Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2026-01-25T13:42:53Z

R0893093: /* Exam 23 January 2026 - Afternoon */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, <s>waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.</s> Sinds 2025-2026 mogen enkel afgedrukte bladeren gebruikt worden (zeer groen enzo), door overmatig gebruik van AI. Jelle Hendrix geeft de cursus ook niet meer sinds 2025-'26. Elke is enkel aanwezig bij de eerste les en de presentaties.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==
===Exam 23 January 2026 - Afternoon===
Actine is typically labeled using phalloidin with an organic dye attached. The actin itself has a diameter of 7nm, the combination with the dyes has a diameter of 12nm.
#Calculate the diffraction limited resolution when imaging using widefield with a 100x magnification, NA=1.49 objective. The emission has a wavelength of 580nm. (2p)
#Can this resolution be achieved using a 2048x2048 detector with pixel sizes of 6.5x6.5µm? (2p)
#This actine is imaged as described in 1a using dSTORM. Described the structural resolution of this imaging? (3p) (This was worded very vague and weirdly, the idea was that you should realize that the actin-dye complex is smaller than the 20-30nm limit of STORM, the only way to improve is by improving localisation)
#How can this dSTORM resolution be improved? (1p)
#Calculate how long imaging would take for a) 3D widefield imaging and B) 3d dSTORM imaging. For a sample of 120x120 µm and 80µm thick. Give all assumptions you made and justify why. (2p) (He mainly wanted to see you thought about everything, Field of view, stage movement, readout time...)

A small region is first bleached with a strong laser, which removes fluorescence there. The recovery of fluorescence over time is then measured as unbleached molecules move back into the area. This reveals information about diffusion, binding, and molecular dynamics of proteins or lipids in living cells. [Standard FRAP graph was provided]

#Which is true? (a)Fraction 1=immobile fraction, Fraction 2=mobile fraction, (b) Fraction 1=mobile fraction, Fraction 2=immobile fraction (2p)
#Draw the graph as it would look in case diffusion was slower. (2p)
#In case you want to image very fast dynamics. Would you bleach a larger or smaller volume? (3p)

A transcription factor binds specific sequences in the nucleus and resides there for 1-5 seconds. What technique would you propose to investigate the time bound vs free. Explain what imaging technique you would use and how you would handle the analysis? (3p)

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)

Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2026-01-23T18:57:12Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, <s>waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.</s> Sinds 2025-2026 mogen enkel afgedrukte bladeren gebruikt worden (zeer groen enzo), door overmatig gebruik van AI. Jelle Hendrix geeft de cursus ook niet meer sinds 2025-'26. Elke is enkel aanwezig bij de eerste les en de presentaties.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==
===Exam 23 January 2026 - Afternoon===
Actine is typically labeled using phalloidin with an organic dye attached. The actin itself has a diameter of 7nm, the combination with the dyes has a diameter of 12nm.
#Calculate the diffraction limited resolution when imaging using widefield with a 100x magnification, NA=1.49 objective. The emission has a wavelength of 580nm.
#Can this resolution be achieved using a 2048x2048 detector with pixel sizes of 6.5x6.5µm?
#This actine is imaged as described in 1a using dSTORM. Described the structural resolution of this imaging? (This was worded very vague and weirdly, the idea was that you should realize that the actin-dye complex is smaller than the 20-30nm limit of STORM, the only way to improve is by improving localisation)
#How can this dSTORM resolution be improved?
#Calculate how long imaging would take for a) 3D widefield imaging and B) 3d dSTORM imaging. For a sample of 120x120 µm and 80µm thick. Give all assumptions you made and justify why. (He mainly wanted to see you thought about everything, Field of view, stage movement, readout time...)

A small region is first bleached with a strong laser, which removes fluorescence there. The recovery of fluorescence over time is then measured as unbleached molecules move back into the area. This reveals information about diffusion, binding, and molecular dynamics of proteins or lipids in living cells. [Standard FRAP graph was provided]

#Which is true? (a)Fraction 1=immobile fraction, Fraction 2=mobile fraction, (b) Fraction 1=mobile fraction, Fraction 2=immobile fraction
#Draw the graph as it would look in case diffusion was slower.
#In case you want to image very fast dynamics. Would you bleach a larger or smaller volume?

A transcription factor binds specific sequences in the nucleus and resides there for 1-5 seconds. What technique would you propose to investigate the time bound vs free. Explain what imaging technique you would use and how you would handle the analysis?

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)

Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2026-01-23T18:55:52Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, <s>waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.</s> Sinds 2025-2026 mogen enkel afgedrukte bladeren gebruikt worden (zeer groen enzo), door overmatig gebruik van AI. Jelle Hendrix geeft de cursus ook niet meer sinds 2025-'26. Elke is enkel aanwezig bij de eerste les en de presentaties.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==
===Exam 23 January 2026 - Afternoon===
Actine is typically labeled using phalloidin with an organic dye attached. The actin itself has a diameter of 7nm, the combination with the dyes has a diameter of 12nm.
#Calculate the diffraction limited resolution when imaging using widefield with a 100x magnification, NA=1.49 objective. The emission has a wavelength of 580nm.
#Can this resolution be achieved using a 2048x2048 detector with pixel sizes of 6.5x6.5µm?
#This actine is imaged as described in 1a using dSTORM. Described the structural resolution of this imaging? (This was worded very vague and weirdly, the idea was that you should realize that the actin-dye complex is smaller than the 20-30nm limit of STORM, the only way to improve is by improving localisation)
#How can this dSTORM resolution be improved?
#Calculate how long imaging would take for a) 3D widefield imaging and B) 3d dSTORM imaging. For a sample of 120x120 µm and 80µm thick. Give all assumptions you made and justify why. (He mainly wanted to see you thought about everything, Field of view, stage movement, readout time...)

A small region is first bleached with a strong laser, which removes fluorescence there. The recovery of fluorescence over time is then measured as unbleached molecules move back into the area. This reveals information about diffusion, binding, and molecular dynamics of proteins or lipids in living cells. (mobile and immobile fraction where replaced by fraction 1 & fraction 2)
[[Media:FRAP.jpg]]
#Which is true? (a)Fraction 1=immobile fraction, Fraction 2=mobile fraction, (b) Fraction 1=mobile fraction, Fraction 2=immobile fraction
#Draw the graph as it would look in case diffusion was slower.
#In case you want to image very fast dynamics. Would you bleach a larger or smaller volume?

A transcription factor binds specific sequences in the nucleus and resides there for 1-5 seconds. What technique would you propose to investigate the time bound vs free. Explain what imaging technique you would use and how you would handle the analysis?

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)

Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2026-01-20T08:46:59Z

R0893093: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, <s>waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.</s> Sinds 2025-2026 mogen enkel afgedrukte bladeren gebruikt worden (zeer groen enzo), door overmatig gebruik van AI. Jelle Hendrix geeft de cursus ook niet meer sinds 2025-'26. Elke is enkel aanwezig bij de eerste les en de presentaties.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)

Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy

2026-01-13T07:58:07Z

R0893093: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]
[[Categorie: Machemie]]

== Vakinformatie ==
Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy
Boeiend vak, gegeven door Johan Hofkens, Maarten Roeffaers, Elke Debroye en Jelle Hendrix.
Vak telt ook soort van (niet verplichte) practicumsessies, waarin je kort ingeleid wordt tot diverse microscopische/fluorescentie-technieken.
Mondeling examen dat open boek is, <s>waarbij je alles (inclusief laptop met internet) mag gebruiken.</s> Sinds 2025-2026 mogen enkel afgedrukte bladeren gebruikt worden (zeer groen enzo), door overmatig gebruik van AI.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G59AE.htm

== Examenvragen ==

===Exam 25 January 2025===

Hofkens (question is based on following paper: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561472v2.full)

Therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) are widley used in oncology and immunotherapy, targeting cell surface receptors to induce cytotoxicity responses. Advanced microscopy techniques are critical for understanding the molecular interactions underlying these processes.

#Design an optical microscopy-based experiment to study how mAbs interact with a specific cell surface receptor (e.g. clustering, cross-linking, or receptor redistribution). In your answer: Identify the micrscopy technique(s) you would use and justify your choice(s). Explain the labeling strategy for both the mAbs and the receptor of interest, considering resolution, specificity, and live-cell imaging requirements. Describe the controls you would include to ensure reliable interpretation of your data.
# Imagine that your chosen microscopy method reveals receptor clustering on microvili-like cellular protrusions following mAb RTX binding (as can be seen in the paper at Figure 4A). Propose a hypothesis for how this clustering might influence immune cell recruitment or receptor signaling, and outline an experimental plan to test your hypothesis.

Roeffaers
# Photoactivatible GFP: Can you use this with A) Confocal B) PALM C) STED, if yes, draw the setup, explain the advantages and disadvantages of this technique for imaging biological samples.(draw the setup, including the laser that activates the PA-GFP! Roeffaers only looks at your drawings so make sure they are good and complete)
# Bereken een golfgetal om in een golflengte

===Exam 28 January 2022===

Exam was composed of two parts:

First part (Hofkens): Studies have seen that applying a functional substrate makes G-protein couple receptor dimerize and a quicker vesicle formation (recycling of G-protein coupled receptor). With a truncated version of the substrate, you get a slower vesicle formation, and no dimerisation.

Divided in two exercises:
# (5 points) Describe how would you observe that the substrate produces dimerisation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers. (For example: FRET in combination with TIRF).
# (5 points) How would you prove that there is downstream signal transduction, and you want to observe the process of vesicle formation. Which technique would you use, fluorophore, setup. Motivate your answers.

Second part (Maarten) (6 points): Carbon nanotubes are claimed to be able to enter cancer cells and deliver a drug in cancer tissue. You doubt it, and you want to check if this is true.
What approach would you use? Motivate your answer. Will you be using tags? Justify why you do or do not use and motivate your answer. (For example: Raman microscopy with use of Raman tag Alkyne).

===Mededeling januari 2021===
Door een crash van de wiki zijn verschillende afbeeldingen en bestanden verloren gegaan. Wanneer je op een link klikt en er dus geen bestand opent, is dit spijtig genoeg niet meer beschikbaar op de wiki. Er is dus niks mis met jouw computer of inloggegevens.

Due to a crash of the wiki certain images and documents have been lost. When you try opening them with the link provided, they will not show anymore. There is nothing wrong with your computer or credentials. This is a general problem.
=== 14 januari 2019 NM ===
#Vraag van Hofkens: geef technieken om signaling via EGF-EGFR-Gbr2-Sos-Ras-Raf te bestuderen (vb FRET, STED, FCS) + geef technieken om uit te zoeken of EGFR nog een signaling platform is nadat het in een clathrin-coated vesicle is geïntegreerd (vb FRET). Veel meer uitleg werd gegeven in de opgave.
#Vraag Maarten: Photoactivatible GFP (spectrum gegeven): Kun je dit gebruiken bij:
#*A) Confocal
#*B) PALM
#*C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging. (antwoord: confocal gaat maar niet zo nuttig; ja voor PALM + teken met alle lenzen, dichroic, camera; niet voor STED/RESOLFT want kan je niet terug uitschakelen)

=== 19 januari 2018===
#
#* Er is een excitatie- en emissiespectrum van verschillende FPs gegeven en je hebt een microscoop met lasers 488, 600zoveel en 1050nm. Welke fluorofoor zou je gebruiken om te meten in C. elegans?
#* Je wilt de interactie tussen eiwit A, gelabeld met je antwoord uit 1.1, en eiwit B meten. Hoe zou je dat doen? Welk fluorofoor zou je hiervoor gebruiken?
#* Kun je tegelijkerwijd ook SHG doen? Zo ja, hoe?
#* Teken de opstelling, leg de onderdelen uit en geef specifiek een detail over het objectief.
#
#* Photoactivatible GFP: Kun je dit gebruiken bij A) Confocal B) PALM C) STED, zo ja, teken de opstelling, leg uit en beschrijf de voor en nadelen van deze techniek voor bio-imaging
#* Bereken een golfgetal om in een golflengte

=== 18 januari 2016 ===
Hetzelfde examen als 17 januari 2014

=== 15 januari 2016===
Vraag 1: Raman:
#bereken de stokes en anti-stokes van de verschillende fluorescent proteins.
#Welk van de volgende fluorescent proteins kan je gebruiken om TEGELIJK fluorescentie en Raman te bekijken. (Raman is net om geen labelling te moeten doen! Je moet dus werken via anti-stokes en dsRED om tegelijk fluorescentie en Raman te kunnen meten)
#Welke detector en filters zou je gebruiken?

[[Media:Fpintrofigure3.jpg]]

Vraag 2:

Verklaar het volgend mechanisme adhv verschillende technieken gezien in de cursus:
Helicase van hepatitis C bestaat uit 3 delen (groen, blauw en geel). Groen en blauw breken de DNA strand 3 nucleotiden, dan is de spanning tussen gele deel en groen+blauw hoog zodat geel verspring tot aan groene en blauwe deel. Dit start opnieuw. De reactie gebruikt hiervoor ATP.

===21 januari 2014===
#Below you can find the spectral properties of photoactivatable-GFP, a green fluorescent protein that has a dark state (purple absorbance) and a fluorescent state (cyan absorbance and green emission).
Is it possible to use this fluorescent protein for in 1) confocal (2p), 2) PALM (2p) or 3) STED microscopy (2p)? If yes, draw and explain the experimental setup (light source, optics and detectors) and highlight the associated strengths and weaknesses of this type of microscopy to study biological specimens.
You have a laser available in the lab that generates photons with an energy of 20494 cm-1, convert this to a wavelength in nanometres. (2p)[[Bestand:PA-GFP.jpg|418px|thumb|center|PA-GFP]]
#Glut4 is one of the sugar transporter proteins in humans and responsible for the tight regulation of blood glucose concentration. The cartoon below represents part of the complex trafficking pathway of GLUT4, namely an overview of the steps involved in GLUT4 trafficking at the plasma membrane. GSV's interact with a host molecules as they are delivered to the cell periphery and thethered, docked and fused at the plasma membrane. GSV's approach the plasma membrane were they are tethered by actin, the exocyst or TBC1D4, or a combination of these in parallel or in series. The vesicle docks with the plasma membrane as the ternary complex is formed between VAMP2 on the GSV and syntaxin4 and SNAP23 on the plasma membrane. This complex can then facilitate fusion of GSV with the plasma membrane. Devise an experiment that would allow to confirm this sequence of events. (8p)
[[Bestand:GLUT4_pathway.jpg|700px|thumb|center|GLUT4]]

=== 17 januari 2014 ===
# In je labo heb je een commerciÃ«le two-photon microscoop met een 1064 nm laser. Je onderzoekt extracellulaire collageenafzettingen in weefsel van muizen, collageen vertoont SHG. Je wil simultaan ook het cytoskelet en een cytoplasmatisch proteÃ¯ne visualiseren, hiervoor heb je de keuze uit enkele FP's, waarvan de absorbtie- en emissiespectra gegeven zijn.
#* Welke FP's wil je gebruiken en waarom?
#* Beschrijf de set-up die je gaat gebruiken (filters, spiegels, objective lens,...) en waarom.
#* Bereken de energie, in golfgetal, van de fotonen die je laser uitzendt.
# Onderzoek ATP synthase (zie Dynamische Biochemie I), een moleculaire motor die, aangedreven door ATP, protonen transporteert over het celmembraan. Het model van het mechanisme is dat de A-en B-subunits rond eiwit D draaien. Door de symetrie worden stappen van 120Â° gesuggereerd. (het gaat dus over: [http://www.youtube.com/watch?v=PjdPTY1wHdQ] )
#* Bedenk een experiment, gebruik makende van de technieken gezien in de cursus, dat deze hypothese kan bevestigen of verwerpen.

=== 21 januari 2013 ===
# Raman Scattering
#* 2 technieken geven voor het waarnemen van metal nanopartikels (DIC en darkfield)
#* SERS ( je moest adenine en thymine onderscheiden en kreeg hiervoor het ramanspectrum)
#**Bereken de signalen die je bij het spectrum van A en T zult krijgen bij een laser van 488 nm
#**Je kreeg een eenvoudige tekening van een microscoop waarop je dan alle golflengtes, filters en detectoren moest plaatsen en benoemen
#** Welke detector gebruik je hierbij?
# Membraanprocessen visualiseren
#*function (was een Ca2+ kanaal, FRET)
#*Colocolization (FCCS)
#*stoichiometrie (NALMS)
#*diffusion (SPT)
# protein folding
#* De bedoeling was een experiment te ontwerpen op basis van deze cursus waarbij men de dynamica van verkeerd gevouwen proteÃ¯ne kon nagaan maar ook van de juist gevouwen
# Laser Safety
#* welke bril moet je nemen uit de tabel
#* bereken hoeveel power het oog dan bereikt (uit de tabel kreeg je de OD van de bril en je kreeg ook de laser specificaties)
#* Hoeveel fotonen bereiken dan het oog?

=== 20 januari 2012 ===
# Raman scattering
#* Drie golfgetallen en de golflengte van de laser gegeven en dan moet je de golflengte bepalen voor de Stokes en anti-Stokes shift
# Single Particle Tracking
#* je moet een traject tekenen voor een nanopartikel opgenomen van 10 verschillende beelden
#* in detail uitleggen hoe je de analyse doet om er een model aan te correleren
#* de camera frame rate bepalen voor als er twee moleculen passeren waarvan Ã©Ã©n traag (1ÂµmÂ²/s) en Ã©Ã©n snel (10ÂµmÂ²/s)
# Sequencing
#* voor- en nadelen van eerste en tweede generatie vs single molecule
#* is het geschikt voor optical mapping?
#* als je een genoom zou kunnen sequeneren op een volledige dag voor 100â‚¬ zou je daar dan gebruik van maken en waarom?
# Bedenk een experiment om de interactie tussen nanopartikels (20-40 nm) en microtubuli (bij celdeling) te visualiseren (aangezien microtubuli rond 15nm zijn, resolutie microscopy: bv. PALM)
# Energietransfer
#* spectra gegeven van 3 verschillende kleurstoffen en daar de energie transfer van bespreken (FRET, energie hopping, andere buiten FÃ¶rster: Dexter (<1nm) en radiatief)

=== 21 januari 2011 ===

# Waarom mogen er niet te veel fotonen waargenomen worden per excitatiepuls bij Time-correlated single photon couting?
#* ANTW: Stel dat er per puls dat door het staal gaan een paar fotonen geÃ«miteerd worden, dan gaat ge telkens maar de eerste waarnemen (tot een stop leiden) en gaat uw uiteindelijke lifetime korter zijn dan werkelijk het geval is...
#
#* Iets met lasser glasses. Je krijgt gegeven dat je een 2P-experiment doet met een Nd:YAG laser en dan is de vraag welke bril je zou kiezen (4 mogelijkheden gegeven) (ANTW: je gaat na bij welke golflengte de laser werkt en je weet dat je met een hoge intensiteit werkt, dus de OD van de bril moet groot zijn en dan moet je ook een bril voor de geschikte golflengte gebruiken)
#* Vervolgens geven ze dat de laser een puls breedte heeft van 7,5ps, een output van 3W en een frequentie van een aantal MHz. De vraag was dan hoeveel fotonen je per puls krijgt) (ANTW: Ephoton=h*c/Î» (Î» weet je omdat je de laser kent) en dan moet ge uw output delen door uw frequentie om te weten welke output 1 puls heeft en die energie deel je dan door Ephoton)
# Ze labelen een spierproteÃ¯ne van C. elegans met mCherry (genetic labeling).
#* De eerste vraag was met welke microscoop detecteer je of het labelen gelukt is? (ANTW: widefield als je gwn wilt weten of het gelukt is, maar confocal om te zien of het wel in spieren zit)
#* Bedenk een techniek waarbij je geen labels gebruikt (ANTW: 2nd Harmonic generation)
#* Stel een schema op van de set-up waarbij je A en B combineert, zodat je beide simultaan kan meten (ANTW: hier willen ze zien of ge snapt hoe dichroÃ¯c mirror werkt enzo, da ge rekening houdt met de golflengtes en doorlaten en weerkaatsen enzo..)
#* Vervolgens geven ze dat je met raman een proteÃ¯ne waarneemt met een specifiek signaal op 1600cm-1. En ze willen nu weten waar ze het signaal van de laserbeam waarnemen bij SRS als je weet dat de stokes beam op 1064nm is. En geef dan ook waar je het CARS signaal zou waarnemen (ANTW: die 1600 is eigenlijk Î©vibr, en nu weet ge da Ï‰pump= Ï‰stokes+ Î©vibr, hoe dit met die frequenties dan exact in elkaar steekt weet ik nimeer, wnt ik had deze vraag ni juist en ze hebbe da dan zo snel proberen uit te leggenâ€¦ eens ge dan Ï‰pump weet, kunt ge het signaal voor CARS bepalen met 2Ï‰pump-Ï‰stokes)
#* Voordelen van CARS tov spontane Raman (ANTW: vrij letterlijk in cursus :p)
#* Teken weer een schema maar nu met het extra ding van raman
# Is een high NA nodig voor FCS? (ANTW: ja, omdat ge hierdoor beter kunt focussen in 1 vlak, het draagt bij tot een kleiner confocul volume, want minder grote hoogte (Z-as), of toch iets in die aardâ€¦)
# Bespreek met welke technieken je dynamica kan bestuderen en wat is het verschil tussen die technieken (ANTW: FCS, SPT en FRAP kort uitleggen, en het verschil is da ge bij FCS en FRAP een gemiddelde life-time gaat berekenen en bij SPT. Bij FCS kunt ge tov FRAP wel eventueel een onderscheid maken tussen populaties, dit is bij FRAP helemaal niet mogelijk)
#
#* Ge kreeg een figuurtje van een holiday junctie met fluoroforen en er was een evenwicht tussen 2 conformationele toestanden. Dan kwam ge te weten dat CY5 een acceptor is van CY3 en dat CY5.5 en acceptor is van CY5. Er gaat FRET optreden tussen deze fluoroforen en ge moest een schema geven van de Intensiteit tov de tijd met het gegeven da ge eerst 20s conformatie 1 had en dan 20s conformatie 2 om trg 20s conformatie 1 te hebben en dan treed er bleaching op van CY5.5 en na nog eens 10s treed er bleaching op van CY3, maar het moeilijke eraan was dat ge het volgende kreeg: de lifetime van CY3 is 5ns, die van CY5 is 4ns en die van CY5.5 is 7. In conformatie 1 zijn de lifetimes de volgende CY3:1ns, CY5 2ns en C5.5:7ns, in conformatie 2 verandert dan enkel de lifetime van CY3 en deze wordt 3ns. (ANTW: de bedoeling is da ge hier efficienties uitrekent (E=1-(Ï„DA/Ï„D) en zo dus relatieve intensiteiten gaat uitzetten, achteraf gezien wel een simpele oplossing, maar er zijn er maar weinig die dit haddenâ€¦)
#* Krijgt ge hetzelfe resultaat als je CY5 en CY5.5 vervangt door 2 DRONPAs? En krijg je hetzelfde resultaat als je beide vervangt door 2KAEDEs? (ANTW: Doordat je vervangt door 2 keer hetzelfde ga je uiteraard niet hetzelfde zien. DRONPA is photoswitchable en zo kan je FRET combineren met aan en uit zetten van DRONPA, KAEDE is photoconverteble en zo kan je FRET combineren met switchen tss 2 kleuren van KAEDE)
# Hoeveel labels moet een 2Âµm actinefilament bevatten opdat ge het met 10nm zou kunnen waarnemen? (ANTW: 2000nm/10nm=200 ïƒ je hebt minstens het dubbel hiervan nodig (400), wnt je wilt weten wat er zich tussen labels dat op 10nm van elkaar staan afspeelt, dus minstens om de 5nm een label zetten)

=== 1 september 2010 ===

[[Bestand:HIV_replication_cycle.gif|150px|thumb|right|HIV replication cycle]]
# (12 punten) Afbeelding HIV replicatieyclus gegeven. Bedenk experimenten gebaseerd op technieken die we in de cursus gezien hebben (en uiteindelijk ook biochemische technieken) om onderstaande onderzoeksvragen te behandelen. Hoe kan je:
#* docking van het virus visualiseren?
#* bewijzen dat docking al dan niet receptor-gemedieerd is?
#* aantonen of transport van het viraal DNA gebeurt door actief transport of door vrije diffusie?
#* bewijzen dat het viraal DNA door nucleaire poriÃ«n wordt getransporteerd?
#* bewijzen dat het viraal DNA geÃ¯ntegreerd is in het cellulaire DNA?
#* bewijzen dat er nieuwe virale eiwitten worden aangemaakt?
# (4 punten) Is de volgende bewering correct of niet?: "Voor het bestuderen van moleculaire interacties is FCS een betere techniek dan BiFC." Motiveer je antwoord.
# (4 punten) Hoe kan men het contrast in lichtmicroscopie verbeteren?

=== 18 januari 2010 ===

# Hoe kan je DNA sequencen met behulp van raman spectroscopie? Stel een experimentele setup voor.
# Waar moet je op letten bij fluorescentie in vivo? Wat zijn de problemen, hoe kan je die oplossen? Welke technieken zijn geschikt en wat zijn voordelen/nadelen?
# Geef manieren om contrast in optische microscopie te verhogen.
# Signaalpathway gegeven van een G-proteine en adenyl cyclase (in membraan). Hoe kan je de interactie tussen G-proteine en adenyl cyclase onderzoeken? Is dit systeem geschikt voor single molecule? Geef de single molecule time traces.
# Verschil tussen anti-stokes raman (direct meten) en CARS.
# Ontwerp een experiment om de toxiciteit van nanoparticles te onderzoeken. Vaak wordt gesuggereerd dat nanoparticles direct interfereren met de celcyclus. Hoe kan je dat onderzoeken?
# Vraagje over FRAP van membraanproteine. Berekenen van diffusiecoÃ«fficient. (500 nm diameter bleach spot + half recovery op x s gegeven).

=== 15 januari 2010 ===

# Voordelen van single molecule DNA sequencing? Verschil tussen methode met exonuclease en met polymerase? Methode voor single molecule DNA sequencing zonder fluorescentie? (4 ptn)
# Bestuderen van protein folding. Vaststellen van 'rare misfolding' en 'folding'? Kinetica van folding en misfolding? Probability van misfolding? Stel een experiment op met de geziene technieken.) (4 ptn)
# Is het mogelijk om de temperatuur te bepalen met Raman Spectroscopy? (2 ptn)
# Conformatieveranderingen van <1nm bestuderen (3 ptn)
# Technieken om single molecules te bestuderen zonder fluo (2 ptn)
# Bestuderen van de dynamica van actinefilamenten (3 ptn)
# Foto's van fluo-gekleurde cellen: multi-exposure view, intensiteit, lifetime image: wordt elk fluorofoor correct geÃ¯dentificeerd in legende? Hoe werd lifetime image gemaakt? (2 ptn)

=== 30 januari 2009 ===

# Gegeven een figuur van DNA-sequentie-methode. Een proefopstelling daarvoor tekenen, en karakteristieken van de dyes en de optische componenten geven.
# Wat is de PSF. Kan je die veranderen? Hoe?
# Vreemde vraag van halve bladzijde. Kwam er op neer dat ze het zelf nog niet zo goed wisten en dat een E. coli ongeveer de grootte van de focal spot heeft.
# Drie vraagjes van Visser. Bijna letterlijk.
# Nog drie vraagjes van Visser. Al bijna even letterlijk.
# Een polynucleotide (<20nt) is aan de ene kant gemerkt met een dye (MB121 of zo). Er zijn een paar mutaties gemaakt: er werd op bepaalde plaatsen G (dat in de "wt" afwezig was) ingebracht. Resultaat: lifetime vermindert, abs/em niet (rond de 600nm, G zit rond 300nm is gegeven). Wat gebeurt er en hoe kan je het kwantitatief bestuderen?

=== 26 januari 2009 ===

# Welke methode zou je gebruiken om chaperone gemedieerd folding proces te onderzoeken, bespreek kort de theoratische achtergrond. (FRET) Stel 2 mogelijke labelingsstrategieen voor. Kan dit ook bestudeerd worden via elektron transfer, hoe ziet een single molecule trace er dan uit en dergelijke.
# Hoe zou je de volgende processen bestuderen: Ca2+ release in cellen, diffusie in membraan, colocalisatie, stoichiometrie.
# Bespreek de uitspraak 'PALM en STED zijn volledig gebaseerd op hetzelfde principe'
# Hoe kan je achtergrond/autofluorescentie vermijden of bestrijden? Hoe verhoog je contrast in optische microscopie (wees volledig)
# Twee kleinere vraagjes over FRET-FRAP experiment met de androgen receptor
# Drie kleinere vraagjes rond FLIM

=== 18 januari 2008 ===

# (4punten) De eerste vraag ging over een RET waarbij drie fluorophoren in twee conformaties voorkomen en naargelang de conformatie was er tussen twee van de drie RET en dan moest je daar een diagram van tekenen: Fluorescentie intensiteit ifv de tijd. Als extra moest je dan ook nog eens een diagram tekenen als er RET was tussen alle drie. Bij deze vraag moest je telkens rekening houden met de efficientie van transfer.
# (3punten) Een schema dat je moest vervolledigen: je kreeg de technieken FCS, FRAP, FCCS en FRET-FLIM en dan moest je bij alle zeggen of je er dynamics mee kon bestuderen, of je naar moleculaire interacties kon kijken, de conc. range die nodig is voor de techniek en de tijdsschaal waarop gekeken wordt.
# (2punten) Als je met een microscoop met twee kanalen co-localizatie waarneemt, heb je dan interactie tussen beide moleculen?
# (2punten) We hadden in de les twee artikels behandeld van Sunexie (of zoiets)
#* Waarom wordt het proteine onder de lac promotor tot expressie gebracht?
#* Waarom veranker je YFP aan een membraanproteine?
# (3punten) Wat is de Point spread function (PSF) in microscopie. Kun je deze veranderen en zoja, hoe?
# (4punten) Hoe kun je autofluorescentie vermijden/overkomen vanuit het oogpunt van microscopie?
# (2punten) Je hebt een bepaalde dye die aan het 3' uiteinde van een oligonucleotide wordt gehangen. (dan had je een tabelletje met 4 oligonucleotiden en dan de levensduur van de dye) Als er zich een Guanine in de buurt van de dye komt, dan wordt de levensduur van de dye plots veel korter. Het absorptiemaximum van de dye ligt rond 650nm en het absorptieminimum rond 680. Nucleotiden absorberen enkel op golflengtes kleiner dan 330nm.
#* Van welk proces is hier sprake?
#* Welke quantitatieve informatie kun je hieruit afleiden?</text>

Advanced Organic Chemistry

2025-01-11T08:33:30Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Machemie]]

==Examenvragen==
===10 January 2025===
Last question was on 3 instead of 4 points.
[[Bestand:examen_organic-11012025.jpg]]

===26 January 2023===
IMPORTANT NOTE: The following exercise assignments contain a number of errors. In this drive, you can find everything without structural mistakes for this specific exam. https://docs.google.com/document/d/1mfHLVkxhkN63DB88_RoDP4fWwyL5m0VA/edit?usp=sharing&ouid=101486339872913430382&rtpof=true&sd=true
#Devise a strategy to obtain following molecule using Tosylazide and Rhodium salt and any other reagent. No stereochemistry needs to be explained. (I drew the endproduct wrongly, one of the substituents is acetate not a ketone)[[Bestand:Exam_Question_1.png]]
#Both products have a common intermediate. Explain in detail how these products are formed [[Bestand:Exam_Question_2.png]]
#Discuss the mechanism to obtain following products [[Bestand:Exam_Question_3.png]]
#Discuss the mechanism of this reaction. No stereochemistry has to be explained (It's PPh3=CH2 btw, another mistake) [[Bestand:Exam_Question_4.png]]
#Explain the following reaction. [[Bestand:Exam_Question_5.png]]

PS: I might be wrong on questions 3b and 5. I'm going off of memory here.

===27 januari 2022===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling. Hierdoor was de moeilijkheidsgraad van de vragen iets lager. Professor Dehaen stuurt immers normaal gezien veel bij tijdens het mondeling. Indien er dus wel terug mondelinge examens kunnen plaatsvinden zijn de examenvragen van eerdere jaren representatiever.

[[Bestand:Organiccc1.jpg]]
[[Bestand:Organiccc2.jpg]]

===30 augustus 2021===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling. Hierdoor was de moeilijkheidsgraad van de vragen iets lager. Professor Dehaen stuurt immers normaal gezien veel bij tijdens het mondeling. Indien er dus wel terug mondelinge examens kunnen plaatsvinden zijn de examenvragen van eerdere jaren representatiever.

[[Bestand:Organic-30-8-2021 oef 1-4.png]]
[[Bestand:Organic-30-8-2021 oef 5-6.png]]

===20 januari 2021===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling. Hierdoor was de moeilijkheidsgraad van de vragen iets lager. Professor Dehaen stuurt immers normaal gezien veel bij tijdens het mondeling. Indien er dus wel terug mondelinge examens kunnen plaatsvinden zijn de examenvragen van eerdere jaren representatiever.
# 6 punten [[Bestand:Oefening_1.png]]
# 3 punten [[Bestand:Oefening_2.png]]
# 3 punten [[Bestand:Oefening_3.png]]
# 4 punten [[Bestand:Oefening_4.png]]
# 4 punten [[Bestand:Oefening_5.png]]

===6 januari 2021===
Door Corona was er dit jaar geen mondeling.
# In de synthese van een product reageert het gegeven diketon met 2 equivalenten van een een ylide. Geeft de structuur van dit ylide, de structuur van intermediairen A en B en bespreek kort het mechanisme. De laatste stap is een rearrangement met een zuur. [[Media:Oganic 6-1-2021 oef 1.png]] (/6)
# Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 2 .png]] (/3)
# Geef het mechanisme van de reactie [[Media:Organic 6-1-2021 oef 3.jpg]] (/3)
# Gegeven: een lijst van 8 reagentia, waaronder een H2SO4, acetonitrille, Na, NH2OH, t-BuONa, TiCl4, Me3SiCl en 2-broompropaan. Slechts 6 van de 8 moeten worden gebruikt. Geef de intermediairen X en Y en het mechanisme. De laatste stap is een fragmentatiereactie. [[Media:Organic 6-1-2021 oef 4.PNG]] (het kan zijn dat er een klein foutje zit in de structuur van het eindproduct) (/6)
# Geef het mechanisme van de reactie. In de eerste stap reageert het startproduct met een bromopropaan-derivaat. De laatste stap is een pericyclische reactie. Verloopt de cyclisatie thermisch of fotochemisch? [[Media:Organic 6-1-2021 oef 5.PNG]] (/3)

===20 januari 2020===
WERKEND BESTAND: [[Media:Organic examen 2020 deel 1.jpg]] en [[Media:Organic examen 2020 deel 2.jpg]]

[[Categorie:Machemie]]

===22 januari 2019===

[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_1.jpg]]
[[Media:Vragen_Advanced_Organic_22-01-19_VM_Deel_2.jpg]]

===21 januari 2019 VM===

====Examen====

[[Bestand:ExamAdvOrg21jan2019.png|800px]]

====Oplossingen====
[[Media:SolutionsAdvOrg21jan2019jpg.jpg]]

===28 januari 2013 NM===

[[Media:Examen organische chemie 23-01-2017.jpeg]]

#Explain the following reaction. [[Bestand:org1.png]]
#How is given cyclopropane synthesized from diethyl malonate in several steps? Choose reagents such that a maximal yield is obtained. [[Bestand:org2.png]]
#This reaction scheme is an example of a benzannelation reaction. Upon heating, several consecutive steps happen so that the given end product is obtained. Among these steps are three electrocyclic reactions (two 4-electron and one 6-electron), a tautomerization, and a cycloaddition (not necessarily in this order). [[Bestand:org3.png]]
#Explain formation of this product in presence of base. [[Bestand:org4.png]]
#Give product A and explain how this reaction occurs. [[Bestand:org5.png]]
#What products will be formed in following reactions? [[Bestand:org6.png]]

Bestand:Examen organic-11012025.jpg

2025-01-11T08:30:31Z

R0893093:

Spectroscopie van biomoleculen

2024-06-20T07:48:29Z

R0893093: /* Hofkens */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===19 juni 2024===
====Vogt====
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi
#NMR van C10H10O4: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p) (benzeen met 2 methylesters in ortho)
#Theorievragen over NMR (4p)
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P
#Veronderstel een bioactief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek drie 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen (3p)

====Hofkens====
#Theorievraag over electronic transitions
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (2p)
##Welk van de twee kies je (emissio of absorptie) om membraanfusie te bestuderen. Wat kan men hieruit leren over membraanfusie? (1p)
##IR band voor H2O is 3650 cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus) (1p)
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)
# Verklaar begrippen en maak tekening(indien tekening relevant is) (elk begrip 1p)
## Singlet oxygen en relevantie in biologie
## Solvent relaxation
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements
## Bohr atom en relevantie in biologie
## Fourier transform infrared spectroscopy

===2 september 2023===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
# Verklaar begrippen en maak tekening
## Inner filter Effect
## R0
## r0
## Anti-stokes Raman Scattering
## Dynamic quenching

===21 juni 2023===
====Vogt====
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)
====Hofkens====
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie?
## Raman selectie regels
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten?
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie

===24 Augustus 2022===
==== Hofkens ====
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen
# Verklaar begrippen
## Raman selectieregels
## Circular Dichorism
## FRET en relevantie tot spectroscopie
## Single photon counting
## Foto-elektrisch effect
===22 juni 2022===
====Vogt====
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)
====Hofkens====
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher.
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## statement van Brogolie
## Basisregels IR
## Cotton effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===23 juni 2021===
====Vogt====
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?

====Hofkens====
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
# Verklaar begrippen met tekening:
## Extinctie coefficent
## Time resolved emission spectra
## Inner filter effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===11 juni 2021===
====Vogt====
#NMR van C11H14O2
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?

====Hofkens====
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.
#Verklaar begrippen met tekening:
##Wet van Lambert Beer
##R0
##Inner filter effect
##Dynamische quenching
##Anti-stokes Raman scattering

===21 augustus 2020===
====Hofkens====
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.
##Verklaar alle waarnemingen.

#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoelectrisch effect
##FRET
##dynamische quenching
##FTIR
##resonance Raman Scattering

===25 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?

====Hofkens====
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoselectie
##Excitatiecoefficient
##Anti-Stokes Raman Scattering
##Inner filter effect
##TRES

===23 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?
#Toon de magnetisatievector M0 wanneer een puls van a) 30°x, b) 90°x en c) 180°x wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.
#Verklaar begrippen met tekening:
##excitatiespectrum
##Balmer reeks
##Perrin vergelijking
##inner filter effect
##dynamische quenching

===15 juni 2020===
====Deel Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.

====Deel hofkens====
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?
#Begrippen
##Limiting anisotropy
##Auxochroom effect
##Forster radius
##Inner filter effect
##TC SPC (single foton counting)

===28 augustus 2019===
====Deel Vogt====
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?

====Deel hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?
#begrippen:
##Foto-elektrisch effect
##Emissiespectrum
##anti-Stokes Raman scattering
##Statische quenching

===27 augustus 2019===
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.
====Deel Hofkens====
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd
# woordjes
##foto-elektrisch effect
##cotton-effect
##extinctiecoëfficiënt
##TRES

=== 25 Juni 2019 NM===
====Voght====
#NMR C11H14O2
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.

====Hofkens====
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES
===25 juni 2019 VM===

====Vogt====
#NMR-spectrum(C9H10O3)
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens
#Fase 1 spectrum ->structuur proteinen

====Hofkens====
Zie examen 27 juni 2018

===11 juni 2019===

====Voght====
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)

====Hofkens====

#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)
#4 begrippen: (4 punten)
#*limiting anisotropy
#*inner filter effect
#*auxochrome shift
#*anti-Stokes Raman

===27 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

====Hofkens====
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment

===26 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

====Hofkens====
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Spectroscopie van biomoleculen

2024-06-20T07:46:02Z

R0893093: /* Vogt */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===19 juni 2024===
====Vogt====
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi
#NMR van C10H10O4: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (3p) (benzeen met 2 methylesters in ortho)
#Theorievragen over NMR (4p)
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P
#Veronderstel een bioactief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek drie 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen (3p)

====Hofkens====
#Theorievraag over electronic transitions
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (3p)
##IR band voor H2O is gegeven in cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus) (1p)
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)
# Verklaar begrippen en maak tekening (elk begrip 1p)
## Singlet oxygen en relevantie in biologie
## Solvent relaxation
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements
## Bohr atom en relevantie in biologie
## Fourier transform infrared spectroscopy

===2 september 2023===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
# Verklaar begrippen en maak tekening
## Inner filter Effect
## R0
## r0
## Anti-stokes Raman Scattering
## Dynamic quenching

===21 juni 2023===
====Vogt====
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)
====Hofkens====
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie?
## Raman selectie regels
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten?
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie

===24 Augustus 2022===
==== Hofkens ====
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen
# Verklaar begrippen
## Raman selectieregels
## Circular Dichorism
## FRET en relevantie tot spectroscopie
## Single photon counting
## Foto-elektrisch effect
===22 juni 2022===
====Vogt====
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)
====Hofkens====
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher.
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## statement van Brogolie
## Basisregels IR
## Cotton effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===23 juni 2021===
====Vogt====
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?

====Hofkens====
# Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
# Verklaar begrippen met tekening:
## Extinctie coefficent
## Time resolved emission spectra
## Inner filter effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===11 juni 2021===
====Vogt====
#NMR van C11H14O2
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?

====Hofkens====
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.
#Verklaar begrippen met tekening:
##Wet van Lambert Beer
##R0
##Inner filter effect
##Dynamische quenching
##Anti-stokes Raman scattering

===21 augustus 2020===
====Hofkens====
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.
##Verklaar alle waarnemingen.

#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoelectrisch effect
##FRET
##dynamische quenching
##FTIR
##resonance Raman Scattering

===25 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?

====Hofkens====
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoselectie
##Excitatiecoefficient
##Anti-Stokes Raman Scattering
##Inner filter effect
##TRES

===23 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?
#Toon de magnetisatievector M0 wanneer een puls van a) 30°x, b) 90°x en c) 180°x wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.
#Verklaar begrippen met tekening:
##excitatiespectrum
##Balmer reeks
##Perrin vergelijking
##inner filter effect
##dynamische quenching

===15 juni 2020===
====Deel Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.

====Deel hofkens====
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?
#Begrippen
##Limiting anisotropy
##Auxochroom effect
##Forster radius
##Inner filter effect
##TC SPC (single foton counting)

===28 augustus 2019===
====Deel Vogt====
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?

====Deel hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?
#begrippen:
##Foto-elektrisch effect
##Emissiespectrum
##anti-Stokes Raman scattering
##Statische quenching

===27 augustus 2019===
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.
====Deel Hofkens====
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd
# woordjes
##foto-elektrisch effect
##cotton-effect
##extinctiecoëfficiënt
##TRES

=== 25 Juni 2019 NM===
====Voght====
#NMR C11H14O2
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.

====Hofkens====
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES
===25 juni 2019 VM===

====Vogt====
#NMR-spectrum(C9H10O3)
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens
#Fase 1 spectrum ->structuur proteinen

====Hofkens====
Zie examen 27 juni 2018

===11 juni 2019===

====Voght====
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)

====Hofkens====

#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)
#4 begrippen: (4 punten)
#*limiting anisotropy
#*inner filter effect
#*auxochrome shift
#*anti-Stokes Raman

===27 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

====Hofkens====
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment

===26 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

====Hofkens====
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Anorganische Chemie

2024-06-11T17:53:49Z

R0893093: /* 10 Juni 2024 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof. Koen Binnemans. Sinds 2023-24 heet het vak Anorganische Chemie. Daarvoor heette het Metalen en Katalyse. Het examen is schriftelijk (3 uur) en open boek. Je mag elke vorm van informatie gebruiken in gedrukte of elektronische vorm, alsook een rekenmachine. Er worden vooral oefeningen en inzichtsvragen gesteld.
Wiki Metalen en Katalyse: https://wiki.chemika.be/index.php?title=Metalen_en_Katalyse

==Examenvragen==
===10 Juni 2024===
#Gegeven is het moleculair gewicht, de stapeling (bcc), de lengte van één zijde van de eenheidscel (430 pm), ... (veel extra gegevens). Bereken de experimentele atoomstraal van het natrium-ion?
#Twee complexen gegeven, beide zijn 3d9. Één is vierkant vlak, andere tetraëdisch. Hoeveel ongepaarde elektronen hebben ze elk?
#katalytische cyclus gegeven (denk wilkinson katalysator): bepaal van alle intermediaren het oxidatiegetal en bereken het aantal elektronen.
#LFSE voor [Ru(H2O)6]2+ is bijna gelijk aan [RuCl6]3+, hoewel dit volgens de spectrochemische reeks niet klopt. kan je dit verklaren?
#Ellingham-diagram:
##Kan ZnO TiO2 oxideren?
##Waarom wordt de helling van ZnO steiler na het smeltpunt en waarom nog stijler na het kookpunt?
##Waarom heeft de rechte van C,CO een negatieve helling?
#Je hebt een complex met een brutoformule met 3x Cl en 6x H2O. Na titratie met AgNO3 wordt er per mol complex 3 mol neerslag gevormd. Wat is de formule van het complex, teken dit. Nu heb je een complex met dezelfde brutoformule, maar dit geeft maar 2 mol neerslag per mol complex. Wat is de formule van het complex, teken dit.
#Pourbaix diagram van ijzer:
##Geef de reactievergelijking van heel wat overgangen in het diagram.
##Is ijzer stabiel in atmosferische omstandigheden?
##Komt Fe3+ voor in natuurlijke oppervlaktewaters?

Anorganische Chemie

2024-06-11T17:41:21Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Gedoceerd door prof. Koen Binnemans. Sinds 2023-24 heet het vak Anorganische Chemie. Daarvoor heette het Metalen en Katalyse. Het examen is schriftelijk (3 uur) en open boek. Je mag elke vorm van informatie gebruiken in gedrukte of elektronische vorm, alsook een rekenmachine. Er worden vooral oefeningen en inzichtsvragen gesteld.
Wiki Metalen en Katalyse: https://wiki.chemika.be/index.php?title=Metalen_en_Katalyse

==Examenvragen==
===10 Juni 2024===
#Gegeven is het moleculair gewicht, de stapeling (bcc), de lengte van één zijde van de eenheidscel (430 pm), ... (veel extra gegevens). Bereken de experimentele atoomstraal van het natrium-ion?
#Twee complexen gegeven, beide zijn 3d9. Één is vierkant vlak, andere tetraëdisch. Hoeveel ongepaarde elektronen hebben ze elk?
#katalytische cyclus gegeven: bepaal van alle intermediaren het oxidatiegetal en bereken het aantal elektronen.
#LFSE voor [Ru(H2O)6]2+ is bijna gelijk aan [RuCl6]3+, hoewel dit volgens de spectrochemische reeks niet klopt. kan je dit verklaren?
#Ellingham-diagram:
##Kan ZnO TiO2 oxideren?
##Waarom wordt de helling van ZnO steiler na het smeltpunt en waarom nog stijler na het kookpunt?
##Waarom heeft de rechte van C,CO een negatieve helling?
#Je hebt een complex met een brutoformule met 3x Cl en 6x H2O. Na titratie met AgNO3 wordt er per mol complex 3 mol neerslag gevormd. Wat is de formule van het complex, teken dit. Nu heb je een complex met dezelfde brutoformule, maar dit geeft maar 2 mol neerslag per mol complex. Wat is de formule van het complex, teken dit.
#Pourbaix diagram van ijzer:
##Geef de reactievergelijking van heel wat overgangen in het diagram.
##Is ijzer stabiel in atmosferische omstandigheden?
##Komt Fe3+ voor in natuurlijke oppervlaktewaters?

Polymer Materials

2024-01-21T21:46:53Z

R0893093: /* 16 Januari 2024 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==
Het vak werd vroeger gegeven door Prof. Erik Nies, maar wordt vanaf 2023-2024 gegeven door Bart Goderis en Guy Koeckelberghs. Het examen van Koeckelberghs is mondeling en het examen van Goderis is deels schriftelijk, deels mondeling. De cursus is ook veranderd in 2023-2024 waardoor sommige examenvragen van daarvoor mogelijks niet meer relevant zijn.

==Examenvragen==

===16 Januari 2024===
big questions Goderis

# states of aggregation and effect of molecular weight
# 3 ways of making thermoplastic elastomers

small questions Goderis

# plastic vs polymer
# naphta
# is LDPE of LLDPE copolymer
# spinneret
# blown film process
# hoe is de conformatie van kristallijn polyethyleen
# Poiseuille flow
# iets over viscositeit

guy

#twee vinyl hoe te polymeriseren
#wat is steoregulariteit heef twee types en heeft elke type een soort van polermerisatie da je die stereo krijgt
#chain and step en MM

===12 Januari 2024===
big question Goderis (mondeling)

# polymer melt index(viscosity depends on what? (mm, temperature, shear rate(newton’s law: are polymers newtonian liquid, shear thinning behaviour? -> also look at H7 slide 73
# crystallization graph of 4 polymers (with Tg and Tm) and graph with specific volume something (H7 slide 43!!)-> looks like amorphous polymer graph but it isnt!! -> talk about PE conformations (HDPE LDPE LLDPE). (temperature dependance of free volume is also related to one of these questions (H6))

small question Goderis

# macromolecule vs polymer
# thermo elastic inversion effect for rubbers(H7 slide 71)
# True of false: shrinking foil is high polydispersity needed?
# steam cracking?
# why not use nylon screw? (we did it in the exercise) (strain reduces faster)
# die swelling
# which process for plastic bottles(extrusion blow molding and injection blow molding)
# zero shear rate viscosity increases with mw^3.4 why (H7)
# how to find toughness with tensile experiment (H6)
# dont remember

Guy (mondeling)
# Mw and Mn -> how to measure
# anionic living polymerization (counterion, stability, solvent) -> under which conditions: ex no O2/C02 -> peroxide forming…
# dibuteen and 4-Vinylphenol how to polymerize, stabilisatie en compatibele zijgroepen.

===24 Januari 2023===
#Welke polymerisatie ondergaat wel/niet onderstaande molecule (10 punten)?
#Begrippen (10 punten)
#*Mz adhv molecular weight + welke eenheid heeft eindresultaat definitie
#*Hoe ziet operating point van een injection er uit? Maak een schets/tekening.
#*Staudinger Hypothese
#UHMWPE (Tabel met gegevens gegeven; 10 punten)
#*Wat is UHMWPE en wat is er speciaal aan?
#*Is deze in coiled vorm? Ja/neen + leg uit waarom.
#*Welke waarden in tabel hebben invloed/zeggen iets over volume van coiled vorm?
#*Leid een formule af voor afhankelijkheid van Mw bij weight density van coiled vorm.
#*Reken uit
#Rubberen bal (ideaal rubber bij Rubbery plateau; 10 punten):
#* Schets storage modulus en loss modulus tussen -50°C - 50°C met Tg = -19°C
#*Leg de schets uit
#*Bal wordt om de zoveel tijd losgelaten vanaf 1m hoog. Schets grafiek (h/T) en waarom heb je die zo geschetst?
#*Hebben "*" 2 en 3 iets met elkaar te maken? Zo ja/neen? Waarom?

===29 Augustus 2022===
#Polystyrene
#FJC-model
#Begrippen
#*Staudinger Hypothese
#*Mz
#*Performance VS Property
#Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C
#* (zie vraag jan '22)
===25 januari 2022===
#In which ways can Methyl vinyl ether be polymerised?
#What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for <R.R> and discuss for each step what you did.
#
#* - What is Newtonian viscosity and how can it be determined from the shear rate dependent viscosity? - Illustrate the dependence of the Newtonian viscosity on the molar mass, what are the molecular reasons for this?
#*- What is a thermoplastic elastomer? - How is it made out of block copolymers?
#* Give the Staudinger hypothesis.
# Rectangular rubber loaded with mass. T lowers from 50°C to -50°C (tabel gegeven met veel gegevens) (oefening analoog aan set 5 over rubbers, oefening 2)
#* What is an ideal rubber?
#* Calculate length of the rubber at 50 °C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Make a plot L(T) from - 50 °C to 50 °C and indicate length from previous exercise (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Explain this behaviour (elasticiteit en entropie)

===9 januari 2021===
#In which ways can acrylonitrile be polymerized?
#What is the freely jointed chain model + make a drawing indicating the relevant parameters. Give a basic expression for R, give a precise expression for the contour length L. Derive an expression for <R.R> and discuss for each step what you did.
#
#* Give the definition for Mz, starting from the molecular moments. Discuss each variable and give the units.
#* What is the operating in injection moulding + make a drawing.
#* PE is made by free radical polymerization (Mw = 50 kg/mole, D = Mw/Mn = 3.2), can we make super strong PE fibers from this? Explain
#* State the Staudinger hypothesis.
#A cylindrical nylon fiber is used to suspend a 10 kg rotor in a centrifuge experiment. At T = 60°C, L0 = 20 cm and after 50 minutes, L = 20.0045 cm.
#* What mechanical analogue would you use to describe the centrifuge experiment?
#* Calculate stress and strain at T = 60°C and after 50 minutes.
#* Determine Rs, the radius of the nylon fiber.
#* Determine the elongation of the fiber at T = -10°C and after 24 hours.

===22 januari 2020===

#Vraag 1: Pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#Vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: Pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===13 januari 2020===
#Vraag 1 van voorbeeldexamen (open boek)
#Vraag met grafiek Young's modulus van voorbeeldexamen (open boek, mondeling)
#Verschil copolymerisatie Ziegler-Natta vs metalloceen van voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Formule kracht elasticiteit, entropieveer van pagina 4 voorbeeldexamen (gesloten boek)
#Tabel met info UHMWPE. Waarvoor staat UHMWPE? Wat is er typisch aan deze graad? Afleiden densiteit van coiled coil, welke assumpties maak je bij deze afleiding? Uitrekenen densiteit. Is (een specifieke naam van polymeer) PE in de coiled coil conformatie?

===14 januari 2019===

#vraag 1: pagina 1 van voorbeeld examenvragen
#vraag 2 (mondeling): Rechthoekig rubber wordt beladen met een massa. T daalt van +50°C tot -50°c met 1°C/min en er is nog een tabel met een heel aantal gegevens beschikbaar.
#* Bereken de lengte van het rubber bij 50°C (gewoon extension ratio berekenen, alle gegevens voor de formule zijn gegeven)
#* Maak een plot van lengte ifv temperatuur en neem je bekomen lengte uit bovenstaande vraag mee (dezelfde vgl oplossen maar dan voor andere temperaturen en je bekomt een dalende rechte vanaf glastransitietemperatuur want vanaf daar is de formule geldig)
#* Verklaar je observatie (elasticiteit is door entropie bepaald, geef analogie met veerconstante)
#Gesloten boek: pagina 2 van voorbeeld examenvragen

===16 januari 2018===
#Hoe polymeriseert methylvinylether? (open boek)
#Oefening elongatie nylon 66 vezel in centrifuge experiment (open boek, mondeling)
#*welke verband tussen stress en strain
#*Bereken stress en strain
#*Bereken diameter draad
#*Uitrekken bij andere T (onder Tg)
#Vanalles over newtioniaanse viscositeit (def., te zien in shear thinning, verband met molaire massa)
#Wat zijn thermoplastische elastomeren
#Experiment met stelling (van voorbeeld examen blijkbaar)
#*Klopt stelling
#*Bewijs je redenering
#*Geef alle variabelen en hun eenheden gebruikt in bewijs

===15 januari 2018===
#Polymerisatie van acrylonitril (radicaal, kationisch, anionisch) (open boek)
#Oefening van rubber (analoog aan laatste (set 5, ex 2) oefeningen, rubber wordt uitgerokken door een kracht, dit wordt gevolg bij temperaturen van 50 °C tot -50 °C, bespreek plot) (open boek, mondeling)
#Leg het verschil uit tussen
#*Performance & property
#*Entanglements & cross-links
#Extruder
#*Geef vergelijk volumetrische flow
#*Leg alle symbolen uit en geef de eenheden
#*Een mould wordt aan een extruder gezet voor een rod-shaped object te maken,teken dit, geef werkings punt (Qextr=Qdie)

Chemische Thermodynamica

2024-01-15T19:39:05Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest, oefenzittingen werden vroeger gegeven door de zo mogelijk nog sympathiekere Maarten Vanbel.

'''Alle vragen van het einde van elk hoofdstuk (Elisabeth I.):'''
https://drive.google.com/file/d/1J_23Lh2eyP2lzxUNz9JKv4si8D7028PJ/view?usp=sharing

==Examenvragen==
=== 15 januari 2024 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
Bijvragen over de CMC, opbouw micellen en amfifiele moleculen, wat is de 2e hoofdwet van thermodynamica & het verband met gibbs...
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆S=0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijke. Leg kort uit.
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Waar of niet waar?
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.
#Oefening: Bereken de molaire massa van creatine gegeven dat de osmotische druk van je 0.1g/l creatine-oplossing 13 torr bedroeg in vergelijking met water bij 25°C.
#Oefening: Isotherme reversibele expansie van 0.133 mol ideaal gas van 3l naar 10l. De initiële druk bedroeg 5 bar.
#*Bereken U, q en W
#*Bereken ΔS(systeem)
#*Bereken ΔG

=== 12 januari 2024 ===
#OPDRACHT: vuurpomp
#*Leid een uitdrukking af voor de eindtemperatuur en eindvolume bij de vuurpomp (zonder getallen).
#*De werking van de vuurpomp steunt op een irreversibele adiabatische compressie. Hoe zou je de eindtemperatuur en eindvolume berekenen in het reversibele geval?
#*Leid een uitdrukking af voor de arbeid in beide gevallen. Is deze gelijk of verschillend voor beide processen? Leg uit waarom
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆S=0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijke. Leg kort uit.
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Waar of niet waar? Motiveer kort je antwoord.
#*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.
#*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenene.
#*De elektrochemische potentiaal is hetzelfde als de chemische potentiaal.
#oefening 1: isotherme expansie van 3 atm naar 1 atm bij een temperatuur van 37°C. Geef de entropie van de omgeving en van het systeem in volgende gevallen:
#*Reversibele expansie
#*Irreversibel tegen een uitwendige druk van 1 atm
#oefening 2: je hebt een moedercel met straal 1 µm dat zich opsplitst in 2 gelijke dochtercellen. Het totaal volume blijft gelijk, maar de oppervlakte wordt groter. Wat is de arbeid die hiervoor verricht moet worden als je weet dat de oppervlaktespanning (iets in die aard) 1.26*10^(-)2 N/m is?

=== 28 augustus 2023 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos
#*Delta G en delta G° zijn constanten
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.
#Oppervlaktespanning
#*Waarom is de druk binnen in een vloeistofdruppel steeds hoger dan erbuiten?
#*Waarom heeft hexaan een lagere oppervlaktespanning dan water?
#*Waarom gebruiken we de Helmholtz functie om de Young-Laplace vergelijking af te leiden en niet de Gibbs functie?
#Oefening 1: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?
#*Geef de gibbsfunctie.

=== 1 februari 2023 ===
#OPDRACHT: vuurpomp
#*Leid een uitdrukking af voor de eindtemperatuur en eindvolume bij de vuurpomp (zonder getallen).
#*De werking van de vuurpomp steunt op een irreversibele adiabatische compressie. Hoe zou je de eindtemperatuur en eindvolume berekenen in het reversibele geval?
#*Leid een uitdrukking af voor de arbeid in beide gevallen. Is deze gelijk of verschillend voor beide processen? Leg uit waarom.
#Toon aan met een afleiding (begin met vorderingsgraad) dat 𝑅𝑇 ln(𝐾p) = −∆𝐺̅°.
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagram en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk. Leg kort uit.
#Beschouw een mengsel (of oplossing) van vloeistoffen A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.
#OEFENING 1: Isotherme compressie van een ideaal gas van 3 atm tot 1 atm bij 27°C. Bereken ∆S(systeem) en ∆S(omgeving) in het reversibele geval en ook bij constante externe druk van 1 atm.
#OEFENING 2: Een druppel water (bol met straal 10 mm) wordt gesplitst in 1000 equivalente kleinere druppels (ook bollen) waarbij het totaalvolume niet verandert. Bereken de arbeid die hiervoor nodig is. Gegeven formules voor volume en oppervlakte bol, oppervlaktespanning water (73 N/m).

=== 16 januari 2023 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos
#*Delta G en delta G° zijn constanten
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling
#Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit
#OEFENING 1: berekenen U, q, W, G, S, H
#OEFENING 2: iets van een moedercel die splitst in 2 dochtercellen waarbij het volume gedeeld wordt door 2 maar de oppervlakte wel veranderd. Berekenen hoeveel arbeid er nodig is om dit proces te laten plaatsvinden (dus oppervlaktespanning doorbreken). Diameter moedercel, oppervlaktespanning, formule opp. en volume bol gegeven.

=== 1 september 2022 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.
#*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.
#*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.
#Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.
#*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.
#*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte

=== 25 augustus 2022 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos
#*Delta G en delta G° zijn constanten
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte

=== 17 januari 2022 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.
#
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#
#Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.
#
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?
#
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?
#*Geef de gibbsfunctie.

=== 31 augustus 2021 ===
#Vuurpomp afleiding geven voor T en V
#
#Gibbs functie bij mengsels
#*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet
#*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.
#
#Waar of niet waar?
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.

#Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!
#Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie?
#Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk.
#*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert
#*Geef de entropie verandering van het systeem
#*Geef de gibbs functie voor deze situatie

=== 27 januari 2021 ===
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is
#Adiabatische processen
#* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces
#* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)
#* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.
# Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.
# Waar of niet waar?
#* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.
#Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)
#Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen
#*bereken delta H
#*bereken normaal kookpunt naftaleen
#*bereken P van tripelpunt

=== 11 januari 2021 ===
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is
#Osmose
#La place druk
#Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen
#*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas
#* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas
#* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen
#oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces
#* bij reversibel proces
#*bij Pex van 1 atm
#oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven
#* schets een fasediagram (P,T) hiervan
#* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?
#* bereken Hvap

===31 januari 2020===
# Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.
# Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.
# Oef: bereken verandering van entropie.
# Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?

===17 januari 2020 VM===
# Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.
# Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.
# Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?
# klassieke nucleatietheorie
===13 januari 2020 NM===
# Vuurpomp
# Oef: P2 en deltaG berekenen
# Oef: deltaS berekenen
# Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.
# Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil.

===13 januari 2020 VM===
# Vuurpomp
# Oef: bereken q S en H bij isotherm
# Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas
# Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit
# mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)
===25 januari 2019 NM===
# Vuurpomp
# Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)
# Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp
# Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.

===18 januari 2019 NM===
Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve
===18 januari 2019 VM===
# Artikel over proteïne
# Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.
# Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G.
# Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.

===14 januari 2019 NM===
# Vuurpomp
# Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt.
#* Wat is de einddruk?
#* Wat is de delta G?
# Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.
#* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen
# Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces
# Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen

===14 januari 2019 VM===
#Vuurpomp
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W.
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm.
#Colligatieve eigenschappen
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof?
#*Bespreek kookpuntsverhoging
#*Bespreek osmose
#Mengsels van vloeistoffen
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)

===1 februari 2018===
#vuurpomp
#vraag over donnanpotentiaal
#vraag over mengsels

===26 januari 2018===
#Proteinevouwing
#Carnot cyclus
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.
#entropie oef
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.

=== 19 januari 2018 ===

#Vuurpomp uitleggen
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken

=== 19 januari 2018===
# Vuurpomp
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor:
#* a. Reversibel
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )
# Beschouw de reactie 3A+2B <=> C+2D.
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)
# Beschouw F(folded) <=> U(unfolded).
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)

=== 15 januari 2018 ===

# Vuurpomp uitleggen
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---> bepaal einddruk en delta G
# Oefening partieel molaire volumes
# Entropie voor fasetransities afleiden
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen

=== 3 februari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering.
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.
# Carnot-cyclus:
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)

=== 27 januari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berkenen
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is
# Kinetisch gasmodel en fotongas

=== 27 januari 2017 VM ===

# Artikel over proteïnen
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatische expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* isochoor proces (weet niet meer exact)
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berekening

=== 20 januari 2017 NM ===

#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.

=== 16 januari 2017 VM ===
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.

=== 22 januari 2016 NM ===
#vuurpomp
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven

=== 15 januari 2016 (VM) ===
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces.
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.
#Bespreek de carnot cyclus.
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.

=== 11 januari 2016 NM ===
Hetzelfde als 11 januari VM

=== 11 januari 2016 VM ===
#vuurpomp (opdracht)
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie

=== 12 januari 2015 (NM) ===

# 1. Dat vuur pomp stuff.
# 2. Bereken tripel punt shit.
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden

=== 17 januari 2014 ===

# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit

=== 28 januari 2013 ===

# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -> CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.

=== 25 januari 2013 ===

# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)

=== 18 januari 2013 ===

# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 3 feb 2012 ===

# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie.
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 27 jan 2012 ===

# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.
# Oefening op entropieverandering
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.
=== 20 jan 2012 VM ===

# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatisch expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen

=== 16 jan 2012 VM ===

# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H & S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm

=== 28 jan 2011 ===

#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)
#Bespreek membraanpotentiaal
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename van het systeem? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (Cv = 5/2R)

=== 21 jan 2011 VM ===
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)
# Oefening over entropieverandering

=== 17 jan 2011 ===

# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-> vl., vl. -> gas en vast -> gas berekenen)
# Oefening over entropieverandering
# Oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 15 jan 2010 ===

# bespreek de adiabatische expansie
# bespreek osmose en geef een toepassing
# oefening over entropieverandering
# oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 11 jan 2010 VM ===
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# ?
# ?

=== 11 jan 2010 NM ===
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.

=== 30 jan 2009 ===
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.
# Kookpuntverhoging.
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.
=== 16 jan 2009 ===
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren
=== 21 jan 2008 ===
# clayperon+ toep. op verdampen
# kookpuntsverhoging bespreken
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.
=== 21 jan 2008 ===
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de membraam potentiaal
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C-->1000Â°C. Cp gegeven
=== 18 jan 2008 ===
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven

=== 14 jan 2008 ===
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof
# osmose bespreken
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R
=== 14 jan 2008 ===
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen
# kookpuntsverhoging bespreken
# CO(g) + H20 (g) => CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma

=== 30 aug 2008 ===
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme exp tegen constante druk
#* adiab exp cte P
#* reversibele isoth exp
#* rev adiab exp
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R
=== 29 jan 2007 ===
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek osmose
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen
# een ideaal gas gaat van T1->T2 en V1-> V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden.
=== 20 jan 2007 ===
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's

=== 19 jan 2007 ===
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma
=== 18 jan 2007 ===
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)
Oefening:
# bereken molecuulmassa van een proteïne
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??

Gentechnologie

2024-01-13T07:20:50Z

R0893093:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Prof Lavigne. Biochemie volgt het samen met bio-ingenieurs. Oefenzittingen verplicht (niet in 2022, door corona?). Als Lavigne een vraag stelt verwacht hij dat je elk deel van de vraag uitlegt ook al wordt het niet expliciet gevraagd. Bijvoorbeeld; geef de voor- en nadelen van PET en pPIC, dan moet je PET en pPIC volledig uitleggen.

==Examenvragen==

===12 januari 2024===
#Grote PCR vraag
#* Leg real-time PCR uit + toepassingen
#* Gevoeligheid en precisie o.b.v. welke factoren?
#* Som probes op (in detail)
#Hypothetisch 'we doen een thesis scenario waarbij we planten willen transformeren'
#* Illustreer en explain binaire vector
#* Geef genetische transformatiemethode voor de insertie van T-DNA in plantcel
#* Geef genotyperingsstrategie om homozygote mutant te identificeren (iets met primer, idk, wilde vraag dit)
#Definities
#* Explain BAC + complexiteit kloonbib
#* Exsite - GeneTailor
#* PIC: voor- en nadelen
#Oefening (vectorsysteem voor eukaryote cel)
#* Kies vectorsysteem + why?
#* Leg vector-onderdelen uit
#* Vereiste aanpassing voor gebruik SV40? Voordeel SV40?
#* Primer-deel

===13 januari 2023===
#Bespreek de parameters die de betrouwbaarheid van de PCR amplificatie kunnen verhogen, inclusief PCR-afgeleide technieken en detectiemethoden die bij real-time PCR zorgen voor gevoeligere en preciezere detectie
#Bespreek in detail twee methoden om vreemd DNA binnen te brengen in plantencellen, en geef voor elke methode ook minstens 2 voordelen en nadelen (nieuwe prof sinds dit academiejaar voor het hoofdstuk over planten)
#Definities
#*BAC vector en de complexiteit van bank die werd aangemaakt via deze vector
#*Exsite methode en genetailor methode
#*Gebruik van URA gen als positieve en negatieve selectiemerker
# Je wil bepaald eiwit tot expressie brengen in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer je keuze.
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie?
#* Teken de primers uit voor de amplificatie van het gen (volledige sequentie geven, kozak sequentie geven, stopcodon gegeven),en er moest ook een tag (sequentie gegeven) gehangen worden aan het 3'-uiteinde

===9 september 2022===
# Grote theorievraag kwam van Paeshuyse (!): sequentie was gegeven en dit moest tot expressie gebracht worden in dierlijke cellen
#* Beargumenteer welk expressiesysteem je gebruikt en waarom
#* Teken de expressievector en benoem alle onderdelen
#* Welke modificatie moet je doen bij CHO cellen om DHFR merker te gebruiken en wat is het voordeel van deze merker
#* Doe hetzelfde maar dan in een plantencel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, colE1, bla, URA3, MBD, HIS6, factor X, Pgal1, CYC tt en restrictie-enzymen). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?
# Definities
#* Bespreek de eigenschappen van cosmidevectoren en hoe je hiermee kloonbanken maakt
#* Mutagenese via prone-PCR
#* CTAB methode voor isolatie van plant DNA
# Oefening van Lavigne (!): 2 exonen met sequenties waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.

===14 januari 2022===
# Parameters die de betrouwbaarheid van amplificatie door middel van PCR verhogen. Ook de PCR afgeleide technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen. (- Wat moet je antwoorden als PCR afgeleide technieken (er moeten nog technieken zijn!)? Gradient PCR, Emulsie PCR, RT PCR met een onderscheid tussen Taqman en de andere techniek, ... - Wat hoort er nog bij? formules voor efficientie, proofreading uitleggen, saturatiecurves, ...)
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (2µm, ColE1, Zeo, Strep, MBD, factor X). Waarvoor zou je deze vector gebruiken?
# Definieer alle elementen van BAC en hoe wordt dit gebruikt bij kloonbanken?
# Wat zijn de principes van Exsite en GeneTailor?
# Hoe werkt heat shock bij S. cerevisiae en wat zijn de componenten die hiervoor nodig zijn?
# Paeshuyse: Een sequentie van een nanobody gegeven en je wilt hiervan een fusieproteïne maken dat een His-tag bevat aan het 5' uiteinde. Teken de primers die hiervoor nodig zijn (kozak sequentie gegeven, restrictie-sites gegeven, sequentie voor de his-tag gegeven en de nanobody sequentie gegeven. Hoe zou je dit implementeren in een eukaryoot? Teken de expressievector en expressiecassette. Wat is er nodig voor implementatie in een plant en waarom? Teken de expressievector en de expressiecassette.

===6 januari 2021===
# Parameters die uw betrouwbaarheid van PCR amplificatie verlagen, met betrekking tot mutagenese (random & gerichte pcr-methodes)
# Een vector gegeven en alle onderdelen bespreken (HIS4, colE1, bla gen, aox1, MCS) voor wat zou je deze vector gebruiken?
# Hoe maak je een random DNA bank met cosmidevectors?
# definties
#* Alkalische lyse
#* CAPture techniek
#* taqmanprobe real time PCR
#paeshuyse: gelijka andere jaren

===28 augustus 2020===
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (Geen paginalimiet)
# Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* Leg cosmide vectoren uit en hoe kloonbanken worden gemaakt.
#* CTAB methode
#* Chemische ‘heat shock’ transformatie van S. cerevisiae uitleggen
# Paeshuyse: ongeveer zoals in januari maar met SARS-Co2.

===22 januari 2020 ===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
# Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)
# Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)
# Definities (1/3e pagina voor elk)
#* Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.
#* Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?
#* Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.
#* Welke gebruik je en beargumenteer.
#* Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.
#* Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 & EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.
#* Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.

===30 augustus 2019 ===
#Bespreek de factoren van een PCR die de gevoeligheid kunnen verhogen. Ook de PCR afgeleidde technieken die de gevoeligheid voor nucleïnezuurdetectie kunnen verhogen.
#Bespreek het PET expressie systeem in E. coli, geef ook de voor en nadelen van expressie in deze bacterie.
#(Paashuyse) Je wil Anti-IgE produceren in CHO cellen m.b.v. een eukaryoot expressie systeem (geen gist of schimmel).
#* welk expressie systeem gebruik je? beargumenteer.
#* Teken de vector en verklaar alle factoren die je gebruikt.
#* Wat moet je veranderen aan de CHO cellen om de SV40 ori te kunnen gebruiken? wat is het voordeel van deze ori op replicatie.
#* Als je anti-IgE in planten cellen zou willen produceren, hoe ziet de vector er dan uit? leg alle factoren uit.
#Leg uit:
#* Definieer alles van BAC's
#* Gateway klonering
#* Capture techniek voor full length cDNA klonering
#Oefening: 2 exonen met sequentie waren gegeven, ook een tag met sequentie was gegeven. De bedoeling was om tag-exon1-exon2 te kloneren in een TOPO-T/A vector. Bespreek alle stappen van de klonering en beargumenteer.

===23 Januari 2019 ===
# Welke parameters hebben een negatieve invloed op PCR in verband met mutagenese (geef hierbij ook PCR-gebaseerde technieken van random/directe mutagenese zoals mismatch priming, error-prone PCR..)
# Vergelijk cosmide en BAC klonering en hoe bepaal je de complexiteit van genoombank (carbon clark)
# (Paashuyse): Klonering van een bepaald eiwit in rat cellen
#* A. Leg expressiesysteem uit
#* B. Teken vector en benoem/verklaar alle factoren die je gebruikt
#* c. Wat moet je veranderen aan de rat cellen om SV40 ori te kunnen gebruiken? en bespreek het effect op de replicatie
#* d. Doe hetzelfde maar dan in een planten cel, wat moet je veranderen? En teken de vector opnieuw met alle componenten
# Geef uitleg over
#* Taqman probe
#* CTAB methode
#* PET
# Oefening waarbij je een ori moest insereren in DNA, dit moest in frame zitten, de RE sites waren gegeven, bespreek je techniek en teken PCR primers die je hiervoor zou gebruiken

===31 Augustus 2018 ===
# Leg PET en pPIC expressiesystemen uit.Vergelijk ze en wat zijn de voor en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Hoe bereken je het minimum aantal klonen met de formule van Carbon en Clarke en welke voorwaarden moeten voldoen zijn? (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. Alkalische Lyse
#* B. Wat is de definitie van Hybrid Selected Translation?
#* C. Leg uit hoe men gisten transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* a. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* b. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

===24 januari 2018 ===
# Leg PET en pBAD expressiesystemen uit. Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
#
#* A. Geef de PCR parameters (en PCR varianten) die de specificiteit verhogen. Leg kort telkens kort uit. (1 bladzijde)
#* B. Bespreek in detail hoe cosmidebanken gemaakt worden. Geef ook uitleg bij Carbon & Clarke. (1 bladzijde)
# Geef definities/uitleg voor volgende begrippen (1/3e van een blad antwoordruimte per begrip):
#* A. CAPture techniek bij cDNA aanmaak
#* B. Taqman RT-PCR
#* C. Nodige elementen voor een episomaal shuttle-plasmide voor ''E. Coli'' en ''S. cerevesiae''
# Deel Prof. J. Paeshuyse. Gegeven: sequentie van insert, knipplaatsen die niet in het insert knippen (met bijhorende sequentie) en een pENTR-vector met alle elementen (en knipplaatsen)
#* A. Geef strategie (maak primers, staarten, restrictie) om uw insert in de entry-vector te krijgen.
#* B. Welk eukaryoot expressiesysteem gebruik je en verklaar je keuze.
#* C. Teken eukaryote expressievector en verklaar alle gebruikte elementen.

===1 september 2017 VM===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
# Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
# Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
# Kort omschrijven
#* Definieer en bespreek CAPture techniek werking
#* Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#* Bespreek het principe van Gateway klonering.
# Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
#* Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
#* Teken de vector enzo.. (?)

===25 januari 2017 VM===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
# Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
# Kort omschrijven
#*DNA shuffeling
#*CAPture techniek werking
#*Principe van TOPO-gemedieerde klonering
#oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6*^10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gelleke. Hoeveel recombinante moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
#Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets...

===januari 2016===
# Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
# Voordelen van recombinante expressie in gist, leg die ene gistvector uit (pPIC heette die dacht ik?)
#Strategie voor het opstellen van een cosmidebank
# Termen: CTAB DNA extractie, Taqman, manieren van transformatie van gist
# Oefening met inverse PCR: vinden van primers en uittekenen van de techniek
Volckaert:
# Relatie Tm/zoutconcentratie (monovalente kationen)
# De factoren die de renaturatie beinvloeden + verschil in gebruik van PNA, LNA en DNA als proben
# Geef structuur van guanidinium isothiocyanaat en guanidinium thiocyanaat, waarvoor wordt dit molecule gebruikt
# structuur van merker gegeven, leg uit waar onderdelen voor bedoeld zijn en benoem ze

===20 januari 2015===
#Bespreek en vergelijk de verschillende PCR technieken voor zowel gerichte als random mutagenese.
#Bespreek in detail het mechanisme van P1 faag en een cosmide en vergelijk.
#Bespreek en schematiseer het principe van de capillaire Sanger sequentie.
#Kleine vraagjes:
##Belang van humanisering bijÂ Philia pastoris
##Definieer de CAPture techniek
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#Oefening: Je moet 2 exons (sequenties gegeven) van een bepaald gen aan elkaar ligeren (zonder een linker tussen). En deze C-terminaal aan een â€˜Strepâ€™-tag hangen (sequentie gegeven) en deze inbrengen in een vector die T-overhang heeft door TOPO. (verschillende stappen bespreken + primers geven!) (praktisch dezelfde oefening als de voorbije 2 jaar in januari)
Volckaert 1. Geef de structuurformule van guanidinium (iso)thiocyanaat en waar het voor wordt gebruikt. 2. Leg chemische synthese van oligonucleotiden met een 5â€™ fosfaat uit (of teken) + geef voordeel hiervan. 3. Leg uit hoe DNA probes niet-radioactief gelabeld (en eventueel onder welke voorwaarden) kunnen worden met behulp van een streptavidine-alkalisch fosfatase fusie-eiwit 4a. T4 polynucleotide kinase werd vroeger gebruikt om uiteinden te fosforyleren zodat fragmenten geligeerd kunnen worden. Nu kan dit direct gebeuren bij de oligonucleotide synthese. Hoe doen ze dit? Bespreek (en of teken) dit. 4b. Wat is het voordeel hiervan? 5. Bespreek de relatieve Tm van DNA en LNA met betrekking tot hun gebruik in hybridisatie en mismatchgevoeligheid.

=== 21 januari 2014 ===
#Bespreek algemeen principe van PCR en de reactiecomponenten. Bespreek afgeleide technieken die gebruikt worden om de specificiteit van de PCR-reactie te verhogen. (onbeperkte antwoordruimte)
#Bespreek achtergrond en werking van cosmide (1pag)
##Bespreek en vergelijk pET en pBAD (1pag)
#Korte vraagjes: Lavigne
##Bespreek CAPture techniek
##Bespreek de elementen die een YAC-kloneringsvector bevat. Bespreek Gateway klonering

=== 22 januari 2013 ===
#Bespreek vectorsystemen voor het insereren van grote (>30kb) DNA-sequenties. Bespreek de formule van Carbon & Clarke.
#Technieken: Okayama & Berg SAGE
#Kleine vragen (Lavigne):
##Wat is error-prone PCR en hoe kan je het gebruiken in "directed evolution"?
##Bespreek en schets het PET-expressie systeem.
##Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
#SitueerÂ ???,Â ??? enÂ ??? in de historiek van de gentechnologie. Het rspL gen was Ã©Ã©n van de eerste genen die gebruikt werd voor positieve selectie. Leg uit waarvoor dit gen codeert en hoe de selectie gebeurt. Oefening: Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

===6 augustus 2012===
Â #Kunkel tot in detail bespreken Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli. Is dit hetzelfde bij de afgeleide vectors van ColE1? (pBR322,...)
#twee vraagjes Carbon en Clarke RAcE schetsen en uitleggen (beide)
#kleine vraagjes:
##Bespreek COS-cellen URA3 (waarom belangrijke merker)
##Inclusion bodies (wat, wanneer, gewenst?)
##Duid het juiste aan: de zoutconcentratie doet Tm stijgen/dalen/beÃ¯nvloedt Tm niet + uitleggen waarom.
##synthesevraag: biotine-merking bij nucleÃ¯nezuurhybridisatie, alles uitleggen (hoe probe maken, hybridisatie, detectie)

===23 Jan 2012 NM===
#Kunkel Schets replicatie- en regulatie mechanisme van ColE1 in E. coli
#Bespreek de mogelijke kloneringsvectoren in gist
#Kleine vragen:
##Co-transformatie bij dieren
##Bespreek doel van de technieken: oligocapping en capture
##Hot-start PCR Chromosome jumping

===31 Jan 2011 NM===
#Bespreek de filamentaire fagen(M13, F1,...), hun eigenschappen, hun replicatie in E.coli en hoe zijn ze aangepast voor het gebruik als vectoren.
#Bespreek het pMAL expressiesysteem voor de synthese van eiwitten via recombinanten.
#Bijvragen:
##Hoe kan je het nodige aantal klonen bepalen voor een goede genoombank
##Bespreek die PiAN vectoren Kleine vragen:
##Wat is de N-regel van Varshavsky COSvectoren
##Wat is Spi-selectie Waarvoor dient Capping bij de synthese van oligonucleotiden?
#Mondeling: cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman Methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese Hoe wordt de smelttemperatuur bepaalt SAGE

===17 Jan 2011 VM===
#Fosforamidietcyclus (cyclus, beschermgroepen, capping,...)
#Welke problemen bij aanmaken van cosmide vectoren en welke oplossingen hiervoor?
#Bijvragen:
##Okayama & Berg
##cDNA klonering in een vector Methode van Henikoff voor systematische deleties
#Kleine vragen
##IPTG sacB
##Carbon & Clarke vgl. (aantal klonen in een cDNA bank)
##Guanidiniumzouten
#Mondeling: pMal expressiesystemen Kunkel Eckstein Pyrosequencing SOE

===17 Jan 2011 VM===
#Aanmaak genoombanken soorten gistvectoren
#Bijvragen:
##fotolithografische DNA synthese alkalische fosfatasen + toepassingen
#Kleine vragen
##'hotstart' PCR Guanidinium thiocyanide biotine merking bij hybridisatie
##URA3 Modeling: pyrosequencing
##Methode van Eckstein CAPture SOE pMAL

===23 aug 2010 VM===
#pyrosequencing soorten faag lambda vectoren Bijvragen: methode van Gubler en Hoffman chromosoomwalking
#Kleine vragen:
##nested PCR capping in fosforamidietcyclus hoe het aantal klonen in een cDNA bank benaderen
##PNA Modeling: methode van Okyama en Berg
##biotine merking bij hybridisatie alkalische hydrolyse van RNA Spi selectie pMAL

===26 jan 2010 VM===
#Bespreek cosmide vectoren en hoe ze efficient te gebruiken zijn.
#Leg de methode van Hoffman en Gubler voor cDNA synthese uit.
#Bijvragen:
##Welke vectorsystemen voor gist zijn er beschikbaar?
##Leg de pSC101 ori uit.
#Kleine vragen:
##Oclusion body's: wat, wanneer, nut?
##CI gen: wat en waarvoor gebruikt in de gentechnologie?
##Universele splicing van ssDNA met fokI.
##Modeling: Fosforamidiet versus fosfonaat methode.
##EtBr en SYBR.
##Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese.
##Biotine merking.
##ZOO blot.

===25 jan 2010 VM===
#Bespreek de aanmaak van genoombanken (vectoren, inbouwmechanismen, enz.)
#Bespreek de methode van Kunkel voor plaatsgerichte mutagenese.
#Bijvragen:
##Welke vectoren voor klonering in gist?
##Wat zijn positieve en negatieve selectie voor klonering en geef voorbeelden.
#Kleine vragen:
##Nested PCR uitleggen.
##T4 en T7 zijn beide bacteriofaag polymerasen.
##Bespreek hun activiteit(en) en toepassingen.
##Type1, type2, type3, type2s, iso en neochizomeren, waarin verschillen deze restrictie enzymen?
##Hoeveel kloonen nodig in een genoom bank?
#Mondeling: Okyama en berg Spi selectie Alkalische hydrolyse van RNA pMAL
#Hoe wordt biotine gebruikt bij hybridisatie

===25 jan 2010 VM===
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering, detailleer elke reactiestap.
#Bijvragen:
##Fosforamidiet synthesecyclus
##Welke soorten alkalische fosfatase gebruiken we in de gentechnologie?
##Schets hun gebruik.
#Kleine vragen:
##Lamba ZAP vector
##Aan- en afwezigheid van rop in colE1-afgeleide plasmide en de invloed ervan op aantal plasmide in E.coli.
##Aantal kloons in een genoombank.
##Nested PCR Mondeling: pMAL expressiesysteem
##Pyrosequencing RDA Ligatiemechanisme Eckstein

===14 jan 2010===
#Geef de belangrijkste biologische functies van de filamentaire faag vectoren en hoe deze gebruikt werden om vectoren mee te maken.Welke soorten faag lambda vectoren zijn er en schets kort hun gebruik
#Bijvragen:
##cDNA synthese volgens Gubler en Hoffman.
##Detailleer elke reactiestap.
##Wat is chromosome walking en hoe werkt het.
#Kleine vragen:
##Wat is en waarvoor dient de capping bij de synthese van oligonucleotiden.
##Exonuclease III
##Hoe bepalen we het aantal kloons dat nodig is bij het opstellen van een genoombank.
##Inverse PCR Mondeling: pMal
##LCR Puntmutaties volgens Eckstein Mu-2 gistvector
##Pyrosequencing

===30 jan 2009===
#fosforamidiet synthesecyclus geven problemen klonering met cosmidevectoren + oplossingen
#Bijvragen:
##okyama en berg progressieve deleties met exonuclease III
#Kleine vragenÂ :
##IPTG sacB carbon en clarke vgl rol guanidinimun zouten + structuur
#Mondeling: RDA pyrosequencing eckstein pMal lambda zap

===30 jan 2009===
#Soorten Bacteriofaag lamda vectoren pET expressie vector systeem
#Bijvragen
##Pyrosequencing Gubler-Hoffman cDNA synthese
# Kleine vragen
##Tm voor oligonucleotiden sacB en toepassing in Gentechnolgie Statistische benadering genoom insertie PNA + structuur
#Mondeling: inverse PCR Eckstein RDA SOE CAPture

===27 jan 2009Â ===
#replicatiemechanisme, regulatie en aantal kopieÃ«n ColE1-afgeleide vectoren Soorten bacteriofaag lambda vectoren en hun werking schetsen
#Bijvragen:
##cDNA klonering (Gubler & Hoffman, Okayama & Berg)
##chromosoom walking
#Kleine vragen:
##inverse PCR Tth DNA polymerase (wat speciaal en welke extra mogelijkheden daardoor)
##capping in fosforamidiet, wat en waarom
##hoe bereken je aantal kloons in genomische DNA bank exonuclease III
#Mondeling: SOE SAGE pMAL plaatsgerichte mutagenese volgens Kunkel pyrosequencing

===24 jan 2008===
#Bespreek het replicatiemechanisme van ColE1- en afgeleide vectoren, de regulatie en het aantal plasmiden
#Bespreek methoden om gen-gericht een genomische bank te screenen aan de hand van 'informatie'
#Geef twee technieken voor positieve selectie van plasmiden
#Geef de methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese
#Kleine vragen
##Hoe kan de het cI gen voor positieve selectie zorgen?
##Wat is een moleculair baken ('molecular beacon')?
##Bespreek de twee soorten SV40 vectoren en het verschil Touch-down PCR
##Hoe kunnen we er voor zorgen dat er geselecteerd wordt op de mogelijkheid om te transformeren (of zo)?
#Technieken: Pyrosequencing pET SOE Okyama-Berg ligatiemechanisme

===23 jan 2008===
#Fotolithografische DNA synhtese: bescrhijf en verklaar.
#Okayama en Berg procedure voor cDNA klonering: wat zijn de voor/ nadelen?
#Middelgrote vragen:
##Welke problemen zijn er bij het kloneren in cosmidevectoren en hoe hebben ze dit opgelost?
##Pyrosequencing: beschrijf, wat zijn voor/nadelen tov dideoxymethode
#Kleine vragen:
##Wat is IPTG: structuur, gebruik
##Wat is de par locus
##Wat is PNA: structuur
##Wat is T4 polynucleotide kinase, waarom is dit belangrijk in gentechnologie, reactiemechanisme?
#Technieken: SOE CAPture EtBr pMAL Eckstein

===14 jan 2008===
#Welke mogelijkheden zijn er om plaatsgerichte mutagenese te doen?
#Vertel alles over LITMUS vectoren (Waarom in godsnaam is dit een hoofdvraag?)
#Bijvragen:
##Welke problemen kunnen er zijn bij het kloneren in cosmidevectoren?
##Hoe hebben ze die omzeild? Schets de Okyama-Berg procedure.
##Wat zijn de voor- en nadelen?
#Bij-bijvragen:
##Hoe is sacB een positief selectiekenmerk?
##Waarvoor staat spi selectie?
##Geef de 2 soorten SV40 vectoren + leg het verschil uit waarom worden er andere Tm-uitdrukkingen gebruikt voor oligonucleotiden en hele strengen?
#Mondeling: RDA Pyrosequencing inteÃ¯ne verwerking inverse PCR cap selectie

===31 jan 2007===
#alles van cosmiden bespreken. alles van SV40 bespreken.
#Middelgrote vragen:
##pyrosequencing
##cassettemutagenese
#Kleine vragen:
##verschil southern en western blotting
##ethidiumbromide, structuur, problemen,
##gebruik Spi selectie inverse PCR
##wat is shearing
#Technieken: Formule om het aantal klones te berekenen voor gDNA bank Oligocapping SOE ligatiemechanisme Eckstein Okayama en Berg

===23 jan 2007===
#bespreek belangrijkste methoden voor site directed mutagenese bespreek replicatiemechanisme in pBR322
#welke verschillende strategien worden gebruikt met op lambda gebaseerde vectoren technieken met Ti vectoren
#Mondeling: nested PCR quenching hoe beinvloed de DNA concentratie het werken met cosmiden en verklaar

===19 jan 2007===
#Geef en bespreek enkele voorbeelden van het gebruik van alkalische fosfatasen.
#Bespreek de eigenchappen en kenmerken van de pUC vectoren.
#Vectoren afgeleid van bacteriofaag lambda.
#SV40 vectoren.
#Kleine vragen:
##Genotype van een E.Coli stam opdat deze geÃ¯nfecteerd kan worden door M13.
##Bespreek incompatibiliteit van plasmiden.
#Mondeling voor te stellen technieken: SOE Pyrosequencing Methode van Eckstein voor plaatsgerichte mutagenese Nick translatie<

Dynamische Biochemie

2023-06-29T08:13:17Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Werd gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en werd geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha was Engelstalig. Wanneer ze het vak volledig begon te doceren, heeft ze een deel in het Nederlands en een deel in het Engels gegeven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===29 juni 2023===
#Ramachandran plot, waarvoor wordt het gebruikt, hoe komt het tot stand? Wat ken je eruit afleiden?
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren? Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Berippen:
##VET bij pH=8
##Serine protease
##Fructose-2,6-bifosfaat
##carnitine shuttle
===10 juni 2023===
#Synthese van palmitinezuur
#Mechanisme van serine proteases
#Vergelijk het metabolisme van de lever na een maaltijd en na langdurig vasten aan de hand van een overzichtelijk schema/tekening
#Begrippen:
##DAY bij pH 6,5
##Ribonucleotide reductase
##kinesine
##gefaciliteerd transport

===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
## peptide: DPQ bij pH = 6
##transitietoestand
##serine protease
##coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Energy Charge

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraan. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraanverankerde proteines
##transaminatie

===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Organische Chemie

2023-06-27T06:46:32Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
NU
Vraag 1 (theorie) en vraag 4 (mechanismen) bij Wim De Borggraeve.
Vraag 5 (retrosynthese) bij Erik Van der Eycken.
Bekijk zeker het document met uitleg over de examenvragen op Toledo en de eerder gestelde vragen hier op de wiki.

VROEGER
Mondeling examen. (Gedoceerd door N. Boens, die afwezigheid in zijn lessen consequent vergeldt op het examen, en wordt geleidelijk overgenomen door Wim De Borggraeve) Ondertussen wordt het vak volledig gegeven door Wim De Borggraeve en Erik Van der Eycken. Examen bestaat uit 5 vragen, vraag 1 en 2 mondeling bij (Boens) Van der Eycken, 3 en 4 bij De Borggraeve. Vraag 5 (synthesen) schriftelijk. Examenvragen komen telkens terug, kijk zeker naar de oude examens op Toledo.

Uitgewerkte retrosyntheses tot 2020 (Elisabeth I.): https://drive.google.com/file/d/1eE1tOGWKlEPHRD-KMIdMPXrVFA2_bY-H/view?usp=sharing

==Examenvragen==
26 juni 2023
# Bespreek de claisencondensatie van ethylpropanoaat
[[File:ethylpropanoaat.png|caption]]
# twee moleculen -> zelfde als (voorbeeld)examen juni 2017
[[File:stereochem.png|caption]]
# rangschikken:
## invloed reactiviteit substituenten bij SeAr: trifluormethyl, chloor, waterstof, propyl, methoxy(?)
## reactiviteit bij basiciteit:
[[File:ranschik enolaten.png|caption]]
## reactiviteit bij Sn2
# Verklaar volgende omzetting met behulp van een mechanisme
[[File:4a.png|caption]]
# Verklaar de volgorde van reactiviteit in solovlyse met mierenzuur: bromo-cyclopent-di-een, bromo-cyclopenteen, bromocyclopentaan -> anti-aromaat, allylische positie en 2° carbokation
# retrosynthese:
## iets zoals dit:
[[File:retro 1.png|caption]]
## van cyclohexanon naar molecule met stereochemie (grignard en epoxide)
[[File:retro 2.png|caption]]
## benzeen met twee methylgroepen naar benzeen met twee methylgroepen en een broom allemaal in meta -> dummiegroep
[[File:retro 3.png|caption]]

===27 juni 2022===
#Verduidelijk via het mechanisme de rol van dicyclohexylcarbodiimide (DCC) in de nucleofiele acylsubstitutie van carbonzuren met aminen. Illustreer het mechanisme aan de hand van de reactie van azijnzuur met benzylamine. Welke producten worden er gevormd?
#Bespreek de stereochemie voor 2 paar moleculen. Geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) en voor elke dubbele binding (E,Z). Geef de onderlinge relatie tussen de moleculen (enantiomeren, diastereomeren, verschillende conformaties, ...).
#Rangschik
##Van activerend naar deactiverend bij SeAr: methyl, H, fluor, trifluormethyl, methoxy
##volgens toenemende basiciteit: verschillende enol- en enolaat-ionen
##volgens afnemende reactiviteit in de solvolyse met mierenzuur: isopropylchloride, tert-butylchloride, joodbenzeen, 2-fenyl-2-chloor-propaan, methylchloride
#Verklaar aan de hand van een mechanisme
##Cl2 + (E)-2-penteen (geef mechanisme, producten en geef elk stereogeen centrum de configuratie (R,S)
## 2,2-dimethylpentaan-3-ol + HBr --> 2-broom-2,3-dimethylpentaan. Geef het mechanisme en leg uit wat er gebeurt (ze bedoelen omlegging van secundair carbokation naar tertiair kation).
#Geef aan hoe je de volgende chemische meerstapsconversies zou verwezenlijken. Schrijf alle stappen uit (GEEN mechanisme).
## ethyl-3-oxobutanoaat --> 2-cyclobutylethan-2-on
## Hoe zet je acetyleen om in hexan-2-on?
## Vraag 5(a) van 18 juni 2018

===5 juni 2021===
#Vergelijk de reactie van cyclohexanon met aniline en met dibutylamine aan de hand van een mechanisme.
#Bespreek de stereochemie voor 2 paar moleculen. Geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) en voor elke dubbele binding (E,Z). Geef de onderlinge relatie tussen de moleculen (enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties).
#Rangschik
##volgens afnemende reactiviteit in SEAr: m-dicyanobenzeen, aniline, fenol, ...
##volgens toenemende basiciteit: verschillende enol- en enolaat-ionen
##volgens afnemende reactiviteit in de solvolyse met mierenzuur: isopropyljodide, tert-butyljodide, joodbenzeen, 2-fenyl-2-jood-propaan, methyljodide
#Verklaar aan de hand van een mechanisme
##Br2 + (Z) 3-noneen (geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) )
##ROH + HBr (inclu. methylshift)
#Retrosynthese:
##acetoacetaatsynthese
##acetyleen omzetten in pentanal
##friedelcraftsacylering

===19 juni 2020===
#Bespreek de Dieckmann-reactie aan de hand van het mechanisme.
#Bespreek de stereochemie voor 2 paar moleculen. Geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) en voor elke dubbele binding (E,Z). Geef de onderlinge relatie tussen de moleculen (enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties).
#Rangschik
##volgens afnemende reactiviteit in SN2: methylchloride, isopropylchloride...
##volgens toenemende basiciteit: aniline met verschillende groepen zoals nitro, methyl...
##volgens afnemende nucleofiliciteit in methanol?: jodide, chloride, fluoride, bromide
#Verklaar aan de hand van een mechanisme
##Verklaar de reactiviteit in solvolyse van bromocyclopentaan, bromocyclopenteen en bromocyclopentadieen. Waarbij Bromocyclopenteen het reactiefst en bromocyclopentadieen het minst.
##2,complex molecule dat in zuur milieu een OH-groep verliest en methylshift ondergaat tijdens eliminatie.
#Retrosynthese
##cyclohexeen naar COOH-groep op cyclohexeen op de plaats net naast de dubbele binding
##2-broom-3,3-dimethylbutaan naar 2,2-dimethylbutaancyanide
##Benzeen naar 1,3,5-tribromobenzeen

===9 juni 2020===
#Vergelijk de reactie van cyclohexanon met aniline en met dibutylamine aan de hand van een mechanisme.
#Bespreek de stereochemie voor 2 paar moleculen. Geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R) en voor elke dubbele binding (E,Z). Geef de onderlinge relatie tussen de moleculen (enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties).
#Rangschik
##volgens afnemende reactiviteit in elektrofiele aromaatsubstituties: tolueen, m-dinitrobenzeen, benzoëzuur, anisol, chloorbenzeen
##volgens toenemende basiciteit: anionen van verschillende carbonzuurderivaten
##volgens afnemende reactiviteit in de solvolyse met mierenzuur: isopropyljodide, tert-butyljodide, joodbenzeen, 2-fenyl-2-jood-propaan, methyljodide
#Verklaar aan de hand van een mechanisme
##Cl2 addeert aan (Z) 3-noneen. Bespreek aan de hand van een mechanisme en geef voor elk stereogeen centrum de configuratie (S,R).
##2,2-methyl-hexaan-3-ol ondergaat nucleofiele substitutie met HBr ter vorming van 2-broom-2,3methyl-hexaan. Wat gebeurt er in deze reactie? Waarom gaat deze reactie op?
#Retrosynthese
##acetyleen omzetten tot 2-pentanon
##anisol omzetten tot p-propylanisol
##ethylacetoacetaat omzetten tot Cyclobutyl methyl ketone

===22 augustus 2019===
#reactie van cyclohexanon met aniline en dibenzylamine
#stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen
#rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in Sn2, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie
#verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en grignardreactie waarbij een 4ring werd geopend en een 5ring gevormd
#retrosynthese: Vorming cyclobutaancarbonzuur uit diëthylmalonaat (met dihalogeenalkaan uit slides), acetyleen naar pentanal
[[Bestand:Organische.png]]

===11 juni 2019===
#reactie van cyclohexanon met aniline en dibutylamine
#stereochemie van 2 paar moleculen, E/Z en configuratie bepalen
#rangschikken volgens basiciteit, reactiviteit in solvolyse met mierenzuur, reactiviteit in elektrofiele aromatische substitutie
#verklaar stereochemie van producten bij reactie van Br2 met (E)-3-deceen, en een reactie met een methylshift
#retrosynthese: acetoacetaatsynthese,acetyleen omzetten in pentanal, friedelcraftsacylering

===23 augustus 2018===
#Dieckmannreactie
#stereochemie van 2 paar moleculen, configuratie en E/Z bepalen
#rangschikken op reactiviteit volgens basciteit, zuurheid, solvolyse
#Mechanismen toelichten: simpele alkylshift + grignardreactie
#retrosynthese
#*geen idee meer, maar je had grignard nodig
#*epoxide maken van tolueen
#*fiedelcrafts

===18 juni 2018 nm===
# Vergelijk de reactie van cyclopentanon met a) aniline b) dibenzylamine. Welke producten worden gevormd?
# Stereochemie
# Reactiviteit Sn2, basiciteit en reactiviteit EAS rangschikken
# Geef bij a het volledige mechanisme en bij b enkel de opeenvolgende intermediairen zodat het mechanisme duidelijk wordt [[Bestand:Vraag 4.png]]
# Retrosynthese (geen mechanismen geven)
[[Bestand:Vraag_5.png]]

===23 juni 2017 nm===
# Nucleofiele aromatische substitutie van nitrohalogenide
# Stereochemie
# Reactiviteit en basiciteit rangschikken
# Mechanisme geven; ene was een methylshift uitvoeren, andere was een acetaal in een ring (best moeilijke)
# Retrosynthese
#* Acetyleen tot een diol
#* Benzeen tot een benzeen met COOH para to alkylgroep
#* Malonaat ester tot cylcobutanol

===23 juni 2017 vm===
# Hydrolyse butylacetaat in zuur en base, waarom verzeping onomkeerbaar
# Stereochemie
# Rangschik volgens
#* Basiciteit
#* Reactiviteit Sn2 (1-broompentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloorpentaan, joodbenzeen)
#* Reactiviteit solvolyse mierenzuur (isopropyljodide, mehtyljodide, tert-butyljodide, 2-fenyl-2joodpropaan)
#
#* Ingewikkeldere ringvormige structuur, OH groep protoneert en H2O gaat weg als leaving group, carbokation vormt en veel alkylshiften
#* Verklaar solvolyse reactiviteit in mierenzuur, allylische positie vs gewoon vs anti aromaat
# Retrosynthese
#* Malonzuurestersynthese
#* Acetyleen naar pentaan-2-on
#* Van fluorbenzeen naar een benzeen met een amine en methoxy die para staan

===19 juni 2017===
# Bespreek de claisencondensatie van butylethanoaat
# Stereochemie
# Vragen over rangschikking volgens stijgende basiciteit en reactiviteit met Sn2 reacties en reactiviteit bij solvolyse met mierenzuur.
#
#* Moest gy het reactiemechanisme zeggen waarbij gy eerst moest verzepen en daarna decarboxyleren.
#* Het reactiemechanisme geven van 2,2-methyl-hexaan-3-ol tot 2-broom-2,3methyl-hexaan en met behulp van HBr
# Retrosynthese
#* Cyclohexeen en daarop moest gy COOH op plaatsen 1 plaats verder dan de dubbele binding.
#* van acetyleen tot pentanal
#* anisol tot p-propylanisol

===21/08/2015===
# Dieckmannreactie
# stereochemie
#
#* welke best aan elektrofiele aromatische substitutie doet
#* welke meest bascisch is
#* welke snelst aan SN2 doet
#
#* een mechanisme dat je moest maken: een acetaal hydroliseren en dan imine maken
#* iets van eliminatie dat je moest uitleggen, ging voornamelijk over de antiperiplanaire schikking
# [[Bestand:Retrosyntheses21aug2015orgchem.png]]

===15/06/2015 namiddag===
# Bespreek de chlorering van anisol en nitrobenzeen. (mondeling, 2 punten)
# Twee oefeningen waarbij je R en S moest bepalen en zeggen of het stereomeren/enantiomeren/... zijn (schrijftelijk, 2 x 1 punt)
# Drie oefeningetjes waarbij je moet rangschikken:
#* welke is het meest basisch
#* Welke gaat het snelst reageren in een SN2 reactie
#* Welke reageert het snelst in solvolyse met mierenzuur (schriftelijk, 3 x 1 punt)
#
#* Een hele vage molecule die dmv zuur mileu omgezet wordt in een andere nog vagere molecule. (oplossing: was door heel veel hydrideshiften en sterische hinder)
[[bestand:Vaagmoleculeorgvragen.png]]
#* Een molecule A die trans stond en een molecule B die cis stond (of andersom) een van de twee gaf Ã©Ã©n molecule na eliminatie, de andere gaf er twee. Waarom? (oplossing: antiperiplanaire shizzle die bij eliminatie staat) (Mondeling 2 x 2 punten)
# Drie retrosyntheses (schrijftelijk, 3 x 3 punten)

=== 15/6/2015 voormiddag===
# (mondeling): vergelijk de reactie van een primair en een secundair amine met een keton en wat zijn de verwachte producten.Ook de pH hierbij verklaren (2ptn)
# R en S geven 2x 2 moleculen + de relatie tussen de 2 moleculen (2x1 ptn)
# 3 rangschikvragen elk op 1 punt. Wat is het zuurst? Welke reageert het best met...? en nog ene die ik ni meer weet.
# (mondeling):
#* leg de additie van dibroom uit aan een (E)-1-noneen in waterig milieu. Geef alle producten en duid de stereocentra aan en geef R en S. (2ptn)
#* Substitutie van een secundair alcohol da een broomalkaan geeft. Hier staat de broom niet waar de OH groep stond waarom? (tertiare carbokationen zijn stabieler dan secondaire dus er was een omvorming) (2ptn)
# drie synthesen waarbij ge geen mechanismen moet geven. (3x 3ptn)

===24 juni 2014===
# Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.
# Geef aan of de volgende paren moleculen diastereomeren, enantiomeren of identieke verbindingen zijn. Bepaal R/S voor elk stereogeen centrum.
#* [[Bestand:2a.jpg]]
#* [[Bestand:2b.jpg]]
#
#* Rangschik volgens toenemende reactiviteit in SN2: 4-jood-anisol, 1-broom-2-methylhexaan, 1-broompentaan, 1-broom-2,2-dimethylhexaan, 1-broom-3-methylhexaan
#* Rangschik volgens toenemende basiciteit: <center>[[Bestand:3b.jpg]]</center>
#* Rangschik volgens afnemende zuurheid: 2-hexeen, 1-butyn, dichloorazijnzuur, 5,5,5-trifluoropentanol, 2,4-pentaandion
#
#* Geef een aanvaardbaar mechanisme voor de volgende omzetting. Welk product wordt er nog gevormd? <center>[[Bestand:4a.jpg]]</center>
#* Verklaar voor de solvolyse met mierenzuur de waargenomen reactiviteit C < A [[Bestand:4b.jpg]]</center>
# Synthese <center>[[Bestand:5.jpg]]</center>

===18 juni 2014===
# Vergelijk de bromering van anisol en nitrobenzeen.
# Enantiomeren, diastereomeren, bepaal R/S
#
#* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in Sn2.: 1-chloorpentaan, 1-chloor-2-methylpentaan, 1-chloor-3-methylpentaan, 1-joodpentaan, chloorbenzeen
#* Rangschik volgens toenemende basiciteit: anion van keton, ester, diester, diketon, ketoester.
#* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in solvolyse met mierenzuur: isopropyljodidi, tert-butyljodide, methyljodide, 2-fenyl-2-joodpropyl.
# Geef mechanisme
#* aldolcondensatie
#* substitutie van 2,2-dimethyl-3-hexanol met HBr (omlegging).
# Synthese
#* hexaandizuur tot 2-methylcyclopentanon
#* keton tot shiffbase
#* benzeen tot trichloorbenzeen in meta positie ten opzichte van elkaar.

===24 juni 2011===
# Wat is de rol van DCC (cicyclohexylcarbodiimide) in de nucleofiele substitutie van een carbonzuur en een amine. Illustreer het mechanisme met de reactie tussen benzoÃ«zuur en dimethylamine. Wat is een alternatieve manier? (geen mechanisme).
# Zijn de volgende paren van moleculen verschillende manieren om hetzelfde molecule weer te geven of zijn het enantiomeren, diastereomeren, verschillende conformaties, ... [[Bestand:2a.png]] [[Bestand:2b.png]] [[Bestand:2c.png]]
#
#* Rangschik volgens toenemende zuurheid: 1-hexeen (A); dibroomazijnzuur (B); 2-butyn (C); 3,3,3-trifluorpropanol (D); pentaan-2,4-dion (E)
#* Rangschik volgens toenemende basiciteit: [[Bestand:3b.png]]
#* Rangschik volgens afnemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutiereactie: anisol (A); p-dinitrobenzeen (B); tolueen (C); benzonitril (D); chloorbenzeen (E)
# Geef een aanvaardbaar mechanisme voor volgende omzettingen:
#* HINT: het zuur reageert eerst met de C=C dubbele binding [[Bestand:4a.png]]
#* Geef het mechanisme en ook een volgorde voor X (=F, Cl, Br, I) qua reactiviteit: [[Bestand:4b.png]]
# Syntheses (geen mechanismen vereist):
#* Synthetiseer Ã©Ã©n van beide moleculen: [[Bestand:5a.png]]
#* Gebruik het weergegeven keton, butaanzuur en benzeen om volgende omzetting te verwezenlijken. De Wittigreactie is niet mogelijk wegens tetragesubstitueerd alkeen. [[Bestand:5b.png]]
#* Hoe kan men dit eindproduct maken uit cyclohexanon?
[[Bestand:5c.png]]

===10 juni 2011===
# Wat is de rol van DCC (dicyclohexylcarbodiimide)in de nucleofile acylsubstitutie van een carbonzuur en een amine. (Mechanisme) Wat is een alternatief voor deze reactie? (geen mechanisme)
#Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.
#* 2-methylcyclohexanol
#* newmanprojectie met zaagbokprojectie vergelijken van 2 enantiomeren (bijvraag: wat is de definitie van enantiomeren)
#* 2,3,4 pentaantriol
#
#*Rangschikken naar toenemende zuurheid: 2-hexyn; 1-hexyn; 2,2,2 trifluorethanol; een beta-diketon; dichloorazijnzuur
#*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''
#*Rangschikken naar toenemende basiciteit: anionen van esters en ketonen.
#
#*Verklaar de volgende reactie (Favorski-omlegging) met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:Organische Favorski 10 juni 2011.jpg]]
#*Geef een verklaarbaar mechanisme voor de volgende reactie: [[Bestand:Organische 4b 10 juni 2011.gif]]
#Syntheses: [[Bestand:Organische Retrosynthese 10 juni 2011.jpg]]

===18 juni 2010===
#Bespreek de nucleofiele substitutie van nitrogesubstitueerde arylhalogeniden door natriummethoxide.
#Identificeer de stereochemische relatie tussen de moleculen van elk van de volgende paren. Stellen de tekeningen verbindingen voor die identiek zijn, of zijn ze enantiomeren, diastereomeren, constitutionele isomeren, verschillende conformaties? Voor elk stereocentrum in die moleculen, geef aan of de configuratie R of S is.
#
#*Rangschikken naar toenemende basiciteit
#*Rangschikken naar toenemende reactiviteit in een elektrofiele aromatische substitutie ''(tolueen, anisol, m-dinitrobenzeen, fluoorbenzeen en benzonitril)''
#*Welke verbinding(en) is (zijn) aromatisch volgens de regel van HÃ¼ckel? De vrije elektronenparen zijn niet weergegeven maar zijn wel aanwezig. [[Bestand:Huckel.jpg]]
#
#*Verklaar de volgende reactie met een aanvaardbaar mechanisme. Hint: Cyclopropanon is zeer reactief t.o.v. een nucleofiel [[Bestand:omzetting.gif]]
#*Menthylchloride en neomentylchloride (zie onderstaande figuur) ondergaan eliminatie bij behandeling met natriumethoxide in methanol. EÃ©n van de stereo-isomeren reageert veel sneller. Welke en waarom? [[Bestand:Menthyl.jpg]]
#Syntheses: ''Bij de derde stond gegeven dat het via een beta-keto-ester moest.''
[[Bestand:Retro2010.gif]]

===19 juni 2009===
# Claisencondensatie van ethylpropanoaat
# stereoisomeren en R/S aanduiden
#
#* is het molecule aromatisch
#* rangschik volgens basiciteit
#* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS
#
#* darzens reactiemechanisme
#* reactie van natrium jodide op S 1-broom-2-methylbutaan
# 3 Synthesen

===8 juni 2009===
# NH2OH+aceton, waarom optimaal bij 4.5 pH
# stereoisomeren en R/S aanduiden
#
#* is het molecule aromatisch
#* rangschik anionen volgens stabiliteit
#* rangschik de producten volgens reactiviteit in EAS
#
#* darzens reactiemechanisme
#*E2 eliminatie op (2S,3S)-2-broom-3-fenylbutaan: regioselectiviteit bespreken
# synthesen: [[Bestand:organische2009.png]]

===23 juni 2008===
#Aceton en hydroxylamine. ph-afhankelijkheid. waarom niet te zuur/niet te basisch.
#R en S bepalen, zegge of het diastereomeren, enantiomeren ... zijn.
#aromatisch of niet?
#anionen naar basiciteit, waren moleculen met 1 of 2 carbonyls op
#Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS
#carbonyls een chirale koolstof ernaast (alphapositie dus) ondergaan racemisatie via enol/enolaat in zuur/basisch milieu. Met alpha-aminozuren gaat dat niet, noch in basisch noch in zuur milieu. waarom? gebruik l-phenylalanine (structuur gegeven) als voorbeeld.
#Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan
#Synthesen

===10 juni 2008===
#Dieckmann reactie
#Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren... zijn
#Amine naar basisiteit schikken
#Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS
#Basiciteit van aminen bepalen
#Reactiemechanisme van een epoxidevorming
#Bepalen van conformatie van het product na E2 van 2-broom-3-fenyl-butaan
#Synthesen

===9 juni 2008===
#Dieckmann reactie
#Bepalen of moleculen: enantiomeren, diastereomeren,... zijn
#Stabiliteit van anion bepalen (er zat een aromaat op)
#Reactiviteit van aromaten bepalen in EAS
#Basiciteit van aminen bepalen
#Reactiemechanisme van een acetaalvorming en zeggen waar zuurstof en oorspronkelijke carbonylfunctie naar toe is
#Bepalen van conformatie van het product na E2 van (2R,3S)-2-broom-3-fenyl-butaan (niet meer zeker van absolute configuraties)

Bestand:Retro 3.png

2023-06-27T06:46:14Z

R0893093:

Bestand:Retro 2.png

2023-06-27T06:46:07Z

R0893093:

Bestand:Retro 1.png

2023-06-27T06:45:57Z

R0893093:

Bestand:4a.png

2023-06-27T06:45:44Z

R0893093:

Bestand:Ranschik enolaten.png

2023-06-27T06:29:26Z

R0893093:

Bestand:Stereochem.png

2023-06-27T06:29:06Z

R0893093:

Bestand:Ethylpropanoaat.png

2023-06-27T06:28:51Z

R0893093:

Dynamische Biochemie

2023-05-31T06:53:45Z

R0893093: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

Werd gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en werd geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha was Engelstalig. Wanneer ze het vak volledig begon te doceren, heeft ze een deel in het Nederlands en een deel in het Engels gegeven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==
===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
## peptide: DPQ bij pH = 6
##transitietoestand
##serine protease
##coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Electron Change

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraan. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraanverankerde proteines
##transaminatie

===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase

Moleculaire Architectuur

2023-01-29T09:33:34Z

R0893093: /* 28 januari 2023 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Verplicht vak voor chemie.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.

==Examenvragen==
=== 28 januari 2023 ===
# Hoe wordt de elektronendichtheid bepaald voor een kristalstructuur? Wat zijn de voorwaarden hiervoor en leg resolutie uit. (8 punten)
# NMR: C11H12O2 (benzeen met olefine erop en een estergroep met daaraan een ethylgroep) (8 punten)
# Ruimtegroep: Pcam [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen] (8 punten)
# Puntgroep van 2 moleculen en 1 vlakgroep bepalen(zoals in de oefenzitting) (p4g) (beide 2 punten)
# Atoomposities gegeven, bereken de fase van de structuurfactor, de afbuigingshoek, de intensiteit. Wat is het Bravaisrooster? Waar zouden de hoogste pieken liggen in de pattersonfunctie? Tabel met sin teta/lambda, fa en fb gegeven (6 punten)
# MALDI-TOF en FT-IR, geef ook tekeningen (6 punten)

=== 18 Augustus 2022 ===
# '''Zwaaratoommethode: wnr gebruikt? alternatief?'''
# H-NMR
# Ruimtegroep Pmcb
# Puntgroep: kies 4 isomeren tetrachloornaftaleen
# '''CsCl cel: vlak (110) -> geef vlakgroep en symmetrie-elementen'''
# CdI2: Geg: atoompos; a, c, gamma; tabel met sin(theta)/lambda t.o.v. fCd en fI
##Geef Bravais, bolstapeling
##Reflectie (110) -> geef fase van F en afbuighoek bij gebruik CuKa
##Friedelproof?
# McLafferty; vC-H > vC-O > vC-C (IR); lading bepalen (MS)
=== 29 januari 2022 ===
# Wat is het "faseprobleem"? Hoe op te lossen?
# H-NMR spectrum: Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum.
# Ruimtegroep Pnca. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 2 moleculen bepalen. Punt- '''& vlakgroep bepalen en tekenen van ijzer in het vlak (110)'''
# Oefeningen waarbij posities van HgS zijn gegeven. Bepaal intensiteit bij F(200). Geef het bravais rooster. Bepaal de S-Hg binding-afstand.
# ATR-IR, MALDI-TOF. Voor volle punten: voeg tekeningen van de apparaten toe. Het wordt niet gezegd, maar hij verwacht dat je het weet.

=== 16 augustus 2021 ===
# A.d.h.v de elektronendichtheid een kristalstructuur bepalen (+ resolutie)
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Drie isomeren, drie spectra. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Verschil in c13-nmr/IR spectra tussen isomeren?
# Ruimtegroep Pcan. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Br gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Br bepalen. Bepaal F020 en de fase.
# Dichtste bolstapeling en "hoe lading bij MS te weten komen" uitleggen

=== 27 januari 2021 ===
# constructie van ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed
# H-NMR spectrum van C11H12O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Hoeveel pieken verwacht je in het c13-nmr spectrum?
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbnm. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid.[https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Pt gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Pt bepalen. Bepaal F020 en de fase. Voldoet dit aan de wet van friedel?
# MALDI-TOF en Mclafferty omlegging uitleggen

===6 januari 2021===
# Leg uit de Pattersonfunctie uit. Zeg hoe ze berekend wordt, hoe ze kan bijdragen tot de bepaling van de kristalstructuur.
# H-NMR spectrum van C5H8O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum met chemische shift waarde en multipliciteit van de pieken.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pcnb. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PoCl2, tabel met f(Po) en f(Cl) in functie van sin0/λ gegeven. Bereken de fase van de structuurfactor voor reflectie 110.
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===13 augustus 2020===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# H-NMR spectrum van C5H10O. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pman. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PbO gegeven. Bepaal de bravaisrooster, de symmetrie elementen die door O gaan, teken de pattersonfunctie en toon aan dat de intensiteiten van reflectie (200) gelijk is aan de intensiteit (020).
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===27 januari 2020 NM===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# Bespreek ionisatietechniekenen die gebruikt worden om een massaspectrum te bepalen
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbna. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal puntgroepen van verschillende aromaten. Teken de symmetrie-elementen.
# Geef de opsplitsing van waterstofatomen in m-dichloorbenzeen. Chemische shift?
# Lithiumfluoride kristalliseert in een kubisch kristal met a = 4 A volgens het NaCl-type (je zou moeten weten wat dit betekent). Afmetingen van het kristalrooster zijn gegeven. Als men bestraald met CuK straling bekomt men een diffractiepatroon. Welke reflecties hebben de grootste intensiteit, die van (300) of (400)? Wat gebeurt er met de afbuigingshoek en intensiteit als
##F vervangen wordt door I?
##de afmetingen van de eenheidscel verdubbelen?

===27 januari 2020 VM===
# Leid de formule voor de structuurfactor af. Kan je deze ook experimenteel bepalen?
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Bepaal de structuur van de isomeren. Teken de opsplitsingspatronen.
# Puntgroep Pbma. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal de puntgroep van isomeren van trichloorbenzeen. Teken de symmetrie-elementen.
# Gegeven zijn de posities van Ag en I in een AgI kristal met a = 6.5 A. Bepaal voor de reflectie (004) de fase van de structuurfactor, de intensiteit en de afbuighoek. Geef het Bravaisrooster.
# Leg ATR-IR uit. Leg uit hoe we de lading kunnen bepalen bij massaspectrometrie.

===24 januari 2020===
# Hoe kan men de kristalstructuur verder verfijnen?
# NOE, NOESY, COSY
# Ruimtegroep Pcmn met gewoonlijke bijvragen.
# Gegeven de afmetingen van de eenheidscel en 2 atoomposities, bepaal de intensiteit en afbuigingshoek (2θ) van de reflecties (001) en (002) (tabel met sin θ/λ en fj ook gegeven). Geef ook het Bravaisrooster.
# 4 vormen van dioxine gegeven, duid alle symmetrie-elementen aan en bepaal de puntgroep.
# Begrippen: Laue groep ; EI en CI (massaspectrometrie)

===16 januari 2020===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven C5H10O H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling). Er is D2O-shake, dus de O die voorkomt is in de vorm van -OH.
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Pattersonfunctie Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, verklaar waarom CH > C=O > C-C (bij IR)

===13 januari 2020 - namiddag===
#Theorie: Leg de contructie van Ewald uit. Welke factoren hebben hier invloed op? Bijvraag: moet je alle reciproke roosterpunten meten? (Neeh, n-tallige assen/symmetrie)
#Theorie: H-NMR gegeven van C10H13NO2. Bijvragen over welke pieken we zouden zien bij IR, hoe je de koppelingsconstante kan bepalen.
#Puntgroep Pcmb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Verschillende puntgroepen geven van de isomeren van tetrachloorkubaan.
#Oefening: Platinacomplex met ruimtegroep Pc1/m, posities gegeven in de ruimtegroep ( xyz, -x-y-z...) en coördinaten gegeven van zwaarste atomen in Patterson. Bepaal de positie van Pt, wat is de fase bij structuurfactor F(020), geldt de wet van Friedel?
#Begrippen: McLafferty omlegging + hexagonale en kubische dichtste bolstapeling uitleggen

===13 januari 2020 - voormiddag===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#Theorie: NOE, NOESY en COSY
#Puntgroep Pmcb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Puntgroepen van vier structuren
#Oefening: CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, geldt wet van Friedel?
#Begrippen: ATR-IR + ESI uitleggen

===26 augustus 2019===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.
#Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.
#Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.
#Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen

===28 januari 2019===
#Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?
#H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.
#Pmcn met bijvragen.
#puntgroep van 4 isomeren van dioxine.
#AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.
#ATR-IR en ESI.
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, (vul hier in want ik kom er nie op) en shiftreagens
=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Analytische Biochemie

2023-01-21T11:19:14Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak wordt gedoceerd door Peter Dedecker. 75% van de punten staat op theorie en de overige 25% op oefeningen. Je moet slagen op het theoriegedeelte om op het vak te slagen. Vaak komen dezelfde examenvragen terug.

==Examenvragen==
=== 21 januari 2023===
====Theorie====
#Maak een test die antilichamen tegen een bepaald virus detecteert, een test die virale partikels detecteert. Voor beide 1 die de gewone mens zonder labo kan en 1 die in het labo gedaan kank worden

#Via een meetmethode kom je een signaal S uit, hoe kan je het omzetten in een absolute concentratie? Geef 2 methodes (interne en externe standaard)
====oefeningen====
#warme en koude stock
#Na-acetaat-azijnzuurbuffer
===8 september 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
#Phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiding door liquid chromatography waarbij de stalen meerdere runs doen door de kolom. (Is een experiment dat letterlijk in de cursustekst staat)
##Wat is het experiment? Teken het en op welke manier wordt er opgezuiverd?
##Leg resolutie uit en de termen w en delta t en N, teken een chromatogram waar w en delta t op duidelijk gemaakt worden.
##Van Deemster vergelijking uitleggen.
##Hoe kan je volgens een ander experiment phenylalanine en phenylalanine 5-D scheiden? Leg volledig uit.

====Oefeningen====
#2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
#Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar

===22 januari 2022===
====Schriftelijk (CORONA)====
1. Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit staal verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Geef een eenvoudige methode om deze zuivering te controleren en een meer gesofisticeerde methode. Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit. (Je mag ervanuit gaan dat het eiwit dat we gezuiverd willen hebben gekend is).

2. Je beslist om een preperatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. Leg uit wat 'iso-elektrisch punt' betekent.

====Oefeningen====
Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde drie signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide.
#Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).

Na trypsine behandeling van een ander pepitde ontstonden acht fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze acht fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde (deze waarde krijg je) (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 9 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C&D)

#Leid de aminozuursequentie van het component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven (figuur E). Schrijf de aminozuursequentie met de drieletterscode. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===14 augustus 2021===
====Schriftelijk (CORONA)====
Excretie en metabolisatie analyseren
a) Vanwaar halen we het staal? (Proefdieren/ratten)
b) Hoe toegediende molecule x en metabolieten herkennen? Houd rekening met dat dit molecule ook natuurlijk kan voorkomen in het lichaam
c) Hoe moleculaire structuur te weten komen?
d) Hoe molecule X kwantificeren?

====Oefeningen====
a) Warme en koude stockoplossing
b) Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===11 januari 2021 VM===
====Schrifterlijk (CORONA)====
#Urine stalen van CAD patienten en van gezonde Patienten worden onderzocht op bepaalde eiwitten door middel van CE-MS. Er zijn 4 grafieken gegeven (maar denk niet dat die heel relevant waren eigenlijk). Wat is CE-MS? Leg werking gedetailleerd uit en teken ze ook beiden. Waarom worden zowel CE als MS gebruikt en niet enkel CE of enkel MS? Hoe worden de eiwitten uiteindelijk geïdentificeerd?

====Oefening====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.

=== 22 agustus 2020 NM===
====Schriftelijk (COVID19)====
#Je krijgt menselijke cellen in overvloed en de Spike Proteïne (deeltje van covid virus) dat normaal gezien aanvalt op menselijke membraan proteïnen. Zorg ervoor dat je kan identificeren op welke menselijke cellulaire proteïnen deze Spike Proteïne zal binden en zorg ervoor dat je ze kan afzonderen van de andere menselijke cellulaire proteïnen. Geef ook alle mogelijke methodes voor het identificeren van de cellulaire proteïnen die zouden binden aan de Spike Proteïne. Stel er zijn meerdere soorten cellulaire proteïnen die binden aan het Spike Proteïne, wat doe je? Teken achteraf ook alle gebruikte technieken en duid de belangrijkste delen en kenmerken aan + leg uit.

====Oefening====
''Zelfde oefening INTERNE STANDAARD met andere getallen dan Oef 6 van WZ6!''
#[Mg2+] in leidingwater moet bepaald worden. De watergroep doet dit door een staal van 100mL (met gezochte[Mg2+]) 10 keer te verdunnen. hiervan wordt dan 80mL genomen en deze wordt in een halfcel gezet. de elektrode duid een potentiaal van E1=-0,0688 V aan. Dan wordt er 1mL [standaard-opl = gegeven conc die ik niet meer weet] toegevoegd aan deze 80mL, en wordt dit verplaatst naar een 2de halfcel. de elektrode duid nu op een potentiaal E2= -0,0466 V aan.
#*Gegeven is de Mr van Mg = 24 g/mol en ook E° van de halfreactie Mg2+ + 2e- --> Mg ; E°= +2,33V (maakt niet uit want E° van de 2 halfreacies vallen weg dus overbodige info!)
#*Bereken de oorspronkelijke [Mg2+] concentratie voor de verdunning.
#* Zet dit om in ppm (parts pro MILLION dus aantal gram [Mg2+] / 10^-6 mg)

=== 30 januari 2020 NM===
====Mondeling====
#Je wilt de proteinen uit een cellysaat identificeren en gebruikt hiervoor CE-MS. Teken en duid de onderdelen aan van beide opstellingen. Waarom gebruik je zowel CE als MS? Leg uit hoe CE werkt en maak tekeningen. Leg het verschil tussen CE en klassieke chromatografie uit en het verschil tussen CE en klassieke electroforese. Welke voor en nadelen zie je? Leg uit hoe je met MS de proteinen kan identificeren. Zijn er meerdere methoden mogelijk?
====Oefeningen====
#*V0, Vi berekenen, Kd berekenen + massa uit elektroforese resutaat
#*Buffer maken

=== 24 januari 2020 NM===
====Mondeling====
Je hebt een nieuw geneesmiddel ontwikkeld en je wil weten waar in een proefdier je dit terug kan vinden en wat de structuur hiervan is. Gegeven is dat het gaat om een klein organisch molecule. Hoe doe je dit en leg alle technieken die je gebruikt hebt uit en teken deze ook.
====Oefeningen====
Oefening op massaspectrometrie: Relatieve molecuulmassa bepalen met behulp van Maldi-Tof en daarna met behulp van MS/MS een aminozuursequentie bepalen en zeggen of dit N-terminaal, C-terminaal of in het midden voorkomt zoals in de oefenzitting.
=== 23 januari 2020 NM===
'''De prof was zelf niet aanwezig, de vervanger deed de mondelinge vragen'''
====Mondeling====
Gegeven een afbeelding (ppt 3 d15) met verschillende vloeiprofielen van KEC en AEC en in het midden de verschillende ladingen van eiwitten in functie van pH.
Gevraagd is uitleg over die afbeelding. Welke techniek het is? (IEC) Wat de techniek doet? Uitleggen hoe de techniek werkt met tekeningen etc. Ook over de Van Deemter vergelijking gevraagd met bijvraagen over HETP, Rs formules (van de les, niet de oefenzitting) etc.
====Oefeningen====
#Oefening ongeveer dezelfde aan oefenzitting 10 (combinatie van alle schedingstechnieken) waarbij ze vragen 6 proteïnen te scheiden en de condities voor en na een scheiding met chromatogrammen erbij.
#Simpele absorbantie oefening (via de regel van 3)

=== 21 januari 2020 NM===
====Mondeling ====
#Geef 3 methodes om de Mr van een onbekend eiwit te vinden, teken deze ook. Hoe kan je uit deze methodes de Mr halen? (MS, SDS Page, SEC, analytische centrifugatie)
====Oefeningen====
# 1) 2 peptides 'DENK' en 'SCHRYF' en een IEP afbeelding welke peptide is welke curve (tabel met pkA's gegeven)
# 2) Hoe zouden deze peptides zich gedragen op een anionenwisselaar
# 3) fosfaatbuffer oefening
===20 januari 2020 NM===
====Mondeling====
# Je hebt een kandidaat-geneesmiddel ontdekt. Welk eiwit gaat met het molecule associëren? Teken en bespreek alle technieken die je hiervoor gaat gebruiken. Hoe ga je het eiwit identificeren? (radio-labeling, HPLC en MS. Identificatie: SDS-PAGE en/of MS)
====Oefeningen====
# Warme en koude stockoplossing
# Natriumacetaat/azijnzuur buffer
# Radioactiviteit na 7 dagen (halfwaardetijd is gegeven)

===6 februari 2019 vM===
====Mondeling====
We vermoeden dat 2 eiwitten x en y in de cel met elkaar associëren,

a) Hoe kunnen we dit experimenteel bepalen. We kunnen ervan uitgaan dat ze sterk interageren. (Immuno precipatie, SDS)

b) Wat verandert er als een zwakke interactie vertonen? (In vivo)

c) Hoe kan men eiwit Y identificeren? (MS-Western blotting)

(teken alle technieken)

====Oefeningen====
concentratie van een waterstaal berekenen via celpotentiaal en interne standaard

===25 januari 2019 NM===
====Mondeling====
Een test maken om te zien of een persoon aan een bepaalde ziekte lijd (bv. HIV). Je krijgt een staal van de patiënt met de antilichamen. Ontwerp de test, je hebt alles voorhande van antilichamen, antigenen en je kan deze modificeren om een bepaalde functionele groep te hebben (signaal uitzenden)... Zorg ervoor dat de test colorimetrisch gedetecteerd kan worden, welk apparaat hebben we hier voor nodig? Teken dit en duid de onderdelen aan, schets kort de functie van de onderdelen (fotospectrometer). Vergeet niet dat je antilichamen tegen andere antilichamen kan hebben. Zoals konijn anti-rat, kat anti-muis, ... en zo dus ook anti-homo sapiens.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 3 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze driefragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N-, C-terminaal of er tussen in voor?

===25 januari 2019 VM===
====Mondeling====

Leg uit: Potentiometrie, Conductometrie en Voltametrie (amperometrie met variërende potentiaal) en leg uit hoe je de concentratie bepaalt voor een analiet M+
Stel dat de reactie voor M+ niet specifiek kan opgaan. Hoe kan je de concentratie bepalen? (selectieve elektrode; haal hier de pH elektrode aan)

====Oefeningen====
Mengsel met monomere proteïnen A,B,C en D gescheiden met 2D elektroforese; Mr en pI gegeven. Geef de eigenschappen van de proteïnen, hoe ze elueren/retentie ondervinden bij gelfiltratiechromatografie en anionenuitwisselingschromatografie en een oefening over de buffers

===26 januari 2018===
====Mondeling====
#Een nieuw gesneesmiddel is gevonden, dit werkt in op een eiwit, je wil testen op welk eiwit dit inspeelt. Stel dat de binding tussen eiwit en molecule stabiel is (dus komt niet los tijdens de experimenten). Hoe ga je dit eiwit vinden en hoe kan je vinden welk eiwit dit is? Schrijf uit welke stappen je onderneemt.

====Oefeningen====
#Een peptide werd onderzocht met massaspectrometrie. MALDI-TOF leverde twee signalen (zie figuur A). De waargenomen ionen zijn ontstaan ten gevolge van protenering (in verschillende graad) van het peptide. Na trypsine behandeling ontstonden 2 fragmenten. Met [M+H]+ moleculion van één van deze twee fragmenten is gekenmerkt door m/z-waarde van 611 (zie figuur B). MS/MS van deze component leverde 4 Y+ c-terminale dochterionen (zie figuur C)
#*Leid de Mr-waarde af van het peptide. Geef de waarde bekomen voor iedere piek en de gemiddelde waarde (5 significantie cijfers).
#*Bepaal de Mr-waarde voor de 2 trypsine-fragmenten en vergelijk de som van deze waarden met de Mr-waarde van het intacte polypeptide. Hoe is het verschil in massa te verklaren?
#*Leid de aminozuursequentie van de '611' component wetende dat de aangegeven ionen, die onstaant bij MS/MS, Y+ splitsingsproducten zijn (zie figuur). Gebruik voor identificatie van de aminozuurresidu's de molmassa's zijn gegeven. Komt dit fragment aan de N- of C-terminaal?

===25 januari 2018===
====Mondeling====
#Een team van chemici heeft een organisch geneesmiddel gemaakt en ingebracht in een proefdier. Hoe ga je te werk om te achterhalen in welke vormen (moleculaire structuren) het geneesmiddel voorkomt? Bespreek de techniek(en) die je gebruikt en maak er een schema van.

====Oefeningen====
#Een IEF curve van 2 peptiden zijn gegeven en de 1letter codes van de peptiden (SCHEPEN en PRACHT). Bepaal welke curve bij welk peptide hoort. (Een tabel met alle pKa's zijn gegeven).
#De peptiden worden onderworpen aan een anionenwisselaar die geijkt is met een buffer met pH 7.5. Wat zijn de bindings- en elutiecondities en maak een schematische voorstelling van het chromatogram.
#De buffer is een Na-fosfaatbuffer (pKa'=6.7) met pH7.5 en I=0.1mol/dm^3. Er wordt Na2HPO4*7H2O (Mr=268) en NaH2PO4*2H2O (Mr=156) gebruikt. We willen 1L buffer maken. Laat je denkwijze zien en voer alle berekeningen uit.

===24 januari 2018===

====mondeling====
#Een collega heeft een eiwitopzuivering uitgevoerd in het labo en wilt dit verder experimenteel gebruiken, je bent echter niet zeker van de zuiverheid van het staal. Hoe ga je te werk om deze zuiverheid te controleren? Hoe ga je te werk als je zeer grote zekerheid wilt over de zuiverheid? Bespreek hoe je te werk gaat, teken de meetopstelling(en) en benoem de onderdelen, en leg uit.
#Stel dat het eiwit uit meerdere peptideketens bestaat, hoe beïnvloed dit het resultaat bekomen uit voorgaande methode vergeleken met als het slechts uit één peptideketen bestaat?
#Je beslist om een preparatieve scheiding uit te voeren van het eiwit op basis van IEP, leg uit welke methode je kiest, hoe deze werkt, en teken de opstelling en benoem alle onderdelen. (hierbij bijvragen over resolutie en theoretische platen: van deemter vergelijking uitleggen en grafieken kunnen maken)

====oefeningen====
#Je wilt een ATP oplossing maken met radioactief gelabelde P, gegeven info over gewenste oplossing, de scintillatieteller, de hot stock, de cold stock, en Mr van ATP. Maak deze oplossing (dus letterlijk zoals in de oefenzitting)
#Van de gemaakte oplossing gebruik je 25ml direct, en 25ml pas 7 dagen later. Halfwaardetijd van 32P is 14.3 dagen. Hoe radioactief is de gemaakte oplossing nog na deze 7 dagen?
#Als buffer hierbij gebruiken we een natriumacetaat buffer. We wensen 100ml met een ionische sterkte van 0.1M. Verder nog info over Mr en dichtheid van HOAc gegeven. Bereid deze buffer.

===5 september 2017===

====mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====schriftelijk====
#capillaire elektroforese uitleggen + theoretische platen + goede preparatieve methode? + verschil met klassieke gel elektroforese
#begrippen: PET, absorptiespectrum, scintillatieteller

====oefeningen====
#8 proteïnen in een mengsel scheiden met gegeven technieken
#hoe zie je dat eiwitopzuivering gelukt is
#oef met wet van lambert-beer

===27 januari 2017 VM===
====mondeling====
#ELISA: je hebt zika antigenen, deze kan je ook modificeren (fuseren met eiwit enzo)
#leg uit hoe je een test maakt tegen zika virus; hoe werkt je test; hoe wordt meetsignaal opgewekt; detectie + tekening

====schriftelijk====
#eiwitten uit cel + eiwit X gebonden aan Hist-tag
#* leg uit hoe je deze tag kan gebruiken om eiwit X te zuiveren
#*wat als eiwit X complexen vormt met andere eiwitten en na de opzuivering (vorige vraag) de eiwitten nog steeds complexen vormen, hoe zou je dan de identiteit van de gebonden eiwitten achterhalen? Schets opstelling + leg onderdelen uit
#begrippen
#*vlam ionisatie detectie
#*isocratische elutie
#*brekingsindex detector

====oefeningen====
#biureet tabel aanvullen
#absorptie oefening (bepaal c) met l=1cm, A=0.2, E=10.0dl/gcm
#standaardcurve en dan C bepalen van de onbekende eiwit
#*Na-fosfaatbuffer met pKa=6.9, pH=7.5, I=0.1mol dm^-3
#*Na2HPO4.7H20 met Mr=268.00 en NaH2PO4.2H20 met Mr=156.00
#* hoe maak ik een 1l buffer?

=== 26 januari 2017===
====mondeling====
#nagaan of er contaminatie is in een eiwitopzuivering van een collega (methode a), hoe kan je dit extra controleren? wat is het effect op de methode a als je proteïne complex uit meerder eenheden bestaat?
#voeg zelf een een nieuwe preparatieve eiwitzuivering uit op basis van iso-elektrisch punt.

====schriftelijk====
#absorbantie uitleggen en een tekening + uitleg geven van apparaat dat dit kan meten.
#3 begrippen
##activiteitscoëfficiënt
##quadrupole mass analyzer
##...
====oefening====
#massa spectrometrie (bereken de molaire massa's, geef aminozuur volgorde, n-/c-terminus,...)

===25/01/2017 nm===
====Mondeling:====
- 3 manieren uitleggen om Mr van eiwit te bepalen (+ tekeningen)
====Schriftelijk: ====
- grafiek gegeven, hierover vanalles van de van deemter vergelijking uitleggen + een (chromatografische) techniek tekenen en uitleggen waarbij van deemter toepasbaar is
- begrippen: osmotische shock, fotonverminigvuldiger, ionische sterkte
====Oefening:====
- radioactieve oplossing maken
- radioactief verval berekenen
- borax buffer maken

===22 augustus NM===
====Mondeling====
#je wilt een eiwit opzuiveren uit een cellysaat en je doet dit met Western blotting.
##leg uit hoe western blotting werkt
##hoe kan je de aanwezigheid aantonen en hoe meet je dit?
##hoe zorg je voor een goede controle voor je kan aantonen dat dit kwantitatief een goede techniek is?
##je wilt enkel de eiwitten uit 1 specifiek celorganel (bv mitochondriÃ«n), hoe ga je hiervoor te werk?
====Schriftelijk====
#grafiek van theoretische plaathoogte met 3 verschillende korrelgroottes (stationaire fase): uitleggen + waarbij gebruikt + teken een voorbeeld waarbij dit van toepassing is.
#retentietijd bij chromatografie, radiografie, potentiometrie
====oefening====
#op strategie: 6 proteÃ¯nen opzuiveren. Daarna ook nog absorbantie berekenen.

===16 augustus 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Cocaïne werd opgespoord door de politie via een colorimetrische test, waarom is dit een goede methode? (How a $2 Roadside Drug Test Sends InnocentPeople to Jail)
#Hoe ga je te werk om cocaÃ¯ne aan te tonen in een complex mengsel? (stel je hebt alle apparatuur beschikbaar) + Structuur van cocaïne is gegeven!

====Schriftelijk====
#Geef 3 technieken om de Mr van proteïnen te bepalen. (geen quaternaire structuur)
#Leg volgende begrippen uit: standaard additie, de wet van Lambert-Beer, nauwkeurigheid vs precisie
#Oefening: 4 proteïnen in 2D gel-elekroforese
##Wat kan je zeggen over de proteïnen op basis van deze gegevens? Hoe zouden deze elueren bij SEC + tekening?
##Hoe zouden deze elueren bij IEC + tekening, en hoe zou je te werk gaan?

====Oefening ====
#over buffer maken

===29 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Maak een ELISA test om antilichamen tegen een virus op te sporen in een bloedstaal. Je krijgt antigenen tegen dit antilichaam, en je hebt ook de mogelijkheid om aan deze antigenen een proteÃ¯ne te fuseren. Een eigenschap van het antilichaam is dat het 5 antigenen kan binden. Hoe werkt je test? Hoe wek je de detectie van de antilichamen op?

====Schriftelijk====
#ICP-AES: waarvoor staat de afkorting? Schets opstelling en leg werking uit. Als er andere elementen aanwezig zijn dan het element dat je wil detecteren, is dit dan een probleem? Standaardadditie uitleggen en uitleggen hoe je hiermee een meettoestel kan ijken.
#Begrippen:
##Theoretische plaat
##Referentie-elektrode
##Positron Emissie Tomografie
====Oefening====
#3 proteÃ¯nen zijn gegeven
#uitleg geven over IEC-kationenwisselaar en SEC
#Chromatogram van kationenwisselaar geven
#chromatogram van SEC geven,...

===28 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Hoe kan je uitzoeken waar en in welke moleculaire vorm een geneesmiddel, toegediend aan een proefdier, aanwezig is. (verschillende technieken zijn nodig: radiolabeling, HPLC en massaspectometrie (zie "toepassing" bij slide analyse van biomoleculen))

====Schriftelijk====
#hoe werkt de pH-elektrode en leg uit. Wat moet je hieraan veranderen om deze werkzaam te maken voor stof X en wat moeten we aannemen over deze stof. Als stof X de lading n+ heeft wat is dan de relatie tussen de concentratie van stof X en het potentiaalverschil.
#Begrippen
##relatieve centrifugaalkracht
##osmotische shock
##activatiecoÃ«fficiÃ«nt
====Oefening====
#concentratie van eiwit berekenen uit absorptievergelijking
#tabel over biureet assay aanvullen
#curve opstellen waaruit je de concentratie van een onbekend eiwit kunt halen als je weet dat A= 0.44
#Na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===22 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Stel zelf een massaspectrometer samen om eiwitten te identificeren. Alle onderdelen uitleggen en analysestappen uitleggen hoe je een eiwit gaat identificeren. (eigenlijk heel het hoofdstuk van massaspectrometrie)

====Schriftelijk====
#Hoeveelheid metaalionen bepalen via Coulometrie, Potentiometrie en Voltammetrie + verschil uitleggen
#Begrippen:
##Positieve en negatieve controle
##Holle kathode lamp
##surface plasmon resonance
====Oefening====
#radioactieve oplossing maken
#radioactief verval
#na-acetaat-azijnzuur buffer maken

===21 januari 2016 namiddag===
====Mondeling====
#Geef 2 manieren om een eiwit op te zuiveren (je moet nagaan bij je collega of er geen contaminaties zijn van andere eiwitten). 1 manier moet heel simpel zijn en de andere wat nauwkeuriger en complex. Leg ook uit hoe IEF werkt.
====Schriftelijk====
#een grafiek van theoretische plaathoogte; uitleggen en formules geven.

====schriftelijk====
#definities
##extinctiecoÃ«fficiÃ«nt
##osmotische shock
##retentietijd bij chromatografie

====oefening====
#massaspectrometrie: Mr waarden zoeken (individuele pieken + gemiddelde) en dan nog eens bij de dochterionen en het bijhorende eiwit eruit halen. (mbv de 3 letterige afkortingen van de aminozuren, je krijgt enkel alfabetische letters gegeven en de massa van de aminozuren (zonder water)).

===20 januari 2016 voormiddag===
====Mondeling====
#Geef minstens 3 technieken om Mr van een eiwit te bepalen. Leg uit en maak een schets.

====Schriftelijk====
#vraag over redoxreactie met stof A, en spectroscopie.
#Hoe je potentiaal kon vinden (Wet van Nernst).
#Hoe concentratie berekenen (stelsel oplossen).
#Schets van opstelling die dit kan meten.
#begrippen uitleggen in voorziene ruimte:
##surface plasmon resonance
##target vinden met affiniteits chromatografie en interne/externe standaard.

====Oefening====
2 proteÃ¯ne zijn gegeven (DENK en SCHRYF) en een gel van IEF (4 en 8.9 waren pI ongeveer). Welk proteÃ¯ne is welke curve en waarom? (Tabel met pka's is gegeven met lettercode en afkorting van aminozuren.) Je wilt die proteÃ¯nen scheiden met anionenwisselaar bij pH 7,5. Teken bijhorende chromatogram en condities. Je wilt dit doen met 1L Na-fosfaatbuffer van pH 7,5 met pKa=6.9 en I=0,3 mol/dm. Hoe maak je deze beginnend met Na2HPO4.7H2O (Mr=...) en NaH2PO4.2H2O (Mr=...)?

OPGELET: dit vak is volledig aangepast sinds academiejaar 2015-2016!

Algemene Natuurkunde II

2023-01-16T20:07:14Z

R0893093: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vervolgvak op Algemene natuurkunde I. Vanaf het academiejaar 2009-2010 gedoceerd door prof Wübbenhorst.('''Let dus op, de oudere vragen komen van prof. Janssen''') Het is geen jaarvak meer, enkel examen in januari dus. Het betreft een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Examen is schrijftelijk tijdens corona.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen==

=== 16 januari 2023 versie 1 ===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van coulomb + magnetische inductie rond oneindige lange draad geven
#vergelijken spectrum zwart lichaam en laser, spectrum zwart lichaam verklaren aan de hand van 2 formules
#Rc-kring waarvan d van de condensator met 20% verkleind wordt
#2 glasplaatjes

=== 17 januari 2022 versie 2===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Polarisatietoestanden van em-straling en hoe je deze toestanden kan verkrijgen via, breking en weerkaatsing en verstrooing. Wet van Malus uitleggen. Verklaren avondrood en blauwe hemel.
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?

=== 17 januari 2022 versie 1===
#RLC-serieketen
#Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===2 september 2021===
#RLC-serieketen
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.

===28 augustus 2021 ===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Straling van een zwart lichaam
#*Verklaar het spectrum met de verschuivingswet van Wien en de wet van Stefan-Boltzmann
#*Vergelijk het spectrum met dat van de laser
#*Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
#Twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal loodrecht door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas (loodrecht), en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===24 januari 2021 ===
(zelfde examen als 13 januari 2020)
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===19 januari 2021 (versie 2) ===
#Wet van Faraday en wet van Lens. Ook transformator en Foucaultstromen uitleggen
#Polarisatietoestanden van em-straling en hoe je deze toestanden kan verkrijgen via absorptie, breking en weerkaatsing
#Twee bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#Solenoïde (zelfinductie en weerstand gegeven). Energie, vermogen, .. bepalen

===19 januari 2021 (versie 1) ===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld.
#*Leid de formule voor de straal af
#*Bespreek de massaspectrometer en cyclotron
#Straling van een zwart lichaam
#*Verklaar het spectrum met de verschuivingswet en de wet van Stefan-Boltzmann
#*Vergelijk het spectrum vergelijken met dat van de laser
#*Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#*Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===27 januari 2020 VM===
(Zelfde examen als 13 januari 2020)
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===24 januari 2020 NM===
Theorie
# Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
# Straling van een zwart lichaam: welk spectrum, verklaar met de verschuivingswet en de wet van Boltzmann. Spectrum vergelijken met laser. Verband tussen emissie en absorptie coefficient van een zwart lichaam
Oefeningen
# We hebben twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal loodrecht door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas (loodrecht), en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen? *Opgave "twee verschillende stukken glas" foto: [https://drive.google.com/file/d/1D4mHHzrofEQRw_i-p8YRgNij7ulq--i1/view?usp=sharing]*
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?

===20 januari 2020 VM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider en verklaar worden zoals meerheids- en minderheidsladingdragers. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#Condensator (in een RC kring) waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen van de golven wanneer ze op het scherm komen (in graden)?
===16 januari 2020 NM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld.
#* Leid de formule voor de straal af
#* Bespreek de massaspectrometer en cyclotron
#Straling van een zwart lichaam
#* Verklaar het spectrum met de verschuivingswet en de wet van Stefan-Boltzmann
#* Vergelijk het spectrum vergelijken met dat van de laser
#* Wat is het verband tussen emissiefactor en absorptiecoëfficiënt?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water (isolator). Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===13 januari 2020 NM===
#zelfde examen als voormiddag

===13 januari 2020 VM===
#RLC-serieketen
#Geleiders, isolatoren, halfgeleiders: temperatuur afhankelijkheid van geleiders, halfgeleiders (intrinsiek en gedopeerd) + grafiek, energiebanden tekenen en uitleggen
#LR-serieketen: Magnetische energie berekenen na een lange tijd, vermogen bron berekenen,...
#Op 2 rechthoeken met bepaalde lengte en brekingsindex valt lichtstraal loodrecht in, berekenen het faseverschil van de lichtstralen op een scherm achter de rechthoeken.

===19 augustus 2019 VM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld: formule voor straal afleiden en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)
#Straling van een zwart lichaam: welk spectrum, verklaar met de verschuivingswet en de wet van Boltzmann. Spectrum vergelijken met laser. Verband tussen emissie en absorptie coefficient
#Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E
#Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)

===28 januari 2019 NM===
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld en massaspectrometer en cyclotron uitleggen (met formules)
#Straling van een zwart lichaam
#Condensator gevuld met water, bereken oppervlakte lading en E
#Dikte van een micaplaatje berekenen (proef van Young)

===28 januari 2019 VM===
#Wet van Faraday, Wet van Lenz, transformator uitleggen +Foucaultstromen
#Polarisatietoesten van em-straling + verstrooiing, absorptie, breking
#Twee bolschillen: potentiaalverschil R1 en R2 en capaciteit
#Solenoïde (zelfinductie en weerstand). Energie, vermogen, .. bepalen

===18 januari 2019 NM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#Straling van een zwart lichaam
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#Er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2019 VM===
#Bespreek de wet van Biot-Savart, leg de gelijkenissen en verschillen t.o.v. de wet van coulomb uit (B(r) en E(r) vergelijken).Leidt de magnetische inductie B(r) rond een oneindig lange draad of m.b.v. de wet van Biot-Savart.
#Leg de temperatuursafhankelijkheid van de elektrische weerstand uit. NTC en PTC gedrag uitleggen. Normale metallische geleider vergelijken met een supergeleider. Bandenmodel voor kristalijne stoffen beschrijven. Kenmerken van een intrinsieke halfgeleider VS een gedopeerde halfgeleider. meerheids- en minderheidsladingdrager uitleggen. Beschrijf de temperatuursafhankelijkheid van intrinsieke en gedopeerde halfgeleiders aan de hand van een grafiek.
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt.
#Twee lichtstralen met golflengte 600 nm in de lucht zijn in fase wanneer ze invallen op twee rechthoekige stukjes glas. het eerste stuk heeft lengte=4µm en brekingsindex n=1,4 . Het tweede stuk heeft lengte=3,4µm en n=1,6. Achter de stukjes glas staat een scherm. wat is het faseverschil (in graden) waarmee ze aankomen?

===17 januari 2019 NM===
#Wet van Faraday en Lens bespreken, transformator + toepassing, foucaultstromen
#Laser, straling van een zwart lichaam (bijvraag: grafiek tekenen I(lamda) (brede klokvorm voor zwart lichaam vs dunne voor laser)
#Twee bolschillen: potentiaal en capaciteit
#Twee glasplaatjes met verschillende lengte en n. bepaal het faseverschil van twee loodrechte stralen (initieel in fase)

===17 januari 2019 VM===
#Wet van Biot-Savart vergelijken met wet van Coulomb, + magnetische inductie rond oneindig lange draad geven
#straling van een zwart lichaam
#Dikte micaplaatje proef van Young
#Condensator waarvan de afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt

===24 augustus 2018===
#halfgeleiders + pn-juncite
#wet Biot-Savart toepassen op oneindig lange rechte draad
#condensator gevuld met water, oppervlakte lading en E berkekenen
#dikte miccaplaatje met proef van Young bepalen

===22 januari 2018 vm===
Zelfde als 15 januari 2018

===19 januari 2018 vm===

Theorie:
#De wet van Biot-Savart
#Verschil tussen intrinsieke en gedopeerde halfgeleider + pn-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen met lading q en -q, straal r1 en r2, bereken het potentiaalverschil en capaciteit.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

===18 januari 2018 vm===

Zie examen 17 januari 2017

Er werd ook nog gevraagd naar ferromagnetisme bij vraag 1

===15 januari 2018 nm===
Theorie:
#Beweging van een geladen deeltje in een magneetveld + massaspectrometer en cyclotron uitleggen
#RLC-keten uitleggen
Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 µm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10^-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cm³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x10^23.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

===20 januari 2017 nm===
Theorie:
#Polarisatie toestanden
#Gedopeerde halfgeleiders vs zuivere halfgeleiders en de PN-junctie
Oefeningen:
#2 bolschillen. Potentiaal verschil en Electrisch veld berekenen van R naar oneindig.
#Solenoïde: magnetisch kracht na lange tijd en wanneer is deze half zo groot? (vermogen berekenen en hoeveel procent van het vermogen heeft het de 2e dan verbruikt)

===20 januari 2017 vm===
Theorie:
#Rlc keten uitleggen
#Wet van ampere (tijdsafhankelijk en onafhankelijk)
Oefeningen:
#een bol met 2 stralen en een elektrisch veld waarvan de lading en de potentiaal berekend moeten worden
#de oefening met licht dat door een gat moet op een hoogte van 50mm, gat zelf is 10mm groot en staat op 30 cm van de bron, wat zijn de golflengtes die aankomen bij het gat?

===19 januari 2017 nm===
helemaal hetzelfde als de voormiddag

===19 januari 2017 vm===
Theorie:
#Halfgeleiders (+grafieken temperatuursafhankelijkheid van n-en p-types)
#Biot-savart (eindig en oneindig)

Oefeningen:
#2 bolschillen: potentiaalverschil en capaciteit berekenen
#2 stukjes glas met lichtstraal (zelfde golflengte) erdoor: faseverschil berekenen

=== 17 januari 2017===
Zie examen 18 januari 2016.
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Bijvragen bij de werking van de LASER: wat zijn de eigenschappen van laserlicht? Wat zorgt voor de overgang van niveau 2 naar niveau1?

oefeningen
#oefening van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#micaplaatje

=== 16 januari 2017===
Theorie:
#RLC-keten
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
Oefeningen:
#mica
#water in condensator

=== 18 januari 2016===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 NM===
Theorie:
#Magnetisatie en magnetische suceptibiliteit
#LASER
Oefeningen:
#oef van condensator waarvan afstand tussen de platen met 20% verminderd wordt
#oef van het mica plaatje met dikte tussen 6 en 7 micro meter

=== 15 januari 2016 VM===
Theorie:
#laser
#magnetisatie en magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#mica plaatje
#RC keten V1, V2 en V3 bepalen plus tijd waarop V het gemiddelde is van 2&3

=== 14 januari 2016 ===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders (nog iets extra, we moesten nog een grafiek geven die in de slides staan maar niet in het boek: elektrische geleiding ifv temperatuur, maja dat was gewoon een bijvraag) + pn-junctie
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad

Oefeningen:
#2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
#er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?
(check oefeningen van examen 10 juni 2011)

===11 januari 2016===
Theorie:
#Wet van Ampère (uitbreiding) en daarbij ook de B rond een gesloten kromme.
#RLC uitleggen

Oefeningen:
# Bol met bolschil errond en zo diffractie, door da scherm met 200 lijnen / mm en dan een vierkantje op het waarnemingsscherm. (welke golflengten gaan door da vierkantje?)
===16 januari 2015===
Theorie:
#magnetisatie
#LASER
Oefeningen:
#RC-keten en V1,V2,V3 bepalen
#mica

===15 januari 2015===
Theorie:
#Wet van Ampère
#RLC in serie
Oefeningen:
#een bol en een bolschil, elektrisch veld en stralen gegeven en dan moest je de lading en de potentiaal aan het opp van de bol berekenen
#spleet, berekenen welke golflengtes er in het vierkant vallen

===12 januari 2015===
Theorie:
#zuivere vs gedopeerde halfgeleiders + pn-junctie
#de wet van Biot-Savart en de oneindige rechte geleider afleiden.
Oefeningen:
#bolvormige condensator (V + C berekenen)
#lichtstralen van dezelfde golflengte die door 2 glasblokjes gaan, faseverschil berekenen.

===26 januari 2015===
Theorie:
#Beschrijf de beweging van een geladen deeltje in een magnetisch veld, cyclotron en massaspectrometer
#LRC-kring
Oefeningen:
#Water in condensator
#Micaplaatje

===20 januari 2014 voormiddag===
Theorie:
# Magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
#LASER

Oefeningen: exact zoals 10 juni 2013 (voormiddag)

=== 14 januari 2014 voormiddag ===
Exact hetzelfde examen als 14 juni 2013. Zelfs de oefeningen waren dezelfde.

=== 19 juni 2013 namiddag ===
Exact hetzelfde examen als 10 juni 2013 namiddag. Zelfs de oefeningen waren dezelfde

=== 14 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek de RLC kring

Oefeningen:
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?
#De ruimte tussen de platen tussen een condensator wordt helemaal opgevuld met zuiver water. Het dipoolmoment van een watermolecule is 6.10x10-30Cm. Water heeft een dichtheid van 1.00g/cmÂ³ en een molaire massa van 18g. De diëlektrische constante van water is 80. Het getal van Avogadro is 6.02x1023.
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen zou kunnen worden dat alle elektrische dipolen perfect uitgelijnd zijn met het elektrisch veld. Wat zou dan de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid aan het wateroppervlak zijn?
#* Veronderstel dat de condensator zodanig opgeladen wordt, dat die geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid één duizendste bedraagt van de hierboven berekende waarde. Hoe groot is dan het elektrisch veld in de condensator?

=== 11 juni 2013 (zowel voor- als namiddag!)===
Theorie:
# Leg uit, wet van Ampère zowel tijds als niet tijdsafhankelijk.
# Leg RLC kring uit

Oefeningen:
# Gegeven een bol met een lading en daar rond een bolschil, samen zijn ze ongeladen maar elk apart bezitten ze een lading. Geef hiervoor de lading van de bol en zijn potentiaal aan zijn oppervlak. Gegeven zijn de stralen van de bollen en de grootte van het elektrische veld.
# Golflengten tussen 400 en 700nm worden op een diffractierooster gestuurd met 200 lijnen/mm. Waarnemingsscherm staat op 0.3m. Op dit scherm is op een afstand van 0.05m een gat geknipt, een vierkant met zijden 0.01m. Welke golflengten zullen door dit gat vallen?

=== 10 juni 2013 (namiddag)===
Theorie:
#Geef de wet van Biot Savart en pas dit toe op een oneindig lange stroomvoerende draad
#Wat is een virtueel beeld? Kan je dat vormen met een vlakken spiegel? Holle spiegel? Bolle spiegel? Welke omstandigheden?

Oefeningen:
#Dieje kubus (zie oude examenvragen)
#Iets met een RLC kring met uitzonderlijke omstandigheden, R gegeven, wat is de capaciteit en de inductie in de kring. Uitzondelijke omstandighede dus da de amplitude van uw weerstand = amplitude zelfinductie = amplitude condensator = amplitude van de bron, en ge had ook een frequentie gegeven

=== 10 juni 2013 (voormiddag)===
Theorie:
# Bespreek polarisatietechnieken (verstrooiing, dichroïsme etc...)
# Magnetisatie & magnetische susceptibiliteit

Oefeningen:
#Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval.
#*Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2)
#*Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3).
#*Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
#We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor één van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 12 juni 2012===
Theorie:
# Wet van Ampere bespreken voor stationaire en niet stationaire stromen
# RLC kring bespreken

Oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# ?

=== 11 juni 2012===
Exact dezelfde vragen als 27 juni 2011. Zelfs de waarden bij de oefeningen waren hetzelfde.

=== 27 juni 2011===
Theorie:
# Leg uit: magnetisatie en magnetische susceptibiliteit
# Bespreek de werking van een LASER

Oefeningen:
# Gegeven is een RC-kring met R=100 kOhm; C=9,40 ÂµF; en V(bron)=15,0 V. Na lang wachten (de condensator eerst helemaal laten opladen) verminderen we de afstand tussen condensatorplaten met 20%, in verwaarloosbaar tijdsinterval. a) Bereken potentiaalverschil over de condensator vlak voor (V1) en vlak na die verandering (V2). b) Bereken het potentiaalverschil over de condensator op lange tijd na de verandering (V3). c) Op welk tijdstip na de verandering zal de spanning over de weerstand gelijk zijn aan het gemiddelde van V2 en V3?
# We weten van een micaplaatje dat het tussen de 6 en de 7 Âµm dik is. Om de dikte exact te bepalen gebruiken we de proef van Young, waarbij we het micaplaatje voor Ã©Ã©n van de spleten zetten (n=1,582). Er verschijnt een centraal maximum wanneer we golflengte 539 nm gebruiken. Wat is dus de precieze dikte van het micaplaatje?

=== 17 juni 2011 ===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
# Effectiefspanning uitleggen

=== 14 juni 2011 ===
Theorie:
# Geef wet van Biot-Savart en leid af voor een oneindig lange stroomvoerende draad
# Wat zijn mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling? (geen polarisatietechnieken)

Oefeningen:
# Een kring met een solenoïde met 35mH en een weerstand van 0,35 Ohm, aangesloten op een batterij van 12V. Wat is de magnetische energie die de batterij heeft na een lange tijd? Hoeveel vermogen moet het batterij dan nog leveren? Na hoeveel tijd is de energie half zo groot? Wa is dan het vermogen v.d. batterij en hoeveel procent vraagt het opwekken van magnetische arbeid dan?
# Een tweespleten systeem met lambda = 500nm, d = 0,150mm en a = 30,0Âµm. Hoe vaak komen maxima voor? (enzovoort)
=== 10 juni 2011 (voormiddag) ===
Theorie:
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

oefeningen:
# Er is een kubus gegeven met zijde a die in de oorsprong ligt van het xyz assenstelsel. Er is een elektrisch veld E_(=vector) = c*x*y*i_(i_ is de eenheidsvector) en c=844 N/(C*m^2). dit elektrisch veld is evenwijdig met de x-as. hoe groot moet zijde a zijn zodat de kubus 7nC bevat?
# Je hebt een wisselspanningskring gegeven met V0 = 30,0V; omega = 314rad/s; I0=620mA ;en v=V0sin(omega*t-pi/4) en i=-I0cos(omega*t-pi/4). In de kring zit alleen nog een element X.
* identificeer dit element volledig
* door welk ander element kan je dit vervangen zodat de stroomamplitude gelijk blijft(de fase mag verschillen) en identificeer dat element. Je moet er maar 1 geven maar er zijn er 2 mogelijk.

=== 10 juni 2011 (namiddag) ===
Theorie:
# Bespreek de RLC-keten waarop een wisselspanning is aangesloten
# Wet van Ampère uitleggen (stationair en niet-stationair) Hij zegt er ook bij dat het gaat om het magneetveld rond een gesloten kromme, dus juiste formule vinden niet moeilijk

Oefeningen:
# 2 geleidende bolschillen met zelfde middelpunt, verschillende stralen (R1, R2, respectievelijk kleinste en grootste). Op de kleinste zit een lading q, op de grootste een lading -q. Bepaal het potentiaalverschil tussen R2 en R1. Bepaal ook de capaciteit van deze condensator.
# er zijn twee verschillende stukken glas, met lengte l1 = 4 micrometer, l2 = 3,5 micrometer, n1 = 1,4, n2 = 1,6. Je stuurt er een lichtstraal door met golflengte lambda = 600 nm. Ze komen in dezelfde fase toe op de stukken glas, loodrecht, en gaan dan door naar een scherm. Wat is het faseverschil tussen de twee golven wanneer ze op het scherm komen?

=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
#Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld, plus uitleg cyclotron en massaspectrometer.
#Bespreek alle mogelijke polarisatie-toestanden van een EM-golf, manieren om polarisatie te bekomen niet beschrijven.

Oefeningen:
# Men laadt een condensator met een capaciteit 17mF volledig op en men koppelt hem dan los van de bron. Hierna is er een arbeid van 18,5 joule nodig om een extra lading van 13 mC van de ene plaat van de condensator naar de andere over te brengen. Wat was de EMK van de bron?
# Een spoel van 100 windingen wordt rond een cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ². De cilinder is van een middenstof met Âµr = 1. Er wordt een magneetveld aangelegd van 1,6 T dat in de tijd omwisselt van de ene naar de andere richting maar altijd evenwijdig loopt met de symmetrieas van de spoel. Een weerstand van 13 Ohm wordt op de spoel aangesloten. Geef de lading die door deze weerstand stroomt.

=== 7 juni 2010 (WÃ¼bbenhorst dus) ===
Theorie:
# RLC-keten met wisselspanning uitleggen
# Wat is het verschil tussen een zuivere halfgeleider en een gedopeerde halfgeleider? geef uitleg over de pn-junctie.

Oefeningen:
# over een solenoïde met een L en een R die verbonden zijn aan een batterij. L, R en V waren gegeven en men vroeg de energie van de spoel op t= oneindig en vermogen dat de batterij moest leven
# ging over 2 stralen door glas met 2 verschillende n, met uiteindelijk de vraag: wat is het faseverschil van de 2 stralen aan het scherm achter het doorlopen van het glas?

===22 augustus 2009===
Theorie:
#Bespreek Foucaultstromen
#Effectiefspanning en effectiefstroom uitleggen

Oefeningen:
(Iemand aub?)

===17 augustus 2009===
Theorie:
#Leid een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator
#Bespreek ferromagnetisme

Oefeningen:
#Een lading zit vast op een gegeven positie (x,y,z). Een andere lading beweegt van positie 1 (X1,Y1,Z1) naar 2 (X2,Y2,Z2). De ladingen zijn gegeven, de coordinaten ook. Hoeveel energie kost het om deze lading van positie 1 naar 2 te verplaatsen?
#Een oefening analoog aan weerkaatsing aan een zeepbel, of iets dergelijks. Opgave weet ik niet meer goed. (Iemand?)

===19 juni 2009===
Theorie:
# Vergelijk de gelijkstroom RC- en LR-kring.
# Bespreek alle mogelijke polarisatietoestanden van EM-straling. Methoden om dit te bereiken hoeven niet besproken te worden.

Oefeningen:
# We beschouwen een niet geleidende plaat van grote afmetingen. Op de ene zijde staat een positieve oppervlaktelading, op de andere zijde een negatieve (getallen gegeven uiteraard). Een proton wordt op 1mm afstand van de plaat vanuit rust losgelaten. Wat is de snelheid op 2 mm van de plaat?
# Effectiefspanning berekenen adhv. een gegeven v(t)-curve.
:[[Bestand:driehoekspanning.gif]]

===12 juni 2009===
Theorie:
# LASER.
# Wederzijdse inductie en zelfinductie.
Oefeningen:
# ?
# ?

===12 juni 2009===
Theorie:
# Geef de wet van Ampère voor stationaire stromen + voorbeeld. Leg uit welke aanpassing gedaan moet worden zodat deze wet ook geldig is voor tijdsafhankelijke stromen.
# Leg uit hoe men oscillerende .. kunt krijgen in een LC-kring.

Oefeningen:
# Een puntlading q bevindt zich op een afstand x op de middelloodlijn van een niet geleidende draad (2l) waar een homogeen verdeelde lading Q op zit. Wat is de kracht dat deze puntlading ondervindt?
# Zender op hoogte 70m, lengte van 1km en een ontvanger op hoogte x. Wat is kleinste x waar een maximum van straling invalt. Houd rekening met de rechtstreekse stralen en de gereflecteerde stralen op water.

===8 jun 2009===
Theorie:
# Leidt een formule af voor de capaciteit van een vlakke en een cilindrische condensator.
# Wat wordt er bedoeld met magnetisatie? Leg uit: relatieve permeabileit en magnetische susceptibiteit.

Oefeningen:
# Twee spoelen staan of vaste afstand van elkaar. Door de ene spoel loopt een stroom van 1A en de flux erdoor is 0.010Wb. Indien men nu een stroom van 2A door de tweede spoel stuurt, bedraagt de flux door de eerste spoel 0.012Wb.
#* Bereken de magnetische flux door de 2de spoel, gegeven dat de zelfinductie ervan gelijk is aan 0.003 (iets in die aard).
#* Bereken de wederzijdse inductiecoefficient.
#* Bereken de zelfinductie van de eerste spoel.
# Een radiogolf zendmast in punt B staat op 20km afstand van huis H. De intensiteit in H wordt gegeven door een gekende I[sup]0[/sup]. Op 100m afstand van mast B bouwt men een 2de mast A, die een hoek <math>&\X\theta \widehat{B A H}</math> is 30Â° (geen idee hoeveel het juist was).
#* Bereken de intensiteit in H.
#:[[Bestand:ANII-8.6.2009-oef2.png]]

===8 jun 2009===
Theorie:
# Bespreek RC-filters.
# Bespreek diffractie bij een oneindig lange spleet en (beknopt) bij een rechthoekige spleet.

Oefeningen:
# Twee RC-kringen gegeven, constructie van vanalle condensatoren in serie en parallel; V en R gegeven bij de ene kring; stroom door beide spanningsbronnen is gelijk; bereken Vx en R van de andere kring.
# Oneindig lange draad en in hetzelfde vlak evenwijdig ermee een vierkant. Bereken de wederzijdse inductiecoëfficiënt (afstand draad tot vierkant gegeven + lengte zijde vierkant).

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de beweging van een geladen deeltje in een magneetveld. Leg, bij wijze van voorbeeld, de werking uit van een massaspectrometer of van een cyclotron.
# Bespreek de mogelijke polarisatietoestanden van em-straling (niet de methodes om tot polarisatie te komen)

Oefeningen:
# Condensator ( C= 17 microF) wordt een een onbekende batterij geschakeld en volledig opgeladen. Dan losgekoppeld. Er is aan arbeid 18,5J nodig om een bijkomende lading van 13,0 mC van de ene plaat naar de andere te verplaatsen. Bepaal emk van de batterij.
# spoel met 100 windingen wordt rond een metalen cilinder gewikkeld met een doorsnede van 12 cmÂ² en mu r = 1. Er wordt een weerstand over de spoel geplaatste van 13 ohm. Er is een magneet veld die door de spoel loopt (parallel met de as). Dit magneetveld varieert gedurende een bepaalde tijd van 1,6T in de ene richting naar 1,6T in de andere richting. Hoeveel lading loopt er in die tijd door de weerstand.

===16 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek een geleider in elektrostatisch evenwicht.
# Bespreek hoe men een oscillerende ... kan maken in een LC-kring. (LC-kring uitleggen dus)

Oefeningen:
# 2 draden in tegengestelde stroomzin, stroom neemt lineair toe van 0 naar 100A in 7s, bereken emk in de lus tussen die draden
# een ongepolariseerd licht kan worden opgedeeld in een deel gepolariseerd en een deel ongepolariseerd, intensiteiten mag je optellen, een polarisator wordt 360Â° gedraaid, men merkt dat op een bepaald punt de intensiteit 5 keer groter is, hoeveel procent is maakt de gepolariseerde golf uit?

===13 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek de begrippen magnetisatie en magnetische susceptibiliteit.
# Bespreek de proef van Young.

Oefeningen:
# iets met een geleidende bol en daarrond een geleidende bolschil en dan een elektrisch veld gegeven en zo de lading op de bol berekenen.
#een kring gegeven met een X waarvan ge moet zeggen of het een condensator of weerstand of zelfinductie moet zijn, vergelijkingen van i en v gegeven. En dan ook nog zeggen of je de X kan vervangen door iets anders waardoor de amplitude hetzelfde blijft maar de i en v niet in fase zijn.

===13 jun 2008===
Theorie:
# Wat is het verschil in elektrische geleiding bij zuivere halfgeleiders en gedopeerde halfgeleiders. Leg uit de werking van pn-junctie
# Bespreek de LRC-keten

Oefeningen
# LC keten
# Fase verschil berekenen 2 gelijke golven die elk door een blokje gaan met andere lengte en brekingsindex

===9 jun 2008===
Theorie:
# Bespreek wet Biot-Savart en gebruik om magneetveld rond oneindig lange draad met stroom af te leiden.
# Leg uit wat een virtueel beeld is. Is het mogelijk om dit van een reëel voorwerp te bekomen bij een vlakke/holle/bolle spiegel. Onder welke omstandigheden?

Oefeningen:
# De ruimte tussen een condensator is helemaal gevuld met water. Water heeft een dipoolmoment 6.10*10^-30 Cm. De molaire massa van water is 18. De dichtheid is 1g/cm^3. Water heeft een di-elektrische constante van 80.
#* bepaal de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid wanneer alle dipolen zich volgens E uitlijnen.
#* stel dat de geïnduceerde oppervlakteladingsdichtheid 1/1000 is van die hierboven, wat is dan het elektrisch veld?
# In een RLC-kring is de frequentie 1.73kHz. De amplitude van de spanning over de weerstand, de amplitude van de spanning over de condensator, de amplitude van de inductie en de amplitude van de bronspanning zijn allen gelijk. R = 700 ohm. Bepaal L en C.

===15 jun 2007===
Theorie:
# Bespreek magnetisch moment + richting van magnetisch moment in magneetveld
# Serie RLC keten bespreken

Oefeningen:
# Stroom van 27A in begin, straal eerste cirkel R, straal tweede cirkel 2r, r = 0.1m, en bereken magnetische inductie in punt P. Draad overal even dik en overal even grote soortelijke weerstand
# Tweede is kurkje drijft op water, hoe lang moet de naald zijn opdat het zichtbaar is boven water. Brekingsindex water=1.33, lucht=1 Afmetingen staan erbij.

===12 jun 2007===
Theorie:
# Leg uit: elektrische stroom, stroomdichtheid en leid de wet van Ohm af.
# De wet van Ampère afleiden voor stationaire stromen en vertellen wat ge aan de basisformule moet veranderen als de stromen tijdsafhankelijk worden.

Oefeningen
# Berekenen hoeveel lading er door een weerstand gaat die aangesloten is op een geleidende lus die altijd maar kleiner en kleiner wordt. Loodrecht op de lus heerst er een magnetische inductie.
# Een typisch optica-vraagstukje: je hebt een schilderijtje en wil dat vastleggen op een gevoelige plaat, met een bolle lens met brandpunt= + 5 cm. Hoe ver moet het schilderijtje van de lens en hoe ver moet de lens van de gevoelige plaat.

Microbiologie

2023-01-13T08:51:33Z

R0893093: /* 13 Januari 2023 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 13 Januari 2023 ===
#(A)Geef aan hoe het divisoom werkt en wat erbij komt kijken? (B) Welke parameters kan men afleiden uit een groei curve? /5
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is? /5

#verklaar volgende termen:
#*cilia
#*amensalisme
#*hydrogenosoom(+reactie)
#*MIC
#*Wateractiviteit
#*amphihexinose?
#*Viroide
#*persistente infectie

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

*B-lactam werkt alleen op gram+

*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun 2007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2023-01-13T08:41:56Z

R0893093:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 13 Januari 2023 ===
#(A)Geef aan hoe het divisoom werkt en wat erbij komt kijken? (B) Welke parameters kan men afleiden uit een groei curve? /5
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is? /5

#verklaar volgende termen:
#*cilia
#*amensalisme
#*hydrogenosoom(+reactie)
#*MIC
#*Wateractiviteit
#*amphihexinose?

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

*B-lactam werkt alleen op gram+

*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun 2007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2023-01-13T08:40:42Z

R0893093: /* 13 Januari 2023 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 13 Januari 2023 ===
#(A)Geef aan hoe het divisoom werkt en wat erbij komt kijken? (B) Welke parameters kan men afleiden uit een groei curve? /5
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is? /5

#verklaar volgende termen:
*cilia
*amensalisme
*hydrogenosoom(+reactie)
*MIC
*Wateractiviteit
*amphihexinose?

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

*B-lactam werkt alleen op gram+

*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun 2007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2023-01-13T08:40:31Z

R0893093: /* 13 Januari 2023 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 13 Januari 2023 ===
#(A)Geef aan hoe het divisoom werkt en wat erbij komt kijken? (B) Welke parameters kan men afleiden uit een groei curve? /5
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is? /5

*verklaar volgende termen:
*cilia
*amensalisme
*hydrogenosoom(+reactie)
*MIC
*Wateractiviteit
*amphihexinose?

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

*B-lactam werkt alleen op gram+

*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun 2007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Microbiologie

2023-01-13T08:40:01Z

R0893093:

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Microbiologie wordt tegenwoordig in het tweede jaar gegeven. Vroeger was dit het derde jaar. Ook verhuisd van tweede naar eerste semester. Wordt gevolgd door studenten biologie en biochemie. Gedoceerd door Prof. Joris Winderickx. Normaal mondeling examen, wegens COVID toch schriftelijk. Practicum wordt geëvalueerd via een één verslag over al de practicumsessies.

==Examenvragen==

=== 13 Januari 2023 ===
#(A)Geef aan hoe het divisoom werkt en wat erbij komt kijken? (B) Welke parameters kan men afleiden uit een groei curve? /5
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is? /5

#verklaar volgende termen:
#cilia
#amensalisme
#hydrogenosoom(+reactie)
#MIC
#Wateractiviteit
#amphihexinose?

=== 25 Januari 2022 ===

Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat ze resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Is dit species-specifiek? /5

Bespreek de bouw en werking/functie van prokaryote flagellen (Gram neg., gram pos. en Archaea). Vergelijk ook met eukaryote flagella. Bespreek fototaxis en verklaar hoe dit voordeel geeft in een ecosysteem. /5

Stelling juist/fout + verklaar /4

*Geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand

*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.

*Decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur

*B-lactam werkt alleen op gram+

*Bij een persistente infectie wordt de gastheercel vernietigd.

*Stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities

*Chemolithotrofen halen hun energie uit fermentatie met substraatfosforylatie

*Cyanobacteriën hebben phycobillisomen voor optimale lichtcaptatie

=== 17 januari 2022 ===
#Leg de Baltimore-classificatie schematisch uit en verklaar op basis van wat deze gebaseerd werd. Hoe zou je een antiviraal middel maken voor Hepadnavirussen en op welke processen zou dit kunnen inwerken? Hoe kan je testen of dit middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Archaea en grampositieve bacteriën door een gedetailleerde tekening te geven van de polysaccharideketen. Geef verschillende methodes om deze organismen van elkaar te scheiden.
#Begrippen: Leg ze apart uit en geef gelijkenissen en verschillen.
#*anammox - denitrificatie
#*cirri - fimbrae
#*fermentatie - anaerobe respiratie
#*persistente infectie - latente infectie

=== 21 augustus 2021 ===
#Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te maken dan een antiviraal middel? Waar bij een RNA-virus zou een antiviraal middel inwerken? Hoe kan je testen of je antiviraal middel effectief is?
#Vergelijk de celwand van Gram negatief en positief aan de hand van tekeningen, vergelijk ook met celwand van eukaryoten en archaea. Hoe kan je Gram positief en Gram negatief onderscheiden, geef verschillende methodes.
#Begrippen
#*amensalisme - commensalisme
#*wateractiviteit
#*cycloheximide
#*teichoïnezuur
#*persistente en latente infectie
#*MIC en fenolcoëfficient
#*Cirri
#*hydrogenosoom

=== 15 januari 2021 NM ===
#Bespreek de bouw en inplanting van bacteriële flagella. Vergelijk ook met eukaryote flagella en cirri. Bespreek chemotaxis.
#Welk is het belangrijke enzyme voor stikstoffixatie? Andere vormen van stikstof (zoals ammoniak) zijn zeer belangrijk, verklaar.
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*mesofiel - pathogeen
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirus - hepadnavirus
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*mutualisme - protocoöperatie
#* generatietijd - delingsefficiëntie
=== 11 januari 2021 NM ===
#
#Detoxificatie van micro-organismen
#a) Leg het verschil in celwandstructuur tussen Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën uit en op welk principe berust de Gram-kleuring. b)Leg kort de celwand bij archaea en eukaryoten uit. c)Welke andere manieren, naast Gram-kleuring, zijn er om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën van elkaar te onderscheiden?
#Verklaar en leg de verschillen/gelijkenissen uit:
#*guilde - gemeenschap
#*retrovirussen - hepadnavirussen
#*amensalisme - commensalisme
#*chemo-organotrofe anaerobe respiratie - fermentatie
#*generatietijd - delingsefficientie
#*hydrogenosomen - mitochondriën
#*antisepsis - desinfecteren
#*nog 1tje

=== 17 augustus 2020 VM ===
#
#a) Waarom is het makkelijker om een antibacterieel middel te ontwikkelen dan een antifungaal en een antiviraal middel? Gegeven dat het een RNA-virus is op welke processen/enzymen kan een antiviraal middel inwerken? b) Hoe kan je gemakkelijk testen of een middel tegen fagen effectief is?
#a) Wat is de structuur, inplanting en werking/functie van prokaryote flagella en aanverwante structuren? Wat is het verschil met eukaryote flagella en aanverwante structuren en leg het principe van chemotaxis uit. b) Leg bondig phototaxis uit.
#Begrippen
#*Eclipsperiode
#*Tegument
#*viroïde
#*Evolutionaire chronometers
#*Griseofulin
#*Mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway
#*Peplomeren
#*Quinolones

=== 20 januari 2020 NM ===
#
# Bespreek structuur en functie van flagella. Geef gelijkaardige structuren tussen gram-positieve en gram-negatieve [[Bacteria]]. Geef gelijkaardige structuren bij ''Archaea'' en eukaryoten.
# Over resistentie, wat de mechanismen zijn, of dat species specifiek of aspecifiek is. Alternatieve therapieën tegen resistentie....
#Begrippen:
#*PFU en CFU
#*Ammencialisme en commensialisme
#*aw
#*Cirri
#*Teichoïnezuur
#*MIC en fenolcoëfficient
#*cycloheximide
#*nog eentje

=== 17 januari 2020 VM ===
#
#a) Geef de functie en structuur van prokaryote flagel. Is er een verschil tussen grampositieve en gramnegatieve bacteria flagel? Geef ook analoge structuren. b) Geef minstens 3 andere methoden om grampositieve van de gramnegatieve bacteriën te scheiden (niet via gramkleuring). Hoe kan men in een waterstaal archaea, bacteria & eukarya onderscheiden?
#a) Detoxificatie van giftige zuurstof molecule. b) Welke rol zuurstof en gebonden stikstof componenten (zoals ammoniak) een invloed hebben op de stikstofcyclus?
#Stellingen
#*S-lagen zorgen voor vasthechting van de cel
#*Cephalosporine werkt in op translatie
#*"Naakte" en "Envelopped" virussen worden op dezelfde manier vrijgezet
#*Viroïde is de niet infectieve vorm van een virus
#*In hydrogenosoom zitten hydrogenasen
#*Phycolisomen zijn enkel bij cyanobacteriën te vinden
#*en nog 2 andere

=== 14 januari 2020 VM ===
#
#a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene drift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken?
#Vergelijk celwand archae, gramnegatieve en grampositieve (structuren allemaal kunnen tekenen). ZIjn er zonder celwand, zo ja welke? Welke manieren zijn er naast gramkleuring om gramnegatieve en grampositieve van elkaar te onderscheiden? Hoe zou je in een waterstaal Archae, bacteria en eukarya onderscheiden van elkaar (zo min mogelijke stappen)
#Begrippen
#*syntorfie
#*viroide
#*evolutionaire chronometers
#*streptomycines
#*endo- en exotoxine
#*anammoxoom
#*Hydrogenesoom
#

=== 13 januari 2020 NM ===

#VRAGEN
1. antibiotica alles uitleggen hoe resistentie opbouwen, species specifiek?
2. Antifungale drugs voor membraansynthese en proteinsyntheseninhibitie + hoe bepaal je of een drug fungistatisch is?
3. Wat zijn biogeochemische cycli en leg dit uit adhv de N cyclus, geef alles + verklaar anammox reactie en stikstoffixatie

#BEGRIPPEN

Wateractiviteit
Profaag
Anammoxosoom
Chlorosoom
Stickland reactie
Persistente infectie
Endotoxine
Surfactant

===5 september 2019===
#
# a) Influenza: verklaar HxNx, antigene shift, antigene shift. In welke Baltimore klasse bevindt influenza zich? b) waarop kunnen antivirale middelen inwerken? geef ook voorbeelden. Hoe zou jij te werk gaan om een nieuw antiviraal middel te maken en te TESTEN?
#Geef een schematische voorstelling van de anoxygene fotosynthese van purperbacteriën en groenzwavelbacteriën, alsook de oxygene fotosynthese van cyanobacteriën. Bespreek de voornaamse verschillen, inclusief morfologische kenmerken, en plaats dit in een algemeen microbieel ecologische context.
#Begrippen
#*cilia
#*viroide
#*profaag
#*persistente infectie
#*wateractiviteit
#*tegument
#*MIC
#*amensalisme

===14 januari 2019===
#
#*Hoe worden micro-organismen resistent? Welke mechanismen zorgen ervoor dat resistent zijn? Hoe wordt dit overgedragen? Welke van deze manieren zijn species-specifiek en welke species-aspecifiek?
#*Je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien. Leg kort uit.
#Leg uit HxNx, antigene drift en shift, waarom kan dit laatste zo snel gebeuren bij het influenzavirus? Tot welke klasse van Baltimore behoort Influenza. Geef het schema van de Baltimore classificatie en leg de principes uit.
#Begrippen
#*Syntrofie
#*Evolutionaire chronometers
#*Hydrogenosoom (+ reacties)
#*Streptomycine
#*Heterotroof
#*Annamox
#*Viroïde
#*Endo- en exotoxines

===21 augustus 2018===
#Je krijgt een waterstaal, hoe weet je welke GEKENDE micro-organismen hier inzitten waarvan je een metabool product wil onderzoeken. Hoe kan je testen dat dit een fungicide is?
#Bespreek flagellen bij pro- en eukaryoten en leg chemotaxis uit
#begrippen
#*Surfactant
#*tegument
#*bacilli
#*hydrogenosoom
#*wateractiviteit
#*phycobillisoom
#*hopanoïde
#*nog eentje maar ben ik vergeten

===29 januari 2018 VM===
#Wat is een biogeochemische cycli? Geef schematisch de stikstofcyclus en beschrijf de voornaamste processen.
#Bespreek de structuur, inplanting en werking van prokaryote flagellen en aanverwante structuren als ook het mechanisme van chemotaxis. Welke verschillen zijn er met een eukaryote flagel?
#Begrippen: axiaal filament, griseofulin, peplomeren, quinolones, evolutionaire chronometers, mechanisme voor CO2 fixatie door de acetyl CoA pathway, viroïde, hopanoïde

===22 januari 2018 VM===
#Leg uit: biogeochemische cycli. Geef schematisch de stikstofcyclus weer en bespreek de belangrijkste reacties.
#Je krijgt een bodemstaal waaruit je onbekende micro-organismen moet identificeren, hierin zit een organisme dat metabole producten maakt die antifungicidaal werken, deze kunnen dienen voor een nieuw middel. Hoe ga je (zo efficiënt mogelijk) te werk?
#begrippen: PFU en CFU, MIC en fenolcoëfficiënt, latente en persistente infectie, cirri, Aw, cycloheximide, commensalisme en ammensalisme en teichoïnezuur

===19 januari 2018===
#Bespreek de structuur, werking en inplanting van bacteriële flagellen (met tekening). Wat is het mechanisme van chemotaxis? Wat zijn de verschillen met eukaryote flagellen.
#Welke detoxificatiemechanismen zijn er van toxische zuurstof. Geef de enzymen en hun reacties. Hij wilt ook dat je een extra voorbeeld geeft. Wat is het belang van zuurstof in een microbiële ecosysteem.
#8 termen: cycloheximide, sulfonilamide, aw, lysozymen, amensalisme, phycobiline, acetyl-CoA pathway en hepadnavirus

===15 januari 2018===
#Bespreek kort de oxygene en anoxygene fotosynthese van micro-organismen en hun reducerend vermogen. Leg fermentaties van micro-organismen uit, hoe wordt hiermee energie gewonnen? /5
#A)Waarvoor staat HxNx? B) Leg de Baltimore-classificatie uit. Welke types virussen hebben eigen polymerasen? C) weet ik niet meer, maar ook iets met virussen /5
#8 stellingen, per juist antwoord 0,5 1)cyloheximine werkt niet op gramnnegatieve bacteriën 2)antibiotica-resistentie wordt aspecies-specifiek doorgegeven en voornamelijk via transductie 3)een guilde is een groep van klonaal verwante cellen 4)bij een peristenta infectie komen viruspartikels niet vrij en blijft de gastheer leven 5)bij amensalisme hebben beide partners altijd een voordeel 6)bij een hydrogenosoom wordt ATP geproduceerd via hydrolyse en H+ 7)een virion reffereert naar de extrcellulaire vorm van een virus 8)ben ik vergeten /4

===21 augustus 2017 NM===
#bespreek de structuur en werking van de flagel bij bacteriële cellen + bespreek chemotaxis
#detoxificatie van zuurstof
#8 stelling juist/fout + verklaar
#*gramnegatieve bachteriën zijn niet gevoelig voor beta-lactam ring
#*antibiotica-resistentie is species-specifiek
#*decimale reductietijd neemt af bij toenemende verhittingstemperatuur
#*hydrogenosomen bij prokaryoten halen hun energie uit de oxidatie van pyruvaat
#*stikstoffixatie komt vooral voor in anoxygene condities
#*persistentie infectie van viruspartikels vernietigd de gastheercel
#*geen enkele bacterie (Bacteria + Archaea) kan leven zonder celwand
#*energiewinst bij fermentatie komt altijd van substraatfosforylatie

===23 januari 2017 NM===
#bespreek hoe het kleine virale genoom toch een volledige functie qua replicatie en assemblage van een virus kan veroorzaken. geef voorbeelden en leg uit
#virussen zijn niet altijd negatief. Bespreek en geef een voorbeeld ivm humaan microbioom
#je hebt een bodemstaal met micro-organismen, hoe ga je na dat deze micro-organismen een fungistatische werking hebben? + leg uit micro-organismen die groeien in het labo en micro-organismen laten groeien die niet in het labo kunnen groeien.
#vancomycine slaat niet aan, welke combinatie is het beste? keuze uit: vancomycine + cycloheximide/amphotericini/isoniazide/sulfanilamide
#leg verschil en gelijkenis uit + bespreek
#*mesofiel-pathogeen
#*antiseptica-desinfectans
#*fermentatie-chemoorganotroof anaeroobe respiratie
#*chemoorganotroof-chemolithotroof
#*generatietijd-delingscoefficient
#*sporecortex-bacteriele celwand
#*guilde-gemeenschap
#*commensalisme-amensalisme

===23 januari 2017 VM===
#bespreek de celwand bij gram - en gram + bacteriën en archaea. geef een manier om bacteria, archaea en eukaryoten te scheiden. geef minstens 3 manieren hoe je gram + en gram - bacteriën kan onderscheiden (zonder gram kleuring)
#afbeelding cel met onderdelen aangeduid (celwand, 50S,...) geef voorbeelden van antibiotica die hier op inwerken en leg hun werking uit.
#8 juist of fout vragen

===26 januari 2016===
#Gegeven een tekening van een virtuele cel van een micro-organisme (aangeduid: DNA synthese, RNA synthese, mitotische spoelfiguur en microtubuli, celwand, plasmamembraan, translatie, foliumzuursynthese). Geef alle antimicrobiële middelen die erbij horen. Bespreek de mechanismen van de antimicrobiële middelen bij een verschillende manier van inwerking.
#Flagellen pro-en eukaryoten (ook tekenen!). Welke andere bewegingsvormen ken je nog? Leg taxis uit.
#Leg uit en bespreek de gelijkenissen en/of verschillen:
#*halofielen - osmiofielen
#*autotroof - heterotroof
#*bacteriÃ«le celwand - sporeprotoplast
#*chemoorganotroof - ...
#*chemoorganofiel - ...
#*chemooragnofiel anaeroobe respiratie - ...
#* ...

===22 januari 2015===
#Flagellen en cirri bij pro- en eukaryoten, bespreek chemo- en fototaxis.
#Detoxificatiemechanismen
#Acht stellingen, juist/niet juist en waarom (ieder op 0,5 punt)
#*B-lactam werkt alleen op gram +
#*Resistentie is species-specifiek
#*Decimale reductietijd daalt altijd bij hogere T
#*Bij fermentatie vindt de energiewinning altijd plaats door substraatfosforylatie
#*Bacteria en Archaea kunnen nooit leven zonder celwand
#*Stikstoffixatie is vooral anoxisch
#*Hydrogenosomen komen voor bij prokaryoten waar ze pyruvaat oxideren tot -
#*en nog een die ik me niet meer herinner.

===27 januari 2015===
#verschil oxygene en anoxygene fototrofie + energie bij fermentatie
#welke manieren van voortbeweging, verschil in pro en eukaryoten, (sex)pili, welk competitief voordeel?
#juist/fout vragen

===19 januari 2015 (NM)===
#Mechanismen van restentie en resistentie overdracht. Is resistentie speciesspecifiek? Methoden voor het post-antibioticatijdperk.
#Photosynthese bij purperbacterien, groenzwavelbacteren en cyanobacterien schematisch tekenen en verschillen uitleggen. Linken met morfologie en ecologie.
#8 juist-fout vraagjes
#*Gram-negatieve bactierien zijn vatbaar voor ampicilline en amoxicilline.
#*Ergosterolsynthese is geen goede target voor antifungale drugs.
#*Bij een latente infectie komen er geen virusgenen tot expressie en komen er geen virussen vrij.
#*Het nitrogenasecomplex werkt vooral in anoxische omstandigheden
#*Een hydrogenosoom komt voor bij prokaryoten en oxideert pyruvaat tot AcCoA.
#*...

===19 januari 2015 (VM)===
#koolstofcyclus schematisch tekenen en alle metabole processen uitleggen (reacties zijn niet zo belangrijk)
#Wat is de beste combinatie en slechtste combinatie? flucytosine + polyeen, griseofuline en polyeen, vancomycine en polyeen, en er was dan nog eentje maar die weet ik niet meer
#woordjes uitleggen:
#*exosporium
#*evolutionaire chronometers
#*omgekeerde citroencyclus
#*...

===23 januari 2014===
#Virussen zijn gekenmerkt door een klein genoom. Toch hebben ze alles om te voorzien in hun replicatie. Verklaar aan de hand van enkele voorbeelden. Sommige virussen hebben echter ook eigen polymerase enzymes nodig, identificeer hen aan de hand van de baltimore classificatie.
#Je wordt gevraagd onbekende micro-organismen uit een staal water te identificeren; welke technieken gebruik je en hoe ga je te werk om te kijken of sommigen de mogelijkheid bezitten tot de productie van een fungistatisch middel om het te commercialiseren.
#O2 kan giftig zijn; geef de detoxificatiemechanismen die micro-organismen bezitten om dit te bestrijden

===21 januari 2014===
#de koolstofcyclus en metabole processen
#detoxificatie mechanisme van zuurstofderivaten die door metabole processen geproduceerd worden en dan ne fungus bestrijden met een combinatie.
#combinaties werden gegeven allemaal met myconazol: uitleggen welk het beste werkte en welk het minst.

=== 20 jan 2014 (namiddag) ===
#koolstofcyclus
#mechanismen van detoxificatie
#patient is besmet met Candida, een syntetische azool werkt niet goed. Welke antibiotica mengeling is de beste? Gegeven = telkens een syntetische azool in combinatie met flucytosine, griseofulin, vancomycine, en nog 1 dat ik niet meer weet

===20 januari 2014 voormiddag===
#antibioticaresistentie: hoe, verschillende mechanisme, hoe krijgen we dat in het lichaam
#fungistatische drugs in natuurlijke bodem, hoe herkennen en er uit halen
#virussen: verklaar HxNx, antigendrift en antigenenschift en waarom gaat antigenenschift zo gemakkelijk en baltimoreklassen van influenza + verklaren
#woordjes
#*hopanoide (hier moet ge dat dan vergelijken met sterol in eukaryoten enzo)
#*hydrosoom
#*viroiden
#*endotoxine

=== 31 jan 2012 (voormiddag) ===
# Geef de koolstofcyclus en leg kort alle processen uit die hierin voorkomen. (mondeling)
# Een schema van een cel waarop verschillende delen aangeduid stonden (celwand, membraan, DNA+RNA-synthese, 50S ribosoon-subunit, 30 S ribosoom-subunit). Geef bij elk deel de antibiotica die hierop inwerken en leg, als er meerdere antibiotica bij bij Ã©Ã©n passen, hun actiemechanismen uit.
# Verklaar:
#* Fenol-coÃ«fficiÃ«nt methode
#* Virion
#* Rolling-circle replicatie
#* O-anitgen
#* Fermentatiebalans
#* Anamoxosoom
#* Decimale Reductietijd
#* HopanoÃ¯de

=== 26 jan 2011 (voormiddag) ===

# Anoxigene fotosynthese bij purperbacterien en oxygene bij cyanobacteriÃ«n: Een schets geven en vergelijken.
# Celwandstructuur bij bacteria(grampos en gram negatief)en archaea bespreken en vergelijken. En met welke techniek zou je deze kunnen onderscheiden
# Een patiÃ«nt met een bacteriÃ«le infectie werd behandeld met chloramphenicol maar dit was niet erg werkzaam. Men zou kunnen combineren met vancomycine, tetracycline en cephalosporine. Wat gaat het minst werkzaam zijn? en welk het meeste?

=== 25 jan 2011 (voormiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# Stikstoffixatie: Bespreek en wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# Geef de biochemische werkingsmechanismen van: quinolones, aminoglycosiden, synthetische azolen en sulfonamides

=== 17 jan 2011 (namiddag) ===

# Wat is metagenomics, wat kun je met deze techniek doen en beschrijf de voordelen aan de hand van een creatief (zelfverzonnen)voorbeeld
# nitrificatie, denitrificatie en stikstoffixatie zijn belangrijke processen. Bespreek bondig de reacties en plaats in de stikstofcyclus. Wat heeft zuurstof hiermee te maken?
# vergelijk de opbouw van de celwand van gram positieve en negatieve bacteriÃ«n met behulp van een schema, hoe zou je eenvoudig een onderscheid kunnen maken?

=== 21 jan 2010 ===
# Geef de schematische voorstelling van de anoxigene fotosynthese bij purperbacteriÃ«n en de oxigene fotosynthese bij cyanobacteriÃ«n. Bespreek verschillen, incl. morfologische kenmerken en plaats dit in een algemeen microbiÃ«le context.
# Hoe weet je of een medicijn bacteriostatisch, bacteriolytisch, bacteriocide, fungistatisch, fungicide is. (bijvraag: hoe zou jij dat bepalen als biochemist?) Wat is MIC en hoe bepaal je dat, fenolcoÃ«fficient bespreken. De criteria bespreken voor een medicijn, antiseptica, desinfectans.
# Mexicaanse griep is van het type H1N1. Leg uit wat HxNx is en leg antigene shift en antigene drift uit. Tot welke baltimore klasse behoort influenza.(bijvraag: middelen tegen influenza)

=== 11 jan 2010 ===
# zuurstof kan toxisch zijn voor micro-organisme. Welke reactie zorgen voor de omzetting van deze toxische zuurstof?
# bespreek de biochemische werkingsmechanisme van ampiciline en cephalosporine
# geef alle pathways voor C02 fixatie? (het zijn er btw 8 en geen 5 zoals de meeste denken)
=== 27 jan 2009 ===

# Verklaar:
#* Baltimore classificatie
#* tegument
#* psychrotolerante mesofiel
#* peritrieche flagelaat
# Methanotrofen en methylotrofen, geef energiewinning en koolstof assimilatie
# antifungale drugs; waarom moeilijker te maken dan antibacterieel en bespreek de reactiemechanismen van
=== 23 jan 2009 ===
# C02 fixatie
# hoe ga je te werk om uit een bodemstaal 1) alle micro-organismen te identificeren 2) een fungistatisch metaboliet te zoeken
# Termpjes:
#* aw
#* serine pathway
=== 23 jan 2009 ===
# Een gistcultuur is geÃ¯nfecteerd met cyanobacteriÃ«n. Geef een aantal manieren om weer een zuivere gistcultuur te verkrijgen.
# Juist of fout vragen:
#* S-lagen
#* iets over pseudopeptidoglycaan van Archaea
#* phycobilines
#* de manier van vrijstelling van naakte vs 'enveloped' virussen
#* cephalosporine
# Nitraatreductie. En bespreek deze bij E.coli en Pseudomonas stutzeri.
=== 16 jan 2009 ===
# 5 woorden verklaren:
#* cephalosporine
#* phycobilisoom
#* hepadnavirussen
#* serine pathway
#* wateractiviteit aw
# Waarom is het moeilijker om antiviraal middel te vinden dan een antibacterieel?
# Biogeochemische cycli en stikstof-cyclus
=== 15 jun 2008 ===
# bespreek de acetyl coA pathway en welke organisme gebruiken deze...
# glycocalyx, hydrogenosoom, wateractiviteit, mutualisme, protocooperatie uitleggen
# wat zijn fylogenetische merkers, wat doen ze en geef meerdere voorbeelden en leg uit
=== 13 jun 2008 ===
# Denitrificatie en nitrificatie + waterzuivering
# Hou zou je ALLE organismen in een bodemstaal classificeren en metabolisme nagaan?
# wateractiviteit + welke organismen kunnen tegen lage + oplossing
# Termen:
#* amensalisme
#* protocoÃ¶peratie
#* S.cerevisiae geÃ¯nfecteerd met groen zwavel bacteriÃ«n... hoe los je dit op
#* Verschil groenzwavel- en purperbacteriÃ«n op vlak van productie reducerend vermogen
#* Antibioticaresistentiemechanismen
#* fermentatie...hoe energie en reducerend vermogen verzorgen
#* mutualisme
#* syntrofie
#* verschil antiseptica en desinfectantia
=== 13 jun 2008 ===
# acetyl coA cyclus en welke organismen deze gebruiken
# voorwaarden voor goede fylogenetische merkers en enkele voorbeelden
# begrippen: pleiomorfie,monomorfie,chemostaat,....
=== 10 jun 2008 ===
# penicillines hebben geen effect op Archaea en Gram negatieve bacterien. Juist of fout, leg uit ahv biochemische werking penicilline
# wat is metagenomics, voordelen en toekomstperspectieven in toegepaste microbiologie
# manieren van C02 fixatie
=== 27 aug 2007 ===
# Stel men vraagt je om een antifungaal middel te ontwikkelen tegen gistinfecties bij mensen. Op welke principes zou je dit kunnen baseren en staaf met een voorbeeld. Hoe ga je te werk om te bepalen of je product een bacteriostatische of bacteriocide werking heeft?
# Bespreek bondig de anoxische fotosynthese bij purperbacterieÃ«n
# Wat zijn psychrofiele organismen? Hoe zijn ze aangepast aan hun milieu? Waarin verschillen ze met psychrotolerante organismen?
# Practicumvraag: Geef met behulp van een schema het verschil tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriÃ«n. Met welke technieken kun je beide groepen onderscheiden?
=== 18 jun 2007 ===
# De toxische producten die vanuit zuurstof gevormd worden en hoe de cel die onschadelijk maakt.
# Geef alle manieren om CO2 te fixeren.
# Termen:
#* chemostaat
#* glycocalyx
#* micronutrienten
#* macronutrienten
#* hydrogenosoom
#* monomorfisch
#* pleiomorfisch
=== 15 jun 2007 ===
# Leg de structuur en de werking van de bacteriÃ«le flagel uit en bespreek chemotaxis.
# Hoe gaat u te werk om te bepalen of een stof een bacteriostatische of bactericide werking heeft?
# Vergelijk de energie en reducerend vermogen vorming bij fototrofen en fermentatie.

=== 11 jun 2007 ===
# bespreek de vorming en structuur van endosporen, welke zijn de voordelen hiervan voor de overleving van de bacterie en hoe moeten we daar mee omgaan als we de groei van zulde organismen willen onder controle houden
# ken je manieren voor incorporatie van C02, zoja welke en beschrijf bondig de pathways
# stel je hebt een bodemstaal met daarin nieuwe 'ongekende' organismen, beschrijf hoe je te werk zou gaan om deze te identificeren en welke manieren je zou gebruiken voor de classificatie

=== 11 jun 2007 ===
# Hoe onstaat resistentie tegen antibiotica bij micro-organismen? Bespreek de verschillende mechanismen van resistentie. In een post-antibiotica tijdperk, welke methoden zou je gebruiken om bacteriele infecties tegen te gaan?
# Bespreek de verschillende methodes die micro-organismen hebben om zich te beschermen tegen toxische zuurstof producten (door fotochemische reacties ontstaan).
# Wat zijn biogeochemische cycli? Bespreek aan de hand van een schematische voorstelling van de koolstof cyclus.

Algemene Natuurkunde I

2022-06-18T07:59:52Z

R0893093:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Fysica van eerste jaar biochemie en chemie. Vroeger een jaarvak met deelexamen in januari, vanaf 2018-2019: jaarvak met alleen in juni examen, voor dit examen krijg je 3 uur de tijd. Beide examens zijn volledig schriftelijk. Werd Gedoceerd door Roger Silverans. De docent voor dit vak sinds 2012 is Antoine(Toine) van Proeyen. Sinds 2018-2019 wordt het gedoceerd door Enrico Carlon (eerste semester) en Thomas Van Riet (tweede semester). Er zijn 2 delen van het examen (theorie & oefeningen). Het theorie deel zijn multiple choice vragen waarbij je al dan niet een uitleg moet bij geven (giscorrectie) elke vraag op 1 punt. Het oefeningen deel zijn 4 oefeningen elk op 5 punten.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen juni==
===17 juni 2021===
#Verklaar waarom astronauten gewichtloosheid ervaren. (2 punten)
#Een persoon springt spontaan de lucht in, worden impuls en energie behouden? (2 punten)
#Een snaar van 1 meter met µ=3,14 g/m heeft een spankracht van 100N. De diameter van de snaar is 2mm. Wat is de golflengte bij de grondfrequentie? (2 punten)
#Een massa 2M vliegt recht omhoog, op hoogte h ontploft deze massa waarbij hij in 2 delen van massa M splitst, met energie E. 50% van deze energie gaat verloren en warmte, de rest wordt omgezet in horizontale energie. De massa's M hun maximum hoogte is 2h. Hoever landen de 2 delen M uit elkaar? (5 punten)
#Je hebt een cylindrisch vat met een rechthoekige opening met breedte w, de hoogtes worden gegeven door d1 en d2 (gemeten van de bovenkant van het vat). Geef een formule voor het debiet dat in eerste instantie uit het vat stroomt. Je mag het zakken van het vloeistof niveau hierbij verwaarlozen. (4 punten)
#Geef de maximum snelheid v waarmee een auto (met massa m) een bocht kan maken (straal r) zonder uit de bocht te vliegen. (1.5 punt)
##Indien men de bocht hellend maakt, geef een formule voor de minimum hoek die nodig is voor een v groter dan die uit vraag 1. (3.5 punten) (Example 5.15 boek)
===25 juni 2020===
#als je rechts draait in een felle bocht met een auto , draait de heliumballon die in de auto is dan...
#*mee naar rechts tov de auto
#*naar links tov van de auto
#*de ballon verplaatst zich niet tov de auto
#als een sirene weg rijdt van je, hou verhouden de decibel zich tov de 'geluidsterkte' (intensiteit)
#*decibel neemt kwadratisch af en geluidsterkte logaritmisch af
#*decibel neemt logaritmisch af en geluidsterkte neemt ook af op andere wijze
#*decibel neemt logaritmisch af en geluidsterkte logaritmisch af
#*decibel neemt kwadratisch af en geluidsterkte kwadratisch af
#bereken de golflengte van een gitaarsnaar die een Fspan= 100N, en de snaar is 10cm lang en 22m diameter.
##bereken ook voor deze snaar wat de golflengte is , moest je een octaaf hoger klinken
#pendulum vraag, bereken v wanneer de slinger hoogte 0 heeft en de slinger werd op hoogte h losgelaten , met beginsnelheid=0. De lengte van de slinger is l. de slinger heeft een balletje met massa m.
##bereken nu de arbeid die verricht is geweest door de slinger als er een wrijvingskracht op uitgeoefend werd.
#Venturi effect; formule afleiden via continuiteit bij fluida (BEWIJS)[http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbase/Fluids/venturi.html]
##nu, toepassen op een venturi buis die water en olie bevatte op een bepaalde hoogte (zie google opzoeke, meest bekend voorbeeld); dan invullen voor die hoogte en v1 en v2 zo afleiden
#golfvergelijking gegeven in de vorm van psi=A* (sin(αθ) + i cos(αθ)) (met bereik = 0 tot 2π)
##geef de waarschijnlijke locatie van het deeltje
##bereken de waarde van de amplitude A
##moeten er bepaalde bestaansvoorwaarden voor α zijn?

===18 juni 2020===
#Zouden atomen stabiel kunnen zijn zonder de kwantumfysica? Leg uit. (2pt)
#Een persoon gaat een "spacewalk" maken maar haar kabel breekt. Het enige dat ze bij heeft is een zaklamp. Uit de lessen fysica van vroeger herinnert ze zich dat fotonen een impuls hebben, ze schijnt daarom met de zaklamp in de tegengestelde richting (dus weg van het ruimteschip) om terug aan boord te geraken. Is haar redenering correct? Is dit de beste manier om terug bij het schip te geraken? (2pt)
#Nog 1 ja/nee vraag met uitleg geven. (1pt)
#Er was een vraag dat ge met krachten enzo moest uitleggen waarom het ruimtestation in een film ronddraait. En dan moest ge nog berekenen hoeveel rondjes per minuut het station moest draaien om de zwaartekracht op aarde na te bootsen, de straal van het station was 40m. (Het was zo een ruimteschip zoals in de foto in link)[https://i.pinimg.com/originals/9a/da/f9/9adaf9a402818747c173ce744738931d.jpg] (5pt)
#Opstelling zoals foto (in link). h1 en de dichtheid van de olie is gegeven. Bereken (h2 ) het hoogteverschil tussen de twee wateroppervlakten. [https://drive.google.com/file/d/1Du-mrA16d1ZfSqJtfYmNcKFWH69Vjf-w/view?usp=sharing] (5pt)
#Opstelling zoals foto (in link). Een persoon wil trainen met gewichten. Er hangen twee gewichten van elk 30kg aan een homogene staaf van 3m lang (de massa van de staaf weet ik niet meer). De persoon wilt graag meer gewicht. Ze doet dit door eerst links en pas daarna rechts een nieuw gewicht extra bij te hangen (het gaat dus over het moment dat er enkel links een extra gewicht hangt en het systeem dus nét nog in evenwicht staat). Hoeveel mag een nieuw gewicht maximaal wegen om het systeem niet te laten kantelen? Voor de afstand van het nieuwe gewicht mag dezelfde afstand als het andere gewicht genomen worden. [https://drive.google.com/file/d/1-1SH0RiI8OQBJzpYY3leS_XEw-p_FXHo/view?usp=sharing] (5pt)

===10 juni 2020===
#Een deeltje met lading e dat zich in een magnetisch veld B ⃗ bevindt, er ontstaat een Lorentzkracht F ⃗ die voldoet aan F ⃗=ev ⃗×B ⃗. Met v ⃗ de snelheid van het deeltje. Als nu een deeltje door een constant magnetisch veld beweegt, dan zal de grootte van de snelheid:
#*Altijd afnemen
#*Altijd toenemen
#*Toenemen of afnemen afhankelijk van de hoek tussen de initiële snelheid & het magnetisch veld
#*Hetzelfde blijven
#Een organisatie van mensen beweert dat er nooit een mens op de maan is geweest, dat het niet mogelijk is om aan ruimtevaart te doen. Er kan nooit aan de zwaartekracht ontsnapt worden: de potentiële energie ten gevolge van de zwaartekracht is gelijk aan m.g.h, waarbij m de massa van de raket is, g de valversnelling & h de hoogte. Als je aan de zwaartekracht wil ontsnappen zou de hoogte naar oneindig moeten gaan, waarvoor ook oneindig veel energie voor nodig is. Waar zit de fout in hun redenering?
#Je staat op de zuidpool & richt een raket naar de noordpool, de motor is afgesteld zodat de raket op dezelfde hoogte boven het aardoppervlak naar zijn doel beweegt. Wat is het effect van de Corioliskracht?
#*De raket zal afwijken & het doel niet bereiken
#*De raket zal de noordpool bereiken via een spiraalvormige kromme zoals gezien door iemand op het aardoppervlak
#*De raket zal de noordpool bereiken via een spiraalvormige kromme zoals gezien vanuit iemand buiten de aarde die stilstaat ten opzichte van de rotatiebeweging van de aarde rond haar as
#*De raket zal de noordpool bereiken in een rechte lijn (langs het aardoppervlak) zoals gezien door iemand op het aardoppervlak
#Een hypothetisch deeltje met dezelfde lading & massa als een elektron, met het verschil dat het spin 2 heeft. Beschouw een atoom met atoomgetal Z. Hoeveel hypothetische deeltjes kunnen in de K-schil?
#Welke uitspraak is correct?
#*Een ‘do’ beschouwen we als grondfrequentie, alle veelvouden van die frequentie zijn ook ‘do’s’ maar in een ander octaaf
#*Het verschil in frequentie tussen 2 opeenvolgende noten is onafhankelijk van het octaaf
#*Een buik van een hogere ‘do’ komt overeen met een buik van een lagere ‘do’
#*Een knoop van een hogere ‘do’ komt overeen met een knoop van een lagere ‘do’
#Een blok met massa van 82 gram wordt horizontaal afgeschoten door een veer met constante k = 200 N/m, 15 cm in te duwen. Nadat de blok loskomt, schuift het over een horizontaal vlak met wrijvingscoëfficiënt μ = 0,27 dat 85 cm lang is. Het vlak gaat over in een wrijvingsloze helling, hoeveel cm schuift het blok terug over het vlakke deel met wrijving? Leg uit waar het blok tot stilstand komt.
#Een frisbee met diameter 2,3 cm met massa 102 gram. De helft van de massa is homogeen over de schijf verdeeld, de andere helft is geconcentreerd op de buitenrand van de schijf. Wat is het traagheidsmoment van de frisbee? Als je met je pols een draaibeweging geeft van een kwart-draai (over 90°) met een constant krachtmoment, hoe groot moet dat krachtmoment zijn opdat de frisbee zou draaien tegen 450 toeren per minuut?
#Water valt uit een kraan naar beneden op een niet turbulente constante manier. Toon aan dat de diameter van de vallende kolom water gegeven is door de formule:
'''d=d0((v0^2)/(v0^2+2gh))^(1/4)''' met
#*d0: diameter opening van de kraan
#*v0: snelheid van het water net buiten de kraan
#*h: afstand van de kraan tot waar d gemeten wordt

===20 juni 2019===
#Een asteroïde met massa m bevindt zich op een hoogte H boven de baan van Jupiter met straal r en massa M.
##Bereken de potentiële gravitationele energie wanneer de asteroïde zich op hoogte H bevindt
##Bereken de potentiële gravitationele energie wanneer de asteroïde zich in de baan bevindt.
##Op hoogte H heeft de asteroïde een snelheid van 2.0 m/s. Bereken de snelheid in de baan.µ
#Een blokje glijdt op een cirkelbaan met straal r die vaststaat op de grond. Er is geen wrijving.
##Op welke hoogte valt het blokje? Tip: dit is wannneer de normaalkracht wegvalt.
##Wat is de snelheid op dit moment?
#Elektronen in een 3d-orbitaal worden vervangen door deeltjes met spin 1 en massa x-aantal keer die van het elektron. Welke kwantumgetallen zijn mogelijk en hoeveel zijn het er?
#Een aardbevingsgolf beweegt met snelheid 410 km/s en frequentie 0.60 hZ.
##Welke minimale amplitude is nodig zodat voorwerpen net van de grond komen? De aardbevingsgolf vindt 10 seconden plaats.
##Een tweede golf ontstaat in een punt 3OO km ten noordwesten van de eerste golf, 1.3 s na de eerste. Wanneer bereikt dit tweede punt voor het eerst haar maximale uitwijking?

===21 juni 2018===
#Afleiding equation of continuity
#Afleiding vergelijking van Bernouilli (+uitleggen waar deze nu precies voor staat en wat je eruit kan afleiden)
#Oefening over impulsmoment van elektron zie 19 juni 2014
#Oefening traagheidsmoment molecule H2O langs twee assen (staat in het boek)
#Hoe kan je de hoogte van een gebouw bepalen adhv een slinger?
#Oefening over twee golven met dezelfde amplitude etc waarvan de ene een dubbel zo grote golflengte heeft dan de andere en dan bepalen welke de grootste hoeveelheid energie verplaatst

=== 25 juni 2015 ===
#oefening over behoud van momentum
#fotoelektrisch effect en alle formules afleiden (H37)
#en dan de wiskundige vergelijking van de golf geven en dan de condities wanneer ze SHM was en dan periode, frequentie en golflengte daarvan afleiden
#2 stellingen: 'als er wind is zal je het geluid dan luider horen' en dan nog eentje over 'kan een kind meegezogen worden met een snelle trein'

===25 jun 2014 ===
Vraag 1:
Bij beta verval valt een atoom uiteen in een elektron en een terugslagkern, deze volgen na splitsing echter geen 'rechte lijn' dit schaadt echter een principiële wet van de mechanica.
#Welke wet?
#Teken en leg uit
#Hieruit volgt dat er nog een partikel wordt uitgestoten (een neutrino) toon aan op de tekening dat dit zo is en leg uit.

Vraag 2:
Archimedes; afleiden van een formule en nog enkele meerkeuzevraagjes (drijft het/ drijft het niet)

Vraag 3:
Lorentztransformatie x=x' y=y' z=a(z'+vt')
#Vind de omgekeerde formules, gebruik c,
#Leid a af
#Leid de formule van de lengtecontractie af

Vraag 4:
een gietijzeren standbeeld (100kg) op een koperen plaat (60kg d=0.1 en S= 0.70 m^2) staan op een glazen helling van 30 graden
#Bereken de wrijving van gietijzer op koper
#Bereken de wrijving van koper op glas (de Mu's zijn gegeven)
#Bereken delta l die de wrijving veroorzaakt (de modulus G is gegeven)

===19 jun 2014 ===
Vraag 1:
#Impulsmoment van een elektron is sqrt(3/4)hbar.
#Verklaar met theoretische achtergrond.
#Bereken hoeksnelheid en snelheid van een punt op de rand (massa en straal gegeven).
#Oplossing is in de grootte-orde van 10^13. Bespreek.

Vraag 2:
#Geef het arbeid-energie theorema
Situatie: blok naar boven duwen zodat die boven op een helling geraakt.
#Teken en benoem al de krachten.
#Bereken de grootte van alle krachten.
#Bereken de arbeid geleverd door alle krachten.
#Bereken de beginsnelheid die nodig is om het blok boven te krijgen.
#Is de berekende snelheid dezelfde als de eindsnelheid die het blok zou bereiken moest het van boven losgelaten worden?

Vraag 3:
Situatie: platform met luidspreker beweegt naar muur toe. Persoon op het platform hoort zwevingen met een frequentie van x Hz. Uitzendfrequentie is gegeven.
#Wat is de frequentie van een zweving als functie van f1 en f2.
#Bereken de frequentie gehoord aan de muur.
#Bereken de frequentie gehoord door de persoon op het platform nadat die teruggekaatst is door de muur.
#Bereken de snelheid van het platform.

Vraag 4:
#Verklaar dat de beweging van een zuiger op een wiel ongeveer eenvoudig harmonisch is.

===14 jun 2012 (namiddag)===
Theorie:
# leg het gedachte-experiment van lorent-einstein uit
# andere 3 kleine theorie vragen worden nog gepost
Oef:
# bepaal de wrijvingscoefficient van een een gelijkbenige 3hoek met de grond, deze houdt het water tegen langs 1 kant (net zoals in oefenzitting met die trapezium)
# beeld op een koper plaat, op een glazen 3hoek
#* wrijvingskracht beeld met plaat
#* wrijvingskracht plaat met 3hoek
#* vervorming van plaat door de krachten, uw x bepalen

===14 jun 2012 (voormiddag)===
Theorie:
# Gedwongen oscillatie: bewegingsvgl afleiden, energie en energieoverdracht bespreken en formules afleiden, uitleggen wat energieresonantie is.
# Een slinger bestaat uit een staaf met masse m en lengte l. We hangen er een klein bolletje met massa 2m aan. Hoe verandert de periode?
# Bespreek hoe geluid getransporteerd wordt in een 'telefoon' bestaande uit 2 bekers met een gespannen draad ertussen.
# Je zit in een treinwagon zonder ramen die volledig geluidsloos is. Is er een fysisch experiment om te weten dat je rijdt?
Oef:
# Een ader is vernauwd: bespreek of de snelheid van het bloed stijgt of daalt. De snelheid van het bloed wordt gemeten door ultrasone golven in te late nvallen op de bloedcellen onder een hoek van 45 graden. Bereken de bloedsnelheid uit de beatfrequentie, de geluidssnelheid en de frequentie van de uitgezonden golven.
# Een wasbak wordt overgeheveld in een emmer: bereken de uitstroomsnelheid, de tijd nodig om de wasbak leeg te laten lopen en leg uit of de uitstroomsnelheid constant blijft.

=== 21 juni 2011 ===
Theorie:
#golf in een gaskolom tekenen + gegevens aanduiden om geluidssnelheid te berekenen in die kolom en die dan ook afleiden.
#E=mc² afleiden uit relatieve massa en versnellingsarbeid op die massa.
Oefeningen:
#Golven
#hydronamica

=== 16 juni 2011===
Theorie:
#bespreek de ionische binding van diatomische moleculen.
#bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
#gedempte trilling: geef de bewegingsvergelijking en schets de grafiek
#Aan een massa met verwaarloosbaar volume worden heliumballonen gehangen. Hoeveem ballonen zijn er nodig om de massa van de grond te laten komen?

=== 22 juni 2010 ===
Theorie:
# Geef bewegingsvgl van gedwongen oscillatie en bespreek energieresonantie en energieoverdracht.
# Bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
# Staaf die breekt bij bepaalde spanning. Geef lengte staaf (massadichtheid, hoeksnelheid en breekspanning gegeven)
# Blok uit mengsel goud en ijzer. Bereken verhouding ijzer/goud. (massadichtheden, gewicht en ? gegeven)
=== 21 juni 2010 ===
Theorie
# Bespreek diatomische ionische binding
# Leid via de tekening Lorentz-Einstein transformatieformumes voor plaats en tijd af. Leid vervolgens de snelheid af
=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
# Bespreek de energie en krachten bij een torsieveer. Beweging van een torsieslinger bespreken.
# Kwantumfysica: geef de postulaten van Bohr en leidt hieruit de baanstraal en de energieën af.
Oefeningen:
# Dopplereffect gebruikt om de snelheid van het hart van een foetus te meten.
# Hydrostatica: Een vlot heeft een bep diepte in het water, dieper wanneer er een gewicht op wordt geplaatst; hoeveel is de massa.

=== 12 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewegingsvergelijking opstellen van een gedwongen harmonische trilling. Bespreek ook energieptransport en energieresonantie.
# Bespreek de invloed van de zwaartekracht op fluïda. Bereken ook de grootte van de opwaartse stuwkracht dat een ondergedompeld voorwerp ondervindt.
Oefeningen:
# Golven: iets met een stemvork op het einde van een halfopen buis, verstelbaar in lengte.
# Hydrodynamica: iets met een fontein op een heuvel, het water werd aangepompt met een buis (laminaire stroming).

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Energie en energietransport in een mechanische harmonische golf.
# Golfgedrag van materiedeeltjes bespreken en daar onzekerheidrelatie van impuls op toepassen + tunneleffect verklaren.

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewijzen dat een coulomkrachtveld een conservatief krachtveld is en daaruit de potentiele energie bepalen + Bereken(klassiek) de energie van atomaire elektronen.
# Bespreek het Doppler effect.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Gedwongen harmonische oscillatie. Leid af en bespreek. Energie en energieresonantie.
# Hydrodynamische krachten bespreken. Val beweging in fluïdum bespreken.
Oefeningen:
# Berekenen van lengte van een staaf die draait. Waarvan brekingsconstante, hoeksnelheid en dichtheid gegeven is.
# Volledig ondergedomdeld object met gewicht 15N ondergaat opwaartse kracht van 1N. Object bestaat uit goud en ijzer. Rho ijzer en goud gegeven, bereken totaal volume object en massa goud en ijzer in het object.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Longitudinale golven in een staaf: analyseer, en bepaal de golfsnelheid.
# Bij onderdompeling ontstaat er een opwaartse kracht, leg uit en interpreteer.
Oefeningen:
# Iets met stok aan een veer waarvan enkel de k en de m gegeven zijn: bereken de frequentie.
# Letterlijke toepassing venturimeter.

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# Laminaire stroming en afleiden van volume gradient.
# Wiskundige voorstelling van golven, uitleggen i.v.m. harmonische golven.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# De interatomaire krachten van een diatomische ionische binding: welke eigenschap heeft deze?
# Het gedachten-experiment van de transformatieformules.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 22 jun 2006 ===
Theorie:
# Leidt af: energie en E-transport in mechanische harmonische golf.
# Water:
#* Leidt de zwaartekrachtinvloed op hydrostatische druk af.
#* Bereken en interpreteer de archimedeskracht.
Denkvragen:
# Je kan met een rietje door uw helm drinken op de maan, gaat dat moeilijker/makkelijker/even makkelijk als op aarde?
# Heliumballonnen, je blaast ertussen, gaan ze naar elkaar toe/van elkaar weg?
Oefeningen:
# Satelliet, je hebt de korte straal en de snelheid daar (8000km en 9km/s), bereken den hoek tss de v-vector als r=20000km.
# Twee boxen op 2m van elkaar, beide 880Hz in fase.
#* Als ge van A naar B gaat, op welke plaatse hebt ge dan destructieve en constructieve interferentie?
#* Onder een bepaalde frequentie zal der buite den as A-B geen destructieve interferentie meer zijn, wat is die drempelwaarde?

=== 14 jun 2006 ===
Theorie:
# Kwantum:
#* Bespreek golfeigenschappen van materie, en verband onbepaaldheidsrelatie x en p.
#* Tunneleffect
# Stroming:
#* Laminaire stroming in buis: NIET bewijzen, maar van de snelheidsprofiel het volumedebiet bespreken en drukverloop..
#* Niet mechanische, mechanische, energie, verlies,...
Denkvragen:
# Ruimteschip brengt blok ijzer naar andere planeet met veel grotere atmosfeerdruk. Wat geef relatie tss drukverschil en vervorming?
#* Elasticiteitsmodulus
#* Afschuifmodulus
#* Compressiemodulus
#* Drukmodulus
# 2 He balonnen op 1 à 2 cm van elkaar, zijn aan een tafel vastgemaakt met koorden. Je blaast erdoor, wat gebeurt er met de balonnen?
#* Ze gaan naar elkaar toe.
#* Ze gaan van elkaar weg.
#* Niets.
Oefeningen:
# Blokje ijzer tussen twee lagen, vanboven water, vanonder kwik, blokje = cubus 10cm, hoe hoog is gedeelte da uitsteekt boven hg? (ro FE = 7.7 kg/dm³).
# Twee geluidsbronnen, f=880hz, v=340m/s, A (x=0, y=0) , B( x = 0, y=2)
#* Waar is constructieve interferentie?
#* Waar is destructieve interferentie?
#* Wat is de drempelfrequentie opdat er geen of wel destructieve interferentie zou optreden?
=== 15 jun 2012 ===
Theorie:
# Vergelijking Klassiek en Quantummodel van di-atomische moleculen:
#* Rotatie- en vibratie-energie klassiek diatomisch molecule geven.
#* Laagste energie van een kwantumharmonische oscillator geven.
#* Verschillen tussen klassiek en quantummechanisch model (3 geven).
#* Energieniveaus nader uitleggen.
#* De eigenschappen van moleculen geven die via opmeting van deze energieën gevonden kunnen worden.
Denkvragen:
# veer met massa t.o.v. massaloze veer, het verschil T en f inschatten.
# Trilt een harmonische golf met dezelfde frequentie als de bron? ja/nee + waarom.
# bewijs dat de snelheid van het geluid nauwelijks afhangt van de frequentie
Oefeningen:
#a) Standbeeld op een koperen sokkel op een glazen helling.
*Gegeven: M(standbeeld), M(blok), statische wrijvingscoëfficient tussen zowel standbeeld-sokkel als sokkel-helling en de afschuifconstante G van de sokkel
*Bereken: 1) De maximale hoek theta van de helling zodat het ding niet in duigen valt
*2) Met de hiervoor berekende hoek de wrijvingskracht tussen het standbeeld en het blok vinden
*3) De verschoven afstand van het bovenvlak t.o.v. het ondervlak
# Gegeven een kraan die loopt, de diameter van de straal neemt naar onderen van de kraan weg;
*met aanname dat de beginsnelheid v0 is een theoretische formule opstellen die het vernauwen van de straal beschrijft (diameter = f(y-coordinaat), assenstelsel zelf in te voeren)

==Examenvragen september==

=== 30 aug 2010 ===
Theorie:
# Rotatie rond vaste as: Rotationele arbeid, kinetische rotatie energie.
# Oppspanning en Ep energie linken mbv potentiële energie curves, capillariteitsdruk in bel uitleggen.
Oefeningen:
# Kinematica & Newton-mechanica
# Golven.

=== 23 aug 2008 ===
Theorie:
# Zuiver rolbeweging: kinematica en dynamica mbv van n voorbeeld naar keuze.
# Ppp. pot. energie, cohesiedruk, opp.spanning en capilariteit uitleggen.
Oefeningen:
# Statica.
# Golven.

Algemene Natuurkunde I

2022-06-18T07:56:17Z

R0893093:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Fysica van eerste jaar biochemie en chemie. Vroeger een jaarvak met deelexamen in januari, vanaf 2018-2019: jaarvak met alleen in juni examen, voor dit examen krijg je 3 uur de tijd. Beide examens zijn volledig schriftelijk. Werd Gedoceerd door Roger Silverans. De docent voor dit vak sinds 2012 is Antoine(Toine) van Proeyen. Sinds 2018-2019 wordt het gedoceerd door Enrico Carlon (eerste semester) en Thomas Van Riet (tweede semester). Er zijn 2 delen van het examen (theorie & oefeningen). Het theorie deel zijn multiple choice vragen waarbij je al dan niet een uitleg moet bij geven (giscorrectie) elke vraag op 1 punt. Het oefeningen deel zijn 4 oefeningen elk op 5 punten.

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Examenvragen juni==
===17 juni 2021===
#Verklaar waarom astronauten gewichtloosheid ervaren. (2 punten)
#Een persoon springt spontaan de lucht in, worden impuls en energie behouden? (2 punten)
#Een snaar van 1 meter met µ=3,14 g/m heeft een spankracht van 100N. De diameter van de snaar is 2mm. Wat is de golflengte bij de grondfrequentie? (2 punten)
#Een massa 2M vliegt recht omhoog, op hoogte h ontploft deze massa waarbij hij in 2 delen van massa M splitst, met energie E. 50% van deze energie gaat verloren en warmte, de rest wordt omgezet in horizontale energie. De massa's M hun maximum hoogte is 2h. Hoever landen de 2 delen M uit elkaar? (5 punten)
#Je hebt een cylindrisch vat met een rechthoekige opening met breedte w, de hoogtes worden gegeven door d1 en d2 (gemeten van de bovenkant van het vat). Geef een formule voor het debiet dat in eerste instantie uit het vat stroomt. Je mag het zakken van het vloeistof niveau hierbij verwaarlozen. (4 punten)
#Geef de maximum snelheid v waarmee een auto (met massa m) een bocht kan maken (straal r) zonder uit de bocht te vliegen. (1.5 punt)
##Indien men de bocht hellend maakt, geef een formule voor de minimum hoek die nodig is voor een v groter dan die uit vraag 1. (3.5 punten)
===25 juni 2020===
#als je rechts draait in een felle bocht met een auto , draait de heliumballon die in de auto is dan...
#*mee naar rechts tov de auto
#*naar links tov van de auto
#*de ballon verplaatst zich niet tov de auto
#als een sirene weg rijdt van je, hou verhouden de decibel zich tov de 'geluidsterkte' (intensiteit)
#*decibel neemt kwadratisch af en geluidsterkte logaritmisch af
#*decibel neemt logaritmisch af en geluidsterkte neemt ook af op andere wijze
#*decibel neemt logaritmisch af en geluidsterkte logaritmisch af
#*decibel neemt kwadratisch af en geluidsterkte kwadratisch af
#bereken de golflengte van een gitaarsnaar die een Fspan= 100N, en de snaar is 10cm lang en 22m diameter.
##bereken ook voor deze snaar wat de golflengte is , moest je een octaaf hoger klinken
#pendulum vraag, bereken v wanneer de slinger hoogte 0 heeft en de slinger werd op hoogte h losgelaten , met beginsnelheid=0. De lengte van de slinger is l. de slinger heeft een balletje met massa m.
##bereken nu de arbeid die verricht is geweest door de slinger als er een wrijvingskracht op uitgeoefend werd.
#Venturi effect; formule afleiden via continuiteit bij fluida (BEWIJS)[http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbase/Fluids/venturi.html]
##nu, toepassen op een venturi buis die water en olie bevatte op een bepaalde hoogte (zie google opzoeke, meest bekend voorbeeld); dan invullen voor die hoogte en v1 en v2 zo afleiden
#golfvergelijking gegeven in de vorm van psi=A* (sin(αθ) + i cos(αθ)) (met bereik = 0 tot 2π)
##geef de waarschijnlijke locatie van het deeltje
##bereken de waarde van de amplitude A
##moeten er bepaalde bestaansvoorwaarden voor α zijn?

===18 juni 2020===
#Zouden atomen stabiel kunnen zijn zonder de kwantumfysica? Leg uit. (2pt)
#Een persoon gaat een "spacewalk" maken maar haar kabel breekt. Het enige dat ze bij heeft is een zaklamp. Uit de lessen fysica van vroeger herinnert ze zich dat fotonen een impuls hebben, ze schijnt daarom met de zaklamp in de tegengestelde richting (dus weg van het ruimteschip) om terug aan boord te geraken. Is haar redenering correct? Is dit de beste manier om terug bij het schip te geraken? (2pt)
#Nog 1 ja/nee vraag met uitleg geven. (1pt)
#Er was een vraag dat ge met krachten enzo moest uitleggen waarom het ruimtestation in een film ronddraait. En dan moest ge nog berekenen hoeveel rondjes per minuut het station moest draaien om de zwaartekracht op aarde na te bootsen, de straal van het station was 40m. (Het was zo een ruimteschip zoals in de foto in link)[https://i.pinimg.com/originals/9a/da/f9/9adaf9a402818747c173ce744738931d.jpg] (5pt)
#Opstelling zoals foto (in link). h1 en de dichtheid van de olie is gegeven. Bereken (h2 ) het hoogteverschil tussen de twee wateroppervlakten. [https://drive.google.com/file/d/1Du-mrA16d1ZfSqJtfYmNcKFWH69Vjf-w/view?usp=sharing] (5pt)
#Opstelling zoals foto (in link). Een persoon wil trainen met gewichten. Er hangen twee gewichten van elk 30kg aan een homogene staaf van 3m lang (de massa van de staaf weet ik niet meer). De persoon wilt graag meer gewicht. Ze doet dit door eerst links en pas daarna rechts een nieuw gewicht extra bij te hangen (het gaat dus over het moment dat er enkel links een extra gewicht hangt en het systeem dus nét nog in evenwicht staat). Hoeveel mag een nieuw gewicht maximaal wegen om het systeem niet te laten kantelen? Voor de afstand van het nieuwe gewicht mag dezelfde afstand als het andere gewicht genomen worden. [https://drive.google.com/file/d/1-1SH0RiI8OQBJzpYY3leS_XEw-p_FXHo/view?usp=sharing] (5pt)

===10 juni 2020===
#Een deeltje met lading e dat zich in een magnetisch veld B ⃗ bevindt, er ontstaat een Lorentzkracht F ⃗ die voldoet aan F ⃗=ev ⃗×B ⃗. Met v ⃗ de snelheid van het deeltje. Als nu een deeltje door een constant magnetisch veld beweegt, dan zal de grootte van de snelheid:
#*Altijd afnemen
#*Altijd toenemen
#*Toenemen of afnemen afhankelijk van de hoek tussen de initiële snelheid & het magnetisch veld
#*Hetzelfde blijven
#Een organisatie van mensen beweert dat er nooit een mens op de maan is geweest, dat het niet mogelijk is om aan ruimtevaart te doen. Er kan nooit aan de zwaartekracht ontsnapt worden: de potentiële energie ten gevolge van de zwaartekracht is gelijk aan m.g.h, waarbij m de massa van de raket is, g de valversnelling & h de hoogte. Als je aan de zwaartekracht wil ontsnappen zou de hoogte naar oneindig moeten gaan, waarvoor ook oneindig veel energie voor nodig is. Waar zit de fout in hun redenering?
#Je staat op de zuidpool & richt een raket naar de noordpool, de motor is afgesteld zodat de raket op dezelfde hoogte boven het aardoppervlak naar zijn doel beweegt. Wat is het effect van de Corioliskracht?
#*De raket zal afwijken & het doel niet bereiken
#*De raket zal de noordpool bereiken via een spiraalvormige kromme zoals gezien door iemand op het aardoppervlak
#*De raket zal de noordpool bereiken via een spiraalvormige kromme zoals gezien vanuit iemand buiten de aarde die stilstaat ten opzichte van de rotatiebeweging van de aarde rond haar as
#*De raket zal de noordpool bereiken in een rechte lijn (langs het aardoppervlak) zoals gezien door iemand op het aardoppervlak
#Een hypothetisch deeltje met dezelfde lading & massa als een elektron, met het verschil dat het spin 2 heeft. Beschouw een atoom met atoomgetal Z. Hoeveel hypothetische deeltjes kunnen in de K-schil?
#Welke uitspraak is correct?
#*Een ‘do’ beschouwen we als grondfrequentie, alle veelvouden van die frequentie zijn ook ‘do’s’ maar in een ander octaaf
#*Het verschil in frequentie tussen 2 opeenvolgende noten is onafhankelijk van het octaaf
#*Een buik van een hogere ‘do’ komt overeen met een buik van een lagere ‘do’
#*Een knoop van een hogere ‘do’ komt overeen met een knoop van een lagere ‘do’
#Een blok met massa van 82 gram wordt horizontaal afgeschoten door een veer met constante k = 200 N/m, 15 cm in te duwen. Nadat de blok loskomt, schuift het over een horizontaal vlak met wrijvingscoëfficiënt μ = 0,27 dat 85 cm lang is. Het vlak gaat over in een wrijvingsloze helling, hoeveel cm schuift het blok terug over het vlakke deel met wrijving? Leg uit waar het blok tot stilstand komt.
#Een frisbee met diameter 2,3 cm met massa 102 gram. De helft van de massa is homogeen over de schijf verdeeld, de andere helft is geconcentreerd op de buitenrand van de schijf. Wat is het traagheidsmoment van de frisbee? Als je met je pols een draaibeweging geeft van een kwart-draai (over 90°) met een constant krachtmoment, hoe groot moet dat krachtmoment zijn opdat de frisbee zou draaien tegen 450 toeren per minuut?
#Water valt uit een kraan naar beneden op een niet turbulente constante manier. Toon aan dat de diameter van de vallende kolom water gegeven is door de formule:
'''d=d0((v0^2)/(v0^2+2gh))^(1/4)''' met
#*d0: diameter opening van de kraan
#*v0: snelheid van het water net buiten de kraan
#*h: afstand van de kraan tot waar d gemeten wordt

===20 juni 2019===
#Een asteroïde met massa m bevindt zich op een hoogte H boven de baan van Jupiter met straal r en massa M.
##Bereken de potentiële gravitationele energie wanneer de asteroïde zich op hoogte H bevindt
##Bereken de potentiële gravitationele energie wanneer de asteroïde zich in de baan bevindt.
##Op hoogte H heeft de asteroïde een snelheid van 2.0 m/s. Bereken de snelheid in de baan.µ
#Een blokje glijdt op een cirkelbaan met straal r die vaststaat op de grond. Er is geen wrijving.
##Op welke hoogte valt het blokje? Tip: dit is wannneer de normaalkracht wegvalt.
##Wat is de snelheid op dit moment?
#Elektronen in een 3d-orbitaal worden vervangen door deeltjes met spin 1 en massa x-aantal keer die van het elektron. Welke kwantumgetallen zijn mogelijk en hoeveel zijn het er?
#Een aardbevingsgolf beweegt met snelheid 410 km/s en frequentie 0.60 hZ.
##Welke minimale amplitude is nodig zodat voorwerpen net van de grond komen? De aardbevingsgolf vindt 10 seconden plaats.
##Een tweede golf ontstaat in een punt 3OO km ten noordwesten van de eerste golf, 1.3 s na de eerste. Wanneer bereikt dit tweede punt voor het eerst haar maximale uitwijking?

===21 juni 2018===
#Afleiding equation of continuity
#Afleiding vergelijking van Bernouilli (+uitleggen waar deze nu precies voor staat en wat je eruit kan afleiden)
#Oefening over impulsmoment van elektron zie 19 juni 2014
#Oefening traagheidsmoment molecule H2O langs twee assen (staat in het boek)
#Hoe kan je de hoogte van een gebouw bepalen adhv een slinger?
#Oefening over twee golven met dezelfde amplitude etc waarvan de ene een dubbel zo grote golflengte heeft dan de andere en dan bepalen welke de grootste hoeveelheid energie verplaatst

=== 25 juni 2015 ===
#oefening over behoud van momentum
#fotoelektrisch effect en alle formules afleiden (H37)
#en dan de wiskundige vergelijking van de golf geven en dan de condities wanneer ze SHM was en dan periode, frequentie en golflengte daarvan afleiden
#2 stellingen: 'als er wind is zal je het geluid dan luider horen' en dan nog eentje over 'kan een kind meegezogen worden met een snelle trein'

===25 jun 2014 ===
Vraag 1:
Bij beta verval valt een atoom uiteen in een elektron en een terugslagkern, deze volgen na splitsing echter geen 'rechte lijn' dit schaadt echter een principiële wet van de mechanica.
#Welke wet?
#Teken en leg uit
#Hieruit volgt dat er nog een partikel wordt uitgestoten (een neutrino) toon aan op de tekening dat dit zo is en leg uit.

Vraag 2:
Archimedes; afleiden van een formule en nog enkele meerkeuzevraagjes (drijft het/ drijft het niet)

Vraag 3:
Lorentztransformatie x=x' y=y' z=a(z'+vt')
#Vind de omgekeerde formules, gebruik c,
#Leid a af
#Leid de formule van de lengtecontractie af

Vraag 4:
een gietijzeren standbeeld (100kg) op een koperen plaat (60kg d=0.1 en S= 0.70 m^2) staan op een glazen helling van 30 graden
#Bereken de wrijving van gietijzer op koper
#Bereken de wrijving van koper op glas (de Mu's zijn gegeven)
#Bereken delta l die de wrijving veroorzaakt (de modulus G is gegeven)

===19 jun 2014 ===
Vraag 1:
#Impulsmoment van een elektron is sqrt(3/4)hbar.
#Verklaar met theoretische achtergrond.
#Bereken hoeksnelheid en snelheid van een punt op de rand (massa en straal gegeven).
#Oplossing is in de grootte-orde van 10^13. Bespreek.

Vraag 2:
#Geef het arbeid-energie theorema
Situatie: blok naar boven duwen zodat die boven op een helling geraakt.
#Teken en benoem al de krachten.
#Bereken de grootte van alle krachten.
#Bereken de arbeid geleverd door alle krachten.
#Bereken de beginsnelheid die nodig is om het blok boven te krijgen.
#Is de berekende snelheid dezelfde als de eindsnelheid die het blok zou bereiken moest het van boven losgelaten worden?

Vraag 3:
Situatie: platform met luidspreker beweegt naar muur toe. Persoon op het platform hoort zwevingen met een frequentie van x Hz. Uitzendfrequentie is gegeven.
#Wat is de frequentie van een zweving als functie van f1 en f2.
#Bereken de frequentie gehoord aan de muur.
#Bereken de frequentie gehoord door de persoon op het platform nadat die teruggekaatst is door de muur.
#Bereken de snelheid van het platform.

Vraag 4:
#Verklaar dat de beweging van een zuiger op een wiel ongeveer eenvoudig harmonisch is.

===14 jun 2012 (namiddag)===
Theorie:
# leg het gedachte-experiment van lorent-einstein uit
# andere 3 kleine theorie vragen worden nog gepost
Oef:
# bepaal de wrijvingscoefficient van een een gelijkbenige 3hoek met de grond, deze houdt het water tegen langs 1 kant (net zoals in oefenzitting met die trapezium)
# beeld op een koper plaat, op een glazen 3hoek
#* wrijvingskracht beeld met plaat
#* wrijvingskracht plaat met 3hoek
#* vervorming van plaat door de krachten, uw x bepalen

===14 jun 2012 (voormiddag)===
Theorie:
# Gedwongen oscillatie: bewegingsvgl afleiden, energie en energieoverdracht bespreken en formules afleiden, uitleggen wat energieresonantie is.
# Een slinger bestaat uit een staaf met masse m en lengte l. We hangen er een klein bolletje met massa 2m aan. Hoe verandert de periode?
# Bespreek hoe geluid getransporteerd wordt in een 'telefoon' bestaande uit 2 bekers met een gespannen draad ertussen.
# Je zit in een treinwagon zonder ramen die volledig geluidsloos is. Is er een fysisch experiment om te weten dat je rijdt?
Oef:
# Een ader is vernauwd: bespreek of de snelheid van het bloed stijgt of daalt. De snelheid van het bloed wordt gemeten door ultrasone golven in te late nvallen op de bloedcellen onder een hoek van 45 graden. Bereken de bloedsnelheid uit de beatfrequentie, de geluidssnelheid en de frequentie van de uitgezonden golven.
# Een wasbak wordt overgeheveld in een emmer: bereken de uitstroomsnelheid, de tijd nodig om de wasbak leeg te laten lopen en leg uit of de uitstroomsnelheid constant blijft.

=== 21 juni 2011 ===
Theorie:
#golf in een gaskolom tekenen + gegevens aanduiden om geluidssnelheid te berekenen in die kolom en die dan ook afleiden.
#E=mc² afleiden uit relatieve massa en versnellingsarbeid op die massa.
Oefeningen:
#Golven
#hydronamica

=== 16 juni 2011===
Theorie:
#bespreek de ionische binding van diatomische moleculen.
#bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
#gedempte trilling: geef de bewegingsvergelijking en schets de grafiek
#Aan een massa met verwaarloosbaar volume worden heliumballonen gehangen. Hoeveem ballonen zijn er nodig om de massa van de grond te laten komen?

=== 22 juni 2010 ===
Theorie:
# Geef bewegingsvgl van gedwongen oscillatie en bespreek energieresonantie en energieoverdracht.
# Bespreek de hydrodynamische kracht en de invloed van de zwaartekracht hierop.
Oefeningen:
# Staaf die breekt bij bepaalde spanning. Geef lengte staaf (massadichtheid, hoeksnelheid en breekspanning gegeven)
# Blok uit mengsel goud en ijzer. Bereken verhouding ijzer/goud. (massadichtheden, gewicht en ? gegeven)
=== 21 juni 2010 ===
Theorie
# Bespreek diatomische ionische binding
# Leid via de tekening Lorentz-Einstein transformatieformumes voor plaats en tijd af. Leid vervolgens de snelheid af
=== 11 juni 2010 ===
Theorie:
# Bespreek de energie en krachten bij een torsieveer. Beweging van een torsieslinger bespreken.
# Kwantumfysica: geef de postulaten van Bohr en leidt hieruit de baanstraal en de energieën af.
Oefeningen:
# Dopplereffect gebruikt om de snelheid van het hart van een foetus te meten.
# Hydrostatica: Een vlot heeft een bep diepte in het water, dieper wanneer er een gewicht op wordt geplaatst; hoeveel is de massa.

=== 12 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewegingsvergelijking opstellen van een gedwongen harmonische trilling. Bespreek ook energieptransport en energieresonantie.
# Bespreek de invloed van de zwaartekracht op fluïda. Bereken ook de grootte van de opwaartse stuwkracht dat een ondergedompeld voorwerp ondervindt.
Oefeningen:
# Golven: iets met een stemvork op het einde van een halfopen buis, verstelbaar in lengte.
# Hydrodynamica: iets met een fontein op een heuvel, het water werd aangepompt met een buis (laminaire stroming).

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Energie en energietransport in een mechanische harmonische golf.
# Golfgedrag van materiedeeltjes bespreken en daar onzekerheidrelatie van impuls op toepassen + tunneleffect verklaren.

=== 11 juni 2009 ===
Theorie:
# Bewijzen dat een coulomkrachtveld een conservatief krachtveld is en daaruit de potentiele energie bepalen + Bereken(klassiek) de energie van atomaire elektronen.
# Bespreek het Doppler effect.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Gedwongen harmonische oscillatie. Leid af en bespreek. Energie en energieresonantie.
# Hydrodynamische krachten bespreken. Val beweging in fluïdum bespreken.
Oefeningen:
# Berekenen van lengte van een staaf die draait. Waarvan brekingsconstante, hoeksnelheid en dichtheid gegeven is.
# Volledig ondergedomdeld object met gewicht 15N ondergaat opwaartse kracht van 1N. Object bestaat uit goud en ijzer. Rho ijzer en goud gegeven, bereken totaal volume object en massa goud en ijzer in het object.

=== 17 jun 2008 ===
Theorie:
# Longitudinale golven in een staaf: analyseer, en bepaal de golfsnelheid.
# Bij onderdompeling ontstaat er een opwaartse kracht, leg uit en interpreteer.
Oefeningen:
# Iets met stok aan een veer waarvan enkel de k en de m gegeven zijn: bereken de frequentie.
# Letterlijke toepassing venturimeter.

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# Laminaire stroming en afleiden van volume gradient.
# Wiskundige voorstelling van golven, uitleggen i.v.m. harmonische golven.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 16 jun 2008 ===
Theorie:
# De interatomaire krachten van een diatomische ionische binding: welke eigenschap heeft deze?
# Het gedachten-experiment van de transformatieformules.
Oefeningen:
# ?
# ?

=== 22 jun 2006 ===
Theorie:
# Leidt af: energie en E-transport in mechanische harmonische golf.
# Water:
#* Leidt de zwaartekrachtinvloed op hydrostatische druk af.
#* Bereken en interpreteer de archimedeskracht.
Denkvragen:
# Je kan met een rietje door uw helm drinken op de maan, gaat dat moeilijker/makkelijker/even makkelijk als op aarde?
# Heliumballonnen, je blaast ertussen, gaan ze naar elkaar toe/van elkaar weg?
Oefeningen:
# Satelliet, je hebt de korte straal en de snelheid daar (8000km en 9km/s), bereken den hoek tss de v-vector als r=20000km.
# Twee boxen op 2m van elkaar, beide 880Hz in fase.
#* Als ge van A naar B gaat, op welke plaatse hebt ge dan destructieve en constructieve interferentie?
#* Onder een bepaalde frequentie zal der buite den as A-B geen destructieve interferentie meer zijn, wat is die drempelwaarde?

=== 14 jun 2006 ===
Theorie:
# Kwantum:
#* Bespreek golfeigenschappen van materie, en verband onbepaaldheidsrelatie x en p.
#* Tunneleffect
# Stroming:
#* Laminaire stroming in buis: NIET bewijzen, maar van de snelheidsprofiel het volumedebiet bespreken en drukverloop..
#* Niet mechanische, mechanische, energie, verlies,...
Denkvragen:
# Ruimteschip brengt blok ijzer naar andere planeet met veel grotere atmosfeerdruk. Wat geef relatie tss drukverschil en vervorming?
#* Elasticiteitsmodulus
#* Afschuifmodulus
#* Compressiemodulus
#* Drukmodulus
# 2 He balonnen op 1 à 2 cm van elkaar, zijn aan een tafel vastgemaakt met koorden. Je blaast erdoor, wat gebeurt er met de balonnen?
#* Ze gaan naar elkaar toe.
#* Ze gaan van elkaar weg.
#* Niets.
Oefeningen:
# Blokje ijzer tussen twee lagen, vanboven water, vanonder kwik, blokje = cubus 10cm, hoe hoog is gedeelte da uitsteekt boven hg? (ro FE = 7.7 kg/dm³).
# Twee geluidsbronnen, f=880hz, v=340m/s, A (x=0, y=0) , B( x = 0, y=2)
#* Waar is constructieve interferentie?
#* Waar is destructieve interferentie?
#* Wat is de drempelfrequentie opdat er geen of wel destructieve interferentie zou optreden?
=== 15 jun 2012 ===
Theorie:
# Vergelijking Klassiek en Quantummodel van di-atomische moleculen:
#* Rotatie- en vibratie-energie klassiek diatomisch molecule geven.
#* Laagste energie van een kwantumharmonische oscillator geven.
#* Verschillen tussen klassiek en quantummechanisch model (3 geven).
#* Energieniveaus nader uitleggen.
#* De eigenschappen van moleculen geven die via opmeting van deze energieën gevonden kunnen worden.
Denkvragen:
# veer met massa t.o.v. massaloze veer, het verschil T en f inschatten.
# Trilt een harmonische golf met dezelfde frequentie als de bron? ja/nee + waarom.
# bewijs dat de snelheid van het geluid nauwelijks afhangt van de frequentie
Oefeningen:
#a) Standbeeld op een koperen sokkel op een glazen helling.
*Gegeven: M(standbeeld), M(blok), statische wrijvingscoëfficient tussen zowel standbeeld-sokkel als sokkel-helling en de afschuifconstante G van de sokkel
*Bereken: 1) De maximale hoek theta van de helling zodat het ding niet in duigen valt
*2) Met de hiervoor berekende hoek de wrijvingskracht tussen het standbeeld en het blok vinden
*3) De verschoven afstand van het bovenvlak t.o.v. het ondervlak
# Gegeven een kraan die loopt, de diameter van de straal neemt naar onderen van de kraan weg;
*met aanname dat de beginsnelheid v0 is een theoretische formule opstellen die het vernauwen van de straal beschrijft (diameter = f(y-coordinaat), assenstelsel zelf in te voeren)

==Examenvragen september==

=== 30 aug 2010 ===
Theorie:
# Rotatie rond vaste as: Rotationele arbeid, kinetische rotatie energie.
# Oppspanning en Ep energie linken mbv potentiële energie curves, capillariteitsdruk in bel uitleggen.
Oefeningen:
# Kinematica & Newton-mechanica
# Golven.

=== 23 aug 2008 ===
Theorie:
# Zuiver rolbeweging: kinematica en dynamica mbv van n voorbeeld naar keuze.
# Ppp. pot. energie, cohesiedruk, opp.spanning en capilariteit uitleggen.
Oefeningen:
# Statica.
# Golven.