Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Vergelijkende Ontwikkelingsbiologie

2025-06-20T11:40:00Z

R0939951: /* Vakinformatie */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
Vergelijkende ontwikkelingsbiologie behoort tot de opleiding Biologie en behoort tot de minoren biologie en verbreding (sinds 2018-2019). Het wordt gedoceerd door prof. E. Seuntjes.
Het vak behandelt de ontwikkeling van verschillende embryo's van verschillende organismen (muis, kip, kikker en mens). Er worden practica sessies gegeven, met een eindexamen voor de quotering (5/20). Om te slagen voor het vak moet minstens de helft worden behaald op het practicumexamen, wanneer niet de helft behaald is moet ook het practicum examen opnieuw gemaakt worden tijdens de herexamens. Een paperopdracht met vragenlijst telt mee voor 1/20. Het theoretisch examen telt dus mee voor 14/20.
--> Uitleg lijkt me wat verouderd, in 2024-205: Drie practicumopdrachten tellen elk voor 2 punten mee dus in totaal al 6/20. Eindexamen telt voor 14 punten mee en moet geslaagd zijn om in totaal te kunnen slagen.

==Examenvragen juni==

===26/06/2023===
#holoblastische klieving, interkinetische nucleaire migratie, cadherine, reprogrammeren
#Hoe wordt er verzekerd dat de bevruchting van de zee-egeleicel soort-specifiek gebeurt? Leg uit aan de hand van de verschillende stadia van de bevruchting.
#Foto van het embryo met en zonder bloedvaten en de muis met VEGF en het angiogene front gekleurd. Wat zie je, benoem delen op de foto, wat kan je concluderen, waarvoor staat VEGF, stel een alternatief experiment voor en voorspel de resultaten.
#(Alternatief ongezien experiment) LOSE-IT experiment van Dkk1, zelfde vragen als hierboven.

===27/08/2022===
#Spermiogenese, angiogenese, meroblastische klieving, Organoïde
#geef definitie van determinatie en inductie, geef twee transplantatie-experiment: eentje van determinatie en eentje van inductie (met tekening erbij), geef nog een voorbeeld vd cursus of practicum over inductie en determinatie.
#gegeven foto van experimenten met en zonder cadherine expressie: uitleggen (les 5)

===18/08/2022===
#midblastula transitie, contact inhibitie, hemangioblast, interkinetisch nucleaire migratie
#Wat zijn iPS cellen, geef hoe ze aangemaakt worden en hun eigenschappen, geef 2 toepassingen in de geneeskunde.
#Experiment met sox2 kleuring dat de invloed van BMP en zijn inhibitoren op de ontwikkeling van dorsaal weefsel geeft.

===27/06/2022===
#Acrosoomreactie, holoblastische deling, iPS cellen, Smad
#Epitheliale-mesenchymale transitie (EMT)
##Bespreek in detail wat er gebeurt bij EMT
##Bespreek 2 ontwikkelingsprocessen waarbij EMT optreedt (geef o.a. weefsel, proces, ...)
##Beargumenteren of EMT enkel belangrijk is tijdens de ontwikkeling
#Experiment over Foxp4 mutant bij de hartontwikkeling (enkel afbeelding gegeven)
##Bespreek kort waar in de cursus dit experiment thuishoort en wat de beste onderzoeksvraag is voor dit experiment
##Bespreek wat de onderzoekers deden en wat de resultaten waren
##Bespreek wat de onderzoekers konden concluderen uit dit experiment
##Geef zelf nog een ander experiment om Foxp4 te onderzoeken en welke resultaten je hierbij verwacht (find it, lose it, move it matrix werd gegeven)

=== 05/06/2021===
#Resact, reprogrammeren, inside-out laminatie, vasculogenese
#Klieving bij een kikker en een mens en dan de blastula tekenen en de verschillende structuren aanduiden. Bij welke van de twee blastula is de dorso-ventale as al bepaald en hoe weet je dit? Hoe weet je dat dit bij de andere blastula niet zo is?
#Experiment van septumvorming van het hart uit de neurale lijst.

=== 24/06/2020 ===
#lineage tracing, resact, meroblastische klieving, contact inhibitie
#Wat zijn iPS cellen, geef hoe ze aangemaakt worden en hun eigenschappen, geef 2 toepassingen in de geneeskunde.
#Experiment van nierontwikkeling met GDNF en eentje met Ret uitleggen. Bedenk een gepaste onderzoeksvraag voor beide experimenten. Geef een overkoepelende term voor de experimenten. Bespreek de conclusie van beide experimenten. Bedenk een mogelijk experiment om de moleculen verder te onderzoeken.
#Practicum (wegens corona)
##Een foto van een eicel, is dit meiose I of II? Waarom?
##Rangschik de volgende coupes van anterieur naar posterieur.
##Duid aan oogblaasje, telencephalon, kieuwboog op de foto.
##Planaria experiment

=== 19/06/2020 ===
#grijze sikkel, birthdating, angiogenese, smad eiwitten
#tekening regeneratie poot van salamander, experiment nAG
#soort specifiteit in zee-egels
##acrosoomreactie geven
##polyspermie vermijden bij zee-egel
#practicum
##foto's van blastula in juiste volgorde zetten
##lijn aanduiden op embryo hoe snede was gedaan
##doorsnedes linken aan afbeeldingen en transversaal, sagitaal, coronaal (hihi)
## planaria-experiment
=== 15/06/2020 ===
#neoblast, cadherines, radiale migratie en midblastula transitie
# afbeelding nierontwikkeling: leg proces uit van nierontwikkeling en zeg bij welk stadia deze afbeelding hoort. Leg elke stap afbeelding uit in 1 zin. Welke factor is hierbij belangrijk. Stap D-E afbeelding welk proces gebeurt hier (MET) ook het omgekeerde gebeurt in de ontwikkeling, hoe noemt dit en geef een voorbeeld (EMT)
#2 experimenten blastopore lip: afbeelding 11.13 B) en 11.14 leg elke experiment uit en wat zijn gelijkenissen en verschillen. Hoe noemt het stukje dat getransplanteerd wordt in 11.14, wat zijn de kenmerken? Hoe noemt gelijkaardige structuur bij de kip? Geef een experimentele setup om 2 gelijkende aparte tweeling te krijgen bij muis een geen siamese tweeling, wat is hierbij belangrijk?
#Practicum (op examen door corona)
##Foto eicel met 1e en 2e poollichaampje al --> is dit meiose I of II? waarom?
## Duid amnion en dooierzak aan op foto
## sagittale snede: zeggen welk fase van de ontwikkeling die was en 2 structuren aanduiden die daar op wezen.
## Planaria experiment

=== 01/07/2019 NM ===
#fate map, organoïde, vasculogenese
#Bespreek hoe de regeneratie van een platworm die in 7 gelijke stukken gesneden is gebeurd.
#ontwikkeling van een kikker. Bespreek figuur (handboek) 11.2: corticale rotatie (termen worden weggelaten) + wat gebeurt er als de klievingsdeling via de rode lijn gebeurd (antwoord: geen ' gray crescent' zie experiment van Spemann)
#ZEB2 is belangrijk voor EMT. Een defect in dit gen leidt tot intellectuele achterstand, Hirschsprung's disease, hartafwijkingen, puntige kin, lang voorhoofd. Leg uit hoe het defect in ZEB2 dit veroorzaakt. Bijvraag: Lose it experiment uitwerken --> eerst de plaats van ZEB2 expressie achterhalen, hoe kan je dit specifiek op deze plaats verwijderen (zoals lineage trace)

=== 21/06/2019 NM ===
# Compactie, Smad, hemangioblast
# Leg alle facetten uit van de ontwikkeling van de nier (figuur gegeven van ureterknop en mesenchym tot nier).
# Figuur gegeven van stamcelniche van V-SVZ van de hersenen. Wat zijn de kenmerken van een stamcelniche? Welke type stamcellen zien we hier? (antwoord is adult). Kunnen deze stamcellen bloed aanmaken of niet. Zo ja, wat is het proces. Zo niet, waarom niet en wat moet je doen om dat toch mogelijk te maken? (Antwoord, nee want deze stamcellen zijn niet pluripotent. Je kan het toch doen dankzij reprogramming (iPSC) en dus epigenetica.)
# Experiment bij Hydra toont aan dat transplantatie hypostoom ervoor zorgt dat ook de omgeving verandert. Wat voor iets is de hypostoom dan? Welk gelijkaardig experiment hebben ze ook gedaan bij amfibieën? Leg uit.

=== 17/06/2019 VM ===
# Epibolie, capacitatie, morfogen
# De hele ontwikkeling van de hersenschors uitleggen + legende aanvullen op algemeen schema.
# Experiment amputatie salamander en nAG uitleggen.
# Op welke drie organen hebben de mesenchymale cellen van het hart een invloed tijdens de ontwikkeling van het embryo.

=== 14/06/2019 NM ===
# Meroblastische klieving, spermiogenese, pluripotent
# Leg de eigenschappen van een organizer uit aan de hand van de experimenten van Spemann en Manngolg.
# Experiment bij nierontwikkeling, wat hebben Ret en GNDF met de nierontwikkeling te maken?
# Wat zijn de mogelijke moleculaire en morfologische eigenschappen van anencephalie (het ontbreken van hersenen).

=== 11/06/2019 NM ===
# Termen: Resact, angiogenese, neoblasten.
# Leg de gastrulatie bij de kip uit en vergelijk met de mens.
# Leg inducer en competentie uit adhv de oogontwikkeling en onderstaand experiment (dat waarbij ze optische vesikel wegnamen en transplanteerde). (oogontwikkeling moet niet volledig worden uitgetekend, gewoon algemeen).
# Wat is het verschil tussen een eeneiïge en Siamese tweeling? Leg dit uit adhv de ontstaansmechanismen.

=== 11/06/2019 VM ===
# Termen: morphallaxis, pronefros, midblastula transitie.
# Hoe zorgt de zee-egel voor soort-specifieke fertilisatie?
# Experiment BMP en medial hinge point, neurulatie en BMP signaling uitleggen.
# Experiment Gurdon + vervolg experiment ivm iPS. Wat is het verband tussen de 2, leg beide experimenten uit, wat zijn toepassingen van iPS?

Oncobiologie

2025-06-20T11:25:58Z

R0939951: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Biochemie minor verbreding en minor biologie, samen met biologen. Wordt gegeven door Jan Cools. De grote vraag is sinds 2023-2024 (terug) mondeling met schriftelijke voorbereiding.

==Examenvragen==

===20 juni 2025 (VM)===
#Oral part: What is apoptosis? How is it involved in cancer development? What other hallmarks are connected to it? (1-2 pages) Bijvragen: Hoe kan je dit toepassen voor therapie? Beetje meer vertellen over p53, wat doet het enz
#Inflammation, it's role in cancer and how this information can be used for therapy (1 page)
#Vier begrippen (elk een halve pagina): VEGF-D, pre-metastatic niche, PDL1 en H3K4me27

===26 juni 2024 (NM)===
#Oral part: Explain how cancer avoids immune detection and which treatments induce the immune response? (1-2 pages)
#Explain ss- and dsbreak repairs in DNA, and how can these be used in cancer therapy? (1-2 pages)
#Explain briefly (1/2 page for each)
#*Warburg effect?
#*BCL-2?
#*How can you find active promotor regions in a genome?
#*Pre-metastatic niche?

===25 juni 2024===
#Oral part: What is angiogenesis? How is it important in cancer development?
#Explain the contact dependent mechanisms of the tumour cell for evading the immune system. How can these be used in cancer therapy?
#Explain briefly
#*What are PARP-1 inhibitors?
#*How can mutation of EPOR induce leukemia?
#*How can you find promotor regions in a genome?
#*What are the consequences of an IDH1 mutation?

===14 juni 2024===
#Oral part: What is apoptosis? How does it affect cancer development?
#Explain the different stages of metastasis and which factors/characteristics have a role in these stages.
#Explain briefly
#*What is a PROTAC?
#*How are double strand DNA-breaks repaired?
#*How can you find enhancers regions in a genome?
#*Explain the two main sources of energy for cancer cells and how they are used by the cell.

===28 juni 2023===
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan de immuunrespons? Wat zijn bispecific antibodies en CAR T cellen? Wat zijn mogelijke problemen bij deze therapieen en wat zou een oplossing kunnen zijn?
#Kleine vragen
#* Wat zijn de effecten van van een IDH mutatie?
#* Connectie angiogenese met metastase
#* Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen opsporen?
#* Irreversibele kinase inhibitor
#Begrippen + link met kanker
#*

===29 juni 2022===
#Angiogenese: wat is angiogenese, waarom is het belangrijk bij kanker, hoe kunnen we deze kennis gebruiken in cancer therapy en bij welke hallmark is angiogenese nog belangrijk
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem en bispecific antibodies en PD1-antibodies/PDL-1 antibodies met elkaar vergelijken
#Kleine vragen: Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen en wat kan je hieruit afleiden, rol van NRAS mutaties bij kanker, link tussen DNA methylatie en kanker, wat is het Warburg effect en waarom is dit een voordeel voor kankercellen, hoe kunnen we apoptose induceren
===24 juni 2022===
#Apoptose: Wat is het? Hoe wordt het geinduceerd? Bij welke andere hallmark speelt dit nog een rol? + andere brijvagen
#Hoe kunnen kankercellen ontsnappen aan het immuunsysteem. Wat zijn de mogelijke therapieen hiervoor? HOe werkt het en hoe kan het fout lopen en wat zijn mogelijke oplossingen voor deze problemen?
#leg uit:
#* Mutaties van idh1
#* Connectie angiogenese met metastase
#* Hoe kan je actieve enhancer regio's herkennen en wat kan je hieruit afleiden?
#* Iets met BTK ...

===17 juni 2021 ===
#Geef de 10 hallmarks + bij elke hallmark een voorbeeld van mutatie/verandering van de kankercel
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.
#Hoe kunnen kankercellen aan het immuunsysteem ontsnappen en geef 3 mogelijke therapieën op basis van deze kennis
#5 stellingen juist of fout
#* MCL1 inactivatie is voordelig voor kankercellen.
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.
#* Clonal hematopoeise kan je nagaan via sequencing (niet zeker meer).
#* EMT is belangrijk in early development van kanker
#* Kankercel kan resistent worden tegen tyrosine kinase inhibitoren

===22 juni 2020 NM===
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten).
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol? Geef 2 voorbeelden, gebruikmakend van alle kennis van de hallmarks, voor een therapie gericht tegen metastase.
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:
#* p53 inactivatie is voordelig voor kankercellen.
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen BCL-2 inhibitors.
#* Nog een.

===18 juni 2020 VM===
#Geef de 10 hallmarks (gewoon oplijsten)
#Leg angiogenese uit en geef de link met kanker.
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geef 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:
#* Bax inactivatie is gunstig voor kankercellen
#* Tyrosine kinase inhibitoren kunnen apoptose induceren
#* Inflammatie vermindert het risico op kankerontwikkeling.
#* Zowel EMT als MET zijn belangrijk voor metastase.

===8 juni 2020 VM===
#Geef de 10 hallmarks.
#Leg genomic instability uit en geef de link met kanker.
#Hoe kunnen kankercellen het immuunsysteem ontsnappen? Geeft 3 voorbeelden hoe dit toegepast kan worden voor kankertherapie.
#5 stellingen, juist of fout + verklaar:
#* BCL2 inactivatie is voordelig voor kankercellen.
#* Kankercellen kunnen resistentie opbouwen tegen tyrosine kinase inhibitors.
#* Inflammatie verhoogt het risico op kankerontwikkeling.
#* VEGF is belangrijk voor stalk cells.
#* EMT is belangrijk voor metastase.

===21 juni 2019 NM===
#Geef de 10 hallmarks en geef een voorbeeld van een geneesmiddel (niet perse merknamen gewoon algemeen)
#Wat is metastase en welke factoren spelen er een rol?
#Hoe kunnen tumorcellen het immuunsysteem ontsnappen?
#Stellingen, waar of niet waar:
#* Kankercellen kunnen resistent worden tegen CAR Tcellen
#* BCL2 overexpressie is gunstig voor de kankercellen
#* Kankercellen kunnen geen dubble strand DNA breaks herstellen
#* De VEGF receptor kan worden uitgeschakeld met antibodies

===21 juni 2019 VM===
# A) Geef de 10 hallmarks; B) Geef aan welke hallmarks belangrijk zijn voor initiatie van kanker (max 1 blz)
# Leg genomic instability uit en geef de link met kanker (max 2 blz)
# A) Leg apoptose uit en geef de link met kanker; B) Welke hallmarks kun je nog linken aan apoptose (max 2 blz)
# Stellingen:
#* VEGF zorgt voor generatie van stalk cellen
#* kankercellen kunnen resistent worden t.o.v. tyrosine kinase inhibitors
#* CAR T-cells kunnen de groei van kankercellen stimuleren
#* Nog 2 andere

===22 juni 2018 NM===
Schriftelijk:
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met één regel plaats per voorbeeld)
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:
#* BCL2 inactivatie is nodig voor een kankercel
#* Tyrosine kinase kan geactiveerd worden door een deletie van enkele aminozuren
#* Chromosomale translocatie kan een verandering in genexpressie meegeven
#* F notch beïnvloedt de richting van angiogenese
#* Glutamine wordt gebruikt om energie te maken
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):
# VEGF behandelingen uitleggen (leg 3 therapies uit + wat zijn de gevolgen).
# Hoe gaat een kankercel het immuunsysteem ontwijken?

===22 juni 2018 VM===
Schriftelijk:
# Geef de 10 hallmarks + geef een voorbeeld bij elke hallmark (met voorbeeld bedoelt hij hoe je kan zien dat een kankercel aan deze hallmark voldoet (bv. bij apoptose: p53 mutatie of bij deregulering energie metabolisme: aerobe glycolyse))
# 5 stelling: waar of niet waar + verklaar:
#* Deletion of BAX is beneficial to cancer cells.
#* All cells can become cancer cells.
#* Chromosomal translocation can inactivate genes.
#* Cancer cells can induce apoptosis of immune cells.
#* VEGF assists metastasis.
Mondeling (met schriftelijke voorbereiding):
# Wat is target cancer therapy en geef hier drie voorbeelden van.
# Wat is genomic instability en wat is de relatie met kankerontwikkeling.

===16/06/2016 NM===
Mondeling:
#4 stellingen:
#*De inactivatie van BCL2 is belangrijk voor kankercellen
#*Voor kankerstamcelonderzoek is het essentieel te werken op immunodeficiente muizen
#*Het Wahrung effect geeft aan dat er meer cytokine wordt geproduceerd
#*PARP-inhibitoren kunnen gebruikt worden tegen alle kankers
#Wat zijn de mogelijke therapieën voor het omzeilde immuunsysteem bij kankers?
Schriftelijk:
# Leg angiogenese uit, wat doet kanker hiermee? Wat zijn de mogelijke therapieën?
# Geef de 10 hallmarks + voorbeeld van een mogelijke therapie

===16/06/2016 VM===
Mondeling:
#Leg de link tss apoptose en cellen die het imuunsysteem ontwijken.
#J/F vragen + verklaren
#*Tyrosine kinasen zijn belangrijk voor angiogenese
#*CAR-T-cellen zijn belangrijk voor inflammation
#*Kanker wordt veroorzaakt door mutaties in stamcellen
#*Een IDH1 mutatie heeft een effect op het genoom
Schirftelijk:
#Leg genome instability volledig uit.
#Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een kort VB
===22/06/2015===
#Geef de '10 hallmarks of cancer' met telkens een specifiek voorbeeld (heel kort, voorbeeld in 1 zin)
#Wat weet je over het metabolisme van de cel? Leg de link met kanker.
#Leg uit (in max een halve pagina): BAX, VEGF, hoe kunnen kankercellen het aan het immuunsysteem ontsnappen?
===18/06/2015===
#Geef de 10 hallmarks van kanker en illustreer met een kort voorbeeld.
#Leg hallmark angiogenese uit en hoe kan men dit behandelen in kankers.
#woordjes: p53, FASS, exome sequencing, double stranded breaks

===05/06/2015===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, en illustreer met een kort voorbeeld
#Leg uit: Tyrosine-kinase en hoe dit meehelpt bij de ontwikkeling van kanker. Geef 2 voorbeelden om tyrosine kinasen te inhiberen
#Deel van de afbeelding van DNA Damage Repair: Leg uit, en hoe kan dit leiden tot de ontwikkeling van kanker
#Verrassingsvraag over een research article op het mondeling zelf: Afbeelding van Collecting Lymphatic Vessels. Leg deze figuur kort uit, hoe hebben we dit besproken in de les, wat heeft het te maken met kankerontwikkeling etc.
===16/06/2014===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld
#Leg een hallmark volledig uit
#korte bijvraagjes: p53, VEGF, wat is fullgenome secquencing, hoe repareert het dna een dubbelstrengsbreuk (homologe en niet homologe end-repair, weten da als homologie wegvalt der door niet-homologe dus veel mutaties ontstaan), 5e bennek ff kwijt. hij vroeg mij bij p53 en VEGF specifiek wat voor soort eiwitten en voor VEGF wat voor soort receptor (transcriptiefactor van pro-apoptotische genen dus, en een tyrosinekinase receptor)
===16/06/2014===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer aan de hand van een voorbeeld
#Leg een hallmark volledig uit (vb. wat is angiogenese en breng het in verband met kankerontwikkeling)
#Figuur of meer gerichte vraag die je moet uitleggen/beantwoorden
Alle aanwezigen op het examen kregen andere hallmarks en figuren om uit te leggen. Er waren geen twee examens exact hetzelfde.
===17/06/2013===
#Geef de 10 hallmarks van kanker, illustreer elke hallmark met een voorbeeld
#juist of fout:
#*Door RNA sequencing kan je mutaties in genen en fusiegenen ontdekken
#*In een tumor zijn slechts weinig stamcellen aanwezig
#*nog2
#tekening van metastase gegeven, uitleggen en gevolgen voor de progressie van de tumor uitleggen.
#Geef de oorzaken van kanker. Illustreer met voorbeelden en geef 2 mogelijke therapieën (proliferatie, angiogenese, apoptose, mutatie-repair systeem beschadigen, ...)
#Leg second generation sequencing uit. Hoe kunnen de resultaten gecontroleerd worden?

Bioinformatica en Structurele Biologie

2025-06-14T15:23:14Z

R0939951: /* Examenvragen */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
[[Categorie:Bachelor Chemie]]

==Vakinformatie==
Derde bachelor biochemie.
Sinds 2016-2017 wordt het vak gedoceerd door A. Voet. De eerste vraag is steeds mondeling, de tweede vraag is een trekvraag. Bij de trekvraag is er geen voorbereiding, direct mondeling te beantwoorden. 25% van de totale eindscore staat op aanwezigheid in en verslagen van de oefenzitting, je moet hiervoor slagen anders faal je sowieso in eerste zit. Bij het examen wordt een formularium gegeven met (bijna) alle formules. Op het examen worden nog oefeningen getest voor 25% van de punten. Er staat dus slechts 50% van de punten op de theorie.

Sinds 2021-2022 zijn er geen aparte hoorcolleges en oefenzittingen meer, er is 1,5u les per week in een collaborative ruimte. Tijdens het semester moet er een verslag worden geschreven over een gastspreker (1 punt)en een taak gemaakt worden met pymol (2 punten). Er is een oefening examen (uitzondering oefeningen pymol) ergens eind het semester op 3 punten. Het theoretisch examen staat dus op 14 punten van de 20, hier worden geen oefeningen meer gevraagd.

Opmerking: 2021-2022 is een overschakelingsjaar, vanaf 2022-2023 is het theoretisch examen volledig meerkeuze met giscorrectie. Sinds 2023-2024 is het zonder giscorrectie en zijn er maar twee evaluatiemomenten: een oefeningenexamen op 50% (incl. PyMol) en het theoretisch examen op 50% (waar wel nog NW en MP gevraagd wordt). Er zitten een paar instinkers tussen de vragen (geeft de prof ook zelf toe) en het zit hem vaak in 1 woord waarom de stelling juist/fout is, dus lees de vraag goed en volledig!

==Examenvragen==
===13 juni 2025===
50 meerkeuzevragen, gelijkaardig aan vorige jaren
#6 vragen over de gastlessen (op voorhand gegeven): telkens vier stellingen en "welke is juist/fout"
#Vragen over Smith-Waterman en Needleman-Wunsch
#NW oplossen met een BLOSUM 50 matrix (zoals in zijn voorbeeldvragen van de eerste les)
#Wat is correct over homologie
#Iets met een dot-matrix (zeggen wat je zag: DNA of proteïne, hetzelfde of verschillend)
#De waardes in een PAM zijn altijd negatief/altijd positief/altijd positief op de diagonaal/nog iets
#Contact map
#Welke techniek/algoritme niet nodig voor homology modelling?
#Alphafold
#Peptideketen gegeven, lettercode kiezen
#Lettercode gegeven, peptide kiezen
===14 juni 2024===
Volledig meerkeuze (50 vragen), letterlijke verwoording kan niet kloppen en lees telkens zorgvuldig de vraag en de opties, want het zit meestal in één woord waardoor iets fout is.
#Zelfde vragen als vorig jaar samen met deze
#AlphaFold
#*is hetzelfde als co-evolutie gebaseerde structuurvoorspelling
#*bevat geen prothetische groepen of co-factoren
#Peptideketen gegeven. Welke hoeken zijn psi en phi?
#Contactmap gegeven. Is dit een proteïne met:
#*alfa-helices
#*bèta-platen
#*beide
#Wat is correct over homologie?
#Welke techniek/algoritme heb je niet nodig voor Homology Modeling?
#De waardes in een PAM zijn:
#*altijd positief
#*altijd negatief
#*altijd positief op de diagonaal
#Je hebt een kleine dataset van genen waarvan de buitenste regio’s niet geconserveerd zijn. Je wilt de evolutionaire verwantschap bepalen. Welk algoritme gebruik je?
#*UPGMA
#*Maximum likelihood kan gebruikt worden aangezien het een kleine dataset is
#*NJ
#*Maximum likelihood nadat je de buitenste regio’s verwijderd hebt
#Vier DNA-sequenties gegeven. Bepaal adhv MP welke boom het meest correct. (Exact zoals in de oefenzitting van Mod. 14, waren zelfs dezelfde sequenties en bomen denk ik)
#Wat is niet correct over Chou-Fasman?
#*Het is gebaseerd op het voorkomen van bepaalde aminozuren in secundaire sequenties
#*Het was het eerste algoritme voor secundaire structuurvoorspelling
#*Het werd later vervangen door het GOR-algoritme dat wel rekening houdt met bijdragen van de omliggende AZ
#Nog vragen over BLAST, CLUSTAL, MSA, orthologen/paralogen … (niet over wetenschappers, jaartallen, geschiedenis … of soort helices, bèta-turns, L of D aminozuren …)

===16 juni 2023===
Volledig meerkeuze (50 vragen):
#6 vragen over gastlessen die op voorhand gegeven waren
#Welk aminozuur is deze sequentie? (structuur kiezen)
#Welke sequentie is dit aminozuur? (structuur gegeven)
#Vraag over Smith-Waterman
#Vraag over Needleman-Wunsch
#Foto gegeven, is het een DOT-plot van:
#*verschillende DNA sequenties
#*identieke DNA sequenties
#*verschillende proteïne sequenties
#*identieke proteïne sequenties
#Welke gebruik je als je een geconserveerde sequentie hebt
#*PAM50
#*PAM250
#*BLOSUM50
#*BLOSUM250
#PDB file gegeven, wat staat er in kolom ...
#De temperatuurfactor beschrijft...
#Met welk experiment is dit PDB file bekomen
#Iets over force fields
#Iets over contactoppervlakken van moleculen (SAS, RES, “stick”-configuratie, moleculaire binding ...)
#Needleman-Wunsch aanvullen, welk getal staat rechtsonder
#Needleman-Wunch, wat is de juiste alignment (meerdere waren mogelijk)
#Welk soort boom is dit
#*Phylogram
#*Cladogram
#*Ultrametrische boom
#*Ridiculogram
#Met welk algoritme is bovenstaande boom gemaakt?
#*NJ
#*UPGMA
#*ML
#*MP
#Wat is correct over bovenstaande boom
#*De Y-as bevat geen informatie
#*De X-as geeft de evolutionaire afstand weer
#*Deze clade is betrouwbaar, maar deze niet
#Iets over cryoEM microscopy
#Je hebt een nieuw genoom ontdekt en je wilt weten welke proteïnen het bevat. Welke soort BLAST gebruik je?
#Nog veel meer, heel vaak 'welke stelling is correct/fout?' met ook een optie om aan te duiden dat ze allemaal correct/fout zijn

===22 Augustus 2022 (schriftelijk) ===
Theorie:
#Meerkeuze
#*Chou-Fasmann
#*Clustal
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#*Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#*Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#*...
#Verschil SW- & NW-algoritme?
#Rom. & Rotamer plots uitleggen met VWY-tripeptide
#Juist of fout
#*Bij een 3D voorstelling van een moleculaire interactie, gebruik je moleculair oppervlak dat complementair is aan de sticks voorstelling.
#*Gebruik TBlastX voor checken van proteïne in een niet-coderend genoom van een ander molecule.
#*NW-algoritme is beter dan SW-algoritme voor het vergelijken van multi-domein eiwitten met maar 1 verwant domein.
#Hoe fix je een root of een tree? Kan dit automatisch?

===27 juni 2022 (schriftelijk)===
Theorie:
#Meeurkeuze (10 vragen, juist 1, leeg 0, fout -0,5, minimum 0/10)
#* Chou-Fasmann
#* Clustal
#* Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#* Wat is juist in het geval van de getallen in een PAM matrix?: ze zijn allemaal positief, ze zijn allemaal negatief, vertonen het percentage van mutatie, de diagonaal is positief
#* Ik heb een geconserveerde sequentie. Wat gebruik ik het best?: PAM50, PAM250, BLOSSUM50, BLOSSUM250
#* Vul de Needleman-Wunsch aan met de bBLOSSUMx matrix die gegeven is. Wat is het laatste getal?
#* ...
#Juist of fout? Verklaar (9pt)
#* PDB bevat alleen kristalstructuur.
#* Neighbour-joining is de beste methode om fylogentische boom op te stellen.
#* De H-term is overbodig in force fields omdat deze al verwerkt is in ...
# PDB file gegeven: (6 pt)
#* Wat stelt elke kolom voor?
#* Vanwaar is deze data afkomstig? (cryoEM, NMR, X-ray?). Verklaar.
#* Teken het tripeptide.
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (Gaat over visualization styles met Van der Waals surface, solvent accesible surface en molecular surface). (5 pt)
# Je hebt een nieuw virus met het volledige genoom. Welke methode gebruik je best (wees specifiek) om te vergelijken met andere virussen?

===17 juni 2022 (volledig schriftelijk)===
#Meerkeuze (10 vragen op 10 punten, juist 1, leeg 0, fout -0.5)
#*Zijn de waarden op de diagonaal van een BLOSUM50 hoger of lager dan bij een BLOSUM75?
#*Vul alignement aan m.b.v. BLOSUM-matrix/Vakje van een needleman-wunsch matrix invullen
#*Fylogenetische boom gegeven en zeggen welke stelling fout is
#*PDB-file gegeven, is deze data afkomstig van cryo-em, homology modelling, x-ray kristallografie of nmr spectroscopie.
#*Is deze foto een dot-matrix van proteinen, een contact map, een dot-matrix van DNA of NMR spectrum? (dot-matrix proteinen)
#*Welke BLAST (blastp, blastn, tblastx, tblastn) gebruik je als je voor een proteïne X waarvan je AZ en DNA sequentie kent wil onderzoeken of het nog bestaat of ooit voorkwam in organisme Y?
#*Je hebt een dataset van een 10-tal proteïnen en je wilt de katalytische site onderzoeken, weinig conservatie en veel variatie over het volledige leesraam, met welke methode zal je een fylogenetische boom opstellen
#*Welke BLAST (psi-blast, phi-blast, delta-blast, blastp) gebruik je als je wilt zoeken naar een ver-verwant proteïne
#*Aanduiden welke stelling over blast fout is
#Juist/fout (9 punten)
#*De beste manier om een boom te maken voor de evolutie tussen soorten, is om veel proteïnen te gebruiken van binnen die soorten die veel verschillen onder elkaar.
#*Om de moleculaire complementariteit van het complex tussen twee moleculen te zien, wordt het ene molecule afgebeeld als oppervlak en de ander als sticks.
#*Een PDB-file bevat geen H-atomen
#Korte open vragen
#*Teken het tripeptide WTS en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 punten)
#*Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (6 punten)
#*Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen? (5 punten)

===2 juni 2021 (volledig schriftelijk)===
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#Exact hetzelfde als vorig jaar 8 juni
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#*Een grote Shannon entropy is nodig om co-evolutie in een gebied te bestuderen
#Exact hetzelfde als 8 juni 2020
===8 juni 2020 (volledig schriftelijk, corona)===
#Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
#Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
#Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
#Juist en fout: (9 ptn)
#*Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
#*In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
#*Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
#Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)

===19 juni 2019 NM===
#PAM matrix, wat is het, waarvoor gebruiken & hoe te construeren + bijvragen (12 ptn)
#trekvraag: leg uit folding funnel, leg uit Afinsen dogma & levinthal paradox (5 ptn)
#Benoem alle kolommen van de pdb file, teken residu … en duid de hoeken aan, waarvoor gebruiken we psi en phi (6 ptn)
#juist fout vragen: (9 ptn)
#* NJ en UPGMA maken allebei gebruik van sequence similarity
#* Slechts één oplossing voor NW en SW
#* In de formule van force fields is de term van waterstofbruggen altijd aanwezig
#Je hebt een nieuw virus gevonden en kent het volledige genoom, hoe ga je nagaan of er homologie is met andere virusgenomen? (3pt)
#oefeningen:
#* Geef kleinste chromosoom
#* Geef de pdb code voor het proteïne met het grootste aantal residuen waarvan … de auteur is
#* Gegeven is een nucleotidesequentie, omzetten naar AZ en moleculair gewicht, pI,... berekenen + peptidecutter
#* Gegeven is een AZ sequentie van een viraal proteïnen, maak een boom en bepaal het organisme waar die het meest aan verwant is

===11 juni 2019 NM ===
# PAM-matrix, wat is het, waarvoor te gebruiken & hoe te construeren
# Trekvraag: Anfinsen dogma & Levinthal paradox (5pt)
# Schrifteijke vraag (6pt)
#*A: Alle kolommen van PDB-file toelichten
#*B: residu tekenen (ILE) en alle hoeken aanduiden (omega, phi, psi, chi1 & chi2)
#*C: waarvoor gebruiken we phi & psi?
# Juist/fout (9pt)
#* UPGMA & NJ maken beiden gebruik van sequence similarity.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Vergeten
# Je hebt een nieuwe virus gevonden en kent het volledige genoom. Van welk programma maak je gebruik (wees specifiek) om homologen virussen te vinden? (3pt)

===11 juni 2019 VM ===
# Leg forcefield uit en geef voor elke term ook de fysische achtergrond. Wat is het verband met potential energy surface? (10pt)
#* Bijvragen: de grafiek die voor elke term staat, waarom is cos in die term, waarom is alles tot de tweede, de formule stelt de energie voor terwijl het een 'force'field is,
# Trekvraag: Leg CryoEM uit (wist ik niet, dus mocht ik een andere trekvraag nemen voor minder punten), leg alle kolommen uit van PDB file (5 pt)
# Teken GWG en duid phi, psy, omega en chi hoeken aan.
# Juist/fout (8pt)
#* TBlastX is de ideale methode om genoom naar proteïne te blasten als je een nieuwe virus ontdekt.
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk voor SW en meerdere mogelijkheden voor NW.
#* Een cladogram bevat nooit de tijdstip van divergentie of evolutionaire afstand.
#* Iets met als je een megablast hebt gedaan, wordt deze opgeslagen in een deltablast zodat andere onderzoekers het kunnen vinden.
# Je hebt een nieuwe proteïne gevonden met een nieuwe loop en je wilt dus de 3D structuur bepalen. Er zijn geen andere gelijke proteïnen tot nu toe gevonden. Dat wil zeggen dat je geen homologie modeling kan toepassen. Hoe kan je toch de 3D structuur bepalen als je enkel de sequentie kent? Welke stappen/algoritmes gebruik je? (7pt)

=== 26 juni 2018 NM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag (verschillend van persoon tot persoon): Chou-Fasman algoritme/moleculaire klok/... (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)

=== 19 juni 2018 VM ===
# Waarvoor wordt PAM gebruikt en hoe is deze opgebouwd? (12pt)
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld, wat is lambda in formule, vragen over BLOSUM, grafiek tekenen van logaritmisch verval en twilight zone
# Trekvraag: Chou-Fasman algoritme (5pt)
# PDB-file van 3 aminozuren gegeven en je moet kolommen benoemen. Teken residu 559 (isoleucine) en benoem psi, phi, omega, chi 1, chi 2. Waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt? (6pt)
# Juist/fout (9pt)
#* Bij een fylogenetische boom maken NJ en UPGMA steeds gebruik van sequentie similariteit.
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Er is slechts 1 oplossing mogelijk bij NW en SW
# Ik heb een nieuw virus ontdekt en heb de volledige genomische sequentie. Welke methode (wees specifiek) gebruik ik om het nieuwe virus te vergelijken van andere virussen? (3pt)
# Oefeningen USB stick 12
#* Op welk chromosoom ligt bepaalde receptor
#* Wat is de pdb code van de oudst uitgegeven ferritin proteinen
#* Nucleotide sequentie translateren naar AZ (langste leesraam kiezen) en MW, pI, extinctie coefficient geven. Ook number of cleavages geven van trypsine, caspase5 en pepsin (pH>2).
#* Is gegeven nuclaotide sequentie bruikbaar om te clonen? Geef het gen/de genen die hieruit worden getranslateerd.
#* Nieuw virus ontdekt (FASTA file gegeven), aligneren via CLUSTAL en boom van maken. Van welke voorouder stamt dit virus af?

=== 18 juni 2018 NM ===
# Leg PAM uit
#* Bijvragen: wie heeft PAM ontwikkeld?; ken je nog zo'n matrices?; wat is de lambda in de formule; welke BLOSUM gebruik je voor sterk convergente proteïnes
# (Trekvraag) Leg contactplot uit [andere trekvragen waren o.a. rotameerplot, dotplot, fylogenetische boom]
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Teken één residue (bv. residu 558) en geef psi, phi, omega, xhi1 en xhi2 hoeken aan.
# Juist of fout
#* Bij FF-berekeningen is er altijd een extra term voor H-bruggen
#* Bomen worden standaard opgesteld a.d.h.v. similariteit
#* Er zijn meerdere traceback-paden mogelijk bij N-W en S-W
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).
#* Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.
#* Je vermoedt sequentiehomologie met een voorouder, hoe kan je nagaan of er insertie of deleties plaatsvonden? Welk programma?

=== 18 juni 2018 VM ===
#Leg uit welk programma er gebruikt wordt om homologe sequenties te zoeken (12 pt):
#* Leg het algoritme uit.
#* Hoe/met welke waarde worden de resultaten geëvalueerd?
#* Bijvragen: "waarom doe je dit" bij verschillende stappen in het algoritme bv. bij stap 7: S-W alignement: "waarom nog eens local alignement, we hebben toch al HSPs gematched?"
# (Trekvraag) Leg het Chou Fasman-algoritme uit (5 pt)
# Leg volgende tekeningen uit: wat is het, hoe wordt het bekomen, waarvoor wordt het gebruikt (6 pt)
#* Tekening van dot-plot
#* Tekening van contact map
# Juist of fout (9 pt)
#* Cys en Trp hebben altijd de laagste score in een BLOSUM/PAM (log-odds) scoring matrix
#* De beste manier op een gewortelde boom te maken is met NJ
#* De laatste kolom van de pdb file is altijd de B factor
# Geef de verschillende oppervlakken die geanalyseerd kunnen worden en hoe worden deze bekomen? (3 pt)
# Oefeningen (USB-stick 4):
#* Which chromosome of the domestic chicken is the smallest
#* What is the pdb code of the oldest released X-ray structure containing a manganese(II) ion?
#* Translate the nucleotide sequence and determine following parameters for the largest open reading frame (DNA seq gegeven). (MW, pI, extincitiecoëfficiënt, number of digestion (cutting) sites for following enzymes: trypsin, pepsin (pH > 2), caspase1
#* What is the name of the protein corresponding to the following amino acid sequence? Which Organism does it come from? Is it complete or just a fragment? (AZ seq gegeven)
#* A new virus targeting humans has been discovered that is potentially dangerous to human health. It belongs to a family of well known viruses targeting a variety of animals. Researchers want to trace the origin of the virus in order to prevent further spreading. They use the amino acid sequence of the matrix protein that determines host specificity. Using newhumanvirus3.fasta file (gegeven) which contains the unaligned sequences of the matrix protein create a tree and show to which host animal the new human virus is most likely related and could be dangerous to spread the virus further.

=== 11 Juni 2018 ===
# Leg de algoritmes uit voor zowel een globale als lokale alignment en wat is het verschil(BLOSUM ook vermelden). Bijvragen:
#* Waarom introduceren we m+1 en n+1?
#* Wat is de score van het geheel?
#* Waarom is dit een dynamisch process?
#* Is de score bij meerdere paden dezelfde?
# (Trekvraag) Formule om similariteitsscore naar distancescore om te zetten is gegeven. Leg uit waarom deze wordt gebruikt en leg de termen die in de formule (werd gegeven) gebruikt worden uit + geef hun functie binnen de formule.
# Gegeven is een PDB-file (van 3 aminozuren). Benoem de kolommen en bespreek bondig. Is deze PDB-file bekomen door een NMR of een X-ray expermiment? Teken het tripeptide uit.
# Waar of onwaar?
#* Neighbour Joining is altijd de beste manier om een boom te maken.
#* In de formule van de totale energie is de bijdrage van de waterstof-bindingen niet persé nodig omdat deze toch al verwerkt is in de term van de vdW-kracht.
#* (vergeten)
# Ik heb een nieuwe DNA sequentie van een virus ontdekt (dat codeert in meerdere leesramen).Hoe ga ik tewerk om homologe proteïnes te vinden tussen dit virus en andere organismen? Wees specifiek.

=== 28 Juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Bespreek CLUSTAL algoritme dat wordt gebruikt voor MSA. Wat kan je doen als er fouten opgetreden zijn in de eerste sequentie (zoeits, maar hij doelde op iteratieve procedure dus) (12 ptn)
# (mondeling) Trekvraag 1 vraag pp.: (5 ptn)
#* tripeptide GIG teken plus phi, psi, omega en Chi 1 en 2 aanduiden plus waarvoor worden ze gebruikt.
#* Afbeelding van een phylogenetische boom: Wat voor boom is dit en wat zijn de cijfertjes bij de knooppunten.
#* Contactmap
# Bespreek de gebonden en niet-gebonden termen in de energie uitdrukking (FF). Waarvoor staan deze? (6ptn)
# Juist of fout (9 ptn)
#* Maximum parsimony is de enige methode die de relatie met de ancestrals reflecteert
#* PDB database bevat enkel experimentele structuren. Dus enkel structuren verkregen via Xray/Kristallografie of NMR.
#* Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties zal de E-waarde kleinzer zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
# Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSSUM matrices (3ptn)

=== 19 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Bespreek homology modelling
# (mondeling) Trekvraag:
#* Contact map
# Ramachandran en rotameerplot.
## Teken het tripeptide SYT
## Duid de belangrijke hoeken aan op het peptide
## Waarvoor worden deze plots gebruikt?
# Juist of fout:
#* BLOSUM250 kan gebruikt worden voor zeer similaire sequenties
#* TBLASTN wordt gebruikt om homologie te zoeken tussen non-coding regions in DNA
#* N-W kan gebruikt worden om multidomeinproteïnen te aligneren waarvan 1 domein evolutionair verwant is
# Hoe kan je een boom wortelen? Bij welke methode gebeurt dit automatisch?

=== 19 juni 2017 (VM) ===
# (mondeling) Hoe phylogenetische boom maken. Leg ook schematisch uit de methode die de voorkeur draagt afhankelijk van de sequentie-informatie
# (mondeling) Trekvraag: (verschillende bij iedereen hier zijn een paar vb.)
#* hamiltoiaan
#* moleculaire klok hypothese
#* Protein Surface Representation
# C en W (cys en trp)--> lage of hoge waarden in vergelijking met de andere residuen in PAM of BLOSUM?
## Verklaar biochemisch
## Duid de hoeken aan (omega, chi 1 chi 2, psi, phi) aan de dipeptide CW
## Waarvoor zijn deze hoeken belangrijk? (Ramanchandran plot dus)
# Juist en Fout
#* hoogste bitscore gelijk aan 4
#* met een FF kan de energie van de conformatie niet berekend worden voor kleine molecule
#* PSI-Blast (sorry ik weet niet meer wat die juist erover vroeg)
# Hoe kan je met behulp van MSA info krijgen over tertiaire en quaternaire structuur van een familie van proteïnen

=== 12 juni 2017 (NM) ===
# (mondeling) Globale en locale alignering van twee sequenties. Bespreek de algoritmen.
# (mondeling) Trekkaart
#* Kaartje 1: Benoem de verschillende surfaces van een proteinen in Pymol.
#* Kaartje 2: Bespreek de Hamiltoniaan.
# Benoem pdb kolommen. Gaat het om een kristalstructuur of NMR? Tekening peptide.
# Juist of fout:
#* H bruggen hoeven in een Force field niet weergegeven te worden omdat ze al vervat zitten in de Lennard Jones term van de VdW stralen.
#* Is Neighbor joining altijd de meest nauwkeurige methode bij een phylogenetische analyse.
#* Klopt het dat PAM 250 en BLOSUM92 samenhoren zoals PAM120 en BLOSUM62.
# Nieuw virus ontdekt. De genomische sequentie is gekend. Virussen coderen proteinen in meerdere leesramen. Met welk programma (wees precies!) kan je opzoek gaan naar een homoloog?

=== 12 juni 2017 (VM) ===
# (15ptn) mondeling: Bespreek PAM matrices, wat is het, hoe kom je eraan en waarvoor gebruikt men het?
# (5ptn) mondeling: Trekvraag (er liggen zeker 9 kaartjes)
#* Kaartje 1: Foto van contact map (bijvraag: zijn er nog andere manieren om tot deze map te komen? (doelt op correlated mutations)
#* Kaartje 2: een rotameerplot
# (6ptn schriftelijk) Foto van PDB-file
## Bespreek alle kolommen
## Teken residu 559 (was isoleucine). Duid volgende hoeken aan: phi, psi, omega, chi1 en chi2
## Waarvoor worden hoeken phi en psi gebruikt?
# (9ptn, schriftelijk) Juist of fout? Verklaar ook waarom
#* Bij het maken van een polygenetic tree (met DNA of proteinen) via NJ of UPGMA wordt er gebruikt gemaakt van sequence similarity.
#* In de formule van Force Fields is de term van de waterstofbruggen altijd aanwezig.
#* Bij de sequentie alignering via Needleman-Wunch of Smith-Waterman is er steeds één uitkomst mogelijk.
# (3ptn, schriftelijk) Ik wil onderzoeken of mijn nieuw ontdekte virusgenoom homologie vertoont met een ander virusgenoom. Welk programma gebruikt ik best (wees specifiek!)?

=== 6 juni 2016 (VM) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge Ã©Ã©n van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)

=== 24 juni 2015 ===
# Bespreek de verschillende dihedrale hoeken die een proteÃ¯ne kenmerken. Wat kun je hieruit besluiten? Geef mogelijke toepassingen waarbij deze hoeken gebruikt worden.
# Bespreek minimaal 3 veel voorkomende 3-dimensionale organisaties in eiwitstructuren en geef eventuele uitzonderingen hierop.
# Hoe kan men de 3D-structuur van loops voorspellen?
# Waarom heeft een alfa-helix een dipoolmoment?
# Hoe kun je de locatie van een beta-plaat bepalen zonder de 3D-structuur te kennen?
# Hoe bekomt of bepaalt men de 'angle bending' parameters?
# Bespreek het onderliggende principe van de steepest descent minimisatiemethode.

=== 6 juni 2014 (nm) ===
# (mondeling)De waterstofbrug is een belangrijke energie die kan gebruikt worden bij de ontwikkeling van biologische actieve stoffen. Bespreek de eigenschappen. Bespreek ook hoe we deze via berekeningen kunnen kwantificeren.
# (mondeling) Teken een tripeptide van volgende drie aminozuren: X,Y,Z (verschilt per persoon). Geef ook de drie-letter en de Ã©Ã©n-letter code. Bijvraag: Staan deze trans of cis?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie vertoont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is een "nulde-orde" minimisatie methode? Verklaar m.b.v. voorbeelden.
# Bespreek hoe je een goede inschatting van de diÃ«lektrische constanten kon maken bij de berekening van de potentiÃ«le energie in een chemische structuur.
# Wat heb je nodig om een Force Field (FF) te kunnen definiÃ«ren?
# Wat is de 'Molecular Surface' en hoe bereken je deze?
# Hoe kan je de locatie van een alfa-helix in een eiwit bepalen zonder de 3D structuur te kennen?

=== 6 juni 2014 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijgt van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
# Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
# Wat is het essentiÃ«le verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
# Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
# Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

=== 17 juni 2013 ===
#(mondeling) Hoe kun je een proteÃ¯ne thermostabiliseren door mutaties in te voeren? Wat bereken je hiervoor?
#Fragment uit een pdb-file: 11 kolommen benoemen + uitleggen; en identificeren wat de bron was
#Rotameerconcept + toepassingen
#Ramachandramplot: tekenen + functie + gebruik en toepassingen.

=== 12 juni 2013 ===
# (mondeling) 3 aminozuren + bijvragen over de hoeken: aanduiden op de getekende structuur
# (mondeling) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
# welke termen zorgen voor veel rekenwerk in je krachtveldmethode, waarom en hoe kan je dat rekenwerk toch beperken
# bespreek de elektrostatische term
# je hebt een fold en je wil de beste sequentie hiervoor, wat moet je doen?

=== 10 juni 2013 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je een 3D model van een sequentie maken wanneer er weinig homologie is.
# Wat zijn de eigenschappen van de H-brug en hoe wordt de energie ervan gekwantiseerd?
# Welke gegevens heb je nodig wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?

=== 10 juni 2013 (vm) ===
# (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# bespreek de elektrostatische interacties van een krachtveld, de methoden om deze te bereken en voor- en nadelen.
# Hoe kan je de optimale sequentie bepalen uit een gegeven vouwing?

=== 11 juni 2012 (nm) ===
# (mondeling) Hoe kunnen we het oppervlak van een molecule karakteriseren. Wat kunnen we hiermee doen?
# Hoe kan je de 3D structuur voorspellen van een eiwit sequentie die weinig sequentie homologie toont in vergelijking met gekende 3D structuren?
# Wat is het rotameer concept en waarvoor kunnen we dit gebruiken?

=== 20 juni 2011 (nm) ===
# Hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
# Bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
# Bespreek het rotameerconcept, waar kan je dit op toepassen?
# Kaartje: arginine, threonine en tryptofaan

=== 10 juni 2011 (vm) ===
# Voor energie van eiwit maken we gebruik van krachtvelden. Welke termen (en hoe? => formules !) zijn gevoelig voor het aantal atomen? Welke stappen kunnen we ondernemen om het rekenwerk toch onder -controle te houden?
# Je krijg van een collega student een model. Hoe kan je en ga je na of dit een goed model is voor de 3D structuur van je echt eiwit?
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.
# Kaartje: arginine, histidine en aspargine

=== 7 juni 2010 (nm) ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : tryptofaan, isoleucine, asparagine, methionine ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 7 juni 2010 (vm) ===
#hoe kan je een proteÃ¯ne thermostabiliseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#energieminimalisatie van een organisch molecule, welke methodes zou je gebruiken en bespreek.
-aminozuren: tryptofaan, histidine, glutamine en proline
=== 15 juni 2009 ===
# hoe kan je het oppervlak van een molecule karakteriseren?
#bespreek de onderstaande PDB file (een stukje met ATOMS en dan moest je alle kolommen benoemen)
#bespreek het rotameer concept, waar kan je dit op toepassen?
-Bijvraagje: welke residu's komen het meest voor in B-strands?
=== 15 juni 2009 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Welke termen zijn vooral (en hoe) afhankelijk van het aantal atomen? Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan? (Mondeling)
# Bijvraagje mondeling: bespreek in 2 zinnen verschil tussen PAM en BLOSUM
# Kaartje 3 AZ
Schriftelijk:
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 8 juni 2009 ===
# bouw zoutbrug in, thermostabiliteit blijft gelijk. Waarom? ( + formules )
# bespreek alles van alpha-helix
# bespreek belangrijkste stappen homologie modellering
# kaartje : histidine, isoleucine, asparaginezuur ( structuur, 1-lettercode en 3-lettercode )
=== 18 jan 2008 ===
# Je wil een proteÃ¯ne thermostabiliseren en voert daarom een zoutbrug in. Dit blijkt echter geen effect te hebben. Leg de mogelijke oorzaken uit. Gebruik de formules.
# Leg de belangrijkste stappen in homologie modellering uit.
# Je hebt een proteÃ¯ne opgezuiverd en stuurt het naar een bevriend labo. Blablabla, zie vorig jaar.
=== 18 jan 2008 ===
# Hoe kan je het oppervlak van een proteine karakteriseren, en wat kan je daarmee doen?
# Wat is het concept rotameren, en hoe kan je dit toepassen?
# Hoe voorspel je 2D structuur elementen, en als je een helix sequentie kent hoe kan je bepalen waar het zich zal bevinden in 3D structuur?
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de verschillende torsiehoeken die in een proteÃ¯ne kunnen voorkomen en zeg waar ze een toepassing hebben
# Bespreek secundaire structuurvoorspelling en zeg hoe je meer informatie kan krijgen over de positie van een (voorspelde) helix in het proteÃ¯ne.
# Je hebt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo gestuurd om te kristaliseren... enz. Welke minimisatietechniek gebruikje en bespreek deze.
=== 1 feb 2007 ===
# Bespreek de elektostatisch term van het krachtveld
# Bespreek beta sheet and beta strands
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kunnen we een proteine thermostabiliseren
# tabellen van pdb bespreken
# van 2D naar 3D: welke minimisatiemethode?
=== 22 jan 2007 ===
# Hoe kan een oppervlak van een proteÃ¯ne gekarakteriseerd worden en hoe kan het worden toegepast
# Ge kreeg een PDB-file en daarvan moest ge al de kolommen bespreken, zeggen wat er in stond.
# Bespreek het rotameer-concept en waar wordt het gebruikt?
=== 19 jan 2007 ===
# Om een de energie van een proteÃ¯ne te bepalen moeten we een krachtveld toepassen. Wanneer we echter proteÃ¯nes hebben met veel atomen zal er meer rekenwerk zijn dan bij proteines met minder atomen. Waarom is dit zo en wat kunnen we doen het rekenwerk toch vlugger te laten gaan?
# Bespreek en geef eigenschappen van de alfa-helix als dipool.
# Je slaagt er in het labo in om een proteÃ¯ne op te zuiveren. Je stuurt je proteÃ¯ne naar een bevriend labo om het te laten kristalliseren. Maar je vraagt al reeds de ruwe coÃ¶rdinaten op van haar proteÃ¯ne. Er waren ook nog geen kwantummechanische gegevens verkrijgbaar, dus nog geen elektronendensiteiten om de coÃ¶rdinaten juist in te situeren. Welke methode moet je gebruiken om de energie van haar proteÃ¯ne te minimaliseren. + leg uit hoe de methode werkt.</text>

Chemische Thermodynamica

2025-01-18T10:58:16Z

R0939951: /* 13 januari 2025 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Zowel gevolgd door chemie als biochemie, tegenwoordig in het derde jaar voor biochemie en tweede jaar chemie. Een 'mondeling' examen met schriftelijke voorbereiding. In theorie want in praktijk verloopt het examen zonder veel woorden. De examenstructuur is altijd dezelfde: 3 theorievragen en 2 oefeningen, waarvan één altijd gaat over entropieverandering. Sinds 2012-2013 komt één van de theorievragen uit één van de artikels die je vooraf moest lezen, enkel deze vraag wordt mondeling besproken.
Het vak wordt gedoceerd door professor Thierry Verbiest.

'''Alle vragen van het einde van elk hoofdstuk (Elisabeth I.):'''
https://drive.google.com/file/d/1J_23Lh2eyP2lzxUNz9JKv4si8D7028PJ/view?usp=sharing

==Examenvragen==

===13 januari 2025 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#isotherme processen
#*leidt een uitdrukking af voor arbeid en warmte bij een reversibel en irreversibel isotherm proces
#*Bewijs dat dH en dU gelijk zijn aan 0 voor een isotherm proces bij ideale gassen. Motiveer je antwoord.
#*Leg uit waarom de geleverde arbeid bij een reversibel isotherm proces groter is dan bij een reversibel adiabatisch proces.
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding
#Micelvorming: leg uit hoe je ΔG°, ΔH°,ΔS° kan bepalen als je de kritische micelconcentratie kent. Leidt de relevante formules af.
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?
#Oefening 2: tripelpunt: T bij tripelpunt gegeven en 2 paren van druk en temperatuur gegeven bij verdampen.
#* Wat is de vormingsenthalpie
#* Wat is de normale kooktemperatuur
#* Wat is de druk in het tripelpunt

=== 10 januari 2025 NM ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Uit de wiskunde weten we dat een differentiaal 𝑑𝑓 = 𝑎(𝑥,𝑦)𝑑𝑥 + 𝑏(𝑥,𝑦)𝑑𝑦 exact is als (𝜕𝑎/𝜕𝑦)𝑥=(𝜕𝑏/𝜕𝑥)𝑦. In de thermodynamica zou 𝑓 dan een toestandsfunctie zijn. Toon aan voor een mono-atomisch ideaal gas dat dq geen exacte differentiaal is, maar dat dq/T dat wel is. Maak gebruik van bovenstaande definitie van een exacte differentiaal en dq = dU - dW = CVdT + pdV
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding
#Carnot cyclus
#Een waterdruppel met diameter 20mm wordt opgesplitst in 1000 gelijke kleine waterdruppeltjes. Bereken de arbeid die hiervoor nodig is. De oppervlaktespanning van water is 0,072N/m, het volume van een bol is (4/3)πr^3 en het oppervlak van een bol is 4πr^2.
#Tripelpunt: T bij tripelpunt gegeven en 2 paren van druk en temperatuur gegeven bij verdampen.
#* Wat is de vormingsenthalpie
#* Wat is de normale kooktemperatuur
#* Wat is de druk in het tripelpunt

=== 10 januari 2025 VM ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Uit de wiskunde weten we dat een differentiaal 𝑑𝑓 = 𝑎(𝑥,𝑦)𝑑𝑥 + 𝑏(𝑥,𝑦)𝑑𝑦 exact is als (𝜕𝑎/𝜕𝑦)𝑥=(𝜕𝑏/𝜕𝑥)𝑦. In de thermodynamica zou 𝑓 dan een toestandsfunctie zijn. Toon aan voor een mono-atomisch ideaal gas dat dq geen exacte differentiaal is, maar dat dq/T dat wel is. Maak gebruik van bovenstaande definitie van een exacte differentiaal en dq = dU - dW = CVdT + pdV
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Een waterdruppel met diameter 20mm wordt opgesplitst in 1000 gelijke kleine waterdruppeltjes. Bereken de arbeid die hiervoor nodig is. De oppervlaktespanning van water is 0,072N/m, het volume van een bol is (4/3)πr^3 en het oppervlak van een bol is 4πr^2.
#Een ideaal gas wordt bij 37°C isotherm geëxpandeerd van 3 atm tot 1 atm. Bepaal q, W, ΔU, ΔH, ΔSsys en ΔSomg indien dit:
#* reversibel gebeurt
#* gebeurt bij een constante tegendruk van 1atm

=== 6 september 2024 ===
#OPDRACHT: vuurpomp
#*Leid een uitdrukking af voor de eindtemperatuur en eindvolume bij de vuurpomp (zonder getallen).
#*De werking van de vuurpomp steunt op een irreversibele adiabatische compressie. Hoe zou je de eindtemperatuur en eindvolume berekenen in het reversibele geval?
#*Leid een uitdrukking af voor de arbeid in beide gevallen. Is deze gelijk of verschillend voor beide processen? Leg uit waarom
#*Bijvragen
#**Wat is reversibel en irreversibel?
#**Waarom mag je Cv gebruiken? (Het volume is namelijk niet constant bij een compressie)
#**Hoe zou je in beide gevallen (reversibel, irreversibel) de entropie berekenen?
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.
#*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.
#*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord.
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos.
#* ΔG en ΔG° zijn constanten.
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord.
#*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.
#*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenene.
#*De elektrochemische potentiaal is hetzelfde als de chemische potentiaal.
#Oefening 1: isotherme expansie van 3 atm naar 1 atm bij een temperatuur van 37°C. Geef de entropie van de omgeving en van het systeem in volgende gevallen:
#*Reversibele expansie
#*Irreversibel tegen een uitwendige druk van 1 atm
#Oefening 2: je hebt een moedercel met straal 1 µm dat zich opsplitst in 2 gelijke dochtercellen. Het totaal volume blijft gelijk, maar de oppervlakte wordt groter. Wat is de arbeid die hiervoor verricht moet worden als je weet dat de oppervlaktespanning 3.12*10^(-3) N/m is?

=== 16 februari 2024 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#*Bijvragen over de CMC en surfactanten, 2e hoofdwet van thermodynamica & het verband met Gibbs
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆S=0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijke. Leg kort uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord.
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos.
#* ΔG en ΔG° zijn constanten.
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord. (3)

#Oefening: Isotherme reversibele expansie van 0.133 mol ideaal gas van 3l naar 10l. De initiële druk bedroeg 5 bar.
#*Bereken U, q en W
#*Bereken ∆S(systeem)
#*Bereken ∆G
#Oefening: Het verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte

=== 1 februari 2024 NM ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#*Bijvragen over de CMC en surfactanten, 2e hoofdwet van thermodynamica & het verband met gibbs, stabiliteitscurve proteinen, methanol vs water
#Isotherme processen
#*Leid een uitdrukking af voor arbeid en warmte bij een reversibel en irreversibel isotherm proces.
#*Bewijs dat dU en dH gelijk zijn aan nul voor een isotherm proces bij ideale gassen.
#*Leg uit waarom de geleverde arbeid bij een reversibel isotherm proces groter is dan bij een reversibel adiabatisch proces.
#Micelvorming: leg uit hoe je ∆G°, ∆H° en ∆S° kan bepalen als je de kritische micelconcentratie kent. Leid de relevante formules af.
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal mbv de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?
#Oefening 2: Tripelpunt: T bij tripelpunt gegeven en 2 paren van druk en temperatuur gegeven bij verdampen.
#* Wat is de vormingsenthalpie
#* Wat is de normale kooktemperatuur
#* Wat is de druk in het tripelpunt

=== 23 januari 2024 NM ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
Bijvragen over de CMC, opbouw micellen en amfifiele moleculen, wat is de 2e hoofdwet van thermodynamica & het verband met gibbs...
# Carnot cyclus en omgekeerde Carnot cyclus
#*Toon aan dat DU = 0 en DS = 0 voor de Carnot cyclus.
#*Teken de Carnot cyclus in een T-S diagramma.
#*Wanneer is het rendement van een warmtepomp het hoogst?In de winter of in
de zomer? Verklaar je antwoord.
#Waar of niet waar? Verklaar kort je antwoord.
#*Bij een expansie van een ideaal gas in vacuüm is dU steeds gelijk aan nul.
#*Het volume is een exacte differentiaal.
#*Dichtheid is een extensieve grootheid.
#*Bij een isotherm proces is dW = 0.
#Micelvorming: leg uit hoe je ∆G°, ∆H° en ∆S° kan bepalen als je de kritische
micelconcentratie kent. Leid de relevante formules af.
#Oefening: Isotherme reversibele expansie van 0.133 mol ideaal gas van 3l naar 10l. De initiële druk bedroeg 5 bar.
#*Bereken U, q en W
#*Bereken ∆S(systeem)
#*Bereken ∆G
#Oefening: Tripelpunt: T bij tripelpunt gegeven en 2 paren van druk en temperatuur gegeven bij verdampen.
#* Wat is de vormingsenthalpie
#* Wat is de normale kooktemperatuur
#* Wat is de druk in het tripelpunt

=== 23 januari 2024 VM ===
Exact de zelfde vragen als 12 januari 2024

=== 15 januari 2024 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
Bijvragen over de CMC, opbouw micellen en amfifiele moleculen, wat is de 2e hoofdwet van thermodynamica & het verband met gibbs...
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆S=0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijke. Leg kort uit.
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Waar of niet waar?
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.
#Oefening: Bereken de molaire massa van creatine gegeven dat de osmotische druk van je 0.1g/l creatine-oplossing 13 torr bedroeg in vergelijking met water bij 25°C.
#Oefening: Isotherme reversibele expansie van 0.133 mol ideaal gas van 3l naar 10l. De initiële druk bedroeg 5 bar.
#*Bereken U, q en W
#*Bereken ΔS(systeem)
#*Bereken ΔG

=== 12 januari 2024 ===
#OPDRACHT: vuurpomp
#*Leid een uitdrukking af voor de eindtemperatuur en eindvolume bij de vuurpomp (zonder getallen).
#*De werking van de vuurpomp steunt op een irreversibele adiabatische compressie. Hoe zou je de eindtemperatuur en eindvolume berekenen in het reversibele geval?
#*Leid een uitdrukking af voor de arbeid in beide gevallen. Is deze gelijk of verschillend voor beide processen? Leg uit waarom
#*Bijvragen komen letterlijk uit de vragen dat je moet leren voor hoofdstuk 3 (enige dat ik daar verschillend van had: wat gebeurt er als je bij een reversibel proces iets klein aanpast zoals het teken van uw volumeverandering aanpassen compressie <-> expansie)
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆S=0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijke. Leg kort uit.
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Waar of niet waar? Motiveer kort je antwoord.
#*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.
#*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenene.
#*De elektrochemische potentiaal is hetzelfde als de chemische potentiaal.
#oefening 1: isotherme expansie van 3 atm naar 1 atm bij een temperatuur van 37°C. Geef de entropie van de omgeving en van het systeem in volgende gevallen:
#*Reversibele expansie
#*Irreversibel tegen een uitwendige druk van 1 atm
#oefening 2: je hebt een moedercel met straal 1 µm dat zich opsplitst in 2 gelijke dochtercellen. Het totaal volume blijft gelijk, maar de oppervlakte wordt groter. Wat is de arbeid die hiervoor verricht moet worden als je weet dat de oppervlaktespanning (iets in die aard) 1.26*10^(-)2 N/m is?

=== 28 augustus 2023 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos
#*Delta G en delta G° zijn constanten
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.
#Oppervlaktespanning
#*Waarom is de druk binnen in een vloeistofdruppel steeds hoger dan erbuiten?
#*Waarom heeft hexaan een lagere oppervlaktespanning dan water?
#*Waarom gebruiken we de Helmholtz functie om de Young-Laplace vergelijking af te leiden en niet de Gibbs functie?
#Oefening 1: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?
#*Geef de gibbsfunctie.

=== 1 februari 2023 ===
#OPDRACHT: vuurpomp
#*Leid een uitdrukking af voor de eindtemperatuur en eindvolume bij de vuurpomp (zonder getallen).
#*De werking van de vuurpomp steunt op een irreversibele adiabatische compressie. Hoe zou je de eindtemperatuur en eindvolume berekenen in het reversibele geval?
#*Leid een uitdrukking af voor de arbeid in beide gevallen. Is deze gelijk of verschillend voor beide processen? Leg uit waarom.
#Toon aan met een afleiding (begin met vorderingsgraad) dat 𝑅𝑇 ln(𝐾p) = −∆𝐺̅°.
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagram en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0.
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk. Leg kort uit.
#Beschouw een mengsel (of oplossing) van vloeistoffen A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.
#OEFENING 1: Isotherme compressie van een ideaal gas van 3 atm tot 1 atm bij 27°C. Bereken ∆S(systeem) en ∆S(omgeving) in het reversibele geval en ook bij constante externe druk van 1 atm.
#OEFENING 2: Een druppel water (bol met straal 10 mm) wordt gesplitst in 1000 equivalente kleinere druppels (ook bollen) waarbij het totaalvolume niet verandert. Bereken de arbeid die hiervoor nodig is. Gegeven formules voor volume en oppervlakte bol, oppervlaktespanning water (73 N/m).

=== 16 januari 2023 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos
#*Delta G en delta G° zijn constanten
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling
#Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit
#OEFENING 1: berekenen U, q, W, G, S, H
#OEFENING 2: iets van een moedercel die splitst in 2 dochtercellen waarbij het volume gedeeld wordt door 2 maar de oppervlakte wel veranderd. Berekenen hoeveel arbeid er nodig is om dit proces te laten plaatsvinden (dus oppervlaktespanning doorbreken). Diameter moedercel, oppervlaktespanning, formule opp. en volume bol gegeven.

=== 1 september 2022 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*Het Debije-Hückel model laat ons toe om een uitdrukking af te leiden voor de elektrochemische potentiaal.
#*De gemiddelde activiteitscoëfficiënt wordt gebruikt omwille van experimentele redenen.
#*De eenheid van ionische activiteit is mol/kg.
#Leid een uitdrukking af voor de Laplace druk. Verklaar elke stap in je afleiding
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De variantie in het tripelpunt van een zuivere stof is nul.
#*Het T,x-diagram van een ideaal mengsel kan nooit een azeotroop vertonen.
#*Beschouw een vloeibaar mengsel van A en B. De samenstelling van de vloeistof is hierbij steeds gelijk aan de samenstelling van dampfase.
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte

=== 25 augustus 2022 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen (hydrofoob effect)
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#Waar of niet waar? Motiveer je antwoord
#*De evenwichtsconstante is dimensieloos
#*Delta G en delta G° zijn constanten
#*Endotherme reacties worden gunstig beïnvloed door een temperatuursdaling
#Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal. Verklaar elke stap in je afleiding.
#Beschouw een mengsel van vloeistof A en B. Leid een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van A en B in het mengsel. Bespreek hierbij de wet van Raoult en Henry en illustreer met een grafiek.
#Oefening: isotherme en reversibele expansie. Berekenen van warmte, arbeid, inwendige energie, entropie van het systeem en gibbs functie
#Oefening: verwarmen van 3 mol zuurstofgas bij constante druk. Berekenen van enthalpie, inwendige energie en warmte

=== 17 januari 2022 ===
#OPDRACHT: vouwen van proteïnen
#*Wat is het hydrofoob effect?
#*Leg uit waarom dit grotendeels een entropisch effect is.
#*Leg uit waarom het hydrofoob effect één van de drijvende krachten is bij het vouwen van proteïnen in waterig milieu.
#*Is het hydrofoob effect ook de drijvende kracht bij micelvorming ? Leg uit.
#
#Proteïnen
#*Bespreek het fasediagramma en de stabiliteit van proteïnen.
#*Waarom is de stabiliteit van een proteïne maximaal als ∆𝑆̅d = 0?
#*Thermofiele bacteriën kunnen zeer hoge temperaturen verdragen, deels omdat hun proteïnen stabiel zijn bij hoge temperaturen. Welke thermodynamische parameter is hiervoor verantwoordelijk? Leg kort uit.
#
#Leid een uitdrukking af voor de cryoscopische constante. Verklaar elke stap in je afleiding.
#
#Leid een formule af die aantoont dat een opgeloste stof die de oppervlaktespanning van een oplossing verlaagt, de neiging zal hebben zich op te stapelen aan het oppervlak. Verklaar elke stap in je afleiding.
#
#Oefening 1: Wat is de reactie enthalpie van een reactie waarbij de evenwichtsconstante verdubbelt als de temperatuur verhoogd wordt met 15 K bij een temperatuur van 310 K?
#
#Oefening 2: 0.133 mol van een ideaal gas wordt bij een initiële druk van 5 bar isotherm en reversibel geëxpandeerd van 3 liter tot 10 liter.
#*Wat is de inwendige energie, de arbeid en de warmte?
#*Wat is de entropieverandering van het systeem?
#*Geef de gibbsfunctie.

=== 31 augustus 2021 ===
#Vuurpomp afleiding geven voor T en V
#
#Gibbs functie bij mengsels
#*Toon aan dat gibbs ook een alternatieve vorm is voor de 2de hoofdwet
#*Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.
#
#Waar of niet waar?
#*Vergroten van een oppervlak zet energie vrij
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.

#Proteine stabiliteit en fasediagram geven en alles uitleggen + de afleidingen van dG folded en unfolded!
#Oefening1: Druk p is gegeven (zo niet kan je gwn pV=nRT stellen) enbij verwaeming is T1= 310 K en T2=325 K, tijdens die verwarming zal de evenwichtsconstante K veranderen tot 2.K (verdubbelen) gaan, wat is de standaard enthalpie?
#Oefening2: gegeven is V1 = 3 L en V2= 10L met druk p=5bar en aantal mol stof = 0.133 mol, geheel is temperatuur onafhankelijk.
#*Geef U, W en q voor als het proces isotherm reversibel expandeert
#*Geef de entropie verandering van het systeem
#*Geef de gibbs functie voor deze situatie

=== 27 januari 2021 ===
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is
#Adiabatische processen
#* toon aan dat P1V1^(y)=P2V2^(y) voor een adiabatisch proces
#* toon aan dat de arbeid bij een adiabatisch proces gegeven wordt door W= (Pfin*Vfin-Pinit*Vinit)/(y-1) en dat deze uitdrukking equivalent is met W=Cv(Tfin-Tinit)
#* leg uit waarom we Cv mogen gebruiken in W=Cv(Tfin-Tinit) terwijl het volume niet constant blijft.
# Leid een uitdrukking af voor de membraanpotentiaal met behulp van de elektrochemische potentiaal.
# Waar of niet waar?
#* Vergroten van een oppervlak zet energie vrij
#*schuim is onstabiel omdat schuim een zeer groot oppervlak heeft.
#*surfactanten verhogen de oppervlaktespanning
#*schaatsrijders kunnen op het water lopen omwille van de oppervlaktespanning van water.
#Oef: bereken verschil in entropie van het systeem. gegeven T1, P1 en T2, P2 en Cr (molaire)
#Oef: gegeven: temperatuur tripelpunt, 2 punten (P,T) van naftaleen
#*bereken delta H
#*bereken normaal kookpunt naftaleen
#*bereken P van tripelpunt

=== 11 januari 2021 ===
#Artikel over proteïne: leg hydrofoob effect uit en waarom vouwing entropisch gedreven is
#Osmose
#La place druk
#Joule -thompson coefficient aantonen dat die 0 is voor ideale gassen
#*bewijs isobare coefficient voor thermische expansie is 1/T voor ideaal gas
#* bewijs isotherme compressibiliteit is 1/p voor ideaal gas
#* Is joule thompsoncoefficient positief of negatief bij een expansieproces dat resulteert in koelen
#oef: w, q, Ssyst, Somg,U en H berekenen bij isotherm proces
#* bij reversibel proces
#*bij Pex van 1 atm
#oef: tripelpunt, kritisch punt, normaal kookpunt en smeltpunt gegeven
#* schets een fasediagram (P,T) hiervan
#* kan je O2 smelten als je de druk verhoogt?
#* bereken Hvap

===31 januari 2020===
# Artikel over proteïne: Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1.
# Oef: bereken q, W, U. Bereken entropie en Gibbs energie.
# Oef: bereken verandering van entropie.
# Temperatuur- en drukafhankelijkheid van Gibbs functie.
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?

===17 januari 2020 VM===
# Wat is CMC en geef de verandering in enthalpie bij micelvorming.
# Oef: opwarming van een gas tegen constante druk (Cp gegeven). Bereken warmte, verandering in U en H.
# Oef: bereken de verandering in entropie bij opwarming.
# chemische potentiaal bij osmose afleiden. Hoe kan dit gebruikt worden om de molecuulmassa van polymeren te weten?
# klassieke nucleatietheorie
===13 januari 2020 NM===
# Vuurpomp
# Oef: P2 en deltaG berekenen
# Oef: deltaS berekenen
# Chemische potentiaal voor zuivere vloeistof en voor mengsel geven. Wet van Raoult en Henry bespreken met een grafiek.
# Membraanpotentiaal en Donnanpotentiaal. Bespreek het verschil.

===13 januari 2020 VM===
# Vuurpomp
# Oef: bereken q S en H bij isotherm
# Oef: bereken q, U en G bij isobaar opwarmen gas
# Schets fasediagramma van 2 stoffen A en B die slecht mengbaar zijn in vaste fase en goed mengbaar in vloeistoffase. Gibbs faseregel + leg uit
# mengsel ideale oplossing formules afleiden + wet van Raoult (grafiek)
===25 januari 2019 NM===
# Vuurpomp
# Oef: dSsyst berekenen bij water gaat van ijs naar vlo (een oef uit oefenzitting 3 met ijs)
# Oef: H U q berekenen bij gegeven T1 T2 p1 en Cp
# Bespreek chemisch pot van mengsel ideale gassen en ideale vlo
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.

===18 januari 2019 NM===
Zelfde als voormiddag, maar carnot cyclus vervangen door proteïne denaturatie + stabiliteitscurve
===18 januari 2019 VM===
# Artikel over proteïne
# Oefening: Kp gegeven bij twee temperaturen. Bereken delta G, H en S.
# Oefening: 2 mol gas ondergaat isotherme compressie. T, p1 en delta S gegeven. Bereken einddruk en delta G.
# Bespreek carnot cyclus (teken p-V diagram, bereken voor elke stap W, q, U en entropie verandering, toon aan dat U en S voor de hele reactie gelijk aan 0 zijn, bereken efficiëntie)
# Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom dat oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.

===14 januari 2019 NM===
# Vuurpomp
# Oefening over een monoatomisch gas dat isotherm wordt samengedrukt, waardoor de entropie daalt.
#* Wat is de einddruk?
#* Wat is de delta G?
# Oefening over mengsels (zoals gezien in de les). Moleculaire massas en dichtheden gegeven.
#* Hoeveel volume water en methanol moet men mengen om een bepaalde samenstelling te krijgen
# Toon aan dat de entropie gelijk is aan 0 voor een reversibel proces bij fasetransities (bv smelten). Toon ook aan dat dit verschillend is van 0 voor een irreversibel proces
# Leid de formule van Clapeyron af en toon dit aan voor smelten en verdampen

===14 januari 2019 VM===
#Vuurpomp
#Oefening over een ideaal gas dat reversibel isotherm wordt geëxpandeerd. T, V1, V2 gegeven. Bereken deltaH, deltaU, deltaG, deltaA, q en W.
#Oefening over een ideaal gas dat isotherm wordt geëxpandeerd. Bereken deltaS van universum, systeem en omgeving in reversibele en irreversibele omstandigheden. V1, V2 en temperatuur gegeven. Voor irreversibele voorwaarden bij een constante externe druk van 0.1 atm.
#Colligatieve eigenschappen
#*Uitleggen en grafiek geven, wat doet de opgeloste stof met het chemisch potentiaal van de vloeistof?
#*Bespreek kookpuntsverhoging
#*Bespreek osmose
#Mengsels van vloeistoffen
#*Leidt een uitdrukking af voor de chemische potentiaal van mengsels van ideale oplossingen
#*Hoe zit dit voor reële vloeistoffen? (+grafiek)

===1 februari 2018===
#vuurpomp
#vraag over donnanpotentiaal
#vraag over mengsels

===26 januari 2018===
#Proteinevouwing
#Carnot cyclus
#Oppervlakteverschijnselen: young-Laplace + vergelijking waarom da oppervlaktespanning daalt als C opp stijgt.
#entropie oef
#verdampingsenthalpie, kookpunt, verdampingsentropie en ebullioscopische cte.

=== 19 januari 2018 ===

#Vuurpomp uitleggen
# 1 mol gas word isotherm ontspannen, bepaal q, W, delta U, entropie van omgeving en systeem voor een reversibel en irreversibel geval
# gas wordt opgewarmd, bepaal molaire entropie verandering
# chemische potentiaal van vloeistoffen: ideale en reële mengsels, wet van Raoult en wet van Henry
# denaturatie van proteïnen: formule voor delta G in functie van temperatuur afleiden, curve schetsen en grondig bespreken

=== 19 januari 2018===
# Vuurpomp
# 1 mol ideaal gas: expansie van 20L tot 200L bij 300K. Gevraagd: entropieverandering van systeem, omgeving en universum voor:
#* a. Reversibel
#* b. Irreversibel bij 0.1 atm buitendruk
# Gevraagd: de verandering in molaire entropie bij verwarming van stikstofgas van 25°C tot 1000°C bij constante druk. ( Gegeven: Cp = 26.9835 + 5.9622*10(^-3) T – 377*10(^-7) T(^2) )
# Beschouw de reactie 3A+2B <=> C+2D.
#* Leid het verband van de standaard Gibbsfunctie en de evenwichtsconstante af. En wat met reële gassen? (1.5p)
#* Toon de drukonafhankelijkheid aan (1p)
#* Toon de temperatuursafhankelijkheid aan (1.5p)
# Beschouw F(folded) <=> U(unfolded).
#* Leid deltaG in functie van de temperatuur af (1.5p)
#* schets de stabiliteitscurve en bespreek gronding (2.5p)

=== 15 januari 2018 ===

# Vuurpomp uitleggen
# Oefening op entropie met isotherme compressie ---> bepaal einddruk en delta G
# Oefening partieel molaire volumes
# Entropie voor fasetransities afleiden
# Clausius-Clapeyronvgl. afleiden en toepassen voor smelten en verdampen

=== 3 februari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne (4 ptn): Welke interacties spelen een rol bij de opvouwing van een bêta-hairpin? Hoe dragen deze interacties bij aan de enthalpieverandering van het opvouwingsproces? Gebruik tabel 1. (gegeven)
#*Bijvragen: hij heeft een klokcurve op zijn blad getekend: hoe beïnvloed Cp de curve? (breder). Draagt water meer bij aan de opvouwing van de hairpin dan methanol? De opvouwing van de hydrofobe zijketens, hoe noemen we dit effect? (hij doelt op hydrofoob effect).
# Oefening (2 ptn): gegeven: 1 mol, temperatuur 767°C verhogen naar 1027°C, druk gaat van 1 atm naar 6 atm, molaire Cv = 3/2 R. Bereken de enthalpieverandering en de entropieverandering.
# Oefening (2 ptn): gegeven: 3 mol, temperatuur 27°C, de reactie is isotherm, druk gaat van 1 atm naar 5 atm. Bereken de verandering in vrije energie.
# Carnot-cyclus:
#* Teken het p-V en S-T diagram. (1,5 ptn)
#* Bereken voor elke stap w, q, U en entropieverandering. (1,5 ptn)
#* Toon aan dat de totale U en totale entropieverandering nul is. (1ptn)
# Chemisch potentiaal mengsels (gas en vloeistof)
#* Bespreek de verandering in Gibbs en entropie bij het mengen van ideale gassen. (1,6 ptn)
#* Doe dit ook voor ideale vloeistoffen. (1,2 ptn)
#* Kan je hetzelfde besluiten voor vloeistoffen en gassen? Bespreek dit. (1,2 ptn)

=== 27 januari 2017 NM ===

# Artikel over proteïne
# Oefening tripelpunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berkenen
# Chemisch potentiaal mengsel vloeistoffen, uitdrukking G en aantonen dat het entropie gedreven is
# Kinetisch gasmodel en fotongas

=== 27 januari 2017 VM ===

# Artikel over proteïnen
# Geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatische expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* isochoor proces (weet niet meer exact)
# Chemische potentiaal kort uitleggen, geef afleiding metaal/metaalion electrode
# Oefening triplepunt en kooktemperatuur
# Oefening entropie berekening

=== 20 januari 2017 NM ===

#Vuurpomp vertrekkende van de eerste hoofdwet van de thermodynamica
#entropie (van systeem, universum en omgeving) als je een gas opwarmt van 768 tot 1028 K en samendrukt door het veranderen van de druk van 1 atm tot 6 atm. je mocht dit beschouwen als een reversibel proces. Wat is de entropie?
#een mol gas (argon) ontspant zich bij 273K adiabatisch van 1L naar 10L, wat is de eindtemperatuur? gebruik voor warmtecapaciteit C(v)= 3/2R
#leidt een formule af voor chemische potentiaal bij het mengen van twee stoffen. leidt dan ook de gibbsfunctie af en toon aan dat dit entropisch gedreven is.
#Toon aan dat stoffen aan de oppervlakte van een stof de oppervlaktespanning doen dalen. Leidt de formule van Young-Laplace af.

=== 16 januari 2017 VM ===
#Werking van de vuurpomp beschrijven m.b.v. de eerste hoofdwet van de thermodynamica.
#Bereken een reactie-enthalpie bij 1000K (de reactie en de reactie-enthalpie bij 298K is gegeven).
#Een gas bij 25°C wordt verwarmd bij constante druk tot het verdubbeld is in volume. Bereken de verandering in enthalpie, entropie en vrije energie.
#Mengen van ideale gassen, formule afleiden. (en nog dingen maar die ben ik vergeten omda ik ze nie kon :'( )
#Leid de Clapeyron af en pas toe op Vast-Vloeistof en Vloeistof-Damp.

=== 22 januari 2016 NM ===
#vuurpomp
#colligatieve eigenschappen, kookpuntsverhoging, osmose
#clapeyron afleiden en toepassen op smelten en verdampen
#entropie (sys, omg, univ) berekenen reversibel, irreversibel en enthalpie van systeem berekenen met T1, T2, Cp gegeven
#entropie, enthalpie en inwendige energie berekenen waarbij een systeem verwarmd word tot het volume verdubbelt is met P constant en Ti, P en n gegeven

=== 15 januari 2016 (VM) ===
#Het artikel over het vouwen van eiwitten bespreken.
#De dampspanning van een zuivere stof op twee verschillende temperaturen krijg je. Bereken de verdampingsenthalpie, ebullioscopische constante (molaire massa gegeven.), de temperatuur waarop de vloeistof verdampt en de entropie van dit proces.
#Een (zeer eenvoudige) oefening waarin de entropie moet berekend worden van een expansie.
#Bespreek de carnot cyclus.
#De laplace vergelijking uitleggen en verklaren waarom stoffen die aan het oppervlakte opstapelen de oppervlaktespanning verlagen.

=== 11 januari 2016 NM ===
Hetzelfde als 11 januari VM

=== 11 januari 2016 VM ===
#vuurpomp (opdracht)
#tripelpunt oefening: gegeven temperatuur bij tripelpunt, Pvap(T1), Pvap(T2) te berekenen enthalpie(vap), kooktemp. bij normaaldruk en druk op tripelpunt.
#entropie en enthalpie bij reversibel en irreversibel oefening: gegeven T1, T2, Cp
#colligatieve eigenschappen bespreken (wat is het + invloed van de opgeloste stof op de chemische potentiaal van de vloeistof) en kookpuntsverhoging en osmose
#elektrochemische potentiaal en metaal/metaalionelectrode + Nernstvergelijking (kort) afleiden + (heel kort) bespreken hoe enthalpie en entropie bepaald kan worden uit elektrochemie

=== 12 januari 2015 (NM) ===

# 1. Dat vuur pomp stuff.
# 2. Bereken tripel punt shit.
# 3. Wat met entropie spelen n stuff.
# 4. Een of ander carnot cyclus... komt dat iemand bekend voor?
# 5. Wat shit met oppervlakte spanning en Young en een van zijn Franse maatjes afleiden

=== 17 januari 2014 ===

# vraag over enthalpie bij peptide vouwen, vraag 1 van da document
# Oefening om enthalpie te bereken bij 1000K terwijl de enthalpie is gegeven bij 298K van een reactievgl
# Entropie berekening voor irreversibel en reversibel proces
# leidt de formule van de oppervlaktespanning af, bewijs dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen de nijging hebben om zich aan de oppervlakte op te stapelen, Leidt de vergelijking van Young-dupre af
# leg te elektrochemische potentiaal uit( gewoon de vergelijking uitleggen), leg membraanpotentiaal uit, leg metaal/metaan-ion elektrode uit

=== 28 januari 2013 ===

# Bespreek de electrochemische potentiaal en pas dit toe op een metaal/metaalionelektrode.
# Toon aan dat een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (artikel).
# Oefening: bepaling van de molaire entropieverandering bij verwarmen en compresseren. Warmtecapaciteit bij constant volume is geggeven.
# Oefening: bereken delta H bij 1000 K van de reactie: CO + H2O -> CO2 + H2. delta H bij 298 K is gegeven, als ook de Cp's van de stoffen.

=== 25 januari 2013 ===

# bewijs: bij adiabatisch proces is p1V1^(lambda)=p2V2^(lambda)
# bespreek de rol van enthalpie en entropie bij het hydrofoob effect
# bepaling van de tempperatuursverandering bij adiabatische compressie (begin- en einddruk, begintemp gegeven)
# bepaling van delta U en delta H bij een opwarming bij constante druk (cv, massa, molaire massa en begin- en eindtemp gegeven)

=== 18 januari 2013 ===

# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Leg uit hoe een adiabatische expansie kan leiden tot mistvorming in een erlenmeyer (vraag uit artikel).
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm. Warmtecapaciteit bij constant volume is gegeven.
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 3 feb 2012 ===

# Geef het verschil tussen een isotherme en een adiabatische expansie.
# Toon aan dat de gemiddelde kinetische energie van een mol gas gelijk is aan 3/2 RT
# Oefening: entropieverandering van 298 K en 2 atm naar 233 K en 0.4 atm
# Oefening: geef temperatuur en druk bij het tripelpunt van een bepaalde stof, twee vergelijkingen met p en T zijn al gegeven, je moet alleen nog maar het stelsel van twee vergelijkingen en twee onbekenden oplossen.

=== 27 jan 2012 ===

# Toon aan dat stoffen die de oppervlaktespanning verlagen, de neiging hebben om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Leg uit, elektrochemische potentiaal en pas toe op de membraanpotentiaal.
# Oefening op entropieverandering
# Bereken q, U en H bij verwarming bij constante druk.
=== 20 jan 2012 VM ===

# Bespreek osmose (bijvragen: geldt deze formule altijd, hoe aanpassen voor grotere C, hoe noem je dit?)
# Geef de formules voor de warmte, arbeid en verandering in inwendige energie voor volgende processen met ideale gassen:
#* isotherme expansie in vacuÃ¼m
#* adiabatische expansie in vacuÃ¼m
#* isotherme expansie tegen constante druk
#* adiabatisch expansie tegen constante druk
#* reversibele isotherme expansie
#* reversibele adiabatische expansie
#* (bijvraag: een stok met aan het uiteinde een stuk katoen in een omhulsel duwen (past perfect): hierna brandt het katoen, hoe verklaar je dit?)
# Oef: zie oef 3 bij oude examenvragen
# Oef: zie oef 7 bij oude examenvragen

=== 16 jan 2012 VM ===

# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering Gibbs van reactie bij 1298K als Cp, H & S van alle reagentia en producten gegeven bij 298K
# Oefening over entropieverandering van expansie (systeem, omgeving, universum) zowel a) reversibel b) irreversibel bij uitwendige druk van 0,1Atm

=== 28 jan 2011 ===

#Bespreek osmose en hoe kan je hieruit molecuulgewicht bepalen (3de keer!!!)
#Bespreek membraanpotentiaal
#IJs wordt van -10Â°C tot +10Â°C verwarmd: wat is de entropietoename <u>van het systeem</u>? (enthalpie en warmtecapaciteiten gegeven)
#Bereken eindtemperatuur, q, W en U van een reversibele adiabatische compressie van 28l naar 10l. (C<sub>v</sub> = 5/2R)

=== 21 jan 2011 VM ===
# Geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# Oefening over verandering inwendige energie (delta U)
# Oefening over entropieverandering

=== 17 jan 2011 ===

# Bespreek osmose en leg uit hoe je hieruit molecuulgewichten kunt bekomen
# Clapeyron afleiden + toepassen op fasediagramma (m.a.w. vgl vast-> vl., vl. -> gas en vast -> gas berekenen)
# Oefening over entropieverandering
# Oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 15 jan 2010 ===

# bespreek de adiabatische expansie
# bespreek osmose en geef een toepassing
# oefening over entropieverandering
# oefening over verandering in gibbsfunctie

=== 11 jan 2010 VM ===
# Bespreek het kinetischgasmodel en de gemiddelde Etr.
# Bespreek de electrochemische potentiaal en leg uit a.d.h.v. een metaal/metaalionelektrode.
# ?
# ?

=== 11 jan 2010 NM ===
# Toon aan met formules dat een stof die de oppervlaktespanning verlaagt de neiging heeft om zich aan het oppervlak op te stapelen.
# Bewijs dat de totale entropie voor een Carnotcyclus gelijk is aan nul.
# Entropieverandering berekenen van gas bij bepaalde gebeurtenis.
# Veranderingen in U en H berekenen bij de opwarming van een ideaal gas bij constante druk.

=== 30 jan 2009 ===
# Clapeyron afleiden+toepassen op vloeibaar-gas.
# Kookpuntverhoging.
# Adiabatische compressie van een gas met de volumes en de begin T en de Cv gegeven.
# Entropieverandering van 25 C naar 1000 C met Cv gegeven.
=== 16 jan 2009 ===
# bij mengen verandering in gibbs, entropie, enthalpie en volume
# carnot bespreken, q, W en U bij elk proces, en efficientie berekenen
# verandering in entropie berekenen wanneer een ideaal gas expandeert van 1l bij 12K naar 2l bij 24K
# verandering in enthalpie en inwendige energie berekenen van een reactie, enkele vormingsenthalpieën gegeven en een verbrandingsenthalpie, en we mochten veronderstellen dat de gassen ideaal waren
=== 21 jan 2008 ===
# clayperon+ toep. op verdampen
# kookpuntsverhoging bespreken
# adiabatische expansie 1L naar 10L, Ti = 273K, bereken eindtem Cv gegeven
# compresie van 1atm naar 2atm en verwarmen van 300k naar 1000k. Cp gegeven. bereken entropieverandering.
=== 21 jan 2008 ===
# geef de carnotcyclus en bespreek U, w & q bij elk proces
# Bespreek de membraam potentiaal
# adiabtische compressie gas (1 mol) van 48,4l naar 44,4 l en begin temp = 0Â°C. Eindtemperatuur berekenen
# entropieverandering van verwarmen gas 25Â°C-->1000Â°C. Cp gegeven
=== 18 jan 2008 ===
# druk en temperatuursafhankelijkheid van evenwichtsconstante
# isotherme en adiabatische expansie van een ideaal gas bespreken
# inwendige energie berekenen, vormingsenthalpie en temperatuur gegeven
# enthalpie en entropie berekenen van faseovergang van water bij T = 263K, H(273K) gegeven en Cp's gegeven

=== 14 jan 2008 ===
# clapeyron afleiden en toepassen op vast/vloeistof
# osmose bespreken
# vormingsenthalpie berekenen bij 125Â°C van HBr uit H2 en Br2. met de HfÂ°bij 25Â°C gegeven. bereken ook de inwendige energieverandering. (Cp ook gegeven dacht ik (iemand die nog exact weet?) )
# entropieverandering bij 1 mol ideaal gas met T1= 12K, T2= 24K en V1=1L en V2=2L. en Cv = 3/2 R
=== 14 jan 2008 ===
# twee ideale gassen, bepaal deltaG, S, H, V na mengen
# kookpuntsverhoging bespreken
# CO(g) + H20 (g) => CO2(g) + H2(g) delta H (298K) = -10 kcal. zoek delta H (1000K) Cp's gegeven
# bespreek de carnotcyclus in een STdiagramma

=== 30 aug 2008 ===
# mengen van ideale gassen, bespreek delta G, delta H, delta S, delta U en delta V
# geef q, U en W voor volgende processen met ideale gassen
#* isotherme expansie in vacuum
#* adiabatische expansie in vacuum
#* isotherme exp tegen constante druk
#* adiab exp cte P
#* reversibele isoth exp
#* rev adiab exp
# ideaal gas bij 12K en 1L, bereken delta S bij het omzetten naar 24K en 2L. C=2/3R
=== 29 jan 2007 ===
# bespreek de druk- en temperatuursafh van de evenwichtsconstante
# de henryconstante van CO2 in H2O is 1,...*10^6, die in benzeen 8,...*10^4. In welke stof is CO2 het best oplosbaar?
# Een oefening waarbij een ideaal gas van T en V veranderd. Bereken DeltaS.
=== 23 jan 2007 ===
# bespreek osmose
# oefening waar ge bij reversibele isotherme compressie U, q, H en W moet berekenen
# een ideaal gas gaat van T1->T2 en V1-> V2. Laat zien dat geldt: Delta S= Cv. ln(T2/T1)+n.R. ln(V2/V1) Cv mag onafhankelijk van de temperatuur genomen worden.
=== 20 jan 2007 ===
# Geef de afleiding voor de vergelijking van clapeyron en pas dit toe op smelten
# Geef een S-T diagramma van de Carnotcyclus
# Bereken deltaH bij 1000K, je kreeg deltaH(298), de reactie en alle Cp's

=== 19 jan 2007 ===
# het mengen van ideale gassen. Bespreek de gibs functie de entalpie, entropie, en volume verandering.
# de carnot cyclus wordt meestal weergeven in een pv-diagrama, geef hem nu weer in een TS-diagramma
=== 18 jan 2007 ===
# bewijs dat de evenwichtsconstante niet drukafhankelijk is, maar wel temperatuursafhankelijk
# bewijs volgende uitdrukking voor de entropieverandering van een gas dat van temperatuur en volume verandert:
#: deltaS = Cv*ln(T2/T1) + nR*ln(V2/V1)
Oefening:
# bereken molecuulmassa van een proteïne
# oplossing en osmotische druk gegeven, bereken ??

Structurele en Fysiologische Biologie

2023-06-26T13:28:08Z

R0939951: /* Examenvragen DIER */

[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Eerstejaarsvak enkel aan biochemici en schakelstudenten gegeven, bestaat uit een deel plantkunde (Wim Van den Ende) en een deel dierkunde (Jozef Vanden Broeck). Deze delen hebben op dezelfde dag een examen, het ene mondeling en het andere schriftelijk, onbekend op voorhand dewelke mondeling en dewelke schriftelijk is. Beide examens hebben al jarenlang dezelfde opbouw van type vragen.
Voor 2de zit kan een vrijstelling aangevraagd worden voor het deel dat je door bent.

Update: tegenwoordig zijn dit 2 aparte vakken: bouw en functie van planten (Wim Van den Ende) in het eerste semester en bouw en functie van dieren (Liliane Schoofs) in het 2e semester. Beide examens zijn schriftelijk. Voor plant moet je een taakje maken over actualiteit op 2 punten en zijn er doorheen het semester 2 testjes samen op 3 examen punten. Voor dier moet je per hoofdstuk e-connect testjes maken en er is ook een excursietaak waarbij je een stamboom moet maken van het dierenrijk, samen op 4 punten

==Examenvragen PLANT==
===1 februari 2023===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Levenscyclus gegeven, van wat is het (was bedektzadigen) en aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===3 februari 2022===
# 8 meerkeuzevragen
# waterpotentiaal en zijn 2 componenten uitleggen, is er een verschil wanneer je NaCl of glycerol toevoegt, vergelijk de druk met die in het xyleem en floeem
# levenscyclus bedektzadigen, welke is het, diplont/haplont/diplohaplont + beargumenteer

===20 januari 2021 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# bespreek de plantenhormonen, algemene werking + overzicht met kenmerken van elk hormoon, bespreek apicale dominantie (schriftelijk 8pt)
# levenscyclus bedektzadigen. Diplont/haplont/diplohaplont + beargumenteer

===30 Januari 2020 NM===
# 8 meerkeuzevragen
# Wat is het verschil tussen lange dag en korte dag planten? (mondeling 3pt)
# Hoe kan de biologie meehelpen om wereldproblemen te verhelpen? Hoe zie je een samenwerking tussen landbouw en geavanceerde biotechnologie in de toekomst? (mondeling 7pt)
# Cyclus van bedektzadigen aanvullen. Is deze plant diplont/haplont/diplohaplont?

===20 Januari 2020 NM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek over diversiteit van fungi met hun eigenschappen; toepassingen in biotechnologie
# Bespreek over massastroming
# levenscyclus gegeven met woorden weggelaten, van wat is het (bedektzadigen). Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.
===20 Januari 2020 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek algemeen de plantenhormonen en het werkingsmechanisme. Bespreek apicale dominantie.
# levenscyclus gegeven met woorden weggelaten, van wat is het (bedektzadigen). Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===14 Januari 2020 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Levenscyclus gegeven, van wat is het (was bedektzadigen) en aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===21 augustus 2019 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Situeer bondig de termen "gespvormig" en "CRISPR/CAS"
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===28 januari 2019 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek in detail een drietal manieren waarop planten ATP kunnen maken.
# Situeer bondig de termen "gespvormig" en "CRISPR/CAS"
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===14 januari 2019 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# waterpotentiaal en zijn twee componenten
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===14 januari 2019 NM===
# 8 meerkeuzevragen
# Geef 3 manieren waarop planten ATP synthetiseren (glycolyse, ademhaling, Kreb cyclus, ...)
# Leg bondig uit: CRISPR/Cas en CAM planten
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===31 januari 2018 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Bespreek de evolutie & metabole diversiteit van prokaryoten en het ontstaan van de eukaryoten.
# Leg bondig uit: het ontstaan van hexaploïde tarwe, mechanisme voor de bloei van lange en korte dag planten.
# Levenscyclus van bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===30 januari 2018 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Waterpotentiaal en zijn 2 componenten
# SAR
# Massastroming
# Cyclus van bedektzadigen aanvullen. Is deze plant haplont, diplont of diplohaplont en beargumenteer.
===15 januari 2018 VM===
# 8 meerkeuzevragen
# Geef 3 manieren waarop een plant ATP aanmaakt en leg gedetailleerd uit
# Hypersensitieve respons en CAM planten bondig uitleggen
# Cyclus bedektzadigen aanvullen. Is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont en beargumenteer.

===21 aug 2017 NM===
#meerkeuzevragen
#Geef 3 manieren waarop een plant ATP aanmaakt en leg gedetailleerd uit
#gespvorming en CAM planten bondig uitleggen
#cyclus bedektzadigen aanvullen + is deze plant haplont, diplont, of diplohaplont? beargumenteer

===21 aug 2017 VM===
#meerkeuzevragen
#plantenhormonen met werking geven + uitleggen hoe hormoonsysteem in planten werkt
#guttatie en waterpotentiaal bondig uitleggen
#cyclus bedektzadigen aanvullen

===31 jan 2017===
#Meerkeuzevragen
#Waterpotentiaal met zijn 2 componenten uitleggen. Wat gebeurt er als je opgeloste stoffen toevoegt aan het omgevings water?
#Massastroming en SAR uitleggen.
#Cyclus van bedektzadigen aanvullen.

===26 jan 2016===
#8 meerkeuze vragen
#Mondelinge hoofdvraag: hoe wordt sucrose gevormd, hoe komt het in cortexe cellen van de wortels en wat is de bijdrage voor de accumulatie van K+
#Bijvraag: leg chemiosmose en fotorespiratie uit
#Bijvraag: cyclus aanvullen van de bedektzadigen

===30 jan 2014 nm===
#Meerkeuze
#Welke hormonen zijn er bij planten, welke staan in voor apicale dominantie en hoe werkt dit.
#Leg uit hoe herbicide resistentie werkt en leg het mechanisme van glyfosaat uit. Levenscyclus.

===29 jan 2014 nm===
#Meerkeuze
#Bespreek de diversiteit van fungi en geef de levenscyclus van een ascomyceet.
#Bespreek de rol van mieren in commensalisme en de overdracht van parasieten.
#Levenscyclus van varens.
===28 jan 2014 nm===
#8 meerkeuzevragen (4 punten)
#Bespreek de huidige wereldproblemen en geef aan hoe plantenbiotechnologie/biologie zou kunnen bijdragen tot het aanreiken van van oplossingen (8 punten)
#Vul aan en verklaar dit ecologisch model (Bottom-up effect). Hoe kon dit model op experimentele wijze geverifieerd worden? (3 punten)
#Levenscyclus bedektzadige aanvullen (5 punten)
===28 jan 2014 vm===
#Meerkeuze
#Plantenhormonen welke types? regulatie? welke komen voor bij apicale dominantie? Regulatie? Werking?
#Levenscyclus bladmossen
#Tekening van de muis, mier, plant, zaad (interacties verklaren)
===27 jan 2014===
# 8 meerkeuzevragen.
#Bespreek de diversiteit en evolutie van prokaryoten en het onstaan van eukaryoten.
# Figuur uitleggen over bottom-upeffecten en ontbrekende termen aanvllen.
#Foto van doorsnede monocotyl blad: wat is het + delen benoemen.
===13 jan 2014===
# 5 meerkeuzevragen.
#Aanvullen van termen en processen (mitose/meiose) bij de levenscyvlus van gymnospermen. (Letterlijk uit het handboek fig. 31.12 p609)
#Een plantencel in zuiver water en geleidelijk aan zout toevoegen, wat gebeurt er? Leg uit a.d.h.v. een duidelijke grafiek.
#Wat is een preprofaseband? (en nog een term ?? uitleggen)
===23 jan 2012===
#Leg uit wat er zal gebeuren bij een plantencel in zuiver water en wat als je opgeloste stoffen toevoegt aan de omgeving. Maak een schema aan de hand van de waterpotentiaal en zijn 2 subcomponenten en leg uit hoe deze veranderen.
#Leg uit fotorespiratie: hoe wat waarom waar.
#Situeer:
##glyphosaat
##methanogeen
##guttatie
##Mycorrhiza
#Levenscyclus. Aangeven om welke levenscyclus het ging (bladmossen) en beargumenteren. Structuren en processen aanvullen op tekening. Aangeven of het een haplonte, diplonte of haplodiplonte levenscyclys was.
===1 feb 2011 VM===
#Volledige weg beschrijven die een C-atoom aflegt als CO2 indien ingebouwd in pectine in de celwand van rhizodermiscellen. Waaruit bestaat de celwand en wat is de functie?
#Bespreek in detail de signaalgeving en metabolische wegen van Rhizobium in symbiose met een plant.
#. Figuur: levenscyclus bedektzadigen
#Situeer:
##hexaploÃ¯die by tarwe
##cavitatieï‚§
##gespvorming by Basidiomyceten ï‚§ induceerbare mutaties
===27 jan 2011 NM===
#Volledige weg beschrijven die een N-atoom aflegt van de bodem tot inbouw als glycoproteÃ¯ne in een bladepidermiscel
#Vgl mossen en angiospermen. Zeggen hoe deze zijn aangepast aan leven op het land
#Figuur:
##structuur van een blad met huidmondjes
##hetzelfde -.-
#Situeer:
##allotetraploÃ¯die
##guttatie
##sterke vs zwakke sinks
##bespreek metabolisme Archaea

===24 jan 2011 NM===
#De waterpotentiaal en de 2 componenten ervan bespreken als we een cel in zuiver water hebben en daar geleidelijk aan zout aan toevoegen. Schematisch weergeven en stap voor stap bespreken wat er met de cel gebeurt.
#Het verschil tussen gametofytische en sporofytische incompatibiliteit uitleggen. En een model geven voor gametofytische incompatibiliteit.
#Figuur:
##Doorsnede monocotyle stengel
##Vaatbundel en daarop floeem,
##xyleem en vezelschede benoemen
#Situeer:
##Endosymbiose
##ViroÃ¯den
##Soortkruisingen
##Lenticel
===24 jan 2011 VM===
#Bespreek structuur, samenstelling, functie en oorsprong van de plantencelwand.
#Bespreek de verschillen tussen C3, C4 en CAM
#Figuur: monokotyle stengel met vaatbundel
#Situeer:
##hydrogenosoom
##Agrobacterium tumefaciens
##massastroming (Munch hypothese)
##terminatortechnologie
===25 jan 2010 VM===
#Teken een dwarsdoorsnede van een wortel van een monokotyle plant. Wat is het verschil met een dikotyle plant?
#Bespreek (fysiologisch en chemisch) de weg die een CO2 molecule aflegt vanuit de lucht om ingebouwd de worden in de celwand van een
rhizodermiscel.
#Vergelijk CO2 fixatie bij C3 en C4 planten. Wat zijn de ethiologische implicaties?
#ABC van de bloemetjes
#Situeer:
#Soortkruising
#Isospore haplodiplont
#Worteldruk
#Basidiomyceten
#ï‚§Archebacteria
===18 jan 2010 NM===
#Bespreek de mogelijkheden voor overdracht van genetische informatie tussen individuen die tot een andere soort behoren.
#Vul volgende figuur aan en bespreek (die van potentiaal, niet met de kleurtjes, degene die ook in de cursus staat).
#Vergelijk CO2 fixatie bij CAM en C4 planten. 4. ABC van de bloemen.
#Situeer en bespreek:
##ascomyceten,
##heterospore haplodiplonten
##3 figuren: (een stengel ==> figuur helemaal onderaan rechts in voorbeeldvragen, een blad ==> die gele figuur zo :p en een wortel ==> laatste blz, rechts bovenaan)
===18 jan 2010 VM===
#Bespreek autotrofie bij prokaryoten en eukaryoten.
#Gametofytische incompatibiliteit.
#Fotorespiratie: wat, waar, hoe, waarom?
#Vul aan en bespreek zodat duidelijk wordt of het om een haplont, diplont of haplodiplont organisme gaat. Is dit type organisme al goed aangepast aan het landleven? (figuur van varens, zie voorbeeldvragen)
#Situeer en bespreek:
##3 figuren (monokotyl blad, dikotyle verdikte stengel, monokotyle vaatbundel),
##agrobacterium tumefaciens
##basidiomyceten.
===26 jan 2009===
#Plantencelwand: Samenstelling? Structuur? Functie? Oorsprong?
#Transport in planten: Hoe? Waar? Waarom?
#C4 en CAM planten: Wat? Waarom? Hoe? Verschil?
#Afbeelding van een diplohaplonte cyclus, en zeggen of deze plant al goed
is aangepast aan het leven op het land.
#Termen:
##Soortkruising
##Agrobacterium Tumefaciens
##Zelfincompatibiliteit
##Het ABC van de bloemetjes
##Fotoke van dwarse doorsnede van een plantenstengel, zeggen wa ge ziet en van die dinge..
===19 jan 2009===
#voortplantingscyclus (mos)
#bespreek zo goed mogelijk de opnamen van N uit nitraat (chemisch/fysisch) en inbouw in celwandprotÃ«ine epidermiscel 3. teken primaire stengel dikotyle plant + verschil monokotyle
#fotorespiratie: zin of onzin.
#Termen:
##gametofytische zelfincompabiliteit
##ABC van bloemen
##worteldruk
##retrovirussen
===28 jan 2008===
#vergelijk autotrofie bij eukaryoten en prokaryoten
#fotorespiratie
#zelf-incompabiliteit
#cyclus van varen aanvullen + aangepassingen aan het land
#Situeer:
##drie foto's
##Agrobacterium tumefaciens
##Basidiomyceet
===28 jan 2008===
#primaire dikotyle wortel tekenen en bespreken, vergelijken met monokotyle
#Welke fysische en chemische weg moet het N-atoom van NH4+ afleggen
om ingebouwd te kunnen worden in een celwandproteÃ¯ne van een blad
#Grafieken van CO2-opname van C3 en C4 planten. Zelf assen invullen en c3 en c4 aanduiden + uitleggen waarom
#Welke aanpassingen moet een landplant hebben ten opzichte van een wier
om te kunnen overleven op het land en is dit bij alle zo
#Bespreek:
##ascomyceten
##retrotransposons
##archeaebacteriÃ«n
##zelfincomptabiliteit
===21 jan 2008===
#Hoe genetische informatie overbrengen tussen individuen van verschillende soorten denk ik
#Bespreek en vul aan die figuur van de waterpotentiaal in een cel
#leg uit hoe CO2 wordt gefixeerd bij C4 planten en CAM planten en vergelijk
#geef een schematische voorstelling en een voorbeeld van een heterospore haplodiplont cyclus
#Situeer:
##Ascomyceten
##zelfincompatibiliteit
## 3 foto'kes ( stengel, wortel en blad)
===18 jan 2008===
#teken structuur monocotyle wortel, vgl met dicotyle
#bespreek fixatie co2 bij C4-C3 planten, ahv voor en nadelen
#voortplantingscyclus (van ascomyceten, was wel niet gegeven da het over asco ging ) aanvullen en uitleggen waarom het haplont/diplont/diplohaplont is
#bespreek hoe C via co2 kan ingebouwd worden in de rizodhermiscellen (
zowel fysich als chemisch )
#Situeer en bespreek:
##worteldruk
##basidiomyceten
##archeaebacteriÃ«n
##soortbestuiving
##retrovirussen
===14 jan 2008===
#Celwand: Samenstelling? Functie? Oorsprong? Structuur?
#Vergelijk het transport van mineralen en het transport van
fotosyntheseproducten
#Je gaat op excursie om C3/C4/CAM planten te inventariseren. Wat voor
materiaal neem je mee en leg uit.
#Tekening van een voortplantingscyclus: Is dit haplont/diplont/haplodiplont? Leg uit en geef aan of en hoe deze plant aan het landleven aangepast is.
#Situeer en bespreek:
##Zelfincopatibiliteit
##Agrobacterium tumefaciens
##3 tekeningen (doorsneden van stengel/wortel)
===2 feb 2007===
#twee grafieken zonder aanduidingen "vul aan en verklaar"
#genetische overdracht tussen individuen van dezelfde soort en verschillende soorten, leg uit
===15 jan 2007===
#Vul volgende grafiek aan en bespreek (die van de waterpotentiaal van de omgeving t o v die in de plantencel) en hoe zit dit in 't xyleem?
#Fotorespiratie: wat? waar? hoe? waarom?
#Situeer:
##lenticellen
##heterospore
##haplodiplonten
##zygomyceten
##endodermis
##gametofytische incompatibiliteit
##agrobacterium tumefaciens

==Examenvragen DIER==

===29 juni 2022===
# 30 meerkeuzevragen (de meerderheid kwam van de online testen)
# 5 begrippen verklaren
# Tekening naam geven + benoemen: Sympathisch zenuwstelsel
# open-vraag: De waterhuishouding en zoutenhuishouding uitleggen van een platworm, een gelede worm, een insect, een zoetwatervis, een haai en de mens

===Check voor vragen tussen 2020 en 2022 de examenwiki van bios (bios fandom)===

===30 juni 2020===
# Begrippen verklaren: mimicry, blastoporus, zoöxanthellen en filariasis
# Termen verbinden + functie geven: zie vorige jaren
# 2 schema's van metamorfose bij insecten gegeven, geef aan de hand van de tekeningen uitleg over de cycli
# geef de moleculaire werking van lipofiele en hydrofiele hormonen
# Bespreek welke weg opgenomen voedsel aflegt doorheen het lichaam en hoe de spijsvertering gebeurt adhv het schema

===22 juni 2020===
# Begrippen verklaren: Dauer, Planula, Sarcomeer, Adaptieve radiatie
# Termen verbinden + functie geven: Mesogloea, Clitellum, Choanen, Proglottiden, Lofofoor, Endostyl, Corpus allatum
# 3 voorbeelden plaagbestrijding
# Ademhaling beenvissen, zoogdieren & vogels uitleggen
# Vrouwelijke voortplantings/menstruatiecyclus hormonaal uitleggen adhv schema

===11 juni 2020===
# Begrippen verklaren: coeloom, ecdysis, gemmulae, eutelie
# Termen verbinden idem vorige jaren + watervatenstelsel
# Vergelijk osmoregulatie bij zoet- en zoutwatervissen
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria
# Bespreek actiepotentiaal (zenuwimpuls)

===21 augustus 2019 VM===
# Begrippen verklaren: parthenogenese, eutelie, monocyt
# Termen verbinden idem vorige jaren
# Skeletspier structuur en hoe werkt deze (wat is een elektrische impuls)
# Glucosegehalte in bloedplasma en regulerende hormonen, waar worden glucose opgeslagen

===28 januari 2019 VM===
# Verklaar volgende begrippen: RNA interferentie, epifyse, prothorax
# Verbind volgende begrippen en verklaar bondig:
## parapodia, radula, buisjes van Malphigi, pseudocoel, clitellum, cleidoïsch ei, ambulacra, choanocyten.
## Oligochaeta, Reptilia, Echinodermata, Porifera, Polychaeta, Nematoda, Insecta, Gastropoda
# Bespreek de rol van de maag en het duodenum in de spijvertering. Welke hormonen worden daar lokaal vrijgesteld en wat is hun rol?
# Bespreek de hartcyclus en bloedsomloop en de regulatie van de bloeddruk.

===14 januari 2019 VM===
# Begrippen verklaren: parthenogenese, eutelie, monocyt
# Termen verbinden idem vorige jaren
# Skeletspier structuur en hoe werkt deze
# Glucosegehalte in plasma en regulerende hormonen

===14 januari 2019 NM===
#Begrippen verklaren: gemmula, radula, planula
#Termen verbinden en kort de functie geven ervan: ambulacra (Echinodermata), mesoglea (Cnidaria), lofofoor (Branchiopoda), proglottiden (Cestoda), clitellum (Huridinae), corpus alata (Insecta), choanen, endostyl
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria.
#Leg de menstruatiecyclus uit adhv de hormonen

===31 januari 2018 VM===
# Verklaar volgende begrippen: RNA interferentie, epifyse, prothorax
# Verbind volgende begrippen en verklaar bondig: parapodia, radula, buisjes van Malphigi, pseudocoel, clitellum, cleidoïsch ei, ambulacra, choanocyten.
# Bespreek de rol van de maag en het duodenum in de spijvertering. Welke hormonen worden hier geproduceerd en wat is hun rol?
# Bespreek de hartcyclus en bloedsomloop en de regulatie van de bloeddruk.

===30 januari 2018 VM===
#Begrippen verklaren: Ambulacra, Thrombocyt, Mimicry
#Termen verbinden en kort de functie geven ervan: zie vorige jaren
#Osmoregulatie van zoetwater- en zoutwater vissen
#Geef de werking en structuur van het binnenoor.

===15 januari 2018 VM ===
# Begrippen verklaren: gemmulae, radula en parthenogenese.
# Verbinden: exact dezelfde begrippen als vorige jaren.
# Leg de werking van bioluminescentie uit bij Aequorea victoria.
# Geef de structuur, werking en regulatie van een nefron bij zoogdieren.

===21 aug 2017 NM===
#Begrippen verklaren: Parafyletisch, Parthogenese, Eutelie
#Verbinden: exact dezelfde begrippen als vorige jaren
#Geen 3 bestrijdingsstrategiën tegen een insecten plaagsoort en leg uit
#Leg de menstruatiecyclus uit adhv de hormonen

===21 aug 2017 VM===
#verklaar: blastula, monocyt, convergete evolutie
#verbind, ongeveer zelfde begrippen als vorige jaren + zweetklier (mammalia), zijlijn (osteichthyes)
#Samenstelling van een spier + werking contractie
#hoe wordt het glucose gehalte in het bloed gereguleerd, welke hormonen werken hierbij en waar worden ze gemaakt
===31 jan 2017===
#Verklaar: dauer, ecdysis en filariasis.
#Verbind, zelfde begrippen als voorgaande jaren.
#Vergelijk zuurstof opname bij zoogdieren en insecten.
#Hoe werkt het doorgeven van zenuwimpulsen?

===26 januari 2016===
#Termen: RNA interferentie, epifyse, prothorax
#Verbinden
#Uitleggen: 3 voorbeelden van tegenstroomprincipe en impulsgeleiding

===20 aug 2014===
#Begrippen:
##adaptieve radiatie
##gremmula
##eutelie
#Verbind:
##preenklier - spiraalplooi - pedipalpen - mesogloea - corpus alata - ambulacra - radula - citellum
##cnidaria - insecta - echinodermata - gestropoda - chondrichtys - hirunae - aves - chelicerata
#Geef het mechanisme van de bioluminescentie bij aquora victoria
#Bespreek de structuur, werking en regulatie van een nefron bij zoogdieren.
===30 jan 2014===
#Begrippen :
##Metanefridium
##Regeneratie
##Clitellum
#Verbinden: mesogloea, speenklier, kieuwdeksel, pedipalp, ambulacra, corpora allata, spiraalplooi, radula
#Leg de menstruatiecyclus uit en geef 3 voorbeelden van tegenstrooomprincipe
===29 jan 2014 NM===
#Begrippen:
##Filiarsis
##Mimicry
##Corpora cardiaca
#Verbinden: termen van de vorig jaren.
#Leg de werking van longen en tracheÃ«n uit en vergelijk. Vergelijk
osmoregulatie bij zoet-en zoutwatervissen.
===28 jan 2014 NM===
#Termen:
##Lofofoor
##Adaptieve radiatie
##Protonefridium
#Verbind: parapodia(polychaeta), radula(Gastropoda), Antennae(Arthropoda), Mesogloea(cnidaria), clitellum(Oligochaeta), CleidoÃ¯sche ei(Reptilia), Ambulacra(Echinodermata), Gemmulae(Porifera)
#Illustreer aan de hand van drie voorbeelden het belang van het tegenstroomprincipe en leg uit.
#Leg het mechanisme uit van de elektrische impulsgeleiding door zenuwcellen.
===28 jan 2014 VM===
#Begrippen:
##Gemmula
##Radula
##Corpora allata
#Verbinden: termen van de vorig jaren.
#Bespreken en vergelijken het mechanisme van gasuitwisseling bij longen zoogdieren en vogels
#Welke hormonen worden gevormd in de gonaden bij de mens en regulatie.
===27 jan 2014===
#Termen:
##Planula
##RNA interference
##Eutelie
#Verbinden, opnieuw combinaite die hieronder al staat
#Bespreek de structuur en het contractiemechanisme van skeletspieren.
#Wat zijn de belangrijkste hormonen die door de schildklier geproduceerd worden en hoe worden ze gereguleerd?
===13 jan 2012===
#Leg uit:
##Gremule
##Eutelie
##Amnion
#Verbindt Latijnse namen met Latijnse namen. (letterlijk als in het voorbeeld examen)
#Leg bondig uit: Skeletspier (structuur, werking en regulatie)
#Welke hormonen spelen welke rol in de vrouwelijke voortplantingscycus?
===25 juni 2012===
#Termen:
##Nematocyst ï‚§?
##Metamorfose ï‚§ Lolofoo
##Amnion
#Verbinden (Combinatie van termen die al gegeven zijn in de vorige examens)
#Bespreek en vergelijk drie types spierweefsel bij dieren.
#Bespreek rol van gal en pancreas in de spijsvertering (in invertebraten). 5. Bespreek de regulatie van hartcyclus en bloeddruk (in zoogdieren).
===22 juni 2012===
#Termen:
##Protonefridia
##Ecdysis
##Parthenogenese
##Mimicry
##Filariasis
#Verbinden ( was combinatie van termen die al gegeven zijn in de vorige examens)
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen
#Bespreek het doorgeven van een elektrische impuls in een zenuwcel
===19 juni 2012===
#Termen:
##Feromoon
##Dauer
##Regressieve evolutie
##Endostyl ï‚§
#Verbinden. Allemaal termen uit de vragen van vorige jaren.
#Geef de levenscyclus van de runderlintworm en bespreek.
#Leg het tegenstroomprincipe uit aan de hand van drie voorbeelden.
#Bespreek structuur en werking van de hypofyse. Welke hormonen zijn aanwezig in de hypofyse?
===24 juni 2011===
#Termen:
##Protonefridia
##regressieve evolutie
##Pseudocoeloom
##Dauer
##oncosfeer
#Verbinden:
##spicula, proglottiden, Clitellum, lofofoor, endocuticula, choanen, lijmcellen, rhopalia
##Ctenophora, Cestoda, Ectoprocta, Arthropoda, porifera, Sarcopterygii, Cnidaria, oligochaeta
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen
#welke hormonen reguleren het mannelijk voortplantingsstelsel (bij de mens)?
===23 juni 2011===
#Termen:
##Planula
##Cephalisatie
##Enterocoel
##Ecdysis
##RNA interference
#Verbinden: Parapodia, Spiraalplooi, antennae, scolex, choanen, lofofoor, lijmcellen,osculum
#Bespreek de evolutie van de mens (bondig)
#Bespreek de structuur van een lichaamsspier en de contractie er van 5. Bespreek het doorgeven van een elektrische impuls in een zenuwcel
===21 juni 2011===
#Termen:
##Gemmula
##Adaptieve radiatie
##Eutelie
##Rhopalia ï‚§
#Verbinden:
##Preenklier, Kieuwdeksel, Pedipalpen, Mesogloea, Endostyl, Ambulacra, Radula, Clitellum
##Aves, Osteichthyes, Chelicerata, Cnidaria, Cephalochordata, Echinodermata, Gastropoda, Hirudinea
#Bespreek bioluminiscentie.
#Hoe wordt de glucoseconcentratie in het plasma gereguleerd. 5. Bespreek de hormonen bij de menselijke voortplantingscyclus.
===21 juni 2010 NM===
#Termen:
##Regeneratie
##Protonefridia
##Scolex
##Corpora allata
#Verbinden:
##Preenklier, Kieuwdeksel, Pedipalpen, Mesogloea, Endostyl, Ambulacra, Radula, Clitellum
##Aves, Osteichthyes, Chicerata, Cnidaria, Cephalochordata, Echinodermata, Gastropoda, Hirudinea
#Wat weet je over de evolutie van de mens. Bespreek bondig.
#Bespreek hartcyclus en bloedsomloop (bij zoogdieren) en de regulatie daarvan.
#Illustreer aan de hand van een voorbeeld het belang van het tegenstroomprincipe bij uitwisselingsprocessen.
===21 juni 2010 VM===
#Termen:
##Pseudocoeloom
##Clitellum
##Dauer
##Endostyl
##Corpora cardiata
#Verbinden:
##Antennae, Osculum, Spiraalplooi, Choanen, Parapodia, Scolex, Lijmcellen, Lofofoor
##Ctenophora, Ectoprocta, Cestoda, Porifera, Sarcopterygii, Condrichtyes, Crustacea, Polychaeta
#Schets de levenscyclus van Schistosoma.
#Vergelijk 3 types spierweefsel en leg het mechanisme van contractie uit. 5. Bespreek de hormonale regulatie van de menstruele cyclus.
===18 juni 2010===
#woordjes:
##adaptieve radiatie ï‚§ ascon
##nematocyst
##eutelie
##lofofoor
#verbinden: spicula (porifera), ambulacra (echinodermata), antennae (insecta), melkklieren (mammalia), rhopalia (cnidaria), proglottiden (cestoda), pseudocoel (nematoda), clitellum (huridinae)
#bestrijding van plaagsoorten uitleggen
#vergelijken van osmoregulatie bij zout- en zoetwatervissen 5. principe van impulsgeleiding in zenuwcellen
===15 juni 2006===
#woordjes:
##regressieve evolutie
##mimicry
##filariasis
##ecdysis
##parthenogenese
#verbinden: radula (gastropoda), ambulacra (echinodermata), antennae (arthropoda), cloeidisch ei (reptilia), gemmulae (porifera), mesogloea (cnidaria), parapodium (polychaeta), lofofoor (brachiopoda)
#principe van bioluminiscentie in victoria aequorine uitleggen
#beschrijf en vergelijk de gasuitwisseling bij tracheeÃ«n en longen
#geef functie, structuur en regulatie van de hypofyse + welke hormonen komen erbij voor