Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2025-01-25T02:06:19Z

R0854072: /* Exam 25 January 2025 */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)

Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2025-01-25T02:05:29Z

R0854072: /* Exam 25 January 2025 */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)
Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2025-01-25T02:05:08Z

R0854072: /* Exam 25 January 2025 */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)
Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
#* Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2025-01-25T02:04:32Z

R0854072: /* Exam 25 January 2022 */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)
#Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#1)Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.

#2) Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
#* Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2025-01-25T02:04:12Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2022===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)
#Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#1)Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.

#2) Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
#* Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2025-01-15T14:31:23Z

R0854072: /* 15 januari 2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 15 januari 2025 ===
#All biofilm formation. What in vitro and in vivo model did we see to study biofilm formation? (4)
#SA (4)
#White-opaque switching virulence. What can be the biological reason? (4)
#Histoplasma capsulatum (3)
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model. How will you use this knowledge to make corn resistant to the disease Fusarium.(5)

=== 19 januari 2022 VM ===
#How can you easily distinguish between Ascomycetes and Basidiomycetes. Give the model organisms of plant and animal pathogens for both of these groups. (3 points)
#Cryptococcus neoformans. What is it? Describe the virulence factors. How does the host respond to such an invasion? How does Cryptococcus deal with this host defense response? What are the diseases that you can get from such an infection? (4 points)
#The role of high amounts of CO2 on morphogenesis in C. albicans. Describe the underlying signal transduction pathways. (3 points)
#Arbuscular mycorrhiza and haustoria. Describe the underlying molecular mechanisms behind exchange of carbon and nutrients for both. How can you investigate this? What is the functional difference between the two? (4 points)
#A synergestisch biofilmformation effect is observed both in vivo and in vitro for C. albicans and S. aureus. Several genes have been identified that are either upregulated or downregulated in C. albicans during this synergestic relationship that are not found when C. albicans is grown alone. How would you investigate these genes? Describe all the steps and the used techniques. Also give a possible animal model system in which you can investigate this. Which genes would be good targets for antifungal drug resistance? (6 points)

=== 29 januari 2020 VM===
#Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.
#Discuss the origin and role of elicitors.
#Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.
#Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?
#In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?

=== 28 januari 2020 VM===
In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#PR- PR5- Osmotin. Explain
#Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back
#ALS- ALS3. Explanation. All included
#A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?

=== 20 januari 2020 VM===
#White-opaque switching in C. albicans
#Elicitors: role and origin
#Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol
#Fluconazole: mechanism en resistance
#RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.

===17 januari 2020 NM===
#Explain appressorium
#Explain SA + give the most important signal transduction pathways
#How can fungi avoid the human immune defense?
#Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans
#During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use?
===17 januari 2020 VM===
#Where is PAL important, which reaction does in catalyse?
#A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)
#What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?
#What are Paldoxins and how does it work?
#You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2025-01-15T14:30:42Z

R0854072: /* 15 januari 2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 15 januari 2025 ===
#All biofilm formation. What in vitro and in vivo model did we see to study biofilm formation?
#SA
#White-opaque switching virulence. What can be the biological reason?
#Histoplasma capsulatum
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model. How will you use this knowledge to make corn resistant to the disease Fusarium.

=== 19 januari 2022 VM ===
#How can you easily distinguish between Ascomycetes and Basidiomycetes. Give the model organisms of plant and animal pathogens for both of these groups. (3 points)
#Cryptococcus neoformans. What is it? Describe the virulence factors. How does the host respond to such an invasion? How does Cryptococcus deal with this host defense response? What are the diseases that you can get from such an infection? (4 points)
#The role of high amounts of CO2 on morphogenesis in C. albicans. Describe the underlying signal transduction pathways. (3 points)
#Arbuscular mycorrhiza and haustoria. Describe the underlying molecular mechanisms behind exchange of carbon and nutrients for both. How can you investigate this? What is the functional difference between the two? (4 points)
#A synergestisch biofilmformation effect is observed both in vivo and in vitro for C. albicans and S. aureus. Several genes have been identified that are either upregulated or downregulated in C. albicans during this synergestic relationship that are not found when C. albicans is grown alone. How would you investigate these genes? Describe all the steps and the used techniques. Also give a possible animal model system in which you can investigate this. Which genes would be good targets for antifungal drug resistance? (6 points)

=== 29 januari 2020 VM===
#Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.
#Discuss the origin and role of elicitors.
#Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.
#Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?
#In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?

=== 28 januari 2020 VM===
In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#PR- PR5- Osmotin. Explain
#Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back
#ALS- ALS3. Explanation. All included
#A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?

=== 20 januari 2020 VM===
#White-opaque switching in C. albicans
#Elicitors: role and origin
#Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol
#Fluconazole: mechanism en resistance
#RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.

===17 januari 2020 NM===
#Explain appressorium
#Explain SA + give the most important signal transduction pathways
#How can fungi avoid the human immune defense?
#Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans
#During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use?
===17 januari 2020 VM===
#Where is PAL important, which reaction does in catalyse?
#A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)
#What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?
#What are Paldoxins and how does it work?
#You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2025-01-15T14:25:06Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 15 januari 2025 ===
#All biofilm formation. What in vitro and in vivo model did we see to study biofilm formation?
#SA
#White-opaque switching virulence. What can be the biological reason?
#Histoplasma capsulatum
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model. How will you use this knowledge to make corn resistent to the disease Fusarium.

=== 19 januari 2022 VM ===
#How can you easily distinguish between Ascomycetes and Basidiomycetes. Give the model organisms of plant and animal pathogens for both of these groups. (3 points)
#Cryptococcus neoformans. What is it? Describe the virulence factors. How does the host respond to such an invasion? How does Cryptococcus deal with this host defense response? What are the diseases that you can get from such an infection? (4 points)
#The role of high amounts of CO2 on morphogenesis in C. albicans. Describe the underlying signal transduction pathways. (3 points)
#Arbuscular mycorrhiza and haustoria. Describe the underlying molecular mechanisms behind exchange of carbon and nutrients for both. How can you investigate this? What is the functional difference between the two? (4 points)
#A synergestisch biofilmformation effect is observed both in vivo and in vitro for C. albicans and S. aureus. Several genes have been identified that are either upregulated or downregulated in C. albicans during this synergestic relationship that are not found when C. albicans is grown alone. How would you investigate these genes? Describe all the steps and the used techniques. Also give a possible animal model system in which you can investigate this. Which genes would be good targets for antifungal drug resistance? (6 points)

=== 29 januari 2020 VM===
#Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.
#Discuss the origin and role of elicitors.
#Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.
#Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?
#In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?

=== 28 januari 2020 VM===
In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#PR- PR5- Osmotin. Explain
#Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back
#ALS- ALS3. Explanation. All included
#A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?

=== 20 januari 2020 VM===
#White-opaque switching in C. albicans
#Elicitors: role and origin
#Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol
#Fluconazole: mechanism en resistance
#RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.

===17 januari 2020 NM===
#Explain appressorium
#Explain SA + give the most important signal transduction pathways
#How can fungi avoid the human immune defense?
#Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans
#During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use?
===17 januari 2020 VM===
#Where is PAL important, which reaction does in catalyse?
#A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)
#What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?
#What are Paldoxins and how does it work?
#You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Advanced biochemistry and biotechnology

2024-08-21T04:52:52Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
==Vakinformatie==
Verdiepend vervolg op Moleculaire Biologie en Dynamische Biochemie van de 2e bachelor.
In 2021 - 2022 gedoceerd door Prof Johan Robben en Shehab Ismail. Voor 2009-2010 door Prof M. De Ley en J. Robben. Van 2010 - 2021 gedoceerd door J. Robben. Vanaf 2019-2020 is dit vak van naam veranderd, het heet nu Advanced Biochemistry and biotechnology.
Vanaf 2023-2024 wordt het vak volledig gedoceerd door Shehab Ismail.

Het examen is opgebouwd uit 2 grote, open vragen en 4 begrippen. De eerste vraag en de begrippen zijn schriftelijk met mondelinge toelichting: hij leest je antwoorden en stelt bijvragen indien nodig. De tweede open vraag is schriftelijk af te geven.

"De studenten hebben mij iets heel handig gegeven om na te gaan welke examenvragen ik de laatste jaren gesteld heb, ze houden het beter bij als ik zelf."
-- Quote Johan Robben, 2014

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G74AN.htm

==Examenvragen==
===20 augustus 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Chaperone mediated autophagy
* Attenuation of trp operon transcription in E.coli
Answer these questions (13/40)
* CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* Ago (=argonaute) is shown to increase the specificity of miRNA to its target RNA up to a fold of 300. How does the argonaute increase the specificity between its miRNA and the target mRNA?
* One more question which i forgot :/

===26 januari 2024===
Research paper: A proteasome without USP14 was found, do study with ubiquitinated cyclinB and non-ubi cyclinB showed different bands when in mixture with proteasome, proteasome+USP14, proteasome+USP14+IU1. (12/40)
*In lanes 5 and 6 (Proteasome+USP14) we can see a lower molecular weight compared to lanes 2 and 3 (Proteasome without USP14), explain why.
*In lane 3 we see no more band compared to lane 6, explain why.
*In the lane with non-ubi cyclinB we always see a band, why?
*What function do you think that IU1 has?

Small questions (15/40)
*Attenuation of trp operon transcription in E.coli
*How can you discover aptamers when binding to a molecule of interest?
*Issues with using siRNA
*Chaperone mediated autophagy
*Genetic code flexibility

Answer these questions (13/40)
*Exercise with half-life of protein, total protein is 4,2, kdeg is given, in a steady state. Calculate how many time is needed to degrade 2,1 and synthesize new 2,1.
*CRISPR can overlook a few not-correct bonded nucleotides so can cause off-target mutagenesis. How can you increase specificity of CRISPR?
*What is the influence of codon-dependent translational elongation on the half-life of mRNA?
*1 more question

===18 januari 2024===
Research paper: SAR genes mad2 and mad3 were examined because little is known about them. (12/40)
* Determine the half lifetime of mad2 and mad3 (read from graph).
* Why did the researchers not use temperature-sensitive methods?
* Why did they add cycloheximide (CHX)?
* Why did they also use Dhhp1 mutants? What can you conclude from this experiment?
Small questions (15/40)
* Translational coupling
* Mechanisms of prokaryotic transcription activation
* PROTAC + give the advantages compared to small molecule inhibitors
* Nonsense-mediated decay
* Types of miRNA targets
Answer these questions (13/40)
* CRISPR allows for gene editing, but sometimes mutations are allowed that cause non-specific targeting. Describe a way in which you can enhance the specificity of CRISPR-Cas9.
* Describe how histone mutations, that are not post translational modification mutations, can cause cancer.
* What are the properties of proteins that affect their lifetime?
* eIF2-GDP is recycled back to reproduce the ternary complex to start translation initiation. eIF2B can be inhibited by phosphorylation of eIF2 by eIF2alpha. Phosphorylation increases affinity of eIF2 to eIF2B. How does this inhibit translation initiation?
===19 januari 2023===
J. Robben's deel
#mRNA cap van expressieregulatie. (5)
#Begrippen: Translational coupling, Genomic imprinting, Nonsense suppression, RNA turnover analysis (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk over deletion Ups14 uit proteasome en dan een SDS-PAGE gedaan en visualisatie met een Western blot. 3 verschillende toestanden (Ups14 weg, + WT, + catalytic inactive Usp14) op 3 verschillende tijdspunten.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#Kleinere vraag
#* RNA interference: 2 ssRNA (sense & antisense) and 1 dsRNA --> he changed conclusion and you had to find the mistake & in C.elegans also effect seen in offspring, how possible? (4)
#Kleine vraagjes
#* PROTAC uitleggen (3)
#* 3 fasen CRISPR-interference in bacteria (3)
#* different endocytosis (2)
#* 2 names for miRNA expression analysis (2)

===30 augustus 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR en cap van expressieregulatie bij eukaryoten. (5)
#Begrippen: Translational coupling, RNA editing, Rip: regulated intramembrane proteolysis & exosome (5)

S. Ismail's deel
#Grote vraag (6)
#* Vraagstuk waarin er 6 verschillende tubes waren die een andere inhoud hadden. Hierop werd een northern blot gedaan en je kreeg een foto van de bekomen gel hiervan. Elke 1ste tube bevatte een pri-miRNA, elke tweede tube een pri-miRNA + microprocessor complex. De eerste pri-miRNA had een stemloop van 35 bp, een tweede met een 35 bp +1 en een derde met 35 bp + 3. Van elke tube werden de bandjes op de gel weergegeven.
#*Verklaar de resultaten van het experiment
#*Uit wat bestaat het microprocessor complex?
#*Geef een andere naam voor het microprocessor complex.
#Kleinere vraagjes
#* The two-signal membrane binding model bij meristoylation - uitleggen wat dit inhoudt (4)
#* Geef de factoren die de stabiliteit van proteïnen kunnen beïnvloeden - leg 1 uit. (4)
#Kleine vraagjes
#* 3 fasen tot komen van CRISPR-Cas systeem in bacteria (2)
#* Verschillende manieren van lysosomale degradatie (2)
#* Verschil in mechanisme van HECT en RING - E3 (2)

===28 januari 2022===
J. Robben's deel
#5’ UTR van expressieregulatie bij prokaryoten. (5)
#Begrippen: DNA acetylation, RNA editing, eIF4-binding proteïne & NMD (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Geef 2 voorbeelden van small interfering RNA.
#* Geef een detectietechniek voor je miRNA of interest.
#* Foto van goed opgevouwen proteïne en minder goed opgevouwen proteïne. Welke heeft de langste half-time?
#* Functie E3.
#* Geef 3 soorten lipid modifications.
#* Geef 1 functie van CRISPR in bacteriën
#Uitleggen hoe je van pri-miRNA tot mature miRNA geraakt. (4)

===20 januari 2022===
J. Robben's deel
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(A)-staart van mRNA fungeert in eukaryote expressie regulatie. (5)
#Begrippen: Selenocysteine, Translational coupling, Genomic imprinting & toxin-antitoxin (5)

S. Ismail's deel
#Kleine vragen (6)
#* Welke van de RNA duplexen (2 fotos) zal door AGO2 worden geknipt voor het maken van guide strand
#* Welke is beter voor stabiele cellijn te maken: synthetische siRNA of vectorbased siRNA.
#* Noem de stappen/ fasen op om tot het CRISPR-Cas system te komen.
#* Noem 3 verschillende autophagie types op.
#* E1, E2 en E3 zijn enzymen in de ubiquitinylatie pathway. Wat doet E1?
#* Wat is het 2e aminozuur waaraan de myristoyltie plaats vindt en waarom kan het enkel deze aminozuur zijn?
#Bespreek hoe dat topologie, disorderd protein en protein-protein interacties de stabiliteit beïnvloeden. (4)

===22 januari 2021===
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi, geef de experimentele wijze, welke moeilijkheden kunnen optreden en hoe kan je dit voorkomen?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*Prime edditing (met Crispr)
#*foto-entrainment
#*selenocysteïne

===14 januari 2021 NM===
#Bespreek overzichtelijk de werking en rol van lysosomen in eiwit-turnover. Vermeld een voorbeeld van een biotechnologische toepassing die gebruikt maakt van deze kennis.
#Cas9 is recentelijk aangepast voor andere toepassingen dan deze van genomische "schaar". Verduidelijk en concretiseer.
#Begrippen
#*Genomische imprinting
#*RNA-editing
#*RNA-induced silencing complex (RISC)
#*Periodosoom

===24 januari 2020 NM===
#Globale translatiemechanismen bij eukaryoten. Wanneer is dit van toepassing? Hoe kunnen genen dit ontwijken?
#Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
#Begrippen
#*Translationele koppeling
#*CMA
#*PAM
#*Selenocysteïne

=== 20 januari 2020 NM===
#Bespreek hoe prokaryoten genexpressie reguleren via anti-sense mechanismen.
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Begrippen
#*Hfq
#*RNA editing
#*shRNA
#*prime editing

=== 17 januari 2020 VM===

#5’ UTR van expressieregulatie bij eukaryoten
#cas9 systeem waar CRISPR is op gebaseerd en vergelijk met Argonaut
#Begrippen
#*attenuatie
#*nonsense-mediated decay
#*looped primer RT-PCR
#*proteasome stress response (Rpn4 + PACE)

=== 25 januari 2019 NM===

#Leg de regulatie van het trp-operon uit
#Geef een schematisch overzicht van unfolded protein respons
#Begrippen
#* RITS
#* Shutdown decay
#* BMAL
#* uORF

=== 18 januari 2019 NM===

#3’ UTR bij eukaryoten
#Experimenteel knockdown van genen adhv RNAi
#Begrippen
#* RNA switch
#* Periodosoom
#* RNA editing
#* CMA

=== 18 januari 2019 VM===
#Bespreek de structuur en werking van riboschakelaars (riboswitches). Wat weet je over hun functie? Illustreer je antwoord met voorbeelden.
#Bespreek de moleculair-dynamische mechanismen die aan de basis liggen van het metabolische dag-nacht ritme bij zoogdieren.
#Begrippen
#* Selenocysteine
#* Nonsense-mediated decay
#* shRNA
#* Proximity-induced autoactivation

===22 januari 2018, VM===
#Geef overzicht van de regelmechanismen waarmee eukaryoten de translatie globaal (=niet eiwit specifiek) kan worden geregeld. In welke situatie is een dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan deze regeling?
#Bespreek op welke wijze(n) de poly(a)-staart van mRNA fungeert in expressie regulatie. (ook iets over de lengte ervan)
#Begrippen:
#* Retroreulatie
#* Genomische imprinting (+voorbeeld)
#* Nonsense-mediated decay
#*Nocturnine

===19 januari 2018, VM===
#Geef de gelijkenissen en verschillen voor de expressie regulatie aan de 5'-UTR en 5'-uiteinde regio bij prokaryoten en eukaryoten.
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress? (= ERAD en UPR)
#Begrippen:
#* Tac promotor (= is die gefuseerde promotor van lac operon en tac operon vanuit de werkzitting)
#* Rip: regulated intramembrane proteolysis
#* RITS
#* foto-entrainment

===21 augustus 2017===
#Controlemechanismen van mRNA bij eukaryoten.
#De rol van ubiquitine ligasen in proteïne turnover
#Begrippen:
#*Transcriptional gene silencing
#*Peptide mediated protein knockdownn
#*Familial fast sleep syndrome
#*Een vierde begrip

===3 februari 2017===
#Verduidelijk de structuur en werking van riboswitches . Leg hun functie uit
#Rol van Poly-A-staart bij regulatie van expressie
#Woordjes:
#*Nocturnine
#*uORF
#*Genetic imprinting
#*Chaperone-gemedieerde autofagie

===23 januari 2017===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing en hoe ontsnappen genen eraan
#Op welke wijze(n) kan je de functie en voorkomen RNAi experimenteel uitvoeren?
#Bespreek kort
#*Retroregulation
#*Rip: regulated intramembrane proteolyse
#*nonsense mediated decay
#*Periodosoom

===20 januari 2017===
#Welke elementen in 3'-UTR voor expressieregulatie?
#Welk mechanisme voor controleren van nieuw geproduceerde membraaneiwitten en eiwitten voor export, en wat gebeurt er bij stress?
#Bespreek kort:
#*Attenuatie
#*Hairpin silencing
#*Translational recoding
#*Photo-entrainment

===29 januari 2016===
#UPR
#Circadische clock in zoogdieren
#Bespreek kort:
#*hairpin silencing
#*argonaut
#*genomic imprinting
#*riboswitch

===27 januari 2016===
#Geef overzichtelijk de technieken die kunnen gebruikt worden om het voorkomen en functies van kleine RNA's te bestuderen. (Hij was precies niet geÃ¯nteresseerd in RAKE, looped primer en al die dingen... Hij zei iets over sRNA sponzen en stabiele nucleïnezuuranalogen)
#Geef de werking en functie(s) van macroautophagie.
#Bespreek kort:
#*real-time RT-PCR
#*selenocysteÃ¯ne
#*caspasen
#*RIP.

===18 januari 2016===
#Hoe knockdown van genen bekomen via experimenten met RNA interferentie? wat zijn de aandachtpunten? bijvraag: wat zou je eerder gebruiken siRNA of via vector shRNA? en wat bij de mens?
#Translationele recoding wat is het en op welke manieren wordt het bereikt?
#Bespreek kort:
#*histonehermodellering
#*shut down decay
#*RNA editing
#*BMAL-CLOCK

===15 januari 2016===
#Globale translatie regulatie mechanisme uitleggen, wanneer is dit van toepassing (Stress enz), en hoe ontsnappen genen eraan (uORF)
#Rol van ubiquitinr ligases in proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Chromatine remoddeling
#*Non stop decay
#*Periodosoom
#*Seed sequentie

===28 januari 2015===
#Bespreek het purine katabolisme + welke afwijkingen bij de mens?
#Wat weet je over Ubiquitine ligases in proteïne metabolisme?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Translationele hercodering
#*Exosoom
#*Looped-primer RT-PCR

===september 2014 ===
#Bespreek de N-endrule en eiwitafbraak. Vergelijk tussen eukaryoten en prokaryoten.
#Stel een dierenexperiment met RNAi; welke methoden voor knockdown van een gen stel je voor, welke verkies je voor het maximale resultaat?
#Bespreek kort:
#*RIP
#*Icterus
#*UPR
#*Nocturine

===31 januari 2014 ===
#Geef de diverse regulatiemechanismes van het (chole)sterolmetabolisme.
#Bespreek de invloed van ubiquitineligases op de proteïne turnover.
#Bespreek kort:
#*Geelzucht
#*genome imprinting
#*Initiator caspase
#*KiaC

===29 januari 2014 ===
# Bespreek overzichtelijk de mRNA kwaliteitscontrolemechanismen bij prokaryoten en eukaryoten
# Geef een overzicht van de verschillende mechanismen van cel-gecontroleerde eiwitafbraak die niet via proteasomen verloopt
#Bespreek kort:
#*Lesch-Nyhan-syndroom
#*Selenocysteine
#*Calnexin-calreticuline cyclus
#*Clock/BMAL1

===20 januari 2014===
#Bespreek schematische de biosynthese van heem. Hoe wordt het gereguleerd? En hoe werkt heem bij de algemene genexpressie?
#Bespreek "unfolded protein response" (UPR)?
#Leg kort uit
#* Trans-translatie
#*RNA editering
#*shRNA
#*Nocturnine

=== 21 januari 2013 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek het controlemechanisme van membraaneiwitten en eiwitten vÃ³Ã³r secretie. Welke mechanismen treden er op bij stress?
# Bespreek kort:
#* ALA-synthase
#* transtranslatie
#* Seed sequentie
#* nocturnine

=== 15 januari 2013 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor ijzerhomeostase.
# Bespreek het kloksysteem van Synechococcus (cyanobacterie). bijvraag: grote verschil met zoogdieren (= eiwitklok vs gen-gereguleerd)
# Bespreek kort:
#* thymidylaatsynthase
#* RNA editering
#* chaperone gemedieerde autofagie
#* argonaut

=== 3 februari 2012 ===
# Bespreek de moleculaire mechanismen voor de overerving van expressiepatronen tijdens de celcyclus. Wat is het belang hiervan?
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* 5-FOA
#* RNA editering
#* seed sequence
#* nocturnine

=== 17 januari 2012 ===
# Bespreek de mogelijke rol van de 5'-UTR in de posttranscriptionele expressieregultatie van prokaryoten.
# Bespreek de globale regulatiemechanismen bij proteasoom-afhankelijke proteolysis.
# Bespreek kort:
#* Thymidilaatsynthetase
#* Geelzucht
#* CpG eiland
#* RITS

=== 1 september 2011 ===
# Schematische beschrijving heem biosynthese + hoe wordt cellulaire homeostase van heem bereikt?
# Geef overzicht van regelmechanismen waarmee bij eukaryoten de translatie globaal kan worden geregeld. In welke situaties is dergelijke regeling van toepassing? Hoe ontsnappen sommige genen aan de regeling?
# Bespreek kort:
#* histonmethyltransferase
#* nonsense mediated decay
#* photo entrainment
#* shRNA

=== 4 februari 2011 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* Shutdown decay (SSD)
#* eIF2

=== 24 januari 2011 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit
# Bespreek kort:
#* OMP
#* RNA editing
#* toxine-antitoxine
#* ubiquitineligase E3

=== 18 januari 2011 ===
# Bespreek riboswitches.
# Op welke wijze(n) kan je RNAi experimenteel uitvoeren?
# Bespreek kort:
#* allopurinol
#* uORFs
#* ERAD
#* photo-entrainment

=== 29 januari 2010 ===
# Geef het belang van de 3' Untranslated region bij expressie in eukaryoten.
# Leg het klok systeem van cyanobacteriÃ«n uit, en de invloed op transcriptie.
# Bespreek kort:
#* OMP
#* ERAD
#* initiator caspases
#* myristoylisatie
=== 18 januari 2010 ===
# N-end rule
# Moleculaire dag en nacht ritme van het metabolisme van zoogdiercellen
# Bespreek kort:
#* geelzucht
#* selenocysteïne
#* RISC
#* endosomale lokalisatiesignaal

===12 januari 2010===
# Bespreek de purineafbraak en de verschillende metabole stoornissen bij de mens die hiermee verband houden.
# Bespreek de globale regulatie van eukaryote translatie. Hoe kunnen sommige genen aan deze regulatie ontsnappen?
# Bespreek kort:
#* Nocturnine
#* uORFs (valt weg, want bij vraag twee zitten ook al uORFs)
#* shRNA
#* nuclear localisation signal

===29 januari 2009===
MDL:
# purinebiosynthese en regulatie
# kaartjes:
#* Adaptor
#* Cascades, waarom?

JR:
# Controlemechanismen mRNA in eukaryoten
# kaartjes:
#* histonmethyltransferase
#* RITS

===29 januari 2009===
MDL: Calcium
JR: N end rule

===20 januari 2009===
Deley:
# Afbraak van vetzuren
# Kaartjes:
#* GPCR
#* werking van groeifactoren
Robben: manieren van doorgeven van expressie patronen bij celdeling. Waarom deze regeling? (epigenetic inheritance)

Nog Kaartjes:
# calnexine/calreticuline cycle
# Argonaut
# SH2 en SH3
# stimulatie van proteïnesynthese door hemine
# Ubiquitine als sorteringssignaal
# Thio-etherankers en thio-esterankers
# shRNA
# riboswitch
# RITS
# ARE (AU-rich element)
# transition state analog (daar moest hij n-PALA hebben)
# cascade, waarom?

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek purineafbraak + storingen
# kaartjes: GPCR en de tabel heel in't begin van 't eerste hoofdstuk met E.Coli, S. Cerevisiae, ...

JRB:
# Bespreek lysosomale afbraak
# kaartjes: mRNA localizatie en non-sense mediated decay

===31 januari 2008===
MDL:
# Bespreek de vorming van deoxyribonucleotiden + regulatie
# kaartjes: oncogenen en amidelinked ankers

JRB:
# Bespreek methylering van histonen en DNA en hoe deze expressie kunnen reguleren
# kaartjes: eIF4E-bindend proteine en sRNA switch

===30 januari 2008===
# MDL: Pyrimidinebiosynthese
# JRB: Welke rol speelt poly(A) bij de vorming van proteinen (of zoiets)

===16 januari 2008===

MDL:
# Heem oxygenase systeem
# Kaartjes:
#* Amide linked myristoyl anchors
#* Calcium oscillaties

JR:

# Bespreek de globale mechanismen van translatieregulatie.
# Kaartjes:
#* miRNA
#* Calnexin-Calreticulin cycling

===16 januari 2008===
Hoofdvragen:
# op welke wijzen knockdown door RNA interferentie experimenteel kan gebruikt worden?
# Deoxyribunucleotide synthese en regulatie

Korte vragen:
# lambda repressor
# mRNA turnover
# cascades
# proteïnesynthese en hemine

Model Organisms in Biological Research

2024-01-30T06:43:05Z

R0854072: /* 25th January 2024 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

Taught by Dr. Lucas Mergan

The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time.
‎ The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm

== Examenvragen ==
===25th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:

*What is the TET system? Give an example of where it's useful.
*What are polytene chromosomes and what are they used for?
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)
**Extra question: why would you do this

Other possible theory questions: Complementation system, forward screening C. elegans, ES cells, tetrad analysis,...

===18th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?

===21st January 2022===

Self-chosen article:

#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.
#Give two reasons why it is model organism.
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?
#Is further research and sacrifice of the model organism required?

For theory based on lecture:

*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?
===2022 Voorbeeld examen===
Self chosen article (4/20):
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research. Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach.
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.

===2021 August===
Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.
Theoretical Question:
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?

===2021 January===

Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.

Theoretical question:
*Explain terminator seeds
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.

===2020 January===

* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)
* ES technology, any alternatives?
* Give three tetrads
**explain the Tet system
**explain tetrad analysis
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.
**Explain P elements
**QTL mapping

===2019 January===

*ES technology mice
*QTL mapping
*Optogenetics
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work

===2017-2018 January===

*Wich primates are used as model organism and for which applications?
*Explain Tetrad analysis and the application.
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.
*Explain foward genetics in ''C. elegans''.
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples

Model Organisms in Biological Research

2024-01-30T05:20:19Z

R0854072: /* 25th January 2024 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

Taught by Dr. Lucas Mergan

The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time.
‎ The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm

== Examenvragen ==
===25th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:

*What is the TET system? Give an example of where it's useful.
*What are polytene chromosomes and what are they used for?
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)
**Extra question: why would you do this
*Other possible questions: Complementation system, forward screening C. elegans, ES cells, tetrad analysis,...

===18th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?

===21st January 2022===

Self-chosen article:

#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.
#Give two reasons why it is model organism.
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?
#Is further research and sacrifice of the model organism required?

For theory based on lecture:

*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?
===2022 Voorbeeld examen===
Self chosen article (4/20):
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research. Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach.
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.

===2021 August===
Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.
Theoretical Question:
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?

===2021 January===

Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.

Theoretical question:
*Explain terminator seeds
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.

===2020 January===

* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)
* ES technology, any alternatives?
* Give three tetrads
**explain the Tet system
**explain tetrad analysis
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.
**Explain P elements
**QTL mapping

===2019 January===

*ES technology mice
*QTL mapping
*Optogenetics
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work

===2017-2018 January===

*Wich primates are used as model organism and for which applications?
*Explain Tetrad analysis and the application.
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.
*Explain foward genetics in ''C. elegans''.
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2024-01-24T02:24:36Z

R0854072: /* 23/01/2024 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt, Robben, en Schoofs. Alles is gesloten boek.

2023-2024: het vak wordt gegeven door prof. Van Belleghem en Schoofs. Alles is gesloten boek, geschreven examen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===23/01/2024===
SVB
#Open question:
## 4 species of finches were sequenced 8 years ago. If you want to resequence this how would you do this? (=Just use one of the new sequencing techniques e.g. oxford nanopore)
## 8 years ago they struggled a lot with the scaffolds. Around 20.000 scaffolds were found but closing the gap was not easy. Some scaffolds were 5Mb. Why was it difficult to sequence this genome? (=repeats)
## Give methods or alternative techniques to fill the gaps
## Give 2 self chosen examples which the new genome sequencing could indicate when compared with the reference from 8 years ago.

#Terms
##AP-MS
##Phylogenetic footprinting
##Gene interaction network

Schoofs
# You have a biological sample and want to identify the proteins in it. Explain how peptide mass fingerprinting is done when using MALDI-TOF
# 5 multiple choice questions
# Question about the IPAC image from the slides.
##Are the peptides (A to F) coming from the same protein?
##What is the distance between the heavy and light peaks?
##How is the protein deduced from the MS/MS chromatogram?
# excercise. Calculate the mass (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)
#Terms
##E-value
##Mascot
##Resolution of MS
##?
##?

===5/09/2023===
Robben:
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom).
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen.
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit.
# Terms
## ribosome profiling
## scale free networks
## endogenous retrovirus

===24/01/2023===
Robben:
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach.
## Give the working principle
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue.
# Terms
## paired end sequencing
## haplotype association analysis
## protein-protein interaction networks are scale free

Schoofs:
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen.
# kleine vraagjes
## 2 meerkeuze
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof)
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek?
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen
# oefening op computer
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW?
## Zijn er modificaties, waarom (niet)?
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.

===18/01/2021===
Robben:
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome.
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.
## Why are these methods better than Illumina?
## Give the strategy to finish the other chromosomes.
# Terms
## Affymetrix chip
## Gene acquisition (by gene evolution)
## Genomic interactions

Landuyt:
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus.
## Describe a method how this mixture is made. (2p)
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)

===28/01/2020===
Robben:
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.
##Discuss the technical aspects etc
##Why is it important?
#Terms
##Polyploidy and genome variation
##NanoString nCounter expression system
##Rosetta Stone Method

Landuyt:
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020

===21/01/2020===
Robben:
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing?
## Give the working principle and details of the chosen platform.
#Terms
##Gene ontology
##Affimix chip
##Gene interaction mapping

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===15/01/2020 (afternoon)===
Robben:
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.
## Defend which platform/technique you would use.
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.
# Terms
## Optical mapping
## Sequence scaffold
## Interaction network

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===14/01/2020 (morning)===
Robben:
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''
## Explain the working principles of the chosen platform(s)
# Terms
## Ribosome profiling
## (Transcriptomics) microarray target labeling
## Protein-protein interaction maps are scale free

Landuyt:
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===29/01/2019===
Robben:
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom
#woordjes:
##Ribsome profiling
##Array protein targetting
##protein-protein interaction map is scale free

Landuyt:
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used?
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p

===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen

Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
#* Which disease is studied? …/1
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
#* Van welk proteine is dit peptiede
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol

# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2024-01-24T02:24:03Z

R0854072: /* 23/01/2024 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt, Robben, en Schoofs. Alles is gesloten boek.

2023-2024: het vak wordt gegeven door prof. Van Belleghem en Schoofs. Alles is gesloten boek, geschreven examen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===23/01/2024===
SVB
#Open question:
## 4 species of finches were sequenced 8 years ago. If you want to resequence this how would you do this? (=Just use one of the new sequencing techniques e.g. oxford nanopore)
## 8 years ago they struggled a lot with the scaffolds. Around 20.000 scaffolds were found but closing the gap was not easy. Some scaffolds were 5Mb. Why was it difficult to sequence this genome? (=repeats)
## Give methods or alternative techniques to fill the gaps
## Give 2 self chosen examples which the new genome sequencing could indicate when compared with the reference from 8 years ago.

#Words
##AP-MS
##Phylogenetic footprinting
##Gene interaction network

Schoofs
# You have a biological sample and want to identify the proteins in it. Explain how peptide mass fingerprinting is done when using MALDI-TOF
# 5 multiple choice questions
# Question about the IPAC image from the slides.
##Are the peptides (A to F) coming from the same protein?
##What is the distance between the heavy and light peaks?
##How is the protein deduced from the MS/MS chromatogram?
# excercise. Calculate the mass (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)
#Terms
##E-value
##Mascot
##Resolution of MS
##?
##?

===5/09/2023===
Robben:
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom).
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen.
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit.
# Terms
## ribosome profiling
## scale free networks
## endogenous retrovirus

===24/01/2023===
Robben:
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach.
## Give the working principle
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue.
# Terms
## paired end sequencing
## haplotype association analysis
## protein-protein interaction networks are scale free

Schoofs:
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen.
# kleine vraagjes
## 2 meerkeuze
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof)
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek?
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen
# oefening op computer
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW?
## Zijn er modificaties, waarom (niet)?
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.

===18/01/2021===
Robben:
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome.
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.
## Why are these methods better than Illumina?
## Give the strategy to finish the other chromosomes.
# Terms
## Affymetrix chip
## Gene acquisition (by gene evolution)
## Genomic interactions

Landuyt:
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus.
## Describe a method how this mixture is made. (2p)
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)

===28/01/2020===
Robben:
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.
##Discuss the technical aspects etc
##Why is it important?
#Terms
##Polyploidy and genome variation
##NanoString nCounter expression system
##Rosetta Stone Method

Landuyt:
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020

===21/01/2020===
Robben:
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing?
## Give the working principle and details of the chosen platform.
#Terms
##Gene ontology
##Affimix chip
##Gene interaction mapping

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===15/01/2020 (afternoon)===
Robben:
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.
## Defend which platform/technique you would use.
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.
# Terms
## Optical mapping
## Sequence scaffold
## Interaction network

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===14/01/2020 (morning)===
Robben:
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''
## Explain the working principles of the chosen platform(s)
# Terms
## Ribosome profiling
## (Transcriptomics) microarray target labeling
## Protein-protein interaction maps are scale free

Landuyt:
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===29/01/2019===
Robben:
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom
#woordjes:
##Ribsome profiling
##Array protein targetting
##protein-protein interaction map is scale free

Landuyt:
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used?
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p

===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen

Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
#* Which disease is studied? …/1
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
#* Van welk proteine is dit peptiede
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol

# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2024-01-24T02:23:32Z

R0854072: /* 23/01/2024 */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt, Robben, en Schoofs. Alles is gesloten boek.

2023-2024: het vak wordt gegeven door prof. Van Belleghem en Schoofs. Alles is gesloten boek, geschreven examen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===23/01/2024===
SVB
#Open question:
## 4 species of finches were sequenced 8 years ago. If you want to resequence this how would you do this? (=Just use one of the new sequencing techniques e.g. oxford nanopore)
## 8 years ago they struggled a lot with the scaffolds. Around 20.000 scaffolds were found but closing the gap was not easy. Some scaffolds were 5Mb. Why was it difficult to sequence this genome? (=repeats)
Give methods or alternative techniques to fill the gaps
## give 2 self chosen examples which the new genome sequencing could indicate when compared with the reference from 8 years ago.

#Words
##AP-MS
##Phylogenetic footprinting
##Gene interaction network

Schoofs
# You have a biological sample and want to identify the proteins in it. Explain how peptide mass fingerprinting is done when using MALDI-TOF
# 5 multiple choice questions
# Question about the IPAC image from the slides.
##Are the peptides (A to F) coming from the same protein?
##What is the distance between the heavy and light peaks?
##How is the protein deduced from the MS/MS chromatogram?
# excercise. Calculate the mass (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)
#Terms
##E-value
##Mascot
##Resolution of MS
##?
##?

===5/09/2023===
Robben:
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom).
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen.
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit.
# Terms
## ribosome profiling
## scale free networks
## endogenous retrovirus

===24/01/2023===
Robben:
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach.
## Give the working principle
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue.
# Terms
## paired end sequencing
## haplotype association analysis
## protein-protein interaction networks are scale free

Schoofs:
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen.
# kleine vraagjes
## 2 meerkeuze
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof)
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek?
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen
# oefening op computer
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW?
## Zijn er modificaties, waarom (niet)?
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.

===18/01/2021===
Robben:
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome.
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.
## Why are these methods better than Illumina?
## Give the strategy to finish the other chromosomes.
# Terms
## Affymetrix chip
## Gene acquisition (by gene evolution)
## Genomic interactions

Landuyt:
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus.
## Describe a method how this mixture is made. (2p)
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)

===28/01/2020===
Robben:
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.
##Discuss the technical aspects etc
##Why is it important?
#Terms
##Polyploidy and genome variation
##NanoString nCounter expression system
##Rosetta Stone Method

Landuyt:
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020

===21/01/2020===
Robben:
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing?
## Give the working principle and details of the chosen platform.
#Terms
##Gene ontology
##Affimix chip
##Gene interaction mapping

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===15/01/2020 (afternoon)===
Robben:
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.
## Defend which platform/technique you would use.
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.
# Terms
## Optical mapping
## Sequence scaffold
## Interaction network

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===14/01/2020 (morning)===
Robben:
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''
## Explain the working principles of the chosen platform(s)
# Terms
## Ribosome profiling
## (Transcriptomics) microarray target labeling
## Protein-protein interaction maps are scale free

Landuyt:
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===29/01/2019===
Robben:
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom
#woordjes:
##Ribsome profiling
##Array protein targetting
##protein-protein interaction map is scale free

Landuyt:
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used?
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p

===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen

Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
#* Which disease is studied? …/1
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
#* Van welk proteine is dit peptiede
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol

# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse

2024-01-24T02:22:53Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse
Het vak wordt gegeven door prof. Landuyt en prof. Robben. Robben zijn deel is mondeling en gesloten boek. Robben maakt elk examen nieuwe vragen

2022-2023: het vak wordt gegeven door Landuyt, Robben, en Schoofs. Alles is gesloten boek.

2023-2024: het vak wordt gegeven door prof. Van Belleghem en Schoofs. Alles is gesloten boek, geschreven examen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/n/G0G57AN.htm

==Examenvragen==
===23/01/2024===
SVB
#Open question:
##1) 4 species of finches were sequenced 8 years ago. If you want to resequence this how would you do this? (=Just use one of the new sequencing techniques e.g. oxford nanopore)
##2) 8 years ago they struggled a lot with the scaffolds. Around 20.000 scaffolds were found but closing the gap was not easy. Some scaffolds were 5Mb. Why was it difficult to sequence this genome? (=repeats)
Give methods or alternative techniques to fill the gaps
##3) give 2 self chosen examples which the new genome sequencing could indicate when compared with the reference from 8 years ago.

#Words
##AP-MS
##Phylogenetic footprinting
##Gene interaction network

Schoofs
#1) you have a biological sample and want to identify the proteins in it. Explain how peptide mass fingerprinting is done when using MALDI-TOF
#2) 5 multiple choice questions
#3) Question about the IPAC image from the slides.
##Are the peptides (A to F) coming from the same protein?
##What is the distance between the heavy and light peaks?
##How is the protein deduced from the MS/MS chromatogram?
#4) excercise. Calculate the mass (2 peaks, second peak is isotopes with distance of 0,5)
#5)Terms
##E-value
##Mascot
##Resolution of MS
##?
##?

===5/09/2023===
Robben:
# Jarenlang geduurd om genoom van een specifieke boonsoort te sequencen (genoomgrootte = 4x menselijk genoom).
## Speculeer waarom het zo lang geduurd heeft.
## Geef schematisch weer welke strategie jij zou gebruiken om het genoom vandaag sneller te sequencen.
## Leg de principes van jouw gekozen technieken uit.
# Terms
## ribosome profiling
## scale free networks
## endogenous retrovirus

===24/01/2023===
Robben:
# Illumina, pacbio and oxford nanopore all have their own transcriptomics approach.
## Give the working principle
## critically discuss strengths and weaknesses of the platforms
## Which platform would you choose to study the transcriptome of a cancer tissue? argue.
# Terms
## paired end sequencing
## haplotype association analysis
## protein-protein interaction networks are scale free

Schoofs:
# Open vraag: membraanproteïnen van gezonde muizen en muizen met pituitary tumor onderzoeken. Hoe ga je de identificatie en kwanitificatie doen? aanpak volledig uitleggen.
# kleine vraagjes
## 2 meerkeuze
## 2 begrippen (razor peptide en delayed extraction tof)
## vraag met grafiek (intensiteit vs m/z), hoe massa van ongeladen peptide bepalen adh van deze grafiek?
## iets met de score-value voor peptide mass fingerprint verhogen
# oefening op computer
## frataxin mature peptide spot in een gel picken; welke pI en welke MW?
## Zijn er modificaties, waarom (niet)?
## Geef een lijst met 10 pieken die het hele spectrum weergeven.

===18/01/2021===
Robben:
# SMRT and nanopore can be used to finish the human X chromosome.
## Give the working principle and details of SMRT and nanopore.
## Why are these methods better than Illumina?
## Give the strategy to finish the other chromosomes.
# Terms
## Affymetrix chip
## Gene acquisition (by gene evolution)
## Genomic interactions

Landuyt:
# You get a safe denatured protein mixture from the Sars-Cov-2 virus.
## Describe a method how this mixture is made. (2p)
## If you would be pick the spike protein in a gel-based proteomics experiment, at which MW and PI would you look. Do you expect modifications and why (not)? (3p)
## Give a peak list of 10 peaks that cover the whole spectrum if you use trypsin to digest the spike protein. (4p)
## How can you see the difference between the UK and the standard viariant? Give the principle and calculations. (3)
# Hydroxychloroquine (HCQ) was developed for malaria treatment and seems to be working against corona in patients with less severe symptomes. We need to know the blood concentrations of HCQ in treated patients. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 5 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give the mechanism of action of HCQ? (1p)

===28/01/2020===
Robben:
#SMRT sequencing recently had update, something with circularization.
##Discuss the technical aspects etc
##Why is it important?
#Terms
##Polyploidy and genome variation
##NanoString nCounter expression system
##Rosetta Stone Method

Landuyt:
Same as 14/01/2020, 15/01/2020 and 21/01/2020

===21/01/2020===
Robben:
#The genome of cotton was already sequenced in 2012 via Sanger. Which NGS will you use to redo the sequencing?
## Give the working principle and details of the chosen platform.
#Terms
##Gene ontology
##Affimix chip
##Gene interaction mapping

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===15/01/2020 (afternoon)===
Robben:
# Infection of a certain type of phage in a bacterial cell. You would like to execute a transcriptomal analysis at the moment of encounter of the phage and 15 minutes later.
## Defend which platform/technique you would use.
## Explain the working principles and technical details of the chosen platform/technique.
# Terms
## Optical mapping
## Sequence scaffold
## Interaction network

Landuyt (exact same questions as yesterday):
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===14/01/2020 (morning)===
Robben:
# Phenotypic differences between closely related almond and peach might largely be attributed to transposable elements. Your lab received funding for comparative genomic sequencing to elucidate the differences.
## Explain schematically the sequencing strategy you would propose.
## Which commerically available next-gen sequencing platform(s) would you propose to use. '''Argue your choice.'''
## Explain the working principles of the chosen platform(s)
# Terms
## Ribosome profiling
## (Transcriptomics) microarray target labeling
## Protein-protein interaction maps are scale free

Landuyt:
# Placental Growth Factor is an interesting protein.
## Describe briefly what makes this protein so interesting (1p)
## If PlGF would be picked up in a gel-based proteomics experiment, how would the spectrum then look like (provide the exact masses of at least 5 peaks). (4p)
## Describe the workflow of this proteomics strategy starting from a tissue sample (4p)
## What are the shortcoming and advantages of the gel-based approach (3p)
# Curcumin, one of the bioactive metabolites from plants of the ginger family, has many potential medical uses. However, bioavailibility of curcumin is low, and therefore, many research is conducted to find better formulations to reach optimal blood concentrations. In order to support this research, you need to build an assay to asses blood plasma concentrations of curcumin. Therefore, you are offered a mass spectrometer with a mass accuracy of 30 ppm.
## How would you prepare the blood samples for this analysis. (3p)
## What is the mass you are going to look after? (...,... Da +- ...,... Da) (4p)
## BONUS question: can you give one possible strategy to formulate an oral curcumin preparation with better bioavailability. (1p)

===29/01/2019===
Robben:
#je hebt een genoom van een axolotl dat je wil analyseren. Het heeft een genoom meer dan dubbel zo groot als dat van de mens. Welke next generation sequencing techniek ga je gebruiken + verdedig waarom
#woordjes:
##Ribsome profiling
##Array protein targetting
##protein-protein interaction map is scale free

Landuyt:
# you receive a peak list: 148.07574, 175.11900, 219.11285, 322.18741, 334.13979, 423.23509, 447.22386, 480.25655, 504.24532, 593.34062, 605.29300, 708.36756, 752.36141, 779.40467, 908.46252, 926.47309
##Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly)
##What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification)
##How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used?
##Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute)
#Verhaaltje rond onderzoekers die de bioavailability willen onderzoeken van de stof curcumin, deze stof bevindt zich in het bloed. via MS zul je curcumin kunnen analyseren.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##bonus punt: describe a innovative preparation of curcumin for improved oral bioavailability. 1p

===22/01/2019===
Robben:
#verhaal rond een proteïne dat kan instaan voor vele zaken via interacties met een bepaald domein. Hoe kan je deze interacties best bestuderen?
##bespreek welke methode je het best kan gebruiken en vergelijk met andere technieken.
##bespreek kort de manier van werking van de methode die je gekozen hebt.
#begrippen
##paired end sequencing
##nanopore sequencing
##affimetrix chip

Landuyt:
#A proteomics researcher working on a major human disease discovers a significantly expressed protein in a set of biopsies taken from patients, compared with a set of biopsies from healthy individuals. Below you can find the peak list that can be used to identify this protein. peak list :920.48 902.47 791.43 774.37 720.40 661.29 607.31 532.24 476.27 445.21 389.24 314.17 260.20 201.09 147.11 130.05
##Which type of proteomics approach has been used? Explain briefly 3p
##What is the identity of the protein? 4p
##What would the spectrum look like if the other proteomics approach would have been used? Give 5 examples masses that could appear in this spectrum. If you do not feel confident about your protein ID, use human epidermal growth factor (EGF) as an alternative for this assignment. 4p
##Briefly explain the biological role of this protein. What type of disease is being studied? 1p
#Some patients are selected for treatment with imatinib mesylate. In order to check the pharmacology of the drug, you are offered an old single quadrupole MS with a mass accuracy of 100ppm.
##How would you prepare the patient blood plasma samples to extract the drug? 3p
##Which mass will you be looking for? 4p
##Bonus question: Can you explain the mode of action of this drug in relation to the drug target (= the protein from question 1)? 1p

===16/01/2019===

Deel Robben:
# je stuurt een bacterie naar de ruimte en laat deze daar groeien, je laat dezelfde bacterie op aarde groeien. Hoe zou jij het transcriptoom onderzoeken? welke techniek gebruik je + verdedig waarom deze en niet de andere. Leg deze techniek uit.
# woordjes:
##SMRT,
##gene altering,
##genetic interactomics
#
Deel Landuyt
#Je hebt een pieklijst, welke methode van proteomics is hier gebruikt om het proteïnen te onderzoeken. er was een verhaaltje bij dat het ging over een meneer met plotse diarree en je neemt een stoelsample om te onderzoeken. Pieklijst: 997.49 979.49 868.46 851.31 754.34 705.39 640.30 592.31 505.28 493.23 406.20 358.21 293.11 244.17 147.11 130.05
Het is volgens de prof : EYI/LSFNPK
# welk protein is het?
# wat zou een 2e mogelijkheid zijn om dit proteïnen te onderzoeken en wat zou je verkrijgen?
# geef meer info over de werking van het proteïnen

Deel 2: Je wilt het actief component van motilium onderzoeken, wat is je strategie?
# De accuraatheid van je ms machine is 10 ppm, waar ga je de piek zien van het actief component?
# Geef meer info over dit component

===15 januari 2019===
Robben
#Solexa sequencing en SMRT vergelijken.
#Begrippen:
##Polyploidie en genomic evolution,
##Nanostring nCounter technologie
##Rosetta stone method

Landuyt
#Proteomics
#* Piekenlijst : 1425.63 1407.62 1297.57 1279.53 1168.53 1165.48 1078.48 1069.46 981.4 968.41 853.39 818.34 722.35 704.29 608.3 573.25 458.23 445.24 357.18 348.19 261.16 258.11 147.11 129.07
#* Welk proteïne is dit?
#* Wat zou het resultaat zijn als er een andere proteomics techniek wordt gebruikt?
#* Geef meer info over de werking van het proteïne

#Metabolomics
#* Je hebt een metaboliet resveratrol dat in rode wijn voorkomt en efficiënt hieruit geëxtraheerd kan worden.
#* Hoe zou je resveratrol opzuiveren? (HPLC-MS)
#* Wat is de monoisotopische massa bij 2ppm
#* Kan je uit deze opgaven een link tussen proteomics en metabolomics vinden?

===23/08/2018===

* proteomics :A clinician working on a major disease discovers a significantly up-regulated protein in a large number of patient samples. The conclusion is simple: this protein could be a major breakthrough! However, the medical doctor leading the study learned how to use a mass spectrometer, but was not yet trained in the interpretation of the data. Can you help our desperate clinician in identifying the protein based on the peak list below?
148.07574
175.11900
219.11285
322.18741
334.13979
423.23509
447.22386
480.25655
504.24532
593.34062
605.29300
708.36756
752.36141
779.40467
908.46252
926.47309
#Questions:
#* Which type of proteomic analysis has been used? (explain thoroughly) …/2
#* What is the identity of the protein (explain your strategy for interpretation and the certainty regarding your identification) …/3
#* Which disease is studied? …/1
#* How would the spectrum look like if the other proteomics method would have been used? (if you are not sure about your identification (question 2), please use human epidermal growth factor as a substitute (not both! or you pick your identified protein, or the substitute) …/3
#*Search for a recent article concerning the protein of interest and give a brief discussion (again, same principle as for question 4)

Metabolomics
accuraatheid berekenen, je krijgt de M/Z van het toestel. De exacte massa moet je opzoeken
is dit een goede accuraatheid, leg uit?

===23/01/2018 NM===
Robben:
# Ze willen het genoom van een rendier achterhalen. de dichtst verwante soort waarvan ze het genoom kennen is een rund.
#* Hoe ga je te werk? welk next generation sequencing platform kies je (je kan er maar 1 kopen) en waarom?
#* Leg de sample prep en voornaamste principes uit.
#* Woordjes
## Scaffold sequentie
## Genetic interactomics
## PMAGE
Landuyt:
# PROTEOMICS
#* Na 2D gel kiest researcher een spot en behandelt die met trypsine en krijgt bij MS een lijst pieken (die je dus krijgt). De researcher herkent 'familiar' masses en kiest 1 peptide om te fragmenteren omdat het het enige 'non-suspicious' fragment is. (je weet welke massa dat is). Na fragmentatie krijg je een volgende piekenlijst.
## Wat ging er verkeerd in het experiment?
## Welke MS methoden of componenten werden er gebruikt?
## Welk proteine analyseert hij en wat is de functie ervan.
# METABOLOMICS
#* Een researcher in colombia krijgt een ms toestel ter beschikking, analyseert koffiebonen (denk ik) en krijgt een dominante piek op 195,xx m/z.
## Wat is da accuraatheid van het machien op ca 200 Da? Is dit oke voor metabolomics?
## BONUS er was nog een tweede dominante piek xxx m/z, welk molecule is dit?

===23/01/2018 VM===
Robben:
#Je wilt met behulp van next generation sequencing mutaties en rearrangments onderzoeken in kanker.
#* Wat is je sequencing strategy?
#* Welk platform zou je gebruiken? (Je mag er maar 1 geven).
#* Geef uitgebreid de sample prep en de werking van het platform.
#Woordjes:
#* Endogenous Retrovirus
#* Affrimex Genechip
#*nCounter technology

Landuyt:
#PROTEOMICS
#* A lab technician in a proteomics core facility receives samples for identification, one from a lab working with human cancer tissues and one from a lab working on neuro degenerating deseases. One of the proteins was cut from a 2D gel and the other protein was found to be up-regulated in a gel-free proteomics experiment. Both analysis yielded nice mass spectra, the respective peak lists can be found below. However, due to some solvent spilling, the ink on the tubes was ruined and the origin of the samples got lost. The lab technician is very concerned with this issue because he is afraid to lose his job.
#** Peak list 1: 1743,83; 1716,82; 1605,79; 1560,72; 1474,75; 1473,69; 1417,73; 1360,61; 1303,69; 1259,56; 1174,64; 1172,53; 1073,46; 1060,6; 972,41; 947,52; 885,38; 850,46; 788,32; 763,43; 675,24; 662,38; 563,32; 561,2; 476,28; 432,16; 375,24; 318,11; 262,15; 261,09; 175,12; 130,05
#** Peak list 2: 4356,00; 4435,97; 3243,61; 3563,47; 2709,32; 2622,32; 2391,03; 2550,96; 2356,24; 2270,15; 2165,90; 2245,87; 2053,89; 2133,86; 1980,09; 2064,11; 2008,12; 2060,06; 1954,96; 2114,89; 1916,98; 1958,99; 1996,94; 1697,83; 1681,90; 1578,82; 1620,83; 1658,79; 1522,77; 1487,65; 1393,63; 1596,71; 1873,43; 1387,60; 1326,64; 1309,72; 1292,60; 1132,56; 1212,53; 1114,53; 1101,55; 1304,63; 1421,42; 1066,59; 1306,49; 1003,54; 1045,55; 1163,48;
## Which peak list was generated from the gel-based and which was generated with gel-free proteomic analysis. Please comment on how you come to you conclusion.
## What is the identity of the two proteins? Give a brief summary of the biological significance of both proteins. (= eerste lijst De novo en BLASTEN & tweede lijst in MASCOT steken --> neem taxonomy homo sapience!)
## By now, you should be able to transferrin the identity of proteins to the correct lab. Which comes from the cancer lab and which from neuro degeneration lab?
#METABOLOMICS
#* The popular cocktail mojito was initially created as a medicine to treat various conditions such as bad digestion. Therefore, it is nowadays consumed to stimulate appetite before a meal or to stimulate digestion after a heavy meal. The core ingredient is mint, which undergoes a successful extraction with rum an lime juice.
## If you would like to purify the metabolites from mint in a lab setting, how would you do this knowing the above.
## In case the extraction is successful and you have a mass spectrometer with a mass accuracy of 2 ppm, then what would be the mono-isotopic mass would you record for the most dominant metabolite from the mint?
## BONUS: If mint would be an illegal substance and you were asked to make a test to detect it in blood of suspected users, which metabolite would you go afer? (multi answers possible).

===16/01/2018 (NM)===
Robben
#Sequencing platform (welk en waarom) + uitleggen hoe. voor een transcriptomics studie van de gifklier van een schorpioen, hoe ge u staalvoorbereiding zou doen.
#woordjes: Massive parallel signature sequencing, proteome array en genetic interactomics.

Landuyt,
# Proteomics. Onderzoek(st)er vind interresant proteine bij een zieke persoon gegeven onderstaand massa spectrum (piekenlijst van een peptide).
#* Welke proteomics aanpak is er gebruikt en leg deze kort uit
#* Van welk proteine is dit peptiede
#* Als je de andere proteomics aanpak gebruikt wat voor pieken bekom je dan bij je massaspectrum, geef 5 voorbeelden van massa's die hierbij voorkomen
#*wat is de biologische relevantie van dit proteine aka in welke ziekte speelt dit proteine een rol

# Metabolomics gegeven een drug-metaboliet met een piekhalfwaardebreedte 0.0001en een monoisotopische massa 480.2531
#* Wat is de resolutie van dit spectrum en is dit nodig?
#* Waarom zien we typisch 2 pieken of meer van hetzelfde ion op een massa spectrum
#* Over welke drug gaat het hier in dit geval
#* Bonus vraag: Wat is de exacte mode of action van deze drug met betrekking tot het proteïne uit vraag 1

===16/01/2018 (VM)===

Robben
# RNA-seq uitleggen + 1 sequencing platform + voor en nadelen van RNAseq en andere analyse platvormen (kader met PCR, microarrays, SAGE en RNAseq
# woordjes: polyploidie en genoom evolutie, gene ontology, Rosetta stone method
Landuyt
# MS pieken gegeven: welk proteïne, welk proteomics methode, wat als ze de andere methode gebruikte (geef 5 massa's), mode of action van dat proteine
# massa en half height gegeven: wat is de resolutie en is het een goede resolutie, over welk metaboliet zijn we bezig, soms zijn er meerdere pieken voor hetzelfde metaboliet en waarom
#Bonus vraag: wat is de link tussen het proteïne en het metaboliet volgens recente studies

===10/06/2014===
====prof. Robben (gesloten boek)====
#Wat doet RNA-seq?
#Geef 1 van de ontwikkelde technieken vrij te kiezen (454/solid/...) (commercieel platform)
#Vergelijk RNA-seq met andere technieken (voordelen/nadelen) (concurrerende methoden)
====prof. Landuyt (open boek/open pc)====
#Krijgt waarden van MS moet eiwit geven
#Waarom kan je een vertekend beeld krijgen en geef de statistische realiteit
#Welke ziekte zou er hier onderzocht zijn?
#Als er een fout is opgetreden bij de MS kan je een andere methode gebruiken?
#Moest ge zelf onderzoek willen doen op dit eiwit met welke dingen zou je dan rekening willen houden en hoe los je dit op?

====Johan Robben====
#In het kader van een onderzoeksproject krijg je de opdracht om bij een industriële giststam de transcriptoom verschillen bij het brouwen van Westmalle en Duvel in kaart te brengen. Stel een methode voor en bespreek een concreet analyseplatform voor waarvoor je zou kiezen. Beargumenteer je keuze.
#Bespreek bondig de belangrijkste 'second generation' sequencing methoden. Vergelijk en evalueer kritisch.
#Bespreek drie experimentele methoden om interacties te ontdekken. Geef voor- en nadelen.
#Sequencing. Bespreek de Solexa-methode (Illumina) vanaf de bereiding van het DNA tot het sequeneren zelf. Welke toepassingen heeft Solexa? Wanneer is de Sanger-methode te verkiezen?
#Interactomics. Bespreek kort drie methoden om te onderzoeken. Geef sterktes/zwaktes van elke techniek. Hoe ga je met gegevens uit deze technieken (in essentie) interactienetwerken opbouwen.
#Bespreek de Affymetrix GeneChip en de Illumina random BeadArrays. En maak een kwalitatieve vergelijking.
#Bespreek Illumina Sequencing van DNA-preparatie tot uitlezing. Vergelijk kwalitatief met Sanger sequencing.
#Bespreek 454 sequencing (van DNA library construction tot sequentie analyse). Vergelijk kwantitatief 454 met Sanger.
#De hoge druk sequencers van de nieuwe generatie vormen een bedreiging voor de traditionele micro-arrays. Leg uit.
#Bespreek oligonucleotide arrays en random beads in transcriptoomanalyse en vergelijk. Bespreek targetlabelling en uitlezing.
#Leg volgende begrippen kort uit:
#*whole shotgun sequencing
#*paired end ditags
#*gene ontology
#*scale free network

====Bart Landuyt====
#Hoe zijn massaspectrometers over het algemeen opgebouwd? Geef enkele vb van veel gebruikte opstellingen.
#Waarin verschilt peptidomics fundamenteel van proteomics?
#Bespreek de uitdagingen van het metaboloom en de gevolgen ervan op de analyse

====Baggerman====
#Hoe bepaal je de sequentie van een peptide met MS?
#Bespreek ESI-Q-TOF massa spectrometrie
#Vergelijk MALDI en ESI. Geef voor- en nadelen.
#Bespreek resolutie in MS, geef relevantie bij analyse.
#Leg het principe van een time-of-flight analysator uit

====Filip Roland====
#chemische uitdagingen van het metaboloom + relevantie voor staalname en staalbereiding
#Bespreek de belangrijkste verschillen tussen metaboloom - gen/transcr/proteoom. Hoe uit zich dat in de analyse.
#Bespreek de klassieke workflow van een metabolomics-analyse. Welke keuzes moeten gemaakt worden en wat zijn de mogelijke technieken die gebruikt kunnen worden

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2024-01-15T23:37:35Z

R0854072: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.
https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/2023/syllabi/e/G0F77AE.htm#activetab=doelstellingen_idm2945072

Old course: Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.
Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===15 Januari 2024 VM===
Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components did you choose and why? What bacteria did you use? How do you measure your results?
#Give 3 killswitches

Van Dijck:
#Explain the mechanism of when a glucose deprived cell gets glucose and what are the effects
#How did we upregulate the terpentine synthesis? What are the things we have to consider when designing a yeast to produce small molecules?

Govers:
#ParABS system
#When studying the forming of bacterial communities, is it the best option to start studying the interspecies interaction between 2 individuals? What are the other factors for forming bacterial communities?

===24 Janurari 2020 VM (from here the questions are from the old course)===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast

2024-01-15T23:35:28Z

R0854072: R0854072 heeft pagina Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast hernoemd naar Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

#DOORVERWIJZING [[Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms]]

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2024-01-15T23:35:28Z

R0854072: R0854072 heeft pagina Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast hernoemd naar Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.

Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.

Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===15 Januari 2024 VM===
Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components did you choose and why? What bacteria did you use? How do you measure your results?
#Give 3 killswitches

Van Dijck:
#Explain the mechanism of when a glucose deprived cell gets glucose and what are the effects
#How did we upregulate the terpentine synthesis? What are the things we have to consider when designing a yeast to produce small molecules?

Govers:
#ParABS system
#When studying the forming of bacterial communities, is it the best option to start studying the interspecies interaction between 2 individuals? What are the other factors for forming bacterial communities?

===24 Janurari 2020 VM (from here the questions are from the old course)===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2024-01-15T23:31:53Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.

Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.

Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===15 Januari 2024 VM===
Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components did you choose and why? What bacteria did you use? How do you measure your results?
#Give 3 killswitches

Van Dijck:
#Explain the mechanism of when a glucose deprived cell gets glucose and what are the effects
#How did we upregulate the terpentine synthesis? What are the things we have to consider when designing a yeast to produce small molecules?

Govers:
#ParABS system
#When studying the forming of bacterial communities, is it the best option to start studying the interspecies interaction between 2 individuals? What are the other factors for forming bacterial communities?

===24 Janurari 2020 VM (from here the questions are from the old course)===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2024-01-15T23:28:25Z

R0854072: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.

Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.

Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===24 Janurari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2024-01-15T23:28:09Z

R0854072: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This cours is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.

Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.

Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===24 Janurari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Laboratory Animal Sciences

2023-12-23T01:54:12Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==

Keuzevak, gedoceerd door Prof. Erna Dewil, dat vaak gevolgd wordt door master biochemie en mensen die met een doctoraat bezig zijn (alsook biologie, farmacie, BMW, bio-ingenieurs studenten).
Door voor dit vak te slagen, krijg je een certificaat (=FELASA B) waardoor je experimenten mag uitvoeren op proefdieren. Schriftelijk voorbereiden, examen zelf was mondeling (dit was vroeger zo, dat zie je aan de oudere examenvragen). Nu is het examen volledig schriftelijk. De vragen staan in Nederlands en Engels geschreven. Er wordt verwacht dat de antwoorden in het Engels geformuleerd worden.

Het examen vindt plaats in een grote aula en sinds het schriftelijk wordt afgenomen, zijn er per examenmoment twee verschillende examenversies. Elke even rij krijgt dezelfde vragen en elke oneven rij krijgt dezelfde vragenreeks.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/E05E6AE.htm

== Examenvragen ==

===15 december 2023===
# Define:
#* zoocentrism
#* Humane endpoints
#* ?
#* Refinement (3R's)
#Describe natural feed.
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
# F1-hybrid
#?

===10 november 2023===
# Define:
#* Anthropocentrism
#* Enteral administration of compounds
#* Bruce-effect
#* Three R's
# Explain gas anesthesia in detail.
# How is health screening done in animals and why is it important?
# What is good post-operative care?
# Explain congenic strain in detail.

===11 januari 2023===
# Define:
#* Zoocentrism
#* Whitten effect
#* Ethogram
#* Coprophagy
# Explain local anesthesia in detail.
# How is health monitoring done in animals and why is it important?
# Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
# Describe natural feed.

===16 November 2022===
# Define:
#* Zoocentrism
#* Refinement (3R's)
#* Ethogram
#* Coprophagy
# Inbred strain
# How is health monitoring done in animals and why is it important.
# What analgesia can you use and what are the side effects.
# Why are ventilation and odor important in the animal facility.

===7 November 2022===
# Define:
#* Whitten effect
#* Animal welfare body (AWB)
#* Ambivalent behaviour
#* Orbita-puncture
# Congenic strain
# How to decrease blood loss in surgery and provide good post operative care.
# What are the 2 types of analgesia and explain the side effects
# What are the enviromental factors affecting welfare and explain 2 in detail.

===10 january 2022 ===
#Define:
#*Diastema
#*Oribital puncture
#*GS3
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# What is environmental enrichment and why is it important?
# F1 hybrid

===10 december 2021 ===
#Define:
#*Diastema
#*AWB
#*Xenopus laevis
#*Gavage
# Explain local anesthesia in detail
# Describe natural feed.
# Explain in detail congenic strain? How can it made?
# What is environmental enrichment and why is it important?

===08 december 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Co-isogenic strain
#*Danio rerio
#*Orbital puncture
# Explain gasanasthesia in detail
# Sources of infection in animal facility and how prevented?
# What are the effects of stress on the behavior of lab animal?
# How to avoid allergies?
===19 november 2021 ===
#Define:
#*Harderian gland
#*IVC
#*Humane endpoints
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# Which formalities have to be in order to perform animal experiments?
# How is health screening done and why is it important?

===25 oktober 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Isolator
#*Oribital puncture
#*Animal Welfare Body
# Gasanasthesia
# Environmental factors influencing welfare, explain 2 in detail.
# What is post operative care and why is it important
# Congene stam

===22 januari 2021 ===
#Define:
#*Whitten effect
#*Zoocentrism
#*Co-isogenic strain
#*Zoonosis + give an example
# Describe natural feed.
# Explain local anaesthesia.
# What are the possible sources of infection in the animal facility? How can these be prevented?.
# What are the the 3 R's? Give 1 example of each one.

===30 Januari 2020 NM versie B===
#Define:
#*Lee-Boot effect
#*Severity assessment
#*Isolator
#*Zoonosis
#What are the effects of stress on the behaviour of a laboratory animal?
#Explain in detail: Consomic strain
#What are the possible sources of infection? How can we avoid them?
#Explain the 2 types of Analgesia. What are their possible side effects?

===30 Januari 2020 NM versie A===
#define:
#*bruce effect
#*gavage
#*reverse? orbital punction
#*Harderian gland
#Explain local anaesthesia
#Give 3 factors that can influence the severity score
#What is environmental enrichment and why is it important?
#Explain everything about natural feed

===24 januari 2020 (NM, versie B)===
#Define:
#*Whitten effect
#*Animal welfare body
#*Humane endpoints
#*IVC
#Gasanaesthesia
#How is healthmonitoring done and why is this important?
#List all environmental factors that influence an animal's wellbeing and explain 2 in detail.
#Which formalities need to be in order before cunducting animal experiments?

=== 24 januari 2020 (NM, versie "") ===
#What are the factors which determine the needed nutrients in animal food?
#How can you check if an animal is under enough anaesthesia for a chirurgic procedure?
#Given: code for a kind of stem. Explain this type.
#Why are ventilation and odor important for the housing of lab animals?
#What can decrease blood loss during a chirurgic procedure? How can you provide good post-operative care for a lab animal?

=== 25 januari 2019 (NM) ===
Schriftelijk
Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: F1-hybride
#Leg uit in detail lokale anesthesie
#Leg uit in detail: Natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg ze elk kort uit

=== 25 januari 2019 ===
Begrippen:
#*isolator
#*3 R’s
#*zoonose
#*lee-boot effect

Grote vragen
#Consomic strain
#Geef alle mogelijke analgesia en bespreek hun neveneffecten
#Welke infectie oorzaken zijn er? Hoe kan je deze vermijden?
#Effect van stress op behaviour

=== 31 januari 2018 versie A ===
Schriftelijk
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===31 januari 2018 versie B===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): F1 hybride
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===16 januari 2018===
Schriftelijk
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*Gavage
#Leg uit in detail: congene stam
#Uitleggen lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, leg kort uit.

=== 1 februari 2017 (versie A)===
#Welke factoren bepalen de nutriënten behoeften van proefdieren?
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
#Leg uit: premedicatie en sedatie en geef een voorbeeld
#Hoe kan bloedverlies bij chirurgische ingrepen vermeden worden? Wat zijn de belangrijkste postoperatieve zorgen?

===1 februari 2017 (versie B)===
#Leg uit:
#*Whitten effect
#*3 R's
#*isolator
#*Zoonose
#Welke effecten kan stress hebben op gedrag?
#Leg uit (in detail): Congene stam
#Hoe kan een ziekte ontstaan in een animal facility en hoe kun je dit voorkomen?
#Wat zijn mogelijke vormen van analgie, en wat zijn de bijwerkingen?

===17 januari 2017===
#Leg uit:
#*Harderian gland
#*Orbitapuncture
#*Bruce effect
#*?
#Leg uit F1 hybriden in muizen
#Uitleggen Lokale anesthesie
#Uitleggen natuurlijk voeder
#Wat zijn mogelijke vormen van kooiverrijking, hoe toepassen?

===13 januari 2016===
#Leg uit:
#*whittin effect
#*co isogene stam
#*isolator
#*zoonose en voorbeeld
#bespreek gasanesthesie
#welke infexties kunnen optreden en hoe voorkomen?
#effect van stress op gedrag
#de 3R's en telkens 1 voorbeeld

===12 januari 2016===
#Geef definitie proefdier en dierproef
#Hoe controleer je de gezondheidstoestand van een dier? Waarom is dit belangrijk?
#Leg uit: congene stam => Bijvraag: hoe geef je de naam hiervan weer (schrijfwijze)
#Waarom zijn correcte temperatuur en vochtigheid belangrijk voor proefdieren?
#Wat is kooiverrijking en waarom doet men dit?
#Extra bijvraag: Geef de 3 R's.

=== 22 jan 2015 (nm)===
# Leg uit
#* Bruce effect
#* Gavage
#* IVC
# Wat zijn de eigenschappen van hypnotische stoffen? (bijvraag: waarom zou je urethaan gebruiken in plaats van thiopental/pentobarbital?)
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
# Hoe doet men een gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?

=== 14 jan 2015 (nm)===
# Definitie proefdier, definitie dierproef
# Wat is het belang van gezondheidsscreenings? Wat is het belang van quarantaine? Hoe wordt dit in de praktijk uitgevoerd? Wat zijn de opties/mogelijkheden bij een besmetting?
# Bespreek outbred stam.
# Wat is het belang van geur en ventilatie bij het huishouden van proefdieren? Wat kunnen de gevolgen zijn als er iets misgaat?
# Bespreek alpha-adrenergic agonists.

=== 13 jan 2014 (vm) ===
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
# Welke invloed heeft licht en geluid op het welzijn van de proefdieren?
# Wat is het belang en risico van bloedverlies bij chirurgische ingrepen en hoe kan dit vermeden worden?
# Welke factoren bepalen de nutriÃ«ntenbehoeften behoefte van proefdieren?
# Bespreek: hypnotische stoffen
# Bijvraag 1: Stel je proefdier wilt een bepaalde stof niet innemen omdat het een slechte smaak heeft, wat kan je hieraan doen?
# Bijvraag 2: Wat is zoocentrisme?

=== 17 jan 2013 (nm) ===
==== reeks 1====

# Bespreek inteeltstam
# Hoe infecties in de dierenfaciliteit vermijden?
# Hoe preventief allergieen vermijden?
# Wat is enrichment?
# Geef voorbeelden en stress bij een dier.

Nog meer vragen te vinden in dit bestand: [[Media:Extra_vragen_proefdierkunde.pdf]]

==== reeks 2 ====

# Leg uit:
#*IVC
#*chimeer
#*zoocentrisme
#*...
#Bespreek de eigenschappen van hypnotische stoffen
#Welke formaliteiten moeten in orde zijn alvorens dierproeven te mogen aanvatten?
#Welke omgevingsfactoren spelen een rol voor het welzijn van proefdieren? Bespreek er 2 in detail.
#Hoe doet men gezondheidsscreening? Waarom is dit belangrijk?
#Bijvraag: Bespreek housing van zebravis.

==== reeks 3 ====

#Leg uit:
#*Bruce effect
#*Isolator
#*Isogene stam
#*Antropocentrisme
#Stress kan bij proefdieren zorgen voor een verandering in gedrag. Leg uit.
#Leg uit: Lokale anaesthesie
#Leg uit: A2-Faciliteit
#Welke maatregelen moeten er getroffen worden om allergieën tegen te gaan.

=== 17 jan 2012 (vm) ===

# Geef de definitie van een "proefdier" en een "dierproef"
# Wat is het belang van gezondheidsscreeningen en quarantaine?
# Bespreek: congene stam
# Wat zijn de invloeden van temperatuur en vochtigheid op een proefdier?
# Wat is kooiverrijking en welke vormen zijn er?

=== 18 jan 2011 ===

# leg uit:
#* Co-isogenic strain
#* Whitten effect
#* Isolator
#* zoÃ¶nose
# Welke producten kunnen allemaal gebruikt worden voor volledige Anaesthesie. Bespreek kort. (Bijvraag: Hoe kan je weten hoe diep het dier in de verdoving is gebracht?)
# Wat is de invloed van stress op laboratorium dieren? (Bijvraag: Hoe kan je abnormaal gedrag onderscheiden van normaal gedrag?)
# Hoe kan een infectie in een proefdierverblijf binnen gebracht worden? Wat kan je doen om dit te voorkomen?
# Geef de 3 R's en geef per R twee voorbeelden.

=== 19 jan 2010 ===

# leg uit:
#* de 3R's
#* Whitten effect
#* gaveren
#* zoÃ¶nose
# bespreek lokale anaesthesie
# bespreek F1 hybride
# Waarom zijn temperatuur en relatieve vochtigheid belangrijk in huisvesting?
# de mogelijke contaminanten van natuurlijke voeders.

=== 12 jan 2010 ===

# Factoren die nutriÃ«ntenbehoeften bepalen?
# Verschillende producten voor anesthesie en hun werking?
# Invloed van licht en geluid op proefdieren?
# Welke formaliteiten moeten in orde zijn voor een experiment van start kan gaan?
# Belang van bloedverlies tegengaan bij chirurgische ingrepen en methodes?
# Bijvraag: 3 R's

Analytische Biochemie

2022-09-08T00:14:23Z

R0854072: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak wordt gedoceerd door Peter Dedecker. 75% van de punten staat op theorie en de overige 25% op oefeningen. Je moet slagen op het theoriegedeelte om op het vak te slagen. Vaak komen dezelfde examenvragen terug.

==Examenvragen==

===8 september 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
#Phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiding door liquid chromatography waarbij de stalen meerdere runs doen door de kolom. (Is een experiment dat letterlijk in de cursustekst staat)
##Wat is het experiment? Teken het en op welke manier wordt er opgezuiverd?
##Leg resolutie uit en de termen w en delta t en N, teken een chromatogram waar w en delta t op duidelijk gemaakt worden.
##Van Deemster vergelijking uitleggen.
##Hoe kan je volgens een ander experiment phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiden? Leg volledig uit.

====Oefeningen====
#2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
#Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Leg uit wat 'iso-elektrisch punt' betekent.

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2022-09-08T00:11:36Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===8 september 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
#Phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiding door liquid chromatography waarbij de stalen meerdere runs doen door de kolom. (Is een experiment dat letterlijk in de cursustekst staat)
##Wat is het experiment? Teken het en op welke manier wordt er opgezuiverd?
##Leg resolutie uit en de termen w en delta t en N, teken een chromatogram waar w en delta t op duidelijk gemaakt worden.
##Van Deemster vergelijking uitleggen.
##Hoe kan je volgens een ander experiment phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiden? Leg volledig uit.

====Oefeningen====
#2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
#Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Leg uit wat 'iso-elektrisch punt' betekent.

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Analytische Biochemie

2022-09-08T00:09:22Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==

===8 september 2022===
#THEORIE: phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiding door liquid chromatography waarbij de stalen meerdere runs doen door de kolom. (Is een experiment dat letterlijk in de cursustekst staat)
##Wat is het experiment? Teken het en op welke manier wordt er opgezuiverd?
##Leg resolutie uit en de termen w en delta t en N, teken een chromatogram waar w en delta t op duidelijk gemaakt worden.
##Van Deemster vergelijking uitleggen.
##Hoe kan je volgens een ander experiment phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiden? Leg volledig uit.

#Oefening:
##2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
##Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Leg uit wat 'iso-elektrisch punt' betekent.

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Moleculaire Biologie

2022-09-03T23:35:05Z

R0854072: /* 3 september 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2020)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20) ← Prof F. Volckaert zijn vraag
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

==Examenvragen==
===3 september 2022===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* tekening van AUG (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#* Nog iets

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Moleculaire Biologie

2022-09-03T23:32:15Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vak gedoceerd door:
* Prof. M. De Ley (-∞ tot augustus 2009)
* Prof. J. Robben (september 2009 - augustus 2020)
* Prof F. Volckaert (tegelijk met Robben)

Examen samenstelling (Sinds 2013)
#Open vraag 1 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 2 (~1 blz; 5/20)
#Open vraag 3 (~1 blz; 5/20) ← Prof F. Volckaert zijn vraag
#4 ≠ termen (~1 blz; 5/20) Concept//Figuur//Moleculair mechanisme//Naam eiwit//Methode

==Examenvragen==
===3 september 2022===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon en hoe kan je dit in vitro bestuderen.
#Hoe matuur mRNA maken
#Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
#4 begrippen
#* tekening van AUG (ging over de conservatie misschien?)
#* peptidyltransferase
#* Telomerase
#*

===31 januari 2022===
#Bespreek adhv een schema hoe faag lambda terecht komt in de lysogene fase. Hoe kan deze overgaan tot de lytische fase?
#Welke moleculaire mechanismen moeten plaatsvinden voordat de translatie kan beginnen? (Beginnend van matuur mRNA) Welke algemene moleculaire mechanismen kunnen deze reguleren?
#Bespreek de werking van RuvC in Holliday-juncties
#4 begrippen
#* Histoon modificaties
#* Splicing signalen
#* Yeast 2 hybrid
#* Nucleotide excisie herstelling (DNA)

===25 januari 2022===
#Leg schematisch het regulatiemechanisme van het ara operon uit. Wat is de invloed van glucose en arabinose?
#Gegeven een tabel van genetische code. We weten dat de genetische code universeel is maar toch zien we sporen van evolutie. Leg uit aan de hand van de gegeven tabel.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen
#* Heat shock respons (prokaryoten)
#* PolyA-adenylatiesignaal
#* Sanger (dideoxyketenterminatie)
#* Base excisie herstelling (DNA)

===24 augustus 2021===
# attenuatie uitleggen aan de hand van de regulatie van het trp operon
# CTD van eukaryoot polymerase II : functie en structuur uitleggen
# Wat hebben dsDNA-breuk repair in E.coli en homologe recombinatie in yeast gemeenschappelijk?
# EF-G, Shine-Dalgarno box, RT-PCR, afbeelding dsDNA lariaat structuur (was een tekening met DNA of RNA met t- en D- loop en tail)?

===15 januari 2021===
#Alternatieve splicing uitleggen en een concreet voorbeeld geven.
#Translatie elongatie uitleggen en welke antibiotica invloed hierop hebben en waar.
#Bespreek de verschillende herstelmechanismen van DNA schade in E. coli.
#4 begrippen
#* RecA
#* foto van grote groef en kleine groef met donor en acceptor plaatsen
#* DNA footprinting
#*Group 2 introns

===7 januari 2021===
#Iets over structurele kenmerken van transcriptie activators en de bindingsplekken in het DNA.
# 2 deelvragen over eukaryote translatie initiatie
#* Translatie initiatie uitleggen vanaf matuur mRNA in het cytosol (eukaryoot)
#* Regulatie van translatie initiatie, hoe kan het gereguleerd worden als er vb celstress is.
#Wat is homologe recombinatie, geef de moleculaire werking, welke eiwitten komen hier bij kijken.
#Begrippen
#* Sanger sequencing
#* telomerase
#* tekening van riboswitch met FMN als ligand
#* splicingsignalen

===19 augustus 2020===
'''(corona = 2 vragen ipv 3)'''
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men deze lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#4 begrippen
#* RACE
#* mRNA-cap
#* Kozak sequentie
#* Telomerase

===30 januari 2020===
#Leg het ara operon uit
#Hoe kan je op experimentele wijze het begin van de transcriptie vinden en de 5' mRNA?
#In het hoofdstuk transposase werd immunoglobulinegenen besproken, waarom werd dat hier besproken en hoe zien deze eruit?
#4 begrippen
#*Sanger sequencing
#*Foto van splicing met snRNP's
#*Gamma complex
#* Shine-Delgarno box

===17 januari 2020===
#a) Uitleggen start translatie initiatie bij eukaryoten. b) Hoe kan je de initiatie globaal reguleren?
# Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
# Wat is RecA? Waar vinden we het terug en hoe heeft men dat kunnen aantonen? Leg uit aan de hand van een tekening.
# 4 begrippen: riboswitch (afbeelding gegeven), attenuatie, Yeast to hybrid en wobble pairing

===13 januari 2020 NM===
#Wat zijn histonen en hoe reguleren ze de genexpressie?
#Leg de verschillende stappen van translatie elongatie bij prokaryoten uit en de factoren die hierbij nodig zijn.
#Leg het mechanisme van herstel van beschadigd DNA bij E.Coli uit.
#4 begrippen:
#*Sanger sequencing
#*Riboswitch
#*tekening R-loop
#*RecA

===13 januari 2020 VM===
#Geef de structuur, biosynthese van cap structuur van mRNA en vergelijk met prokaryoot.Wat zijn de effecten hiervan?
#Leg uit hoe het ara-peron wordt gereguleerd.
#Wat hebben retrovirussen en transposons gemeen, verklaar op moleculair vlak.
#4 begrippen:
#*DNA footprinting
#*stopcodonsurpressie
#*Tekening pausing & backtracking
#*OriC

===3 september 2019===
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Vergelijk aan de hand van een schema de translatie initiatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#4 begrippen:
#*zink vingers
#*stopcodonsurpressie
#*polysoom
#*rollende cirkel replicatie

===30 augustus 2019===
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Translatie elongatie bij eukaryoten
#Trombonemodel
#4 begrippen: Sanger sequencing, Riboswitch, figuur R-loop, RecA

===23 augustus 2019===
#Structuur histonen en hun effect op de genexpressie
#DNA schade en repair bij E.coli
#Gelijkenis tussen retrovirussen en transposons, verder toelichten op moleculair vlak
#4 begrippen: T(elomeer) loop, antiterminatie, yeast two hybrid methode en nog eentje maar die ben ik vergeten sorry xx

===21 januari 2019 NM===
#Structuur van C-terminaal domein en geef de functies ervan.
#Hoe kan je de start van transcriptie vanaf de promotor vinden (techniek)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?
#Begrippen: Rho onafhankelijke terminatie, Heat shock genes, U6, Wobble paring

===18 januari 2019 NM===
#Gegeven een tabel van genetische code. Leg uit waarom de genetische code zowel een bevroren geval als een resultaat van evolutie is.
#Geef de verschillende structuren van DNA-bindende domeinen van transcriptie activators.
#Door welke mechanismen kunnen bij DNA-replicatie beide strengen simultaan gerepliceerd worden?
#Begrippen: Antiterminatie, Yeast 2 hybrid, tekening van polyadenylatie, herschikking van immunoglobulinegenen.

===14 januari 2019 VM===
#Geef de structuur en functie van prokaryote sigma-factor(en).
#Wat is alternatieve splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Welk probleem treedt er op bij replicatie van lineair DNA? Hoe lost de cel dit op?
#Begrippen: S1-mapping, tekening van G-C binding, eIF2a, holiday-junctie

===24 augustus 2018===
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen bij prokaryote en eukaryote promotors die betrekking hebben op eiwit genen. (dus alleen Class 2 voor eukaryoten)
#Bespreek RNA-splicing. intron-herkenning, mechanisme, factoren, enzymen,...
#Wat is homologe recombinatie? Wat is het werkingsmechanisme? Welke eiwitten zijn erbij betrokken?
#begrippen: Riboswitch, tekining Kozak sequentie, telomerase en cDNA-cloning (dit is vanaf mRNA naar DNA gaan om het in een vector in te bouwen, staat voor complementair DNA)

===29 januari 2018 VM===
#Welke rol spelen prokaryote sigma-factor(en) bij de transcriptie? Bespreek hun structuur en functie. (mondeling)
#Hoe kan men experimenteel de transcriptie-start van een gen bepalen voor een bepaalde promoter?
#Replicatie van lineair DNA (niet-circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit probleem op?
#Begrippen: Riboschakelaar (riboswitch), cDNA-kloning, tekening van kozaksequentie, RecBCD reactieweg (mondeling)

===22 januari 2018 VM===
#Wat zijn histonen? Hoe zijn ze betrokken in de genexpressie? Bespreek het moleculaire niveau.
#Structuur en functie van catabolic activatior protein (cap)
#Waaorom past immunoglobine bij het hoofdstuk over transpositie?
#Begrippen: mRNA cap, tekening van backtracking, oriC, sanger-methode

===18 januari 2018 NM===
#Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen?
#Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
#Geef het mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
#Begrippen: Lacoperon met 3operatoren en CAPsite, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

===15 januari 2018 NM===
#Geef de verschillen bij transcriptie initiatie tussen prokaryoten en eukaryoten.
#Geef de verschillende mogelijkheden voor transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Wat is de functie van RuvC bij de Holliday Junction? Maak een schets en beschrijf het mechanisme.
#Begrippen: Sanger Sequencing, Zn-vingers, U2 (SNRNP), stopcoconsupressie.

===15 januari 2018 VM===
#Wat is alternatieve splicing? Hoe werkt het en wat is de functie ervan. Geef een concreet voorbeeld. (Mondeling)
#Leg op moleculair niveau translatie-elongatie cyclus uit bij prokaryoten. (Schriftelijk)
#Welke transposons komen voor bij zoogdieren. Leg bondig uit hoe die eruit zien. Hoe frequent komt dit voor bij mensen?(Schriftelijk)
#Begrippen: DNA-footprinting, figuur zink vinger, polysoom, Holliday junctie (Mondeling)

===6 september 2017 NM===
#Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
#Bespreek de opvouwing van nucleair DNA bij eukaryoten en bespreek de effecten op de genexpressie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: figuur Zn-vinger, polysoom, Shine-Dalgarno box, klem lader (clamp loader)

===28 augustus 2017 VM===
#Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
#Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
#Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
#Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

===30 januari 2017 VM===
#Bespreek alternatieve splicing. Hoe werkt het en geef een concreet voorbeeld.
#Tabel van codons. Leg uit: dit wijzigt nooit maar toch is er sprake van evolutie.
#Het Ds en Ac mechanisme bij maïs uitleggen. Waarom was deze wetenschappelijke ontdekking zo belangrijk?
#Begrippen: DNA footprint, resolvase, Zink finger (op de tekening staan 3 zink fingers), polysoom

===23 januari 2017 VM===
#Bespreek aan de hand van een figuur het trombonemodel van DNA-replicatie. Welke moleculaire structuren en processen van de DNA-replicatie komen in dit model naar voor.
#Bespreek de structuur, functie en regulatie van de prokaryote sigma-factor(en).
#Op welke experimentele manier kun je de transcriptiestart met een gegeven promotor bepalen.
#Begrippen:
#*enhancer
#*cDNA kloning
#*figuur van heatshock gen
#*RecBCD-reactieweg

===20 januari 2017===
#transcriptie terminatie bij pro en eukaryoten uitleggen
#bespreek mRNA Cap-structuur bij eukaryoten (biosynthese, structuur, functie) en vergelijk met prokaryoten
#welke moleculaire processen helpen bij de start van translatie bij eukaryoten. (start van matuur mRNA)
#begrippen
#*enhancer
#*yeast two hybrid method
#*tRNA mimicry
#*herschikking van immunoglobinegenen

=== 19 januari 2017 NM===
#Hoe wordt het ara operon gereguleerd?
#Hoe beinvloeden histonen de genexpressie?
#Wat heeft immunoglobuline met transpositie te maken?
#begrippen
#*Sanger sequencing
#*zinkvinger (afbeelding)
#*polysoom
#*beta-klemlader

=== 16 januari 2017 NM===
#Scanningscomplex van translatie initiatie bij eukaryoten
#Methoden om binding van eiwitten aan DNA te bestuderen
#recA welke functies en werking
#begrippen
#*sanger sequencing
#*tekening zink vingers
#*U2 snRNP
#*stopcodonsuppressie

===16 januari 2017 VM===
#telomeren
#transcriptie bij eukaryoten
#intron/extron splicing
#begrippen
#*cDNA
#*enhancer
#*tekening RNA mimicry
#*recombinatie bij hemoglobine

===16 aug 2016 NM===
#Bespreek de regulatie van het Trp operon. Wat wordt er bedoelt met attenuatie?
#Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar. (tabel met DNA codons gegeven)
#Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
#Woordjes:
#*Sanger methode
#*Tekening Zinkvinger
#*histonacetyltransferase HAT
#*DNA-mismatch repair

===27 januari 2016===
#Bespreek opvouwing bij eukaryoot DNA en de invloed op de genexpressie
#Vergelijk translatie-intitiatie bij prokaryoten en eukaryoten
#Er is een probleem bij de replicatie van lineair DNA. Bespreek en wat kunnen we hieraan doen.
#Woordjes: Figuur 8.18, epitoop tagging, mRNA-cap, suppressor-tRNA

===25 januari 2016===
#trp en attenuatie
#chromatinestructuur
#translatie initiatie eukaryoten + regulatie
#Woordjes:
#*foto footprinting
#*cap mRNA
#*base-excinsieherstel
#*retrotransposons

===18 januari 2016 VM===
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten.
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen tussen pro- en eukaryoot RNA-polymerases.
#Wat is homologe recombinatie, welke moleculaire stappen vinden hierbij plaats en wat zijn de belangrijkste eiwitten die hierin meespelen.
#Woordjes:
#*Sanger-sequencing
#*Foto van antiterminatie â€“ terminatie
#*Nucleosoom
#*DNA-mismatch repair

===15 januari 2016 NM===
#Leg aan de hand van een tekening uit wat het trombone effect is en welke moleculaire structuren en functies worden hier in dit mechanisme samen getrokken.
#Verklaar met een schema hoe de lysogene cyclus ontstaat bij faag lamba infectie van een E.Coli. Hoe behoud men dee lysogene cyclus en hoe kan deze worden verbroken.
#Geef de structuur, functie, biosynthese van de 5' cap en vergelijk dit met het 5' einde van de prokaryoten;
#Kleine vraagjes:
#*Tekening van lac operon met O1 O2, O3 en CAP en RNAP bindingsplaatsen.
#*Leu-zipper
#*Peptidyltransferase
#*Retrotransposons

===14 januari 2016 NM===
#Welke experimentele methoden ken je om de interactie tussen dna en eiwit te bestuderen en hoe werken ze.
#Bespreek transcriptie van eukaryote rna polymerase 2 en de factoren die hierin meespelen.
#BacteriÃ«le transposons, hoe werken ze en wat zijn voor- en nadelen.
#Woordjes:
#*Northern blotting
#*wobble base paring
#*u6
#*en zo die haarspeld van heatshok

===13 januari 2016===
#Terminatie van transcriptie bij prokaryoten
#Functie en structuur van de C-terminaal van eukaryoot RNA pol II
#Terminatie en hervatting bij eukaryoten ribosomen
#Woordjes:
#*S1 mapping
#*RNA-DNA hybride met intron
#*eIF2 alfa
#*Holliday junctie

===26 januari 2015===
#5'cap structuur, biosynthese en functie en vergelijken met 5' van prokaryote mRna
#catabolic activator protein structuur en functie
#wat is het probleem bij replicatie van lineair dna en hoe lost de cel dit op
#tekening van lac operon (met de 3 operonen, structuur repressor uitleggen); enhanceosoom; peptidyl transfer; en v(d)j-recombination

===14 januari 2015===
#verschillen en gelijkenissen tussen rna polymerase van prokaryoten en eukaryoten
#alternatieve splitsing, ook een voorbeeld ervan geven
#genconversie uitleggen aan de hand van een figuur
#woordjes: abortieve transcriptie, tekening van het trombone model, aminoacyl trna synthetase en cdna kloning

===12 januari 2015 (NM)===
#Hoe kun je de binding tussen dna en eiwitten bestuderen
#Splicing
#RecBCD
#begrippen: sanger sequencing, zinkvingers afbeelding, histonmodelering, eif4e

===12 januari 2015 (VM)===
#transcriptie-initiatie
#translate-elongatie
#transposons bacterie
#woordjes: anti-sigmafactor, epitoop tagging, splicingfiguur en genvonversie

===16 jan 2015===
#Bespreek de Trp operon regulatie. Wat is attenuatie?
#Geef de histonen en hun modificaties + het gevolg van deze modificaties op de genexpressie.
#Wat is V(D)J recombinatie en wat is het biologisch nut ervan?
#Kleine vragen:
#*Afbeelding van een Zn-Vinger
#*Wat is een replisoom?
#*Wat is stopcodon supressie.
#*Bespreek de beta klemlader.

===3 september 2014===
# Bespreek de effecten van arabinose en glucose op de expressie van het ara-operon. Verduidelijk de onderliggende mechanismen.
# Bespreek de moleculaire processen die leiden tot het starten van de translatie bij eukaryoten (vertrekkende van matuur mRNA in het cytosol).
#* Op welke wijze(n) kan de cel deze translatie-initiatie regelen?
# Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire stappen in dit proces? Welke zijn de belangrijkste eiwitten?
# Termen:
#* Northern Blotting
#* topoisomerase
#* alternatieve splicing
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===28 Augustus 2014===
# Bespreek de regulatie van het trp operon. Wat wordt er bedoeld met attenuatie?
# Bespreek op moleculair niveau de translatie elongatie cyclus bij prokaryoten.
#* Hoe wordt deze cyclus afgebroken? (terminatie)
# Wat is genconversie? Hoe algemeen komt dit voor?
# Termen:
#* DNA footprinting
#* telomerase
#* Rollende cirkel replicatie
#* RNA splicing afbeelding uitleggen (halverwege de splicing met de lariaat reeds gevormd.)

===27 januari 2014 (voormiddag)===
# hoe eiwitten ontdekken op DNA? meerder manieren (footprinting en nucleosoompositionering en hij vroeg dan nog naar CAP)
# waar zorgen histonen voor bij DNA en aanpassingen?
# translatie initiatie bij eukaryoten en geef de dingen die daarbij kunnen
# woordjes:
#*antiterminatie
#*ticketing hypothese ofzoiets
#*BER
#*van die eiwitten iets met die herschikkingen

===17 jan 2014 (namiddag)===
#bespreek de terminatie mechanismen bij prokaryoten
#bespreek de translatie elongatie cyclus
#bespreek RNA splicing
#woordjes: S1 mapping, enhancer, amino acetyl tRNA syntethase, genconversie

===16 jan 2014 (namiddag)===
# Bespreek de structuur en functie van kataboliet activerend proteÃ¯ne (CAP)
# Bespreek de invloed van histonen en hun modificaties op genexpressie
# Tijdens de replicatie van lineair DNA is er een probleem. Hoe lost de cel dit op?
# Leg uit:
#* nucleaire receptoren
#* polyadenylatiesignalen
#* stopcodonsuppressors
#* bacteriÃ«le transposons

=== 15 jan 2014 (voormiddag) ===
# Geef de structuur en functies van de sigma(factoren) bij RNA polymerase van prokaryoten.
# Leg uit wat de structuur en functies zijn van het C terminale domein van eukaryotisch RNA polymerase II.
# De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur. Gegeven figuur : tabel van alle mogelijke codons voor de verschillende aminozuren
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Epitoop tagging
#* Type II introns
#* Kozak sequentie
#* Holliday-verbinding

===13 jan 2014 (namiddag) ===
# Transcriptie initiatie bij prokaryoten
# Splicing
# Leg uit:
#*A-DNA
#*Southern blotting
#*HAT
#*eIF4E
# Homologe recombinatie (enkel schriftelijk)

===13 jan 2014 (voormiddag)===
# bespreek invloed glucose en arabinose op ara-operon + onderligende moleculaire mechanismen
# mRNA cap: bespreek de biosynthese, functie, vergelijk met 5' prokaryoot
# wat hebben transposons en antilichamen gemeen? licht toe
# leg uit:
#*rho
#*zinkvinger
#*peptidyltransferase
#*splicingsignalen

=== 28 jan 2013(voormiddag) ===

# Geef de verschillen en gelijkenissen tussen de regulaire van lac- en trp-operon.
# Bespreek hoe eukaryote ribosomen transcriptie temineren en hervatten.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* cDNA kloning
#* Figuur van polyadenyleringscomplex
#* Heat shock response
#* Rolling circle replicatie

=== 16 jan 2012(voormiddag) ===

# Structuur en functie van de CTD bij eukaryoot RNA-polymerase II beschrijven.
# Sanger-methode voor sequentie-analyse bespreken.
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte:
#* Zinkvinger
#* Ribozyme
#* Tekening van tRNA-mimicry
#* Telomerase

=== 24 jan 2011 (voormiddag) ===

idem 18 januari 2010

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Leg uit hoe lactose en glucose het lac operon beÃ¯nvloeden
# Gen activiteit bij eukaryoten kan geanalyseerd worden aan de hand van DNase activiteit.
#* Leg uit
#* hoe doet men dit experimenteel
# Verklaar binnen de aangegeven ruimte
#* lariat
#* eIF2 alfa
#* wobble
#* tekening van rolling circle replicatie (tekening van faag lamda)

=== 17 jan 2011 (voormiddag) ===

# Bespreek structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase (holoÃ«nzym)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij prokaryoten en eukaryoten
# Verklaar:
#* Lysogenie
#* Histon H1
#* RT-PCR
#* Fig. 21.34 (onderste deel alleen)

=== 29 jan 2010 (voormiddag) ===

# Bespreek transcriptie-initiatie bij prokaryoten.
# Fig 21.18
# Bespreek kort:
#* C-waardeparadox
#* Kozak-sequentie
#* Epitope tagging
#* EF-Tu

=== 19 jan 2010 ===

# Bespreek het scanning-model bij eukaryote translatie-initiatie.
# Welke methode(s) ken je om de transcriptiestartplaats / het 5' einde te bepalen?
# Bespreek kort:
#* Riboswitch
#* TATA
#* Zinkvinger
#* Figuur met vorming thÃ¨ta-structuur

=== 18 jan 2010 ===
# Geef de overeenkomsten en verschillen tussen pro- en eukaryote promoters.
# Bespreek fig. 14.27
# bespreek kort:
#* Ribosoombindingsplaats
#* Moleculaire mimicrie
#* RACE
#* beta-clamp

=== 11 jan 2010 ===
# Bespreek de structuur en functie van prokaryoot RNA-polymerase(holoënzyme)
# Maak een vergelijking tussen translatie-initiatie bij pro-en eukaryoten.
# bespreek kort:
#* lysogenie
#* H1 histonen
#* RT-PCR
#* Fig 21.34

----

=== 19 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek terminatie bij prokaryote transcriptie.
# RNA-editing
# fig 4.11
Kaartjes:
# Zink-vinger
# Nick-translatie

=== 16 jan 2009 (De Ley)===
# Bespreek de methode van S1 mapping (5' en 3' einde) en primer extension.
# Structuur prokaryotisch RNA polymerase en bespreking sigma als specificiteitsfactor.
# fig. 14.1
Kaartjes:
# Bespreek MCS, valspositieven en directioneel klonen.
# Plaatsgerichte mutagenese.

=== 15 jan 2009 (De Ley)===
# DNA:
#* Bespreek A, B en Z DNA (ook helemaal hoe DNA wordt opgebouwd).
#* Hoe kan het G-C gehalte van DNA bepaald worden.
# Bespreek de eukaryotische polymerases.
# Figuur van pBR322 bespreken.
Kaartjes:
# Zink-vinger
# fig 9.7

=== 25 jan 2008 (De Ley)===
# Plaats gerichte mutagenese.
# Trp operon.
# Stom figuur van dnase hypergevoeligheid bij actief/inactief dna.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek DNA fingerprinting en typing (+toepassingen en detectie)
# Bespreek de lytische reproductiecyclus van faag lambda.
# Foto van RNA editing.
Kaartjes:
# Figuurke van 30nm vezel van chromatine en dan zo verwijderen van histonen om dubbelstreng DNA te krijgen en dan nick van DNA.
# Verschil tussen DNase en DMS footprinting.

=== 21 jan 2008 (De Ley)===
# S1 mapping ( 3' en 5') + primer extension (verschillen, voor-en nadelen)
# Alles over prokaryotisch RNApol (subeenheden, functies, experimenten met sigmafactor + virussentranscriptie, ...)
# figuur: Intron-exon met die lus-structuur (vraagt ook hoe ge da beeld bekomt via EM)
Kaartjes:
# Merodiploid: constitutieve operator.
# ProteÃ¯ne - dna interactie figuur (met die helix-turn-helix).

=== 17 jan 2008 (De Ley)===
# Expressievectoren.
# Acetylatie en deacetylatie (+Histone acetyltransferase cloning of zoiets).
# fig 9.14 (vierde editie)
Kaartjes:
# Epitope tagging
# fig 13.10

=== 14 jan 2008 (De Ley)===
# Bespreek het trp operon.
# Bespreek site-directed mutagenesis.
# vul tekening van DNAse hypersensitivity verder aan. Bespreek de gebruikte technieken.
Kaartjes:
# Zo'n schematje van een merodiploid van het lac operon.
# De C-waarde paradox.

=== 26 jan 2007 (De Ley)===
# Prokaryoot RNApolymerase en sigma.
# Figuur van RNAlooping.
# S1mapping en primer extension.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Transcriptieterminatie bij prokaryoten.
# RNAediting.
# Figuur van pBluescript.

=== 25 jan 2007 (De Ley)===
# Reassociatie kinetica.
# Alles over chromatine en H1.
# Foto: P22 en 434 (lambda operator/repressor interacties).
Kaartjes:
# Bespreek de sigmacyclus.
# DNA transcriptie.

=== 24 jan 2007 (De Ley)===
# Bespreek S1 mapping(zowel 3'als 5'einde) en primer extension.
# Bespreek de structuur van de prokarytische RNApolymerase en ook sigma als specifiteitsfactor.
# Foto van R-looping experiment.
Kaartjes:
# Plaque hybridisatie.
# Dnase(1)-hypergevoeligheid.

=== 16 jan 2007 (De Ley)===
# Geef de verschillende methoden voor expressie van gekloonde genen(inbegrepen fusieproteÃ¯nen en hun zuivering).
# Bespreek de acetylering en deacetylering van histonen (bespreek ook het kloneringsexperiment van histon-acetyl-transferase).
# Figuur 9.17 pag. 258 bespreken.
Kaartjes:
# Vergelijk DNase footprinting met gel mobility shift. Zijn er specifieke voordelen van de ene techniek tov. de andere.
# Figuur 9.18a pag 259 bespreken.

Dynamische Biochemie

2022-08-30T18:53:51Z

R0854072: /* 30 augustus 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
## peptide
##transitietoestand
##serine protease
##coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2022-08-30T18:52:29Z

R0854072: /* 30 augustus 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
## peptide
##transitietoestand
##serine protease

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Dynamische Biochemie

2022-08-30T18:29:50Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en wordt geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha is Engelstalig. Wanneer het vak in de toekomst volledig door haar wordt gedoceerd, zal dit waarschijnlijk zo blijven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraam. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraamverankerde proteines
##transaminatie
===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Wijsbegeerte

2022-08-26T17:47:04Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Jan Heylen. In 2021 heeft de assistent Stijn Conix dit vak overgenomen, omdat Heylen een sabbatical had genomen. Sinds 2022 doceert professor Heylen dit vak weer.

==Examenvragen==
===26 augustus 2022===
Open vragen (2 gegeven, eentje kiezen)
#Wat is het nieuwe Goodman raadsel van inductie?
#Kan men alles wetenschappelijk verklaren?

Meerkeuze zijn 22 vragen (4 uit de lessen)

===29 juni 2022===
open vragen (2 gegeven, eentje kiezen)
#Bespreek probleem van Hume.
#Iets over metafysica, vrij vage vraag.
+ 22 meeukeuzevragen (waarvan 4 uit de lessen)
===20 juni 2022===
Open vragen (2 gegeven, kies er 1 om te beantwoorden):
#Leg het Quine-Duhem probleem uit.
# ?

meerkeuze (22 vragen, met steeds 2 antwoordopties)
#Er is op geen enkele planeet er eenhoorn (verificatie/falsificatie)
#Er is op een planeet een eenhoorn die groter is dan alle andere eenhoorns op andere planeten (verificatie/falsificatie)
#Ceteris paribus wetten zijn? (onfalsifieerbaar)
#neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. Welk soort verklaring is dit?
#*elliptische verklaring
#*partiële verklaring
#*deductief-nomologische verklaring
#*ex ante factum verklaring
#Hypothese: "Ten minste één man op de Vliegende Hollander heeft een baard." (Observatiezinnen: Jan heeft geen baard.; Pieter heeft geen baard.; Corneel heeft geen baard). Hulphypothese: alleen Jan, Pieter en Corneel zijn mannen op de Vliegende Hollander. Wat zou een voorbeeld van een ad-hoc-hypothese kunnen zijn?
#*Geen enkele man op de Vliegende Hollander heeft een baard.
#*Jan, Pieter of Corneel hebben toch een baard.
#*Anne is een vrouw op de Vliegende Hollander.
#*Er is nog een andere man aan boord. (dit is het antwoord)
#Welke uitspraak is geen premisse in het argument van Hume?
#*Als iets mogelijk is, is er geen conclusief bewijs voor het tegenovergestelde.
#*Geen (tentatief) bewijs dat haar conclusie veronderstelt, is een (echt) bewijs voor die conclusie.
#*Tenzij er een conclusief bewijs is voor een bewering of er een empirisch bewijs is voor die bewering, is er geen bewijs voor die bewering.
#*Tenzij er een conclusief bewijs is voor de uniformiteit van de natuur, is er geen reden om geloof te hechten aan de conclusies van inductieve redeneringen. (deze is geen premisse)
#Wat volgens Popper het probleem met de theorie van Marx?
#*De theorie werd gefalsifieerd.
#*De marxisten probeerden met ad-hoc-hypotheses hun theorie van falsificatie af te schermen. (deze is juist)

===10 juni 2021===
open vragen (3 gegeven, kies 2 om te beantwoorden):
#Leg uit wat een epistemische, praktische en niet-epistemische deugd zijn en geef een voorbeeld van zo'n deugd die waardevol kan zijn binnen de wetenschap.
#Lakatos stelt dat het redelijk kan zijn voor een wetenschapper om vast te houden aan een regressief onderzoeksprogramma. Wat is een regressief onderzoeksprogramma en wanneer is het redelijk om hieraan vast te houden. Leg uit waarom.
#Wat heeft de kritiek van Hume op inductie te maken met het gebruik van waarden binnen interne delen van de wetenschap.

meerkeuze (20 vragen, 4 mogelijke antwoorden):
#Wat maakt volgens Popper dat de ideeën van Freud pseudowetenschap zijn in tegenstelling tot bv. de evolutietheorie?
#Alle studenten in deze aula zijn kleiner dan 3 meter (verificatie/falsificatie)
#Lysenko had commentaar op Vaviloc. Was dit
#*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap
#*Een inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar geen inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap
#*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap, maar wel inbreuk op gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap
#*Geen inbreuk op ideaal van waardevrije wetenschap en gesofisticeerde ideaal van waardevrije wetenschap
#Het voordeel van 'clean hands science' is
#*Er blijft meer vertrouwen in de wetenschap
#*
#*
#*
#Welke uitspraak is niet juist?
#*Universalisme zorgt voor ...
#*Diversiteit is
#*
#*
#Hume zou zeggen dat dit ... is
#*Niet verifieerbaar
#*Circulair
#*
#*
#Op Mars zijn er schommelingen in methaanconcentratie, twee mogelijke verklaringen hiervoor. Op een bepaald moment heeft men aanwijzingen van basiselementen op Mars gevonden, die de basis van het leven vormen op onze aarde. Hierdoor is er veel aandacht voor mogelijk leven op Mars. De onderliggende redenering hier is
#*Vruchtbaarheid
#*Reikwijdte
#*Externe consistentie
#*
#Alchemisten hebben de moderne wetenschapper beïnvloed in de zin van
#*Iets met wiskunde
#*Focus op waarneming in plaats van theorie
#*
#*

===11 juni 2020===
open vragen:
#Kies een van de criteria van theoriekeuze (theoretische deugd), leg bondig uit en geef een filosofisch probleem dat hierbij aansluit.
#Geef de problemen aan dat Popper ondervond bij het falsifieerbaarheidscriterium en leg uit hoe Lakatos deze probeert op te lossen

meerkeuze:
#Het atomisme lost de '''degressieve''' paradox van zeno op doordat:
#*Achilles een oneindig afstand moet afleggen om de schildpad in te halen
#*Achilles een eindig afstand aflegt om de schildpad in te halen
#*Achilles een oneindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen
#*Achilles een eindig afstand aflegt om de helft van de afstand te bekomen
#Welke theorie past in de "mechanische wereld"
#*Aristoteles ethertheorie
#*Keplers (denk ik) draaikolktheorie
#*nog iets
#*Newtoniaanse mechanica

===20 augustus 2019===
open vragen:
#Leg het Goodman probleem met inductie uit.
#Leg uit: een hypothese die gefalsifieerd is, is nog steeds betrouwbaar. (zoiets)

===13 juni 2019===
meerkeuze:
#er is geen planeet met een eenhoorn op
#*niet/wel falsifieerbaar en niet/wel verifieerbaar
#Aan welk criterium moest er volgens Popper voldaan worden voor een ad hoc-hypothese?
#*empirische accuraatheid
#*eenvoud
#*vruchtbaarheid
#*reikwijdte
#neem aan dat de gravitatiewet van newton waar is, de wetten van kepler worden verklaard alleen aan de hand van de gravititiewet van newton. welk soort verklaring is dit?
#*elliptische verklaring
#*partiële verklaring
#*deductief-nomologische verklaring
#*ex ante factum verklaring
#er wordt een soort gelijkaarde leeuw ontdekt op een andere planeet die lijkt op de aardse leeuw en die niet van elkaar afstammen. volgens wie horen ze tot dezelfde taxonomische groep
#*niet/wel pheneticisten niet/wel cladisten
#1 god, grootste onder goden en mensen, in lichaam noch geest aan de sterfelijken gelijk, wat is gerelateerd aan deze uitspraak?
#*de-antropomorfisering van goden
#*nog wat opties, maar bovenste is juist
#stel dat je het voorbeeld van de paradox van de pijl zou gebruiken op het voorbeeld van achilles en de schilpad, wat is een van de onderdelen van het argument.
#*achilles beweegt niet op een moment
#*nog opties maar bovenste is het juiste
#wie beweerde dat er 4 elementen bestaan
#*empedocles
#*anaximander
#*anaximenes
#*thales
#wie weerlegde het postulaat van plato
#*copernicus
#*galileo
#*kepler
#*laatste 2
#hoe beschreef proclus de astronomie van ptolemaeus
#*ze deed voorspellingen voor beweging en posities
#*bovenste is juiste
#waarom deed copernicus beroep op epicykels op epicykels
#*om het vereffiningspunt te verwijderen
#*om het postulaat van plato te blijven volgen
#*bovenste 2
#*om de retrograde beweging van planeten te verklaren
#wat was het probleem met de hypothese van de roterende aarde in combinatie met de fysica van aristoteles
#*geen sterrenparallax
#*voorwerpen vallen terug naast de toren
#*nog 2
#wat was de invloed van griekse natuurfilosofie op Lavoisier zijn theorieën
#*zuurstof behoud eigenschappen in water
#*bovenste juiste
#er is minsten 1 planeet die zich het verste van de aarde bevindt
#*niet/wel falsifieerbaar niet/wel verifieerbaar
#bij directe falsificatie van een hoofdhypothese kan je zeggen dat:
#*de hoofdhypothese is onwaar
#*de hulphypothese is onwaar
#*de hoofdhypothese en de observatiezinnen zijn onwaar
#*geen van bovenstaande
#bij het voorbeeld van de kubusfabriek is er inconsistentie als
#*minstens 2 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 2 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#*minstens 3 keer veralgemeend principe van onvoldoende reden toepassen
#een vraag zoals voorbeeld van linda de bankbediende, waar je moest zeggen wat een gewone man op straat zou zeggen
#een vraag waar je moest zeggen welke premissen niet bij degene van hume horen in verband met uniformiteit van de natuur
#er vliegt een theepot met chinese motieven rond de zon, deze stelling kan volgens welke theorie van confirmatie gedisconfirmeerd worde?
#*niet/wel hypothetisch deductieve niet/wel bayesiaanse confirmatie theorie
#bij voorbeeld van harvard medical school test
#* het word niet/wel geconfirmeerd, maar de het is onwaarschijnlijk/waarschijnlijk dat de persoon ziek is
#een accidentele generalistie is
#*feitelijk onwaar
#*tegenfeitelijk onwaar
#*niet eenvoudig
#*nog een
#ceteris paribus wetten zijn
#*onfalsifierbaar
#*bovenste is juist
#theoretische vooruitgang in een onderzoeksprogramma is er als er
#*nieuwe voorspellingen gedaan worden
#*bovenste is juist
#volgens wittgensteins moeten de kenmerken van wetenschap opgevat worden als
#*niet/wel individuele noodzaak, niet/wel gezamenlijk voldoende voorwaarde
#bij een kubusfabriek worden er 10000 kubussen gemaakt met zijde tussen 0 en 1 meter, de helft daarvan heeft een zijde tussen 0 en 1/2 meter, wat is de waarschijnlijkheid dat een kubus een zijde van 3/4 meter heeft? gebruik theorie van het eindig frequentisme
#*1
#*bovenste is juiste
Op elke vraag kon "ik weet het niet" geantwoord worden

Open vragen
#wat is het verband tussen het probleem van inductie en zwakke onderdeterminatie
#welke elementen buiten het falsifierbaarheidscriterium moeten er nog aan toegevoegd worden voordat iets wetenschappelijk is bij poppers visie.

===13 juni 2018===
meerkeuze:
#belgië speelt tegen duitsland, ze kunnen winnen of verliezen, dit laatste kunnen ze doen door gelijk te spelen of te verliezen. Wat is de kans dat ze winnen?
#*1/2
#*1/3
#*1/2 of 1/3
#*1/2 en 1/3
#Wat was volgens Thales de oorzaak van aardbevingen
#*een schip door de woeste zee
#*het heel hard terecht komen van een drietand op de aarde
#*het waaien van de wind door de bomen
#*het open en toe gaan van een stoomklep
#Stel jij bent de natuur, hoe zou Bacon iets over jou te weten willen komen?
#*het 1 keer lief vragen
#*het meerdere keren lief vragen
#*je opsluiten in een kamer en het 1 keer vragen
#*je opsluiten in een kamer en het meerdere keren vragen
#De studenten die de les filosofie hebben gevolgd hebben last van een onvoelbaar, onruikbaar, onzichtbaar kriebelend beestje. Deze uitspraak is:
#*verifieerbaar en falsifieerbaar
#*verifieerbaar maar niet falsifieerbaar
#*niet verifieerbaar wel faslifieerbaar
#*niet verifieerbaar en neit falsifieerbaar
#Er zijn 170 miljoen nederlanders waarvan 60 duizend groter zijn dan 2 meter. Wat is de kans (volgens 1 of ander model) dat een nederlands kind groter dan 2 meter is?
#*1
#*3/850
#*0
#*onbepaald
#Hoe verwoorde Osiander het wereldbeeld van Copernicus voor de kerk?
#*instumenteel gebruikt
#* nog 3 antwoorden maar het bovenste is het juiste ;)
#Tot nu toe is altijd deductief waargenomen dat Natriumcarbonaat oplost. Waarom kunnen niet bewijzen dat natriumcarbonaat in 2100 ook zal oplossen?
#*Er bestaan geen axioma's in de chemie
#*het is mogelijk dat natriumcarbonaat oplost
#*in de toekomst gaat natriumcarbonaat niet oplossen
#*en nog eentje

Op elke vraag kon ook "weet niet" worden geantwoord!

Open vragen:
#modules, 1 van die vragen
#Wat was volgens Popper het probleem met de uitspraak dat wetenschap werkte volgens inductie

===14 juni 2017===
#leg uit hoe de opvattingen van Pythagoras en descartes hebben bijgedragen tot de huidige moderne natuurwetenschappen
#Leg het Quine-Duhem probleem uit aan de hand van een casus (een experiment in Cern gaf aan dat deeltjes sneller bewogen als licht, dit zou niet kunnen volgens Einsteins hypothese, uiteindelijk leek de fout te liggen aan het verkeerd verbonden zijn een kabel). Hierbij moet je ook ad hoc hypothese uitleggen, want dit wijst op het feit dat ze de fout steken op de kabel om de hoofdhyptose af te schermen
#Schijf van Pointcaré waarbij je dit moet reflecteren aan de Bayensiaanse confirmatietheorie; eigenlijk dus gewoon bayensiaanse confirmatietheorie uitleggen
#Hume en het probleeem van symmetrie + oplossing; ook nog iets met regulatriteit en causale afhankelijkheid
#leg uit: ceteris paribus wet + Ruse's 5 kenmerken van wetenschap
#beantwoord één van de volgende vragen:
#* -
#* -
#*Leg het biologisch soortenconcept uit en evalueer het kritisch
#*Wat is het verschil tussen enerzijds elementen als ‘eenvoudige substanties’ en anderzijds'reele elementen’ of fundamentele substanties? Wat is de relatie met de periodieke tabel van Mendelejev?

===voorbeeldexamen 2017===
#Leg uit: de mechanisering van het wereldbeeld ondersteunde de opgang van de experimentele methode.
#Leg het Quine-Duhem probleem uit.
#Wat is het nieuwe raadsel van Goodman en hoe verhoudt het zich tot Humes probleem van inductie?
#Hoe lost Lewis’ theorie van causale afhankelijkheid het probleem van symmetrie op? Leg kort uit wat het probleem van symmetrie is en wat de theorie van Lewis inhoudt.
#Beoordeel het volgende criterium: wetenschap is tentatief.
#Beantwoord één van de volgende vragen:
#*Wat zegt de eerste onvolledigheidsstelling van Godel?
#*In welke zin zijn observaties van oceaantemperatuur theoriegeladen?
#*Bespreek de relatie tussen de keuze voor een bepaald soortconcept en het aantal soorten lemuren op Madagascar.
#*Wat werd gezien als een belangrijke graadmeter van het succes van Mendelejev? Plaats hierbij kanttekeningen

Levensmiddelenchemie en -technologie

2022-08-22T20:08:26Z

R0854072: /* 22 augustus 2022 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===22 augustus 2022===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt? Bespreek de concepten en illustreer met concepten uit de cursus.
#Productieproces melkchocolade
#Korte vragen (max 20 woorden uitleg):
##Wat is glyfosaat? Voor wat wordt het gebruikt?
##Malolactische fermentatie.
##Gebruik van asparaginase.
##Hoeveel maïs wordt er jaarlijks geproduceerd? (1 miljard ton)
##Nog iets
#Productvraag
##Bespreek energieinhoud.
##Samenstelling van verpakking en functie er van.
##2 kritieke punten uitleggen in het productieproces.
##Voornaamste nutriënt in het product en waar komt het vandaan.

===21 januari 2022===
#Wat zijn enzymen? Wat is hun toepassing in de voedingsindustrie?
#Bespreek de extractie van ruwe sojaolie. Bespreek daarna de raffinage ervan met 10 steekwoorden.
#Korte vragen:
##Wat zijn polyolen?
##Wat is glyfosaat
##Hoe kan je de energie-inhoud van een levensmiddel verlagen?
## Wat is chymosine?
## nog eentje

===23 januari 2021===
#Bespreek stabiliteit lipiden (structuur, toepassing, vormen, problemen, voorkomen) in een brede omkadering omtrent levensmiddelen.
#Geef blancheren van groenten.
#Korte vragen:
##Wat is miso?
##Wat is wrongel?
##Wat is het suikerpercentage waarbij druiven worden geplukt en waarom?
##Wat is chemisch gezien Bt-toxine?
##Wat zijn polyalcoholen?

===30 januari 2020 NM===
#Geef de maatregelen die nodig zijn om chemische contaminatie en chemisch bederf tegen te gaan. Geef indien mogelijk voorbeelden uit de cursus.
#Geef schematisch het verschil tussen productie van bier, wijn en rijstwijn.
#Korte vragen:
##Hoeveel kcal zitten er ongeveer in 100g rauwe steak?
##Leg tempereren uit.
##Wat zijn de drie verschillende soorten energie?
##Geef de 2 belangrijkste GM modificaties.
##Wat is miso?

===24 januari 2020 VM===
#Ranzigheid is een probleem in levensmiddelen. Door welke mechanismen gebeurt dit? Welke gevolgen heeft het? Welke technologische toepassingen zijn er om dit probleem tegemoet te komen?
#Proces van rijstwijnproductie (proces is volgens hem van grondstof tot eindproduct dus filtreren, pasteuriseren moet hier ook bij)
#Korte vragen:
##Waarom voeg je SO2 toe aan wijn?
## Vergelijk stijging graanproductie de laatste 55 jaar met de stijging plantaardige olie.
##Wat is lactulose (ook weten uit wat dat ontstaat)
##Homolactisch en heterolactisch
##Commerciële sterilisatie

===20 januari 2020 VM===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt?
#Geef het productieproces van kaas.
#Korte vragen:
##Hoeveel van het familiaal inkomen geeft de Belg gemiddeld uit aan voeding?
##Wat is lactulose?
##Isohumulonen
##Waarvoor dient zwaveldioxide in de wijnproductie?
##Postgrandiale verzadiging
#Productbespreking

==='''1 februari 2019 VM '''===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Geef bier proces schematisch en beschrijf kort de functies
#Korte vragen:
##miscella
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##flavour
##cellofaan
##isoflavonen

===25 januari 2019 VM===
#De afstand tussen landbouwer en consument is in de loop van de geschiedenis veel langer geworden. Wat waren hier de oorzaken van en waar leidde dit noodzakelijkerwijs toe?
#Bespreek de stabiliteit van lipiden in levensmiddelen.
#Korte vragen:
##Wat is ontgommen?
##Definieer de Queteletindex.
##Wat is de link tussen de Coca Cola-crisis en de PCB-crisis?
##Waarom slaat men het deeg door bij broodbereiding?
##In ons lichaam wordt energie voor 3 dingen gebruikt, dewelke? (basaal metabolisme, vertering en fysieke activiteit)

===1 februari 2018 VM===
#Op welke manier zijn enzymen belangrijk in de levensmiddelenproductie?
#Geef de stabiliteit van lipiden.
#korte vragen:
##wat is de belangrijkste enzymatische reactie in levensmiddelenproductie?
##wat is anandimide?
##wat is het belangrijkste om verhoogde welvaart te hebben?
##wat is het verschil tussen sojaproteïne bloem en sojaproteïneconcentraat?
#productbesprekeking

===26 januari 2018 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit. Zie cursus/dropbox
#Bespreek de solventextractie van sojaolie Zie cursus
#Kleine vragen
##Wat betekent retronasaal? ''Vluchtige geurstoffen (aroma's) die door de keelholte naar de neusholte migreren | tegenhanger van orthonasaal met resp geuren.''
##Wat is postgrandiale verzadiging? ''Verzadigingsgevoel door gevulde maag.''
##Wat is chaplisatie? ''Suiker of druivenconcentraat toevoegen aan de most ter verhoging van suikergehalte | Mag enkel in noordelijke streken, verboden in zuidelijke gebieden.''
##Waarom is vermouting zo belangrijk? ''Kiemen van de gerst zorgt voor '''aanmaak''' enzymen (amylasen en proteasen) die resp. zetmeel en proteïnen afbreken tijdens het maischen. tot resp. maltose (+ glucose) en aminozuren om deze beschikbaar te maken voor de gisten.''
##Hoe zorgt fermentatie van melk voor een betere bewaarbaarheid? ''Afbraak van lactose tot lactaat: suikers niet meer beschikbaar voor andere MO en verlaging pH -> inhibitie van groei.''
#Productbespreking

===23 januari 2017 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit.
#Geef en bespreek 4 soorten van fermentatie die kunnen optreden bij de productie van wijn.
#Bespreek invloed van temperatuur en watergehalte op bederf. wat besluit je hieruit.
#Kleine vragen (max. 20 woorden per antwoord):
##Wat is meso?
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##Waarom wordt benzoëzuur gebruikt in levensmiddelen?
##Wat zijn polyolen?
##Wat verstaan we onder netto metaboliseerbare energie?

===17 januari 2017 VM===
#bespreek zo volledig mogelijk hoe de voedingsindustrie de vraag van de consument naar een constante en hoge organoleptische kwaliteit tegemoet gaat.
#bespreek de productie van kaas
#Juist of fout? Analytisch sensorisch onderzoek is belangrijker dan affectief sensorisch onderzoek bij het produceren van een nieuw levensmiddel. Bespreek
#begrippen:
##sorbinezuur
##oorsprong Bt-toxine
##heterolactische fermentatie
##polyolen
##netto metabolariseerbaarde energie

===24 augustus 2016===
#Wat zijn de criteria van een kwalitatief product? Hoe werkt de verpakking hieraan mee?
#Bier, wijn en Sake party
#Je koelt sojaolie, wat komt eruit?
#begrippen:
##Suiker bij de wijn doen
##Eesten
##Melk+bacterie blijft lang goed, why?
##Dem maag signals of geen honger
##Restronasaal

===17/6 namiddag===
#De smaak van een levensmiddel verandert van gisteren op vandaag op morgen. Bespreek en geef voorbeelden vanuit de cursus. (alles dus van bederf tot toestand van de proever van vluchtige geurstoffen van stoffen in uw verpakking)
#Transvetzuren kom in de natuur niet voor. Juist of fout? verklaar
#Rijstwijn proces uitleggen
#Begrippen:
##Wanneer ben je zwaarlijvig?
##Verklaar BRC
##Gelijkenis tussen roken en zouten
##Wat is ontgommen van olie?
##Wat zijn PCB's?
#Productbespreking

===Examen vragen===
#geef de directe en indirecte criteria voor kwaliteit van producten en leg uit hoe verpakking en verpakkingsprocedure hier toe kan bijdragen (allee of zoiets toch)
#classificatie van koolhydraten en waar ze voorkomen
#winterisatie
#woordjes :
##chaptalisatie
##postgrandiaal
##retronasaal
##hoe fermentatie van melk bijdraagt tot bewaring
##ik denk nog een maar weet ik niet meer

===20 januari 2015===
#Bespreek de hoe de afstand tussen de landbouwer en de consument groter is geworden. Welke ontwikkelingen hebben hiertoe bijgedragen?
#GM voeder en voedsel
#Leg de fermentatie van groenten uit
#Begrippen
##homigeniseren als eenheidsbewerking
##ME
##pH van wijn
##halo-effect
##in welk proces worden PAKâ€™s gevormd?

===19 januari 2015 (nm)===
#Hoe kan men het probleem van lactose intolerantie oplossen in levensmiddelen?
#Transvetten zijn slecht? Leg uit.
#Bespreek het hele productieproces van soja-olie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Stimulusfout
##malolactische fermentatie
##vermouten

===19 januari 2015 (vm)===
#Bespreek veranderingen die optreden bij bewaring en geed drie mogelijke (liefst beste) oplossingen voor problemen die daardoor veroorzaakt kunnen worden. /react-text
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie. /react-text
#Geef een overzicht (schema/tabel) van de verschillende koolhydraten en hun voorkomen. /react-text
#Verklaar kort:
##soutirage
##ligase /react-text
##fermentatietechnieken met melk
##basisprinpice enzymwerking

===15 januari 2015===
#Bespreek chocoladeproductie van cacaopod tot product, refereer over de hele cursus.
#Welke risico's zijn verbonden aan GM op vlak van voedsel?
#Bespreek de voor- en nadelen van het verwerken van levensmiddelen.
#Verklaar kort:
##inleggen
##waarom bepaalde delen van de plant van van industrieel belang zijn
##post-ontgommen
##chaptalisatie

===24 januari 2014 (VM)===
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie
#Vergelijk de Dioxine crisis en Coca Cola Crisis in tabelvorm
#Bespreek de extractiestap in de productie van Sojaolie in detail
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Waarom worden groenten ingelegd?
##Wat is flavour?
##Wat is tristearine?
##Wat is Nuruk?
##Product

===20 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat zijn de mogelijke manieren om houdbaarheid te bekomen?
#Bespreek het verband tussen vleesconsumptie en een duurzame voedselproductie.
#Winterisatie bij sojaolie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Wat is postabsorptieve verzadiging?
##Wat is daidzeine?
##Wat is het doel van tempereren?
##waaruit is inuline opgebouwd?

===17 januari 2014 (NM)===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Vergelijk de essentiele elementen in de productie van bier, wijn en rijstwijn in tabelvorm.
#Bespreek de voor- en nadelen van verwerking van levensmiddelen.
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Welk soort chemische reactie is de meest gekatalyseerde door enzymen in de levensmiddelenproductie?
##Wat is daidzeine?
##Welke doel heeft blancheren?
##Wat verstaan we onder het 'halo'-effect?
##Geef de criteria van kwalilteit van een levensmiddel in dalende volgorde van belangrijkheid.

===16 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid zo belangrijk en wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen + voorbeelden
#Technologische oplossingen voor lactose-intolerantie
#Bespreek fermentatie bij cacaobonen
#Woordjes:
##postabsorptieve verzadiging,
##maischen,
##belangrijkste bestanddeel verzerkt kaas,
##doel maceration carbonique,
## duo/trio test (korte uitleg)

===13 januari 2014===
#ranzigheid komt veel voor in voeding. welke technologische oplossingen bestaan er voor dit probleem?
#wat is de werking van rennet?
#wat zijn de voor- en nadelen van de Atwaterfactoren?
#vijf termen:
##hoe is inuline opgebouwd?
##wat is de quetelet-index
##welke zijn de twee belangrijkste natuurlijke bronnen van sucrose?
##wat is melamine

===29 januari 2013===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen en geef hierbij voorbeelden. We geven steeds minder uit aan voeding. Dit lijkt onlogisch. Bediscussieer. Geef de voor- en nadelen van verwerking.
#Korte vragen, korte antwoorden
##Hoeveel van het voedsel in ons land is geÃ¯mporteerd
##Wat is de dierlijke variant van zetmeel
##Wat betekent hedonisch

Levensmiddelenchemie en -technologie

2022-08-22T20:07:58Z

R0854072: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

==Examenvragen==
===22 augustus 2022===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt? Bespreek de concepten en illustreer met concepten uit de cursus.
#Productieproces melkchocolade
#Korte vragen (max 20 woorden uitleg):
##Wat is glyfosaat? Voor wat wordt het gebruikt?
##Malolactische fermentatie.
##Gebruik van asparaginase.
##Hoeveel maïs wordt er jaarlijks geproduceerd? (1 miljard ton)
##Nog iets

#Productvraag
##Bespreek energieinhoud.
##Samenstelling van verpakking en functie er van.
##2 kritieke punten uitleggen in het productieproces.
##Voornaamste nutriënt in het product en waar komt het vandaan.

===21 januari 2022===
#Wat zijn enzymen? Wat is hun toepassing in de voedingsindustrie?
#Bespreek de extractie van ruwe sojaolie. Bespreek daarna de raffinage ervan met 10 steekwoorden.
#Korte vragen:
##Wat zijn polyolen?
##Wat is glyfosaat
##Hoe kan je de energie-inhoud van een levensmiddel verlagen?
## Wat is chymosine?
## nog eentje

===23 januari 2021===
#Bespreek stabiliteit lipiden (structuur, toepassing, vormen, problemen, voorkomen) in een brede omkadering omtrent levensmiddelen.
#Geef blancheren van groenten.
#Korte vragen:
##Wat is miso?
##Wat is wrongel?
##Wat is het suikerpercentage waarbij druiven worden geplukt en waarom?
##Wat is chemisch gezien Bt-toxine?
##Wat zijn polyalcoholen?

===30 januari 2020 NM===
#Geef de maatregelen die nodig zijn om chemische contaminatie en chemisch bederf tegen te gaan. Geef indien mogelijk voorbeelden uit de cursus.
#Geef schematisch het verschil tussen productie van bier, wijn en rijstwijn.
#Korte vragen:
##Hoeveel kcal zitten er ongeveer in 100g rauwe steak?
##Leg tempereren uit.
##Wat zijn de drie verschillende soorten energie?
##Geef de 2 belangrijkste GM modificaties.
##Wat is miso?

===24 januari 2020 VM===
#Ranzigheid is een probleem in levensmiddelen. Door welke mechanismen gebeurt dit? Welke gevolgen heeft het? Welke technologische toepassingen zijn er om dit probleem tegemoet te komen?
#Proces van rijstwijnproductie (proces is volgens hem van grondstof tot eindproduct dus filtreren, pasteuriseren moet hier ook bij)
#Korte vragen:
##Waarom voeg je SO2 toe aan wijn?
## Vergelijk stijging graanproductie de laatste 55 jaar met de stijging plantaardige olie.
##Wat is lactulose (ook weten uit wat dat ontstaat)
##Homolactisch en heterolactisch
##Commerciële sterilisatie

===20 januari 2020 VM===
#Waarom is langere houdbaarheid zo belangrijk in onze maatschappij? Waarom en hoe hebben we dit aangepakt?
#Geef het productieproces van kaas.
#Korte vragen:
##Hoeveel van het familiaal inkomen geeft de Belg gemiddeld uit aan voeding?
##Wat is lactulose?
##Isohumulonen
##Waarvoor dient zwaveldioxide in de wijnproductie?
##Postgrandiale verzadiging
#Productbespreking

==='''1 februari 2019 VM '''===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Geef bier proces schematisch en beschrijf kort de functies
#Korte vragen:
##miscella
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##flavour
##cellofaan
##isoflavonen

===25 januari 2019 VM===
#De afstand tussen landbouwer en consument is in de loop van de geschiedenis veel langer geworden. Wat waren hier de oorzaken van en waar leidde dit noodzakelijkerwijs toe?
#Bespreek de stabiliteit van lipiden in levensmiddelen.
#Korte vragen:
##Wat is ontgommen?
##Definieer de Queteletindex.
##Wat is de link tussen de Coca Cola-crisis en de PCB-crisis?
##Waarom slaat men het deeg door bij broodbereiding?
##In ons lichaam wordt energie voor 3 dingen gebruikt, dewelke? (basaal metabolisme, vertering en fysieke activiteit)

===1 februari 2018 VM===
#Op welke manier zijn enzymen belangrijk in de levensmiddelenproductie?
#Geef de stabiliteit van lipiden.
#korte vragen:
##wat is de belangrijkste enzymatische reactie in levensmiddelenproductie?
##wat is anandimide?
##wat is het belangrijkste om verhoogde welvaart te hebben?
##wat is het verschil tussen sojaproteïne bloem en sojaproteïneconcentraat?
#productbesprekeking

===26 januari 2018 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit. Zie cursus/dropbox
#Bespreek de solventextractie van sojaolie Zie cursus
#Kleine vragen
##Wat betekent retronasaal? ''Vluchtige geurstoffen (aroma's) die door de keelholte naar de neusholte migreren | tegenhanger van orthonasaal met resp geuren.''
##Wat is postgrandiale verzadiging? ''Verzadigingsgevoel door gevulde maag.''
##Wat is chaplisatie? ''Suiker of druivenconcentraat toevoegen aan de most ter verhoging van suikergehalte | Mag enkel in noordelijke streken, verboden in zuidelijke gebieden.''
##Waarom is vermouting zo belangrijk? ''Kiemen van de gerst zorgt voor '''aanmaak''' enzymen (amylasen en proteasen) die resp. zetmeel en proteïnen afbreken tijdens het maischen. tot resp. maltose (+ glucose) en aminozuren om deze beschikbaar te maken voor de gisten.''
##Hoe zorgt fermentatie van melk voor een betere bewaarbaarheid? ''Afbraak van lactose tot lactaat: suikers niet meer beschikbaar voor andere MO en verlaging pH -> inhibitie van groei.''
#Productbespreking

===23 januari 2017 VM===
#Geef de directe en indirecte criteria van kwaliteit van een levensmiddel.Bespreek hoe verpakking en verpakkingstechnologie kan ingrijpen op genoemde aspecten van kwaliteit.
#Geef en bespreek 4 soorten van fermentatie die kunnen optreden bij de productie van wijn.
#Bespreek invloed van temperatuur en watergehalte op bederf. wat besluit je hieruit.
#Kleine vragen (max. 20 woorden per antwoord):
##Wat is meso?
##Hoeveel graan wordt er jaarlijks geproduceerd?
##Waarom wordt benzoëzuur gebruikt in levensmiddelen?
##Wat zijn polyolen?
##Wat verstaan we onder netto metaboliseerbare energie?

===17 januari 2017 VM===
#bespreek zo volledig mogelijk hoe de voedingsindustrie de vraag van de consument naar een constante en hoge organoleptische kwaliteit tegemoet gaat.
#bespreek de productie van kaas
#Juist of fout? Analytisch sensorisch onderzoek is belangrijker dan affectief sensorisch onderzoek bij het produceren van een nieuw levensmiddel. Bespreek
#begrippen:
##sorbinezuur
##oorsprong Bt-toxine
##heterolactische fermentatie
##polyolen
##netto metabolariseerbaarde energie

===24 augustus 2016===
#Wat zijn de criteria van een kwalitatief product? Hoe werkt de verpakking hieraan mee?
#Bier, wijn en Sake party
#Je koelt sojaolie, wat komt eruit?
#begrippen:
##Suiker bij de wijn doen
##Eesten
##Melk+bacterie blijft lang goed, why?
##Dem maag signals of geen honger
##Restronasaal

===17/6 namiddag===
#De smaak van een levensmiddel verandert van gisteren op vandaag op morgen. Bespreek en geef voorbeelden vanuit de cursus. (alles dus van bederf tot toestand van de proever van vluchtige geurstoffen van stoffen in uw verpakking)
#Transvetzuren kom in de natuur niet voor. Juist of fout? verklaar
#Rijstwijn proces uitleggen
#Begrippen:
##Wanneer ben je zwaarlijvig?
##Verklaar BRC
##Gelijkenis tussen roken en zouten
##Wat is ontgommen van olie?
##Wat zijn PCB's?
#Productbespreking

===Examen vragen===
#geef de directe en indirecte criteria voor kwaliteit van producten en leg uit hoe verpakking en verpakkingsprocedure hier toe kan bijdragen (allee of zoiets toch)
#classificatie van koolhydraten en waar ze voorkomen
#winterisatie
#woordjes :
##chaptalisatie
##postgrandiaal
##retronasaal
##hoe fermentatie van melk bijdraagt tot bewaring
##ik denk nog een maar weet ik niet meer

===20 januari 2015===
#Bespreek de hoe de afstand tussen de landbouwer en de consument groter is geworden. Welke ontwikkelingen hebben hiertoe bijgedragen?
#GM voeder en voedsel
#Leg de fermentatie van groenten uit
#Begrippen
##homigeniseren als eenheidsbewerking
##ME
##pH van wijn
##halo-effect
##in welk proces worden PAKâ€™s gevormd?

===19 januari 2015 (nm)===
#Hoe kan men het probleem van lactose intolerantie oplossen in levensmiddelen?
#Transvetten zijn slecht? Leg uit.
#Bespreek het hele productieproces van soja-olie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Stimulusfout
##malolactische fermentatie
##vermouten

===19 januari 2015 (vm)===
#Bespreek veranderingen die optreden bij bewaring en geed drie mogelijke (liefst beste) oplossingen voor problemen die daardoor veroorzaakt kunnen worden. /react-text
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie. /react-text
#Geef een overzicht (schema/tabel) van de verschillende koolhydraten en hun voorkomen. /react-text
#Verklaar kort:
##soutirage
##ligase /react-text
##fermentatietechnieken met melk
##basisprinpice enzymwerking

===15 januari 2015===
#Bespreek chocoladeproductie van cacaopod tot product, refereer over de hele cursus.
#Welke risico's zijn verbonden aan GM op vlak van voedsel?
#Bespreek de voor- en nadelen van het verwerken van levensmiddelen.
#Verklaar kort:
##inleggen
##waarom bepaalde delen van de plant van van industrieel belang zijn
##post-ontgommen
##chaptalisatie

===24 januari 2014 (VM)===
#Bespreek Pringles als voorbeeld van hyperindustrialisatie
#Vergelijk de Dioxine crisis en Coca Cola Crisis in tabelvorm
#Bespreek de extractiestap in de productie van Sojaolie in detail
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Waarom worden groenten ingelegd?
##Wat is flavour?
##Wat is tristearine?
##Wat is Nuruk?
##Product

===20 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat zijn de mogelijke manieren om houdbaarheid te bekomen?
#Bespreek het verband tussen vleesconsumptie en een duurzame voedselproductie.
#Winterisatie bij sojaolie
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Wat is postabsorptieve verzadiging?
##Wat is daidzeine?
##Wat is het doel van tempereren?
##waaruit is inuline opgebouwd?

===17 januari 2014 (NM)===
#Welke middelen heeft de levensmiddelenindustrie tot haar beschikking om te zorgen dat een levensmiddel de consument veilig bereikt?
#Vergelijk de essentiele elementen in de productie van bier, wijn en rijstwijn in tabelvorm.
#Bespreek de voor- en nadelen van verwerking van levensmiddelen.
#Korte vragen, korte antwoorden:
##Welk soort chemische reactie is de meest gekatalyseerde door enzymen in de levensmiddelenproductie?
##Wat is daidzeine?
##Welke doel heeft blancheren?
##Wat verstaan we onder het 'halo'-effect?
##Geef de criteria van kwalilteit van een levensmiddel in dalende volgorde van belangrijkheid.

===16 januari 2014 (VM)===
#Waarom is houdbaarheid zo belangrijk en wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen + voorbeelden
#Technologische oplossingen voor lactose-intolerantie
#Bespreek fermentatie bij cacaobonen
#Woordjes:
##postabsorptieve verzadiging,
##maischen,
##belangrijkste bestanddeel verzerkt kaas,
##doel maceration carbonique,
## duo/trio test (korte uitleg)

===13 januari 2014===
#ranzigheid komt veel voor in voeding. welke technologische oplossingen bestaan er voor dit probleem?
#wat is de werking van rennet?
#wat zijn de voor- en nadelen van de Atwaterfactoren?
#vijf termen:
##hoe is inuline opgebouwd?
##wat is de quetelet-index
##welke zijn de twee belangrijkste natuurlijke bronnen van sucrose?
##wat is melamine

===29 januari 2013===
#Waarom is houdbaarheid belangrijk? Wat doet de mens om voor langere houdbaarheid te zorgen en geef hierbij voorbeelden. We geven steeds minder uit aan voeding. Dit lijkt onlogisch. Bediscussieer. Geef de voor- en nadelen van verwerking.
#Korte vragen, korte antwoorden
##Hoeveel van het voedsel in ons land is geÃ¯mporteerd
##Wat is de dierlijke variant van zetmeel
##Wat betekent hedonisch

Vergelijkende Ontwikkelingsbiologie

2022-08-18T19:17:04Z

R0854072: /* Examenvragen juni */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
Vergelijkende ontwikkelingsbiologie behoort tot de opleiding Biologie en behoort tot de minoren biologie en verbreding (sinds 2018-2019). Het wordt gedoceerd door prof. E. Seuntjes.
Het vak behandelt de ontwikkeling van verschillende embryo's van verschillende organismen (muis, kip, kikker en mens). Er worden practica sessies gegeven, met een eindexamen voor de quotering (5/20). Om te slagen voor het vak moet minstens de helft worden behaalt op het practicumexamen, wanneer niet de helft behaalt is moet ook het practicum examen opnieuw gemaakt worden tijdens de herexamens. Een paperopdracht met vragenlijst telt mee voor 1/20. Het theoretisch examen telt dus mee voor 14/20.

==Examenvragen juni==

===18/08/2022===
#midblastula transitie, contact inhibitie, hemangioblast, kinetisch nucleaire nog iets
#Wat zijn iPS cellen, geef hoe ze aangemaakt worden en hun eigenschappen, geef 2 toepassingen in de geneeskunde.
#Experiment met sox2 kleuring dat de invloed van BMP en zijn inhibitoren op de ontwikkeling van dorsaal weefsel geeft.

===27/06/2022===
#Acrosoomreactie, holoblastische deling, iPS cellen, Smad
#Epitheliale-mesenchymale transitie (EMT)
##Bespreek in detail wat er gebeurt bij EMT
##Bespreek 2 ontwikkelingsprocessen waarbij EMT optreedt (geef o.a. weefsel, proces, ...)
##Beargumenteren of EMT enkel belangrijk is tijdens de ontwikkeling
#Experiment over Foxp4 mutant bij de hartontwikkeling (enkel afbeelding gegeven)
##Bespreek kort waar in de cursus dit experiment thuishoort en wat de beste onderzoeksvraag is voor dit experiment
##Bespreek wat de onderzoekers deden en wat de resultaten waren
##Bespreek wat de onderzoekers konden concluderen uit dit experiment
##Geef zelf nog een ander experiment om Foxp4 te onderzoeken en welke resultaten je hierbij verwacht (find it, lose it, move it matrix werd gegeven)

=== 05/06/2021===
#Resact, reprogrammeren, inside-out laminatie, vasculogenese
#Klieving bij een kikker en een mens en dan de blastula tekenen en de verschillende structuren aanduiden. Bij welke van de twee blastula is de dorso-ventale as al bepaald en hoe weet je dit? Hoe weet je dat dit bij de andere blastula niet zo is?
#Experiment van septumvorming van het hart uit de neurale lijst.

=== 24/06/2020 ===
#lineage tracing, resact, meroblastische klieving, contact inhibitie
#Wat zijn iPS cellen, geef hoe ze aangemaakt worden en hun eigenschappen, geef 2 toepassingen in de geneeskunde.
#Experiment van nierontwikkeling met GDNF en eentje met Ret uitleggen. Bedenk een gepaste onderzoeksvraag voor beide experimenten. Geef een overkoepelende term voor de experimenten. Bespreek de conclusie van beide experimenten. Bedenk een mogelijk experiment om de moleculen verder te onderzoeken.
#Practicum (wegens corona)
##Een foto van een eicel, is dit meiose I of II? Waarom?
##Rangschik de volgende coupes van anterieur naar posterieur.
##Duid aan oogblaasje, telencephalon, kieuwboog op de foto.
##Planaria experiment

=== 19/06/2020 ===
#grijze sikkel, birthdating, angiogenese, smad eiwitten
#tekening regeneratie poot van salamander, experiment nAG
#soort specifiteit in zee-egels
##acrosoomreactie geven
##polyspermie vermijden bij zee-egel
#practicum
##foto's van blastula in juiste volgorde zetten
##lijn aanduiden op embryo hoe snede was gedaan
##doorsnedes linken aan afbeeldingen en transversaal, sagitaal, coronaal (hihi)
## planaria-experiment
=== 15/06/2020 ===
#neoblast, cadherines, radiale migratie en midblastula transitie
# afbeelding nierontwikkeling: leg proces uit van nierontwikkeling en zeg bij welk stadia deze afbeelding hoort. Leg elke stap afbeelding uit in 1 zin. Welke factor is hierbij belangrijk. Stap D-E afbeelding welk proces gebeurt hier (MET) ook het omgekeerde gebeurt in de ontwikkeling, hoe noemt dit en geef een voorbeeld (EMT)
#2 experimenten blastopore lip: afbeelding 11.13 B) en 11.14 leg elke experiment uit en wat zijn gelijkenissen en verschillen. Hoe noemt het stukje dat getransplanteerd wordt in 11.14, wat zijn de kenmerken? Hoe noemt gelijkaardige structuur bij de kip? Geef een experimentele setup om 2 gelijkende aparte tweeling te krijgen bij muis een geen siamese tweeling, wat is hierbij belangrijk?
#Practicum (op examen door corona)
##Foto eicel met 1e en 2e poollichaampje al --> is dit meiose I of II? waarom?
## Duid amnion en dooierzak aan op foto
## sagittale snede: zeggen welk fase van de ontwikkeling die was en 2 structuren aanduiden die daar op wezen.
## Planaria experiment

=== 01/07/2019 NM ===
#fate map, organoïde, vasculogenese
#Bespreek hoe de regeneratie van een platworm die in 7 gelijke stukken gesneden is gebeurd.
#ontwikkeling van een kikker. Bespreek figuur (handboek) 11.2: corticale rotatie (termen worden weggelaten) + wat gebeurd er als de klievingsdeling via de rode lijn gebeurd (antwoord: geen ' gray crescent' zie experiment van Spemann)
#ZEB2 is belangrijk voor EMT. Een defect in dit gen leidt tot intellectuele achterstand, Hirschsprung's disease, hartafwijkingen, puntige kin, lang voorhoofd. Leg uit hoe het defect in ZEB2 dit veroorzaakt. Bijvraag: Lose it experiment uitwerken --> eerst de plaats van ZEB2 expressie achterhalen, hoe kan je dit specifiek op deze plaats verwijderen (zoals lineage trace)
=== 21/06/2019 NM ===
# Compactie, Smad, hemangioblast
# Leg alle facetten uit van de ontwikkeling van de nier (figuur gegeven van ureterknop en mesenchym tot nier).
# Figuur gegeven van stamcelniche van V-SVZ van de hersenen. Wat zijn de kenmerken van een stamcelniche? Welke type stamcellen zien we hier? (antwoord is adult). Kunnen deze stamcellen bloed aanmaken of niet. Zo ja, wat is het proces. Zo niet, waarom niet en wat moet je doen om dat toch mogelijk te maken? (Antwoord, nee want deze stamcellen zijn niet pluripotent. Je kan het toch doen dankzij reprogramming (iPSC) en dus epigenetica.)
# Experiment bij Hydra toont aan dat transplantatie hypostoom ervoor zorgt dat ook de omgeving verandert. Wat voor iets is de hypostoom dan? Welk gelijkaardig experiment hebben ze ook gedaan bij amfibieën? Leg uit.

=== 17/06/2019 VM ===
# Epibolie, capacitatie, morfogen
# De hele ontwikkeling van de hersenschors uitleggen + legende aanvullen op algemeen schema.
# Experiment amputatie salamander en nAG uitleggen.
# Op welke drie organen hebben de mesenchymale cellen van het hart een invloed tijdens de ontwikkeling van het embryo.

=== 14/06/2019 NM ===
# Meroblastische klieving, spermiogenese, pluripotent
# Leg de eigenschappen van een organizer uit aan de hand van de experimenten van Spemann en Manngolg.
# Experiment bij nierontwikkeling, wat hebben Ret en GNDF met de nierontwikkeling te maken?
# Wat zijn de mogelijke moleculaire en morfologische eigenschappen van anencephalie (het ontbreken van hersenen).

=== 11/06/2019 NM ===
# Termen: Resact, angiogenese, neoblasten.
# Leg de gastrulatie bij de kip uit en vergelijk met de mens.
# Leg inducer en competentie uit adhv de oogontwikkeling en onderstaand experiment (dat waarbij ze optische vesikel wegnamen en transplanteerde). (oogontwikkeling moet niet volledig worden uitgetekend, gewoon algemeen).
# Wat is het verschil tussen een eeneiïge en Siamese tweeling? Leg dit uit adhv de ontstaansmechanismen.

=== 11/06/2019 VM ===
# Termen: morphallaxis, pronefros, midblastula transitie.
# Hoe zorgt de zee-egel voor soort-specifieke fertilisatie?
# Experiment BMP en medial hinge point, neurulatie en BMP signaling uitleggen.
# Experiment Gurdon + vervolg experiment ivm iPS. Wat is het verband tussen de 2, leg beide experimenten uit, wat zijn toepassingen van iPS?