Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Biocatalysis: Science and Technology

2026-01-16T17:01:41Z

R0877106: /* 10/01/2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.
Examen is volledig mondeling. Vragen schriftelijk voorbereiden en dan alles mondeling uitleggen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===9/01/2026===
'''Question 1'''

Figure of a kinetic profile of an NADH consuming reaction (fig 3.29) (enzyme that uses substrate and cofactor NADH).
# Propose and draw an experimental setup to obtain this data (Stopped flow...)?
# Why does this enzyme need NADH?
# Give a possible reaction scheme of the reaction + rate equations, explain
# How could you get a concentration profile (develop kinetic model) quantitatively?
# Bijvraag: What are the four different ways of enzymes to catalyze reactions?

'''Question 2'''

Figure of the four basic approaches that can be used in metabolic engineering (fig 5.2).
# Explain the different approaches
# What is enzyme activity, how it is determined?
# Why is it possible to tune the activity of enzymes?

===10/01/2025===
'''Question 1'''

Figure of reaction mechanism of chymotrypsin (fig 2.13).
# What does this figure tell us about the different mechanisms that enzymes use to accelerate
reactions? Explain.
# Are any mechanisms not shown in this figure?
# Should we expand this view when considering the figure below? (fig 11.14 The interconnection among protein structure, dynamics, and function, convential and emerging view). What is meant with this?

'''Question 2'''

The figure below has been reproduced from the course materials (fig 4.1, Stochastic chemical kinetics). It shows the amount of X
remaining during a reaction occurring via a simple reaction scheme X → Y. You can assume that this is an
elementary reaction.
# What is an ‘elementary reaction’?
# Write the conventional kinetic equation describing this reaction. Solve it analytically.
# What are the red and blue lines in the figure? Why are they jagged (not smooth)?
# Why would we want to carry out experiments under conditions such as those in this figure? What is the advantage? What is the drawback?
# What kind of methods could in principle be used to carry out such experiments?

'''Question 3'''

The figure below has been reproduced from the course materials (fig 6.3).
# Discuss the different steps. Why are they needed?
# How could one obtain an enzyme that functions better for a particular purpose?

===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2026-01-16T17:01:26Z

R0877106: /* 10/01/2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.
Examen is volledig mondeling. Vragen schriftelijk voorbereiden en dan alles mondeling uitleggen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===9/01/2026===
'''Question 1'''

Figure of a kinetic profile of an NADH consuming reaction (fig 3.29) (enzyme that uses substrate and cofactor NADH).
# Propose and draw an experimental setup to obtain this data (Stopped flow...)?
# Why does this enzyme need NADH?
# Give a possible reaction scheme of the reaction + rate equations, explain
# How could you get a concentration profile (develop kinetic model) quantitatively?
# Bijvraag: What are the four different ways of enzymes to catalyze reactions?

'''Question 2'''

Figure of the four basic approaches that can be used in metabolic engineering (fig 5.2).
# Explain the different approaches
# What is enzyme activity, how it is determined?
# Why is it possible to tune the activity of enzymes?

===10/01/2025===
'''Question 1'''

Figure of reaction mechanism of chymotrypsin (fig 2.13).
# What does this figure tell us about the different mechanisms that enzymes use to accelerate
reactions? Explain.
# Are any mechanisms not shown in this figure?
# Should we expand this view when considering the figure below? (fig 11.14 The interconnection among protein structure, dynamics, and function, convential and emerging view). What is meant with this?

'''Question 2'''

The figure below has been reproduced from the course materials (fig 4.1, Stochastic chemical kinetics). It shows the amount of X
remaining during a reaction occurring via a simple reaction scheme X → Y. You can assume that this is an
elementary reaction.
# What is an ‘elementary reaction’?
# Write the conventional kinetic equation describing this reaction. Solve it analytically.
# What are the red and blue lines in the figure? Why are they jagged (not smooth)?
# Why would we want to carry out experiments under conditions such as those in this figure? What is
the advantage? What is the drawback?
# What kind of methods could in principle be used to carry out such experiments?

'''Question 3'''

The figure below has been reproduced from the course materials (fig 6.3).
# Discuss the different steps. Why are they needed?
# How could one obtain an enzyme that functions better for a particular purpose?

===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2026-01-16T17:00:50Z

R0877106: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.
Examen is volledig mondeling. Vragen schriftelijk voorbereiden en dan alles mondeling uitleggen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===9/01/2026===
'''Question 1'''

Figure of a kinetic profile of an NADH consuming reaction (fig 3.29) (enzyme that uses substrate and cofactor NADH).
# Propose and draw an experimental setup to obtain this data (Stopped flow...)?
# Why does this enzyme need NADH?
# Give a possible reaction scheme of the reaction + rate equations, explain
# How could you get a concentration profile (develop kinetic model) quantitatively?
# Bijvraag: What are the four different ways of enzymes to catalyze reactions?

'''Question 2'''

Figure of the four basic approaches that can be used in metabolic engineering (fig 5.2).
# Explain the different approaches
# What is enzyme activity, how it is determined?
# Why is it possible to tune the activity of enzymes?

===10/01/2025===
'''Question 1'''

Figure of reaction mechanism of chymotrypsin (fig 2.13).
# What does this figure tell us about the different mechanisms that enzymes use to accelerate
reactions? Explain.
# Are any mechanisms not shown in this figure?
# Should we expand this view when considering the figure below? (fig 11.14 The interconnection among protein structure, dynamics, and function, convential and emerging view). What is meant with this?

'''Question 2'''

The figure below has been reproduced from the course materials (fig 4.1, Stochastic chemical kinetics). It shows the amount of X
remaining during a reaction occurring via a simple reaction scheme X → Y. You can assume that this is an
elementary reaction.
a) What is an ‘elementary reaction’?
b) Write the conventional kinetic equation describing this reaction. Solve it analytically.
c) What are the red and blue lines in the figure? Why are they jagged (not smooth)?
d) Why would we want to carry out experiments under conditions such as those in this figure? What is
the advantage? What is the drawback?
e) What kind of methods could in principle be used to carry out such experiments?

'''Question 3'''

The figure below has been reproduced from the course materials (fig 6.3).
a) Discuss the different steps. Why are they needed?
b) How could one obtain an enzyme that functions better for a particular purpose?

===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2026-01-16T16:52:39Z

R0877106: /* 9/01/2026 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.
Examen is volledig mondeling. Vragen schriftelijk voorbereiden en dan alles mondeling uitleggen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===9/01/2026===
'''Question 1'''

Figure of a kinetic profile of an NADH consuming reaction (fig 3.29) (enzyme that uses substrate and cofactor NADH).
# Propose and draw an experimental setup to obtain this data?
# Why does this enzyme need NADH?
# Give a possible reaction scheme of the reaction + rate equations, explain
# How could you get a concentration profile (develop kinetic model) quantitatively?
# Bijvraag: What are the four different ways of enzymes to catalyze reactions?

'''Question 2'''

Figure of the four basic approaches that can be used in metabolic engineering (fig 5.2).
# Explain the different approaches
# What is enzyme activity, how it is determined?
# Why is it possible to tune the activity of enzymes?

===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2026-01-10T16:43:11Z

R0877106: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.
Examen is volledig mondeling. Vragen schriftelijk voorbereiden en dan alles mondeling uitleggen

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===9/01/2026===
'''Question 1'''

Figure of a kinetic profile of an NADH consuming reaction (fig 3.29) (enzyme that uses substrate and cofactor NADH).
# Propose and draw an experimental setup to obtain this data?
# Give a possible reaction scheme of the reaction + rate equations, explain
# How could you get a concentration profile (develop kinetic model) quantitatively?
# Bijvraag: What are the four different ways of enzymes to catalyze reactions?

'''Question 2'''

Figure of the four basic approaches that can be used in metabolic engineering (fig 5.2).
# Explain the different approaches
# What is enzyme activity, how it is determined?
# Why is it possible to tune the activity of enzymes?

===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biocatalysis: Science and Technology

2026-01-10T16:42:26Z

R0877106: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Voor 2021 heette het vak Advanced Enzymology.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0U19AE.htm

== Examenvragen ==
===9/01/2026===
'''Question 1'''

Figure of a kinetic profile of an NADH consuming reaction (fig 3.29) (enzyme that uses substrate and cofactor NADH).
# Propose and draw an experimental setup to obtain this data?
# Give a possible reaction scheme of the reaction + rate equations, explain
# How could you get a concentration profile (develop kinetic model) quantitatively?
# Bijvraag: What are the four different ways of enzymes to catalyze reactions?

'''Question 2'''

Figure of the four basic approaches that can be used in metabolic engineering (fig 5.2).
# Explain the different approaches
# What is enzyme activity, how it is determined?
# Why is it possible to tune the activity of enzymes?

===27/01/2022===
'''Question 1'''

Figure of Alphafold improvement in CASP and myoglobin structures.
# What drives protein folding? Which mechanisms are involved?
# Why do we say that the structure of a protein is encoded in the primary sequence?
# How do AlphaFold and related algorithms work? (not a detailed description, just generally)

'''Question 2'''

Why do proteins need cofactors? Explain with 1 or more examples.

'''Question 3'''

Figure of Ohno and IAD model is given.
# What does neofunctionalization mean in the scheme below?
# What does specialization mean?
# Why does the IAD model, which is thought to be more correct than the Ohno model, indicate that neofunctionalization happens first?
# What does this mean for the specificity of natural enzymes?

===9/01/2021===
'''Question 1'''

Figure below shows a 1,4-elimination of a carboxylic acid catalyzed by an enzyme.
# What do ‘B’ and ‘M+’ indicate?
# Indicate in the figure which groups are part of the enzyme, and which are part of the substrate
# How is this reaction accelerated by the enzyme? Try to explain in your own words how the enzyme can make this reaction go faster. Alternatively, you can explain why the reaction would be slower in just an aqueous solution (that is, a solution without enzyme).
# Would it be easy to perform similar catalytic steps by adding small organic molecules to a solution? Why (not)?
'''Question 2'''

We have seen that reaction rates of an enzyme presented with two competing substrates are given by: v/v' = {(kcat/KM)/[S]}/{(k'cat/K'M)/[S']}
# Give an intuitive explanation for kcat and KM. What are they?
# What determines kcat and KM? What limits how well an enzyme can distinguish between two substrates?
# How might an enzyme be able to obtain a higher specificity than is predicted by this equation? Is there a cost to be paid?
'''Question 3'''

Graphs of 2 enzymes from different organisms with 2 different temperature dependence (Mesophilic and thermophiles). X is the fraction of unexchanged hydrogen atoms, the x-axis represents time.
# What is ‘H/D exchange’ and what are we trying to measure from this?
# What can we learn from this?

===24/01/2019===
PART 1. Oral examination by prof. Peter Dedecker
# Given a kinetic scheme with product feedback, compose the differential equations that govern this system.
# Explain the value of k' = k1 (1+([S2]/K)^n) [S1].
# Explain the concept and the procedure of numerical integration for a simulation of a product feedback scheme.
# Given data of real, in vitro experiment of [Ca2+]i by Fura-2 and [cAMP] by IUCP, list the problems that may arise in such an experiment and how to surmount them. How does an experiment like this work practically?

PART 2. Written examination by Dr. Fabian Hertel
# Sketch an acid-base, electrophilic or nucleophilic catalysis pathway using a correct amino acid of choice.
# Give the correct action mechanism for two different amino acids.
# What role do metal ions play in enzymatic catalysis?
# Sketch a 2D folding funnel. Mark where the completely folded enzyme, and a unfolded intermediate are located. What mechanisms exist in nature to make the folding process more efficient?
# Your research requires an enzyme that is capable of converting MDMA to the non-pyschoactive compound benzaldehyde. There exists a catalytic antibody that is capable of this reaction. How do these catalytic Abs work? Is further optimisation necessary? Describe one method to design an artificial enzyme.

Biomolecular Interactions

2025-06-17T16:15:45Z

R0877106: /* 17 june 2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Biomolecular Interactions

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G77AE.htm

== Examenvragen ==
===17 june 2025===

*Prof. Mizuno
*#Describe the principles of FRET
*#Explain how you can use fluoresence lifetime to quantify FRET.
*#Give one example analyzing biomolecular interactions with FRET and explain.
*Prof. Ismail
*#2 proteins are researched to see if they interact. The Yeast-two-hybid assay is positive but when an Affinity Purification is performed there is no interaction found. Give 3 reasons why this could happen and explain what you would do to test this (controles) (9/20)
*# A student wants to research the KD of a protein that is estimated around 1 picomolar. He read that for an ITC, concentrations of 10µM are recommended. He decides that ITC is a good technique to determine the KD (do you agree with the student? explain (2/20)
*#Two Students perform an steady state Fluorescence Anisotropy assay on two proteins to determine the KD. They use the same buffer, same concentration and same machine, yet they both have different KD values. Give two reasons why this could be the case. (4/20)
*#Explain how proteins can interact specifically with DNA. (5/20)
*Dr Porras
*#Why is the stucture of carbohydrates important for its interactions. Give examples
*#Compare carbohydrates with Amino Acids and Proteins
*#How do proteins interact with carbohydrates. Give examples and discuss for the different types how water effects them.
*#Why is the N-glycosilation different on different cells, even in differen physiological conditions?
*#What is Bio-Orthogonal chemistry, why is it usefull to study Glycome?

===18 june 2024===
*Prof. Van den Ende: protein/carbohydrate interactions can cause many diseases:
*#Explain in great detail the exact nature of this particular type of protein/carbohydrate interactions at the molecule/atom level
*#Select two different diseases to situate the importance of protein/carbohydrate interactions. Explain the context of initiation and progress of these two diseases. What strategies can be used to prevent these protein/carbohydrate interactions and counteract disease development?
*Prof. Mizuno
*#Describe the principles of BRET
*#Summarize similarrities and differences (also advantages and drawbacks) of BRET over FRET.
*#Give one example analyzing biomolecular interactions with BRET and explain.
*Prof. Ismail
*#You're studying a newly discovered human protein in the lab and want to know what other proteins might interact with it. (10/20)
*#*Propose a method to identify potential interactions.
*#*Why did you choose this method?
*#*What are the limitations of this method?
*#*What are the experimental controls you need to do whule executing this method?
*#*Can you propose (only the name) another method that can overcome at least one of the limitations you mentioned before?
*#The figure below depicts 3 simulated curves of 3 isothermal titration calorimetry (ITC) experiments to determine the values: binding affinity Kd and stoichiometry (n). Each curve represents an experiment where the concentration of protein in the cell is different as indicated by the c-value on each curve. Indicate on each graph which values can be estimated with confidence. (the picture was the same as on the slides about the c-value effect) (2/20)
*#Mention 4 applications of Y2H system (2/20)
*#A student has 2 proteins, one of 4kDa and one of 50 kDa and wanted to determine the Kd. A colleague advised them to do a fluorescently label the 50 kDa protein and anisotropy assy. The student didn't find this a good idea. Do you agree with the student? (2/20)
*#Facilitated diffusion of proteins on DNA decreases the search time of proteins for their target sites, discuss. (4/20)

=== 21 juni 2022 ===
#Van den Ende: Protein-carbohydrate interactions can cause many diseases: what is the nature of these interactions? Give two examples of diseases with protein-carbohydrate interactions and say how you could stop their progress.
#Mizuno: Explain the principle of BRET. What are the advantages, disadvantages, similarities and differences with FRET? Give an example of the study of biomolecular interactions using BRET.
#Ismail: Explain the phenomenon that proteins find their target so quickly (quicker than observed in 3D diffusion).
#Robben: You want to study the interactome between virus and host (both genomes are known). Which strategy would you apply? How would you adapt the method to detect weak interactions?

=== 17 juni 2020 (Corona exam: 3 hours)===
#Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give two examples of diseases with protein-carbohydrate interactions and say how you could stop their progress.
#Mizuno: Given the equations describing kT, explain three factors affecting FRET efficiency and how (some of them) have to be taken into account when designing molecular sensors. Give two examples about molecular sensors using FRET, one with intermolecular and other with intramolecular FRET.
#Robben: you need to produce mouse monoclonal antibodies against the SARS-CoV-2. The spike protein is provided. Describe how would you proceed using phage display. What experimental measures would you take to ensure maximal affinity of the antibodies?

=== 14 juni 2019===
#Van den Ende: protein-carbohydrate interactions can cause many diseases? What is the nature of these interactions? Give examples of diseases with protein-carbohydrate interactions.
#Mizuno: Describe FRET and fluoresence lifetime, give examples to explain these concepts.
#Robben: Why doesn't the classical yeast two hybrid system work when one of the proteins is a membrane protein? Which alternative systems do you know would work? Give major advantages or disadvantages.
(Oral with Wim)

=== 15 juni 2018===

#Robben: Wat zijn de verschillende manieren waarop EcoRV bindt met DNA, welke methodologieën om dit te onderzoeken?
#Mizuno: Je collega ziet bij confocale microscopie dat membraaneiwit A en membraaneiwit B op de zelfde positie zichtbaar zijn en besluit dat ze dus interageren. Wat vind jij hiervan en waarom? Welke andere technieken zou je voorstellen en geef de achtergrond van deze technieken.
#Van den Ende: polypeptide-polysaccharideinteracties voor ziektes: Geef belang aan met behulp van een voorbeeld, en geef een voorbeeld van hoe dit de basis zou kunnen zijn van een therapie.

=== 26 juni 2017 ===
# Mizuno-senpai:
## Explain the principle of the Scatchard plot using the degree of association (fi)
##The two given plots depict a wild type (wt) and a mutant (cc) EGFR’s scatchard plot, with the twist that L(bound) is used instead of fi.
###Explain, how to calculate the association constant! Derive the linear, to get -K
###Give the association constant for CC! devide y intercept with x intercept, dont forget the unit! (K~0.9/12[1/pM])
###What does the x intercept mean? We can read out E0, because fi=1 at the x intercept. fi=L(bound)/E0=1 → L(bound)=E0
###Discuss the differences between WT & CC. WT curves up, which indicates an additional binding site. As for that binding site, the association constant is greater (see graph) it has a higher affinity to the substrate. This binding site is lost in the mutation. (Also this is why it is conceptually incorrect to calculate K from the y intercept on the scatchard plot)
#G. Maglia: Describe how DNA binding proteins recognize specific features in ssDNA and dsDNA.
#J. Robben: You want to develop a new ELISA assay for Zika virus. The coat protein (the antigen) is given. You decide to use phage display
##Describe how you would proceed in the lab! Procedure for antibody display (use nanobodies), biopanning, amplification etc.
##Which experimental measures would you use to ensure maximal affinity? According to those, who had the oral with him, the answer was monovalent display (so type33 or type3+3 display)
#J. Hofkens:A new theory is proposed for the structure of biological membranes, according to which it contains:
##Rafts
##Compartments that are due to the partition of the actin filaments (cytoskeleton) in the membrane
##Membrane proteins, that are present in oligomer form, or as transient dimers or bigger complexes. Describe how would you confirm this theory, with the microscopy techniques learned in class.

=== 20/06/2016 ===
#Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step reversible association and fast binding followed by a slower conformational change.
#Prof. Robben : Describe by drawing diagram of genetic component of enzyme complementation system. What are the strengths and weaknesses of this system compare to the traditional transcription factor based system.
#Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2.
#Prof.Hofkens : Imaging of receptor molecules in neural ring synapse in C.elegans.

=== 20/08/2016 ===
# Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Define the Binding equation. Derive the partition function and the association constant. Provide the Hill Plot and Scatchard plot of a single binding site. Explain what kind of information can be obtained from these plots. Explain the above analysis in the context of oxygen binding.
# Prof. Robben : Give a schematic representation of Tandem Affinity purification. Explain why sometimes cross linking is used. How is the outcome of this experiment different from 2 hybrid systems..
# Prof. De Maeyer : Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 2(ligand receptor complex).
#Prof.Hofkens : To distinguish the type of movement of two different motor proteins

=== 21/08/2015 ===
#Prof. Hideaki Mizuno Sensei : Single step and two step binding kinetics models. Basically all the equations. Know about the rate constants, what do they mean and how do you obtain them. Does not give any equation or formula.
#Prof. Giovanni Maglia : Explain how do proteins bind to a specific sequence in the major groove of the DNA.
#Prof. Marc De Maeyer: Discuss pharmacophore modelling. Focus on module 3.
# Prof. Johan Robben :· Classic yeast two-hybrid models are not viable if one or both proteins involved are cellular membrane proteins. Explain. · Give an example schematically on how would you model it correctly.

Bio-inorganic Chemistry

2025-01-12T00:18:59Z

R0877106: /* Deel Azambuja */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.
2024-... gedoceerd door Vogt en Azambuja, schriftelijk examen (elk op 6 punten).

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===10 jan 2025===
====Deel Vogt====
# (4p) Siderophore (endobacteria, structuur gegeven)
#* a. Teken waar het ijzeratoom in de structuur gebonden is
#* b. Wat is het oxidatiegetal van ijzer (gebonden)
#* c. Welke andere metalen kunnen in de plaats van ijzer binden?
#* d. Wat is het nut van gebonden ijzer aan de structuur om een bacteriecel binnen te dringen?
#* e. Op welke manier wordt ijzer vrijgezet van het siderophore in de cel?
# (2p) Wat maakt 99mTc zeer geschikt voor single photon emission computed tomography (SPECT)? Hoe wordt dit isotoop in een klinische omgeving geproduceerd?

====Deel Azambuja====
# (1p) Wat maakt Zn(II) ideaal in een hydrolysereactie?
# (2p) Reactiemechanisme van urease uitwerken
# (3p) Gegeven structuur (Excercise list 4, excercise 3, Coumaphos) - In the Leuven Chem&Tech building there is a situation in need of attention. A room has several bottles of different pesticides, and the Health, Safety and Environment Department cannot safely deal with it. As the chemist in charge, you have been asked to provide options that would convert the compounds below to less harmful compounds. Based on what you have learned in Bioinorganic Chemistry:
#* a. Propose different options of catalysts (enzymes or model systems) that could be used to convert the
compounds into another product, providing the reasons for your suggestions, the reactions involved in the proposed system and as many details as you can about the reactive center (metals, (type of) ligands, structure…) and the reaction mechanism. PS: Note that each molecule may be susceptible to more than one reaction.
#* b. Propose a mimic model. as many details as you can about the reactive center (metals, (type of) ligands, structure…) and the reaction mechanism.

===13 jan 2023===
# (3p) Azurine is een redox enzyme met abnormale reductie potentiaal.
#* a. Waarom is de reductie potentiaal zo hoog?
#* b. Met welke techniek kan je de actieve site bestuderen en waarom?
# (4p) Superoxide dismutase is een enzyme met Cu en Zn in de actieve site.
#* a. Geef de algemene reactievergelijking
#* b. Beschrijf de stappen die leiden tot de reactie.
#* c. Is zink essentieel voor het enzyme? Wat is de mogelijke rol van Zn(II)?
#* d. Welke andere metalen naast Cu kunnen nog gebruikt worden en waarom?
# (3p) Mossbauer spectrum van een [2Fe-2S]+ Rieske protein
#* a. Beschrijf het voorkomen van het spectrum (2 doubletten)
#* b. Bepaal de oxidatietoestand van Fe en leg uit adhv elektronen structuur.
# (2p) Wat maakt 99mTc zeer geschikt voor single photon emission computed tomography (SPECT)? Hoe wordt dit isotoop in een klinische omgeving geproduceerd?

===24 jan 2022===
# (3p) Transferrin:
#* a. Geef de verschillende vormen van transferrin die afhangt van de verzadigheid met Fe.
#* b. Welke van deze vormen is het meest stabiel?
#* c. Welk anion bindt bij transferrin nog? (Bicarbonaat)
#* d. Sorteer op affiniteit: Fe(III), Fe(II), Ga (III) & Cd(II)
# (3p) [2Fe-2S]1+ Riekske cluster met de Mössbauer spectrum:
#* a. Wat zie je op de grafiek?
#* b. Geeft de electronen structuur en de oxidatie toestanden.
# (4p) Purple acid phosphatase PAP:
#* a. Vul het mechanisme aan, geef de oxidatie toestanden en het product.
#* b. Waarom is het paars?
#* c. Waarom is de ideale pH = 6?
# (2p) Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===6 jan 2021===
# op 2p: Ferritin bestaat uit 2 subunits.
#* a. Wat is het verschil tussen de twee subunits of vlak van activiteit?
#* b. Via welke mechanismen wordt ijzer vrijgezet? Welke is het meest plausibel in vivo?
# op 3p: Geef de electron spin states van ijzer in rubredoxin (Je kreeg gegevens van Fe zoals atoomnummer). Op welke manieren kan dit bestudeerd worden. Leg uit waarom het high spin is.
# op 5p: Gegeven: Complex 4 of cytochroom C oxidase intermediate A en F zijn gegeven.
#* a. Geef de algemene ractievergelijking.
#* b. Geef het meest waarschijnlijke voorstel voor het P intermediate.
#* c. Welk residu speelt een belangrijke rol in de active site tijdens intermediate P?
#* d. Waarvan komen de electronen nodig om intermediate P te vormen?
#* e. Met welke technieken kunnen we de intermediaren bestuderen?
# op 2p: Geef de 4 resistentiemechanismen tegen Cis platina en geef 2 manieren om dit te omzeilen.

===27 jan 2020===
# op 2?p: Geef de verschillen en gelijkenissen uit bij L en H type subunits van ferritine.
# op 4p: Gegeven: de structuur van een Model System voor Myoglobin + 2 NMR spectra
#* a. Welk spectrum hoort bij het complex met O2 gebonden (oxy) en welk zonder O2 (deoxy) + Waarom?
#* b. Leg uit waarom het mogelijk is dat dit model system een hogere affiniteit voor O2 dan CO heeft.
#* c. Hoe is O2 gebonden aan Fe in de oxy vorm en met welke techniek(en) kan je dit bestuderen?
# op 4p: Gegeven: een gedeeltelijk ingevuld reactiemechanisme van purple acid phosphatase
#* a. Vul in op het schema: Welke 2 metalen + oxidatietoestanden + missende structuur + missende transitietoestand + uittredend product (ROH was het)
#* b. Waarom is het enzyme paars (Metal to Metal charge transfer band in UV-Vis spectrum)
#* c. Gegeven: grafiek (activiteit van het enzyme ifv pH) leg uit (pH-optimum, te lage pH geen activiteit: waarom?)
#* d. Met welke techniek kunnen we het mechanisme bestuderen? (Mossbauer, vooral EPR)
# op 2p: Geef de resistentiemechanismen tegen Cis platina en leg uit wat we hieraan kunnen doen bij sommigen. ( hint: als je lang genoeg blijft zagen en tekenen over transplatina dan vraagt ze niet meer achter de laatste 2 mechanismen)

===10 jan 2020===
# op 4p: Transferrin
#*Structuur en functie toelichten
#*Rol bicarbonaat uitleggen
#*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?
#*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen
# op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.
# op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?
# op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===28 jan 2019===
# (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.
#* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?
#* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?
#* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?
# (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.
# (6p) Sulfite oxidase.
#* Vul het schema aan
#* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?
#* Wat is de rol van molybdopterin?

===11 jan 2019===
# (3p) Copper proteins
#* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?
#* What is the main function of Cu(II) and why?
#* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.
#* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.
# (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.
#* What does the 450 represent?
#* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?
#* Fill in intermediate 6.
#* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2
# (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?
# (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?

===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk?
##In welke pathway speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

Bio-inorganic Chemistry

2025-01-12T00:18:39Z

R0877106: /* Deel Azambuja */

[[Categorie: Machemie]]
[[Categorie:Mabb]]

==Vakinformatie==
Nieuw vak sinds 2013-2014. Het vak wordt gedoceerd door Prof. Tatjana Vogt en behandelt verschillende aspecten van de bioanorganische chemie, gaande van de functie van metalen in enzymen, mogelijke onderzoeksmethoden tot medicinale toepassingen. Lessen in het Engels, examen afleggen mag zowel in het Engels als het Nederlands. Het is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding: je moet dus je antwoord gaan vertellen/uitleggen, ze leest niet gewoon je blad. Taak staat op 8 van de 20 punten. Op het examen vraagt Vogt iets over de paper.
2024-... gedoceerd door Vogt en Azambuja, schriftelijk examen (elk op 6 punten).

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0Y55AE.htm

==Examenvragen==
===10 jan 2025===
====Deel Vogt====
# (4p) Siderophore (endobacteria, structuur gegeven)
#* a. Teken waar het ijzeratoom in de structuur gebonden is
#* b. Wat is het oxidatiegetal van ijzer (gebonden)
#* c. Welke andere metalen kunnen in de plaats van ijzer binden?
#* d. Wat is het nut van gebonden ijzer aan de structuur om een bacteriecel binnen te dringen?
#* e. Op welke manier wordt ijzer vrijgezet van het siderophore in de cel?
# (2p) Wat maakt 99mTc zeer geschikt voor single photon emission computed tomography (SPECT)? Hoe wordt dit isotoop in een klinische omgeving geproduceerd?

====Deel Azambuja====
# (1p) Wat maakt Zn(II) ideaal in een hydrolysereactie?
# (2p) Reactiemechanisme van urease uitwerken
# (3p) Gegeven structuur (Excercise list 4, excercise 3, Coumaphos) - In the Leuven Chem&Tech building there is a situation in need of attention. A room has several bottles of different pesticides, and the Health, Safety and Environment Department cannot safely deal with it. As the chemist in charge, you have been asked to provide options that would convert the compounds below to less harmful compounds. Based on what you have learned in Bioinorganic Chemistry:
#* a. Propose different options of catalysts (enzymes or model systems) that could be used to convert the
compounds into another product, providing the reasons for your suggestions, the reactions involved in the proposed system and as many details as you can about the reactive center (metals, (type of) ligands, structure…) and the reaction mechanism. PS: Note that each molecule may be susceptible to more than one reaction.

#* b. Propose a mimic model. as many details as you can about the reactive center (metals, (type of) ligands, structure…) and the reaction mechanism.

===13 jan 2023===
# (3p) Azurine is een redox enzyme met abnormale reductie potentiaal.
#* a. Waarom is de reductie potentiaal zo hoog?
#* b. Met welke techniek kan je de actieve site bestuderen en waarom?
# (4p) Superoxide dismutase is een enzyme met Cu en Zn in de actieve site.
#* a. Geef de algemene reactievergelijking
#* b. Beschrijf de stappen die leiden tot de reactie.
#* c. Is zink essentieel voor het enzyme? Wat is de mogelijke rol van Zn(II)?
#* d. Welke andere metalen naast Cu kunnen nog gebruikt worden en waarom?
# (3p) Mossbauer spectrum van een [2Fe-2S]+ Rieske protein
#* a. Beschrijf het voorkomen van het spectrum (2 doubletten)
#* b. Bepaal de oxidatietoestand van Fe en leg uit adhv elektronen structuur.
# (2p) Wat maakt 99mTc zeer geschikt voor single photon emission computed tomography (SPECT)? Hoe wordt dit isotoop in een klinische omgeving geproduceerd?

===24 jan 2022===
# (3p) Transferrin:
#* a. Geef de verschillende vormen van transferrin die afhangt van de verzadigheid met Fe.
#* b. Welke van deze vormen is het meest stabiel?
#* c. Welk anion bindt bij transferrin nog? (Bicarbonaat)
#* d. Sorteer op affiniteit: Fe(III), Fe(II), Ga (III) & Cd(II)
# (3p) [2Fe-2S]1+ Riekske cluster met de Mössbauer spectrum:
#* a. Wat zie je op de grafiek?
#* b. Geeft de electronen structuur en de oxidatie toestanden.
# (4p) Purple acid phosphatase PAP:
#* a. Vul het mechanisme aan, geef de oxidatie toestanden en het product.
#* b. Waarom is het paars?
#* c. Waarom is de ideale pH = 6?
# (2p) Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===6 jan 2021===
# op 2p: Ferritin bestaat uit 2 subunits.
#* a. Wat is het verschil tussen de twee subunits of vlak van activiteit?
#* b. Via welke mechanismen wordt ijzer vrijgezet? Welke is het meest plausibel in vivo?
# op 3p: Geef de electron spin states van ijzer in rubredoxin (Je kreeg gegevens van Fe zoals atoomnummer). Op welke manieren kan dit bestudeerd worden. Leg uit waarom het high spin is.
# op 5p: Gegeven: Complex 4 of cytochroom C oxidase intermediate A en F zijn gegeven.
#* a. Geef de algemene ractievergelijking.
#* b. Geef het meest waarschijnlijke voorstel voor het P intermediate.
#* c. Welk residu speelt een belangrijke rol in de active site tijdens intermediate P?
#* d. Waarvan komen de electronen nodig om intermediate P te vormen?
#* e. Met welke technieken kunnen we de intermediaren bestuderen?
# op 2p: Geef de 4 resistentiemechanismen tegen Cis platina en geef 2 manieren om dit te omzeilen.

===27 jan 2020===
# op 2?p: Geef de verschillen en gelijkenissen uit bij L en H type subunits van ferritine.
# op 4p: Gegeven: de structuur van een Model System voor Myoglobin + 2 NMR spectra
#* a. Welk spectrum hoort bij het complex met O2 gebonden (oxy) en welk zonder O2 (deoxy) + Waarom?
#* b. Leg uit waarom het mogelijk is dat dit model system een hogere affiniteit voor O2 dan CO heeft.
#* c. Hoe is O2 gebonden aan Fe in de oxy vorm en met welke techniek(en) kan je dit bestuderen?
# op 4p: Gegeven: een gedeeltelijk ingevuld reactiemechanisme van purple acid phosphatase
#* a. Vul in op het schema: Welke 2 metalen + oxidatietoestanden + missende structuur + missende transitietoestand + uittredend product (ROH was het)
#* b. Waarom is het enzyme paars (Metal to Metal charge transfer band in UV-Vis spectrum)
#* c. Gegeven: grafiek (activiteit van het enzyme ifv pH) leg uit (pH-optimum, te lage pH geen activiteit: waarom?)
#* d. Met welke techniek kunnen we het mechanisme bestuderen? (Mossbauer, vooral EPR)
# op 2p: Geef de resistentiemechanismen tegen Cis platina en leg uit wat we hieraan kunnen doen bij sommigen. ( hint: als je lang genoeg blijft zagen en tekenen over transplatina dan vraagt ze niet meer achter de laatste 2 mechanismen)

===10 jan 2020===
# op 4p: Transferrin
#*Structuur en functie toelichten
#*Rol bicarbonaat uitleggen
#*Waarom kunnen ook andere metalen dit proteµîne binden?
#*4 metalen in afnemende affiniteit voor binding site plaatsen
# op 3p: Mössbauerspectrum Rieske proteïne, geef oxidatie toestanden, welke ox toestand hoort bij welke piek? Teken de verschillende elektronenconfiguraties.
# op 3p: Vul het reactiemechanisme van Cyt P450 aan en vermeld de verschillende oxidatietoestanden. Met welke spectroscopische technieken zijn deze te karakteriseren?
# op 2p: Geef 3 kationen met een antimicrobiële werking en licht minstens 1 mechanisme hiervan toe.

===28 jan 2019===
# (4p) 1HNMR-spectra van oxy- en deoxy Mb gegeven en een Mb-structuur.
#* Welke vorm hoort bij welk spectrum en waarom?
#* Kan er irreversibele oxidatie optreden met de vorming van een µ-oxo-dimeer (Fe-O-O-Fe) na oxidatie met O2?
#* Hoe bindt O2 en met welke technieken kan je dit bestuderen?
# (2p) resistentie mechanismen cisplatina en hoe te omzeilen.
# (6p) Sulfite oxidase.
#* Vul het schema aan
#* Wat gebeurt er met de elektronen die vrij komen?
#* Wat is de rol van molybdopterin?

===11 jan 2019===
# (3p) Copper proteins
#* How are metal centres in copper proteins classified and based on what is this classification made?
#* What is the main function of Cu(II) and why?
#* What is the most useful method to study Cu centres in biochemistry and what concrete information can be extracted from this technique? Explain why it cannot be used for type III Cu centres.
#* bijvraag : welke techniek nog = UV-vis want hebben een andere kleur.
# (4p) Cytochromes P450 are regarded as oxidizing enzymes, yet they consume one eq. of NADPH for each catalytic cycle.
#* What does the 450 represent?
#* What is the most common reaction catalyzed by P450 and why is NADPH required?
#* Fill in intermediate 6.
#* Fill in the missing shunt from 5b back to intermediate 2
# (3p) Explain the electron structure of Fe in the oxidized and reduced state in [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish them and why?
# (2p) What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)? How is this isotope being produced in a clinical environment?

===29 jan 2018===
#cytochrome oxidase reaction + electron origin + oxidation states
#Da enzyme met Cobalt en AdoB12 radicaal
#electronic structure of (de)oxy Mb + techniques to differentiate?
#Cisplating resistance mechanisms + how to counteract them?

===25 jan2018===
#Gd(III) waarom is dit een goed contrast agents? Wat zijn de nadelen? Wat kunnen we hieraan doen? (2p)
#Reactiemechanisme van citraat naar isocitraat (aconitase)
##Bespreek de 3 hoofdreacties in het mechanisme. Vul de ontbrekende producten en stap aan (? En A was water en de 180° flip).
##Waarom is de stap aangeduid als A zo belangrijk?
##In welke pathway speelt dit enzyme een belangrijke rol? (3p)
#bespreek de stappen van de Fe-incorporatie van ferritine. Hoe kan je Fe terug veijzetten uit het ferritine. (3p)
#De 2 mossbauer spectra van [4Fe-4S] gegeven. Welk spectra hoort bij 1+ en welk bij 2+ toestand. Verklaar waarom (4p)

===25 jan 2018 VM===
#3 Voorbeelden van antimicrobiële metaal kationen met bewezen werking
#P450
##Waarom 450
##Welke reacties katalyseren ze? waarom NADPH
##Intermediar VI aanvullen
#Ferritine, hoe opgebouwd (24 mer) welke verschillende bouwstenen (H en L) en welk verschil aan de hand van wel specifiek weefsel we ze vinden en wat is het verschil tussen deze beide bouwsten met betrekking tot reactiviteit
#2 Mossbauer spectra van 3Fe4S +I en 3Fe4S 0 welke hoort bij wat en verklaar bij nader

===12 jan 2018===
# (4p) Fe(III) is transported through the body via transferrin, a Fe(III) protein.
## Which anion is important to bind Fe(III)? (= bicarbonaat)
## What structural changes/molecular forms are induced when Fe(III) is bound to transferrin.
## What experiment can be used to distinguish the different molecular forms of transferrin?
## Does it bind only Fe(III) or could other metals also bind?
# (3p) Two 1HNMR spectra are given. One is of oxidized myoglobin and the other is of deoxidized myoglobin. Which spectra belongs to the oxidized and wich to the deoxidized form? Explain why.
#* Gegeven: Structuur van Fe in de ring + twee spectra met serieuze pieken en daarbij telkens ook een spectra van de protonen van bèta corrin. Eén spectra was niets te zien van de protonen van bèta corrin & de andere vertoonde twee pieken rond 50 ppm. De reden dat 02-bound myoglobin diamagnetic is omwille van binding met zuurstof. Unbound myoglobin is paramagnetic en zal dus upfield shifts veroorzaken in het NMR spectrum.
# (3p) Alkaline en purple acid phosphatase
## Fill in missing metals, reaction products and transition states
## What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
#* Bijvraag: wat gebeurt er bij een heel lage pH bij purple acid phosphatase (= anders wordt ook OH aan ijzer ook geprotoneerd en is er geen nucleofiele aanval op fosfaat)
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?

===01 sep 2017 ===
# (3p)
#* How are copper sites classified?
#* Which technique is used to study them, what results do you get from it?
#* Why does this technique not work for type III?
# (3p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophatase?
#* Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* Draw and explain the 2 different electronic configurations of Rebredoxins.
#* Which spectroscopic techniques can be used to distinguish these 2 states?
#* Why are both state in high spin?
# (3p)
#* Discuss the 4 bindingspots of Human Serum Albumine.
#* Where and why would Hg(II) bind?

===30 jan 2017 ===
#
#* Advantages of coordination compound based dyes for optical imaging.
#* Most common metals for this method and why
#
#* Axial groups on methylmalonyl CoA mutase
#* which reaction is catalysed by this enzym
#* Explain the first step of this reaction mechanism and what is the oxidation state(s) of Co
# -> 2 Mossbauer spectra gegeven
#* 2 most important limits of 57Fe Mossbauer spectroscopie
#* Which parameters can be derivate from the spectra
#* Which of the 2 has the most symmetry and explain why
#
#* 2 subunits of ferritin + explain proportion difference in different tissues between the 2 subunits
#* Most important difference between the 2 subunits

===26 jan 2017===
# What are metallothioneines? Which metals are associated and why does it bind so many metals?
# Why is Gd a good metal for MRI enhancement? What's the problem with Gd and how is this solved?
# P450: In which reaction is it involved? Draw remaining intermediates (4,5,6). Why is NADPH used? How many electrons are participating?
# Describe binding of oxygen to hemoglobin. How is this related to cooperative binding? How is the binding regulated?

===10 jan 2017===
# (2p)
#* What makes 99mTc highly suitable for single photon emission computed tomography (SPECT)?
#* How is this isotope being produced in a clinical environment?
# (3p)
#* Which metal is found in the active sit of hemerythrin?
#* How does oxygen Bind to it?
#* Explain the oxidation states present in oxy and in deoxy form of hemeryhtrin. Which technique iq best suitable to study this and why?
# (4p) Given is part of the reaction mechanism of purple acid phosphatase (voorbeeld examen)
#* Fill in the missing metal centers, transition state and reaction products
#* What is the main difference between the active site of purple acid phosphatase and alkaline phophataseµ? Can both enzymes be used under the same conditions?
# (3p)
#* What are the different electron carrying components in complex III from the mitochondrial respiration?
#* explain how electrons are being transported to cytochrome c.

===25 jan 2016===
# 99mTc: properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment
# Reaction mechanism of aconitase
# Rubredoxin: elektronenconfiguratie en hoe de twee vormen via spectroscopische techniek onderscheiden
# Welke elektronencarriers zijn er in Complex III en hoe wordt cytochroom C hier gereduceerd?

===21 jan 2016===
# Bespreek humaan serum albumine, 4 bindingsplaatsen. Waar en waarom zou Hg(II) binden
# Exact de vraag van het voorbeeldexamen op toledo ivm alkaline en purple acid phosphatase (reactieschema aanvullen en het verschil uitleggen)
# Nitrogenase uitleggen, welke delen voor wat dienen, reactievergelijking geven
# Hemerythrin, oxidatie dingen uitleggen, techniek om dit te bestuderen.

===22 jan 2015 (nm)===
#How are copper sites classified? Which technique is used to study them, what results do you get from it? Why does this technique not work for type III
#Which factors regulate O2 binding to hemoglobin? And how?
#Fill in the missing reactant and reaction products (Dimethyl sulfoxide reductase), what are the oxidation states of Mo? Draw the overall chemical reaction. Where do the 2 electrons come from?
#Give two examples of Platinum anti-tumor drugs with better efficacy

===23 jan 2014 (vm)===
#Give four mechanisms by which cells can become resistant to cisplatin. How can you circumvent these resistance mechanisms? (4p)
#Reaction mechanism of aconitase: (6p)
#*fill in the missing reactants and reaction products.
#*Identify the three main reactions in this mechanisms.
#*Why is the step indicated with A so important? (A was the 180Â° flip)
#*In which pathway does this enzyme play an important role within the cell?
#Explain in detail the electronic states of Fe in the oxy and deoxy states of myoglobin. Which technique is best to differentiate between these two states? (4p)
#Which electron carriers play a role in complex III of the mitochondrial respiration pathway? How do electrons reach cytochrome c? (6p)

===15 jan 2014 (vm)===
# Why is Gd a good metal for MRI? What are the disadvantages? How are these problems being attacked? (4p)
# Which reaction is catalysed by methylmalonyl-CoA mutase? Describe the first reaction step? (6p)
# Two Mossbauer spectra were given from two different di-iron species(6p)
#* What do you need in order to obtain these Fe Mossbauer spectra?
#* What parameters can you derive from these graphs?
#* Which is more symmetric and why?
# What function do metallothioneines have? What metals and aminoacids are associated with them? Are they specific for certain metals? (4p)

===15 jan 2014 (nm)===
# properties that make it useful for SPECT, production in clinical environment (4p)
# Reaction mechanism of purple acid phosphatase (6p)
#* Fill in missing metals, reaction products and transition states
#* What is the main difference in active site between purple acid phosphatase and alkaline phosphatase. Do they work at same conditions?
# Explain the electronic structure of Fe in oxidized and reduced [2Fe-2S] ferredoxins. Which two spectroscopic methods can be used to distinguish between them and why? (5p)
# What is the major consequence of O binding to the structure of hemoglobine? How is this related to cooperative binding? (5p)

2022-06-21T13:49:56Z

R0877106: /* Examenvragen vanaf 2013 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

==Examenvragen vanaf 2013==

===21 juni 2022===

vul ajb aan (vragen zijn duidelijker op het examen gesteld)

# Lactose: tekenen, waar komt het voor, wat splitst het? + vergelijken met trehalose (6 ptn)
# Tertiaire structuur proteïne: Wat is het? Waaraan is het gevoelig? (6 ptn)
# peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? In welk organisme komen ze voor? Welke metabolische wegen komen er in voor? (6 ptn)
# Hoe kan kationenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst? (6 ptn)
# Sucrose omzetten in 3molecule stearinezuur, hoeveel ATP bij het verademen van de restproducten? (10 ptn) (---> hier zijn er deelvragen)
# Twee microscoopfoto's (spiercel en delende plantencel) (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.

Celbiologie en biochemie

2022-06-21T13:45:40Z

R0877106: /* 21 juni 2022 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

==Examenvragen vanaf 2013==

===21 juni 2022===

vul ajb aan (vragen zijn duidelijker op het examen gesteld)

# Lactose: tekenen, waar komt het voor, wat splitst het? + vergelijken met trehalose (6 ptn)
# 3e structuur proteïne: Wat is het? Waaraan is het gevoelig? (6 ptn)
# peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? In welk organisme komen ze voor? Welke metabolische wegen komen er in voor? (6 ptn)
# Hoe kan kationenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst? (6 ptn)
# Sucrose omzetten in 3molecule stearinezuur, hoeveel ATP bij het verademen van de restproducten? (10 ptn) (---> hier zijn er deelvragen)
# Twee microscoopfoto's (spiercel en delende plantencel) (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.

Algemene Natuurkunde I

2022-06-18T08:33:20Z

R0877106: /* 17 juni 2022 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Fysica van eerste jaar biochemie en chemie. Vroeger een jaarvak met deelexamen in januari, vanaf 2018-2019: jaarvak met alleen in juni examen, voor dit examen krijg je 3 uur de tijd. Beide examens zijn volledig schriftelijk. Werd Gedoceerd door Roger Silverans. De docent voor dit vak sinds 2012 is Antoine(Toine) van Proeyen. Sinds 2018-2019 wordt het gedoceerd door Enrico Carlon (eerste semester) en Thomas Van Riet (tweede semester). Er zijn 2 delen van het examen (theorie & oefeningen). Het theorie deel zijn multiple choice vragen waarbij je al dan niet een uitleg moet bij geven (giscorrectie) elke vraag op 1 punt. Het oefeningen deel zijn 4 oefeningen elk op 5 punten.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen juni==
===17 juni 2022===
#Verklaar waarom astronauten gewichtloosheid ervaren. (2 punten)
#Een persoon springt spontaan de lucht in, worden impuls en energie behouden? (2 punten)
#Een snaar van 1 meter met µ=3,14 g/m heeft een spankracht van 100N. De diameter van de snaar is 2mm. Wat is de golflengte bij de grondfrequentie? (2 punten)
#Een massa 2M vliegt recht omhoog, op hoogte h ontploft deze massa waarbij hij in 2 delen van massa M splitst, met energie E. 50% van deze energie gaat verloren en warmte, de rest wordt omgezet in horizontale energie. De massa's M hun maximum hoogte is 2h. Hoever landen de 2 delen M uit elkaar? (5 punten)
#Je hebt een cylindrisch vat met een rechthoekige opening met breedte w, de hoogtes worden gegeven door d1 en d2 (gemeten van de bovenkant van het vat). Geef een formule voor het debiet dat in eerste instantie uit het vat stroomt. Je mag het zakken van het vloeistof niveau hierbij verwaarlozen. (4 punten)
#Geef de maximum snelheid v waarmee een auto (met massa m) een bocht kan maken (straal r) zonder uit de bocht te vliegen. (1.5 punt)
##Indien men de bocht hellend maakt, geef een formule voor de minimum hoek die nodig is voor een v groter dan die uit vraag 1. (3.5 punten) (Example 5.15 boek)

===25 juni 2020===
#als je rechts draait in een felle bocht met een auto , draait de heliumballon die in de auto is dan...
#*mee naar rechts tov de auto
#*naar links tov van de auto
#*de ballon verplaatst zich niet tov de auto
#als een sirene weg rijdt van je, hou verhouden de decibel zich tov de 'geluidsterkte' (intensiteit)
#*decibel neemt kwadratisch af en geluidsterkte logaritmisch af
#*decibel neemt logaritmisch af en geluidsterkte neemt ook af op andere wijze
#*decibel neemt logaritmisch af en geluidsterkte logaritmisch af
#*decibel neemt kwadratisch af en geluidsterkte kwadratisch af
#bereken de golflengte van een gitaarsnaar die een Fspan= 100N, en de snaar is 10cm lang en 22m diameter.
##bereken ook voor deze snaar wat de golflengte is , moest je een octaaf hoger klinken
#pendulum vraag, bereken v wanneer de slinger hoogte 0 heeft en de slinger werd op hoogte h losgelaten , met beginsnelheid=0. De lengte van de slinger is l. de slinger heeft een balletje met massa m.
##bereken nu de arbeid die verricht is geweest door de slinger als er een wrijvingskracht op uitgeoefend werd.
#Venturi effect; formule afleiden via continuiteit bij fluida (BEWIJS)[http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbase/Fluids/venturi.html]
##nu, toepassen op een venturi buis die water en olie bevatte op een bepaalde hoogte (zie google opzoeke, meest bekend voorbeeld); dan invullen voor die hoogte en v1 en v2 zo afleiden
#golfvergelijking gegeven in de vorm van psi=A* (sin(αθ) + i cos(αθ)) (met bereik = 0 tot 2π)
##geef de waarschijnlijke locatie van het deeltje
##bereken de waarde van de amplitude A
##moeten er bepaalde bestaansvoorwaarden voor α zijn?

===18 juni 2020===
#Zouden atomen stabiel kunnen zijn zonder de kwantumfysica? Leg uit. (2pt)
#Een persoon gaat een "spacewalk" maken maar haar kabel breekt. Het enige dat ze bij heeft is een zaklamp. Uit de lessen fysica van vroeger herinnert ze zich dat fotonen een impuls hebben, ze schijnt daarom met de zaklamp in de tegengestelde richting (dus weg van het ruimteschip) om terug aan boord te geraken. Is haar redenering correct? Is dit de beste manier om terug bij het schip te geraken? (2pt)
#Nog 1 ja/nee vraag met uitleg geven. (1pt)
#Er was een vraag dat ge met krachten enzo moest uitleggen waarom het ruimtestation in een film ronddraait. En dan moest ge nog berekenen hoeveel rondjes per minuut het station moest draaien om de zwaartekracht op aarde na te bootsen, de straal van het station was 40m. (Het was zo een ruimteschip zoals in de foto in link)[https://i.pinimg.com/originals/9a/da/f9/9adaf9a402818747c173ce744738931d.jpg] (5pt)
#Opstelling zoals foto (in link). h1 en de dichtheid van de olie is gegeven. Bereken (h2 ) het hoogteverschil tussen de twee wateroppervlakten. [https://drive.google.com/file/d/1Du-mrA16d1ZfSqJtfYmNcKFWH69Vjf-w/view?usp=sharing] (5pt)
#Opstelling zoals foto (in link). Een persoon wil trainen met gewichten. Er hangen twee gewichten van elk 30kg aan een homogene staaf van 3m lang (de massa van de staaf weet ik niet meer). De persoon wilt graag meer gewicht. Ze doet dit door eerst links en pas daarna rechts een nieuw gewicht extra bij te hangen (het gaat dus over het moment dat er enkel links een extra gewicht hangt en het systeem dus nét nog in evenwicht staat). Hoeveel mag een nieuw gewicht maximaal wegen om het systeem niet te laten kantelen? Voor de afstand van het nieuwe gewicht mag dezelfde afstand als het andere gewicht genomen worden. [https://drive.google.com/file/d/1-1SH0RiI8OQBJzpYY3leS_XEw-p_FXHo/view?usp=sharing] (5pt)

===10 juni 2020===
#Een deeltje met lading e dat zich in een magnetisch veld B ⃗ bevindt, er ontstaat een Lorentzkracht F ⃗ die voldoet aan F ⃗=ev ⃗×B ⃗. Met v ⃗ de snelheid van het deeltje. Als nu een deeltje door een constant magnetisch veld beweegt, dan zal de grootte van de snelheid:
#*Altijd afnemen
#*Altijd toenemen
#*Toenemen of afnemen afhankelijk van de hoek tussen de initiële snelheid & het magnetisch veld
#*Hetzelfde blijven
#Een organisatie van mensen beweert dat er nooit een mens op de maan is geweest, dat het niet mogelijk is om aan ruimtevaart te doen. Er kan nooit aan de zwaartekracht ontsnapt worden: de potentiële energie ten gevolge van de zwaartekracht is gelijk aan m.g.h, waarbij m de massa van de raket is, g de valversnelling & h de hoogte. Als je aan de zwaartekracht wil ontsnappen zou de hoogte naar oneindig moeten gaan, waarvoor ook oneindig veel energie voor nodig is. Waar zit de fout in hun redenering?
#Je staat op de zuidpool & richt een raket naar de noordpool, de motor is afgesteld zodat de raket op dezelfde hoogte boven het aardoppervlak naar zijn doel beweegt. Wat is het effect van de Corioliskracht?
#*De raket zal afwijken & het doel niet bereiken
#*De raket zal de noordpool bereiken via een spiraalvormige kromme zoals gezien door iemand op het aardoppervlak
#*De raket zal de noordpool bereiken via een spiraalvormige kromme zoals gezien vanuit iemand buiten de aarde die stilstaat ten opzichte van de rotatiebeweging van de aarde rond haar as
#*De raket zal de noordpool bereiken in een rechte lijn (langs het aardoppervlak) zoals gezien door iemand op het aardoppervlak
#Een hypothetisch deeltje met dezelfde lading & massa als een elektron, met het verschil dat het spin 2 heeft. Beschouw een atoom met atoomgetal Z. Hoeveel hypothetische deeltjes kunnen in de K-schil?
#Welke uitspraak is correct?
#*Een ‘do’ beschouwen we als grondfrequentie, alle veelvouden van die frequentie zijn ook ‘do’s’ maar in een ander octaaf
#*Het verschil in frequentie tussen 2 opeenvolgende noten is onafhankelijk van het octaaf
#*Een buik van een hogere ‘do’ komt overeen met een buik van een lagere ‘do’
#*Een knoop van een hogere ‘do’ komt overeen met een knoop van een lagere ‘do’
#Een blok met massa van 82 gram wordt horizontaal afgeschoten door een veer met constante k = 200 N/m, 15 cm in te duwen. Nadat de blok loskomt, schuift het over een horizontaal vlak met wrijvingscoëfficiënt μ = 0,27 dat 85 cm lang is. Het vlak gaat over in een wrijvingsloze helling, hoeveel cm schuift het blok terug over het vlakke deel met wrijving? Leg uit waar het blok tot stilstand komt.
#Een frisbee met diameter 2,3 cm met massa 102 gram. De helft van de massa is homogeen over de schijf verdeeld, de andere helft is geconcentreerd op de buitenrand van de schijf. Wat is het traagheidsmoment van de frisbee? Als je met je pols een draaibeweging geeft van een kwart-draai (over 90°) met een constant krachtmoment, hoe groot moet dat krachtmoment zijn opdat de frisbee zou draaien tegen 450 toeren per minuut?
#Water valt uit een kraan naar beneden op een niet turbulente constante manier. Toon aan dat de diameter van de vallende kolom water gegeven is door de formule:
'''d=d0((v0^2)/(v0^2+2gh))^(1/4)''' met
#*d0: diameter opening van de kraan
#*v0: snelheid van het water net buiten de kraan
#*h: afstand van de kraan tot waar d gemeten wordt

===20 juni 2019===
#Een asteroïde met massa m bevindt zich op een hoogte H boven de baan van Jupiter met straal r en massa M.
##Bereken de potentiële gravitationele energie wanneer de asteroïde zich op hoogte H bevindt
##Bereken de potentiële gravitationele energie wanneer de asteroïde zich in de baan bevindt.
##Op hoogte H heeft de asteroïde een snelheid van 2.0 m/s. Bereken de snelheid in de baan.µ
#Een blokje glijdt op een cirkelbaan met straal r die vaststaat op de grond. Er is geen wrijving.
##Op welke hoogte valt het blokje? Tip: dit is wannneer de normaalkracht wegvalt.
##Wat is de snelheid op dit moment?
#Elektronen in een 3d-orbitaal worden vervangen door deeltjes met spin 1 en massa x-aantal keer die van het elektron. Welke kwantumgetallen zijn mogelijk en hoeveel zijn het er?
#Een aardbevingsgolf beweegt met snelheid 410 km/s en frequentie 0.60 hZ.
##Welke minimale amplitude is nodig zodat voorwerpen net van de grond komen? De aardbevingsgolf vindt 10 seconden plaats.
##Een tweede golf ontstaat in een punt 3OO km ten noordwesten van de eerste golf, 1.3 s na de eerste. Wanneer bereikt dit tweede punt voor het eerst haar maximale uitwijking?

===21 juni 2018===
#Afleiding equation of continuity
#Afleiding vergelijking van Bernouilli (+uitleggen waar deze nu precies voor staat en wat je eruit kan afleiden)
#Oefening over impulsmoment van elektron zie 19 juni 2014
#Oefening traagheidsmoment molecule H2O langs twee assen (staat in het boek)
#Hoe kan je de hoogte van een gebouw bepalen adhv een slinger?
#Oefening over twee golven met dezelfde amplitude etc waarvan de ene een dubbel zo grote golflengte heeft dan de andere en dan bepalen welke de grootste hoeveelheid energie verplaatst

=== 25 juni 2015 ===
#oefening over behoud van momentum
#fotoelektrisch effect en alle formules afleiden (H37)
#en dan de wiskundige vergelijking van de golf geven en dan de condities wanneer ze SHM was en dan periode, frequentie en golflengte daarvan afleiden
#2 stellingen: 'als er wind is zal je het geluid dan luider horen' en dan nog eentje over 'kan een kind meegezogen worden met een snelle trein'

===25 jun 2014 ===
Vraag 1:
Bij beta verval valt een atoom uiteen in een elektron en een terugslagkern, deze volgen na splitsing echter geen 'rechte lijn' dit schaadt echter een principiële wet van de mechanica.
#Welke wet?
#Teken en leg uit
#Hieruit volgt dat er nog een partikel wordt uitgestoten (een neutrino) toon aan op de tekening dat dit zo is en leg uit.

Vraag 2:
Archimedes; afleiden van een formule en nog enkele meerkeuzevraagjes (drijft het/ drijft het niet)

Vraag 3:
Lorentztransformatie x=x' y=y' z=a(z'+vt')
#Vind de omgekeerde formules, gebruik c,
#Leid a af
#Leid de formule van de lengtecontractie af

Vraag 4:
een gietijzeren standbeeld (100kg) op een koperen plaat (60kg d=0.1 en S= 0.70 m^2) staan op een glazen helling van 30 graden
#Bereken de wrijving van gietijzer op koper
#Bereken de wrijving van koper op glas (de Mu's zijn gegeven)
#Bereken delta l die de wrijving veroorzaakt (de modulus G is gegeven)

===19 jun 2014 ===
Vraag 1:
#Impulsmoment van een elektron is sqrt(3/4)hbar.
#Verklaar met theoretische achtergrond.
#Bereken hoeksnelheid en snelheid van een punt op de rand (massa en straal gegeven).
#Oplossing is in de grootte-orde van 10^13. Bespreek.

Vraag 2:
#Geef het arbeid-energie theorema
Situatie: blok naar boven duwen zodat die boven op een helling geraakt.
#Teken en benoem al de krachten.
#Bereken de grootte van alle krachten.
#Bereken de arbeid geleverd door alle krachten.
#Bereken de beginsnelheid die nodig is om het blok boven te krijgen.
#Is de berekende snelheid dezelfde als de eindsnelheid die het blok zou bereiken moest het van boven losgelaten worden?

Vraag 3:
Situatie: platform met luidspreker beweegt naar muur toe. Persoon op het platform hoort zwevingen met een frequentie van x Hz. Uitzendfrequentie is gegeven.
#Wat is de frequentie van een zweving als functie van f1 en f2.
#Bereken de frequentie gehoord aan de muur.
#Bereken de frequentie gehoord door de persoon op het platform nadat die teruggekaatst is door de muur.
#Bereken de snelheid van het platform.

Vraag 4:
#Verklaar dat de beweging van een zuiger op een wiel ongeveer eenvoudig harmonisch is.

===14 jun 2012 (namiddag)===
Theorie:
# leg het gedachte-experiment van lorent-einstein uit
# andere 3 kleine theorie vragen worden nog gepost
Oef:
# bepaal de wrijvingscoefficient van een een gelijkbenige 3hoek met de grond, deze houdt het water tegen langs 1 kant (net zoals in oefenzitting met die trapezium)
# beeld op een koper plaat, op een glazen 3hoek
#* wrijvingskracht beeld met plaat
#* wrijvingskracht plaat met 3hoek
#* vervorming van plaat door de krachten, uw x bepalen

===14 jun 2012 (voormiddag)===
Theorie:
# Gedwongen oscillatie: bewegingsvgl afleiden, energie en energieoverdracht bespreken en formules afleiden, uitleggen wat energieresonantie is.
# Een slinger bestaat uit een staaf met masse m en lengte l. We hangen er een klein bolletje met massa 2m aan. Hoe verandert de periode?
# Bespreek hoe geluid getransporteerd wordt in een 'telefoon' bestaande uit 2 bekers met een gespannen draad ertussen.
# Je zit in een treinwagon zonder ramen die volledig geluidsloos is. Is er een fysisch experiment om te weten dat je rijdt?
Oef:
# Een ader is vernauwd: bespreek of de snelheid van het bloed stijgt of daalt. De snelheid van het bloed wordt gemeten door ultrasone golven in te late nvallen op de bloedcellen onder een hoek van 45 graden. Bereken de bloedsnelheid uit de beatfrequentie, de geluidssnelheid en de frequentie van de uitgezonden golven.
# Een wasbak wordt overgeheveld in een emmer: bereken de uitstroomsnelheid, de tijd nodig om de wasbak leeg te laten lopen en leg uit of de uitstroomsnelheid constant blijft.

=== 21 juni 2011 ===
Theorie:
#golf in een gaskolom tekenen + gegevens aanduiden om geluidssnelheid te berekenen in die kolom en die dan ook afleiden.
#E=mc² afleiden uit relatieve massa en versnellingsarbeid op die massa.
Oefeningen:
#Golven
#hydronamica

=== 16 juni 2011===
Theorie:
#bespreek de ionische binding van diatomische moleculen.
#bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
#gedempte trilling: geef de bewegingsvergelijking en schets de grafiek
#Aan een massa met verwaarloosbaar volume worden heliumballonen gehangen. Hoeveem ballonen zijn er nodig om de massa van de grond te laten komen?

=== 22 juni 2010 ===
Theorie:
# Geef bewegingsvgl van gedwongen oscillatie en bespreek energieresonantie en energieoverdracht.
# Bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
# Staaf die breekt bij bepaalde spanning. Geef lengte staaf (massadichtheid, hoeksnelheid en breekspanning gegeven)
# Blok uit mengsel goud en ijzer. Bereken verhouding ijzer/goud. (massadichtheden, gewicht en ? gegeven)
=== 21 juni 2010 ===
Theorie
# Bespreek diatomische ionische binding
# Leid via de tekening Lorentz-Einstein transformatieformumes voor plaats en tijd af. Leid vervolgens de snelheid af
=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
# Bespreek de energie en krachten bij een torsieveer. Beweging van een torsieslinger bespreken.
# Kwantumfysica: geef de postulaten van Bohr en leidt hieruit de baanstraal en de energieën af.
Oefeningen:
# Dopplereffect gebruikt om de snelheid van het hart van een foetus te meten.
# Hydrostatica: Een vlot heeft een bep diepte in het water, dieper wanneer er een gewicht op wordt geplaatst; hoeveel is de massa.

=== 12 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewegingsvergelijking opstellen van een gedwongen harmonische trilling. Bespreek ook energieptransport en energieresonantie.
# Bespreek de invloed van de zwaartekracht op fluïda. Bereken ook de grootte van de opwaartse stuwkracht dat een ondergedompeld voorwerp ondervindt.
Oefeningen:
# Golven: iets met een stemvork op het einde van een halfopen buis, verstelbaar in lengte.
# Hydrodynamica: iets met een fontein op een heuvel, het water werd aangepompt met een buis (laminaire stroming).

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Energie en energietransport in een mechanische harmonische golf.
# Golfgedrag van materiedeeltjes bespreken en daar onzekerheidrelatie van impuls op toepassen + tunneleffect verklaren.

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewijzen dat een coulomkrachtveld een conservatief krachtveld is en daaruit de potentiele energie bepalen + Bereken(klassiek) de energie van atomaire elektronen.
# Bespreek het Doppler effect.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Gedwongen harmonische oscillatie. Leid af en bespreek. Energie en energieresonantie.
# Hydrodynamische krachten bespreken. Val beweging in fluïdum bespreken.
Oefeningen:
# Berekenen van lengte van een staaf die draait. Waarvan brekingsconstante, hoeksnelheid en dichtheid gegeven is.
# Volledig ondergedomdeld object met gewicht 15N ondergaat opwaartse kracht van 1N. Object bestaat uit goud en ijzer. Rho ijzer en goud gegeven, bereken totaal volume object en massa goud en ijzer in het object.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Longitudinale golven in een staaf: analyseer, en bepaal de golfsnelheid.
# Bij onderdompeling ontstaat er een opwaartse kracht, leg uit en interpreteer.
Oefeningen:
# Iets met stok aan een veer waarvan enkel de k en de m gegeven zijn: bereken de frequentie.
# Letterlijke toepassing venturimeter.

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# Laminaire stroming en afleiden van volume gradient.
# Wiskundige voorstelling van golven, uitleggen i.v.m. harmonische golven.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# De interatomaire krachten van een diatomische ionische binding: welke eigenschap heeft deze?
# Het gedachten-experiment van de transformatieformules.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 22 jun 2006 ===
Theorie:
# Leidt af: energie en E-transport in mechanische harmonische golf.
# Water:
#* Leidt de zwaartekrachtinvloed op hydrostatische druk af.
#* Bereken en interpreteer de archimedeskracht.
Denkvragen:
# Je kan met een rietje door uw helm drinken op de maan, gaat dat moeilijker/makkelijker/even makkelijk als op aarde?
# Heliumballonnen, je blaast ertussen, gaan ze naar elkaar toe/van elkaar weg?
Oefeningen:
# Satelliet, je hebt de korte straal en de snelheid daar (8000km en 9km/s), bereken den hoek tss de v-vector als r=20000km.
# Twee boxen op 2m van elkaar, beide 880Hz in fase.
#* Als ge van A naar B gaat, op welke plaatse hebt ge dan destructieve en constructieve interferentie?
#* Onder een bepaalde frequentie zal der buite den as A-B geen destructieve interferentie meer zijn, wat is die drempelwaarde?

=== 14 jun 2006 ===
Theorie:
# Kwantum:
#* Bespreek golfeigenschappen van materie, en verband onbepaaldheidsrelatie x en p.
#* Tunneleffect
# Stroming:
#* Laminaire stroming in buis: NIET bewijzen, maar van de snelheidsprofiel het volumedebiet bespreken en drukverloop..
#* Niet mechanische, mechanische, energie, verlies,...
Denkvragen:
# Ruimteschip brengt blok ijzer naar andere planeet met veel grotere atmosfeerdruk. Wat geef relatie tss drukverschil en vervorming?
#* Elasticiteitsmodulus
#* Afschuifmodulus
#* Compressiemodulus
#* Drukmodulus
# 2 He balonnen op 1 à 2 cm van elkaar, zijn aan een tafel vastgemaakt met koorden. Je blaast erdoor, wat gebeurt er met de balonnen?
#* Ze gaan naar elkaar toe.
#* Ze gaan van elkaar weg.
#* Niets.
Oefeningen:
# Blokje ijzer tussen twee lagen, vanboven water, vanonder kwik, blokje = cubus 10cm, hoe hoog is gedeelte da uitsteekt boven hg? (ro FE = 7.7 kg/dm³).
# Twee geluidsbronnen, f=880hz, v=340m/s, A (x=0, y=0) , B( x = 0, y=2)
#* Waar is constructieve interferentie?
#* Waar is destructieve interferentie?
#* Wat is de drempelfrequentie opdat er geen of wel destructieve interferentie zou optreden?
=== 15 jun 2012 ===
Theorie:
# Vergelijking Klassiek en Quantummodel van di-atomische moleculen:
#* Rotatie- en vibratie-energie klassiek diatomisch molecule geven.
#* Laagste energie van een kwantumharmonische oscillator geven.
#* Verschillen tussen klassiek en quantummechanisch model (3 geven).
#* Energieniveaus nader uitleggen.
#* De eigenschappen van moleculen geven die via opmeting van deze energieën gevonden kunnen worden.
Denkvragen:
# veer met massa t.o.v. massaloze veer, het verschil T en f inschatten.
# Trilt een harmonische golf met dezelfde frequentie als de bron? ja/nee + waarom.
# bewijs dat de snelheid van het geluid nauwelijks afhangt van de frequentie
Oefeningen:
#a) Standbeeld op een koperen sokkel op een glazen helling.
*Gegeven: M(standbeeld), M(blok), statische wrijvingscoëfficient tussen zowel standbeeld-sokkel als sokkel-helling en de afschuifconstante G van de sokkel
*Bereken: 1) De maximale hoek theta van de helling zodat het ding niet in duigen valt
*2) Met de hiervoor berekende hoek de wrijvingskracht tussen het standbeeld en het blok vinden
*3) De verschoven afstand van het bovenvlak t.o.v. het ondervlak
# Gegeven een kraan die loopt, de diameter van de straal neemt naar onderen van de kraan weg;
*met aanname dat de beginsnelheid v0 is een theoretische formule opstellen die het vernauwen van de straal beschrijft (diameter = f(y-coordinaat), assenstelsel zelf in te voeren)

==Examenvragen september==

=== 30 aug 2010 ===
Theorie:
# Rotatie rond vaste as: Rotationele arbeid, kinetische rotatie energie.
# Oppspanning en Ep energie linken mbv potentiële energie curves, capillariteitsdruk in bel uitleggen.
Oefeningen:
# Kinematica & Newton-mechanica
# Golven.

=== 23 aug 2008 ===
Theorie:
# Zuiver rolbeweging: kinematica en dynamica mbv van n voorbeeld naar keuze.
# Ppp. pot. energie, cohesiedruk, opp.spanning en capilariteit uitleggen.
Oefeningen:
# Statica.
# Golven.