https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=R0811248 2026-07-28T08:21:57Z Gebruikersbijdragen MediaWiki 1.43.0 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&diff=3176 2023-01-19T16:29:31Z

<p>R0811248: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak gedoceerd door <br /> <br /> ECTS-fiche: <br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===19 januari 2023===<br /> Cools:<br /> # a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment<br /> # ChIP-sequencing<br /> # ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance<br /> # a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?<br /> <br /> Eelen:<br /> # What is meant by 'Gene transfer in somatic cells'? Give an example. - max. 5 lines<br /> # How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines<br /> # Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page<br /> <br /> Lambrechts:<br /> # PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?<br /> # Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?<br /> <br /> Van Den Steen:<br /> # Passive immunisation therapy against cerebral malaria<br /> # Difluoro-methylornithine</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&diff=3175 2023-01-19T16:21:23Z

<p>R0811248: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak gedoceerd door <br /> <br /> ECTS-fiche: <br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===19 januari 2023===<br /> Cools:<br /> #<br /> #<br /> #<br /> # a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?<br /> <br /> Eelen:<br /> #<br /> #<br /> #<br /> <br /> Lambrechts:<br /> #<br /> #<br /> <br /> Van Den Steen:<br /> #<br /> #</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&diff=3170 2023-01-18T15:16:35Z

<p>R0811248: </p> <hr /> <div>[[Categorie: Mabb]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Vak gedoceerd door <br /> <br /> ECTS-fiche: <br /> <br /> ==Examenvragen==</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&diff=3169 2023-01-18T15:09:45Z

<p>R0811248: Nieuwe pagina aangemaakt met &#039;In aanmaak&#039;</p> <hr /> <div>In aanmaak</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&diff=3128 2023-01-14T00:15:46Z

<p>R0811248: </p> <hr /> <div><br /> [[Categorie:Mabb]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse<br /> Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Landuyt zijn deel is open boek en open computer. Alles mag gebruikt worden behalve communicatie middelen of ppt's van Robben als het mondeling nog niet is afgelegd. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen<br /> <br /> 2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt, Robben, en Schoofs. Alles is gesloten boek.<br /> <br /> ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===18/01/2021=== <br /> Robben:<br /> # SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. <br /> ## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.<br /> ## Why are these methods better than Illumina?<br /> ## Give the strategy to finish the other chromosomes. <br /> # Terms<br /> ## Affymetrix chip<br /> ## Gene acquisition (by gene evolution)<br /> ## Genomic interactions<br /> <br /> Landuyt:<br /> # You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. <br /> ## Describe a method how this mixture is made. (2p)<br /> ## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)<br /> ## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)<br /> ## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)<br /> # Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)<br /> <br /> ===28/01/2020===<br /> Robben:<br /> #SMRT sequencing recently had update, something with circularization.<br /> ##Discuss the technical aspects etc<br /> ##Why is it important?<br /> #Terms<br /> ##Polyploidy and genome variation<br /> ##NanoString nCounter expression system<br /> ##Rosetta Stone Method<br /> <br /> Landuyt:<br /> Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020<br /> <br /> ===21/01/2020=== <br /> Robben:<br /> #The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? <br /> ## Give the working principle and details of the chosen platform.<br /> #Terms<br /> ##Gene ontology<br /> ##Affimix chip<br /> ##Gene interaction mapping<br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===15/01/2020 (afternoon)=== <br /> Robben:<br /> # Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.<br /> ## Defend which platform/technique you would use.<br /> ## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.<br /> # Terms<br /> ## Optical mapping<br /> ## Sequence scaffold<br /> ## Interaction network<br /> <br /> <br /> Landuyt (exact same questions as yesterday):<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===14/01/2020 (morning)===<br /> Robben:<br /> # Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.<br /> ## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.<br /> ## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''<br /> ## Explain the working principles of the chosen platform(s)<br /> # Terms<br /> ## Ribosome profiling<br /> ## (Transcriptomics) microarray target labeling<br /> ## Protein-protein interaction maps are scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # Placental Growth Factor is an interesting protein.<br /> ## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)<br /> ## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)<br /> ## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)<br /> ## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)<br /> # Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.<br /> ## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)<br /> ## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)<br /> ## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)<br /> <br /> ===29/01/2019===<br /> Robben:<br /> #je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom<br /> #woordjes: <br /> ##Ribsome profiling<br /> ##Array protein targetting<br /> ##protein-protein interaction map is scale free<br /> <br /> Landuyt:<br /> # you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309 <br /> ##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)<br /> ##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)<br /> ##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? <br /> ##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)<br /> #Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p<br /> <br /> ===22/01/2019===<br /> Robben:<br /> #verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?<br /> ##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.<br /> ##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.<br /> #begrippen<br /> ##paired end sequencing<br /> ##nanopore sequencing<br /> ##affimetrix chip<br /> <br /> Landuyt:<br /> #A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05<br /> ##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p<br /> ##What is the identity of the protein? 4p<br /> ##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p<br /> ##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p<br /> #Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.<br /> ##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p<br /> ##Which mass will you be looking for? 4p<br /> ##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p<br /> <br /> ===16/01/2019===<br /> <br /> Deel Robben:<br /> # je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.<br /> # woordjes: <br /> ##SMRT,<br /> ##gene altering,<br /> ##genetic interactomics<br /> #<br /> Deel Landuyt<br /> #Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05<br /> Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK<br /> # welk protein is het? <br /> # wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?<br /> # geef meer info over de werking van het proteïnen<br /> <br /> Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? <br /> # De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?<br /> # Geef meer info over dit component<br /> <br /> ===15 januari 2019===<br /> Robben<br /> #Solexa sequencing en SMRT vergelijken. <br /> #Begrippen: <br /> ##Polyploidie en genomic evolution,<br /> ##Nanostring nCounter technologie<br /> ##Rosetta stone method<br /> <br /> Landuyt<br /> #Proteomics<br /> #* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07<br /> #* Welk proteïne is dit? <br /> #* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? <br /> #* Geef meer info over de werking van het proteïne<br /> <br /> #Metabolomics<br /> #* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. <br /> #* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)<br /> #* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm <br /> #* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?<br /> <br /> ===23/08/2018===<br /> <br /> * proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?<br /> 148.07574<br /> 175.11900 <br /> 219.11285<br /> 322.18741 <br /> 334.13979<br /> 423.23509 <br /> 447.22386<br /> 480.25655 <br /> 504.24532<br /> 593.34062 <br /> 605.29300<br /> 708.36756 <br /> 752.36141<br /> 779.40467 <br /> 908.46252<br /> 926.47309 <br /> #Questions:<br /> #* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2<br /> #* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3<br /> #* Which disease is studied? …/1<br /> #* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3<br /> #*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)<br /> <br /> Metabolomics<br /> accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken<br /> is dit een goede accuraatheid, leg uit?<br /> <br /> ===23/01/2018 NM===<br /> Robben:<br /> # Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. <br /> #* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? <br /> #* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. <br /> #* Woordjes<br /> ## Scaffold sequentie<br /> ## Genetic interactomics<br /> ## PMAGE<br /> Landuyt: <br /> # PROTEOMICS <br /> #* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. <br /> ## Wat ging er verkeerd in het experiment? <br /> ## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? <br /> ## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.<br /> # METABOLOMICS<br /> #* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. <br /> ## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? <br /> ## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?<br /> <br /> ===23/01/2018 VM===<br /> Robben:<br /> #Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. <br /> #* Wat is je sequencing strategy? <br /> #* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). <br /> #* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.<br /> #Woordjes:<br /> #* Endogenous Retrovirus<br /> #* Affrimex Genechip<br /> #*nCounter technology<br /> <br /> Landuyt: <br /> #PROTEOMICS <br /> #* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. <br /> #** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05<br /> #** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;<br /> ## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. <br /> ## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp; tweede lijst in MASCOT steken --&gt; neem taxonomy homo sapience!)<br /> ## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?<br /> #METABOLOMICS<br /> #* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. <br /> ## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. <br /> ## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? <br /> ## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).<br /> <br /> ===16/01/2018 (NM)===<br /> Robben<br /> #Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. <br /> #woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.<br /> <br /> Landuyt, <br /> # Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).<br /> #* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit <br /> #* Van welk proteine is dit peptiede <br /> #* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen <br /> #*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol <br /> <br /> # Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 <br /> #* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? <br /> #* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum <br /> #* Over welke drug gaat het hier in dit geval<br /> #* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1<br /> <br /> ===16/01/2018 (VM)===<br /> <br /> Robben<br /> # RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq<br /> # woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method<br /> Landuyt<br /> # MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine<br /> # massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom <br /> #Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies<br /> <br /> ===10/06/2014=== <br /> ====prof. Robben (gesloten boek)==== <br /> #Wat doet RNA-seq? <br /> #Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) <br /> #Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)<br /> ====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== <br /> #Krijgt waarden van MS moet eiwit geven <br /> #Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit <br /> #Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? <br /> #Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? <br /> #Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? <br /> <br /> ====Johan Robben====<br /> #In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.<br /> #Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. <br /> #Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.<br /> #Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?<br /> #Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.<br /> #Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.<br /> #Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.<br /> #Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. <br /> #De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.<br /> #Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.<br /> #Leg volgende begrippen kort uit: <br /> #*whole shotgun sequencing <br /> #*paired end ditags <br /> #*gene ontology <br /> #*scale free network<br /> <br /> ====Bart Landuyt====<br /> #Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.<br /> #Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? <br /> #Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse<br /> <br /> ====Baggerman====<br /> #Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? <br /> #Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie<br /> #Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.<br /> #Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.<br /> #Leg het principe van een time-of-flight analysator uit<br /> <br /> ====Filip Roland====<br /> #chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding<br /> #Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.<br /> #Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&diff=3030 2022-09-01T09:22:19Z

<p>R0811248: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.<br /> Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> === 1 september 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> <br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> Effe vergeten<br /> <br /> #*Laplace-druk afleiden<br /> <br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> Effe vergeten<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 25 augustus 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #Waar of niet waar? Motiveer je antwoord<br /> #*De evenwichtsconstante is dimensieloos<br /> #*Delta G en delta G° zijn constanten<br /> #*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling <br /> #Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.<br /> #Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie <br /> #Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte <br /> <br /> === 17 januari 2022 ===<br /> #OPDRACHT: vouwen van proteïnen<br /> #*Wat is het hydrofoob effect?<br /> #*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.<br /> #*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.<br /> #*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.<br /> #<br /> #Proteïnen<br /> #*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.<br /> #*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?<br /> #*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.<br /> #<br /> #Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.<br /> #<br /> #Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?<br /> #<br /> #Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.<br /> #*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?<br /> #*Wat is de entropieverandering van het systeem?<br /> #*Geef de gibbsfunctie.<br /> <br /> === 31 augustus 2021 ===<br /> #Vuurpomp afleiding geven voor T en V<br /> #<br /> #Gibbs functie bij mengsels<br /> #*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet<br /> #*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> #<br /> #Waar of niet waar?<br /> #*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> <br /> #Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!<br /> #Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? <br /> #Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. <br /> #*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert<br /> #*Geef de entropie verandering van het systeem<br /> #*Geef de gibbs functie voor deze situatie<br /> <br /> === 27 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Adiabatische processen<br /> #* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces<br /> #* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)<br /> #* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.<br /> # Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.<br /> # Waar of niet waar?<br /> #* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij<br /> #*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.<br /> #*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning<br /> #*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.<br /> #Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)<br /> #Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen<br /> #*bereken delta H<br /> #*bereken normaal kookpunt naftaleen<br /> #*bereken P van tripelpunt<br /> <br /> <br /> === 11 januari 2021 ===<br /> #Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is<br /> #Osmose<br /> #La place druk<br /> #Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen<br /> #*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas<br /> #* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas<br /> #* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen <br /> #oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces<br /> #* bij reversibel proces<br /> #*bij Pex van 1 atm<br /> #oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven <br /> #* schets een fasediagram (P,T) hiervan<br /> #* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?<br /> #* bereken Hvap<br /> <br /> ===31 januari 2020===<br /> # Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.<br /> # Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.<br /> # Oef: bereken verandering van entropie.<br /> # Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> <br /> ===17 januari 2020 VM===<br /> # Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.<br /> # Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.<br /> # Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.<br /> # chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?<br /> # klassieke nucleatietheorie<br /> ===13 januari 2020 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: P2 en deltaG berekenen<br /> # Oef: deltaS berekenen<br /> # Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.<br /> # Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. <br /> <br /> ===13 januari 2020 VM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: bereken q S en H bij isotherm<br /> # Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas<br /> # Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit<br /> # mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)<br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)<br /> # Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp<br /> # Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> ===18 januari 2019 NM===<br /> Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve<br /> ===18 januari 2019 VM===<br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.<br /> # Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. <br /> # Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)<br /> # Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> <br /> <br /> ===14 januari 2019 NM===<br /> # Vuurpomp<br /> # Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. <br /> #* Wat is de einddruk?<br /> #* Wat is de delta G?<br /> # Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.<br /> #* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen<br /> # Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces<br /> # Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen<br /> <br /> ===14 januari 2019 VM===<br /> #Vuurpomp<br /> #Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. <br /> #Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. <br /> #Colligatieve eigenschappen <br /> #*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? <br /> #*Bespreek kookpuntsverhoging<br /> #*Bespreek osmose<br /> #Mengsels van vloeistoffen <br /> #*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen <br /> #*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)<br /> <br /> ===1 februari 2018===<br /> #vuurpomp<br /> #vraag over donnanpotentiaal<br /> #vraag over mengsels<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> #Proteinevouwing<br /> #Carnot cyclus<br /> #Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.<br /> #entropie oef<br /> #verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.<br /> <br /> === 19 januari 2018 ===<br /> <br /> #Vuurpomp uitleggen<br /> # 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval<br /> # gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering<br /> # chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry<br /> # denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken<br /> <br /> === 19 januari 2018===<br /> # Vuurpomp<br /> # 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: <br /> #* a. Reversibel<br /> #* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk<br /> # Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )<br /> # Beschouw de reactie 3A+2B &lt;=&gt; C+2D. <br /> #* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)<br /> #* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)<br /> #* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)<br /> # Beschouw F(folded) &lt;=&gt; U(unfolded). <br /> #* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)<br /> #* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)<br /> <br /> === 15 januari 2018 ===<br /> <br /> # Vuurpomp uitleggen<br /> # Oefening op entropie met isotherme compressie ---&gt; bepaal einddruk en delta G<br /> # Oefening partieel molaire volumes<br /> # Entropie voor fasetransities afleiden<br /> # Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen<br /> <br /> === 3 februari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)<br /> #*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).<br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. <br /> # Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.<br /> # Carnot-cyclus:<br /> #* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)<br /> #* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)<br /> #* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)<br /> # Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)<br /> #* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)<br /> #* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)<br /> #* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)<br /> <br /> === 27 januari 2017 NM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïne<br /> # Oefening tripelpunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berkenen<br /> # Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is<br /> # Kinetisch gasmodel en fotongas<br /> <br /> === 27 januari 2017 VM ===<br /> <br /> # Artikel over proteïnen<br /> # Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatische expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* isochoor proces (weet niet meer exact)<br /> # Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode<br /> # Oefening triplepunt en kooktemperatuur<br /> # Oefening entropie berekening<br /> <br /> === 20 januari 2017 NM ===<br /> <br /> #Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica<br /> #entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?<br /> #een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R<br /> #leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.<br /> #Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.<br /> <br /> === 16 januari 2017 VM ===<br /> #Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.<br /> #Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).<br /> #Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.<br /> #Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )<br /> #Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.<br /> <br /> === 22 januari 2016 NM ===<br /> #vuurpomp<br /> #colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose<br /> #clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen<br /> #entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven<br /> #entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven<br /> <br /> === 15 januari 2016 (VM) ===<br /> #Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.<br /> #De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. <br /> #Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.<br /> #Bespreek de carnot cyclus.<br /> #De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.<br /> <br /> === 11 januari 2016 NM ===<br /> Hetzelfde als 11 januari VM<br /> <br /> === 11 januari 2016 VM ===<br /> #vuurpomp (opdracht)<br /> #tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.<br /> #entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp<br /> #colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose<br /> #elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie<br /> <br /> === 12 januari 2015 (NM) ===<br /> <br /> # 1. Dat vuur pomp stuff.<br /> # 2. Bereken tripel punt shit.<br /> # 3. Wat met entropie spelen n stuff.<br /> # 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?<br /> # 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden<br /> <br /> === 17 januari 2014 ===<br /> <br /> # vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document<br /> # Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl<br /> # Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces <br /> # leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af<br /> # leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit<br /> <br /> === 28 januari 2013 ===<br /> <br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).<br /> # Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.<br /> # Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.<br /> <br /> === 25 januari 2013 ===<br /> <br /> # bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)<br /> # bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect<br /> # bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)<br /> # bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)<br /> <br /> === 18 januari 2013 ===<br /> <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 3 feb 2012 ===<br /> <br /> # Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. <br /> # Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT<br /> # Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm<br /> # Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.<br /> <br /> === 27 jan 2012 ===<br /> <br /> # Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.<br /> # Oefening op entropieverandering<br /> # Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.<br /> === 20 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)<br /> # Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:<br /> #* isotherme expansie in vacuüm<br /> #* adiabatische expansie in vacuüm<br /> #* isotherme expansie tegen constante druk<br /> #* adiabatisch expansie tegen constante druk<br /> #* reversibele isotherme expansie<br /> #* reversibele adiabatische expansie<br /> #* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)<br /> # Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen<br /> # Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen<br /> <br /> === 16 jan 2012 VM ===<br /> <br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K <br /> # Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm<br /> <br /> === 28 jan 2011 ===<br /> <br /> #Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)<br /> #Bespreek membraanpotentiaal<br /> #IJs wordt van -10°C tot +10°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;lt;u&amp;gt;van het systeem&amp;lt;/u&amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)<br /> #Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;lt;sub&amp;gt;v&amp;lt;/sub&amp;gt; = 5/2R)<br /> <br /> <br /> === 21 jan 2011 VM ===<br /> # Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # Oefening over verandering inwendige energie (delta U)<br /> # Oefening over entropieverandering<br /> <br /> === 17 jan 2011 ===<br /> <br /> # Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen <br /> # Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;gt; vl., vl. -&amp;gt; gas en vast -&amp;gt; gas berekenen)<br /> # Oefening over entropieverandering <br /> # Oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 15 jan 2010 ===<br /> <br /> # bespreek de adiabatische expansie <br /> # bespreek osmose en geef een toepassing <br /> # oefening over entropieverandering <br /> # oefening over verandering in gibbsfunctie<br /> <br /> === 11 jan 2010 VM ===<br /> # Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.<br /> # Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.<br /> # ?<br /> # ?<br /> <br /> === 11 jan 2010 NM ===<br /> # Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.<br /> # Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.<br /> # Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.<br /> # Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.<br /> <br /> === 30 jan 2009 ===<br /> # Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.<br /> # Kookpuntverhoging.<br /> # Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.<br /> # Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.<br /> === 16 jan 2009 ===<br /> # bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume<br /> # carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen<br /> # verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K <br /> # verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # clayperon+ toep. op verdampen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven<br /> # compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.<br /> === 21 jan 2008 ===<br /> # geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp; q bij elk proces<br /> # Bespreek de membraam potentiaal<br /> # adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0°C. Eindtemperatuur berekenen<br /> # entropieverandering van verwarmen gas 25°C--&amp;gt;1000°C. Cp gegeven<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante<br /> # isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken<br /> # inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven<br /> # enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven<br /> <br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof<br /> # osmose bespreken<br /> # vormingsenthalpie berekenen bij 125°C van HBr uit H2 en Br2. met de Hf°bij 25°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )<br /> # entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R<br /> === 14 jan 2008 ===<br /> # twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen<br /> # kookpuntsverhoging bespreken<br /> # CO(g) + H20 (g) =&amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven<br /> # bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma<br /> <br /> === 30 aug 2008 ===<br /> # mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V<br /> # geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen<br /> #* isotherme expansie in vacuum<br /> #* adiabatische expansie in vacuum<br /> #* isotherme exp tegen constante druk<br /> #* adiab exp cte P<br /> #* reversibele isoth exp<br /> #* rev adiab exp<br /> # ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R <br /> === 29 jan 2007 ===<br /> # bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante<br /> # de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?<br /> # Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.<br /> === 23 jan 2007 ===<br /> # bespreek osmose<br /> # oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen<br /> # een ideaal gas gaat van T1-&amp;gt;T2 en V1-&amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. <br /> === 20 jan 2007 ===<br /> # Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten<br /> # Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus<br /> # Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's<br /> <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.<br /> # de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma<br /> === 18 jan 2007 ===<br /> # bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk<br /> # bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:<br /> #: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)<br /> Oefening:<br /> # bereken molecuulmassa van een proteïne<br /> # oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2901 2022-06-17T15:10:25Z

<p>R0811248: /* 17 juni 2022 (volledig schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Hoe ziet de diagonaal van BLOSUM50 er uit t.o.v. BLOSUM65<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix<br /> #*Een paar keer 'Duid het foute antwoord aan'<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*Een PDB-file bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2900 2022-06-17T15:09:25Z

<p>R0811248: /* 17 juni 2022 (volledig schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)<br /> #*Hoe ziet de diagonaal van BLOSUM50 er uit t.o.v. BLOSUM65<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix<br /> #*<br /> #Juist/fout (9 punten)<br /> #*Beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*PDB bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&diff=2899 2022-06-17T15:08:25Z

<p>R0811248: /* 17 juni 2022 (volledig schriftelijk) */</p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> <br /> ==Vakinformatie==<br /> Derde bachelor biochemie. <br /> Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===<br /> #Meerkeuze (juist 1, leeg 0, fout -.5)<br /> #*Hoe ziet de diagonaal van BLOSUM50 er uit t.o.v. BLOSUM65<br /> #*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix<br /> #*<br /> #Juist/fout<br /> #*Beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten.<br /> #*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.<br /> #*PDB bevat geen H-atomen<br /> #Korte open vragen<br /> #*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze?<br /> #*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan.<br /> #*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> ===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen<br /> #Exact hetzelfde als 8 juni 2020<br /> ===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===<br /> #Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)<br /> #Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)<br /> #Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)<br /> #Juist en fout: (9 ptn)<br /> #*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. <br /> #*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden<br /> #*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> #Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)<br /> <br /> ===19 juni 2019 NM===<br /> #PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)<br /> #trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp; levinthal paradox (5 ptn)<br /> #Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)<br /> #juist fout vragen: (9 ptn)<br /> #* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity<br /> #* Slechts één oplossing voor NW en SW<br /> #* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig<br /> #Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)<br /> #oefeningen:<br /> #* Geef kleinste chromosoom<br /> #* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is<br /> #* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter<br /> #* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is<br /> <br /> ===11 juni 2019 NM ===<br /> # PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp; hoe te construeren<br /> # Trekvraag: Anfinsen dogma &amp; Levinthal paradox (5pt)<br /> # Schrifteijke vraag (6pt)<br /> #*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten<br /> #*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp; chi2)<br /> #*C: waarvoor gebruiken we phi &amp; psi? <br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* UPGMA &amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Vergeten<br /> # Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)<br /> <br /> ===11 juni 2019 VM ===<br /> # Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)<br /> #* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is, <br /> # Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)<br /> # Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.<br /> # Juist/fout (8pt)<br /> #* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.<br /> #* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.<br /> #* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.<br /> # Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)<br /> <br /> === 26 juni 2018 NM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> <br /> === 19 juni 2018 VM ===<br /> # Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone<br /> # Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)<br /> # PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)<br /> # Juist/fout (9pt)<br /> #* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. <br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW<br /> # Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)<br /> # Oefeningen USB stick 12<br /> #* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor<br /> #* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen<br /> #* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&gt;2). <br /> #* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. <br /> #* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?<br /> <br /> === 18 juni 2018 NM ===<br /> # Leg PAM uit<br /> #* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes<br /> # (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]<br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.<br /> # Juist of fout<br /> #* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen<br /> #* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit<br /> #* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). <br /> #* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> #* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?<br /> <br /> === 18 juni 2018 VM ===<br /> #Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):<br /> #* Leg het algoritme uit.<br /> #* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?<br /> #* Bijvragen: &quot;waarom doe je dit&quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&quot;<br /> # (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)<br /> # Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)<br /> #* Tekening van dot-plot<br /> #* Tekening van contact map<br /> # Juist of fout (9 pt)<br /> #* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix<br /> #* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ<br /> #* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor<br /> # Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)<br /> # Oefeningen (USB-stick 4):<br /> #* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest <br /> #* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?<br /> #* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &gt; 2), caspase1<br /> #* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)<br /> #* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.<br /> <br /> === 11 Juni 2018 ===<br /> # Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:<br /> #* Waarom introduceren we m+1 en n+1?<br /> #* Wat is de score van het geheel?<br /> #* Waarom is dit een dynamisch process? <br /> #* Is de score bij meerdere paden dezelfde? <br /> # (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. <br /> # Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.<br /> # Waar of onwaar? <br /> #* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. <br /> #* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.<br /> #* (vergeten)<br /> # Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.<br /> <br /> === 28 Juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)<br /> # (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)<br /> #* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.<br /> #* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.<br /> #* Contactmap<br /> # Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)<br /> # Juist of fout (9 ptn)<br /> #* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert<br /> #* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.<br /> #* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties<br /> # Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)<br /> <br /> === 19 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Bespreek homology modelling<br /> # (mondeling) Trekvraag: <br /> #* Contact map<br /> # Ramachandran en rotameerplot. <br /> ## Teken het tripeptide SYT <br /> ## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide<br /> ## Waarvoor worden deze plots gebruikt?<br /> # Juist of fout:<br /> #* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties<br /> #* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA <br /> #* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is<br /> # Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?<br /> <br /> === 19 juni 2017 (VM) ===<br /> # (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie<br /> # (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) <br /> #* hamiltoiaan<br /> #* moleculaire klok hypothese<br /> #* Protein Surface Representation<br /> # C en W (cys en trp)--&gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?<br /> ## Verklaar biochemisch<br /> ## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW<br /> ## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)<br /> # Juist en Fout<br /> #* hoogste bitscore gelijk aan 4<br /> #* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule<br /> #* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)<br /> # Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen<br /> <br /> === 12 juni 2017 (NM) ===<br /> # (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.<br /> # (mondeling) Trekkaart<br /> #* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.<br /> #* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.<br /> # Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.<br /> # Juist of fout:<br /> #* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.<br /> #* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.<br /> #* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.<br /> # Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?<br /> <br /> === 12 juni 2017 (VM) ===<br /> # (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?<br /> # (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)<br /> #* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)<br /> #* Kaartje 2: een rotameerplot<br /> # (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file <br /> ## Bespreek alle kolommen<br /> ## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2<br /> ## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?<br /> # (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom <br /> #* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.<br /> #* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.<br /> #* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.<br /> # (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?<br /> <br /> === 6 juni 2016 (VM) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? <br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? <br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. <br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. <br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> <br /> extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;gt; kijken naar omega hoek)<br /> <br /> === 24 juni 2015 ===<br /> # Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteïne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.<br /> # Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.<br /> # Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?<br /> # Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?<br /> # Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?<br /> # Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?<br /> # Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.<br /> <br /> === 6 juni 2014 (nm) ===<br /> # (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.<br /> # (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de één-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is een &amp;quot;nulde-orde&amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.<br /> # Bespreek hoe je een goede inschatting van de diëlektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiële energie in een chemische structuur.<br /> # Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiëren?<br /> # Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?<br /> # Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?<br /> <br /> === 6 juni 2014 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.<br /> # Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?<br /> # Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.<br /> # Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> # Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?<br /> <br /> === 17 juni 2013 ===<br /> #(mondeling) Hoe kun je een proteïne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?<br /> #Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was<br /> #Rotameerconcept + toepassingen<br /> #Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.<br /> <br /> <br /> === 12 juni 2013 ===<br /> # (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur<br /> # (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?<br /> # welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken<br /> # bespreek de elektrostatische term<br /> # je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.<br /> # Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?<br /> # Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?<br /> <br /> === 10 juni 2013 (vm) ===<br /> # (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.<br /> # Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?<br /> <br /> <br /> === 11 juni 2012 (nm) ===<br /> # (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?<br /> # Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?<br /> # Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?<br /> <br /> === 20 juni 2011 (nm) ===<br /> # Hoe kan je een proteïne thermostabiliseren? <br /> # Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> # Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? <br /> # Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan<br /> <br /> === 10 juni 2011 (vm) ===<br /> # Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?<br /> # Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.<br /> # Kaartje: arginine, histidine en aspargine<br /> <br /> === 7 juni 2010 (nm) ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 7 juni 2010 (vm) ===<br /> #hoe kan je een proteïne thermostabiliseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.<br /> -aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?<br /> #bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)<br /> #bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?<br /> -Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?<br /> === 15 juni 2009 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)<br /> # Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM<br /> # Kaartje 3 AZ <br /> Schriftelijk:<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 8 juni 2009 ===<br /> # bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )<br /> # bespreek alles van alpha-helix<br /> # bespreek belangrijkste stappen homologie modellering<br /> # kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Je wil een proteïne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.<br /> # Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.<br /> # Je hebt een proteïne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.<br /> === 18 jan 2008 ===<br /> # Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?<br /> # Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?<br /> # Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? <br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteïne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben<br /> # Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteïne.<br /> # Je hebt je proteïne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.<br /> === 1 feb 2007 ===<br /> # Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld<br /> # Bespreek beta sheet and beta strands<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren<br /> # tabellen van pdb bespreken<br /> # van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? <br /> === 22 jan 2007 ===<br /> # Hoe kan een oppervlak van een proteïne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast <br /> # Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.<br /> # Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? <br /> === 19 jan 2007 ===<br /> # Om een de energie van een proteïne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteïnes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?<br /> # Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.<br /> # Je slaagt er in het labo in om een proteïne op te zuiveren. Je stuurt je proteïne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coördinaten op van haar proteïne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coördinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteïne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;/text&gt;</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Analytische_Biochemie&diff=2572 2021-08-14T10:48:04Z

<p>R0811248: /* Schriftelijk (CORONA) */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===14 augustus 2021===<br /> ====Schriftelijk (CORONA)====<br /> Excretie en metabolisatie analyseren<br /> a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)<br /> b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam<br /> c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?<br /> d) Hoe molecule X kwantificeren?<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> a) Warme en koude stockoplossing<br /> b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)<br /> <br /> ===11 januari 2021 VM===<br /> ====Schrifterlijk (CORONA)====<br /> #Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?<br /> <br /> ====Oefening====<br /> #Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).<br /> #De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.<br /> <br /> === 22 agustus 2020 NM===<br /> ====Schriftelijk (COVID19)====<br /> #Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.<br /> <br /> ====Oefening====<br /> ''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''<br /> #[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan. <br /> #*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --&gt; Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)<br /> #*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.<br /> #* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)<br /> <br /> === 30 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> #Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?<br /> ====Oefeningen====<br /> #*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat<br /> #*Buffer maken<br /> <br /> === 24 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.<br /> ====Oefeningen====<br /> Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.<br /> === 23 januari 2020 NM===<br /> '''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''<br /> ====Mondeling====<br /> Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.<br /> Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.<br /> ====Oefeningen====<br /> #Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.<br /> #Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)<br /> <br /> === 21 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling ====<br /> #Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)<br /> ====Oefeningen====<br /> # 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)<br /> # 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar<br /> # 3) fosfaatbuffer oefening<br /> ===20 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> # Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)<br /> ====Oefeningen====<br /> # Warme en koude stockoplossing <br /> # Natriumacetaat/azijnzuur buffer<br /> # Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)<br /> <br /> ===6 februari 2019 vM===<br /> ====Mondeling====<br /> We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,<br /> <br /> a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)<br /> <br /> b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)<br /> <br /> c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)<br /> <br /> (teken alle technieken)<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard<br /> <br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)<br /> #*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).<br /> #*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?<br /> #*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?<br /> <br /> ===25 januari 2019 VM===<br /> ====Mondeling====<br /> <br /> Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+<br /> Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> ====Mondeling====<br /> #Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)<br /> #*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).<br /> #*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?<br /> #*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?<br /> <br /> ===25 januari 2018===<br /> ====Mondeling====<br /> #Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).<br /> #De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.<br /> #De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.<br /> <br /> ===24 januari 2018===<br /> <br /> ====mondeling====<br /> #Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.<br /> #Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?<br /> #Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)<br /> <br /> ====oefeningen====<br /> #Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)<br /> #Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?<br /> #Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.<br /> <br /> ===5 september 2017===<br /> <br /> ====mondeling====<br /> #Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie &amp;quot;toepassing&amp;quot; bij slide analyse van biomoleculen))<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese<br /> #begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller <br /> <br /> ====oefeningen====<br /> #8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken <br /> #hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is<br /> #oef met wet van lambert-beer<br /> <br /> ===27 januari 2017 VM===<br /> ====mondeling====<br /> #ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)<br /> #leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag<br /> #* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren<br /> #*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit<br /> #begrippen<br /> #*vlam ionisatie detectie<br /> #*isocratische elutie<br /> #*brekingsindex detector<br /> <br /> ====oefeningen====<br /> #biureet tabel aanvullen<br /> #absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm<br /> #standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit<br /> #*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3<br /> #*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00<br /> #* hoe maak ik een 1l buffer?<br /> <br /> === 26 januari 2017===<br /> ====mondeling====<br /> #nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?<br /> #voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten. <br /> #3 begrippen<br /> ##activiteitscoëfficiënt<br /> ##quadrupole mass analyzer<br /> ##...<br /> ====oefening====<br /> #massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)<br /> <br /> ===25/01/2017 nm===<br /> ====Mondeling:====<br /> - 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)<br /> ====Schriftelijk: ====<br /> - grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is<br /> - begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte<br /> ====Oefening:====<br /> - radioactieve oplossing maken<br /> - radioactief verval berekenen <br /> - borax buffer maken<br /> <br /> ===22 augustus NM===<br /> ====Mondeling====<br /> #je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting. <br /> ##leg uit hoe western blotting werkt <br /> ##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit? <br /> ##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is? <br /> ##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriën), hoe ga je hiervoor te werk?<br /> ====Schriftelijk====<br /> #grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.<br /> #retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie<br /> ====oefening====<br /> #op strategie: 6 proteïnen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.<br /> <br /> ===16 augustus 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail) <br /> #Hoe ga je te werk om cocaïne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)<br /> #Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie<br /> #Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese<br /> ##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening? <br /> ##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?<br /> <br /> ====Oefening ====<br /> #over buffer maken<br /> <br /> ===29 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteïne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.<br /> #Begrippen: <br /> ##Theoretische plaat<br /> ##Referentie-elektrode<br /> ##Positron Emissie Tomografie<br /> ====Oefening====<br /> #3 proteïnen zijn gegeven<br /> #uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC<br /> #Chromatogram van kationenwisselaar geven<br /> #chromatogram van SEC geven,...<br /> <br /> ===28 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie &amp;quot;toepassing&amp;quot; bij slide analyse van biomoleculen))<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.<br /> #Begrippen<br /> ##relatieve centrifugaalkracht<br /> ##osmotische shock<br /> ##activatiecoëfficiënt<br /> ====Oefening====<br /> #concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking<br /> #tabel over biureet assay aanvullen<br /> #curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44<br /> #Na-acetaat-azijnzuur buffer maken<br /> <br /> ===22 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen<br /> #Begrippen:<br /> ##Positieve en negatieve controle<br /> ##Holle kathode lamp<br /> ##surface plasmon resonance<br /> ====Oefening====<br /> #radioactieve oplossing maken<br /> #radioactief verval<br /> #na-acetaat-azijnzuur buffer maken<br /> <br /> ===21 januari 2016 namiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.<br /> ====Schriftelijk====<br /> #een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #definities<br /> ##extinctiecoëfficiënt<br /> ##osmotische shock<br /> ##retentietijd bij chromatografie<br /> <br /> ====oefening====<br /> #massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).<br /> <br /> ===20 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie. <br /> #Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst). <br /> #Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen). <br /> #Schets van opstelling die dit kan meten.<br /> #begrippen uitleggen in voorziene ruimte: <br /> ##surface plasmon resonance<br /> ##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.<br /> <br /> ====Oefening====<br /> 2 proteïne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteïne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteïnen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?<br /> <br /> OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Analytische_Biochemie&diff=2571 2021-08-14T10:45:09Z

<p>R0811248: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> <br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> <br /> ===14 augustus 2021===<br /> ====Schriftelijk (CORONA)====<br /> Excretie analyseren<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> a) Warme en koude stockoplossing<br /> b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)<br /> <br /> ===11 januari 2021 VM===<br /> ====Schrifterlijk (CORONA)====<br /> #Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?<br /> <br /> ====Oefening====<br /> #Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).<br /> #De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.<br /> <br /> === 22 agustus 2020 NM===<br /> ====Schriftelijk (COVID19)====<br /> #Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.<br /> <br /> ====Oefening====<br /> ''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''<br /> #[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan. <br /> #*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --&gt; Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)<br /> #*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.<br /> #* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)<br /> <br /> === 30 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> #Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?<br /> ====Oefeningen====<br /> #*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat<br /> #*Buffer maken<br /> <br /> === 24 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.<br /> ====Oefeningen====<br /> Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.<br /> === 23 januari 2020 NM===<br /> '''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''<br /> ====Mondeling====<br /> Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.<br /> Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.<br /> ====Oefeningen====<br /> #Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.<br /> #Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)<br /> <br /> === 21 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling ====<br /> #Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)<br /> ====Oefeningen====<br /> # 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)<br /> # 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar<br /> # 3) fosfaatbuffer oefening<br /> ===20 januari 2020 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> # Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)<br /> ====Oefeningen====<br /> # Warme en koude stockoplossing <br /> # Natriumacetaat/azijnzuur buffer<br /> # Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)<br /> <br /> ===6 februari 2019 vM===<br /> ====Mondeling====<br /> We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,<br /> <br /> a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)<br /> <br /> b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)<br /> <br /> c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)<br /> <br /> (teken alle technieken)<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard<br /> <br /> ===25 januari 2019 NM===<br /> ====Mondeling====<br /> Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)<br /> #*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).<br /> #*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?<br /> #*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?<br /> <br /> ===25 januari 2019 VM===<br /> ====Mondeling====<br /> <br /> Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+<br /> Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers<br /> <br /> ===26 januari 2018===<br /> ====Mondeling====<br /> #Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)<br /> #*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).<br /> #*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?<br /> #*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?<br /> <br /> ===25 januari 2018===<br /> ====Mondeling====<br /> #Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.<br /> <br /> ====Oefeningen====<br /> #Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).<br /> #De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.<br /> #De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.<br /> <br /> ===24 januari 2018===<br /> <br /> ====mondeling====<br /> #Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.<br /> #Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?<br /> #Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)<br /> <br /> ====oefeningen====<br /> #Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)<br /> #Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?<br /> #Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.<br /> <br /> ===5 september 2017===<br /> <br /> ====mondeling====<br /> #Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie &amp;quot;toepassing&amp;quot; bij slide analyse van biomoleculen))<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese<br /> #begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller <br /> <br /> ====oefeningen====<br /> #8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken <br /> #hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is<br /> #oef met wet van lambert-beer<br /> <br /> ===27 januari 2017 VM===<br /> ====mondeling====<br /> #ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)<br /> #leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag<br /> #* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren<br /> #*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit<br /> #begrippen<br /> #*vlam ionisatie detectie<br /> #*isocratische elutie<br /> #*brekingsindex detector<br /> <br /> ====oefeningen====<br /> #biureet tabel aanvullen<br /> #absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm<br /> #standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit<br /> #*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3<br /> #*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00<br /> #* hoe maak ik een 1l buffer?<br /> <br /> === 26 januari 2017===<br /> ====mondeling====<br /> #nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?<br /> #voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten. <br /> #3 begrippen<br /> ##activiteitscoëfficiënt<br /> ##quadrupole mass analyzer<br /> ##...<br /> ====oefening====<br /> #massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)<br /> <br /> ===25/01/2017 nm===<br /> ====Mondeling:====<br /> - 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)<br /> ====Schriftelijk: ====<br /> - grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is<br /> - begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte<br /> ====Oefening:====<br /> - radioactieve oplossing maken<br /> - radioactief verval berekenen <br /> - borax buffer maken<br /> <br /> ===22 augustus NM===<br /> ====Mondeling====<br /> #je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting. <br /> ##leg uit hoe western blotting werkt <br /> ##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit? <br /> ##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is? <br /> ##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriën), hoe ga je hiervoor te werk?<br /> ====Schriftelijk====<br /> #grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.<br /> #retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie<br /> ====oefening====<br /> #op strategie: 6 proteïnen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.<br /> <br /> ===16 augustus 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail) <br /> #Hoe ga je te werk om cocaïne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)<br /> #Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie<br /> #Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese<br /> ##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening? <br /> ##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?<br /> <br /> ====Oefening ====<br /> #over buffer maken<br /> <br /> ===29 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteïne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.<br /> #Begrippen: <br /> ##Theoretische plaat<br /> ##Referentie-elektrode<br /> ##Positron Emissie Tomografie<br /> ====Oefening====<br /> #3 proteïnen zijn gegeven<br /> #uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC<br /> #Chromatogram van kationenwisselaar geven<br /> #chromatogram van SEC geven,...<br /> <br /> ===28 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie &amp;quot;toepassing&amp;quot; bij slide analyse van biomoleculen))<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.<br /> #Begrippen<br /> ##relatieve centrifugaalkracht<br /> ##osmotische shock<br /> ##activatiecoëfficiënt<br /> ====Oefening====<br /> #concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking<br /> #tabel over biureet assay aanvullen<br /> #curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44<br /> #Na-acetaat-azijnzuur buffer maken<br /> <br /> ===22 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen<br /> #Begrippen:<br /> ##Positieve en negatieve controle<br /> ##Holle kathode lamp<br /> ##surface plasmon resonance<br /> ====Oefening====<br /> #radioactieve oplossing maken<br /> #radioactief verval<br /> #na-acetaat-azijnzuur buffer maken<br /> <br /> ===21 januari 2016 namiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.<br /> ====Schriftelijk====<br /> #een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.<br /> <br /> ====schriftelijk====<br /> #definities<br /> ##extinctiecoëfficiënt<br /> ##osmotische shock<br /> ##retentietijd bij chromatografie<br /> <br /> ====oefening====<br /> #massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).<br /> <br /> ===20 januari 2016 voormiddag===<br /> ====Mondeling====<br /> #Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.<br /> <br /> ====Schriftelijk====<br /> #vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie. <br /> #Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst). <br /> #Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen). <br /> #Schets van opstelling die dit kan meten.<br /> #begrippen uitleggen in voorziene ruimte: <br /> ##surface plasmon resonance<br /> ##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.<br /> <br /> ====Oefening====<br /> 2 proteïne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteïne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteïnen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?<br /> <br /> OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2533 2021-06-15T23:52:16Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze (20 vragen, 4 mogelijke antwoorden):<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #Het voordeel van 'clean hands science' is<br /> #*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap<br /> #*<br /> #*<br /> #*<br /> #Welke uitspraak is niet juist?<br /> #*Universalisme zorgt voor ...<br /> #*Diversiteit is<br /> #*<br /> #*<br /> #Hume zou zeggen dat dit ... is<br /> #*Niet verifieerbaar<br /> #*Circulair<br /> #*<br /> #*<br /> #Op Mars zijn er schommelingen in methaanconcentratie, twee mogelijke verklaringen hiervoor. Op een bepaald moment heeft men aanwijzingen van basiselementen op Mars gevonden, die de basis van het leven vormen op onze aarde. Hierdoor is er veel aandacht voor mogelijk leven op Mars. De onderliggende redenering hier is<br /> #*Vruchtbaarheid<br /> #*Reikwijdte<br /> #*Externe consistentie<br /> #*<br /> #Alchemisten hebben de moderne wetenschapper beïnvloed in de zin van<br /> #*Iets met wiskunde<br /> #*Focus op waarneming in plaats van theorie<br /> #*<br /> #*<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2532 2021-06-15T20:27:15Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze (20 vragen, 4 mogelijke antwoorden):<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #Het voordeel van 'clean hands science' is<br /> #*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap<br /> #*<br /> #*<br /> #*<br /> #Welke uitspraak is niet juist?<br /> #*Universalisme zorgt voor ...<br /> #*Diversiteit is<br /> #*<br /> #*<br /> #Hume zou zeggen dat dit ... is<br /> #*Niet verifieerbaar<br /> #*Circulair<br /> #*<br /> #*<br /> #Op Mars zijn er schommelingen in methaanconcentratie, twee mogelijke verklaringen hiervoor. Op een bepaald moment heeft men aanwijzingen van basiselementen op Mars gevonden, die de basis van het leven vormen op onze aarde. Hierdoor is er veel aandacht voor mogelijk leven op Mars. De onderliggende redenering hier is<br /> #*Vruchtbaarheid<br /> #*Reikwijdte<br /> #*Externe consistentie<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2531 2021-06-15T20:26:55Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #Het voordeel van 'clean hands science' is<br /> #*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap<br /> #*<br /> #*<br /> #*<br /> #Welke uitspraak is niet juist?<br /> #*Universalisme zorgt voor ...<br /> #*Diversiteit is<br /> #*<br /> #*<br /> #Hume zou zeggen dat dit ... is<br /> #*Niet verifieerbaar<br /> #*Circulair<br /> #*<br /> #*<br /> #Op Mars zijn er schommelingen in methaanconcentratie, twee mogelijke verklaringen hiervoor. Op een bepaald moment heeft men aanwijzingen van basiselementen op Mars gevonden, die de basis van het leven vormen op onze aarde. Hierdoor is er veel aandacht voor mogelijk leven op Mars. De onderliggende redenering hier is<br /> #*Vruchtbaarheid<br /> #*Reikwijdte<br /> #*Externe consistentie<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2498 2021-06-11T14:55:04Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #Het voordeel van 'clean hands science' is<br /> #*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap<br /> #*<br /> #*<br /> #*<br /> #Welke uitspraak is niet juist?<br /> #*Universalisme zorgt voor ...<br /> #*Diversiteit is<br /> #*<br /> #*<br /> #Hume zou zeggen dat dit ... is<br /> #*Niet verifieerbaar<br /> #*Circulair<br /> #*<br /> #*<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2497 2021-06-11T14:53:35Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #Het voordeel van 'clean hands science' is<br /> #*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap<br /> #*<br /> #Welke uitspraak is niet juist?<br /> #*Universalisme zorgt voor ...<br /> #*Diversiteit is<br /> #*<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2496 2021-06-11T14:52:43Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #Het voordeel van 'clean hands science' is<br /> #*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap<br /> #*<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2495 2021-06-11T14:51:18Z

<p>R0811248: /* Examenvragen */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> #*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248 https://wiki.chemika.be/index.php?title=Wijsbegeerte&diff=2494 2021-06-11T14:50:41Z

<p>R0811248: /* 10 juni 2021 */</p> <hr /> <div>[[Categorie:Bachelor Biochemie]]<br /> [[Categorie:Bachelor Chemie]]<br /> ==Vakinformatie==<br /> Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen.<br /> <br /> ==Examenvragen==<br /> ===10 juni 2021===<br /> open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):<br /> #Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.<br /> #Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.<br /> #Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?<br /> #Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)<br /> #Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit<br /> Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap<br /> <br /> ===11 juni 2020===<br /> open vragen:<br /> #Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.<br /> #Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen<br /> <br /> meerkeuze:<br /> #Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:<br /> #*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen<br /> #*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen<br /> #Welke theorie past in de &quot;mechanische wereld&quot;<br /> #*Aristoteles ethertheorie<br /> #*Keplers (denk ik) draaikolktheorie<br /> #*nog iets<br /> #*Newtoniaanse mechanica<br /> <br /> ===20 augustus 2019===<br /> open vragen:<br /> #Leg het Goodman probleem met inductie uit.<br /> #Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)<br /> <br /> ===13 juni 2019===<br /> meerkeuze:<br /> #er is geen planeet met een eenhoorn op<br /> #*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar<br /> #Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?<br /> #*empirische accuraatheid<br /> #*eenvoud<br /> #*vruchtbaarheid<br /> #*reikwijdte<br /> #neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?<br /> #*elliptische verklaring<br /> #*partiële verklaring<br /> #*deductief-nomologische verklaring<br /> #*ex ante factum verklaring<br /> #er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep<br /> #*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten<br /> #1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?<br /> #*de-antropomorfisering van goden<br /> #*nog wat opties, maar bovenste is juist<br /> #stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.<br /> #*achilles beweegt niet op een moment<br /> #*nog opties maar bovenste is het juiste<br /> #wie beweerde dat er 4 elementen bestaan<br /> #*empedocles<br /> #*anaximander<br /> #*anaximenes<br /> #*thales<br /> #wie weerlegde het postulaat van plato<br /> #*copernicus<br /> #*galileo<br /> #*kepler<br /> #*laatste 2<br /> #hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus<br /> #*ze deed voorspellingen voor beweging en posities<br /> #*bovenste is juiste<br /> #waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels<br /> #*om het vereffiningspunt te verwijderen<br /> #*om het postulaat van plato te blijven volgen<br /> #*bovenste 2<br /> #*om de retrograde beweging van planeten te verklaren<br /> #wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles<br /> #*geen sterrenparallax<br /> #*voorwerpen vallen terug naast de toren<br /> #*nog 2<br /> #wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën<br /> #*zuurstof behoud eigenschappen in water<br /> #*bovenste juiste<br /> #er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt<br /> #*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar<br /> #bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:<br /> #*de hoofdhypothese is onwaar<br /> #*de hulphypothese is onwaar<br /> #*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar<br /> #*geen van bovenstaande<br /> #bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als<br /> #*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen<br /> #een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen<br /> #een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur<br /> #er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?<br /> #*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie<br /> #bij voorbeeld van harvard medical school test<br /> #* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is<br /> #een accidentele generalistie is <br /> #*feitelijk onwaar<br /> #*tegenfeitelijk onwaar<br /> #*niet eenvoudig<br /> #*nog een<br /> #ceteris paribus wetten zijn<br /> #*onfalsifierbaar<br /> #*bovenste is juist<br /> #theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er<br /> #*nieuwe voorspellingen gedaan worden<br /> #*bovenste is juist<br /> #volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als<br /> #*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde<br /> #bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme<br /> #*1<br /> #*bovenste is juiste<br /> Op elke vraag kon &quot;ik weet het niet&quot; geantwoord worden<br /> <br /> Open vragen<br /> #wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie<br /> #welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.<br /> <br /> ===13 juni 2018===<br /> meerkeuze:<br /> #belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?<br /> #*1/2<br /> #*1/3<br /> #*1/2 of 1/3<br /> #*1/2 en 1/3<br /> #Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen<br /> #*een schip door de woeste zee<br /> #*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde<br /> #*het waaien van de wind door de bomen<br /> #*het open en toe gaan van een stoomklep<br /> #Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?<br /> #*het 1 keer lief vragen<br /> #*het meerdere keren lief vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen<br /> #*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen<br /> #De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:<br /> #*verifieerbaar en falsifieerbaar<br /> #*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar<br /> #*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar<br /> #Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?<br /> #*1<br /> #*3/850<br /> #*0<br /> #*onbepaald<br /> #Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?<br /> #*instumenteel gebruikt<br /> #* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)<br /> #Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?<br /> #*Er bestaan geen axioma's in de chemie<br /> #*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost<br /> #*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen<br /> #*en nog eentje<br /> <br /> Op elke vraag kon ook &quot;weet niet&quot; worden geantwoord!<br /> <br /> Open vragen:<br /> #modules, 1 van die vragen<br /> #Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie<br /> <br /> ===14 juni 2017===<br /> #leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen<br /> #Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen<br /> #Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid<br /> #leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap<br /> #beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #* -<br /> #* - <br /> #*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch<br /> #*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?<br /> <br /> ===voorbeeldexamen 2017===<br /> #Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.<br /> #Leg het Quine-Duhem probleem uit.<br /> #Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?<br /> #Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.<br /> #Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.<br /> #Beantwoord één van de volgende vragen:<br /> #*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?<br /> #*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?<br /> #*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.<br /> #*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen</div>

R0811248