay (SSD)&lt;br /&gt;
#* eIF2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
# Geef het belang van de 3&#039; Untranslated region bij expressie in eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* OMP&lt;br /&gt;
#* RNA editing&lt;br /&gt;
#* toxine-antitoxine&lt;br /&gt;
#* ubiquitineligase E3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek riboswitches.&lt;br /&gt;
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* allopurinol&lt;br /&gt;
#* uORFs&lt;br /&gt;
#* ERAD&lt;br /&gt;
#* photo-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 29 januari 2010 ===&lt;br /&gt;
# Geef het belang van de 3&#039; Untranslated region bij expressie in eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* OMP&lt;br /&gt;
#* ERAD&lt;br /&gt;
#* initiator caspases&lt;br /&gt;
#* myristoylisatie&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2010 ===&lt;br /&gt;
# N-end rule&lt;br /&gt;
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* geelzucht&lt;br /&gt;
#* selenocysteïne&lt;br /&gt;
#* RISC&lt;br /&gt;
#* endosomale lokalisatiesignaal&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2010===&lt;br /&gt;
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* Nocturnine&lt;br /&gt;
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
#* nuclear localisation signal&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2009===&lt;br /&gt;
MDL:&lt;br /&gt;
# purinebiosynthese en regulatie&lt;br /&gt;
# kaartjes:&lt;br /&gt;
#* Adaptor&lt;br /&gt;
#* Cascades, waarom?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JR:&lt;br /&gt;
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten&lt;br /&gt;
# kaartjes:&lt;br /&gt;
#* histonmethyltransferase&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2009===&lt;br /&gt;
MDL: Calcium&lt;br /&gt;
JR: N end rule&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2009===&lt;br /&gt;
Deley: &lt;br /&gt;
# Afbraak van vetzuren&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* GPCR&lt;br /&gt;
#* werking van groeifactoren&lt;br /&gt;
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Nog Kaartjes:&lt;br /&gt;
# calnexine/calreticuline cycle&lt;br /&gt;
# Argonaut&lt;br /&gt;
# SH2 en SH3&lt;br /&gt;
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine&lt;br /&gt;
# Ubiquitine als sorteringssignaal&lt;br /&gt;
# Thio-etherankers en thio-esterankers&lt;br /&gt;
# shRNA&lt;br /&gt;
# riboswitch&lt;br /&gt;
# RITS&lt;br /&gt;
# ARE (AU-rich element)&lt;br /&gt;
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)&lt;br /&gt;
# cascade, waarom?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2008===&lt;br /&gt;
MDL: &lt;br /&gt;
# Bespreek purineafbraak + storingen&lt;br /&gt;
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in&#039;t begin van &#039;t eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JRB: &lt;br /&gt;
# Bespreek lysosomale afbraak&lt;br /&gt;
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2008===&lt;br /&gt;
MDL: &lt;br /&gt;
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie&lt;br /&gt;
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JRB: &lt;br /&gt;
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren&lt;br /&gt;
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 januari 2008===&lt;br /&gt;
# MDL: Pyrimidinebiosynthese&lt;br /&gt;
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2008===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
MDL:&lt;br /&gt;
# Heem oxygenase systeem&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* Amide linked myristoyl anchors&lt;br /&gt;
#* Calcium oscillaties&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JR:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* miRNA&lt;br /&gt;
#* Calnexin-Calreticulin cycling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2008===&lt;br /&gt;
Hoofdvragen:&lt;br /&gt;
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?&lt;br /&gt;
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Korte vragen:&lt;br /&gt;
# lambda repressor&lt;br /&gt;
# mRNA turnover&lt;br /&gt;
# cascades&lt;br /&gt;
# proteïnesynthese en hemine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3651</id>
		<title>Immunological Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3651"/>
		<updated>2023-09-03T08:25:04Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 31 augustus 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
#Wat is autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.&lt;br /&gt;
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?&lt;br /&gt;
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de prentjes nummeren in de juiste volgorde&lt;br /&gt;
#10 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
#Definities: innate lymphoid cells, original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?&lt;br /&gt;
#* Figuur immunoglobin &amp;amp; genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin&lt;br /&gt;
#* 10 MC vragen&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* central tolerance&lt;br /&gt;
#* Innate Lymphoid Cell&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* P-selectin &lt;br /&gt;
#* Receptor editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina) &lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.&lt;br /&gt;
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen&lt;br /&gt;
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?&lt;br /&gt;
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN&lt;br /&gt;
#* Extravasation&lt;br /&gt;
#* Peyer&#039;s Patch&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.&lt;br /&gt;
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina&#039;s)&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden. &lt;br /&gt;
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf? &lt;br /&gt;
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)&lt;br /&gt;
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* Homing&lt;br /&gt;
#* Immunological synapse&lt;br /&gt;
#* Mucosal tolerance&lt;br /&gt;
#* Linked recognition&lt;br /&gt;
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 september 2022 ===&lt;br /&gt;
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR&lt;br /&gt;
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden&lt;br /&gt;
#* MC: Wat is Digeorge syndroom&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...  &lt;br /&gt;
=== 22 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* HIV attacks helper-T-cells&lt;br /&gt;
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?&lt;br /&gt;
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Met wat interageren T-cellen&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? &lt;br /&gt;
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction &amp;amp; ITAM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages). &lt;br /&gt;
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...&lt;br /&gt;
# Stellingen&lt;br /&gt;
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer&lt;br /&gt;
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain&lt;br /&gt;
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD... &lt;br /&gt;
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive&#039;s niet&lt;br /&gt;
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje&lt;br /&gt;
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 augustus 2020 ===&lt;br /&gt;
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===&lt;br /&gt;
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.&lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?&lt;br /&gt;
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)&lt;br /&gt;
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.&lt;br /&gt;
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)&lt;br /&gt;
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...&lt;br /&gt;
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)&lt;br /&gt;
#* laatste vergeten&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER&lt;br /&gt;
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is&lt;br /&gt;
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen&lt;br /&gt;
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA &lt;br /&gt;
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)&lt;br /&gt;
# Figuur: Experiment met nude en scid muis&lt;br /&gt;
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.&lt;br /&gt;
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):&lt;br /&gt;
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was&lt;br /&gt;
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor&lt;br /&gt;
=== 13 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)&lt;br /&gt;
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ één multiple choice):&lt;br /&gt;
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld&lt;br /&gt;
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.&lt;br /&gt;
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.&lt;br /&gt;
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
voor en namiddag hadden dezelfde vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.&lt;br /&gt;
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren. &lt;br /&gt;
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.&lt;br /&gt;
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)&lt;br /&gt;
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen&lt;br /&gt;
# MC en juist fout vragen:&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)&lt;br /&gt;
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)&lt;br /&gt;
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false) &lt;br /&gt;
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem&lt;br /&gt;
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)&lt;br /&gt;
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)&lt;br /&gt;
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype &lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden&lt;br /&gt;
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 augustus 2018 VM===&lt;br /&gt;
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel&lt;br /&gt;
# Activatie van naïve T-cel&lt;br /&gt;
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel&lt;br /&gt;
===18 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.&lt;br /&gt;
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.&lt;br /&gt;
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2017 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Affinieteitmaturatie van B cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Immuunrespons endotheel&lt;br /&gt;
#Thymus onafhankelijke B cel activatie&lt;br /&gt;
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 NM=== &lt;br /&gt;
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen &lt;br /&gt;
#Iets van bcr en gentransformatie &lt;br /&gt;
#Activatie van Tcellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie &lt;br /&gt;
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN&lt;br /&gt;
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2016 VM===&lt;br /&gt;
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen&lt;br /&gt;
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing&lt;br /&gt;
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons&lt;br /&gt;
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn&lt;br /&gt;
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Jan 2015 (VM)===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen&lt;br /&gt;
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen&lt;br /&gt;
#Bespreek thymus independent activation of B-cells&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Jan 2014===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie &lt;br /&gt;
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit &lt;br /&gt;
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
===28 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel&lt;br /&gt;
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt&lt;br /&gt;
#Bespreek T cel priming.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2013 NM===&lt;br /&gt;
(cfr 27 aug 2012)&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
===27 aug 2012===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit. &lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 VM===&lt;br /&gt;
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar&lt;br /&gt;
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie&lt;br /&gt;
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen&lt;br /&gt;
=== 22 aug 2011 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naive B-cel&lt;br /&gt;
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen&lt;br /&gt;
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing&lt;br /&gt;
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Activatie naive B cel&lt;br /&gt;
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie&lt;br /&gt;
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.&lt;br /&gt;
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.&lt;br /&gt;
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Practica:&lt;br /&gt;
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop&lt;br /&gt;
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.&lt;br /&gt;
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is&lt;br /&gt;
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg&lt;br /&gt;
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie&lt;br /&gt;
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?&lt;br /&gt;
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons&lt;br /&gt;
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons&lt;br /&gt;
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3650</id>
		<title>Immunological Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3650"/>
		<updated>2023-09-03T08:24:45Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 31 augustus 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
#Wat is autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.&lt;br /&gt;
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?&lt;br /&gt;
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de prentjes nummeren in de juiste volgorde&lt;br /&gt;
#10 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Definities: innate lymphoid cells, original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?&lt;br /&gt;
#* Figuur immunoglobin &amp;amp; genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin&lt;br /&gt;
#* 10 MC vragen&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* central tolerance&lt;br /&gt;
#* Innate Lymphoid Cell&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* P-selectin &lt;br /&gt;
#* Receptor editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina) &lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.&lt;br /&gt;
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen&lt;br /&gt;
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?&lt;br /&gt;
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN&lt;br /&gt;
#* Extravasation&lt;br /&gt;
#* Peyer&#039;s Patch&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.&lt;br /&gt;
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina&#039;s)&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden. &lt;br /&gt;
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf? &lt;br /&gt;
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)&lt;br /&gt;
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* Homing&lt;br /&gt;
#* Immunological synapse&lt;br /&gt;
#* Mucosal tolerance&lt;br /&gt;
#* Linked recognition&lt;br /&gt;
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 september 2022 ===&lt;br /&gt;
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR&lt;br /&gt;
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden&lt;br /&gt;
#* MC: Wat is Digeorge syndroom&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...  &lt;br /&gt;
=== 22 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* HIV attacks helper-T-cells&lt;br /&gt;
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?&lt;br /&gt;
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Met wat interageren T-cellen&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? &lt;br /&gt;
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction &amp;amp; ITAM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages). &lt;br /&gt;
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...&lt;br /&gt;
# Stellingen&lt;br /&gt;
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer&lt;br /&gt;
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain&lt;br /&gt;
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD... &lt;br /&gt;
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive&#039;s niet&lt;br /&gt;
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje&lt;br /&gt;
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 augustus 2020 ===&lt;br /&gt;
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===&lt;br /&gt;
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.&lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?&lt;br /&gt;
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)&lt;br /&gt;
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.&lt;br /&gt;
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)&lt;br /&gt;
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...&lt;br /&gt;
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)&lt;br /&gt;
#* laatste vergeten&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER&lt;br /&gt;
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is&lt;br /&gt;
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen&lt;br /&gt;
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA &lt;br /&gt;
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)&lt;br /&gt;
# Figuur: Experiment met nude en scid muis&lt;br /&gt;
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.&lt;br /&gt;
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):&lt;br /&gt;
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was&lt;br /&gt;
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor&lt;br /&gt;
=== 13 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)&lt;br /&gt;
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ één multiple choice):&lt;br /&gt;
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld&lt;br /&gt;
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.&lt;br /&gt;
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.&lt;br /&gt;
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
voor en namiddag hadden dezelfde vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.&lt;br /&gt;
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren. &lt;br /&gt;
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.&lt;br /&gt;
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)&lt;br /&gt;
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen&lt;br /&gt;
# MC en juist fout vragen:&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)&lt;br /&gt;
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)&lt;br /&gt;
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false) &lt;br /&gt;
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem&lt;br /&gt;
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)&lt;br /&gt;
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)&lt;br /&gt;
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype &lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden&lt;br /&gt;
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 augustus 2018 VM===&lt;br /&gt;
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel&lt;br /&gt;
# Activatie van naïve T-cel&lt;br /&gt;
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel&lt;br /&gt;
===18 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.&lt;br /&gt;
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.&lt;br /&gt;
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2017 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Affinieteitmaturatie van B cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Immuunrespons endotheel&lt;br /&gt;
#Thymus onafhankelijke B cel activatie&lt;br /&gt;
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 NM=== &lt;br /&gt;
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen &lt;br /&gt;
#Iets van bcr en gentransformatie &lt;br /&gt;
#Activatie van Tcellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie &lt;br /&gt;
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN&lt;br /&gt;
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2016 VM===&lt;br /&gt;
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen&lt;br /&gt;
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing&lt;br /&gt;
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons&lt;br /&gt;
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn&lt;br /&gt;
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Jan 2015 (VM)===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen&lt;br /&gt;
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen&lt;br /&gt;
#Bespreek thymus independent activation of B-cells&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Jan 2014===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie &lt;br /&gt;
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit &lt;br /&gt;
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
===28 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel&lt;br /&gt;
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt&lt;br /&gt;
#Bespreek T cel priming.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2013 NM===&lt;br /&gt;
(cfr 27 aug 2012)&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
===27 aug 2012===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit. &lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 VM===&lt;br /&gt;
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar&lt;br /&gt;
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie&lt;br /&gt;
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen&lt;br /&gt;
=== 22 aug 2011 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naive B-cel&lt;br /&gt;
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen&lt;br /&gt;
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing&lt;br /&gt;
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Activatie naive B cel&lt;br /&gt;
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie&lt;br /&gt;
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.&lt;br /&gt;
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.&lt;br /&gt;
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Practica:&lt;br /&gt;
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop&lt;br /&gt;
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.&lt;br /&gt;
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is&lt;br /&gt;
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg&lt;br /&gt;
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie&lt;br /&gt;
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?&lt;br /&gt;
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons&lt;br /&gt;
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons&lt;br /&gt;
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3640</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3640"/>
		<updated>2023-09-02T13:55:20Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 2 september 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen minstens 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen maar ben ik vergeten&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R0&lt;br /&gt;
## r0&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O2 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R0&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3639</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3639"/>
		<updated>2023-09-02T13:55:08Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen minstens 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===2 september 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven&lt;br /&gt;
## Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen maar ben ik vergeten&lt;br /&gt;
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen en maak tekening&lt;br /&gt;
## Inner filter Effect&lt;br /&gt;
## R0&lt;br /&gt;
## r0&lt;br /&gt;
## Anti-stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
## Dynamic quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O2 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R0&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3638</id>
		<title>Immunological Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3638"/>
		<updated>2023-08-31T16:02:16Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
#Wat is een autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.&lt;br /&gt;
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?&lt;br /&gt;
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de prentjes nummeren in de juiste volgorde&lt;br /&gt;
#10 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Definities: innate lymphoid cells, original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?&lt;br /&gt;
#* Figuur immunoglobin &amp;amp; genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin&lt;br /&gt;
#* 10 MC vragen&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* central tolerance&lt;br /&gt;
#* Innate Lymphoid Cell&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* P-selectin &lt;br /&gt;
#* Receptor editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina) &lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.&lt;br /&gt;
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen&lt;br /&gt;
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?&lt;br /&gt;
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN&lt;br /&gt;
#* Extravasation&lt;br /&gt;
#* Peyer&#039;s Patch&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.&lt;br /&gt;
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina&#039;s)&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden. &lt;br /&gt;
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf? &lt;br /&gt;
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)&lt;br /&gt;
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* Homing&lt;br /&gt;
#* Immunological synapse&lt;br /&gt;
#* Mucosal tolerance&lt;br /&gt;
#* Linked recognition&lt;br /&gt;
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 september 2022 ===&lt;br /&gt;
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR&lt;br /&gt;
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden&lt;br /&gt;
#* MC: Wat is Digeorge syndroom&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...  &lt;br /&gt;
=== 22 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* HIV attacks helper-T-cells&lt;br /&gt;
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?&lt;br /&gt;
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Met wat interageren T-cellen&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? &lt;br /&gt;
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction &amp;amp; ITAM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages). &lt;br /&gt;
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...&lt;br /&gt;
# Stellingen&lt;br /&gt;
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer&lt;br /&gt;
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain&lt;br /&gt;
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD... &lt;br /&gt;
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive&#039;s niet&lt;br /&gt;
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje&lt;br /&gt;
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 augustus 2020 ===&lt;br /&gt;
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===&lt;br /&gt;
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.&lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?&lt;br /&gt;
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)&lt;br /&gt;
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.&lt;br /&gt;
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)&lt;br /&gt;
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...&lt;br /&gt;
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)&lt;br /&gt;
#* laatste vergeten&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER&lt;br /&gt;
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is&lt;br /&gt;
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen&lt;br /&gt;
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA &lt;br /&gt;
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)&lt;br /&gt;
# Figuur: Experiment met nude en scid muis&lt;br /&gt;
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.&lt;br /&gt;
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):&lt;br /&gt;
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was&lt;br /&gt;
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor&lt;br /&gt;
=== 13 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)&lt;br /&gt;
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ één multiple choice):&lt;br /&gt;
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld&lt;br /&gt;
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.&lt;br /&gt;
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.&lt;br /&gt;
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
voor en namiddag hadden dezelfde vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.&lt;br /&gt;
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren. &lt;br /&gt;
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.&lt;br /&gt;
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)&lt;br /&gt;
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen&lt;br /&gt;
# MC en juist fout vragen:&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)&lt;br /&gt;
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)&lt;br /&gt;
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false) &lt;br /&gt;
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem&lt;br /&gt;
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)&lt;br /&gt;
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)&lt;br /&gt;
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype &lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden&lt;br /&gt;
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 augustus 2018 VM===&lt;br /&gt;
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel&lt;br /&gt;
# Activatie van naïve T-cel&lt;br /&gt;
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel&lt;br /&gt;
===18 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.&lt;br /&gt;
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.&lt;br /&gt;
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2017 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Affinieteitmaturatie van B cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Immuunrespons endotheel&lt;br /&gt;
#Thymus onafhankelijke B cel activatie&lt;br /&gt;
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 NM=== &lt;br /&gt;
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen &lt;br /&gt;
#Iets van bcr en gentransformatie &lt;br /&gt;
#Activatie van Tcellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie &lt;br /&gt;
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN&lt;br /&gt;
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2016 VM===&lt;br /&gt;
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen&lt;br /&gt;
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing&lt;br /&gt;
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons&lt;br /&gt;
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn&lt;br /&gt;
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Jan 2015 (VM)===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen&lt;br /&gt;
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen&lt;br /&gt;
#Bespreek thymus independent activation of B-cells&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Jan 2014===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie &lt;br /&gt;
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit &lt;br /&gt;
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
===28 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel&lt;br /&gt;
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt&lt;br /&gt;
#Bespreek T cel priming.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2013 NM===&lt;br /&gt;
(cfr 27 aug 2012)&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
===27 aug 2012===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit. &lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 VM===&lt;br /&gt;
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar&lt;br /&gt;
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie&lt;br /&gt;
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen&lt;br /&gt;
=== 22 aug 2011 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naive B-cel&lt;br /&gt;
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen&lt;br /&gt;
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing&lt;br /&gt;
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Activatie naive B cel&lt;br /&gt;
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie&lt;br /&gt;
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.&lt;br /&gt;
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.&lt;br /&gt;
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Practica:&lt;br /&gt;
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop&lt;br /&gt;
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.&lt;br /&gt;
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is&lt;br /&gt;
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg&lt;br /&gt;
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie&lt;br /&gt;
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?&lt;br /&gt;
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons&lt;br /&gt;
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons&lt;br /&gt;
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3637</id>
		<title>Immunological Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3637"/>
		<updated>2023-08-31T16:02:04Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 31 augustus 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
#Wat is een autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.&lt;br /&gt;
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?&lt;br /&gt;
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de prentjes nummeren in de juiste volgorde&lt;br /&gt;
#10 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Definities: innate lymphoid cells, Original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?&lt;br /&gt;
#* Figuur immunoglobin &amp;amp; genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin&lt;br /&gt;
#* 10 MC vragen&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* central tolerance&lt;br /&gt;
#* Innate Lymphoid Cell&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* P-selectin &lt;br /&gt;
#* Receptor editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina) &lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.&lt;br /&gt;
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen&lt;br /&gt;
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?&lt;br /&gt;
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN&lt;br /&gt;
#* Extravasation&lt;br /&gt;
#* Peyer&#039;s Patch&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.&lt;br /&gt;
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina&#039;s)&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden. &lt;br /&gt;
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf? &lt;br /&gt;
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)&lt;br /&gt;
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* Homing&lt;br /&gt;
#* Immunological synapse&lt;br /&gt;
#* Mucosal tolerance&lt;br /&gt;
#* Linked recognition&lt;br /&gt;
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 september 2022 ===&lt;br /&gt;
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR&lt;br /&gt;
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden&lt;br /&gt;
#* MC: Wat is Digeorge syndroom&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...  &lt;br /&gt;
=== 22 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* HIV attacks helper-T-cells&lt;br /&gt;
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?&lt;br /&gt;
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Met wat interageren T-cellen&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? &lt;br /&gt;
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction &amp;amp; ITAM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages). &lt;br /&gt;
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...&lt;br /&gt;
# Stellingen&lt;br /&gt;
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer&lt;br /&gt;
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain&lt;br /&gt;
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD... &lt;br /&gt;
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive&#039;s niet&lt;br /&gt;
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje&lt;br /&gt;
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 augustus 2020 ===&lt;br /&gt;
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===&lt;br /&gt;
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.&lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?&lt;br /&gt;
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)&lt;br /&gt;
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.&lt;br /&gt;
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)&lt;br /&gt;
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...&lt;br /&gt;
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)&lt;br /&gt;
#* laatste vergeten&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER&lt;br /&gt;
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is&lt;br /&gt;
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen&lt;br /&gt;
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA &lt;br /&gt;
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)&lt;br /&gt;
# Figuur: Experiment met nude en scid muis&lt;br /&gt;
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.&lt;br /&gt;
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):&lt;br /&gt;
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was&lt;br /&gt;
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor&lt;br /&gt;
=== 13 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)&lt;br /&gt;
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ één multiple choice):&lt;br /&gt;
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld&lt;br /&gt;
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.&lt;br /&gt;
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.&lt;br /&gt;
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
voor en namiddag hadden dezelfde vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.&lt;br /&gt;
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren. &lt;br /&gt;
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.&lt;br /&gt;
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)&lt;br /&gt;
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen&lt;br /&gt;
# MC en juist fout vragen:&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)&lt;br /&gt;
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)&lt;br /&gt;
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false) &lt;br /&gt;
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem&lt;br /&gt;
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)&lt;br /&gt;
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)&lt;br /&gt;
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype &lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden&lt;br /&gt;
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 augustus 2018 VM===&lt;br /&gt;
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel&lt;br /&gt;
# Activatie van naïve T-cel&lt;br /&gt;
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel&lt;br /&gt;
===18 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.&lt;br /&gt;
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.&lt;br /&gt;
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2017 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Affinieteitmaturatie van B cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Immuunrespons endotheel&lt;br /&gt;
#Thymus onafhankelijke B cel activatie&lt;br /&gt;
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 NM=== &lt;br /&gt;
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen &lt;br /&gt;
#Iets van bcr en gentransformatie &lt;br /&gt;
#Activatie van Tcellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie &lt;br /&gt;
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN&lt;br /&gt;
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2016 VM===&lt;br /&gt;
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen&lt;br /&gt;
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing&lt;br /&gt;
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons&lt;br /&gt;
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn&lt;br /&gt;
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Jan 2015 (VM)===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen&lt;br /&gt;
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen&lt;br /&gt;
#Bespreek thymus independent activation of B-cells&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Jan 2014===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie &lt;br /&gt;
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit &lt;br /&gt;
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
===28 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel&lt;br /&gt;
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt&lt;br /&gt;
#Bespreek T cel priming.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2013 NM===&lt;br /&gt;
(cfr 27 aug 2012)&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
===27 aug 2012===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit. &lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 VM===&lt;br /&gt;
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar&lt;br /&gt;
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie&lt;br /&gt;
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen&lt;br /&gt;
=== 22 aug 2011 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naive B-cel&lt;br /&gt;
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen&lt;br /&gt;
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing&lt;br /&gt;
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Activatie naive B cel&lt;br /&gt;
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie&lt;br /&gt;
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.&lt;br /&gt;
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.&lt;br /&gt;
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Practica:&lt;br /&gt;
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop&lt;br /&gt;
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.&lt;br /&gt;
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is&lt;br /&gt;
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg&lt;br /&gt;
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie&lt;br /&gt;
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?&lt;br /&gt;
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons&lt;br /&gt;
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons&lt;br /&gt;
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3636</id>
		<title>Immunological Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Immunological_Biotechnology&amp;diff=3636"/>
		<updated>2023-08-31T16:01:42Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.&lt;br /&gt;
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
#Wat is een autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.&lt;br /&gt;
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?&lt;br /&gt;
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de printjes nummeren in de juiste volgorde&lt;br /&gt;
#10 meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
# Definities: innate lymphoid cells, Original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 augustus 2023 ===&lt;br /&gt;
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?&lt;br /&gt;
#* Figuur immunoglobin &amp;amp; genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin&lt;br /&gt;
#* 10 MC vragen&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* central tolerance&lt;br /&gt;
#* Innate Lymphoid Cell&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* P-selectin &lt;br /&gt;
#* Receptor editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina) &lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.&lt;br /&gt;
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen&lt;br /&gt;
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?&lt;br /&gt;
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN&lt;br /&gt;
#* Extravasation&lt;br /&gt;
#* Peyer&#039;s Patch&lt;br /&gt;
#* Original antigenic sin&lt;br /&gt;
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.&lt;br /&gt;
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2023 ===&lt;br /&gt;
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina&#039;s)&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden. &lt;br /&gt;
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf? &lt;br /&gt;
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)&lt;br /&gt;
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)&lt;br /&gt;
# Definities:&lt;br /&gt;
#* Homing&lt;br /&gt;
#* Immunological synapse&lt;br /&gt;
#* Mucosal tolerance&lt;br /&gt;
#* Linked recognition&lt;br /&gt;
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 september 2022 ===&lt;br /&gt;
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR&lt;br /&gt;
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden&lt;br /&gt;
#* MC: Wat is Digeorge syndroom&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...  &lt;br /&gt;
=== 22 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).&lt;br /&gt;
# Short questions:&lt;br /&gt;
#* HIV attacks helper-T-cells&lt;br /&gt;
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?&lt;br /&gt;
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Met wat interageren T-cellen&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? &lt;br /&gt;
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?&lt;br /&gt;
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction &amp;amp; ITAM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages). &lt;br /&gt;
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...&lt;br /&gt;
# Stellingen&lt;br /&gt;
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer&lt;br /&gt;
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain&lt;br /&gt;
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD... &lt;br /&gt;
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive&#039;s niet&lt;br /&gt;
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje&lt;br /&gt;
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 augustus 2020 ===&lt;br /&gt;
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===&lt;br /&gt;
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.&lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?&lt;br /&gt;
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)&lt;br /&gt;
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?&lt;br /&gt;
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.&lt;br /&gt;
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.&lt;br /&gt;
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):&lt;br /&gt;
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)&lt;br /&gt;
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)&lt;br /&gt;
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...&lt;br /&gt;
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)&lt;br /&gt;
#* laatste vergeten&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER&lt;br /&gt;
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is&lt;br /&gt;
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen&lt;br /&gt;
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA &lt;br /&gt;
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)&lt;br /&gt;
# Figuur: Experiment met nude en scid muis&lt;br /&gt;
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.&lt;br /&gt;
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):&lt;br /&gt;
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was&lt;br /&gt;
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor&lt;br /&gt;
=== 13 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)&lt;br /&gt;
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen&lt;br /&gt;
# True/false vragen (+ één multiple choice):&lt;br /&gt;
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld&lt;br /&gt;
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.&lt;br /&gt;
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.&lt;br /&gt;
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
voor en namiddag hadden dezelfde vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)&lt;br /&gt;
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.&lt;br /&gt;
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren. &lt;br /&gt;
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.&lt;br /&gt;
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)&lt;br /&gt;
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen&lt;br /&gt;
# MC en juist fout vragen:&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)&lt;br /&gt;
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)&lt;br /&gt;
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false) &lt;br /&gt;
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/01/2019 NM===&lt;br /&gt;
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem&lt;br /&gt;
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)&lt;br /&gt;
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)&lt;br /&gt;
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?&lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype &lt;br /&gt;
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden&lt;br /&gt;
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 augustus 2018 VM===&lt;br /&gt;
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel&lt;br /&gt;
# Activatie van naïve T-cel&lt;br /&gt;
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel&lt;br /&gt;
===18 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.&lt;br /&gt;
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.&lt;br /&gt;
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018 VM===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?&lt;br /&gt;
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...&lt;br /&gt;
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2017 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2017 ===&lt;br /&gt;
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#activatie van naïve B-cellen&lt;br /&gt;
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien&lt;br /&gt;
#Affinieteitmaturatie van B cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Immuunrespons endotheel&lt;br /&gt;
#Thymus onafhankelijke B cel activatie&lt;br /&gt;
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 NM=== &lt;br /&gt;
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen &lt;br /&gt;
#Iets van bcr en gentransformatie &lt;br /&gt;
#Activatie van Tcellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie &lt;br /&gt;
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN&lt;br /&gt;
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2016 VM===&lt;br /&gt;
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen&lt;br /&gt;
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing&lt;br /&gt;
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons&lt;br /&gt;
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn&lt;br /&gt;
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Jan 2015 (VM)===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen&lt;br /&gt;
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen&lt;br /&gt;
#Bespreek thymus independent activation of B-cells&lt;br /&gt;
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Jan 2014===&lt;br /&gt;
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie &lt;br /&gt;
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit &lt;br /&gt;
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4&lt;br /&gt;
===28 Jan 2014 (VM)===&lt;br /&gt;
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel&lt;br /&gt;
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt&lt;br /&gt;
#Bespreek T cel priming.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jan 2013 NM===&lt;br /&gt;
(cfr 27 aug 2012)&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.&lt;br /&gt;
===27 aug 2012===&lt;br /&gt;
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten&lt;br /&gt;
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen&lt;br /&gt;
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit. &lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 VM===&lt;br /&gt;
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar&lt;br /&gt;
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie&lt;br /&gt;
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen&lt;br /&gt;
=== 22 aug 2011 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons. &lt;br /&gt;
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.&lt;br /&gt;
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?&lt;br /&gt;
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing. &lt;br /&gt;
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?&lt;br /&gt;
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen&lt;br /&gt;
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naive B-cel&lt;br /&gt;
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen&lt;br /&gt;
=== 29 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen&lt;br /&gt;
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing&lt;br /&gt;
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Activatie naive B cel&lt;br /&gt;
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie&lt;br /&gt;
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.&lt;br /&gt;
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.&lt;br /&gt;
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)&lt;br /&gt;
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Practica:&lt;br /&gt;
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop&lt;br /&gt;
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.&lt;br /&gt;
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is&lt;br /&gt;
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg&lt;br /&gt;
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie&lt;br /&gt;
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?&lt;br /&gt;
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons&lt;br /&gt;
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons&lt;br /&gt;
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3107</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3107"/>
		<updated>2023-01-13T11:47:18Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 13 januari 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2023===&lt;br /&gt;
#Bespreek de parameters die de betrouwbaarheid van de PCR amplificatie kunnen verhogen, inclusief PCR-afgeleide technieken en detectiemethoden die bij real-time PCR zorgen voor gevoeligere en preciezere detectie  &lt;br /&gt;
#Bespreek in detail twee methoden om vreemd DNA binnen te brengen in plantencellen, en geef voor elke methode ook minstens 2 voordelen en nadelen (nieuwe prof sinds dit academiejaar voor het hoofdstuk over planten)&lt;br /&gt;
#Definities&lt;br /&gt;
#*BAC vector en de complexiteit van bank die werd aangemaakt via deze vector&lt;br /&gt;
#*Exsite methode en genetailor methode&lt;br /&gt;
#*Gebruik van URA gen als positieve en negatieve selectiemerker&lt;br /&gt;
# Je wil bepaald eiwit tot expressie brengen in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie?&lt;br /&gt;
#* Teken de primers uit voor de amplificatie van het gen (volledige sequentie geven, kozak sequentie geven, stopcodon gegeven),en er moest ook een tag (sequentie gegeven) gehangen worden aan het 3&#039;-uiteinde&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definities &lt;br /&gt;
#* Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
#* Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3106</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3106"/>
		<updated>2023-01-13T11:46:54Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2023===&lt;br /&gt;
#Bespreek de parameters die de betrouwbaarheid van de PCR amplificatie kunnen verhogen, inclusief PCR-afgeleide technieken en detectiemethoden die bij real-time PCR zorgen voor gevoeligere en preciezere detectie  &lt;br /&gt;
#Bespreek in detail twee methoden om vreemd DNA binnen te brengen in plantencellen, en geef voor elke methode ook minstens 2 voordelen en nadelen (nieuwe prof sinds 2023 voor het hoofdstuk over planten)&lt;br /&gt;
#Definities&lt;br /&gt;
#*BAC vector en de complexiteit van bank die werd aangemaakt via deze vector&lt;br /&gt;
#*Exsite methode en genetailor methode&lt;br /&gt;
#*Gebruik van URA gen als positieve en negatieve selectiemerker&lt;br /&gt;
# Je wil bepaald eiwit tot expressie brengen in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie?&lt;br /&gt;
#* Teken de primers uit voor de amplificatie van het gen (volledige sequentie geven, kozak sequentie geven, stopcodon gegeven),en er moest ook een tag (sequentie gegeven) gehangen worden aan het 3&#039;-uiteinde&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definities &lt;br /&gt;
#* Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
#* Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3083</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3083"/>
		<updated>2022-09-09T12:00:41Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 9 september 2022 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definities &lt;br /&gt;
#* Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
#* Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3082</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3082"/>
		<updated>2022-09-09T11:59:02Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 9 september 2022 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen)&lt;br /&gt;
# Definities &lt;br /&gt;
#* Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
#* Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3081</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3081"/>
		<updated>2022-09-09T11:57:43Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 9 september 2022 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen)&lt;br /&gt;
# Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
# Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
# CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3080</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3080"/>
		<updated>2022-09-09T11:57:28Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* 9 september 2022 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag (!) kwam van Paeshuyse: sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen)&lt;br /&gt;
# Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
# Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
# CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3079</id>
		<title>Gentechnologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Gentechnologie&amp;diff=3079"/>
		<updated>2022-09-09T11:57:00Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===9 september 2022===&lt;br /&gt;
# Grote theorievraag (!) kwam van Paeshuyse: sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen &lt;br /&gt;
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom&lt;br /&gt;
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen &lt;br /&gt;
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker&lt;br /&gt;
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen)&lt;br /&gt;
# Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt&lt;br /&gt;
# Mutagenese via prone-PCR&lt;br /&gt;
# CTAB methode voor isolatie van plant DNA &lt;br /&gt;
# Oefening van Lavigne: 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.&lt;br /&gt;
 &lt;br /&gt;
===14 januari 2022===&lt;br /&gt;
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?&lt;br /&gt;
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?&lt;br /&gt;
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5&#039; uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random &amp;amp; gerichte pcr-methodes)&lt;br /&gt;
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?&lt;br /&gt;
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?&lt;br /&gt;
# definties&lt;br /&gt;
#* Alkalische lyse&lt;br /&gt;
#* CAPture techniek&lt;br /&gt;
#* taqmanprobe real time PCR&lt;br /&gt;
#paeshuyse: gelijka andere jaren &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2020===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen&lt;br /&gt;
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2020 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)&lt;br /&gt;
# Definities (1/3e pagina voor elk)&lt;br /&gt;
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.&lt;br /&gt;
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?&lt;br /&gt;
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke gebruik je en beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.&lt;br /&gt;
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 &amp;amp; EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.&lt;br /&gt;
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2019 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. &lt;br /&gt;
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.&lt;br /&gt;
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).&lt;br /&gt;
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.&lt;br /&gt;
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#* Definieer alles van BAC&#039;s&lt;br /&gt;
#* Gateway klonering&lt;br /&gt;
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering&lt;br /&gt;
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2019 ===&lt;br /&gt;
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..) &lt;br /&gt;
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en  hoe bepaal je  de complexiteit van genoombank (carbon clark)&lt;br /&gt;
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen&lt;br /&gt;
#* A. Leg expressiesysteem uit&lt;br /&gt;
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt&lt;br /&gt;
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie&lt;br /&gt;
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten &lt;br /&gt;
# Geef uitleg over&lt;br /&gt;
#* Taqman probe&lt;br /&gt;
#* CTAB methode&lt;br /&gt;
#* PET&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Augustus 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. Alkalische Lyse&lt;br /&gt;
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?&lt;br /&gt;
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon &amp;amp; Clarke. (1 bladzijde)&lt;br /&gt;
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip): &lt;br /&gt;
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak&lt;br /&gt;
#* B. Taqman RT-PCR&lt;br /&gt;
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor &#039;&#039;E. Coli&#039;&#039; en &#039;&#039;S. cerevesiae&#039;&#039;&lt;br /&gt;
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)&lt;br /&gt;
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.&lt;br /&gt;
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.&lt;br /&gt;
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 september 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.&lt;br /&gt;
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.&lt;br /&gt;
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven &lt;br /&gt;
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.&lt;br /&gt;
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.) &lt;br /&gt;
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.&lt;br /&gt;
#* Teken de vector enzo.. (?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 januari 2017 VM===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.&lt;br /&gt;
# Kort omschrijven&lt;br /&gt;
#*DNA shuffeling&lt;br /&gt;
#*CAPture techniek werking&lt;br /&gt;
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering&lt;br /&gt;
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)&lt;br /&gt;
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===januari 2016===&lt;br /&gt;
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid&lt;br /&gt;
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)&lt;br /&gt;
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank&lt;br /&gt;
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist&lt;br /&gt;
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek&lt;br /&gt;
Volckaert: &lt;br /&gt;
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)&lt;br /&gt;
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben&lt;br /&gt;
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt&lt;br /&gt;
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.&lt;br /&gt;
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.&lt;br /&gt;
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris&lt;br /&gt;
##Definieer de CAPture techniek&lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?&lt;br /&gt;
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)&lt;br /&gt;
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte) &lt;br /&gt;
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)&lt;br /&gt;
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)&lt;br /&gt;
#Korte vraagjes: Lavigne&lt;br /&gt;
##Bespreek CAPture techniek &lt;br /&gt;
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (&amp;amp;gt;30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon &amp;amp;amp; Clarke. &lt;br /&gt;
#Technieken: Okayama &amp;amp;amp; Berg SAGE &lt;br /&gt;
#Kleine vragen (Lavigne): &lt;br /&gt;
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in &amp;amp;quot;directed evolution&amp;amp;quot;? &lt;br /&gt;
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem. &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie? &lt;br /&gt;
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 augustus 2012===&lt;br /&gt;
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...) &lt;br /&gt;
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)&lt;br /&gt;
#kleine vraagjes:&lt;br /&gt;
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker) &lt;br /&gt;
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?) &lt;br /&gt;
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom. &lt;br /&gt;
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Jan 2012 NM===&lt;br /&gt;
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli &lt;br /&gt;
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Co-transformatie bij dieren &lt;br /&gt;
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture &lt;br /&gt;
##Hot-start PCR Chromosome jumping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Jan 2011 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren. &lt;br /&gt;
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten. &lt;br /&gt;
#Bijvragen:&lt;br /&gt;
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank &lt;br /&gt;
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren &lt;br /&gt;
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden? &lt;br /&gt;
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...) &lt;br /&gt;
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Okayama &amp;amp;amp; Berg &lt;br /&gt;
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##IPTG sacB &lt;br /&gt;
##Carbon &amp;amp;amp; Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank) &lt;br /&gt;
##Guanidiniumzouten&lt;br /&gt;
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 Jan 2011 VM===&lt;br /&gt;
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##&#039;hotstart&#039; PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie &lt;br /&gt;
##URA3 Modeling: pyrosequencing &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 aug 2010 VM===&lt;br /&gt;
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen &lt;br /&gt;
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg &lt;br /&gt;
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn. &lt;br /&gt;
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar? &lt;br /&gt;
##Leg de pSC101 ori uit. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Oclusion body&#039;s: wat, wanneer, nut? &lt;br /&gt;
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Universele splicing van ssDNA met fokI. &lt;br /&gt;
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode. &lt;br /&gt;
##EtBr en SYBR. &lt;br /&gt;
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
##Biotine merking. &lt;br /&gt;
##ZOO blot.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.) &lt;br /&gt;
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese. &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke vectoren voor klonering in gist? &lt;br /&gt;
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Nested PCR uitleggen. &lt;br /&gt;
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen. &lt;br /&gt;
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen. &lt;br /&gt;
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen? &lt;br /&gt;
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank? &lt;br /&gt;
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL &lt;br /&gt;
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 jan 2010 VM===&lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Fosforamidiet synthesecyclus &lt;br /&gt;
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie? &lt;br /&gt;
##Schets hun gebruik. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Lamba ZAP vector &lt;br /&gt;
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli. &lt;br /&gt;
##Aantal kloons in een genoombank. &lt;br /&gt;
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2010===&lt;br /&gt;
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman. &lt;br /&gt;
##Detailleer elke reactiestap. &lt;br /&gt;
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden. &lt;br /&gt;
##Exonuclease III &lt;br /&gt;
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank. &lt;br /&gt;
##Inverse PCR Mondeling: pMal &lt;br /&gt;
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen&lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III &lt;br /&gt;
#Kleine vragenÂ : &lt;br /&gt;
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jan 2009===&lt;br /&gt;
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem&lt;br /&gt;
#Bijvragen&lt;br /&gt;
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese&lt;br /&gt;
# Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur &lt;br /&gt;
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jan 2009Â ===&lt;br /&gt;
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##cDNA klonering (Gubler &amp;amp;amp; Hoffman, Okayama &amp;amp;amp; Berg) &lt;br /&gt;
##chromosoom walking &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor) &lt;br /&gt;
##capping in fosforamidiet, wat en waarom &lt;br /&gt;
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III &lt;br /&gt;
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden &lt;br /&gt;
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van &#039;informatie&#039; &lt;br /&gt;
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden &lt;br /&gt;
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?&lt;br /&gt;
##Wat is een moleculair baken (&#039;molecular beacon&#039;)?&lt;br /&gt;
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR &lt;br /&gt;
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?&lt;br /&gt;
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar. &lt;br /&gt;
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen? &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost? &lt;br /&gt;
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##Wat is IPTG: structuur, gebruik &lt;br /&gt;
##Wat is de par locus &lt;br /&gt;
##Wat is PNA: structuur &lt;br /&gt;
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme? &lt;br /&gt;
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 jan 2008===&lt;br /&gt;
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen? &lt;br /&gt;
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?) &lt;br /&gt;
#Bijvragen: &lt;br /&gt;
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?&lt;br /&gt;
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure. &lt;br /&gt;
##Wat zijn de voor- en nadelen? &lt;br /&gt;
#Bij-bijvragen: &lt;br /&gt;
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk? &lt;br /&gt;
##Waarvoor staat spi selectie? &lt;br /&gt;
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen? &lt;br /&gt;
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 jan 2007===&lt;br /&gt;
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken. &lt;br /&gt;
#Middelgrote vragen: &lt;br /&gt;
##pyrosequencing &lt;br /&gt;
##cassettemutagenese &lt;br /&gt;
#Kleine vragen: &lt;br /&gt;
##verschil southern en western blotting &lt;br /&gt;
##ethidiumbromide, structuur, problemen, &lt;br /&gt;
##gebruik Spi selectie inverse PCR&lt;br /&gt;
##wat is shearing &lt;br /&gt;
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jan 2007===&lt;br /&gt;
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322 &lt;br /&gt;
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren &lt;br /&gt;
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 jan 2007===&lt;br /&gt;
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren. &lt;br /&gt;
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda. &lt;br /&gt;
#SV40 vectoren. &lt;br /&gt;
#Kleine vragen:&lt;br /&gt;
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13. &lt;br /&gt;
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden. &lt;br /&gt;
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie&amp;lt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&amp;diff=3002</id>
		<title>Chemische Thermodynamica</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&amp;diff=3002"/>
		<updated>2022-08-25T14:01:59Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Chemie]]&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een &#039;mondeling&#039; examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.&lt;br /&gt;
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord&lt;br /&gt;
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos&lt;br /&gt;
#*Delta G en delta G° zijn constanten&lt;br /&gt;
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling &lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.&lt;br /&gt;
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie &lt;br /&gt;
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Proteïnen&lt;br /&gt;
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.&lt;br /&gt;
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?&lt;br /&gt;
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.&lt;br /&gt;
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?&lt;br /&gt;
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?&lt;br /&gt;
#*Geef de gibbsfunctie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2021 ===&lt;br /&gt;
#Vuurpomp afleiding geven voor T en V&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Gibbs functie bij mengsels&lt;br /&gt;
#*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet&lt;br /&gt;
#*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar?&lt;br /&gt;
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij&lt;br /&gt;
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.&lt;br /&gt;
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning&lt;br /&gt;
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!&lt;br /&gt;
#Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? &lt;br /&gt;
#Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. &lt;br /&gt;
#*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert&lt;br /&gt;
#*Geef de entropie verandering van het systeem&lt;br /&gt;
#*Geef de gibbs functie voor deze situatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is&lt;br /&gt;
#Adiabatische processen&lt;br /&gt;
#* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces&lt;br /&gt;
#* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)&lt;br /&gt;
#* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.&lt;br /&gt;
# Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.&lt;br /&gt;
# Waar of niet waar?&lt;br /&gt;
#* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij&lt;br /&gt;
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.&lt;br /&gt;
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning&lt;br /&gt;
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.&lt;br /&gt;
#Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)&lt;br /&gt;
#Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen&lt;br /&gt;
#*bereken delta H&lt;br /&gt;
#*bereken normaal kookpunt naftaleen&lt;br /&gt;
#*bereken P van tripelpunt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is&lt;br /&gt;
#Osmose&lt;br /&gt;
#La place druk&lt;br /&gt;
#Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen&lt;br /&gt;
#*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas&lt;br /&gt;
#* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas&lt;br /&gt;
#* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen &lt;br /&gt;
#oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces&lt;br /&gt;
#* bij reversibel proces&lt;br /&gt;
#*bij Pex van 1 atm&lt;br /&gt;
#oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven &lt;br /&gt;
#* schets een fasediagram (P,T) hiervan&lt;br /&gt;
#* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?&lt;br /&gt;
#* bereken Hvap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2020===&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken verandering van entropie.&lt;br /&gt;
# Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.&lt;br /&gt;
# Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?&lt;br /&gt;
# klassieke nucleatietheorie&lt;br /&gt;
===13 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: P2 en deltaG berekenen&lt;br /&gt;
# Oef: deltaS berekenen&lt;br /&gt;
# Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.&lt;br /&gt;
# Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q S en H bij isotherm&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas&lt;br /&gt;
# Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit&lt;br /&gt;
# mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)&lt;br /&gt;
===25 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)&lt;br /&gt;
# Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp&lt;br /&gt;
# Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo&lt;br /&gt;
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve&lt;br /&gt;
===18 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne&lt;br /&gt;
# Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.&lt;br /&gt;
# Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. &lt;br /&gt;
# Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)&lt;br /&gt;
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
 &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. &lt;br /&gt;
#* Wat is de einddruk?&lt;br /&gt;
#* Wat is de delta G?&lt;br /&gt;
# Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.&lt;br /&gt;
#* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen&lt;br /&gt;
# Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces&lt;br /&gt;
# Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Vuurpomp&lt;br /&gt;
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. &lt;br /&gt;
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. &lt;br /&gt;
#Colligatieve eigenschappen &lt;br /&gt;
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? &lt;br /&gt;
#*Bespreek kookpuntsverhoging&lt;br /&gt;
#*Bespreek osmose&lt;br /&gt;
#Mengsels van vloeistoffen &lt;br /&gt;
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen &lt;br /&gt;
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 februari 2018===&lt;br /&gt;
#vuurpomp&lt;br /&gt;
#vraag over donnanpotentiaal&lt;br /&gt;
#vraag over mengsels&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Proteinevouwing&lt;br /&gt;
#Carnot cyclus&lt;br /&gt;
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
#entropie oef&lt;br /&gt;
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Vuurpomp uitleggen&lt;br /&gt;
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval&lt;br /&gt;
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry&lt;br /&gt;
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2018===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: &lt;br /&gt;
#* a. Reversibel&lt;br /&gt;
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk&lt;br /&gt;
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )&lt;br /&gt;
# Beschouw de reactie 3A+2B &amp;lt;=&amp;gt; C+2D. &lt;br /&gt;
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)&lt;br /&gt;
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)&lt;br /&gt;
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)&lt;br /&gt;
# Beschouw F(folded) &amp;lt;=&amp;gt; U(unfolded). &lt;br /&gt;
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)&lt;br /&gt;
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vuurpomp uitleggen&lt;br /&gt;
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---&amp;gt; bepaal einddruk en delta G&lt;br /&gt;
# Oefening partieel molaire volumes&lt;br /&gt;
# Entropie voor fasetransities afleiden&lt;br /&gt;
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 februari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)&lt;br /&gt;
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).&lt;br /&gt;
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. &lt;br /&gt;
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.&lt;br /&gt;
# Carnot-cyclus:&lt;br /&gt;
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)&lt;br /&gt;
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)&lt;br /&gt;
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)&lt;br /&gt;
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)&lt;br /&gt;
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)&lt;br /&gt;
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)&lt;br /&gt;
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne&lt;br /&gt;
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur&lt;br /&gt;
# Oefening entropie berkenen&lt;br /&gt;
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is&lt;br /&gt;
# Kinetisch gasmodel en fotongas&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïnen&lt;br /&gt;
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* reversibele isotherme expansie&lt;br /&gt;
#* reversibele adiabatische expansie&lt;br /&gt;
#* isochoor proces (weet niet meer exact)&lt;br /&gt;
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode&lt;br /&gt;
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur&lt;br /&gt;
# Oefening entropie berekening&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica&lt;br /&gt;
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?&lt;br /&gt;
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R&lt;br /&gt;
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.&lt;br /&gt;
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.&lt;br /&gt;
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).&lt;br /&gt;
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.&lt;br /&gt;
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :&#039;( )&lt;br /&gt;
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#vuurpomp&lt;br /&gt;
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose&lt;br /&gt;
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen&lt;br /&gt;
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven&lt;br /&gt;
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2016 (VM) ===&lt;br /&gt;
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.&lt;br /&gt;
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. &lt;br /&gt;
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de carnot cyclus.&lt;br /&gt;
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
Hetzelfde als 11 januari VM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#vuurpomp (opdracht)&lt;br /&gt;
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.&lt;br /&gt;
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp&lt;br /&gt;
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose&lt;br /&gt;
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2015 (NM) ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# 1. Dat vuur pomp stuff.&lt;br /&gt;
# 2. Bereken tripel punt shit.&lt;br /&gt;
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.&lt;br /&gt;
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?&lt;br /&gt;
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document&lt;br /&gt;
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl&lt;br /&gt;
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces &lt;br /&gt;
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af&lt;br /&gt;
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).&lt;br /&gt;
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.&lt;br /&gt;
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp&#039;s van de stoffen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect&lt;br /&gt;
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)&lt;br /&gt;
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).&lt;br /&gt;
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.&lt;br /&gt;
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 feb 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. &lt;br /&gt;
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT&lt;br /&gt;
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm&lt;br /&gt;
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.&lt;br /&gt;
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.&lt;br /&gt;
# Oefening op entropieverandering&lt;br /&gt;
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2012 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)&lt;br /&gt;
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiabatisch expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* reversibele isotherme expansie&lt;br /&gt;
#* reversibele adiabatische expansie&lt;br /&gt;
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)&lt;br /&gt;
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen&lt;br /&gt;
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 jan 2012 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K &lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)&lt;br /&gt;
#Bespreek membraanpotentiaal&lt;br /&gt;
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;amp;lt;u&amp;amp;gt;van het systeem&amp;amp;lt;/u&amp;amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)&lt;br /&gt;
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;amp;lt;sub&amp;amp;gt;v&amp;amp;lt;/sub&amp;amp;gt; = 5/2R)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)&lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen &lt;br /&gt;
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;amp;gt; vl., vl. -&amp;amp;gt; gas en vast -&amp;amp;gt; gas berekenen)&lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering &lt;br /&gt;
# Oefening over verandering in gibbsfunctie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# bespreek de adiabatische expansie &lt;br /&gt;
# bespreek osmose en geef een toepassing &lt;br /&gt;
# oefening over entropieverandering &lt;br /&gt;
# oefening over verandering in gibbsfunctie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 jan 2010 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# ?&lt;br /&gt;
# ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.&lt;br /&gt;
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.&lt;br /&gt;
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.&lt;br /&gt;
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.&lt;br /&gt;
# Kookpuntverhoging.&lt;br /&gt;
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.&lt;br /&gt;
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.&lt;br /&gt;
=== 16 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume&lt;br /&gt;
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen&lt;br /&gt;
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K &lt;br /&gt;
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# clayperon+ toep. op verdampen&lt;br /&gt;
# kookpuntsverhoging bespreken&lt;br /&gt;
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven&lt;br /&gt;
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de membraam potentiaal&lt;br /&gt;
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen&lt;br /&gt;
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C--&amp;amp;gt;1000Â°C. Cp gegeven&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante&lt;br /&gt;
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken&lt;br /&gt;
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven&lt;br /&gt;
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp&#039;s gegeven&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof&lt;br /&gt;
# osmose bespreken&lt;br /&gt;
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )&lt;br /&gt;
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen&lt;br /&gt;
# kookpuntsverhoging bespreken&lt;br /&gt;
# CO(g) + H20 (g) =&amp;amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp&#039;s gegeven&lt;br /&gt;
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 aug 2008 ===&lt;br /&gt;
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V&lt;br /&gt;
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* isotherme exp tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiab exp cte P&lt;br /&gt;
#* reversibele isoth exp&lt;br /&gt;
#* rev adiab exp&lt;br /&gt;
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R &lt;br /&gt;
=== 29 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante&lt;br /&gt;
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?&lt;br /&gt;
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek osmose&lt;br /&gt;
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen&lt;br /&gt;
# een ideaal gas gaat van T1-&amp;amp;gt;T2 en V1-&amp;amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. &lt;br /&gt;
=== 20 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten&lt;br /&gt;
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus&lt;br /&gt;
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp&#039;s&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.&lt;br /&gt;
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk&lt;br /&gt;
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:&lt;br /&gt;
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)&lt;br /&gt;
Oefening:&lt;br /&gt;
# bereken molecuulmassa van een proteïne&lt;br /&gt;
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&amp;diff=3001</id>
		<title>Chemische Thermodynamica</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&amp;diff=3001"/>
		<updated>2022-08-25T14:00:33Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Chemie]]&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een &#039;mondeling&#039; examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.&lt;br /&gt;
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord&lt;br /&gt;
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos&lt;br /&gt;
#*Delta G en delta G° zijn constanten&lt;br /&gt;
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling &lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.&lt;br /&gt;
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie &lt;br /&gt;
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Proteïnen&lt;br /&gt;
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.&lt;br /&gt;
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?&lt;br /&gt;
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.&lt;br /&gt;
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?&lt;br /&gt;
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?&lt;br /&gt;
#*Geef de gibbsfunctie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2021 ===&lt;br /&gt;
#Vuurpomp afleiding geven voor T en V&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Gibbs functie bij mengsels&lt;br /&gt;
#*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet&lt;br /&gt;
#*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar?&lt;br /&gt;
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij&lt;br /&gt;
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.&lt;br /&gt;
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning&lt;br /&gt;
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!&lt;br /&gt;
#Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? &lt;br /&gt;
#Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. &lt;br /&gt;
#*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert&lt;br /&gt;
#*Geef de entropie verandering van het systeem&lt;br /&gt;
#*Geef de gibbs functie voor deze situatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is&lt;br /&gt;
#Adiabatische processen&lt;br /&gt;
#* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces&lt;br /&gt;
#* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)&lt;br /&gt;
#* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.&lt;br /&gt;
# Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.&lt;br /&gt;
# Waar of niet waar?&lt;br /&gt;
#* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij&lt;br /&gt;
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.&lt;br /&gt;
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning&lt;br /&gt;
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.&lt;br /&gt;
#Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)&lt;br /&gt;
#Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen&lt;br /&gt;
#*bereken delta H&lt;br /&gt;
#*bereken normaal kookpunt naftaleen&lt;br /&gt;
#*bereken P van tripelpunt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is&lt;br /&gt;
#Osmose&lt;br /&gt;
#La place druk&lt;br /&gt;
#Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen&lt;br /&gt;
#*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas&lt;br /&gt;
#* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas&lt;br /&gt;
#* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen &lt;br /&gt;
#oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces&lt;br /&gt;
#* bij reversibel proces&lt;br /&gt;
#*bij Pex van 1 atm&lt;br /&gt;
#oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven &lt;br /&gt;
#* schets een fasediagram (P,T) hiervan&lt;br /&gt;
#* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?&lt;br /&gt;
#* bereken Hvap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2020===&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken verandering van entropie.&lt;br /&gt;
# Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.&lt;br /&gt;
# Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?&lt;br /&gt;
# klassieke nucleatietheorie&lt;br /&gt;
===13 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: P2 en deltaG berekenen&lt;br /&gt;
# Oef: deltaS berekenen&lt;br /&gt;
# Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.&lt;br /&gt;
# Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q S en H bij isotherm&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas&lt;br /&gt;
# Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit&lt;br /&gt;
# mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)&lt;br /&gt;
===25 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)&lt;br /&gt;
# Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp&lt;br /&gt;
# Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo&lt;br /&gt;
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve&lt;br /&gt;
===18 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne&lt;br /&gt;
# Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.&lt;br /&gt;
# Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. &lt;br /&gt;
# Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)&lt;br /&gt;
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
 &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. &lt;br /&gt;
#* Wat is de einddruk?&lt;br /&gt;
#* Wat is de delta G?&lt;br /&gt;
# Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.&lt;br /&gt;
#* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen&lt;br /&gt;
# Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces&lt;br /&gt;
# Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Vuurpomp&lt;br /&gt;
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. &lt;br /&gt;
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. &lt;br /&gt;
#Colligatieve eigenschappen &lt;br /&gt;
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? &lt;br /&gt;
#*Bespreek kookpuntsverhoging&lt;br /&gt;
#*Bespreek osmose&lt;br /&gt;
#Mengsels van vloeistoffen &lt;br /&gt;
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen &lt;br /&gt;
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 februari 2018===&lt;br /&gt;
#vuurpomp&lt;br /&gt;
#vraag over donnanpotentiaal&lt;br /&gt;
#vraag over mengsels&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Proteinevouwing&lt;br /&gt;
#Carnot cyclus&lt;br /&gt;
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
#entropie oef&lt;br /&gt;
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Vuurpomp uitleggen&lt;br /&gt;
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval&lt;br /&gt;
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry&lt;br /&gt;
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2018===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: &lt;br /&gt;
#* a. Reversibel&lt;br /&gt;
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk&lt;br /&gt;
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )&lt;br /&gt;
# Beschouw de reactie 3A+2B &amp;lt;=&amp;gt; C+2D. &lt;br /&gt;
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)&lt;br /&gt;
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)&lt;br /&gt;
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)&lt;br /&gt;
# Beschouw F(folded) &amp;lt;=&amp;gt; U(unfolded). &lt;br /&gt;
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)&lt;br /&gt;
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vuurpomp uitleggen&lt;br /&gt;
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---&amp;gt; bepaal einddruk en delta G&lt;br /&gt;
# Oefening partieel molaire volumes&lt;br /&gt;
# Entropie voor fasetransities afleiden&lt;br /&gt;
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 februari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)&lt;br /&gt;
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).&lt;br /&gt;
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. &lt;br /&gt;
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.&lt;br /&gt;
# Carnot-cyclus:&lt;br /&gt;
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)&lt;br /&gt;
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)&lt;br /&gt;
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)&lt;br /&gt;
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)&lt;br /&gt;
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)&lt;br /&gt;
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)&lt;br /&gt;
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne&lt;br /&gt;
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur&lt;br /&gt;
# Oefening entropie berkenen&lt;br /&gt;
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is&lt;br /&gt;
# Kinetisch gasmodel en fotongas&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïnen&lt;br /&gt;
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* reversibele isotherme expansie&lt;br /&gt;
#* reversibele adiabatische expansie&lt;br /&gt;
#* isochoor proces (weet niet meer exact)&lt;br /&gt;
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode&lt;br /&gt;
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur&lt;br /&gt;
# Oefening entropie berekening&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica&lt;br /&gt;
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?&lt;br /&gt;
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R&lt;br /&gt;
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.&lt;br /&gt;
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.&lt;br /&gt;
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).&lt;br /&gt;
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.&lt;br /&gt;
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :&#039;( )&lt;br /&gt;
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#vuurpomp&lt;br /&gt;
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose&lt;br /&gt;
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen&lt;br /&gt;
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven&lt;br /&gt;
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2016 (VM) ===&lt;br /&gt;
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.&lt;br /&gt;
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. &lt;br /&gt;
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de carnot cyclus.&lt;br /&gt;
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
Hetzelfde als 11 januari VM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#vuurpomp (opdracht)&lt;br /&gt;
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.&lt;br /&gt;
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp&lt;br /&gt;
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose&lt;br /&gt;
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2015 (NM) ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# 1. Dat vuur pomp stuff.&lt;br /&gt;
# 2. Bereken tripel punt shit.&lt;br /&gt;
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.&lt;br /&gt;
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?&lt;br /&gt;
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document&lt;br /&gt;
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl&lt;br /&gt;
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces &lt;br /&gt;
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af&lt;br /&gt;
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).&lt;br /&gt;
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.&lt;br /&gt;
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp&#039;s van de stoffen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect&lt;br /&gt;
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)&lt;br /&gt;
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).&lt;br /&gt;
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.&lt;br /&gt;
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 feb 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. &lt;br /&gt;
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT&lt;br /&gt;
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm&lt;br /&gt;
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.&lt;br /&gt;
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.&lt;br /&gt;
# Oefening op entropieverandering&lt;br /&gt;
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2012 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)&lt;br /&gt;
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiabatisch expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* reversibele isotherme expansie&lt;br /&gt;
#* reversibele adiabatische expansie&lt;br /&gt;
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)&lt;br /&gt;
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen&lt;br /&gt;
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 jan 2012 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K &lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)&lt;br /&gt;
#Bespreek membraanpotentiaal&lt;br /&gt;
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;amp;lt;u&amp;amp;gt;van het systeem&amp;amp;lt;/u&amp;amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)&lt;br /&gt;
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;amp;lt;sub&amp;amp;gt;v&amp;amp;lt;/sub&amp;amp;gt; = 5/2R)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)&lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen &lt;br /&gt;
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;amp;gt; vl., vl. -&amp;amp;gt; gas en vast -&amp;amp;gt; gas berekenen)&lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering &lt;br /&gt;
# Oefening over verandering in gibbsfunctie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# bespreek de adiabatische expansie &lt;br /&gt;
# bespreek osmose en geef een toepassing &lt;br /&gt;
# oefening over entropieverandering &lt;br /&gt;
# oefening over verandering in gibbsfunctie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 jan 2010 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# ?&lt;br /&gt;
# ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.&lt;br /&gt;
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.&lt;br /&gt;
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.&lt;br /&gt;
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.&lt;br /&gt;
# Kookpuntverhoging.&lt;br /&gt;
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.&lt;br /&gt;
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.&lt;br /&gt;
=== 16 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume&lt;br /&gt;
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen&lt;br /&gt;
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K &lt;br /&gt;
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# clayperon+ toep. op verdampen&lt;br /&gt;
# kookpuntsverhoging bespreken&lt;br /&gt;
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven&lt;br /&gt;
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de membraam potentiaal&lt;br /&gt;
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen&lt;br /&gt;
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C--&amp;amp;gt;1000Â°C. Cp gegeven&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante&lt;br /&gt;
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken&lt;br /&gt;
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven&lt;br /&gt;
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp&#039;s gegeven&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof&lt;br /&gt;
# osmose bespreken&lt;br /&gt;
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )&lt;br /&gt;
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen&lt;br /&gt;
# kookpuntsverhoging bespreken&lt;br /&gt;
# CO(g) + H20 (g) =&amp;amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp&#039;s gegeven&lt;br /&gt;
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 aug 2008 ===&lt;br /&gt;
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V&lt;br /&gt;
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* isotherme exp tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiab exp cte P&lt;br /&gt;
#* reversibele isoth exp&lt;br /&gt;
#* rev adiab exp&lt;br /&gt;
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R &lt;br /&gt;
=== 29 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante&lt;br /&gt;
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?&lt;br /&gt;
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek osmose&lt;br /&gt;
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen&lt;br /&gt;
# een ideaal gas gaat van T1-&amp;amp;gt;T2 en V1-&amp;amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. &lt;br /&gt;
=== 20 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten&lt;br /&gt;
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus&lt;br /&gt;
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp&#039;s&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.&lt;br /&gt;
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk&lt;br /&gt;
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:&lt;br /&gt;
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)&lt;br /&gt;
Oefening:&lt;br /&gt;
# bereken molecuulmassa van een proteïne&lt;br /&gt;
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&amp;diff=2983</id>
		<title>Oncobiologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&amp;diff=2983"/>
		<updated>2022-06-29T18:06:37Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0793161: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Samen met biologie, minor verbreding en minor biologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===29 juni 2022===&lt;br /&gt;
#Angiogenese: wat is angiogenese, waarom is het belangrijk bij kanker, hoe kunnen we deze kennis gebruiken in cancer therapy en bij welke hallmark is angiogenese nog belangrijk&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem en bispecific antibodies en PD1-antibodies/PDL-1 antibodies met elkaar vergelijken&lt;br /&gt;
#Kleine vragen: Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen en wat kan je hieruit afleiden, rol van NRAS mutaties bij kanker, link tussen DNA methylatie en kanker, wat is het Warburg effect en waarom is dit een voordeel voor kankercellen, hoe kunnen we apoptose induceren &lt;br /&gt;
===24 juni 2022===&lt;br /&gt;
#Apoptose: Wat is het? Hoe wordt het geinduceerd? Bij welke andere hallmark speelt dit nog een rol? + andere brijvagen&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem. Wat zijn de mogelijke therapieen hiervoor? HOe werkt het en hoe kan het fout lopen en wat zijn mogelijke oplossingen voor deze problemen?&lt;br /&gt;
#leg uit:&lt;br /&gt;
#* Mutaties van idh1&lt;br /&gt;
#* Connectie angiogenese met metastase&lt;br /&gt;
#* Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen en wat kan je hieruit afleiden?&lt;br /&gt;
#* Iets met BTK ... &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2021 ===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks + bij elke hallmark een voorbeeld van mutatie/verandering van de kankercel&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen aan het immuunsysteem ontsnappen en geef 3 mogelijke therapieën op basis van deze kennis&lt;br /&gt;
#5 stellingen juist of fout&lt;br /&gt;
#* MCL1 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeise kan je nagaan via sequencing (niet zeker meer).&lt;br /&gt;
#* EMT is belangrijk in early development van kanker&lt;br /&gt;
#* Kankercel kan resistent worden tegen tyrosine kinase inhibitoren&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten).&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol? Geef 2 voorbeelden, gebruikmakend van alle kennis van de hallmarks, voor een therapie gericht tegen metastase.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* p53 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen BCL-2 inhibitors.&lt;br /&gt;
#* Nog een.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2020 VM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten)&lt;br /&gt;
#Leg angiogenese uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geef 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* Bax inactivatie is gunstig voor kankercellen&lt;br /&gt;
#* Tyrosine kinase inhibitoren kunnen apoptose induceren&lt;br /&gt;
#* Inflammatie vermindert het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* Zowel EMT als MET zijn belangrijk voor metastase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===8 juni 2020 VM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks.&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geeft 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* BCL2 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen tyrosine kinase inhibitors.&lt;br /&gt;
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* EMT is belangrijk voor metastase. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks en geef een voorbeeld van een geneesmiddel (niet perse merknamen gewoon algemeen)&lt;br /&gt;
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol?&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen tumorcellen het immuunsysteem ontsnappen?&lt;br /&gt;
#Stellingen, waar of niet waar:&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistent worden tegen CAR Tcellen&lt;br /&gt;
#* BCL2 overexpressie is gunstig voor de kankercellen&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen geen dubble strand DNA breaks herstellen&lt;br /&gt;
#* De VEGF receptor kan worden uitgeschakeld met antibodies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
# A) Geef de 10 hallmarks; B) Geef aan welke hallmarks belangrijk zijn voor initiatie van kanker (max 1 blz)&lt;br /&gt;
# Leg genomic instability uit en geef de link met kanker (max 2 blz)&lt;br /&gt;
# A) Leg apoptose uit en geef de link met kanker; B) Welke hallmarks kun je nog linken aan apoptose (max 2 blz)&lt;br /&gt;
# Stellingen:&lt;br /&gt;
#* VEGF zorgt voor generatie van stalk cellen&lt;br /&gt;
#* kankercellen kunnen resistent worden t.o.v. tyrosine kinase inhibitors&lt;br /&gt;
#* CAR T-cells kunnen de groei van kankercellen stimuleren&lt;br /&gt;
#* Nog 2 andere &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2018 NM===&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)&lt;br /&gt;
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:&lt;br /&gt;
#* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel&lt;br /&gt;
#* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren&lt;br /&gt;
#* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven&lt;br /&gt;
#* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese&lt;br /&gt;
#* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken&lt;br /&gt;
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):&lt;br /&gt;
# VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).&lt;br /&gt;
# Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2018 VM===&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))&lt;br /&gt;
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:&lt;br /&gt;
#* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.&lt;br /&gt;
#* All cells can become cancer cells.&lt;br /&gt;
#* Chromosomal translocation can inactivate genes.&lt;br /&gt;
#* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.&lt;br /&gt;
#* VEGF assists metastasis.&lt;br /&gt;
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):&lt;br /&gt;
# Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.&lt;br /&gt;
# Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/06/2016 NM===&lt;br /&gt;
Mondeling:&lt;br /&gt;
#4 stellingen:&lt;br /&gt;
#*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen&lt;br /&gt;
#*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen&lt;br /&gt;
#*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd&lt;br /&gt;
#*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers&lt;br /&gt;
#Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/06/2016 VM===&lt;br /&gt;
Mondeling:&lt;br /&gt;
#Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.&lt;br /&gt;
#J/F vragen + verklaren&lt;br /&gt;
#*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese&lt;br /&gt;
#*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation&lt;br /&gt;
#*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen&lt;br /&gt;
#*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom&lt;br /&gt;
Schirftelijk:&lt;br /&gt;
#Leg genome instability volledig uit.&lt;br /&gt;
#Geef de &#039;10 hallmarks of cancer&#039; met telkens een kort VB&lt;br /&gt;
===22/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de &#039;10 hallmarks of cancer&#039; met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)&lt;br /&gt;
#Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?&lt;br /&gt;
===18/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.&lt;br /&gt;
#Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.&lt;br /&gt;
#woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===05/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen&lt;br /&gt;
#Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker&lt;br /&gt;
#Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.&lt;br /&gt;
===16/06/2014===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg een hallmark volledig uit&lt;br /&gt;
#korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing,  hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)&lt;br /&gt;
===16/06/2014===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)&lt;br /&gt;
#Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden&lt;br /&gt;
Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.&lt;br /&gt;
===17/06/2013===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld&lt;br /&gt;
#juist of fout:&lt;br /&gt;
#*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken&lt;br /&gt;
#*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig&lt;br /&gt;
#*nog2&lt;br /&gt;
#tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.&lt;br /&gt;
#Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)&lt;br /&gt;
#Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0793161</name></author>
	</entry>
</feed>