Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2025-01-13T11:59:38Z

R0886218: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.
https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/2023/syllabi/e/G0F77AE.htm#activetab=doelstellingen_idm2945072

Old course: Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.
Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===13 Januari 2025===
Masschelein:
#(Biosynthetic pathway of bafilomycins given). What class of natural product is this? Discuss 5 strategies for how you might engineer this specific pathway.
#Discuss 3 killswitches used in therapeutic microbes.

Van Dijck:
#Two conditions need to be met for full activation of PKA signaling in S. cerevisiae. Which are these? What experiments were conducted to come to this conclusion? At what point in the pathway do these to signals converge?
#You have discovered an essential oil component with excellent antimicrobial properties. How would you go about producing this compound using yeast?

Govers:
#You have to characterize the cell biology of an unknown bacterial species, without access to genetic tools. What properties, characteristics or processes do you target? What techniques do you use to approach this?
#What are the drivers of bacterial community assembly? Which one do you think is most important and why?

===15 Januari 2024 VM (Questions of the new course, 10/20 and rest is on presentation)===
Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components did you choose and why? What bacteria did you use? How do you measure your results? (See example thiosulfate + Lactococcus)
#Give 3 killswitches

Van Dijck:
#Explain the mechanism of when a glucose-deprived cell gets glucose and what are the effects (In S. cerevisiae)
#How did we upregulate the terpene synthesis of artemisinic acid? What are the parameters we have to consider when designing a yeast to produce small molecules? (See last slides chapter terpene production)

Govers:
#ParABS system explanation + extra: is this an example of a self-organizing system (answer is yes!)
#When studying the forming of bacterial communities, is it the best option to start studying the interspecies interaction between 2 individuals? What are the other factors for forming bacterial communities?

===24 Janurari 2020 VM (from here the questions are from the old course)===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Comparative Endocrinology

2025-01-11T00:39:58Z

R0886218: /* Examenvragen */ Vragen van het examen op 10 januari 2025 toegevoegd

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Comparative Endocrinology wordt gedoceerd door Veerle Darras, buiten één les over ''C. elegans'' die gegeven wordt door Liesbet Temmerman. 33% van de punten staan op practica, 67% op het mondeling examen. Op het examen krijg je een inhoudelijke vraag, een vraag waarin je een endocrinologisch probleem moet bespreken, en een paper over een nieuwe functie van een hormoon die je zelf moet mee brengen en bespreken.

Sinds 2017-2018 wordt het vak gedoceerd door Eve Seuntjens.

Sinds 2020-2021 wordt het gegeven door William Schafer, buiten één les die gegeven wordt door Jozef Vanden Broeck over hormonen in insecten.

Sinds 2023-2024 wordt het vak terug afgelegd met een mondeling examen. (Dit was zo niet tijdens de corona-periode.)

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G49AE.htm

== Examenvragen ==

===10 januari 2025===
1. Grote mondelinge vraag: Explain endocrine networks that govern reproduction in mammals, include all major glands, hormones, effectors, etc. Be prepared to draw comparisons with an invertebrate example.

2. Kleinere vragen waar in enkele zinnen op geantwoord moest worden:
# How does PIK signaling work?
# What is a pheromone? Give an example.
# Effect of dauer pheromone on dauer entry and behavior
# What is inhibin? Include cells that produce and cells that react + function
# What are anorexigenic peptides? Give an example and explain its function.

===15 januari 2024===
1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:
#What are neuropeptides? Geef voorbeeld vertebraat en invertebraat en leg eentje in detail uit, geef ligand, receptoren en de functie.
#bijvragen die gesteld zijn: Hoe worden neuropeptides getransporteerd in het lichaam, verschil met monoamines, en bijvragen over beide voorbeelden.

2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:
#a. What are pheromones? Give an example.
#b. Ghrelin, functie en op welke cellen het werkt.
#c. What is a tropic hormone? Give an example.
#d. What is Gs signaling?
#e. What happens with a gain of function in insuline signaling (So a KO of daf-16) with Dauer entry and aging?

===15 januari 2024===

1. Grote vraag die mondeling uitgelegd moest worden:
#What zijn monoamines? Een voorbeeld geven bij een vertebraat en een invertebraat en in detail uitleggen hoe het werkt en wat de liganden zijn.

2. Vijf kleine vragen om in enkele zinnen te beantwoorden:
#a. corticosteroids en een voorbeeld geven en de functie hiervan
#b. TGF-beta signaling, hoe werkt het?
#c. leptin, functie en op welke cellen het inwerkt.
#d. glycoprotein hormones uitleggen en een voorbeeld geven
#e. what gebuirt er bij een loss of function bij pheromonen voor de dauer entry en behaviour?

===16 januari 2023===

1. Choose one question to answer:

# Compare and contrast the structure, synthesis and release of thyroid horones and noradrenaline. Also compare the mecahnism of action on target tissues.
# Explain the role of TGF beta-like hormones in the endocrine signalling pathways. Give an example of a TGF-beta like hormone and its mechanism of function in any organism (don't remember the question accurately).

2. Answer any five of the questions very briefly (using a few ssentences only.)

#a. What is homeostasis? Give an example of a hormone involved in homeostasis.
#b. What is a monoamine? Give an example.
#c. Give an example of an anorexic peptide and it's place of synthesis.
#d. Something about a loss-of-function mutation in tgf-beta like molecules in nematodes (daf-1)
#e. Name the three main hormones secreted by the endocrine pancreas and explain their functions briefly.
#f. What is reverse genetics? Give an example of such an approach from the course.
#g. P450 aromatase: importance for reproductive steroids

===7 februari 2022 (covid catch-up exam)===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).
#Compare FSH signals between male/female.
#What is a biogenic amine? explain an example in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.

===26 januari 2022===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the roles of vasopressin and the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) involved in homeostasis of water and salt in detail (similarities and contrasts).
#Compare signals (or pathways) involved in sex determination/ development of male/female in humans and dauer/L3 stage decision in nematodes.
#What is a neuropeptide? explain a neuropeptide hormone system in detail + receptor(s) and role(s) in physiology.

===17 januari 2022===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and insulin in detail. (similarities and contrasts)
#Compare food sensing in nematodes and humans. give a detailed pathway of one of each...
#What is a steroid? explain a steroid hormone system in detail + recptor(s) and role(s) in physiology

===11 januari 2021===
choose 2 out of the 3 questions
#Explain the hormones involved in homeostasis of glucose and water in detail. (similarities and contrasts)
#What is a nuclear receptor? Explain one hormone system involved with this kind of receptor.
#Explain the functions of insuline and insuline-like-peptides in humans and nematodes. Why are nematodes interesting for research in humans?

===6 januari 2021===
choose 2 out of the 3 questions
#Compare and contrast the roles of the different hormones involved with calcium vs sodium/potassium homeostasis. Explain the intracellulair mechanism of some of those hormones.
#Explain Tgf beta in nematodes and humans and how helped the nematode to understand human biology.
#Explain pheromones. Discuss one example of pheromones in animals in detail, provide evidence for a pheromone system and the role(s) on animal behavior.

===23 januari 2020===
#Discuss the stress related hormones in mammals. Give an example seen in fish.
#A dog in the shelter has been chronically overfed and cannot stop urinating. What could the underlying cause of his symptoms be? Which hormonal axes are distrubed? Which test would you do confirm your thoughts? What hormones would you use to treat him?

===17 januari 2020===
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare with the function of MCT8 in chicken and DIO2 KO in zebrafish (papers seen in the course).
#Describe the phenotype in detail of a loss-of-function mutation in POMC genes. What treatment would you use? (A: agonist of hormones that can also bind to receptor)
#Paper

===23 januari 2019===
#Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians
#You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.
#paper

===18 januari 2019===
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren.
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen.
#Paper

=== 14 januari 2019 ===

#Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.
#Paper
#Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?

===24 januari 2018===
#Hormonen die verantwoordelijk zijn voor de Kalium/natrium en waterbalans bij zoogdieren en vergelijk met amfibieën.
#Paper
#Mogelijke endocriene oorzaken van ondergewicht en mogelijke hormoontherapieën

===19 januari 2018===
#bespreek de hormonen die de Ca homeostasis reguleren.
#sommige vrouwen doen een liposuctie, wat is het gevolg op korte en lange termijn op vlak van hormonen en gewicht? Wat zijn mogelijke hormonale behandelingen als alternatief, geef de voor en nadelen van deze hormonen.
#Paper

=== 15 januari 2018 ===
# Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën
# Paper
# Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

Het examen is in het engels!

=== 20 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen die de natrium/kalium en waterbalans regelen bij zoogdieren en vergelijk met reptielen.

Sommige vrouwen kunnen niet zwanger worden en sommige hebben herhaaldelijke miskramen. Wat zou de endocrinologische oorzaak kunnen zijn? Hoe onderzoek je dit en hoe kan je de vrouwen helpen?

=== 18 januari 2016 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex en vergelijk met amfibieën

Indien je insecticide zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insecticiden mogelijk.

=== 11 januari 2016 ===

Bespreek de steroid hormonen die belangrijk zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid bij zoogdieren. En vergelijk met de steroid hormonen bij insecten.

Welke hormonen zou je toedienen om de prestaties van een marathonloper te verbeteren. Wanneer dien je ze toe en hoe, zijn er bijwerkingen?

=== 11 januari 2016 ===

Discuss the working mechanism and functions of Thyroid hormones in mammals, then briefly compare to the function of TH in amphibians

You want to make a species specific pesticide that blocks female reproduction. Give 3 examples and explain how you would apply them.

=== 12 januari 2014 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de amfibieën.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk. (ze wou hier vooral weten op welke manier je zou kunnen ingrijpen op de hormonen van ecdysis)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek de hormonen van de hypofyse bij zoogdieren. Zijn er vergelijkbare hormonen te vinden bij insecten?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven. (Enkel onderzoeksmethodes geven die bij mensen toepasbaar zijn, dus ELISA wordt al moeilijk)

=== 18 januari 2013 ===

Bespreek alle hormonen die te maken hebben met de ion-waterbalans. Hebben insecten hier ook hormonen voor?

Vele mensen in de Westerse wereld leiden aan obesitas, maar er zijn ook mensen die net niet aan het goede gewicht geraken (ondergewicht). Welke hormonen zijn hiermee betrokken en welke experimenten zou je moeten uitvoeren om je hypotheses te staven.

=== 16 januari 2012 ===

Bespreek de hormonen van de adrenale cortex. En vergelijk met de situatie bij amfibieën.

Door selectie zijn er verschillende strengen van kippen. Ze hebben een verschillende groei. Welke hormonen komen hier aan te pas? Hoe zou je het onderzoeken. (bio-assay, ELISA,...)

=== 17 januari 2011 ===

Leg de functie uit van de hormonen betrokken bij de Calcium homeostase.

Indien je insectisiden zou baseren op ecdysis, waar precies tijdens ecdysis zou je deze dan laten inwerken. En zijn deze dan soortspecifiek. Bespreek 3 soorten insectisiden mogelijk.

=== Andere vragen ===

- Geen neotenie in amfibieën? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de pancreas.

- Geen normale groei in kip? Hoe onderzoeken, hoe oplossen?

- Bespreek de rol van glucocorticoïden in mammals en non mammalia vertebraten?

- Discuss the action mechanism and the functions of thyroid hormones in mammals. Compare briefly with thyroid hormone functions in amphibians.

- A rat was born and raised in the animal facility of a university and is suddenly released outside the building in a sand desert. What changes do you expect in the endocrine system and why?

- Bespreek de hormonen die betrokken zijn in het energie metabolisme van zoogdieren. Hebben insecten hormonen die hun energie metabolisme reguleren?

- Door selectie verschillende strengen van kippen. Groeien niet allemaal even goed. Waarom? Hoe onderzoek je waaraan dat ligt?Hoe los je het op?

- Welke rol speelt de pancreas in energie metabolisme? Hebben insecten hormonen voor energie metabolisme?

- Neotenie bij Urodela, mogelijke oorzaken? Hoe zou je dat onderzoeken?

- Geef een overzicht van alle hormonen die betrokken zijn bij de reproductie in vrouwelijke mammalia en bespreek hun functie (negeer geboorte en lactatie). Vergelijk kort met de situatie in Teleostei.

- Terwijl vele mensen lijden aan overgewicht hebben anderen problemen om hun gewicht te behouden. Bij deze laatste kan het probleem een endocriene basis hebben. Welke hormonen zouden volgens jou betrokken kunnen zijn in deze gevallen en bespreek hoe je je hypothese zou testen.

- Biosynthese van cortisol

- Werking van MSH: de epifyse

- Oestrale cyclus van het schaap

- GTP en G-proteïnen

- Gene knockout

- Hypothalamische controle van het groeihormoon

- Het ontstaan en evolutie van de bijnierschors

- Prolactine bij de vogels