Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Moleculaire Architectuur

2025-01-25T16:17:44Z

R0899163: /* 25 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Ondertussen is het examen schriftelijk en duurt het slechts 3 uur. Dit is te weinig dus wees je ervan bewust dat je moet voortdoen.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

(Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.)

==Nuttige links==
De gevraagde ruimtegroepen zijn van een vast type. Een stappenplan hiervoor vind je [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen hier].
Indien je deze ruimtegroepen wil oefenen, kan je jezelf controleren op [http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/ortho.htm deze site].

==Examenvragen==

=== 25 januari 2025 ===
# zwaaratoom methode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. alternatieven? (8p)
# NMR C11H12O2, geef structuur, opsplitsingspatronen, chemische shiften waar mogelijk, hoeveel pieken verwacht je in proton decoupled 13C NMR? welke C zou de hoogste chemische shift hebben? (8p)
#ruimtegroep Pbnm (8p)
# puntgroepen van isomeren (iets met aromaten met en zonder chloor) (2p)
# (110) NaCl, bepaal vlakgroep (2p)
# CdI2 met gegeven a, c en gamma + coordinaten en tabel met fCd en fI om linear te extrapoleren. Bepaal bravais rooster en bolstapeling. bepaal structuurfactor, afbuigingshoek en fase van (110). Voldoet deze groep aan wet van Friedel? (6p)
# wat weet je over kubische bolstapeling, ATR-IR en ESI (6p)

=== 16 augustus 2024 ===
# Zwaarste atoommethode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. Alternatieven? (8 p)
# NMR C10H13NO2. Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. (8 p)
# Ruimtegroep Pmca (8 p)
# Puntgroepen van de isomeren van trichloorbenzeen (2 p) + Bepaal vlakgroep (2 p)
# Oefening in de aard van: Gegeven posities van Hg en S van een molecule. Celparameters (enkel a, geen b, c of hoeken) en tabel f(Hg) en f(S) in functie van sin(theta)/lambda gegeven. Welk kristalrooster is dit? Teken de eenheidscel met deze atoomposities. Bereken de intensiteit van de reflecties 200 bij gebruik van CuK(alpha) straling. Bereken de afstand tussen Hg en S. (6 p)
# Wat weet je over Wet van Friedel, de Mclafferty omlegging en CuKalfa straling (6 p)

=== 27 januari 2024 ===
# Leg uit hoe je aan de hand van röntgendiffractie de elektronendichtheid kan bepalen. Geef de nodige formules en verklaar in je uitleg de begrippen faseprobleem en resolutie. (8p)
# H NMR: Geef de structuur, verklaar de koppelingsconstanten adhv opsplitsingsschema en bereken waar mogelijk de chemische shift. Welke koolstof zou de grootste chemische shift hebben in C NMR spectrum. Is deze structuur vatbaar voor McLafferty omlegging bij MS? (8p)
# Teken de ruimtegroep Pcan, geef de equivalente posities, geef 2 speciale posities en verklaar waarom deze speciaal zijn, duid de asymmetrische eenheid aan, geef de multipliciteit. Van welke puntgroep is deze ruitmegroep afgeleid? Geef de Pattersongroep van de deze ruimtegroep. (8p)
# Gegeven In op 0,0,0 en 1/2, 1/2, 1/2; celparameters en tabel vormfactor in functie van sin(theta)/lambda. Bereken de intensiteit en de afbuigingshoek van de reflecties 001 en 002 bij gebruik van CuK(alpha). Welk kristalrooster is dit? Hoe lang is de kortste In-In afstand? (6p)
# Bepaal de puntgroep van onderstaande 2 molecule en deed de symmetrie-elementen aan. (2p) Bepaal de vlakgroep van onderstaande figuur, duid alle symmetrie-elementen en de asymmetrische eenheid aan. (2p)
# Verklaar de volgende begrippen en geef de relevante tekening: kubisch dichtste bolstapeling, MALDI-TOF en FT-IR. (6p)

=== 6 september 2023 ===
# Wat is de zwaar atoom methode? Wanneer wordt deze gebruikt? Alternatief? (8p)
# H NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum met chemische shift en multipliciteit van de pieken.
# Ruimtegroep Pnab. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p elk) 1 was over 4 isomeren trichloornaftaleen
# Gegeven atoomposities, tabel sin(thèta)/lambda, a, c, gamma = 120°. Wat is het Bravaisrooster en bolstapeling? Bereken de grootte en de fase van de structuurfactor, bereken afbuigingshoek bij CuK(alpha) straling. Geldt de wet van Friedel hier? (6p)
# EI en CI, verklaar waarom vC-H > vC=O > vC-C bij IR, hoe lading bepalen bij MS (6p)

=== 17 augustus 2023 ===
# Bol van Ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed + reciproke rooster uitleggen. (8p)
# NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. + Wat zal er gebeuren als je druppel van D2O toevoegt.
# Ruimtegroep Pnam. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p)
# Atoomposities gegeven, bereken positie van atoom en de fase van de structuurfactor. (6p)
# Dichtste bolstapeling, Mclafferty omlegging, ESI uitleggen + tekeningen (6p)

=== 28 januari 2023 ===
# Hoe wordt de elektronendichtheid bepaald voor een kristalstructuur? Wat zijn de voorwaarden hiervoor en leg resolutie uit. (8 punten)
# NMR: C11H12O2 (benzeen met olefine erop en een estergroep met daaraan een ethylgroep) (8 punten)
# Ruimtegroep: Pcam [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen] (8 punten)
# Puntgroep van 2 moleculen en 1 vlakgroep bepalen(zoals in de oefenzitting) (p4g) (beide 2 punten)
# Atoomposities gegeven, bereken de fase van de structuurfactor, de afbuigingshoek, de intensiteit. Wat is het Bravaisrooster? Waar zouden de hoogste pieken liggen in de pattersonfunctie? Tabel met sin teta/lambda, fa en fb gegeven (6 punten)
# MALDI-TOF en FT-IR, geef ook tekeningen (6 punten)

=== 18 Augustus 2022 ===
# '''Zwaaratoommethode: wnr gebruikt? alternatief?'''
# H-NMR
# Ruimtegroep Pmcb
# Puntgroep: kies 4 isomeren tetrachloornaftaleen
# '''CsCl cel: vlak (110) -> geef vlakgroep en symmetrie-elementen'''
# CdI2: Geg: atoompos; a, c, gamma; tabel met sin(theta)/lambda t.o.v. fCd en fI
##Geef Bravais, bolstapeling
##Reflectie (110) -> geef fase van F en afbuighoek bij gebruik CuKa
##Friedelproof?
# McLafferty; vC-H > vC-O > vC-C (IR); lading bepalen (MS)
=== 29 januari 2022 ===
# Wat is het "faseprobleem"? Hoe op te lossen?
# H-NMR spectrum: Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum.
# Ruimtegroep Pnca. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 2 moleculen bepalen. Punt- '''& vlakgroep bepalen en tekenen van ijzer in het vlak (110)'''
# Oefeningen waarbij posities van HgS zijn gegeven. Bepaal intensiteit bij F(200). Geef het bravais rooster. Bepaal de S-Hg binding-afstand.
# ATR-IR, MALDI-TOF. Voor volle punten: voeg tekeningen van de apparaten toe. Het wordt niet gezegd, maar hij verwacht dat je het weet.

=== 16 augustus 2021 ===
# A.d.h.v de elektronendichtheid een kristalstructuur bepalen (+ resolutie)
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Drie isomeren, drie spectra. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Verschil in c13-nmr/IR spectra tussen isomeren?
# Ruimtegroep Pcan. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Br gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Br bepalen. Bepaal F020 en de fase.
# Dichtste bolstapeling en "hoe lading bij MS te weten komen" uitleggen

=== 27 januari 2021 ===
# constructie van ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed
# H-NMR spectrum van C11H12O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Hoeveel pieken verwacht je in het c13-nmr spectrum?
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbnm. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid.[https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Pt gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Pt bepalen. Bepaal F020 en de fase. Voldoet dit aan de wet van friedel?
# MALDI-TOF en Mclafferty omlegging uitleggen

===6 januari 2021===
# Leg uit de Pattersonfunctie uit. Zeg hoe ze berekend wordt, hoe ze kan bijdragen tot de bepaling van de kristalstructuur.
# H-NMR spectrum van C5H8O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum met chemische shift waarde en multipliciteit van de pieken.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pcnb. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PoCl2, tabel met f(Po) en f(Cl) in functie van sin0/λ gegeven. Bereken de fase van de structuurfactor voor reflectie 110.
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===13 augustus 2020===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# H-NMR spectrum van C5H10O. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pman. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PbO gegeven. Bepaal de bravaisrooster, de symmetrie elementen die door O gaan, teken de pattersonfunctie en toon aan dat de intensiteiten van reflectie (200) gelijk is aan de intensiteit (020).
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===27 januari 2020 NM===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# Bespreek ionisatietechniekenen die gebruikt worden om een massaspectrum te bepalen
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbna. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal puntgroepen van verschillende aromaten. Teken de symmetrie-elementen.
# Geef de opsplitsing van waterstofatomen in m-dichloorbenzeen. Chemische shift?
# Lithiumfluoride kristalliseert in een kubisch kristal met a = 4 A volgens het NaCl-type (je zou moeten weten wat dit betekent). Afmetingen van het kristalrooster zijn gegeven. Als men bestraald met CuK straling bekomt men een diffractiepatroon. Welke reflecties hebben de grootste intensiteit, die van (300) of (400)? Wat gebeurt er met de afbuigingshoek en intensiteit als
##F vervangen wordt door I?
##de afmetingen van de eenheidscel verdubbelen?

===27 januari 2020 VM===
# Leid de formule voor de structuurfactor af. Kan je deze ook experimenteel bepalen?
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Bepaal de structuur van de isomeren. Teken de opsplitsingspatronen.
# Puntgroep Pbma. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal de puntgroep van isomeren van trichloorbenzeen. Teken de symmetrie-elementen.
# Gegeven zijn de posities van Ag en I in een AgI kristal met a = 6.5 A. Bepaal voor de reflectie (004) de fase van de structuurfactor, de intensiteit en de afbuighoek. Geef het Bravaisrooster.
# Leg ATR-IR uit. Leg uit hoe we de lading kunnen bepalen bij massaspectrometrie.

===24 januari 2020===
# Hoe kan men de kristalstructuur verder verfijnen?
# NOE, NOESY, COSY
# Ruimtegroep Pcmn met gewoonlijke bijvragen.
# Gegeven de afmetingen van de eenheidscel en 2 atoomposities, bepaal de intensiteit en afbuigingshoek (2θ) van de reflecties (001) en (002) (tabel met sin θ/λ en fj ook gegeven). Geef ook het Bravaisrooster.
# 4 vormen van dioxine gegeven, duid alle symmetrie-elementen aan en bepaal de puntgroep.
# Begrippen: Laue groep ; EI en CI (massaspectrometrie)

===16 januari 2020===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven C5H10O H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling). Er is D2O-shake, dus de O die voorkomt is in de vorm van -OH.
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Pattersonfunctie Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, verklaar waarom CH > C=O > C-C (bij IR)

===13 januari 2020 - namiddag===
#Theorie: Leg de contructie van Ewald uit. Welke factoren hebben hier invloed op? Bijvraag: moet je alle reciproke roosterpunten meten? (Neeh, n-tallige assen/symmetrie)
#Theorie: H-NMR gegeven van C10H13NO2. Bijvragen over welke pieken we zouden zien bij IR, hoe je de koppelingsconstante kan bepalen.
#Puntgroep Pcmb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Verschillende puntgroepen geven van de isomeren van tetrachloorkubaan.
#Oefening: Platinacomplex met ruimtegroep Pc1/m, posities gegeven in de ruimtegroep ( xyz, -x-y-z...) en coördinaten gegeven van zwaarste atomen in Patterson. Bepaal de positie van Pt, wat is de fase bij structuurfactor F(020), geldt de wet van Friedel?
#Begrippen: McLafferty omlegging + hexagonale en kubische dichtste bolstapeling uitleggen

===13 januari 2020 - voormiddag===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#Theorie: NOE, NOESY en COSY
#Puntgroep Pmcb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Puntgroepen van vier structuren
#Oefening: CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, geldt wet van Friedel?
#Begrippen: ATR-IR + ESI uitleggen

===26 augustus 2019===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.
#Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.
#Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.
#Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen

===28 januari 2019===
#Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?
#H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.
#Pmcn met bijvragen.
#puntgroep van 4 isomeren van dioxine.
#AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.
#ATR-IR en ESI.
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, koppelingsconstante en shiftreagens

=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Moleculaire Architectuur

2025-01-25T16:09:13Z

R0899163: /* 25 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Ondertussen is het examen schriftelijk en duurt het slechts 3 uur. Dit is te weinig dus wees je ervan bewust dat je moet voortdoen.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

(Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.)

==Nuttige links==
De gevraagde ruimtegroepen zijn van een vast type. Een stappenplan hiervoor vind je [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen hier].
Indien je deze ruimtegroepen wil oefenen, kan je jezelf controleren op [http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/ortho.htm deze site].

==Examenvragen==

=== 25 januari 2025 ===
# zwaaratoom methode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. alternatieven? (8p)
# NMR C11H12O2, geef structuur, opsplitsingspatronen, chemische shiften waar mogelijk, hoeveel pieken verwacht je in proton decoupled 13C NMR? welke C zou de hoogste chemische shift hebben?
#ruimtegroep Pbnm (8p)
# puntgroepen van isomeren (iets met aromaten met en zonder chloor) (2p)
# (110) NaCl, bepaal vlakgroep (2p)
# CdI2 met gegeven a, b, c en gamma + coordinaten en tabel met fCd en fI om linear te extrapoleren. Bepaal bravais rooster en bolstapeling. bepaal structuurfactor en fase van (110). Voldoet deze groep aan wet van Friedel? (6p)
# wat weet je over kubische bolstapeling, ATR-IR en ESI (6p)

=== 16 augustus 2024 ===
# Zwaarste atoommethode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. Alternatieven? (8 p)
# NMR C10H13NO2. Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. (8 p)
# Ruimtegroep Pmca (8 p)
# Puntgroepen van de isomeren van trichloorbenzeen (2 p) + Bepaal vlakgroep (2 p)
# Oefening in de aard van: Gegeven posities van Hg en S van een molecule. Celparameters (enkel a, geen b, c of hoeken) en tabel f(Hg) en f(S) in functie van sin(theta)/lambda gegeven. Welk kristalrooster is dit? Teken de eenheidscel met deze atoomposities. Bereken de intensiteit van de reflecties 200 bij gebruik van CuK(alpha) straling. Bereken de afstand tussen Hg en S. (6 p)
# Wat weet je over Wet van Friedel, de Mclafferty omlegging en CuKalfa straling (6 p)

=== 27 januari 2024 ===
# Leg uit hoe je aan de hand van röntgendiffractie de elektronendichtheid kan bepalen. Geef de nodige formules en verklaar in je uitleg de begrippen faseprobleem en resolutie. (8p)
# H NMR: Geef de structuur, verklaar de koppelingsconstanten adhv opsplitsingsschema en bereken waar mogelijk de chemische shift. Welke koolstof zou de grootste chemische shift hebben in C NMR spectrum. Is deze structuur vatbaar voor McLafferty omlegging bij MS? (8p)
# Teken de ruimtegroep Pcan, geef de equivalente posities, geef 2 speciale posities en verklaar waarom deze speciaal zijn, duid de asymmetrische eenheid aan, geef de multipliciteit. Van welke puntgroep is deze ruitmegroep afgeleid? Geef de Pattersongroep van de deze ruimtegroep. (8p)
# Gegeven In op 0,0,0 en 1/2, 1/2, 1/2; celparameters en tabel vormfactor in functie van sin(theta)/lambda. Bereken de intensiteit en de afbuigingshoek van de reflecties 001 en 002 bij gebruik van CuK(alpha). Welk kristalrooster is dit? Hoe lang is de kortste In-In afstand? (6p)
# Bepaal de puntgroep van onderstaande 2 molecule en deed de symmetrie-elementen aan. (2p) Bepaal de vlakgroep van onderstaande figuur, duid alle symmetrie-elementen en de asymmetrische eenheid aan. (2p)
# Verklaar de volgende begrippen en geef de relevante tekening: kubisch dichtste bolstapeling, MALDI-TOF en FT-IR. (6p)

=== 6 september 2023 ===
# Wat is de zwaar atoom methode? Wanneer wordt deze gebruikt? Alternatief? (8p)
# H NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum met chemische shift en multipliciteit van de pieken.
# Ruimtegroep Pnab. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p elk) 1 was over 4 isomeren trichloornaftaleen
# Gegeven atoomposities, tabel sin(thèta)/lambda, a, c, gamma = 120°. Wat is het Bravaisrooster en bolstapeling? Bereken de grootte en de fase van de structuurfactor, bereken afbuigingshoek bij CuK(alpha) straling. Geldt de wet van Friedel hier? (6p)
# EI en CI, verklaar waarom vC-H > vC=O > vC-C bij IR, hoe lading bepalen bij MS (6p)

=== 17 augustus 2023 ===
# Bol van Ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed + reciproke rooster uitleggen. (8p)
# NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. + Wat zal er gebeuren als je druppel van D2O toevoegt.
# Ruimtegroep Pnam. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p)
# Atoomposities gegeven, bereken positie van atoom en de fase van de structuurfactor. (6p)
# Dichtste bolstapeling, Mclafferty omlegging, ESI uitleggen + tekeningen (6p)

=== 28 januari 2023 ===
# Hoe wordt de elektronendichtheid bepaald voor een kristalstructuur? Wat zijn de voorwaarden hiervoor en leg resolutie uit. (8 punten)
# NMR: C11H12O2 (benzeen met olefine erop en een estergroep met daaraan een ethylgroep) (8 punten)
# Ruimtegroep: Pcam [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen] (8 punten)
# Puntgroep van 2 moleculen en 1 vlakgroep bepalen(zoals in de oefenzitting) (p4g) (beide 2 punten)
# Atoomposities gegeven, bereken de fase van de structuurfactor, de afbuigingshoek, de intensiteit. Wat is het Bravaisrooster? Waar zouden de hoogste pieken liggen in de pattersonfunctie? Tabel met sin teta/lambda, fa en fb gegeven (6 punten)
# MALDI-TOF en FT-IR, geef ook tekeningen (6 punten)

=== 18 Augustus 2022 ===
# '''Zwaaratoommethode: wnr gebruikt? alternatief?'''
# H-NMR
# Ruimtegroep Pmcb
# Puntgroep: kies 4 isomeren tetrachloornaftaleen
# '''CsCl cel: vlak (110) -> geef vlakgroep en symmetrie-elementen'''
# CdI2: Geg: atoompos; a, c, gamma; tabel met sin(theta)/lambda t.o.v. fCd en fI
##Geef Bravais, bolstapeling
##Reflectie (110) -> geef fase van F en afbuighoek bij gebruik CuKa
##Friedelproof?
# McLafferty; vC-H > vC-O > vC-C (IR); lading bepalen (MS)
=== 29 januari 2022 ===
# Wat is het "faseprobleem"? Hoe op te lossen?
# H-NMR spectrum: Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum.
# Ruimtegroep Pnca. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 2 moleculen bepalen. Punt- '''& vlakgroep bepalen en tekenen van ijzer in het vlak (110)'''
# Oefeningen waarbij posities van HgS zijn gegeven. Bepaal intensiteit bij F(200). Geef het bravais rooster. Bepaal de S-Hg binding-afstand.
# ATR-IR, MALDI-TOF. Voor volle punten: voeg tekeningen van de apparaten toe. Het wordt niet gezegd, maar hij verwacht dat je het weet.

=== 16 augustus 2021 ===
# A.d.h.v de elektronendichtheid een kristalstructuur bepalen (+ resolutie)
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Drie isomeren, drie spectra. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Verschil in c13-nmr/IR spectra tussen isomeren?
# Ruimtegroep Pcan. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Br gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Br bepalen. Bepaal F020 en de fase.
# Dichtste bolstapeling en "hoe lading bij MS te weten komen" uitleggen

=== 27 januari 2021 ===
# constructie van ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed
# H-NMR spectrum van C11H12O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Hoeveel pieken verwacht je in het c13-nmr spectrum?
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbnm. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid.[https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Pt gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Pt bepalen. Bepaal F020 en de fase. Voldoet dit aan de wet van friedel?
# MALDI-TOF en Mclafferty omlegging uitleggen

===6 januari 2021===
# Leg uit de Pattersonfunctie uit. Zeg hoe ze berekend wordt, hoe ze kan bijdragen tot de bepaling van de kristalstructuur.
# H-NMR spectrum van C5H8O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum met chemische shift waarde en multipliciteit van de pieken.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pcnb. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PoCl2, tabel met f(Po) en f(Cl) in functie van sin0/λ gegeven. Bereken de fase van de structuurfactor voor reflectie 110.
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===13 augustus 2020===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# H-NMR spectrum van C5H10O. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pman. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PbO gegeven. Bepaal de bravaisrooster, de symmetrie elementen die door O gaan, teken de pattersonfunctie en toon aan dat de intensiteiten van reflectie (200) gelijk is aan de intensiteit (020).
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===27 januari 2020 NM===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# Bespreek ionisatietechniekenen die gebruikt worden om een massaspectrum te bepalen
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbna. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal puntgroepen van verschillende aromaten. Teken de symmetrie-elementen.
# Geef de opsplitsing van waterstofatomen in m-dichloorbenzeen. Chemische shift?
# Lithiumfluoride kristalliseert in een kubisch kristal met a = 4 A volgens het NaCl-type (je zou moeten weten wat dit betekent). Afmetingen van het kristalrooster zijn gegeven. Als men bestraald met CuK straling bekomt men een diffractiepatroon. Welke reflecties hebben de grootste intensiteit, die van (300) of (400)? Wat gebeurt er met de afbuigingshoek en intensiteit als
##F vervangen wordt door I?
##de afmetingen van de eenheidscel verdubbelen?

===27 januari 2020 VM===
# Leid de formule voor de structuurfactor af. Kan je deze ook experimenteel bepalen?
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Bepaal de structuur van de isomeren. Teken de opsplitsingspatronen.
# Puntgroep Pbma. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal de puntgroep van isomeren van trichloorbenzeen. Teken de symmetrie-elementen.
# Gegeven zijn de posities van Ag en I in een AgI kristal met a = 6.5 A. Bepaal voor de reflectie (004) de fase van de structuurfactor, de intensiteit en de afbuighoek. Geef het Bravaisrooster.
# Leg ATR-IR uit. Leg uit hoe we de lading kunnen bepalen bij massaspectrometrie.

===24 januari 2020===
# Hoe kan men de kristalstructuur verder verfijnen?
# NOE, NOESY, COSY
# Ruimtegroep Pcmn met gewoonlijke bijvragen.
# Gegeven de afmetingen van de eenheidscel en 2 atoomposities, bepaal de intensiteit en afbuigingshoek (2θ) van de reflecties (001) en (002) (tabel met sin θ/λ en fj ook gegeven). Geef ook het Bravaisrooster.
# 4 vormen van dioxine gegeven, duid alle symmetrie-elementen aan en bepaal de puntgroep.
# Begrippen: Laue groep ; EI en CI (massaspectrometrie)

===16 januari 2020===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven C5H10O H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling). Er is D2O-shake, dus de O die voorkomt is in de vorm van -OH.
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Pattersonfunctie Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, verklaar waarom CH > C=O > C-C (bij IR)

===13 januari 2020 - namiddag===
#Theorie: Leg de contructie van Ewald uit. Welke factoren hebben hier invloed op? Bijvraag: moet je alle reciproke roosterpunten meten? (Neeh, n-tallige assen/symmetrie)
#Theorie: H-NMR gegeven van C10H13NO2. Bijvragen over welke pieken we zouden zien bij IR, hoe je de koppelingsconstante kan bepalen.
#Puntgroep Pcmb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Verschillende puntgroepen geven van de isomeren van tetrachloorkubaan.
#Oefening: Platinacomplex met ruimtegroep Pc1/m, posities gegeven in de ruimtegroep ( xyz, -x-y-z...) en coördinaten gegeven van zwaarste atomen in Patterson. Bepaal de positie van Pt, wat is de fase bij structuurfactor F(020), geldt de wet van Friedel?
#Begrippen: McLafferty omlegging + hexagonale en kubische dichtste bolstapeling uitleggen

===13 januari 2020 - voormiddag===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#Theorie: NOE, NOESY en COSY
#Puntgroep Pmcb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Puntgroepen van vier structuren
#Oefening: CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, geldt wet van Friedel?
#Begrippen: ATR-IR + ESI uitleggen

===26 augustus 2019===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.
#Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.
#Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.
#Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen

===28 januari 2019===
#Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?
#H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.
#Pmcn met bijvragen.
#puntgroep van 4 isomeren van dioxine.
#AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.
#ATR-IR en ESI.
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, koppelingsconstante en shiftreagens

=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Moleculaire Architectuur

2025-01-25T16:08:29Z

R0899163: /* 25 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Ondertussen is het examen schriftelijk en duurt het slechts 3 uur. Dit is te weinig dus wees je ervan bewust dat je moet voortdoen.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

(Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.)

==Nuttige links==
De gevraagde ruimtegroepen zijn van een vast type. Een stappenplan hiervoor vind je [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen hier].
Indien je deze ruimtegroepen wil oefenen, kan je jezelf controleren op [http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/ortho.htm deze site].

==Examenvragen==

=== 25 januari 2025 ===
# zwaaratoom methode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. alternatieven? (8p)
# NMR C11H12O2, geef structuur, opsplitsingspatronen, chemische shiften waar mogelijk, hoeveel pieken verwacht je in proton decoupled 13C NMR? welke C zou de hoogste chemische shift hebben?
#ruimtegroep Pbnm (8p)
# puntgroepen van isomeren (iets met aromaten met en zonder chloor) (2)
# (110) NaCl, bepaal vlakgroep
# CdI2 met gegeven a, b, c en gamma + coordinaten en tabel met fCd en fI om linear te extrapoleren. Bepaal bravais rooster en bolstapeling. bepaal structuurfactor en fase van (110). Voldoet deze groep aan wet van Friedel?
# wat weet je over kubische bolstapeling, ATR-IR en ESI

=== 16 augustus 2024 ===
# Zwaarste atoommethode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. Alternatieven? (8 p)
# NMR C10H13NO2. Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. (8 p)
# Ruimtegroep Pmca (8 p)
# Puntgroepen van de isomeren van trichloorbenzeen (2 p) + Bepaal vlakgroep (2 p)
# Oefening in de aard van: Gegeven posities van Hg en S van een molecule. Celparameters (enkel a, geen b, c of hoeken) en tabel f(Hg) en f(S) in functie van sin(theta)/lambda gegeven. Welk kristalrooster is dit? Teken de eenheidscel met deze atoomposities. Bereken de intensiteit van de reflecties 200 bij gebruik van CuK(alpha) straling. Bereken de afstand tussen Hg en S. (6 p)
# Wat weet je over Wet van Friedel, de Mclafferty omlegging en CuKalfa straling (6 p)

=== 27 januari 2024 ===
# Leg uit hoe je aan de hand van röntgendiffractie de elektronendichtheid kan bepalen. Geef de nodige formules en verklaar in je uitleg de begrippen faseprobleem en resolutie. (8p)
# H NMR: Geef de structuur, verklaar de koppelingsconstanten adhv opsplitsingsschema en bereken waar mogelijk de chemische shift. Welke koolstof zou de grootste chemische shift hebben in C NMR spectrum. Is deze structuur vatbaar voor McLafferty omlegging bij MS? (8p)
# Teken de ruimtegroep Pcan, geef de equivalente posities, geef 2 speciale posities en verklaar waarom deze speciaal zijn, duid de asymmetrische eenheid aan, geef de multipliciteit. Van welke puntgroep is deze ruitmegroep afgeleid? Geef de Pattersongroep van de deze ruimtegroep. (8p)
# Gegeven In op 0,0,0 en 1/2, 1/2, 1/2; celparameters en tabel vormfactor in functie van sin(theta)/lambda. Bereken de intensiteit en de afbuigingshoek van de reflecties 001 en 002 bij gebruik van CuK(alpha). Welk kristalrooster is dit? Hoe lang is de kortste In-In afstand? (6p)
# Bepaal de puntgroep van onderstaande 2 molecule en deed de symmetrie-elementen aan. (2p) Bepaal de vlakgroep van onderstaande figuur, duid alle symmetrie-elementen en de asymmetrische eenheid aan. (2p)
# Verklaar de volgende begrippen en geef de relevante tekening: kubisch dichtste bolstapeling, MALDI-TOF en FT-IR. (6p)

=== 6 september 2023 ===
# Wat is de zwaar atoom methode? Wanneer wordt deze gebruikt? Alternatief? (8p)
# H NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum met chemische shift en multipliciteit van de pieken.
# Ruimtegroep Pnab. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p elk) 1 was over 4 isomeren trichloornaftaleen
# Gegeven atoomposities, tabel sin(thèta)/lambda, a, c, gamma = 120°. Wat is het Bravaisrooster en bolstapeling? Bereken de grootte en de fase van de structuurfactor, bereken afbuigingshoek bij CuK(alpha) straling. Geldt de wet van Friedel hier? (6p)
# EI en CI, verklaar waarom vC-H > vC=O > vC-C bij IR, hoe lading bepalen bij MS (6p)

=== 17 augustus 2023 ===
# Bol van Ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed + reciproke rooster uitleggen. (8p)
# NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. + Wat zal er gebeuren als je druppel van D2O toevoegt.
# Ruimtegroep Pnam. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p)
# Atoomposities gegeven, bereken positie van atoom en de fase van de structuurfactor. (6p)
# Dichtste bolstapeling, Mclafferty omlegging, ESI uitleggen + tekeningen (6p)

=== 28 januari 2023 ===
# Hoe wordt de elektronendichtheid bepaald voor een kristalstructuur? Wat zijn de voorwaarden hiervoor en leg resolutie uit. (8 punten)
# NMR: C11H12O2 (benzeen met olefine erop en een estergroep met daaraan een ethylgroep) (8 punten)
# Ruimtegroep: Pcam [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen] (8 punten)
# Puntgroep van 2 moleculen en 1 vlakgroep bepalen(zoals in de oefenzitting) (p4g) (beide 2 punten)
# Atoomposities gegeven, bereken de fase van de structuurfactor, de afbuigingshoek, de intensiteit. Wat is het Bravaisrooster? Waar zouden de hoogste pieken liggen in de pattersonfunctie? Tabel met sin teta/lambda, fa en fb gegeven (6 punten)
# MALDI-TOF en FT-IR, geef ook tekeningen (6 punten)

=== 18 Augustus 2022 ===
# '''Zwaaratoommethode: wnr gebruikt? alternatief?'''
# H-NMR
# Ruimtegroep Pmcb
# Puntgroep: kies 4 isomeren tetrachloornaftaleen
# '''CsCl cel: vlak (110) -> geef vlakgroep en symmetrie-elementen'''
# CdI2: Geg: atoompos; a, c, gamma; tabel met sin(theta)/lambda t.o.v. fCd en fI
##Geef Bravais, bolstapeling
##Reflectie (110) -> geef fase van F en afbuighoek bij gebruik CuKa
##Friedelproof?
# McLafferty; vC-H > vC-O > vC-C (IR); lading bepalen (MS)
=== 29 januari 2022 ===
# Wat is het "faseprobleem"? Hoe op te lossen?
# H-NMR spectrum: Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum.
# Ruimtegroep Pnca. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 2 moleculen bepalen. Punt- '''& vlakgroep bepalen en tekenen van ijzer in het vlak (110)'''
# Oefeningen waarbij posities van HgS zijn gegeven. Bepaal intensiteit bij F(200). Geef het bravais rooster. Bepaal de S-Hg binding-afstand.
# ATR-IR, MALDI-TOF. Voor volle punten: voeg tekeningen van de apparaten toe. Het wordt niet gezegd, maar hij verwacht dat je het weet.

=== 16 augustus 2021 ===
# A.d.h.v de elektronendichtheid een kristalstructuur bepalen (+ resolutie)
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Drie isomeren, drie spectra. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Verschil in c13-nmr/IR spectra tussen isomeren?
# Ruimtegroep Pcan. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Br gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Br bepalen. Bepaal F020 en de fase.
# Dichtste bolstapeling en "hoe lading bij MS te weten komen" uitleggen

=== 27 januari 2021 ===
# constructie van ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed
# H-NMR spectrum van C11H12O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Hoeveel pieken verwacht je in het c13-nmr spectrum?
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbnm. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid.[https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Pt gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Pt bepalen. Bepaal F020 en de fase. Voldoet dit aan de wet van friedel?
# MALDI-TOF en Mclafferty omlegging uitleggen

===6 januari 2021===
# Leg uit de Pattersonfunctie uit. Zeg hoe ze berekend wordt, hoe ze kan bijdragen tot de bepaling van de kristalstructuur.
# H-NMR spectrum van C5H8O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum met chemische shift waarde en multipliciteit van de pieken.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pcnb. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PoCl2, tabel met f(Po) en f(Cl) in functie van sin0/λ gegeven. Bereken de fase van de structuurfactor voor reflectie 110.
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===13 augustus 2020===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# H-NMR spectrum van C5H10O. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pman. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PbO gegeven. Bepaal de bravaisrooster, de symmetrie elementen die door O gaan, teken de pattersonfunctie en toon aan dat de intensiteiten van reflectie (200) gelijk is aan de intensiteit (020).
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===27 januari 2020 NM===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# Bespreek ionisatietechniekenen die gebruikt worden om een massaspectrum te bepalen
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbna. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal puntgroepen van verschillende aromaten. Teken de symmetrie-elementen.
# Geef de opsplitsing van waterstofatomen in m-dichloorbenzeen. Chemische shift?
# Lithiumfluoride kristalliseert in een kubisch kristal met a = 4 A volgens het NaCl-type (je zou moeten weten wat dit betekent). Afmetingen van het kristalrooster zijn gegeven. Als men bestraald met CuK straling bekomt men een diffractiepatroon. Welke reflecties hebben de grootste intensiteit, die van (300) of (400)? Wat gebeurt er met de afbuigingshoek en intensiteit als
##F vervangen wordt door I?
##de afmetingen van de eenheidscel verdubbelen?

===27 januari 2020 VM===
# Leid de formule voor de structuurfactor af. Kan je deze ook experimenteel bepalen?
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Bepaal de structuur van de isomeren. Teken de opsplitsingspatronen.
# Puntgroep Pbma. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal de puntgroep van isomeren van trichloorbenzeen. Teken de symmetrie-elementen.
# Gegeven zijn de posities van Ag en I in een AgI kristal met a = 6.5 A. Bepaal voor de reflectie (004) de fase van de structuurfactor, de intensiteit en de afbuighoek. Geef het Bravaisrooster.
# Leg ATR-IR uit. Leg uit hoe we de lading kunnen bepalen bij massaspectrometrie.

===24 januari 2020===
# Hoe kan men de kristalstructuur verder verfijnen?
# NOE, NOESY, COSY
# Ruimtegroep Pcmn met gewoonlijke bijvragen.
# Gegeven de afmetingen van de eenheidscel en 2 atoomposities, bepaal de intensiteit en afbuigingshoek (2θ) van de reflecties (001) en (002) (tabel met sin θ/λ en fj ook gegeven). Geef ook het Bravaisrooster.
# 4 vormen van dioxine gegeven, duid alle symmetrie-elementen aan en bepaal de puntgroep.
# Begrippen: Laue groep ; EI en CI (massaspectrometrie)

===16 januari 2020===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven C5H10O H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling). Er is D2O-shake, dus de O die voorkomt is in de vorm van -OH.
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Pattersonfunctie Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, verklaar waarom CH > C=O > C-C (bij IR)

===13 januari 2020 - namiddag===
#Theorie: Leg de contructie van Ewald uit. Welke factoren hebben hier invloed op? Bijvraag: moet je alle reciproke roosterpunten meten? (Neeh, n-tallige assen/symmetrie)
#Theorie: H-NMR gegeven van C10H13NO2. Bijvragen over welke pieken we zouden zien bij IR, hoe je de koppelingsconstante kan bepalen.
#Puntgroep Pcmb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Verschillende puntgroepen geven van de isomeren van tetrachloorkubaan.
#Oefening: Platinacomplex met ruimtegroep Pc1/m, posities gegeven in de ruimtegroep ( xyz, -x-y-z...) en coördinaten gegeven van zwaarste atomen in Patterson. Bepaal de positie van Pt, wat is de fase bij structuurfactor F(020), geldt de wet van Friedel?
#Begrippen: McLafferty omlegging + hexagonale en kubische dichtste bolstapeling uitleggen

===13 januari 2020 - voormiddag===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#Theorie: NOE, NOESY en COSY
#Puntgroep Pmcb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Puntgroepen van vier structuren
#Oefening: CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, geldt wet van Friedel?
#Begrippen: ATR-IR + ESI uitleggen

===26 augustus 2019===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.
#Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.
#Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.
#Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen

===28 januari 2019===
#Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?
#H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.
#Pmcn met bijvragen.
#puntgroep van 4 isomeren van dioxine.
#AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.
#ATR-IR en ESI.
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, koppelingsconstante en shiftreagens

=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Moleculaire Architectuur

2025-01-25T16:06:59Z

R0899163: /* 25 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Ondertussen is het examen schriftelijk en duurt het slechts 3 uur. Dit is te weinig dus wees je ervan bewust dat je moet voortdoen.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

(Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.)

==Nuttige links==
De gevraagde ruimtegroepen zijn van een vast type. Een stappenplan hiervoor vind je [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen hier].
Indien je deze ruimtegroepen wil oefenen, kan je jezelf controleren op [http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/ortho.htm deze site].

==Examenvragen==

=== 25 januari 2025 ===
# zwaaratoom methode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. alternatieven? (8p)
# NMR C11H12O2, geef structuur, opsplitsingspatronen, chemische shiften waar mogelijk, hoeveel pieken verwacht je in proton decoupled 13C NMR?
#ruimtegroep Pbnm (8p)
# puntgroepen van isomeren (iets met aromaten met en zonder chloor) (2)
# (110) NaCl, bepaal vlakgroep
# CdI2 met gegeven a, b, c en gamma + coordinaten en tabel met fCd en fI om linear te extrapoleren. Bepaal bravais rooster en bolstapeling. bepaal structuurfactor en fase van (110). Voldoet deze groep aan wet van Friedel?
# wat weet je over kubische bolstapeling, ATR-IR en ESI

=== 16 augustus 2024 ===
# Zwaarste atoommethode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. Alternatieven? (8 p)
# NMR C10H13NO2. Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. (8 p)
# Ruimtegroep Pmca (8 p)
# Puntgroepen van de isomeren van trichloorbenzeen (2 p) + Bepaal vlakgroep (2 p)
# Oefening in de aard van: Gegeven posities van Hg en S van een molecule. Celparameters (enkel a, geen b, c of hoeken) en tabel f(Hg) en f(S) in functie van sin(theta)/lambda gegeven. Welk kristalrooster is dit? Teken de eenheidscel met deze atoomposities. Bereken de intensiteit van de reflecties 200 bij gebruik van CuK(alpha) straling. Bereken de afstand tussen Hg en S. (6 p)
# Wat weet je over Wet van Friedel, de Mclafferty omlegging en CuKalfa straling (6 p)

=== 27 januari 2024 ===
# Leg uit hoe je aan de hand van röntgendiffractie de elektronendichtheid kan bepalen. Geef de nodige formules en verklaar in je uitleg de begrippen faseprobleem en resolutie. (8p)
# H NMR: Geef de structuur, verklaar de koppelingsconstanten adhv opsplitsingsschema en bereken waar mogelijk de chemische shift. Welke koolstof zou de grootste chemische shift hebben in C NMR spectrum. Is deze structuur vatbaar voor McLafferty omlegging bij MS? (8p)
# Teken de ruimtegroep Pcan, geef de equivalente posities, geef 2 speciale posities en verklaar waarom deze speciaal zijn, duid de asymmetrische eenheid aan, geef de multipliciteit. Van welke puntgroep is deze ruitmegroep afgeleid? Geef de Pattersongroep van de deze ruimtegroep. (8p)
# Gegeven In op 0,0,0 en 1/2, 1/2, 1/2; celparameters en tabel vormfactor in functie van sin(theta)/lambda. Bereken de intensiteit en de afbuigingshoek van de reflecties 001 en 002 bij gebruik van CuK(alpha). Welk kristalrooster is dit? Hoe lang is de kortste In-In afstand? (6p)
# Bepaal de puntgroep van onderstaande 2 molecule en deed de symmetrie-elementen aan. (2p) Bepaal de vlakgroep van onderstaande figuur, duid alle symmetrie-elementen en de asymmetrische eenheid aan. (2p)
# Verklaar de volgende begrippen en geef de relevante tekening: kubisch dichtste bolstapeling, MALDI-TOF en FT-IR. (6p)

=== 6 september 2023 ===
# Wat is de zwaar atoom methode? Wanneer wordt deze gebruikt? Alternatief? (8p)
# H NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum met chemische shift en multipliciteit van de pieken.
# Ruimtegroep Pnab. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p elk) 1 was over 4 isomeren trichloornaftaleen
# Gegeven atoomposities, tabel sin(thèta)/lambda, a, c, gamma = 120°. Wat is het Bravaisrooster en bolstapeling? Bereken de grootte en de fase van de structuurfactor, bereken afbuigingshoek bij CuK(alpha) straling. Geldt de wet van Friedel hier? (6p)
# EI en CI, verklaar waarom vC-H > vC=O > vC-C bij IR, hoe lading bepalen bij MS (6p)

=== 17 augustus 2023 ===
# Bol van Ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed + reciproke rooster uitleggen. (8p)
# NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. + Wat zal er gebeuren als je druppel van D2O toevoegt.
# Ruimtegroep Pnam. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p)
# Atoomposities gegeven, bereken positie van atoom en de fase van de structuurfactor. (6p)
# Dichtste bolstapeling, Mclafferty omlegging, ESI uitleggen + tekeningen (6p)

=== 28 januari 2023 ===
# Hoe wordt de elektronendichtheid bepaald voor een kristalstructuur? Wat zijn de voorwaarden hiervoor en leg resolutie uit. (8 punten)
# NMR: C11H12O2 (benzeen met olefine erop en een estergroep met daaraan een ethylgroep) (8 punten)
# Ruimtegroep: Pcam [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen] (8 punten)
# Puntgroep van 2 moleculen en 1 vlakgroep bepalen(zoals in de oefenzitting) (p4g) (beide 2 punten)
# Atoomposities gegeven, bereken de fase van de structuurfactor, de afbuigingshoek, de intensiteit. Wat is het Bravaisrooster? Waar zouden de hoogste pieken liggen in de pattersonfunctie? Tabel met sin teta/lambda, fa en fb gegeven (6 punten)
# MALDI-TOF en FT-IR, geef ook tekeningen (6 punten)

=== 18 Augustus 2022 ===
# '''Zwaaratoommethode: wnr gebruikt? alternatief?'''
# H-NMR
# Ruimtegroep Pmcb
# Puntgroep: kies 4 isomeren tetrachloornaftaleen
# '''CsCl cel: vlak (110) -> geef vlakgroep en symmetrie-elementen'''
# CdI2: Geg: atoompos; a, c, gamma; tabel met sin(theta)/lambda t.o.v. fCd en fI
##Geef Bravais, bolstapeling
##Reflectie (110) -> geef fase van F en afbuighoek bij gebruik CuKa
##Friedelproof?
# McLafferty; vC-H > vC-O > vC-C (IR); lading bepalen (MS)
=== 29 januari 2022 ===
# Wat is het "faseprobleem"? Hoe op te lossen?
# H-NMR spectrum: Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum.
# Ruimtegroep Pnca. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 2 moleculen bepalen. Punt- '''& vlakgroep bepalen en tekenen van ijzer in het vlak (110)'''
# Oefeningen waarbij posities van HgS zijn gegeven. Bepaal intensiteit bij F(200). Geef het bravais rooster. Bepaal de S-Hg binding-afstand.
# ATR-IR, MALDI-TOF. Voor volle punten: voeg tekeningen van de apparaten toe. Het wordt niet gezegd, maar hij verwacht dat je het weet.

=== 16 augustus 2021 ===
# A.d.h.v de elektronendichtheid een kristalstructuur bepalen (+ resolutie)
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Drie isomeren, drie spectra. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Verschil in c13-nmr/IR spectra tussen isomeren?
# Ruimtegroep Pcan. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Br gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Br bepalen. Bepaal F020 en de fase.
# Dichtste bolstapeling en "hoe lading bij MS te weten komen" uitleggen

=== 27 januari 2021 ===
# constructie van ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed
# H-NMR spectrum van C11H12O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Hoeveel pieken verwacht je in het c13-nmr spectrum?
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbnm. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid.[https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Pt gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Pt bepalen. Bepaal F020 en de fase. Voldoet dit aan de wet van friedel?
# MALDI-TOF en Mclafferty omlegging uitleggen

===6 januari 2021===
# Leg uit de Pattersonfunctie uit. Zeg hoe ze berekend wordt, hoe ze kan bijdragen tot de bepaling van de kristalstructuur.
# H-NMR spectrum van C5H8O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum met chemische shift waarde en multipliciteit van de pieken.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pcnb. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PoCl2, tabel met f(Po) en f(Cl) in functie van sin0/λ gegeven. Bereken de fase van de structuurfactor voor reflectie 110.
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===13 augustus 2020===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# H-NMR spectrum van C5H10O. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pman. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PbO gegeven. Bepaal de bravaisrooster, de symmetrie elementen die door O gaan, teken de pattersonfunctie en toon aan dat de intensiteiten van reflectie (200) gelijk is aan de intensiteit (020).
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===27 januari 2020 NM===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# Bespreek ionisatietechniekenen die gebruikt worden om een massaspectrum te bepalen
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbna. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal puntgroepen van verschillende aromaten. Teken de symmetrie-elementen.
# Geef de opsplitsing van waterstofatomen in m-dichloorbenzeen. Chemische shift?
# Lithiumfluoride kristalliseert in een kubisch kristal met a = 4 A volgens het NaCl-type (je zou moeten weten wat dit betekent). Afmetingen van het kristalrooster zijn gegeven. Als men bestraald met CuK straling bekomt men een diffractiepatroon. Welke reflecties hebben de grootste intensiteit, die van (300) of (400)? Wat gebeurt er met de afbuigingshoek en intensiteit als
##F vervangen wordt door I?
##de afmetingen van de eenheidscel verdubbelen?

===27 januari 2020 VM===
# Leid de formule voor de structuurfactor af. Kan je deze ook experimenteel bepalen?
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Bepaal de structuur van de isomeren. Teken de opsplitsingspatronen.
# Puntgroep Pbma. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal de puntgroep van isomeren van trichloorbenzeen. Teken de symmetrie-elementen.
# Gegeven zijn de posities van Ag en I in een AgI kristal met a = 6.5 A. Bepaal voor de reflectie (004) de fase van de structuurfactor, de intensiteit en de afbuighoek. Geef het Bravaisrooster.
# Leg ATR-IR uit. Leg uit hoe we de lading kunnen bepalen bij massaspectrometrie.

===24 januari 2020===
# Hoe kan men de kristalstructuur verder verfijnen?
# NOE, NOESY, COSY
# Ruimtegroep Pcmn met gewoonlijke bijvragen.
# Gegeven de afmetingen van de eenheidscel en 2 atoomposities, bepaal de intensiteit en afbuigingshoek (2θ) van de reflecties (001) en (002) (tabel met sin θ/λ en fj ook gegeven). Geef ook het Bravaisrooster.
# 4 vormen van dioxine gegeven, duid alle symmetrie-elementen aan en bepaal de puntgroep.
# Begrippen: Laue groep ; EI en CI (massaspectrometrie)

===16 januari 2020===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven C5H10O H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling). Er is D2O-shake, dus de O die voorkomt is in de vorm van -OH.
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Pattersonfunctie Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, verklaar waarom CH > C=O > C-C (bij IR)

===13 januari 2020 - namiddag===
#Theorie: Leg de contructie van Ewald uit. Welke factoren hebben hier invloed op? Bijvraag: moet je alle reciproke roosterpunten meten? (Neeh, n-tallige assen/symmetrie)
#Theorie: H-NMR gegeven van C10H13NO2. Bijvragen over welke pieken we zouden zien bij IR, hoe je de koppelingsconstante kan bepalen.
#Puntgroep Pcmb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Verschillende puntgroepen geven van de isomeren van tetrachloorkubaan.
#Oefening: Platinacomplex met ruimtegroep Pc1/m, posities gegeven in de ruimtegroep ( xyz, -x-y-z...) en coördinaten gegeven van zwaarste atomen in Patterson. Bepaal de positie van Pt, wat is de fase bij structuurfactor F(020), geldt de wet van Friedel?
#Begrippen: McLafferty omlegging + hexagonale en kubische dichtste bolstapeling uitleggen

===13 januari 2020 - voormiddag===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#Theorie: NOE, NOESY en COSY
#Puntgroep Pmcb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Puntgroepen van vier structuren
#Oefening: CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, geldt wet van Friedel?
#Begrippen: ATR-IR + ESI uitleggen

===26 augustus 2019===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.
#Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.
#Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.
#Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen

===28 januari 2019===
#Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?
#H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.
#Pmcn met bijvragen.
#puntgroep van 4 isomeren van dioxine.
#AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.
#ATR-IR en ESI.
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, koppelingsconstante en shiftreagens

=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Moleculaire Architectuur

2025-01-25T16:06:08Z

R0899163: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==

Ondertussen is het examen schriftelijk en duurt het slechts 3 uur. Dit is te weinig dus wees je ervan bewust dat je moet voortdoen.

Dit vak wordt gegeven door professor Van Meervelt, hij is de aangenaamheid zelve op het examen!
Zijn bijvragen zijn wel aan de moeilijke kant. Maar hij zal je altijd helpen de bijvragen beetje bij beetje op te lossen. Het examen duurt 4u.

(Kristallografie is het vak Moleculaire Architectuur, maar dan zonder NMR (het laatste hoofdstuk). Dit is eigenlijk de voorloper van moleculaire architectuur. Het wordt ook nu nog aan de geologen gegeven.)

==Nuttige links==
De gevraagde ruimtegroepen zijn van een vast type. Een stappenplan hiervoor vind je [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen hier].
Indien je deze ruimtegroepen wil oefenen, kan je jezelf controleren op [http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/ortho.htm deze site].

==Examenvragen==

=== 25 januari 2025 ===
# zwaaratoom methode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. alternatieven? (8p)
# NMR C11H12O2, geef structuur, opsplitsingspatronen, chemische shiften waar mogelijk, hoeveel pieken verwacht je in proton decoupled 13C NMR?
#ruimtegroep Pbnm (8p)
# puntgroepen van isomeren (iets met aromaten met en zonder chloor) (2)
# (110) NaCl, bepaal vlakgroep
# CdI2 met gegeven a, b, c en gamma + coordinaten en tabel met fCd en fI om linear te extrapoleren. bepaal structuurfactor en fase van (110). Voldoet deze groep aan wet van Friedel?
# wat weet je over kubische bolstapeling, ATR-IR en ESI

=== 16 augustus 2024 ===
# Zwaarste atoommethode, leg uit en nut bij kristalstructuurbepaling. Alternatieven? (8 p)
# NMR C10H13NO2. Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. (8 p)
# Ruimtegroep Pmca (8 p)
# Puntgroepen van de isomeren van trichloorbenzeen (2 p) + Bepaal vlakgroep (2 p)
# Oefening in de aard van: Gegeven posities van Hg en S van een molecule. Celparameters (enkel a, geen b, c of hoeken) en tabel f(Hg) en f(S) in functie van sin(theta)/lambda gegeven. Welk kristalrooster is dit? Teken de eenheidscel met deze atoomposities. Bereken de intensiteit van de reflecties 200 bij gebruik van CuK(alpha) straling. Bereken de afstand tussen Hg en S. (6 p)
# Wat weet je over Wet van Friedel, de Mclafferty omlegging en CuKalfa straling (6 p)

=== 27 januari 2024 ===
# Leg uit hoe je aan de hand van röntgendiffractie de elektronendichtheid kan bepalen. Geef de nodige formules en verklaar in je uitleg de begrippen faseprobleem en resolutie. (8p)
# H NMR: Geef de structuur, verklaar de koppelingsconstanten adhv opsplitsingsschema en bereken waar mogelijk de chemische shift. Welke koolstof zou de grootste chemische shift hebben in C NMR spectrum. Is deze structuur vatbaar voor McLafferty omlegging bij MS? (8p)
# Teken de ruimtegroep Pcan, geef de equivalente posities, geef 2 speciale posities en verklaar waarom deze speciaal zijn, duid de asymmetrische eenheid aan, geef de multipliciteit. Van welke puntgroep is deze ruitmegroep afgeleid? Geef de Pattersongroep van de deze ruimtegroep. (8p)
# Gegeven In op 0,0,0 en 1/2, 1/2, 1/2; celparameters en tabel vormfactor in functie van sin(theta)/lambda. Bereken de intensiteit en de afbuigingshoek van de reflecties 001 en 002 bij gebruik van CuK(alpha). Welk kristalrooster is dit? Hoe lang is de kortste In-In afstand? (6p)
# Bepaal de puntgroep van onderstaande 2 molecule en deed de symmetrie-elementen aan. (2p) Bepaal de vlakgroep van onderstaande figuur, duid alle symmetrie-elementen en de asymmetrische eenheid aan. (2p)
# Verklaar de volgende begrippen en geef de relevante tekening: kubisch dichtste bolstapeling, MALDI-TOF en FT-IR. (6p)

=== 6 september 2023 ===
# Wat is de zwaar atoom methode? Wanneer wordt deze gebruikt? Alternatief? (8p)
# H NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum met chemische shift en multipliciteit van de pieken.
# Ruimtegroep Pnab. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p elk) 1 was over 4 isomeren trichloornaftaleen
# Gegeven atoomposities, tabel sin(thèta)/lambda, a, c, gamma = 120°. Wat is het Bravaisrooster en bolstapeling? Bereken de grootte en de fase van de structuurfactor, bereken afbuigingshoek bij CuK(alpha) straling. Geldt de wet van Friedel hier? (6p)
# EI en CI, verklaar waarom vC-H > vC=O > vC-C bij IR, hoe lading bepalen bij MS (6p)

=== 17 augustus 2023 ===
# Bol van Ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed + reciproke rooster uitleggen. (8p)
# NMR: C5H8O2, Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum. + Wat zal er gebeuren als je druppel van D2O toevoegt.
# Ruimtegroep Pnam. (8p)
# Puntgroep van 2 moleculen bepalen (2p)
# Atoomposities gegeven, bereken positie van atoom en de fase van de structuurfactor. (6p)
# Dichtste bolstapeling, Mclafferty omlegging, ESI uitleggen + tekeningen (6p)

=== 28 januari 2023 ===
# Hoe wordt de elektronendichtheid bepaald voor een kristalstructuur? Wat zijn de voorwaarden hiervoor en leg resolutie uit. (8 punten)
# NMR: C11H12O2 (benzeen met olefine erop en een estergroep met daaraan een ethylgroep) (8 punten)
# Ruimtegroep: Pcam [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen] (8 punten)
# Puntgroep van 2 moleculen en 1 vlakgroep bepalen(zoals in de oefenzitting) (p4g) (beide 2 punten)
# Atoomposities gegeven, bereken de fase van de structuurfactor, de afbuigingshoek, de intensiteit. Wat is het Bravaisrooster? Waar zouden de hoogste pieken liggen in de pattersonfunctie? Tabel met sin teta/lambda, fa en fb gegeven (6 punten)
# MALDI-TOF en FT-IR, geef ook tekeningen (6 punten)

=== 18 Augustus 2022 ===
# '''Zwaaratoommethode: wnr gebruikt? alternatief?'''
# H-NMR
# Ruimtegroep Pmcb
# Puntgroep: kies 4 isomeren tetrachloornaftaleen
# '''CsCl cel: vlak (110) -> geef vlakgroep en symmetrie-elementen'''
# CdI2: Geg: atoompos; a, c, gamma; tabel met sin(theta)/lambda t.o.v. fCd en fI
##Geef Bravais, bolstapeling
##Reflectie (110) -> geef fase van F en afbuighoek bij gebruik CuKa
##Friedelproof?
# McLafferty; vC-H > vC-O > vC-C (IR); lading bepalen (MS)
=== 29 januari 2022 ===
# Wat is het "faseprobleem"? Hoe op te lossen?
# H-NMR spectrum: Geef structuur, opsplitsingpatronen, chemische shift, verwachtte C-NMR off-resonance spectrum.
# Ruimtegroep Pnca. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 2 moleculen bepalen. Punt- '''& vlakgroep bepalen en tekenen van ijzer in het vlak (110)'''
# Oefeningen waarbij posities van HgS zijn gegeven. Bepaal intensiteit bij F(200). Geef het bravais rooster. Bepaal de S-Hg binding-afstand.
# ATR-IR, MALDI-TOF. Voor volle punten: voeg tekeningen van de apparaten toe. Het wordt niet gezegd, maar hij verwacht dat je het weet.

=== 16 augustus 2021 ===
# A.d.h.v de elektronendichtheid een kristalstructuur bepalen (+ resolutie)
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Drie isomeren, drie spectra. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Verschil in c13-nmr/IR spectra tussen isomeren?
# Ruimtegroep Pcan. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Br gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Br bepalen. Bepaal F020 en de fase.
# Dichtste bolstapeling en "hoe lading bij MS te weten komen" uitleggen

=== 27 januari 2021 ===
# constructie van ewald uitleggen + welke factoren hebben invloed
# H-NMR spectrum van C11H12O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Hoeveel pieken verwacht je in het c13-nmr spectrum?
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbnm. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid.[https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Oefening waarbij equivalente posities van Pt gegeven zijn en pattersonpieken gegeven en hieruit de atoompositie van Pt bepalen. Bepaal F020 en de fase. Voldoet dit aan de wet van friedel?
# MALDI-TOF en Mclafferty omlegging uitleggen

===6 januari 2021===
# Leg uit de Pattersonfunctie uit. Zeg hoe ze berekend wordt, hoe ze kan bijdragen tot de bepaling van de kristalstructuur.
# H-NMR spectrum van C5H8O2. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum met chemische shift waarde en multipliciteit van de pieken.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pcnb. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid. [https://www.yumpu.com/nl/document/read/66391261/ruimtegroepen|Ruimtegroepen]
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PoCl2, tabel met f(Po) en f(Cl) in functie van sin0/λ gegeven. Bereken de fase van de structuurfactor voor reflectie 110.
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===13 augustus 2020===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# H-NMR spectrum van C5H10O. Bepaal de structuur. Teken de opsplitsingspatronen. Bereken waar mogelijk de chemische shift m.b.v. het tabellenboek. Teken het verwachte off resonance C13-NMR spectrum.
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pman. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Puntgroepen van 4 moleculen bepalen.
# Atoomposities van PbO gegeven. Bepaal de bravaisrooster, de symmetrie elementen die door O gaan, teken de pattersonfunctie en toon aan dat de intensiteiten van reflectie (200) gelijk is aan de intensiteit (020).
# ATR-IR en ESI uitleggen.

===27 januari 2020 NM===
# Leg uit hoe men a.d.h.v. de elektronendichtheid een kristalstructuur exact kan bepalen
# Bespreek ionisatietechniekenen die gebruikt worden om een massaspectrum te bepalen
# Teken a,b-projectie van ruimtegroep Pbna. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal puntgroepen van verschillende aromaten. Teken de symmetrie-elementen.
# Geef de opsplitsing van waterstofatomen in m-dichloorbenzeen. Chemische shift?
# Lithiumfluoride kristalliseert in een kubisch kristal met a = 4 A volgens het NaCl-type (je zou moeten weten wat dit betekent). Afmetingen van het kristalrooster zijn gegeven. Als men bestraald met CuK straling bekomt men een diffractiepatroon. Welke reflecties hebben de grootste intensiteit, die van (300) of (400)? Wat gebeurt er met de afbuigingshoek en intensiteit als
##F vervangen wordt door I?
##de afmetingen van de eenheidscel verdubbelen?

===27 januari 2020 VM===
# Leid de formule voor de structuurfactor af. Kan je deze ook experimenteel bepalen?
# H-NMR spectrum van C6H6N2O2. Bepaal de structuur van de isomeren. Teken de opsplitsingspatronen.
# Puntgroep Pbma. Geef de equivalente posities, de multipliciteit en de asymmetrische eenheid. Geef 2 speciale posities en verklaar waarom ze speciaal zijn. Geef de puntgroep en de Pattersongroep. Bepaal de systematische afwezigheden.
# Bepaal de puntgroep van isomeren van trichloorbenzeen. Teken de symmetrie-elementen.
# Gegeven zijn de posities van Ag en I in een AgI kristal met a = 6.5 A. Bepaal voor de reflectie (004) de fase van de structuurfactor, de intensiteit en de afbuighoek. Geef het Bravaisrooster.
# Leg ATR-IR uit. Leg uit hoe we de lading kunnen bepalen bij massaspectrometrie.

===24 januari 2020===
# Hoe kan men de kristalstructuur verder verfijnen?
# NOE, NOESY, COSY
# Ruimtegroep Pcmn met gewoonlijke bijvragen.
# Gegeven de afmetingen van de eenheidscel en 2 atoomposities, bepaal de intensiteit en afbuigingshoek (2θ) van de reflecties (001) en (002) (tabel met sin θ/λ en fj ook gegeven). Geef ook het Bravaisrooster.
# 4 vormen van dioxine gegeven, duid alle symmetrie-elementen aan en bepaal de puntgroep.
# Begrippen: Laue groep ; EI en CI (massaspectrometrie)

===16 januari 2020===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven C5H10O H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling). Er is D2O-shake, dus de O die voorkomt is in de vorm van -OH.
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Pattersonfunctie Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, verklaar waarom CH > C=O > C-C (bij IR)

===13 januari 2020 - namiddag===
#Theorie: Leg de contructie van Ewald uit. Welke factoren hebben hier invloed op? Bijvraag: moet je alle reciproke roosterpunten meten? (Neeh, n-tallige assen/symmetrie)
#Theorie: H-NMR gegeven van C10H13NO2. Bijvragen over welke pieken we zouden zien bij IR, hoe je de koppelingsconstante kan bepalen.
#Puntgroep Pcmb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Verschillende puntgroepen geven van de isomeren van tetrachloorkubaan.
#Oefening: Platinacomplex met ruimtegroep Pc1/m, posities gegeven in de ruimtegroep ( xyz, -x-y-z...) en coördinaten gegeven van zwaarste atomen in Patterson. Bepaal de positie van Pt, wat is de fase bij structuurfactor F(020), geldt de wet van Friedel?
#Begrippen: McLafferty omlegging + hexagonale en kubische dichtste bolstapeling uitleggen

===13 januari 2020 - voormiddag===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#Theorie: NOE, NOESY en COSY
#Puntgroep Pmcb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Puntgroepen van vier structuren
#Oefening: CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, geldt wet van Friedel?
#Begrippen: ATR-IR + ESI uitleggen

===26 augustus 2019===
#Theorie: Hoe wordt het principe van Fourier synthese toegepast in de kristalstructuurbepaling?
#NMR-vraag: 3 verschillende H-NMR spectra van isomeren met brutoformule C6H8N2O2. Teken ook de opsplitsingspatronen.
#Puntgroep Pcnb met gebruikelijke bijvragen
#Oefening: Vlakgroep vlak 110 NaCl. Geef alle symmetrie-elementen.
#Oefening: Bepaal de fase en intensiteit van PoCl2 in de reflectie (110). Gegeven zijn de atoomposities en de karakteristieke straling.
#Begrippen: ESI + CuKalfa uitleggen

===28 januari 2019===
#Hoe kan je een model verbeteren na het oplossen van het faseprobleem?
#H-NMR van C5H8O2 bijvragen over IR.
#Pmcn met bijvragen.
#puntgroep van 4 isomeren van dioxine.
#AgI posities van de atomen gegeven (breuken) a=6.50 A. tabel met sin(theta)/lambda gegeven voor fAg en fI. Bravais rooster geven, fase, hoek en intensiteit berekenen.
#ATR-IR en ESI.
===17 januari 2019===
#Geef de afleiding van de structuurfactor. Is deze experimenteel te bepalen?
#H1-NMR van C10H13NO2 (Bijvragen over IR: wat als we van dit molecule een IR spectrum zouden opnemen? Waar zien we dan pieken? Welke zijn sterk? Welke niet?)
#Ruimtegroep Pnam met bijgvragen
#Puntgroep bepalen van de isomeren van tetrachloorkubaan (molecuulmodelletje gegeven)
#Rood loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 Atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 ½ 0.2385
Pb(2): ½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): ½ ½ 0
Wat is het Bravaisrooster? Welke symmetrie-elementen gaan door O2? Construeer de pattersonfunctie. Waar vinden we de sterkste pieken? Toon aan dat de intenstiteit van reflectie 200 en 020 gelijk is.
#Mclafferty omlegging en kubische en hexagonale dichtste bolstapeling.
===14 januari 2019===
# Hoe kan men met de Pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NOE en NOESY, COSY (mondeling)
# Ruimtegroep Pman met bijvragen
# Puntgroepen van 4 verschillende aromaten
# CdI2: Bravaisrooster bepalen, voor structuurfactor fase bepalen en afbuigingshoek als CuK(alfa) straling gebruikt wordt, maxima van de Pattersonfunctie geven
# MALDI-TOF uitleggen en golfgetallen vergelijken bij IR spectroscopie

=== 4 september 2018===
# Geef de contructie van Ewald
# H-NMR van C10H12O3
# Ruimtegroep Pcnb
# Geef de puntgroep van 4 isomeren van tetrachloornaftaleen die aanleiding geven tot een andere puntgroep.
# PbO kristaliseert uit in eenheidscel met gegeven dimensies en atoomposities. Gevraagd: Construeer de pattersonfunctie, waar zijn de sterkste pieken? Tot welk Bravais rooster behoort dit? Wat is de afbuighoek van het 110 vlak met CuKalfa?
# Begrippen: Kubisch en hexagonale dichtste bolstapeling + McLafferty omlegging

===27 augustus 2018===
# Hoe kan men het faseprobleem oplossen met behulp van de Pattersonfunctie? (dus ook uitleggen wat faseprobleem is, formule van pattersonfunctie geven,...) (mondeling)
# Gegeven drie H-NMR spectra, alle drie C6H6N2O2, bepaal structuren, en verklaar de verschillende spectra (mondeling)
# Ruimtegroep Pcmn met alle gebruikelijke vragen
# Bepaal tot welke puntgroepen de isomeren van trichloorbenzeen behoren, teken alle symmetrie-elementen
# Oefening met CdI2, bepaal fasehoek van de reflectie op (110) en afbuighoek theta, tot welk bravais rooster behoort dit? Waar bevinden zich de maxima bij de Pattersonfunctie?
# Begrippen: MALDI-TOF, Laue groep

===15 juni 2018===
# Leid de structuurfactor af. Kan deze ook experimenteel bepaald worden? (mondeling)
# Gegeven een H-NMR spectrum, bepaal de structuur van de chemische stof die dit spectrum geeft. (mondeling)
# Ruimtegroep Pmca, gebruikelijke bijvragen.
# Oefening met intensiteit enzo berekenen. Structuur was op eerste zicht niet centrosymmetrisch, maar was het wel met andere oorsprong.
# Wat is de vlakgroep van het (110) vlak van NaCl? Teken en geef alle symmetrie-elementen.
# Begrippen: MALDI-TOF, kubisch dichtste bolstapeling

===11 juni 2018===
# Waarom Pattersonfunctie belangrijk bij het faseprobleem?
# NMR: C10H1202
# Ruimtegroep Pbab met alle bijhorende vragen
# Puntgroepen geven van 4 verschillende aromatische verbindingen + symmetrie elementen aanduiden
# Oefening waarbij celparameters en 2 atomen gegeven zijn. Intensiteit en afbuighoek berekenen voor (001) en (002). Tot welk Bravais rooster gehoord deze kristalstructuur?
# Begrippen: CuKalfa en ESI

===27 juni 2017===
# Stappen van kristalstructuurbepaling
# NMR, een piek waar bij stond deze verdwijnt bij schudden met D2O, bijvraag waarom deze piek verdwijnt, ook bijvragen over C13 NMR en IR
# Ruimtegroep Pcmm en bijvragen
# Vlakgroep vlak 110 NaCl
# Bepalen van intensiteit reflectie van vlak 200, lengte en fractionele coördinaten gegeven
# Beschrijf MALDI-TOF en kubisch dichtste bolstapeling

===22 juni 2017 NM===
# Structuurverfijning van kristalstructuurbepaling
# Leg uit: NOE en NOESY
# Ruimtegroep Pcan met alle bijhorende vragen
# Oefening waar 4 moleculen stonden waarvan je de puntgroep moest bepalen
# Oefening met tabel Sintheta/golflengte- intensiteit en hoek 2theta bepalen
# begrippen: CuKalfa en Resolutie

=== 16 juni 2017 NM===
#Hoe Faseprobleem oplossen met Patterson functie
#1H- Nmr ( bijvragen : welke piek is het belangrijkst bij IR-spectra , hoeveel pieken zullen er zijn bij C13,..)
#Ruimtegroep ( ik dacht Pbmn )
#Intensiteit bepalen en afbuighoek bepalen
#Puntgroep van tetrachloornaftaleen ( eerst isomeren geven en van elk isomeer puntgroep bepalen)
#Mc-lafferty omlegging
#chemische ionisatie
===16 juni 2017 VM===
#leid de formule voor de structuurfactor af en vertel hoe je deze experimenteel kan bepalen.
#Geef alle ionisatie technieken gebruikt in MS.
#Puntgroep Pbcm met gebruikelijke bijvragen
#Geef de puntgroepen van alle isomeren van tetrachloor kubaan en teken de symmetrie elementen
#verklaar chemische shift, koppelingsconstante en shift reagens
===12 juni 2017===
#leg constructie van Ewald uit
#nmr spectra (geef structuur molecule ) C10H12O3
#ruimtegroep Pncm met alle bijhorende vraagjes (asymmetrische eenheid, multipliciteit, equivaltente posities, patterson, puntgroep, systematische afwezigheden)
#Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
#oefening ivm fase berekenen en intensiteit (CdI2, sin(theta)/golflengte is gegeven, bepaal fCd, fI en zo de rest)
#begrippen: ESI & Wet van Friedel

===21 augustus 2015===
# stappen van de kristalstructuur bepaling
# Welke methode voor ionisatie worden er gebruikt bij massaspectroscopie
# Pcan (met alle gebruikelijke bijvraagjes)
# Vlakgroep van (110) vlak van ijzer. Geef alle symmetrie elementen
# PoCL2: ge krijgt Sin theta/lambda en uw celafmetingen, geef Fhkl, Ihkl en uw hoek
# Bespreek de termen chemische shift, koppelingsconstante en shiftreagens

=== 18 augustus 2015 vm ===
# leg het principe van uit van verfijning van een kristalstructuur
# leg volgende begrippen uit: NOE en NOESY
# ruimtegroep Pbmn en alle vraagjes zoals altijd
# puntgroepen geven 4 isomeren van een of ander molecule
# voor een bepaalde reflectie de fase van de structuurfactor berekenen en de intensiteit
# 2 stellingen (juist of fout):
#* Bij een ESI spectrum zijn er geen fragmentaties
#* Bij kubische dichtste bolstapeling liggen alle atomen op speciale posities
=== 24 juni 2015 ===
# Nmr spectra
# verfijning van kristalstructuur
# Vlak groep van ijzer
# Ruimte groep Pcan + al die bijvragen
# Oefening sin theta/lambda. ..
# 2 stellingen:
#* esi heeft geen fragmentaties
#* In ccp liggen alle atomen op speciale posities

=== 18 juni 2015 ===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen?
# Leg uit NOE en NOESY
# puntgroep Pbmn
# Bepaal de puntgroep van de isomeren van tetrachloorkubaan en duid alle symmetrie-elementen aan
# Bereken de fase van de structuurfactor en de intensiteit voor CdI2 met
#* Eenheidscel a=4,24 A, c=6,86 A, gamma=120Â°
#* Posities: Cd 0 0 0, I(1) 2/3 1/3 1/4, I(2) 1/3 2/3 3/4
#* sin theta/lamba 0,0 0,1 0,2 0,3 fCd 48 44,58 38,44 33,22 fI 53 49,36 42,79 37,14
# Verklaar de begrippen CuKalfa en resolutie

=== 9 juni 2015 vm ===
# Leid de uitdrukking van de structuurfactor af. Hoe kan je de structuurfactor experimenteel bepalen?
# H-NMR spectra van 3 isomeren C6H6N2O2
# Ruimtegroep Pncm
#* Equivalente posities
#* multipliciteit
#* asymmetrische eenheid
#* Geef 2 speciale posities (waarom speciaal?)
#* van welke puntgroep afgeleid?
#* Pattersongroep?
#*Systematische afwezigheden
# Bepaal de puntgroep van verschillende isomeren van tetrachloornaftaleen. Duid de symmetrie elementen aan.
# Rood Loodoxide PbO kristalliseert in tetragonale eenheidscel a= 3.975 c= 5.023
#* Waar vind je in Pattersonfunctie sterkste pieken?
# Leg uit : ESI en ATR-IR

===25 juni 2014===
#Geef de stappen voor kristalstructuurbepaling (mondeling)
#Wat is NOE? (mondeling)
#Ruimtegroep Pcnb
#Geef puntgroep van alle isomeren van tetrachloorkubaan
#Intensiteit van In en afbuighoek: vormfactor, atoomposities zijn gegeven
#Stellingen
#*Bij ESI is geen fragmentatie
#*Bij kubisch dichtste bolstapeling liggen de atomen op speciale posities

===13 juni 2014===
# Hoe kunnen we met behulp van de pattersonfunctie het faseprobleem oplossen? (mondeling)
# NMR spectrum met gesubstitueerde benzeenring (mondeling)
# Ruimtegroep Pbnm met alle typische bijvragen (asymmetrische eenheid, speciale posities + waarom ze speciaal zijn, pattersongroep, puntgroep en systematische afwezigheden)
# Geef de vlakgroep van (110) van ijzer
# Oefening op structuurfactor. Vormfactoren met bijhorende sin(Î¸)/Î» zijn gegeven, net als de fractionele coÃ¶rdinaten en de grootte van de eenheidscel
# Wat is ESI?

===13 juni 2013===
# Ruimtegroep Pbmb.
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de ijzerstructuur?
# NMR-spectrum gegeven. Stelling: Bevat dit spectrum een AX6 systeem?
# Leg volgende begrippen uit: Laue groep, resolutie, temperatuursfactor.
# Gegeven: posities van In en celparameters (a en c). Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de afbuighoek 2theta en de intensiteit van de reflecties (001) en (002). Wat is de puntgroep rond de middelste In? Waar bevinden zich de hoogste Pattersonpieken?

===10 juni 2013===
# Teken ruimtegroep Pbnb (ab-projectie) en geef equivalente posities, speciale posities, systematische afwezigheden, puntgroep waarvan de ruimtegroep is afgeleid en asymetrische eenheid. (Schriftelijk, na 1 uur af te geven.)
# Wat is de vlakgroep van het vlak (110) in de platina-strucuur? (Structuur is dus van buiten te kennen!) Bijvraag: is dit vlak de eenheidscel van de vlakgroep? (Mondeling)
# Bespreek: voor ethylisobutyraat (spectrum en structuur gegeven) is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk. Bijvragen: hoe bepalen we de frequentie die we moeten gebruiken voor het ontkoppelingsexperiment? Link de verschillende pieken aan de verschillende groepen. (Mondeling)
# Leg de Ewald-constructie uit. Bijvraag: wat gebeurt er als we het kristal draaien? (Mondeling)
# Gegeven: posities van Mo en Ni in een MoNi4-legering en parameters a en c. Teken een a,b-projectie van de eenheidscel. Welk Bravais-rooster heeft de cel? Bepaal de 2-theta en de intensiteit van de reflectie (002). Wat is de puntgroep rond Mo? Geef de hoogste pattersonpieken.

===16 juni 2011===
# Teken ruimtegroep Pmcn (ab-projectie) en geef equivalente posities, puntgroep waar deze ruimtegroep van is afgeleid, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities en bijhorende Pattersongroep. Zijn er systematische afwezigheden?
# Stellingen:
#* Het vlak (110) wordt bij Fe en bij NaCl beschreven door dezelfde vlakgroep
#* Bij een goed verfijnde structuur zijn de pieken op de verschilfourier te verwaarlozen
#* Voor de waterstofatomen met delta 6,8 is een ontkoppelingsexperiment niet mogelijk (NMR-spectrum van ethyl-4-methoxybenzoaat gegeven, het gaat om de waterstoffen op C3 en C5 van de benzeenring).
# Oefening: PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel, a en c gegeven. Twee posities voor Pb en voor O gegeven. Teken de ab-projectie. Door welke puntgroep wordt de geometrie rond de Pb-atomen beschreven? Door welk Bravaisrooster wordt het kristal beschreven? Bepaal de fase van de intensiteit van afgebogen stralingsbundel voor het vlak (110) voor CuK-alpha (tabel met enkele waarden gegeven voor f van Pb en O ifv sin(theta)/lambda). Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen stralingsbundel op de tekening.

===10 juni 2010 (NM)===
# Teken ruimtegroep Pmnb en klassieke vragen: equivalente posities, 2 speciale posities, systematische afwezigheden, asymmetrische eenheid, puntgroep,..
# Stellingen:
#* De temperatuur heeft geen invloed op de kristalstructuurbepaling.
#* Het is niet mogelijk om P2 en Pm van elkaar te onderscheiden met behulp van intensiteitsmetingen.
# NMR-spectrum en bepalen of het overeenkomt met het gegeven molecule.
# Oefening: AgI kristal, a= 6,50 Angstrom, coordinaten van atomen zijn gegeven, en tabel van f ifv sin/lambda.
#* Geef a,b-projectie + Bravaisrooster
#* Bereken Intensiteit en bereken afbuighoek van vlak 004
#* Geef puntsymmetrie rond Ag en rond I
#* Waar verwacht je de hoogste Pattersonpieken?

===23 juni 2009===
# teken ruimtegroep (Pnca dacht ik) & geef eq. posities, 2 speciale posities, syst. afwezigheden, puntgroep, ...
# Stellingen:
#* rotatiesymmetrie kan bepaald worden via rotatiediffractie(dat een ding waar ge een kristal draait, ik ben niet meer zeker of dat zo heet)
#* bij verschilelektronendichtheidsmap gaat de hoogte van de pieken verloren bij verfijning (ofzoiets toch)
# NMR van 1,1-dimethoxyethaan
# Oefening: alfa-uranium heeft volgende coordinaten op speciale posities: +-(0,y,1/4) +-(1/2,1/2-y,-1/4) a b en c gegeven(3 verschillende waarden) 2 groottes van structuurfactoren gegeven en de fu in functie van sin(theta).
#* y is 0.10 of 0.15, bepaal dit met bhv de gegevens.
#* Teken een a,b-projectie.
#* Beschrijf de omringing van het U-atoom via de puntgroep van het atoom.
#* Teken de pattersongroep.
===17 juni 2009===
# Ruimtegroep Pcan: equivalente posities, multipliciteit, asymmetrische eenheid, 2 speciale posities, puntgroep, systematische afwezigheden
# Stellingen
#* De temperatuurfactoren van Pt in een Pt-kristal zijn isotroop (Antwoord: Waar want ze liggen op speciale posities)
#* De symmetrie van een diffractiepatroon van een kristal wordt bepaald door de ruimtegroep
#* NMR: aspirine
# Oefening: Nikkelarsenide (a, c en gamma=120Â° is gegeven) De posities van Nikkel en van arseen zijn ook gegeven.
#* Geef de ab-projectie, bravais rooster, wat is de stapeling van Arseen, puntgroep rond Arseen en rond nikkel
#* Bij reflecties (200), (300) en (030) en Cu K-alfa straling
#** Voorspel de hoogste intensiteit
#** Voorspel de grootste afbuighoeken
#* Wat is de resolutie bij een afbuighoek van 100Â° en bij Cu K-alfa straling

=== 15 juni 2009 ===
# Ruimtegroep (ik denk Pbmn) met klassieke vragen
# Stellingen
#* Pm en Cm hebben dezelfde Harkersecties
#* Cobalt kan geÃ¯oniseerd worden met Cu K alfa straling
#* NMR
# Oefening: HgS met coÃ¶rdinaten Hg en S gegeven. Alle elementen geven van 11 juni op uitzondering van de afbuighoek en dit voor de vlakken 200 en 400.

=== 11 juni 2009 ===
# Ruimtegroep + asymmetrische eenheid + 2 speciale posities + iets met systematische afwezigheden
# Stellingen
#* Het 110 vlak van Fe vertoont C4v (Bijvragen: aantonen op modellekes)
#* De atomen bij hexagonale dichtste bolstapeling liggen allemaal op speciale posities (Bijvraag: Hij vraagt om de kubische bolstapeling te laten zien, met die pingpongballetjes en hoe heten de ruimtes tussen die pingpongballekes)
#* NMR: een benzeen met een chloor op en op para positie iets me een ethyl en een keton (Bijvraag: hoe zie je dat het een spectrum van de 1ste orde of 2de orde is)
# Oefening: ik kreeg een tabel met fractionele coÃ¶rdinaten van ReO3 en zo'n tabel met sin (theta) / lamda en vormfactoren. Ik moest een ab projectie tekenen, bravais rooster geven, intensiteit berekenen, afbuighoek bepalen, hoogste pattersonpieken voorspellen.

=== 24 juni 2008 ===
# Pmca met klassieke vragen
# Stellingen
#* Alle atomen van sfaleriet bezetten speciale posities
#* Een kristalrooster kan ondubbelzinnig bepaald worden adhv systematische afwezigheden
#* isopropyltolueen
# Wolfraam-rooster en CuKa straling, vlakken (211) en (310)
#* teken 3D-rooster en duidt [sic] vlakken aan
#* Welke intensiteit is sterkst, bij (221) of bij (310)
#* Welke reflectiehoek is grootst, bij (221) of bij (310)
#* Welke zijn de sterkste Pattersonpieken?

=== 19 juni 2008 ===
# Pbmn tekenen + assym. eenheid + equi. pos. + multipliciteit + 2 speciale pos. + Systematische afwezigheden + van welke puntgroep
# Stellingen
#* De temp. heeft geen invloed op het diffractiepatroon
#* De vlakken 001 en 110 van Fe hebben dezelfde vlakgroep (ook zeggen welke vlakgroep(en))
#* NMR
#De structuur van LiF en NaCl is dezelfde, a = ...., kristalafmeting 0,2mmx0,2mmx0,2mm en wordt bestraald met Cu kalfa. Bereken F003 en F004. Welke intensiteit is het hoogst? Wat gebeurt er met de diffractiehoek en de intensiteit als je:
#*F vervangt door I
#*de cel verdubbeld
#*Waar verwacht je de sterkste Pattersonpieken

=== 19 juni 2008 ===
# P nmb tekenen + puntgroep + asymetrische eenheid + equi posities
# stellingen ( waar of niet waar )
#* Pm en Cm hebben dezelfde harkersecties
#* R staat voor de resolutie van een structuurbepaling
#* spectrum en molecule gegeven, horen ze bij elkaar?
# oefening : NH4HgCl3 heeft eenheidscel a = ... c =... en atoomposities N, Hg en 3 Cl-en gegeven: (ook alpha-Cu straling zoda je uw lambda ook kent) (tabel sin(theta)/lambda en f waarden van Cl, Hg en N gegeven)
#* geef (a,b) projectie van eenheidscel
#* bepaal Bravais rooster
#* bepaal intensiteit en afbuigrichting 2theta van de reflectie (004)
#* Hg door welke puntgroep omringt

===23 juni 2008===
#Ruimtegroep tekenen. In dit geval Pman. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#kristal met Li2O met Ã©Ã©n lengte gegeven (kubisch dus)
#*teken ab projectie gegeven zijn de posities van de atomen
#*geef puntgroep rond Li en O
#*geef bravais rooster
#*twee vlakken gegeven welke grootste hoek en welke grootste intensiteit
#*waar bevinden zich de grootste patterson pieken

===27 juni 2007===
#Ruimtegroep tekenen. Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Bespreek volgende stellingen. Geef telkens ook een korte motivatie:
#*Op basis van systematische afwezigheden kan geen verschil gemaakt worden tussen de ruimtegroepen P2 en P2/m.
#*De temperatuurfactoren van <math>\alpha</math>-Fe zijn isotroop.
#*NMR-spectrum en molecule. Kunnen die bij elkaar horen?
#Typische gecombineerde oefening. Diffractiemeting op wolfraam met Cu-<math>\alpha</math> straling. Beschouw vlakken (211) en (310). Een tabel met <math>\frac{\sin \theta}{\lambda}</math> waarden is gegeven.
#*Teken het reÃ«le rooster en duidt de vlakken aan.
#*Teken ab-projectie van het reciproke rooster, en duidt hier ook de vlakken aan.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste reflectiehoek.
#*Voor welk vlak verwacht je de grootste intensiteit.

===Vragen eerste zit vrijdag 30 juni 2006 (Fysica)===
#Teken Pbna (ab-projectie). Geef equivalente posities, multipliciteit, twee speciale posities en de asymetrische eenheid. Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid? Welke Pattersongroep?
#Zijn volgende stellingen waar of vals?
#*Omgeving van een bol in hexagonaal dichtste bolstapeling is C3h.
#*<math>P2_1</math> en <math>P2_1/m</math> zijn niet te onderscheiden met behulp van de speciale posities.
#*Dit is het NMR-spectrum van... (iets ingewikkeld)
#LiF kristalliseert zoals NaCl in kubische cel met parameter a = 0,4026 nm. We gebruiken CuKa straling en een kristal met dimensie 0,2x0,2x0,2.
#*Geef de ab-projectie van de structuur.
#*Geef de reciproke parameters.
#*netvlakken 003 en 004: welke heeft grootste intensiteit van de gereflecteerde straal?
#*Wat gebeurt met deze reflecties (dus hoek, intensiteit, fase) als we F vervangen door I. Wat gebeurt er als we de afmetingen van het kristal verdubbelen?
#*Welke zijn de grootste pieken in de Pattersonfunctie?

=== Vragen eerste zit dinsdag 27 juni 2006 (Geologie) ===
(dit waren vragen van geologie, zij hebben ook een deel poederdiffractie dat voor fysici niet gekend hoeft te zijn)

*teken de ruimtegroep Pncm (a,b-projectie)
Geef equivalente posities, multipliciteit en assymmetrische eenheid

Van welke puntgroep is deze ruimtegroep afgeleid?

Geef twee speciale posities

*stellingen:
De atomen in perovskiet liggen allemaal op speciale posities

De ruimtegroepen P2/c en Pc behoren tot zelfde pattersongroep

*loodoxide PbO kristalliseert in een tetragonale eenheidscel
a=3,975 A en c=5,023 A
atomen liggen op de posities:
Pb(1): 0 Â½ 0.2385
Pb(2): Â½ 0 -0.2385
O(1): 0 0 0
O(2): Â½ Â½ 0
Teken een a,b-projectie van de eenheidscel en beschrijf de omringing van de loodatomen met behulp van een puntgroep

Welk Bravaisrooster?

Bepaal voor de reflectie (110) de fase van de structuurfactor en intensiteit
Teken het vlak (110) en de invallende en afgebogen bundel bij op de a,b-projectie bij gebruik van CuKÎ±

Bereken de positie van de diffractielijn op een Debye-Scherrer film
(camerastraal=28,7mm en CuKÎ±)

Teken schematisch de film

=== Vragen eerste zit donderdag 22 juni 2006 (Fysica) ===
*eerste vraag:
Teken een ab-projectie van de ruimtegroep Pmcb
en alles der op en der aan, puntgroep, patterson, equivalente posities...

*Tweede vraag:
Zijn volgende stellingen waar, verklaar:
1. kan men uit een diffractie patroon de aanwezigheid opmaken van een S4 as?
2. Is de R-waarde een maat voor de resolutie van een diffractie?
3. Is dit het NMR spectrum van ... (een onuitspreekbare naam)

*Derde vraag:
Oefeningen op een hexagonaal stelsel CadmiumdiJood met straling bepalen en uittekenen.</text>

Veredeling en Biotechnologie

2025-01-20T21:16:19Z

R0899163: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Minor verbreding van biochemie volgt het vak veredeling samen met bio-ingenieurs optie landbouwkunde. Het bestaat uit 2 delen: plant en dier. Het deel plant wordt gegeven door N. De Storme (sinds academiejaar 2018-2019) en is veel meer leerstof dan deel dier. Deel dier wordt gegeven door N. Buys. Voor deel plant is enkel de eerste vraag mondeling en voor deel dier zijn alle vragen mondeling. Tijdens het jaar zijn er practica sessies en verplichte oefenzittingen, waarvan niets op het examen zal staan.

==Examenvragen==
===16 januari 2025===
====Dier====
#geitenmelk in Congo
#stressgen in Pietrain, geef alle mogelijke manieren die je kan bedenken om het eruit te krijgen en zeg welke je zou nemen
#ziekte in koe veroorzaakt door puntmutatie van T naar C, hoe weet je hoeveel het in de populatie voorkomt?

====Plant====
#backcross
#F1 steriliteit
#somatische hybridisatie

===18 januari 2024===
====Dier====
#Genetische adviseur: varkensham met meer smaak in Vlaanderen
#Z-linked feathering uitleggen en waarom dit handig is
#Gene editing in huisdieren (Wat is het en zou dit gebruikt kunnen worden voor iets? Waarom wel of niet?)

====Plant====
#pedigree methode uitleggen (figuur!), welke soort cultivar wordt bekomen, wat zijn de voor en nadelen? Vergelijken met Bulk methode
#CGMS uitleggen via schema, vergelijk met CMS
#AFLP genotypering uitleggen (figuur!), waarvoor kan dit gebruikt worden?

===19 januari 2023===
====Dier====
#Leghennen in de Kempen (Waarop selecteren? Waarom? Hoe meten? Strategie + welke technieken)
#QTL: wat is het, leg uit adhv een voorbeeld, hoe kan je een QTL zoeken?
#Leg kort uit: epistasis, recombination loss

====Plant====
#Wat is genetische winst, hoe bereken je het, hoe kan je het voorspellen, geef twee manieren om het te maximaliseren, wat is de algemene dynamiek van genetische winst in een veredelingsproces (/4)
#F1 hybride zaad is een 3-lijn systeem, leg in detail uit, op welk biologisch fenomeen is dit gebaseerd, wat is het verschil met 2-lijn,... (/4)
#Wat is een synthetische cultivar, waarvoor kan je het gebruiken, wat is het verschil met een F1 hybride cultivar (/2)

===2 September 2022 (schriftelijk)===
====Dier====
#Je wilt de bevolking in Togo van melk voorzien. Hoe doe je dit? Wees duidelijk, verklaar elke stap en leg uit waarom je dit adviseert.
#Een hond wordt verdacht de kat van de buren dood te bijten. Hoe ga je dit na? Geef elke stap in je werkwijze en leg uit.

==== PLant ====
#Recurrente selectie uitleggen. Wat is het algemene doel. Wat is RS voor GCA en SCA. ... (zeer gedetailleerde vraag) (/4)
# Zaadlethaliteit van F1 door tripbloide block. Hoe komt dit? Geef de biochemische werking. Waarom is dit een hinder in veredeling. Hoe kunnen we dit oplossen (geef een voorbeeld). ... (details!) (/3)
# QTL mapping via BSA. Leg BSA uit. Verklaar de uitspraak: Afhankelijk van het fenotype kenmerk moet je QTL mapping anders uitvoeren? (/3)

===20 Januari 2022 (schriftelijk)===
====Dier====
#Varkenskwekerij in Spanje. Waarvoor ga je selecteren en waarom? Hoe ga je dit aanpakken?
#Een bepaalde monogene recessieve afwijking bij Belgisch Witblauw wordt veroorzaakt door een puntmutatie in een bepaald gen. Hoe ga je testen hoeveel dit voorkomt in de populatie?

====Plant====
#Family selection (/5)
#F1 hybdride steriliteit (/3)
#CO-interferentie bij linkage mapping (/2)

===16 Januari 2021 VM===
====Dier====
#Geitenhouderij in Leuven. Waarvoor ga je selecteren en waarom? Hoe ga je dit aanpakken?
#Je wil de dubbel gespierdheid van het Belgisch Witblauw in een schaap brengen, hoe ga je dit aanpakken?

====Plant====
#F1 hybride zaadproductie: leg het verschil uit tussen het twee-lijn systeem en het drie-lijn systeem.
#Single point analysis
#Leg uit transgressie en hoe komt dit aan bod binnen de veredeling?

===17 Augustus 2020 VM===
====Dier====
#Bedrijf in Leuven voor biologisch varkensvlees.
#Fokwaardeschatting uitleggen met een concreet voorbeeld.
#schaap doodgebeten door hond of wolf?

====Plant====
#pedigree methode uitleggen, voor- en nadelen, vergelijken met SSD en hoe beter maken met merkers?
#CGMS
#BSA

===30 Januari 2020 VM===
====Dier====
#Bedrijf is Leuven voor hamproductie met veel smaak. Hoe ga je dit doen? ((Bijvraag: over welk vet (intracellulair vet), welk dier (Iberico))
#heterosis, wat is het en hoe komt het? (teken het schema, met de getallen van dominante en additieve effecten)
#hoe maak je varkens resistent tegen een virus? door receptor te muteren of backcrossing met resistente varkens ((Bijvragen: waarom geen CRISPR/Cas (EU) en hoe heet die kruising (veredelingskruising))

====Plant====
#Recurrent selection, principe en hoe ga je het doen? Wat is het uiteindelijk resultaat, cultivar? Waarvoor kan je het gebruiken? Verschil tussen GCA en SCA, wat kan je hiermee doen? Hoe maak je GCA/SCA recurrent selection en waarvoor kan je ze gebruiken? Bijvragen over de verschillende soorten recurrent selection.
#Brassicaceae type zelf incompatibiliteit. Moleculair/genetisch/cellulair mechanisme
#barnase en barstar. Toepassing in veredeling?

===29 Januari 2020 VM===
====Dier====
#Een lam voor vlees in Leuven, hoe?
#recombination loss
#z gelinkte veren bij kippen

====Plant====
#F1 hybride geef de stappen voor dit op te stellen en het gebruik daarvan
#tweepuntskruising en driepuntskruisen
#F1 steriliteit en waarom is GxE belangrijk?

===28 Januari 2020 VM===
====Dier====
#Ik heb een stuk grond in Leuven en ik wil een geit met veel melkproductie, wat doe ik?
#Verdringingskruising uitleggen en tekenen met een schema
#Hoe polygene eigenschappen opsporen met merkers en specifiek vb uitleggen

====Plant====
#Pedigree methode uitleggen en vergelijken met bulk en SSD. Voor en nadelen van de pedigree methode en hoe kunnen moleculair merkers helpen?
#Triploid block
#SPA en voor en nadelen

===28 Januari 2020 NM===
====Dier====
#In Togo heb je een bedrijf voor geitenmelk. Hoe zou je via genetica dit optimaliseren.
#Kunstmatige bevruchting van vissen in aquacultuur uitleggen. Zijn hier problemen mee? Geef een voorbeeld.
#Een bedrijf wordt ervan verdacht paardenvlees in de lasagne te gebruiken en dit niet te vermelden op het etiket. Stel een genetische test op om dit te achterhalen, hoe werkt de test?

====Plant====
#Wat zijn doubled haploids? Hoe worden ze algemeen gemaakt en geef een voorbeeld? Waarvoor zouden DH's gebruikt kunnen worden in veredeling?
#Geef het Solonaceae type zelf incompatibiliteit, moleculair en cellulair. Is dit gametofytisch of sporofytisch? is dit self recognition based of non-self? Wat zijn de complicaties in veredeling voor gewassen met dit soort ZI.
#Wat is bulked segregant analysis?

=== 17 januari 2019 VM===
====DIER====
#Schapen kweken; wat wil je, hoe en waarom?
#Achterhalen van duroc vlees in vleeswaar, genetisch; hoe, wat zijn de stappen?

====PLANT====
Mondeling
#Wat zijn dubbele haploiden; definitie, hoe en waarom?
Schriftelijk
#Dominantie epistasie
#Triploid block
#Simple QTL

===17 januari 2019 NM===
====DIER====
#Leg veredelings- en rotatiekruising uit met schema en voorbeeld, doel van beide uitleggen
#Hoe QTL vinden die gelinkt is aan een hoger cholesterolgehalte in eieren
====PLANT====
#Leg backcrossing uit (principe, doel) en hoe kunnen genetische merkers hierbij helpen
#Erfelijkheid in enge zin: hoe berekenen, wat is invloed op keuze van veredeling en efficiëntie hiervan
#Leg Linkage disequilibrium uit, wat is het nut hiervan in QTL
#Leg solanaceae-type self incompatibility uit

===30 januari 2019 NM===
====DIER====
#konijnen kweken; voor welke eigenschappen en hoe ga je te werk?
#Je wil dezelfde spiergroei kenmerkend voor Belgisch Wit-Blauw in geiten, hoe ga je te werk?
====PLANT====
Mondeling
#Leg uit Backcrossing, hoe kunnen moleculaire merkers het proces versnellen?
Schriftelijk
#Brassicaceae type zelf incompatibiliteit
#Heterosis en transgenese
#Leg uit apomixie

===23 augustus 2019 VM===
====DIER====
#kwaliteitsvol vlees, welke dieren en waarom?
#schaap met goede vruchtbaarheid naar een ander schaap overbrengen, hoe ga je te werk?

====PLANT====
#Dubbele haploiden
#BSA
#F1 steriliteit
#overerfbaarheid (enge, brede zin)

===4 september 2019 NM===
====DIER====
#Wat is heterosis? Hoe ga je dit gebruiken bij het selecteren van varkens?
#Dood schaap gevonden met een bijwoonde. Hond of wolf? Wat ga je doen, leg elke stap uit?

====PLANT====
#Backcrossing, wat is het, hoe doe je het en welke moleculaire merkers kunnen BC versnellen?
#CGMS
#SPA (QTL) mapping
#Zaadloze vruchten, hoe ga je dit bekomen?

=== 17 januari 2018 ===
====Plant====
# Wat is backcross breeding? Waarvoor wordt het gebruikt? Hoe kunnen moleculaire merkers helpen? (hij stelt op het moment zelf nog extra bijvragen)
# Wat is linkage disequilibrium, hoe kan je het berekenen, wat is het effect van recombinatie?
# Leg het Solonaceae type Zelfincompatibiliteit uit.
# Wat is erfbaarheid in enge zin? Hoe bepaald het de veredelingsstrategie en de efficiëntie van veredeling?

====Dier====
# Wat is veredelingskruising en rotatiekruising? Geef een schema en een voorbeeld waarbij het gebruikt wordt.
# Hoe kan een QTL voor de cholesterol in de dooier van eieren gevonden worden?

===28 januari 2008===
#Vraag 1:
##Hardy-Weinberg
##genetische winst
##cytoplasmatische mannelijke steriliteit
##RNase
##transgressieve segregatie
##monosoom
##chimeer
##parthenogenie
##algemene combinatiegeschiktheid
##inteeltdepressie
#Het moeilijke bij het maken van hybride cultivars is het aanmaken en selecteren van de ouderlijnen
#Belang van crossing over in plantenveredeling + hoe zit het met allotetraploÃ¯die en autotetraploÃ¯die
#Bestendigheid: hoe bekomen?

===23 januari 2009===
====DIER====
#Vraag 1:
##Fokwaardeschatting
##SNP
##Recombinatiefractie
#Je wil het genetisch rendement in een veehouderij verbeteren, op welke eigenschappen ga je selecteren? Pas dit toe voor varkens en melkkoeien. Hou hierbij rekening metÂ : de markten met andere vereisten, welke rassen geef je een voorkeur , zijn kruisingen hierbij nuttig (rassennamen!)
====PLANT====
#Vraag 1:
##Allelfrequentie
##Recurrente ouder
##Specifieke combinatiegeschiktheid
##Trisoom
##Insectenbestuiver
##QTL
#Geef de soorten merkers voor verwantschapstesten en genenkaarten op te stellen. Geef voor- en nadelen en enkele bedenkingen.
#Leg systeem synthetische cultivar met kruisbestuivers uit. Je krijgt zelfs de engelse uitleg erbij dat naast de figuur in de cursus staat. (bijvraagje was of je heterosis kan verliezen na de eerste polycross, ja want je werkt met halfsib je kent de vaders niet)

===21 september 2009===
#Vraag 1:
##Overerfbaarheid
##SNP
##Koppelingsanalyse
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Antherencultuur
##Heterozygotie
##Inteeltdepressie
##Cultivar
##Monosoom
#(Dier) Bespreek de verschillende kruisingsschemaâ€™s met betrekking tot additieve effecten. Geef tevens van elk schema een voorbeeld.Â
#(Plant) Bespreek de aanmaak van hybride cultivars aan de hand van CMS met behulp van de figuur in de cursus.Â
#(Plant) Zijn merkers handig bij het nagaan van de ploÃ¯diegraad van planten. Moet men hierbij een onderscheid maken tussen zelfbevruchters en kruisbevruchters? Gaat dit even efficiÃ«nt bij alloploÃ¯den als autoploÃ¯den?

===24 januari 2013===
====DIER====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##Fokwaarde
##Allelfrequentie
#musculaire dystonie: hoe ga je genetische test opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##AFLP
##Heterozygositeit
##CoÃ«volutie
##PrefertilisatiebarriÃ¨re
##Genetische vooruitgang
#Inteeltlijnen maken (voor hybride cultivars) is de moeilijkste stap voor aanmaak hybride cultivars. Bespreek deze uitspraak.Â
#Tekening van plant A, B, A, R en hybride (bij cms); leg uit.

===23 januari 2014===
====DIERÂ ====
#Vraag 1:
##Vermeerderingspiramide
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Genetische test ontwikkelen bij varkens voor vruchtbaarheidsgen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Heterozygoot (ivm merkers)
##AFLP
##...
#Eigenschappen van merkers (polymorf) en uitleg erbij geven.Â
#Selectieproblemen bij inteeltlijnen voor hybride cultivar aan te maken.Â
#CMS bij hydride cultivar via tekening uitleg.
====DIER====
#Vraag 1:
##Zuivere lijn
##Bulmer effect
#Op welke diersoort en op welke eigenschap zou je Genomic selection toepassen.Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Multitlijnveredeling(ivm merkers)
##Algemene combinatiegeschiktheid
##Effectief aantal allelen
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Wat maakt een cultivar bestendig?Â
#Moleculaire merkers kunnen helpen om een collectie aan te maken voor veredeling, welke zou je gebruiken?Â
#Figuur van afstammelingenselectie van zelfbestuivers uitleggen.
====DIER====
#Vraag 1:
##Inteeltdepressie
##Stamboek
#Hoe zou je een genetische selectie voor 'hoornloos' rund opstellen?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Dominante merker
##CMS
##Transgressieve segregatie
##InteeltcoÃ«fficiÃ«nt
#Wat zijn volgens jou de problemen bij het veredelen van zelfbevruchters?Â
#Uitleggen hoe je m.b.v. een merker op een genenkaart (reeds gelinkt aan een QTL) zou selecteren.Â
#Aan de hand van een gegeven figuur de full-sib selectie bij kruisbevruchters uitleggen.

====DIER====
#Vraag 1:
##Fokdoel
##Heterosis
#Hoe zou je bepalen of een ham van een iberico is?Â
====PLANT====
#Vraag 1:
##Merkerdensiteit
##Genetisch recurrente selectie
##SimilariteitscoÃ«fficiÃ«nt
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploÃ¯de of een autotetraploÃ¯de?Â
#Leg schema uit: synthetische cultivarÂ
===27 januari 2015===
====DIER====
#begrippen
##selectierespons
##multiplex PCR
##stressgen
#Wat is genomic selection en bij welke landbouwdieren zou je dit toepassen?
====PLANT====
#Begrippen
##QTL
##merkerdensiteit
##isolijn
##specifieke combinatiegeschiktheid
#Vragen
##Je wil tarwe veredelen voor aantal korrels per aar.
##Waarom is de bulk methode hiervoor meer geschikt dan de enkel-zaad afstamming?
##Welke moleculaire merkers kan je gebruiken om raszuiverheid na te gaan?
##Bespreek het veredelingsschema voor de aanmaak van een synthetische cultivar (tekening met engelse tekst gegeven)

===21 januari 2016===
====PLANT====
#woordjes
##dominante merker
##simmulariteitscoÃ«fficient
##algemene recombinatiegeschiktheid
##fenotypische recurrente selectie
#vragen
##bestendigheid realiseren hoe?
##QTL gebruiken voor te veredelen op een eigenschap
##bulk methode zelfbestuiving uitleggen adhv figuur
====DIER====
#Genomic selection
##op welk dier en welke eigenschap
##waarom
##hoe
#PCR-RFLP:leg uit en geef een voorbeeld
===14 januari 2016===
====PLANT====
SSR, fenotypisch recurrente selectie, dominante merker, verwachte heterozygotie
Tekening van inteelt bij maïs
De vraag van tarwe, bulk, en single-seed
====DIER====
#Veredelings- en rotatiekruising
#Genetische test voor vruchtbaarheid maken

===14 januari 2016 (2)===
====PLANT====
#heterozygotie ( verwijzing naar deel biotechnologie), inteeltcoefficient(opnieuw verwijzen naar deel biotechnologie), prezygotische barriere, AFLP
#wat is de moeilijkheid in het selecteren en maken van inteeltlijnen bij het maken van een hybridecultivar?
# mondeling bespreking over artikel
#verklaar de onderstaande tekening ( das de laatste figuur die we gezien hebben over hybridecultivars)
====DIER====
#schets vermeerderingspiramide, wat is het?, bij welke dieren wordt het toegepast en waarom?
#hoe kan men weten of vlees van een everzwijn is en niet van een gewoon varken?ontwikkel hiervoor een methode om dit na te gaan.

===31 januari 2017===
====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*CentiMorgan
#*SNP
#*genotype recurrente selectie
#Leg de stelling uit: Is er bij een zelfbevruchtende plant meer genetische diversiteit bij een allotetraploïde of een autotetraploïde?
#Artikel
#Tekening synthetische cultivar bespreken. (Bijvragen: hoe zou je de eerste gekloonde lijn verkrijgen? (=inteelt), Waar ergens is er recurrente selectie (is dit genotypisch of fenotypisch)? (= genotypisch, bij de afstammingstest) Wordt de synthetische cultivar gebruikt voor additieve geneffecten? (= ja, want heterosis)

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Leg genetische vooruitgang uit aan de hand van een voorbeeld.
#Hoe zou je een merker ontwikkelen voor vleeskwaliteit bij varkens? Hoe gebruik je dit in je selectie?

===21 augustus 2017 NM ===

====PLANT (mondeling)====
#woordjes:
#*aantal effectieve alleen
#*BSA (bulk segregant analysis)
#*recurrente ouder
#*isolijn
#Wat zijn volgens jou de grootste verschillen tussen veredeling bij zelf en kruisbevruchters?
#Artikel
#Geef uitleg bij afbeelding van bulk ... bij zelfbevruchters.

====DIER (uitzonderlijk schriftelijk)====
#Vermeerderingspiramide
#Geef techniek om hoornloze runderen via merkers te identificeren.

=== 23 januari 2017 ===

====PLANT (Reeks 8) ====

Begrippen:

*AFLP
*Pre-fertilisatiebarrières
*Inteeltcoëfficiënt (hij heeft ook graag de formule uit de cursus erbij)
*...

Vraag 2: De keuze van de ouderlijnen en inteeltlijnen bij hybride cultivars kan voor problemen zorgen. Bespreek.

Vraag 3: Artikel (Eigen versie artikel mag je meebrengen, ook taak afdrukken en meebrengen. Hij heeft je taak zelf ook afgedrukt en er opmerkingen bij geschreven. Daarover gaan de vragen voornamelijk.)

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

====DIER====

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vruchtbaarheidstest op voor schapen. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

=== 27 augustus 2018 ===

====PLANT ====

Beschrijf de begrippen adhv 3-4 woorden

*Apomixis
*Specifieke Combinatie Geschiktheid
*Merkerdensiteit

Vraag 2: Bespreek de verwantschapsonderzoek en cultivar identificatie adhv merkers

Vraag 3: Artikel

Vraag 4: CMS (tekening gegeven, maar te klein om tekst te kunnen lezen)

====DIER====

Vraag 1: Vermeerderingspiramide. Leg uit aan de hand van een figuur. Waarom wordt dit gebruikt en bij welke landbouwhuisdieren wordt het toegepast?

Vraag 2: Stel een vaderschapstest op voor honden. Leg stap voor stap uit hoe je te werk gaat.

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2025-01-20T18:05:20Z

R0899163: /* 20 january 2025 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===20 january 2025 ===
VDB: picture adregenic receptors agonists and antagonists, how do you differentiate between these receptors (alpha1, alpha2, beta1, beta2), which methods would you use? explain

JW: A: explain GRK, GoLoco, phosducin, RAMP, RGS briefly. B: explain role of TNFR and RIP1 in regulated cell death briefly

HM: A: general structures in protein kinases B: external activation of classical PKC C: how does C2 domain play a role in activation

===22 January 2024 ===

Van den Broeck:
Give 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, and give (dis)advantages by comparing the techniques + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

Winderickx:
Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate and short explanation of the other players in this pathway.

Mizuno:
Explain the structure of the EF-hand motif and the C2 domain. How do they interact and bind with Ca2+? Give an exemple (one of each) of molecules that contain an EF-hand motif/C2 domain and explain how they transduce signals.

===23 January 2023 ===

20 points for each section. An average will be taken of the three parts.

Mizuno:

1. Explain the structure if EF hand motif and C2 domain. How do theinteract and bind with Ca2+?

2. Give some examples of molecules that contain one of these motifs and how explain how they transduce signals.

Winderickx:

1. Explain the role of the following molecules in the modultaion of G-protein signalling briefly (in a few sentences): RAMPs, Arrestin (alpha and beta), GoLoco,RGS and GRKs.

2. Describe the formation and the role of apoptosome and necroptosome/ribtosome.

Vanden Broeck:

1. Figure of synapse was give. Explain the steps (1-5) involved in the processof synaptic transmission.

2. Explain the molecular mode of action for neurotransmitters (e.g. acetylcholine).

===04 February 2022 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Molecular genetics of red-green colour deficiencies. Why is it so frequent, and why can such apparently similar genotypes lead to different phenotypes. Is tetrachromacy possible? (talk about it)
# Mizuno: Characteristics of NO. Synthesis of NO, explain. Regulation of the different NOS (eNOS, nNOS, iNOS).
# Vanden Broeck: What do you know about GPCR activation? Explain a hypothetical scheme given (from the lectures, the different conformations of GPCR).

===24 January 2022 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals (EF hand: Calmodulin, SMIT1; C2 domain: classical PKCs, synaptotagmin)
# Vanden Broeck: Give 3 lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction

===24 January 2021 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

===17 January 2021 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: 1) common structures in protein kinases 2) How external activation of classic PKC
# Vanden Broeck: Schematic of Insuline receptor activation and muscle constriction and pathways given, explain the major pathways here and how these cells increase the glucose uptake

===24 August 2020 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

===24 January 2020 VM ===
# Winderickx: RGS, GoLoco, AKAPs, Bcl2-family and GPCR desensitization(?)
# Mizuno: ER/SR and calcium uptake - serca, ip3r, ryr, stim and orai1 explanation + How is it regulated
# Vanden Broeck: Paper about GPCR's - question about arrestin

===23 January 2020 VM ===
# Mizuno (oral): Paper about allosteric activation of Raf. What is the P-loop and the catalytic site of a kinase?
# Winderickx: Explain the function of the members of the Bcl2-family. What makes them belong to the same family? Briefly explain the pathway(s) it is involved in and briefly give the function of the other substrates in the pathway(s).
# Vanden Broeck: Give three downstream compounds of the insulin/IGF pathway in detail.

===22 January 2020 VM ===
# Winderickx : Apoptosis, intrinsic, extrinsic pathway
# Mizuno (oral): Paper about kinases
# Vanden Broeck: Lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction

===21 januari 2020 VM ===
# Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. ''FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]
# Mizuno
## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.
## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.
# Vanden Broeck: Explain how you would perform a '''ligand binding assay''' for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based '''functional receptor assay''' and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.
'''
===16 januari 2020 NM===
# VDB (mondeling): paper over insuline receptor
# JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype?
# MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties

===15 januari 2020 VM===
# Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016)
## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)
## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)
# VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse.

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]
## Explain ROS production (3min talk)
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?
# Winderickx: had een artikel over metacaspases
# Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2025-01-20T17:29:50Z

R0899163: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden.

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==
===20 january 2025 ===
VDB: picture adregenic receptors agonists and antagonists, how do you differentiate between these receptors, which methods would you use? explain

JW: A: explain GRK, GoLoco, phosducin, RAMP, RGS briefly. B: explain role of TNFR and RIP1 in regulated cell death briefly

HM: A: general structures in protein kinases B: external activation of classical PKC C: how does C2 domain play a role in activation

===22 January 2024 ===

Van den Broeck:
Give 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, and give (dis)advantages by comparing the techniques + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

Winderickx:
Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate and short explanation of the other players in this pathway.

Mizuno:
Explain the structure of the EF-hand motif and the C2 domain. How do they interact and bind with Ca2+? Give an exemple (one of each) of molecules that contain an EF-hand motif/C2 domain and explain how they transduce signals.

===23 January 2023 ===

20 points for each section. An average will be taken of the three parts.

Mizuno:

1. Explain the structure if EF hand motif and C2 domain. How do theinteract and bind with Ca2+?

2. Give some examples of molecules that contain one of these motifs and how explain how they transduce signals.

Winderickx:

1. Explain the role of the following molecules in the modultaion of G-protein signalling briefly (in a few sentences): RAMPs, Arrestin (alpha and beta), GoLoco,RGS and GRKs.

2. Describe the formation and the role of apoptosome and necroptosome/ribtosome.

Vanden Broeck:

1. Figure of synapse was give. Explain the steps (1-5) involved in the processof synaptic transmission.

2. Explain the molecular mode of action for neurotransmitters (e.g. acetylcholine).

===04 February 2022 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Molecular genetics of red-green colour deficiencies. Why is it so frequent, and why can such apparently similar genotypes lead to different phenotypes. Is tetrachromacy possible? (talk about it)
# Mizuno: Characteristics of NO. Synthesis of NO, explain. Regulation of the different NOS (eNOS, nNOS, iNOS).
# Vanden Broeck: What do you know about GPCR activation? Explain a hypothetical scheme given (from the lectures, the different conformations of GPCR).

===24 January 2022 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals (EF hand: Calmodulin, SMIT1; C2 domain: classical PKCs, synaptotagmin)
# Vanden Broeck: Give 3 lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction

===24 January 2021 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

===17 January 2021 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: 1) common structures in protein kinases 2) How external activation of classic PKC
# Vanden Broeck: Schematic of Insuline receptor activation and muscle constriction and pathways given, explain the major pathways here and how these cells increase the glucose uptake

===24 August 2020 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

===24 January 2020 VM ===
# Winderickx: RGS, GoLoco, AKAPs, Bcl2-family and GPCR desensitization(?)
# Mizuno: ER/SR and calcium uptake - serca, ip3r, ryr, stim and orai1 explanation + How is it regulated
# Vanden Broeck: Paper about GPCR's - question about arrestin

===23 January 2020 VM ===
# Mizuno (oral): Paper about allosteric activation of Raf. What is the P-loop and the catalytic site of a kinase?
# Winderickx: Explain the function of the members of the Bcl2-family. What makes them belong to the same family? Briefly explain the pathway(s) it is involved in and briefly give the function of the other substrates in the pathway(s).
# Vanden Broeck: Give three downstream compounds of the insulin/IGF pathway in detail.

===22 January 2020 VM ===
# Winderickx : Apoptosis, intrinsic, extrinsic pathway
# Mizuno (oral): Paper about kinases
# Vanden Broeck: Lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction

===21 januari 2020 VM ===
# Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. ''FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]
# Mizuno
## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.
## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.
# Vanden Broeck: Explain how you would perform a '''ligand binding assay''' for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based '''functional receptor assay''' and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.
'''
===16 januari 2020 NM===
# VDB (mondeling): paper over insuline receptor
# JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype?
# MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties

===15 januari 2020 VM===
# Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016)
## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)
## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)
# VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse.

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]
## Explain ROS production (3min talk)
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?
# Winderickx: had een artikel over metacaspases
# Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase