Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Spectroscopie van biomoleculen

2025-08-29T10:14:13Z

R0904879: /* 25 augustus 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Dit vak wordt gegeven door Johan Hofkens en Tatjana Vogt. Beide delen zijn schriftelijk met een examenduur van 3 uur. Je moet op beide delen meer dan 7/20 halen om te slagen. Bij het herexamen kan je een vrijstelling aanvragen voor het deel dat je geslaagd bent.

==Examenvragen==
===25 augustus 2025===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3: H-spectrum en C-spectrum gegeven (3p)
#Theorievragen over NMR
#*Je krijgt 3 spintoestanden, geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier. Hoe wordt dit effect genoemd?
#*Iets over (type 2) relaxatie: uitleggen
#*Wat is SAR by NMR?
#* Vergeten vraag
====Hofkens====
#Absorptiespectrum van Pyreen gekregen en 6 bijvragen (7p)
#*Leg origine van dit spectrum uit
#*Benoem de y-as en welke unit heeft dit
#*Wat verwacht je van het fluorescentiespectrum als we exciteren bij 350 nm?
#*Wat verwacht je van het absorptiespectrum als de concentratie van 10^-6 naar 10^-4 verandert? Wat verwacht je van het absorptiespectrum?
#*Bereken vraag (lijkt op 3e bijvraag bij vraag over chryseen)
#*Deze figuur heeft ook 2 raman pieken in het raman spectrum. Leg bepaalde aspecten van het raman spectrum uit in vergelijking met fluorescentie spectrum. Welke mode heeft deze structuur? Bereken vraag: we exciteren pyreen bij 350 nm, iets met omrekenen naar het raman spectrum
#Begrippen (3p) je moet figuur ook geven
#*Foto-elektrisch effect
#*Limiting anisotropy
#*Cotton effect

===24 augustus 2024===
====Vogt====
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi
#NMR van C5H7NO4: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (ik denk weer omgedraaid dus met C en CH2 positief en CH en CH3 negatief, was niet gegeven, moest je zelf weten) (3p)
#Theorievragen over NMR (4p)
##Wat is chemische shift?
##Wat is ppm?
##Waarom gebruiken we chemische shift en niet de frequentieschaal?
##Welke factoren beinvloeden chemische shift?
#SAR by NMR: Geef de vereisten, voordelen en nadelen. Wat is het een probleem voor zeer grote proteïnen?
====Hofkens====
#3 absorptie- en emissiespectra gegeven + 3 structuurformules: Cy3, Cy5 en Cy7
##Je moest zeggen welk molecule bij welk spectrum hoort. (Cy7 heeft langste geconjugeerd systeem, Cy3 het kortste)
##Als je bij 500 nm exciteert, hoe ziet dan het fluorescentiespectrum van een 10^-6 M mengeling van de drie moleculen eruit? (Er was er maar één die die golflengte absorbeert)
##Hoe verandert het fluorescentiespectrum als je bij een hogere concentratie 10^-4 M werkt?
##Er is een Raman band bij 3050 cm^-1. Geeft dit interferentie met het fluorescentiespectrum? Er waren 4 golflengtes gegeven, maar het was een beetje vaag
#Begrippen (5x 1p)
##Foto-elektrisch effect en zijn relevantie in de spectroscopie
##Fotoselectie
##Circulair dichroisme
##Single photon counting
##IR selectie regels

===19 juni 2024===
====Vogt====
! Het deel van Vogt werd dit jaar gegeven door Mhamad Aly Moussawi
#NMR van C10H10O4: H-spectrum en C-APT spectrum gegeven (omgedraaid! dus C en CH2 pos, CH en CH3 neg, niet gegeven moest je zelf weten) (3p) (benzeen met 2 methylesters in ortho)
#Theorievragen over NMR (4p)
##Gegeven zijn de parameters chemical shift, signal-to-noise ratio and resolution: duid aan welke van de parameters afhankelijk zijn en beïnvloed worden door het magnetisch veld en leg uit
##Leg uit welke van de volgende nuclei het makkelijkst gevolgd kunnen worden in vivo NMR: 1H, 13C en 35P
#Veronderstel een bioactief polypeptide waarvan de sequentie gekend is en er is ook gegeven dat het sample 13C en 15N enriched is. Geef en bespreek drie 2D-NMR methoden die we kunnen gebruiken om het H NMR spectrum volledig te kunnen assignen en wat je leert van elke techniek (3p)

====Hofkens====
#Theorievraag over electronic transitions
##Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze. (2p) (Je krijgt exact Figure 4 van deze website en je moet Figure 3 kunnen tekenen https://www.thermofisher.com/be/en/home/references/molecular-probes-the-handbook/technical-notes-and-product-highlights/lipid-mixing-assays-of-membrane-fusion.html )
##Welk van de twee kies je (emissie of absorptie) om membraanfusie te bestuderen. Wat kan men hieruit leren over membraanfusie? (1p)
##IR band voor H2O is 3650 cm-1 en er is ook gegeven dat de spring constant van H2O gelijk is aan de spring constant van D2O. Bereken de IR band in cm-1 voor D2O (zoals in oefenzitting dus) (1p)
##We exciteren pyreen bij wavelength 350 nm en je moest zeggen wat de Raman peak zal zijn voor de stretch mode van H2O (1p)
# Verklaar begrippen en maak tekening(indien tekening relevant is) (elk begrip 1p)
## Singlet oxygen en relevantie in biologie
## Solvent relaxation
## Single photon counting and voordeel tov intensity measurements
## Bohr atom en relevantie voor spectroscopy
## Fourier transform infrared spectroscopy

===2 september 2023===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven
#Aantal kernen met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven. Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern in een magnetisch veld en stel grafisch voor en dan nog een aantal andere vragen.
#Proton coupling, uitleggen aan de hand van gegeven voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplitst zal worden.
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
# Verklaar begrippen en maak tekening
## Inner filter Effect
## R0
## r0
## Anti-stokes Raman Scattering
## Dynamic quenching

===21 juni 2023===
====Vogt====
# NMR van C9H10O3: H-spectra en C-spectra gegeven (3 punten)
# Waarom is HNMR sensitiever dan CNMR, hoe kan je de sensitiviteit van CNMR verhogen? (3 punten)
# Waarom gebruikt je 15N-1H-HSQC-TOCSY bij structuur bepaling van proteinen. Schets het TOCSY spectrum voor alanine en methionine in een peptide (2 punten)
# Wat is de Karplus equation en waarvoor gebruik je deze? Bij welke biologische moleculen is deze zeker handig voor structuurbepaling? (2 punten)
====Hofkens====
# Chrysene (structuur gegeven) absorbantie, fluorescentie en fosforescentie spectra gegeven (allemaal in 1 figuur), welke piek is wat? Van 360-400 nm decay tijd van 10ns en tussen 500-600 decay tijd van 100ns, hoe kan dit? Bereken de exchange rate van fluorescentie als je weet dat de quantum yield 0,8 is. Hoe ziet het extinction spectrum eruit? Motiveer. (5 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## Wat is singlet oxygen en wat is de biologische relevantie?
## Raman selectie regels
## Single photon counting en waarom is het voordeliger dan intensiteiten meten?
## Bohr atoommodel en de relevantie binnen spectroscopie
## FRET en de relevantie binnen spectroscopie

===24 Augustus 2022===
==== Hofkens ====
# Oefening berekenen van absorbantie (concentratie, transmissie en l gegeven)
# Oefening berekenen van moleculaire extincitiecoëfficient
# Franck codon geven en vibrationele transitie uitleggen
# Verklaar begrippen
## Raman selectieregels
## Circular Dichorism
## FRET en relevantie tot spectroscopie
## Single photon counting
## Foto-elektrisch effect
===22 juni 2022===
====Vogt====
# NMR van C8H9NO2: H-spectra, C-spectra en IR-spectra gegeven (3 punten)
# Gegeven hydrolysereactie met 5 korte bijvragen over NMR (5 punten)
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen (2 punten)
====Hofkens====
# Gegeven een figuur met absorptiepieken met verschillende concentraties quencher.
## Bereken de quencher concentratie, welke soort quenching is dit (2 punten)
## Bereken de lifetime van radiative en non-radiative signals (1 punt)
## Bereken de afstand tussen 2 chromoforen (FRET) (2 punten)
# Verklaar begrippen met tekening (1 punt/ begrip):
## statement van Brogolie
## Basisregels IR
## Cotton effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===23 juni 2021===
====Vogt====
# NMR van C9H10O3 (benzeenring met CHO vanboven en 2x OCH3 in meta)
# Gegeven een molecule. Hoeveel 13C pieken geeft dit en DEPT-135 signalen (+/-) aanduiden
# Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?
# Wat is ppm? Wat beïnvloed de chemical shift?

====Hofkens====
# Geef een Frank-Condon diagram en duid aan:
## Vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
## Vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
## IC, ICS, fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
# Verklaar begrippen met tekening:
## Extinctie coefficent
## Time resolved emission spectra
## Inner filter effect
## Anti-Stokes Raman scattering
## Fotoselectie

===11 juni 2021===
====Vogt====
#NMR van C11H14O2
#Spectrum gegeven, bespreek en zeg of het fast of slow exchange limit is. Bereken de rate of exchange bij de coalescence temperature.
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Waarom is C-NMR minder sensitief dan H-NMR?

====Hofkens====
#Iets met membraanfusies met pyreen, absorptie en emissiespectrum bespreken.
#Verklaar begrippen met tekening:
##Wet van Lambert Beer
##R0
##Inner filter effect
##Dynamische quenching
##Anti-stokes Raman scattering

===21 augustus 2020===
====Hofkens====
#Spectrum van chrysene (structuur ook gegeven) gegeven met absorbantiepiek onder 350 nm, fluorescentie tussen 350 nm en 500? nm en verder dan 500? nm fosforescentie. De vervaltijd gemeten onder 350 nm is 10 ns en tussen 350 nm en 500? nm is 100 ns.
##Verklaar alle waarnemingen.

#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoelectrisch effect
##FRET
##dynamische quenching
##FTIR
##resonance Raman Scattering

===25 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O2 (benzeenring met COOH vanboven en 2x CH3 in ortho)
#Wat is de Karplus vgl en bij de bepaling van welke structuren is deze belangrijk?
#Molecule gegeven en zeggen welke pieken er te zien zijn bij DEPT 135
#Fase 1 van AZ structuur bepaling: welke experimenten en wat wordt bij deze bepaald?

====Hofkens====
#Geef een Frank-Condon diagram en duidt aan:
##vibronische transitie en leg uit waarom die je tekent het meest waarschijnlijk is
##vibrationele transitie in de aangeslagen toestand
##IC, ICS (hij bedoelde waarschijnlijk ISC maar typefoutje), fluorescentie en zeg de tijdschaal deze
#Verklaar begrippen met tekening:
##Fotoselectie
##Excitatiecoefficient
##Anti-Stokes Raman Scattering
##Inner filter effect
##TRES

===23 juni 2020===
====Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Hoe kan je de fast exchange limit bij reversibele reacties definiëren? Wat is de coalescence temperature? Hoe kan je de rate constant of exchange berekenen bij de coalescence temperature?
#Toon de magnetisatievector M0 wanneer een puls van a) 30°x, b) 90°x en c) 180°x wordt gebruikt. Bij welke puls krijgt men het sterkste signaal?
#Wat zijn de vereisten voor SAR met NMR en wat zijn de voor- en nadelen?

====Hofkens====
#3 normale vibratiemodes zijn gegeven.
#*Wanneer is een vibratie IR actief, wanneer Raman actief?
#*Welke van de 3 modes zijn IR actief? Welke van de 3 zijn Raman actief?
#*Jablonski diagram gegeven: duid de meest waarschijnlijke IR transitie en anti-Stokes Raman aan.
#*Teken, benoem en geef de tijdschaal van internal conversion en fosforescentie.
#Verklaar begrippen met tekening:
##excitatiespectrum
##Balmer reeks
##Perrin vergelijking
##inner filter effect
##dynamische quenching

===15 juni 2020===
====Deel Vogt====
#NMR van C9H10O3
#Wat is chemische shift, hoe wordt dit afgeleid? Wat is ppm en waarvoor staat het? Waarom gebruiken we niet de frequentieschaal?
#Leg uit waarom het moeilijk is om de structuur te bepalen van grote proteïnen.
#Geef 3 voordelen en 3 nadelen van het gebruik van NMR voor metabolomics.

====Deel hofkens====
#Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
#* Teken het Jablonski diagram en geef Stokes Raman, anti-Stokes Raman, IR transitie en near resonance Raman weer. Welke transitie zal het snelst gebeuren?
#Begrippen
##Limiting anisotropy
##Auxochroom effect
##Forster radius
##Inner filter effect
##TC SPC (single foton counting)

===28 augustus 2019===
====Deel Vogt====
#NMR spectrum C8H19N, ook gezien in de oefeningen (CH3-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-CH3)
#Wat is NOE, waarom wordt het gebruikt in NMR en waarbij kan het nog van toepassing zijn? Wat is de maximale vergroting voor een P kern wanneer een H kern in nabijheid wordt bestraald (formule invullen).
#Geef de 2de en 3de fase voor de proteïne stuctuur bepaling. Welke technieken worden nog gebruikt?

====Deel hofkens====
#Membraan fusie wordt onderzocht door een mengsel te maken van vesikels met een kleurstof (pyreen) en gewone membraan partikels. Het absorptiespectrum van pyreen is gegeven. Hoe zal het absorptiespectrum en emissiespectrum evolueren? Wat kan men hieruit leren over membraanfusie. Maak tekeningen, benoem en beschrijf ze.
#concentraties gegeven fluoresceine en IgG en de polarisatie P. Ook de dissociatieconstante formule werd gegeven. bereken de dissociatieconstante wanneer het fluorescentie kwantumrendement en de extinctiecoëfficiënt niet veranderen. Wanneer het fluorescentie kwantumrendement halveert bij binding, wat gebeurd er dan met de dissociatieconstante? Wat gebeurd er met de fractie fluoresceine in het complex? Hoe kan men achterhalen als de extinctiecoëfficiënt en het fluorescentie kwantumrendement veranderen bij binding?
#begrippen:
##Foto-elektrisch effect
##Emissiespectrum
##anti-Stokes Raman scattering
##Statische quenching

===27 augustus 2019===
Geen vragen van Vogt door vrijstelling.
====Deel Hofkens====
# theorievraag: 2 spectra van 2 fluoroforen gegeven, deze bespreken en alles dat in de les gezien was en op toepassing van deze spectra aanduiden
# oefening anisotropie waarbij 20% verminderd werd
# woordjes
##foto-elektrisch effect
##cotton-effect
##extinctiecoëfficiënt
##TRES

=== 25 Juni 2019 NM===
====Voght====
#NMR C11H14O2
#COSY gegeven van een peptide. Wat word er weergeven, wat is de fysische theorie erachter, wat is het verschil met NOESY en wat gebeurd er als er D2O wordt gebruikt als solvent
#Wat is metabolomics, hoe kan NMR hier bij helpen, geef een voorbeeld.

====Hofkens====
#Geef het Frank-Cordon energie diagram, Duid een vibrationele transitie aan en in welke tijdseenheid verloopt fluorescentie en duid dit aan.
#Emissie en absoptie gegeven van SPQ, en zijn quencher bij verschillende concentraties (collisional). Bereken de Stern-Volmer consrante, de levensduur en wat gebeurd er met de levensduur als de quencherconcentratie daalt.
#Extinctie coefficient, foto-elektrisch effect, Cotton-effect, TRES
===25 juni 2019 VM===

====Vogt====
#NMR-spectrum(C9H10O3)
#Zeeman effect + frequentie berekenen met gegevens
#Fase 1 spectrum ->structuur proteinen

====Hofkens====
Zie examen 27 juni 2018

===11 juni 2019===

====Voght====
#NMR-spectrum met 1H, 13C, DEPT, IR, COSY en HETCOR gegeven (4 punten)
#Verschillende types relaxatie uitleggen, waarom dit belangrijk is in 13C NMR en waarom dit belangrijk is bij structuurbepaling van proteïnen (laatste heeft te maken met de grootte, tumbling en bandverbreding) (3 punten)
#Uitleggen waarom in vivo 1H en 13C NMR niet handig zijn + uitleggen waarom het wel handig is met 31P + voorbeeld geven van 31P NMR (3 punten)

====Hofkens====

#Je hebt een kit om een enzyme op te sporen, als het enzyme aanwezig is hydroliseert het een proteïne en zal het fluoresceren. Leg de werking van de kit en het spectrum uit. (4 punten)
#Simpele oefening over FRET, fluorescentieleeftijd en afstand tussen donor en acceptor. Je had maar 2 formules uit het formularium nodig en moest die de hele tijd anders invullen. (2 punten)
#4 begrippen: (4 punten)
#*limiting anisotropy
#*inner filter effect
#*auxochrome shift
#*anti-Stokes Raman

===27 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C8H19N) IOU = 0, symmetrisch molecule met NH groep in het midden
# wat is relaxatie bij cnmr spectroscopie, welke soorten en wat is het verband van relaxatie en bandverbreding
# 1D en 2D spectroscopie en proteïn ligand binding uitleggen (zowel fast als slow), uitleggen hoe je bepaald waar de binding van het ligand plaatsvind en hoe je de bindingsconstanten kan bepalen adv NMR

====Hofkens====
# 3 molecules met vibraties gegeven. zeggen wat de voorwaarde zijn voor IR en raman spectroscopie. zeggen welke structuren IR actief zijn. zeggen welke structuren raman actief zijn en raman en Ir aanduiden op een jablonski diagram
#* oefening over fret, gegeven zijn intensiteit gebonden en ongebonden en R0. bepalen van efficientie FRET, bepaal R, wat is de intensiteit van het molecule indien de afstand kleiner is.
# Begrippen: excitatie spectrum, perrin vgl, balmer reeks, transitiedipoolmoment

===26 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening NMR (C11H14O2) - benzeenring met para 2 substituenten: eerste substituent COOH en tweede substituent C met 3 gebonden CH3
# Figuur van slow en fast exchange limit uitleggen + waarom zijn spectra temperatuursafhankelijk + wat is de coalescentie temperatuur + bereken de exchange rate (k) voor de coalescentie temperatuur
# Fase 1 van spectrum naar structuur uitleggen, welke NMR worden daar gebruikt en wat kom je te weten + wat is het grootste probleem bij grote proteinen om een NMR te bekomen

====Hofkens====
# Je hebt een hypothetisch lineair molecule AB2 gegeven, maar de Lewisstructuur hiervan is onbekend. M.a.w. je weet niet of het ABB is of BAB.
#* Hoeveel vibratiemodes zijn er voor elke structuur?
#* Op het IR-spectrum zijn pieken te zien die overeenkomen met drie normale vibratiesmodes. Welke structuur is het (BAB of ABB) en waarom?
#* In IR ligt de piek voor H2O op 3560 cm-1, veronderstel dat de krachtconstante gelijk is. Bereken de frequentie van de rekking van D2O (zwaar water)?
# Oefening 5 van oefenzitting 4 met volgende gegevens: IgG bindt aan de kleurstof Fluorescein. Concentraties zijn 0, 1*10^(-5), overmaat voor IgG; drie keer 4*10^(-7) voor Fluorescein en P = 0.03, 0.1450 en 0.3913. De formule voor Kd is gegeven.
#* bereken Kd als de extinctiecoëfficiënt en het kwantumrendement niet verstoord worden door de binding.
#* het kwantumrendement halveert bij de binding, wat gaat er gebeuren met de fractie Fluorescein in complex.
#* hoe bepaalt men of de extinctiecoëfficiënt en/of het kwantumrendement verandert bij de binding?
# Begrippen: inner filter effect, limiting anisotropy, auxochroom effect, TCSPC

===18 juni 2018===
====Vogt====
# Oefening met NMR (C9H10O3 - benzeenring met aldehyde en 2 keer O-CH3 gesubsidieerd) + verklaar plaats van substitutie
# 31P NMR vergelijken met 1H NMR en 13C NMR.
#*Waarom gebruik je P-NMR hier.
#*Hoe is de sensitiviteit van de 3 NMR's en welke is hier het beste + wat zijn de algemene factoren die sensitiviteit bepalen
#* Welke NMR gebruik je om deze reactie te bestuderen en waarom?
#* Hoe zou je de aanwezige concentratie water berekenen in deze vergelijking
#* Hoe zou je de omzettingsratio van de producten naar reagentia berekenen
#Leg uit waarom SAR by NMR een veelgebruikte techniek is voor de ontwikkelen van medicatie en leg werking uit
#* Leg uit wat de vereiste zijn van SAR
#* Leg uit wat voor-en nadelen zijn van SAR

====Hofkens====
# Teken een Frank-Condon energiediagram van een hypothetisch molecule in grondtoestand en geëxciteerde toestand. Benoem S0 en S1 op de figuur.
#* Teken een vibratiobele overgang
#* Teken een vibrationele excitatie in de elektrisch aangeslagen toestand
#* Wat is de tijdschaal van fluorescerende en teken dit

# Oefening over Stern-Volmer en quenchen instantende met volgende gegevens: unquenched lifetime is 26.3 ns. Concentratie Cl- (in mM) bedraagt 0-5-15-50 met bijhorende Intensiteiten 1-0.6-0.35 .15.Ook nog een grafiek gegeven van het molecule SPQ dat gequenched wordt met Cl- (grafiek toont intensiteit over golflengte bij verschillende (bovenstaande) concentraties
#* Bereken de quenchingconstante en teken de Stern-Volmer plot
#* In bloed bedraagt de concentratie van het aanwezige Cl- 103mM. Wat is de fluorescente leeftijd en fluorescerente intensiteit van het SPQ in het bloed.
#* Wat gebeurt er met de leeftijd als de concentratie Cl- daalt?
# Woordjes - max 1/2 blad uitleg per woord + verduidelijk eventueel met een figuur
#* TRES
#* Foto-elektrisch effect
#* Cotton- effect
#* Extinctie coëfficiënt

===6 september 2017===
====Vogt====
# oefening met NMR (C9H10O3)
# spin spin coupeling, uitleggen aan de hand van voorbeeldmolecule en beschrijven hoe het signaal van ieder proton gesplits zal worden.
# SAR methode bij het ontwikkelen van medicijnen. interactie ligand-proteine enzo uitleggen.
====Hofkens====
# (4pt) Spectra gegeven van Chryseen. Duid aan welk spectrum absorptie, fluorescentie en fosforescentie toont. De vervaltijd in regio 360-400nm is 10x kleiner dan die in de regio 500-600nm, leg uit waarom.Beschrijf alle waarnemingen van de spectra aan de hand van de geziene leerstof.
# (2pt) L-opstelling voor meting anisotropie, in propyleenglycol bij 233K ofzoiets. Gegeven Ivh, Ivv, Ihh en Ihv. Bereken de werkelijke anisotropie bij verticale excitatie. Hoe groot is de fout die je maakt als je niet corrigeert? Wat is de hoek tussen de excitatie en het emissie dipoolmoment? Stel dat we bij 293K werken en in ethanol, kunnen we de hoek dan nog steeds bepalen? wat gebeurt er met de anisotropie?
# (4pt) Woordjes
#* Foto-elektrisch effect
#* FRET
#* Single Photon Timing
#* Cottoneffect

=== 28 juni 2017===
====Vogt====
# oefening spectrum NMR
# COSY spectrum gegeven van molecule. Wijs elke functionele groep toe in het spectrum en leg uit waarom. Vertel de werking van COSY.
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
==== Hofkens ====
# Gegeven is een simpele tekening van een hairpinstuctuur met donor en acceptor, deze is in evenwicht met zijn twee conformaties. De leeftijd van de donor in vrije oplossing is 10ns en acceptor is 2ns. Als de donor aan de hairpin hangt zien we een bi-exponentieel verval van 5ns en 1ns mer respectievelijk 95% en 5%. verklaar waarnemingen, bespreek de leeftijd van de acceptor in beide conformaties.
# Gegeven is die tekening vanuit de cursus over FMN en YMN en tabel met hoek teta. In tabel ook nog anisotropiewaarde van complex en zonder complex, alfa en de concentraie van FMN is niet gegeven. Bereken dissociatieconstante en verklaar de grafiek van die anisotropie.
# Woordjes:
#* Transitiedipoolmoment
#* Balmerreeks
#* Excitatiespectrum
#* Perrin vergelijking

===27 juni 2017===
====Vogt====
# H en C spectrum
# NOE
# fase 1 uitleggen van die fase 3 shit + probleem grote moleculen
====Hofkens====
# grafiek zoals in cursus van Eosin en Erytrosin (maar andere kleurstoffen). Alles bespreken wat je ziet. Tau en Q gegeven, bereken radioactieve en niet radiatieve snelheidsconstante. Als R= een of andere groep, waarom is dan de Tau en Q groter? En zou dit koppel een goed FRET paar zijn?
# anisotropie is 0,3 maar door scattering laat de filter 20% door, wat is de gemeten anisotropie
# woordjes:
#* foto-elektrisch effect
#* extinctie coefficient
#* TRES
#* cotton effect

===19 juni 2017===
====Vogt:====
# zeeman effect
# H/C spectrum
# in vivo nmr
====Hofkens====
# da van die even en oneven aantal dubbele bindingen en het effect daarvan op de golflengte, met cyanine en azocyanine.
# oef 5 van oefenzitting 4 denk ik (zoals vorig examen)
# woordjes:
#* Ro
#* Dynamic quenching
#* fluorescence quantum yield
#* resonance
#* Raman scattering

===13 juni 2017===
====Vogt====
# H- en IR spectrum gegeven van C11H14O2
# vraag2
#* 2 soorten relaxatie, leg uit
#* hoe beinvloeden deze het C-NMR
#* weet ik ook niet meer
# 1D en 2D NMR spectra:
#* verschillen, voor - en nadelen geven.
#* Kan je er ligand proteine bindingen mee onderzoeken?
#* hoe ziet men dit?
#* kan men zien aan met welk aminozuur de binding gebeurt? (Alles zowel voor slow- als fast exchange)
====Hofkens====
# membraanfusie experiment: gegeven structuur lipide met pyreen aan, fuseert met zelfde lipide zonder pyreen, absorptie spectra pyreen gegeven (voor de fusie). Hoe verandert het absorptie- en emissiespectra doorheen het experiment? Leg uit adhv zelf gemaakte tekeningen (grafieken).
# Oefening: zoals oefening 5 van oefenzitting 4
# 4 termen:
#* anti stokes
#* ramanscattering
#* emissiespectra
#* statische quencher
#* laatste weet ik niet meer

===7 juni 2016===
====Vogt====
# H- en C-spectrum, structuur afleiden.
# Je krijgt spintoestanden
#* Geef het aantal mogelijke spin oriëntaties en geef het weer op een grafische manier.
#* Hoe wordt dit effect genoemd? Is de electronen verdeling gelijk tussen 2 toestanden?
#* Welke factoren beïnvloeden deze indeling?
#* Wat kun je hieraan doen om NMR spectroscopie efficiënter te maken?
# Leg in vivo H- en C-NMR spectroscopie uit, integreer een voorbeeld in je uitleg.
#* Waarom wordt dit niet veel gebruikt?
#* P-NMR is wel nuttig in vivo, waarom?
#* Geef een voorbeeld waarin deze techniek gebruikt kan worden.

====Hofkens====
# Tekening met DNA-hairpin in open- en gesloten vorm. Aan uiteinde hangt een donor en acceptor. Donor vrij heeft leeftijd van 10 ns, acceptor vrij een leeftijd van 2 ns. Wanneer de leeftijd van de donor wordt gemeten (in de gesloten vorm) bekomen ze een bi-exponentiele verdeling voor de leeftijd: 5 ns 95% en 1 ns 5%.
#* Verklaar de resultaten.
#* Geef de leeftijd van de gesloten- en de open DNA-hairpin vorm.
#* Wat zal de leeftijd van de acceptor zijn in de open vorm, en wat in de gesloten DNA-hairpin vorm?
# Tekening van anisotropie gegeven (uit cursus met 2x10-2M en 2x10^-5M). Verklaar de tekening aan de hand van de gezienen leerstof.
# Bespreek kort maar juist (1/2bladzijde max)
#* foto-effect
#* Balmer-reeks
#* ...
#* transitiedipoolmoment.

===23 juni 2015===
====Vogt====
# H- en C-spectrum
# Slow en fast exchange uitleggen (waarom een spectrum bij hoge T slechts 1 signaal meer geeft i.p.v. 2) en de exchange constant berekenen.
# Hoe kan IR-Spectroscopy gebruikt worden om:
#* kwantitatief de concentratie van een staal te bepalen.
#* kwalitatief proteine structuur te bepalen.

====Hofkens====
# Gegeven een absorptiespectrum van verschillende kleurstoffen (steeds met een groter geconjungeerd systeem) verklaar alle waarnemingen, teken het fluorescentie spectrum van 2 van de stoffen, de quantumyield van kleurstof 1 is 0.9 hoe zal deze evolueren naarmate het molecule groter wordt?
# Atoommodel van Bohr uitleggen en op het belang voor de spectroscopie wijzen.
# Begrippen:
#* Cotton-effect
#* Inner filter effect
#* R0
#* Excimeer

===15 juni 2015===
====Vogt====
# H-spectrum+ IR-spectrum
# uitleg verdeling tussen de 2 spintoestanden. hoe onstaat deze verdeling en hoe kan je ze beïnvloeden.
# Leg uit de voor- en nadelen van 1D en 2D spectra en kan men aan de hand hiervan de ligand-proteïne interactie volgen. b. Kan je de snelheidsconstante K berekenen aan de hand van deze spectra? (zowel slow als fast exchange) c. kan je zien waar het ligand bind aan het proteïne? (zowel slow als fastexchange)
====Hofkens====
# twee prentjes van twee membranen. Eerst een eximeer daarna niet meer. Het gaat over membraanfusie. Geef de absorptie-en emissiespectra van beide toestanden. Wat leert men hieruit over membraanfusie?(af te leiden uit prentjes)
# hoe kan men de transitieconstante berekenen?
# woordjes:
#* limiterende anisotropie
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* statische quenching

===17 juni 2013===
====Vogt====
# simpele oefening over een C9H10O3 spectrum, bij mondeling vroeg ze waarom dat een doublet of triplet of multiplet was.
# verschillende COSY spectra matchen met verschillende aminozuren
# welke NMR-technieken kunnen worden gebruikt om ligand-proteïne interacties te onderzoeken. Bijvraag ging over SAR, welke stappen enzo.. ook uitleggen dat die interactie snel of traag kan gebeuren.

====Hofkens====
# oefening; gegeven tau-waarden en p waarden. Hieruit P0, de rotationele correlatietijd en nog iets berekenen.
# het atoommodel van bohr uit de doeken doen, postulaten, formules,.. en de link leggen met de spectroscopy van vandaag.
# begrippen uitleggen:
#* R0
#* cotton effect
#* inner filter effect
#* excimeer

===10 juni 2013===
====Tatjana====
# Oefening waarbij H en C spectrum gegeven werden
# IR spectroscopie:
#* is de amide band I de enige bruikbare band voor het bepalen van de secundaire structuur van eiwitten of zijn er nog?
#* Verklaring geven voor de verschillende waarde van de amide piek bij alfa helix of b sheet.
#* Vaak ziet men 1 grote band en niet de verschillende pieken binnen de amide I band, hoe lost men dit op?
#* Is IR zo ook een kwantitatieve methode voor de bepaling van de secundaire structuur?
# Bespreek HSQC in verband met studies van proteïnen.
====Hofkens====
# oefening met 2 spectra gegeven van anisotropie-verval in de tijd van hetzelfde FP molecule. Het ene spectrum was bij lage concentratie FP, het andere bij hoge concentratie FP. Bij beiden werd het verval gemeten bij verschillende viscositeit en weergegeven in het spectrum (dus 5 vervalcurves in elk spectrum).
#* Verklaar de resultaten.
#* Wat kom je hierdoor te weten over het FP?
#* Bespreek in detail de meettechniek hoe men aan deze spectra komt. (4punten)
# Bespreek het foto-elektrisch effect van Einstein. Waarom is dit belangrijk voor spectroscopie? (2punten)
# Leg de volgende begrippen uit (max 1 blz per begrip) (4 punten):
#* circulair dichroïsme
#* magic angle
#* fosforescentie
#* J-aggregaat

===30 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C14H14 gegeven. (Het was 1,2-difenylethaan als structuur)
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 15N wanneer 15N de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Bespreek kort de 3 fasen waarin men m.b.v. NMR de structuur van proteinen kan bepalen.
====Hofkens====
# Bij het meten van lifetimes zijn er vaak problemen met depolarisatie. Hoe los je dit anisotropieprobleem op. Verwerk de formule van anisotropie in je antwoord (6 punten).
# Gegeven zijn gegevens van een quenching experiment. Je moest een Stern-volmer ervan maken. Verschillende quenchingconstanten berekenen. (Super moeilijke oefening !)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): (2 punten)
#* exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven
#* en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen.

===21 jun 2011===
====Tatjana====
# H-NMR en IR spectrum van C11H14O2 gegeven.
# Vijf kernen (12C, 14N, 17O, 31P en 51V) met hun I-waarde (totale spin van de kern) gegeven.
#* Geef het aantal mogelijke spinoriëntaties van elke kern en stel grafisch voor.
#* Wat is de frequentie van een signaal van een 31P-kern bij een magneetveld van 1 Tesla? (gamma, constante van Planck, pi en abundantie gegeven)
#* Zelfde vraag en zelfde gegevens, maar dan voor 51V.
#* Bij welk van beide kernen (31P en 51V) verwacht je onder dezelfde condities (concentratie, magneetveldsterkte) de hoogste S/N ratio?
# Welke NMR methoden kan je gebruiken om de binding van een klein ligand aan een proteïne te bestuderen? Hou rekening met het verschil tussen trage en snelle uitwisseling ten opzichte van de NMR-tijdschaal.

====Hofkens====
# Gegeven was een structuur (twee naftaleenmoleculen gekoppeld via een linker) en het bijhorende emissiespectrum met 3 pieken (opgenomen bij -60°C). De eerste piek had een fluorescentieverval van 2 ns, de middelste een bi-exponentieel verval en de laatste een verval van 12000 ns. Een concentratieverhoging heeft geen invloed op de vorm van het spectrum, maar wel op de intensiteit. Verklaar alle waarnemingen mbv Jablonski-energiediagram. Schat ook de golflengte bij max. absorptie mbv van de Woodward-Fieser-Scott regels en teken het absorptiespectrum. (6 punten)
# Gegeven zijn twee structuren met als enige verschil de plaats van één dubbele binding (waardoor die binding bij de ene structuur geconjugeerd is en bij de andere niet). Je mag geen gebruik maken van de Woodward-Fieser-Scott regels om lambda max te bepalen, maar je hebt wel een UV-VIS absorptiemeter ter beschikking. Hoe kan je die gebruiken om beide stoffen te onderscheiden? (2 punten)
# Oefening over Raman (Stokes en anti-Stokes): exciterende laserfrequenties en een paar spectrumwaarden gegeven, en dan een paar vraagjes waar je frequenties of golflengtes moest berekenen. (2 punten)

===17 jun 2011===
====Tatjana====
# H- en C- NMRspectrum geven, C9H10O3. Mondelinge bijvragen:
#* Waarom is die piek bv een triplet?
#* Wat is er belangrijk voor het solvent voor NMR?
# Bij een NMR meting met een toestel van 60MHz is het ligt de piek van CH3NO2 op 259.8 Hz van de referentiestof.
#* bereken de chemische shift bij 60MHz
#* op welke afstand zou de piek liggen bij 500MHz
#* bereken de chemische shift bij 500MHz
#* bijvraag: Waarom is de chemische shift belangrijk
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?
====Hofkens:====
# Gegeven was een schema van een natriumlamp. De lamp werkt als volgt: als er spanning gezet wordt over de lamp, wordt het ontspanningsgas(neon) geioniseerd. Bij botsing van dit geioniseerd gas met het natrium-kwik amalgaam komt natrium vrij. Zo wordt een lage natrium druk gecreeerd. Typisch voor zo'n lamp is de oranje kleur(zoals op de autosnelweg). Die kleur wordt veroorzaakt door het natrium. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus. Als de lamp net aangestoken is, is kleur niet oranje, maar roodachtig, verklaar. Een andere versie van zo'n lamp werkt met een hoge natrium druk, dit soort lampen geeft een wit-gele kleur. Verklaar dit aan de hand van concepten uit de cursus.(6 punten)
# Geef een bondige uitleg voor volgend begrippen(5 zinnen) met indien nodig een wiskundige uitdrukking(2 punten)
#* Extinctiecoefficient
#* Woodward-Fieser-Scott-regels
#* Lambert-Beer
#* Fluorescentie quenching
# oef(2 punten) Gegeven is dat HBr een band geeft bij 2558 cm^-1.
#* bereken de golflengte
#* je krijgt de uitdrukking van een veer(die met Mred) en gevraagt: bereken welke band DBr zal geven.(gegeven zijn m van H, D en Br en getal van Avogadro)

===15 jun 2010===
====Tatjana====
# H- en IR- spectrum geven, C4H9Br. Mondelinge bijvragen:
#* Wat moet normaal de opsplitsing zijn van dit multiplet?
#* Is het IR-spectrum hier nuttig?
# Wat is NOE? Bereken de maximum signaalversterking bij 1H en 31P wanneer 31P de onderzochte kern is (gamma's gegeven).
# Welke NMR methode kan je gebruiken om een KWANTITATIEVE analyse te maken van protein-ligand binding? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling.

===18 jun 2009===
====Tatjana====
# H en C - NMR gegeven. Structuur? C14H14.
# Gegeven: 12C (I=0), 14N (I=1), 17O (I=5/2), 31P (I=1/2).
#* Hoeveel spinoriëntaties zijn er in een magnetisch veld? Stel grafisch voor.
#* 31P in magneetveld van 1 Tesla. Bij welke frequentie moet je 31P meten? h, gamma en pi gegeven.
# Hoe kan je IR-spectrometrie gebruiken om info over de secundaire structuur van een proteïne te bekomen? Voor welk type van proteïnen is deze methode vooral bruikbaar?

===16 jun 2008===
====Tatjana====
# Bespreek de drie fasen voor de structuurbepaling van proteïnen via NMR
# 3 COSY's gegeven, 6 AZ. Ken de 3 COSY's toe en leg uit waarom
# H-NMR en IR-spectrum gegeven. Geef structuur (butylethanoaat (en geen methylpentanoaat!))

===13 jun 2008===
====Tatjana====
# H en C spectrum van een molecule
# Je krijgt lysine en zijn H en C chemische shift waarden, teken DEPT, H-H COSY en C-H HSQC
# hoe kan je de binding van een ligand aan een proteïne bestuderen? Hou rekening met snelle en trage uitwisseling

===11 jun 2008===
====Tatjana====
# Je hebt een oplossing vitamine C (structuur gegeven). Bespreek hoe je met IR-spectroscopie de concentratie van de oplossing kunt bepalen.
# Geef het aantal verschillende spintoestanden van 12C (I=0),31P (I=1/2), 14N (I=1), 17O (I=5/2) en stel grafisch voor.
# Bereken frequentie (B0, gamma, h en pi gegeven) voor 31P

===27 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening, aromatische ring, twee O-CH3 en een keton erop
# Je kreeg een molecule en ge moest daar de zo'n dynamische interactie bespreken, van draaiing rond een binding (met slow exchange, coalescentie en fast exchange) en dan moest je de uitwisselingssnelheid bij coalescentie berekenen.
# Toepassing van IR op biomoleculen

===23 jun 2007===
====Tatjana====
# Basic oefeningske
# De NH2 groep stretcht permanent bij een frequentie van 1013 Hz. hierdoor heeft deze N-H verschillende bindingslengtes. Ga na of de individuele bindingslengtes kunnen gedetecteerd worden op een NMR-instrument van a) 250 MHZ en b) 900 MHz.
# Wat is HSQC en hoe kan deze techniek bijdragen bij het onderzoek van eiwitten

===21 jun 2007===
====Tatjana====
# Je kreeg een tekening van een benzeenring met daar een groep boven en ge moest de upfield en downfield effecten bespreken van die groep en die van de benzeenring.
# Hoe is NMR belangrijk voor SAR en ook SAR bespreken
# Een oefening met een symmetrische aromatische ring en een carboonzuur en een ester daar ergens in.

===18 jun 2007===
====Tatjana====
# Oefening: Nen C4H9Br, gewoon, H spectrum en (nutteloos) IR gegeven, en ge moet de structuur geven (twas gewoon lineair, dus best wel 'makkelijk")
# Theorie:
#* H @ 60MHz, zelfde toestel P @ ? MHz??? De 'gamma' van H en P was gegeven
# In vivo NMR, bespreek, leg uit,...

Immunological Biotechnology

2025-08-29T10:02:19Z

R0904879: /* 21 augustus 2025 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Vak van derde bachelor biochemie. Ook gevolgd door zij die willen van chemie en biologie. Het wordt gegeven door Prof. Liliane Schoofs en is een mondeling examen met schriftelijke voorbereiding. Ze leest je antwoord en stelt dan bijvragen. Door de corona maatregelen is het vak nu volledig schriftelijk, en bestaat uit een combinatie van kleine open vragen met beperkte ruimte (1/3e blad of max 5 lijnen), en meerkeuzevragen.
Er wordt een volledige en verplichte practicum week gehouden, je mag zelf je groepje kiezen (4 personen max). Van het practicum wordt ook een schriftelijk examen gehouden, waarbij je enkel vragen krijgt over de proefjes die jij hebt uitgevoerd.

==Examenvragen==

===21 augustus 2025===
#Leg immuunrespons uit na een vaccinatie. Op moleculair, cellulair en orgaan niveau
#2 figuren
#* figuur hoe een dendritische cel een T cel activeert, vervolgens activeert de T cel een B cel en deze zal antilichamen produceren, benoem alle onderdelen, vertel waar dit gebeurt in het lichaam en leg uit wat er gebeurt.
#*Figuur van Ig met constante regio van heavy chain aangeduid. Aanduiden welk gene segment hiervoor codeert op figuur van 'the germline organisation of the IgG' (HF 4, fig 5.5 in HB)
#10 MKV (zonder giscorrectie) je moet wel uitleg geven
#Definities
#* Ziekte van Graves
#* Original antigenic sin
#* Innate Lymphoid Cell
#* Nog 2

===29 januari 2025===
#Immuunrespons bij helminth (2p.)
#3 figuren
#*Development T-cells, welke heeft geen alfa-chain (chapter 7, dia 31)
#*MHC-II vorming (chapter 5, dia 24)
#*TCR:MHC-II en CD4 figuur en alles aanduiden
#10 MC (zonder giscorrectie)
#Definities: TNF-alfa, AIRE, B1-B cells, Sialyl Lewis X, PAMP

===21 januari 2025===
#CD4 en CD8 T cellen (1.5 blad)
#*Hoe worden ze geactiveerd, welke moleculen komen er aan te pas
#*Wat gebeurt er net nadat ze geactiveerd worden in de secundaire lymfe
#*Wat zijn de functies van de effectorcellen
#*Welke infecties bestrijden ze
#Waarom is een ontstekingsrespons tegen bacterien in de darm negatief maar niet in het bloed? (0.5 blad)
#3 Foto's
#*Original antigenic sin: wat is de beste keuze, een boostervaccin van delta-variant (met 10 mutaties) of van gewone variant
#*lymfe; aanduiden waar naïve B, T cellen zaten en waar geactiveerde B cellen (H1 slide 34)
#*Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)
#MC (zonder giscorrectie)
#Definities: extravasation, clonal selection theory, superantigen, interferon, MHC restriction

===23 januari 2024===
#Leg immuunrespons uit na een vaccinatie. Op moleculair, cellulair en orgaan niveau
#Figuur van 'Variability at coding joints by insertion of P and N nucleotides' (Ig gene rearrangement; HF 4, fig 5.11 in HB). Aanduiden in welke stap de P nucleotiden gevormd worden en de P nucleotiden zelf ook aanduiden.
#Figuur Peyer's patch. Wat is het en duid alles aan op de figuur
#10 meerkeuzevragen
#Definities:
#*original antigenic sin
#*homing
#*linked recognition
#*M cell
#*Figuur van Ig met constante regio van heavy chain aangeduid. Aanduiden welk gene segment hiervoor codeert op figuur van 'the germline organisation of the IgG' (HF 4, fig 5.5 in HB)

=== 31 augustus 2023 ===
#Wat is autoimmunity en hoe komt het tot stand? Geef ook een voorbeeld van een auto-immune disease ter illustratie van je antwoord.
#Figuur van linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur, leg kort uit en waar vindt dit proces plaats?
#Figuur van de werking van VDJ recombinase met RAG1 en RAG2 en Ku70 en Ku80. Je moest de prentjes nummeren in de juiste volgorde
#10 meerkeuzevragen
#Definities: innate lymphoid cells, original antigenic sin, E-selectin, clonal selection en mast cells

=== 21 augustus 2023 ===
# Een gezonde persoon wordt besmet met mazelen en is hiertegen nog nooit gevaccineerd geweest. Leg het immuunrespons grondig uit, waar gebeurt welke stap cellulair en lichamelijk?
# Short questions:
#* Figuur Linked recognition. Benoem onderdelen op de figuur en leg kort uit, waar vindt dit plaats?
#* Figuur immunoglobin & genen. Genen aanduiden van gearceerd deel op immunoglobin
#* 10 MC vragen
# Definities:
#* central tolerance
#* Innate Lymphoid Cell
#* Original antigenic sin
#* P-selectin
#* Receptor editing

=== 1 februari 2023 ===
# Geef uitgebreid de drie processen waarbij diversiteit immunoglobines stijgt door somatische DNA rearrangement (max1,5pagina). Wat is het grootste voordeel aan polymorfisme van de HMC allelen voor individuen en soorten van hogere orde (max halve pagina)
# Short questions:
#* Figuur thymus dependent en independent antigenen. 2 signalen nodig voor activatie B cellen uitleggen adhv deze figuur.
#* Figuur activatie B cellen in de spleen. Aanduiden en uitleggen
#* 5 MC vragen over: secondary response, vaccin, TNF alfa auto immuunziekte, binding Ab, ?
# Definities: NIET MET WOORDJES VERBINDEN, ZELF DEFINITIE KUNNEN GEVEN
#* Extravasation
#* Peyer's Patch
#* Original antigenic sin
#* Aanduiden welke antigenen gepresenteerd worden aan CD8 T cellen.
#* Aanduiden 3 CDR op light chain V region (zie les 4 dia 10)

=== 24 januari 2023 ===
# Leg de immuunrespons uit na een infectie met een pathogeen. Geef daarbij ook twee verschillen tussen een type 2 respons van een helminth en een type 3 respons van een extracellulaire pathogeen. (max 2 pagina's)
# Short questions:
#* Figuur van end joining tijdens VDJ rearrangement. Stap aanduiden waarin P nucleotiden gevormd worden en P nucleotiden aanduiden.
#* Covid vaccin is gebaseerd op het spike proteïne van het coronavirus. Is de immuunrespons op infectie met de delta (10 mutaties in spike proteïne) en omicron (30 mutaties) variant even goed bij een boostervaccin gebaseerd op de originele variant als een vaccin gebaseerd op deze variant zelf?
#* 4 MC vragen over ziekte waarbij deficiëntie in CD8 T cellen, en geen MHC class I aanwezig, wel veel antibodies en B cellen. (vragen over positieve selectie, waarom wel B cellen (niet afhankelijk van MHC I), PAP complex, soort pathogeen dat MHC I herkent)
#* 1 MC over tumor van B cellen waarin mutatie waardoor minder V en J fragmenten, wat is het verschil tussen deze tumorcellen en normale B cellen. (vaag zonder context, maar was vrij makkelijk)
# Definities:
#* Homing
#* Immunological synapse
#* Mucosal tolerance
#* Linked recognition
#* Figuur van antibody en genen, deel van antibody gearceerd, aanduiden welke genen zorgen voor dat deel (was de constante regio van de light chain, dus C segment van genen zonder D fragmenten)

=== 6 september 2022 ===
# Leg immuunrespons na vaccinatie met het covid mRNA vaccin uit, cellulair en lichaam niveau
# Short questions:
#* True/False: Iets van affiniteit stijging van beide, BCR en TCR
#* MC: virale infectie met hoge IgM IgG verhouding wat kan je afleiden
#* MC: Wat is Digeorge syndroom
# Geef de definities van: Original antigenic sin, toll like receptor, class switching, homing, ...
=== 22 augustus 2022 ===
# Figuur: Development of T-cells. Leg uit wat er op cellulair level gebeurd en wat er op level van the human body gebeurd (1 pagina).
# Short questions:
#* HIV attacks helper-T-cells
#* Why are children with disrupt B-cell function vunerable to infection?
#* Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
#* Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Meerkeuze vragen:
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Met wat interageren T-cellen
#* Wat gebeurd er als alternative mRNA splicing niet werkt?
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is?
#* Wat veroorzaakt een ziekte zoals Lupus?
# Geef de definities van: Anergy, Digeorge syndrome, IgM, MHC restriction & ITAM

=== 25 januari 2022 ===
# Infection of a bacteria. Explain the immune respons (with schemes) (max 2 pages).
# Figure (11.6): Naive T cell and Effector T cell: Leg uit; Welke cellen zie je, functie van die oppervlakte-moleculen...
# Stellingen
#* True/False: Classical MHC class I molecules are highly polymorphic, as opposed to MHC class Ib, which are oligomorphic + explain your answer
#* True/False: A developing T cell may by chance express both an αβ heterodimer and a γδ heterodimer if all the loci recombine successfully. + explain
#* Which Ig for pathogens and allergies? Omcirkel antwoord: IgA, IgE, IgM, IgD...
#* True/False: innate receptors inherited in genome, adaptive's niet
#* Woordjes matchen met definitie: Anergy, receptor editing, clonal selectie, en nog 1 woordje
# Definities geven: linked recognition, class switch, toll like receptor, nog 2

=== 24 augustus 2020 ===
Het examen was precies hetzelfde als het examen van 2 juli 2020.

=== 2 juli 2020 (inhaalexamen) ===
# True/False en leg uit in max 5 lijnen: HIV valt de T helper cellen aan en daarom hebben patiënten met vergevorderde HIV geen enkel immuunsysteem meer.
# Wat is het verschil tussen cytotoxische T cellen en T helper cellen?
# Bij ... ziekte ontwikkelen de B cellen niet, en als gevolg hebben deze patiënten zeer veel infecties. Waarom? (max 5 lijnen)
# Door dit proces hebben gewervelden miljoenen verschillende lymphocyten. Over welk proces gaat het, en leg uit?
# Uitleggen waarom bij een transplantatie het orgaan afgestoten kan worden door de donor.
# Figuur: ontwikkeling van een B/T cel, zeggen welke cel het is, en kort per stap uitleggen wat er in de figuur gebeurt zowel op cellulair vlak als op schaal van het lichaam.
# 5 meerkeuzevragen (geen giscorrectie):
#* Mutant waarbij expressie van Rag1/Rag2 gewijzigd is, waar in het lichaam en welke eiwitten kun je allemaal controleren om dit vast te stellen? (9 opties: RAG1/RAG2 zelf in bone marrow/thyroid/of thymus, TCR in bone marrow/thyroid/of thymus, expressie van IgD en IgM in bone marrow/thyroid/of thymus)
#* Hoezo worden we nog steeds ziek als ons adaptive immuunsysteem zo geoptimaliseerd is? (zeer makkelijk)
#* Cytotoxische T cellen kunnen binden aan: MHCI, MHCII, foreign antigens,...
#* (lijst autoimmuunziektes) hebben allemaal gemeenschappelijk dat: (8 ofzo opties, alles aanduiden dat van toepassing was)
#* laatste vergeten
=== 24 januari 2020 ===
# Figuur: B cel die geactiveerd wordt door Helper T cel en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur: MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER
# Figuur: gekleurde T cel waarbij je moest zeggen welke delen gekleurd waren (granules en synaps van cytotoxic T cel) en wat de functie is
# 3 afbeeldingen van Ab waarbij je de verschillen moest aanhalen (somatic hypermutation en class switching)

=== 17 januari 2020 ===
# Figuur: differentiatie van naive T-cell naar actieve T-cellen en memory T-cellen
# Figuur Gelelektroforese van Germline DNA en B-cell DNA
# Figuur DJ recombinatie met RAG en Artemis
# True/false vragen (+ 2 multiple choice):

=== 16 januari 2020 ===
# Figuur: Infection and Immunity response can be divided in series of stages (aanvullen, uitleggen)
# Figuur: Experiment met nude en scid muis
# Figuur: T cell receptor alpha and beta chain gene rearrangement.
# True/false vragen (2) (+ 1 multiple choice):
#* een verhaaltje waar je moest zeggen of het: opsonisation, neutralisation, ... was
#* waar en niet waar vragen waren beiden over Tcell Receptor
=== 13 januari 2020 ===
# Figuur van extravasation waarbij neutrofiel aankomt op plaats van infectie, slowing down door selectines en uiteindelijk full stop door integrins. Waarna deze in het geïnfecteerde weefsel binnendringt.
# Figuur waarbij je VDJ recombinatie moest uitleggen met elke stap. (vb bijvraag: Waarom heeft de light chain geen D segment)
# Figuur van MHC-restrictie (deze term moet je geven) + uitleggen
# True/false vragen (+ één multiple choice):
#* Eosinophils worden vooral tegen parasieten ingeschakeld
#* Progenitor Myeloids zijn voorgangers van T, B en NK cellen.
#* Lipopolysacchariden zijn proteïnen die worden gesecreteerd.
#* (Heel simpel) Nog iets over VDJ recombinatie waarbij je de zin moest aanvullen (je kon kiezen uit 4 termen), waarbij het ging over de DNA-segmenten, maar was heel makkelijk af te leiden welke term de juiste is.

=== 28 januari 2019 ===
voor en namiddag hadden dezelfde vragen

# Figuur van B cell die geactiveerd werd door Helper T cell en door een bacterie met Ab. Dit ging verder naar de 3 technieken die Ab gebruiken in het humoral immunity (neutralisation, opsonization en complement activation)
# Figuur waarbij je moest uitleggen hoe MHC class 1 molecules worden geladen met Ag-peptiden in het ER.
# Figuur van een MHC class 1 molcule die een peptide gebonden had, je zag dus de bèta-sheets en het peptide met zijn aminozuren.
# Figuur van B cellen die in het been merg matureren tot plasma en memory cellen. Je moest zeggen dat er VDJ rearrangement komt, selectie van de B cellen o.b.v. self Ag, dit moest ook allemaal geplaatst worden in het lichaam.

===18/01/2019 NM===
# Figuur van het maturatie process van T cellen in de thymus. Vraag: In welk orgaan speelt dit zich af en leg uit hoe dit gebeurt.
# Figuur experiment van gel waarop germline DNA was geladen van C en V regio en van B cell DNA van C en V regio. Vraag: wat gebeurt er in dit experiment en wat kan je er uit afleiden (antwoord enkel op voorkant onder foto)
# Figuur van verloop recombinatie DNA tussen D en J regio. Vraag: een aantal koppen waren weggelaten en moesten worden aangevuld en elke stap in 1 zin uitleggen
# MC en juist fout vragen:
#* Wat gebeurt er niet tijdens inflammation? (mogelijke anwtoorden: expressie cytokines, expressie chemokines, innate en adaptive immunity activeren, vernouwen van bloedvaten)
#* Gebruiken NK cellen MHC class I? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Wat gebeurde er niet in de evolutie van adaptieve immuniteit? (een aantal antwoorden die ik niet meer weet)
#* Zorgen adaptieve immuniteitscellen voor specificiteit? (mogelijke antwoorden: true or false)
#* Hematopoietic cellen kunnen nog in elke cel van het lichaam veranderen (mogelijke antwoorden: antwoorden true or false)

===17/01/2019 NM===
# Figuur, opname bacterie, alles uitleggen, MF, dendritische cel, lymfe knopen, maturatie, ... Heel het immuunsysteem
# Figuur, muizen SCID en Nude (alles staat op de afbeelding)
# Figuur, Recombinatie T-cel (zelf aanvullen)
# MP choice/ juist fout, 3 vraagjes eerste was over iemand die een ziekte had gekregen door het eten van fruit dat ze ingeblikt had. En dan moest ik zeggen welk mechanisme er het meest op ging reageren... Het ging om toxines dus had neutralisation gepakt, dat was juist. 2e snapte ik niets van, ging over bindingen tussen B- en T- cellen, het was complete nonsens, en dus fout. 3e was over recombinatie

===14 januari 2019 NM===
# figuur uitleggen: virale infectie en laden van virale peptiden op MHC moleculen + wat daarna?
# figuur uitleggen: experiment waarin beenmerg wordt getransfereerd naar bestraalde muizen met verschillend MHC genotype
# figuur uitleggen: 3 manieren waarop Igs met rearranged V-region gewijzigd kunnen worden
# 5 (gemakkelijke) korte vraagjes: 4 meerkeuze en 1 juist/fout

===23 augustus 2018 VM===
# costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
# class switching uitleggen: wat, wanneer,...
# NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

===29 januari 2018 VM===
# Belang MHCI bij een niet geïnfecteerde cel
# Activatie van naïve T-cel
# geeft een verandering in de genen van een BCR uniek voor een b-cel
===18 januari 2018 VM===
# Vergelijk folliculaire dendritische cel met een gewone dendritische cel.
# Leg linked recognition uit en geef een medische toepassing.
# Leg de werking van interferon gamma uit bij T cel differentiatie.

===16 januari 2018 VM===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
#Bespreek en verklaar de invloed van meerdere immunizaties bij hetzelfde antigen bij humorale respons

=== 15 januari 2018 ===
#costimulus op immuuncellen, welke receptor, waarom?
#class switching uitleggen: wat, wanneer,...
#NK cellen, waneer, hoe mechanisme, hoe virus MHC-I tegehoudt

=== 25 augustus 2017 VM ===
# Bespreek de immuunrespons tegen extracellulaire parasieten.
# Bespreek activatie van naïve B-cellen
# Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die auto-immuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 31 januari 2017 ===
#immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#activatie van naïve B-cellen
#3 verdedigingsmechanisme om autoimmuniteit tegen te gaan

=== 30 januari 2017 VM ===
#Belang van Th1 cellen bij immuunrespons tegen intracellulaire bacterien
#Affinieteitmaturatie van B cellen
#Bespreek de cellen die belangrijk zijn bij negatieve selectie van T cellen

=== 19 januari 2017 VM===
#Immuunrespons endotheel
#Thymus onafhankelijke B cel activatie
#Centrale en perifere tolerantie T cellen a.d.h.v. voorbeeld

=== 17 januari 2017 NM===
#belang van MHC1 complex en gezonde lichaamscellen
#Iets van bcr en gentransformatie
#Activatie van Tcellen

=== 17 januari 2017 VM===
#Bespreek de rol van IFN-alfa en beta bij een virale infectie
#Bespreek centrale en perifere tolerantie bij B CELLEN
#Bespreek waarom CD8 T cellen meer stimulatie nodig hebben ivm CD4 T cellen

=== 16 januari 2017 NM ===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten (wormen dus)
#Bespreek activatie van naïeve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.

=== 25 januari 2016 VM===
# Geef de verschillen tussen folliculaire en normale dendritische cellen
# Wat is linked recognition en geef een medische toepassing
# Welke rol speelt IFN-Î³ bij de T-cel differentiatie?

=== 12 januari 2016 VM ===
#Bespreek de immuunrespons op extracellulaire parasieten
#Hoe worden naïve B-cellen geactiveerd?
#Bespreek 3 fundamenteel verschillende mechanismen die autoimmuniteit voorkomen op verschillende plaatsen in het lichaam.

=== 11 januari 2016 NM ===
#Bespreek het belang en mechanisme van activatie van het vasculair endotheel in de immuunrespons
# Hoe kunnen B cellen geactiveerd worden als er geen T cellen aanwezig zijn
# Centrale en perifere tolerantie van T cellen

===13 Jan 2015 (VM)===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen
#Verklaar waarom CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4

===29 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de vasculaire immunorespons van endotheelcellen
#Bespreek thymus independent activation of B-cells
#Bespreek aan de hand van een voorbeeld de centrale en perifere tolerantie van B cellen (ze zegt voorbeeld, maar als je gewoon uitlegt hoe de tolerantie tot stand komt is het goed)

===Jan 2014===
#Functie van interferon alfa en beta in virusinfectie
#Leg aan de hand van 1 voorbeeld de centrale en periferele tolerant van B cellen uit
#Verklaar wrm CD8 meer costimulus nodig heeft dan CD4
===28 Jan 2014 (VM)===
#Bespreek de expressie van een MHCI op een gezonde lichaamscel
#Bespreek een verandering in de genen van de BCR die de B-cellen uniek maakt
#Bespreek T cel priming.

===16 jan 2013 NM===
(cfr 27 aug 2012)
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
===27 aug 2012===
#Bespreek immuunrespons tegen extracellulaire parasieten
#Bespreek activatie van naÃ¯eve B-cellen
#Bespreek drie fundamenteel verschillende mechanismen die ons beschermen tegen auto-immuniteit.
=== 27 jan 2012 NM===
# Sommige micro-organismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het micro-organisme?
# Bewijs dat thymus-stromacellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek hoe Th1-cellen de reactie tegen intracellulaire pathogenen via de macrofagen coÃ¶rdineren.
=== 27 jan 2012 VM===
# Macrofagen zijn zowel in het aangeboren als het adaptief immuunsysteem belangrijk. Verklaar
# Bespreek de primaire en secundaire antistof reactie
# Vergelijk NK en CTL cel. Belangrijkste gelijkenissen en verschillen
=== 22 aug 2011 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.

=== 28 jan 2011 VM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 29 jan 2010 NM ===
# Bespreek de rol van macrofagen in zowel de aangeboren en als de adaptieve immuunrespons.
# Vergelijk de primaire en de secundaire immuunrespons.
# Bespreek de gelijkenissen en verschillen NK en CTL cellen.
=== 22 jan 2010 NM ===
# Sommige microorganismen kunnen enzymen synthetiseren die het Fc fragment van antilichamen kunnen degraderen. Waarom zou deze eigenschap een hogere graad van overleving kunnen opleveren voor het microorganisme?
# Bespreek het hapten-carrier effect en geef een medische toepassing.
# Hoe kan een T cel aangezet worden tot clonale expansie?
=== 12 jan 2009 ===
# Sommige organismen kunnen Fc fragmenten afbreken. waarom zou dit een hogere graad van overlevering opleveren?
# Bewijs dat thymus stroma cellen essentieel zijn voor de ontwikkeling van T-cellen
# Bespreek de interactie van Th1 cellen met macrofagen.
=== 12 jan 2009 ===
# Bespreek de immunologische respons tegen een bacteriele infectie
# Bespreek activatie van naive B-cel
# 3 manieren om auto-immuniteit te omzeilen
=== 29 jan 2008 ===
# Sommige pathogenen bevatten enzymen die die Fc fragmenten kunnen degraderen. Hoe kan dit een grotere overlevingskans opleveren voor dit pathogeen
# Leg het hapteen-carrier effect uit en geef een toepassing
# Hoe wordt een naÃ¯eve T-cel geactiveerd.

=== 28 jan 2008 ===
# Activatie naive B cel
# Immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie
# 3 vbn. hoe er gezorgd wordt dat er geen autoimmuniteit is
=== 24 jan 2008 ===
# Macrofagen hebben een rol in zowel innate als adaptive immunity, leg uit.
# Leg de primaire en de secundaire antistofrespons uit.
# leg gelijkenissen en verschillen uit van NK en CTL cells
=== 14 jan 2008 ===
# Bespreek de immuunrespons tegen bacteriÃ«le infectie (neen niet tegen intracellulaire, gewoon baceteriÃ«n int algemeen)
# Bespreek activatie van naÃ¯eve B cel (neen niet T cel, goed lezen en vooral niet beginnen knallen van T cellen omdagu de voorbeeldvraag nog herinnert)
# Bespreek de drie mechanismen die het lichaam beschermt tegen autoimmuniteit (of voorkomt of gebruikt ofzo)

Practica:
# Teken en leg uit. Kan je ook doen me een antigen me maar 1 epitoop
# Wat leer je erdoor van de pI? Teken.
# Wat is passieve en actieve hemagluttinatie + tekenen. Bewijs dat de interactie reversibel is
# Leg het precipitatiemechanisme uit. Wat doet een PD10 kolom, naam + uitleg
# Welke PAP concentratie verkies je (paar vb getalletjes, je kiest natuurlijk de beste). Verschil passieve en competitieve ELISA

=== 24 jan 2007 ===
# bespreek de naieve Tcel en clonale expansie
# Fc fragment: sommige organismen kunnen het afbreken. Hoe levert dit een hogere overleving op voor het organisme?
# wat is het hapteen carrier-effect en geef toepasssingen.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek de rol van macrofagen in aangeboren en adaptief immuunrespons
# vergelijk: Primair vs Secundair immuunrespons
# bespreek de gelijkenissen en verschillen NK - CTL.

Dynamische Biochemie

2024-06-12T08:33:30Z

R0904879: /* 7 juni 2024 */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]
==Vakinformatie==

Werd gedoceerd door prof. Johan Robben (met emeritaat in 2023) en werd geleidelijk aan overgenomen door prof. Susana Rocha. Het deel van professor Rocha was Engelstalig. Wanneer ze het vak volledig begon te doceren, heeft ze een deel in het Nederlands en een deel in het Engels gegeven. De leerstof komt uit de cursus ''Biochemistry'' van Reginald H Garrett en Charles M Grisham. Voor het studeren van het examen zijn echter ook de (zeer overzichtelijke) slides en hoorcolleges aan te raden.

==Examenvragen==

===7 juni 2024===
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine (5 punten)
#Bespreek de reacties van de gluconeogenese die door niet-glycolytische enzymen gekatalyseerd worden (5 punten)
#Bespreek de synthese en regulatie van purinenucleotiden (5 punten)
#Begrippen: (elk 1,25 punten)
##Peptide: RIP bij pH 8.0
##Transitietoestand
##Tubuline
##Malonyl-CoA

===29 juni 2023===
#Ramachandran plot, waarvoor wordt het gebruikt, hoe komt het tot stand? Wat ken je eruit afleiden?
#Bespreek allosterie en coöperativiteit aan de hand van myoglobine en hemoglobine
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren? Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Berippen:
##VET bij pH 8.0
##Serine protease
##Fructose-2,6-bifosfaat
##Carnitine shuttle

===10 juni 2023===
#Synthese van palmitinezuur
#Mechanisme van serine proteases
#Vergelijk het metabolisme van de lever na een maaltijd en na langdurig vasten aan de hand van een overzichtelijk schema/tekening
#Begrippen:
##DAY bij pH 6,5
##Ribonucleotide reductase
##Kinesine
##Gefaciliteerd transport

===30 augustus 2022===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier bij langdurige (maar aerobe) inspanning.
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
##Peptide: DPQ bij pH = 6
##Transitietoestand
##Serine protease
##Coöperativiteit

===30 juni 2022===
#Bespreek het enzymmechanisme van serine proteasen. Verduidelijk met tekeningen/schema
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met andere pathways. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##WIK bij pH = 8
##Glycerolfosfaat-shuttle
##Pyruvaatcarboxylase katalyseert een anaplerotische reactie.
##Grafiek van ATP, ADP en AMP in functie van Energy Charge

===11 juni 2022===
#Bespreek de glucose-homeostase (in het menselijk lichaam). Licht toe aan de hand van de betrokken metabolische pathways.
#Leid de Michaelis-Menten vergelijking af voor een algemene enzymatische reactie. licht toe.
#Bespreek de algemene N-flow bij de afbraak van aminozuren. Bespreek algemeen wat er met het C-skelet kan gebeuren.
#Begrippen:
##KEY bij pH=8
##2,3-bisfosfoglyceraat
##Tubuline
##Tekening van Ramachandranplot gegeven

===1 september 2021===
#De vorming van oxaalazijnzuur uit asparaginezuur is een anaplerotische reactie. Verduidelijk en situeer de plaats ervan in het metabolisme.
#Bespreek het belang van de citraat-malaat-pyruvaat-shuttle bij de synthese van vetten uit suikers. Bespreek met een schema.
#Bespreek het belang van waterstofbruggen in de structuur van proteïnen. Verduidelijk met tekeningen.
#Begrippen
##PEK bij pH=8
##Verhouding kcat/Km
##Glycogeenfosforylase
##Serine-proteasen

===19 juni 2021===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. (5 punten)
#Bespreek hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van transport binnenin de cel. (5 punten)
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet? Bespreek met een schema. (5 punten)
#Begrippen (5 punten)
##HER tripeptide bij pH 5
##Carnitine shuttle
##Ribonucleotide reductase
##Verband tussen diabetes en ketonen

===2 juni 2021===
#Leg adhv de transitietoestand uit hoe een enzyme werkt.
#Leg adhv coöperativiteit en allosterie uit hoe de functie van hemoglobine biochemisch wordt bepaald.
#Hoe wordt de glucose homeostase in stand gehouden in het menselijk lichaam en bespreek de biochemische pathways.(H22 slide 26 "Glucose homeostase" is belangrijkste)
#Begrippen
##WIK peptide
##Actine als motorproteïne
##Glutamaat dehydrogenase
##Foto energy charge

===24 juni 2020===
#Ramachandranplot gegeven, leg uit wat we hier uit kunnen afleiden, hoe komt dit tot stand, wat is het belang van deze analyse
#Leg het glucose en vetzuurmetabolisme in de lever uit adhv citraat-malaat-pyruvaat shuttle, gebruik schema's
#Begrippen
##WNL peptide
##ADA
##Energy charge
##Figuur Ken Dill's trechter

===19 juni 2020===
#Hoe kan je experimenteel de kinetische parameters bepalen van inhibitie? En werk dit mathematisch uit voor een competitieve inhibitor. ''(6 punten)''
#Bespreek de '''volledige''' metabolische afbraak van een TAG : 2x palmitinezuur, 1x linolzuur, 1x glycerol (NIET VERGETEN!!). ''(6 punten)''
#Begrippen ''(2 punten/begrip)''
##Tripeptide PIK bij pH 8
##Actine als motorproteïne
##Gefaciliteerd transport
##Grafiek van ATP homeostase [https://drive.google.com/file/d/1hHmZiE98yXEb8oHjGywEZecAjy4yMmCY/view?usp=sharing]

===12 juni 2020===
#leg uit hoe proteïnen interageren met het membraan. Leg uit met schema en figuren
#wat is het c1 metabolisme en connectie met nucleotide synthese
#begrippen
##RYS peptide
##serine-protease
##fructose-2,6-p
##glucose-alanine cyclus

===8 juni 2020===
#Enzymatische regulatie glycogeenfosforylase + fysiologische context
#Welke weg legt stikstof af bij aminozuurafbraak + Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Begrippen
##HEK tripeptide
##ribonucleotide reductase
##ES++
##grafiek van energy charge, (ATP homeostase?)

===23 augustus 2019===
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Begrippen
##tripeptide bij pH 5: HSD
##F-actine
##carnithine shuttle
##figuur van ATP homeostase

===25 juni 2019===
#Bespreek de concepten allosterie en coöperativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine (formule van Hill coëfficiënt uitwerken) Bijvraag: waar bindt CO2/2,3-BFG
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg. Functie + regulatie
#Bespreek de synthese en afbraak van VLDL. Geef de fysiologische functie
#Begrippen
##tripeptide bij pH8: WEK
##jicht (bijvraag: allopurinol)
##THF (bijvraag: uit wat gemaakt? foliumzuur)
##Ken Dill's trechter (Bijvraag: waarom is de trechter open? omddat eiwitten dynamisch zijn)

===21 juni 2019 namiddag===
#Bespreek de werking van een enzym aan de hand van de transitietoestand + toepassingen hierop.
#Geef de afbraak van purinenucleotiden en welke metabolische stoornissen hiermee verband houden.
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever bij 100m sprint ten opzichte van een langdurige aerobe inspanning (marathon).
#Begrippen:
##tripeptide QFD bij pH5
##HMG-CoA reductase
##Hill-coëfficiënt
##afbeelding ramachandran plot

===21 juni 2019 voormiddag===
#Bespreek hoe de stikstof afkomstig van aminozuren verteerd wordt. Wat gebeurt er met het koolstofskelet?
#Welke factoren zijn van toepassing op de stabiliteit van de opvouwing en structuur van proteïnen?
#Vergelijk met een duidelijk schema de spier en lever in rust ten opzichte van bij langdurige aerobe inspanning. Wat is de link tussen de twee organen?
#Begrippen:
##tripeptide DHS bij pH8 (bijvraag: waaraan doet het samen voorkomen van deze drie aminozuren je aan denken?)
##CoA
##ribonucleotide reductase
##afbeelding Lineweaver-Burk plot van pure noncompetitieve inhibitie

===11 juni 2019 namiddag===
#Wanneer kunnen aminozuren omgezet worden in glucose? Verduidelijk met een schema. Geef enkele voorbeelden en in welke fysiologische context dit kan. (mondeling)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn, biochemisch en structureel? Verduidelijk met figuur/schema.
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie)
#Begrippen:
##tripeptide HIS bij pH8
##ketonen
##anaplerotische reactie
##grafiek van Hill equation

===11 juni 2019 voormiddag===
#Beschrijf de volledige afbraak van volgend triacylglycerol (2 verzadigde, 1 onverzadigde).
#Hoe kan je experimenteel het inhibitiemechanisme bepalen en werk mathematisch uit voor een competitieve inhibitor.
#Bespreek de moleculaire activiteit van motorproteïnen bij spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide PER bij pH 6
##NADPH
##aspartaattransaminase
##figuur van ATP homeostase

===24 augustus 2018 namiddag===
#Vergelijk wat er gebeurt in de lever, spieren en vetweefsel tijdens een korte, intense inspanning (sprint) en een lange marathon. Leg uit a.d.v. schema's/tekeningen.
#Hoe zoek je in de praktijk uit volgens welk werkingsmechanisme een inhibitor werkt. Onderbouw theoretisch.
#Leg uit hoe de moleculaire activiteit van motorproteïnen aan de basis ligt van spiercontractie.
#Begrippen:
##tripeptide REK bij pH 6
##glucose-6-fosfaatdehydrogenase
##transaminatie
##afbeelding van Kenn Dill’s tunnel

===22 juni 2018 namiddag===
#Geef het enzymmechanisme van serine proteasen. (ook reactiemechanisme tekenen)
#Geef de metabolisatie van glucose en vetzuren in de lever. Verduidelijk met een figuur/schema.
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden. Verduidelijk met een figuur/schema
#Begrippen:
##tripeptide WIS bij pH6
##carnitine shuttle
##2,3bisfosfaatglyceraat
##Grafiek van ramachandran plot werd gegeven.

===22 juni 2018 voormiddag===
#Glycogeen metabolisme (synthese, afbraak, regulatie en fysiologische context)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn? (verduidelijk met figuur/schema)
#Geef het C1 metabolisme en de link met aminozuren en nucleotiden (verduidelijk met figuur/schema)
#Begrippen
##tripeptide DHS
##alaninetransaminase
##anapleurotische reactie
##grafiek van hemoglobine

===1 september 2017 namiddag===
#Bespreek met een duidelijke figuur hoe N het lichaam verlaat (krebs bicycle)
#Op welke manieren kunnen eiwitten met het membraan connecteren?
#Glycogeen fosforylase: welke reactie katalyseert het? Locatie? Fysiologische functie? regulatie?
#Begrippen
##tripeptide RIP
##kinesine
##alfa-oxidatie
##grafiek van ATP homeostasis.

===28 juni 2017 voormiddag===
#Bespreek de motorproteïnen
#Geef C1 metabolisme en link met nucleotiden synthese
#Geef een schema van de opname, vertering, omzetting van lipiden in het lichaam
#Begrippen
##tripeptide
##grafiek van ATP homeostasis
##acetyl-CoA carboxylase
##?

===27 juni 2017 voormiddag===
#mondeling: geef de stabiliserende krachten van de vouwing en de structuur van eiwitten. Licht dit thermodynamisch toe.
#Bespreek met een overzichtelijke figuur de pentosefosfaatweg en geef die zijn functies. (We moesten niet de volledige pentosefosfaatweg geven, enkel de belangrijkste stappen)
#Bespreek met een figuur wat het verband is tussen eens suikerrijk dieet en zwaarlijvigheid.
#4 begrippen:
##Tripeptide CRF bij pH 6
## carnitineshuttle
##de structuur van carbamoyl fosfaat
## serine protease

===23 juni 2017 namiddag===
#mondeling: manieren waarop eiwitten met het membraan kunnen verbonden zijn.
#cholesterol synthese + regulatie
#C1 metabolisme bij nucleotiden
#4 begrippen
##tripeptide KYV bij pH8
##actine
##citraat-pyruvaat-malaat shuttle
##structuur van creatinefosfaat

===23 juni 2017===
#Glycogeen fosforylase: werking, lokalisatie, regulatie, fysiologische omstandigheden
#Experimenteel type inhibitor bepalen + niet-competitieve inhibitor mathematisch uitwerken.
#Omzetting glucose tot aminozuren: voorbeelden en fysiologische omstandigheden
#4 begrippen
##MGD bij pH 6
## HMG-CoA
## ATP-homeostase
##Afbeelding ribonucleotide reductase

===17 juni 2017===
#Allosterie en cooperativiteit hemoglobine (Bijvraag: grafiek allosterie zuurstof+Hb, hoe bindt Hb met zuurstof, haem-ring, Hill-coëfficiënt (+grafiek)) (mondeling)
#Afbraak vertakt vetzuur adhv fytaanzuur (molecule gegeven) (schriftelijk)
#N-Flow afbraak aminozuren, wat met koolstofskelet? (schriftelijk)
#4 termen (mondeling)
##Tripeptide FYD (bij pH = 7)
##ribunocleotidereductase
##katalytische efficiëntie
##Afbeelding Ramachandran plot
===28 augustus 2015===
#Bespreek allosterie en cooperativiteit aan de hand van Hemoglobine.
#Bespreek de regulatie van de afbraak en synthese van glycogeen
#Hoe worden aminozuren omgezet in glucose en in welke fysiologische omstandigheden kan dit gebeuren.
#kleine vraagjes:
##DIK
##algemene zuurbase catalase
##AcetylCoenzymeA carbocylase (ACC)
===23 juni 2015===
#bespreek schematisch de synthese en het export van lipiden in de lever.
#wat is 1c metabolisme en welke rol speelt het in de nucleotide synthese.
#Een vraagstuk waarin je formules over MM kinetiek moet toepassen (niet zo moeilijk. )
#bespreek:
##willekeurig tripeptide
##pepck
##foto met membraanverankerde proteines
##transaminatie

===19 juni 2015===
#Bespreek de glucose homeostase in het menselijk lichaam.
#Bespreek schematisch de N-flow bij afbraak van aminozuren, vertel ook wat er gebeurd met het koolstofgedeelte.
#Aspirine is een inhibitor voor het cyclo-oxygenase. Hoe kan je experimenteel te werk gaan om na te gaan of aspirine (I) op dezelfde plaats op het enzyume (E) bindt als het natuurlijke substraat arachidonzuur (S) dan wel op een plaats ver weg van de active site. Ondersteun je redenering met een vergelijking.
#bespreek:
##tripeptide TAK bij pH 7 (K is dus ook geprotoneerd)
##Serine protease
##Glycerolfosfaat-shuttle
===12 Juni 2015===
#Bespreek de enzymatische regulatie van glycogeenfosforylase en geef de fysiologische context (mondeling).
#Geef schematisch de N-flux die voorkomt bij de afbraak van aminozuren. Wat gebeurt er met de koolstof? (schriftelijk)
#Geef schematisch het metabolisme van de hersenen in goed gevoede staat en bij vasten. Welke rol spelen de lever en het vetweefsel? (schriftelijk)
#Verklaar:
##ATP synthase
##Aminozurensequentie DIP bij pH 7
##Hill CoÃ«fficiÃ«nt
===1 september 2014===
#Glycogeen fosfatase: enzymatische regulering en metabolische condities
#Wat zijn Ketone aminozuren en wanneer zijn ze van belang
#Metabolisme lever en spieren bij rust en langdurige (aerobe)inspanning. Wat is de functie van de lever?
#Bespreek:
##tripeptide: KAT
##Bohr effect
##Malonyl-Coa
##nucleotide dehydrogenase afbeelding
===24 Juni 2014===
#Het kan je experimenteel de kinetische factoren van inhibitors bepalen?
#Geef het C1 metabolisme van nucleotiden
#Vergelijk het metabolisme van de lever en de spier. Zowel in rust als bij langdurige (maar aerobe) inspanning
#verklaar de volgende termen:
##ATP synthase
##aminozuursequentie RAT
##het enzyme glycogeen fosforylase
##Bohr effect
===19 augustus 2013===
#Bespreek de concepten allosterie en coÃ¶perativiteit a.h.v hemoglobine en myoglobine
#Geef schematisch de stikstofflow bij afbraak aminozuren + wat gebeurt er met het koolstofgedeelte
##een lipideanker
##Glycogeenfosforylase
##Malaat-aspartaat shuttle
##Ramachandran plot
===21 juni 2013===
#Bespreek de regulatie van glycogeen fosforylase. Geef telkens de fysiologische context.
#Bespreek de omzetting van aminozuren in glucose. Geef de fysiologische context (bij de mens).
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Dyneine
##Afbeelding van structuur van S-adenosyl homocysteine
##Carnithine-shuttle
===25 juni 2012===
#Bespreek het belang van motorproteÃ¯nen bij de spiercontractie.
#Bespreek de rol van de lever in het triacylglyceridemetabolisme.
#Geef uitleg:
##Hill-coÃ«fficiÃ«nt
##Glutamine synthetase
##Sfingolipide
===25 juni 2011===
#Bespreek hoe je de Km van een enzymatische reactie in theorie en in de praktijk bepaalt.
#Leg uit hoe de concentratie van cholesterol in het cytosol wordt gereguleerd.
#Bespreek de volgende begrippen:
##Tekening van Ramachandronplot
##Structuur van PEP
##Propionyl-CoA
##Glycogeen phosphorylase
===27 augustus 2010===
#Bespreek van triacylglycerolen de vertering, opname, transport en metabolisme in het menselijk lichaam.
#Bespreek volgende begrippen:
##glucose-alaninecyclus
##structuur
##glycogeenfosforylase
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (NM Chemie minor B&B)===
#Bespreek de relatie tussen het suiker- en vetzuurmetabolisme.
#Bespreek volgende begrippen:
##Carbamoylfosfaat synthase
##Structuur van sfingomyeline was gegeven.
##Ornithine
##HDL
##Stiksoffixatie
===18 juni 2010 (VM)===
#Bespreek de reciproke regulatie van de gluconeogenese en glycolyse.
#Bespreek volgende begrippen:
##Acetyl-Coa-carboxylase
##Structuur van methionine is gegeven
##Fosfatidinezuur
##Alpha-oxidatie
##Energielading
===23 juni 2009===
#Glycogeenmetabolisme (synthese, afbraak en regulering)
#Bespreek de lipidebiosynthese in de lever
#Leg volgende begrippen uit:
##Ornithine-transcarbomylase
##Ceramide
##carnithine-shuttle
===19 juni 2009===
#Bespreek de homeostatische regulering van cholesterol in de levercel.
#Vergelijk aan de hand van een figuur of tekening de energiestatus van een levercel na een maaltijd en na langdurig vasten. Wat is de rol van de lever?
#Leg de volgende dingen uit:
##Pyruvaatcarboxylase
##Malonyl-CoA
##Ketonlichamen
===15 juni 2009===
#Synthese palmitinezuur geven en de regulering ervan.
#De ureumcyclus aanvullen (cofactoren, enzymen,...)
#Verklaar de volgende 4 termen:
##Propionyl CoA
##Vitamine B
##Â ?
##?
===27 juni 2008===
#Gluconeogenese en glycolyse met elkaar vergelijken qua regulatie etc.
#VLDL metabolisme bespreken.
#Korte vraagjes:
##Fosfatidine zuur
##Glutamaatdehydrogenase
##Nonsens repressie
##tructuur van propionyl-S-CoA
===26 juni 2008===
#Palmitinezuur: synthese + regulatie (relatie vetzuur/suikermetabolisme).
#Ureumcyclus/N-flow in de cel: zowat helft gegeven, hoop gaten in te vullen (producten, enzymes, structuren, cofactoren...).
#Korte vraagjes:
##Coricyclus
##Chilomicronen
##Sphingomyeline
##Amino-acyl-tRNAsynthase