
<?xml version="1.0"?>
<feed xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xml:lang="nl">
	<id>https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=R0852347</id>
	<title>Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]</title>
	<link rel="self" type="application/atom+xml" href="https://wiki.chemika.be/api.php?action=feedcontributions&amp;feedformat=atom&amp;user=R0852347"/>
	<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Speciaal:Bijdragen/R0852347"/>
	<updated>2026-07-28T08:21:48Z</updated>
	<subtitle>Gebruikersbijdragen</subtitle>
	<generator>MediaWiki 1.43.0</generator>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4416</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4416"/>
		<updated>2025-01-19T10:14:17Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 10 Januari 2025 AM */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporozoite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
Cools and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
#Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
#After quality control , scRNAseq can be analyzed in different ways. Please describe some of the methods typically used to assess differences between 2 conditions by scRNAseq.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
#Explain artemisin, what is the difference with derivatives, how can resistance occur and how to combat resistance?&lt;br /&gt;
#Develop a vaccine against specific saccharide of T. Cruzi. Which vaccine do you use, how to adapt it, what process is used and how can T. cruzi acquire resistance?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools and Van den Steen were present for the oral exam&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4415</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4415"/>
		<updated>2025-01-19T10:13:33Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 16 Januari 2025 PM */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporozoite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
Cools and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
#Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
#After quality control , scRNAseq can be analyzed in different ways. Please describe some of the methods typically used to assess differences between 2 conditions by scRNAseq.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
#Explain artemisin, what is the difference with derivatives, how can resistance occur and how to combat resistance?&lt;br /&gt;
#Develop a vaccine against specific saccharide of T. Cruzi. Which vaccine do you use, how to adapt it, what process is used and how can T. cruzi acquire resistance?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4414</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4414"/>
		<updated>2025-01-19T10:13:06Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Exam questions */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Given by Philippe Van den Steen, Diether Lambrechts and Jan Cools. Each professor gave 4 classes. Each part has the same weight on the exam and one part is oral with written preparation. At the end of each chapter of the classes of professor Lambrechts are possible exam questions (questions are guaranteed to be from that list). This is a subject from the faculty of bioscience engineering. (2024-2025)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/I0I27AE.htm#activetab=doelstellingen_idp1519328&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===17 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Van Den Steen and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How can there be resistance against CAR T cell therapy? How can we improve the CAR T cell therapy to prevent resistance?&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* Effect deamination on mutations&lt;br /&gt;
#* siRNAs&lt;br /&gt;
#* Irreversible kinase inhibitors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# We discussed the usage of three model organisms. Can you describe their advantages and disadvantages that you would take into account when designing your laboratory experiments? &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# monoclonal antibody (called malarimab) with high affinity for circum-sporozoite protein was designed: explain how this can be used in the fight against malaria - effector mechanisms, compare with vaccination and with antimalarial drugs chloroquine and artemisinine, how can there be optimisation of the monoclonal antibody and should the monoclonal antibody be sialylated to have good anti-malarial activity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
Cools and Lambrechts were present for the oral exam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
#Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
#After quality control , scRNAseq can be analyzed in different ways. Please describe some of the methods typically used to assess differences between 2 conditions by scRNAseq.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
#Explain artemisin, what is the difference with derivatives, how can resistance can and how to combat resistance?&lt;br /&gt;
#Develop a vaccine against specific saccharide of T. Cruzi. Which vaccine do you use, how to adapt it, what process is used and how can T. cruzi acquire resistance?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Oral exam by one of the professors (we had the oral exam from Lambrechts)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools: &lt;br /&gt;
# Give the 3 ways to do immunotherapy on cancer cells, describe them, give their advantages and dis-&lt;br /&gt;
# Explain 4 definitions/concepts&lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* H3K4me3&lt;br /&gt;
#* ChIP seq&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeisis&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# Question about somatic number mutations (PARP inhibitors etc)&lt;br /&gt;
# Question about Cre recombinase and the 5 applications (transgenic mice)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen&lt;br /&gt;
# mRNA vaccin: explain design, mechanism and immunology of this concept&lt;br /&gt;
# explain malaria sequestration, if you would use small molecule inhibitors and explain difference between phenotype and targetting screening and explain how you could use targetting screens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 PM===&lt;br /&gt;
You had an oral exam by one of the professors (post-it note on exam paper which one)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Cools (oral: he read your answer and asked extra questions, do not need to explain again what you wrote down):&lt;br /&gt;
# What is CAR T cell therapy? How to detect if it worked (answer: PCR of TCR DNA)? What are some problems (at least 3) and how to solve these?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* genome instability &lt;br /&gt;
#* PROTAC&lt;br /&gt;
#* ChIPseq &lt;br /&gt;
#* bivalent antibodies (bijvraag: advantages and disadvantages compared to CAR T)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# scRNAseq can be complemented by CITEseq, scTCRseq and ATACseq. Can you explain how and what these 3 methods measure?&lt;br /&gt;
# How is zygote injection used to generate transgenic mice ? Which are the 5 potential applications in brief ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen (oral): &lt;br /&gt;
# difluoromethylornithine is a repurposed drug: mechanism(s), discovery process, other thing(s) used for&lt;br /&gt;
# vaccination strategy against leishamania polysaccharides, why do you think this would (not) be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Determination_of_Biomolecular_Structures&amp;diff=4404</id>
		<title>Determination of Biomolecular Structures</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Determination_of_Biomolecular_Structures&amp;diff=4404"/>
		<updated>2025-01-18T10:10:55Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Determination of Biomolecular Structures&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G83AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Geen klassiek examen, maar individueel gesprek van 30 minuten met elke prof. Voor elk deel moet je op voorhand een recent research artikel gekozen hebben met uitgebreide beschrijving van material and methods, structuurbepaling, en structure refinement. Het individuele gesprek draait dan rond dit zelfgekozen artikel, dat je enerzijds moet kunnen uitleggen, en waar je anderzijds theoretische vragen en bijvragen over krijgt toegepast op het artikel.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Part of Ismail===&lt;br /&gt;
#First asked to give a basic overview of the article and what the reason for structure determination was&lt;br /&gt;
#Experimental part of the paper&lt;br /&gt;
##Went over the whole process of structure determination from start to finish (purification, crystallization, data collection). Did not go in to much detail. &lt;br /&gt;
##Asked about amplitude and phase of structure factor (did not ask about the phase problem)&lt;br /&gt;
##What can we do with the structure factor when we have the phase and amplitude? What 2 maps can we make with this? &lt;br /&gt;
##How is refinement done? What parameter do we use for this? There are two types, which? What other things do we have to take into account? (geometry)&lt;br /&gt;
#Other general questions&lt;br /&gt;
##About sample conditions&lt;br /&gt;
##About construct design&lt;br /&gt;
##About parameters in validation reports like completeness&lt;br /&gt;
##...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Deel Lescrinier===&lt;br /&gt;
#Experimentele deel van een NMR artikel bespreken (Moet Solution State NMR zijn, en afbeeldingen van 2D-NMR bevatten)&lt;br /&gt;
##Geef general scheme van 2D NMR&lt;br /&gt;
##Chemical shift/J-coupling/NOE zoals in dit artikel, wat is dit? Wat in dit geval?&lt;br /&gt;
##Gebruikte apparatuur voor NMR metingen kunnen uitleggen de hoe en wat&lt;br /&gt;
##Experimentele condities verklaren (temperatuur? isotopic enrichment? D2O? ...)&lt;br /&gt;
##Stel je zou ... toepassen op dit experiment, wat is dan het effect op de data? &lt;br /&gt;
##...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=4336</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=4336"/>
		<updated>2025-01-13T20:06:11Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Of stuur een mailtje naar communicatie@chemika.be met de examenvragen en de naam van het vak.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
----------------&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Courses that are tought in the Master Biochemistry and Biotechnology. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Or send an email to communicatie@chemika.be with the exam questions and the name of the course.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4335</id>
		<title>Comparative Endocrinology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Comparative_Endocrinology&amp;diff=4335"/>
		<updated>2025-01-13T20:03:55Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039; die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===13 januari 2025 (PM)===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine stress response in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# Glucocorticoids, give an example and brief function&lt;br /&gt;
# Leptin: what does it do, where released, where action&lt;br /&gt;
# How does TGFb signaling work?&lt;br /&gt;
# What are incretins, give an example&lt;br /&gt;
# How do insulin-like peptides (DAF-28) relate to dauer formation and life span?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 january 2025===&lt;br /&gt;
1. Big oral question: Explain the endocrine network involved in feeding in mammals. Mention all the major glands and brain areas involved, what hormones are released and what are their principal effects? Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Smaller questions, answer in a few sentences&lt;br /&gt;
# What is an orexigenic peptide? Give an example and explain its function briefly. &lt;br /&gt;
# What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
# What is prolactin? Mention the cells that release it and the cells that respond as well as its function. &lt;br /&gt;
# What is a releasing hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
# What is the effect of dafachronic acids on Dauer entry and behavior? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 januari 2025===&lt;br /&gt;
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:&lt;br /&gt;
# How does PIK signaling work?&lt;br /&gt;
# What is a pheromone? Give an example.&lt;br /&gt;
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior&lt;br /&gt;
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function&lt;br /&gt;
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie. &lt;br /&gt;
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. What are pheromones? Give an example. &lt;br /&gt;
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt. &lt;br /&gt;
#c. What is a tropic hormone? Give an example. &lt;br /&gt;
#d. What is Gs signaling? &lt;br /&gt;
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:&lt;br /&gt;
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:&lt;br /&gt;
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan&lt;br /&gt;
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?&lt;br /&gt;
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.&lt;br /&gt;
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven&lt;br /&gt;
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Choose one question to answer:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.&lt;br /&gt;
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don&#039;t remember the question accurately).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.&lt;br /&gt;
#b. What is a monoamine? Give an example.&lt;br /&gt;
#c. Give an example of an anorexic peptide and it&#039;s place of synthesis.&lt;br /&gt;
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)&lt;br /&gt;
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.&lt;br /&gt;
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.&lt;br /&gt;
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare FSH signals between male/female.&lt;br /&gt;
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).&lt;br /&gt;
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.&lt;br /&gt;
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2022===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...&lt;br /&gt;
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts) &lt;br /&gt;
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.&lt;br /&gt;
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 januari 2021===&lt;br /&gt;
choose 2 out of the 3 questions&lt;br /&gt;
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones. &lt;br /&gt;
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.&lt;br /&gt;
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.&lt;br /&gt;
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).&lt;br /&gt;
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2019===&lt;br /&gt;
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
#paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.&lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018===&lt;br /&gt;
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren. &lt;br /&gt;
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen. &lt;br /&gt;
#Paper&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
# Paper&lt;br /&gt;
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is in het engels!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Andere vragen ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de pancreas.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Biosynthese van cortisol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Werking van MSH: de epifyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Oestrale cyclus van het schaap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- GTP en G-proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Gene knockout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Hypothalamische controle van het groeihormoon&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- Prolactine bij de vogels&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4296</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4296"/>
		<updated>2025-01-10T12:06:35Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Exam questions */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4295</id>
		<title>Applied Medical Biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Applied_Medical_Biotechnology&amp;diff=4295"/>
		<updated>2025-01-10T12:05:56Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Vak gedoceerd door &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Exam questions==&lt;br /&gt;
===10 Januari 2025 AM===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# What is clonal hematopoiesis? How to detect it? What are the consequences/implications when it is detected?&lt;br /&gt;
# Four questions:&lt;br /&gt;
#* What is the difference between bulk CRISPR screens and single cell CRISPR screens? &lt;br /&gt;
#* What is PROTAC?&lt;br /&gt;
#* What are CAR-T cells? &lt;br /&gt;
#* H3K27me3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types. &lt;br /&gt;
# Can you (schematically) describe the technology used by the scientist Jiankee He. Can you describe what Jiankee He did to upset the international scientic community. And why is there less controversy around the authorised use of Casegevy in humans - describe ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen: &lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Also describe the underlying mechanism. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# A researcher wants to make a passive immunization therapy for placental malaria. What are the advantages/disadvantages of passive immunization and how does it work? What antigen should be targeted and explain in detail what it does/how it works. Should the antibody be sialylated? How can the antibodies be optimized? Would this therapy be effective? Why (not)? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Whole-exome sequencing data of white blood cells of individuals given including the VAF of the mutations. The mutations that were found were DNMT3A, JAK2, TET2 and ASXL1: what is going on in these individuals, what can you conclude from the data, what would you recommend these individuals?&lt;br /&gt;
# Describe 3 different types of immunotherapy for cancer treatment in detail, compare these different types and give their advantages and disadvantages, also explain the main problems with these types of immunotherapy &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# What are the biological therapeutics for TNF-alfa. Compare, give advantages and disadvantages. What is the main therapeutic that is used? What is the main problem with it? Would you sialylate this biological therapeutic?&lt;br /&gt;
# Design a vaccination strategy against Trypanosoma cruzi&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts: &lt;br /&gt;
# Two types of spatial transcriptomic technologies exist. Name them, describe their key differences and schematically illustrate an example of a method that was commercialized for each of both types.&lt;br /&gt;
# Describe the principle of linkage disequilibrium between SNPs, and indicate in which studies this disequilibrium is being used. How do these studies work? We also discussed how SNPs are being used to predict risk of developing a disease, risk of developing side-effects in response to treatment or to identify the underlying mechanisms of disease. Can you briefly explain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# what is clonal hematopoiesis? How to detect? Consequences/implications? &lt;br /&gt;
# a) CAR-T cell b) single-cell CRISPR screen c) ATAC sequencing d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# IFN-alfa: give the different types + their (dis)advantages, their application, should they be sialylated?&lt;br /&gt;
# Explain placental malaria + which type of vaccine would you make + would it be effective?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PARP inhibitors and pre-symptomatic tumor detection; name of the two tests and how they work. &lt;br /&gt;
# Cre recombinase system + 4 types of mouse models&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2024===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# Ik heb 10 kankercellijnen waarvan er 4 een puntmutatie hebben op een non-coded region. De puntmutatie bevindt zich voor de promotor van een gekend oncogen. Hoe controleer ik of de puntmutatie invloed heeft op de expressie van dit oncogen? Beschrijf de methodes die je zou toepassen (ChIP sequencing + ATAC)&lt;br /&gt;
# a) oncohistones b) single-cell CRISPR screen c) bispecific antibodies d) PROTAC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van den Steen:&lt;br /&gt;
# Give two examples of therapeutics of type 1 interferon. Should IFN-bèta be glycosylated when used as therapeutic? Explain why (not)&lt;br /&gt;
# What is the link between sequestration and evading the immune system regarding malaria? Could the molecules used for sequestration be a good vaccin target? Explain in detail why (not).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# What is measured with CITEseq, ATACseq and scTCRseq? Explain briefly&lt;br /&gt;
# How is zygote injection done to generate a transgenic mice? Give briefly 5 examples.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
Cools:&lt;br /&gt;
# a) PROTAC b) Problems when using in cancer treatment&lt;br /&gt;
# ChIP-sequencing&lt;br /&gt;
# ShRNA screen against 100 genes of which 1 causing drug resistance&lt;br /&gt;
# a) What is clonal hematopoiesis? b) 100 people, how do you find out who has CH? Describe step by step: what do you need/what technology do you use/how do you perform data analysis?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Eelen:&lt;br /&gt;
# What is meant by &#039;Gene transfer in somatic cells&#039;? Give an example. - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# How can the Cre/LoxP system be made inducible? Can it be made tissue specific? - max. 5 lines&lt;br /&gt;
# Explain the Tet-on/Tet-off system schematically. Can it be made tissue specific? - max. 1 page&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Lambrechts:&lt;br /&gt;
# PRS? How did it originate? How can it be used for breast cancer?&lt;br /&gt;
# Methylation as chemical marker? Chemical reaction? Use?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Van Den Steen:&lt;br /&gt;
# Passive immunisation therapy against cerebral malaria&lt;br /&gt;
# Difluoro-methylornithine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&amp;diff=4133</id>
		<title>Laboratory Animal Sciences</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Laboratory_Animal_Sciences&amp;diff=4133"/>
		<updated>2024-06-25T20:32:57Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 25 juni 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten). &lt;br /&gt;
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25 juni 2024===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Xenopus laevis&lt;br /&gt;
#* Active coping&lt;br /&gt;
#* Zoonosis&lt;br /&gt;
#* Lee-boot effect&lt;br /&gt;
# Describe in detail: consomic strains&lt;br /&gt;
# How to avoid bleeding during surgery? How can you give good post-operative care to lab animals?&lt;br /&gt;
# Describe in detail: local anesthesia&lt;br /&gt;
# What are sources of infection in the animal facility and how you can avoid infections?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 maart 2024===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Bruce-effect&lt;br /&gt;
#* Anthropocentrism&lt;br /&gt;
#* 3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#* Enteral administration of compounds&lt;br /&gt;
# Describe in detail: Congenic strains&lt;br /&gt;
# How is health screening done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# Describe in detail: gas anesthesia&lt;br /&gt;
# What type of analgesia are there and what are the side effects.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 december 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Humane endpoints&lt;br /&gt;
#* ?&lt;br /&gt;
#* Refinement (3R&#039;s)&lt;br /&gt;
#Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
# F1-hybrid&lt;br /&gt;
#?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 november 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Anthropocentrism&lt;br /&gt;
#* Enteral administration of compounds&lt;br /&gt;
#* Bruce-effect&lt;br /&gt;
#* Three R&#039;s&lt;br /&gt;
# Explain gas anesthesia in detail.&lt;br /&gt;
# How is health screening done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# What is good  post-operative care?&lt;br /&gt;
# Explain congenic strain in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2023===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Ethogram&lt;br /&gt;
#* Coprophagy&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail.&lt;br /&gt;
# How is health monitoring done in animals and why is it important?&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 November 2022===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Zoocentrism&lt;br /&gt;
#* Refinement (3R&#039;s)&lt;br /&gt;
#* Ethogram&lt;br /&gt;
#* Coprophagy&lt;br /&gt;
# Inbred strain&lt;br /&gt;
# How is health monitoring done in animals and why is it important.&lt;br /&gt;
# What analgesia can you use and what are the side effects.&lt;br /&gt;
# Why are ventilation and odor important in the animal facility.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 November 2022===&lt;br /&gt;
# Define:&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Animal welfare body (AWB)&lt;br /&gt;
#* Ambivalent behaviour&lt;br /&gt;
#* Orbita-puncture&lt;br /&gt;
# Congenic strain&lt;br /&gt;
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.&lt;br /&gt;
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects&lt;br /&gt;
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 january 2022 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Diastema&lt;br /&gt;
#*Oribital puncture&lt;br /&gt;
#*GS3&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# What is environmental enrichment and why is it important?&lt;br /&gt;
# F1 hybrid&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 december 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Diastema&lt;br /&gt;
#*AWB&lt;br /&gt;
#*Xenopus laevis&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
# Explain local anesthesia in detail&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Explain in detail congenic strain? How can it made? &lt;br /&gt;
# What is environmental enrichment and why is it important?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08 december 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#*Danio rerio&lt;br /&gt;
#*Orbital puncture&lt;br /&gt;
# Explain gasanasthesia in detail&lt;br /&gt;
# Sources of infection in animal facility and how prevented?&lt;br /&gt;
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?&lt;br /&gt;
# How to avoid allergies?&lt;br /&gt;
===19 november 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#*Humane endpoints&lt;br /&gt;
#*Animal Welfare Body&lt;br /&gt;
# Gasanasthesia&lt;br /&gt;
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?&lt;br /&gt;
# How is health screening done and why is it important?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 oktober 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Oribital puncture&lt;br /&gt;
#*Animal Welfare Body&lt;br /&gt;
# Gasanasthesia&lt;br /&gt;
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
# What is post operative care and why is it important&lt;br /&gt;
# Congene stam&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Zoocentrism&lt;br /&gt;
#*Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#*Zoonosis + give an example&lt;br /&gt;
# Describe natural feed.&lt;br /&gt;
# Explain local anaesthesia.&lt;br /&gt;
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.&lt;br /&gt;
# What are the the 3 R&#039;s? Give 1 example of each one.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2020 NM versie B===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Lee-Boot effect&lt;br /&gt;
#*Severity assessment&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonosis&lt;br /&gt;
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?&lt;br /&gt;
#Explain in detail: Consomic strain&lt;br /&gt;
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?&lt;br /&gt;
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2020 NM versie A===&lt;br /&gt;
#define:&lt;br /&gt;
#*bruce effect&lt;br /&gt;
#*gavage&lt;br /&gt;
#*reverse? orbital punction&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#Explain local anaesthesia&lt;br /&gt;
#Give 3 factors that can influence the severity score&lt;br /&gt;
#What is environmental enrichment and why is it important? &lt;br /&gt;
#Explain everything about natural feed&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2020 (NM, versie B)===&lt;br /&gt;
#Define:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*Animal welfare body&lt;br /&gt;
#*Humane endpoints&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#Gasanaesthesia&lt;br /&gt;
#How is healthmonitoring done and why is this important?&lt;br /&gt;
#List all environmental factors that influence an animal&#039;s wellbeing and explain 2 in detail.&lt;br /&gt;
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2020 (NM, versie &amp;quot;&amp;quot;) ===&lt;br /&gt;
#What are the factors which determine the needed  nutrients in animal food?&lt;br /&gt;
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?&lt;br /&gt;
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.&lt;br /&gt;
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?&lt;br /&gt;
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 (NM) ===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: F1-hybride&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 ===&lt;br /&gt;
Begrippen:&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*3 R’s&lt;br /&gt;
#*zoonose&lt;br /&gt;
#*lee-boot effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Grote vragen&lt;br /&gt;
#Consomic strain&lt;br /&gt;
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten&lt;br /&gt;
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?&lt;br /&gt;
#Effect van stress op behaviour&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 januari 2018 versie A ===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? &lt;br /&gt;
#Leg uit: premedicatie en sedatie&lt;br /&gt;
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2018 versie B===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonose&lt;br /&gt;
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?&lt;br /&gt;
#Leg uit (in detail): F1 hybride&lt;br /&gt;
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2018===&lt;br /&gt;
Schriftelijk&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Gavage&lt;br /&gt;
#Leg uit in detail: congene stam&lt;br /&gt;
#Uitleggen lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Uitleggen natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 februari 2017 (versie A)===&lt;br /&gt;
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren? &lt;br /&gt;
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 februari 2017 (versie B)===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Whitten effect&lt;br /&gt;
#*3 R&#039;s&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*Zoonose&lt;br /&gt;
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?&lt;br /&gt;
#Leg uit (in detail): Congene stam&lt;br /&gt;
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Harderian gland&lt;br /&gt;
#*Orbitapuncture&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*?&lt;br /&gt;
#Leg uit F1 hybriden in muizen&lt;br /&gt;
#Uitleggen Lokale anesthesie&lt;br /&gt;
#Uitleggen natuurlijk voeder&lt;br /&gt;
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*whittin effect&lt;br /&gt;
#*co isogene stam&lt;br /&gt;
#*isolator&lt;br /&gt;
#*zoonose en voorbeeld&lt;br /&gt;
#bespreek gasanesthesie&lt;br /&gt;
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?&lt;br /&gt;
#effect van stress op gedrag&lt;br /&gt;
#de 3R&#039;s en telkens 1 voorbeeld&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Geef definitie proefdier en dierproef&lt;br /&gt;
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk? &lt;br /&gt;
#Leg uit: congene stam =&amp;amp;gt; Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)&lt;br /&gt;
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?&lt;br /&gt;
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?&lt;br /&gt;
#Extra bijvraag: Geef de 3 R&#039;s.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 jan 2015 (nm)===&lt;br /&gt;
# Leg uit&lt;br /&gt;
#* Bruce effect&lt;br /&gt;
#* Gavage&lt;br /&gt;
#* IVC&lt;br /&gt;
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.&lt;br /&gt;
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2015 (nm)===&lt;br /&gt;
# Definitie proefdier, definitie dierproef&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?&lt;br /&gt;
# Bespreek outbred stam.&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?&lt;br /&gt;
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 13 jan 2014 (vm) ===&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?&lt;br /&gt;
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?&lt;br /&gt;
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?&lt;br /&gt;
# Bespreek: hypnotische stoffen &lt;br /&gt;
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?&lt;br /&gt;
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2013 (nm) ===&lt;br /&gt;
==== reeks 1====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek inteeltstam&lt;br /&gt;
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?&lt;br /&gt;
# Hoe preventief allergieen vermijden?&lt;br /&gt;
# Wat is enrichment?&lt;br /&gt;
# Geef voorbeelden en stress bij een dier. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Nog meer vragen te vinden in dit  bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==== reeks 2 ====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit:&lt;br /&gt;
#*IVC&lt;br /&gt;
#*chimeer&lt;br /&gt;
#*zoocentrisme&lt;br /&gt;
#*...&lt;br /&gt;
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen&lt;br /&gt;
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?&lt;br /&gt;
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.&lt;br /&gt;
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?&lt;br /&gt;
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==== reeks 3 ====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg uit:&lt;br /&gt;
#*Bruce effect&lt;br /&gt;
#*Isolator&lt;br /&gt;
#*Isogene stam&lt;br /&gt;
#*Antropocentrisme&lt;br /&gt;
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Leg uit: Lokale anaesthesie&lt;br /&gt;
#Leg uit: A2-Faciliteit&lt;br /&gt;
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2012 (vm) ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef de definitie van een &amp;amp;quot;proefdier&amp;amp;quot; en een &amp;amp;quot;dierproef&amp;amp;quot;&lt;br /&gt;
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine? &lt;br /&gt;
# Bespreek: congene stam&lt;br /&gt;
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?&lt;br /&gt;
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# leg uit: &lt;br /&gt;
#* Co-isogenic strain&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* Isolator&lt;br /&gt;
#* zoÃ¶nose&lt;br /&gt;
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)&lt;br /&gt;
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)&lt;br /&gt;
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?&lt;br /&gt;
# Geef de 3 R&#039;s en geef per R twee voorbeelden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# leg uit: &lt;br /&gt;
#* de 3R&#039;s&lt;br /&gt;
#* Whitten effect&lt;br /&gt;
#* gaveren&lt;br /&gt;
#* zoÃ¶nose&lt;br /&gt;
# bespreek lokale anaesthesie&lt;br /&gt;
# bespreek F1 hybride&lt;br /&gt;
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?&lt;br /&gt;
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?&lt;br /&gt;
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?&lt;br /&gt;
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?&lt;br /&gt;
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?&lt;br /&gt;
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?&lt;br /&gt;
# Bijvraag: 3 R&#039;s&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=4095</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=4095"/>
		<updated>2024-06-20T09:11:56Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Of stuur een mailtje naar communicatie@chemika.be met de examenvragen en de naam van het vak.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Or send an email to communicatie@chemika.be with the exam questions and the name of the course.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&amp;diff=4094</id>
		<title>Categorie:Machemie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&amp;diff=4094"/>
		<updated>2024-06-20T09:11:43Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Chemie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Of stuur een mailtje naar communicatie@chemika.be met de examenvragen en de naam van het vak.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Or send an email to communicatie@chemika.be with the exam questions and the name of the course.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&amp;diff=4093</id>
		<title>Categorie:Machemie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&amp;diff=4093"/>
		<updated>2024-06-20T09:11:24Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Chemie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Of stuur een mailtje naar communicatie@chemika.be met de examenvragen en de naam van het vak.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Or send an email to communicatie@chemika.be with the exam questions and the name of the course.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Biomolecular_Interactions&amp;diff=4092</id>
		<title>Biomolecular Interactions</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Biomolecular_Interactions&amp;diff=4092"/>
		<updated>2024-06-20T09:04:01Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Biomolecular Interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G77AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===18 june 2024===&lt;br /&gt;
*Prof. Van den Ende: protein/carbohydrate interactions can cause many diseases:&lt;br /&gt;
*#Explain in great detail the exact nature of this particular type of protein/carbohydrate interactions at the molecule/atom level&lt;br /&gt;
*#Select two different diseases to situate the importance of protein/carbohydrate interactions. Explain the context of initiation and progress of these two diseases. What strategies can be used to prevent these protein/carbohydrate interactions and counteract disease development? &lt;br /&gt;
*Prof. Mizuno&lt;br /&gt;
*#Describe the principles of BRET&lt;br /&gt;
*#Summarize similarrities and differences (also advantages and drawbacks) of BRET over FRET.&lt;br /&gt;
*#Give one example analyzing biomolecular interactions with BRET and explain.&lt;br /&gt;
*Prof. Ismail&lt;br /&gt;
*#You&#039;re studying a newly discovered human protein in the lab and want to know what other proteins might interact with it. (10/20)&lt;br /&gt;
*#*Propose a method to identify potential interactions. &lt;br /&gt;
*#*Why did you choose this method?&lt;br /&gt;
*#*What are the limitations of this method? &lt;br /&gt;
*#*What are the experimental controls you need to do whule executing this method?&lt;br /&gt;
*#*Can you propose (only the name) another method that can overcome at least one of the limitations you mentioned before? &lt;br /&gt;
*#The figure below depicts 3 simulated curves of 3 isothermal titration calorimetry (ITC) experiments to determine the values: binding affinity Kd and  stoichiometry (n). Each curve represents an experiment where the concentration of protein in the cell is different as indicated by the c-value on each curve. Indicate on each graph which values can be estimated with confidence. (the picture was the same as on the slides about the c-value effect) (2/20)&lt;br /&gt;
*#Mention 4 applications of Y2H system (2/20)&lt;br /&gt;
*#A student has 2 proteins, one of 4kDa and one of 50 kDa and wanted to determine the Kd. A colleague advised them to do a fluorescently label the 50 kDa protein and anisotropy assy. The student didn&#039;t find this a good idea. Do you agree with the student? (2/20)&lt;br /&gt;
*#Facilitated diffusion of proteins on DNA decreases the search time of proteins for their target sites, discuss. (4/20)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 juni 2022 ===&lt;br /&gt;
#Van den Ende: Protein-carbohydrate interactions can cause many diseases: what is the nature of these interactions? Give two examples of diseases with protein-carbohydrate interactions and say how you could stop their progress.&lt;br /&gt;
#Mizuno: Explain the principle of BRET. What are the advantages, disadvantages, similarities and differences with FRET? Give an example of the study of biomolecular interactions using BRET.&lt;br /&gt;
#Ismail: Explain the phenomenon that proteins find their target so quickly (quicker than observed in 3D diffusion).&lt;br /&gt;
#Robben: You want to study the interactome between virus and host (both genomes are known). Which strategy would you apply? How would you adapt the method to detect weak interactions?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 juni 2020 (Corona exam: 3 hours)===&lt;br /&gt;
#Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give two examples of diseases with protein-carbohydrate interactions and say how you could stop their progress.&lt;br /&gt;
#Mizuno: Given the equations describing kT, explain three factors affecting FRET efficiency and how (some of them) have to be taken into account when designing molecular sensors. Give two examples about molecular sensors using FRET, one with intermolecular and other with intramolecular FRET.&lt;br /&gt;
#Robben: you need to produce mouse monoclonal antibodies against the SARS-CoV-2. The spike protein is provided. Describe how would you proceed using phage display. What experimental measures would you take to ensure maximal affinity of the antibodies?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 juni 2019===&lt;br /&gt;
#Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give examples of diseases with protein-carbohydrate interactions.&lt;br /&gt;
#Mizuno: Describe FRET and fluoresence lifetime, give examples to explain these concepts.&lt;br /&gt;
#Robben: Why doesn&#039;t the classical yeast two hybrid system work when one of the proteins is a membrane protein? Which alternative systems do you know would work? Give major advantages or disadvantages.&lt;br /&gt;
(Oral with Wim)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 juni 2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Robben: Wat zijn de verschillende manieren waarop EcoRV bindt met DNA, welke methodologieën om dit te onderzoeken?&lt;br /&gt;
#Mizuno: Je collega ziet bij confocale microscopie dat membraaneiwit A en membraaneiwit B op de zelfde positie zichtbaar zijn en besluit dat ze dus interageren. Wat vind jij hiervan en waarom? Welke andere technieken zou je voorstellen en geef de achtergrond van deze technieken.&lt;br /&gt;
#Van den Ende: polypeptide-polysaccharideinteracties voor ziektes: Geef belang aan met behulp van een voorbeeld, en geef een voorbeeld van hoe dit de basis zou kunnen zijn van een therapie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 26 juni 2017 ===&lt;br /&gt;
# Mizuno-senpai:&lt;br /&gt;
## Explain the principle of the Scatchard plot using the degree of association (fi)&lt;br /&gt;
##The two given plots depict a wild type (wt) and a mutant (cc) EGFR’s scatchard plot, with the twist that L(bound) is used instead of fi.&lt;br /&gt;
###Explain, how to calculate the association constant! Derive the linear, to get -K&lt;br /&gt;
###Give the association constant for CC! devide y intercept with x intercept, dont forget the unit! (K~0.9/12[1/pM])&lt;br /&gt;
###What does the x intercept mean? We can read out E0, because fi=1 at the x intercept. fi=L(bound)/E0=1 → L(bound)=E0&lt;br /&gt;
###Discuss the differences between WT &amp;amp; CC. WT curves up, which indicates an additional binding site. As for that binding site, the association constant is greater (see graph) it has a higher affinity to the substrate. This binding site is lost in the mutation. (Also this is why it is conceptually incorrect to calculate K from the y intercept on the scatchard plot)&lt;br /&gt;
#G. Maglia: Describe how DNA binding proteins recognize specific features in ssDNA and dsDNA.&lt;br /&gt;
#J. Robben: You want to develop a new ELISA assay for Zika virus. The coat protein (the antigen) is given. You decide to use phage display&lt;br /&gt;
##Describe how you would proceed in the lab! Procedure for antibody display (use nanobodies), biopanning, amplification etc.&lt;br /&gt;
##Which experimental measures would you use to ensure maximal affinity? According to those, who had the oral with him, the answer was monovalent display (so type33 or type3+3 display)&lt;br /&gt;
#J. Hofkens:A new theory is proposed for the structure of biological membranes, according to which it contains:&lt;br /&gt;
##Rafts&lt;br /&gt;
##Compartments that are due to the partition of the actin filaments (cytoskeleton) in the membrane&lt;br /&gt;
##Membrane proteins, that are present in oligomer form, or as transient dimers or bigger complexes. Describe how would you confirm this theory, with the microscopy techniques learned in class.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20/06/2016 ===&lt;br /&gt;
#Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step reversible association and fast binding followed by a slower conformational change.&lt;br /&gt;
#Prof. Robben : Describe by drawing diagram of genetic component of enzyme complementation system. What are the strengths and weaknesses of this system compare to the traditional transcription factor based system.&lt;br /&gt;
#Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2.&lt;br /&gt;
#Prof.Hofkens : Imaging of receptor molecules in neural ring synapse in C.elegans.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20/08/2016 ===&lt;br /&gt;
# Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Define the Binding equation. Derive the partition function and the association constant. Provide the Hill Plot and Scatchard plot of a single binding site. Explain what kind of information can be obtained from these plots. Explain the above analysis in the context of oxygen binding.&lt;br /&gt;
# Prof. Robben : Give a schematic representation of Tandem Affinity purification. Explain why sometimes cross linking is used. How is the outcome of this experiment different from 2 hybrid systems..&lt;br /&gt;
# Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2(ligand receptor complex).&lt;br /&gt;
#Prof.Hofkens : To distinguish the type of movement of two different motor proteins&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21/08/2015 ===&lt;br /&gt;
#Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step and two step binding kinetics models. Basically all the equations. Know about the rate constants, what do they mean and how do you obtain them. Does not give any equation or formula.&lt;br /&gt;
#Prof. Giovanni Maglia : Explain how do proteins bind to a specific sequence in the major groove of the DNA.&lt;br /&gt;
#Prof. Marc De Maeyer: Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 3.&lt;br /&gt;
# Prof. Johan Robben :· Classic yeast two-hybrid models are not viable if one or both proteins involved are cellular membrane proteins. Explain. · Give an example schematically on how would you model it correctly.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Physical_Chemistry_of_Biological_Systems&amp;diff=4067</id>
		<title>Physical Chemistry of Biological Systems</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Physical_Chemistry_of_Biological_Systems&amp;diff=4067"/>
		<updated>2024-06-17T19:10:16Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.&lt;br /&gt;
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===29 Januari 2024===&lt;br /&gt;
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k&#039;1+k-1+k2+k-2 and P = k&#039;1k2+k&#039;1k-2+k-1k-2 is given.&lt;br /&gt;
# Discuss how DNA binding proteins specifically bind to DNA. Use the structures of the base pairs shown below.  &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 Januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Discuss how you can obtain interesting parameters from a Hill plot and a Scatchard plot (graphs and equations not given). Discuss the interpretation of the Hill plot and Scatchard plot for the binding of O2 to hemoglobin (graphs given).&lt;br /&gt;
# Usually the mean square displacement is used for the analysis of diffusion. a) Why the mean square displacement instead of the mean displacement? b) Explain why the mean square displacement is proportional to time and use the following equations: x(i) = x(i-1) +/- l, &amp;lt;x(i)²&amp;gt; = sum of x(i-1)² +/- 2lx(i-1) + l² and t(N) ~ N. c) Give the relationship between the mean square displacement and the diffusion coefficient in 1D, 2D and 3D. Give 3 parameters that change the diffusion coefficient (hint: D=kT/f and f=6*pi*viscosity*r).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Januari 2023===&lt;br /&gt;
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k&#039;1+k-1+k2+k-2 and P = k&#039;1k2+k&#039;1k-2+k-1k-2 is given.&lt;br /&gt;
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?&lt;br /&gt;
(graph with EL, E and EL* are given, graph of S and P vs L0 is not given)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===3 September 2022===&lt;br /&gt;
#Discuss how DNA binding proteins specifically bind to DNA. Use the structures of the base pairs shown below. &lt;br /&gt;
#How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k&#039;1+k-1+k2+k-2 and P = k&#039;1k2+k&#039;1k-2+k-1k-2 is given.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Januari 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Januari 2021===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. &lt;br /&gt;
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2020===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. &lt;br /&gt;
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Januari 2020===&lt;br /&gt;
#Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau. &lt;br /&gt;
#Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019===&lt;br /&gt;
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)&lt;br /&gt;
# Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. &lt;br /&gt;
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2016===&lt;br /&gt;
# Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor &#039;echte&#039; situaties? Gebruik O2 en hemoglobine. &lt;br /&gt;
# De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2015===&lt;br /&gt;
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms &#039;Mass Concentration&#039;, &#039;Number Concentration&#039; and &#039;Critical Concentration&#039;&lt;br /&gt;
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2013===&lt;br /&gt;
Mizuno(mondeling)&lt;br /&gt;
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan &#039;pressure jump&#039; gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?&lt;br /&gt;
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?&lt;br /&gt;
Engelborghs (schriftelijk)&lt;br /&gt;
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2013===&lt;br /&gt;
Mizuno(mondeling)&lt;br /&gt;
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration&lt;br /&gt;
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?&lt;br /&gt;
Engelborghs (schriftelijk)&lt;br /&gt;
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?&lt;br /&gt;
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.&lt;br /&gt;
===18 januari 2011===&lt;br /&gt;
Enkel 1 en 2 mondeling.&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS. &lt;br /&gt;
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.  &lt;br /&gt;
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.&lt;br /&gt;
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2010===&lt;br /&gt;
Enkel 1 en 2 mondeling.&lt;br /&gt;
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.&lt;br /&gt;
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.&lt;br /&gt;
# Microtubulus-oscillaties&lt;br /&gt;
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).&lt;br /&gt;
===12 januari 2009===&lt;br /&gt;
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP&lt;br /&gt;
# welke info haal je uit kinetische studies?&lt;br /&gt;
# counter ion condensation&lt;br /&gt;
# linked function concept in proteïne stabiliteit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 augustus 2008===&lt;br /&gt;
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?&lt;br /&gt;
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).&lt;br /&gt;
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.&lt;br /&gt;
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2008===&lt;br /&gt;
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het &#039;linked function&#039; concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).&lt;br /&gt;
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?&lt;br /&gt;
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?&lt;br /&gt;
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Physical_Chemistry_of_Biological_Systems&amp;diff=4066</id>
		<title>Physical Chemistry of Biological Systems</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Physical_Chemistry_of_Biological_Systems&amp;diff=4066"/>
		<updated>2024-06-17T19:09:51Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Sinds academiejaar 2014-2015 enkel nog door Hideaki Mizuno gedoceerd. Examen bestaat uit 2 vragen, schriftelijk voor te bereiden en mondeling te verdedigen.&lt;br /&gt;
In academiejaar 2011-2012 tot 2013-2014 werd het vak gedoceerd door Prof. Yves Engelborghs en Prof. Hideaki Mizuno. Daarvoor enkel Prof. Yves Engelborghs. Staat in de basisopleiding.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G71AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===29 Januari 2024===&lt;br /&gt;
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k&#039;1+k-1+k2+k-2 and P = k&#039;1k2+k&#039;1k-2+k-1k-2 is given.&lt;br /&gt;
# How can DNA binding proteins bind proteins specifically? Use the given structures of DNA bases. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 Januari 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Discuss how you can obtain interesting parameters from a Hill plot and a Scatchard plot (graphs and equations not given). Discuss the interpretation of the Hill plot and Scatchard plot for the binding of O2 to hemoglobin (graphs given).&lt;br /&gt;
# Usually the mean square displacement is used for the analysis of diffusion. a) Why the mean square displacement instead of the mean displacement? b) Explain why the mean square displacement is proportional to time and use the following equations: x(i) = x(i-1) +/- l, &amp;lt;x(i)²&amp;gt; = sum of x(i-1)² +/- 2lx(i-1) + l² and t(N) ~ N. c) Give the relationship between the mean square displacement and the diffusion coefficient in 1D, 2D and 3D. Give 3 parameters that change the diffusion coefficient (hint: D=kT/f and f=6*pi*viscosity*r).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 Januari 2023===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Januari 2023===&lt;br /&gt;
# How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k&#039;1+k-1+k2+k-2 and P = k&#039;1k2+k&#039;1k-2+k-1k-2 is given.&lt;br /&gt;
# Discuss Fluorescence Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?&lt;br /&gt;
(graph with EL, E and EL* are given, graph of S and P vs L0 is not given)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===3 September 2022===&lt;br /&gt;
#Discuss how DNA binding proteins specifically bind to DNA. Use the structures of the base pairs shown below. &lt;br /&gt;
#How can we determine rate constants for the situation: first and second step equally fast. Suppose you have measured λ1 and λ2 of the exponential decay, how can we determine the rate constants? S = k&#039;1+k-1+k2+k-2 and P = k&#039;1k2+k&#039;1k-2+k-1k-2 is given.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 Januari 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Scatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Scatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Januari 2021===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. &lt;br /&gt;
# Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Januari 2020===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. &lt;br /&gt;
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 Januari 2020===&lt;br /&gt;
#Bespreek de kinetische afleiding voor de massa en nummer concentratie. Aan de hand van deze formules bespreek de grafiek voor polymerisatie, bespreek nucleation, approach to plateau en reaching to the plateau. &lt;br /&gt;
#Bespreek hoe DNA binding proteïnen specifieke bindingen kunnen maken met DNA. Gebruik hiervoor onderstaande structuren van de basen. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019===&lt;br /&gt;
# Bespreek de informatie die je uit een Hill plot en een Schatchard plot kunt halen (grafieken en vergelijkingen niet gegeven). Bespreek de Hill plot en Schatchard plot van O2 binding aan hemoglobine (grafieken gegeven). (Mondeling)&lt;br /&gt;
# Hoe binden proteïnen aan de buitenkant van DNA streng? Is de major of de minor groove hiervoor belangrijker? (schriftelijk)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe je de rate constants kan bepalen wanneer je te maken hebt met de volgende reactie: fast binding followed by slow conformational change. &lt;br /&gt;
# Bespreek FCS. Wat kunnen we ermee doen. Hoe kan je FCS uitbreiden om proteine interacties na te gaan.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 januari 2016===&lt;br /&gt;
# Bespreek de binding equation, binding partition function en degree of association. Bespreek hierbij de Hill plot en de Scatchard plot. Leg dit ook uit voor multiple binding sites. Hoe is het voor &#039;echte&#039; situaties? Gebruik O2 en hemoglobine. &lt;br /&gt;
# De kinetica van self assembling van actine uitleggen. Hierbij gebruik maken van Mass Concentration, Number Concentration en Critical Concentration. Wat is treadmilling? Geef grafieken weer.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2015===&lt;br /&gt;
# Discuss Treadmilling in the formation of Actin Filaments. In your defense, include and explain the terms &#039;Mass Concentration&#039;, &#039;Number Concentration&#039; and &#039;Critical Concentration&#039;&lt;br /&gt;
# Discuss Fluorescent Correlation Spectroscopy, what information can we deduce with this technique. What adapation can we use to study the interactions of molecules?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2013===&lt;br /&gt;
Mizuno(mondeling)&lt;br /&gt;
# Bespreek de analyse self-assembling van myosine aan de hand van druk. Gebruik in je bespreking massaconcentratie, nummerconcentratie en kritische concentratie. Waarom kan &#039;pressure jump&#039; gebruikt worden voor de analyse van de self-assembly?&lt;br /&gt;
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient)bij random walk. Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?&lt;br /&gt;
Engelborghs (schriftelijk)&lt;br /&gt;
# Bespreek de binding van een restrictie-enzyme aan DNA. Hoe beïnvloeden de zoutconcentratie en de lengte van het DNA de kinetica? Geef de gepaste vergelijkingen en grafieken en bespreek.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie de denaturatie van DNA door ureum beschrijven?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2013===&lt;br /&gt;
Mizuno(mondeling)&lt;br /&gt;
# Bespreek de kinetica van actine polymerisatie. Gebruik de gepaste figuren en formules. Gebruik zeker massaconcentratie, nummerconcentratie en critica concentration&lt;br /&gt;
# Bespreek MD(mean displacement), MSD(mean square displacement) en D(diffusion coefficient). Bespreek het verband tussen MSD en D. Waarom word meestal MSD gebruikt in plaats van MD?&lt;br /&gt;
Engelborghs (schriftelijk)&lt;br /&gt;
# Hoe kan je, gebruik makend van de linked function theorie, ion condensation op DNA kwantitatief bespreken?&lt;br /&gt;
# Geef en bespreek 2 manieren om de dissociation rate(stond in vet) constant te bepalen voor een ligand L in een EL complex.&lt;br /&gt;
===18 januari 2011===&lt;br /&gt;
Enkel 1 en 2 mondeling.&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe je de diffusieconstantie bepaalt met FCS. &lt;br /&gt;
# Hoe hangt de bindingssnelheid van een restrictie-enzyme af van de zoutconcentratie en lengte van DNA.  &lt;br /&gt;
# Microtubuli-oscillaties bij hoge concentratie microtubuli.&lt;br /&gt;
# Linked function concept toepassen op denaturatie van proteïne door ureum.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2010===&lt;br /&gt;
Enkel 1 en 2 mondeling.&lt;br /&gt;
# Sigmoidale bindingscurve: haal maximum informatie uit grafiek.&lt;br /&gt;
# Counter ion condensation: ontwerp een experiment om exact de hoeveelheid counter-ionen te bepalen.&lt;br /&gt;
# Microtubulus-oscillaties&lt;br /&gt;
# Artikel over Random walk op DNA (rad51). (artikel voor te bereiden voor het examen, ter vervanging van de presentaties).&lt;br /&gt;
===12 januari 2009===&lt;br /&gt;
# Microtubulus-oscillaties en effect van tubuline-GMPPNP&lt;br /&gt;
# welke info haal je uit kinetische studies?&lt;br /&gt;
# counter ion condensation&lt;br /&gt;
# linked function concept in proteïne stabiliteit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 augustus 2008===&lt;br /&gt;
# In een oplossing met microtubuli wordt het GTP vervangen door een niet hydrolyseerbaar analoog GMPNPP (of zoiets). Wat gebeurt er?&lt;br /&gt;
# Hoe wordt de lengte van de myosine polymeren gereguleerd in vitro (in oplossing dus).&lt;br /&gt;
# Hoe kan er experimenteel aangetoond worden dat DNA omgeven worden door tegenionen.&lt;br /&gt;
# Een farmaco product bindt met proteïne, tijdens de bindingskineticastudies wordt er een lineare grafiek verkregen, maar het afgesneden stuk op de Y as is echter te klein om concludeerbare resultaten uit af te leiden. Welke informatie ontbreekt? Hoe zou je die wel kunnen bepalen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2008===&lt;br /&gt;
# Proteïnen kunnen ontvouwen worden door het toedienen van ureum. Stel een model op via het &#039;linked function&#039; concept om de invloed van ureum kwantitatief te beschrijven. (Of zoiets, ...).&lt;br /&gt;
# Wat beïnvloed de snelheidsconstante voor de specifieke binding van een restrictieenzyme aan DNA?&lt;br /&gt;
# Je hebt een ligand dat een signaal uitzend bij binding. Wanneer je de grafiek van de geobserveerde snelheidsconstante extrapoleert (naar L=0) bekom je een waarde die kleiner is dan de experimentele fout op de meettechniek. Hoe kun je de dissociatie-snelheidsconstante van L bepalen?&lt;br /&gt;
# Stel de partitiefunctie op voor één stuk DNA met een gap van 9 en een gap van 11 roosterpunten met een ligand dat bindt op 5 roosterpunten.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&amp;diff=4044</id>
		<title>Molecular Cell Biology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&amp;diff=4044"/>
		<updated>2024-06-13T21:07:49Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Molecular Cell Biology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===13/06/2024 (written)===&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Main questions&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
#Discuss transport between the ER and lysosomes and maturation processes. Highlight what can go wrong.&lt;br /&gt;
#Two mechanisms for transport of proteins from the cytosol into thylakoids&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Additional questions&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
#How do vacuoles transfer ions and metabolites over its membrane? &lt;br /&gt;
#How are fatty acids incorporated into phospholipids?&lt;br /&gt;
#A novel toxin is found that blocks transport of amino acids into the cell. There is no evidence that the toxin interacts with the amino acid transporter. What can be the cause and what are the effects on amino acid transport? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16/06/2022 schriftelijk (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss transport in and out of the nucleus&lt;br /&gt;
# Discuss vesicle transport between ER and cis-Golgi&lt;br /&gt;
# How can you determine the specific activity of trehalase in yeast? (practical course)&lt;br /&gt;
==== Bijvragen ====&lt;br /&gt;
# How bone resorption occurs and link with osteopetrosis&lt;br /&gt;
# True/false: integral membrane protein always alpha helices across membrane&lt;br /&gt;
# mouse injected with sugar/salt question&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 01/0/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss the different ATPases.&lt;br /&gt;
# Discuss the syntesis of proteins on the RER&lt;br /&gt;
# How can you determine the specific activity of hexokinase in yeast? (practical course)&lt;br /&gt;
==== Bijvragen ====&lt;br /&gt;
# Discuss the unfolded protein response pathway.&lt;br /&gt;
# Discuss CO2 transport in red blood cells.&lt;br /&gt;
# Do both mitochondrial membranes have a potential?&lt;br /&gt;
=== 02/06/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss the transport in and out of the nucleus.&lt;br /&gt;
# Discuss the transport of proteins between ER and Golgi.&lt;br /&gt;
# How can you determine the trehalase activity in yeast? (practical course)&lt;br /&gt;
==== Bijvragen ====&lt;br /&gt;
# How does bone resorption occur and how is its defect related to osteoporosis?&lt;br /&gt;
# Is following statement true or false, and why: Integral proteins always consist of alpha-helices across the membrane.&lt;br /&gt;
# Researchers injected a concentrated solution of salt and sugar into the blood of mice. Will the salt and sugar be transported into the epithelial intestinal cells and the intestinal lumen?&lt;br /&gt;
=== 22/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss receptor-mediated endocytosis giving examples.&lt;br /&gt;
# Discuss the different ATPases.&lt;br /&gt;
# Discuss glycosilation giving examples.&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# How does cisternal progression work and what are the evidences that support it?&lt;br /&gt;
# Discuss the unfolded protein response pathway.&lt;br /&gt;
# The change of hydrophobic residues to charged ones in a transmembrane protein causes the secretion of the protein instead of its location in the membrane. Why?&lt;br /&gt;
=== 15/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.&lt;br /&gt;
# Na+/K+ ATPases bespreken. + andere ATPases&lt;br /&gt;
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Hoe diffusie snelheid in je membraan bepalen? (FRAP)&lt;br /&gt;
# Bespreek het transport van CO2 en belang anionentransport in bloed&lt;br /&gt;
# Een vraag rond ATP productie bij verbranden glucose uit voeding en bij spierbeweging&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillende ATPases.&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal. &lt;br /&gt;
# Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.&lt;br /&gt;
# Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.&lt;br /&gt;
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.&lt;br /&gt;
# Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.&lt;br /&gt;
# Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.&lt;br /&gt;
# Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.&lt;br /&gt;
=== 13/06/2019 VM===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.&lt;br /&gt;
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen&lt;br /&gt;
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden&lt;br /&gt;
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
# Watertransportproteïnen&lt;br /&gt;
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?&lt;br /&gt;
# Basolaterale-apicale sortering&lt;br /&gt;
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 7/06/2019 ===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan&lt;br /&gt;
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Selectiviteit van ion channels&lt;br /&gt;
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)&lt;br /&gt;
# Unfolded protein response&lt;br /&gt;
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.&lt;br /&gt;
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14/06/2018 NM===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.&lt;br /&gt;
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden. &lt;br /&gt;
# Bespreek ATPase pompen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan men glucosetransport volgen? &lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek bloed antigen.&lt;br /&gt;
# Hoe wordt de maag verzuurd?&lt;br /&gt;
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?&lt;br /&gt;
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).&lt;br /&gt;
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan). &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/06/2018 VM ===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van  anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2&lt;br /&gt;
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?&lt;br /&gt;
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08/06/2018 NM ===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek import van proteinen in mitochondrien &lt;br /&gt;
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden&lt;br /&gt;
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)&lt;br /&gt;
#Practicum: glucose import&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek verzuring van het maaglumen&lt;br /&gt;
#bespreek unfolded protein response&lt;br /&gt;
#bespreek post golgi proteolytic cleavage &lt;br /&gt;
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --&amp;gt; associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine  moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08/06/2018 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast&lt;br /&gt;
#Watertransportkanalen&lt;br /&gt;
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies&lt;br /&gt;
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11/06/2015 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)&lt;br /&gt;
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi&#039;s van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)&lt;br /&gt;
#Bespreek bloedantigenen&lt;br /&gt;
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)&lt;br /&gt;
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)&lt;br /&gt;
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===05/06/2015 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract? &lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de unfolded protein pathway&lt;br /&gt;
#Bespreek: watertransportproteïnen&lt;br /&gt;
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)&lt;br /&gt;
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/09/2014 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)&lt;br /&gt;
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)&lt;br /&gt;
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, =&amp;gt; GLUT4 transporteert via gradiënt)&lt;br /&gt;
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer =&amp;gt; toevoegen na/k pomp, K-kanaal)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===06/06/2014 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen===&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Vergelijk de ATPasen&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen &lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein &amp;amp; influenza HA)&lt;br /&gt;
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)&lt;br /&gt;
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie. &lt;br /&gt;
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)&lt;br /&gt;
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11/06/2012 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen&lt;br /&gt;
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie&lt;br /&gt;
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER&lt;br /&gt;
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2011 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.&lt;br /&gt;
#Structuur cilia + beweging uitleggen.&lt;br /&gt;
#ATP-ase pompen bespreken.&lt;br /&gt;
#Uitleggen pract. trehalose.&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Basolaterale - apicale sortering&lt;br /&gt;
#Post-golgimodificering van proteinen&lt;br /&gt;
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden&lt;br /&gt;
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.&lt;br /&gt;
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27/06/2011 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Structuur cilia + beweging&lt;br /&gt;
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.&lt;br /&gt;
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?&lt;br /&gt;
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?&lt;br /&gt;
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20/06/2011 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen&lt;br /&gt;
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?&lt;br /&gt;
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering&lt;br /&gt;
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20/06/2011 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur en beweging van cilia&lt;br /&gt;
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten&lt;br /&gt;
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit&lt;br /&gt;
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2011 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking van de cilia&lt;br /&gt;
#Practicum: Trehalase&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Post-Golgi proteolytische processing&lt;br /&gt;
#Aanwijzingen voor cisternale progressie&lt;br /&gt;
#Apicale-basolaterale sortering&lt;br /&gt;
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten&lt;br /&gt;
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen&lt;br /&gt;
===10/06/2011 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen&lt;br /&gt;
#Practicum: cAMP bepaling&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen&lt;br /&gt;
#Bespreek: watertransportproteïnen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/06/2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek&lt;br /&gt;
#Bespreek de bloedantigenen&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes&lt;br /&gt;
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)&lt;br /&gt;
#cAMP determination in function of the nutrients&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#discuss the AB0 system&lt;br /&gt;
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)&lt;br /&gt;
#discuss watertransportproteins&lt;br /&gt;
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis&lt;br /&gt;
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===8/06/2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden&lt;br /&gt;
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen&lt;br /&gt;
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden&lt;br /&gt;
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek de post-golgi proteolytische processing&lt;br /&gt;
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen &lt;br /&gt;
#en nog drie andere...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7/06/2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Synthese proteïnen op RER&lt;br /&gt;
#ATPase pompen bespreken&lt;br /&gt;
#Cilia: beweging en structuur&lt;br /&gt;
#cAMP - bepaling ifv omgeving&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Post-golgi proteolytische processing&lt;br /&gt;
#Apicale - basolaterale sortering&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?&lt;br /&gt;
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder&lt;br /&gt;
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9/06/2009===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Synthese proteïnen op ER&lt;br /&gt;
#ATPasen bespreken&lt;br /&gt;
#Beweging en structuur cilia&lt;br /&gt;
#cAMP bepaling&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren&lt;br /&gt;
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)&lt;br /&gt;
#ABO bloedgroepen&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus&lt;br /&gt;
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9/06/2009===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën&lt;br /&gt;
#die van die cilia&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Die van unfolded protein response&lt;br /&gt;
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie&lt;br /&gt;
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/062008===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek ciliën en hun beweging&lt;br /&gt;
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen&lt;br /&gt;
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan&lt;br /&gt;
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen&lt;br /&gt;
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.&lt;br /&gt;
#bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.&lt;br /&gt;
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2008===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen&lt;br /&gt;
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen&lt;br /&gt;
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek motorproteïnen&lt;br /&gt;
#geef de &amp;quot;unfolded protein respons&amp;quot;&lt;br /&gt;
#weet ik ni meer&lt;br /&gt;
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt&lt;br /&gt;
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&amp;diff=4043</id>
		<title>Molecular Cell Biology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Molecular_Cell_Biology&amp;diff=4043"/>
		<updated>2024-06-13T21:07:20Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Molecular Cell Biology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Main questions&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
#Discuss transport between the ER and lysosomes and maturation processes. Highlight what can go wrong.&lt;br /&gt;
#Two mechanisms for transport of proteins from the cytosol into thylakoids&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Additional questions&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
#How do vacuoles transfer ions and metabolites over its membrane? &lt;br /&gt;
#How are fatty acids incorporated into phospholipids?&lt;br /&gt;
#A novel toxin is found that blocks transport of amino acids into the cell. There is no evidence that the toxin interacts with the amino acid transporter. What can be the cause and what are the effects on amino acid transport? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16/06/2022 schriftelijk (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss transport in and out of the nucleus&lt;br /&gt;
# Discuss vesicle transport between ER and cis-Golgi&lt;br /&gt;
# How can you determine the specific activity of trehalase in yeast? (practical course)&lt;br /&gt;
==== Bijvragen ====&lt;br /&gt;
# How bone resorption occurs and link with osteopetrosis&lt;br /&gt;
# True/false: integral membrane protein always alpha helices across membrane&lt;br /&gt;
# mouse injected with sugar/salt question&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 01/0/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss the different ATPases.&lt;br /&gt;
# Discuss the syntesis of proteins on the RER&lt;br /&gt;
# How can you determine the specific activity of hexokinase in yeast? (practical course)&lt;br /&gt;
==== Bijvragen ====&lt;br /&gt;
# Discuss the unfolded protein response pathway.&lt;br /&gt;
# Discuss CO2 transport in red blood cells.&lt;br /&gt;
# Do both mitochondrial membranes have a potential?&lt;br /&gt;
=== 02/06/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss the transport in and out of the nucleus.&lt;br /&gt;
# Discuss the transport of proteins between ER and Golgi.&lt;br /&gt;
# How can you determine the trehalase activity in yeast? (practical course)&lt;br /&gt;
==== Bijvragen ====&lt;br /&gt;
# How does bone resorption occur and how is its defect related to osteoporosis?&lt;br /&gt;
# Is following statement true or false, and why: Integral proteins always consist of alpha-helices across the membrane.&lt;br /&gt;
# Researchers injected a concentrated solution of salt and sugar into the blood of mice. Will the salt and sugar be transported into the epithelial intestinal cells and the intestinal lumen?&lt;br /&gt;
=== 22/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Discuss receptor-mediated endocytosis giving examples.&lt;br /&gt;
# Discuss the different ATPases.&lt;br /&gt;
# Discuss glycosilation giving examples.&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# How does cisternal progression work and what are the evidences that support it?&lt;br /&gt;
# Discuss the unfolded protein response pathway.&lt;br /&gt;
# The change of hydrophobic residues to charged ones in a transmembrane protein causes the secretion of the protein instead of its location in the membrane. Why?&lt;br /&gt;
=== 15/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.&lt;br /&gt;
# Na+/K+ ATPases bespreken. + andere ATPases&lt;br /&gt;
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Hoe diffusie snelheid in je membraan bepalen? (FRAP)&lt;br /&gt;
# Bespreek het transport van CO2 en belang anionentransport in bloed&lt;br /&gt;
# Een vraag rond ATP productie bij verbranden glucose uit voeding en bij spierbeweging&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillende ATPases.&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal. &lt;br /&gt;
# Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.&lt;br /&gt;
# Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.&lt;br /&gt;
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.&lt;br /&gt;
# Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.&lt;br /&gt;
# Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.&lt;br /&gt;
# Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.&lt;br /&gt;
=== 13/06/2019 VM===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.&lt;br /&gt;
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen&lt;br /&gt;
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden&lt;br /&gt;
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
==== Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
# Watertransportproteïnen&lt;br /&gt;
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?&lt;br /&gt;
# Basolaterale-apicale sortering&lt;br /&gt;
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 7/06/2019 ===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan&lt;br /&gt;
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Selectiviteit van ion channels&lt;br /&gt;
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)&lt;br /&gt;
# Unfolded protein response&lt;br /&gt;
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.&lt;br /&gt;
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14/06/2018 NM===&lt;br /&gt;
==== Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.&lt;br /&gt;
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden. &lt;br /&gt;
# Bespreek ATPase pompen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan men glucosetransport volgen? &lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
# Bespreek bloed antigen.&lt;br /&gt;
# Hoe wordt de maag verzuurd?&lt;br /&gt;
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?&lt;br /&gt;
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).&lt;br /&gt;
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan). &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/06/2018 VM ===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van  anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2&lt;br /&gt;
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?&lt;br /&gt;
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08/06/2018 NM ===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek import van proteinen in mitochondrien &lt;br /&gt;
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden&lt;br /&gt;
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)&lt;br /&gt;
#Practicum: glucose import&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek verzuring van het maaglumen&lt;br /&gt;
#bespreek unfolded protein response&lt;br /&gt;
#bespreek post golgi proteolytic cleavage &lt;br /&gt;
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --&amp;gt; associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine  moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===08/06/2018 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast&lt;br /&gt;
#Watertransportkanalen&lt;br /&gt;
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies&lt;br /&gt;
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11/06/2015 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)&lt;br /&gt;
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi&#039;s van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)&lt;br /&gt;
#Bespreek bloedantigenen&lt;br /&gt;
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)&lt;br /&gt;
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)&lt;br /&gt;
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===05/06/2015 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract? &lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de unfolded protein pathway&lt;br /&gt;
#Bespreek: watertransportproteïnen&lt;br /&gt;
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)&lt;br /&gt;
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===01/09/2014 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)&lt;br /&gt;
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)&lt;br /&gt;
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, =&amp;gt; GLUT4 transporteert via gradiënt)&lt;br /&gt;
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer =&amp;gt; toevoegen na/k pomp, K-kanaal)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===06/06/2014 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen===&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Vergelijk de ATPasen&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen &lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein &amp;amp; influenza HA)&lt;br /&gt;
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)&lt;br /&gt;
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie. &lt;br /&gt;
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)&lt;br /&gt;
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11/06/2012 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen&lt;br /&gt;
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie&lt;br /&gt;
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER&lt;br /&gt;
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2011 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.&lt;br /&gt;
#Structuur cilia + beweging uitleggen.&lt;br /&gt;
#ATP-ase pompen bespreken.&lt;br /&gt;
#Uitleggen pract. trehalose.&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Basolaterale - apicale sortering&lt;br /&gt;
#Post-golgimodificering van proteinen&lt;br /&gt;
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden&lt;br /&gt;
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.&lt;br /&gt;
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27/06/2011 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Structuur cilia + beweging&lt;br /&gt;
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.&lt;br /&gt;
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?&lt;br /&gt;
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?&lt;br /&gt;
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20/06/2011 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen&lt;br /&gt;
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?&lt;br /&gt;
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering&lt;br /&gt;
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20/06/2011 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur en beweging van cilia&lt;br /&gt;
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende ATPases&lt;br /&gt;
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten&lt;br /&gt;
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit&lt;br /&gt;
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2011 NM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking van de cilia&lt;br /&gt;
#Practicum: Trehalase&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Post-Golgi proteolytische processing&lt;br /&gt;
#Aanwijzingen voor cisternale progressie&lt;br /&gt;
#Apicale-basolaterale sortering&lt;br /&gt;
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten&lt;br /&gt;
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen&lt;br /&gt;
===10/06/2011 VM===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen&lt;br /&gt;
#Practicum: cAMP bepaling&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen&lt;br /&gt;
#Bespreek: watertransportproteïnen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/06/2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen&lt;br /&gt;
#Bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek&lt;br /&gt;
#Bespreek de bloedantigenen&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes&lt;br /&gt;
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)&lt;br /&gt;
#cAMP determination in function of the nutrients&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#discuss the AB0 system&lt;br /&gt;
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)&lt;br /&gt;
#discuss watertransportproteins&lt;br /&gt;
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis&lt;br /&gt;
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===8/06/2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden&lt;br /&gt;
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen&lt;br /&gt;
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden&lt;br /&gt;
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek de post-golgi proteolytische processing&lt;br /&gt;
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen &lt;br /&gt;
#en nog drie andere...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7/06/2010===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Synthese proteïnen op RER&lt;br /&gt;
#ATPase pompen bespreken&lt;br /&gt;
#Cilia: beweging en structuur&lt;br /&gt;
#cAMP - bepaling ifv omgeving&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Post-golgi proteolytische processing&lt;br /&gt;
#Apicale - basolaterale sortering&lt;br /&gt;
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?&lt;br /&gt;
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder&lt;br /&gt;
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9/06/2009===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Synthese proteïnen op ER&lt;br /&gt;
#ATPasen bespreken&lt;br /&gt;
#Beweging en structuur cilia&lt;br /&gt;
#cAMP bepaling&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren&lt;br /&gt;
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)&lt;br /&gt;
#ABO bloedgroepen&lt;br /&gt;
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus&lt;br /&gt;
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===9/06/2009===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën&lt;br /&gt;
#die van die cilia&lt;br /&gt;
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.&lt;br /&gt;
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Die van unfolded protein response&lt;br /&gt;
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)&lt;br /&gt;
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?&lt;br /&gt;
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie&lt;br /&gt;
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17/062008===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek ciliën en hun beweging&lt;br /&gt;
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen&lt;br /&gt;
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan&lt;br /&gt;
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen&lt;br /&gt;
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.&lt;br /&gt;
#bespreek glycosylatie in het ER&lt;br /&gt;
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.&lt;br /&gt;
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2008===&lt;br /&gt;
====Hoofdvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER&lt;br /&gt;
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen&lt;br /&gt;
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen&lt;br /&gt;
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving&lt;br /&gt;
====Bijvragen====&lt;br /&gt;
#bespreek motorproteïnen&lt;br /&gt;
#geef de &amp;quot;unfolded protein respons&amp;quot;&lt;br /&gt;
#weet ik ni meer&lt;br /&gt;
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt&lt;br /&gt;
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=4029</id>
		<title>Chemistry at nanometer scale</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=4029"/>
		<updated>2024-06-12T15:57:36Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Machemie]]&lt;br /&gt;
=Vakinformatie= &lt;br /&gt;
Chemistry at nanometer scale, taught by Prof. De Feyter&lt;br /&gt;
=Examenvragen=&lt;br /&gt;
Also check vtk wiki: https://wiki.vtk.be/Chemistry_at_Nanometre_Scale_(H06A6A)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==2024==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 27/06/2024 13h30 and 14h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 27/06/2024 08h30 and 09h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 13/06/2024 13h30 and 14h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 13/06/2024 08h30 and 09h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 10/06/2024 13h30 and 14h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 10/06/2024 08h30 and 09h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 07/06/2024 13h30 and 14h30===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 07/06/2024 08h30 and 09h30===&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question one:&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
* How can you make a gold surface hydrophobic or hydrophilic? &lt;br /&gt;
* How can you change the hydrophobicity/hydrophilicity of the surface?&lt;br /&gt;
* How would you determine this macroscopically? &lt;br /&gt;
* How can you detect this microscopically? &lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question two:&#039;&#039;&#039; Si nanowire n-type semiconductor, DNA absorbed to it to detect positively charged proteins. &lt;br /&gt;
* Explain the mechanism used for protein sensing.&lt;br /&gt;
* Right/wrong: The thicker the diameter, the more sensitive. (Ignore band gap)&lt;br /&gt;
* What is the function of PEG on this wire? &lt;br /&gt;
* Photo&#039;s shown, what kind of visualization technique would you use? &lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question three:&#039;&#039;&#039; hybrid-LBL with Au and Fe&lt;br /&gt;
* How can you simple separate Fe and Au? &lt;br /&gt;
* Explain how to make water-soluble Au NPs&lt;br /&gt;
* Protocol given for iron oxide particles, draw molecule/structure of Fe NPs&lt;br /&gt;
* When the LBL is assembled, a red-shift is observed, how come? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 06/06/2024 14h00 and 15h00===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question one&#039;&#039;&#039;: Description of a paper with a picture of a dendrimer encapsulating a chromophore with a heterocycle.&lt;br /&gt;
#Na ions are selectively absorbed by this dendrimer. Why? (heterocycle is specific for Na)&lt;br /&gt;
#Discuss an approach to synthesize this dendrimer. (I explained the actual organic synthesis, but apparently he was after convergent and divergent synthesis and what the (dis)advantages of each method are)&lt;br /&gt;
#Discuss the change in viscosity of this dendrimer type upon going from low to high generations.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question two&#039;&#039;&#039;: Both carbon NTs and graphene have some disadvantages, in terms of their properties, when it comes to electronic applications. Why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question three&#039;&#039;&#039;: Why is it sometimes observed that upon diluting a solution of ligand-shell protected NPs, based on non-covalent chemistry, the particles aggregate?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question four&#039;&#039;&#039;: Again discription of a paper (see slide 34 of chapter 16!)&lt;br /&gt;
#Suggest a way to make the &amp;quot;chemical contrast&amp;quot; lines. There is almost no difference in topography between the lines. What is the purpose of the chemical contrast lines?&lt;br /&gt;
#What is the surface property of the darkes lines in the figure (specific for this paper but analogous to silde 34) if you know that the PMMA blocks of the PMMA-PS block-copolymer preferentially absorb here?&lt;br /&gt;
#What Scanning Probe Technology would you use to reveal the topography and nanostructuring?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==2021==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Exam 4 June 2021===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.Give the optimal way to make a gold surface:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Hydrophobic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Hydrophilic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. What kind of technique would u use to measure the tickness&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Explain this technique&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
f. Right/Wrong: I don&#039;t remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would u make the silicon nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. How can you read out the binding of the negative charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. How can you improve the binding of the protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don&#039;t remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==2016==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;14 June 2016 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
(of course I only notice they&#039;re the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Give the optimal way to create:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)&lt;br /&gt;
b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain&lt;br /&gt;
c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)&lt;br /&gt;
d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart&lt;br /&gt;
e) A thiol &amp;quot;drawing&amp;quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm&lt;br /&gt;
f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart&lt;br /&gt;
g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Correct/wrong and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration&lt;br /&gt;
b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;13 June 2016 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Same questions as 05 June 2015 10:00&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==2015==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;22 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) Na+ adsorption why?&lt;br /&gt;
(2) structure&lt;br /&gt;
(3) how to synthesis?&lt;br /&gt;
(4) viscosity change with higher generation&lt;br /&gt;
(5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) how to make chemical contrast?&lt;br /&gt;
(2) how copolymer ordered on that?&lt;br /&gt;
(3) how to characterise this pattern?&lt;br /&gt;
3.LbL pH sensor just like exercise 1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;23 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface&lt;br /&gt;
b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)&lt;br /&gt;
c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. reaction with PEG&lt;br /&gt;
b. how to characterize it&lt;br /&gt;
c. something else I dont remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how to separate the different np&lt;br /&gt;
b) how to synthetize np in water.&lt;br /&gt;
c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.&lt;br /&gt;
write what happens chemically and draw the composition of NPs&lt;br /&gt;
d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;15th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How would you make a monolayer in graphene?&lt;br /&gt;
b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?&lt;br /&gt;
c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?&lt;br /&gt;
d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?&lt;br /&gt;
e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?&lt;br /&gt;
f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?&lt;br /&gt;
g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)&lt;br /&gt;
b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;19th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) describe how one can prepare gold nanoparticles&lt;br /&gt;
b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands&lt;br /&gt;
c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP&lt;br /&gt;
d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) why is it hard to disperse SWCNTS?&lt;br /&gt;
b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;5 June 2015 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:&lt;br /&gt;
&amp;quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.&#039;&amp;quot;&#039;&lt;br /&gt;
Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what&#039;s correct/wrong/nonsense and why.&lt;br /&gt;
Comment on this statement (correct/wrong and why?):&lt;br /&gt;
&amp;quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&amp;quot;&lt;br /&gt;
On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)&lt;br /&gt;
What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment&lt;br /&gt;
Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:&lt;br /&gt;
a macroscopic technique and&lt;br /&gt;
a technique which operates at the nano to micro scale&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.&lt;br /&gt;
Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)&lt;br /&gt;
Alt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
+/- Charged spheres assembled lattice&lt;br /&gt;
In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.&lt;br /&gt;
[edit]Old NanoForum questions&lt;br /&gt;
These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Comment (right/wrong and why)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and&lt;br /&gt;
solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b) The formation of &#039;objects&#039; with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.&lt;br /&gt;
c) A continuous flux of energy into the &#039;system&#039; is bad for the formation of ordered&lt;br /&gt;
patterns.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor&lt;br /&gt;
particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What&#039;s the driving force for the formation of these complexes?&lt;br /&gt;
b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?&lt;br /&gt;
Explain by using an energy diagram.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral&lt;br /&gt;
side chain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe&lt;br /&gt;
microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).&lt;br /&gt;
the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)&lt;br /&gt;
d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)&lt;br /&gt;
e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.&lt;br /&gt;
Adding surfactants to water makes the surface tension higher&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What is the ‘principle’ behind this?&lt;br /&gt;
What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)&lt;br /&gt;
c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)&lt;br /&gt;
==2014==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 14th 2014, afternoon&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What are the function of the materials and how does this device work&lt;br /&gt;
How do you change the bandgap of the CdSe nanorods&lt;br /&gt;
c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots&lt;br /&gt;
d) How do you make nanorods in stead of quantum dots&lt;br /&gt;
e) How would you study the structure of this device&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?&lt;br /&gt;
c) What are the benefits of this kind of device.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven&lt;br /&gt;
b) How does the molecule dispence the CNT&lt;br /&gt;
c) What molecular interactions are involved in this mechanism&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True are false questions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm&lt;br /&gt;
b and c) can&#039;t remember&lt;br /&gt;
d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?&lt;br /&gt;
5th: a question about the layer by layer method, can&#039;t remember it exactly&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution&lt;br /&gt;
--&amp;gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain&lt;br /&gt;
--&amp;gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis&lt;br /&gt;
e) what is the (chemical) role of Au particle here?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&amp;gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Similar like previous years:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True/false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&amp;gt; wrong, no fluorescence, particle is too large&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&amp;gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&amp;gt; bigger effect from proteins, more sensitive.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &amp;gt; &amp;lt; in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or Wrong&lt;br /&gt;
Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you&#039;re using gold and gold forms no oxide , this doesn&#039;t work. So the answer was wrong&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or wrong&lt;br /&gt;
Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Question about soft lithography,&lt;br /&gt;
Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale&lt;br /&gt;
I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don&#039;t remember the name and contact angle measurements for the macro&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.	Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;27/06 exam&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. how to play with bandgap?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. why longer nanorods is more efficient?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. how you make nanorods instead of nanodot?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. how you measure the topography and composition?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. a. explain nanowire-based protein detection&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. draw the output&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. what is the advantage?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. a. why CNT can&#039;t be dispersed?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. what is ur suggested solution?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. T/F&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. entropy-driven self assembly can only happen in water&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that&#039;s what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won&#039;t grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&amp;gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &amp;quot;trench-shaped&amp;quot; structures of 5µm width -&amp;gt; pdms stamping can go to 50nm -&amp;gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;20 June 2014&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 23rd 2014 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 24th 2014 10.00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Q#1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?&lt;br /&gt;
How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a &#039;continuous&#039; tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)&lt;br /&gt;
How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.&lt;br /&gt;
The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Describe the operation (not the fabrication) of this device.&lt;br /&gt;
Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases&lt;br /&gt;
Describe the characterization method (full AFM description)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)&lt;br /&gt;
Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)&lt;br /&gt;
Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&amp;gt;650nm) upon aggregation.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_Nanometer_scale&amp;diff=3971</id>
		<title>Chemistry at Nanometer scale</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_Nanometer_scale&amp;diff=3971"/>
		<updated>2024-06-07T05:56:17Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Chemistry at Nanometer scale&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/H06A6AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Zie master Chemie: https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&amp;diff=3970</id>
		<title>Categorie:Bachelor Chemie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Chemie&amp;diff=3970"/>
		<updated>2024-06-07T05:55:28Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die gedoceerd worden in de Bachelor Chemie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Biochemie&amp;diff=3969</id>
		<title>Categorie:Bachelor Biochemie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Bachelor_Biochemie&amp;diff=3969"/>
		<updated>2024-06-07T05:55:18Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Bachelor Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&amp;diff=3968</id>
		<title>Categorie:Machemie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Machemie&amp;diff=3968"/>
		<updated>2024-06-07T05:54:42Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Chemie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3967</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3967"/>
		<updated>2024-06-07T05:54:20Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&#039;&#039;&#039;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3966</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3966"/>
		<updated>2024-06-07T05:54:13Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3965</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3965"/>
		<updated>2024-06-07T05:54:07Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3964</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3964"/>
		<updated>2024-06-07T05:54:01Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3963</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3963"/>
		<updated>2024-06-07T05:53:51Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3962</id>
		<title>Categorie:Mabb</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Categorie:Mabb&amp;diff=3962"/>
		<updated>2024-06-07T05:53:39Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: &lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;Vakken die worden gedoceerd in de Master Biochemie &amp;amp; Biotechnologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Vergeet niet om na je examen de wiki aan te vullen!&lt;br /&gt;
Don&#039;t forget to add your exam questions to the wiki after your exam!&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3955</id>
		<title>Chemistry at nanometer scale</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3955"/>
		<updated>2024-06-06T19:40:20Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Machemie]]&lt;br /&gt;
=Vakinformatie= &lt;br /&gt;
Chemistry at nanometer scale, taught by Prof. De Feyter&lt;br /&gt;
=Examenvragen=&lt;br /&gt;
Also check vtk wiki: https://wiki.vtk.be/Chemistry_at_Nanometre_Scale_(H06A6A)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6th of June 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question one&#039;&#039;&#039;: Description of a paper with a picture of a dendrimer encapsulating a chromophore with a heterocycle.&lt;br /&gt;
#Na ions are selectively absorbed by this dendrimer. Why? (heterocycle is specific for Na)&lt;br /&gt;
#Discuss an approach to synthesize this dendrimer. (I explained the actual organic synthesis, but apparently he was after convergent and divergent synthesis and what the (dis)advantages of each method are)&lt;br /&gt;
#Discuss the change in viscosity of this dendrimer type upon going from low to high generations.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question two&#039;&#039;&#039;: Both carbon NTs and graphene have some disadvantages, in terms of their properties, when it comes to electronic applications. Why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question three&#039;&#039;&#039;: Why is it sometimes observed that upon diluting a solution of ligand-shell protected NPs, based on non-covalent chemistry, the particles aggregate?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question four&#039;&#039;&#039;: Again discription of a paper (see slide 34 of chapter 16!)&lt;br /&gt;
#Suggest a way to make the &amp;quot;chemical contrast&amp;quot; lines. There is almost no difference in topography between the lines. What is the purpose of the chemical contrast lines?&lt;br /&gt;
#What is the surface property of the darkes lines in the figure (specific for this paper but analogous to silde 34) if you know that the PMMA blocks of the PMMA-PS block-copolymer preferentially absorb here?&lt;br /&gt;
#What Scanning Probe Technology would you use to reveal the topography and nanostructuring?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===4 June 2021===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.Give the optimal way to make a gold surface:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Hydrophobic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Hydrophilic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. What kind of technique would u use to measure the tickness&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Explain this technique&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
f. Right/Wrong: I don&#039;t remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would u make the silicon nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. How can you read out the binding of the negative charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. How can you improve the binding of the protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don&#039;t remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;14 June 2016 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
(of course I only notice they&#039;re the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Give the optimal way to create:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)&lt;br /&gt;
b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain&lt;br /&gt;
c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)&lt;br /&gt;
d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart&lt;br /&gt;
e) A thiol &amp;quot;drawing&amp;quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm&lt;br /&gt;
f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart&lt;br /&gt;
g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Correct/wrong and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration&lt;br /&gt;
b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;13 June 2016 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Same questions as 05 June 2015 10:00&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;22 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) Na+ adsorption why?&lt;br /&gt;
(2) structure&lt;br /&gt;
(3) how to synthesis?&lt;br /&gt;
(4) viscosity change with higher generation&lt;br /&gt;
(5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) how to make chemical contrast?&lt;br /&gt;
(2) how copolymer ordered on that?&lt;br /&gt;
(3) how to characterise this pattern?&lt;br /&gt;
3.LbL pH sensor just like exercise 1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;23 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface&lt;br /&gt;
b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)&lt;br /&gt;
c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. reaction with PEG&lt;br /&gt;
b. how to characterize it&lt;br /&gt;
c. something else I dont remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how to separate the different np&lt;br /&gt;
b) how to synthetize np in water.&lt;br /&gt;
c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.&lt;br /&gt;
write what happens chemically and draw the composition of NPs&lt;br /&gt;
d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;15th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How would you make a monolayer in graphene?&lt;br /&gt;
b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?&lt;br /&gt;
c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?&lt;br /&gt;
d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?&lt;br /&gt;
e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?&lt;br /&gt;
f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?&lt;br /&gt;
g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)&lt;br /&gt;
b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;19th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) describe how one can prepare gold nanoparticles&lt;br /&gt;
b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands&lt;br /&gt;
c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP&lt;br /&gt;
d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) why is it hard to disperse SWCNTS?&lt;br /&gt;
b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;5 June 2015 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:&lt;br /&gt;
&amp;quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.&#039;&amp;quot;&#039;&lt;br /&gt;
Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what&#039;s correct/wrong/nonsense and why.&lt;br /&gt;
Comment on this statement (correct/wrong and why?):&lt;br /&gt;
&amp;quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&amp;quot;&lt;br /&gt;
On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)&lt;br /&gt;
What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment&lt;br /&gt;
Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:&lt;br /&gt;
a macroscopic technique and&lt;br /&gt;
a technique which operates at the nano to micro scale&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.&lt;br /&gt;
Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)&lt;br /&gt;
Alt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
+/- Charged spheres assembled lattice&lt;br /&gt;
In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.&lt;br /&gt;
[edit]Old NanoForum questions&lt;br /&gt;
These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Comment (right/wrong and why)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and&lt;br /&gt;
solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b) The formation of &#039;objects&#039; with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.&lt;br /&gt;
c) A continuous flux of energy into the &#039;system&#039; is bad for the formation of ordered&lt;br /&gt;
patterns.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor&lt;br /&gt;
particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What&#039;s the driving force for the formation of these complexes?&lt;br /&gt;
b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?&lt;br /&gt;
Explain by using an energy diagram.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral&lt;br /&gt;
side chain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe&lt;br /&gt;
microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).&lt;br /&gt;
the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)&lt;br /&gt;
d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)&lt;br /&gt;
e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.&lt;br /&gt;
Adding surfactants to water makes the surface tension higher&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What is the ‘principle’ behind this?&lt;br /&gt;
What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)&lt;br /&gt;
c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 14th 2014, afternoon&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What are the function of the materials and how does this device work&lt;br /&gt;
How do you change the bandgap of the CdSe nanorods&lt;br /&gt;
c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots&lt;br /&gt;
d) How do you make nanorods in stead of quantum dots&lt;br /&gt;
e) How would you study the structure of this device&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?&lt;br /&gt;
c) What are the benefits of this kind of device.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven&lt;br /&gt;
b) How does the molecule dispence the CNT&lt;br /&gt;
c) What molecular interactions are involved in this mechanism&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True are false questions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm&lt;br /&gt;
b and c) can&#039;t remember&lt;br /&gt;
d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?&lt;br /&gt;
5th: a question about the layer by layer method, can&#039;t remember it exactly&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution&lt;br /&gt;
--&amp;gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain&lt;br /&gt;
--&amp;gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis&lt;br /&gt;
e) what is the (chemical) role of Au particle here?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&amp;gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Similar like previous years:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True/false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&amp;gt; wrong, no fluorescence, particle is too large&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&amp;gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&amp;gt; bigger effect from proteins, more sensitive.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &amp;gt; &amp;lt; in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or Wrong&lt;br /&gt;
Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you&#039;re using gold and gold forms no oxide , this doesn&#039;t work. So the answer was wrong&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or wrong&lt;br /&gt;
Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Question about soft lithography,&lt;br /&gt;
Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale&lt;br /&gt;
I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don&#039;t remember the name and contact angle measurements for the macro&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.	Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;27/06 exam&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. how to play with bandgap?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. why longer nanorods is more efficient?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. how you make nanorods instead of nanodot?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. how you measure the topography and composition?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. a. explain nanowire-based protein detection&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. draw the output&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. what is the advantage?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. a. why CNT can&#039;t be dispersed?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. what is ur suggested solution?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. T/F&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. entropy-driven self assembly can only happen in water&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that&#039;s what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won&#039;t grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&amp;gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &amp;quot;trench-shaped&amp;quot; structures of 5µm width -&amp;gt; pdms stamping can go to 50nm -&amp;gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;20 June 2014&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 23rd 2014 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 24th 2014 10.00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Q#1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?&lt;br /&gt;
How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a &#039;continuous&#039; tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)&lt;br /&gt;
How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.&lt;br /&gt;
The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Describe the operation (not the fabrication) of this device.&lt;br /&gt;
Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases&lt;br /&gt;
Describe the characterization method (full AFM description)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)&lt;br /&gt;
Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)&lt;br /&gt;
Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&amp;gt;650nm) upon aggregation.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3954</id>
		<title>Chemistry at nanometer scale</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3954"/>
		<updated>2024-06-06T19:39:38Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 6th of June 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Machemie]]&lt;br /&gt;
=Vakinformatie= &lt;br /&gt;
Chemistry at nanometer scale, taught by Prof. De Feyter&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
Also check vtk wiki: https://wiki.vtk.be/Chemistry_at_Nanometre_Scale_(H06A6A)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6th of June 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question one&#039;&#039;&#039;: Description of a paper with a picture of a dendrimer encapsulating a chromophore with a heterocycle.&lt;br /&gt;
#Na ions are selectively absorbed by this dendrimer. Why? (heterocycle is specific for Na)&lt;br /&gt;
#Discuss an approach to synthesize this dendrimer. (I explained the actual organic synthesis, but apparently he was after convergent and divergent synthesis and what the (dis)advantages of each method are)&lt;br /&gt;
#Discuss the change in viscosity of this dendrimer type upon going from low to high generations.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question two&#039;&#039;&#039;: Both carbon NTs and graphene have some disadvantages, in terms of their properties, when it comes to electronic applications. Why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question three&#039;&#039;&#039;: Why is it sometimes observed that upon diluting a solution of ligand-shell protected NPs, based on non-covalent chemistry, the particles aggregate?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question four&#039;&#039;&#039;: Again discription of a paper (see slide 34 of chapter 16!)&lt;br /&gt;
#Suggest a way to make the &amp;quot;chemical contrast&amp;quot; lines. There is almost no difference in topography between the lines. What is the purpose of the chemical contrast lines?&lt;br /&gt;
#What is the surface property of the darkes lines in the figure (specific for this paper but analogous to silde 34) if you know that the PMMA blocks of the PMMA-PS block-copolymer preferentially absorb here?&lt;br /&gt;
#What Scanning Probe Technology would you use to reveal the topography and nanostructuring?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===4 June 2021===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.Give the optimal way to make a gold surface:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Hydrophobic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Hydrophilic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. What kind of technique would u use to measure the tickness&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Explain this technique&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
f. Right/Wrong: I don&#039;t remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would u make the silicon nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. How can you read out the binding of the negative charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. How can you improve the binding of the protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don&#039;t remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;14 June 2016 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
(of course I only notice they&#039;re the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Give the optimal way to create:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)&lt;br /&gt;
b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain&lt;br /&gt;
c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)&lt;br /&gt;
d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart&lt;br /&gt;
e) A thiol &amp;quot;drawing&amp;quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm&lt;br /&gt;
f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart&lt;br /&gt;
g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Correct/wrong and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration&lt;br /&gt;
b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;13 June 2016 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Same questions as 05 June 2015 10:00&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;22 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) Na+ adsorption why?&lt;br /&gt;
(2) structure&lt;br /&gt;
(3) how to synthesis?&lt;br /&gt;
(4) viscosity change with higher generation&lt;br /&gt;
(5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) how to make chemical contrast?&lt;br /&gt;
(2) how copolymer ordered on that?&lt;br /&gt;
(3) how to characterise this pattern?&lt;br /&gt;
3.LbL pH sensor just like exercise 1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;23 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface&lt;br /&gt;
b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)&lt;br /&gt;
c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. reaction with PEG&lt;br /&gt;
b. how to characterize it&lt;br /&gt;
c. something else I dont remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how to separate the different np&lt;br /&gt;
b) how to synthetize np in water.&lt;br /&gt;
c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.&lt;br /&gt;
write what happens chemically and draw the composition of NPs&lt;br /&gt;
d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;15th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How would you make a monolayer in graphene?&lt;br /&gt;
b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?&lt;br /&gt;
c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?&lt;br /&gt;
d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?&lt;br /&gt;
e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?&lt;br /&gt;
f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?&lt;br /&gt;
g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)&lt;br /&gt;
b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;19th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) describe how one can prepare gold nanoparticles&lt;br /&gt;
b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands&lt;br /&gt;
c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP&lt;br /&gt;
d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) why is it hard to disperse SWCNTS?&lt;br /&gt;
b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;5 June 2015 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:&lt;br /&gt;
&amp;quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.&#039;&amp;quot;&#039;&lt;br /&gt;
Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what&#039;s correct/wrong/nonsense and why.&lt;br /&gt;
Comment on this statement (correct/wrong and why?):&lt;br /&gt;
&amp;quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&amp;quot;&lt;br /&gt;
On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)&lt;br /&gt;
What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment&lt;br /&gt;
Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:&lt;br /&gt;
a macroscopic technique and&lt;br /&gt;
a technique which operates at the nano to micro scale&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.&lt;br /&gt;
Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)&lt;br /&gt;
Alt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
+/- Charged spheres assembled lattice&lt;br /&gt;
In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.&lt;br /&gt;
[edit]Old NanoForum questions&lt;br /&gt;
These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Comment (right/wrong and why)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and&lt;br /&gt;
solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b) The formation of &#039;objects&#039; with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.&lt;br /&gt;
c) A continuous flux of energy into the &#039;system&#039; is bad for the formation of ordered&lt;br /&gt;
patterns.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor&lt;br /&gt;
particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What&#039;s the driving force for the formation of these complexes?&lt;br /&gt;
b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?&lt;br /&gt;
Explain by using an energy diagram.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral&lt;br /&gt;
side chain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe&lt;br /&gt;
microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).&lt;br /&gt;
the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)&lt;br /&gt;
d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)&lt;br /&gt;
e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.&lt;br /&gt;
Adding surfactants to water makes the surface tension higher&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What is the ‘principle’ behind this?&lt;br /&gt;
What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)&lt;br /&gt;
c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 14th 2014, afternoon&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What are the function of the materials and how does this device work&lt;br /&gt;
How do you change the bandgap of the CdSe nanorods&lt;br /&gt;
c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots&lt;br /&gt;
d) How do you make nanorods in stead of quantum dots&lt;br /&gt;
e) How would you study the structure of this device&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?&lt;br /&gt;
c) What are the benefits of this kind of device.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven&lt;br /&gt;
b) How does the molecule dispence the CNT&lt;br /&gt;
c) What molecular interactions are involved in this mechanism&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True are false questions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm&lt;br /&gt;
b and c) can&#039;t remember&lt;br /&gt;
d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?&lt;br /&gt;
5th: a question about the layer by layer method, can&#039;t remember it exactly&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution&lt;br /&gt;
--&amp;gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain&lt;br /&gt;
--&amp;gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis&lt;br /&gt;
e) what is the (chemical) role of Au particle here?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&amp;gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Similar like previous years:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True/false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&amp;gt; wrong, no fluorescence, particle is too large&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&amp;gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&amp;gt; bigger effect from proteins, more sensitive.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &amp;gt; &amp;lt; in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or Wrong&lt;br /&gt;
Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you&#039;re using gold and gold forms no oxide , this doesn&#039;t work. So the answer was wrong&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or wrong&lt;br /&gt;
Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Question about soft lithography,&lt;br /&gt;
Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale&lt;br /&gt;
I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don&#039;t remember the name and contact angle measurements for the macro&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.	Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;27/06 exam&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. how to play with bandgap?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. why longer nanorods is more efficient?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. how you make nanorods instead of nanodot?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. how you measure the topography and composition?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. a. explain nanowire-based protein detection&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. draw the output&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. what is the advantage?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. a. why CNT can&#039;t be dispersed?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. what is ur suggested solution?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. T/F&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. entropy-driven self assembly can only happen in water&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that&#039;s what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won&#039;t grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&amp;gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &amp;quot;trench-shaped&amp;quot; structures of 5µm width -&amp;gt; pdms stamping can go to 50nm -&amp;gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;20 June 2014&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 23rd 2014 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 24th 2014 10.00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Q#1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?&lt;br /&gt;
How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a &#039;continuous&#039; tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)&lt;br /&gt;
How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.&lt;br /&gt;
The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Describe the operation (not the fabrication) of this device.&lt;br /&gt;
Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases&lt;br /&gt;
Describe the characterization method (full AFM description)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)&lt;br /&gt;
Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)&lt;br /&gt;
Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&amp;gt;650nm) upon aggregation.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3953</id>
		<title>Chemistry at nanometer scale</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3953"/>
		<updated>2024-06-06T19:39:16Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 6th of June 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Machemie]]&lt;br /&gt;
=Vakinformatie= &lt;br /&gt;
Chemistry at nanometer scale, taught by Prof. De Feyter&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
Also check vtk wiki: https://wiki.vtk.be/Chemistry_at_Nanometre_Scale_(H06A6A)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6th of June 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question one&#039;&#039;&#039;: Description of a paper with a picture of a dendrimer encapsulating a chromophore with a heterocycle.&lt;br /&gt;
#Na ions are selectively absorbed by this dendrimer. Why? (heterocycle is specific for Na)&lt;br /&gt;
#Discuss an approach to synthesize this dendrimer. (I explained the actual organic synthesis, but apparently he was after convergent and divergent synthesis and what the (dis)advantages of each method are)&lt;br /&gt;
#Discuss the change in viscosity of this dendrimer type upon going from low to high generations.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question two&#039;&#039;&#039;: Both carbon NTs and graphene have some disadvantages, in terms of their properties, when it comes to electronic applications. Why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question three&#039;&#039;&#039;: Why is it sometimes observed that upon diluting a solution of ligand-shell protected NPs, based on non-covalent chemistry, the particles aggregate?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question four&#039;&#039;&#039;: Again discription of a paper (see slide 34 of chapter 16!)&lt;br /&gt;
#Suggest a way to make the &amp;quot;chemical contrast&amp;quot; lines. There is almost no difference in topography between the lines. What is the purpose of the chemical contrast lines?&lt;br /&gt;
#What is the surface property of the darkes lines in the figure (specific for this paper but analogous to silde 34) if you know that the PMMA blocks of the PMMA-PS block-copolymer preferentially absorb here?&lt;br /&gt;
#What Scanning Probe Technology would you use to reveal the topography and nanostructuring?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;4 June 2021&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.Give the optimal way to make a gold surface:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Hydrophobic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Hydrophilic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. What kind of technique would u use to measure the tickness&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Explain this technique&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
f. Right/Wrong: I don&#039;t remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would u make the silicon nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. How can you read out the binding of the negative charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. How can you improve the binding of the protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don&#039;t remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;14 June 2016 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
(of course I only notice they&#039;re the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Give the optimal way to create:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)&lt;br /&gt;
b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain&lt;br /&gt;
c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)&lt;br /&gt;
d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart&lt;br /&gt;
e) A thiol &amp;quot;drawing&amp;quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm&lt;br /&gt;
f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart&lt;br /&gt;
g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Correct/wrong and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration&lt;br /&gt;
b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;13 June 2016 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Same questions as 05 June 2015 10:00&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;22 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) Na+ adsorption why?&lt;br /&gt;
(2) structure&lt;br /&gt;
(3) how to synthesis?&lt;br /&gt;
(4) viscosity change with higher generation&lt;br /&gt;
(5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) how to make chemical contrast?&lt;br /&gt;
(2) how copolymer ordered on that?&lt;br /&gt;
(3) how to characterise this pattern?&lt;br /&gt;
3.LbL pH sensor just like exercise 1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;23 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface&lt;br /&gt;
b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)&lt;br /&gt;
c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. reaction with PEG&lt;br /&gt;
b. how to characterize it&lt;br /&gt;
c. something else I dont remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how to separate the different np&lt;br /&gt;
b) how to synthetize np in water.&lt;br /&gt;
c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.&lt;br /&gt;
write what happens chemically and draw the composition of NPs&lt;br /&gt;
d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;15th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How would you make a monolayer in graphene?&lt;br /&gt;
b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?&lt;br /&gt;
c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?&lt;br /&gt;
d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?&lt;br /&gt;
e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?&lt;br /&gt;
f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?&lt;br /&gt;
g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)&lt;br /&gt;
b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;19th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) describe how one can prepare gold nanoparticles&lt;br /&gt;
b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands&lt;br /&gt;
c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP&lt;br /&gt;
d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) why is it hard to disperse SWCNTS?&lt;br /&gt;
b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;5 June 2015 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:&lt;br /&gt;
&amp;quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.&#039;&amp;quot;&#039;&lt;br /&gt;
Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what&#039;s correct/wrong/nonsense and why.&lt;br /&gt;
Comment on this statement (correct/wrong and why?):&lt;br /&gt;
&amp;quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&amp;quot;&lt;br /&gt;
On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)&lt;br /&gt;
What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment&lt;br /&gt;
Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:&lt;br /&gt;
a macroscopic technique and&lt;br /&gt;
a technique which operates at the nano to micro scale&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.&lt;br /&gt;
Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)&lt;br /&gt;
Alt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
+/- Charged spheres assembled lattice&lt;br /&gt;
In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.&lt;br /&gt;
[edit]Old NanoForum questions&lt;br /&gt;
These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Comment (right/wrong and why)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and&lt;br /&gt;
solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b) The formation of &#039;objects&#039; with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.&lt;br /&gt;
c) A continuous flux of energy into the &#039;system&#039; is bad for the formation of ordered&lt;br /&gt;
patterns.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor&lt;br /&gt;
particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What&#039;s the driving force for the formation of these complexes?&lt;br /&gt;
b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?&lt;br /&gt;
Explain by using an energy diagram.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral&lt;br /&gt;
side chain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe&lt;br /&gt;
microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).&lt;br /&gt;
the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)&lt;br /&gt;
d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)&lt;br /&gt;
e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.&lt;br /&gt;
Adding surfactants to water makes the surface tension higher&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What is the ‘principle’ behind this?&lt;br /&gt;
What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)&lt;br /&gt;
c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 14th 2014, afternoon&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What are the function of the materials and how does this device work&lt;br /&gt;
How do you change the bandgap of the CdSe nanorods&lt;br /&gt;
c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots&lt;br /&gt;
d) How do you make nanorods in stead of quantum dots&lt;br /&gt;
e) How would you study the structure of this device&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?&lt;br /&gt;
c) What are the benefits of this kind of device.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven&lt;br /&gt;
b) How does the molecule dispence the CNT&lt;br /&gt;
c) What molecular interactions are involved in this mechanism&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True are false questions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm&lt;br /&gt;
b and c) can&#039;t remember&lt;br /&gt;
d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?&lt;br /&gt;
5th: a question about the layer by layer method, can&#039;t remember it exactly&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution&lt;br /&gt;
--&amp;gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain&lt;br /&gt;
--&amp;gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis&lt;br /&gt;
e) what is the (chemical) role of Au particle here?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&amp;gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Similar like previous years:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True/false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&amp;gt; wrong, no fluorescence, particle is too large&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&amp;gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&amp;gt; bigger effect from proteins, more sensitive.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &amp;gt; &amp;lt; in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or Wrong&lt;br /&gt;
Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you&#039;re using gold and gold forms no oxide , this doesn&#039;t work. So the answer was wrong&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or wrong&lt;br /&gt;
Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Question about soft lithography,&lt;br /&gt;
Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale&lt;br /&gt;
I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don&#039;t remember the name and contact angle measurements for the macro&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.	Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;27/06 exam&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. how to play with bandgap?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. why longer nanorods is more efficient?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. how you make nanorods instead of nanodot?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. how you measure the topography and composition?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. a. explain nanowire-based protein detection&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. draw the output&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. what is the advantage?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. a. why CNT can&#039;t be dispersed?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. what is ur suggested solution?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. T/F&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. entropy-driven self assembly can only happen in water&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that&#039;s what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won&#039;t grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&amp;gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &amp;quot;trench-shaped&amp;quot; structures of 5µm width -&amp;gt; pdms stamping can go to 50nm -&amp;gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;20 June 2014&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 23rd 2014 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 24th 2014 10.00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Q#1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?&lt;br /&gt;
How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a &#039;continuous&#039; tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)&lt;br /&gt;
How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.&lt;br /&gt;
The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Describe the operation (not the fabrication) of this device.&lt;br /&gt;
Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases&lt;br /&gt;
Describe the characterization method (full AFM description)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)&lt;br /&gt;
Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)&lt;br /&gt;
Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&amp;gt;650nm) upon aggregation.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3952</id>
		<title>Chemistry at nanometer scale</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemistry_at_nanometer_scale&amp;diff=3952"/>
		<updated>2024-06-06T19:39:05Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 6th of June 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Machemie]]&lt;br /&gt;
=Vakinformatie= &lt;br /&gt;
Chemistry at nanometer scale, taught by Prof. De Feyter&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
Also check vtk wiki: https://wiki.vtk.be/Chemistry_at_Nanometre_Scale_(H06A6A)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==6th of June 2024==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question one&#039;&#039;&#039;: Description of a paper with a picture of a dendrimer encapsulating a chromophore with a heterocycle.&lt;br /&gt;
#Na ions are selectively absorbed by this dendrimer. Why? (heterocycle is specific for Na)&lt;br /&gt;
#Discuss an approach to synthesize this dendrimer. (I explained the actual organic synthesis, but apparently he was after convergent and divergent synthesis and what the (dis)advantages of each method are)&lt;br /&gt;
#Discuss the change in viscosity of this dendrimer type upon going from low to high generations.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question two&#039;&#039;&#039;: Both carbon NTs and graphene have some disadvantages, in terms of their properties, when it comes to electronic applications. Why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question three&#039;&#039;&#039;: Why is it sometimes observed that upon diluting a solution of ligand-shell protected NPs, based on non-covalent chemistry, the particles aggregate?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Question four&#039;&#039;&#039;: Again discription of a paper (see slide 34 of chapter 16!)&lt;br /&gt;
#Suggest a way to make the &amp;quot;chemical contrast&amp;quot; lines. There is almost no difference in topography between the lines. What is the purpose of the chemical contrast lines?&lt;br /&gt;
#What is the surface property of the darkes lines in the figure (specific for this paper but analogous to silde 34) if you know that the PMMA blocks of the PMMA-PS block-copolymer preferentially absorb here?&lt;br /&gt;
#What Scanning Probe Technology would you use to reveal the topography and nanostructuring?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;4 June 2021&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.Give the optimal way to make a gold surface:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Hydrophobic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Hydrophilic&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. To tune hydrophobicity and hydrophilicity&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. What kind of technique would u use to measure the tickness&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Explain this technique&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
f. Right/Wrong: I don&#039;t remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. A silicon nanowire bind a negative charged protein.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would u make the silicon nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Explain the principle of an N-type silicon nanowire and the set-up&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. How can you read out the binding of the negative charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. How can you improve the binding of the protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. Eight/Wrong: a larger diameter gives a better readout&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. Something with gold nanoparticles and iron-oxide that bind in ordered structure or layer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. How would you produce a gold NP, which is soluble in H2O&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. Draw the structure of iron in n-octylamine and ethyleenglycol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. Draw the structure and explain the chemistry of b) in APTMS and methanol&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. Right/Wrong: ch9emical force microscopy is designed to measure these structures and is the best technique &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. The UV-Vis and fluorescence spectra of a semiconductor NP of 6 nm with a 1.2 nm organic coat in solution shifts (I don&#039;t remember to which side) upon evaporation of the solvent. Comment on al the concepts and explain (right/wrong)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;14 June 2016 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
(of course I only notice they&#039;re the same questions as 15th june 2015 after I typed all this)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Give the optimal way to create:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A thiol monolayer on a graphene substrate (extra question: what does this layer look like?)&lt;br /&gt;
b) A thiol layer on a gold substrate with a certain alkyn chain length but at five locations at positions you can control with a diameter of a couple tens of nanometers, place thiols with a longer chain&lt;br /&gt;
c) A thiol layer on a gold substrate in a regular band structure, bands have a width of several micrometer (extra questions: what is PDMS? what is the ink composed of?)&lt;br /&gt;
d) A thiol layer on a gold substrate with the thiol in an array of regular sized dots (about 3 nm in diameter) spaced 1.5 - 2 nm apart&lt;br /&gt;
e) A thiol &amp;quot;drawing&amp;quot; on gold substrate, the drawing lines have a width of about 70 nm&lt;br /&gt;
f) Gold nanoparticles (d = 10 nm) on a silicon substrate in a regular but noncrystalline array, spaced 60 nm apart&lt;br /&gt;
g) What probing method would you use to visualise d)? Can you use the same method to visualise f)? (extra questions: how does feedback work in AFM? what is the resonant frequency of the tip?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Correct/wrong and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) It does not matter what type of amphiphiles you add to a solution (positively charged, negatively charged or neutral), the surface tension decreases at increasing concentration&lt;br /&gt;
b) Gold nanoparticles have the major drawback of having a much smaller quantum yield than semiconducting nanoparticles for fluorescence spectroscopy purposes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;13 June 2016 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Same questions as 05 June 2015 10:00&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;22 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Dendirmers PAMAM(chap 5) take me a lot of time to find where it is...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) Na+ adsorption why?&lt;br /&gt;
(2) structure&lt;br /&gt;
(3) how to synthesis?&lt;br /&gt;
(4) viscosity change with higher generation&lt;br /&gt;
(5) difference between dendrimer and micelle is dendrimer needs lower concentration, right?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.copolymer, epitaxial SA on Si(chap 15) only two slides but you need to know the whole process and the mechanism. also about AFM i think so go over chap 19 AFM!&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
(1) how to make chemical contrast?&lt;br /&gt;
(2) how copolymer ordered on that?&lt;br /&gt;
(3) how to characterise this pattern?&lt;br /&gt;
3.LbL pH sensor just like exercise 1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;23 June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. how to change hidrophilicity/phobicity of a surface&lt;br /&gt;
b. how to tune it (not completely philic or phobic but also with different degrees)&lt;br /&gt;
c. how to detect polarity of surface macro and nanoscopically&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) n-siNW sensor for positively charged protein: how it works&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. reaction with PEG&lt;br /&gt;
b. how to characterize it&lt;br /&gt;
c. something else I dont remember&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3) LbL of iron and gold nanoparticles linked by covalently-bonded crosslink&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how to separate the different np&lt;br /&gt;
b) how to synthetize np in water.&lt;br /&gt;
c) he provides you the protocol for the synthesis of iron oxide NPs with different agents. then they are mixed with APTMS and someother molecule with COOH.&lt;br /&gt;
write what happens chemically and draw the composition of NPs&lt;br /&gt;
d) red shift in absorption of the nps: what does it mean?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4)(true false) mie theory explains fluorescence of semiconductor nps at higher energies.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;15th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Many small questions about patterning, monolayers, etc, almost everything with alkyl thiols.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How would you make a monolayer in graphene?&lt;br /&gt;
b) How would you make a monolayer in gold and then substitute some islands of nm size with another alkyl thiol of longer tail?&lt;br /&gt;
c) How would you make stripes of alkyl thiol in gold that are micrometer sized?&lt;br /&gt;
d) How would you create small islands of aklyl thiols that are 2-3 nm sized and separated also by very few nanometers?&lt;br /&gt;
e) How would you make an irregular pattern (like a drawing) of alkyl thiols in gold with precision?&lt;br /&gt;
f) How would you deposit gold nanoparticles in Si forming small island in a regular but not crystalline pattern that are separated by 60 nm or so?&lt;br /&gt;
g) Which techniques would you use to measure that pattern in Si and the one of the small islands in gold?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Something like: the surface energy is independent of the amphiphile you use: positively charged, negatively charged or neutral. (it was something a little bit different but more or less)&lt;br /&gt;
b) GNPs are not really used as biolabels because they have low quantum yield in comparison to QDs of the same size.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;19th June 2015&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Diagram of a DNA functionalised gold NP designed to detect Ascorbic acid. An explanation of how the device work is provided. Basically It fluoresces after the DNA gets cleaved because of a radical produced by the ascorbic acid.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) describe how one can prepare gold nanoparticles&lt;br /&gt;
b) describe how one can functionalise the NPs with the DNA strands&lt;br /&gt;
c) which spectroscopic technique would you use to determine the concentration of gold NP&lt;br /&gt;
d) What do you think is the reason why the sensitivty is 100x better with the Gold NP than in a device without gold NPs?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false and why: Keeping a low precursor concentration when synthesising gold NPs results in a broad spectrum of the fluorescence curve &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. He gives you a diagram of a molecule with three fused aromaticc rings, a number of C=O bonds, some N atoms and an alkyl chain. He says some researchers showed this can be useful for dispersing SWCNTS.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) why is it hard to disperse SWCNTS?&lt;br /&gt;
b) Describe a possible mechanism of how this molecule achieves dispersion&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;5 June 2015 10:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
For a given application it is necessary to make a silicon wafer, with its natural oxide layer, hypdrophobic. Looking into the scientific literature, I found the following recipe:&lt;br /&gt;
&amp;quot;After dissolving trichlorooctylsilane molecule in a new glass beaker with ethanol, at rather low concentrations, a gold substrate is dipped into the solution for a few seconds, followed by a rinsing step with water.&#039;&amp;quot;&#039;&lt;br /&gt;
Analyse this statement, and discuss in terms of chemistry, indicating what&#039;s correct/wrong/nonsense and why.&lt;br /&gt;
Comment on this statement (correct/wrong and why?):&lt;br /&gt;
&amp;quot;Metal nanoparticle synthesis is governed by kinetics, rather than thermodynamics.&amp;quot;&lt;br /&gt;
On top of this multilayered substrate, shown below (so with the chromium top layers), a photoresist polymer is coated. The sample is irradiated through a square-shaped mask, and the irradiated area (so having the shape of a square) is washed away. Then the following manipulations were done: gold is deposited via electrodeposition on top of the substrate; a chromium layer is deposited; then the sample is subsequently treated with 1) acetone, 2) nitric acid (dissolves the silver layer), 3) sonicated in a hexadecanethiol solution, though not necessarily in the order indicated. Figure with this top-to-down structure: chromium-silver-chromium-Si/SiO2. Draw the object formed and describe its chemical nature (bulk and surface)&lt;br /&gt;
What is the role of acetone, an organic solvent sonication in hexadecanethiol solution in ethanol. Define the order of the different steps in the treatment&lt;br /&gt;
Describe two methods you would use to evaluate the degree of polarity of surfaces:&lt;br /&gt;
a macroscopic technique and&lt;br /&gt;
a technique which operates at the nano to micro scale&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A mixture of oppositely charged spheres (diameter not defined) forms a highly ordered phase (see figure below). The red particles are negatively charged and the green ones positively charged.&lt;br /&gt;
Discuss the different aspects of the energetics involved in this self-assembly process (in terms of Gibbs free energy)&lt;br /&gt;
Alt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
+/- Charged spheres assembled lattice&lt;br /&gt;
In another experiment, rod like objects of identical length, carrying no charge, and with only minimal interrod interactions, were found to self-assemble. Draw the outcome of the self-assembly process. Explain in terms of the energetics of the process.&lt;br /&gt;
[edit]Old NanoForum questions&lt;br /&gt;
These questions are copied from the old nano forum so the format might not be ideal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. How to make a gold surface hydrophobic or hydrophylic? How to switch the hydrophobicity / hydrophylicity of the gold surface by electrochemical stimuli?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. Comment (right/wrong and why)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a ) The most important motivation for the development of field-effect-transistors and&lt;br /&gt;
solar cells based upon organic molecules isthe improved efficiency compared to inorganic semiconductor materials.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
What are the requirements in order to use low molecular weight organic molecules as active components in organic field-effect-transistors?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b) The formation of &#039;objects&#039; with a well-defined size and shape on the basis of selfassembly is an impossible task.&lt;br /&gt;
c) A continuous flux of energy into the &#039;system&#039; is bad for the formation of ordered&lt;br /&gt;
patterns.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) The Mie-theory explains why the fluorescence of nanometer-sized semiconductor&lt;br /&gt;
particles is observed at lower energy upon increasing the size of the particles.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. How does the surface tension of an aquous solution evolve if the concentration of the solute increases?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. Mixing the calixarene (left) and the barbiturate (right) in the appropriate stoichiometric conditions leads to the formation of a complex (see picture).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What&#039;s the driving force for the formation of these complexes?&lt;br /&gt;
b) What structure will be formed: the (P)-enantiomer, the (M)-enantiomer or both?&lt;br /&gt;
Explain by using an energy diagram.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) What will happen if one adds to the existing solution a new barbiturate with a chiral&lt;br /&gt;
side chain?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) These complexes have also been visualised on graphite by a scanning probe&lt;br /&gt;
microscopy method. Which technique has been used and why? Give a short description how this technique works.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. How to make an ultrasmall pH sensorbased upon conductivity measurements. How does it work?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. Nanowire&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) A silicion nanowire is made using 20nm nanocluster of gold. Explain which technique is used and how it works (really know how it works and what it needs and different changes in the process).&lt;br /&gt;
the nanowire is mixed into a solution of 1%functionalizing thing that I can’t remember and ethanol, write down the product.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) You want to use the nanowire as a sensor for viruses in a ‘device’, Explain how to make this device? (explain and really know what parts are needed and how it works, but not how it is produced)&lt;br /&gt;
d) There are many long 1 micron wires and you want to order them (picture similar to logs in a pond). Explain how you can do this using a bottom-up technique. (Basically what technique???)&lt;br /&gt;
e) How can you image the ‘device’ that you explained on c) Which technique is the best for this and how does it work? Why are the other techniques worse??&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True or false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Sometimes a constant energy flux is needed to make ordered patterns.&lt;br /&gt;
Adding surfactants to water makes the surface tension higher&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) Can’t remember the other ones!!! But you get the style basically write down why it is write/wrong and really know and explain why.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. “self-healing” There is a thermoreversible polymer that when you cut or break it is only necessary to bring these parts together and the parts reattach themselves. This is done at room temperature. (Wording in this question is key to recognizing what we are working with in this question, since I am an oversimplifying person I do not remember all the exact wording: Basically it dealt with supramolecular polymers)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What is the ‘principle’ behind this?&lt;br /&gt;
What interactions are behind this and how can we tune them? (Really know which ones and how we can lower/increase them)&lt;br /&gt;
c) Mention a similar material that has becomes useful because of it temperature dependance properties that are not common for regular polymers (basically difference between supramolecular polymers and regular ones)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 14th 2014, afternoon&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
You get a picture of a new photovoltaic cell. It is made from CdSe nanorods and organic semiconductor. HOMO and LUMO for both materials are given. and also a graph with the absorbency for each wavelength of the photovoltaic cell for CdSe quantum dots, short nanorods, and a bit longer nano rods.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) What are the function of the materials and how does this device work&lt;br /&gt;
How do you change the bandgap of the CdSe nanorods&lt;br /&gt;
c) why is the efficiency of the device bigger for nanorods then for quantum dots&lt;br /&gt;
d) How do you make nanorods in stead of quantum dots&lt;br /&gt;
e) How would you study the structure of this device&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How can you make a sensor for for instance negatively charged proteins by using nanowires? ?&lt;br /&gt;
c) What are the benefits of this kind of device.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The structure of a molecule to that could dispense CNTs in organic solvents was given, it contained a aromatic group and an alkyl chain.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Why is it not so easy to dispense CNTs in a solven&lt;br /&gt;
b) How does the molecule dispence the CNT&lt;br /&gt;
c) What molecular interactions are involved in this mechanism&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True are false questions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) Is the Mie therory valid for semiconductor nanoparticles with a diameter of 10 nm&lt;br /&gt;
b and c) can&#039;t remember&lt;br /&gt;
d) are all molecular interactions for self assembly where entropic forces are involved only possible in water?&lt;br /&gt;
5th: a question about the layer by layer method, can&#039;t remember it exactly&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
answers are not all exactly correct, but gives you a thinking in the right way&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1. detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) how is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution&lt;br /&gt;
--&amp;gt; Chapter 16, metal nanoparticles in aqueous solution, it is with the citrate (that gives also stability)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; something with the gold: if the flour is too close to the gold, the gold inhibits the fluorescence&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) how are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain&lt;br /&gt;
--&amp;gt; receptor ligand, (receptor is the thiol) and this binding is stronger than the one of the citrate&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d) wich spectroscopy? eg: UV/Vis&lt;br /&gt;
e) what is the (chemical) role of Au particle here?&lt;br /&gt;
--&amp;gt; catalysation of breaking the dna enzyme and the dna&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2.goldnanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasman resonance. --&amp;gt; explain everything of SPR, explain everything of (de)focussing, so the growth procedure of a nano particle, and finally: you have different nanoparticles with diff sizes and all together they result in a broad SPR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. picture of molecule with aromatic part en alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT a) give a posible mechanism (draw) it was something with H-bonding of the N en =O from the aromatic part wat are the reactions of the alkyl and the aromatic part (alkyl will disolve in the organic solution..)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. a rod goes to an ordered structure, explain the energetics something with delta G = detla H - T*delta S and look to chapter LC, similar to Onsager hard-rod model)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
5. how would you make a drawing of 70 nm width form thiols on gold substrate en how do you change the witdt? - dip pen nano lithography&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Similar like previous years:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
- How do you make a n-type siliconwire from gold particles (VLS) - It is covered with some alkyls, draw the chemistry and how would you do that (SAM) - It is used as protein sensor, how does it work? - How would we measure this? AFM - How can we prevent non-specific interactions with proteins?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
True/false:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
20nm gold particles are chosed for their better quantum yield then semicondutors when used as fluorescence sensor --&amp;gt; wrong, no fluorescence, particle is too large&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
A wire like above is better for sensing lower concentration proteins when it has a larger diameter. --&amp;gt; wrong i think, not sure. Smaller diameter = lower conduction --&amp;gt; bigger effect from proteins, more sensitive.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
LBL question like in excercise session 1, in fact it is the exact same question but he uses polymer X and polymer Y and he reversed the question, asking when polymer X would have the thinnest layer. You have to make a table with = ~ &amp;gt; &amp;lt; in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
He does go pretty deep into it with extra questions during the oral examination, for instance he asked me how many times the AFM tip will tap per second in tapping mode... (had no idea)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or Wrong&lt;br /&gt;
Discuss the chemistry of a silane agent ( trichlorooctylsilane) in a ethanol solution, when a gold substrate is dipped into the solution. Or something like that.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the silane hydrolises and forms a SAM on the surface, but since you&#039;re using gold and gold forms no oxide , this doesn&#039;t work. So the answer was wrong&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right or wrong&lt;br /&gt;
Nanoparticle formation is driven by kinetics instead of thermodynamics&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Question about soft lithography,&lt;br /&gt;
Substrate is given and drawn, then photo-resist is spun unto it and a square is etched out, gold is deposited and then chromium layer is deposited,after this acetone is used, HNO3 and then some surface layer draw the new substrate, so after al these steps.add what is what so surface and bulk materials than he asks why you use acetone ( remove Photo-resist) HNO3 ( oxidize chromium) and then the surface layer .&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
give two methods for evaluating polarity of a surface on macro scale and on nano scale&lt;br /&gt;
I said AFM for nano ,the AFM with the chemically modified tip don&#039;t remember the name and contact angle measurements for the macro&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
last question was a picture of + and - charged ballz and then they self assemble and you had to sum up all the energetics involved.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
So the questions are quit easy when you have your book, but as stated above, he does go into a lot of detail when asking smaller questions.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1.	Contained several part. All were related to forming patterns with Alkyl thiols on substrate except for one. Need to explain the approach that will be taken to form the following patterns and motivation for the same&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. Monolayer on top of gold substrate b. First, Monolayer on top of gold substrate. After this, the height of alkyl thiols have to be changed at certain islands (diameter ~ 10 nm) c. Stripes of alkyl thiols (dimensions in um) d. Alkyl thiol islands at certain positions of gold (dimensions in nm) e. A drawing made of alkyl-thiol f. Pattern made of naked Au clusters on top of Si g. How do you visualize the structures made in d? Provide the Best method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. True/False&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. +ve/-ve amphiphiles reduce the surface tension. Neutral ones dont reduce it. b. Gold nanoparticles have less quantum yield than semiconducting ones and so not used for fluorescent labeling of cells.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;27/06 exam&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
1. from paper: hybrid polymer-CdSe solar cells.. there are pics of the device and efficiency of solar cells vs length of CdSe nanorods (positive relation)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. explain how it works and state the function of each in the device (there are Al, PEDOT:PSS, polymer-CdSe blend, ITO, Substrate)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. how to play with bandgap?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. why longer nanorods is more efficient?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d. how you make nanorods instead of nanodot?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e. how you measure the topography and composition?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2. a. explain nanowire-based protein detection&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. draw the output&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. what is the advantage?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3. a. why CNT can&#039;t be dispersed?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. what is ur suggested solution?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c. (pic is shown consist of benzene) why this molecules can disperse the CNT?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4. T/F&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a. mie theory explains flouroscense of CdSe at 10nm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b. entropy-driven self assembly can only happen in water&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Unknown date&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
1) A solar cell built from an organic donor and a CdSe nanorod blend acceptor: -explain the working principle -why nanorods? do they have a better efficiency than quantumdots? (shape is better, rods are electronic highways (that&#039;s what he said to me )) -how would you examine the structure at nm scale (i just explained stm and it seemed fine for him)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2) true/false -a solution of CdSe nanoparticles has a broad absorption spectrum. when we evaporate the solute, the remaining nanoparticles must have a broad spectrum too, as a result of ostwald ripening. (ostwald has nothing to do here, the particles are allready stable and won&#039;t grow) -the insolubility of benzene (and aromats in general) is an enthalpic effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
3)-You want to make a uniform monolayer of an alkyl thiol on gold, how? -&amp;gt; he asked me to give the reaction of the S on AU releasing H2 -You want to make specific islands with thyiols that have a longer alkyl chain -You want to make &amp;quot;trench-shaped&amp;quot; structures of 5µm width -&amp;gt; pdms stamping can go to 50nm -&amp;gt; he asked the chemical structure of PDMS and how the thiols bind to it and how long you would have to press (wtf?)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
4) Something about layer by layer deposition and linear charge distrubution vs surface charge distribution. We had to make a table and compare LCD and SCD in several dippings.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;20 June 2014&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1: Detection of adsorbic acid in for instance fruit juice you get a picture and I&#039;ll try to give an explanation. Sensing goes via functionalized nano particle. A gold nanoparticle has 4 DNAenzymes, with a fluor atom in the middle of enzyme (DNAenzyme: SH-ATTC...G-fluor-AGGGTCC....) and there is a DNA strand with complementary nucleotides of the dna enzyme, and it has a loop (on the place were the fluor is) with Ca2+ in the loop. if this sensor detect AA, then you have left the gold nano-particles, still with some dnaenzyme (just only a little part), 4 fluor atoms still bounded on the other half of the enzyme, en 4 dnastrands with Ca2+. The intensity of the fluor is enhanced.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a) How is gold nano particle, not yet functionalized with DNA, prepared knowing that the experiments and synthesis carried out in aqueous solution. b) Detection is based on fluorescence; why does the intensity of the fluorescence increases after adsorption of AA?. c) How are the oglionucleotides bounded to the gold nano particle? explain. d) Which spectroscopy technique can you use to detect gold nanoparticles concentration in solution?. e) Why does using gold nanoparticles in solution gives you 2X better results that using ordinary techniques... Explain the methods and comparisons for both techniqes in detail.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 Gold nanoparticles are grown like the classical nucleation model, have broad spectrum plasmon resonance. a) What is the effect on emission spectrum if low precursor concentration in used to make gold nanoparticles ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 Picture of molecule with aromatic part and alkyl part this molecule helps to dispersce SWCNT. a) Give a possible mechanism for this molecule interation with SWCNT(draw). Also explain the details about this molecule b) What are the reactions of the alkyl and the aromatic part? c) Why is it difficult to separate these SWCNTs ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 23rd 2014 8:00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#1 There is a picture of organic molecule given that self-assembles into conductive rod. It has N atom in the middle with 2 extra elextrons and 3 single bonds with 3 benzene rings and then hydro-carbon chains. On second picture there are these rods aligned between two electrodes perpendicular to their surface |----| a) what drives that to assemble b) what makes it align between electrodes&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2 There is picture of lamellar and pillars structure. In the middle of one of the materials there are CdSe nano-particles a) what compound and how can form these structures b) assume the surface of structure is perfectly flat, how can you visualize what material is where on nanoscale c) particles start to aggregate, haw will it affect florescence spectra (with and shift)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3 There is a picture of rods that are positively charged. When concentration increases they form LC phase. What is the driving force?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4 There is picture from the paper showing a new way of forming a monocrystal. First there is an amorphous phase formed on a surface, then there are crystal domains that with help of this surface merge into one crystal that then continue to grow. What is the difference between that and classical crystallisation theory?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;June 24th 2014 10.00&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
Q#1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
How do you make a gold surface hydrophilic/hydrophobic?&lt;br /&gt;
How do you tune the hydrophobicity (he doesnt want the switching mechanisms but a &#039;continuous&#039; tuning by adding a certain ratio of different molecules to the SAM)&lt;br /&gt;
How would you detect the macroscopic hydrophobicity? Explain the method.&lt;br /&gt;
The hydrophobicity varies on the micrometer scale. What method do you use to measure local hydrophobicity?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
An n-type SiNW is used for the detection of a positively charged protein&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Describe the operation (not the fabrication) of this device.&lt;br /&gt;
Right/Wrong: The sensitivity of this device increases when the SiNW diameter increases&lt;br /&gt;
Describe the characterization method (full AFM description)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Researchers have made an aggregate of gold NP and ironoxide NP, so-called NP hyperclusters. This method is proposed as an alternative to the electrostatic polymer LBL method to create alternating layers. The researchers added linker molecules to stabilize the aggregate and to give the film a more homogeneous thickness.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Give a method to separate gold and ironoxide NP in solution (you can give a variety of methods but he says magnetism is the simplest)&lt;br /&gt;
Describe a protocol to make a solution of gold NP in water (straight from the course)&lt;br /&gt;
Ironoxide NP are made using an inhouse method and functionalized using octylamine. The NP themselves are formed using FeCl3 and PEG (polyethyleneglycol) as reductans and solvent. Afterwards the functionalization is modified by substituting APTMS (aminopropyl-trimethoxysilane) using trace amounts of CH3COOH. Write down the chemistry and give a cartoon diagram of the result.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Q#4&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Right/wrong and explain: Mie theory describes the significant shift of plasmon frequency (540--&amp;gt;650nm) upon aggregation.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3877</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3877"/>
		<updated>2024-01-30T19:16:33Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Taught by Dr. Lucas Mergan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time. &lt;br /&gt;
‎&amp;lt;br /&amp;gt;The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
*What are polytene chromosomes and what are they used for? &lt;br /&gt;
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?&lt;br /&gt;
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)&lt;br /&gt;
**Extra question: why would you do this&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Other possible theory questions: Complementation system, forward screening C. elegans, ES cells, tetrad analysis,...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice&lt;br /&gt;
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?&lt;br /&gt;
*Complementation assay&lt;br /&gt;
*How would you make a knock-out in a mouse?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3873</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3873"/>
		<updated>2024-01-29T19:48:51Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Taught by Dr. Lucas Mergan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time. &lt;br /&gt;
‎&amp;lt;br /&amp;gt;The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
*What are polytene chromosomes and what are they used for? &lt;br /&gt;
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?&lt;br /&gt;
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)&lt;br /&gt;
**Extra question: why would you do this &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice&lt;br /&gt;
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3847</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3847"/>
		<updated>2024-01-26T15:20:54Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Taught by Dr. Lucas Mergan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time. &lt;br /&gt;
‎&amp;lt;br /&amp;gt;The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
*What are polytene chromosomes and what are they used for? &lt;br /&gt;
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?&lt;br /&gt;
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice&lt;br /&gt;
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3846</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3846"/>
		<updated>2024-01-26T15:18:54Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Taught by Dr. Lucas Mergan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time. &lt;br /&gt;
The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
*What are polytene chromosomes and what are they used for? &lt;br /&gt;
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?&lt;br /&gt;
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice&lt;br /&gt;
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3845</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3845"/>
		<updated>2024-01-26T15:18:42Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Taught by Dr. Lucas Mergan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time. The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
*What are polytene chromosomes and what are they used for? &lt;br /&gt;
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?&lt;br /&gt;
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice&lt;br /&gt;
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3844</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3844"/>
		<updated>2024-01-26T15:14:40Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 25th January 2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
#Can other model organisms be used and why? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
*What are polytene chromosomes and what are they used for? &lt;br /&gt;
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?&lt;br /&gt;
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice&lt;br /&gt;
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3843</id>
		<title>Model Organisms in Biological Research</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Model_Organisms_in_Biological_Research&amp;diff=3843"/>
		<updated>2024-01-26T15:11:36Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Vakinformatie ==&lt;br /&gt;
Model Organisms in biological research&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Examenvragen ==&lt;br /&gt;
===25th January 2024===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)&lt;br /&gt;
#Why was this model organism chosen for this specific research?&lt;br /&gt;
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theory:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*What is the TET system? Give an example of where it&#039;s useful.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21st January 2022===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self-chosen article:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.&lt;br /&gt;
#Give two reasons why it is model organism.&lt;br /&gt;
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Is further research and sacrifice of the model organism required?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
For theory based on lecture:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?&lt;br /&gt;
===2022 Voorbeeld examen===&lt;br /&gt;
Self chosen article (4/20):&lt;br /&gt;
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.&lt;br /&gt;
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.&lt;br /&gt;
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?&lt;br /&gt;
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research.  Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach. &lt;br /&gt;
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):&lt;br /&gt;
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:&lt;br /&gt;
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?&lt;br /&gt;
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?&lt;br /&gt;
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?&lt;br /&gt;
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 August===&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
Theoretical Question:&lt;br /&gt;
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2021 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Self chosen article:&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen for this research question&lt;br /&gt;
*Why is this organism chosen instead of another model organism&lt;br /&gt;
*Do you agree with the choice of the author&lt;br /&gt;
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research&lt;br /&gt;
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Theoretical question:&lt;br /&gt;
*Explain terminator seeds&lt;br /&gt;
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?&lt;br /&gt;
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2020 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can&#039;t answer CRISPR or something like that because it didn&#039;t exist back then].)&lt;br /&gt;
* ES technology, any alternatives? &lt;br /&gt;
* Give three tetrads&lt;br /&gt;
**explain the Tet system&lt;br /&gt;
**explain tetrad analysis&lt;br /&gt;
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.&lt;br /&gt;
**Explain P elements&lt;br /&gt;
**QTL mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2019 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*ES technology mice&lt;br /&gt;
*QTL mapping&lt;br /&gt;
*Optogenetics&lt;br /&gt;
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use&lt;br /&gt;
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2017-2018 January===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
*Wich primates are used as model organism and for which applications?&lt;br /&gt;
*Explain Tetrad analysis and the application.&lt;br /&gt;
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.&lt;br /&gt;
*Explain foward genetics in &#039;&#039;C. elegans&#039;&#039;.&lt;br /&gt;
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=3837</id>
		<title>Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Genoom-,_proteoom-_en_metaboloomanalyse&amp;diff=3837"/>
		<updated>2024-01-25T20:09:10Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 23/01/2024 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
[[Categorie:Mabb]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse&lt;br /&gt;
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt, Robben, en Schoofs. Alles is gesloten boek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
2023-2024: het vak wordt gegeven door prof. Van Belleghem en Schoofs. Alles is gesloten boek, geschreven examen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===23/01/2024===&lt;br /&gt;
SVB&lt;br /&gt;
*Open question: 4000 genomes of Darwin&#039;s finches underwent resequencing encompassing individuals of 4 species&lt;br /&gt;
*#Explain the methodology in conducting resequencing. what are the key steps and technologies? &lt;br /&gt;
*#Evaluate the challenges of fragmentation of the reference genome, knowing that the genome existed of about 20.000 scaffolds of large size: &lt;br /&gt;
*#*What genomic properties caused it to be fragmented? (repeats)&lt;br /&gt;
*#*What is the significance of this issue? &lt;br /&gt;
*#*Propose a method to enhance the coherency of the reference genome. &lt;br /&gt;
*#Give two illustrative examples of insights that can be derived from experiments like these. &lt;br /&gt;
*Terms&lt;br /&gt;
*#Phylogenetic footprinting&lt;br /&gt;
*#AP-MS&lt;br /&gt;
*#Gene regulatory network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs&lt;br /&gt;
*Explain how proteins of a biological sample can be identified with peptide masss fingerprinting using a MALDI-TOF mass spectrometer.&lt;br /&gt;
*Multiple choice with explanation&lt;br /&gt;
*#Two compounds fragment in exactly the same manner, true or false&lt;br /&gt;
*#Enriched proteins of cultured cells, appropriate method (DiGE, SILAC, SRM, Label-free methods)&lt;br /&gt;
*#What is a proteotypic peptide? &lt;br /&gt;
*#Which conclusion can be drawn from a 2D gel electrophoresis experiment? &lt;br /&gt;
*#m/z of 120, 121, 122, 123, which isotopes are responsible for signal at m/z 122 (12C, 35Cl, 1H; 12C, 35Cl, 2H; 12C, 37Cl, 1H; 12C, 37Cl, 2H)&lt;br /&gt;
*Exercises&lt;br /&gt;
*#Question about the ICAT image from the slides&lt;br /&gt;
*#*Are the peptides (A to F) coming from the same protein? &lt;br /&gt;
*#*What is the distance between the green and the blue peaks? &lt;br /&gt;
*#*Explain how the peptide sequence is derived from the spectrum&lt;br /&gt;
*#Figure with mass spectrum, what is the mass of the peak? (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)&lt;br /&gt;
*Definitions&lt;br /&gt;
*#SRM&lt;br /&gt;
*#Isobaric tag&lt;br /&gt;
*#Mass spectrometric resolution&lt;br /&gt;
*#Mascot&lt;br /&gt;
*#E-value&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===5/09/2023===&lt;br /&gt;
Robben: &lt;br /&gt;
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom). &lt;br /&gt;
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.  &lt;br /&gt;
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen. &lt;br /&gt;
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## ribosome profiling&lt;br /&gt;
## scale free networks&lt;br /&gt;
## endogenous retrovirus&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24/01/2023=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach. &lt;br /&gt;
## Give the working principle &lt;br /&gt;
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms &lt;br /&gt;
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## paired end sequencing&lt;br /&gt;
## haplotype association analysis&lt;br /&gt;
## protein-protein interaction networks are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Schoofs: &lt;br /&gt;
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen. &lt;br /&gt;
# kleine vraagjes &lt;br /&gt;
## 2 meerkeuze &lt;br /&gt;
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof) &lt;br /&gt;
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek? &lt;br /&gt;
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen &lt;br /&gt;
# oefening op computer &lt;br /&gt;
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW? &lt;br /&gt;
## Zijn er modificaties, waarom (niet)? &lt;br /&gt;
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18/01/2021=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome. &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.&lt;br /&gt;
## Why are these methods better than Illumina?&lt;br /&gt;
## Give the strategy to finish the other chromosomes. &lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Affymetrix chip&lt;br /&gt;
## Gene acquisition (by gene evolution)&lt;br /&gt;
## Genomic interactions&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus. &lt;br /&gt;
## Describe a method how this mixture is made. (2p)&lt;br /&gt;
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)&lt;br /&gt;
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)&lt;br /&gt;
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)&lt;br /&gt;
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28/01/2020===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.&lt;br /&gt;
##Discuss the technical aspects etc&lt;br /&gt;
##Why is it important?&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Polyploidy and genome variation&lt;br /&gt;
##NanoString nCounter expression system&lt;br /&gt;
##Rosetta Stone Method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21/01/2020=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing? &lt;br /&gt;
## Give the working principle and details of the chosen platform.&lt;br /&gt;
#Terms&lt;br /&gt;
##Gene ontology&lt;br /&gt;
##Affimix chip&lt;br /&gt;
##Gene interaction mapping&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15/01/2020 (afternoon)=== &lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.&lt;br /&gt;
## Defend which platform/technique you would use.&lt;br /&gt;
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Optical mapping&lt;br /&gt;
## Sequence scaffold&lt;br /&gt;
## Interaction network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt (exact same questions as yesterday):&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14/01/2020 (morning)===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.&lt;br /&gt;
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.&lt;br /&gt;
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. &#039;&#039;&#039;Argue your choice.&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
## Explain the working principles of the chosen platform(s)&lt;br /&gt;
# Terms&lt;br /&gt;
## Ribosome profiling&lt;br /&gt;
## (Transcriptomics) microarray target labeling&lt;br /&gt;
## Protein-protein interaction maps are scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# Placental Growth Factor is an interesting protein.&lt;br /&gt;
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)&lt;br /&gt;
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)&lt;br /&gt;
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)&lt;br /&gt;
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)&lt;br /&gt;
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.&lt;br /&gt;
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)&lt;br /&gt;
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)&lt;br /&gt;
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom&lt;br /&gt;
#woordjes: &lt;br /&gt;
##Ribsome profiling&lt;br /&gt;
##Array protein targetting&lt;br /&gt;
##protein-protein interaction map is scale free&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309         &lt;br /&gt;
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)&lt;br /&gt;
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? &lt;br /&gt;
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)&lt;br /&gt;
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22/01/2019===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?&lt;br /&gt;
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.&lt;br /&gt;
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.&lt;br /&gt;
#begrippen&lt;br /&gt;
##paired end sequencing&lt;br /&gt;
##nanopore sequencing&lt;br /&gt;
##affimetrix chip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt:&lt;br /&gt;
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein.                                                                         peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05&lt;br /&gt;
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p&lt;br /&gt;
##What is the identity of the protein? 4p&lt;br /&gt;
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p&lt;br /&gt;
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p&lt;br /&gt;
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.&lt;br /&gt;
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p&lt;br /&gt;
##Which mass will you be looking for? 4p&lt;br /&gt;
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel Robben:&lt;br /&gt;
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
##SMRT,&lt;br /&gt;
##gene altering,&lt;br /&gt;
##genetic interactomics&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
Deel Landuyt&lt;br /&gt;
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05&lt;br /&gt;
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK&lt;br /&gt;
# welk protein is het? &lt;br /&gt;
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?&lt;br /&gt;
# geef meer info over de werking van het proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie? &lt;br /&gt;
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?&lt;br /&gt;
# Geef meer info over dit component&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2019===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken. &lt;br /&gt;
#Begrippen: &lt;br /&gt;
##Polyploidie en genomic evolution,&lt;br /&gt;
##Nanostring nCounter technologie&lt;br /&gt;
##Rosetta stone method&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
#Proteomics&lt;br /&gt;
#* Piekenlijst : 1425.63  1407.62  1297.57  1279.53  1168.53  1165.48  1078.48  1069.46  981.4  968.41  853.39  818.34  722.35  704.29  608.3  573.25  458.23  445.24  357.18  348.19  261.16  258.11  147.11  129.07&lt;br /&gt;
#* Welk proteïne is dit? &lt;br /&gt;
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt? &lt;br /&gt;
#* Geef meer info over de werking van het proteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Metabolomics&lt;br /&gt;
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden. &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)&lt;br /&gt;
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm &lt;br /&gt;
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/08/2018===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?&lt;br /&gt;
148.07574&lt;br /&gt;
175.11900         &lt;br /&gt;
219.11285&lt;br /&gt;
322.18741              &lt;br /&gt;
334.13979&lt;br /&gt;
423.23509             &lt;br /&gt;
447.22386&lt;br /&gt;
480.25655             &lt;br /&gt;
504.24532&lt;br /&gt;
593.34062     &lt;br /&gt;
605.29300&lt;br /&gt;
708.36756              &lt;br /&gt;
752.36141&lt;br /&gt;
779.40467              &lt;br /&gt;
908.46252&lt;br /&gt;
926.47309         &lt;br /&gt;
#Questions:&lt;br /&gt;
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)			…/2&lt;br /&gt;
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)	 							…/3&lt;br /&gt;
#* Which disease is studied?								…/1&lt;br /&gt;
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)	…/3&lt;br /&gt;
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metabolomics&lt;br /&gt;
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken&lt;br /&gt;
is dit een goede accuraatheid, leg uit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 NM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund. &lt;br /&gt;
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom? &lt;br /&gt;
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit. &lt;br /&gt;
#* Woordjes&lt;br /&gt;
## Scaffold sequentie&lt;br /&gt;
## Genetic interactomics&lt;br /&gt;
## PMAGE&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
# PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent &#039;familiar&#039; masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige &#039;non-suspicious&#039; fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst. &lt;br /&gt;
## Wat ging er verkeerd in het experiment? &lt;br /&gt;
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt? &lt;br /&gt;
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.&lt;br /&gt;
# METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z. &lt;br /&gt;
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics? &lt;br /&gt;
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23/01/2018 VM===&lt;br /&gt;
Robben:&lt;br /&gt;
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker. &lt;br /&gt;
#* Wat is je sequencing strategy? &lt;br /&gt;
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven). &lt;br /&gt;
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Endogenous Retrovirus&lt;br /&gt;
#* Affrimex Genechip&lt;br /&gt;
#*nCounter technology&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt: &lt;br /&gt;
#PROTEOMICS &lt;br /&gt;
#* A lab technician in a proteomics core facility receives  samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job. &lt;br /&gt;
#** Peak list 1: 1743,83;  1716,82;  1605,79;  1560,72;  1474,75;  1473,69;  1417,73;  1360,61;  1303,69;  1259,56;  1174,64;  1172,53;  1073,46;  1060,6;  972,41;  947,52;  885,38;  850,46;  788,32;  763,43;  675,24;  662,38;  563,32;  561,2;  476,28;  432,16;  375,24;  318,11;  262,15;  261,09;  175,12;  130,05&lt;br /&gt;
#** Peak list 2: 4356,00;  4435,97;  3243,61;  3563,47;  2709,32;  2622,32;  2391,03;  2550,96;  2356,24;  2270,15;  2165,90;  2245,87;  2053,89;  2133,86;  1980,09;  2064,11;  2008,12;  2060,06;  1954,96;  2114,89;  1916,98;  1958,99;  1996,94;  1697,83;  1681,90;  1578,82;  1620,83;  1658,79;  1522,77;  1487,65;  1393,63;  1596,71;  1873,43;  1387,60;  1326,64;  1309,72;  1292,60;  1132,56;  1212,53;  1114,53;   1101,55;  1304,63;   1421,42;  1066,59;  1306,49;  1003,54;  1045,55;  1163,48;&lt;br /&gt;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion. &lt;br /&gt;
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN &amp;amp; tweede lijst in MASCOT steken --&amp;gt; neem taxonomy homo sapience!)&lt;br /&gt;
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?&lt;br /&gt;
#METABOLOMICS&lt;br /&gt;
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice. &lt;br /&gt;
## If you would like to purify the metabolites from  mint in a lab setting, how would you do this knowing the above. &lt;br /&gt;
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint? &lt;br /&gt;
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (NM)===&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen. &lt;br /&gt;
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Landuyt, &lt;br /&gt;
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).&lt;br /&gt;
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit &lt;br /&gt;
#* Van welk proteine is dit peptiede &lt;br /&gt;
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa&#039;s die hierbij voorkomen &lt;br /&gt;
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531 &lt;br /&gt;
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig? &lt;br /&gt;
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum &lt;br /&gt;
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval&lt;br /&gt;
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/01/2018 (VM)===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Robben&lt;br /&gt;
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq&lt;br /&gt;
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method&lt;br /&gt;
Landuyt&lt;br /&gt;
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa&#039;s), mode of action van dat proteine&lt;br /&gt;
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom &lt;br /&gt;
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10/06/2014=== &lt;br /&gt;
====prof. Robben (gesloten boek)==== &lt;br /&gt;
#Wat doet RNA-seq? &lt;br /&gt;
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform) &lt;br /&gt;
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)&lt;br /&gt;
====prof. Landuyt (open boek/open pc)==== &lt;br /&gt;
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven &lt;br /&gt;
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit &lt;br /&gt;
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn? &lt;br /&gt;
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken? &lt;br /&gt;
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op? &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Johan Robben====&lt;br /&gt;
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.&lt;br /&gt;
#Bespreek bondig de belangrijkste &#039;second generation&#039; sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch. &lt;br /&gt;
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?&lt;br /&gt;
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.&lt;br /&gt;
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.&lt;br /&gt;
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger. &lt;br /&gt;
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.&lt;br /&gt;
#Leg volgende begrippen kort uit: &lt;br /&gt;
#*whole shotgun sequencing &lt;br /&gt;
#*paired end ditags &lt;br /&gt;
#*gene ontology &lt;br /&gt;
#*scale free network&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Bart Landuyt====&lt;br /&gt;
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.&lt;br /&gt;
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics? &lt;br /&gt;
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Baggerman====&lt;br /&gt;
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS? &lt;br /&gt;
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie&lt;br /&gt;
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.&lt;br /&gt;
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Filip Roland====&lt;br /&gt;
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding&lt;br /&gt;
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.&lt;br /&gt;
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&amp;diff=3747</id>
		<title>Advanced biochemistry and biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&amp;diff=3747"/>
		<updated>2024-01-18T16:36:10Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. &lt;br /&gt;
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.&lt;br /&gt;
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;amp;quot; &lt;br /&gt;
-- Quote Johan Robben, 2014&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===18 januari 2024===&lt;br /&gt;
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)&lt;br /&gt;
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph). &lt;br /&gt;
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods? &lt;br /&gt;
* Why did they add cycloheximide (CHX)? &lt;br /&gt;
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment? &lt;br /&gt;
Small questions (15/40)&lt;br /&gt;
* Translational coupling&lt;br /&gt;
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation&lt;br /&gt;
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors&lt;br /&gt;
* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
* Types of miRNA targets&lt;br /&gt;
Answer these questions (13/40)&lt;br /&gt;
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9. &lt;br /&gt;
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer. &lt;br /&gt;
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?&lt;br /&gt;
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation? &lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Grote vraag (6)&lt;br /&gt;
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.&lt;br /&gt;
#*Verklaar de resultaten van het experiment&lt;br /&gt;
#Kleinere vraag&lt;br /&gt;
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense &amp;amp; antisense) and 1 dsRNA --&amp;gt; he changed conclusion and you had to find the mistake &amp;amp; in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes&lt;br /&gt;
#* PROTAC uitleggen (3)&lt;br /&gt;
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)&lt;br /&gt;
#* different endocytosis (2)&lt;br /&gt;
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis &amp;amp; exosome (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Grote vraag (6)&lt;br /&gt;
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.&lt;br /&gt;
#*Verklaar de resultaten van het experiment&lt;br /&gt;
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?&lt;br /&gt;
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.&lt;br /&gt;
#Kleinere vraagjes&lt;br /&gt;
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)&lt;br /&gt;
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes&lt;br /&gt;
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)&lt;br /&gt;
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)&lt;br /&gt;
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne &amp;amp; NMD (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Kleine vragen (6)&lt;br /&gt;
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.&lt;br /&gt;
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.&lt;br /&gt;
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?&lt;br /&gt;
#* Functie E3.&lt;br /&gt;
#* Geef 3 soorten lipid modifications.&lt;br /&gt;
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën&lt;br /&gt;
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting &amp;amp; toxin-antitoxin (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Kleine vragen (6)&lt;br /&gt;
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand&lt;br /&gt;
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.&lt;br /&gt;
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.&lt;br /&gt;
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.&lt;br /&gt;
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?&lt;br /&gt;
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2021===&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)&lt;br /&gt;
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Translationele koppeling&lt;br /&gt;
#*Prime edditing (met Crispr)&lt;br /&gt;
#*foto-entrainment&lt;br /&gt;
#*selenocysteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2021 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.&lt;br /&gt;
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische &amp;quot;schaar&amp;quot;. Verduidelijk en concretiseer.&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Genomische imprinting&lt;br /&gt;
#*RNA-editing&lt;br /&gt;
#*RNA-induced silencing complex (RISC)&lt;br /&gt;
#*Periodosoom&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?&lt;br /&gt;
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Translationele koppeling &lt;br /&gt;
#*CMA&lt;br /&gt;
#*PAM&lt;br /&gt;
#*Selenocysteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Hfq&lt;br /&gt;
#*RNA editing&lt;br /&gt;
#*shRNA&lt;br /&gt;
#*prime editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten&lt;br /&gt;
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*attenuatie&lt;br /&gt;
#*nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#*looped primer RT-PCR&lt;br /&gt;
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg de regulatie van het trp-operon uit&lt;br /&gt;
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
#* Shutdown decay&lt;br /&gt;
#* BMAL&lt;br /&gt;
#* uORF&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#3’ UTR bij eukaryoten&lt;br /&gt;
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* RNA switch&lt;br /&gt;
#* Periodosoom&lt;br /&gt;
#* RNA editing&lt;br /&gt;
#* CMA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. &lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* Selenocysteine&lt;br /&gt;
#* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
#* Proximity-induced autoactivation &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2018, VM===&lt;br /&gt;
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?&lt;br /&gt;
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#* Retroreulatie&lt;br /&gt;
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)&lt;br /&gt;
#* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018, VM===&lt;br /&gt;
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5&#039;-UTR en 5&#039;-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)&lt;br /&gt;
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
#* foto-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2017===&lt;br /&gt;
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. &lt;br /&gt;
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover &lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#*Transcriptional gene silencing&lt;br /&gt;
#*Peptide mediated protein knockdownn&lt;br /&gt;
#*Familial fast sleep syndrome&lt;br /&gt;
#*Een vierde begrip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===3 februari 2017===&lt;br /&gt;
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit&lt;br /&gt;
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
#*uORF&lt;br /&gt;
#*Genetic imprinting&lt;br /&gt;
#*Chaperone-gemedieerde autofagie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan&lt;br /&gt;
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort &lt;br /&gt;
#*Retroregulation&lt;br /&gt;
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse&lt;br /&gt;
#*nonsense mediated decay&lt;br /&gt;
#*Periodosoom &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Welke elementen in 3&#039;-UTR voor expressieregulatie?&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Attenuatie&lt;br /&gt;
#*Hairpin silencing&lt;br /&gt;
#*Translational recoding&lt;br /&gt;
#*Photo-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2016===&lt;br /&gt;
#UPR&lt;br /&gt;
#Circadische clock in zoogdieren&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*hairpin silencing&lt;br /&gt;
#*argonaut&lt;br /&gt;
#*genomic imprinting&lt;br /&gt;
#*riboswitch&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA&#039;s te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)&lt;br /&gt;
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*real-time RT-PCR&lt;br /&gt;
#*selenocysteÃ¯ne&lt;br /&gt;
#*caspasen&lt;br /&gt;
#*RIP.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?&lt;br /&gt;
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*histonehermodellering&lt;br /&gt;
#*shut down decay&lt;br /&gt;
#*RNA editing&lt;br /&gt;
#*BMAL-CLOCK&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)&lt;br /&gt;
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Chromatine remoddeling&lt;br /&gt;
#*Non stop decay&lt;br /&gt;
#*Periodosoom&lt;br /&gt;
#*Seed sequentie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?&lt;br /&gt;
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*RIP&lt;br /&gt;
#*Translationele hercodering&lt;br /&gt;
#*Exosoom&lt;br /&gt;
#*Looped-primer RT-PCR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===september 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.&lt;br /&gt;
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*RIP&lt;br /&gt;
#*Icterus&lt;br /&gt;
#*UPR&lt;br /&gt;
#*Nocturine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. &lt;br /&gt;
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Geelzucht&lt;br /&gt;
#*genome imprinting&lt;br /&gt;
#*Initiator caspase &lt;br /&gt;
#*KiaC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten &lt;br /&gt;
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt &lt;br /&gt;
#Bespreek kort:  &lt;br /&gt;
#*Lesch-Nyhan-syndroom&lt;br /&gt;
#*Selenocysteine&lt;br /&gt;
#*Calnexin-calreticuline cyclus&lt;br /&gt;
#*Clock/BMAL1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2014===&lt;br /&gt;
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? &lt;br /&gt;
#Bespreek &amp;quot;unfolded protein response&amp;quot; (UPR)? &lt;br /&gt;
#Leg kort uit&lt;br /&gt;
#* Trans-translatie&lt;br /&gt;
#*RNA editering &lt;br /&gt;
#*shRNA &lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de mogelijke rol van de 5&#039;-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.&lt;br /&gt;
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* ALA-synthase&lt;br /&gt;
#* transtranslatie&lt;br /&gt;
#* Seed sequentie&lt;br /&gt;
#* nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.&lt;br /&gt;
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* thymidylaatsynthase&lt;br /&gt;
#* RNA editering&lt;br /&gt;
#* chaperone gemedieerde autofagie&lt;br /&gt;
#* argonaut&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 februari 2012 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* 5-FOA&lt;br /&gt;
#* RNA editering&lt;br /&gt;
#* seed sequence&lt;br /&gt;
#* nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de mogelijke rol van de 5&#039;-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* Thymidilaatsynthetase&lt;br /&gt;
#* Geelzucht&lt;br /&gt;
#* CpG eiland&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 september 2011 ===&lt;br /&gt;
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?&lt;br /&gt;
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* histonmethyltransferase&lt;br /&gt;
#* nonsense mediated decay&lt;br /&gt;
#* photo entrainment&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 4 februari 2011 ===&lt;br /&gt;
# N-end rule&lt;br /&gt;
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* geelzucht&lt;br /&gt;
#* selenocysteïne&lt;br /&gt;
#* Shutdown decay (SSD)&lt;br /&gt;
#* eIF2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
# Geef het belang van de 3&#039; Untranslated region bij expressie in eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* OMP&lt;br /&gt;
#* RNA editing&lt;br /&gt;
#* toxine-antitoxine&lt;br /&gt;
#* ubiquitineligase E3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek riboswitches.&lt;br /&gt;
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* allopurinol&lt;br /&gt;
#* uORFs&lt;br /&gt;
#* ERAD&lt;br /&gt;
#* photo-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 29 januari 2010 ===&lt;br /&gt;
# Geef het belang van de 3&#039; Untranslated region bij expressie in eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* OMP&lt;br /&gt;
#* ERAD&lt;br /&gt;
#* initiator caspases&lt;br /&gt;
#* myristoylisatie&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2010 ===&lt;br /&gt;
# N-end rule&lt;br /&gt;
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* geelzucht&lt;br /&gt;
#* selenocysteïne&lt;br /&gt;
#* RISC&lt;br /&gt;
#* endosomale lokalisatiesignaal&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2010===&lt;br /&gt;
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* Nocturnine&lt;br /&gt;
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
#* nuclear localisation signal&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2009===&lt;br /&gt;
MDL:&lt;br /&gt;
# purinebiosynthese en regulatie&lt;br /&gt;
# kaartjes:&lt;br /&gt;
#* Adaptor&lt;br /&gt;
#* Cascades, waarom?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JR:&lt;br /&gt;
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten&lt;br /&gt;
# kaartjes:&lt;br /&gt;
#* histonmethyltransferase&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2009===&lt;br /&gt;
MDL: Calcium&lt;br /&gt;
JR: N end rule&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2009===&lt;br /&gt;
Deley: &lt;br /&gt;
# Afbraak van vetzuren&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* GPCR&lt;br /&gt;
#* werking van groeifactoren&lt;br /&gt;
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Nog Kaartjes:&lt;br /&gt;
# calnexine/calreticuline cycle&lt;br /&gt;
# Argonaut&lt;br /&gt;
# SH2 en SH3&lt;br /&gt;
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine&lt;br /&gt;
# Ubiquitine als sorteringssignaal&lt;br /&gt;
# Thio-etherankers en thio-esterankers&lt;br /&gt;
# shRNA&lt;br /&gt;
# riboswitch&lt;br /&gt;
# RITS&lt;br /&gt;
# ARE (AU-rich element)&lt;br /&gt;
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)&lt;br /&gt;
# cascade, waarom?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2008===&lt;br /&gt;
MDL: &lt;br /&gt;
# Bespreek purineafbraak + storingen&lt;br /&gt;
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in&#039;t begin van &#039;t eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JRB: &lt;br /&gt;
# Bespreek lysosomale afbraak&lt;br /&gt;
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2008===&lt;br /&gt;
MDL: &lt;br /&gt;
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie&lt;br /&gt;
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JRB: &lt;br /&gt;
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren&lt;br /&gt;
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 januari 2008===&lt;br /&gt;
# MDL: Pyrimidinebiosynthese&lt;br /&gt;
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2008===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
MDL:&lt;br /&gt;
# Heem oxygenase systeem&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* Amide linked myristoyl anchors&lt;br /&gt;
#* Calcium oscillaties&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JR:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* miRNA&lt;br /&gt;
#* Calnexin-Calreticulin cycling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2008===&lt;br /&gt;
Hoofdvragen:&lt;br /&gt;
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?&lt;br /&gt;
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Korte vragen:&lt;br /&gt;
# lambda repressor&lt;br /&gt;
# mRNA turnover&lt;br /&gt;
# cascades&lt;br /&gt;
# proteïnesynthese en hemine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&amp;diff=3745</id>
		<title>Advanced biochemistry and biotechnology</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Advanced_biochemistry_and_biotechnology&amp;diff=3745"/>
		<updated>2024-01-17T11:28:23Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Vakinformatie */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie: Mabb]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor. &lt;br /&gt;
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.&lt;br /&gt;
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;amp;quot;De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf.&amp;amp;quot; &lt;br /&gt;
-- Quote Johan Robben, 2014&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===19 januari 2023===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Grote vraag (6)&lt;br /&gt;
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.&lt;br /&gt;
#*Verklaar de resultaten van het experiment&lt;br /&gt;
#Kleinere vraag&lt;br /&gt;
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense &amp;amp; antisense) and 1 dsRNA --&amp;gt; he changed conclusion and you had to find the mistake &amp;amp; in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes&lt;br /&gt;
#* PROTAC uitleggen (3)&lt;br /&gt;
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)&lt;br /&gt;
#* different endocytosis (2)&lt;br /&gt;
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 augustus 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis &amp;amp; exosome (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Grote vraag (6)&lt;br /&gt;
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.&lt;br /&gt;
#*Verklaar de resultaten van het experiment&lt;br /&gt;
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?&lt;br /&gt;
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.&lt;br /&gt;
#Kleinere vraagjes&lt;br /&gt;
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)&lt;br /&gt;
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)&lt;br /&gt;
#Kleine vraagjes&lt;br /&gt;
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)&lt;br /&gt;
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)&lt;br /&gt;
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne &amp;amp; NMD (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Kleine vragen (6)&lt;br /&gt;
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.&lt;br /&gt;
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.&lt;br /&gt;
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?&lt;br /&gt;
#* Functie E3.&lt;br /&gt;
#* Geef 3 soorten lipid modifications.&lt;br /&gt;
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën&lt;br /&gt;
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2022===&lt;br /&gt;
J. Robben&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)&lt;br /&gt;
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting &amp;amp; toxin-antitoxin (5)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
S. Ismail&#039;s deel&lt;br /&gt;
#Kleine vragen (6)&lt;br /&gt;
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand&lt;br /&gt;
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.&lt;br /&gt;
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.&lt;br /&gt;
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.&lt;br /&gt;
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?&lt;br /&gt;
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2021===&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)&lt;br /&gt;
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Translationele koppeling&lt;br /&gt;
#*Prime edditing (met Crispr)&lt;br /&gt;
#*foto-entrainment&lt;br /&gt;
#*selenocysteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2021 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.&lt;br /&gt;
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische &amp;quot;schaar&amp;quot;. Verduidelijk en concretiseer.&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Genomische imprinting&lt;br /&gt;
#*RNA-editing&lt;br /&gt;
#*RNA-induced silencing complex (RISC)&lt;br /&gt;
#*Periodosoom&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?&lt;br /&gt;
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Translationele koppeling &lt;br /&gt;
#*CMA&lt;br /&gt;
#*PAM&lt;br /&gt;
#*Selenocysteïne&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*Hfq&lt;br /&gt;
#*RNA editing&lt;br /&gt;
#*shRNA&lt;br /&gt;
#*prime editing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten&lt;br /&gt;
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#*attenuatie&lt;br /&gt;
#*nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#*looped primer RT-PCR&lt;br /&gt;
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg de regulatie van het trp-operon uit&lt;br /&gt;
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
#* Shutdown decay&lt;br /&gt;
#* BMAL&lt;br /&gt;
#* uORF&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#3’ UTR bij eukaryoten&lt;br /&gt;
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* RNA switch&lt;br /&gt;
#* Periodosoom&lt;br /&gt;
#* RNA editing&lt;br /&gt;
#* CMA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden. &lt;br /&gt;
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren. &lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
#* Selenocysteine&lt;br /&gt;
#* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
#* Proximity-induced autoactivation &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 januari 2018, VM===&lt;br /&gt;
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?&lt;br /&gt;
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#* Retroreulatie&lt;br /&gt;
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)&lt;br /&gt;
#* Nonsense-mediated decay&lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 januari 2018, VM===&lt;br /&gt;
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5&#039;-UTR en 5&#039;-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)&lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)&lt;br /&gt;
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
#* foto-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2017===&lt;br /&gt;
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten. &lt;br /&gt;
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover &lt;br /&gt;
#Begrippen:&lt;br /&gt;
#*Transcriptional gene silencing&lt;br /&gt;
#*Peptide mediated protein knockdownn&lt;br /&gt;
#*Familial fast sleep syndrome&lt;br /&gt;
#*Een vierde begrip&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===3 februari 2017===&lt;br /&gt;
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit&lt;br /&gt;
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie&lt;br /&gt;
#Woordjes:&lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
#*uORF&lt;br /&gt;
#*Genetic imprinting&lt;br /&gt;
#*Chaperone-gemedieerde autofagie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan&lt;br /&gt;
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort &lt;br /&gt;
#*Retroregulation&lt;br /&gt;
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse&lt;br /&gt;
#*nonsense mediated decay&lt;br /&gt;
#*Periodosoom &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2017===&lt;br /&gt;
#Welke elementen in 3&#039;-UTR voor expressieregulatie?&lt;br /&gt;
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Attenuatie&lt;br /&gt;
#*Hairpin silencing&lt;br /&gt;
#*Translational recoding&lt;br /&gt;
#*Photo-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2016===&lt;br /&gt;
#UPR&lt;br /&gt;
#Circadische clock in zoogdieren&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*hairpin silencing&lt;br /&gt;
#*argonaut&lt;br /&gt;
#*genomic imprinting&lt;br /&gt;
#*riboswitch&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA&#039;s te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)&lt;br /&gt;
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*real-time RT-PCR&lt;br /&gt;
#*selenocysteÃ¯ne&lt;br /&gt;
#*caspasen&lt;br /&gt;
#*RIP.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?&lt;br /&gt;
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*histonehermodellering&lt;br /&gt;
#*shut down decay&lt;br /&gt;
#*RNA editing&lt;br /&gt;
#*BMAL-CLOCK&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 januari 2016===&lt;br /&gt;
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)&lt;br /&gt;
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Chromatine remoddeling&lt;br /&gt;
#*Non stop decay&lt;br /&gt;
#*Periodosoom&lt;br /&gt;
#*Seed sequentie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 januari 2015===&lt;br /&gt;
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?&lt;br /&gt;
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*RIP&lt;br /&gt;
#*Translationele hercodering&lt;br /&gt;
#*Exosoom&lt;br /&gt;
#*Looped-primer RT-PCR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===september 2014 ===&lt;br /&gt;
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.&lt;br /&gt;
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*RIP&lt;br /&gt;
#*Icterus&lt;br /&gt;
#*UPR&lt;br /&gt;
#*Nocturine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme. &lt;br /&gt;
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.&lt;br /&gt;
#Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#*Geelzucht&lt;br /&gt;
#*genome imprinting&lt;br /&gt;
#*Initiator caspase &lt;br /&gt;
#*KiaC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten &lt;br /&gt;
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt &lt;br /&gt;
#Bespreek kort:  &lt;br /&gt;
#*Lesch-Nyhan-syndroom&lt;br /&gt;
#*Selenocysteine&lt;br /&gt;
#*Calnexin-calreticuline cyclus&lt;br /&gt;
#*Clock/BMAL1&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2014===&lt;br /&gt;
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie? &lt;br /&gt;
#Bespreek &amp;quot;unfolded protein response&amp;quot; (UPR)? &lt;br /&gt;
#Leg kort uit&lt;br /&gt;
#* Trans-translatie&lt;br /&gt;
#*RNA editering &lt;br /&gt;
#*shRNA &lt;br /&gt;
#*Nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de mogelijke rol van de 5&#039;-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.&lt;br /&gt;
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* ALA-synthase&lt;br /&gt;
#* transtranslatie&lt;br /&gt;
#* Seed sequentie&lt;br /&gt;
#* nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.&lt;br /&gt;
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* thymidylaatsynthase&lt;br /&gt;
#* RNA editering&lt;br /&gt;
#* chaperone gemedieerde autofagie&lt;br /&gt;
#* argonaut&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 februari 2012 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* 5-FOA&lt;br /&gt;
#* RNA editering&lt;br /&gt;
#* seed sequence&lt;br /&gt;
#* nocturnine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2012 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de mogelijke rol van de 5&#039;-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* Thymidilaatsynthetase&lt;br /&gt;
#* Geelzucht&lt;br /&gt;
#* CpG eiland&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 september 2011 ===&lt;br /&gt;
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?&lt;br /&gt;
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* histonmethyltransferase&lt;br /&gt;
#* nonsense mediated decay&lt;br /&gt;
#* photo entrainment&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 4 februari 2011 ===&lt;br /&gt;
# N-end rule&lt;br /&gt;
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* geelzucht&lt;br /&gt;
#* selenocysteïne&lt;br /&gt;
#* Shutdown decay (SSD)&lt;br /&gt;
#* eIF2&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
# Geef het belang van de 3&#039; Untranslated region bij expressie in eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* OMP&lt;br /&gt;
#* RNA editing&lt;br /&gt;
#* toxine-antitoxine&lt;br /&gt;
#* ubiquitineligase E3&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2011 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek riboswitches.&lt;br /&gt;
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* allopurinol&lt;br /&gt;
#* uORFs&lt;br /&gt;
#* ERAD&lt;br /&gt;
#* photo-entrainment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 29 januari 2010 ===&lt;br /&gt;
# Geef het belang van de 3&#039; Untranslated region bij expressie in eukaryoten.&lt;br /&gt;
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* OMP&lt;br /&gt;
#* ERAD&lt;br /&gt;
#* initiator caspases&lt;br /&gt;
#* myristoylisatie&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2010 ===&lt;br /&gt;
# N-end rule&lt;br /&gt;
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen&lt;br /&gt;
# Bespreek kort: &lt;br /&gt;
#* geelzucht&lt;br /&gt;
#* selenocysteïne&lt;br /&gt;
#* RISC&lt;br /&gt;
#* endosomale lokalisatiesignaal&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===12 januari 2010===&lt;br /&gt;
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?&lt;br /&gt;
# Bespreek kort:&lt;br /&gt;
#* Nocturnine&lt;br /&gt;
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)&lt;br /&gt;
#* shRNA&lt;br /&gt;
#* nuclear localisation signal&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2009===&lt;br /&gt;
MDL:&lt;br /&gt;
# purinebiosynthese en regulatie&lt;br /&gt;
# kaartjes:&lt;br /&gt;
#* Adaptor&lt;br /&gt;
#* Cascades, waarom?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JR:&lt;br /&gt;
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten&lt;br /&gt;
# kaartjes:&lt;br /&gt;
#* histonmethyltransferase&lt;br /&gt;
#* RITS&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 januari 2009===&lt;br /&gt;
MDL: Calcium&lt;br /&gt;
JR: N end rule&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===20 januari 2009===&lt;br /&gt;
Deley: &lt;br /&gt;
# Afbraak van vetzuren&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* GPCR&lt;br /&gt;
#* werking van groeifactoren&lt;br /&gt;
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Nog Kaartjes:&lt;br /&gt;
# calnexine/calreticuline cycle&lt;br /&gt;
# Argonaut&lt;br /&gt;
# SH2 en SH3&lt;br /&gt;
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine&lt;br /&gt;
# Ubiquitine als sorteringssignaal&lt;br /&gt;
# Thio-etherankers en thio-esterankers&lt;br /&gt;
# shRNA&lt;br /&gt;
# riboswitch&lt;br /&gt;
# RITS&lt;br /&gt;
# ARE (AU-rich element)&lt;br /&gt;
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)&lt;br /&gt;
# cascade, waarom?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2008===&lt;br /&gt;
MDL: &lt;br /&gt;
# Bespreek purineafbraak + storingen&lt;br /&gt;
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in&#039;t begin van &#039;t eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JRB: &lt;br /&gt;
# Bespreek lysosomale afbraak&lt;br /&gt;
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2008===&lt;br /&gt;
MDL: &lt;br /&gt;
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie&lt;br /&gt;
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JRB: &lt;br /&gt;
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren&lt;br /&gt;
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 januari 2008===&lt;br /&gt;
# MDL: Pyrimidinebiosynthese&lt;br /&gt;
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2008===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
MDL:&lt;br /&gt;
# Heem oxygenase systeem&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* Amide linked myristoyl anchors&lt;br /&gt;
#* Calcium oscillaties&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
JR:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.&lt;br /&gt;
# Kaartjes:&lt;br /&gt;
#* miRNA&lt;br /&gt;
#* Calnexin-Calreticulin cycling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 januari 2008===&lt;br /&gt;
Hoofdvragen:&lt;br /&gt;
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?&lt;br /&gt;
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Korte vragen:&lt;br /&gt;
# lambda repressor&lt;br /&gt;
# mRNA turnover&lt;br /&gt;
# cascades&lt;br /&gt;
# proteïnesynthese en hemine&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&amp;diff=3586</id>
		<title>Oncobiologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&amp;diff=3586"/>
		<updated>2023-06-29T19:20:04Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 28 juni 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Samen met biologie, minor verbreding en minor biologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===28 juni 2023===&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan de immuunrespons? Wat zijn bispecific antibodies en CAR T cellen? Wat zijn mogelijke problemen bij deze therapieen en wat zou een oplossing kunnen zijn? &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
#* Wat zijn de effecten van van een IDH mutatie? &lt;br /&gt;
#* Connectie angiogenese met metastase&lt;br /&gt;
#* Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen opsporen? &lt;br /&gt;
#* Irreversibele kinase inhibitor&lt;br /&gt;
#Begrippen + link met kanker&lt;br /&gt;
#*&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 juni 2022===&lt;br /&gt;
#Angiogenese: wat is angiogenese, waarom is het belangrijk bij kanker, hoe kunnen we deze kennis gebruiken in cancer therapy en bij welke hallmark is angiogenese nog belangrijk&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem en bispecific antibodies en PD1-antibodies/PDL-1 antibodies met elkaar vergelijken&lt;br /&gt;
#Kleine vragen: Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen en wat kan je hieruit afleiden, rol van NRAS mutaties bij kanker, link tussen DNA methylatie en kanker, wat is het Warburg effect en waarom is dit een voordeel voor kankercellen, hoe kunnen we apoptose induceren &lt;br /&gt;
===24 juni 2022===&lt;br /&gt;
#Apoptose: Wat is het? Hoe wordt het geinduceerd? Bij welke andere hallmark speelt dit nog een rol? + andere brijvagen&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem. Wat zijn de mogelijke therapieen hiervoor? HOe werkt het en hoe kan het fout lopen en wat zijn mogelijke oplossingen voor deze problemen?&lt;br /&gt;
#leg uit:&lt;br /&gt;
#* Mutaties van idh1&lt;br /&gt;
#* Connectie angiogenese met metastase&lt;br /&gt;
#* Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen en wat kan je hieruit afleiden?&lt;br /&gt;
#* Iets met BTK ... &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2021 ===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks + bij elke hallmark een voorbeeld van mutatie/verandering van de kankercel&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen aan het immuunsysteem ontsnappen en geef 3 mogelijke therapieën op basis van deze kennis&lt;br /&gt;
#5 stellingen juist of fout&lt;br /&gt;
#* MCL1 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeise kan je nagaan via sequencing (niet zeker meer).&lt;br /&gt;
#* EMT is belangrijk in early development van kanker&lt;br /&gt;
#* Kankercel kan resistent worden tegen tyrosine kinase inhibitoren&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten).&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol? Geef 2 voorbeelden, gebruikmakend van alle kennis van de hallmarks, voor een therapie gericht tegen metastase.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* p53 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen BCL-2 inhibitors.&lt;br /&gt;
#* Nog een.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2020 VM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten)&lt;br /&gt;
#Leg angiogenese uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geef 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* Bax inactivatie is gunstig voor kankercellen&lt;br /&gt;
#* Tyrosine kinase inhibitoren kunnen apoptose induceren&lt;br /&gt;
#* Inflammatie vermindert het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* Zowel EMT als MET zijn belangrijk voor metastase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===8 juni 2020 VM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks.&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geeft 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* BCL2 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen tyrosine kinase inhibitors.&lt;br /&gt;
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* EMT is belangrijk voor metastase. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks en geef een voorbeeld van een geneesmiddel (niet perse merknamen gewoon algemeen)&lt;br /&gt;
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol?&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen tumorcellen het immuunsysteem ontsnappen?&lt;br /&gt;
#Stellingen, waar of niet waar:&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistent worden tegen CAR Tcellen&lt;br /&gt;
#* BCL2 overexpressie is gunstig voor de kankercellen&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen geen dubble strand DNA breaks herstellen&lt;br /&gt;
#* De VEGF receptor kan worden uitgeschakeld met antibodies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
# A) Geef de 10 hallmarks; B) Geef aan welke hallmarks belangrijk zijn voor initiatie van kanker (max 1 blz)&lt;br /&gt;
# Leg genomic instability uit en geef de link met kanker (max 2 blz)&lt;br /&gt;
# A) Leg apoptose uit en geef de link met kanker; B) Welke hallmarks kun je nog linken aan apoptose (max 2 blz)&lt;br /&gt;
# Stellingen:&lt;br /&gt;
#* VEGF zorgt voor generatie van stalk cellen&lt;br /&gt;
#* kankercellen kunnen resistent worden t.o.v. tyrosine kinase inhibitors&lt;br /&gt;
#* CAR T-cells kunnen de groei van kankercellen stimuleren&lt;br /&gt;
#* Nog 2 andere &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2018 NM===&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)&lt;br /&gt;
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:&lt;br /&gt;
#* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel&lt;br /&gt;
#* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren&lt;br /&gt;
#* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven&lt;br /&gt;
#* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese&lt;br /&gt;
#* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken&lt;br /&gt;
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):&lt;br /&gt;
# VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).&lt;br /&gt;
# Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2018 VM===&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))&lt;br /&gt;
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:&lt;br /&gt;
#* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.&lt;br /&gt;
#* All cells can become cancer cells.&lt;br /&gt;
#* Chromosomal translocation can inactivate genes.&lt;br /&gt;
#* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.&lt;br /&gt;
#* VEGF assists metastasis.&lt;br /&gt;
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):&lt;br /&gt;
# Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.&lt;br /&gt;
# Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/06/2016 NM===&lt;br /&gt;
Mondeling:&lt;br /&gt;
#4 stellingen:&lt;br /&gt;
#*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen&lt;br /&gt;
#*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen&lt;br /&gt;
#*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd&lt;br /&gt;
#*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers&lt;br /&gt;
#Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/06/2016 VM===&lt;br /&gt;
Mondeling:&lt;br /&gt;
#Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.&lt;br /&gt;
#J/F vragen + verklaren&lt;br /&gt;
#*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese&lt;br /&gt;
#*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation&lt;br /&gt;
#*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen&lt;br /&gt;
#*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom&lt;br /&gt;
Schirftelijk:&lt;br /&gt;
#Leg genome instability volledig uit.&lt;br /&gt;
#Geef de &#039;10 hallmarks of cancer&#039; met telkens een kort VB&lt;br /&gt;
===22/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de &#039;10 hallmarks of cancer&#039; met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)&lt;br /&gt;
#Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?&lt;br /&gt;
===18/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.&lt;br /&gt;
#Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.&lt;br /&gt;
#woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===05/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen&lt;br /&gt;
#Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker&lt;br /&gt;
#Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.&lt;br /&gt;
===16/06/2014===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg een hallmark volledig uit&lt;br /&gt;
#korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing,  hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)&lt;br /&gt;
===16/06/2014===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)&lt;br /&gt;
#Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden&lt;br /&gt;
Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.&lt;br /&gt;
===17/06/2013===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld&lt;br /&gt;
#juist of fout:&lt;br /&gt;
#*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken&lt;br /&gt;
#*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig&lt;br /&gt;
#*nog2&lt;br /&gt;
#tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.&lt;br /&gt;
#Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)&lt;br /&gt;
#Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&amp;diff=3585</id>
		<title>Oncobiologie</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Oncobiologie&amp;diff=3585"/>
		<updated>2023-06-29T19:19:47Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Samen met biologie, minor verbreding en minor biologie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===28 juni 2023===&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan de immuunrespons? &lt;br /&gt;
Wat zijn bispecific antibodies en CAR T cellen? &lt;br /&gt;
Wat zijn mogelijke problemen bij deze therapieen en wat zou een oplossing kunnen zijn? &lt;br /&gt;
#Kleine vragen&lt;br /&gt;
#* Wat zijn de effecten van van een IDH mutatie? &lt;br /&gt;
#* Connectie angiogenese met metastase&lt;br /&gt;
#* Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen opsporen? &lt;br /&gt;
#* Irreversibele kinase inhibitor&lt;br /&gt;
#Begrippen + link met kanker&lt;br /&gt;
#* &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===29 juni 2022===&lt;br /&gt;
#Angiogenese: wat is angiogenese, waarom is het belangrijk bij kanker, hoe kunnen we deze kennis gebruiken in cancer therapy en bij welke hallmark is angiogenese nog belangrijk&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem en bispecific antibodies en PD1-antibodies/PDL-1 antibodies met elkaar vergelijken&lt;br /&gt;
#Kleine vragen: Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen en wat kan je hieruit afleiden, rol van NRAS mutaties bij kanker, link tussen DNA methylatie en kanker, wat is het Warburg effect en waarom is dit een voordeel voor kankercellen, hoe kunnen we apoptose induceren &lt;br /&gt;
===24 juni 2022===&lt;br /&gt;
#Apoptose: Wat is het? Hoe wordt het geinduceerd? Bij welke andere hallmark speelt dit nog een rol? + andere brijvagen&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem. Wat zijn de mogelijke therapieen hiervoor? HOe werkt het en hoe kan het fout lopen en wat zijn mogelijke oplossingen voor deze problemen?&lt;br /&gt;
#leg uit:&lt;br /&gt;
#* Mutaties van idh1&lt;br /&gt;
#* Connectie angiogenese met metastase&lt;br /&gt;
#* Hoe kan je actieve enhancer regio&#039;s herkennen en wat kan je hieruit afleiden?&lt;br /&gt;
#* Iets met BTK ... &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2021 ===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks + bij elke hallmark een voorbeeld van mutatie/verandering van de kankercel&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen aan het immuunsysteem ontsnappen en geef 3 mogelijke therapieën op basis van deze kennis&lt;br /&gt;
#5 stellingen juist of fout&lt;br /&gt;
#* MCL1 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* Clonal hematopoeise kan je nagaan via sequencing (niet zeker meer).&lt;br /&gt;
#* EMT is belangrijk in early development van kanker&lt;br /&gt;
#* Kankercel kan resistent worden tegen tyrosine kinase inhibitoren&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2020 NM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten).&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol? Geef 2 voorbeelden, gebruikmakend van alle kennis van de hallmarks, voor een therapie gericht tegen metastase.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* p53 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen BCL-2 inhibitors.&lt;br /&gt;
#* Nog een.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2020 VM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten)&lt;br /&gt;
#Leg angiogenese uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geef 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* Bax inactivatie is gunstig voor kankercellen&lt;br /&gt;
#* Tyrosine kinase inhibitoren kunnen apoptose induceren&lt;br /&gt;
#* Inflammatie vermindert het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* Zowel EMT als MET zijn belangrijk voor metastase.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===8 juni 2020 VM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks.&lt;br /&gt;
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geeft 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.&lt;br /&gt;
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:&lt;br /&gt;
#* BCL2 inactivatie is voordelig voor kankercellen.&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen tyrosine kinase inhibitors.&lt;br /&gt;
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.&lt;br /&gt;
#* EMT is belangrijk voor metastase. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks en geef een voorbeeld van een geneesmiddel (niet perse merknamen gewoon algemeen)&lt;br /&gt;
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol?&lt;br /&gt;
#Hoe kunnen tumorcellen het immuunsysteem ontsnappen?&lt;br /&gt;
#Stellingen, waar of niet waar:&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen resistent worden tegen CAR Tcellen&lt;br /&gt;
#* BCL2 overexpressie is gunstig voor de kankercellen&lt;br /&gt;
#* Kankercellen kunnen geen dubble strand DNA breaks herstellen&lt;br /&gt;
#* De VEGF receptor kan worden uitgeschakeld met antibodies&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
# A) Geef de 10 hallmarks; B) Geef aan welke hallmarks belangrijk zijn voor initiatie van kanker (max 1 blz)&lt;br /&gt;
# Leg genomic instability uit en geef de link met kanker (max 2 blz)&lt;br /&gt;
# A) Leg apoptose uit en geef de link met kanker; B) Welke hallmarks kun je nog linken aan apoptose (max 2 blz)&lt;br /&gt;
# Stellingen:&lt;br /&gt;
#* VEGF zorgt voor generatie van stalk cellen&lt;br /&gt;
#* kankercellen kunnen resistent worden t.o.v. tyrosine kinase inhibitors&lt;br /&gt;
#* CAR T-cells kunnen de groei van kankercellen stimuleren&lt;br /&gt;
#* Nog 2 andere &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2018 NM===&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)&lt;br /&gt;
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:&lt;br /&gt;
#* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel&lt;br /&gt;
#* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren&lt;br /&gt;
#* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven&lt;br /&gt;
#* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese&lt;br /&gt;
#* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken&lt;br /&gt;
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):&lt;br /&gt;
# VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).&lt;br /&gt;
# Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 juni 2018 VM===&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))&lt;br /&gt;
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:&lt;br /&gt;
#* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.&lt;br /&gt;
#* All cells can become cancer cells.&lt;br /&gt;
#* Chromosomal translocation can inactivate genes.&lt;br /&gt;
#* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.&lt;br /&gt;
#* VEGF assists metastasis.&lt;br /&gt;
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):&lt;br /&gt;
# Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.&lt;br /&gt;
# Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/06/2016 NM===&lt;br /&gt;
Mondeling:&lt;br /&gt;
#4 stellingen:&lt;br /&gt;
#*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen&lt;br /&gt;
#*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen&lt;br /&gt;
#*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd&lt;br /&gt;
#*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers&lt;br /&gt;
#Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?&lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?&lt;br /&gt;
# Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16/06/2016 VM===&lt;br /&gt;
Mondeling:&lt;br /&gt;
#Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.&lt;br /&gt;
#J/F vragen + verklaren&lt;br /&gt;
#*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese&lt;br /&gt;
#*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation&lt;br /&gt;
#*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen&lt;br /&gt;
#*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom&lt;br /&gt;
Schirftelijk:&lt;br /&gt;
#Leg genome instability volledig uit.&lt;br /&gt;
#Geef de &#039;10 hallmarks of cancer&#039; met telkens een kort VB&lt;br /&gt;
===22/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de &#039;10 hallmarks of cancer&#039; met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)&lt;br /&gt;
#Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.&lt;br /&gt;
#Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?&lt;br /&gt;
===18/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.&lt;br /&gt;
#Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.&lt;br /&gt;
#woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===05/06/2015===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen&lt;br /&gt;
#Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker&lt;br /&gt;
#Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.&lt;br /&gt;
===16/06/2014===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg een hallmark volledig uit&lt;br /&gt;
#korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing,  hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)&lt;br /&gt;
===16/06/2014===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld&lt;br /&gt;
#Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)&lt;br /&gt;
#Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden&lt;br /&gt;
Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.&lt;br /&gt;
===17/06/2013===&lt;br /&gt;
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld&lt;br /&gt;
#juist of fout:&lt;br /&gt;
#*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken&lt;br /&gt;
#*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig&lt;br /&gt;
#*nog2&lt;br /&gt;
#tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.&lt;br /&gt;
#Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)&lt;br /&gt;
#Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3508</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3508"/>
		<updated>2023-06-21T14:51:19Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 22 juni 2022 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen minstens 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21 juni 2023===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O2 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R0&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3507</id>
		<title>Spectroscopie van biomoleculen</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Spectroscopie_van_biomoleculen&amp;diff=3507"/>
		<updated>2023-06-21T14:51:02Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen minstens 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)&lt;br /&gt;
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)&lt;br /&gt;
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie? &lt;br /&gt;
## Raman selectie regels&lt;br /&gt;
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten? &lt;br /&gt;
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===24 Augustus 2022===&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)&lt;br /&gt;
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient&lt;br /&gt;
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen&lt;br /&gt;
## Raman selectieregels&lt;br /&gt;
## Circular Dichorism&lt;br /&gt;
## FRET en relevantie tot spectroscopie&lt;br /&gt;
## Single photon counting&lt;br /&gt;
## Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
===22 juni 2022===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher. &lt;br /&gt;
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)&lt;br /&gt;
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)&lt;br /&gt;
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)&lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):&lt;br /&gt;
## statement van Brogolie&lt;br /&gt;
## Basisregels IR&lt;br /&gt;
## Cotton effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# NMR van C9H10O2 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)&lt;br /&gt;
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden&lt;br /&gt;
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
# Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
## Extinctie coefficent&lt;br /&gt;
## Time resolved emission spectra&lt;br /&gt;
## Inner filter effect&lt;br /&gt;
## Anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
## Fotoselectie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2021===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C11H14O2&lt;br /&gt;
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Wet van Lambert Beer&lt;br /&gt;
##R0&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##Dynamische quenching&lt;br /&gt;
##Anti-stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 augustus 2020===&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.&lt;br /&gt;
##Verklaar alle waarnemingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoelectrisch effect&lt;br /&gt;
##FRET&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
##FTIR&lt;br /&gt;
##resonance Raman Scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===25 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)&lt;br /&gt;
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?&lt;br /&gt;
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135&lt;br /&gt;
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan: &lt;br /&gt;
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is &lt;br /&gt;
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze &lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##Fotoselectie&lt;br /&gt;
##Excitatiecoefficient&lt;br /&gt;
##Anti-Stokes Raman Scattering&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?&lt;br /&gt;
#Toon de magnetisatievector M&amp;lt;sub&amp;gt;0&amp;lt;/sub&amp;gt; wanneer een puls van a) 30°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt;, b) 90°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; en c) 180°&amp;lt;sub&amp;gt;x&amp;lt;/sub&amp;gt; wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?&lt;br /&gt;
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.&lt;br /&gt;
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?&lt;br /&gt;
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.&lt;br /&gt;
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.&lt;br /&gt;
#Verklaar begrippen met tekening:&lt;br /&gt;
##excitatiespectrum&lt;br /&gt;
##Balmer reeks&lt;br /&gt;
##Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
##inner filter effect&lt;br /&gt;
##dynamische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2020===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR van C9H10O3&lt;br /&gt;
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?&lt;br /&gt;
#Begrippen&lt;br /&gt;
##Limiting anisotropy&lt;br /&gt;
##Auxochroom effect&lt;br /&gt;
##Forster radius&lt;br /&gt;
##Inner filter effect&lt;br /&gt;
##TC SPC (single foton counting)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===28 augustus 2019===&lt;br /&gt;
====Deel Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)&lt;br /&gt;
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).&lt;br /&gt;
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Deel hofkens====&lt;br /&gt;
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. &lt;br /&gt;
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?&lt;br /&gt;
#begrippen:&lt;br /&gt;
##Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##Emissiespectrum&lt;br /&gt;
##anti-Stokes Raman scattering&lt;br /&gt;
##Statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 augustus 2019===&lt;br /&gt;
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.&lt;br /&gt;
====Deel Hofkens====&lt;br /&gt;
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden&lt;br /&gt;
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd&lt;br /&gt;
# woordjes&lt;br /&gt;
##foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
##cotton-effect&lt;br /&gt;
##extinctiecoëfficiënt&lt;br /&gt;
##TRES&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 Juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR C11H14O2&lt;br /&gt;
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent&lt;br /&gt;
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens==== &lt;br /&gt;
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.&lt;br /&gt;
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.&lt;br /&gt;
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES&lt;br /&gt;
===25 juni 2019 VM===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum(C9H10O3)&lt;br /&gt;
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens&lt;br /&gt;
#Fase 1 spectrum -&amp;gt;structuur proteinen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
Zie examen 27 juni 2018&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Voght====&lt;br /&gt;
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)&lt;br /&gt;
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)&lt;br /&gt;
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)&lt;br /&gt;
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)&lt;br /&gt;
#4 begrippen:  (4 punten)&lt;br /&gt;
#*limiting anisotropy&lt;br /&gt;
#*inner filter effect&lt;br /&gt;
#*auxochrome shift&lt;br /&gt;
#*anti-Stokes Raman&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden&lt;br /&gt;
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding&lt;br /&gt;
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram&lt;br /&gt;
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.&lt;br /&gt;
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3&lt;br /&gt;
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur&lt;br /&gt;
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB. &lt;br /&gt;
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?&lt;br /&gt;
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom? &lt;br /&gt;
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)? &lt;br /&gt;
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven. &lt;br /&gt;
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.&lt;br /&gt;
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.&lt;br /&gt;
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?&lt;br /&gt;
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 juni 2018===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie&lt;br /&gt;
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR. &lt;br /&gt;
#*Waarom gebruik je P-NMR hier. &lt;br /&gt;
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR&#039;s en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen&lt;br /&gt;
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom? &lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking&lt;br /&gt;
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen&lt;br /&gt;
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR&lt;br /&gt;
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.&lt;br /&gt;
#* Teken een vibratiobele overgang&lt;br /&gt;
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand&lt;br /&gt;
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties&lt;br /&gt;
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot&lt;br /&gt;
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.&lt;br /&gt;
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?&lt;br /&gt;
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* Cotton- effect&lt;br /&gt;
#* Extinctie coëfficiënt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===6 september 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening met NMR (C9H10O3)&lt;br /&gt;
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.&lt;br /&gt;
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.&lt;br /&gt;
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?&lt;br /&gt;
# (4pt) Woordjes&lt;br /&gt;
#* Foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* FRET&lt;br /&gt;
#* Single Photon Timing&lt;br /&gt;
#* Cottoneffect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# oefening spectrum NMR&lt;br /&gt;
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
==== Hofkens ====&lt;br /&gt;
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.&lt;br /&gt;
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie. &lt;br /&gt;
# Woordjes:&lt;br /&gt;
#* Transitiedipoolmoment&lt;br /&gt;
#* Balmerreeks&lt;br /&gt;
#* Excitatiespectrum&lt;br /&gt;
#* Perrin vergelijking&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum&lt;br /&gt;
# NOE&lt;br /&gt;
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen &lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?&lt;br /&gt;
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* foto-elektrisch effect&lt;br /&gt;
#* extinctie coefficient&lt;br /&gt;
#* TRES&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt:====&lt;br /&gt;
# zeeman effect&lt;br /&gt;
# H/C spectrum&lt;br /&gt;
# in vivo nmr&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.&lt;br /&gt;
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* Ro&lt;br /&gt;
#* Dynamic quenching&lt;br /&gt;
#* fluorescence quantum yield&lt;br /&gt;
#* resonance &lt;br /&gt;
#* Raman scattering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 juni 2017===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2&lt;br /&gt;
# vraag2 &lt;br /&gt;
#* 2 soorten relaxatie, leg uit&lt;br /&gt;
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR&lt;br /&gt;
#* weet ik ook niet meer&lt;br /&gt;
# 1D en 2D NMR spectra: &lt;br /&gt;
#* verschillen, voor - en nadelen geven. &lt;br /&gt;
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken? &lt;br /&gt;
#* hoe ziet men dit? &lt;br /&gt;
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).&lt;br /&gt;
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4&lt;br /&gt;
# 4 termen: &lt;br /&gt;
#* anti stokes &lt;br /&gt;
#* ramanscattering&lt;br /&gt;
#* emissiespectra&lt;br /&gt;
#* statische quencher&lt;br /&gt;
#* laatste weet ik niet meer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===7 juni 2016===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt spintoestanden&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. &lt;br /&gt;
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden? &lt;br /&gt;
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling? &lt;br /&gt;
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?&lt;br /&gt;
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg. &lt;br /&gt;
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt? &lt;br /&gt;
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom? &lt;br /&gt;
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%. &lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten. &lt;br /&gt;
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm. &lt;br /&gt;
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?&lt;br /&gt;
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.&lt;br /&gt;
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max) &lt;br /&gt;
#* foto-effect &lt;br /&gt;
#* Balmer-reeks &lt;br /&gt;
#* ... &lt;br /&gt;
#* transitiedipoolmoment.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H- en C-spectrum&lt;br /&gt;
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:&lt;br /&gt;
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.&lt;br /&gt;
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een  groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?&lt;br /&gt;
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.&lt;br /&gt;
# Begrippen: &lt;br /&gt;
#* Cotton-effect&lt;br /&gt;
#* Inner filter effect&lt;br /&gt;
#* R0 &lt;br /&gt;
#* Excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 juni 2015===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# H-spectrum+ IR-spectrum&lt;br /&gt;
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.&lt;br /&gt;
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)&lt;br /&gt;
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?&lt;br /&gt;
# woordjes: &lt;br /&gt;
#* limiterende anisotropie&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* statische quenching&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Vogt====&lt;br /&gt;
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.&lt;br /&gt;
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren&lt;br /&gt;
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.&lt;br /&gt;
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.&lt;br /&gt;
# begrippen uitleggen: &lt;br /&gt;
#* R0&lt;br /&gt;
#* cotton effect&lt;br /&gt;
#* inner filter effect&lt;br /&gt;
#* excimeer&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===10 juni 2013===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden&lt;br /&gt;
# IR spectroscopie:&lt;br /&gt;
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?&lt;br /&gt;
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.&lt;br /&gt;
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?&lt;br /&gt;
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?&lt;br /&gt;
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).&lt;br /&gt;
#* Verklaar de resultaten.&lt;br /&gt;
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?&lt;br /&gt;
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)&lt;br /&gt;
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)&lt;br /&gt;
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):&lt;br /&gt;
#* circulair dichroïsme&lt;br /&gt;
#* magic angle&lt;br /&gt;
#* fosforescentie &lt;br /&gt;
#* J-aggregaat&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===30 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)&lt;br /&gt;
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven&lt;br /&gt;
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.&lt;br /&gt;
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.&lt;br /&gt;
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)&lt;br /&gt;
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.&lt;br /&gt;
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?&lt;br /&gt;
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Hofkens====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)&lt;br /&gt;
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)&lt;br /&gt;
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 jun 2011===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom is die piek bv een triplet?&lt;br /&gt;
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?&lt;br /&gt;
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 60MHz&lt;br /&gt;
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bereken de chemische shift bij 500MHz&lt;br /&gt;
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
====Hofkens:====&lt;br /&gt;
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo&#039;n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo&#039;n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)&lt;br /&gt;
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)&lt;br /&gt;
#* Extinctiecoefficient&lt;br /&gt;
#* Woodward-Fieser-Scott-regels&lt;br /&gt;
#* Lambert-Beer&lt;br /&gt;
#* Fluorescentie quenching&lt;br /&gt;
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.&lt;br /&gt;
#* bereken de golflengte&lt;br /&gt;
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===15 jun 2010===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?&lt;br /&gt;
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?&lt;br /&gt;
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma&#039;s gegeven).&lt;br /&gt;
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2009===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.&lt;br /&gt;
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).&lt;br /&gt;
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===16 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR&lt;br /&gt;
# 3 COSY&#039;s gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY&#039;s toe en leg uit waarom&lt;br /&gt;
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# H en C spectrum van een molecule&lt;br /&gt;
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC&lt;br /&gt;
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 jun 2008===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.&lt;br /&gt;
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.&lt;br /&gt;
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop&lt;br /&gt;
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo&#039;n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.&lt;br /&gt;
# Toepassing van IR op biomoleculen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Basic oefeningske&lt;br /&gt;
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.&lt;br /&gt;
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===21 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.&lt;br /&gt;
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken&lt;br /&gt;
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 jun 2007===&lt;br /&gt;
====Tatjana====&lt;br /&gt;
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel &#039;makkelijk&amp;quot;)&lt;br /&gt;
# Theorie:&lt;br /&gt;
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De &#039;gamma&#039; van H en P was gegeven&lt;br /&gt;
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&amp;diff=3464</id>
		<title>Bioinformatica en Modelering</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Bioinformatica_en_Modelering&amp;diff=3464"/>
		<updated>2023-06-18T07:58:26Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Derde bachelor biochemie. &lt;br /&gt;
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, normaal vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===16 juni 2023===&lt;br /&gt;
Volledig meerkeuze (50 vragen):&lt;br /&gt;
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren&lt;br /&gt;
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)&lt;br /&gt;
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)&lt;br /&gt;
#Vraag over Smith-Waterman&lt;br /&gt;
#Vraag over Needleman-Wunsch&lt;br /&gt;
#Foto gegeven, is het een&lt;br /&gt;
#*Contactmap van verschillende DNA sequenties&lt;br /&gt;
#*Contactmap van identieke DNA sequenties&lt;br /&gt;
#*Contactmap van verschillende proteine sequenties&lt;br /&gt;
#*Contactmap van identieke proteine sequenties&lt;br /&gt;
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt&lt;br /&gt;
#*PAM50&lt;br /&gt;
#*PAM250&lt;br /&gt;
#*BLOSUM50&lt;br /&gt;
#*BLOSUM250&lt;br /&gt;
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ... &lt;br /&gt;
#De temperatuurfactor beschrijft...&lt;br /&gt;
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen&lt;br /&gt;
#Iets over force fields&lt;br /&gt;
#Iets over contactoppervlakken van moleculen &lt;br /&gt;
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder&lt;br /&gt;
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)&lt;br /&gt;
#Welk soort boom is dit&lt;br /&gt;
#*Phylogram&lt;br /&gt;
#*Cladogram&lt;br /&gt;
#*Ultrametrische boom&lt;br /&gt;
#*Ridiculogram&lt;br /&gt;
#Iets over cryoEM microscopy&lt;br /&gt;
#Welke soort BLAST gebruik je&lt;br /&gt;
#Nog veel meer, heel vaak &#039;welke stelling is correct/fout?&#039; met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===&lt;br /&gt;
Theorie:&lt;br /&gt;
#Meerkeuze&lt;br /&gt;
#*Chou-Fasmann&lt;br /&gt;
#*Clustal&lt;br /&gt;
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)&lt;br /&gt;
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief&lt;br /&gt;
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250&lt;br /&gt;
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?&lt;br /&gt;
#*...&lt;br /&gt;
#Verschil SW- &amp;amp; NW-algoritme?&lt;br /&gt;
#Rom. &amp;amp; Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide&lt;br /&gt;
#Juist of fout&lt;br /&gt;
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.&lt;br /&gt;
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.&lt;br /&gt;
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.&lt;br /&gt;
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===27 juni 2022 (schriftelijk)===&lt;br /&gt;
Theorie:&lt;br /&gt;
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)&lt;br /&gt;
#* Chou-Fasmann&lt;br /&gt;
#* Clustal&lt;br /&gt;
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)&lt;br /&gt;
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief&lt;br /&gt;
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250&lt;br /&gt;
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?&lt;br /&gt;
#* ...&lt;br /&gt;
#Juist of fout? Verklaar (9pt)&lt;br /&gt;
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.&lt;br /&gt;
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.&lt;br /&gt;
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...&lt;br /&gt;
# PDB file gegeven: (6 pt)&lt;br /&gt;
#* Wat stelt elke kolom voor?&lt;br /&gt;
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.&lt;br /&gt;
#* Teken het tripeptide.&lt;br /&gt;
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)&lt;br /&gt;
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===&lt;br /&gt;
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)&lt;br /&gt;
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?&lt;br /&gt;
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen&lt;br /&gt;
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is&lt;br /&gt;
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.&lt;br /&gt;
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)&lt;br /&gt;
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?&lt;br /&gt;
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen&lt;br /&gt;
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne&lt;br /&gt;
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is&lt;br /&gt;
#Juist/fout (9 punten)&lt;br /&gt;
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.&lt;br /&gt;
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.&lt;br /&gt;
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen&lt;br /&gt;
#Korte open vragen&lt;br /&gt;
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)&lt;br /&gt;
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)&lt;br /&gt;
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===&lt;br /&gt;
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni&lt;br /&gt;
#Exact hetzelfde als  vorig jaar 8 juni&lt;br /&gt;
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni&lt;br /&gt;
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.&lt;br /&gt;
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties&lt;br /&gt;
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen&lt;br /&gt;
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020&lt;br /&gt;
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===&lt;br /&gt;
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)&lt;br /&gt;
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)&lt;br /&gt;
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)&lt;br /&gt;
#Juist en fout: (9 ptn)&lt;br /&gt;
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft. &lt;br /&gt;
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden&lt;br /&gt;
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties&lt;br /&gt;
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===19 juni 2019 NM===&lt;br /&gt;
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken &amp;amp; hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)&lt;br /&gt;
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma &amp;amp; levinthal paradox (5 ptn)&lt;br /&gt;
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)&lt;br /&gt;
#juist fout vragen: (9 ptn)&lt;br /&gt;
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity&lt;br /&gt;
#* Slechts één oplossing voor NW en SW&lt;br /&gt;
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig&lt;br /&gt;
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)&lt;br /&gt;
#oefeningen:&lt;br /&gt;
#* Geef kleinste chromosoom&lt;br /&gt;
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is&lt;br /&gt;
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter&lt;br /&gt;
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019 NM ===&lt;br /&gt;
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken &amp;amp; hoe te construeren&lt;br /&gt;
# Trekvraag: Anfinsen dogma &amp;amp; Levinthal paradox (5pt)&lt;br /&gt;
# Schrifteijke vraag (6pt)&lt;br /&gt;
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten&lt;br /&gt;
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 &amp;amp; chi2)&lt;br /&gt;
#*C: waarvoor gebruiken we phi &amp;amp; psi? &lt;br /&gt;
# Juist/fout (9pt)&lt;br /&gt;
#* UPGMA &amp;amp; NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.&lt;br /&gt;
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.&lt;br /&gt;
#* Vergeten&lt;br /&gt;
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2019 VM ===&lt;br /&gt;
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)&lt;br /&gt;
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een &#039;force&#039;field is, &lt;br /&gt;
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)&lt;br /&gt;
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.&lt;br /&gt;
# Juist/fout (8pt)&lt;br /&gt;
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.&lt;br /&gt;
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.&lt;br /&gt;
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.&lt;br /&gt;
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.&lt;br /&gt;
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 26 juni 2018 NM ===&lt;br /&gt;
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)&lt;br /&gt;
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone&lt;br /&gt;
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)&lt;br /&gt;
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)&lt;br /&gt;
# Juist/fout (9pt)&lt;br /&gt;
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. &lt;br /&gt;
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen&lt;br /&gt;
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW&lt;br /&gt;
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 juni 2018 VM ===&lt;br /&gt;
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)&lt;br /&gt;
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone&lt;br /&gt;
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)&lt;br /&gt;
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)&lt;br /&gt;
# Juist/fout (9pt)&lt;br /&gt;
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit. &lt;br /&gt;
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen&lt;br /&gt;
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW&lt;br /&gt;
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)&lt;br /&gt;
# Oefeningen USB stick 12&lt;br /&gt;
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor&lt;br /&gt;
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen&lt;br /&gt;
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH&amp;gt;2). &lt;br /&gt;
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd. &lt;br /&gt;
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 juni 2018 NM ===&lt;br /&gt;
# Leg PAM uit&lt;br /&gt;
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo&#039;n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes&lt;br /&gt;
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]&lt;br /&gt;
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.&lt;br /&gt;
# Juist of fout&lt;br /&gt;
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen&lt;br /&gt;
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit&lt;br /&gt;
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W&lt;br /&gt;
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen). &lt;br /&gt;
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.&lt;br /&gt;
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 juni 2018 VM ===&lt;br /&gt;
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):&lt;br /&gt;
#* Leg het algoritme uit.&lt;br /&gt;
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?&lt;br /&gt;
#* Bijvragen: &amp;quot;waarom doe je dit&amp;quot; bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: &amp;quot;waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?&amp;quot;&lt;br /&gt;
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)&lt;br /&gt;
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)&lt;br /&gt;
#* Tekening van dot-plot&lt;br /&gt;
#* Tekening van contact map&lt;br /&gt;
# Juist of fout (9 pt)&lt;br /&gt;
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix&lt;br /&gt;
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ&lt;br /&gt;
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor&lt;br /&gt;
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen?  (3 pt)&lt;br /&gt;
# Oefeningen (USB-stick 4):&lt;br /&gt;
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest &lt;br /&gt;
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?&lt;br /&gt;
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH &amp;gt; 2), caspase1&lt;br /&gt;
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)&lt;br /&gt;
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus  is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 Juni 2018 ===&lt;br /&gt;
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:&lt;br /&gt;
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?&lt;br /&gt;
#* Wat is de score van het geheel?&lt;br /&gt;
#* Waarom is dit een dynamisch process? &lt;br /&gt;
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde? &lt;br /&gt;
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule. &lt;br /&gt;
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.&lt;br /&gt;
# Waar of onwaar? &lt;br /&gt;
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken. &lt;br /&gt;
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.&lt;br /&gt;
#* (vergeten)&lt;br /&gt;
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 Juni 2017 (VM) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)&lt;br /&gt;
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)&lt;br /&gt;
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.&lt;br /&gt;
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.&lt;br /&gt;
#* Contactmap&lt;br /&gt;
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)&lt;br /&gt;
# Juist of fout (9 ptn)&lt;br /&gt;
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert&lt;br /&gt;
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.&lt;br /&gt;
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 juni 2017 (NM) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) Bespreek homology modelling&lt;br /&gt;
# (mondeling) Trekvraag: &lt;br /&gt;
#* Contact map&lt;br /&gt;
# Ramachandran en rotameerplot. &lt;br /&gt;
## Teken het tripeptide SYT &lt;br /&gt;
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide&lt;br /&gt;
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?&lt;br /&gt;
# Juist of fout:&lt;br /&gt;
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties&lt;br /&gt;
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA &lt;br /&gt;
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is&lt;br /&gt;
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 juni 2017 (VM) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie&lt;br /&gt;
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.) &lt;br /&gt;
#* hamiltoiaan&lt;br /&gt;
#* moleculaire klok hypothese&lt;br /&gt;
#* Protein Surface Representation&lt;br /&gt;
# C en W (cys en trp)--&amp;gt; lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?&lt;br /&gt;
## Verklaar biochemisch&lt;br /&gt;
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW&lt;br /&gt;
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)&lt;br /&gt;
# Juist en Fout&lt;br /&gt;
#* hoogste bitscore gelijk aan 4&lt;br /&gt;
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule&lt;br /&gt;
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)&lt;br /&gt;
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 juni 2017 (NM) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.&lt;br /&gt;
# (mondeling) Trekkaart&lt;br /&gt;
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.&lt;br /&gt;
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.&lt;br /&gt;
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.&lt;br /&gt;
# Juist of fout:&lt;br /&gt;
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.&lt;br /&gt;
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.&lt;br /&gt;
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.&lt;br /&gt;
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 juni 2017 (VM) ===&lt;br /&gt;
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?&lt;br /&gt;
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)&lt;br /&gt;
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)&lt;br /&gt;
#* Kaartje 2: een rotameerplot&lt;br /&gt;
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file &lt;br /&gt;
## Bespreek alle kolommen&lt;br /&gt;
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2&lt;br /&gt;
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?&lt;br /&gt;
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom &lt;br /&gt;
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.&lt;br /&gt;
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.&lt;br /&gt;
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.&lt;br /&gt;
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 juni 2016 (VM) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.&lt;br /&gt;
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit? &lt;br /&gt;
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? &lt;br /&gt;
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?&lt;br /&gt;
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. &lt;br /&gt;
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. &lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -&amp;amp;gt; kijken naar omega hoek)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 24 juni 2015 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.&lt;br /&gt;
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.&lt;br /&gt;
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?&lt;br /&gt;
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?&lt;br /&gt;
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?&lt;br /&gt;
# Hoe bekomt of bepaalt men de &#039;angle bending&#039; parameters?&lt;br /&gt;
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 juni 2014 (nm) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.&lt;br /&gt;
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?&lt;br /&gt;
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?&lt;br /&gt;
# Wat is een &amp;amp;quot;nulde-orde&amp;amp;quot; minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.&lt;br /&gt;
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.&lt;br /&gt;
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?&lt;br /&gt;
# Wat is de &#039;Molecular Surface&#039; en hoe bereken je deze?&lt;br /&gt;
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 6 juni 2014 (vm) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.&lt;br /&gt;
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?&lt;br /&gt;
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.&lt;br /&gt;
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?&lt;br /&gt;
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.&lt;br /&gt;
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?&lt;br /&gt;
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 juni 2013 ===&lt;br /&gt;
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?&lt;br /&gt;
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was&lt;br /&gt;
#Rotameerconcept + toepassingen&lt;br /&gt;
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 juni 2013 ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur&lt;br /&gt;
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?&lt;br /&gt;
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken&lt;br /&gt;
# bespreek de elektrostatische term&lt;br /&gt;
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 10 juni 2013 (nm) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?&lt;br /&gt;
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.&lt;br /&gt;
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?&lt;br /&gt;
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 10 juni 2013 (vm) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.&lt;br /&gt;
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?&lt;br /&gt;
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.&lt;br /&gt;
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 juni 2012 (nm) ===&lt;br /&gt;
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?&lt;br /&gt;
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie  toont in vergelijking met gekende 3D structuren?&lt;br /&gt;
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 juni 2011 (nm) ===&lt;br /&gt;
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren? &lt;br /&gt;
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)&lt;br /&gt;
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen? &lt;br /&gt;
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 10 juni 2011 (vm) ===&lt;br /&gt;
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? =&amp;amp;gt; formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?&lt;br /&gt;
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?&lt;br /&gt;
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&lt;br /&gt;
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 7 juni 2010 (nm) ===&lt;br /&gt;
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )&lt;br /&gt;
# bespreek alles van alpha-helix&lt;br /&gt;
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering&lt;br /&gt;
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )&lt;br /&gt;
=== 7 juni 2010 (vm) ===&lt;br /&gt;
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?&lt;br /&gt;
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)&lt;br /&gt;
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.&lt;br /&gt;
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline&lt;br /&gt;
=== 15 juni 2009 ===&lt;br /&gt;
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?&lt;br /&gt;
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)&lt;br /&gt;
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?&lt;br /&gt;
-Bijvraagje: welke residu&#039;s komen het meest voor in B-strands?&lt;br /&gt;
=== 15 juni 2009 ===&lt;br /&gt;
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)&lt;br /&gt;
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM&lt;br /&gt;
# Kaartje 3 AZ &lt;br /&gt;
Schriftelijk:&lt;br /&gt;
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.&lt;br /&gt;
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.&lt;br /&gt;
=== 8 juni 2009 ===&lt;br /&gt;
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )&lt;br /&gt;
# bespreek alles van alpha-helix&lt;br /&gt;
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering&lt;br /&gt;
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.&lt;br /&gt;
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.&lt;br /&gt;
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?&lt;br /&gt;
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?&lt;br /&gt;
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur? &lt;br /&gt;
=== 1 feb 2007 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben&lt;br /&gt;
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.&lt;br /&gt;
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.&lt;br /&gt;
=== 1 feb 2007 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld&lt;br /&gt;
# Bespreek beta sheet and beta strands&lt;br /&gt;
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? &lt;br /&gt;
=== 22 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren&lt;br /&gt;
# tabellen van pdb bespreken&lt;br /&gt;
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode? &lt;br /&gt;
=== 22 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast &lt;br /&gt;
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.&lt;br /&gt;
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt? &lt;br /&gt;
=== 19 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?&lt;br /&gt;
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.&lt;br /&gt;
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.&amp;lt;/text&amp;gt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Algemene_Ziekteleer&amp;diff=3438</id>
		<title>Algemene Ziekteleer</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Algemene_Ziekteleer&amp;diff=3438"/>
		<updated>2023-06-12T08:16:19Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 21 Juni 2023 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Pieter Gillard doceert het vak Algemene Ziekteleer. Biochemie optie verbreding volgt dit op gasthuisberg samen met farmacie. Het examen is schriftelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===12 Juni 2023=== &lt;br /&gt;
# Bespreek hyperthermie en bespreek de invloed van geneesmiddelen op de pathofysiologie ervan. &lt;br /&gt;
# Bespreek de pathofysiologie en oorzaken van oedeem. &lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen diabetes (type 1 en/ of 2) en:&lt;br /&gt;
#* Dehydratatie&lt;br /&gt;
#* Metabole acidose&lt;br /&gt;
#* Auto-immuniteit&lt;br /&gt;
#* Obesitas&lt;br /&gt;
#* Neuropatische pijn&lt;br /&gt;
# Meerkeuze:&lt;br /&gt;
## Vraag over medication overuse headache (zelfstudieles)&lt;br /&gt;
## Welke is geen oorzaak van hypernatremie&lt;br /&gt;
##* Nierinsufficiëntie&lt;br /&gt;
##* ACE inhibitor&lt;br /&gt;
##* Teveel mineralocorticoïden&lt;br /&gt;
##* Acidose&lt;br /&gt;
##* Insuline tekort&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===23 Augustus 2022=== &lt;br /&gt;
# Leg overgevoeligheidsreactie Type 1 en 2 uit + klinische toepassingen en voorbeelden&lt;br /&gt;
# Leg de pathofysiologie uit van hypokalemie&lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen insufficiente nierwerking en:&lt;br /&gt;
#* Hyperkalemie&lt;br /&gt;
#* Hypocalcemie&lt;br /&gt;
#* Oedeemvorming&lt;br /&gt;
#* Metabole acidose&lt;br /&gt;
#* Dehydratatie&lt;br /&gt;
# Meerkeuze:&lt;br /&gt;
## Zijn oorzaken van hyperthermie behalve:&lt;br /&gt;
## wjetnjet meer&lt;br /&gt;
===17 juni 2022=== &lt;br /&gt;
# Leg de stressreactie uit en het verband met hyperglycemie, fertiliteit en ischemisch hartlijden &lt;br /&gt;
# Leg dehydratatie uit en bespreek de pathogenese ervan met enkele voorbeelden &lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen inflammatie en: &lt;br /&gt;
#* Atherosclerose &lt;br /&gt;
#* Kanker &lt;br /&gt;
#* Obesitas &lt;br /&gt;
#* Hitteslag &lt;br /&gt;
#* neuropathische pijn &lt;br /&gt;
# 2 meerkeuzevragen, een met en een zonder giscorrectie &lt;br /&gt;
===10 juni 2021===&lt;br /&gt;
# Leg de pathofysiologie uit van koorts en hyperthermie en geef enkele belangrijke oorzaken van beiden.&lt;br /&gt;
# Bespreek de pH, pCO2 en HCO3- bij respiratoire alkalose en respiratoire acidose en geef voor beiden enkele oorzaken. &lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen kanker en:&lt;br /&gt;
#* Inflammatie&lt;br /&gt;
#* Hypercalcemie&lt;br /&gt;
#* Koorts&lt;br /&gt;
#* Pijn&lt;br /&gt;
#* Immuuntherapie&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen&lt;br /&gt;
## Hartfalen (hartdecompensatie) heeft te maken met...(giscorrectie, meerdere aanduiden)&lt;br /&gt;
##* Te kort aan aldosterone&lt;br /&gt;
##* Te kort aan cortisol&lt;br /&gt;
##* Na retentie&lt;br /&gt;
##* RAAS systeem&lt;br /&gt;
##* Iets met sympatisch zenuwstelsel&lt;br /&gt;
## Hyperkalemie, wat past niet in het rijtje (1 aanduiden, geen giscorrectie)&lt;br /&gt;
##* Insuline tekort&lt;br /&gt;
##* ACE inhibitoren&lt;br /&gt;
##* Lisdiuretica&lt;br /&gt;
##* Acidose &lt;br /&gt;
##* Nierinsufficiëntie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2020===&lt;br /&gt;
# Bespreek het verband tussen inflammatie en obesitas en inflammatie en atherosclerose.&lt;br /&gt;
# Bespreek de pathogenese en de oorzaken van oedemen.&lt;br /&gt;
# Geneesmiddelen kunnen soms pathologieën veroorzaken, bespreek hoe dit het geval is bij volgende pathologieën:&lt;br /&gt;
#* hypokalemie&lt;br /&gt;
#* neuropathische pijn&lt;br /&gt;
#* inflammatie&lt;br /&gt;
#* hyponatremie&lt;br /&gt;
#* hyperthermie&lt;br /&gt;
#Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
## Welke ziektes zijn overgevoeligheidsreacties? (giscorrectie, meerdere aanduiden)&lt;br /&gt;
##* Reumatoïde arthritis&lt;br /&gt;
##* lupus&lt;br /&gt;
##* mucovisidose&lt;br /&gt;
##* ziekte van Graves (hyperthyreoïdie)&lt;br /&gt;
##* diabetes type 2&lt;br /&gt;
## Wat is geen oorzaak van hypernatremie? (1 aanduiden, geen giscorrectie)&lt;br /&gt;
##* Toedienen van hypertone vloeistoffen&lt;br /&gt;
##* Ziekte van Adisson&lt;br /&gt;
##* osmotische diurese&lt;br /&gt;
##* diabetes insipidus&lt;br /&gt;
##* te lage vochtinname&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 juni 2019 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek chemokines, histamine en het inflammasoom in context van de ontstekingsreactie.&lt;br /&gt;
# Wat is de pathogenese en de oorzaak van hyperkalemie.&lt;br /&gt;
# Bespreek endotheelschade en endotheel dysfuntie bij:&lt;br /&gt;
#* obesitas&lt;br /&gt;
#* type 3 overgevoeligheidsreacties&lt;br /&gt;
#* transpant rejectie&lt;br /&gt;
#* oedeem&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen (meerdere antwoorden kunnen juist zijn)&lt;br /&gt;
## Over de zelfstudieles (depressie)&lt;br /&gt;
## Wat hoort er bij oedeemvorming bij leverschade&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 13 juni 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de stressrespons en het verband met hyperglycemie, metabool syndroom en hart- en vaatziekten &lt;br /&gt;
# Bespreek de pathogenese en oorzaken van hypokalemie.&lt;br /&gt;
# Bespreek het verband tussen inflammatie en: &lt;br /&gt;
#* koorts&lt;br /&gt;
#* overgevoeligheidsreactie type 2&lt;br /&gt;
#* atherosclerose&lt;br /&gt;
#* kanker&lt;br /&gt;
#* pijnfacilitatie&lt;br /&gt;
# Meerkeuze&lt;br /&gt;
## Volgende zaken hebben te maken met oedeem behalve:&lt;br /&gt;
##* hartdecompensatie&lt;br /&gt;
##* veneuze insufficiëntie&lt;br /&gt;
##* nierfalen&lt;br /&gt;
##* levercirrose&lt;br /&gt;
##* neuroleptica&lt;br /&gt;
## Volgende zaken hebben te maken met migraine behalve:&lt;br /&gt;
##* activatie hypothalamus en limbisch systeem&lt;br /&gt;
##* inhibitie n. trigemius&lt;br /&gt;
##* centrale sensitisatie&lt;br /&gt;
##* CSD&lt;br /&gt;
##* CGRP&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 augustus VM 2017 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de stressreactie en breng de pathenogenese in verband mer hyperglycemie, hartdecompensatie en maagulcer&lt;br /&gt;
# Definieer dehydratatie en bespreek de pathenogenese.&lt;br /&gt;
# In levensbedreigende situaties reageert het lichaam soms heel extreem op enkele situaties (visieuze cirkel). Bespreek dit kort in verband met: &lt;br /&gt;
#*Hartdecompensatie&lt;br /&gt;
#*Ketoacidose&lt;br /&gt;
#*SIRS&lt;br /&gt;
#*Anafylactische shock&lt;br /&gt;
#*Hitteslag&lt;br /&gt;
# 3 ptn Meerkeuze:&lt;br /&gt;
#* Volgende zaken maken komen voor bij magaline neuroleptische syndroom BEHALVE: &lt;br /&gt;
## Dehydratatie&lt;br /&gt;
## Hyperthermie&lt;br /&gt;
## Spierrigiditeit&lt;br /&gt;
## Oedeem&lt;br /&gt;
## Dopamineantagonisten&lt;br /&gt;
#* Volgende inhibitoren zijn voorhanden bij de virale cyclus van HIV BEHALVE: &lt;br /&gt;
## Glucoinhibitoren&lt;br /&gt;
## ...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 juni VM 2017 ===&lt;br /&gt;
#6pt Wat is het verband met kanker en inflammatie, kanker en obesitas inflammatie en obesitas.&lt;br /&gt;
#6pt Hoe ontstaat koorts, geef enkele voorbeelden en moet koorts behandeld worden?&lt;br /&gt;
#5pt De nieren zijn belangrijk bij verschillende pathologieën. Geef het verband met de nieren en acidose, dehydratatie, hypocalcemie, oedeem en hyperkalemie.&lt;br /&gt;
#3pt Meerkeuze: &lt;br /&gt;
#* Wat is niet belangrijk bij auto-immuunziekten?&lt;br /&gt;
## ... &lt;br /&gt;
#* Volgende zaken helpen mee bij de pijnsensatie behalve: &lt;br /&gt;
## beta A vezels (= antwoord)&lt;br /&gt;
## nocebo &lt;br /&gt;
## iets van neuronen &lt;br /&gt;
## inflammatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Vragen afkomstig van Farmacie:===&lt;br /&gt;
Examenvragen (prof. Gillard)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Open vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg uit wat dehydratie is met de bijbehorende pathologieën.&lt;br /&gt;
#Leg het verband uit tussen de stress reactie met maagulcus, hyperglycemie en hartischemie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de extreme reactie die optreed of de vicieuze cirkel die plaatsvindt bij anafylactische shock, SIRS, hyperthermie en hartdecompensatie.&lt;br /&gt;
#Wat is verouderen, welk effect heeft dit op de lichaamsfuncties en hoe is dit verbonden aan frailty.&lt;br /&gt;
#Metabole acidose high anion gap, leg de pathogenese en oorzaken uit.&lt;br /&gt;
#Geneesmiddelen kunnen de oorzaak zijn van pathologische toestanden maar kunnen ook gebruikt worden om ze te bestrijden. Geef voor ieder onderdeel een geneesmiddelengroep die hierop inwerkt.&lt;br /&gt;
#Hyperthermie&lt;br /&gt;
#Hypokaliëmie&lt;br /&gt;
#Migraine&lt;br /&gt;
#Hyponatremie&lt;br /&gt;
#Inflammatie&lt;br /&gt;
#Bespreek type I en type III overgevoeligheidsreacties.&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 recessieve overerfbare aandoeningen.&lt;br /&gt;
#Bespreek pathologie ivm PTH.&lt;br /&gt;
#Bespreek migraine.&lt;br /&gt;
#Bespreek klaring en negatieve vrij water klaring en geef klinische voorbeelden bij stoornissen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de gevolgen van hypokalemie die een invloed kan hebben op homeostasemechanismen.&lt;br /&gt;
#Bespreek ontstaan en behandeling van koorts.&lt;br /&gt;
#Wat gebeurt er met alle homeostasemechanismen bij acute nierinsufficiëntie?&lt;br /&gt;
#Hoe ontstaat aneuploïdie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de acute ontstekingsreactie en hoe kunnen farmaca de reactie blokkeren?&lt;br /&gt;
#Bespreek congenitale bijnierschorshyperplasie.&lt;br /&gt;
#Wat weet u over de behandeling en kenmerken van dominantie overerving?&lt;br /&gt;
#Bespreek RIA en Rlogieën die gepaard gaan met chronische nierinsufficiëntie.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de nadelige gevolgen van een stressreactie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de pathogenese en oorzaken van hypocalcemie.&lt;br /&gt;
#Bespreek oedeem in de context van leverpathologie.&lt;br /&gt;
#Geef de mogelijke oorzaken van polyurie.&lt;br /&gt;
#Welke homeostase mechanismen kunnen ontregeld geraken door een ontregelde diabetes mellitus en hoe?&lt;br /&gt;
#Bespreek de acute fase reactie.&lt;br /&gt;
#Bespreek hoofdpijn.&lt;br /&gt;
#Wat weet u over auto-immuniteit?&lt;br /&gt;
#Bespreek respiratoire alkalose.&lt;br /&gt;
#Vitamine D aandoeningen. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Congenitale bijnierschorshyperplasie. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek de behandeling van hypothermie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van glucocorticoïden bij de stressreactie.&lt;br /&gt;
#Hitteslag:&lt;br /&gt;
##wat is de functie van de acute fase eiwitten?&lt;br /&gt;
##wat doen heat shock proteïnen, wat zijn dat?&lt;br /&gt;
##Verhoogde vaatpermeabiliteit, welke gevolgen?&lt;br /&gt;
#Wat is het verband tussen de temperatuur en coagulatie vs fibrinolyse?&lt;br /&gt;
#Bespreek hyperosmolaire dehydratie.&lt;br /&gt;
#Wat weet je over maligne hyperthermie?&lt;br /&gt;
#Hoe ontstaat leukocytose en wat is de basis van een verhoogde sedimentatiesnelheid van RBC.&lt;br /&gt;
#Bespreek metabole alkalose.&lt;br /&gt;
#Bespreek het verband tussen ziekte, veroudering en dood.&lt;br /&gt;
#Bespreek de neurofysiologische basis van de pijnsensatie.&lt;br /&gt;
#Bespreek het ontstaan en de gevolgen van hyperkaliëmie.&lt;br /&gt;
#Bespreek tertiaire hyperparathyroïdie.&lt;br /&gt;
#Wat is ouderdom, verandering van ouderdom, evolutie van doodsoorzaken en levensverwachting.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voorbeelden van aangeboren ongevoeligheid aan een of ander hormoon.&lt;br /&gt;
#Hoe bereken je de vrij-water klaring en geef 2 voorbeelden van wanneer deze verhoogd is.&lt;br /&gt;
#Leg RAST uit.&lt;br /&gt;
#Geef de klinische gevolgen van hypercalciëmie.​&lt;br /&gt;
#Wat is de link tussen centraal zenuwstelsel en:&lt;br /&gt;
##Stressreactie&lt;br /&gt;
##Frailty (artikel)&lt;br /&gt;
##Metabole alkalose&lt;br /&gt;
##Koorts&lt;br /&gt;
##Pijnsensitisatie&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellulaire fase van de acute ontstekingsreactie.&lt;br /&gt;
#Bespreek alle homeostasemechanismen die een invloed hebben op de neuromusculaire excitabiliteit.&lt;br /&gt;
#Geef de oorzaken van een gestegen plasma-calcium met een normaal of verlaagd PTH.&lt;br /&gt;
#Bespreek oedeem bij overvulling.&lt;br /&gt;
#Bespreek metabole acidose.&lt;br /&gt;
#Bespreek pathogenese en oorzaken van oedeem.&lt;br /&gt;
#Bespreek het verband tussen diabetes (type 1 of 2) en:&lt;br /&gt;
##dehydratatie&lt;br /&gt;
##auto-immuniteit&lt;br /&gt;
##kalium homeostase&lt;br /&gt;
##obesitas&lt;br /&gt;
##metabole acidose&lt;br /&gt;
#Meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Wat vindt niet plaats tijdens een stress respons&lt;br /&gt;
##Aldosterone daling&lt;br /&gt;
##Stimulatie ADH secretie&lt;br /&gt;
##Catecholamine vrijzetting&lt;br /&gt;
##Stimulatie bijniercortex&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Wat is geen oorzaak van migraine?&lt;br /&gt;
##Centrale sensitisatie&lt;br /&gt;
##Activatie van trigemino&lt;br /&gt;
##Inflammatie&lt;br /&gt;
##Auto-immuun ziekte&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Welke is geen overgevoeligheidsziekte?&lt;br /&gt;
##Reumatoïde artritis&lt;br /&gt;
##Pernicieuze anemie&lt;br /&gt;
##Mucoviscidose&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Wat is geen factor in de oedeemvorming bij levercirrose/leverfalen&lt;br /&gt;
##hoog renine&lt;br /&gt;
##splanchnische hypotensie&lt;br /&gt;
##toename ECF&lt;br /&gt;
##laag albumine&lt;br /&gt;
##vasoconstrictie splanchnische vaten&lt;br /&gt;
#Wat is geen inhiberende factor voor de pijntransmissie&lt;br /&gt;
##niet-nociceptieve&lt;br /&gt;
##µ-agonisten&lt;br /&gt;
##NMDA-antagonisten&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Wat is niet betrokken bij maligne syndroom (hyperthermie, oedeem, deshydratatie D2 antagonist)&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Algemene_Ziekteleer&amp;diff=3437</id>
		<title>Algemene Ziekteleer</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Algemene_Ziekteleer&amp;diff=3437"/>
		<updated>2023-06-12T08:15:57Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* Examenvragen */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Pieter Gillard doceert het vak Algemene Ziekteleer. Biochemie optie verbreding volgt dit op gasthuisberg samen met farmacie. Het examen is schriftelijk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
===21 Juni 2023=== &lt;br /&gt;
# Bespreek hyperthermie en bespreek de invloed van geneesmiddelen op de pathofysiologie ervan. &lt;br /&gt;
# Bespreek de pathofysiologie en oorzaken van oedeem. &lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen diabetes (type 1 en/ of 2) en:&lt;br /&gt;
#* Dehydratatie&lt;br /&gt;
#* Metabole acidose&lt;br /&gt;
#* Auto-immuniteit&lt;br /&gt;
#* Obesitas&lt;br /&gt;
#* Neuropatische pijn&lt;br /&gt;
# Meerkeuze:&lt;br /&gt;
## Vraag over medication overuse headache (zelfstudieles)&lt;br /&gt;
## Welke is geen oorzaak van hypernatremie&lt;br /&gt;
##* Nierinsufficiëntie&lt;br /&gt;
##* ACE inhibitor&lt;br /&gt;
##* Teveel mineralocorticoïden&lt;br /&gt;
##* Acidose&lt;br /&gt;
##* Insuline tekort&lt;br /&gt;
===23 Augustus 2022=== &lt;br /&gt;
# Leg overgevoeligheidsreactie Type 1 en 2 uit + klinische toepassingen en voorbeelden&lt;br /&gt;
# Leg de pathofysiologie uit van hypokalemie&lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen insufficiente nierwerking en:&lt;br /&gt;
#* Hyperkalemie&lt;br /&gt;
#* Hypocalcemie&lt;br /&gt;
#* Oedeemvorming&lt;br /&gt;
#* Metabole acidose&lt;br /&gt;
#* Dehydratatie&lt;br /&gt;
# Meerkeuze:&lt;br /&gt;
## Zijn oorzaken van hyperthermie behalve:&lt;br /&gt;
## wjetnjet meer&lt;br /&gt;
===17 juni 2022=== &lt;br /&gt;
# Leg de stressreactie uit en het verband met hyperglycemie, fertiliteit en ischemisch hartlijden &lt;br /&gt;
# Leg dehydratatie uit en bespreek de pathogenese ervan met enkele voorbeelden &lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen inflammatie en: &lt;br /&gt;
#* Atherosclerose &lt;br /&gt;
#* Kanker &lt;br /&gt;
#* Obesitas &lt;br /&gt;
#* Hitteslag &lt;br /&gt;
#* neuropathische pijn &lt;br /&gt;
# 2 meerkeuzevragen, een met en een zonder giscorrectie &lt;br /&gt;
===10 juni 2021===&lt;br /&gt;
# Leg de pathofysiologie uit van koorts en hyperthermie en geef enkele belangrijke oorzaken van beiden.&lt;br /&gt;
# Bespreek de pH, pCO2 en HCO3- bij respiratoire alkalose en respiratoire acidose en geef voor beiden enkele oorzaken. &lt;br /&gt;
# Geef het verband tussen kanker en:&lt;br /&gt;
#* Inflammatie&lt;br /&gt;
#* Hypercalcemie&lt;br /&gt;
#* Koorts&lt;br /&gt;
#* Pijn&lt;br /&gt;
#* Immuuntherapie&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen&lt;br /&gt;
## Hartfalen (hartdecompensatie) heeft te maken met...(giscorrectie, meerdere aanduiden)&lt;br /&gt;
##* Te kort aan aldosterone&lt;br /&gt;
##* Te kort aan cortisol&lt;br /&gt;
##* Na retentie&lt;br /&gt;
##* RAAS systeem&lt;br /&gt;
##* Iets met sympatisch zenuwstelsel&lt;br /&gt;
## Hyperkalemie, wat past niet in het rijtje (1 aanduiden, geen giscorrectie)&lt;br /&gt;
##* Insuline tekort&lt;br /&gt;
##* ACE inhibitoren&lt;br /&gt;
##* Lisdiuretica&lt;br /&gt;
##* Acidose &lt;br /&gt;
##* Nierinsufficiëntie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===11 juni 2020===&lt;br /&gt;
# Bespreek het verband tussen inflammatie en obesitas en inflammatie en atherosclerose.&lt;br /&gt;
# Bespreek de pathogenese en de oorzaken van oedemen.&lt;br /&gt;
# Geneesmiddelen kunnen soms pathologieën veroorzaken, bespreek hoe dit het geval is bij volgende pathologieën:&lt;br /&gt;
#* hypokalemie&lt;br /&gt;
#* neuropathische pijn&lt;br /&gt;
#* inflammatie&lt;br /&gt;
#* hyponatremie&lt;br /&gt;
#* hyperthermie&lt;br /&gt;
#Meerkeuze vragen:&lt;br /&gt;
## Welke ziektes zijn overgevoeligheidsreacties? (giscorrectie, meerdere aanduiden)&lt;br /&gt;
##* Reumatoïde arthritis&lt;br /&gt;
##* lupus&lt;br /&gt;
##* mucovisidose&lt;br /&gt;
##* ziekte van Graves (hyperthyreoïdie)&lt;br /&gt;
##* diabetes type 2&lt;br /&gt;
## Wat is geen oorzaak van hypernatremie? (1 aanduiden, geen giscorrectie)&lt;br /&gt;
##* Toedienen van hypertone vloeistoffen&lt;br /&gt;
##* Ziekte van Adisson&lt;br /&gt;
##* osmotische diurese&lt;br /&gt;
##* diabetes insipidus&lt;br /&gt;
##* te lage vochtinname&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 juni 2019 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek chemokines, histamine en het inflammasoom in context van de ontstekingsreactie.&lt;br /&gt;
# Wat is de pathogenese en de oorzaak van hyperkalemie.&lt;br /&gt;
# Bespreek endotheelschade en endotheel dysfuntie bij:&lt;br /&gt;
#* obesitas&lt;br /&gt;
#* type 3 overgevoeligheidsreacties&lt;br /&gt;
#* transpant rejectie&lt;br /&gt;
#* oedeem&lt;br /&gt;
# Meerkeuze vragen (meerdere antwoorden kunnen juist zijn)&lt;br /&gt;
## Over de zelfstudieles (depressie)&lt;br /&gt;
## Wat hoort er bij oedeemvorming bij leverschade&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 13 juni 2018 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de stressrespons en het verband met hyperglycemie, metabool syndroom en hart- en vaatziekten &lt;br /&gt;
# Bespreek de pathogenese en oorzaken van hypokalemie.&lt;br /&gt;
# Bespreek het verband tussen inflammatie en: &lt;br /&gt;
#* koorts&lt;br /&gt;
#* overgevoeligheidsreactie type 2&lt;br /&gt;
#* atherosclerose&lt;br /&gt;
#* kanker&lt;br /&gt;
#* pijnfacilitatie&lt;br /&gt;
# Meerkeuze&lt;br /&gt;
## Volgende zaken hebben te maken met oedeem behalve:&lt;br /&gt;
##* hartdecompensatie&lt;br /&gt;
##* veneuze insufficiëntie&lt;br /&gt;
##* nierfalen&lt;br /&gt;
##* levercirrose&lt;br /&gt;
##* neuroleptica&lt;br /&gt;
## Volgende zaken hebben te maken met migraine behalve:&lt;br /&gt;
##* activatie hypothalamus en limbisch systeem&lt;br /&gt;
##* inhibitie n. trigemius&lt;br /&gt;
##* centrale sensitisatie&lt;br /&gt;
##* CSD&lt;br /&gt;
##* CGRP&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 augustus VM 2017 ===&lt;br /&gt;
# Bespreek de stressreactie en breng de pathenogenese in verband mer hyperglycemie, hartdecompensatie en maagulcer&lt;br /&gt;
# Definieer dehydratatie en bespreek de pathenogenese.&lt;br /&gt;
# In levensbedreigende situaties reageert het lichaam soms heel extreem op enkele situaties (visieuze cirkel). Bespreek dit kort in verband met: &lt;br /&gt;
#*Hartdecompensatie&lt;br /&gt;
#*Ketoacidose&lt;br /&gt;
#*SIRS&lt;br /&gt;
#*Anafylactische shock&lt;br /&gt;
#*Hitteslag&lt;br /&gt;
# 3 ptn Meerkeuze:&lt;br /&gt;
#* Volgende zaken maken komen voor bij magaline neuroleptische syndroom BEHALVE: &lt;br /&gt;
## Dehydratatie&lt;br /&gt;
## Hyperthermie&lt;br /&gt;
## Spierrigiditeit&lt;br /&gt;
## Oedeem&lt;br /&gt;
## Dopamineantagonisten&lt;br /&gt;
#* Volgende inhibitoren zijn voorhanden bij de virale cyclus van HIV BEHALVE: &lt;br /&gt;
## Glucoinhibitoren&lt;br /&gt;
## ...&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 juni VM 2017 ===&lt;br /&gt;
#6pt Wat is het verband met kanker en inflammatie, kanker en obesitas inflammatie en obesitas.&lt;br /&gt;
#6pt Hoe ontstaat koorts, geef enkele voorbeelden en moet koorts behandeld worden?&lt;br /&gt;
#5pt De nieren zijn belangrijk bij verschillende pathologieën. Geef het verband met de nieren en acidose, dehydratatie, hypocalcemie, oedeem en hyperkalemie.&lt;br /&gt;
#3pt Meerkeuze: &lt;br /&gt;
#* Wat is niet belangrijk bij auto-immuunziekten?&lt;br /&gt;
## ... &lt;br /&gt;
#* Volgende zaken helpen mee bij de pijnsensatie behalve: &lt;br /&gt;
## beta A vezels (= antwoord)&lt;br /&gt;
## nocebo &lt;br /&gt;
## iets van neuronen &lt;br /&gt;
## inflammatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Vragen afkomstig van Farmacie:===&lt;br /&gt;
Examenvragen (prof. Gillard)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Open vragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Leg uit wat dehydratie is met de bijbehorende pathologieën.&lt;br /&gt;
#Leg het verband uit tussen de stress reactie met maagulcus, hyperglycemie en hartischemie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de extreme reactie die optreed of de vicieuze cirkel die plaatsvindt bij anafylactische shock, SIRS, hyperthermie en hartdecompensatie.&lt;br /&gt;
#Wat is verouderen, welk effect heeft dit op de lichaamsfuncties en hoe is dit verbonden aan frailty.&lt;br /&gt;
#Metabole acidose high anion gap, leg de pathogenese en oorzaken uit.&lt;br /&gt;
#Geneesmiddelen kunnen de oorzaak zijn van pathologische toestanden maar kunnen ook gebruikt worden om ze te bestrijden. Geef voor ieder onderdeel een geneesmiddelengroep die hierop inwerkt.&lt;br /&gt;
#Hyperthermie&lt;br /&gt;
#Hypokaliëmie&lt;br /&gt;
#Migraine&lt;br /&gt;
#Hyponatremie&lt;br /&gt;
#Inflammatie&lt;br /&gt;
#Bespreek type I en type III overgevoeligheidsreacties.&lt;br /&gt;
#Bespreek 3 recessieve overerfbare aandoeningen.&lt;br /&gt;
#Bespreek pathologie ivm PTH.&lt;br /&gt;
#Bespreek migraine.&lt;br /&gt;
#Bespreek klaring en negatieve vrij water klaring en geef klinische voorbeelden bij stoornissen.&lt;br /&gt;
#Bespreek de gevolgen van hypokalemie die een invloed kan hebben op homeostasemechanismen.&lt;br /&gt;
#Bespreek ontstaan en behandeling van koorts.&lt;br /&gt;
#Wat gebeurt er met alle homeostasemechanismen bij acute nierinsufficiëntie?&lt;br /&gt;
#Hoe ontstaat aneuploïdie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de acute ontstekingsreactie en hoe kunnen farmaca de reactie blokkeren?&lt;br /&gt;
#Bespreek congenitale bijnierschorshyperplasie.&lt;br /&gt;
#Wat weet u over de behandeling en kenmerken van dominantie overerving?&lt;br /&gt;
#Bespreek RIA en Rlogieën die gepaard gaan met chronische nierinsufficiëntie.&lt;br /&gt;
#Wat zijn de nadelige gevolgen van een stressreactie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de pathogenese en oorzaken van hypocalcemie.&lt;br /&gt;
#Bespreek oedeem in de context van leverpathologie.&lt;br /&gt;
#Geef de mogelijke oorzaken van polyurie.&lt;br /&gt;
#Welke homeostase mechanismen kunnen ontregeld geraken door een ontregelde diabetes mellitus en hoe?&lt;br /&gt;
#Bespreek de acute fase reactie.&lt;br /&gt;
#Bespreek hoofdpijn.&lt;br /&gt;
#Wat weet u over auto-immuniteit?&lt;br /&gt;
#Bespreek respiratoire alkalose.&lt;br /&gt;
#Vitamine D aandoeningen. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Congenitale bijnierschorshyperplasie. Leg uit.&lt;br /&gt;
#Bespreek de behandeling van hypothermie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de rol van glucocorticoïden bij de stressreactie.&lt;br /&gt;
#Hitteslag:&lt;br /&gt;
##wat is de functie van de acute fase eiwitten?&lt;br /&gt;
##wat doen heat shock proteïnen, wat zijn dat?&lt;br /&gt;
##Verhoogde vaatpermeabiliteit, welke gevolgen?&lt;br /&gt;
#Wat is het verband tussen de temperatuur en coagulatie vs fibrinolyse?&lt;br /&gt;
#Bespreek hyperosmolaire dehydratie.&lt;br /&gt;
#Wat weet je over maligne hyperthermie?&lt;br /&gt;
#Hoe ontstaat leukocytose en wat is de basis van een verhoogde sedimentatiesnelheid van RBC.&lt;br /&gt;
#Bespreek metabole alkalose.&lt;br /&gt;
#Bespreek het verband tussen ziekte, veroudering en dood.&lt;br /&gt;
#Bespreek de neurofysiologische basis van de pijnsensatie.&lt;br /&gt;
#Bespreek het ontstaan en de gevolgen van hyperkaliëmie.&lt;br /&gt;
#Bespreek tertiaire hyperparathyroïdie.&lt;br /&gt;
#Wat is ouderdom, verandering van ouderdom, evolutie van doodsoorzaken en levensverwachting.&lt;br /&gt;
#Geef 3 voorbeelden van aangeboren ongevoeligheid aan een of ander hormoon.&lt;br /&gt;
#Hoe bereken je de vrij-water klaring en geef 2 voorbeelden van wanneer deze verhoogd is.&lt;br /&gt;
#Leg RAST uit.&lt;br /&gt;
#Geef de klinische gevolgen van hypercalciëmie.​&lt;br /&gt;
#Wat is de link tussen centraal zenuwstelsel en:&lt;br /&gt;
##Stressreactie&lt;br /&gt;
##Frailty (artikel)&lt;br /&gt;
##Metabole alkalose&lt;br /&gt;
##Koorts&lt;br /&gt;
##Pijnsensitisatie&lt;br /&gt;
#Bespreek de cellulaire fase van de acute ontstekingsreactie.&lt;br /&gt;
#Bespreek alle homeostasemechanismen die een invloed hebben op de neuromusculaire excitabiliteit.&lt;br /&gt;
#Geef de oorzaken van een gestegen plasma-calcium met een normaal of verlaagd PTH.&lt;br /&gt;
#Bespreek oedeem bij overvulling.&lt;br /&gt;
#Bespreek metabole acidose.&lt;br /&gt;
#Bespreek pathogenese en oorzaken van oedeem.&lt;br /&gt;
#Bespreek het verband tussen diabetes (type 1 of 2) en:&lt;br /&gt;
##dehydratatie&lt;br /&gt;
##auto-immuniteit&lt;br /&gt;
##kalium homeostase&lt;br /&gt;
##obesitas&lt;br /&gt;
##metabole acidose&lt;br /&gt;
#Meerkeuzevragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Wat vindt niet plaats tijdens een stress respons&lt;br /&gt;
##Aldosterone daling&lt;br /&gt;
##Stimulatie ADH secretie&lt;br /&gt;
##Catecholamine vrijzetting&lt;br /&gt;
##Stimulatie bijniercortex&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Wat is geen oorzaak van migraine?&lt;br /&gt;
##Centrale sensitisatie&lt;br /&gt;
##Activatie van trigemino&lt;br /&gt;
##Inflammatie&lt;br /&gt;
##Auto-immuun ziekte&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Welke is geen overgevoeligheidsziekte?&lt;br /&gt;
##Reumatoïde artritis&lt;br /&gt;
##Pernicieuze anemie&lt;br /&gt;
##Mucoviscidose&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Wat is geen factor in de oedeemvorming bij levercirrose/leverfalen&lt;br /&gt;
##hoog renine&lt;br /&gt;
##splanchnische hypotensie&lt;br /&gt;
##toename ECF&lt;br /&gt;
##laag albumine&lt;br /&gt;
##vasoconstrictie splanchnische vaten&lt;br /&gt;
#Wat is geen inhiberende factor voor de pijntransmissie&lt;br /&gt;
##niet-nociceptieve&lt;br /&gt;
##µ-agonisten&lt;br /&gt;
##NMDA-antagonisten&lt;br /&gt;
…&lt;br /&gt;
#Wat is niet betrokken bij maligne syndroom (hyperthermie, oedeem, deshydratatie D2 antagonist)&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
	<entry>
		<id>https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&amp;diff=3279</id>
		<title>Chemische Thermodynamica</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="https://wiki.chemika.be/index.php?title=Chemische_Thermodynamica&amp;diff=3279"/>
		<updated>2023-01-29T10:28:53Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;R0852347: /* 16 januari 2022 */&lt;/p&gt;
&lt;hr /&gt;
&lt;div&gt;[[Categorie:Bachelor Chemie]]&lt;br /&gt;
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Vakinformatie==&lt;br /&gt;
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een &#039;mondeling&#039; examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.&lt;br /&gt;
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&#039;&#039;&#039;Alle vragen van het einde van elk hoofdstuk (Elisabeth I.):&#039;&#039;&#039;&lt;br /&gt;
https://drive.google.com/file/d/1J_23Lh2eyP2lzxUNz9JKv4si8D7028PJ/view?usp=sharing&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Examenvragen==&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2023 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord&lt;br /&gt;
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos&lt;br /&gt;
#*Delta G en delta G° zijn constanten&lt;br /&gt;
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling &lt;br /&gt;
#Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit&lt;br /&gt;
#OEFENING 1: berekenen U, q, W, G, S, H &lt;br /&gt;
#OEFENING 2: iets van een moedercel die splitst in 2 dochtercellen waarbij het volume gedeeld wordt door 2 maar de oppervlakte wel veranderd. Berekenen hoeveel arbeid er nodig is om dit proces te laten plaatsvinden (dus oppervlaktespanning doorbreken). Diameter moedercel, oppervlaktespanning, formule opp. en volume bol gegeven.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 1 september 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord&lt;br /&gt;
#*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.&lt;br /&gt;
#*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.&lt;br /&gt;
#*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.&lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord&lt;br /&gt;
#*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.&lt;br /&gt;
#*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.&lt;br /&gt;
#*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.&lt;br /&gt;
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie &lt;br /&gt;
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 augustus 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord&lt;br /&gt;
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos&lt;br /&gt;
#*Delta G en delta G° zijn constanten&lt;br /&gt;
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling &lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.&lt;br /&gt;
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie &lt;br /&gt;
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2022 ===&lt;br /&gt;
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen&lt;br /&gt;
#*Wat is het hydrofoob effect?&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.&lt;br /&gt;
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.&lt;br /&gt;
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Proteïnen&lt;br /&gt;
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.&lt;br /&gt;
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?&lt;br /&gt;
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.&lt;br /&gt;
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?&lt;br /&gt;
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?&lt;br /&gt;
#*Geef de gibbsfunctie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 31 augustus 2021 ===&lt;br /&gt;
#Vuurpomp afleiding geven voor T en V&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Gibbs functie bij mengsels&lt;br /&gt;
#*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet&lt;br /&gt;
#*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.&lt;br /&gt;
#&lt;br /&gt;
#Waar of niet waar?&lt;br /&gt;
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij&lt;br /&gt;
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.&lt;br /&gt;
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning&lt;br /&gt;
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!&lt;br /&gt;
#Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie? &lt;br /&gt;
#Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk. &lt;br /&gt;
#*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert&lt;br /&gt;
#*Geef de entropie verandering van het systeem&lt;br /&gt;
#*Geef de gibbs functie voor deze situatie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is&lt;br /&gt;
#Adiabatische processen&lt;br /&gt;
#* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces&lt;br /&gt;
#* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)&lt;br /&gt;
#* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.&lt;br /&gt;
# Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.&lt;br /&gt;
# Waar of niet waar?&lt;br /&gt;
#* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij&lt;br /&gt;
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.&lt;br /&gt;
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning&lt;br /&gt;
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.&lt;br /&gt;
#Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)&lt;br /&gt;
#Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen&lt;br /&gt;
#*bereken delta H&lt;br /&gt;
#*bereken normaal kookpunt naftaleen&lt;br /&gt;
#*bereken P van tripelpunt&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2021 ===&lt;br /&gt;
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is&lt;br /&gt;
#Osmose&lt;br /&gt;
#La place druk&lt;br /&gt;
#Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen&lt;br /&gt;
#*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas&lt;br /&gt;
#* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas&lt;br /&gt;
#* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen &lt;br /&gt;
#oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces&lt;br /&gt;
#* bij reversibel proces&lt;br /&gt;
#*bij Pex van 1 atm&lt;br /&gt;
#oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven &lt;br /&gt;
#* schets een fasediagram (P,T) hiervan&lt;br /&gt;
#* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?&lt;br /&gt;
#* bereken Hvap&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===31 januari 2020===&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken verandering van entropie.&lt;br /&gt;
# Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===17 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.&lt;br /&gt;
# Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.&lt;br /&gt;
# Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?&lt;br /&gt;
# klassieke nucleatietheorie&lt;br /&gt;
===13 januari 2020 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: P2 en deltaG berekenen&lt;br /&gt;
# Oef: deltaS berekenen&lt;br /&gt;
# Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.&lt;br /&gt;
# Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===13 januari 2020 VM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q S en H bij isotherm&lt;br /&gt;
# Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas&lt;br /&gt;
# Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit&lt;br /&gt;
# mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)&lt;br /&gt;
===25 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)&lt;br /&gt;
# Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp&lt;br /&gt;
# Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo&lt;br /&gt;
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===18 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve&lt;br /&gt;
===18 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne&lt;br /&gt;
# Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.&lt;br /&gt;
# Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G. &lt;br /&gt;
# Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)&lt;br /&gt;
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
 &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 NM===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt. &lt;br /&gt;
#* Wat is de einddruk?&lt;br /&gt;
#* Wat is de delta G?&lt;br /&gt;
# Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.&lt;br /&gt;
#* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen&lt;br /&gt;
# Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces&lt;br /&gt;
# Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===14 januari 2019 VM===&lt;br /&gt;
#Vuurpomp&lt;br /&gt;
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W. &lt;br /&gt;
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm. &lt;br /&gt;
#Colligatieve eigenschappen &lt;br /&gt;
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof? &lt;br /&gt;
#*Bespreek kookpuntsverhoging&lt;br /&gt;
#*Bespreek osmose&lt;br /&gt;
#Mengsels van vloeistoffen &lt;br /&gt;
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen &lt;br /&gt;
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===1 februari 2018===&lt;br /&gt;
#vuurpomp&lt;br /&gt;
#vraag over donnanpotentiaal&lt;br /&gt;
#vraag over mengsels&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===26 januari 2018===&lt;br /&gt;
#Proteinevouwing&lt;br /&gt;
#Carnot cyclus&lt;br /&gt;
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.&lt;br /&gt;
#entropie oef&lt;br /&gt;
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Vuurpomp uitleggen&lt;br /&gt;
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval&lt;br /&gt;
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering&lt;br /&gt;
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry&lt;br /&gt;
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 januari 2018===&lt;br /&gt;
# Vuurpomp&lt;br /&gt;
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor: &lt;br /&gt;
#* a. Reversibel&lt;br /&gt;
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk&lt;br /&gt;
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )&lt;br /&gt;
# Beschouw de reactie 3A+2B &amp;lt;=&amp;gt; C+2D. &lt;br /&gt;
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)&lt;br /&gt;
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)&lt;br /&gt;
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)&lt;br /&gt;
# Beschouw F(folded) &amp;lt;=&amp;gt; U(unfolded). &lt;br /&gt;
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)&lt;br /&gt;
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2018 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Vuurpomp uitleggen&lt;br /&gt;
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---&amp;gt; bepaal einddruk en delta G&lt;br /&gt;
# Oefening partieel molaire volumes&lt;br /&gt;
# Entropie voor fasetransities afleiden&lt;br /&gt;
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 februari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)&lt;br /&gt;
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).&lt;br /&gt;
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering. &lt;br /&gt;
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.&lt;br /&gt;
# Carnot-cyclus:&lt;br /&gt;
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)&lt;br /&gt;
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)&lt;br /&gt;
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)&lt;br /&gt;
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)&lt;br /&gt;
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)&lt;br /&gt;
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)&lt;br /&gt;
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïne&lt;br /&gt;
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur&lt;br /&gt;
# Oefening entropie berkenen&lt;br /&gt;
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is&lt;br /&gt;
# Kinetisch gasmodel en fotongas&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Artikel over proteïnen&lt;br /&gt;
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* reversibele isotherme expansie&lt;br /&gt;
#* reversibele adiabatische expansie&lt;br /&gt;
#* isochoor proces (weet niet meer exact)&lt;br /&gt;
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode&lt;br /&gt;
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur&lt;br /&gt;
# Oefening entropie berekening&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 20 januari 2017 NM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica&lt;br /&gt;
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?&lt;br /&gt;
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R&lt;br /&gt;
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.&lt;br /&gt;
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 januari 2017 VM ===&lt;br /&gt;
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.&lt;br /&gt;
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).&lt;br /&gt;
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.&lt;br /&gt;
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :&#039;( )&lt;br /&gt;
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 22 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
#vuurpomp&lt;br /&gt;
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose&lt;br /&gt;
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen&lt;br /&gt;
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven&lt;br /&gt;
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 januari 2016 (VM) ===&lt;br /&gt;
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.&lt;br /&gt;
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces. &lt;br /&gt;
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.&lt;br /&gt;
#Bespreek de carnot cyclus.&lt;br /&gt;
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 NM ===&lt;br /&gt;
Hetzelfde als 11 januari VM&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 januari 2016 VM ===&lt;br /&gt;
#vuurpomp (opdracht)&lt;br /&gt;
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.&lt;br /&gt;
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp&lt;br /&gt;
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose&lt;br /&gt;
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 12 januari 2015 (NM) ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# 1. Dat vuur pomp stuff.&lt;br /&gt;
# 2. Bereken tripel punt shit.&lt;br /&gt;
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.&lt;br /&gt;
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?&lt;br /&gt;
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 januari 2014 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document&lt;br /&gt;
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl&lt;br /&gt;
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces &lt;br /&gt;
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af&lt;br /&gt;
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).&lt;br /&gt;
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.&lt;br /&gt;
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -&amp;amp;gt; CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp&#039;s van de stoffen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 25 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)&lt;br /&gt;
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect&lt;br /&gt;
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)&lt;br /&gt;
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 18 januari 2013 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT&lt;br /&gt;
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).&lt;br /&gt;
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.&lt;br /&gt;
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 3 feb 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie. &lt;br /&gt;
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT&lt;br /&gt;
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm&lt;br /&gt;
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 27 jan 2012 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.&lt;br /&gt;
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.&lt;br /&gt;
# Oefening op entropieverandering&lt;br /&gt;
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.&lt;br /&gt;
=== 20 jan 2012 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)&lt;br /&gt;
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiabatisch expansie tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* reversibele isotherme expansie&lt;br /&gt;
#* reversibele adiabatische expansie&lt;br /&gt;
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)&lt;br /&gt;
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen&lt;br /&gt;
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 16 jan 2012 VM ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H &amp;amp;amp; S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K &lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 28 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)&lt;br /&gt;
#Bespreek membraanpotentiaal&lt;br /&gt;
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename &amp;amp;lt;u&amp;amp;gt;van het systeem&amp;amp;lt;/u&amp;amp;gt;? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)&lt;br /&gt;
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C&amp;amp;lt;sub&amp;amp;gt;v&amp;amp;lt;/sub&amp;amp;gt; = 5/2R)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2011 VM ===&lt;br /&gt;
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)&lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 17 jan 2011 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen &lt;br /&gt;
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-&amp;amp;gt; vl., vl. -&amp;amp;gt; gas en vast -&amp;amp;gt; gas berekenen)&lt;br /&gt;
# Oefening over entropieverandering &lt;br /&gt;
# Oefening over verandering in gibbsfunctie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 15 jan 2010 ===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
# bespreek de adiabatische expansie &lt;br /&gt;
# bespreek osmose en geef een toepassing &lt;br /&gt;
# oefening over entropieverandering &lt;br /&gt;
# oefening over verandering in gibbsfunctie&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 jan 2010 VM ===&lt;br /&gt;
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.&lt;br /&gt;
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.&lt;br /&gt;
# ?&lt;br /&gt;
# ?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 11 jan 2010 NM ===&lt;br /&gt;
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.&lt;br /&gt;
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.&lt;br /&gt;
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.&lt;br /&gt;
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.&lt;br /&gt;
# Kookpuntverhoging.&lt;br /&gt;
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.&lt;br /&gt;
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.&lt;br /&gt;
=== 16 jan 2009 ===&lt;br /&gt;
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume&lt;br /&gt;
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen&lt;br /&gt;
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K &lt;br /&gt;
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# clayperon+ toep. op verdampen&lt;br /&gt;
# kookpuntsverhoging bespreken&lt;br /&gt;
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven&lt;br /&gt;
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.&lt;br /&gt;
=== 21 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w &amp;amp;amp; q bij elk proces&lt;br /&gt;
# Bespreek de membraam potentiaal&lt;br /&gt;
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen&lt;br /&gt;
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C--&amp;amp;gt;1000Â°C. Cp gegeven&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante&lt;br /&gt;
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken&lt;br /&gt;
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven&lt;br /&gt;
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp&#039;s gegeven&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof&lt;br /&gt;
# osmose bespreken&lt;br /&gt;
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )&lt;br /&gt;
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R&lt;br /&gt;
=== 14 jan 2008 ===&lt;br /&gt;
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen&lt;br /&gt;
# kookpuntsverhoging bespreken&lt;br /&gt;
# CO(g) + H20 (g) =&amp;amp;gt; CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp&#039;s gegeven&lt;br /&gt;
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 30 aug 2008 ===&lt;br /&gt;
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V&lt;br /&gt;
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen&lt;br /&gt;
#* isotherme expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* adiabatische expansie in vacuum&lt;br /&gt;
#* isotherme exp tegen constante druk&lt;br /&gt;
#* adiab exp cte P&lt;br /&gt;
#* reversibele isoth exp&lt;br /&gt;
#* rev adiab exp&lt;br /&gt;
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R &lt;br /&gt;
=== 29 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante&lt;br /&gt;
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?&lt;br /&gt;
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.&lt;br /&gt;
=== 23 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bespreek osmose&lt;br /&gt;
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen&lt;br /&gt;
# een ideaal gas gaat van T1-&amp;amp;gt;T2 en V1-&amp;amp;gt; V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden. &lt;br /&gt;
=== 20 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten&lt;br /&gt;
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus&lt;br /&gt;
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp&#039;s&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== 19 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.&lt;br /&gt;
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma&lt;br /&gt;
=== 18 jan 2007 ===&lt;br /&gt;
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk&lt;br /&gt;
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:&lt;br /&gt;
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)&lt;br /&gt;
Oefening:&lt;br /&gt;
# bereken molecuulmassa van een proteïne&lt;br /&gt;
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>R0852347</name></author>
	</entry>
</feed>