Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Advanced biochemistry and biotechnology

2026-01-16T20:20:14Z

R0844900:

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology. In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 delen. Een deel over een paper en een deel open vragen en definities.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==

===15 januari 2026===
Research paper: Paper about mad2 and mad3 mRNA decay during mitosis in yeast.
* Approximate half-life using a graph and also calculate the degradation constant.
* Why did they use Pulse chase mechanism (was explained in the question) instead of heat-sensitive yeast?
* Why did they add cycloheximide(CHX)to determine the half lives?
* Why did they use Dhhp1 mutants and what can you conclude from that experiment?

Answer the following questions (half a page, but you can write more if you want):
* How is miRNA produced from pri-miRNA. Give the key steps, involved proteins and compartments
* Attenuation of trp operon transcription in E.coli
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay

Answer these questions (also half a page, but you can write more if you want):
* Oncohistones: why do they cause cancer, give mechanisms not related to PTMs.
* Chaperone mediated autophagy
* Give the 3 steps of CRISPR-Cas immunity
* CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
* How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?

===24 januari 2025===
Research paper:
Questions about the G1 to S phase transition. Focus was on the phosphorylation of SIC1 by the G1 cyclin-CDK1 complex to activate S cyclin-CDK and on the different subunits of a cullin ring E3 ligase complex and how they interact.

Answer the following questions:
* Exercise with half-life of protein, total protein at steady state is 10,2 femtogram, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 5,1 and synthesize new 5,1. There are 10 mRNAs in the cell, calculate the translation rate per mRNA.
* CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
* What is the influence of codon-dependent translational elongation on the half-life of mRNA?
Concisely discuss:
* Biogenesis of miRNA from pri-miRNA transcript to mature miRNA.
* Mechanisms of the activation of transcription initiation in prokaryotes.
* Oncohistones: why do they cause cancer, give mechanisms not related to PTMs.

===16 januari 2025===
Research paper:
Question about Hif-1α and VHL and their roles in hypoxia.
* Gel with VHL and Hif-1α in hypoxia and normoxia. What can you conclude?
* Gel with VHL, Hif-1α and compound X. What is the role of compound X?
* Another gel which I forgot.
* Gel with mutated Hif-1α. What conclusions can you draw here?
* Can you give a summary of / total conclusion from this experiment?
Answer the following questions:
* Exercise with half-life of protein, total protein at steady state is 10,2 femtogram, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 5,1 and synthesize new 5,1. And calculate synthesis rate constant. There is 10 mRNA in the cell.
* CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
* Nonsense mediated decay
* Why do some protein have longer lifetime than others?
Answere these questions
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* miRNA target mRNA. How do they do this? Give different target sites on mRNA? (or something like this)
* maybe some other questions which i forgot :(

===20 augustus 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Chaperone mediated autophagy
* Attenuation of trp operon transcription in E.coli
Answer these questions (13/40)
* CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* Ago (=argonaute) is shown to increase the specificity of miRNA to its target RNA up to a fold of 300. How does the argonaute increase the specificity between its miRNA and the target mRNA?
* One more question which i forgot :/

===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1. (12/40)
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/40)
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*Issues with using siRNA
*Chaperone mediated autophagy
*Genetic code flexibility

Answer these questions (13/40)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
*What is the influence of codon-dependent translational elongation on the half-life of mRNA?
*1 more question

===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Physical Chemistry of Biological Systems

2026-01-09T13:53:04Z

R0844900: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, beide schriftelijk.
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm

==Examenvragen==
===9 januari 2026 ===
#How do you get information from the Hill plot and the Scatchard plot in general? Discuss with oxygen binding hemoglobin. (plots are given for oxygen binding hemoglobin)
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===27 januari 2025 ===
#How do you get information from the Hill plot and the Scatchard plot in general? Discuss with oxygen binding hemoglobin. (plots are given for oxygen binding hemoglobin)
#Discuss how DNA binding proteins specifically bind to DNA. Use the structures of the base pairs shown below.

===10 januari 2025===
#How do you get information from the Hill plot and the Scatchard plot in general? Discuss with oxygen binding hemoglobin. (plots are given for oxygen binding hemoglobin)
#What information does Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS) give? What adaptation of this technique is used to study interaction of two proteins?

===20 Augustus 2024===
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k'1+k-1+k2+k-2 and P = k'1k2+k'1k-2+k-1k-2 is given.
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===29 Januari 2024===
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k'1+k-1+k2+k-2 and P = k'1k2+k'1k-2+k-1k-2 is given.
# Discuss how DNA binding proteins specifically bind to DNA. Use the structures of the base pairs shown below.

===12 Januari 2024===

# Discuss how you can obtain interesting parameters from a Hill plot and a Scatchard plot (graphs and equations not given). Discuss the interpretation of the Hill plot and Scatchard plot for the binding of O2 to hemoglobin (graphs given).
# Usually the mean square displacement is used for the analysis of diffusion. a) Why the mean square displacement instead of the mean displacement? b) Explain why the mean square displacement is proportional to time and use the following equations: x(i) = x(i-1) +/- l, <x(i)²> = sum of x(i-1)² +/- 2lx(i-1) + l² and t(N) ~ N. c) Give the relationship between the mean square displacement and the diffusion coefficient in 1D, 2D and 3D. Give 3 parameters that change the diffusion coefficient (hint: D=kT/f and f=6*pi*viscosity*r).

===30 Januari 2023===

# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===13 Januari 2023===
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k'1+k-1+k2+k-2 and P = k'1k2+k'1k-2+k-1k-2 is given.
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?
(graph with EL, E and EL* are given, graph of S and P vs L0 is not given)

===3 September 2022===
#Discuss how DNA binding proteins specifically bind to DNA. Use the structures of the base pairs shown below.
#How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k'1+k-1+k2+k-2 and P = k'1k2+k'1k-2+k-1k-2 is given.

===31 Januari 2022===

# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===24 Januari 2021===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===23 Januari 2020===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===13 Januari 2020===
#Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau.
#Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen.

===14 januari 2019===
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)
# Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)

===15 januari 2018===

# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change.
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.

===11 januari 2016===
# Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor 'echte' situaties? Gebruik O2 en hemoglobine.
# De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.

===12 januari 2015===
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms 'Mass Concentration', 'Number Concentration' and 'Critical Concentration'
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?

===17 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan 'pressure jump' gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?

===14 januari 2013===
Mizuno(mondeling)
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?
Engelborghs (schriftelijk)
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.
===18 januari 2011===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS.
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.

===29 januari 2010===
Enkel 1 en 2 mondeling.
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.
# Microtubulus-oscillaties
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).
===12 januari 2009===
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP
# welke info haal je uit kinetische studies?
# counter ion condensation
# linked function concept in proteïne stabiliteit

===26 augustus 2008===
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?

===14 januari 2008===
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het 'linked function' concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.

Immunological Biotechnology

2025-08-28T08:18:59Z

R0844900:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (4 personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.

==Examenvragen==

===21 augustus 2025===
#Leg immuunrespons uit na een vaccinatie. Op moleculair, cellulair en orgaan niveau
#2 figuren
#* figuur hoe een dendritische cel een T cel activeert, vervolgens activeert de T cel een B cel en deze zal antilichamen produceren, benoem alle onderdelen, vertel waar dit gebeurt in het lichaam en leg uit wat er gebeurt.
#*Figuur van Ig met constante regio van heavy chain aangeduid. Aanduiden welk gene segment hiervoor codeert op figuur van 'the germline organisation of the IgG' (HF 4, fig 5.5 in HB)
#10 MKV (zonder giscorrectie) je moet wel uitleg geven
#Definities
#* Digeorge Syndrome
#* Original antigenic sin
#* Innate Lymphoid Cell
#* Nog 2

===29 januari 2025===
#Immuunrespons bij helminth (2p.)
#3 figuren
#*Development T-cells, welke heeft geen alfa-chain (chapter 7, dia 31)
#*MHC-II vorming (chapter 5, dia 24)
#*TCR:MHC-II en CD4 figuur en alles aanduiden
#10 MC (zonder giscorrectie)
#Definities: TNF-alfa, AIRE, B1-B cells, Sialyl Lewis X, PAMP

===21 januari 2025===
#CD4 en CD8 T cellen (1.5 blad)
#*Hoe worden ze geactiveerd, welke moleculen komen er aan te pas
#*Wat gebeurt er net nadat ze geactiveerd worden in de secundaire lymfe
#*Wat zijn de functies van de effectorcellen
#*Welke infecties bestrijden ze
#Waarom is een ontstekingsrespons tegen bacterien in de darm negatief maar niet in het bloed? (0.5 blad)
#3 Foto's
#*Original antigenic sin: wat is de beste keuze, een boostervaccin van delta-variant (met 10 mutaties) of van gewone variant
#*lymfe; aanduiden waar naïve B, T cellen zaten en waar geactiveerde B cellen (H1 slide 34)
#*Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)
#MC (zonder giscorrectie)
#Definities: extravasation, clonal selection theory, superantigen, interferon, MHC restriction

===23 januari 2024===
#Leg immuunrespons uit na een vaccinatie. Op moleculair, cellulair en orgaan niveau
#Figuur van 'Variability at coding joints by insertion of P and N nucleotides' (Ig gene rearrangement; HF 4, fig 5.11 in HB). Aanduiden in welke stap de P nucleotiden gevormd worden en de P nucleotiden zelf ook aanduiden.
#Figuur Peyer's patch. Wat is het en duid alles aan op de figuur
#10 meerkeuzevragen
#Definities:
#*original antigenic sin
#*homing
#*linked recognition
#*M cell
#*Figuur van Ig met constante regio van heavy chain aangeduid. Aanduiden welk gene segment hiervoor codeert op figuur van 'the germline organisation of the IgG' (HF 4, fig 5.5 in HB)

=== 31 augustus 2023 ===
#Wat is autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de prentjes nummeren in de juiste volgorde
#10 meerkeuzevragen
#Definities: innate lymphoid cells, original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells

=== 21 augustus 2023 ===
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?
# Short questions:
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?
#* Figuur immunoglobin & genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin
#* 10 MC vragen
# Definities:
#* central tolerance
#* Innate Lymphoid Cell
#* Original antigenic sin
#* P-selectin
#* Receptor editing

=== 1 februari 2023 ===
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina)
# Short questions:
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN
#* Extravasation
#* Peyer's Patch
#* Original antigenic sin
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)

=== 24 januari 2023 ===
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina's)
# Short questions:
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden.
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf?
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)
# Definities:
#* Homing
#* Immunological synapse
#* Mucosal tolerance
#* Linked recognition
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)

=== 6 september 2022 ===
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau
# Short questions:
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden
#* MC: Wat is Digeorge syndroom
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...
=== 22 augustus 2022 ===
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).
# Short questions:
#* HIV attacks helper-T-cells
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Meerkeuze vragen:
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Met wat interageren T-cellen
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is?
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction & ITAM

=== 25 januari 2022 ===
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages).
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...
# Stellingen
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD...
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive's niet
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2

=== 24 augustus 2020 ===
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.

=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)
#* laatste vergeten
=== 24 januari 2020 ===
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)

=== 17 januari 2020 ===
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):

=== 16 januari 2020 ===
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)
# Figuur: Experiment met nude en scid muis
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor
=== 13 januari 2020 ===
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen
# True/false vragen (+ één multiple choice):
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.

=== 28 januari 2019 ===
voor en namiddag hadden dezelfde vragen

# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren.
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.

===18/01/2019 NM===
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen
# MC en juist fout vragen:
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)

===17/01/2019 NM===
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie

===14 januari 2019 NM===
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout

===23 augustus 2018 VM===
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Gentechnologie

2025-08-28T07:57:23Z

R0844900:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.

==Examenvragen==

===27 augustus 2025===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? (Geen paginalimiet)
# Leg partikel bombardement uit. Geef 2 voor- en nadelen en stel een experiment op om de specificiteit te verhogen.
# kleine vragen
#* Wat is Error Prone PCR
#* Leg SYBR Green en Tagman Probe uit en vergelijk
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA
#Oefening Paeshuyse gegeven: cDNA-sequentie, kozaksequentie, TAG-sequentie, stopcodons
#*Kies vectorsysteem, waarom kies je deze?
#*Maak schematische tekening van vector, benoem alle onderdelen
#*Ontwerp primers zodat cDNA wordt geamplificeerd en er aan de N-terminus een TAG hangt

===10 januari 2025===
#Grote PCR vraag
#* Leg real-time PCR uit + toepassingen
#* Gevoeligheid en precisie o.b.v. welke factoren (vanaf staalbereiding)
#* leg in detail detectiemethoden uit die bijdragen aan specificiteit
#'je bent een doctoraatstudent die genfunctie wil bepalen door genoom te verstoren met insert T-DNA...'
#*Ontwerp een binaire vector, geef alle elementen dat je nodig hebt en leg uit waarvoor ze dienen
#*Hoe kan je testen dat de insertie van T-DNA gelukt is en het juiste genoom onderbroken is door T-DNA?
#kleine vragen
#* Leg inductiesysteem en eigenschappen pBAD uit
#*Exsite en GeneTailor
#*Voor-en nadelen Pichia Pastoris
#Oefening Paeshuyse gegeven: cDNA-sequentie, kozaksequentie, TAG-sequentie, stopcodons
#*Kies vectorsysteem, waarom kies je deze?
#*Maak schematische tekening van vector, benoem alle onderdelen
#*Hoe moeten de CHO cellen worden verandert opdat je DHFR kan gebruiken als merker, wat is het voordeel aan deze merker?
#*Ontwerp primers zodat cDNA wordt geamplificeerd en er aan de C-terminus een TAG hangt

===12 januari 2024===
#Grote PCR vraag
#* Leg real-time PCR uit + toepassingen
#* Gevoeligheid en precisie o.b.v. welke factoren?
#* Som probes op (in detail)
#Hypothetisch 'we doen een thesis scenario waarbij we planten willen transformeren'
#* Illustreer en explain binaire vector
#* Geef genetische transformatiemethode voor de insertie van T-DNA in plantcel
#* Geef genotyperingsstrategie om homozygote mutant te identificeren (iets met primer, idk, wilde vraag dit)
#Definities
#* Explain BAC + complexiteit kloonbib
#* Exsite - GeneTailor
#* Expressie in Pichia Pastoris: voor- en nadelen
#Oefening (vectorsysteem voor eukaryote cel)
#* Kies vectorsysteem + why?
#* Leg vector-onderdelen uit
#* Vereiste aanpassing voor gebruik SV40 ori op expressievector? Voordeel SV40 ori?
#* Primer-deel

===13 januari 2023===
#Bespreek de parameters die de betrouwbaarheid van de PCR amplificatie kunnen verhogen, inclusief PCR-afgeleide technieken en detectiemethoden die bij real-time PCR zorgen voor gevoeligere en preciezere detectie
#Bespreek in detail twee methoden om vreemd DNA binnen te brengen in plantencellen, en geef voor elke methode ook minstens 2 voordelen en nadelen (nieuwe prof sinds dit academiejaar voor het hoofdstuk over planten)
#Definities
#*BAC vector en de complexiteit van bank die werd aangemaakt via deze vector
#*Exsite methode en genetailor methode
#*Gebruik van URA gen als positieve en negatieve selectiemerker
# Je wil bepaald eiwit tot expressie brengen in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer je keuze.
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie?
#* Teken de primers uit voor de amplificatie van het gen (volledige sequentie geven, kozak sequentie geven, stopcodon gegeven),en er moest ook een tag (sequentie gegeven) gehangen worden aan het 3'-uiteinde

===9 september 2022===
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?
# Definities
#* Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt
#* Mutagenese via prone-PCR
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.

===14 januari 2022===
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5' uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.

===6 januari 2021===
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random & gerichte pcr-methodes)
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?
# definties
#* Alkalische lyse
#* CAPture techniek
#* taqmanprobe real time PCR
#paeshuyse: gelijka andere jaren

===28 augustus 2020===
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.
#* CTAB methode
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.

===22 januari 2020 ===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)
# Definities (1/3e pagina voor elk)
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.
#* Welke gebruik je en beargumenteer.
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 & EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.

===30 augustus 2019 ===
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen.
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.
#Leg uit:
#* Definieer alles van BAC's
#* Gateway klonering
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.

===23 Januari 2019 ===
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..)
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

===31 Augustus 2018 ===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

===24 januari 2018 ===
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

===1 september 2017 VM===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

===25 januari 2017 VM===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

===januari 2016===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Bio-Organische Chemie

2022-06-25T18:57:45Z

R0844900: /* 9 juni 2022 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

==Examenvragen==
=== 9 juni 2022 ===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Bio-Organische Chemie

2022-06-25T18:56:47Z

R0844900:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

==Examenvragen==
== 9 juni 2022==
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.