Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Neurobiology

2025-06-24T11:50:04Z

R0849178: /* 17 juni 2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Neurobiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G53AE.htm

== Examenvragen ==

===17 juni 2025===
Q1: a) Give 3 sensory receptors that are important for voluntary movement, each found in a different tissue. Explain what information it provides, in what tissue it is found, and what role is has in motor control. (very small space to write so no details, hint was: instead of thinking about the senses, we saw some reflexes in the motor control chapter). B) choose either cerebellum or spinal cord to explain how sensory receptors provide a role in the refinement or coordination of the motor control. Draw an anatomically correct figure to explain your answer.

Q2: Paper pictures, what is the main finding of this figure (this for 6 different figures or so) and complete a signaling cascade with the information you deduced from the main findings in the figures.

===18 juni 2024===
Q1: Basale ganglia tekenen, wat gebeurt er bij Parkinsons (PD). Hoe kan dit leiden tot double vision of blurry vision in ogen? -> eye muscle movement

Q2: Paper pictures + use the given findings to complete a signalling cascade (pathway) of mechanism deduced from paper pictures (knowledge of the sleep transduction from the extra pdf schema was useful)

===16 juni 2022===
Note: New exam questions this year, since most of the lectures were given by Sara Gilissen.

# A patient is complaining of severe headaches and fatigue, and a numb sensation in its right leg. In the hospital, they notice a tumor in his brain, causing high intracranial pressure.
## Where exactly is his brain tumor located (be as specific as possible)
## What causes increased intracranial pressure, and what can be done about it? What are the consequences if left untreated?
## What other causes than a brain tumor could cause this loss of sensation? Give three examples and draw the affected pathways.
## If the patient would not have a tumor but a severe leg problem, and the leg would be amputated, what would happen in his brain? What brain regions would be affected?

# Several images of a spatial navigation paper (without legends or extra information)
## All images and results needs to be explained and discussed
## Give the three most important findings of this paper (which you're supposed to derive from the images)

===7 juni 2021===
Question 1 (about the theory chapters)

Chloe has the habit of getting up during the night to go to the bathroom. She doesn't turn on the light and uses light coming from stars and streetlamps to navigate. However, lately her night vision has been declining and one night she falls of the stairs. She ended up in the emergency room and was diagnosed with a subdural hematoma and a fractured spine, leading to damage in two different parts in the central nervous system. The symptoms she experiences are involuntary muscle spasms in the upper arm and a lack of feeling and motion in the legs.

A. Where is the problem of Chloe located (the one that caused her to fall): sensory system - thalamus - brain (circle one of the options)? Explain what's going wrong. (Problem with rod functioning)

B. What is a subdural hematoma? Also make a drawing.

C. Where are the fractures in the spinal cord that are causing Chloe's symptoms and explain.

Question 2 (about spatial navigation)

You get a bunch of figures from a paper we haven't seen before and you have to describe and discuss these results. Then, in the end, explain in maximum 3 sentences what conclusion you derive from these results. Also explain the different spatial navigation cell types and their firing pattern, and the term: theta. (question was easier than expected and the figures were easy to interpret).

===19 juni 2020===
#Een patient kan nog wel koude en warmte voelen, maar heeft geen besef meer van zijn ledematen wanneer hij de ogen sluit. Wat kan er zijn misgelopen in de hersenen?
#Verklaar waarom een verhoogde visuele activiteit bij kinderen met een CI gepaard gaat met een verlaagde auditieve perceptie. Geef twee methoden.
===17 juni 2020===
#Bespreek Parkinson en de verwante pathways.
#Paper van gray matter changes in phantom limb pain: citaat "The adaptibility of the visual system may indicate a cortical compensation mechanism counteracting the genesis of PLP". Bespreek dit citaat. Toon aan dat dit al dan niet correct is aan de hand van 2 voorbeelden of methodes waarmee je dit kan bewijzen/weerleggen.

===24 juni 2019===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
#zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
#Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
#Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===1 September 2017===
#Bespreek horizontale localisatie van geluid. Hoe 360° 'beeld' vormen van van geluid? Geef enkele oplossingen.
#Artikel: woord uitleggen - motivatie geven en wat je geleerd hebt uit het artikel - in 5 punten (elk max. 2 regels) de highlights van je artikel noteren

===9 juni 2017===
#Wat zijn de 'waar' en 'wat' pathway van het visueel systeem? Bestaat er bij het auditief systeem een gelijkaardige opdeling?
#Voor de paper:
## zij kiest een woord dat je moet uitleggen.
##Waarom heb je deze paper gekozen en wat heb je hieruit geleerd?
##Geef de 5 belangrijkste bevindingen uit deze paper kort weer aan de hand van max 2 regels.

===20 juni 2016===
Je loopt en je moet een steen ontwijken, hoe doe je dit succesvol?

===17 juni 2016 VM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden). Welke structuren herken je? Wat is hun functie? Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen. Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===13 juni 2016 VM===
#Een patient meld zich aan en na de eerste onderzoeken blijkt hij blind te zijn in het linker hemiveld. Wat kan hier de oorzaak van zijn. Wat zou er mis kunnen zijn en hoe ga je dit testen? Gebruik tekeningen en schema's om de neurobiologische werking aan te tonen.

===6 juni 2016 NM===
#Tekening van het cerebellum (dezelfde als in de link als hier beneden).
##Welke structuren herken je?
##Wat is hun functie?
##Ook de details bespreken (tekening van handen, voeten en lippen op het cerebellum) en speculeren over wat deze zouden kunnen betekenen.
##Zelf figuren maken en pathways tekenen en dan bespreken.

===6 juni 2016 VM===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===3 juni 2016===
Je loopt op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol?

===22 juni 2015===
Je rijdt met de fiets op een paadje en je moet een steen ontwijken. Hoe doe je dit succesvol? (ook zoveel mogelijk tekeningen/schema's geven)

===19 juni 2015===
Na enkele testen bemerk je dat een patient blind is aan zijn linker hemiveld. Geef de ziektebleeden aan wat dit kan liggen en geef ook extra testen om dit te bewijzen. Verduidelijk met tekeningen. (antwoord kort: lesie ACHTER optisch chiasma in de R optic tract, probleem in de RECHTER LGN, probleem in de V1, probleem met de dorsale en ventrale stromen (wat en waar pathways=> MT,MST,IT..) omdat de patient misschien wel functioneel ziet maar niet begrijpt wat hij ziet, probleem in de PPA=> Neglect syndroom. Hoe testen? probe in de hersenen is te invasief, beter fMRI doen + Neglect syndroom: tekeningetje laten maken)

===6 juni 2015 (nm)===
Zelfde als hieronder (23 juni 2014)

===23 juni 2014 (nm)===
Bij visuele verwerking is er sprake van een "waar" en een "wat" pathway. Leg uit. Zou er sprake kunnen zijn van deze pathways bij auditieve verwerking? Geef argumenten voor en tegen.

===6 juni 2014 (nm)===
De volgende tekening was gegeven (zie link) zonder enige uitleg. Ze vroeg welke structuren je herkende, of je enkele details kon verduidelijken, er een legende bijschrijven en je antwoord staven met tekeningen. (Het was blijkbaar het cerebellum en het mee redeneren was het belangrijkst, ook al kende je het antwoord totaal niet.)

http://www.nature.com/nrn/journal/v5/n3/fig_tab/nrn1347_F5.html

===24 juni 2013 (vm)===
Welke invloed denk je dat topsport kan hebben op de hersenen?

===10 juni 2013 (vm)===
--> zie 11 juni 2012

===11 juni 2012 (nm)===
Wat zou een oorzaak kunnen zijn van het ziektebeeld waar de patiënt snelle en ongewilde, maar gecoördineerde bewegingen maakt van de ledematen, hoofd en romp? Geef zoveel mogelijk tekeningen/schema's om uw antwoord te staven. Kan je een voorbeeld geven?

===11 juni 2012 (vm)===
Figuurke van in 1943 en een tweede van 1944 van een (bovenaanzicht? van een) cerebellum waarop een omgekeerd manneke staat en op het tweede datzelfde manneke, maar 'onderaan' links en rechts een embryo.

(de vraag die hieronder staat is wat ze ongeveer vroeg, maar niet helemaal correct)

Wat betekent deze figuur volgens u? Wa is de functionele achtergrond? Geef alle functie-anatomie links die hier iets mee te maken hebben en bespreek in detail. (het had te maken met proprioceptie (en geheugensporen)==> laatste slides met figuurkes uit hoofdstuk 24 of 25). Zijn er meerdere kopies/gelijkaardige lagen/...? Wat zijn de voordelen, wat zijn de nadelen?

===24 juni VM===
Je fietst in het bos en plots moet je een grote steen ontwijken. Bespreek waarom je dit met succes kan doen. Welke neuronale circuits zijn hierbij betrokken?
27 juni 2011 (vm)Edit
Een fMRI werd toegepast op 3 patiënten na het toepassen van een visuele stimulus. De metingen werden gedaan in de contralaterale hemisfeer.
Patiënt 1: V1 actief, IT actief, PPA niet actief
Patiënt 2: V1 actief, IT actief, PPA actief
Patiënt 3: V1 niet actief, IT niet actief, PPA niet actief
Bespreek mogelijke ziektebeelden. Wat weet je van de betrokken hersenregio's? Kun je met deze gegevens iets zeggen over de eigenschappen van de stimulus? Vond de stimulus links of rechts plaats?

===16 juni 2011===
De thalamus is het schakelstation voor sensorische informatie op weg naar de cortex. Juist of onjuist, bespreek en staaf je antwoord met voorbeelden/schema's.
24 juni 2009Edit
Blindheid: 1 visueel hemifield en unilateraal neglect syndroom. Hoe kun je bepalen wat je patiënt heeft? Beschrijf beide fenomenen?
En beschrijf alle betrokken hersenpathways in detail.

===13 juni 2008===
Beschrijf de effecten van een unilateraal letsel in de visuele cortex. Bespreek of de grootte van de lesie belang heeft. Vergelijk met een unilateraal letsel in het auditief systeem.
Artikel

Applied Medical Biotechnology

2024-01-15T14:12:54Z

R0849178: /* 12 januari 2024 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door

ECTS-fiche:

==Examenvragen==

===12 januari 2024===
Cools:
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC

Van den Steen:
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).

Lambrechts:
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.

===19 januari 2023===
Cools:
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment
# ChIP-sequencing
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?

Eelen:
# What is meant by 'Gene transfer in somatic cells'? Give an example. - max. 5 lines
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page

Lambrechts:
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?

Van Den Steen:
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria
# Difluoro-methylornithine

Applied Medical Biotechnology

2024-01-15T14:12:19Z

R0849178: /* 12 januari 2024 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door

ECTS-fiche:

==Examenvragen==

===12 januari 2024===
Cools:
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)

# Definitions
a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC

Van den Steen:
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).

Lambrechts:
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.

===19 januari 2023===
Cools:
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment
# ChIP-sequencing
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?

Eelen:
# What is meant by 'Gene transfer in somatic cells'? Give an example. - max. 5 lines
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page

Lambrechts:
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?

Van Den Steen:
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria
# Difluoro-methylornithine

Applied Medical Biotechnology

2024-01-13T08:55:06Z

R0849178: /* 19 januari 2023 */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door

ECTS-fiche:

==Examenvragen==

===12 januari 2024===
Cools:
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)

# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC

Van den Steen:
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).

Lambrechts:
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.

===19 januari 2023===
Cools:
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment
# ChIP-sequencing
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?

Eelen:
# What is meant by 'Gene transfer in somatic cells'? Give an example. - max. 5 lines
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page

Lambrechts:
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?

Van Den Steen:
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria
# Difluoro-methylornithine

Laboratory Animal Sciences

2023-11-10T13:17:42Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.

Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

===10 november 2023===
# Define:
#* Anthropocentrism
#* Enteral administration of compounds
#* Bruce-effect
#* Three R's
# Explain gas anesthesia in detail.
# How is health screening done in animals and why is it important?
# What is good post-operative care?
# Explain congenic strain in detail.

===11 januari 2023===
# Define:
#* Zoocentrism
#* Whitten effect
#* Ethogram
#* Coprophagy
# Explain local anesthesia in detail.
# How is health monitoring done in animals and why is it important?
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
# Describe natural feed.

===16 November 2022===
# Define:
#* Zoocentrism
#* Refinement (3R's)
#* Ethogram
#* Coprophagy
# Inbred strain
# How is health monitoring done in animals and why is it important.
# What analgesia can you use and what are the side effects.
# Why are ventilation and odor important in the animal facility.

===7 November 2022===
# Define:
#* Whitten effect
#* Animal welfare body (AWB)
#* Ambivalent behaviour
#* Orbita-puncture
# Congenic strain
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.

===10 january 2022 ===
#Define:
#*Diastema
#*Oribital puncture
#*GS3
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# What is environmental enrichment and why is it important?
# F1 hybrid

===10 december 2021 ===
#Define:
#*Diastema
#*AWB
#*Xenopus laevis
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# Explain in detail congenic strain? How can it made?
# What is environmental enrichment and why is it important?

===08 december 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Co-isogenic strain
#*Danio rerio
#*Orbital puncture
# Explain gasanasthesia in detail
# Sources of infection in animal facility and how prevented?
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?
# How to avoid allergies?
===19 november 2021 ===
#Define:
#*Harderian gland
#*IVC
#*Humane endpoints
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?
# How is health screening done and why is it important?

===25 oktober 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Isolator
#*Oribital puncture
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# What is post operative care and why is it important
# Congene stam

===22 januari 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Zoocentrism
#*Co-isogenic strain
#*Zoonosis + give an example
# Describe natural feed.
# Explain local anaesthesia.
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.
# What are the the 3 R's? Give 1 example of each one.

===30 Januari 2020 NM versie B===
#Define:
#*Lee-Boot effect
#*Severity assessment
#*Isolator
#*Zoonosis
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?
#Explain in detail: Consomic strain
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?

===30 Januari 2020 NM versie A===
#define:
#*bruce effect
#*gavage
#*reverse? orbital punction
#*Harderian gland
#Explain local anaesthesia
#Give 3 factors that can influence the severity score
#What is environmental enrichment and why is it important?
#Explain everything about natural feed

===24 januari 2020 (NM, versie B)===
#Define:
#*Whitten effect
#*Animal welfare body
#*Humane endpoints
#*IVC
#Gasanaesthesia
#How is healthmonitoring done and why is this important?
#List all environmental factors that influence an animal's wellbeing and explain 2 in detail.
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?

=== 24 januari 2020 (NM, versie "") ===
#What are the factors which determine the needed nutrients in animal food?
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?

=== 25 januari 2019 (NM) ===
Schriftelijk
Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: F1-hybride
#Leg uit in detail lokale anesthesie
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit

=== 25 januari 2019 ===
Begrippen:
#*isolator
#*3 R’s
#*zoonose
#*lee-boot effect

Grote vragen
#Consomic strain
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?
#Effect van stress op behaviour

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===16 januari 2018===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: congene stam
#Uitleggen lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Immunological Biotechnology

2023-08-21T17:57:57Z

R0849178: /* 21 augustus 2023 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.

==Examenvragen==
=== 21 augustus 2023 ===
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?
# Short questions:
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?
#* Figuur immunoglobin & genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin
#* 10 MC vragen
# Definities:
#* central tolerance
#* Innate Lymphoid Cell
#* Original antigenic sin
#* P-selectin
#* Receptor editing

=== 1 februari 2023 ===
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina)
# Short questions:
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN
#* Extravasation
#* Peyer's Patch
#* Original antigenic sin
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)

=== 24 januari 2023 ===
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina's)
# Short questions:
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden.
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf?
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)
# Definities:
#* Homing
#* Immunological synapse
#* Mucosal tolerance
#* Linked recognition
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)

=== 6 september 2022 ===
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau
# Short questions:
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden
#* MC: Wat is Digeorge syndroom
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...
=== 22 augustus 2022 ===
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).
# Short questions:
#* HIV attacks helper-T-cells
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Meerkeuze vragen:
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Met wat interageren T-cellen
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is?
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction & ITAM

=== 25 januari 2022 ===
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages).
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...
# Stellingen
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD...
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive's niet
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2

=== 24 augustus 2020 ===
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.

=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)
#* laatste vergeten
=== 24 januari 2020 ===
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)

=== 17 januari 2020 ===
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):

=== 16 januari 2020 ===
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)
# Figuur: Experiment met nude en scid muis
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor
=== 13 januari 2020 ===
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen
# True/false vragen (+ één multiple choice):
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.

=== 28 januari 2019 ===
voor en namiddag hadden dezelfde vragen

# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren.
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.

===18/01/2019 NM===
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen
# MC en juist fout vragen:
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)

===17/01/2019 NM===
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie

===14 januari 2019 NM===
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout

===23 augustus 2018 VM===
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Immunological Biotechnology

2023-08-21T17:45:41Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.

==Examenvragen==
=== 21 augustus 2023 ===
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?
# Short questions:
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?
#* Figuur immunoglobin & genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin
#* 10 MC vragen
# Definities:
#* central tolerance
#* Innate Lymphoid Cell
#* Original antigenic sin
#* P-selectin
#* nog eentje maar ben ik vergeten oeps

=== 1 februari 2023 ===
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina)
# Short questions:
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN
#* Extravasation
#* Peyer's Patch
#* Original antigenic sin
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)

=== 24 januari 2023 ===
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina's)
# Short questions:
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden.
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf?
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)
# Definities:
#* Homing
#* Immunological synapse
#* Mucosal tolerance
#* Linked recognition
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)

=== 6 september 2022 ===
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau
# Short questions:
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden
#* MC: Wat is Digeorge syndroom
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...
=== 22 augustus 2022 ===
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).
# Short questions:
#* HIV attacks helper-T-cells
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Meerkeuze vragen:
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Met wat interageren T-cellen
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is?
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction & ITAM

=== 25 januari 2022 ===
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages).
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...
# Stellingen
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD...
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive's niet
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2

=== 24 augustus 2020 ===
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.

=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)
#* laatste vergeten
=== 24 januari 2020 ===
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)

=== 17 januari 2020 ===
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):

=== 16 januari 2020 ===
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)
# Figuur: Experiment met nude en scid muis
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor
=== 13 januari 2020 ===
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen
# True/false vragen (+ één multiple choice):
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.

=== 28 januari 2019 ===
voor en namiddag hadden dezelfde vragen

# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren.
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.

===18/01/2019 NM===
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen
# MC en juist fout vragen:
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)

===17/01/2019 NM===
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie

===14 januari 2019 NM===
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout

===23 augustus 2018 VM===
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Spectroscopie van biomoleculen

2023-06-03T07:26:23Z

R0849178: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen minstens 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===24 Augustus 2022===
==== Hofkens ====
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen
# Verklaar begrippen
## Raman selectieregels
## Circular Dichorism
## FRET en relevantie tot spectroscopie
## Single photon counting
## Foto-elektrisch effect
===22 juni 2022===
====Vogt====
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)
====Hofkens====
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher.
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## statement van Brogolie
## Basisregels IR
## Cotton effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===23 juni 2021===
====Vogt====
# NMR van C9H10O2 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?
====Hofkens====
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
# Verklaar begrippen met tekening:
## Extinctie coefficent
## Time resolved emission spectra
## Inner filter effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===11 juni 2021===
====Vogt====
#NMR van C11H14O2
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?

====Hofkens====
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.
#Verklaar begrippen met tekening:
##Wet van Lambert Beer
##R0
##Inner filter effect
##Dynamische quenching
##Anti-stokes Raman scattering

===21 augustus 2020===
====Hofkens====
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.
##Verklaar alle waarnemingen.

#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoelectrisch effect
##FRET
##dynamische quenching
##FTIR
##resonance Raman Scattering

===25 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?

====Hofkens====
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoselectie
##Excitatiecoefficient
##Anti-Stokes Raman Scattering
##Inner filter effect
##TRES

===23 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?
#Toon de magnetisatievector M0 wanneer een puls van a) 30°x, b) 90°x en c) 180°x wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.
#Verklaar begrippen met tekening:
##excitatiespectrum
##Balmer reeks
##Perrin vergelijking
##inner filter effect
##dynamische quenching

===15 juni 2020===
====Deel Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.

====Deel hofkens====
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?
#Begrippen
##Limiting anisotropy
##Auxochroom effect
##Forster radius
##Inner filter effect
##TC SPC (single foton counting)

===28 augustus 2019===
====Deel Vogt====
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?

====Deel hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?
#begrippen:
##Foto-elektrisch effect
##Emissiespectrum
##anti-Stokes Raman scattering
##Statische quenching

===27 augustus 2019===
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.
====Deel Hofkens====
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd
# woordjes
##foto-elektrisch effect
##cotton-effect
##extinctiecoëfficiënt
##TRES

=== 25 Juni 2019 NM===
====Voght====
#NMR C11H14O2
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.

====Hofkens====
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES
===25 juni 2019 VM===

====Vogt====
#NMR-spectrum(C9H10O3)
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens
#Fase 1 spectrum ->structuur proteinen

====Hofkens====
Zie examen 27 juni 2018

===11 juni 2019===

====Voght====
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)

====Hofkens====

#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)
#4 begrippen: (4 punten)
#*limiting anisotropy
#*inner filter effect
#*auxochrome shift
#*anti-Stokes Raman

===27 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

====Hofkens====
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment

===26 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

====Hofkens====
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Immunological Biotechnology

2023-02-01T11:47:35Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (3personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.

==Examenvragen==
=== 1 februari 2023 ===
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina)
# Short questions:
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN
#* Extravasation
#* Peyer's Patch
#* Original antigenic sin
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)

=== 24 januari 2023 ===
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina's)
# Short questions:
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden.
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf?
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)
# Definities:
#* Homing
#* Immunological synapse
#* Mucosal tolerance
#* Linked recognition
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)

=== 6 september 2022 ===
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau
# Short questions:
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden
#* MC: Wat is Digeorge syndroom
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...
=== 22 augustus 2022 ===
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).
# Short questions:
#* HIV attacks helper-T-cells
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Meerkeuze vragen:
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Met wat interageren T-cellen
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is?
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction & ITAM

=== 25 januari 2022 ===
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages).
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...
# Stellingen
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD...
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive's niet
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2

=== 24 augustus 2020 ===
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.

=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)
#* laatste vergeten
=== 24 januari 2020 ===
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)

=== 17 januari 2020 ===
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):

=== 16 januari 2020 ===
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)
# Figuur: Experiment met nude en scid muis
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor
=== 13 januari 2020 ===
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen
# True/false vragen (+ één multiple choice):
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.

=== 28 januari 2019 ===
voor en namiddag hadden dezelfde vragen

# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren.
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.

===18/01/2019 NM===
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen
# MC en juist fout vragen:
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)

===17/01/2019 NM===
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie

===14 januari 2019 NM===
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout

===23 augustus 2018 VM===
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Chemie Van Natuurproducten

2022-06-16T15:10:21Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===16 juni 2022===
#Oefening van ornithine-achtig AZ (Er zit een O in de restgroep van je AZ)
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Hoe reageert molecule met NAD+

===30 augustus 2021===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Ringsluiting en biosynthese van polyketides
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C

===17 juni 2021===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Bespreek mechanisch de antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===5 juni 2021===
#Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? Leg uit waarom. (Beide met enzyme en NADH) Bij pyrodruivenzuur zal slechts één enantiomeer gevormd worden. Bij 2-butanon, beide! Dit komt door de specifieke interacties met het enzyme, en staat zeer goed uitgelegd p.1383 (Clayden) en in de bordnota's les 5bis, p.2
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 8 ring zonder methylgroep). Geef het mogelijke reactiemechanisme.Het antwoord op deze vraag is in feite het mechanisme voor de pyrrolidine alkaloïden en staat p.1416 e.v. (Clayden) en bordnota's ples 9, p.1.
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C

===18 juni 2020===
#Welke van de 2 verbindingen vormt 1 enantiomeer? (Beide met enzyme en NADH)
#Hoe zal glutathion met dit molecule reageren? (Michaelacceptor)
#Verklaar de anti-oxidatieve werking van vitamine C
#practicum (door Corona)
##Geef het mechanisme van het ontschermen van het FMOC gebonden amide met behulp van piperidine
##Hoe werkt het scheiden met TLC en wat is de invloed van keuze solvent?
##Structuren: cyclohexanon, borneol, TFA, natriumwaterstofsulfiet

===16 juni 2020===
#Met welk biomimetisch reagens (Stetter) kan onderstaande reactie gebeuren + geef het mogelijke reactiemechanisme
#Gegeven een reactie (hygrine-achtige cyclisatie in een 7 ring). Geef het mogelijke reactiemechanisme.
#Leg de anti-oxidatieve werking van vitamine C uit.
#Practica (door corona)
##Acyleringsmechanisme met broomazijnzuur, methylamine & DIC
##Teken de Dean-stark opstelling en benoem de belangrijkste onderdelen
##Teken 4 structuren

===10 juni 2020===
#Van A naar B. En hoe wordt A gevormd (A was een polyketide met een ring aan en B was structuur dat bestond uit 2 ringen)
#Oefening van deaminatie met pyridoxaal fosfaat
#Hoe reageert molecule met NAD+ (iets pyruvaat-achtig)
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##stereocentra en stereovormen van CH3-(CH-OH)-(CH-OH)-CH3 geven. Welke zijn enantiomeren/diastereomeren/mesomeren?
##Structuur van: Chloranil, kaliumpermanganaat, bleekwater, kamfer

===5 juni 2020===
#Vormen van humuleen uit farnesylpyrofosfaat
#Oefening van ornithine-achtig az maar dan naar 7-ring
#Leg anti-oxidante werking glutathion uit adhv H2O2
#Practica (door corona op examen)
##Mechanisme enamine-vorming met morfoline en cyclohexanon
##Chloraniltest uitleggen met structuren en reacties
##Structuur van: DMF, DIC, propionylchloride en pyrolidine

===26 augustus 2019===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide en leek op de reactie met orsellinic acid maar met fenol groep ipv methylgroep)
#Oxidatie door NAD+ (Zie 21 juni ‘18 NM, vraag 2)

===20 juni 2019 VM===
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv 5-ring
#hoe zou je van molecule A naar molecule B gaan + geef een mogelijke biosynthese van molecule A (molecule A was een polyketide met een starter unit)
#2 moleculen gegeven en uitleggen welke van de 2 enantioselectief omgezet wordt door NADH naar een optisch actieve verbinding

===18 juni 2019 NM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat (Let op: hoe dit in de dropbox staat is niet 100% correct, de dubbele binding bovenaan kan direct aanvallen op het C-atoom waaraan OPP gebonden is om de ring te sluiten.)
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C.

===18 juni 2019 VM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek de anti-oxidant werking van Vitamine C

===15 juni 2019 VM===
#Polyketide ringsluiting + synthese bioketide
#Pyridoxal fosfaat oefening
#Oxidatie door NAD+

===7 juni 2019 NM===
#Aan de hand van welk biomimetisch reagens gebeurt onderstaande reactie? (Stetter) Stel een mogelijk reactiemechanisme op.
#Stel een mogelijk reactiemechanisme op hoe B gemaakt wordt uit A. Hoe wordt A biosynthetisch gevormd? (A was polyketide)
#Bespreek de anti-oxiderende werking van Vitamine C

===7 juni 2019 VM===
#Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
#bespreek anti-oxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===4 september 2018 NM===
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 8-ring ipv een 5-ring
#Hoe zou glutathione met dit molecule reageren?
#Wat zijn inositolen? + geef de biosynthese

===21 juni 2018 NM===
#Stetter-reagens
#NAD+/NADH reductie
#biosynthese inositol
[[Bestand:Knipsel.jpg]]

===21 juni 2018 VM===
#vorming 8 ring met pyridoxaal fosfaat
#ringsluiting van polyketide en de synthese van een polyketide geven
#stereospecifieke aanval bij reductie met NADH

===19 juni 2018===
#bespreek synthese humuleen
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2

===15 juni 2018===
#Geef een mogelijk reactie mechanismen van molecule A naar B. Hoe zou molecule A biosynthetisch gemaakt kunnen worden. (A was een polyketide gemaakt aan de hand van een starter unit uit het deel 'other starter units')
#Deaminatie van tryptofaan. (m.b.v. pyridoxaalfosfaat)
#Oxidatie van een gegeven molecule m.b.v. NAD+.

===11 juni 2018 VM===
#Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat)
#Oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring
#Bespreek antioxiderende werking van vitamine C

===21 juni 2017 NM===
#hoe gebeurt volgende reactie (Stetter) + geef reactiemechanisme
#reactievergelijking aanvullen: molecule + NAD+ --> ? (oefening zoals die van appelzuur met NAD+)
#bespreek biosynthese van inositolen en wat zijn inositolen

===21 juni 2017 voormiddag===
#bespreek synthese humuleen
#bespreek antioxiderende werking van glutathion adhv H2O2
#oefening van ornithine naar hygrine maar dan een 7-ring ipv een 5-ring

===20 juni 2017 namiddag===
# Welk biomimetisch reagens werd er gebruikt bij deze synthese? (Stetter, bijvraag over zwak zure proton en functie van thiaminepyrofosfaat
# een oefening van hoe je een L-aminozuur omzet naar een D-aminozuur (met pyridoxaalfosfaat)
# geef 2 manieren waar we de biosynthese van acetoacetyl CoA gezien hebben (bijvraag: waar hebben we deze reacties gezien)

===20 juni 2017 voormiddag===
# oefening van polyketiden
# gegeven structuur omvormen m.b.v. pyridoxaalfosfaat
# oefening zoals die van appelzuur met NAD+ maar met een andere gegeven structuur (COOH groep vervangen door benzeenring, maar dit komt op hetzelfde neer).

===16 juni 2017===
# Vorming humuleen vanuit farnesylpyrofosfaat
# Reactie met glutathion (met Michaelacceptor C=C-C=O)
# Antioxidante werking van vitamine C

===13 juni 2017===
# Leg de werking van ascorbinezuur uit (vitamine C dus)
# Oefening gebaseerd op de theorie van de synthese uit ornithine en hygrine maar dan met een zesring ipv een vijfring.
# Stetteroefening.

===12 juni 2017===
# een oefening "met welk biomemtisch reagens gebeurt deze reactie" da was van 1 ring naar 2 ringen dus me stetter
# tweede oefening was van een aminozuur met een keten me een O in en een NH2 naar een 7ring (leek op ornithine naar hygrine) en da was mbv pyrodoxalfosfaat en ook claisen ester condensatie
# theorie: leg het anti-oxidans van vitamine C uit

===12 juni 2015===
#leg de werking van vitamine C uit als antioxidans
#Leg uit hoe humuleen gevormd wordt uit farnesylfosfaat
#Oefening gebaseerd is op de theorie van de synthese uit ornithine maar dan met een zevenring ipv een vijfring.

===20 agustus 2013===
#Terpenen: een gegeven molecule naar een nader molecule, geef het reactiemechanisme
#Oxidaite van een gegeven molecule met NAD+
#Geef 2 manieren om aceto-acetyl CoA te maken

===19 juni 2013===
#Met welk biomimetrisch reagens kun je volgende reactie uitvoeren? Schrijf een mogelijk reactie mechanisme uit
#Hoe reageert glutathion met onderstaande molecule
#Bespreek de synthese van vitamine C

===17 juni 2013===
#In de natuur wordt Caryophylleen gemaakt met behulp van farnesylpyrofosfaat. Werk een mogelijk reactiemechanisme uit tot het bekomen van dit product.(de structuur formule van farnesylpyrofosfaat werd niet gegeven)
#Werk het mechanisme uit en becommentarieer. (Oplossing: met behulp van pyrodoxaal fosfaat)
#Bespreek de antioxidatieve werking van vitamine C

===14 juni 2013===
#Hoe glutathion met een bepaald vaag molecule reageert
#2 manieren om acetoacetyl CoA te vormen
#Polyketiden: ge moet weten dat dat via de mechanisme van vetzuursynthese aangemaakt werd en dan moest ge nog mechanisme van dat polyketide naar een ander gegeven molecule schrijven, het was aldolcondensatie.

===15 juni 2012 (namiddag)===
#Oefening met stetter reagens. Welk molecule bootst stetter na en voor wat wordt dit in de natuur gebruikt.
#Racematie met pyridoxalfosfaat uitleggen en mechanisme uitschrijven voor gegeven moleculen. Voorwat pyridoxalfosfaat gebruikt wordt in de natuur.
#Mechanisme antioxidans van vitamine C uitleggen. Hoe wordt dit gemaakt.

===15 juni 2012 (voormiddag)===
#Structuur van humuleen gegeven. Geef de biosynthese van humuleen, vertrekkende van farnesylfosfaat
#Gegeven: Hoe reageert glutathione met deze verbinding?
#Geef de 2 biosynthesewegen die in de cursus gezien zijn voor acetoacetyl-CoA

===20 juni 2011 (namiddag)===
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomeer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH van 2-butaton en pyruvaat (+ appelzuur)
#Leg mechanisme van de anti-oxidantie werking uit van vitamine C. Geef ook de biosynthese.
#Geef een mogelijk mechanisme voor volgende reactie HOOC-(C=O)-C-C-C-(C=O)-C=C  (biomimetisch reagens en Et3N)  1,4 cycloheptadion

===14 juni 2010===
#Omzetting van histidine naar histamine (histidine zonder CO2) (structuren gegeven)
#Welk biomimetisch reagens zou je gebruiken, en wat zou een mechanisme kunnen zijn? (stetter)
#Leg het mechanisme van de anti-oxidantie werking van vitamine C uit

===11 juni 2010===
#Omzetting van L-AZ naar D-AZ mbv pyridoxaalfosfaat
#Vetzuursynthese
#Radicale ortho-para-koppeling

===September 2009===
#DOPA en DOPAMINE
#Synthese inositolen
#Stereospecificiteit LADH

===12 juni 2009===
#Becommentarieer op mechanistische wijze de volgende reactie (vul de nodige reagentia zelf aan). In welke biosynthese is deze reactie belangrijk?
#Schrijf het mechanisme op van de volgende reactie
#Bespreek de structuur van fosfatidylcholine en geef de biosynthese ervan

===4 september 2008===
#De structuren van ornitine en hygrine waren gegeven en je moest heel de reactieweg geven.
#De 4e stap van de purine synthese was gegeven, begin- en eindproduct en hij moest zeggen hoe de reactie verliep

===17 juni 2008===
#Bespreek decarboxylatie van phosphadityl serine naar phosphadityl ethanolamine (pyridoxalfosfaat). Ge kreeg de tekening van die molecules, hem vroeg dan de naam, vroeg ook nog achter choline en wat dat doet, hoe ge dat maakt
#Fructose: fisher => hawordth omzetting
#Welk van deze 2 verbindingen geven een enkel enantiomer? (enantioselectieve reactie: chiraal product) was reductie met NADH, van 2-butanon en pyruvaat. Hij vroeg ook nog hoe ge bv appelzuur oxideert met NAD

===19 juni 2007===
#Merhylering, waardoor gebeurt het en leg uit (SAM)
#Fructose fisher gegeven, geef haworth
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2) leg uit + geef structuur van FAD

===12 juni 2006===
#Omzetting van een ketocarbonzuur is AZ, hoe gaat dit in zijn werk in de cel, met welke reagentia, geef structuur + reacties
#Hoe worden verzadigde vetzuren opgebouwd in de natuur?
#Hoe wordt zuurstof in de cel getransporteerd, geef structuur + uitleg

===12 juni 2006===
#Decarboxylatie van een aminozuur
#R-C-C-COSCoA  R-C=C-COSCoA (mbv FAD => FADH2): leg uit + geef structuur van FAD
#Welk molecule zorgt voor spontane membraanvorming: geef structuur en leg uit

GIP

2022-05-28T14:03:13Z

R0849178: /* 25 mei 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Verplicht vak bij biochemie en keuzevak bij chemie. Sinds 2019 telt het examen voor 30% mee.
Het practicum wordt door verschillende assistenten begeleid, maar Dr. Ir. Valerie De Groote is de coordinator.
Het examen is volledig schriftelijk.

==Examenvragen==

===25 mei 2022===
#bespreek de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (tekening van plasmide wordt gegeven + ook afbeelding van de werking van het ara operon) + Hoe weten we dat de transformatie van competente E. coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon in de expressie van GFPuv + oefening zuiverheid DNA: absorbantie bij 260 en 280 nm gegeven en DNA/RNA bepalen en concentratie nucleïnezuren (er zijn geen proteïnen in het mengsel aanwezig)
#Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat (supercoiled, circulair, lineair plasmide, smear zone), welk is de positieve en de negatieve pool,...)
#3 proeven waarbij SDS gebruikt is: wat is SDS + geef kleine beschrijving van de proef en de rol van SDS hierin.
#meerkeuze met giscorrectie (-1/4 voor fout, +1 voor juist, 0 voor blanco)
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*met welk alcohol DNA neerslaan --> isopropanol
#*welke component van STET zorgt voor dodelijke water onttrekking?
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk tetrapeptide is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*waarvoor dient BSA bij PCR? --> stabiliserende werking op restrictie-enzyme
#*welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie

===19 mei 2021===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van verdunning en temperatuur beschrijven
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme en het doel.
#Er is een SDS PAGE van eiwit x (300kDa) met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice

===22 mei 2019===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van verdunning en temperatuur beschrijven
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Enzymkinetiek: verschil in absorbantie over 5 minuten gegeven, extinctiecoëfficiënt gegeven, Mr enzyme gegeven, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
#*met welk alcohol DNA neerslaan
#*STET (water onttrekking)
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk proteine is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode

===23 mei 2018===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon bij de expressie van GFPuv + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat, welk is de positieve en de negatieve pool,...)
#Enzymkinetiek: grafiek gegeven + hele hoop data, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
#Meerkeuze met giscorrectie
#*waarvoor dient BSA bij bepaalde proef
#*welk alcohol wordt gebruikt bij de precipitatie van DNA
#*welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie
#*welk 4bp stukje gaat het meest waarschijnlijke een herkenningsplek zijn voor restrictie-enzymes
#*wat is géén goede eigenschap voor een primer
#*geef het meest negatieve tetrapeptide (adhv drielettercode aminozuren)
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk component van de STET buffer zorgt voor dodelijke wateropname bij bacteriën?
#*proteïne is stabiel bij pH 5.5, welk bufferkoppel kies je?

===24 mei 2017===
#Bespreek het pUC19 plasmide (blue-white screening) + oefening met DNA/RNA verhouding
#Tris-HCl buffer berekenen, invloed temperatuur en verdunning
#Opzuivering GFPuv vertrekkende van bacterieel cellysaat
#Oefening enzymekinetiek: berekenen van specifieke enzyme activiteit en molaire activiteit
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice
#*hoe DNA neerslaan
#*waarvoor dient BSA
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
#*iets over Michaelis-Menten
#*iets over Lineweaver-burk
#*STET (water onttrekking)
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
#*welk proteine is het meest negatief bij ph=7

===18 mei 2016===
#Bespreek het pGLO plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
#Opzuiveren van GFP vertrekkende van bacterieel cellysaat
#Maak een buffer met borax, HCl en NaOH met I=0,1M en pH = Pka'-1. Invloed KSCN
#Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
#oef met zeer veel gegevens om de specifieke activiteit en de moleculaire activiteit te berekenen.
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
#3 proeven waarbij SDS gebruikt is
#Multiple choice, thema's:
#*STET (welk component zorgt voor water onttrekking)
#*Restrictie-enzymen ( welk fragment wordt het makkelijkst herkend)
#*Primers ( eigenschappen goede primers)
#*Welk proteÃ¯ne is het meest negatief bij pH 7
#*LB grafiek en MM
#*Welk alcohol werkt gebruikt voor DNA precipatie?
#*...

===21 mei 2015===
#Geef de functie van SDS in drie verschillende proeven waarin het gebruikt werd
#bespreek het pGLO-plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
#Opzuivering van GFP: welke stappen zijn er gebeurd en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Molaire en specifieke activiteit van een proteine berekenen obv absorbantiedata, analoog aan de oefening met trypsine maar je krijgt dus geen tussenstapjes
#Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
#Borax-HCl-buffer berekenen, invloed van KSCN
#Bandjes op een plasmidegel benoemen
#Een aantal multiple choice vraagjes met giscorrectie: thema's:
#*aminozuren (lading obv drielettercode)
#*MM-kinetica
#*STET-buffer
#*...

=== 18 mei 2009 ===
# SDS-PAGE
#* Bespreek de staalbuffer
#* Waarvoor dient het stacking gel
#* Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
# Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
# Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
# Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
# Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
# PCR: efficiÃ«ntie berekenen.
# Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleÃ¯nezuuroplossing + concentratie berekenen
# Mondeling:
#* Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiÃ«nt nodig
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* BAPA + hoe activiteit bepalen

=== 17 mei 2010 ===
# SDS-PAGE
#* Bespreek de staalbuffer
#* Waarvoor dient het stacking gel
#* Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
# Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
# Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
# Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
# Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
# PCR: efficiÃ«ntie berekenen.
# Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleÃ¯nezuuroplossing + concentratie berekenen
# Bereken welke massa van het gelyofiliseerd betalactoglobuline je moet afwegen om een bepaalde concentratie te bekomen
# Mondeling:
#* Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiÃ«nt nodig
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* BAPA + hoe activiteit bepalen

=== 20 mei 2010 ===
# Bespreek N-terminale AZ sequencing volgens DABITC/PITC-Methode
#*leg daarbij uit: Voordeel DABITC, Waarom koppeling bij pH 9, waarom dubbele koppeling, waarom doorbraak in watervrij midden en teken DABTH-threonine (zowel gehydrateerde als gedehydrateerde vorm)
# Bespreek het Sanger procede (alle stappen) en vergelijk met Maxam-Gilbert procede voor de DNA sequencing van wt/ob muizen
# Berekening Borax/NaOH buffer. Bereken de molariteit aan Borax en NaOH als PH=pKa'+1 en I = 0.1M
# Bepaling activiteit Trypsine. Gegevens: 2.85 mL buffer, 25ÂµL BAPA (100 Âµmol/mL), 50 ÂµL Trypsine (o.335 g/L). A(405nm) stijgt 0.300 over 5 min. ExtinctiecoÃ«fficient bij 450 nm = 9620/M.cm. Mr = 23400
#*Bereken de Specifieke en de Moleculaire enzymactiviteit
#*Welke orde heeft de hydrolysereactie tov de BAPA concentratie? Waarom?
#*Schrijf de hydrolysereactie van BAPA
# PCR: Uit 0.5 mg plasmide (5162bp) haalt men na 25 cycli 30.5 Âµg DNA (800bp). Bereken de efficiÃ«ntie.
# Bereken het partieel specifiek volume van een eiwit met volgende gegevens:
#* d(20Â°C)= 1.00239 1.00456 1.00677 1.00899
#* Bij (respectievelijke) concentraties (mg/mL): 0 10 20 30
#Eiwitbereiding
#*Hoe kan men beta-lactoglobuline afzonderen uit koemelk? Bespreek.
#*Hoeveel moet je afwegen van een gelyofiliseerd beta-lactoglobulinepreparaat met 18% water om 5 mL oplossing te bereiden met een uiteindelijke concentratie van 0.25mM aan beta-lactoglobuline?
# NucleÃ¯nezuur oplossing: A(260nm) = 0.512 en A(280nm) = 0.277
#*Bepaal de zuiverheid van het DNA. (verhouding DNA/RNA), veronderstel dat het staal proteÃ¯nevrij is.
#*Schat uit de absorbantiewaarde bij 260 nm de totale concentratie aan nucleÃ¯nezuren in Âµg/mL (let op: geen extinctie of absorbantiecoÃ«fficiÃ«nt gegeven)
# Mondeling gedeelte:
#* Stel je hebt weinig eiwit en je wil eiwitconcentratie bepalen. Welke methode gebruik je ? (Biureet/Bradford/UV-spect.) + Bespreek (reagens, ...)
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* Kd en Kav: bespreek
#* HPLC: Waarom en hoe ontgassen ?</text>

GIP

2022-05-28T14:02:08Z

R0849178: /* 25 mei 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Verplicht vak bij biochemie en keuzevak bij chemie. Sinds 2019 telt het examen voor 30% mee.
Het practicum wordt door verschillende assistenten begeleid, maar Dr. Ir. Valerie De Groote is de coordinator.
Het examen is volledig schriftelijk.

==Examenvragen==

===25 mei 2022===
#bespreek de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (tekening van plasmide wordt gegeven + ook afbeelding van de werking van het ara operon) + Hoe weten we dat de transformatie van competente E. coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon in de expressie van GFPuv + oefening zuiverheid DNA: absorbantie bij 260 en 280 nm gegeven en DNA/RNA bepalen en concentratie nucleïnezuren (er zijn geen proteïnen in het mengsel aanwezig)
#Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat (supercoiled, circulair, lineair plasmide, smear zone), welk is de positieve en de negatieve pool,...)
#3 proeven waarbij SDS gebruikt is: wat is SDS + geef kleine beschrijving van de proef en de rol van SDS hierin.
#meerkeuze met giscorrectie (-1/4 voor fout, +1 voor juist, 0 voor blanco)
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*met welk alcohol DNA neerslaan --> isopropanol
#*welke component van STET zorgt voor dodelijke water onttrekking?
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk tetrapeptide is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*waarvoor dient BSA? --> stabiliserende werking op iets
#*welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie

===19 mei 2021===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van verdunning en temperatuur beschrijven
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme en het doel.
#Er is een SDS PAGE van eiwit x (300kDa) met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice

===22 mei 2019===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pUC19 plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + wat verstaan we onder blauw/wit selectie bij klonering in het plasmide + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Buffer berekenen (Tris-HCl met pH 8.5.) + invloed van verdunning en temperatuur beschrijven
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Enzymkinetiek: verschil in absorbantie over 5 minuten gegeven, extinctiecoëfficiënt gegeven, Mr enzyme gegeven, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
#*met welk alcohol DNA neerslaan
#*STET (water onttrekking)
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk proteine is het meest negatief bij ph=7 adhv drielettercode

===23 mei 2018===
#Geef de belangrijkste kenmerken van het pGLO plasmide (adhv tekening) + hoe weten we dat de transformatie van competente E.coli cellen met dit plasmide gelukt is? + bespreek de rol van het ara operon bij de expressie van GFPuv + oefening: absorbantiedata gegeven, bepaal DNA/RNA verhouding en concentratie nucleïnezuren (ga uit dat er geen proteïnen in het mengsel aanwezig zijn)
#Wat is de molariteit van borax en HCl bij een boraxbuffer met pH=pKa-1 en I=0.1M? + Gaat de pH van deze borax buffer wijzigen bij toevoegen van KSCN onder constante temperatuur?
#Opzuivering van GFPuv vanuit bacterieel cellysaat. Bespreek hoe we dit uitgevoerd hebben, en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Tekening van plasmidegel gegeven, zonder benamingen bij, vul aan op de stippellijntjes (welke laan is getransformeerd, welk bandje is wat, welk is de positieve en de negatieve pool,...)
#Enzymkinetiek: grafiek gegeven + hele hoop data, bepaal specifieke enzyme activiteit en Kcat (dus zoals bij trypsine, maar dan zonder tussenstappen)
#Meerkeuze met giscorrectie
#*waarvoor dient BSA bij bepaalde proef
#*welk alcohol wordt gebruikt bij de precipitatie van DNA
#*welk enzyme wordt gebruikt bij een standaard PCR reactie
#*welk 4bp stukje gaat het meest waarschijnlijke een herkenningsplek zijn voor restrictie-enzymes
#*wat is géén goede eigenschap voor een primer
#*geef het meest negatieve tetrapeptide (adhv drielettercode aminozuren)
#*wat gaat er wijzigen bij een Lineweaver Burke grafiek indien een competitieve inhibitor toegevoegd wordt?
#*welke uitspraak klopt niet voor een michaelis menten grafiek?
#*welk component van de STET buffer zorgt voor dodelijke wateropname bij bacteriën?
#*proteïne is stabiel bij pH 5.5, welk bufferkoppel kies je?

===24 mei 2017===
#Bespreek het pUC19 plasmide (blue-white screening) + oefening met DNA/RNA verhouding
#Tris-HCl buffer berekenen, invloed temperatuur en verdunning
#Opzuivering GFPuv vertrekkende van bacterieel cellysaat
#Oefening enzymekinetiek: berekenen van specifieke enzyme activiteit en molaire activiteit
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat
#3 methoden om proteïnen te laten neerslaan + de zachtste methode van de 3 aanduiden
#Multiple choice
#*hoe DNA neerslaan
#*waarvoor dient BSA
#*proteine in pH 5.5, welke buffer kies je
#*iets over Michaelis-Menten
#*iets over Lineweaver-burk
#*STET (water onttrekking)
#*Primers (welke is geen goede eigenschap)
#*Restrictie-enzymen (welk fragment wordt het best herkend)
#*welk proteine is het meest negatief bij ph=7

===18 mei 2016===
#Bespreek het pGLO plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
#Opzuiveren van GFP vertrekkende van bacterieel cellysaat
#Maak een buffer met borax, HCl en NaOH met I=0,1M en pH = Pka'-1. Invloed KSCN
#Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
#oef met zeer veel gegevens om de specifieke activiteit en de moleculaire activiteit te berekenen.
#Er is een SDS PAGE van eiwit x met enkel SDS uitgevoerd. Hierbij zagen we 3 bandjes (160kDa, 100 kDa en 40 kDa). Daarna is er met hetzelfde eiwit x SDS PAGE uitgevoerd met SDS en DTT. Hierbij zagen we ook 3 bandjes (100 kDa, 80 kDa, 40 kDa). Verklaar wat er gebeurt is en uit hoeveel subeenheden eiwit x bestaat.
#3 proeven waarbij SDS gebruikt is
#Multiple choice, thema's:
#*STET (welk component zorgt voor water onttrekking)
#*Restrictie-enzymen ( welk fragment wordt het makkelijkst herkend)
#*Primers ( eigenschappen goede primers)
#*Welk proteÃ¯ne is het meest negatief bij pH 7
#*LB grafiek en MM
#*Welk alcohol werkt gebruikt voor DNA precipatie?
#*...

===21 mei 2015===
#Geef de functie van SDS in drie verschillende proeven waarin het gebruikt werd
#bespreek het pGLO-plasmide (tekening gegeven), identificatie van transformanten
#Opzuivering van GFP: welke stappen zijn er gebeurd en geef van elke stap het doel en het biochemisch werkingsmechanisme.
#Molaire en specifieke activiteit van een proteine berekenen obv absorbantiedata, analoog aan de oefening met trypsine maar je krijgt dus geen tussenstapjes
#Absorbantie bij 260 en 280 van nucleotidenmengsel gegeven, DNA/RNA-verhouding berekenen, concentraties berekenen
#Borax-HCl-buffer berekenen, invloed van KSCN
#Bandjes op een plasmidegel benoemen
#Een aantal multiple choice vraagjes met giscorrectie: thema's:
#*aminozuren (lading obv drielettercode)
#*MM-kinetica
#*STET-buffer
#*...

=== 18 mei 2009 ===
# SDS-PAGE
#* Bespreek de staalbuffer
#* Waarvoor dient het stacking gel
#* Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
# Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
# Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
# Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
# Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
# PCR: efficiÃ«ntie berekenen.
# Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleÃ¯nezuuroplossing + concentratie berekenen
# Mondeling:
#* Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiÃ«nt nodig
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* BAPA + hoe activiteit bepalen

=== 17 mei 2010 ===
# SDS-PAGE
#* Bespreek de staalbuffer
#* Waarvoor dient het stacking gel
#* Vergelijk deze methode met die van gelchromatografie. Voor- en nadelen (beperkingen)
# Geef de procedure voor het afzonderen van een plasmide (Rapid boiling method)
# Berekening Tris/HCl buffer + invloed van verdunning bespreken.
# Thioldosage: bereken aan de hand van een hoop gegevens het aantal thiolgroepen
# Gegeven het tripeptide ADY en een stukje esDNA: geef het verband
# PCR: efficiÃ«ntie berekenen.
# Bereken uit de verhouding van de absorbantie bij 260 en 280 nm de zuiverheid van een nucleÃ¯nezuuroplossing + concentratie berekenen
# Bereken welke massa van het gelyofiliseerd betalactoglobuline je moet afwegen om een bepaalde concentratie te bekomen
# Mondeling:
#* Zonale centrifugatie + waarom is er een densiteitsgradiÃ«nt nodig
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* BAPA + hoe activiteit bepalen

=== 20 mei 2010 ===
# Bespreek N-terminale AZ sequencing volgens DABITC/PITC-Methode
#*leg daarbij uit: Voordeel DABITC, Waarom koppeling bij pH 9, waarom dubbele koppeling, waarom doorbraak in watervrij midden en teken DABTH-threonine (zowel gehydrateerde als gedehydrateerde vorm)
# Bespreek het Sanger procede (alle stappen) en vergelijk met Maxam-Gilbert procede voor de DNA sequencing van wt/ob muizen
# Berekening Borax/NaOH buffer. Bereken de molariteit aan Borax en NaOH als PH=pKa'+1 en I = 0.1M
# Bepaling activiteit Trypsine. Gegevens: 2.85 mL buffer, 25ÂµL BAPA (100 Âµmol/mL), 50 ÂµL Trypsine (o.335 g/L). A(405nm) stijgt 0.300 over 5 min. ExtinctiecoÃ«fficient bij 450 nm = 9620/M.cm. Mr = 23400
#*Bereken de Specifieke en de Moleculaire enzymactiviteit
#*Welke orde heeft de hydrolysereactie tov de BAPA concentratie? Waarom?
#*Schrijf de hydrolysereactie van BAPA
# PCR: Uit 0.5 mg plasmide (5162bp) haalt men na 25 cycli 30.5 Âµg DNA (800bp). Bereken de efficiÃ«ntie.
# Bereken het partieel specifiek volume van een eiwit met volgende gegevens:
#* d(20Â°C)= 1.00239 1.00456 1.00677 1.00899
#* Bij (respectievelijke) concentraties (mg/mL): 0 10 20 30
#Eiwitbereiding
#*Hoe kan men beta-lactoglobuline afzonderen uit koemelk? Bespreek.
#*Hoeveel moet je afwegen van een gelyofiliseerd beta-lactoglobulinepreparaat met 18% water om 5 mL oplossing te bereiden met een uiteindelijke concentratie van 0.25mM aan beta-lactoglobuline?
# NucleÃ¯nezuur oplossing: A(260nm) = 0.512 en A(280nm) = 0.277
#*Bepaal de zuiverheid van het DNA. (verhouding DNA/RNA), veronderstel dat het staal proteÃ¯nevrij is.
#*Schat uit de absorbantiewaarde bij 260 nm de totale concentratie aan nucleÃ¯nezuren in Âµg/mL (let op: geen extinctie of absorbantiecoÃ«fficiÃ«nt gegeven)
# Mondeling gedeelte:
#* Stel je hebt weinig eiwit en je wil eiwitconcentratie bepalen. Welke methode gebruik je ? (Biureet/Bradford/UV-spect.) + Bespreek (reagens, ...)
#* Benedictreagens + zetmeel reducerend?
#* Ampicilline + Tetracycline
#* Kd en Kav: bespreek
#* HPLC: Waarom en hoe ontgassen ?</text>

Genetica

2022-01-28T09:36:42Z

R0849178: /* 27 januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het eerste semester 2e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.
Het examen duurt 4 uur.

==Examenvragen==

===27 januari 2022===
# Stelling: Een erfelijke genetische aandoening bij muizen kan blijvend hersteld worden door een combinatie van kruisingen en testen met merkers.
# Grafiek uit boek/ppt van verschillende grootte snavelbek van een soort vogels, figuur rechte met grootte snavelbek vogels en nakomelingen. Vul figuur aan en leg uit wat dit is.
# Sussanna haar vader lijdt aan de X-gebonden ziekte DMD. Sussana zelf is niet ziek en huwde met haar partner Jan die ook niet ziek is. Hun zoontje Steven zijn genotype is XXY en hij lijdt aan DMD. Geef schematisch weer en leg uit hoe dit kan.
#Begrippen: Proteomica, Punett diagram, recessief, recombinant DNA en proteasoom

===29 januari 2021===
#stelling: "fenotypische variatie komt bij bacteriën enkel voort uit genotypische factoren"
#Foto van evolutie bij het paard
#Driepuntskruising
#Begrippen: DNA-bindingsmotief, DNA dubbel helix, DNA ligase, DNA methylatie en DNA vingerafdruk

===22 juni 2020===
# Stelling: "transcriptie activatoreiwitten binden aan bacteriële genpromotoren"
# Foto van 32 en 64 celstadium bij in tunicaat embryo
# Heterozygoot voor 4 genen in testkruising. Welke genen zijn gekoppeld? Wat is het genotype van de heterozygoot? Teken de koppelingskaart. Gegeven verschillende nakomeling in verschillende hoeveelheden.
# Begrippen: autosomaal, conservatieve replicatie, basesubstitutie, barr lichaampje, berkenspanner.
===30 augustus 2019===
# Stelling: "Het fundamenteel verschil tussen positieve en negatieve controle van een gen is niet zo belangrijk."
# Foto van drosophila kunstmatige selectie
# Genotypes P, F1, F2 geven bij epistasie?
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Begrippen: Apoptose, codominantie, dihybride kruising, diploïd, faag

===17 juni 2019===
# Stelling: "Inversie op chromosoom 3 bij de Drosophila zorgt niet voor een genetische variatie?"
# Foto van Himalaya siamese kat
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Vraagstuk over lac operon en in welke mutanten de genen worden afgeschreven
# Begrippen: Syntenie, Telofase, Telomerase, Tautomer effect, Syndroom van Down

===14 juni 2019 NM===
#Stelling: Meiose ligt aan de basis van de variatie in het genoom.
#Foto van pre-mRNA splicing en alternatieve splicing.
#Stamboom: Welke grootouders van een vrouw hebben zeker geen invloed op haar X-chromosomen.
#Er zijn 20000 genen en 85000 proteïnen. Verklaar hoe dit kan en geef een concreet voorbeeld uit de cursus.
#Begrippen: enhancer, SNP, een-kopie gen, epigenetica, epistasie.
===11 juni 2019 VM===
#Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie.
#Foto van DNA banken
#Oefening: stambomen
#Vraagstuk: productie van Bicoid
#Begrippen: elongatie, duplicatie, eenvoudig herhaald sequenties ...

===22 juni 2018 NM===
#Stelling: Met PCR kan het doelDNA 11 keer vermeerderd worden.
#Foto van kloon contig techniek
#Oefening: mRNA uit een sjabloonDNAstreng opschrijven, amide en carboxylterminus aanduiden, overzetten in 3 AZ (ahv tabel) en aangeven of er nonsensemutaties mogelijk waren, zoja waar.
# vraagstuk: Een gen dat codeert voor huids- en haarkleur. Europeanen en aziaten hebben 13 polymorfismen met 10 niet-synoniem. Afrikanen hebben er 5 met geen niet-synoniem. Verklaar de variatie tussen afrikanen en niet afrikanen.
#Begrippen: replicatie, ras, recombinant DNA,...

===28 juni 2018 voormiddag===
#Juist of onjuist: Splitsing voegt intronen samen en dit gebeurt enkel bij prokaryoten. (Elk woord uitleggen)
#Figuur van uit het boek mbt embryo's waarvan de staartcellen naar het hoofd worden getransplanteerd en bij de ene figuur de straartcellen gewoon hoofdcellen worden in het hoofd en bij de andere figuur tot staartcellen in het hoofd differentiëren. (Determinatie uitleggen dus)
#Oefening met een stamboom. a) Bepaal de manier van overerving. b) Kruising uitvoeren tussen allemaal neven en nichten van die stamboom
#Oefening op driepuntskruising
#Leg uit in elk max 30 woorden: SCNT, seksuele voortplanting, synaptonemaal complex, startcodon

===27 juni 2018 namiddag===
#Stelling: Enkel meiose is verantwoordelijk voor genetische variatie.
#Foto van het laden van tRNA.
#Stamboomanalyse
#Beargumenteer: eigen mening over een stelling geven.
#genomica, genotype...

===27 juni 2018 voormiddag===
#Bespreek de (on)waarheid van volgende stelling en bespreek elk element: bij het onderzoeken of 2 bacteriën tot dezelfde soort behoren, is het een goede eerste stap om te kijken naar een stukje DNA met een hoge mutatiesnelheid.
#Afbeelding gegeven van een algemeen operon. Geef uitleg en benoem de aangeduide delen
#Stamboomvraag: onderzoeken hoe de overerving wordt doorgegeven (autosomaal/X-of Y-gebonden; recessief/dominant), genotypes uitzoeken van zo veel mogelijk mensen en nog 1 klein vraagje
#Driepuntskruisingsvraag: Leg de cijfers uit. Bereken de afstand en volgorde.
#5 termen: Homeodomein, Heterochromatine, Helix-draai-helix motief en nog 2 andere

===25 JUNI 2018===
#Maternale effectie bij embryonale ontwikkeling en hoe fenotype beïnvloed (met bicoid, nanos, dorsal....)
#Figuur over beklengte vinken ifv vochtigheid (evolutie, overerfbaarheid...)
#oefening genotype bepalen en allel op autosomen/geslachtchromosomen + uitleg
#3 puntkruising
#woordjes: Centraal dogma, buideldier, chromosoom, celdeling en nog 1

===19 juni 2018 NM===
#Stelling: pre-mRNA-processing enzymen omvatten excision herstel enzymen.
#Foto van homologe structuren
#Oefening: stamboom gegeven waarbij een genetisch erfelijk tandziekte is. Aan de hand van de stamboom hypothese geven (kenmerk dominant, recesief, geslachtsgebonden) en hiervoor de stamboom in genotypes schrijven.
#Er zijn 2 genen uit een homeo box, met een mutantexperiment onderzoeken welke van de twee de andere reguleert. Gegevens experiment waren gegeven.
#Begrippen: Replisoom, represor, restrictie endonuclease, restrictieplaats, reverse transcriptase.

===18 juni 2018 NM===
#Stelling: "STS, sequenced tagged sites, hebben bijgedragen aan het bestuderen van het genoom op microscopisch niveau"
#Geef uitleg bij de figuur: een tekening van DNA.
#Oefening met stamboom van een zeldzame erfelijke ziekte. Is het een X-gebonden recessieve afwijking of een autosomaal gebonden allel dat alleen bij mannen tot uiting komt. Geef het genotype van generatie 5 voor beide gevallen.
#Vage vraag over welke nucleotide substituties niet konden worden waargenomen via elektroforetische studies.
#Begrippen: dominant, domesticatie, DNA-vingerafdruk, doseringscompensatie en DNA-supercoiling

===18 juni 2018 VM===
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)

===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Genetica

2022-01-28T09:31:48Z

R0849178: /* 27 januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het eerste semester 2e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.
Het examen duurt 4 uur.

==Examenvragen==

===27 januari 2022===
# Stelling: Een erfelijke genetische aandoening bij muizen kan blijvend hersteld worden door een combinatie van kruisingen en testen met merkers.
# Grafiek uit boek/ppt van verschillende grootte snavelbek van een soort vogels, figuur rechte met grootte snavelbek vogels en nakomelingen. Vul figuur aan en leg uit wat dit is.
# Sussanna haar vader lijdt aan de X-gebonden ziekte DMD. Sussana zelf is niet ziek en huwde met haar partner Jan die ook niet ziek is. Hun zoontje Steven zijn genotype is XXY en hij lijdt aan DMD. Geef schematisch weer en leg uit hoe dit kan.
#Begrippen: Proteomica, Punett diagram, recessief, recombinant DNA en ?

===29 januari 2021===
#stelling: "fenotypische variatie komt bij bacteriën enkel voort uit genotypische factoren"
#Foto van evolutie bij het paard
#Driepuntskruising
#Begrippen: DNA-bindingsmotief, DNA dubbel helix, DNA ligase, DNA methylatie en DNA vingerafdruk

===22 juni 2020===
# Stelling: "transcriptie activatoreiwitten binden aan bacteriële genpromotoren"
# Foto van 32 en 64 celstadium bij in tunicaat embryo
# Heterozygoot voor 4 genen in testkruising. Welke genen zijn gekoppeld? Wat is het genotype van de heterozygoot? Teken de koppelingskaart. Gegeven verschillende nakomeling in verschillende hoeveelheden.
# Begrippen: autosomaal, conservatieve replicatie, basesubstitutie, barr lichaampje, berkenspanner.
===30 augustus 2019===
# Stelling: "Het fundamenteel verschil tussen positieve en negatieve controle van een gen is niet zo belangrijk."
# Foto van drosophila kunstmatige selectie
# Genotypes P, F1, F2 geven bij epistasie?
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Begrippen: Apoptose, codominantie, dihybride kruising, diploïd, faag

===17 juni 2019===
# Stelling: "Inversie op chromosoom 3 bij de Drosophila zorgt niet voor een genetische variatie?"
# Foto van Himalaya siamese kat
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Vraagstuk over lac operon en in welke mutanten de genen worden afgeschreven
# Begrippen: Syntenie, Telofase, Telomerase, Tautomer effect, Syndroom van Down

===14 juni 2019 NM===
#Stelling: Meiose ligt aan de basis van de variatie in het genoom.
#Foto van pre-mRNA splicing en alternatieve splicing.
#Stamboom: Welke grootouders van een vrouw hebben zeker geen invloed op haar X-chromosomen.
#Er zijn 20000 genen en 85000 proteïnen. Verklaar hoe dit kan en geef een concreet voorbeeld uit de cursus.
#Begrippen: enhancer, SNP, een-kopie gen, epigenetica, epistasie.
===11 juni 2019 VM===
#Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie.
#Foto van DNA banken
#Oefening: stambomen
#Vraagstuk: productie van Bicoid
#Begrippen: elongatie, duplicatie, eenvoudig herhaald sequenties ...

===22 juni 2018 NM===
#Stelling: Met PCR kan het doelDNA 11 keer vermeerderd worden.
#Foto van kloon contig techniek
#Oefening: mRNA uit een sjabloonDNAstreng opschrijven, amide en carboxylterminus aanduiden, overzetten in 3 AZ (ahv tabel) en aangeven of er nonsensemutaties mogelijk waren, zoja waar.
# vraagstuk: Een gen dat codeert voor huids- en haarkleur. Europeanen en aziaten hebben 13 polymorfismen met 10 niet-synoniem. Afrikanen hebben er 5 met geen niet-synoniem. Verklaar de variatie tussen afrikanen en niet afrikanen.
#Begrippen: replicatie, ras, recombinant DNA,...

===28 juni 2018 voormiddag===
#Juist of onjuist: Splitsing voegt intronen samen en dit gebeurt enkel bij prokaryoten. (Elk woord uitleggen)
#Figuur van uit het boek mbt embryo's waarvan de staartcellen naar het hoofd worden getransplanteerd en bij de ene figuur de straartcellen gewoon hoofdcellen worden in het hoofd en bij de andere figuur tot staartcellen in het hoofd differentiëren. (Determinatie uitleggen dus)
#Oefening met een stamboom. a) Bepaal de manier van overerving. b) Kruising uitvoeren tussen allemaal neven en nichten van die stamboom
#Oefening op driepuntskruising
#Leg uit in elk max 30 woorden: SCNT, seksuele voortplanting, synaptonemaal complex, startcodon

===27 juni 2018 namiddag===
#Stelling: Enkel meiose is verantwoordelijk voor genetische variatie.
#Foto van het laden van tRNA.
#Stamboomanalyse
#Beargumenteer: eigen mening over een stelling geven.
#genomica, genotype...

===27 juni 2018 voormiddag===
#Bespreek de (on)waarheid van volgende stelling en bespreek elk element: bij het onderzoeken of 2 bacteriën tot dezelfde soort behoren, is het een goede eerste stap om te kijken naar een stukje DNA met een hoge mutatiesnelheid.
#Afbeelding gegeven van een algemeen operon. Geef uitleg en benoem de aangeduide delen
#Stamboomvraag: onderzoeken hoe de overerving wordt doorgegeven (autosomaal/X-of Y-gebonden; recessief/dominant), genotypes uitzoeken van zo veel mogelijk mensen en nog 1 klein vraagje
#Driepuntskruisingsvraag: Leg de cijfers uit. Bereken de afstand en volgorde.
#5 termen: Homeodomein, Heterochromatine, Helix-draai-helix motief en nog 2 andere

===25 JUNI 2018===
#Maternale effectie bij embryonale ontwikkeling en hoe fenotype beïnvloed (met bicoid, nanos, dorsal....)
#Figuur over beklengte vinken ifv vochtigheid (evolutie, overerfbaarheid...)
#oefening genotype bepalen en allel op autosomen/geslachtchromosomen + uitleg
#3 puntkruising
#woordjes: Centraal dogma, buideldier, chromosoom, celdeling en nog 1

===19 juni 2018 NM===
#Stelling: pre-mRNA-processing enzymen omvatten excision herstel enzymen.
#Foto van homologe structuren
#Oefening: stamboom gegeven waarbij een genetisch erfelijk tandziekte is. Aan de hand van de stamboom hypothese geven (kenmerk dominant, recesief, geslachtsgebonden) en hiervoor de stamboom in genotypes schrijven.
#Er zijn 2 genen uit een homeo box, met een mutantexperiment onderzoeken welke van de twee de andere reguleert. Gegevens experiment waren gegeven.
#Begrippen: Replisoom, represor, restrictie endonuclease, restrictieplaats, reverse transcriptase.

===18 juni 2018 NM===
#Stelling: "STS, sequenced tagged sites, hebben bijgedragen aan het bestuderen van het genoom op microscopisch niveau"
#Geef uitleg bij de figuur: een tekening van DNA.
#Oefening met stamboom van een zeldzame erfelijke ziekte. Is het een X-gebonden recessieve afwijking of een autosomaal gebonden allel dat alleen bij mannen tot uiting komt. Geef het genotype van generatie 5 voor beide gevallen.
#Vage vraag over welke nucleotide substituties niet konden worden waargenomen via elektroforetische studies.
#Begrippen: dominant, domesticatie, DNA-vingerafdruk, doseringscompensatie en DNA-supercoiling

===18 juni 2018 VM===
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)

===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Genetica

2022-01-28T09:31:27Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak van het eerste semester 2e jaar biochemie en biologie. Ook tweedejaars chemisten en geologen kunnen hier zitten.
Gedoceerd door Prof. Filip Volckaert.
Het examen duurt 4 uur.

==Examenvragen==

===27 januari 2022===
# Stelling: Een erfelijke genetische aandoening bij muizen kan blijvend hersteld worden door een combinatie van kruisingen en testen met merkers.
# Grafiek uit boek/ppt van verschillende grote snavelbek van een soort vogels, figuur rechte met grootte snavelbek vogels en nakomelingen. Vul figuur aan en leg uit wat dit is.
# Sussanna haar vader lijdt aan de X-gebonden ziekte DMD. Sussana zelf is niet ziek en huwde met haar partner Jan die ook niet ziek is. Hun zoontje Steven zijn genotype is XXY en hij lijdt aan DMD. Geef schematisch weer en leg uit hoe dit kan.
#Begrippen: Proteomica, Punett diagram, recessief, recombinant DNA en ?

===29 januari 2021===
#stelling: "fenotypische variatie komt bij bacteriën enkel voort uit genotypische factoren"
#Foto van evolutie bij het paard
#Driepuntskruising
#Begrippen: DNA-bindingsmotief, DNA dubbel helix, DNA ligase, DNA methylatie en DNA vingerafdruk

===22 juni 2020===
# Stelling: "transcriptie activatoreiwitten binden aan bacteriële genpromotoren"
# Foto van 32 en 64 celstadium bij in tunicaat embryo
# Heterozygoot voor 4 genen in testkruising. Welke genen zijn gekoppeld? Wat is het genotype van de heterozygoot? Teken de koppelingskaart. Gegeven verschillende nakomeling in verschillende hoeveelheden.
# Begrippen: autosomaal, conservatieve replicatie, basesubstitutie, barr lichaampje, berkenspanner.
===30 augustus 2019===
# Stelling: "Het fundamenteel verschil tussen positieve en negatieve controle van een gen is niet zo belangrijk."
# Foto van drosophila kunstmatige selectie
# Genotypes P, F1, F2 geven bij epistasie?
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Begrippen: Apoptose, codominantie, dihybride kruising, diploïd, faag

===17 juni 2019===
# Stelling: "Inversie op chromosoom 3 bij de Drosophila zorgt niet voor een genetische variatie?"
# Foto van Himalaya siamese kat
# Recombinatie frequentie en stamboom voor een 3puntskruising
# Vraagstuk over lac operon en in welke mutanten de genen worden afgeschreven
# Begrippen: Syntenie, Telofase, Telomerase, Tautomer effect, Syndroom van Down

===14 juni 2019 NM===
#Stelling: Meiose ligt aan de basis van de variatie in het genoom.
#Foto van pre-mRNA splicing en alternatieve splicing.
#Stamboom: Welke grootouders van een vrouw hebben zeker geen invloed op haar X-chromosomen.
#Er zijn 20000 genen en 85000 proteïnen. Verklaar hoe dit kan en geef een concreet voorbeeld uit de cursus.
#Begrippen: enhancer, SNP, een-kopie gen, epigenetica, epistasie.
===11 juni 2019 VM===
#Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie.
#Foto van DNA banken
#Oefening: stambomen
#Vraagstuk: productie van Bicoid
#Begrippen: elongatie, duplicatie, eenvoudig herhaald sequenties ...

===22 juni 2018 NM===
#Stelling: Met PCR kan het doelDNA 11 keer vermeerderd worden.
#Foto van kloon contig techniek
#Oefening: mRNA uit een sjabloonDNAstreng opschrijven, amide en carboxylterminus aanduiden, overzetten in 3 AZ (ahv tabel) en aangeven of er nonsensemutaties mogelijk waren, zoja waar.
# vraagstuk: Een gen dat codeert voor huids- en haarkleur. Europeanen en aziaten hebben 13 polymorfismen met 10 niet-synoniem. Afrikanen hebben er 5 met geen niet-synoniem. Verklaar de variatie tussen afrikanen en niet afrikanen.
#Begrippen: replicatie, ras, recombinant DNA,...

===28 juni 2018 voormiddag===
#Juist of onjuist: Splitsing voegt intronen samen en dit gebeurt enkel bij prokaryoten. (Elk woord uitleggen)
#Figuur van uit het boek mbt embryo's waarvan de staartcellen naar het hoofd worden getransplanteerd en bij de ene figuur de straartcellen gewoon hoofdcellen worden in het hoofd en bij de andere figuur tot staartcellen in het hoofd differentiëren. (Determinatie uitleggen dus)
#Oefening met een stamboom. a) Bepaal de manier van overerving. b) Kruising uitvoeren tussen allemaal neven en nichten van die stamboom
#Oefening op driepuntskruising
#Leg uit in elk max 30 woorden: SCNT, seksuele voortplanting, synaptonemaal complex, startcodon

===27 juni 2018 namiddag===
#Stelling: Enkel meiose is verantwoordelijk voor genetische variatie.
#Foto van het laden van tRNA.
#Stamboomanalyse
#Beargumenteer: eigen mening over een stelling geven.
#genomica, genotype...

===27 juni 2018 voormiddag===
#Bespreek de (on)waarheid van volgende stelling en bespreek elk element: bij het onderzoeken of 2 bacteriën tot dezelfde soort behoren, is het een goede eerste stap om te kijken naar een stukje DNA met een hoge mutatiesnelheid.
#Afbeelding gegeven van een algemeen operon. Geef uitleg en benoem de aangeduide delen
#Stamboomvraag: onderzoeken hoe de overerving wordt doorgegeven (autosomaal/X-of Y-gebonden; recessief/dominant), genotypes uitzoeken van zo veel mogelijk mensen en nog 1 klein vraagje
#Driepuntskruisingsvraag: Leg de cijfers uit. Bereken de afstand en volgorde.
#5 termen: Homeodomein, Heterochromatine, Helix-draai-helix motief en nog 2 andere

===25 JUNI 2018===
#Maternale effectie bij embryonale ontwikkeling en hoe fenotype beïnvloed (met bicoid, nanos, dorsal....)
#Figuur over beklengte vinken ifv vochtigheid (evolutie, overerfbaarheid...)
#oefening genotype bepalen en allel op autosomen/geslachtchromosomen + uitleg
#3 puntkruising
#woordjes: Centraal dogma, buideldier, chromosoom, celdeling en nog 1

===19 juni 2018 NM===
#Stelling: pre-mRNA-processing enzymen omvatten excision herstel enzymen.
#Foto van homologe structuren
#Oefening: stamboom gegeven waarbij een genetisch erfelijk tandziekte is. Aan de hand van de stamboom hypothese geven (kenmerk dominant, recesief, geslachtsgebonden) en hiervoor de stamboom in genotypes schrijven.
#Er zijn 2 genen uit een homeo box, met een mutantexperiment onderzoeken welke van de twee de andere reguleert. Gegevens experiment waren gegeven.
#Begrippen: Replisoom, represor, restrictie endonuclease, restrictieplaats, reverse transcriptase.

===18 juni 2018 NM===
#Stelling: "STS, sequenced tagged sites, hebben bijgedragen aan het bestuderen van het genoom op microscopisch niveau"
#Geef uitleg bij de figuur: een tekening van DNA.
#Oefening met stamboom van een zeldzame erfelijke ziekte. Is het een X-gebonden recessieve afwijking of een autosomaal gebonden allel dat alleen bij mannen tot uiting komt. Geef het genotype van generatie 5 voor beide gevallen.
#Vage vraag over welke nucleotide substituties niet konden worden waargenomen via elektroforetische studies.
#Begrippen: dominant, domesticatie, DNA-vingerafdruk, doseringscompensatie en DNA-supercoiling

===18 juni 2018 VM===
#Stelling: "Evolutie heeft ervoor gezorgd dat organismen structuren hebben die perfect werken, zoals bijvoorbeeld het oog bij vertebraten"
#Tekening over epistasie, afbeelding van kruising witte varianten mais wat witte en paarse F2 oplevert.
#Oefening over overerving waarbij gegeven wordt dat er twee genen coderen voor de oogkleur en dat men twee heterozygote organismen voor beide genen gaat kruisen. Het fenotype dat deze beide organismen hebben is rood. Vervolgens wordt het fenotype van de nakomelingen gegeven en moet je verklaren hoe het kan dat deze fenotypen ontstaan. + verklaren waarom de term 'nieuw fenotype' bij deze nakomelingen gebruikt kan worden
#Oefening over het lac operon waar je een tabel moet aanvullen met +'jes en -'etjes
#Begrippen: chromatine, chromatide, chloroplast (en nog twee dingen die beginnen met ch)

===15 juni 2018 NM===
#stelling:'Vrouwelijkheid, groei en gedrag zijn genetische kenmerken bij een bacterie.'
#foto van gelelectroforese
#Kruising met 4 fenotypes en 4 verschillende kruisingen gegeven
#Een kader gegeven met info over aantal basenparen, genen, interons... Vragen over hoeveel interons er gemiddeld per gen waren enzo. Uitleg geven over genen die niet voor een eiwit coderen.
#begrippen: transcriptiebel, transcriptiefactor, torsiespanning, terminatie en totipotent

===15 juni 2018 vm===
#stelling:'Is de rol van meiose bij een gist, Neurospora en een plant (Arabidopsis) identiek?
#tekening van een nucleosoom
#vraagstuk: Steven heeft spierziekte van Duchenne (recessieve X-gekoppelde aandoening) en heeft als geslachtschromosomen XXY. Susanne (moeder van Steven) heeft de ziekte niet en haar man ook niet. Vader van Susanna had de ziekte wel. Verklaar waarom Steven beide aandoeningen heeft
#vraagstuk: Een vraagstuk over een stof die RNA-productie blokkeert, maar toch kan een embryo de eerste 6 uur delen. Maar als deze stof na 6 uur wordt weggenomen, kan de gastrulatie niet plaatsvinden. Wat kan je besluiten over de genexpressie?
#begrippen: wederkerige kruising, achterliggende streng, x-stralen diffractie, zink vinger motief en wiebelparing

===5 september 2017 vm===
# stelling 'waterstofbruggen tussen nucleotiden hebben invloed op de structuur van DNA'
# tekening over stamboom van het oerpaard tot het huidig paard; leg de tekening uit (evolutie)
# kruising: parentale en F1 generatie gegeven, met frequentie. Welke stelling is juist. (hij wou niet zeggen als er meerdere antwoorden juist waren)
# bespreek 2 methoden voor DNA sequentie bepaling en geef de voor- en nadelen ervan.
# begrippen: polygene overerving, polymerase kettingractie, profase, poly-A-staart

===23 juni 2017 nm===
#stelling "de celdelingen bij een embryo duren veel langer dan die bij een volwassen organisme"
#tekening van een haai, tonijn, ichtyosaurus, en dolfijn
#oefening met intermediaire overerving waarbij allelfrequentie gegeven was, en een populatie naar een gebied verplaatst wordt met andere fitnessvoorwaarden -> nieuwe allelfrequentie bepalen
#oefening met 4 (ja vier) puntskruising, bepaal welke genen gekoppeld zijn + genotype van heterozygote ouder + koppelingskaart
#begrippen uitleggen: amniocentese, anafase, aneuploïd, anticodon, apoptose
===19 juni 2017 vm===
#stelling "koppelingskaarten geven goed de afstand weer" juist/fout
#tekening van DNA-replicatie aanvullen
#oefening dihybride kruising
#uitleg 'chimeren'; denkvraag over toepassing
#begrippen uitleggen: promotor, proteasoom, proteomica, prokaryoot, Punnett-vierkant
=== 16 juni 2017 ===
# stelling over meiose en mitose
# tekening van trp operon
# oefening van overkruising, x-gebonden allelen
# hunchback, antennepedia (?) en engrailed bij drosophilia, waar denk je aan en waarin verschillen ze
# operon, openleesraam, pleiotropie, overkruising en gap genes
=== juni 2016===
#foto plasmide
#hoeveelheid enkelstrengig en dubbelstrengig DNA bepalen
#weet rest neit meer (pfff zwak)
=== juni 2015 ===
# Kan genetische clonering helpen in de veredeling van planten?
# Een foto van een Himalaya kat
# Een hele moeilijke oefening over de afstanden op chromosomen
# Een diploÃ¯de cel heeft 16 chromosomen, hoeveel zijn dit er na de metafase van meiose I? En hoeveel na de anafase? Teken de anafase.
# Begrippen waaronder codon, conservatief, replicate,...
=== 17 juni 2014 ===
#DNA banken zijn uitermate geschikt om het genoom te onderzoeken
#Tekening verklaren (epistasie : maiskolf die paars kleurde door 2 enzymen)
#Oefening stamboom maken+ chromosomen uitleggen (klinefeltersyndroom)
#Oefening op mitose/meiose
#repressor, regulatorisch eiwit, replicatie, replisoom en restrictie endonulease

===16 juni 2014 namiddag===
#Stelling: meiose heeft dezelfde rol in de levencycli van een bacterie, Neurospora en Arabidopsis.
#Tekeningetje van Translatie-initiatie
#Oef over het Lac-operon
#Een origineel peptide en een gemuteerd (1deletie en 1 insertie) Bepaal de base in weg en erbij is, en bepaal de mRNA sequentie van beide.
#Woordjes: domesticatie, ras, homologe structuren, morfogenese

===16 juni 2014 voormiddag ===
#stelling: Neaderthalers hebben geen sexueel contact gehad met de moderne mens
#foto van nucleosome die verschuift op dna streng (pg 317)
#oefening over driepuntskruising
#oefening openleesraam zoeken en bijhorende polypeptide
#woordjes: translocatie, tRNA, transciptoom, transcriptieplaats

=== 13 Juni 2013 NM===
# Stelling: Genetische kaarten zijn hetzelfde als fysieke kaarten van het genoom.
# Foto van een 3D-tRNA molecule: bespreek de figuur
# Vraagstuk over recombinante genen en de allelpositie bepalen aan de hand van hoeveel vliegen van een bepaalde recombinant er zijn.
# Vraagstuk over een zeldzame ziekte met stamboom: enkele kansberekeningen etc.
# Woordjes: Deletie, Excisie-reparatie-resynthese, DNA bindingsdomein, Cytokinese

=== 13 Juni 2013 VM===
#Vergelijken van Meiose II met mitose. Heel goed de nadruk leggen op het verschil in functie
#tryptofaan operon
#Zo een oefeningetje met Lac-operon zoals op de taak
#Nog een oefeningetje op een X-gebonden recessieve ziekte (niet moeilijk)
#wat begrippen verklaren
Prof helpt u goed op weg als ge het niet weet

=== 10 Juni 2013 VM===
# Stelling: Het niet-nucleale genoom is identiek voor planten en dieren.
# Karyogram van iemand met trisomie 21 (syndroom van Down). Bespreek.
# Vraagstuk: a)De kans op een meisje is 0.5, hoe groot is dan de kans dat een gezin van 4 kinderen bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. b) De eigenlijke kans op een meisje is 0.49, hoe groot is nu de kans dat een gezin bestaat uit 3 meisjes en 1 jongen. c) Hoe groot is de kans als het eerste kind een jongen is en de 3 andere meisjes.
# Gegeven: DNA-sequentie en 2 mutaties op deze sequentie. a)Geef de aminozuursequentie gecodeerd door het DNA. b) Benoem de mutaties.
# 5 begrippen:
#* Alternatieve splitsing
#* Barr-lichaampje
#* Aminoacyl-tRNA synthetase
#* Apoptose
#* Basesubstitutie

===31 JAN 2012 VM===
# Stelling: TATA-box is een transcriptiefactor die een rol speelt bij de selectie van de juiste startplaats bij eukaryoten bij de transcriptie door RNA polymerase II.
# Cirkelvormig tekeningetje van de celcyclus (zo van G1, G2, S, M maar dan zonder de letters). Bespreek.
# Vraagstuk: kaart+afstanden van genen op het chromosoom bepalen a.h.v tabelletje met de fenotypes van de nakomelingen.
# Bepalen of genen in HWE staan a.h.v chiÂ².
# polyploÃ¯d, polyteen chromosoom, segment-polariteit gen, selectie, semisteriliteit, stamboomanalyse, standaardafwijking, stukuitwisseling en subeenheid.

===20 JAN 2011 VM===
# Stelling: Enkel diploÃ¯de genetische informatie is overerfbaar.
# Bespreek: figuur 12-10 a en b (afbeelding van de hox-genen bij een muis op de 4 chromosomen en de expressie ervan tijdens de ontwikkeling)
# Oefening over chromosoomtransformaties: je kreeg het oorspronkelijk chromosoom 123.456789 en moest dan de transformaties benoemen en de oorspronkelijke chromosomen in synaps tekenen om te laten zien wat er gebeurd is.
# Moeilijke oefening over een experiment mbt facetogen bij Drosophila ifv de temperatuur(2 genotypes). De genetische variantie en de fenotypische verdeling worden geschat. Je moest bij 4 experimentele situaties 'paren van reactie-normen' tekenen die horen bij de 2 genotypes. Een experimentele vaststelling was bijvoorbeeld: 'wanneer de erfelijkheid verhoogde, verlaagde de genetische variantie' of 'bij het verlagen van de variantie van de temperatuur ging de unimodale verdeling van het fenotype over in een bimodale verdeling' ...
# Begrippen:
#* weifelaar
#* X-chromosoom
#* X-koppeling
#* ...

===21 JAN 2010===
# Stelling: de waterstofbruggen gevormd door nucleotiden hebben geen invloed op de structuur van DNA.
# Afbeelding van het gal-systeem bij gist. (Gal4 bespreken, enhancing, UAR's, beetje eukaryote transcriptie-initiatie,...)
# Oefening van staartlengte bij varkentjes. Eentje heeft een lengte van 6cm, de andere van 30cm, en de nakomeling een van 18cm. Voor de F2-generatie 1/64 met staart van 6cm, en 1/64 met een staart van 30cm, en daartussen worden de lengtes 10,14,18,22,26 waargenomen, met het meeste nakomeling een staart van 18cm. En daar een aantal vragen over, die voortbouwen op "van hoeveel genen hangt de staartlengte af".
# Een welhaast analoge oefening van 5 soorten tarwe (wit, lichtrood, half rood, half donkerrood, donkerrrood).
# Begrippen:
#* Enhanceosoom
#* Epigenetisch stilleggen of "silencing"
#* Epistasie
#* Epigenetische merker
#* Erfelijkheid in de ruime zin
#* Homeologe chromosomen
#* Homoloog chromosoom
#* Homologie-afhankelijk herstel
#* Homogametisch geslacht
#* en nog 1...

===20 JAN 2010===
# Wat gebeurt er met RNA nadat het is afgeschreven van DNA dankzij RNA polymerase. Is er een verschil tussen pro en eukaryoten.
# foto van menselijk genoom. Beschrijf wat je ziet.
# makkelijk vraagstuk over autosomaal resessieve aandoening
# Ne moeilijke over Hardy-Weinberg.
# Begrippen.
#* heterozygon
#* hetersis
#* Hfr
#* hexaploid
#* polypoide

===19 JAN 2010===
# stelling: Bicoid eiwit heeft een invloed op de paarrolgenen
# fig 11.2
# oefening op allelfrequentie bij een gegeven populatie met fenotypes van bloedgroepen
# chiÂ²-oefening met hypothesetest, p-waarde,...
# woordjes:
#* genconversie
#* topoisomerase
#* inversielussen
#* homozygoot inversie
#* kandidaatgen
#* tetraploÃ¯d
#* tetrade
#* nog drie andere...

===18 JAN 2010===
Mondeling:
# Figuur van het fragiel-X syndroom
# de evolutie van genen gaat aan constante snelheid en houdt geen rekening met de gedegenereerde code..
Schriftelijk:
# een stamboom
# vraag over HÂ² en hÂ²
# pak definities

===JAN 2010===
Mondeling:
# Gaat genevolutie met een constante snelheid? (zonder rekening te houden met gedegenereerde codes)
# tekening van fragile X syndroom
Schriftelijk:
# Oefening met een stamboom
# een oefening op erfelijkheid
# hele hoop begrippen waar bijna allemaal gen of genetisch in voor kwamen....

===JAN 2009===
Mondeling:
# Stelling: Klinefelter-,turner- en downsyndroom zijn het gevolg van foute recombinatie
# Figuur bespreken: fig 10-4 in boek
# Juist of fout: de meiose speelt dezelfde rol in de levenscyclus van een bacterie, neurospora en een plant
Schriftelijk:
# Een ziekte, veroorzaakt door een mutatie op het 7de chromosoom vetoont bij de mensen met deze ziekte ernstige botafwijkingen in het gelaat. Beschouw de volgende waarnemingen en trek bij elke een conclusie:
a. 75% van de mannen , cariotype 23 vertoont bij deze afwijking ernstige tekenen van het andere geslacht
b. Vrouwen , heterozygoot voor deze ziekte vertonen geen afwijkingen
c. Het ziektegen vertoont 75% gemeenschappelijkheid met een gend dat ligt op het X chromosoom en bepalend is voor de ontwikkeling van de vrouwelijke geslachtskenmerken.
# Woordjes

===29 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: operons hebben enkel negatieve regulatie.
# Figuur: 8.4 boek, over transcriptie algemeen
Schriftelijk:
# In 1931 vond Stern twee verschillende translocaties in drosophila. Hij ontdekte vrouwtjes met een extra stuk van het Y-chromosoom op hun X-chromosoom en andere vrouwtjes met een extra stuk chromosoom IV op hun X. Hij bestudeerde twee geslachtsgekoppelde genen: vleeskleurig (vle recessief) en staafvormig (St dominant). We kruisen dihybride staafvormige vrouwtjes met heteromorfe chromosomen (mutante allelen gelegen op X stuk van X-IV) met hemizygote vleeskleurige mannetjes met normale chromosomen. Teken de cytogenetische resultaten en beschrijf de genotypes/fenotypes van de nakomelingen.
# Een fruitvlieg is heterozygoot voor een paracentrische inversie. Na vele pogingen bleek het onmogelijk homozygoten voor de inversie te kweken. Wat is de meest waarschijnlijke verklaring hiervoor?
# Woordjes: A-plaats, cosupressie, dna-transposon, enol, epigenetische overerving, interferentie, klinefeltersyndroom, oncogen, plaque, silencer

===28 JAN 2008===
Mondeling:
# Stelling: Transcriptie en replicatie zijn genetisch gelijkaardige processen.
# Figuur 9-11 uitleggen (figuur over ribosomen).
Schriftelijk:
# Een oefening op recombinanten waarbij je moest zeggen of de genen gekoppeld waren en de kaartafstanden moest weergeven op een kaart. Ook moest je de genotypes van de ouders geven.
# Je kreeg zo'n tabelleke zoals bij lac operon en je moest zelf de + en - aanvullen.
# 10 woordjes: provirus, penetrantie, proto-oncogen, epigenetisch stilgelegd, F-, enzovoort

Moleculaire Biologie

2022-01-25T10:41:03Z

R0849178: /* 25 januari 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2020)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20) ← Prof F. Volckaert zijn vraag
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

==Examenvragen==

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Moleculaire Biologie

2022-01-25T10:37:17Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2020)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20) ← Prof F. Volckaert zijn vraag
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

==Examenvragen==

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Analytische Biochemie

2022-01-22T15:39:43Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Leg uit wat 'iso-elektrisch punt' betekent.

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2022-01-22T14:23:25Z

R0849178: /* Oefeningen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Wat is het 'iso-elektrisch punt'?

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2022-01-22T14:22:48Z

R0849178: /* Schriftelijk (CORONA) */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Wat is het 'iso-elektrisch punt'?

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#*Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2022-01-22T14:22:26Z

R0849178: /* Schriftelijk (CORONA) */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).
2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Wat is het 'iso-elektrisch punt'?

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#*Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2022-01-22T14:22:13Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).
2. Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Wat is het 'iso-elektrisch punt'?

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#*Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Microbiologie

2022-01-18T08:36:03Z

R0849178: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Mondeling examen. Practicum wordt geëvalueerd via een examen practicumsessie.

==Examenvragen==

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun Z007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.