Chemika Examenwiki - Gebruikersbijdragen [nl]

Molecular Cell Biology

2026-06-12T09:18:16Z

R0946338: /* 11/06/2026 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==
===11/06/2026===
'''Main questions'''
# Discuss the syntesis of proteins on the RER (4 pts)
# Discuss the different ATPases. (4 pts)
'''Additional questions'''
#Discuss the transport of CO2 in red blood cells. (3 pts)
#Explain receptor-mediated endocytosis using an example. (3 pts)
#Do aquaporins only transport water or also small molecules? How can you test this experimentally? (experiment with transgene frog oocytes) (2 pts)

===12/06/2025 (written)===
'''Main questions'''
#Discuss the transport between the ER and the cis-golgi.
#What is receptor-mediated endocytosis? Give 2 specific examples.
'''Additional questions'''
#Discuss the transport of CO2 in red blood cells.
#Discuss glycosylation of proteins in the ER.
#How would you test if a molecule is transported into a cell via a symporter or facilitated diffusion.

===13/06/2024 (written)===
'''Main questions'''
#Discuss transport between the ER and lysosomes and maturation processes. Highlight what can go wrong.
#Two mechanisms for transport of proteins from the cytosol into thylakoids
'''Additional questions'''
#How do vacuoles transfer ions and metabolites over its membrane?
#How are fatty acids incorporated into phospholipids?
#A novel toxin is found that blocks transport of amino acids into the cell. There is no evidence that the toxin interacts with the amino acid transporter. What can be the cause and what are the effects on amino acid transport?

=== 16/06/2022 schriftelijk (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss transport in and out of the nucleus
# Discuss vesicle transport between ER and cis-Golgi
# How can you determine the specific activity of trehalase in yeast? (practical course)
==== Bijvragen ====
# How bone resorption occurs and link with osteopetrosis
# True/false: integral membrane protein always alpha helices across membrane
# mouse injected with sugar/salt question

=== 01/0/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss the different ATPases.
# Discuss the syntesis of proteins on the RER
# How can you determine the specific activity of hexokinase in yeast? (practical course)
==== Bijvragen ====
# Discuss the unfolded protein response pathway.
# Discuss CO2 transport in red blood cells.
# Do both mitochondrial membranes have a potential?
=== 02/06/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss the transport in and out of the nucleus.
# Discuss the transport of proteins between ER and Golgi.
# How can you determine the trehalase activity in yeast? (practical course)
==== Bijvragen ====
# How does bone resorption occur and how is its defect related to osteoporosis?
# Is following statement true or false, and why: Integral proteins always consist of alpha-helices across the membrane.
# Researchers injected a concentrated solution of salt and sugar into the blood of mice. Will the salt and sugar be transported into the epithelial intestinal cells and the intestinal lumen?
=== 22/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss receptor-mediated endocytosis giving examples.
# Discuss the different ATPases.
# Discuss glycosilation giving examples.
==== Bijvragen====
# How does cisternal progression work and what are the evidences that support it?
# Discuss the unfolded protein response pathway.
# The change of hydrophobic residues to charged ones in a transmembrane protein causes the secretion of the protein instead of its location in the membrane. Why?
=== 15/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.
# Na+/K+ ATPases bespreken. + andere ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
==== Bijvragen====
# Hoe diffusie snelheid in je membraan bepalen? (FRAP)
# Bespreek het transport van CO2 en belang anionentransport in bloed
# Een vraag rond ATP productie bij verbranden glucose uit voeding en bij spierbeweging

=== 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.
# Bespreek de verschillende ATPases.
# Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.
==== Bijvragen====
# Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal.
# Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.
# Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.

=== 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.
# Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.
==== Bijvragen====
# Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.
# Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.
# Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.
=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 7/06/2019 ===
====Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
# Bespreek de verschillende ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract

====Bijvragen====
# Selectiviteit van ion channels
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)
# Unfolded protein response
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular Cell Biology

2026-06-12T09:15:03Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Cell Biology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F75AE.htm

== Examenvragen ==
===11/06/2026===
'''Main questions'''
# Discuss the syntesis of proteins on the RER
# Discuss the different ATPases.
'''Additional questions'''
#Discuss the transport of CO2 in red blood cells.
#Explain receptor-mediated endocytosis using an example.
#Do aquaporins only transport water or also small molecules? How can you test this experimentally? (experiment with transgene frog oocytes)

===12/06/2025 (written)===
'''Main questions'''
#Discuss the transport between the ER and the cis-golgi.
#What is receptor-mediated endocytosis? Give 2 specific examples.
'''Additional questions'''
#Discuss the transport of CO2 in red blood cells.
#Discuss glycosylation of proteins in the ER.
#How would you test if a molecule is transported into a cell via a symporter or facilitated diffusion.

===13/06/2024 (written)===
'''Main questions'''
#Discuss transport between the ER and lysosomes and maturation processes. Highlight what can go wrong.
#Two mechanisms for transport of proteins from the cytosol into thylakoids
'''Additional questions'''
#How do vacuoles transfer ions and metabolites over its membrane?
#How are fatty acids incorporated into phospholipids?
#A novel toxin is found that blocks transport of amino acids into the cell. There is no evidence that the toxin interacts with the amino acid transporter. What can be the cause and what are the effects on amino acid transport?

=== 16/06/2022 schriftelijk (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss transport in and out of the nucleus
# Discuss vesicle transport between ER and cis-Golgi
# How can you determine the specific activity of trehalase in yeast? (practical course)
==== Bijvragen ====
# How bone resorption occurs and link with osteopetrosis
# True/false: integral membrane protein always alpha helices across membrane
# mouse injected with sugar/salt question

=== 01/0/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss the different ATPases.
# Discuss the syntesis of proteins on the RER
# How can you determine the specific activity of hexokinase in yeast? (practical course)
==== Bijvragen ====
# Discuss the unfolded protein response pathway.
# Discuss CO2 transport in red blood cells.
# Do both mitochondrial membranes have a potential?
=== 02/06/2021 13h Corona editie, schriftelijk (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss the transport in and out of the nucleus.
# Discuss the transport of proteins between ER and Golgi.
# How can you determine the trehalase activity in yeast? (practical course)
==== Bijvragen ====
# How does bone resorption occur and how is its defect related to osteoporosis?
# Is following statement true or false, and why: Integral proteins always consist of alpha-helices across the membrane.
# Researchers injected a concentrated solution of salt and sugar into the blood of mice. Will the salt and sugar be transported into the epithelial intestinal cells and the intestinal lumen?
=== 22/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Discuss receptor-mediated endocytosis giving examples.
# Discuss the different ATPases.
# Discuss glycosilation giving examples.
==== Bijvragen====
# How does cisternal progression work and what are the evidences that support it?
# Discuss the unfolded protein response pathway.
# The change of hydrophobic residues to charged ones in a transmembrane protein causes the secretion of the protein instead of its location in the membrane. Why?
=== 15/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.
# Na+/K+ ATPases bespreken. + andere ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
==== Bijvragen====
# Hoe diffusie snelheid in je membraan bepalen? (FRAP)
# Bespreek het transport van CO2 en belang anionentransport in bloed
# Een vraag rond ATP productie bij verbranden glucose uit voeding en bij spierbeweging

=== 11/06/2020 12h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van oplosbare en membraanproteïnen op het RER.
# Bespreek de verschillende ATPases.
# Bespreek hoe vesikels worden gevormd, hoe proteïnen naar de vesikel gebracht worden en hoe de fusie gebeurt.
==== Bijvragen====
# Hoe zou je testen welk ion getransporteerd wordt bij het ontdekken van een potentieel gen voor een ionkanaal.
# Wat zijn porines en wat zijn de gevolgen van hun aanwezigheid.
# Waarom weten we dat glucosetransporters selectief naar de apicale en basolaterale zijdes van intestinale epitheelcellen gesorteerd worden. En bespreek wat de gevolgen zouden zijn moest dit niet het geval zijn geweest.

=== 05/06/2020 16h Corona editie (=3h) ===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden.
# Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden.
==== Bijvragen====
# Bespreek transport over de vacuolaire tonoplast.
# Bespreek transport van water in de darmen en de mogelijke implicaties voor het behandelen van diarree.
# Hoewel insuline nog stabiel is bij temperaturen boven 50°C, wordt de secretie ervan in cellijnen van de pancreas al sterk verminderd wanneer de cellen op 40°C gekweekt worden. Geef enkele mogelijke verklaringen.
=== 13/06/2019 VM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
# Bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
==== Bijvragen====
# Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
# Watertransportproteïnen
# Hoe kan je in VITRO golgi transport tussen goli nagaan?
# Basolaterale-apicale sortering
# Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.

=== 7/06/2019 ===
====Hoofdvragen====
# Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
# Bespreek de verschillende ATPases
# Hoe worden vesikels gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
# Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract

====Bijvragen====
# Selectiviteit van ion channels
# Bewijzen van cisternale pogressie (=maturatie)
# Unfolded protein response
# Je bent een onderzoeker en je wil een abnormaal hoge hoeveelheid membraanproteïnen in de organellen van de secretorische pathway bekomen. Hoe doe je dit.
# Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?

=== 14/06/2018 NM===
==== Hoofdvragen====
# Bespreek de import van proteïnen in mitochondriën.
# Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van enkele voorbeelden.
# Bespreek ATPase pompen.
# Hoe kan men glucosetransport volgen?
====Bijvragen====
# Bespreek bloed antigen.
# Hoe wordt de maag verzuurd?
# Hoe kan men de laterale diffusiessnelheid berekenen?
# Hoe zou men experimenteel kunnen nagaan of een molecule via symport of via gefaciliteerde diffusie wordt opgenomen? (Door ervoor te zorgen dat er een gradiënt is zodat symport niet werkt. Als er dan toch opname is, zal dit via gefaciliteerde diffusie zijn).
# Een onderzoeker brengt in gistcellen een gen tot expressie dat codeert voor een cellulase met de bedoeling om met de gistcellen cellulose af te breken. In het medium vindt hij echter geen ceullulase activiteit. Bespreek mogelijke oorzaken. (Alle stappen in de secretory pathway bekijken en beschrijven wat er mis kan gaan).

===14/06/2018 VM ===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van oplosbare en membraan proteïnen op het RER
#Bespreek Na+/K+ ATPase en (werking + functie) en vergelijk met andere types ATPase pompen
#Bespreek glycosylatie aan en geef voorbeelden
#Bepalen trehalase activiteit in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Bespreek de rol van anion-transporter in erythrocyten bij de uitwisseling van CO2 en O2
#Hoe komt water van de darm binnen in de cellen en hoe kunnen patiënten met diarree behandeld worden?
#Zijn gistmutanten die geen invertase productie vertonen thermosensitief? Bespreek de verschillende mogelijkheden.

===08/06/2018 NM ===
====Hoofdvragen====
#bespreek import van proteinen in mitochondrien
#bespreek receptor mediated endocytosis adhv voorbeelden
#bespreek glycosylatie en de functie (geef voorbeelden)
#Practicum: glucose import
====Bijvragen====
#bespreek verzuring van het maaglumen
#bespreek unfolded protein response
#bespreek post golgi proteolytic cleavage
#hoe kan je lateraal transport van lipiden in de membraan nagaan? (FRAP. bijvraag: waarom is er een 50% recovery en geen 100%? --> associatie met membranaire proteinen en het cytoskelet)
#Transporteren aquaporines enkel selectief water of worden er meerdere kleine moleculen mee getransporteerd? Hoe kan je dat met experimenten uit de cursus aantonen. (experiment met transgene kikker oocyeten)

===08/06/2018 VM===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de verschillende ATPases
#Hoe worden vesikals gevormd, hoe worden proteïnen naar de vesikel gebracht en hoe gebeurt fusie ervan
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek transportproteïnen in vacuole van de tonoplast
#Watertransportkanalen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden en hoe werkt het precies
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? De antilichamen worden toegevoegd na celextractie, SDS-PAGE en western blot. (De mutatie ligt in genen die inwerken op processen die plaatsvinden tussen het vertalen van het mRNA en het binnendringen van het proteïnen in het ER.)

===11/06/2015 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende ATPases
#Bespreek mechanisme en rol van glycosilatie aan de hand van verschillende voorbeelden (nieuw!)
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Hoe kan je in VITRO golgi transport nagaan? (had te maken met golgi's van 2 verschillende cellen, waarvan één geen glycosilatie kon aanbrengen)
#Bespreek bloedantigenen
#Bespreek transportproteïnen in vacuole (nieuw!)
#Onderzoekers ontdekken een glucose transporten in plasmamembraan die niet kan geëndocyteerd worden. Welke verschillende oorzaken kan dit hebben en hoe kan men onderzoeken welke de echte oorzaak is? (het probleem kan in het transportproteïne zelf zitten. Dus een mutatie in herkenningssequentie voor adapterproteïnen, of in de machinery die vesikelvorming veroorzaakt. Als het aan het proteïne ligt, zal dit poteïne in een wt cel ook niet kunnen werken, ligt het aan de de vesikelproteïnen (zoals AP, ARF, etc.) dan kunnen andere transporters ook niet opgenomen worden)
#Onderzoekers willen een vitaminetransporter van plasmamembraan van een plantencel in vacuole plaatsen om daar vitaminen op te slaan. Hoe ga je te werk en wat denk je hiervan. (invoegen vacuole targeting sequence, maar dit zal nooit werken want membraantransporter werkt in de verkeerde richting (in plasmamembraan pompt die richting cytosol, zal dat in vacuole ook doen)

===05/06/2015 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract?
====Bijvragen====
#Bespreek de unfolded protein pathway
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (In epitheel komt hij wel terecht door GLUT2 welke via concentratieverschil werkt. In het lumen komt de glucose niet omdat de 2Na+/1Glucose symporter aangedreven wordt door de Na+-gradient)
Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? (Nee: Buitenste membraan bevat porines, dus intermembranaire ruimte is gelijk met cytosol)

===01/09/2014 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën.
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPase.
#Bespreek de verschillende pathways en maturatie voor proteïnen bestemd voor de lysosomen.
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen. (radioactivitief gemerkt)

====Bijvragen====
#Er zijn veel unfolded proteïnen in het ER, bespreek. (Ire1 dimeer endonuclease activiteit)
#Hoe kan een onderzoeker de latere migratie van membranaire proteïnen onderzoeken? (FRAP)
#Bespreek de unfolded proteïns pathway.
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht? (wel in de cellen maar niet in de darmen, => GLUT4 transporteert via gradiënt)
Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen. (geen Na gradiënt meer => toevoegen na/k pomp, K-kanaal)

===06/06/2014 NM===
====Hoofdvragen===
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Vergelijk de ATPasen
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Basolaterale-apicale sortering (VSV G glycoprotein & influenza HA)
#Bespreek de bloedantigenen (ABO systeem)
#Bespreek de post-golgi proteolytische modificatie.
#een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. Na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de antilichamen van de N-terminus nog een respons. In welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn? (SNAP bij ER)
Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben. (ATP aanmaak)

===11/06/2012 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de werking en functie van het Na/K ATPase en vergelijk met de andere ATPasen
#Bespreek de import van proteïnen in de mitochondriën
#Bespreek de structuur van cilia en leg uit hoe ze bewegen
#Practicum: hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase in een gistextract
====Bijvragen====
#Bespreek de post golgi proteolytische modificatie
#Stel, je wil een vitamine laten opstapelen in de vacuole, daarvoor wil je een transporter van op de plasmamembraan inbouwen in de vacuolelmembraan. Wat denk je hiervan en hou ze je dit doen.
#Bespreek de glycosilatie van proteinen in het RER
#Heerst er een potentiaalverschil over beide mitochondriale membranen? leg uit.
#Bespreek de verzuring van het maaglumen.

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Leg transport van proteïnen naar RER uit.
#Structuur cilia + beweging uitleggen.
#ATP-ase pompen bespreken.
#Uitleggen pract. trehalose.
====Bijvragen====
#Basolaterale - apicale sortering
#Post-golgimodificering van proteinen
#wetenschappelijk experiment waaruit je cisternal maturation kan afleiden
#uitleggen hoe genetisch onderzoek kan leiden tot het onderzoeken van de beweging van ciliën.
#Denkvraag: een onderzoeker wil graag de pH van mitochondriën verlagen. Hij wil dit simpel doen, door een H+ ATPase toe te voegen aan de membraan. Hoe kan hij dit doen en welke problemen kunnen er optreden?

===27/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Structuur cilia + beweging
#Hoe worden proteïnen naar mitochondriën getarget?
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, hoe proteïnen worden gerecruteerd en hoe ze naar de juiste bestemming gestuurd worden.
#Hoe kan de hoeveelheid cAMP in functie van de beschikbare voedingsstoffen gemeten worden?
====Bijvragen====
#Hoe wordt de pH in dierlijke cellen constant gehouden en wat is het belang hiervan?
#Wat is de oorzaak van diarree en wat is een mogelijke oplossing?
#Bespreek volgende stelling: Integrale transmembranaire proteïnen bestaan altijd uit een aan alpha-helices.
#Transporteren aquaporines ook onselectief andere moleculen en uit welk experiment in de cursus kan je dit besluiten?
#Je brengt een Na+/glucose transporter tot expressie in het celmembraan van gist. Werkt wel, maar het transport van glucose valt vrij snel stil. Wat is hiervan de oorzaak en hoe kan je dit verhelpen.

===20/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek Receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en functie van Na+/K+-ATPase en vergelijk deze met de andere klassen ATPasen
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke Trehalase-activiteit uit gistextracten
====Bijvragen====
#Wat zijn porines, en wat zijn de consequenties van hun aanwezigheid?
#Bespreek de apicale-basolaterale proteïne-sortering
#Bespreek het dynamisch gedrag van microtubuli
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===20/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de structuur en beweging van cilia
#Bespreek import van proteinen in mitochondriën
#Bespreek de verschillende ATPases
#Practicum: Hoe bepaal je de specifieke activiteit van een hexokinase uit gistextracten
====Bijvragen====
#Hoe bestudeer je in vitro het transport tussen Golgi compartimenten
#Het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hebben beide mitochondrienmembranen een membraanpotentiaal? leg uit
#Een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur geven alleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

===10/06/2011 NM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#Bespreek de verschillende klassen ATPasen
#Bespreek de werking van de cilia
#Practicum: Trehalase
====Bijvragen====
#Post-Golgi proteolytische processing
#Aanwijzingen voor cisternale progressie
#Apicale-basolaterale sortering
#Hoe werkingsmechanisme cilia onderzoeken met behulp van genetische experimenten
#Een onderzoeker wil een H+ ATPase targeten naar mitochondriën. Hoe + wat zijn de eventuele problemen
===10/06/2011 VM===
====Hoofdvragen====
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen en vergelijk deze met andere ATPasen
#Practicum: cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#Bespreek: watertransportproteïnen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
In een gistcel wordt een Na+/glucose symporter tot expressie gebracht. Het transport van glucose stopt redelijk snel. Hoe komt dit en wat is een mogelijke oplossing?

===14/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Bespreek hoe vesikels gevormd worden, proteïnen gerecruteerd worden en naar de juiste bestemmingen in de cel getransporteerd
#Bespreek receptor gemedieerde endocytose aan de hand van een aantal voorbeelden
#Bespreek de structuur van cilia en hun beweging
#Practicum: hoe kan men de opnamesnelheid van glucose in gistcellen bepalen
====Bijvragen====
#Bespreek het wetenschappelijk belang van genetische defecten in lysosomen
#Bespreek glycosylatie in het ER
#Hoe kan men het transport van proteïnen in de celmembraan experimenteel onderzoek
#Bespreek de bloedantigenen
#Transporteren aquaporines enkel water of ook onselectief andere kleine moleculen? Uit welk experiment kun je dit besluit trekken?

===10 juni 2010===
====Hoofdvragen====
#discuss the pathways and maturation mechanisms involved in the transport between ER and Lysosomes
#Discuss the mechanism of receptormediated endoycytosis using a few representative examples (will be added when my brain should resume its work)
#cAMP determination in function of the nutrients
====Bijvragen====
#discuss the AB0 system
#how can it be that the aminoacidtransporter doesnt work anymore when you add a compound which doesnt react with that transporter (more exact version, see below)
#discuss watertransportproteins
#discuss the dynamic behaviour of microtubulis
#how can it be that certain cancer patients turn resistant against cytostatica

===8/06/2010===
====Hoofdvragen====
#leg de mechanismen uit hoe vesicles geladen worden, hoe ze hun proteïenen selecteren en hoe ze naar het juiste target membraan gebracht worden
#bespreek alle soorten ATP pompen in membranen
#Bespreek de mechanismen hoe proteïnen naar de mitochondriën getarged worden
#bespreek hoe men trehalase activiteit kan bestuderen in gistcellen
====Bijvragen====
#bespreek de post-golgi proteolytische processing
#bespreek het regelmechanisme voor ongevouwen proteïnen
#en nog drie andere...

===7/06/2010===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op RER
#ATPase pompen bespreken
#Cilia: beweging en structuur
#cAMP - bepaling ifv omgeving
====Bijvragen====
#Post-golgi proteolytische processing
#Apicale - basolaterale sortering
#Hoe wordt de inhoud van de maag verzuurd?
#N/C-terminus antilichamen, zie hieronder
#Cellulose/cellulase, geen activiteit. zie hieronder

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Synthese proteïnen op ER
#ATPasen bespreken
#Beweging en structuur cilia
#cAMP bepaling
====Bijvragen====
#Apicaal basolateraal proteïnen afleveren
#Wetenschappelijke gevolgen van ziekte lysosomen (I cell disease)
#ABO bloedgroepen
#Transporteren aquaporinen enkel water? Ja of neen? Uitleggen aan de hand van experiment uit de cursus
#Nieuw transportcomplex. Wil testen, door gebruik van KCN. Hoe?

===9/06/2009===
====Hoofdvragen====
#Bespreek synthese van proteïnen in de mitochondriën
#die van die cilia
#Bespreek receptor-gemedieerde endocytose adhv een aantal voorbeelden.
#Practicum: hoe kan je de opname van glucose in gistcellen bestuderen?
====Bijvragen====
#Die van unfolded protein response
#Hoe kan je het transport van proteïnen in het Golgi apparaat in vitro bestuderen? (nvdr: dat is dus niet fluorescentie en radioactieve cohorten)
#Je spuit een geconcentreerde suiker- en NaCl-oplossing in in het bloed van muizen. Komt het suiker en het zout in de darmepitheelcellen en de darm terecht?
#Die van symport-gefaciliteerde diffusie
#Hoe komt het dat bepaalde kankerpatiënten niet reageren op bepaalde cytostatica?

===17/062008===
====Hoofdvragen====
#bespreek ciliën en hun beweging
#bespreek de werking en de functie van Na+,K+ ATPasen
#bespreek het vormen van vesikels, het recruteren van proteïnen en het selecteren van het targetmembraan
#practicum: hoe kan de specifieke activiteit van hexokinase uit celextracten van gistcellen bepaald worden?
====Bijvragen====
#Bespreek basolaterale-apicale sortering van proteïnen
#Bespreek de wetenschappelijke belangen bij genetische aandoeningen in de lysosomen.
#bespreek glycosylatie in het ER
#Een nieuwe toxische stof wordt ontdekt die het aminozuurtransport in een cel meteen stillegt, toch is er geen binding van de toxische stof aan een aminozuurtransporter vast te stellen. Bespreek de mogelijke componenten die wel een invloed hebben.
#Het gen voor het enzyme cellulase wordt in een gistcel ingebracht zodat deze cel cellulose zou kan afbreken. Toch wordt er geen cellulase activiteit in het medium waargenomen. Bespreek alle mogelijke oorzaken hiervan

===11 juni 2008===
====Hoofdvragen====
#bespreek de synthese van proteïnen op het RER
#bespreek de mechanismen van vesiculair transport in cellen
#bespreek de verschillende typen ATPase pompen
#practicum: hoe kunnen we de trehalase activiteit van een organisme bepalen in functie van de omgeving
====Bijvragen====
#bespreek motorproteïnen
#geef de "unfolded protein respons"
#weet ik ni meer
#hoe zou je bepalen of een bepaald molecule via symport of gefaciliteerde diffusie de cel binnenkomt
een onderzoeker heeft antistoffen tegen de N-terminus en de C-terminus van een niet essentieel plasmamembraanproteine van een temperatuursensitieve mutant. na switch naar de restrictieve temperatuur gevenalleen de N-terminale antilichamen nog een respons, in welke genen zou de mutatie gelegen kunnen zijn?

Molecular and Developmental Animal Physiology

2026-02-13T13:30:31Z

R0946338: /* 25/06/2025(Written) */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Developmental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==

===25/06/2025 (Written)===
#Explain briefly: transdifferentiation, cytoneme, hypostome, Spemann-mangold organizer
#Techniques: in situ hybridisation, CRISPR-Cas9
#Hedgehog signaling + example
#Cell diferentiation C. elegans (based on a figure)
#Metamorphosis amphibians (based on a figure)

===28/06/2023 (Written)===
#Explain briefly: iPSCs, reaction-diffusion mechanism, pair-rule genes, Spemann-Mangold Organizer (2pts)
#Techniques: cell lineage tracing (fate mapping), Cre-Lox system (2pts)
#Wnt canonical signaling + example (3pts)
#Sex determination in drosophila (4pts) (he gives the figure of Sxl protein and flies, fig 6.12 from book, 12th ed 2020).
#Explain and compare all 4 modes of regeneration based on figure (Fig 22.3 from book, 12th ed 2020), give one example for each one (4pts)

===19/06/2021 (Written exam due to COVID-19)===
#Explain briefly (2):
##Cytoneme
##Morphollaxis
##Turing model
##Spemann-Mangold organizer
#Briefly explain following techniques (2):
##ChIP-sequencing
##RNA interference
#Discuss the Delta-Notch signaling pathway and give one example during development (3)
#Discuss how hox genes are crucial during development and why are they important to study in Evo-Dev? (You get the figure with hox genes in fruit fly and mouse). (4)
#Discuss sex determination in fruit flies according to the figure. (You get the figure of female and male sxl, tra, tra2, dsx, fruitless with arrows (you do [[not]] get the figure with alternative splicing)). (4)

===15/06/2020 Afternoon (Written exam due to COVID-19)===
#Explain in one sentence(2):
##blastema
##conditional specification
##gynadromorph
##epiblast
#Techniques(2):
##Gal4-UAS
##ChIP-Seq
#Hedgehog signaling pathway + example (3)
#Function of the "Organizer" (=Spemann organizer) + link this with picture (4)
#Regeneration of flatworms + link this with given picture (cNeoblasts pluripotent - multipotent progenitors dilemma) (4)

===17/06/2019===
##Spemann-Mangold Organizer, nieuwkoop center, apoptosis
# the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2)
# regeneration (amphibia)
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)

===18/06/2018 NM===
#Briefly explain (3)
##Spemann-Mangold Organizer
##Trophoblast
##Epimorphosis
#Discuss the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Sex determination in fruit fly Drosophila melanogaster (4)
#Metamorphosis in amphibians (4)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2).

5 more points on the oral exercise

===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Molecular and Developmental Animal Physiology

2026-02-13T13:30:22Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Developmental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==

===25/06/2025(Written)===
#Explain briefly: transdifferentiation, cytoneme, hypostome, Spemann-mangold organizer
#Techniques: in situ hybridisation, CRISPR-Cas9
#Hedgehog signaling + example
#Cell diferentiation C. elegans (based on a figure)
#Metamorphosis amphibians (based on a figure)

===28/06/2023 (Written)===
#Explain briefly: iPSCs, reaction-diffusion mechanism, pair-rule genes, Spemann-Mangold Organizer (2pts)
#Techniques: cell lineage tracing (fate mapping), Cre-Lox system (2pts)
#Wnt canonical signaling + example (3pts)
#Sex determination in drosophila (4pts) (he gives the figure of Sxl protein and flies, fig 6.12 from book, 12th ed 2020).
#Explain and compare all 4 modes of regeneration based on figure (Fig 22.3 from book, 12th ed 2020), give one example for each one (4pts)

===19/06/2021 (Written exam due to COVID-19)===
#Explain briefly (2):
##Cytoneme
##Morphollaxis
##Turing model
##Spemann-Mangold organizer
#Briefly explain following techniques (2):
##ChIP-sequencing
##RNA interference
#Discuss the Delta-Notch signaling pathway and give one example during development (3)
#Discuss how hox genes are crucial during development and why are they important to study in Evo-Dev? (You get the figure with hox genes in fruit fly and mouse). (4)
#Discuss sex determination in fruit flies according to the figure. (You get the figure of female and male sxl, tra, tra2, dsx, fruitless with arrows (you do [[not]] get the figure with alternative splicing)). (4)

===15/06/2020 Afternoon (Written exam due to COVID-19)===
#Explain in one sentence(2):
##blastema
##conditional specification
##gynadromorph
##epiblast
#Techniques(2):
##Gal4-UAS
##ChIP-Seq
#Hedgehog signaling pathway + example (3)
#Function of the "Organizer" (=Spemann organizer) + link this with picture (4)
#Regeneration of flatworms + link this with given picture (cNeoblasts pluripotent - multipotent progenitors dilemma) (4)

===17/06/2019===
##Spemann-Mangold Organizer, nieuwkoop center, apoptosis
# the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2)
# regeneration (amphibia)
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)

===18/06/2018 NM===
#Briefly explain (3)
##Spemann-Mangold Organizer
##Trophoblast
##Epimorphosis
#Discuss the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Sex determination in fruit fly Drosophila melanogaster (4)
#Metamorphosis in amphibians (4)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2).

5 more points on the oral exercise

===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2026-01-28T10:35:48Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==
=== 28 januari 2026 ===
#Explain the role of SA and JA in plant-fungal-pathogen interaction. What are the origen of these molecules + how do they work.
#What is collateral sensitivity? Explain how it was found in C. auris. How can it be used to treat C. auris infection.
#White-nose-syndrome. Explain the underlying mechanisms and a possible solution.
#Arbuscular micorrhiza. Explain its molecular mechnanisms and how to investigate. How is the fungus rewarded. Explain the difference with haustoria.
#What are the virulence factors of Aspergillus fumegatus. If needed to find a way to target the fungus. What target would you propose and why?

=== 14 januari 2026 ===
#What processes are involved in C. albicans contact in oral epithelial cells? What virulence mechanisms does C. albicans use? How does the epithelial cells react? What are the main differences between immuno-competent and immuno-compromised patients? (5p)
#What are the virulence factors of Mucorales? What type of antifungal drug would you consider? (3p)
#What is the appressorium? Which pathways influence it? (4p)
#Als3 is an important factor in virulence of Candida albicans, what type of molecule is it? Explain the function. (4p)
#What type of molecule is Amphotericin B? How does it work? What are the mechanisms used by Candida auris to become resistant? (4p)

=== 29 augustus 2025 ===
#What processes are involved in C. albicans contact in oral epithelial cells? What virulence mechanisms does C. albicans use? How does the epithelial cells react? What are the main differences between immunu-competent and immuno-compromised patients?
#What is collateral sensitivity? How is it found in C. auris and give the mechanisms used to find it? How can it be used to combat C. auris?
#What is an appressorium? Give signal transduction or metabolic pathway mechanisms.
#What are the advantages of arbuscular mycorrhiza in plants? What are the molecular mechanisms? Is the fungi rewarded? What is the difference with a haustorium?

=== 15 januari 2025 ===
#Biofilm formation in Candida albicans (stages + mechanism). What in vitro and in vivo model did we see to study biofilm formation? (4)
#SA (4)
#White-opaque switching virulence. What? Regulation? What can be the biological reason? (4)
#Histoplasma capsulatum (3)
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model. How will you use this knowledge to make corn resistant to the disease Fusarium.(5)

=== 1 januari 2023 ===
#Specific and non specific strategies of necrotrophic fungi.
#Iron starvation makes fungicidal drug from azols. They have found upregulated and downregulated genes. What research would you do? What are good genes to target? what makes a good drug target? how would you set up a mass screening?
#Human immune response and give mechanisms and examples how fungi avoid it.
#Explain Arv-R system and use zigzag model. Explain with the help of the tomato-(forgot name of fungus) example.
#Biofilm formation of C.albecans. What are the stages, which genes are important, why are they a problem in hospitals.

=== 19 januari 2022 VM ===
#How can you easily distinguish between Ascomycetes and Basidiomycetes. Give the model organisms of plant and animal pathogens for both of these groups. (3 points)
#Cryptococcus neoformans. What is it? Describe the virulence factors. How does the host respond to such an invasion? How does Cryptococcus deal with this host defense response? What are the diseases that you can get from such an infection? (4 points)
#The role of high amounts of CO2 on morphogenesis in C. albicans. Describe the underlying signal transduction pathways. (3 points)
#Arbuscular mycorrhiza and haustoria. Describe the underlying molecular mechanisms behind exchange of carbon and nutrients for both. How can you investigate this? What is the functional difference between the two? (4 points)
#A synergestisch biofilmformation effect is observed both in vivo and in vitro for C. albicans and S. aureus. Several genes have been identified that are either upregulated or downregulated in C. albicans during this synergestic relationship that are not found when C. albicans is grown alone. How would you investigate these genes? Describe all the steps and the used techniques. Also give a possible animal model system in which you can investigate this. Which genes would be good targets for antifungal drug resistance? (6 points)

=== 29 januari 2020 VM===
#Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.
#Discuss the origin and role of elicitors.
#Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.
#Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?
#In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?

=== 28 januari 2020 VM===
In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#PR- PR5- Osmotin. Explain
#Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back
#ALS- ALS3. Explanation. All included
#A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?

=== 20 januari 2020 VM===
#White-opaque switching in C. albicans
#Elicitors: role and origin
#Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol
#Fluconazole: mechanism en resistance
#RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.

===17 januari 2020 NM===
#Explain appressorium
#Explain SA + give the most important signal transduction pathways
#How can fungi avoid the human immune defense?
#Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans
#During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use?
===17 januari 2020 VM===
#Where is PAL important, which reaction does in catalyse?
#A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)
#What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?
#What are Paldoxins and how does it work?
#You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2026-01-20T09:34:07Z

R0946338: /* 1 januari 2023 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 14 januari 2026 ===
#What processes are involved in C. albicans contact in oral epithelial cells? What virulence mechanisms does C. albicans use? How does the epithelial cells react? What are the main differences between immuno-competent and immuno-compromised patients? (5p)
#What are the virulence factors of Mucorales? What type of antifungal drug would you consider? (3p)
#What is the appressorium? Which pathways influence it? (4p)
#Als3 is an important factor in virulence of Candida albicans, what type of molecule is it? Explain the function. (4p)
#What type of molecule is Amphotericin B? How does it work? What are the mechanisms used by Candida auris to become resistant? (4p)

=== 29 augustus 2025 ===
#What processes are involved in C. albicans contact in oral epithelial cells? What virulence mechanisms does C. albicans use? How does the epithelial cells react? What are the main differences between immunu-competent and immuno-compromised patients?
#What is collateral sensitivity? How is it found in C. auris and give the mechanisms used to find it? How can it be used to combat C. auris?
#What is an appressorium? Give signal transduction or metabolic pathway mechanisms.
#What are the advantages of arbuscular mycorrhiza in plants? What are the molecular mechanisms? Is the fungi rewarded? What is the difference with a haustorium?

=== 15 januari 2025 ===
#Biofilm formation in Candida albicans (stages + mechanism). What in vitro and in vivo model did we see to study biofilm formation? (4)
#SA (4)
#White-opaque switching virulence. What? Regulation? What can be the biological reason? (4)
#Histoplasma capsulatum (3)
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model. How will you use this knowledge to make corn resistant to the disease Fusarium.(5)

=== 1 januari 2023 ===
#Specific and non specific strategies of necrotrophic fungi.
#Iron starvation makes fungicidal drug from azols. They have found upregulated and downregulated genes. What research would you do? What are good genes to target? what makes a good drug target? how would you set up a mass screening?
#Human immune response and give mechanisms and examples how fungi avoid it.
#Explain Arv-R system and use zigzag model. Explain with the help of the tomato-(forgot name of fungus) example.
#Biofilm formation of C.albecans. What are the stages, which genes are important, why are they a problem in hospitals.

=== 19 januari 2022 VM ===
#How can you easily distinguish between Ascomycetes and Basidiomycetes. Give the model organisms of plant and animal pathogens for both of these groups. (3 points)
#Cryptococcus neoformans. What is it? Describe the virulence factors. How does the host respond to such an invasion? How does Cryptococcus deal with this host defense response? What are the diseases that you can get from such an infection? (4 points)
#The role of high amounts of CO2 on morphogenesis in C. albicans. Describe the underlying signal transduction pathways. (3 points)
#Arbuscular mycorrhiza and haustoria. Describe the underlying molecular mechanisms behind exchange of carbon and nutrients for both. How can you investigate this? What is the functional difference between the two? (4 points)
#A synergestisch biofilmformation effect is observed both in vivo and in vitro for C. albicans and S. aureus. Several genes have been identified that are either upregulated or downregulated in C. albicans during this synergestic relationship that are not found when C. albicans is grown alone. How would you investigate these genes? Describe all the steps and the used techniques. Also give a possible animal model system in which you can investigate this. Which genes would be good targets for antifungal drug resistance? (6 points)

=== 29 januari 2020 VM===
#Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.
#Discuss the origin and role of elicitors.
#Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.
#Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?
#In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?

=== 28 januari 2020 VM===
In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#PR- PR5- Osmotin. Explain
#Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back
#ALS- ALS3. Explanation. All included
#A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?

=== 20 januari 2020 VM===
#White-opaque switching in C. albicans
#Elicitors: role and origin
#Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol
#Fluconazole: mechanism en resistance
#RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.

===17 januari 2020 NM===
#Explain appressorium
#Explain SA + give the most important signal transduction pathways
#How can fungi avoid the human immune defense?
#Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans
#During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use?
===17 januari 2020 VM===
#Where is PAL important, which reaction does in catalyse?
#A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)
#What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?
#What are Paldoxins and how does it work?
#You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Molecular Interactions between Fungi and their Hosts

2026-01-20T09:33:39Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular Interactions between fungi and their hosts

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0B98AE.htm

== Examenvragen ==

=== 14 januari 2026 ===
#What processes are involved in C. albicans contact in oral epithelial cells? What virulence mechanisms does C. albicans use? How does the epithelial cells react? What are the main differences between immuno-competent and immuno-compromised patients? (5p)
#What are the virulence factors of Mucorales? What type of antifungal drug would you consider? (3p)
#What is the appressorium? Which pathways influence it? (4p)
#Als3 is an important factor in virulence of Candida albicans, what type of molecule is it? Explain the function. (4p)
#What type of molecule is Amphotericin B? How does it work? What are the mechanisms used by Candida auris to become resistant? (4p)

=== 29 augustus 2025 ===
#What processes are involved in C. albicans contact in oral epithelial cells? What virulence mechanisms does C. albicans use? How does the epithelial cells react? What are the main differences between immunu-competent and immuno-compromised patients?
#What is collateral sensitivity? How is it found in C. auris and give the mechanisms used to find it? How can it be used to combat C. auris?
#What is an appressorium? Give signal transduction or metabolic pathway mechanisms.
#What are the advantages of arbuscular mycorrhiza in plants? What are the molecular mechanisms? Is the fungi rewarded? What is the difference with a haustorium?

=== 15 januari 2025 ===
#Biofilm formation in Candida albicans (stages + mechanism). What in vitro and in vivo model did we see to study biofilm formation? (4)
#SA (4)
#White-opaque switching virulence. What? Regulation? What can be the biological reason? (4)
#Histoplasma capsulatum (3)
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model. How will you use this knowledge to make corn resistant to the disease Fusarium.(5)

=== 1 januari 2023 ===
1. specific and non specific strategies of necrotrophic fungi.
2. Iron starvation makes fungicidal drug from azols. They have found upregulated and downregulated genes. What research would you do? What are good genes to target? what makes a good drug target? how would you set up a mass screening?
3. Human immune response and give mechanisms and examples how fungi avoid it.
4. Explain Arv-R system and use zigzag model. Explain with the help of the tomato-(forgot name of fungus) example.
5. Biofilm formation of C.albecans. What are the stages, which genes are important, why are they a problem in hospitals.

=== 19 januari 2022 VM ===
#How can you easily distinguish between Ascomycetes and Basidiomycetes. Give the model organisms of plant and animal pathogens for both of these groups. (3 points)
#Cryptococcus neoformans. What is it? Describe the virulence factors. How does the host respond to such an invasion? How does Cryptococcus deal with this host defense response? What are the diseases that you can get from such an infection? (4 points)
#The role of high amounts of CO2 on morphogenesis in C. albicans. Describe the underlying signal transduction pathways. (3 points)
#Arbuscular mycorrhiza and haustoria. Describe the underlying molecular mechanisms behind exchange of carbon and nutrients for both. How can you investigate this? What is the functional difference between the two? (4 points)
#A synergestisch biofilmformation effect is observed both in vivo and in vitro for C. albicans and S. aureus. Several genes have been identified that are either upregulated or downregulated in C. albicans during this synergestic relationship that are not found when C. albicans is grown alone. How would you investigate these genes? Describe all the steps and the used techniques. Also give a possible animal model system in which you can investigate this. Which genes would be good targets for antifungal drug resistance? (6 points)

=== 29 januari 2020 VM===
#Explain how extracellular pH regulates morphogenesis in ''Candida albicans''.
#Discuss the origin and role of elicitors.
#Discuss the biosynthesis and role of phytoalexins.
#Explain the initial response of human epithelial cells upon encountering hyphal ''Candida albicans'' cells. What happens afterwards in immunocompetent people?
#In a recent screen, the lab has isolated a transcription factor in ''Candida glabrata'' that is overexpressed when cultured on RPMI medium at an atmospheric pressure of 5% CO2, and is not overexpressed when cells are grown in air. How are you going to investigate its potential role in virulence? What techniques and assays will you use and which steps do you do first?

=== 28 januari 2020 VM===
In general, take into account the molecules, proteins and genes involved when studying.
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#PR- PR5- Osmotin. Explain
#Types of drugs against fungi. Mechanisms to fight back
#ALS- ALS3. Explanation. All included
#A new genx has been overexpressed in C.glabrata when culturing over oral epithelial cells. What is the next step? What can you learn from this if you want to develop a new antifungal drug?

=== 20 januari 2020 VM===
#White-opaque switching in C. albicans
#Elicitors: role and origin
#Morphogenesis C. albicans: role CO2 and farnesol
#Fluconazole: mechanism en resistance
#RNA sequencing to understand plant-pathogenic interactions. They identified a transcript in M. grisea, highly upregulated 30min after M. grisea sporulation on the plant. What experiments to investigate the upregulated gene in M. grisea after the interaction with a rice plant.

===17 januari 2020 NM===
#Explain appressorium
#Explain SA + give the most important signal transduction pathways
#How can fungi avoid the human immune defense?
#Give the biology + virulence factors of cryptococcus neoformans
#During gene expression analysis of Candida glabrata, a gene was upregulated with low pH. How would you investigate if this gene is involved in virulence, adhesion or biofilm formation? Imagine this is your thesis topic, which type of experiments and which techniques would you use?
===17 januari 2020 VM===
#Where is PAL important, which reaction does in catalyse?
#A. fumigatus is an important human pathogen. What are its virulence factors? Why are healthy people not infected? What is important in basic azole resistance of the pathogen in the environment? (2nd part of the question: agriculture sprays their plants with azoles to prevent fungal infections on their crops. This will in turn cause resistance in the fungi present)
#What are the differences and similarities between ascomycetes and basidiomycetes? What are important plant and human fungal pathogens in both phyla?
#What are Paldoxins and how does it work?
#You used an deletion collection and found a strain with TF X deleted. In vitro it does not produce a biofilm. What is the first thing you do, how will you find its function? Can it be a target for a antifungal drug? what are the criteria for this? What experiments would you still do and what screen will you set up to test for an antifungal drug?

=== 30 januari 2019 VM ===
# Explain opaque-white phenotypic switch in C. Albicans and its relevance in virulence.
#* Bijvraag: de rol van white cellen in biofilm
# Elicitor uitleggen origin and role in plant defence (hij vroeg ook of een compatible interaction een incompatible reaction kan worden --> dus het zigzag model van clostridium tomato als vb)
# PR5 osmotin: How discoverd and role (explain everything)
# Fluconasole working and resistance mechanisms against it (leg alles uit incl. alles van azolen)
#* Bijvraag: Hoe komt het dat fluconasole resistentie vaak voorkomt in ziekenhuizen (antw: biofilm vorming)
# Er is een nieuw gen in C.glabrata ontdekt dat sterk tot expressie komt in anaerobe omstandigheden. How investigating if it plays a role in virulence and what it targets are.

=== 21 januari 2019 ===
#Explain the role of SA in plant defense. Which signalling pathways are important?
#Explain which classes of toxins exist and give an example of which class. Which type of fungi uses this. (He also asked why specific toxins are specific)
#Discuss different ways of fungal immune evasion of the human immune system. Which pathogen uses which strategy?
#Cryptococcus neoformans: biology and virulence factors
#Gene for adhesion in C. glabrata is discovered, how would you investigate its importance in adhesion, virulence, biofilms etc. Which techniques would you use. (He also asked how I would isolate compounds to treat it)

=== 18 januari 2019 ===
# wat is PAL, functie, welke reactie katalyseert het, waarbij is het van belang? welke pathways betrokken?
# wat is een appresorium en betrokken pathways
# ALS zijn belangrijk, wat zijn het? waarin is ALS3 belangrijk? is het een goede target voor antifungale drugs?
# aspergillus fumigatus virulence factors, wat ligt aan basis van resistentie in de natuur tegen azolen?
# TF gevonden die in overexpressie zorgt voor geen vorming van filamenten in C albicans. Hoe zou je verder onderzoeken wat de moleculaire basis is, is het een goede drug target? Hoe design je een screen om een drug te vinden?

=== 31 januari 2018 voormiddag===
#An essential, volatile oil derivative illustrates an antifungal activity in vitro. How would you try to reveal the mode of action of this compound? And how would you validate your results in vitro?
#Explain Aspergillus fumigatus and what happens if this fungus is recognized by the host immune system
#Explain ALS3 and its functions for Candida albicans. Would this compound be an interesting antifungal drug target? How would you investigate this? What research is still necessary?
# Explain the most important signal transduction pathways that occur when a plant succesfully manages to recognize a pathogen.
# Explain Fusicoccin and victorin, what are the differences. Explain their mode of action.
# What are symbiotic interactions? Explain in detail the most important symbiotic interactions.

=== 29 januari 2018 voormiddag===
#Explain Avr-R system with Cladosporium fulvum - tomato as an example + link with the zigzag-model
#What is Victorine? How is its function investigated?
#Explain different types of Mycorrhiza + how they exchange nutrients
#Describe the molecular mechanism of morphogenesis in C. albicans
#What are the major classes of antifungal drugs? Describe mechanism of action and resistance
#Explain the virulence factors of Aspergillus fumigatus? Why are healthy people not infected by A. fumigatus? How would you investigate whether a protein is important in virulence or not? How would you search for a drug against this a protein (if it is involved in virulence)?

=== 21 januari 2018 voormiddag===
#Explain all types of Mycorrhiza
#Explain toxin types and give 1 example of both
#Fully explain SA signalling
#Simmilarities and differences of Histoplasma and Coccidioides
#A new gene in Candida glabrata has been found in gene expression that plays a large roll in biofilms. How would you research this?
#Candida albicans recognition at endothelial cells and immunity

===31 januari 2017 voormiddag===
#histoplasma capsulatum and coccudioides immitis. What have these two pathogens in common? What are the known virulence factors? How can you treat such an infection?
#Explain Immune response against a Candida albicans ephitilial invasion. How would you study this? Can this specific host-pathogen interaction be targeted by compounds? How would you identify these compounds?
#How is morphogenesis regulated in Candida Albicans?
#What are the different types of toxins that a plant uses? Give an example of each and explain their function.
#What is an appressorium? Explain its function.
#Explain how carbon is translocated in plant-mycorrhiza. How would you investigate this?

===30 januari 2017 voormiddag===
#The first technique that was used to delete a gene in C. albicans was the URA-blaster cassette. How does that work. What are the problems with this method (position effect)? What are the currently used methods?
#Biofilm formation by C. albicans is a major problem in hospitals. What are the different stages of biofilm developtment? Which molecules are omportant during biofilm formation? How can this be investigated? What are the available methods to study biofilm formation? What would you do if you were asked to develop a novel antibiofilm molecule?
#What is Cryptococcus neoformans and what are the most important virulence factors?
#Describe the processes that can occur after initial contact between a fungus and a plant. How is the fungus able to penetrate the plant? Discuss the several forms of parasitism and pathogenesis that can occur and gice a schematic overview.
#Discuss the possible outcomes of a host-pathogen interaction, comment on the immune system of the plant and give a schematic overview. What is gene for gene resistance? And how can we exploit this for resistance breeding?

Model Organisms in Biological Research

2026-01-20T09:02:20Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

Taught by Dr. Lucas Mergan in '23-'24. Taught by Prof. Dr. Liesbet Temmerman in '24-'25.

The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time.
‎<br />The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm

== Examenvragen ==

===29th January 2025===
Article
*Same as previously mentioned

Theory
*Pronucleus injection and how is it used
*Explain a recombinase system in model organisms (e.g. Cre lox) → additional questions like: how it works, how the recombinase binds, why in the F2 generation, ...

===17th January 2025===
Self-chosen article (the first thing she asks is if you want to talk in Dutch or English):

#explanation of experiments done with the model organism and article content (na een heel algemene uitleg zijn we door de figuren gegaan en wijst ze er aan die je moet uitleggen, het waren over het algemeen die met op het eerste zicht de mist duidelijke assen die ze kiest)
#motivation of the use and choice of the model organism for a biological question
#explanation of technologies used to address the research question (hier is bij mij niet echt iets over gevraagd, eerder bij de figuren ook uitleggen welke technieken zijn gebruikt, maar niet echt hoe ze werken)
#motivation of alternative models or tools suited for testing the proposed hypotheses (bij mij was het eerder welke dingen kunnen ze nog verder onderzoeken en hoe, als er meerdere dingen zijn mag je kiezen. Ik heb ChIPseq gezegd, wat klopte en ik niet verder moest uitleggen, dus het moet niet met een techniek die we gezien hebben)
#related content of the course as it pertains to the discussion (niet echt iets verder over gevraagd bij mij, maar ik had veel figuren dus vermoedelijk geen tijd meer voor)

Theory (she has a big stack of cards you need to pick from, at least 20 I would guess):

#Tet-system (extra question: what kind of system = inducible/conditional. Ik had eerst binary system gezegd, wat niet is wat ze zocht maar in principe wel juist)

Other possible questions: optogenetics, QTL mapping, ablation in C. elegans

===10th January 2025===
Self-chosen article:

#explanation of experiments done with the model organism and article content,
#motivation of the use and choice of the model organism for a biological question,
#explanation of technologies used to address the research question,
#motivation of alternative models or tools suited for testing the proposed hypotheses,
#related content of the course as it pertains to the discussion.

Theory:

Explain haploid screens.
Extra question: What other screen can you do on a zebrafish + explain? (F2 genetic screen)

===25th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:

*What is the TET system? Give an example of where it's useful.
*What are polytene chromosomes and what are they used for?
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)
**Extra question: why would you do this

Other possible theory questions: Complementation system, forward screening C. elegans, ES cells, tetrad analysis,...

===18th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?
*Complementation assay
*How would you make a knock-out in a mouse?

===21st January 2022===

Self-chosen article:

#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.
#Give two reasons why it is model organism.
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?
#Is further research and sacrifice of the model organism required?

For theory based on lecture:

*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?
===2022 Voorbeeld examen===
Self chosen article (4/20):
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research. Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach.
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.

===2021 August===
Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.
Theoretical Question:
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?

===2021 January===

Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.

Theoretical question:
*Explain terminator seeds
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.

===2020 January===

* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)
* ES technology, any alternatives?
* Give three tetrads
**explain the Tet system
**explain tetrad analysis
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.
**Explain P elements
**QTL mapping

===2019 January===

*ES technology mice
*QTL mapping
*Optogenetics
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work

===2017-2018 January===

*Wich primates are used as model organism and for which applications?
*Explain Tetrad analysis and the application.
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.
*Explain foward genetics in ''C. elegans''.
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples

Model Organisms in Biological Research

2026-01-20T09:01:09Z

R0946338: /* 29th January 2025 */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Model Organisms in biological research

Taught by Dr. Lucas Mergan in '23-'24. Taught by Prof. Dr. Liesbet Temmerman in '24-'25.

The exam is oral and exists of questions about a self-chosen a research paper (4/20) and one bigger question based on the course content (9/20). You get no preparatory time.
‎<br />The remaining 7/20 points are received by participating in the practical sessions and making a presentation.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G43AE.htm

== Examenvragen ==

===29th January 2025===
Article
*Same as previously mentioned

Theory
*Pronucleus injection and how is it used
*Recombinase

===17th January 2025===
Self-chosen article (the first thing she asks is if you want to talk in Dutch or English):

#explanation of experiments done with the model organism and article content (na een heel algemene uitleg zijn we door de figuren gegaan en wijst ze er aan die je moet uitleggen, het waren over het algemeen die met op het eerste zicht de mist duidelijke assen die ze kiest)
#motivation of the use and choice of the model organism for a biological question
#explanation of technologies used to address the research question (hier is bij mij niet echt iets over gevraagd, eerder bij de figuren ook uitleggen welke technieken zijn gebruikt, maar niet echt hoe ze werken)
#motivation of alternative models or tools suited for testing the proposed hypotheses (bij mij was het eerder welke dingen kunnen ze nog verder onderzoeken en hoe, als er meerdere dingen zijn mag je kiezen. Ik heb ChIPseq gezegd, wat klopte en ik niet verder moest uitleggen, dus het moet niet met een techniek die we gezien hebben)
#related content of the course as it pertains to the discussion (niet echt iets verder over gevraagd bij mij, maar ik had veel figuren dus vermoedelijk geen tijd meer voor)

Theory (she has a big stack of cards you need to pick from, at least 20 I would guess):

#Tet-system (extra question: what kind of system = inducible/conditional. Ik had eerst binary system gezegd, wat niet is wat ze zocht maar in principe wel juist)

Other possible questions: optogenetics, QTL mapping, ablation in C. elegans

===10th January 2025===
Self-chosen article:

#explanation of experiments done with the model organism and article content,
#motivation of the use and choice of the model organism for a biological question,
#explanation of technologies used to address the research question,
#motivation of alternative models or tools suited for testing the proposed hypotheses,
#related content of the course as it pertains to the discussion.

Theory:

Explain haploid screens.
Extra question: What other screen can you do on a zebrafish + explain? (F2 genetic screen)

===25th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:

*What is the TET system? Give an example of where it's useful.
*What are polytene chromosomes and what are they used for?
**Extra question: How could you differentiate these easily under a microscope compared to normal chromosomes?
*Explain a recombinase system in model organisms (Cre lox)
**Extra question: why would you do this

Other possible theory questions: Complementation system, forward screening C. elegans, ES cells, tetrad analysis,...

===18th January 2024===

Self-chosen article:

#Globally explain the scientific paper (goal, findings, conclusions,...)
#Why was this model organism chosen for this specific research?
#They used cell lines created with targeted mutagenesis. What are the risks of using a cell line made with random mutagenesis? How can such cell lines still be useful in research?
#Can other model organisms be used and why?

Theory:
*Cre lox system for a space and time specific expression in mice
**Extra question: How can you get a specific loxP site into the DNA?
*Complementation assay
*How would you make a knock-out in a mouse?

===21st January 2022===

Self-chosen article:

#Give two reasons as to why was a model organism was needed to answer the specific research question.
#Give two reasons why it is model organism.
#Could any of the other model organism taught in the course be used to answer this research question? Why (not)?
#Is further research and sacrifice of the model organism required?

For theory based on lecture:

*A highly conserved gene is involved in axonal outgrowth in humans. You want to check if this gene is conserved in a model organism. Which model organism will you use for this? How will you do this (methods and approaches)? Also, you want to check which other genes are involved in this process. Which approaches and methods from the course will you use? If the function is not conserved, can you still study involved interactions in the model organism?
===2022 Voorbeeld examen===
Self chosen article (4/20):
#Question A1. Give two (2) arguments why this organism is / these organisms are suited to tackle the specific research question at hand.
#Question A2. Give two (2) arguments why it is a model organism / they are model organisms; as opposed to model systems, as per the distinction made in the course.
#Question A3. Could any other model organism discussed during the course have been used to address the research question? Why (not)? Do you agree with the authors’ choice? Why (not)?
#Question A4. Given the findings and conclusions of the article, propose one additional method or approach that was covered in the course, that may be of use for this research. Explain in sufficient conceptual detail why this would be useful or logical, and which insight would be gained from using this tool/method/approach.
THEORY - LECTURE-ONLY PART (9/20):
*Motor neuron injury can lead to loss of motor function (movement/locomotion) with poor recovery due to limited regeneration. The NICD protein is well conserved in animals and while it is upregulated after axonal injury, it is a negative regulator of axonal regeneration. You are tasked to find genes that through their effect on NICD levels may affect axonal regeneration, specifically so in the case of motor neuron injury. Explain how you would proceed to complete this task, making sure your answer contains clear arguments for considering the following elements:
**Do you need live organisms to address this question? Do they need to be model organisms? Why (not)?
**Which organism(s) discussed during the course would be suited to tackle this question? Would you use one or multiple ones?
**How will you retrieve information that will allow you to correlate genetic interventions, NICD levels, axonal regeneration and motor function recovery? How will you probe for causality of interventions?
**Next to proposing a research approach, provide at least one limitation that would need to be considered as well.

===2021 August===
Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.
Theoretical Question:
*What is QTL mapping? What is it used for? Which model organisms did we discuss QTL mapping strategies for and would it be suitable for other model organisms discussed in the course?

===2021 January===

Self chosen article:
*Why is this organism chosen for this research question
*Why is this organism chosen instead of another model organism
*Do you agree with the choice of the author
*Knowing the results, what technique or method would you add to this research
*Give 2 arguments why this organism is a model organisms.

Theoretical question:
*Explain terminator seeds
*After doing a forward screening in C. elegans, they found mutants with altered body length. Explain the strategy how you can know the causal mutations. Can you perform this stragety in other organisms and which step is important for causality?
*Explain morpholinos and compare with other similar technique.

===2020 January===

* What is a polytene chromosome and how is it used for genetics? (Extra questions: Why was it easier to have this to study genetics, answer because it is much bigger thanks to endoduplication which means that you can see it under a microscope. If you would have found a piece of the chromosome and you can sequence it, how can you find where it is located on the polytene chromosome, answer was in situ hybridisation [You can't answer CRISPR or something like that because it didn't exist back then].)
* ES technology, any alternatives?
* Give three tetrads
**explain the Tet system
**explain tetrad analysis
**explain transformation in Arabidopsis thaliana.
**Explain P elements
**QTL mapping

===2019 January===

*ES technology mice
*QTL mapping
*Optogenetics
*Give examples of prokaryotes in biological research and explain their use
*What are terminator seeds, what is their use and given an example of how they work

===2017-2018 January===

*Wich primates are used as model organism and for which applications?
*Explain Tetrad analysis and the application.
*Explain Pronucleus injection in mice and the application.
*Explain foward genetics in ''C. elegans''.
*Explain Cre recombinase system and how to use it giving examples

Mechanisms of Signal Transduction and Cell Regulation

2026-01-16T09:05:56Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie ==
Vak uit de master B&B - cellulaire orientatie. Gedoceerd door 3 proffen: Hideaki Mizuno (vroeger Marc de Ley), Joris Winderickx en Jozef Vanden Broeck.
Er vallen bonuspunten te verdienen tijdens het jaar door powerpoints te presenteren over opgelegde papers.
Bij één van de drie proffen moet je een paper mondeling bespreken. De andere twee hebben elk één vraag die je schriftelijk moet beantwoorden. (2024-2025: volledig schriftelijk, er zijn wel nog verplicht te lezen papers (2 voor Mizuno, vrij veel voor Winderickx) die aansluiten bij de leerstof, maar waar niets expliciet van is gevraagd)

EXAMENVRAGEN KOMEN TERUG!

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G61AE.htm

== Examenvragen ==

===01 September 2025 ===
Van den Broeck: Question related to 'Sevenless mutations in Drosohila'

Winderickx: Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate and short explanation of the other players in this pathway.

Mizuno: Question related to H2O2 as a signaling molecule + pathway involved

===20 january 2025 ===
Van den Broeck: picture adregenic receptors agonists and antagonists, how do you differentiate between these receptors (alpha1, alpha2, beta1, beta2), which methods would you use? explain

Winderickx: A: explain GRK, GoLoco, phosducin, RAMP, RGS briefly. B: explain role of TNFR and RIP1 in regulated cell death briefly

Mizuno: A: general structures in protein kinases B: external activation of classical PKC C: how does C2 domain play a role in activation

===22 January 2024 ===

Van den Broeck:
Give 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, and give (dis)advantages by comparing the techniques + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

Winderickx:
Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate and short explanation of the other players in this pathway.

Mizuno:
Explain the structure of the EF-hand motif and the C2 domain. How do they interact and bind with Ca2+? Give an exemple (one of each) of molecules that contain an EF-hand motif/C2 domain and explain how they transduce signals.

===23 January 2023 ===

20 points for each section. An average will be taken of the three parts.

Mizuno:

1. Explain the structure if EF hand motif and C2 domain. How do theinteract and bind with Ca2+?

2. Give some examples of molecules that contain one of these motifs and how explain how they transduce signals.

Winderickx:

1. Explain the role of the following molecules in the modultaion of G-protein signalling briefly (in a few sentences): RAMPs, Arrestin (alpha and beta), GoLoco,RGS and GRKs.

2. Describe the formation and the role of apoptosome and necroptosome/ribtosome.

Vanden Broeck:

1. Figure of synapse was give. Explain the steps (1-5) involved in the processof synaptic transmission.

2. Explain the molecular mode of action for neurotransmitters (e.g. acetylcholine).

===04 February 2022 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Molecular genetics of red-green colour deficiencies. Why is it so frequent, and why can such apparently similar genotypes lead to different phenotypes. Is tetrachromacy possible? (talk about it)
# Mizuno: Characteristics of NO. Synthesis of NO, explain. Regulation of the different NOS (eNOS, nNOS, iNOS).
# Vanden Broeck: What do you know about GPCR activation? Explain a hypothetical scheme given (from the lectures, the different conformations of GPCR).

===24 January 2022 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals (EF hand: Calmodulin, SMIT1; C2 domain: classical PKCs, synaptotagmin)
# Vanden Broeck: Give 3 lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction

===24 January 2021 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx: Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

===17 January 2021 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: 1) common structures in protein kinases 2) How external activation of classic PKC
# Vanden Broeck: Schematic of Insuline receptor activation and muscle constriction and pathways given, explain the major pathways here and how these cells increase the glucose uptake

===24 August 2020 ===
(no oral discussion of paper due to COVID-19 measures)
# Winderickx : Bcl-2 family, function, classification based on protein domains, schematic representation of pathway in which they operate
# Mizuno: EF hand motif and C2 domain, structure, how they bind Ca2+, examples of proteins containing one of these and how they transduce signals
# Vanden Broeck: 3 examples of function-based assays for GPCR-ligand binding, give (dis)advantages + how can you differentiate between agonists, inverse agonists and competitive antagonists?

===24 January 2020 VM ===
# Winderickx: RGS, GoLoco, AKAPs, Bcl2-family and GPCR desensitization(?)
# Mizuno: ER/SR and calcium uptake - serca, ip3r, ryr, stim and orai1 explanation + How is it regulated
# Vanden Broeck: Paper about GPCR's - question about arrestin

===23 January 2020 VM ===
# Mizuno (oral): Paper about allosteric activation of Raf. What is the P-loop and the catalytic site of a kinase?
# Winderickx: Explain the function of the members of the Bcl2-family. What makes them belong to the same family? Briefly explain the pathway(s) it is involved in and briefly give the function of the other substrates in the pathway(s).
# Vanden Broeck: Give three downstream compounds of the insulin/IGF pathway in detail.

===22 January 2020 VM ===
# Winderickx : Apoptosis, intrinsic, extrinsic pathway
# Mizuno (oral): Paper about kinases
# Vanden Broeck: Lipid derived signalling molecules, synthesis, function, transduction

===21 januari 2020 VM ===
# Winderickx (oral): Summarize the findings of the paper and place this in context of the mechanisms underlying programmed cell death. Prepare for a discussion on this topic. ''FSH1 overexpression triggers apoptosis in S.cerevisiae:'' [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31363875]
# Mizuno
## Explain the structures of the EF-hand motif and the C2 domain. Include an explanation on how these motifs interact with Ca2+.
## Give a few examples of signaling molecules that have one of these motifs and explain how these molecules transduce signals.
# Vanden Broeck: Explain how you would perform a '''ligand binding assay''' for a 7TM/GPCR type of receptor. Specify the different practical steps. Compare this kind of assay with one example of a cell based '''functional receptor assay''' and discuss the possible advantages and disadvantages of each type of assay.
'''
===16 januari 2020 NM===
# VDB (mondeling): paper over insuline receptor
# JW: kleurenblindheid (rood-groen) + verschillende gene arrays maar toch zelfde fenotype?
# MH: Wat is NO? Hoe gemaakt (oxidatie arginine)? Rol als second messenger? Bespreek nNOS, eNOS en iNOS en zijn regulaties

===15 januari 2020 VM===
# Mizuno (mondeling): artikel over SOCE (store operated Ca2+ entry) Neuronal SOCE: myth or reality? (Lu B, Fivaz M, 2016)
## Explain general mechanism of SOCE, including EF hand, STIM1, Orai1 (3 min talk)
## Explain the paper: difficulties with neuronal cells and how to overcome these problems
# Winderickx: Regulation and function of adenylate cyclase. Give a signaling pathway involving regulation of adenylate cyclase (Ca2+ and calmodulin regulation)
# VDB: Give the three categories of neurochemicals and explain briefly their structural characteristics. Explain in detail the processes in/near the neurochemical synapse.

===24 januari 2019 VM ===
# Mizuno (mondeling): Artikel over Redox signaling: 'Redox signaling during hypoxia in mammalian cells. Review ARTICLE, Smith KA, et al. Redox Biol. 2017 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28595160]
## Explain ROS production (3min talk)
## Explain redox signaling in hypoxia (3 min talk)
# Winderickx: Adenylaat cyclase is important for cAMP signaling. How is it regulated?
# Vanden Broeck: Describe endocrine first messengers and all their categories. Explain in detail with biosynthesis, mode of action and working of insuline.

===23 januari 2019===
# Mizuno: artikel over SOCE
# Winderickx: Kleurenblindheid
# Vdb: Bespreek de belangrijkste groepen van endocriene en neurochemische 1st messengers.

===22 januari 2019===
# mizuno: de rol van stim1 en calmudin bij store operated calcium release. Explain SOCE and how is Stim1 involved?
# Winderickx: had een artikel over metacaspases
# Vdb: How to perform a ligand binding assay of GPCR, a functional receptor assay, examples and what are the advantages of each?

===17 januari 2019===
# Windrickx: artikel over apoptose (en leg dan basically alle pathways uit: intrinsieke, extrinsieke en necropoptose)
# VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen
# Mizuno: algemeen activatiemechanisme van RTKs uitleggen en aantal vb geven van downstream pathways

===16 januari 2019===
#Winderickx: Apoptose (schematisch intrinsiek en extrinsiek geven) + verschil tussen necrose en necroptose en apoptose
#VDB: insuline (welke 3 downregulatie mechanisme)
#Mizuno (mondeling): artikel over ROS: kanker en T-cellen (heel interessant artikel om ROS te leren moest dit een theorievraag zijn!)

===29 januari 2018===
#Winderickx: paper over apoptose
#VDB: insuline
#Mizuno: Wat is het effect van redox op de regulatiemechanisme van EGF receptor

===26 januari 2018===
#Winderickx: kleurenblindheid: genetica en waarom het vooral bij jongens voorkomt
#Mizuno: ROS: productie en invloed op proteïnen
#VDB: paper over GPCR
===25 januari 2018===
#Winderickx: Bcl2 uitleggen en de pathways waarin het voorkomt.
#VDB: 3 compounds afgeleid van membrane lipids uitleggen.
#Mizuno: Paper over ros

===23 januari 2018===
#Winderickx:Leg uit Adenylylcyclase en cAMP, regulatie enzo...
#Van den Broeck:Hoe zou je een binding assay uitvoeren voor een GPCR. Vergelijk dit met een functional assay. wat zijn voor en nadelen van deze technieken.
#Mizuno:Paper over het structurele verschil tussen STIM1 en STIM2. (Specifiek over de SOAR regio)

===18 januari 2018===
#artikel JW over Bax (apoptosis)
#HM: mechanisms van RTKs uitleggen en een pathway verder uitwerken
#JVB: belangrijkste groepen van neurochemische en endocriene 1st messengers

=== 17 januari 2018 ===
# JVB: paper Venus Tyrosine Kinase
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
# HM: explain store operated CA entry. How is this regulated by PKC?

=== 30 januari 2017 ===
#mondeling Winderinckx: artikel over metacaspases en caspases. Vat het artikel samen en leg uit wat het concept te maken heeft met de intrinsieke en extrinsieke apoptose pathway adhv een schema
#Mizuno: Op welke manier kan de EF-hand en het C2 domein Ca binden en welke signalering?
#VDB: 3 lipid derived signaling compounds uitleggen + synthese + hun signalering

=== 27 januari 2017(vm)===

#JVB: paper "Diverse activation pathways in class A GPCRs converge near the G-protein-coupling region" Maak een samenvatting, leg mondeling uit en dan mag je je nog aan enkele vage vragen verwachten.
#JW: Bcl-2 klasse proteïnen, wat is die BH en leg die proteïnen uit in een schema met andere proteïnen die verwant zijn.
#HM: ROS: hoe wordt dat gemaakt en hoe kan dat proteïnen modificeren?

=== 26 januari 2017(vm)===
#Paper Hideaki:
#* STIM, EF hand en calcium uptake/release uitleggen adhv cursus
#* Contents paper vertellen
#* 2 referenties kiezen die interessant zijn en uitleggen waarom je ze gekozen hebt.
# JW: Schematische weergave intrinsieke en extrinsieke pathway + uitleggen wat de belangrijkste componenten zijn en wat ze doen. Kort het verschil uitleggen tussen apoptose, necrose en necroptose.
#JVB: Uitleggen welke groep first messengers belangrijk zijn binnen neurochemische moleculen. Biosynthese, mode of action en nog iets geven met als voorbeeld de amines.
=== 24 januari 2017(vm)===

#JW: moleculaire genetica van kleurenblindheid, waarom lijden zoveel mensen eraan en waarom vertonen mensen met schijnbaar gelijke genen toch een verschillend fenotype
#HM: paper over Cys oxidatie op RTK door ROS. a) algemene kennis + uit paper: RTK en de oxidatie van Cys door ROS. b) paper kort uitleggen. c) Welke zijn 2 belangrijke referenties en waarom.
#JVB: Hoe stel je een ligand binding assay op voor GPCR en specificeer de verschillende stappen. Vergelijk met een cell-based assay en geef voor elk voor en nadelen.

===18 januari 2017 (nm)===

#JW: Artikel i.v.m. BH3 proteïnen in verband met apoptose en autofagie. Geef de intrinsieke en extrensieke pathway van apoptose schematisch weer en breng in verband.
#HM: Hideaki: Leg uit hoe in een cel de lage concentratie aan Calcium kan worden behouden in het cytosol en hoe dit verandert indien er stimuli zijn.
#JVB: Geef 3 componenten die van lipiden zijn afgeleid, leg de regulatie uit en breng in verband met signaaltransductie.

===22 januari 2016 (nm)===
#JW: Paper over kleurenblindheid
#JVB: Bespreek drie componenten van de insuline signaling pathway
#HM: Bespreek de moleculen die instaan voor de calcium steady state in de cel en bespreek de mechanismen om de calciumconcentratie in de cel te verhogen

===14 januari 2016 (nm)===
#JVD: artikel over LGR4
#JW: intrinsic and extrinsic pathway of apoptosis + kort apoptose, necrose en necroptosis vergelijken
#MH: structuur, functie, klassen van NOS + regulatie van blood flow in bloedvaten

===13 januari 2016 (vm)===
#JVD: Paper over lipid signal s1p
#JW: Vraag over kleurenblindheid, genetische oorzaak en algemene uitleg
#HM: Vraag over RTK zowel transmembraan als membranaire/cytosolisch uitleggen + sh2 uitleggen

===24 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno
#Van den Broek:
##3 ways to study ligand/ GPCR interactions in a cell
## How can you see the difference between agonist, antagonist and reverse agonist
#Winderickx:
## Give the two apoptosis pathways
## Difference between apoptosis, necrosis and necroptosis

===23 januari 2014 vm===
#paper for Mizuno: review Nature 2012 about EGFR (oral examination)
#Vdb: give 3 examples of important lipid compounds of signaling (written)
#Win: explain the genetic mechanisms behind deutan and protan vision defects + explain why so many people suffer from them (written)

===16 jan 2014 nm ===
#Mizuno: Explain the roles of Ca2+ in muscle contraction.
#Winderickx: Give a schematic overview of the biogenesis of small non-coding RNAs. Explain why non-coding RNAs provide an additional layer of gene expression control.
#Vdb: Paper over metabolisme van 20-hydroxyecdyson en Juvenile Hormone III. Make a brief summary and explain orally.

===28 jan 2013 nm ===
#Win: miRNA, RGS, forskolin, ripoptosoom, IAP
#Vdb: Drie componenten bespreken van de insuline groei factor pathway
#De Ley: artikel over histidine fosforylatie

=== 25 jan 2013 ===
#Winderickx: a) Wat zijn miRNA en piRNA? b) Kleurenblinheid is verbonden met verschillende opsines. Verklaar. Geef ook het moleculair genetisch mechanisme van kleurenblindheid.
#Vdb: Artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128055/ GPCR oligomers in pharmacology and signaling]
#De Ley: Calcium: gradiÃ«nten, golven, oscillaties en intracellular stores. Bespreek ook de moleculaire mechanismen van calcium-signalling.

=== 20 jan 2012 ===
#Winderickx: paper over een yeast proteine met een BH3 domein en daar wat onderzoeken over welke invloed dat proteine had op apoptose. Vraag derbij was: leg het belang uit van het BH3 domein en geef de pathway die hiermee te maken heeft.
#Vdb: Geef 3 (main) receptortypes en leg hun structuur uit en hoe ze werken en een voorbeeld ervan.
#De ley: Een of andere figuur met een hoop proteines en pathways en dan moest ge uitleggen wat elk proteine was. Dingen die er op stond een RTK met JAK en STAT's en dan nog een pathway van PI3K en een pathway van Sos enz... Beetje vanalles bijeen dus!

=== 19 jan 2012 ===
#Vdb: geef 3 voorbeelden van adaptors bij RTK om hun belang aan te tonen
#Mdl: laatste hoofdstuk pg 3 eerste slide : geef alle omicsen , leg dat figuurke uit en geef uitleg over datamining
#JW: paper: Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes / Vragen: Verklaar waarom deuteranopen veel vaker voorkomen dan protanopen. Hoe kan je nagaan of een hybride gen zich vooraan of verderop bevindt in de opsine array? Klopt het dat vrouwen beter zien dan mannen + waarom? Hoe kan je verklaren dat bij een ééneiige tweeling, het ene meisje wel en het andere meisje geen kleurenblindheid vertoont?

=== 31 jan 2011 nm ===

# Van den Broeck: Geef het belang van lipid-derived componenten in cell signal transduction mbv 3 voorbeelden uit verschillende synthetische pathways. En bespreek de functionele eigenschappen van deze componenten.
# Robben: Geef de moleculaire mechanismen en downstream effecten van cytoplasmatische Calcium-release
# Winderickx: artikel [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1409688 Selective expression of human X chromosome-linked green opsin genes ]

===28 jan 2011 nm ===

# Winderickx: Apoptosis is belangrijk bij de ontwikkeling en differentiatie. Leg uit. En geef de intrinsieke en extrinsieke pathway schematisch.
# Robben: Artikel over tyrosine fosfatases.
# Vandenbroeck: Leg uit waarom adaptorproteinen belangrijk zijn bij receptor tyrosine kinases. Geef 3 voorbeelden en bespreek.

=== 20 jan 2011 nm ===

# artikel van Vandenbroeck: insuline en Glut4 transporter
# Robben: functies van ligand afhankelijk calcium kanalen bespreken
# Winderickx: GAP, GEF, GoLoco, RGS en AKAP en hun rol in signaal transductie

=== 20 jan 2011 vm ===

# Vandenbroeck: Artikel over [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16123234 gonadotrope receptors]
# Robben: MAPKs, organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Winderickx: regulatie van adenylate cyclase

=== 10 sep 2010 ===

# artikel van Winderickx: [http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2006.11.006 Yeast apoptosis - From genes to pathways]
# Robben: MAPKs: organisatie, regulatie, upstream en downstream gebeurtenissen
# Vandenbroeck: Bespreek 3 componenten van de geconserveerde insuline/IGF signaaltransductie-pathway (hun moleculaire eigenschappen en daarmee samenhangende functies)

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van Vandenbroeck
# robben: NO synthase en functioneren daarvan
# RGS, caspases (intrinsiek en extrinsiek), GoLoco

=== 14 jan 2010 ===

# artikel van robben,
# vandenbroek: experimenten om receptoren te onderzoeken (reporter gene, aequorin, scintillation, ...)
# Jorix: regulatie van cAMP

=== 28 jan 2009 ===
# MDL: Artikel NAADP
# JW: maak vgl tussen apoptose en necrose en geeft schematisch de intrinsieke en extrinsieke pathway weer
# JVdB: Bespreek 3 componenten uit de insuline signalling. (Ik had Insuline, Insuline receptor en IRS-1 en da was in orde)

=== 22 jan 2009 ===

# De Ley: NO en NO synthase(n)
# Winderickx: AKAP, Go Loco, RGS
# VDB: artikel gonadotrope receptor

=== 29 aug 2008 ===

# Vandenbroeck: Artikel: Insulin signalling in growth control in D. Melanogaster (of iets in die aard)
# Winderickx: Bespreek het verschil tussen necrose en apoptose. Bespreek kort de signaalpaden die instaan voor apoptose.
# Deley: Bespreek het verschil tussen Ser/Thr-kinasen en Tyr-kinasen.

=== 24 jan 2008 ===

# MDL: ROS
# JWX: kleurenblindheid, mol. mechanisme
# VDB: artikel p450 and halloween genes en dan nog wat bijvraagskes.

=== 23 jan 2008 ===

# de ley: his fosforylatie
# vandenbroeck: bespreek 3 componenten van insuline pathway
# winderickx: artikel apoptose breng in verband met de cursus

=== 15 jan 2008 ===

# de ley: calcium: gradiënten, golven en osscillaties
# winderinkx: bespreek apoptose versus necrose en geef intrinsic en extrinsic pathway
# vanden broeck: artikel over boss/sevenless pathway in R7 ontwikkeling bij drosophila

=== 15 jan 2008 ===

# De Ley: artikel over phosphohistidines
# Winderickx: Regulatie van G-proteïnes, plus functie van RGS en GoLoco. Geef verschillende klasses G-proteïnen plus hun effector en second messengers.
# Vanden Broeck: Geef 3 functional assays om G-proteïnen te onderzoeken.
# Bijvragen : Leg uit:
#* Sos
#* Prohormoon Convertase
#* Phosphoinositide-3-kinase

Molecular and Develop - mental Animal Physiology

2026-01-16T09:04:30Z

R0946338: R0946338 heeft pagina Molecular and Develop - mental Animal Physiology hernoemd tot Molecular and Developmental Animal Physiology

#DOORVERWIJZING [[Molecular and Developmental Animal Physiology]]

Molecular and Developmental Animal Physiology

2026-01-16T09:04:30Z

R0946338: R0946338 heeft pagina Molecular and Develop - mental Animal Physiology hernoemd tot Molecular and Developmental Animal Physiology

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Developmental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==

===28/06/2023 (Written)===
#Explain briefly: iPSCs, reaction-diffusion mechanism, pair-rule genes, Spemann-Mangold Organizer (2pts)
#Techniques: cell lineage tracing (fate mapping), Cre-Lox system (2pts)
#Wnt canonical signaling + example (3pts)
#Sex determination in drosophila (4pts) (he gives the figure of Sxl protein and flies, fig 6.12 from book, 12th ed 2020).
#Explain and compare all 4 modes of regeneration based on figure (Fig 22.3 from book, 12th ed 2020), give one example for each one (4pts)

===19/06/2021 (Written exam due to COVID-19)===
#Explain briefly (2):
##Cytoneme
##Morphollaxis
##Turing model
##Spemann-Mangold organizer
#Briefly explain following techniques (2):
##ChIP-sequencing
##RNA interference
#Discuss the Delta-Notch signaling pathway and give one example during development (3)
#Discuss how hox genes are crucial during development and why are they important to study in Evo-Dev? (You get the figure with hox genes in fruit fly and mouse). (4)
#Discuss sex determination in fruit flies according to the figure. (You get the figure of female and male sxl, tra, tra2, dsx, fruitless with arrows (you do [[not]] get the figure with alternative splicing)). (4)

===15/06/2020 Afternoon (Written exam due to COVID-19)===
#Explain in one sentence(2):
##blastema
##conditional specification
##gynadromorph
##epiblast
#Techniques(2):
##Gal4-UAS
##ChIP-Seq
#Hedgehog signaling pathway + example (3)
#Function of the "Organizer" (=Spemann organizer) + link this with picture (4)
#Regeneration of flatworms + link this with given picture (cNeoblasts pluripotent - multipotent progenitors dilemma) (4)

===17/06/2019===
##Spemann-Mangold Organizer, nieuwkoop center, apoptosis
# the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2)
# regeneration (amphibia)
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)

===18/06/2018 NM===
#Briefly explain (3)
##Spemann-Mangold Organizer
##Trophoblast
##Epimorphosis
#Discuss the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Sex determination in fruit fly Drosophila melanogaster (4)
#Metamorphosis in amphibians (4)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2).

5 more points on the oral exercise

===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Molecular and Developmental Animal Physiology

2026-01-16T09:03:03Z

R0946338: /* Vakinformatie */

[[Categorie: Mabb]]

== Vakinformatie ==
Molecular and Developmental Animal Physiology

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0G55AE.htm

== Examenvragen ==

===28/06/2023 (Written)===
#Explain briefly: iPSCs, reaction-diffusion mechanism, pair-rule genes, Spemann-Mangold Organizer (2pts)
#Techniques: cell lineage tracing (fate mapping), Cre-Lox system (2pts)
#Wnt canonical signaling + example (3pts)
#Sex determination in drosophila (4pts) (he gives the figure of Sxl protein and flies, fig 6.12 from book, 12th ed 2020).
#Explain and compare all 4 modes of regeneration based on figure (Fig 22.3 from book, 12th ed 2020), give one example for each one (4pts)

===19/06/2021 (Written exam due to COVID-19)===
#Explain briefly (2):
##Cytoneme
##Morphollaxis
##Turing model
##Spemann-Mangold organizer
#Briefly explain following techniques (2):
##ChIP-sequencing
##RNA interference
#Discuss the Delta-Notch signaling pathway and give one example during development (3)
#Discuss how hox genes are crucial during development and why are they important to study in Evo-Dev? (You get the figure with hox genes in fruit fly and mouse). (4)
#Discuss sex determination in fruit flies according to the figure. (You get the figure of female and male sxl, tra, tra2, dsx, fruitless with arrows (you do [[not]] get the figure with alternative splicing)). (4)

===15/06/2020 Afternoon (Written exam due to COVID-19)===
#Explain in one sentence(2):
##blastema
##conditional specification
##gynadromorph
##epiblast
#Techniques(2):
##Gal4-UAS
##ChIP-Seq
#Hedgehog signaling pathway + example (3)
#Function of the "Organizer" (=Spemann organizer) + link this with picture (4)
#Regeneration of flatworms + link this with given picture (cNeoblasts pluripotent - multipotent progenitors dilemma) (4)

===17/06/2019===
##Spemann-Mangold Organizer, nieuwkoop center, apoptosis
# the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2)
# regeneration (amphibia)
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)

===18/06/2018 NM===
#Briefly explain (3)
##Spemann-Mangold Organizer
##Trophoblast
##Epimorphosis
#Discuss the Hippo-pathway and its role in developmental process (2)
#Sex determination in fruit fly Drosophila melanogaster (4)
#Metamorphosis in amphibians (4)
#Explain: RNA interference and in situ hybridization (2).

5 more points on the oral exercise

===23/06/2017 NM===
#Briefly explain
##imaginal disc
##polyphenism
##gynandromorph
#Canonical Wnt pathway and it's role in early amphibian development.
#Role of Hox genes in metazoans
#Sex determination in mammals
#Explain: Morpholinos and micro array.

===23/06/2016 NM===
#Explain
##barr body
##hypoblast
##nieuwkoopcenter
#BMP signaling + example
#DV drosophila
#Compare limb development (tetrapoda) abd limb regeneration (amphibia)
#Explain techniques:
##reproductive cloning
##morfolines (extra question: why use morfolinos and not for example RNAi)

===17/06/2016 NM===
#Briefly explain
##Trophoblast
##Parasegments
##Micropyle
#Hedgehog signaling pathway + example in development
#DV axis in amphibians
#Sex differentiation in Drosophilas
#Briefly explain following technique
##In situ hybridisation
##RNA interference

===25/06/2015 NM===
#Explain:
##Embryonic Shield
##Hypoblast
##Polyfenisme
#Wnt singaling + voorbeeld
#Sex differentiatie bij drosophila
#Hox genen clusters bij metazoa uitleggen en vertellen waarom het belangrijk is in evolutie. Bijvraag: hoe zit dat bij vliegen?
#Technieken:
##conditionele knock-outs
##enhancer trapping

===25/06/2015 VM===
#Explain:
##Barr body
##Histoblast
##Nieuwkoop center
#Hedgehoc signalling pathway + voorbeeld
#Dorso-ventrale ontwikkeling in de vlieg (early development)
#vergelijking limp development met regeneratie bij amfibieën
#technieken:
##reproductive cloning
##Morpholinos

===19/06/2015===
#Explain:
##apoptosis
##miRNA
##micropyle
#What role(s) does DNA methylation have on development? Illustrate with an example.
#Explain 'dosage compensation' in worms, flies and humans.
#Explain the anterior-posterior establishing in Drosophila.
#Explain:
##Transgenic mice
##microarray

===22/06/12===
#Begrippen
##micropyle
##hypoblast
##trophoblast
#Notch signalling pathway
#Sexdeterminatie bij Drosophila
#Metamorfose bij amfibieën
#Techieken:
##microarray
##gel mobility shift assay

===1 juli 2011 VM===
#Explain:
##Barr body
##Epiboly
##Nieuwkoop center
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe digit formation in tetrapods
#Describe the Hedgehog pathway and give an example
#Explain:
##In situ hybridization
##Morpholino oligomers

===24 juni 2011===
#leg kort uit:
##apoptose
##epiblast
##imaginal disc
#BMP signalling pathway + vb uit ontwikkeling
#Hox gene cluster in metazoa bespreken + rol in de evolutie en ontwikkeling uitleggen
#Sex determinatie bij de vlieg
#Volgende technieken uitleggen:
##RNAi
##reproductieve kloning

===juni 2010===
#Briefly explain:
##embryonic shield
##morfogenetic field
#P-granules
#Explain how the AP-axis is established in Drosophila
#Describe proves of digit formation in tetrapods
#Briefly explain the principle of following technical apllications
##Conditional Knock-out
##Enhancer trapping

===19 juni 2010===
#leg kort uit:
##epiboly
##microRNA
#mid-blastula transition
#invloed van omgevingsfactoren op ontwikkeling: leg uit een geef een voorbeeld
#vergelijk de specificatie en patterning van de dorso-ventrale as in fliegen en kikkers
#bespreek sex determination in drosophila melanogaster
#leg volgende technieken uit:
##transgene knock-out muizen
##morpholino oligomeren

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2026-01-12T09:43:45Z

R0946338: /* 12 januari 2026 */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.
https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/2023/syllabi/e/G0F77AE.htm#activetab=doelstellingen_idm2945072

Old course: Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.
Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===12 januari 2026===
Joleen Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestinal inflammation. What components, modules, or genetic circuits did you choose and why? What chassis organism did you use? How do you measure your results?
#Give 3 killswitches

Sammy Pontrelli
#Explain growth-coupled production and why this is desirable for a researcher. Use the example of butanol production that was covered in the lectures. How can redox balance be used? Discuss the concept of balancing pathways and how it impacts growth and production.
#Cell-free CO2 fixating systems can achieve higer yield than natural cell systems, explain why this can be the case. However, it is still difficult to make cell-free systems scalable, why is that?

Sander Govers
#Give different techniques and methods to research chromosome replication. What insights can they give you? (I think elongation run out experiment, fluorescent tagging of the replisome and fluorescent ParB?)
#“Pairwise interspecies interactions are the main driver of bacterial community assembly.” Do you agree with this statement, explain why. (I think not, bacterial community assembly is emergent)

===24 januari 2025===
Govers:
#Elongation run-out experiment uitleggen en wat je ermee kan onderzoeken. En andere techniek geven waarmee je dit ook kan onderzoeken + eventuele voor/nadelen.
#Hoe kun je het ParABS systeem gebruiken DNA (chromosomen en plasmiden) te visualiseren?

Masschelein:
#Noem 4 reporters en geef een voorbeeld voor elke soort.
#Hoe design je een micro-organisme voor detectie van collorectale tumor in de gastrointestinale tract? Welk organisme gebruik je? Wat allemaal nodig? Onderdelen chassis?

Van Dijck:
#PKA in C. albicans heeft 2 requirements. Welke? Hoe zijn deze onderzocht? En waar komen deze samen in de pathway (indien geweten)?
#Wat zijn de methodes om gisten te engineeren? Hoe kan je S. cerevisiae gebruiken om lactate te produceren?

===13 Januari 2025===
Masschelein:
#(Biosynthetic pathway of bafilomycins given). What class of natural product is this? Discuss 5 strategies for how you might engineer this specific pathway.
#Discuss 3 killswitches used in therapeutic microbes.

Van Dijck:
#Two conditions need to be met for full activation of PKA signaling in S. cerevisiae. Which are these? What experiments were conducted to come to this conclusion? At what point in the pathway do these to signals converge?
#You have discovered an essential oil component with excellent antimicrobial properties. How would you go about producing this compound using yeast?

Govers:
#You have to characterize the cell biology of an unknown bacterial species, without access to genetic tools. What properties, characteristics or processes do you target? What techniques do you use to approach this?
#What are the drivers of bacterial community assembly? Which one do you think is most important and why?

===15 Januari 2024 VM (Questions of the new course, 10/20 and rest is on presentation)===
Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components did you choose and why? What bacteria did you use? How do you measure your results? (See example thiosulfate + Lactococcus)
#Give 3 killswitches

Van Dijck:
#Explain the mechanism of when a glucose-deprived cell gets glucose and what are the effects (In S. cerevisiae)
#How did we upregulate the terpene synthesis of artemisinic acid? What are the parameters we have to consider when designing a yeast to produce small molecules? (See last slides chapter terpene production)

Govers:
#ParABS system explanation + extra: is this an example of a self-organizing system (answer is yes!)
#When studying the forming of bacterial communities, is it the best option to start studying the interspecies interaction between 2 individuals? What are the other factors for forming bacterial communities?

===24 Janurari 2020 VM (from here the questions are from the old course)===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms

2026-01-12T09:42:06Z

R0946338: /* Examenvragen */

[[Categorie: Mabb]]
== Vakinformatie==
This course is now Molecular Genetics and Biotechnology of Microorganisms. Only since the year 2023-2024 is there a written exam for this course. The exam consists of 6 questions, 2 of each professor. Masschelein will ask to design a biosensor and ask another open question. Van Dijck will ask about the results (could be molecular mechanism) or ways to improve yield in the research paper, but he will not ask us to explain experiments or graphs. Govers will ask us 2 open questions.
https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/2023/syllabi/e/G0F77AE.htm#activetab=doelstellingen_idm2945072

Old course: Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast
Cellulaire orientatie. Molecular Genetics and Biotechnology of Yeast. Gedoceerd door Prof. Thevelein.
Het examen bestaat uit 8 vragen: 4 hoofdvragen en 4 'bijvragen', bereid je dus voor op gigantisch veel schrijven. Wanneer je niets kan antwoorden op één van de hoofdvragen ben je er hoe dan ook niet door. Gegarandeerd één vraag over het practicum. Alle vragen zijn met mondelinge toelichting: hij leest je voorbereiding en vraagt bij indien nodig.

Maak tekeningen en schema's. Wees beknopt, maar volledig.
Aan het begin van het examen wordt gevraagd of je Nederlandse of Engelse vragen wilt.

ECTS-fiche: https://onderwijsaanbod.kuleuven.be/syllabi/e/G0F77AE.htm

== Examenvragen==
===12 januari 2026===
Joleen Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components, modules, or genetic circuits did you choose and why? What chassis organism did you use? How do you measure your results?
#Give 3 killswitches

Sammy Pontrelli
#Explain growth coupled production and why this is desirable for a researcher. Use the example of butanol production that was covered in the lectures. How can redox balance be used? Talk about balancing pathways and how this affects growth and production.
#Cell-free CO2 fixating systems can achieve higer yield than natural cell systems, explain why this can be the case. However, it is still difficult to make cell-free systems scalable, why is that?

Sander Govers
#Give different techniques and methods to research chromosome replication. What insights can they give you? (I think elongation run out experiment, fluorescent tagging of the replisome and fluorescent ParB?)
#“Pairwise interspecies interactions are the main driver of bacterial community assembly.” Do you agree with this statement, explain why. (I think not, bacterial community assembly is emergent)

===24 januari 2025===
Govers:
#Elongation run-out experiment uitleggen en wat je ermee kan onderzoeken. En andere techniek geven waarmee je dit ook kan onderzoeken + eventuele voor/nadelen.
#Hoe kun je het ParABS systeem gebruiken DNA (chromosomen en plasmiden) te visualiseren?

Masschelein:
#Noem 4 reporters en geef een voorbeeld voor elke soort.
#Hoe design je een micro-organisme voor detectie van collorectale tumor in de gastrointestinale tract? Welk organisme gebruik je? Wat allemaal nodig? Onderdelen chassis?

Van Dijck:
#PKA in C. albicans heeft 2 requirements. Welke? Hoe zijn deze onderzocht? En waar komen deze samen in de pathway (indien geweten)?
#Wat zijn de methodes om gisten te engineeren? Hoe kan je S. cerevisiae gebruiken om lactate te produceren?

===13 Januari 2025===
Masschelein:
#(Biosynthetic pathway of bafilomycins given). What class of natural product is this? Discuss 5 strategies for how you might engineer this specific pathway.
#Discuss 3 killswitches used in therapeutic microbes.

Van Dijck:
#Two conditions need to be met for full activation of PKA signaling in S. cerevisiae. Which are these? What experiments were conducted to come to this conclusion? At what point in the pathway do these to signals converge?
#You have discovered an essential oil component with excellent antimicrobial properties. How would you go about producing this compound using yeast?

Govers:
#You have to characterize the cell biology of an unknown bacterial species, without access to genetic tools. What properties, characteristics or processes do you target? What techniques do you use to approach this?
#What are the drivers of bacterial community assembly? Which one do you think is most important and why?

===15 Januari 2024 VM (Questions of the new course, 10/20 and rest is on presentation)===
Masschelein:
#Design a biosensor to detect intestine inflammation. What components did you choose and why? What bacteria did you use? How do you measure your results? (See example thiosulfate + Lactococcus)
#Give 3 killswitches

Van Dijck:
#Explain the mechanism of when a glucose-deprived cell gets glucose and what are the effects (In S. cerevisiae)
#How did we upregulate the terpene synthesis of artemisinic acid? What are the parameters we have to consider when designing a yeast to produce small molecules? (See last slides chapter terpene production)

Govers:
#ParABS system explanation + extra: is this an example of a self-organizing system (answer is yes!)
#When studying the forming of bacterial communities, is it the best option to start studying the interspecies interaction between 2 individuals? What are the other factors for forming bacterial communities?

===24 Janurari 2020 VM (from here the questions are from the old course)===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Grp1 voor en hoe hebben ze de werking ervan gevonden?
#Geef argumenten die aangeven dat Pho84 een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met lage glycerol productie als voorbeeld.
#practicum: bespreek de belangrijkste stappen om een deletie strain te maken en te verifieren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Hoe komt het dat bio-ethanol productie beter gaat en dus goedkoper is voor suiker riet dan voor graan?
#Er is nog niet helemaal geweten hoe Gap1 en PKA interageren. Stel: Je denkt van een aantal G-proteïnen dat ze werken in de pathway, de sequenties en genen van de G-proteïnen zijn gekend. Hoe ga je te werk om te achterhalen als ze effectief tussen komen in de pathway?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===15 januari 2020 voormiddag===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en met behulp van welke experimenten werd dit opgehelderd?
#Geef argumenten die voor Gap1 aangeven dat het een transceptor is.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld.
#Leg alle stappen van het practicum uit.
Bijvragen:
#Leg uit hoe je AZ residues kan identificeren waarvan de zijketen zich in de bindingsholte of transportweg bevinden.
#Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel?
#cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle activatie van PKA na stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? Geef een mogelijke verklaring.
#Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

===13 januari 2020 namiddag===
Hoofdvragen:
#Geef de regulatie en werking van de Gpr1 suiker receptor + welke experimenten men heeft gedaan om de regulatie te ontrafelen
#Waarom is gist een goed model voor andere eukaryoten?
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
#Bespreek de grote stappen van het practicum
Bijvragen:
#Welke niet getransporteerde agonisten van de nutriënt-sensing pathways hebben we gezien en hoe zijn deze ontdekt? Waarom zijn ze nuttig?
#Welke benaderingen kunnen gebruikt worden om een strain te verbeteren? Geef voor-en nadelen
#Hoe kun je aantonen dat Pho84 een transceptor is? Wat is de rol van glycerol-3-fosfaat hierin?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met antibioticum resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===13 januari 2020 VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek de mechanismen om cAMP te reguleren
#Bespreek technieken en moleculaire instrumenten voor gen modificatie van gist
#Leg uit hoe je bij gist de genetische basis van een complexe eigenschap kan analyseren, lage glycerolproductie als voorbeeld
#Leg alle belangrijke experimentele stappen uit + bevestiging voor GAP1 deletie
Bijvragen:
#Leg uit hoe activatie van Cdc25/Ras door Fru1,6bP werd ontdekt + belang
#Leg uit hoe je AZ residues waarvan de zijketen in de bindingsholte of transportweg uitsteekt werden geïdentificeerd (SCAM)
#Adaptieve evolutie zorgt ervoor dat een gemodificeerde giststam telkens beter xylose fermenteerd. Welke genetische veranderingen kunnen daarvoor verantwoordelijk zijn?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===30 januari 2019===
Hoofdvragen:
#Effect van nutrienten + regulatie van PKA
#Tools voor genetische modificatie
#Hoe bewijs je dat een residue belangrijk is voor signalisatie en transport?
#Practicum

Bijvragen:
#Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen?
#Voor- en nadelen van first en second generation bioethanol production
#...
#Welke mutaties kunnen optreden bij forced adaptive evolution en bespreek de stabiliteit

===25 januari 2019, VM===
Hoofdvragen:
#Bespreek alle mechanismen die cAMP verhogen
#Bespreek de ontdekking van de fysieke interactie tussen nutrient transceptors en eIF2B/eIF2 en de bredere betekenis ervan.
#Bespreek de analyse van een complex kenmerk met ethanol tolerantie als voorbeeld
#Bespreek alle stappen van het practicum

Bijvragen:
#Geef de nieuwe benadering voor het analyseren van QTLs en causatieve genen bij bvb azijnzuur tolerantie en wat zijn de consequenties van deze methode?
#Hoe kunnen nieuwe industriële giststammen gemaakt worden? Bespreek de voor- en nadelen.
#Hoe bepalen dat transport en signaling zelfde bindingsplaats hebben? (antwoord = SCAM) En hoe bepalen dat signaling gebeurt zonder transport? (antwoord = non-transported agonist)
#Dubbele deletie stammen zijn gemakkelijk te maken met twee geneticine resistentie genen en selectie m.b.v. tetrad analysis. Kan je voor alle genen dubbele deleties maken? Welke problemen kunnen zich voordoen?

===14 Januari 2019, NM===
Hoofdvragen:
# Wat is het effect van het metabolisme van glucose op de Ras cAMP PKA pathway?
# Bespreek de analyse van een complex kenmerk zoals ethanol tolerantie.
# Waarom is gist het eerste en belangrijk modelorganisme voor eukaryote celprocessen?
# Bespreek al de stappen van het practicum.

Bijvragen:
# Geef argumenten die voor zowel Pho 84 als GAP1 aangeven dat het transceptors zijn. (dus geef dingen die ze bij zowel gap1 analyse als Pho84 hebben gedaan, bv SCAM, non transporter agonists, etc.)
# Hebben de glucose transporters effect op de glucose signaling pathway in een gist cel.
# Bespreek de voor en nadelen van first en second generation bioethanol production.
# Deletie stammen kan je makkelijk maken met een geneticine resistentie gen, om een dubbele mutant te maken kan dit door de mutatnen te kruisen en in de tetrad analysis te zoeken naar 2 cellen die geneticine resitent zijn en 2 die gevoelig zijn. Kan zo'n dubbele mutant gemaakt worden voor alle genen? wat kan er zoal mislopen?

===20 Augustus 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Welke tools en genetische instrumenten, die gebruikt worden tijdens het onderzoeken van de functie van het gen, kunnen we gebruiken om de activiteit van het proteine te beinvloeden? (interessante zinsconstructie)
# Geef argumenten die bewijzen dat Pho84 een fosfaat transceptor is
# Hoe werd de RAS, glycolytische pathway opgehelderd? Geef de brede relevantie hiervan.
# Bespreek al de stappen van het practicum

Bijvragen:
# Hoe weten we dat cAMP opgenomen kan worden?
# Met welke bendaderende techniekenkunnen we causatieve identificeren voor azijnzuurtolerantie? Welke gevolgen had dit?
# Waarom werd gebruik makende van Y2H-assay geen interactie gevonden tussen Gpa2-Alpha en Gpa2-Beta? Geef alle mogelijke verklaringen.
# Kunnen we voor alle genen een dubbele deletie stam aanmaken? Welke mogelijke problemen kunnen zich voordoen?

===17 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutriënten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van de PKA pathway.
# Practicum
# Geef argumenten waarom Pho84 een fosfaat transceptor is
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken met azijnzuurtolerantie als voorbeeld
Bijvragen:
# Hoe kan aangetoond worden dat gist cAMP kan opnemen
# Waarom is bio ethanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kandamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?

===16 januari 2018, NM===
Hoofdvragen:
# Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn.
# Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
# Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
# Practicum
#* bijvraagje: waarom toch groei op D-histidine medium bij degene zonder GAP1? (= er zit L-proline in)
Bijvragen:
# Geef de collecties die gebruikt worden bij gistonderzoek. Waarbij worden ze gebruikt? (= temperatuursensitieve, GFP...)
# Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
# Welke benaderingen zijn er om minor QTLs te identificeren? (= inteelt, strengere selectie, terug kruisen met ouder...)
# Een wetenschapper wil de endocytotische internalisatie volgen van een transmembraan proteïne. Het gen van dit proteïne is essentieel maar heeft een zwakke expressie. Hoe zou hij dit doen/wat gebruikt hij? (= bv sterke induceerbare promotors, ADH...)

===16 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
# Hoe analyseer je de genetische basis van complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.
Bijvragen
# Hoe weten we dat cAMP wordt opgenomen door de gistcel.
# Waarom is bioethanolproductie uit suikerriet goedkoper.
# Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
# Wat zijn de problemen bij het genereren van dubbele deletielijnen. (dubbele deletie is lethaal, gekoppelde genen kunnen niet recombineren)

===15 januari 2018, VM===
Hoofdvragen:
# Welke mechanismen verhogen cAMP?
# Waarom is Gap1 een aminozuursensor
# Hoe analyseer je complexe eigenschappen vb. azijnzuurtolerantie
# Practicum
Bijvragen
# Kelch repeat bybass pathway
# SCAM analysis
# Superieure stam maken voor 2nd gen bioethanol
# Dubbeldeletie die toch leefbaar is. Hoe komt het? hoe onderzoeken?

===18 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Waarom gist uitgegroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen en geef voorbeeld uit celbiologie waar gist een pionier functie had.
#Bekomen van een industriele belangrijke trait, bv ethanol tolerantie
#Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren

Bijvragen
#Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
#Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
#Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriele giststammen?
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geselecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP.
#* A) wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
#* B) in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
#* C) dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
#* D) in geval van 2 verwante ouders.
#* E) in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype) poolt?
#* F) in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt? Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===16 januari 2017, NM===
Hoofdvragen:
#In welke signaalweg komt Gpa2 voor en hoe werd dit opgehelderd?
#Methode om polygene eigenschappen te ontdekken
#Hoe is aangetoond dat eIF2 en eIF2B interageert met transceptors en wat is de bredere betekenis hiervan?
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Hoe is ontdekt en aangetoond dat glycerol-3P een non-transported agonist is voor Pho84?
#Hoe werd een betere azijnzuurtolerante streng bekomen?
#Welke problemen zijn er bij het verbeteren van industriële giststammen?
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===16 januari 2017, VM===
Hoofdvragen:
#Leg uit op welke verschillende manieren gistcellen genetisch kunnen gemodificeerd worden voor het onderzoek op gist als modelsysteem voor eukaryote cel.
#Bespreek de verschillende argumenten dat Pho84 een fosfaat transceptor zou kunnen zijn.
#Bespreek de ontdekking van het mechanisme waarlangs suikerafbraak in de glycolyse de Ras proteïnen activeert en de brede relevantie hiervan.
#Practicum: Leg de voornaamste experimentele stappen uit om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiëren.

Bijvragen:
#Leg uit hoe de Kelch repeat protein bypass signaalweg van adenylate cyclase bij gist werd ontdekt en opgehelderd.
#Op welke manier werden QTLs en hun causatieve genen gevonden die verantwoordelijk zijn voor verlaagde glycerolproductie?
#Leg uit hoe je in een receptor of transporter aminozuurresidu's kunt identificeren waarvan zijketen in de bindingsholte van het ligand of in transportweg van het substraat uitsteekt.
#Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===12 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Gpr1, functies, regulatie en hoe ontdekt
#Sul 1 en 2, hoe bepaald dat dit sensoren kunnen zijn
#Moleculaire technieken en methoden voor modificatie van gist
#Practicum: beschrijf alle stappen qua principes

Bijvragen
#Leg de experimenten uit waarmee de krh1 bypass pathway ontdekd wert
#Hoe werd de een betere azinzuur tolerante streng bekomen (methodologie + QTL principe)
#Hoe werd een betere xylose fermenterende stam bekomen (methodologie)
#Een wetenschapper brengt een dubbeldeletie aan in een essentieel gen, toch overleeft de streng. Kan dit, of is er iets misgegaan, of het gen niet echt essentieel, ...

===11 januari 2016===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist waarbij cAMP verhoogd wordt.
#Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn.
#Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen.
#Practicum uitleggen

Kleine vragen:
#Hoe ze QTL's gevonden hebben bij de gist met lage glycerol productie.
#Benaderingen voor het maken van een industriÃ«le giststam + voor- en nadelen ervan.
#Hoe de FGM pathway als concept is ontstaan.
#Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan dit voor alle genen in het gistgenoom? Welke problemen kunnen zich voordoen?

=== 28 jan 2015 nm===
Hoofdvragen:
# Leg uit welke verschillende technieken en tools er zijn voor de genetische modificatie van gist
# Geef verschillende argumenten waarom Gap1 een aminozuur sensor zou kunnen zijn
# Hoe werd de Kelch bypass pathway ontdekt en opgehelderd?
# Practicum: geef de voornaamste stappen om de Gap1 deletiestam te genereren en verifiÃ«ren

Bijvragen:
# Leg transport, metabolisme en sensing van sucrose in gist uit
# Welke problemen bestaan er bij de genetische verbetering van industriÃ«le giststammen?
# Met welke methodologieÃ«n hebben we een industriÃ«le giststam kunnen bekomen voor 2e generatie bioethanol productie met een hoge performantie?
# Wanneer bij Pooled Segregant WGS analysis de SNP variant frequentie van de pool van geslecteerde segreganten wordt uitgezet tegen de chromosomale positie van de SNP
## wat is dan het algemeen beeld dat wordt bekomen in geval van 2 onverwante ouders?
## in geval van een segregant die teruggekruist wordt met 1 van zijn ouders?
## dezelfde segregant die wordt teruggekruist met de andere ouder?
## in geval van 2 verwante ouders
## in geval je onverwante ouders hebt en de slechtste segreganten (met het zwakste fenotype)poolt?
## in geval van onverwante ouders en je alle segregaten poolt?
:: Maak voor elk geval een duidelijke tekening met het verwachte resultaat.

===jan 2015===
Hoofdvragen:
# genetische modificatie van gist
# cAMP regulatie waarbij cAMP verhoogd wordt
# Pooled Segregant Whole Genome Analysis
# Practicum uitleggen
Bijvragen:
# scam analysis
# hoe ze die stam voor 2nd generation bio-ethanol gevonden hebben
# een vraag over dubbeldeleties met behulp van tetrad analysis, en bij welke genen dat een probleem kan opleveren
# begrip transceptor uitleggen en het belang van moleculen te vinden die niet getransporteerd worden maar wel sensen + van elke een voorbeeld geven (voor stikstof, fosfor en sulfaat)

=== 12 jan 2015 vm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteïne te achterhalen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.
Bijvragen:
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken
# Waarom is bioetchanol uit rietsuiker goedkoper dan uit tarwe?
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken?
# met tekeningen van SNP frequentie tov chromosoompositie moesten aangeven hoe dat eruit zou zien voor verschillende situaties (dus voor bijvoorbeeld twee verwante ouders, twee niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor niet verwante ouders, een geselecteerde pool voor een terugkruising met een ouder, een geselecteerde pool voor terugkruising met de andere ouder etc)

=== 13 jan 2014 nm===
Hoofdvragen:
#Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
#Geef de manieren om gist genetisch te manipuleren.
#Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken.
#Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
#Hoe is de FGM pathway als concept ontstaan?
#Leg uit hoe men heeft ontdekt wat de rol van PHO84 is in de PKA pathway.
#Geef de methodes en technieken om een superieure giststam voor tweede generatie bioethanol-productie te ontwikkelen.
#Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 30 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef de link tussen de aard van nutrienten en de PKA signaalweg. Geef ook de regulatie van dezen. (maw geef de link tussen suikers, N-houdende, P-houdende en S-houdende stoffen en PKA)
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken (Pooled Segregant Whole Genome Analysis)
# Practicum: Bespreek hoe we de deletiestam gegenereerd hebben en hoe we dit geverifieerd hebben.

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriÃ«le giststammen.
# Twee enkelvoudige deletiestammen (substitutie met Kanamycine resistentie) worden gekruist om dubbeldeletiestammen te maken. Kan die voor alle genen? Welke problemen kunnen zich voordoen?
# ...

=== 14 jan 2013 nm===
Hoofdvragen:
# Geef alle regulatie mechanismen van cAMP synthese in gist
# Bespreek de verschillende manieren waarop gist genetisch gemanipuleerd kan worden
# Geef argumenten die bewijzen dat SUL1 en SUL2 sulfaatsensors zijn

Bijvragen:
# Met welke techniek kan je bindingsresidu's in transceptors onderzoeken? (SCAM)
# cAMP deficiente cellen vertonen geen snelle stikstof activatie desondanks cAMP geen secundaire messenger is? (similair mechanisme als by pass pathway)
# ...
# Hoe Gap1 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?

=== 17 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?
# Methoden om functie van een proteÃ¯ne te achterhalen.
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway

Bijvragen:
# Methoden om industriÃ«le giststammen te verbeteren. Voor- en nadelen van de methoden.
# Welke problemen kunnen er optreden bij het ontwikkeling van verbeterde industriële giststammen.
# Welke glucose transporters zijn er en wat is hun rol in de cAMP-PKA pathway (ofoziets)?
# Geen snelle stikstof activatie van PKA in cAMP deficiente cellen, cAMP is toch geen 2nd boodschapper. Verklaar.

=== 16 jan 2012 vm===
Hoofdvragen:
# Regulatie en werking van Gpr1 receptor en experimenten gebruikt om dit op te helderen.
# Waarom gist uitgeroeid is tot een belangrijk modelorganisme voor eukaryote cellen
# Manier beschrijven om genetische achtergrond van complexe eigenschappen te onderzoeken

Bijvragen:
# Argumenten die aantonen dat Pho84 en Gap1 transceptors zijn en die voor beiden geldig zijn
# Manieren om industriele giststammen te verbeteren en hun voor en nadelen geven
# Verschillende plasmiden voor gist uitleggen en hoe ze gebruikt worden voor genenbanken en andere toepassingen
# Iets van een wetenschapper die 2 deleties van eenzelfde gen wil aanbrengen in een natuurlijke diploïde gist. Hij gebruikt hiervoor 2 verschillende antibioticumresistentiemerkers. Volgens de gist database is het gen dat hij deleteert essentieel maar hij bekomt toch een leefbare gist. Wat kan er verkeerd gegaan zijn? Hoe kan hij aantonen dat het toch juist gegaan is? Hoe kan aantonen dat het gen toch essentieel is indien er geen invloed zou zijn van de genetische achtergrond van de gebruikte gist (supressor mutatie aanwezig)?

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# Leg uit waarom gist uitgegeroeid is tot zo een belangrijk modelorganisme
# Hoe kan je cAMP verhogen in de cel en dit regelen.
# Hoe kan je de zijketen van AZ detecteren van receptor in bindingsplaats ( SCAM)

Bijvragen:
# Verschillende argumenten voor bestaan van bypass pathway
# Geef de problemen voor er de ontwikkeling van de verbeterde industriële giststammen
# Welke gist plasmiden zijn er en wat zijn hun doeleinden?
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop glucose gesensed kan worden in een cel en geef experimenten om dit te testen

=== 11 jan 2010===
Hoofdvragen:
# genetische manipulatie van gist
# structuur en functie van de cAMP-PKA pathway
# wat zijn de argumenten om aan te nemen dat Gap1 een aminozuursensor is?

Bijvragen:
# de rol van Pho84 als fosfaatsensor voor activatie van de PKA pathway
# de moeilijkheden bij het verbeteren van industriële giststammen
# Gap1 met korte C-terminale trunkatie veroorzaakt overactivatie van PKA. Hoe zou je dit allel gebruiken om de stroomafwaartse signaalweg te onderzoeken
# Wat zijn alle theoretische manieren waarop een cel sulfaat kan sensen voor de activatie van een signaalweg? Geef voor elke mogelijkheid een experiment om dit aan te tonen.

=== 19 jan 2009 ===
Hoofdvragen:
# Bespreek waarom gist uitgegroeid is tot het belangrijkste modelorganisme voor het bestuderen van het moleculair functioneren van eukaryote cellen (of zoiets).
# Bespreek alle argumenten die aantonen dat Gap1 een aminozuur sensor is.
# Deze vraag was heel raar geformuleerd vind ik, maar het kwam er op neer dat je alle proteinen moest geven die het cAMP level in de cel kunnen doen stijgen.

Bijvragen:
# Wat heeft aanleiding gegeven tot het concept van de 'fermentable growth medium' induced pathway.
# Bespreek transport, metabolisme en sensing van sucrose.
# De glucose geïnduceerde cAMP stijging treedt enkel op wanneer glucose wordt toegediend aan glucose gederepresseerde cellen. Zoek en bespreek zoveel mogelijke oorzaken hiervan en geef aan met de uitgevoerde experimenten.
# Het depriveren van Pi geeft aanleiding tot de expressie van een gesecreteerd fosfatase. Geef aan hoe je het werkingsmechanisme systematisch zou onderzoeken.

=== 12 jan 2009 nm ===

Hoofdvragen:

# Bespreek de redenen waarom gist is geÃ«volueerd tot het belangrijkste modelsysteem voor het moleculair functioneren van de eukaryoten (ofziets).
# Bespreek de techniek die je in staat stelt om aminozuurresidu's wiens R-groep doorheen de transportweg van een substraat steekt bij een transporter/receptor (iets in die aard in ieder geval, antwoord was SCAM)
# Bespreek aminozuursensing door Gap1

Bijvragen:
# Geef argumenten voor het bestaan van een bypass pathway van adenylaat cyclase
# Welke plasmiden bestaan er voor gist en hoe worden deze gebruikt voor genenbanken en andere toepassingen.
# Hoe Pho84 aan de PKA pathway gelinked is, is niet helemaal geweten. Stel dat er een deel G-proteïne achtige eiwitten gevonden worden, die mogelijk tussenkomen en wiens gen gekend is. Hoe zou je dit onderzoeken?
# In zoogdiercellen is opgemerkt dat het toevoegen van leucine lijdt tot de inductie van een leucine carrier. Hoe zou je dit werkingsmechanisme schematisch onderzoeken?

=== 12 jan 2009 vm ===

Hoofdvragen:

# levenscyclus van gist en implicaties voor genetica
# structuur en functie cAMP-PKA weg
# fosfaatsensing via Pho84 transceptor

Bijvragen:

# AMTEM en de uitdagingen van de technologie
# Aquaporines en rol in vriestolerantie
# Geef alle theoretische mogelijkheden waarop een cel glucose kan sensen en experimenten om dit aan te tonen
# Gap 1 met C terminale truncaties activeert constitutief PKA. Geef een mogelijke pathway en experimenten om je theorie te bewijzen

Bio-Organische Chemie

2023-06-20T10:31:08Z

R0946338: /* 8 juni 2023 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

==Examenvragen==

===8 juni 2023===
#4 structuren: propeen, ethyleen pyrrool?, styreen , benzeen met etheen op en methoxy groep op. elektrofiele additie met waterstofbromide.
##Geef het reactiemechanisme van propeen
##Rangschik de reactiviteit van de verschillende structuren, maak gebruik van substituenteffecten en teken grensstructuren
##geef de IUPAC-naam van structuur a, b, c en schrijf alle reactieproducten uit
#Gegeven: D-glucose in de verschillende vormen: beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucofuranose en alfa-D-glucofuranose en het voorkomen ervan in percentages
##Waarom komen de furanose vormen zo weinig voor?
##Waarom komt het beta-anomeer meer voor dan het alfa-anomeer?
##hoe komt het dat het alfa-anomeer dan toch nog voorkomt?
##Vergelijk dit nu met D-mannose, maak een voorspelling van hoe de verschillende vormen zullen voorkomen?
#Aminozuren:
##Waarom heeft de R-groep van asparagine geen basische eigenschappen (asparagine heeft geen pKr)
##We willen tyrosine en asparagine scheiden met behulp van elektroforese bij pH = 9,0. Schrijf voor beide aminozuren de verschillende vormen uit en verklaar welke vorm bij deze pH voor zal komen. Waar zullen de aminozuren zich bevinden: anode, kathode, tussenin
#Gegeven: benzeenring met broomsubstituent en -C2H5 substituent. Bij het bereiden hiervan moet je...
##...eerst bromeren?
##...eerst aklyleren?
##...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst bromeert gaat de reactie langzamer
##...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst alkyleert gaat de reactie langzamer
#Gegeven: een structuur met 2 chirale koolstoffen (ook een amidegroep op 1 einde, en een chloor groep)
##teken de fisherprojectie van ALLE stereo-isomeren, geef ook de stabielste newman-projectie
##Bepaal van elke chirale C de R,S-configuratie en geef de prioriteiten weer
##Wat is het OG van de C met de amide groep
##Welk van de stereo-isomeren zijn ook diastereo-isomeren, verklaar deze term
##Duid aan waar een nucleofiele substitutie zou kunnen plaatsvinden, verklaar ook waarom
#Reactie mechanismen zoals aangegeven op stramien

=== 3 september 2022 ===
# 4 moleculen met dubbele binding gegeven, sommige met substituenten
## Reactiemechanisme voor molecule A uitschrijven (CH2=CH-CH2-CH3)
## Rangschikken volgens reactiviteit in een reactie met HBr en argumenteren met substituenteffecten en grensstructuren
## Reactieproducten voor alle 4 opschrijven en 2 ervan benoemen met IUPAC naam
# gegeven: glucose in openketenvorm, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucofuranose en beta-D-glucofuranose met percentages van hoe vaak ze voorkomen
## waarom komt de furanosevorm zo weinig voor
## waarom komt de betavorm meer voor dan de alfavorm
## waarom komt ondanks vraag b de alfavorm toch nog zo vaak voor
## maak zelf een voorspelling voor de percentages van voorkomen voor alle vormen van D-mannose
# teken 2-amino-2,3,4-trimethyl-3-hexaanthiol
## hoeveel stereo-isomeren zijn er?
## teken van alle stereo-isomeren de fischer projectie en meest stabiele conformatie in de newman projectie over C3-C4 as, duid chirale centra aan
## bepaal voor alle chirale centra de absolute configuratie
## is het een primair, secundair of tertiair amine? En dezelfde vraag voor thiol?
## bepaal de oxidatietrap van C2
# 5 namen van moleculen gegeven, welke kunnen het reactieproduct zijn van een aldolcondensatie? Voor degenen die niet kunnen: leg uit in 1 zin waarom niet. Voor degenen die wel kunnen: geef de beginproducten.
# reactiemechanismen
## vul onderstaande reactiesequentie aan: alkaan met -OH —> alkeen —> ? (boven de eerste pijl stond ook een vraagteken en boven de tweede pijl +Cl2)
## schrijf reactiemechanisme uit: benzeenring met -OCH3 substituent reageert met HNO3 en H2SO4
# aminozuren
## bepaal voor een titratie van 100 mL 0,1M isoleucine de pH bij toevoeging van 150mL en 200mL NaOH
## waarom is de pKa van glutamine lager dan van isoleucine
## teken beide aminozuren uit

=== 25 juni 2022 ===
# 4 moleculen gegeven die reageren volgens reactietype E1 ter vorming van HCl : twee chlooralkanen met benzeenring en twee zonder, een van de twee met benzeenring had methoxy-groep op de benzeenring
## Geef reactiemechanisme voor een van de twee chlooralkanen zonder benzeenring
## Rangschik volgens stijgende reactiviteit en beargumenteer met substituenteffecten. Geef grensstructuren indien relevant.
## ...
# Geef het reactiemechanisme en vergelijk onderling, beredeneer ook voor de basische hydrolyses of het gaat om een mono- of bimoleculair proces:
### hydrolyse van een carbonzuurester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in zuur milieu
## Bespreek kort het verschil in reactiviteit van mono-, di-, en tri-alkylfosfaatesters bij hydrolyse in basisch milieu
## In de glycolyse komt energie vrij bij het hysrolyseren van het acylfosfaat 1,3-difosfoglycerinezuur dat wordt gebruikt om ADP om te zetten in ADP. Voor de vorming van acetyl-CoA uit acetylfosfaat (ook een acylfosfaat) is ATP nodig. Bespreek kort deze schijnbare tegenstrijdigheid.
# Stereochemie
## Geef de Haworthprojectie van beta-L-arabinopyranose
## Geef de absolute configuratie van C2 en C4 en duid nummering aan
## Wat zijn de oxidatietrappen van C1 en C3?
## Geef de (stabielste) Newmanprojectie van het conformeer volgens de C3-C4 as
## Hoeveel 1,3-diaxiale repulsies komen ervoor in dit molecule? Maak een tekening die dit duidelijk weergeeft
# Aminozuren
## Onder welke vormen komen glutaminezuur en tryptofaan voornamelijk voor bij pH = 6,00?
## Waar bevinden de AZ zich na elektroforese bij deze pH? Aan de anode, kathode of ertussen?
## Waarom is de zijketen van tryptofaan niet basisch?
# Verloopt de substitutie van propaanzuur naar methylpropanoaat het best in zuur of in basisch milieu? Of kan beide? Verklaar grondig en teken het bijbehorende reactiemechanisme.
# Vraag over reactiemechanismen zoals aangegeven op het stramien.

=== 9 juni 2022 ===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Bio-Organische Chemie

2023-06-20T10:29:50Z

R0946338: /* 8 juni 2023 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

==Examenvragen==

===8 juni 2023===
#4 structuren: propeen, ethyleen pyrrool?, styreen , benzeen met etheen op en methoxy groep op. elektrofiele additie met waterstofbromide.
##Geef het reactiemechanisme van propeen
##Rangschik de reactiviteit van de verschillende structuren, maak gebruik van substituenteffecten en teken grensstructuren
##geef de IUPAC-naam van structuur a, b, c en schrijf alle reactieproducten uit
#Gegeven: D-glucose in de verschillende vormen: beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucofuranose en alfa-D-glucofuranose en het voorkomen ervan in percentages
##Waarom komen de furanose vormen zo weinig voor?
##Waarom komt het beta-anomeer meer voor dan het alfa-anomeer?
##hoe komt het dat het alfa-anomeer dan toch nog voorkomt?
##Vergelijk dit nu met D-mannose, maak een voorspelling van hoe de verschillende vormen zullen voorkomen?
#Aminozuren:
##Waarom heeft de R-groep van asparagine geen basische eigenschappen (asparagine heeft geen pKr)
##We willen tyrosine en asparagine scheiden met behulp van elektroforese bij pH = 9,0. Schrijf voor beide aminozuren de verschillende
vormen uit en verklaar welke vorm bij deze pH voor zal komen. Waar zullen de aminozuren zich bevinden: anode, kathode, tussenin
#Gegeven: benzeenring met broomsubstituent en -C2H5 substituent. Bij het bereiden hiervan moet je...
##...eerst bromeren?
##...eerst aklyleren?
##...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst bromeert gaat de reactie langzamer
##...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst alkyleert gaat de reactie langzamer
#Gegeven: een structuur met 2 chirale koolstoffen (ook een amidegroep op 1 einde, en een chloor groep)
##teken de fisherprojectie van ALLE stereo-isomeren, geef ook de stabielste newman-projectie
##Bepaal van elke chirale C de R,S-configuratie en geef de prioriteiten weer
##Wat is het OG van de C met de amide groep
##Welk van de stereo-isomeren zijn ook diastereo-isomeren, verklaar deze term
##Duid aan waar een nucleofiele substitutie zou kunnen plaatsvinden, verklaar ook waarom
#Reactie mechanismen zoals aangegeven op stramien

=== 3 september 2022 ===
# 4 moleculen met dubbele binding gegeven, sommige met substituenten
## Reactiemechanisme voor molecule A uitschrijven (CH2=CH-CH2-CH3)
## Rangschikken volgens reactiviteit in een reactie met HBr en argumenteren met substituenteffecten en grensstructuren
## Reactieproducten voor alle 4 opschrijven en 2 ervan benoemen met IUPAC naam
# gegeven: glucose in openketenvorm, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucofuranose en beta-D-glucofuranose met percentages van hoe vaak ze voorkomen
## waarom komt de furanosevorm zo weinig voor
## waarom komt de betavorm meer voor dan de alfavorm
## waarom komt ondanks vraag b de alfavorm toch nog zo vaak voor
## maak zelf een voorspelling voor de percentages van voorkomen voor alle vormen van D-mannose
# teken 2-amino-2,3,4-trimethyl-3-hexaanthiol
## hoeveel stereo-isomeren zijn er?
## teken van alle stereo-isomeren de fischer projectie en meest stabiele conformatie in de newman projectie over C3-C4 as, duid chirale centra aan
## bepaal voor alle chirale centra de absolute configuratie
## is het een primair, secundair of tertiair amine? En dezelfde vraag voor thiol?
## bepaal de oxidatietrap van C2
# 5 namen van moleculen gegeven, welke kunnen het reactieproduct zijn van een aldolcondensatie? Voor degenen die niet kunnen: leg uit in 1 zin waarom niet. Voor degenen die wel kunnen: geef de beginproducten.
# reactiemechanismen
## vul onderstaande reactiesequentie aan: alkaan met -OH —> alkeen —> ? (boven de eerste pijl stond ook een vraagteken en boven de tweede pijl +Cl2)
## schrijf reactiemechanisme uit: benzeenring met -OCH3 substituent reageert met HNO3 en H2SO4
# aminozuren
## bepaal voor een titratie van 100 mL 0,1M isoleucine de pH bij toevoeging van 150mL en 200mL NaOH
## waarom is de pKa van glutamine lager dan van isoleucine
## teken beide aminozuren uit

=== 25 juni 2022 ===
# 4 moleculen gegeven die reageren volgens reactietype E1 ter vorming van HCl : twee chlooralkanen met benzeenring en twee zonder, een van de twee met benzeenring had methoxy-groep op de benzeenring
## Geef reactiemechanisme voor een van de twee chlooralkanen zonder benzeenring
## Rangschik volgens stijgende reactiviteit en beargumenteer met substituenteffecten. Geef grensstructuren indien relevant.
## ...
# Geef het reactiemechanisme en vergelijk onderling, beredeneer ook voor de basische hydrolyses of het gaat om een mono- of bimoleculair proces:
### hydrolyse van een carbonzuurester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in zuur milieu
## Bespreek kort het verschil in reactiviteit van mono-, di-, en tri-alkylfosfaatesters bij hydrolyse in basisch milieu
## In de glycolyse komt energie vrij bij het hysrolyseren van het acylfosfaat 1,3-difosfoglycerinezuur dat wordt gebruikt om ADP om te zetten in ADP. Voor de vorming van acetyl-CoA uit acetylfosfaat (ook een acylfosfaat) is ATP nodig. Bespreek kort deze schijnbare tegenstrijdigheid.
# Stereochemie
## Geef de Haworthprojectie van beta-L-arabinopyranose
## Geef de absolute configuratie van C2 en C4 en duid nummering aan
## Wat zijn de oxidatietrappen van C1 en C3?
## Geef de (stabielste) Newmanprojectie van het conformeer volgens de C3-C4 as
## Hoeveel 1,3-diaxiale repulsies komen ervoor in dit molecule? Maak een tekening die dit duidelijk weergeeft
# Aminozuren
## Onder welke vormen komen glutaminezuur en tryptofaan voornamelijk voor bij pH = 6,00?
## Waar bevinden de AZ zich na elektroforese bij deze pH? Aan de anode, kathode of ertussen?
## Waarom is de zijketen van tryptofaan niet basisch?
# Verloopt de substitutie van propaanzuur naar methylpropanoaat het best in zuur of in basisch milieu? Of kan beide? Verklaar grondig en teken het bijbehorende reactiemechanisme.
# Vraag over reactiemechanismen zoals aangegeven op het stramien.

=== 9 juni 2022 ===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Bio-Organische Chemie

2023-06-20T10:28:11Z

R0946338: /* 8 juni 2023 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

==Examenvragen==

===8 juni 2023===
#4 structuren: propeen, ethyleen pyrrool?, styreen , benzeen met etheen op en methoxy groep op. elektrofiele additie met waterstofbromide.
#Geef het reactiemechanisme van propeen
#Rangschik de reactiviteit van de verschillende structuren, maak gebruik van substituenteffecten en teken grensstructuren
#geef de IUPAC-naam van structuur a, b, c en schrijf alle reactieproducten uit
#Gegeven: D-glucose in de verschillende vormen: beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucofuranose en alfa-D-glucofuranose en het voorkomen ervan in percentages
#Waarom komen de furanose vormen zo weinig voor?
#Waarom komt het beta-anomeer meer voor dan het alfa-anomeer?
#hoe komt het dat het alfa-anomeer dan toch nog voorkomt?
#Vergelijk dit nu met D-mannose, maak een voorspelling van hoe de verschillende vormen zullen voorkomen?
#Aminozuren:
#Waarom heeft de R-groep van asparagine geen basische eigenschappen (asparagine heeft geen pKr)
#We willen tyrosine en asparagine scheiden met behulp van elektroforese bij pH = 9,0. Schrijf voor beide aminozuren de verschillende vormen
uit en verklaar welke vorm bij deze pH voor zal komen. Waar zullen de aminozuren zich bevinden: anode, kathode, tussenin
#Gegeven: benzeenring met broomsubstituent en -C2H5 substituent. Bij het bereiden hiervan moet je...
#...eerst bromeren?
#...eerst aklyleren?
#...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst bromeert gaat de reactie langzamer
#...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst alkyleert gaat de reactie langzamer
#Gegeven: een structuur met 2 chirale koolstoffen (ook een amidegroep op 1 einde, en een chloor groep)
#teken de fisherprojectie van ALLE stereo-isomeren, geef ook de stabielste newman-projectie
#Bepaal van elke chirale C de R,S-configuratie en geef de prioriteiten weer
#Wat is het OG van de C met de amide groep
#Welk van de stereo-isomeren zijn ook diastereo-isomeren, verklaar deze term
#Duid aan waar een nucleofiele substitutie zou kunnen plaatsvinden, verklaar ook waarom
#Reactie mechanismen zoals aangegeven op stramien

=== 3 september 2022 ===
# 4 moleculen met dubbele binding gegeven, sommige met substituenten
## Reactiemechanisme voor molecule A uitschrijven (CH2=CH-CH2-CH3)
## Rangschikken volgens reactiviteit in een reactie met HBr en argumenteren met substituenteffecten en grensstructuren
## Reactieproducten voor alle 4 opschrijven en 2 ervan benoemen met IUPAC naam
# gegeven: glucose in openketenvorm, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucofuranose en beta-D-glucofuranose met percentages van hoe vaak ze voorkomen
## waarom komt de furanosevorm zo weinig voor
## waarom komt de betavorm meer voor dan de alfavorm
## waarom komt ondanks vraag b de alfavorm toch nog zo vaak voor
## maak zelf een voorspelling voor de percentages van voorkomen voor alle vormen van D-mannose
# teken 2-amino-2,3,4-trimethyl-3-hexaanthiol
## hoeveel stereo-isomeren zijn er?
## teken van alle stereo-isomeren de fischer projectie en meest stabiele conformatie in de newman projectie over C3-C4 as, duid chirale centra aan
## bepaal voor alle chirale centra de absolute configuratie
## is het een primair, secundair of tertiair amine? En dezelfde vraag voor thiol?
## bepaal de oxidatietrap van C2
# 5 namen van moleculen gegeven, welke kunnen het reactieproduct zijn van een aldolcondensatie? Voor degenen die niet kunnen: leg uit in 1 zin waarom niet. Voor degenen die wel kunnen: geef de beginproducten.
# reactiemechanismen
## vul onderstaande reactiesequentie aan: alkaan met -OH —> alkeen —> ? (boven de eerste pijl stond ook een vraagteken en boven de tweede pijl +Cl2)
## schrijf reactiemechanisme uit: benzeenring met -OCH3 substituent reageert met HNO3 en H2SO4
# aminozuren
## bepaal voor een titratie van 100 mL 0,1M isoleucine de pH bij toevoeging van 150mL en 200mL NaOH
## waarom is de pKa van glutamine lager dan van isoleucine
## teken beide aminozuren uit

=== 25 juni 2022 ===
# 4 moleculen gegeven die reageren volgens reactietype E1 ter vorming van HCl : twee chlooralkanen met benzeenring en twee zonder, een van de twee met benzeenring had methoxy-groep op de benzeenring
## Geef reactiemechanisme voor een van de twee chlooralkanen zonder benzeenring
## Rangschik volgens stijgende reactiviteit en beargumenteer met substituenteffecten. Geef grensstructuren indien relevant.
## ...
# Geef het reactiemechanisme en vergelijk onderling, beredeneer ook voor de basische hydrolyses of het gaat om een mono- of bimoleculair proces:
### hydrolyse van een carbonzuurester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in zuur milieu
## Bespreek kort het verschil in reactiviteit van mono-, di-, en tri-alkylfosfaatesters bij hydrolyse in basisch milieu
## In de glycolyse komt energie vrij bij het hysrolyseren van het acylfosfaat 1,3-difosfoglycerinezuur dat wordt gebruikt om ADP om te zetten in ADP. Voor de vorming van acetyl-CoA uit acetylfosfaat (ook een acylfosfaat) is ATP nodig. Bespreek kort deze schijnbare tegenstrijdigheid.
# Stereochemie
## Geef de Haworthprojectie van beta-L-arabinopyranose
## Geef de absolute configuratie van C2 en C4 en duid nummering aan
## Wat zijn de oxidatietrappen van C1 en C3?
## Geef de (stabielste) Newmanprojectie van het conformeer volgens de C3-C4 as
## Hoeveel 1,3-diaxiale repulsies komen ervoor in dit molecule? Maak een tekening die dit duidelijk weergeeft
# Aminozuren
## Onder welke vormen komen glutaminezuur en tryptofaan voornamelijk voor bij pH = 6,00?
## Waar bevinden de AZ zich na elektroforese bij deze pH? Aan de anode, kathode of ertussen?
## Waarom is de zijketen van tryptofaan niet basisch?
# Verloopt de substitutie van propaanzuur naar methylpropanoaat het best in zuur of in basisch milieu? Of kan beide? Verklaar grondig en teken het bijbehorende reactiemechanisme.
# Vraag over reactiemechanismen zoals aangegeven op het stramien.

=== 9 juni 2022 ===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Bio-Organische Chemie

2023-06-20T10:26:59Z

R0946338:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]
==Vakinformatie==
Basisvak organische chemie voor eerstejaars chemie, biochemie en biologie.
Gedoceerd door Professor Luc van Meervelt.
Het examen volgt al jaren dezelfde structuur.
Sinds 2017 wordt dit vak gegeven door professor Mario Smet.
Het examen duurt 3 uur.

==Examenvragen==

===8 juni 2023===
#4 structuren: propeen, ethyleen pyrrool?, styreen , benzeen met etheen op en methoxy groep op. elektrofiele additie met waterstofbromide.
-Geef het reactiemechanisme van propeen
-Rangschik de reactiviteit van de verschillende structuren, maak gebruik van substituenteffecten en teken grensstructuren
-geef de IUPAC-naam van structuur a, b, c en schrijf alle reactieproducten uit
#Gegeven: D-glucose in de verschillende vormen: beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucofuranose en alfa-D-glucofuranose en het voorkomen ervan in percentages
-Waarom komen de furanose vormen zo weinig voor?
-Waarom komt het beta-anomeer meer voor dan het alfa-anomeer?
-hoe komt het dat het alfa-anomeer dan toch nog voorkomt?
-Vergelijk dit nu met D-mannose, maak een voorspelling van hoe de verschillende vormen zullen voorkomen?
#Aminozuren:
-Waarom heeft de R-groep van asparagine geen basische eigenschappen (asparagine heeft geen pKr)
-We willen tyrosine en asparagine scheiden met behulp van elektroforese bij pH = 9,0. Schrijf voor beide aminozuren de verschillende vormen
uit en verklaar welke vorm bij deze pH voor zal komen. Waar zullen de aminozuren zich bevinden: anode, kathode, tussenin
#Gegeven: benzeenring met broomsubstituent en -C2H5 substituent. Bij het bereiden hiervan moet je...
-...eerst bromeren?
-...eerst aklyleren?
-...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst bromeert gaat de reactie langzamer
-...volgorde maakt niet uit, maar als je eerst alkyleert gaat de reactie langzamer
#Gegeven: een structuur met 2 chirale koolstoffen (ook een amidegroep op 1 einde, en een chloor groep)
-teken de fisherprojectie van ALLE stereo-isomeren, geef ook de stabielste newman-projectie
-Bepaal van elke chirale C de R,S-configuratie en geef de prioriteiten weer
-Wat is het OG van de C met de amide groep
-Welk van de stereo-isomeren zijn ook diastereo-isomeren, verklaar deze term
-Duid aan waar een nucleofiele substitutie zou kunnen plaatsvinden, verklaar ook waarom
#Reactie mechanismen zoals aangegeven op stramien

=== 3 september 2022 ===
# 4 moleculen met dubbele binding gegeven, sommige met substituenten
## Reactiemechanisme voor molecule A uitschrijven (CH2=CH-CH2-CH3)
## Rangschikken volgens reactiviteit in een reactie met HBr en argumenteren met substituenteffecten en grensstructuren
## Reactieproducten voor alle 4 opschrijven en 2 ervan benoemen met IUPAC naam
# gegeven: glucose in openketenvorm, alfa-D-glucopyranose, beta-D-glucopyranose, alfa-D-glucofuranose en beta-D-glucofuranose met percentages van hoe vaak ze voorkomen
## waarom komt de furanosevorm zo weinig voor
## waarom komt de betavorm meer voor dan de alfavorm
## waarom komt ondanks vraag b de alfavorm toch nog zo vaak voor
## maak zelf een voorspelling voor de percentages van voorkomen voor alle vormen van D-mannose
# teken 2-amino-2,3,4-trimethyl-3-hexaanthiol
## hoeveel stereo-isomeren zijn er?
## teken van alle stereo-isomeren de fischer projectie en meest stabiele conformatie in de newman projectie over C3-C4 as, duid chirale centra aan
## bepaal voor alle chirale centra de absolute configuratie
## is het een primair, secundair of tertiair amine? En dezelfde vraag voor thiol?
## bepaal de oxidatietrap van C2
# 5 namen van moleculen gegeven, welke kunnen het reactieproduct zijn van een aldolcondensatie? Voor degenen die niet kunnen: leg uit in 1 zin waarom niet. Voor degenen die wel kunnen: geef de beginproducten.
# reactiemechanismen
## vul onderstaande reactiesequentie aan: alkaan met -OH —> alkeen —> ? (boven de eerste pijl stond ook een vraagteken en boven de tweede pijl +Cl2)
## schrijf reactiemechanisme uit: benzeenring met -OCH3 substituent reageert met HNO3 en H2SO4
# aminozuren
## bepaal voor een titratie van 100 mL 0,1M isoleucine de pH bij toevoeging van 150mL en 200mL NaOH
## waarom is de pKa van glutamine lager dan van isoleucine
## teken beide aminozuren uit

=== 25 juni 2022 ===
# 4 moleculen gegeven die reageren volgens reactietype E1 ter vorming van HCl : twee chlooralkanen met benzeenring en twee zonder, een van de twee met benzeenring had methoxy-groep op de benzeenring
## Geef reactiemechanisme voor een van de twee chlooralkanen zonder benzeenring
## Rangschik volgens stijgende reactiviteit en beargumenteer met substituenteffecten. Geef grensstructuren indien relevant.
## ...
# Geef het reactiemechanisme en vergelijk onderling, beredeneer ook voor de basische hydrolyses of het gaat om een mono- of bimoleculair proces:
### hydrolyse van een carbonzuurester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in basisch milieu
### hydrolyse van een fosfaatester in zuur milieu
## Bespreek kort het verschil in reactiviteit van mono-, di-, en tri-alkylfosfaatesters bij hydrolyse in basisch milieu
## In de glycolyse komt energie vrij bij het hysrolyseren van het acylfosfaat 1,3-difosfoglycerinezuur dat wordt gebruikt om ADP om te zetten in ADP. Voor de vorming van acetyl-CoA uit acetylfosfaat (ook een acylfosfaat) is ATP nodig. Bespreek kort deze schijnbare tegenstrijdigheid.
# Stereochemie
## Geef de Haworthprojectie van beta-L-arabinopyranose
## Geef de absolute configuratie van C2 en C4 en duid nummering aan
## Wat zijn de oxidatietrappen van C1 en C3?
## Geef de (stabielste) Newmanprojectie van het conformeer volgens de C3-C4 as
## Hoeveel 1,3-diaxiale repulsies komen ervoor in dit molecule? Maak een tekening die dit duidelijk weergeeft
# Aminozuren
## Onder welke vormen komen glutaminezuur en tryptofaan voornamelijk voor bij pH = 6,00?
## Waar bevinden de AZ zich na elektroforese bij deze pH? Aan de anode, kathode of ertussen?
## Waarom is de zijketen van tryptofaan niet basisch?
# Verloopt de substitutie van propaanzuur naar methylpropanoaat het best in zuur of in basisch milieu? Of kan beide? Verklaar grondig en teken het bijbehorende reactiemechanisme.
# Vraag over reactiemechanismen zoals aangegeven op het stramien.

=== 9 juni 2022 ===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
# Oefening op suikers (je kreeg een cyclisch suiker)
## Teken de fisher en de Newman projectie
## Geef het oxidatie getal van 2 C en zeg of het R of S is
## Geef de naam van het suiker
## Leg de begrippen epimeer en anomeer uit en teken deze vormen van dit suiker
# Oefening op aminozuren
## Je kreeg 2 aminozuren bij een bepaalde pH en je moest zeggen als dit een goede pH was om een elektroforese te doen, indien dit niet zo was moest je uitleggen waarom en een betere pH waarde geven.
# Je kreeg 4 verbindingen en je moest zeggen welke een kleurreactie (oranje/groen) zouden geven
## Alcoholtest -> oxidatie van alcoholen tot ketonen of carbonzuren uitleggen
# Oefening op reactiemechanisme

===28 augustus 2021===
# 4 moleculen gegeven waarop het gaat reageren met HCl
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# geef reactiemechanisme van de deanimatie van glutamine
# L-xylulose, Bepaal R/S configuratie
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
### ???
# Voor welk van deze 3 producten kan niet een aldolcondensatie ondergaan? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
##de reactiemechanisme invullen: onbrekende reagentia en product
### een stof gegeven met de reagentia, welke reactiemechanisme en schrijf uit
#titratie van asparagine met NaOH: berekenen de pH bij toevoeging van 100ml en 200ml NaOH;
##waarom heeft asparagine geen basische eigenschap zoals lysine. Geef ook de structuren

===28 augustus 2020===
#4 moleculen gegeven waarop nucleofiele substitutie gebeurt met natriummethoxide
## werk reactiemechanisme uit voor 1 van de moleculen
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef reactieproducten van alle moleculen en geef IUPAC naam voor 2
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
# Voor welk van deze 4 producten kan er een aldolcondensatie zijn opgetreden? Leg uit waarom niet en geef de reagentia wanneer het wel gaat.
# Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt, az zijn tryptofaan en glutaminezuur
# Oefening op suiker: welke suiker is dit? Geef stabielste newmann vorm in C3-C4 formatie, R of S van C2 en C5, teken epimeer dat geen anomeer is
#oefeningen op reactiemechanismen

===25 juni 2020===
#4 moleculen (esters) gegeven, waarop nucleofiele substitutie gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit. (methylethanoaat)
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit dmv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
#Voor welke van volgenden bestaat er een mesovorm, teken deze en leg uit wat mesovorm is. (1-butanol, butaan2,3diol, butaan-1,2,3-triol, butaan-1,2,3,4-tetraol)
#Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft proline een hogere pKa' dan alanine + teken deze aminozuren
## Welke vorm van alanine komt het meest voor bij toevoegen van 150 mL? Bereken deze pH.
#Oefening op suikers: suiker gegeven
## Geef IUPAC naam
## Bepaal R/S configuratie voor C2 en C5
## Teken stabielste Fischer en Newman voor de C3-C4-as
## ?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven: E1 reactie van HCl: mechanisme geven, reactieproducten tekenen en benoemen
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Een molecule gegeven in stoelvorm (geen suiker): teken de fisherprojecties van alle stereomeren, teken newmann projectie van 1 op c2-c3 in stabielste vorm en zeg S of R config, welke zijn enantiomeren, diastereomeren, is er een mesovorm? En leg de begrippen kort uit. Geef oxidatietrap van aangeduide koolstofatoom.
#lysine en valine tekenen en IP berekenen, waarom is de pkr van lysine groter dan de pka' van valine?
#Wat zijn de product(en) die worden gevormd als E-2-hepteen en dichloor reageren?
##2s,3s 2-dichloorhepteen
##2s,3r
##2r,3s
##2r,3r
#Oefeningen op reactiemechanismen

===12 juni 2020 (16u)===
#4 moleculen gegeven, waarop elektrofiele additie van water in zuur milieu gebeurt
## Werk het reactiemechanisme voor één van de moleculen volledig uit.
## Rangschik volgens afnemende reactiviteit
## Geef de reactieproducten van alle moleculen en geef hun IUPAC naam
#Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
#Oefening op suikers en stereochemie:
## Geef de Haworth-projectie van bèta-L-gulofuranose
## Teken het enantiomeer van deze molecule en benoem het.
## Configuratie (R/S) van C2 en C5 bepalen + oxidatietrap geven
## Stabielste Newman-conformatie langs C4-C5 as
#Oefening op aminozuren:
## D-vorm van tyrosine en alanine tekenen en conformatie geven.
## Oefening op pH berekenen
# Gegeven een staal met één onbekende suiker. Na het uitvoeren van een Fehlingstest zie je een roodbruine neerslag ontstaan. Aantal suikers gegeven, aanduiden welke het mogelijk kan zijn. Leg uit wat deze test precies en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme. Eerste was zuurgekatalyseerde estervorming. Tweede eliminatie van water. Derde aldolcondensatie

===7 juni 2020===
#4 moleculen gegeven waarop een Sn1 wordt gedaan met ammoniak
## Werk het reactiemechanisme voor de eerste molecule uit
## Welk molecule reageert het snelst? Leg uit adhv substituenteffecten
## Geef de reactieproducten van de andere 3 moleculen en ook de IUPAC naam
#Geef de retro-aldolreactie bij de glycolyse
## Wat is de katalysator en waarom gaat de retro-aldolreactie niet bij glucose?
#Gegeven een benzeenring met daarop een nitrogroep en alkylgroep. Gebeurd er eerst alkylering of nitrering? Gebruik in je uitleg grensstructuren
#Oefening op molecule dat geen suiker was! Maar je moest R/S bepalen, Fischer schrijven, Newmann projectie, en diastereomeren en enantiomeren aanduiden (+ kort uitleggen wat dat betekend)
#Oefening op aminozuren en bepalen welke vorm er voorkomt bij een bepaalde pH en als je een gelelektroforese doet welke waar dan voorkomt (zoals in de oefenzitting gewoon)
#standaard oefening die er elk jaar is met reacties aanvullen enzo

===17 juni 2019 (namiddag)===
#4 moleculen (ester, ester met halogeen, anhydride, amide) waarop de nucleofiele substitutie van water in basische omgeving wordt uitgevoerd.
##Werk het reactiemechanisme uit voor het ester.
##Rangschik volgens afnemende reactiviteit.
##Geef de naam en structuur van beide reactieproducten.
#Bespreek de oxidatieve deaminering van glutaminezuur met de nodige coënzymen/cofactoren. Geef het reactiemechanisme van de tweede stap zonder enzymen.
#Oefening op suikers.
##Bespreek de R/S configuratie van de chirale centra van D-xylose.
##Is D-xylose een aldose of ketose?
##Geef de stabielste Newman-projectie op C3-C4.
##Bepaal de oxidatietrap van C1 en C5.
##Maak van L-xylose beta-L-xylose.
##Welk reactietype is de ringsluiting van suikers? Welke katalysator wordt vaak gebruikt?
##Geef het anomeer van beta-L-xylose. Is dit ook een enantiomeer?
#Oefening op aminozuren.
##Geef de 2R,3R configuratie van isoleucine.
##Wat is de pH van 100 ml isoleucine (0.1M) na toevoeging van 150 ml NaOH (0.1 M)?
##Waarom heeft glutamine een lagere pKa dan isoleucine?
#Waarom wordt het reactie-evenwicht bij de Claisencondensatie van ethyl-2-methylpropanoaat met ethoxide niet naar rechts getrokken (in tegenstelling tot andere Claisencondensaties)?
#Vul reactie aan (reactieproducten, reagentia). Geef reactietype en eindproduct. Geef reactietype, eindproduct en reactiemechanisme.

===17 juni 2019 (voormiddag)===
#4 moleculen met dubbele bindingen gegeven waarop elektrofiele additie gebeurt
##van 1 reactiemechanisme uitwerken
##rangschikken volgens reactiviteit door middel van substituenteffecten
##eindproducten geven + IUPAC naam geven
#vetzuursynthese uitleggen met coënzymen erbij
##uitleggen waarom je malonycoa nodig hebt en wat de gelijkenis ervan is met claisen-condensatie
#molecule gegeven: menthol
##chirale c aanduiden, hoeveel stereo-isomeren, R/S van chirale c, geef stabielste configuratie, geef diastereoisomeer dat epimeer is, enantiomeer geven, stabielste configuratie van enantiomeer geven, je krijgt een paar newmanprojecties waarvan je moet zeggen welke de juiste is, oxidatiegetal van aangeduide c geven
#geef 3D structuur van R glutaminezuur
##is deze D of L?
##welke vorm(en) komt er vooral voor op ph 8,8
##uitleggen waarom N in de R groep niet basisch is en die van lysine (ook tekenen) wel
#je krijgt een benzeenring waarop een de ene kant een ch3 hangt en op de tegenovergestelde kant een acylgroep, je moet uitleggen via grensstructuren wat het juiste antwoord is
##eerst alkyleren, dan acyleren
##eerst acyleren, dan alkyleren
##volgorde maakt niet uit, maar acyleren is trager
##volgorde maakt niet uit, maar alkyleren is trager
#je krijgt een reactie waarvan je de reagentia en reactieproducten er nog moet bij zetten
##reactie is eerst een eliminatie en dan een additie
#je krijgt een cyclisch carbonzuur en dit gaat reageren amine, geef de reactieproducten in skeletnotatie en zeg wel reactiemechanisme
#een cycloalkaan waar een broom aanhangt gaat reageren met naoh, geef het reactieproduct(en) en zeggen welk reactiemechanisme het is en ook het reactiemechanisme uitschrijven
===14 juni 2019 (namiddag)===
# 4 benzeen ringen gegeven (3 daarvan met substituenten)
## Reactiemechanisme uitschrijven voor een gewone benzeen tot chloorderivaat (SeAr)
## Rangschikken volgens reactiviteit, grensstructuren tekenen en substituenteffecten verklaren.
## Van de 4 chloorderivaten de IUPAC-naam geven en eindstructuur tekenen
# De glycolyse genereert op 2 plaatsen ATP en de Krebs-cyclus op 1 plaats. Teken de reagens en het product van de reacties. Leg uit waarom de moleculen energie genereert.
# Suiker oefening met L-Talose tot alfa-L-talose, Wat is de katalysator?, Reactietype?, Enantiomeer, Stabielste Newman-projectie (C4 en C5), R/S-Configuratie op C2 en C3, Oxidatietrap van C1.
# Isoelektrisch punt van Arginine en Glycine berekenen, pH van een 0,1M 100ml Arginine oplossing na toevoegen van 200ml 0,1 NaOH, L-configuratie van Arginine tekenen, is het een S/R configuratie?
# Gegeven: Tetracycline. Het molecule heeft 2 pKa en 1 pKb . Zoek de groepen die hiervoor zorgen en verklaar je keuze.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===14 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 broomalkanen, 1 broomalkeen en een fenylbroomalkaan
## Schrijf het Sn2 reactiemechisme uit voor structuur A (broomethaan) met natriumwaterstofsulfide.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit!
## Geef de IUPAC-namen van al de reactieproducten
# Geef de isomerisatie in de glycolyse van het glucosederivaat naar fructosederivaat. Waarom is dit basegekatalyseerd.
## Geef het verband tussen de Tollens- en Fehlingstest en het verband tussen Barfoed- en Benedictetest.
# Gegeven is een suiker in de stoelvorm
## Geef de volledige naam van dit suiker.
## Geef de Fischerprojectie van de open-ketenvorm en geef de stabielste Newmanprojectie met C3 en C4 als as.
## Wat is de conformatie en OT van C2 en C5?
## Geef het anomeer van dit suiker. Is dit ook een epimeer/diasteriomeer/enantiomeer? Leg elke term uit.
# Oefening op aminozuren:
## Waarom heeft leucine een hogere pKa dan threonine?
## Welke lading heeft leucine in een mengsel van ph = 9,5? Ligt het eerder aan kathode/anode/ergens in het midden bij elektroforese?
## Geef de 2R,3S vorm van threonine in de fischerprojectie.
# Welke van onderstaande structuren ondergaat gemakkelijk een decarboxylering bij een temperatuursverhoging? Zo ja, schrijf het mechanisme helemaal uit. COOH-CH2-CHOH-CH3 / COOH-CHOH-CH2-CH3 / COOH-CH2-CO-CH3 / COOH-CH2-COOH
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (namiddag)===
# Structuren van chloorbenzeen, anisool, benzeen en fenol zijn gegeven.
## Schrijf het reactiemechanisme uit van een elektrofiele substitutie van benzeen met als eindproduct een nitroderivaat.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 nitroderivaten de IUPAC-naam en teken de structuur
# Waarom kunnen alcoholen niet gemakkelijk een SN-reactie ondergaan? Geef 2 voorbeelden van een SN-reactie van een alcohol, schrijf het mechanisme. Reageert fenol op dezelfde manier? Teken en leg uit. Hoe kunnen SN-reacties van alcoholen mogelijk gemaakt worden in biologische systemen?
# Gegeven: enantiomeer van een structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Teken de ruimtelijke structuur van het molecule. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Is er een mesovorm? Indien mogelijk teken mesomere grensstructuren. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen.
# Bij welke pH komt het Zwitter-ion van arginine voor? Teken. Waarom is de pKa van arginine lager dan de pKa van asparaginezuur? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M asparaginezuur, Wat is de pH na een titratie met 150mL 0,10M NaOH? Teken van elk vermeld aminozuur de neutrale structuur
# Gegeven: formaldehyde, aceetaldehyde en benzaldehyde. Welke kan een aldolcondensatie met zichzelf doen? Teken het mechanisme en verklaar waarom de andere 2 dit niet kunnen.
# Vul reactie aan (reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.

===13 juni 2019 (voormiddag)===
# 4 structuren gegeven: 2 chlooralkenen, 1 chlooralkaan en 1 chloorether
## Schrijf het reactiemechanisme uit voor een SN1 reactie van (1 van de 2) chlooralkeen met ammoniak.
## Rangschik de gegeven structuren volgens afnemende reactiviteit. Leg uit adhv substituenteffecten en teken grensstructuren indien nodig.
## Geef van de 4 derivaten de IUPAC-naam (van de eerste 3 dus niet de ether) en teken de structuur.
# Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit.
#L-glucose tekenen en omzetten in alfa-L-glucofuranose. Geef enantiomeer van de structuur. Geef R- of S-configuratie van 2 aangeduide C-atomen. Hoeveel stereo-isomeren zijn er? Teken de meest stabiele Newman-projectie. Geef een diastereomeer dat ook een epimeer is. Geef de oxidatietrap van 2 aangeduidde C-atomen. Is alfa-L-glucofuranose een reduceerbare suiker?
# Tyrosine en serine hebben een gelijkaardige zijketen, waarom heeft tyrosine een pKr en serine niet? Gegeven: 100ml volledig geprotoneerd 0,10M tyrosine, Wat is de pH na een titratie met 300mL 0,10M NaOH? Welke vormen van serine en tyrosine komen voor bij pH 10,5? Alle vermelde AZ moeten getekend zijn in het antwoord.
# Gegeven: Benzeen, pyrrool en pyridine. Rangschik volgens reactiviteit voor een SeAr reactie mbv grensstructuren.
# Vul reactie aan alkyn --?--> alkeen --Br2--> ?, geef reactietype en eindproduct: 3-fenyl-1-amino-2-propanon --OH-->, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme: aldolcondensatie.

===30 augustus 2018===
# 4 gegeven alcoholen kunnen en E1 reactie ondergaan, geef de volledige reactie voor alcohol A, geef de eindproducten en de IUPAC-naam van de 4 alcoholen na de reactie. Orden volgens afnemende reactiviteit.
# Een vraag over de oxidatieve deaminering van glutaminezuur.
# Suiker in ringstructuur gegeven: geef naam & lineaire vorm, geef de Newman projectie (c3-c4), is c2 R/S en wat is zijn oxidatietrap, hoeveel chirale C atomen zijn er en duid aan in de cyclische vorm en lineaire vorm welke de chirale C atomen zijn, geef een diastereomeer dat geen epimeer of anomeer is van de gegeven suiker, hoe heet de reactie waarbij een lineaire vorm over kan gaan in de cyclische vorm en in welk solvent gebeurt dit.
# Leg het verschil in pKa tussen glutaminezuur en valine uit. Welke vorm van glutaminezuur komt er het meeste voor bij bepaalde pH. Bereken de pH van een oplossing van 100ml valine (0,1M) met 200ml base.
# Een SN reactie bij alcoholen moet in zuur milieu gebeuren: waarom, waarom niet met NH2 als nucleofiel, geef een alternatief voor zuur milieu bij SN reactie met alcoholen.
# Vul reactie aan (pijltjes en reactieproducten), geef reactietype en eindproduct, geeft reactietype eindproduct en reactiemechanisme.
===22 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 esters in basisch midden, voor 1 het mechanisme uitschrijven.
# Leg de synthese van peptiden uit met dicyclohexylcarbodiimide. Welke voorzorgsmaatregel moet genomen worden om selectief een peptide te vormen? Geef een voorbeeld.
# Geef de naam van een gegeven cyclisch suiker. Uitleggen of het R of S is. Is het een reducerende suiker? Geef de fischerprojectie. Geef de Newmanprojectie met c3-c4 als as en geef hiervan de stabielste Haworthprojectie. Geef het anomere suiker, is dit een enantiomeer, epimeer of diastereomeer en verklaar.
# Geef de 3D projectie van S-tryptofaan. Waarom heeft de R-groep van tryptofaan geen basische eigenschappen? Is tryptofaan vlot te scheiden van alanine met gelelektroforese? Indien ja, bij welke pH en waar zouden ze zich bevinden op de gel. Indien nee, verklaar.
# Waarom ondergaat pyridine gaan elektrofiele aromatische substitutie met een chlooralkeen en trichlooralluminium zoals benzeen? Schrijf de reactie uit die wel plaatsvindt en benoem deze. Nog een deelvraag....
# Mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen. De eerste was een cyclisch ester waarbij je moest aangeveven dat er OH werd gebruikt zodat de ring open ging en het eindproduct in skeletnotatie. Reactie tussen een zuurchloride en een primair amine, het reactietype en producten in skeletnotatie geven. De laatste was een claisoncondensatie waarbij het mechanisme gegeven moest worden en het eindproduct in skeletnotatie.
===18 juni 2018===
# De snelheid en reactieproducten met IUPAC-naam geven van 4 benzeenderivaten bij een elektrofiele aromatisch substitutie, voor 1 het mechanisme uitschrijven
# Leg de afbraak van vetzuren uit en geef de coënzymen die een rol spelen, vergelijk met de vetzuursynthese en leg het verband uit tussen vetzuursynthese en de Claisencondensatie
# Aflatoxine is gegeven, enkele vraagjes zoals: hoeveel stereoisomeren, teken diastereomeren, r of s,heeft het molecule een mesovorm, oxidatietrappen bepalen, mesomere effecten aanduiden...
# Waarom heeft de NH2 groep van asparagine geen Pkr? Waar bevinden tyrosine en asparagine zich in een gelelektorforese bij pH 11? Is er mesomerie mogelijk in tyrosine, duid aan met pijlen
# Bespreek de stereochemie van 2 reacties
# mechanismes aanvullen en reactietypes bepalen
===14 juni 2018 ===
Mondeling
#4 stoffen vergelijken waarbij een aromatische substitutie gebeurd ter vorming van een nitroderivaat voor 1 het mechanisme uitschrijven en welke het snelste gaat verlopen en waarom. De structuur van de reactieproducten tekenen en de IUPAC-naam geven.
#De volledige vetzuursynthese geven en alle enzymes en cofactoren benoemen. Zeggen waarom NADPH een goed reductans is voor de reductie van de vetzuren.

schriftelijk
#Van een gegeven verbinding zeggen hoeveel stereo-isomeren er van bestaan en van ze allemaal de fisher en newman projectie (stabielste configuratie) geven. Van alle chirale atomen de R of de S configuratie toe kennen. Zeggen welke diasteriomeren en enantiomeren van elkaar zijn. Er kon makkelijk water afgesplitsd worden en zeggen waarom het een stabiel carbokation was en de hybridisatie van het koolstof atoom geven.
#Van threonine de titratie curve gekregen en hieruit afleiden welke volume op elk punt is toegevoegd welke vorm er het meeste voorkomt en op een bepaald punt de lading van het aminozuur bepalen. Waarom pKa van threonine lager als die van Leucine. (overal structuur van geven)
#4 verschillende verbindingen gekregen en zeggen welke verbinding het reactiefste is bij een nucleofiele substitutie.
#Oefening over mechanismes: producten geven, boven pijl aan vullen, reactietype of volledig mechanisme.

=== 13 juni 2018 ===
#4 stoffen vergelijken waaraan een elektrofiele additie van HBr gebeurd. Het mechanisme voor 1 v/d stoffen uitschrijven. Zeggen welke reactie het snelst gaat verlopen en waarom (eventueel aantonen door uitschrijven grensstructuren). De structuur van de reactieproducten voor de 4 stoffen geven en de IUPAC-naamgeving van twee daarvan. (mondeling)
#Geef het mechanisme van decarboxylering van beta-ketocarbonzuren en leg uit. Geef een voorbeeld van een analoog mechanisme in de biologie en leg uit. (mondeling)
#Oefening over ringsluiting van een suiker, aanduiden asymmetrische koolstoffen, D omzetten in L, een epimeer en anomeer geven, R-S configuratie voor 1 C geven, meest stabiele conformatie over as tussen twee C's weergeven in Newmann. (schriftelijk)
#Oefening over aminozuren. 3D weergave van S-proline weergeven. Zeggen waarom pKa' van proline hoger ligt dan van valine. Geven onder welke vorm valine voorkomt bij pH 2.2 en waarom.
#Oefening over reactie H2SO4 onder temperatuurstijging en een alcohol. Hier gaat eliminatie gebeuren. De twee mogelijke reactieproducten worden gegeven en er wordt gezegd welke het meest gaat voorkomen. Vervolgens wordt gevraagd aan welke regel er hier niet wordt voldaan en waarom. (Regel van Zaitsev wordt niet voldaan, de minst gesubstitueerde alkeen gaat gevormd worden, komt door verschillende reactiemechanisme voor eliminatie van alcohol met H2SO4, schrijf hiertoe mechanismen uit dan wordt het duidelijk)
#oefening over mechanismen (aanvullen, producten geven of volledig mechanisme uitschrijven)
=== 7 september 2017 (voormiddag)===
# 4 stoffen (ketonen) gegeven waarop een nucleofiele additie van methylamine gebeurt. schrijf het mechanisme voor stof A, geef de stoffen in afnemende reactiviteit en de UIPAC naam van alle stoffen met structuur.
# vergelijk de hydrolyse van carbonzuuresters en fosfaatesters in base en de hydrolyse van fosfaatesters in zuur. vergelijk de hydrolysesnelheid van mono-, di- en trialkylfosfaten.

#De pKr van glutaminezuur is groter dan die van asparaginezuur, verklaar. titratie van glutaminezuur met NaOH, bereken de pH als er 250ml base werd toegevoegd. welke vorm van asparaginezuur is meer aanwezig bij pH 2.2.
#welk product word gevormd bij de reactie van Z-2-penteen met dibroom (S,R).
#reacties aanvullen, skeletnotatie, reactietype, reactiemechanisme,...

===29 augustus 2017 (namiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#4 stoffen zijn gegeven: een buteen, een butadieen, een fenyletheen, en een furyletheen. Voer een elektrofiele additie van water uit in zuur milieu: schrijf het reactiemechanisme compleet uit voor stof A + welke stof is het reactiefste leg uit adhv substituenteffecten + geef alle gevormde producten en hun IUPAC namen.
#Methionine wordt gebruikt bij de methylering in het lichaam maar moet eerst geactiveerd worden. Geef mechanisme van activering, mechanisme van methylering, geef biologisch voorbeeld van methylering + Mosterdgas is sterk alkylerend, waarom? En waarom zijn sterk alkylerende stoffen uiterst toxisch?

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten: L-arabinose omvormen naar beta-L-arabinofuranose, hoe noemt deze reactie en welk type reactie is dit?, geef een anomeer van de beta vorm is dit een enantiomeer?, geef een diastereomeer dat geen epimeer is, is deze suiker reducerend?, newman projectie van meest stabiele configuratie bekeken vanaf C2 en C3, geef de absolute configuratie en oxidatietrap van C2 en C4,...)
#oefening op AZ: arginine, welke vorm heeft dit bij pH12.5 en waarom? Welk stikstofatoom is het meest basisch en waarom? valine, geef S configuratie (beiden dus structuur vanbuiten kennen)
#methyl-2-methylpropanoaat ondergaat een claisencondensatie in oplossing met methoxide. In tegenstelling tot andere claisencondensaties wordt het reactiemechanisme NIET naar rechts getrokken, waarom?
#3 verschillende reacties, verschillende zaken aanvullen telkens (mechanisme, welk type reactie, reactieproduct, reagentia,...)

===15 juni 2017 (voormiddag) - Mario Smet===
Mondeling
#halogeenalkaan ondergaat een E1 + toelichten zaitsev
#vier moleculen ondergaan een E; welke is het reactiefst? Leg uit mbhv substituenteffecten + resonantievormen tekenen (indien nuttig)
#Waarom kan op een alcohol NIET goed een Sn uitgevoerd worden? (OH- is niet stabiel)
#2 voorbeelden geven hoe dat wel kan + werkt dit ook voor fenol? (protoneren of fosfaatgroep toevoegen)
#Voorbeeld geven van een nucleofiele substitutie van een alcohol in biologische systemen (acetaalvorming v/e reducerende suiker met methanol)

Schriftelijk
#oefeningen op koolhydraten (R/S; anomeer, epimeer, haworth en newman projecties
#oefeningen op reactiemechanismen (fiederlkraftsalkylering, nucleofiele acylsubstietutie)
#oefening op AZ (2 tekenen, titratie-oef, pKa vergelijken)

===14 Juni 2017 (namiddag)===
Mondeling:
#Elektrofiele additie reactiemechanisme schrijven (regel markovnikov)
#4 moleculen bepalen welke het snelst aan een Ae doet (grensstructuren, inductieve effecten)
#naamgeving van enkele producten na de Ae
#isomerisatie in glycolyse van glucose-6-fosfaat naar fructose-6-fosfaat en uitleggen waarom dit base gekatalyseerd is
#verband uitleggen met Fehling's/ Tollen en Barfoed

Schriftelijk:
#gegeven moleculen Menthol aantal stereochemische oefeningen oplossen (R/S, diasteromeren, enantiomeren, newman...)
#oefening op AZ op papierelektroforese (waar komt elk AZ bij bepaalde ph)
#aceton+ methylanime wordt imine bij ph=7 laat zien
#enkele reactiemechanisme aanvullen of tekenen ( Nitrering, estercondensatie)

===12 juni 2017 (voormiddag) SINDS 2017 GEGEVEN DOOR MARIO SMET===
#op 4 structuren Sn1 toepassen en verklaren welke het meest reactief is + resomere vormen geven + naamgeving...
#retro aldolcondensatie bij glycolyse en zeggen hoe het katalytisch effect tot stand kwam
#een oefenig op suikers, op aminozuren en 3 reactiemechanismes
#vertellen hoe een alcohol test werkt met chroomzuur

===9 juni 2016===
#beckman omlegging
#edman degradatie
#biosynthese geraniol en limoleen
#structuren = S.A.M & biotione
#naamgeving + 2 mechanismes
#oefening ivm stereochemie

===8 juni 2016===
#synthese vn peptiden
#hydrolyse, omestering en reductie van esters
#cannizaro reactie
#structuren: -2-isopentenylpyrofosfaat
#Trans decaline
#oef over suikers(suiker bepalen, chirale C's, newman projectie..)
#reactiemechanismen en naamgeving

===6 juni 2016===
#Aldolcondensatie en waardat deze terugkomt in de glycolyse
#reactiviteit bij de substitutie reacties van benzeen, tolueen en pyridine vergelijken
#-verschil tussen reducerende suikers en nietreducerende suikers
#structuur van acetyl-choline en palitine
#pH van aminozuren bij een titratie
#reactimechanisme

=== 15 juni 2015 ===
# Claisen condensatie + verband met afbraak van vetzuren
# Bespreek de reactie van geconcentreerd zwavelzuur met:
#* Alkeen
#* Alcohol
#* Aromaat
# acetylcholine en fructose 6 fosfaat tekenen, optische zuiverheid uitleggen.
#Oefeningen over aminozuren (of glutamine en threonine te scheiden waren met elektroforese) fischer, newmann, stereo isomeren erover.
#En dan twee reacties natuurlijk

===12 juni 2015 ( namiddag ) ===

mondeling:
# Leg de reacties met benzeen uit en ook die van purine en fenol.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetzuren in zuur en basisch milieu. Leg hierbij ook het broomgetal en verzepingsgetal uit.
Schriftelijk:
# Naamgeving ( c-AMP en mannose)
# Leg uit si en re
# Een hele lang oefening vergelijkbaar met de oefeningen van de oefenzitting ( verschil tussen D en L, chirale C, reacties, ...)

===12 juni 2015 ( voormiddag ) ===

mondeling:
#Aminen en halogeenalkanen
#Aminen en salpeterigzuur
#Laboratorium peptidesynthese

schriftelijk:
#structuren
#*Limoneen
#*Sorbitol
#stereochemie+ reactiemechanisme
#*aldolcondensatie
#leg uit:
#*reducerende en niet-reducerende suikers

===11 juni 2015===

mondeling:
#Wat is ''mutarotatie''? Leg dit uit a.h.v glucose en fructose.
#Leg uit:
#* Fisher-verestering
#* Beckmann-omslag. Je moet ook weten hoe H2O addeert. Hij vraagt hoe je aan een oximen kunt komen.
schriftelijk:
#IUPAC
#structuren
#*citroenzuur
#*ninhydrine
#structuur observeren
#* chirale C-atomen aanduiden
#* OG van aangeduid atoom geven
#* vermelden welke N in de molecule het stabielste is.
#* vermelden hoeveel stereo-isomeren er gevormd kunnen worden.
#* Ã©Ã©n stereomeer tekenen dat geen enantiomeer is.
#* oefening op pH-waarden binnen titraties. ( ''deze bij 200 mL als de molecule volledig geprotoneerd is'' )
#wat is ''fosforyleringspotentiaal''? Leg uit.
#2 structuren gegeven.
#*Van elk de/het reactieproduct(en) geven en hiervan de juiste skeletnotatie.
#*Geef van Ã©Ã©n van de 2 tructuren het reactiemechanisme.

===16 juni 2014===
#Bespreek de reacties met alkenen (waterstof halogenen en perzuren)
#Iupac
#Bespreek reducerende suikers
#Peridoxalfosfaat en acetylcholine
#Stereochemie
#Reactiemechanismen

===20 augustus 2013===
Mondeling:
# Welke reactie kan D-mannose in een basisch milieu ondergaan?
# Leg de biosynthese van vetzuren uit.

Schriftelijk:
# IUPAC
# Structuren: tBOC en ninhydrine
# Fosforylerings-potentiaal
# Random oefening
# Reacties: Ester+Amide en Alcohol+Zuur

===25 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele en nucleofiele substitutie bij benzeen en pyridine.
# Bespreek eliminatiereacties bij halogeenalkanen.

Schriftelijk:
# IUPAC.
# Structuur van glucaarzuur en tosylchloride.
# Leg optische zuiverheid uit.
# Tryptofaan: chirale koolstoffen, alle stereo-isomeren tekenen in Fischer en Newman, R/S bepalen.
# Reacties: Nucleofiele substitutie halogeenalkaan en Fischer estersynthese.

===25 juni 2013 (voormiddag)===
#decarboxylatie alpha-aminozuur en decarboxylatie alpha-ketocarbonzuur
# amine + halogeenalkaan/salpeterigzuur
# iupac
# structuur beta-maltose en geranylpyrofosfaat
# dean-stark
# molecule: chirale centra, R/S, enantiomere/diastereomere/epimeren/anomeren, oxidatie, welke OH zuurste?
# reactie aldehyd + OH/H2o, tetrahydropyraan met HI

===17 juni 2013 (namiddag)===
Mondeling:
# Leg de methoden uit om de volgorde van aminozuren in een peptide te achterhalen
# Leg uit: Halfacetaal- en acetaalvorming en pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranose en methyl-beta-D-glucopyranoside

Schriftelijk:
# Leg biodiesel uit
# Geef de structuur van limoneen en citroenzuur
# IUPAC-naamgeving
# Molecule gegeven:
#* Geef alle chirale C-atomen + R/S nomenclatuur
#* Newman projectie geven van bepaalde as
#* Is de stikstof erin basisch (verklaar met substituenteffecten)
#* Teken een stereomeer die geen epimeer is
# Reacties waarvan 1 uitwerken:
#* Sn1 van een alkaan met een broom erin
#* Claisen condensatie van een ester

===17 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#bespreek reactie alkenen met perzuren, halogenen en H2.
#bespreek decarboxylatie van carbonzuren, pas toe op vb uit citroenzuurcyclus

Schriftelijk:
#bespreek: reducerend/niet reducerend suiker
#molecules tekenen: biotine en SAM
#iupac naam
#chirale C: OT, R of S aangeven, diasteromeren van een AZ en fisher+newman
#oefening met ph berekening met titratie
#uitleggen waarom pka van 1 lager is dan een ander AZ
#2 ractiemechanismen geven, Ã©Ã©n ervan uitschrijven

===14 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
# mutarotatie volledig uitleggen en illustreren voor D-fructose en D-glucose
# Joodgetal, verzepingsgetal, Hydrolyse en omestering (zuur en basisch) voor olie en vetten. (met TEKENINGEN van ELK mechanisme)

Schriftelijk:
# fosforyleringspotentaal
# 2 mechanismes waarvan ge het mechanisme en het eindproduct moet geven en eentje moet ge tekenen (naar keuze).
# structuur gegeven:
#* geef alle chirale C-atomen
#* Stereo isomeren
#* R en S geven van de chirale C-atomen in de stereo isomeren
#* Zeggen of de dubbele bindingen E of Z zijn
#* bepaal oxidatiegetal van het aangeduide punt
#* verklaar waarom een stof hogere pka heeft als die gegeven is
# er is nog eentje maar die weet ik niet meer.

=== 13 juni 2013 (voormiddag)===
Mondeling:
#synthese van peptiden in het labo
#de hydrolysereactie van esters en fosfaatesters

schriftelijk:
#iupac naam
#structuur van : cAMP en alpha keto glutaarzuur
#leg de Beckman omlegging uit
#suikers (ge krijgt een blad me alle suikers op) wij hadden xylulose
#* bepaal de absolute configuratie van alle chirale C-atomen
#*teken de meest stabiele open ketenvorm in een speciale projectie, kweet nimeer welke, volgens de C3-C4 as
#*bepaal het oxidatiegetal van C2
#*teken de overgang van L - xylulose naar L alpha xylulopentose
#*teken het anomeer van L alpha xylulopentose
#*welke soort reactie treed op bij een ringsluiting en welk soort katalysator bevordert dit proces
#dan nog twee reacties, waarvan ge een volledig moet uitwerken en van beide reacties moet ge het reactietype geven en reactieproduct(en)

=== 13 juni 2013 ===
Mondeling:
#bespreek de claisencondensatie en bespreek het verband met de afbraak van vetzuren
#beschrijf de biosynthese van geraniol en limoneen(monoterpenen)

Schriftelijk:
#Bespreek de regel van Huckel

===15 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# Bespreek de biosynthese van monoterpenen: geraniol (molecule krijg je) en limoneen (structuur wel kennen)
# Bespreek de aldolcondensatie en geef het verband met de glycolyse

Schriftelijk:
# IUPAC naam geven
# structuren van acetylcholine en citroenzuur
# uitleggen wat reducerende en niet reducerende suikers zijn
# oefening met molecule met fenolen enz aan: fisherprojecties geven van de isomeren en ook de R/S en newmanprojecties van de stabielste moleculen.
# reactiemechanismes aanvullen: nucleofiele additie van H2SO4 aan alkeen en zuurgekatalyseerde claisencondensatie

===14 juni 2012 (voormiddag)===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele reacties van carbonylgroep en additie met H20 en alcohol
# Bespreek ninhydrine reactie

Schriftelijk:
# ne iupac
# Limoneen en fosfoënolpyruvaat tekenen
# Bespreek optische zuiverheid
# oefening met suiker ( bij ons was die suiker L-tagatose dachtek) ma ge krijgt een blad om hem te herkennen (naam geven, fisher tekenen, R/S, een diastereomeer geven dat geen epimeer en geen anomeer is, + waarom suikercyclisatie zuur gekatalyseerd, en dan nog iets ma da wetek ni meer)
# 2 structuren ( 1 was zo cyclisch ether da met HI reageert )

===30 juni 2011===
Mondeling:
#Labosynthese van peptiden
#Eliminatiereacties bij halogeenalkanen

Schriftelijk:
#IUPD-naam
#structuren:
#*Nylon-66
#*Palmitinezuur
#Leg uit: Dean Stark opstelling
#stereochemie
#reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (namiddag)===
Mondeling:
#Ninhydrinereactie
#bespreek reacties van amiden met halogeenalkanen en salpeterigzuur

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#Structuren:
#*c-AMP
#*Sorbitol
#Leg uit: Cannizzaro-reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===24 Juni 2011 (voormiddag)===
Mondeling:
#Bio-synthese van vetzuren en het verband met de Claisencondensatie
#reacties van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*ATP
#*citroenzuur
#Leg uit: Diazokoppelingsreactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===16 Juni 2011===
Mondeling:
#Leg uit: acetaal- en halfacetaalvorming.
#Reacties van anorganische zuren met alkenen en alkynen

Schriftelijk:
#IUPAC-naam
#structuren:
#*limoneen
#*D-mannose
#leg uit: Kolbe-Schmitt reactie
#stereochemie
#2 reactiemechanismen
===23 augustus 2010===
Mondeling:
# Ninhydrinereactie
# Welke reacties kan D-fructose in base ondergaan?

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* SAM
# leg uit: Biodiesel
# stereochemie
# twee reactiemechanismen:
#* keton met alcohol
#* amide in water (zuurgekatalyseerd)
===18 juni 2010===
Mondeling:
# Reactie van anorganische zuren met alkenen en alkynen.
# Alkylering, sulfonering en acylering van aromaten.

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* (delta2)isopentenylpyrofosfaat
#* cellobiose
# leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# stereochemie aminozuur met R = -CHOH-CH3
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* bepaal het oxidatiegetal van de C-atomen
#* welk is het meest basisch en zeg waarom...
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven
===14 juni 2010===
Mondeling:
# Welke reacties gebeuren er met suikers in basisch milieu? (en dan bedoelt hij specifiek in basisch milieu)
# Bespreek de oxidatie van alcoholen in het labo met K2Cr2O7 en in de natuur met NAD+ en illustreer met een voorbeeld in de citroenzuurcyclus

schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#* Dansylchloride
#* Biotine
# leg uit: reactie van Chichibabin
# stereochemie
#* duid chirale koolstoffen aan
#* hoeveel conformaties zijn er? en teken deze
#* benoem (R,S)
#* welke zijn enantiomeren? diastereomeren?
#* is er een mesovorm?
#* welk is het meest basisch: CH3CH2COO- of CH3CH2C=-C- (driedubbele binding) en zeg waarom
# twee reactiemechanismen waarvan 1 helemaal uitschrijven

===11 juni 2010===
Mondeling:
# Wat geven alkenen met
#* Anorganische zuren;
#* Perzuren (ook energieschema's kennen, effecten van concentraties enzo)
# Bespreek de biosynthese van vetzuren (Claisen-condensatiestap belangrijkst)

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# structuren
#*SAM (S-adenosylmethionine)
#*PET
# Leg uit: Kolbe-Schmidt-reactie (aspirine dus)
# Stereo-chemie:
#* teken (beta)-L-gulopyranose (lineaire vorm gegeven)
#* teken gunstigste Newman-projectie volgens C2-C3-as
#* wat is de oxidatietrap van C6?
#* geef de anomeer en een epimeer van L-gulose
# 2 reactiemechanismen (1 uitschrijven)
#* oxidatie van een alcohol en aldehyde met K2Cr2O7, H2SO4, koud
#* Friedel-Crafts-acylering
-
===22 juni 2009 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie. Bespreek ook de stap van de glycolyse die verband houdt met de aldolcondensatie.
# Bespreek de hydrolyse en omestering van vetten. Leg ook uit wat het verzepingsgetal en het joodgetal is.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* dansylchloride
#* cellobiose
# Leg uit: De Beckmann-omlegging
# Je krijgt een molecule gegeven
#* Duid alle assymetrische koolstofatomen aan met een "*" en zeg of ze een R of S-configuratie hebben
#* Teken het enantiomeer en 2 epimeren
#* Van een N-atoom zeggen dat het basischer of zuurder is in vergelijking met ammoniak
#* 2 mesomeren vormen geven (buiten die van benzeenring)
# Twee reactiemechanismen (producten + soort reactie geven + Ã©Ã©n mechanisme helemaal uitschrijven)
#* tertair alcohol + zuurchloride
#* alkeen + zuur

===19 juni 2009 ===
Mondeling:
# bespreek de nucleofiele additie aan de carbonylgroep. Bespreek de factoren die de reactiviteit van aldehyden en ketonen beinvloed. geef de reactie met water en alcoholen
# bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* maltose
#* fosfoënolpyruvaat
# Leg uit: epoxyharsen en -lijmen
# gegeven: aminozuur met zijgroep: R=CH2-SH
#* Hoeveel stereoisomeren bestaan er van dit molecule+ welk aminozuur is dit
#* geef de fischerprojectie en de Newmanprojectie( volgens C2-C3 as) van stabielste conformatie van elk stereoisomeer.Geef van elke chirale C of het R of S is.
#* titratie: je begint met 100ml van O,2M oplossing van aminozuur(volledig geprotoneerd) en je titreert met 0,2M NaOH.(Pk1=1,9 Pk2=10,7 Pkr=8,4
#*# bereken PH als je 150ml NaOH toegevoegd hebt
#*# Bereken PH als je 300ml NaOH toegevoegd hebt
#*# wat is(zijn) de voornaamste vorm(en) van het aminozuur bij PH=8,4
# reactiemechanismen

=== 15 juni 2009 ===
Mondeling:
# Leg de decarboxylering van carbonzuren uit en pas toe in een stap uit de citroenzuurcyclus
# Welke technieken ken je voor het bepalen van de aminozuurvolgorde in een peptideketen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Structuren:
#* Biotine
#* (delta)Â³ - isopentenylpyrofosfaat
# Leg uit: de reactie van chichibabin
# Cyclische L-suiker gegeven:
#* Geef de naam en de lineaire structuur. (lijst met ongekende suikers gegeven)
#* Bepaal van CÂ² of het R of S - configuratie heeft
#* Duidt niet-chirale C-atomen in lineaire en cyclische structuur aan
#* Hoeveel 1,3-diaxiale interacties zijn er?

=== 8 juni 2008===
# Leg uit: de reactie van een zuur met een alkeen/alkyn.
# Leg uit: de Claisen-condensatie en breng dit in verband met de biosynthese van lipiden/vetten.
# Teken de structuur van S-adenosyl-methionine en van sacharose.
# Leg uit: optische zuiverheid.
# Oefeningen:
#* Stereochemie, invloed van substituenten op de zuurtegraad etc.
#* Reactiemechanismen

=== 18 aug 2008 ===
Mondeling:
# Geef de biosynthese van monoterpenen voor de vorming van geraniol en limoneen.
# Bespreek sulfonering, alkylering en acylering aan aromaten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* cyclisch AMP
#* Glucaarzuur

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de hydrolyse, omestering, aminolyse en reductie van esters.
# Welke methoden ken je om de volgorde van aminozuren in peptiden te bepalen?

Schriftelijk:
# Moleculen:
#* Nerylpyrofosfaat
#* Cellobiose
# Wat zijn epoxylijmen?

=== 25 jun 2008 ===
Mondeling:
# Licht toe wat acetalen en hemiacetalen zijn en pas dit toe op de vorming van beta-D-glucopyranose uit D-glucose en de vorming van methyl-beta-D-glucopyranoside.
# Bespreek de labosynthese van peptiden.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* Trans-decaline
#* Histamine

=== 24 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek reactie alkenen met H2, halogenen en perzuren.
# Bespreek zure en base hydrolyse en omestering van vetten.

Schriftelijk:
# Structuren:
#* ADP
#* Maltose

=== 21 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de eleminatiereacties bij halogeenalkanen.
# Bespreek de testreactie van ninhydrine.

Schriftelijk:
# Geef de IUPAC-naam.
# Teken de volgende structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine
# Bespreek nylon 66.
# Cyclisch suiker:
#* Geef de naam.
#* Welk is het zuurste proton ?
#* Geef de configuratie (R/S).
#* Fisher
#* Welke zijn de niet chirale C's ?
# Twee reactiemechanismen.

=== 20 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren op alkenen.
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam geven.
# Geef de structuur van:
#* Geranylpyrofosfaat
#* Ninhydrine
# Bespreek de Beckmann omlegging.
# Aspartaam gegeven:
#* Welke zijn de verschillende stereoisomeren ?
#* Welke zijn de chirale koolstofatomen en duid aan of R/S zijn.
#* Schrijf de fisherprojectie van L-fenylalanine.
#* Vraag over elektroforese: aantonen waar fenylalanine en asparaginezuur zich bevinden.
# Twee reactiemechanismen.

=== 9 jun 2008 ===
Mondeling:
# Bespreek de reactiemechanisme bij ketonen en aldehyden en vermeld hierbij de factoren die deze reacties beinvloeden. Geef een voorbeeld van additie van alcohol en additie van water.
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose oiv van een base en geef een vb in de glycolyse cyclus.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg uit wat een kroonether is.
# Structuur asparagine gegeven:
#* Teken alle stereoisomeren (fisher en newman).
#* R/S configuratie
#* Waarom heeft de amine-groep in de structuur geen basische eigenschappen ?
#* Bereken het eerste equivalentiepunt en leg je methode uit.
# Twee reactiemechanismen.

=== 19 jun 2007 ===
Mondeling:
# Nucleofiele additie aan de carbonylgroep bespreken/factoren reactiviteit/aantonen met additie van water en alcohol.
# Manieren om de AZ volgorde te bepalen uitleggen.

Schriftelijk:
# IUPAC naam
# Structuren:
#* Pyridoxalfosfaat
#* Tosylchloride
# Leg Nylon 66 uit.
# Structuur Cysteïne gegeven:
#* Fisher
#* Newman
#* R-S
#* Enantiomeren...
#* Welk molecule
#* Welke vorm komt in de natuur het meeste voor ?
#* Welke is de mesovorm?
# Twee reactiemechanismen

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# Aminolyse/omestering/hydrolyse esters.
# Leg de decarboxylatie van carbonzuren uit en breng deze in verband met de Krebscyclus.

Schriftelijk:
# Regel van Zaitsev kort bespreken.
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Biotine
#* Cellobiose
# Suikers:
#* Open-ketenstructuur
#* R en S
#* Chirale atomen.
#* 1,3-diaxiale interactie
# Reacties:
#* Alkeen + HCl => ...
#* Oxidatie van een alcohol.

=== 18 jun 2007 ===
Mondeling:
# De additie van zuren aan alkenen.
# Mutarotatie uitleggen en illustreren met glucose.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam
# Structuren:
#* Acetylcholine
#* cAMP
# Omega-3 en omega-6 vetzuren uitleggen.
# Een bepaald aminozuur:
#* Fisher
#* Newman
#* pH-berekeningen
# Reacties: Reactieproducten en soort reactie geven en uitwerken voor een van de twee.
#* Carbonylgroep met H2 en Pt
#* 2 ketonen met OH-

=== 15 jun 2007 ===
Mondeling:
# Eliminatiereacties uitleggen.
# Beta-oxidatie + claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam (carbonzuurgroep keton, 2 dubbele binden, methyl, en alkynbinding)
# Een suiker omzetten naar een ringstructuur, epimeren aanduiden op bijhorende tabel.
# Biodiesel uitleggen
# Structuren:
#* Dansylchloride
#* Thymidine structuur geven
# Twee reactiemechanismen.

=== 14 jun 2007 ===
Mondeling:
# Bespreek de aldolcondensatie van aldehyden en ketonen.
# Bespreek de reactie van waterstof/halogenen/perzuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Oliezuur
#* Adrenaline
# Leg kort uit: kroonethers.
# R-groep van lysine gegeven:
#* Stereoisomeren, R/S, L aanduiden.
#* Newman/fischer projecties.
#* Naam van het aminozuur.
#* Voorkomen bij pH 10 (welke vorm: geprotoneerd of niet?)
# Twee reacties: (je moet maar van 1 het hele mechanisme geven, ander gewoon zeggen welk type reactie en eindproduct)
#* Een keton reageert met HNO3 en H2SO4.
#* Reactie van tertiar alcohol met zuurchloride.

=== 28 aug 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek peptidesynthese in het labo en vergelijk met die ter hoogte van de ribosomen.
# Bespreek additie van zuren aan alkenen.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van adrenaline en gluconzuur.
# Bespreek optische zuiverheid.
# Gegeven: structuurformule threonine.
#* Aantal stereo-isomeren
#* De chirale C-en
#* Fisher- en newman-projectie van elk.
#* Duidt R/S aan.
#* Naam van aminozuur.
#* Bij pH = 7: naar welke pool migreert dit AZ (pk1 en pk2 gegeven) ?
# Beschrijven van reactie: 2 esters (dezelfde) boven de pijl (H3O+ en OC3H7), boven de 2e pijl (H3O+ en NaBH4).

=== 26 jun 2006 ===
Mondeling:
# Hemiacetaal en acetaal, pas toe op de vorming van beta-D-glucopyranosyl uit D glucose en de vorming van methyl - beta - D - glucopyranoside.
# Oxidatie, hydrolyse ( in zuur en in basisch milieu) en omestering van olie en vet.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Cystine en adipinezuur structuur geven.
# Regel van Zaitsev uitleggen en illustreren met een voorbeeld.
# Oefening met stereo-isomeren, Fischer, Newman en R en S configuratie.
# Furan + HNO3 + H2SO4 reactie geven.
#* Stoffen geven die ge aan furan moet toevoegen om een ethylgroep op positie 2 (alfa) te induceren.

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de laboratoriumsynthese van peptideverbindingen en vergelijk met de manier waarop aminzuren binden met ribosomen.
# Bespreek de reactie van alkenen met waterstof, halogenen en perzuren.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuurformule van oliezuur en adrenaline.
# Bespreek cannizaro reacties.
# Structuurformule van een suiker:
#* Geef de fisherprojectie van de ringstructuur.
#* R-S van de C2 bepalen
#* Leidt de naam af.
#* Geef het aantal chirale C's in de haworth aan.
# Reactiemechanisme

=== 23 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de isomerisatie van D-glucose onder invloed van base en breng in verband met een stap uit de glycolyse (alleen deze stap opschrijven).
# Bespreek de afbraak van vetzuren en breng in verband met de Claisencondensatie.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Thymidine
#* Dansylchloride
# Verklaar kort het begrip "optische zuiverheid".
# Een hepteen is gegeven:
#* Geef de verschillende stereovormen in Fisherprojectie.
#* Geef de Newman-projectie van het meest stabiele conformeer.
#* Noteer ook R- en S-conformatie.
# Reactie waarbij de producten, tussenstappen en mechanismen moeten worden aangevuld.

=== 21 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de elektrofiele aromatische substitutie met als voorbeeld nitreerzuur, benzeen en gesubstitueerde benzeenderivaten.
# Bespreek hydrolyse, reductie, omestering en aminolyse van esters.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Sacharose
#* SAM
# Bespreek omega-3-vetzuren en omega-6-vetzuren.
# Gegeven: structuurformule arginine
#* Geef het aantal stereo-isomeren.
#* Duidt de cirale C's aan.
#* Fisher- en Newman-projectie van elk.
#* Duid R/S aan.
#* Geef de naam van het aminozuur.
#* Duid aan welke N het meest basisch is.
#* Welk stereo-isomeer is het L-aminozuur ?
# Beschrijven van reactie: 2 keer cyclopenteen met daaraan 2-hexanol (of pentanol ben het vergeten) keten op de pijl staat K2Cr2O7, H+ en koud, boven tweede pijl staat 1 OH-

=== 20 jun 2006 ===
Mondeling:
# Bespreek de additie van zuren aan alkenen (geen carbonzuren bedoeld).
# Bespreek de biosynthese van vetzuren.

Schriftelijk
# IUPAC-naam.
# Structuren:
#* Kaneelzuur
#* Cellobiose
# 3-broom-4-cloorhexaan:
#* Stereo-isomeren: Fisher- en Newman-projectie.
#* R,S-configuratie
#* Diastereomeren/enantiomeren?
# Het reactietype en naam en mechanisme van benzeenring met OH aan, bij de pijl staan dibroom en ijzertribroom.

=== 13 jun 2006 ===
Mondeling:
# Aldolcondensatie + glycolyse stap die met aldolcondensatie te maken heeft.
# Geef de verschillende methoden om de volgorde van AZ in peptide te vinden.

Schriftelijk:
# IUPAC-naam.
# Structuren
#* Stearinezuur
#* Pyridine
# Leg uit: gauche en anti (bij alkanen).
# 2,3,4-hydroxybutanal:
#* Hoeveel stereoisomeren ?
#* Geef Fisher projectie en de Newmann projectie van de meest stabiele conformatie.
#* Geef R,S conformatie.
#* En zeg welke enantiomeren zijn, welke diastereoisomeren zijn, mesovormen.
# Geef reactiemechanisme, reactieproduct (ook in skeletnotatie--> reactieproduct) van:
#* Trans-1-fenyl-1-buteen met verdund zwavelzuur.

Celbiologie en biochemie

2023-06-20T10:19:26Z

R0946338: /* 12 juni 2023 */

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

==Examenvragen vanaf 2013==

===12 juni 2023===
# Teken het trisacharide: D-galactose met een 1,3 binding aan D-ribose met een 1,3 binding aan D-fructose (5)
# Teken fosfatidylethanolamine, wat zijn de functies en voorkomen? (4)
# Gegeven een stuk DNA van 5' tot 3': wat is de aminozuursequentie van het proteïnen en welke stappen gebeuren hierbij? (5)
# bespreek de structuur en functie van het golgi-apparaat (4)
# Wat is de functie van een G-proteïne? (4)
# Hoeveel ribose-5-p heb je nodig om 14 alanine te maken? -welke wegen, reactievergelijking en NADH en atp balans (10)
# Drie organellen aanduiden en hun functie bespreken. (lipidedruppels, glyoxisoom (?) en mitochondrion, de foto stond in de cursus) (4)
--> examen stond op 36punten

===21 juni 2022===

# Lactose in alfa vorm tekenen. (6 ptn)
#* Waar in de natuur komt het voor?
#* Welk enzyme hydrolyseert het?
#* Geef de belangrijkste verschillen tussen lactose en trehalose.
# Tertiaire structuur proteïnen: Leg uit + maak tekening. Aan welke externe factoren is het gevoelig? (6 ptn)
# Peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? Welke metabolische wegen gebeuren hier? In welke organismen komen ze voor? (6 ptn)
# Geef alle stappen die nodig zijn om een proteïnemengsel te kunnen scheiden met een kationuitwisselaar. Hoe kan kationuitwisselingschromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden? In welke volgorde elueren ze? (6 ptn)
# Hoeveel moleculen sucrose nodig voor omzetting in 3 moleculen stearinezuur? Hoeveel ATP komt er vrij bij het verademen van de restproducten? (10 ptn)
#* Teken sucrose. Door welk enzym wordt het gehydrolyseerd? Wat zijn de hydrolyseproducten?
#* Welke metabolische wegen worden doorlopen? (gegeven dat het er 5 zijn, gewoon de namen van de wegen geven)
#* Teken de volledige metabolische reacties en schrijf de uiteindelijke reactievergelijking.
#* Hoeveel ATP-moleculen kunnen er gewonnen worden uit de gevormde producten die niet gebruikt werden voor de vorming van de vetzuren?
# Twee EM foto's: Welke celtypes zijn afgebeeld? (spiercel en delende plantencel) Benoem alle onderdelen + hun functie. (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.

Celbiologie en biochemie

2023-06-20T10:18:38Z

R0946338:

[[Categorie:Bachelor Chemie]]
[[Categorie:Bachelor Biochemie]]

==Vakinformatie==
Vanaf 2016-2017: Schriftelijk examen in plaats van mondeling examen zoals voordien.
Vanaf 2012-2013: Jaarvak voor zowel chemie als biochemie. Volledig gedoceerd door Patrick Van Dijck.

==Examenvragen vanaf 2013==

===12 juni 2023===
# Teken het trisacharide: D-galactose met een 1,3 binding aan D-ribose met een 1,3 binding aan D-fructose (5)
# Teken fosfatidylethanolamine, wat zijn de functies en voorkomen? (4)
# Gegeven een stuk DNA van 5' tot 3': wat is de aminozuursequentie van het proteïnen en welke stappen gebeuren hierbij? (5)
# bespreek de structuur en functie van het golgi-apparaat (4)
# Wat is de functie van een G-proteïne? (4)
# Hoeveel ribose-5-p heb je nodig om 14 alanine te maken? -welke wegen, reactievergelijking en NADH en atp balans (10)
# Drie organellen aanduiden en hun functie bespreken. (lipidedruppels, glyoxisoom (?) en mitochondrion, de foto stond in de cursus) (4)

===21 juni 2022===

# Lactose in alfa vorm tekenen. (6 ptn)
#* Waar in de natuur komt het voor?
#* Welk enzyme hydrolyseert het?
#* Geef de belangrijkste verschillen tussen lactose en trehalose.
# Tertiaire structuur proteïnen: Leg uit + maak tekening. Aan welke externe factoren is het gevoelig? (6 ptn)
# Peroxisomen en glyoxisomen: Oorsprong en functie? Welke metabolische wegen gebeuren hier? In welke organismen komen ze voor? (6 ptn)
# Geef alle stappen die nodig zijn om een proteïnemengsel te kunnen scheiden met een kationuitwisselaar. Hoe kan kationuitwisselingschromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden? In welke volgorde elueren ze? (6 ptn)
# Hoeveel moleculen sucrose nodig voor omzetting in 3 moleculen stearinezuur? Hoeveel ATP komt er vrij bij het verademen van de restproducten? (10 ptn)
#* Teken sucrose. Door welk enzym wordt het gehydrolyseerd? Wat zijn de hydrolyseproducten?
#* Welke metabolische wegen worden doorlopen? (gegeven dat het er 5 zijn, gewoon de namen van de wegen geven)
#* Teken de volledige metabolische reacties en schrijf de uiteindelijke reactievergelijking.
#* Hoeveel ATP-moleculen kunnen er gewonnen worden uit de gevormde producten die niet gebruikt werden voor de vorming van de vetzuren?
# Twee EM foto's: Welke celtypes zijn afgebeeld? (spiercel en delende plantencel) Benoem alle onderdelen + hun functie. (4 ptn)

=> examen op 38 ptn

===13 juni 2021===
#Teken een oligosaccharide dat D-galactose met een alfa-1,6 binding gebonden is aan een D-fructose (furanose-vorm) die vervolgens met een alfa-1,4 binding gebonden is aan beta-D-ribose.
#Beschrijf (en teken eventueel) volgende woorden: Desmosoom, apoptosoom, beta-vouwbladstructuur, Gs-proteine en snelheidscentrifuge.
#Wat is SDS PAGE, wat kan men ermee onderzoeken, hoe werkt het en wat is het verschil met Native PAGE.
#Beschrijf en teken de vetzuursynthese van stearinezuur.
#Hoeveel moleculen ribose-5-fosfaat kan een gistcel maken uitgaande van 10 moleculen glutaminezuur bij een tekort aan aminozuren, wat is de totale ATP en coenzym verhouding. Geef de reactievergelijking, Neem de weg met de minste CO2 productie.
#Twee foto's. Alle onderdelen benoemen en de functies van deze onderdelen beschrijven. oa de kristalstructuren, R.E.R, ribosomen, celkern, Golgi apparaat.

===14 juni 2020===
#Teken de microtubuli van het cytoskelet en leg uit waarom het zo belangrijk is voor de deling van cellen. Wat zijn andere structuren van de cel waar microtubuli in voorkomen
#Teken Gram+-bacterie en Gram--bacterie en teken de celwand (mureïne). Leg het effect van peniciline uit op de celwand en waarom het geen effect heeft op ons
#Leg verschil uit tussen Instrinsieke en Extrinsieke signaalwegen. Waarom is apoptose zo belangrijk?
#Hoe kan men zonder de cel te denatureren de verschillende celonderdelen scheiden?
#Een gistcel maakt uit 4 moleculen stearinezuur, glucose-6-fosfaat. Hoeveel kan het er maken en hoeveel ATP blijft er over (Vetzuurafbraak, Gluconeogenese, Krebs-cyclus en Anaplerotische reacties)
#2 prentjes
#*Kristallen
#*Ribosomen
#*Nog dingen maar ik ben onzeker

===7 juni 2020===
#teken gedetailleerd een alfa helix structuur en de binding, welk proteïne heeft vooral alfa helix structuren?
#trehalose en amylopectine tekenen, welke binding?
#geef functie van, een teken eventueel: mesosoom, protoplast, mycoplasma, chromomeer, middenlichaampje
#leg uit: actief transport
#hoe kun je een plasmamembraan goed zichtbaar maken onder een fluorescentiemicroscoop?
#hoeveel ATP verkrijg je bij het volledig verademen van 10 moleculen glycerol? (antwoord: 220 ATP)
#duidt structuren aan op foto

===19 augustus 2019===
# Amylopectine is een belangrijk deel van zetmeel. Teken de structuur en alle atomen. Waar verschilt dit moleculen met glycogeen?
# Hoe wordt p53 geactiveerd? Wat heeft dit als resultaat? Wat is het gevolg indien het slecht functioneert?
# Hoe kan ionenuitwisselings chromatografie worden gebruikt om de 5 (gegeven) decapeptiden te scheiden. Welke elueert het eerst?
# Welke soort juncties zijn er? Teken en leg ze uit?
# Gistcellen kunnen groeien op een ethanol bodem. Hoeveel moleculen heeft een gistcel nodig om 12 moleculen ribose-5-P te maken. Hoeveel energiewinst is er? Geef alle stappen.
# 3 prenten:
## Ben ik vergeten
## Kliercel: benoem alle delen in de cel en geef hun functie.
## 2 Virussen(1 was Tabaksmozaïekvirus): wat is hun structuur en wat zijn het?

===26 juni 2019===
#leg gedetailleerd uit wat actief transport is
#geef de structuur van microtubuli, waarom zijn deze microtubuli belangrijk bij delende plantencellen? geef de structuur van flagellen bij eukaryote cellen en hoe zorgen deze voor beweging
#wat is Km?
#wat is een proplastide?
#wat is confocale fluorescentiemicroscopie en hoe kan deze gebruikt worden om een celmembraam te bekijken?
#hoeveel glycerol heb je nodig voor opbouw van 6 moleculen palmitinezuur? kan dit ook in anaerobe omstandigheden?
# 2 foto's, geef alle structuren die je ziet + functie
## 1 foto van kristallen in een kern
## 1 foto van mucusvesikels die uit een darmepitheelcel komen

===18 juni 2019===
#Wat is de moleculaire structuur van een celwand van een bacterie? Wat is het verschil tussen een gram+ en een gram- bacterie? Hoe heeft dit effect met penicilline? Waarom gebeurt dit niet bij de mens?
#Hoe kan men een enzym isoleren en scheiden uit een dierlijke cel?
#Wat is covalente modificatie? Geef twee voorbeelden, een waarbij het enzym vertraagt en een waarbij het enzym versnelt.
#Hoeveel ATP geeft de afbraak van tripalmitine? Hoeveel tripalmitine moet er worden afgebroken om 10 moleculen glucose te maken in een dierlijke cel?
#Twee EM-foto's bespreken en vijf termen uitleggen.

===27 juni 2018===
#Biosynthese van palmitinezuur geven (met structuren) en zeggen waar deze plaatsvindt.
#Teken een spiercel en benoem de elementen. Leg verder ook mbv tekeningen uit hoe een spiercel werkt.
#5 begrippen uitleggen/tekenen: mesosoom, operon, guanine, blefaroplast en mycoplasma.
#Leg uit hoe je mbv affiniteitschromatografie zuiver hexokinase uit een levercel kan scheiden. Zijn er nog andere technieken om zuiver hexokinase te krijgen, zo ja leg deze dan uit.
#Hoeveel moleculen glycerol zijn er nodig om 10 moleculen alanine te vormen. Geef de metabolische wegen in de juiste volgorde en geef de volledige synthese (inclusief structuren). Er is genoeg ammonium aanwezig maar geen oxaalazijnzuur.
#Van 2 E.M foto's de structuren en hun functies benoemen.

===19 juni 2018===
#Gluconeogenese geven/uitleggen
#Welke aminozuren kunnen gefosforiliseerd worden, en welke geglycosyleerd. Teken een gefosforiliseerd aminozuur.
#Confocale fluoricentiemicroscoop uitleggen en tekenen. Hoe kan dit gebruikt worden om het plasmamembraan te tonen.
#BBegrippen: p53, desmosoom, N-acetylmureinezuur, cysteine, chiasma.
#Hoeveel mol tripalmitinezuur heb je nodig voor 15 mol ribose?
#EM foto van glycocalyx met slijmbekercel en foto met peroxisoom.

===30 augustus 2017===
#Ionenuitwisselingschromatografie uitleggen
#Een stuk DNA tekenen
#De verschillende juncties tussen cellen uitleggen
#Biosynthese en afbraak van vetten tekenen en uitleggen
#Hoeveel moleculen glutaminezuur heb je nodig om 6 moleculen ribose-5-P te maken
#Fotos van cellen: spiercel en plantencel

===21 augustus 2017===
#Koppel een fructosemolecule aan een galactose en deze aan een glucose op bepaalde manier (alpha,beta)
#Confocale fluorescentiemicroscopie
#Leg volgende termen uit: operon, plaques, cyclines, mesosoom, cystine
#Bespreek de lichtreacties (voorkomen, welke reacties gebeuren,...)
#Hoeveel sucrosemoleculen heb je nodig om 10 moleculen alanine te maken?
#2 E.M. foto's, de ene was een spiercel (actine en myosine), de andere weet ik niet zeker

===20 juni 2017===
#Maak een (erg gedetailleerde) tekening van de secretieweg van DNA tot enzyme, voor een enzyme dat als functie heeft de celwand opbouwen. Leg hierbij alle belangrijke stappen uit.
#Actief transport bij bacteriën, schimmels en dieren uitleggen, met glucose als voorbeeld
#Je wil 6 proteïnen scheiden door een anionuitwisselingschromatografie uit te voeren, welke stappen zijn hierbij? Maak ook een tekening
#Hoeveel glycerol heb je nodig ter vorming van 4 moleculen tripalmitine? Hoeveel ATP is er over na volledige verademing van uw restproducten en reducerend vermogen? Geef op volgorde alle metabolische wegen die hierbij gebruikt werden. Geef schematisch alle stappen die doorlopen worden bij de vorming van tripalmitine uit glycerol, en geef de netto reactievergelijking (inclusief ATP).
#2 foto's aanduiden alles dat je herkent en de functie ervan geven, was een slijmbekercel en een heel erge close up van een plantencel
#5 termen verklaren: apoptosoom, DNA primase, N-acetylglucosamine, proplastide en Km

===21 juni 2016===
#cytokinese dier & plant
#donkerracties en verschil C3,C4 en CAM
#adrenaline
#vriesbreuk en vriezers
#ato berekenen in cyclus
#fotokes van vet en golgi app

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van bacterien en schimmels op vlak van structuur, functie en chemische samenstelling
#inductie en repressie uitleggen adhv lac-operon en trp-operon
#oef: hoeveel mol ribose-5-P kan je maken uit glutaminezuur? bereken hoeveel ATP je over hebt en schrijf de volledige cycli uit (antwoord 3 mol ribose-5-P)
#fotos over juncties en chloroplast
#gelfiltratie uitleggen + hoe daaruit molecuulgewicht proteinen bepalen
#structuur en werking van een spiercel uitleggen

===20 juni 2016 ===
#bespreek celwand van schimmels en bacterie (moleculair, structuur, functie)
#bespreek gelfiltratie + hoe kan men de moleculaire massa berekenen van een proteine
#bespreek de spiercel (werking, structuur)
#Bespreek genrepressie en geninductie aan de hand van beta galactosidase en tryptofaan
#metabolisme: hoeveel ribulose 5 fosfaat uit 5 glutaminezuur (geef namen gebruikte wegen + theoretische ATP opbrengst)
#Structuren desmosoom/dichte junctie en chloroplas

===14 juni 2016===
#bespreek de onderzoeken naar de regulatie van de celcyclus (MPF enzo...). Wat kan er misgaan wanneer de regulatie niet goed verloopt? (tumor, p53, oncogenen)..
#Bespreek oorsprong structuur en functie van glyoxisomen en peroxisomen (bijvraag: waar vind je vb glyoxisomen: noten,zaden)
# kationuitwisselingschromatografie uitleggen +methode om 4 peptiden te scheiden hiermee uitleggen
# bespreek: Gs proteine (algemeen, niet adrenaline), Km(enzyme),Prion
# Hoeveel ATP moeten de lichtreacties maken voor de synthese van 6 mol sucrose via donkerrracties (UDPG niet vergeten)
# 2 fotos: chloroplast, 10 structuren aanduiden, darmepitheelcel met glycocalix en veel mucus blijkbaar geen lysosomen dus

===13 juni 2016 NM===
#bespreek microtubuli en de structuren aan die in de cel voorkomen.
# Welk peptide wordt er gevormd (DNA gegeven)
# waaruit bestaat een spiercel en bespreek de werking ervan
# Bespreek de calvin-cyclus. Wat zijn de inputs en wat zijn de outputs?
#Hoeveel moleculen glycerol hebt je nodig om 9 moleculen ribose-5- fosfaat te maken? ( pentosefosfaat weg omkeren)
#em foto's
#*was een plantencel blaasjes golgi-apparaat aant afzetten was op de fragmoplast
#*De tweede foto was een slijmbekercel

===13 juni 2016 VM===
# Structuur glycogeen? Biosynthese er van en afbraak ervan? (Moest blijkbaar adrenaline bij betrekken)
# aminozuren uitleggen en de structuur van proteine
#structuur en functie van de celwand bij bacteriën
#de stappen nodig om een zuivere fractie van polysomen te verkrijgen. Das zo met differentiële centrifugatie
# hoeveel mol ethanol nodig om 6 mol ribos-6-fosfaat te vormen.
# 2 foto's ene was met peroxisoom (kristal in), mitochondrie en chloroplast. 2e was ook vormen van fragmoplast

=== 23 juni 2015 VM ===
# Bespreek de lichtreacties
# Belangrijkste cel differentiaties bij Planten.
# Hoe kan men cellen in een oplossing tellen? Hoe gebeurd dit bij bacteriofagen?
#Teken en bespreek de structuur en functie van de glycocalix bij dieren
#hoeveel maltose moleculen zijn er nodig bij de synthese van alanine in een cel met een tekort aan energie
# 2 foto's: een prokaryoot en een spiercel

=== 24 juni 2015 VM ===
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers en teken de belangrijkste.
# apoptose
# Penicilline en chloramfenicol
# Opbouw en afbraak van vetten
# 2 foto's eentje van een floeemcel de andere van een vetdruppels met glyoxisomen

=== 23 juni 2015 VM ===
# Geef alle soorten lipiden, uitleg, tekening
# wat is een sarcomeer en leg werking uit,
# vier woorden: microsoom, beta-mercapto-ethanol, tonofilamenten en dna primase,
# Geef heel calvincyclus
# Oefening met al die metabolisme en ATP enzo. Iets mat stearinezuur afbreken tot pyrodruivenzuur ofzo tongue-emoticon
# 2 fotos : celkern met kristallen en dan blijkbaar een zeefvat

=== 22 juni 2015 NM ===
# Alles van de plantencelwand
# Oef met DNA sequentie en translatie
# Oxidatieve fosforylatie vs foto fosforylatie
# Hoe kan je polysomen en ribosomen scheiden
# Hoeveel mol glycerol heeft een gistcel, die in de G0-fase zit, nodig om met ademhaling 110 Mol ATP te synthetiseren
# Foto van openbarstende darmepitheelcel (met mucus) en van een plantencel

=== 22 juni 2015 VM ===
# Structuur en functie van endoplasmatisch reticulum
# Hoe wordt de activiteit van fosfofructokinase geregeld?
# Cytoskelet bij planten en dieren
# Bespreek de lichtreacties
# hoeveel mol ethanol nodig opdat gistcellen 4 mol ribose-5-P kunnen maken. Welke metabolische weg komen hierbij tussen? Hoeveel ATP blijft er over?
# 2 foto's: de eerste was een zenuwcel met microtubuli en de tweede met een peroxisoom.

=== 16 juni 2015 ===
# bespreek suikers en polysacchariden en teken de belangrijkste
# welke reacties vinden plaats op het thelakoïdmembraan en wat zijn de inputs en outputs
# geef uitleg; middenlichaampje, callus, mitosis-promoting factor MPF, blefaroblast
# hoeveel mol glutaminezuur moet omgezet worden in oxaalazijnzuur om voldoende ATP te maken voor de afbraak van 5 mol stearinezuur
# bespreek SDS-page en waarvoor dient het
# foto van floëemcellen en foto van kern met kristallen p p295

=== 26 juni 2014 ===
#IEP uitleggen en peptiden rangschikken op IEP
#Transport van voedingsstoffen over de celmembraan bespreken
#Methoden om de volgorde van enzymen in een metabolische pathway te bepalen
#Glyoxylzuurcyclus bespreken
#Hoevel mol glycerol nodig voor 2 mol palimitinezuur
#Foto van jonge plantencel en van peroxisoom

===23 juni 2014===
#Transport van voeding door de membraan
#Plantencelwand bespreken
#Bespreek de pentosefosfaatweg (alles)
#Tellen van bacteriofagen
#1 mol tripalmitine (vergeet glycerol niet!)
#Foto van plantencel (chloroplast volledig en ook vacuole enzo) + floeemcel (gedifferentieerde plantencel)

=== 19 juni 2014 ===
#Leg de rol van enzymen als katalysatoren uit in de metabolische reactie wegen
#Wat doe adrenaline in de levercellen als je schrikhebt?
#Leg de weg uit die katalase aflegt in de cel beginnende bij DNA.
#Leg ionenuitwisselingschromatografie uit.
#Hoeveel mol maltose heb je nodig voor de aanmaak van 2 mol stearine? Welke metabolische reactiewegen komen hier bij te pas? Welke zijn de energieleverende/ energie verbruikende stappen?
#Prent van cel met glycogeenkorrels, RER, SER, mitochondrien etc
#Prent van plant cel in cytokinese --> aanmaak van middenlamel door fragmoplast etc

=== 12 juni 2014 (namiddag) ===
#Transport over celmembraan
#Kern met rer tekenen en functie uitleggen
#Wat doet adrenaline in levercellen
#Confocale fluorescentie microscopie uitleggen
#Hoeveel acetaat je nodig hebt voor 3 mol glycerol en waar wordt energie geproduceerd
#Foto van glycogeenkorrels en van kristallen in kern

=== 12 juni 2014 (voormiddag) ===
#fosfofructokinase van dna tot enzyme de weg die het moet doen en regulatie
#plantencelwand opbouw componenten en functie
#tellen van cellen en bacteriofagen
#hoeveel glucose nodig voor 4 alanine te maken
#foto van zenuwuitlopers en vorming nieuwe celwand bij planten: fragmoplast

=== 17 juni 2013 (namiddag) ===
#Bespreek de eenvoudige suikers en polysacchariden.
#Bespreek de biosynthese en afbraak van vetzuren.
#Wat is de functie van glyoxisomen? Hoe kan je deze zichtbaar maken bij fluorescentie microscopie?
#Een gistcel kan groeien op ethanol. Om te groeien moet de celwand groeien, deze is opgebouwd uit polymeren van suikers.
#*Hoeveel mol ethanol is er nodig om 10 mol glucose te maken?
#*Kan de gistcel groeien op ethanol in anaëroob milieu? (antwoord: p469 laatste 5 regels in middelste stuk)
#prent aanduiden:
#*desmosoom
#*peroxisoom met kristalstructuur

=== 17 juni 2013 (voormiddag) ===
#Teken de overgang van kernmembraan naar R.E.R. Wat is de functie van dit laatste?
#Bespreek geprogrammeerde celdood. Is er een link met kanker?
#Geef de methode(n) hoe je proteïnen kan splitsen op basis van hun lading.
#Hoe werkt het B-galactosidase operon bij E. Coli?
#Hoeveel mol glucose kan je maken met 3 mol palmitinezuur? Welke metabolische wegen worden er gevolgd? Hoeveel ATP kan er eventueel gevormd worden?
#Foto's:
#* p254
#*p218 (ongeveer)

===13 JUN 2013 NM===
# Bespreek de secretieweg in een cel van gen tot gesecreteerd eiwit.
# Als een mens schrik heeft komt er adrenaline vrij. Wat gebeurt er dan in de lever?
# Hoe werkt SDS-PAGE?
# Een uitgehongerde zoogdiercel maakt 4 glutaminezuurmoleculen en 2 asparaginezuurmoleculen. Hoeveel fructose is hier voor nodig en hoeveel CO2 wordt er door het organisme geproduceerd bij deze omzetting?
# 2 foto's: chloroplast tegen celwand aangedrukt door vacuole en celkern met kristallen.

=== 13 jun 2013 (voormiddag) ===
#Bespreek de celwand vn de bacterie
#Uitleggen wat MFP met celcyclus te maken heeft en welke drie onderzoeken er toe geleid hebben
#Confocale fluorecentiemmicroscopie uitleggen
#Een oefening met hoeveel mol
#2 prentjes:
#*floëmcellen
#*gewoon RER, SER, Peroxisoom, mitochondrïen aanduiden (kan zijn nog iets)

=Examenvragen vanaf 2009=
== Biochemie ==

=== 27 jun 2011 ===
#elektronentransportketen uitleggen.
#Met welke methodes kan je glyoxisomen bestuderen (door microscopische analyse) in de cel?
#Vetzuren en lipiden bespreken
#Differentiaties in plantencellen
#Foto van spiercel + kern delen benoemen.
#C1 van een glucosemolecule wordt radioactief gemerkt. We zien dat C6 van een 1,6-bisfosfaatfructosemolecule ook radioactieve sporen vertoond. Verklaar dit.

=== 16 jun 2010 ===
#Bespreek de lichtreactie van de fotosynthese.
#Bespreek hoe je aminozuren en suikers kan scheiden en deze onderling kan scheiden.
#Bespreek: de weg die wordt afgelegd van DNA tot glycocalyx van een proteïne.
#Hoeveel ribose 5-P kunnen gevormd worden uit 5 moleculen glutaminezuur. Hoeveel ATP komt hierbij vrij?
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (chloroplast en jonge plantencel)

=== 8 jun 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de suikers
#Bespreek de pentosefosfaatweg (PPP)
#Bespreek SDS-PAGE
#Hoeveel molecule alpha-ketoglutaarzuur moeten er in de cel omgezet worden naar fumaarzuur om voldoende ATP te maken voor de synthese van 6 moleculen palmitinezuur (vertrekkende van Acetyl-Coa en uitgaand van het feit dat alle cofactoren aanwezig zijn) ? [Antwoord: 7]
#Twee foto's waarbij alle structuren moeten aangeduid worden (levercel en prokaryote cel)

== Chemie ==

===3 JUN 2012 VM===
# celdifferentiatie in ene plantencel
# transport voeding cel
# geef de verschillen tussen de glycolyse en de gluconeogenese daar waar de enzymen verschillend zijn
# 2 stearinezuur omvorme na ribose, er is geen NAD+, geef de cusclussen die je gebruikt, is er atp genoeg, kan het volledig worden omgezet?
# 2 tekeningen (darmwand en spiercel)

===3 FEB 2012 NM===
# Bespreek enkelvoudige en meervoudige suikers
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Bespreek ionenuitwisselingschromatogafie
# 2 foto's

===30 JAN 2012 VM===
# Bespreek aminozuren en ruimtelijke opbouw van proteïnen
# Rangschik 5 proteïnen volgens hun isoelektrisch punt, van hoog naar laag (je krijgt hier dan 5 aminozuursequenties)
# Teken de overgang tussen kernmembraan en het RER en bespreek de functie van het RER.
# Bespreek de verschillende centrifugatietechnieken.

===23 JAN 2012 NM===
# bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers
# bespreek de celwand bij bacterien en schimmels
# leg uit ionenuitwisselingschromotografie
# 2 foto's waar ge alles op moet aanduiden

===23 JAN 2012 VM===
# Bespreek de celwand bij planten
# Bespreek microtubuli en hun structuren
# SDS-page (blijkbaar moest ge u practicumboek ook kennen :s)
# foto van kern me kristallen en een bacterie

===20 JAN 2012 NM===
# Bespreek vetzuren en lipiden
# Bespreek wat er allemaal gebeurd en hoe het transport gebeurd van een specifiek proteïne vertrekkende van het genome DNA tot aan de glycocalyx (mss iets ander geformuleerd)
# Bespreek de technieken om een basaalkorrel zichtbaar te maken in de cel. -> ECHT IN FUNCTIE VAN DE BASAALKORREL DOEN DUS adh van het proteïne tubuline!!!
# 2 foto's 1 van die rozetstructuren van glycogeenpartikels en dieje andere was met gwn een celkern met kristalijne kristallen (2 foto's die hem duidelijk in de les heeft vermeld da ge daar moet op lette)

=== 20 JAN 2012 VM ===
#Bespreek de nucleinezuren, als monomeer en macromolecule, en hun ruimtelijke structuur bij eukaryoten en prokaryoten.
#Bespreek het endoplasmatisch reticulum.
#Bespreek gelfiltratie en leg uit hoe het ka ngebruikt worden om het moleculaire gewicht van een proteine te bepalen.
#2 EM-fotos, alle structuren aanduiden en de functie ervan geven.

===21 JUN 2011 NM===
#bespreek de vermenigvuldiging van virussen
#Bespreek de bio-synthese en afbraak van vetzuren
#Bespreek de vrijzetting van adrenaline in het bloed
#Hoeveel mol ATP wordt er geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol? Hoeveel mol glutaminezuur kan worden geproduceerd uit 5 mol glucose en 3 mol glycerol wanneer er genoeg ammoniak in de cel aanwezig is?
#twee foto's

===21 JUN 2011 VM===
#Bespreek de cytokinese bij planten.
#Bespreek het transport van voedingsstoffen naar binnen in de cel.
#Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
#Hoeveel mol fructose is er nodig voor de synthese van 3 mol palmitinezuur?
#twee foto's

===21 JAN 2011===
#Bespreek de celwand bij planten.
#Bespreek de proteïnen en hoe ze zijn opgebouwd in een ruimtelijke structuur.
#Geef de belangrijkste verschillen tussen gram positieve en gram negatieve bacteriën en hoe kan je die van elkaar onderscheiden?
#Bespreek moleculaire exclusiechromatografie en hoe kan je hiermee het MW van een eiwit bepalen?
#Twee foto's

===22 JUN 2010===
# Bespreek de structuur en werking van spiercellen.
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese.
# Hoeveel ATP wordt er geproduceerd bij afbraak van 5 mol glycerol en 2 mol glucose? stel: Glutaminezuur tekort in de cel, hoeveel mol glutaminezuur kan geproduceerd worden met 5 mol glycerol en 2 mol glucose?
# Hoe werkt adrenaline?
# Hoe werkt het tryptofaan operon bij aanwezigheid en afwezigheid van tryptofaan?

===15 JUN 2010===
# Bespreek differentiatie van plantaardige cellen
# Bespreek gemedieerd transport
# Bespreek de glyoxyzuurcyclus (waar, in- en outputs en waar de producten verder naartoe gaan...)
# Hoeveel fructosemoleculen heb je nodig om 4 moleculen glutaminezuur en 2 moleculen asparaginezuur te maken. Hoeveel CO2 wordt hierbij gemaakt? Leg uit a.d.h.v. metabolische wegen.
# Bespreek hoe de enzymes elkaar opvolgen (niet in deze woorden, maar 't komt erop neer)

===25 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de structuur en de functie van microtubuli en de verschillende structuren die hieruit zijn opgebouwd. (p. 240-261)
#Bespreek de ruimtelijke structuur van eiwitten. (p. 53-60)
#Bespreek de verschillende centrifugatie methoden. (p. 285-290)
#Twee foto's

===18 JAN 2010===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
#Bespreek de celwand bij planten. (bijvragen over de chemische opbouw van (hemi)cellulose, extensises,...)
#Bespreek RNA transcriptie en DNA duplicatie.
#Bespreek de moleculaire exclusiechromatografie.
#2 foto's van cel(onderdelen). Alles benoemen, ook vanzelfsprekendheden (cytoplasma,...)

=== 15 JAN 2010 ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# Bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# Bespreek SDS PAGE
# Duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)

leer ALLE details!

=Examenvragen van 2007 - 2009=
=== 2 sept 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# Bespreek de enkelvoudige en meervoudige suikers.
# Bespreek de verschillende plastiden.
# Welke techniek kan men gebruiken om celmembranen te bestuderen onder de EM? Bespreek de twee varianten.
# Twee foto's

Thevelein
* Hoofdvraag
*# Bespreek het verband tussen de elektrontransportketen en oxidatieve fotofosforylatie.
* Bijvragen
*# Glyoxylzuurcyclus
*# Hoeveel glucosemoleculen heeft een schimmelcel nodig om 2 glutaminezuur en 4 asparaginezuur te maken? Wordt er hierbij ook CO2 geproduceerd en indien ja, hoeveel?

=== 24 Juni 2009 - Chemie - Thevelein ===
* hoofdvragen
*# Bespreek de Krebscyclus.
*# Bespreek de lichtreactie vd fotosynthese.
*# Leg genrepressie en geninductie uit aan de hand van klassieke voorbeelden.
* bijvragen
*# Wat is groepstranslocatie?
*# Bereken hoeveel mol ATP er wordt vrijgezet bij de volledige oxidatie van 1 mol tristearine.
*# Nog een oefening zoals hierboven maar nu met aminozuren enzo...

=== 19 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de structuur van microtubuli en de structuren die eruit bestaan.
# Bespreek de nucleïnezuren en nucleotiden en hun ruimtelijke structuren.
# Leg gelchromatografie (??) (da met gelbollekes sorteren) uit en hoe je het molecuulgewicht v eiwitten hiermee kan berekenen.
# 2 foto's uit oefenzittingen

Thevelein
* hoofdvraag
*# Vergelijk gluconeogenese en glycolyse (startproducten, plaats id cel,..)
* bijvragen
*# bespreek glyoxylzuurcyclus
*# Bereken hoeveel moleculen glucose een schimmelcel nodig heeft om 2 moleculen glutaminezuur en 4 moleculen asparaginezuur te produceren. Wordt hierbij CO2 gevormd en zo ja hoeveel? Leg uit adhv de gebruikte cycli.

=== 15 Juni 2009 - Biochemie ===
Van Dijck
# bespreek de celwand bij planten
# bespreek peroxisomen en glyoxisomen
# rankschik de volgende peptiden volgens iso-elektrisch punt. en wat is iso-elektrisch punt. vb.COOH-cysteïne-proline-histidine-cysteïne-lysine-methionine-asparaginezuur-NH2
# 2 fotos: 1 van een chloroplast, en 1 van een zenuwcel
Thevelein
*hoofdvraag
*# bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
*bijvragen
*#geef volledige metabolische weg om asparaginezuur te vormen uit glycerol en NH3
*#Kan een cel in anaërobe omstandigheden het meest ATP halen uit glucose via de Glycolyse of eerst via PP(pentosfosfaatweg).en toon aan.-

=== 26 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
# Bespreek nucleotiden en nucleïnezuren
# Welke soorten juncties zijn er en wat is hun functie?
# Hoe kan je aminozuren van suikers scheiden en hoe kan je ze verder opzuiveren?
# Teken het celmembraan (of was de vraag nu glycocalyx?) van een dierlijke cel en duidt de onderdelen aan.
# Wat is het iso-elektrisch punt van een proteïne en wat ben je ermee?
# 2 fotos: 1 van een prokaryote cel, en 1 van een plantencel

=== 15 jan 2009 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# bespreek de enkelvoudige en de meervoudige sacchariden (bijvraag: hoe heeft men de L en D suikers bepaald, met welk suiker hebben ze dit gedaan)
# bespreek de overgang van het kernmembraan en het RER en geef de functie van het RER
# bespreek SDS PAGE
# duid op de volgende 2 foto's de delen aan (ALLES aanduiden, cytoplasma en alles wat ook 'normaal' lijkt!)
leer ALLE details!

=== 22 aug 2008 - Biochemie ===
Thevelein:

* Hoofdvraag:
*# Bespreek de samenstelling en mechanisme van elektronentransportketen

*Bijvragen:
*# Welke reacties worden gekatalyseerd door volgende enzymes:
*#* pyruvaat decarboxylase
*#* pyruvaat dehydrogenase
*#* pyruvaat kinase
*#* pyruvaat carboxylase
*# een cel zet oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 om in asparaginezuur en glutaminezuur, geef de reactie.

Van Dijck:

# bespreek structuur en functies van de microtubuli en bespreek de structure waar ze voorkome (/3)
# bespreek structuur van de proteïnen en waar komen deze voor (/3)
# hoe kan je het molecuulgewicht van een proteïne bepalen met exclusiechromatografie (/2)
# wat is hemicellulose? (/1)
# duid celorganellen aan op de prent (/1) --> twas een levercel met veel secretiepartikels

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen:
# e-transport
# pentosefosfaatweg
# regulatie van het metabolisme

Bijvragen:
# glyoxylzuurcyclus
# glucose+NH3-->glutaminezuur+CO2 hoeveel ATP wordt er geproduceerd (aeroob organisme)
# synthese van trehalose uit glucose dat via symport in de cel komt. Hoeveel ATP moet er via melkzuurgisting gewonnen worden om 2 trehalose moleculen te vervaardigen.

=== 26 jun 2008 - Chemie - Thevelein ===
Hoofdvragen
# Bespreek de Krebscyclus
# Bespreek het membraantransport en de membraanpotentiaal
# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese

Bijvragen
# Adrenaline als glucosevrijzetter
# Bespreek in detail de biosynthese en afbraak van vetzuren
# Een bacteriële cel in aërobe omstandigheden zet glucose om in pyrodruivenzuur. Waar wordt het meeste ATP geproduceerd, via de glycolyse of via de pentosefosfaatweg?

=== 20 jun 2008 - Chemie - Thevelein===
Hoofdvragen:
# Bespreek de calvincyclus.
# Bespreek membraantransport en bespreek hoe membraanpotentiaal hierbij tussenkomt.
# Bespreek de regulatie van het metabolisme.

Bijvragen:
# Glyoxylzuurcyclus.
# Adrenaline als glucose vrijzetter.
# Een denkvraag ivm proton-motive en dinitrofenol.

=== 20 jun 2008 - Biochemie ===

Thevelein:
# lichtreacties
# oefeningen:
#* tristearaat, hoeveel ATP wordt er gevormd
#* vorming van asparaginezuur en glyoxylzuur uit citroenzuur en NH3

Van Dijck:

* schriftelijk
*# soorten bindingen in macromolecules, tekenen +bespreken
*# wat is threhalose, mesozoom

* mondeling
*# endoplasmatisch riticulum bespreken
*# microtubuli bespreken
*# plaatsbepaling van moleculen in de cel, methoden bespreken
*# 2 foto's herkennen+organellen benoemen: lever en oliehoudende zaden

=== 19 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* Grote vraag:
*# membraantransport bespreken
* Bijvragen:
*# ge hebt 24 glucosemoleculen, die ge via PP en dÃ¡n pas de glycolyse gaat afbreken tot acetyl-CoA, waarna ge X aantal palmitinemoleculen gaat opbouwen. Hoeveel ATP wordt er gevormd? En hoeveel NADPH hebt ge tekort?

Van Dijck:

*Schriftelijk:
*# bespreek RNA en DNA
*# leg uit:
*#* isopycnische centrifugatie
*#* mycoplasma

*Mondeling:
*# bespreek mono- en polysachariden
*# celwand bij bacterien + Gram positieve en Gram negatieve bacterien
*# ionenuitwisselingschromatografie

=== 13 jun 2008 - Biochemie ===
Thevelein:
* hoofdvraag:
*# Bespreek de lichtreacties van de fotosynthese
* Bijvragen:
*# Bespreek hoe er geninductie en genexpressie bij Escheria coli plaatsvindt
*# Oefening ivm de metabolische wegen

Van dijck:

*Schriftelijk
*# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose en nummer de koolstoffen
*# Leg uit:
*#* mesosoom
*#* connexon

* Mondeling
*# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
*# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
*# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
*# Duid de organellen aan op de cel (chloroplast en bacteriofaag)

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Mondeling:
# geef de structuur en de functies van de mitochondrieën
# beschrijf de weg die een proteine X aflegt beginnend in de kern die voor de glycocalyx bestemd is.
# beschrijf de verschillende centrifugatietechnieken.

Schriftelijk:
# wat is het iso-elektrisch punt van proteïnen en rangschik de volgende proteïnen volgens stijgende theoretische waarde van het iso-elektrisch punt. De proteïnen werden gegeven door telkens een keten van 11 aminozuren.
# Beschrijf en teken schematisch de componenten van de glycocalyx
# verklaar:
#* mesosoom
#* connexon

=== 28 jan 2008 - Chemie - Van Dijck ===
Schriftelijk deel
# rangschik van polair naar apolair (aceton, 1-propanol, diethylether, fenol, benzylalcohol) [in de vraag werden prentjes van de moleculen gegeven, en niet de namen], en zeg wat apolariteit bepaalt.
# teken (cyclisch) alfa-D-glucose, beta-D-Fructose, sucrose.
# Leg uit:
#* Dictyosoom
#* Blefaroplast

Mondeling met schriftelijke voorbereiding
# Teken hoe het kernmembraan in het RER overgaat, en geef de functie van dit RER
# Bespreek de ruimtelijke structuur van proteïnen
# Leg uit hoe men plasmiden kan identificeren met behulp van restrictie-enzymen aan de hand van een voorbeeld
# Duid de organellen aan op de cel (de twee cellen waren een zenuwcel en een chloroplast)

=Examenvragen tot en met 2006=
=== 15 jan 2007 ===
Hoofdvragen: theorie
# bespreek hoe een cel aan zijn membraanpotentiaal komt + hoe deze aangewend wordt bij het membraantransport
# bespreek de Calvin Cyclus (functie, intermedairen, ...)

Hoofdvragen oefeningen
# practicum: bespreek PAGE bij proteïnen en hoe we de molecuulgroote ervan kunnen afleiden
# duid zo veel mogelijk celstructuren aan
# duid de volgende processen aan waar ze voorkomen in de cel aan op de tekening: NADPH productie, energieproductie, chromatine en integrale proteïnen

Bijvragen
# bespreek hoe adrenaline de glucoseproductie in de cel regelt
# Een cel maakt uit oxaalazijnzuur, citroenzuur en NH3 de aminozuren glutaminezuur en asparaginezuur. Geef een reactievergelijking en houd rekening met ATP, NAD, FAD, H2O en CO2.